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Sommaire
1. Définitions
2. Architecture
3. Taxonomie
4. Multiplication
Unicité et diversité des virus
Unicité
Diversité
de StratégieEmpaquetage dans une particule transmissibleGénome codant gènes nécessaires au cycle infectieuxEtablissement autonome dans une population hôte
de Contraintesstructurales (économie de place)fonctionnelles (dépendance vis-à-vis de la cellule hôte)
des mécanismes d’optimisation de l’expression du génome viral
d’interaction avec la cellule hôte
Conditionnent l’architecture virale
~ 30 nm(virus indépendants)
~ 1400 nm(ex : Ebola)
~ 3 Kb(virus indépendants)
~ 300 Kb(ex : Poxviridae)
~ 4 protéines
~ 300 protéines(ex : Poxviridae)
Virus à ADN Virus à ARN Famille Taille (Kb) Famille Taille (Kb)
Poxviridae 130-290
Herpesviridae 200
Adenoviridae 36-38
Coronaviridae 30
Reoviridae 23
Paramyxoviridae 16
Orthomyxoviridae 14
Bunyaviridae 14
Arenaviridae 14
Rhabdoviridae 13
Filoviridae 13
Togaviridae 12
Flaviviridae 11
Retroviridae 11
Papillomaviridae 6-8 Caliciviridae 8
Polyomaviridae 5 Picornaviridae 7
Parvoviridae 5
Hepdnaviridae 3
Limités dans leur taille(par une variabilité trop importante ?)
Les virus géants : les Mimivirus (mimiking microbe virus)
1200 ORFs putatives
J-M. Claverie et al., Virus Research (2006) 117: 133-144
nonouisystème générateur d'énergie
nonouireproduction par scissiparité
nonouiprésence simultanée d'ADN et d'ARN
ouiouinonparasitisme
intracellulaire
obligatoire
nonouinonouiprésence d'une paroi
20 à 250 nm300 nm300 nm1 à 3 µmtaille
Chlamydia
VirusRickettsieMycoplasmeEubactérie
Comparaison Bactéries / Virus
Taxonomie(classification & nomenclature)
1°) selon les manifestations cliniques (Burnett, 1937);
inadapté car:
- symptômes identiques pour des virus différents
- infections sans symptômes
2°) selon la gamme d’hôtes, les propriétés physico-chimiques,
la morphologie des virions, les propriétés antigéniques
(1937-1960)
Non satisfaisant et trop aléatoire
Taxonomie (2)
3°) Selon le virus et en faisant abstraction de l’hôte:
adopté universellement et fondation de l’ICTV en 1966:
International Committee of Taxonomy of Viruses
Trois critères :
- La nature du génome: ARN ou ADN (simple / double brin)
- Les stratégies de réplication: génome de polarité positive, négative,
ambisens, génome segmenté (mono/multipartite)
- La morphologie du virion: +/- enveloppe, nucléocapside
icosaédrique, hélicoïdale ou mixte
Eléments de classification des virus
plus de 4000 virusplus de 1550 espèces
Env. 70 familles3 ordres
Taxonomie (3)
3 ordres
80 familles et sous-familles
233 genres
1550 espèces+ 2550 virus avec statut spécial car non inventoriés en espèces
1999: dernière réunion ITCV
Autres critères pris en considération pour affiner:
Composition en protéines, carbohydrates, lipides, propriétés
antigéniques, structure et organisation des génomes, stratégies
d’expression, spectres d’hôtes, vecteurs de transmission,
pathogenèse…
Taxonomie (4)
Classification épidémiologique, non officielle, utilisée par
médecins et vétérinaires
=> effets pathologiques- virus respiratoires :
Picornaviridae, Orthomyxoviridae, Adenoviridae,…
- virus entériques :
Picornaviridae, Adenoviridae, Réoviridae,…
- virus oncogènes :
Retroviridae, Herspesviridae, Papillomaviridae,
Hepadnaviridae,…
=> modes de transmission (arbovirus : virus transmis par
arthropodes - arthropod born virus)
Règne, Embranchement, Classe, ordre, Famille, Genre, espèce, Race, Variété, Individu
...mais en plus simple : R E C O F (s/F) G E R V I :
Concrètement….
Nomenclature
Ordres, familles, sous-familles, genres et espèces sont écrits en
ITALIQUE et Première lettre en majuscule.
Ordre : -___virales
Famille: -___viridae
Sous-famille: -___virinae
Genre et espèce : -___virus
Exemple :
Ordre : Mononegavirales
Famille : Rhabdoviridae
Genre : Vesiculovirus
Espèce : Vesicular stomatitis virus
Rabies virus
�http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/index.htm
Nomenclature : d’où viennent les noms ?
