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Présentation du livre « PubMed : soyez le maitre à bord »
01 Méthode • Prenez les commandes • Respectez le langage et la
grammaire
02 Impératifs • Oubliez les gadgets !• Fuyez comme la peste l’ATM !• Formulez dans la fenêtre !
03 Principes • Une équation sans affiliation n’a aucun sens
• Un mot clé sans champ, c’est n’importe quoi ou n’importe où
• Deux opérateurs différents justifient de mettre en place des parenthèses
Méthode
Méthode
Prenez les commandes
Naviguer n’est pas formuler
Les tutoriels, vidéos et autres copies d’écran disséminés sur le Web sont une aide à la navigation.
Mais vous n’avez nul besoin d’aide pour naviguer dans l’interface car votre objectif se limite à formuler une équation de recherche dans la fenêtre d’interrogation (facilement accessible).
Soyez le maître à bord est une méthode d’exploration de la banques de données PubMed.
Pour explorer PubMed vous devez repérer l’espace dans lequel vous formulerez votre équation de recherche.
Cet espace est UNIQUE : c’est la fenêtre d’interrogation située dans la page d’accueil.
Méthode
Respectez le langage et la grammaire
La grammaire
La grammaire de PubMed se résume à :- la combinaison (ou affiliation) entre un descripteur et un qualificatif;
- l’attribution d’un champ à chaque terme pour désigner sa nature ou sa localisation (seule l’affiliation en est dispensée).
- la liaison entre les membres de l’équation grâce aux opérateurs logiques (ou opérateurs booléens) AND, OR ou NOT.
Le langage
Le langage de PubMed est celui qui sert à INDEXER les articles.