Préfixe = désignation en latin ou en grec ou acronyme (généralement en anglais pour les virus de plantes) concernant les particularité structurales et/ou les symptômes et/ou le spectre d’hôtes du virus
Exemples : Hepadnavirus => Hepa = cellule hépatique=> dna = génome à ADN
Picornavirus => Pico = petit=> rna = génome à ARN
Luteovirus => Luteo = jaunisse
Caulimovirus => Cauli = cauliflower (chou fleur)=> mo = mosaïque
Nepovirus => Ne = Nematode
=> Po = Polio-like
Taxonomie des bactériophages
Tectiviridae(Bactéries Gram-, Bacillus)
Lipothrixviridae(Archaebactéries)
Corticoviridae(Pseudoalteromonas)
Plasmaviridae(Mycoplasme)
Fuselloviridae(Archaebactéries)
Cystoviridae(Pseudomonas phytopathogènes)
Leviviridae(Colibacilles)
Microviridae
Inoviridae
Plectrovirus
Inoviridae
Inovirus
100 nmADN double brin ADN simple brin
ARN double brin ARN simple brin
(Bactéries Gram- et Gram+)
(Bactéries Gram-)
(Enterobactéries, Spiroplasmes...)
Myoviridae
Siphoviridae
Podoviridae
Plantes
Caulimoviridae
CaulimovirusCsVM-likePVCV-like
SbCMV-like
BadnavirusRTBV-like
ADN double brin
ARN double brin
ReoviridaeFijivirus
PhytoreovirusOryzavirus
PartitiviridaeAlphacryptovirusBetacryptovirus
Varicosavirus
Geminiviridae
MastrevirusCurtovirusBegomovirus
Nanovirus
ADN simple brin
BunyaviridaeTospovirus
TenuivirusOphiovirus
RhabdoviridaeCytorhabdovirus
Nucleorhabdovirus
ARN simple brin (-)
ARN simple brin (+)
SequiviridaeTombusviridaeLuteoviridaeMarafivirusSobemovirusTymovirus
CucumovirusBromovirus
Ilarvirus
AlfamovirusComoviridae
Tobamovirus
Tobravirus
Hordeivirus
Furovirus
Pomovirus
Benyvirus
Pecluvirus
Allexivirus, Carlavirus, Foveavirus, Potexvirus
Capillovirus, Trichovirus, Vitivirus
Closteroviridae
Potyviridae
Bromoviridae
Taxonomie des virus animaux
Mononegavirales : ordre de virus à génome constitué d’ARN (-) non segmenté. Cet ordre
comprend 4 familles:
Bornaviridae (Borna disease virus)
Rhabdoviridae (e.g. Rabies virus)
Filoviridae (eg Marburg virus, Ebola virus)
Paramyxoviridae (eg Newcastle disease virus, measles virus)
Nidovirales : ordre de virus constituté d’ARN (+)
Roniviridae (virus d’invertébrés)
Coronaviridae (virus SARS)
Arteriviridae (artérite équine)
Caudovirales : bactériophages ADN db
Myoviridae (phage T4)
Podoviridae
Siphoviridae (phage λ)
ADN jamais fragmenté
(sauf certains Geminiviridae, les
Nanovirus et certains
Polydnaviridae)
ARN jamais circulaire
(sauf Deltavirus et certains agents sub-viraux
tels que les viroïdes et virusoïdes)
Classe I (non rétroïde)
Circulaires
Ex : Papillomaviridae,
Polyomaviridae
Linéaires
Ex : Adenoviridae, Caudovirales
Poxviridae
Herpesviridae
Double brin
Classe VII (= nouvelle classe,
pararétrovirus)
Ex : Caulimoviridae,
Hepdnaviridae
Classe III (peu nombreux, segmentés – nécessité d’une
RdRp structurale)
Ex : Reoviridae (10-18 seg.), Birnaviridae (2
seg.), Cystoviridae (3 seg.), Partitiviridae (2
seg., bipartite), Varicosavirus (2-3 seg.,
mutlipartite)
Positif Négatif Simple brin
Classe II (non enveloppés)
Circulaires
Ex : M13, fd, Geminiviridae
Linéaires
Ex : Parvoviridae (brin + ou -)
Classe IV (jamais
segmenté sauf
multipartites de
plantes) Ex : Picornaviridae,
Togaviridae,
Caliciviridae,
Tobamovirus,
Comoviridae
(bipartite)
Classe VI
(rétrovirus
– nécessité
d’une RT
structurale) Ex :
Retroviridae
(vertébrés, non
fragmentés,
diploïdes),
Pseudoviridae
(plantes),
Metaviridae
(invertébrés)
Classe V (nécessité d’une
RdRp structurale)
Fragmentés Ex : Orthomyxoviridae,
Arenaviridae
(ambisens),
Bunyaviridae,
Tenuiviridae
(tetrapartite)
Non fragmentés Ex : Mononégavirales
(Paramyxoviridae,
Rhabdoviridae…)
Classification de David Baltimore
(1975)
Classification simplifiée: virus à ADN
Classification simplifiée: virus à ARN
CLASSIFICATION DES VIRUS INTÉRESSANT L'HOMME (1)
IParvoviridaeNus monocaténaire
IPapovaviridae
I Adenoviridae
Nus
I + RTHepadnaviridae
IHerpesviridae
complexe Poxviridae
Enveloppés
bicaténaireADN
Particularités
Symétrie
FAMILLE GÉNOME
CLASSIFICATION DES VIRUS INTÉRESSANT L'HOMME (2)
I + T(10) ReoviridaeNus bicaténairesegmenté
H + T(3) Bunyaviridaeet segmenté
H + T(2) Arenaviridaemonocaténaire -
H + T(8) Orthomyxoviridae
H + TParamyxoviridae
H + TFiloviridaeet non segmenté
H + TRhabdoviridae
Enveloppés
monocaténaire -
ICaliciviridae
IPicornaviridaeNus
? + RTRetroviridae
HCoronaviridae
HTogaviridae
H Flaviviridae
Enveloppés
monocaténaire +
ARN
Particularités
SymétrieFAMILLE GÉNOME
virus respiratoire syncytialPneumovirus
virus de la rougeoleMorbillivirus
virus des oreillons
virus parainfluenzaeParamyxovirusHélicoïdale+ ARNParamyxoviridae
grippeV. influenza A,B,CHélicoïdale+ ARNOrthomyxoviridae
virus de l'hépatite B (HBV)Cubique+ ADNHepadnaviridae
B 19 (mégalérythème)
virus de NorwalkParvovirusCubique-ADNParvoviridae
inf. respiratoires , digestives
adénites, conjonctivitesAdenovirusCubique-ADNAdenoviridae
virus BK, virus JCPolyomavirus
verruesPapillomavirusCubique-ADNPapovaviridae
Herpesvirus types 6, 7, 8
(HHV)
Cytomégalovirus (CMV)
Epstein Barr (EBV)
Varicelle –Zona (VVZ)
Herpesvirus types 1 et 2
(HSV)
HerpesvirusCubique+ ADNHerpesviridae
variole, vaccineOrthopoxvirus?+ ADNPoxviridae
Espèces et pouvoirpathogène
GenresSymétrieEnveloppeAc. nucléiqueFamille
Virus pathogènes chez l’homme (1)
Virus pathogènes chez l’homme (2)
Espèces et pouvoirpathogène
GenresSymétrieEnveloppeAc. nucléiqueFamille
virus de la rubéoleRubivirus
encéphalitesAlphavirusArbovirus
virus de l'hépatite C (HCV)
virus de la fièvre jauneFlavivirusCubique+ ARNTogaviridae
virus EbolaArbovirus
virus MarburgHélicoïdale+ ARNFiloviridae
virus de la rageLyssavirusHélicoïdale+ ARNRhabdoviridae
gastro-entérites infantilesRotavirus
inf. respiratoires, digestivesOrthoreovirusCubique-ARNReoviridae
virus de l'hépatite E (HEV)
agent de NorwalkCubique-ARNCaliciviridae
rhumesRhinovirus
virus de l'hépatite A (HAV)
Enterovirus (68 – 71)
Echovirus (1 - 34)
Coxsackie virus (A et B)
poliovirus (1-3)EnterovirusCubique-ARNPicornaviridae
Espèces et pouvoirpathogène
GenresSymétrieEnveloppeAc. nucléiqueFamille
HTLV (lymphome)Oncornavirus
VIH (sida)Lentivirus?+ ARNRetroviridae
fièvresPhlebovirus
fièvre hémorrag. avec synd.
rénal
HantavirusArbovirus
fièvres hémorragiquesBunyavirusHélicoïdale+ ARNBunyaviridae
fièvre de LassaArbovirus
fièvres d'Amérique du SudArenavirusHélicoïdale+ ARNArenaviridae
inf. respiratoires et digestivesCoronavirusHélicoïdale+ARNCoronaviridae
Virus pathogènes chez l’homme (3)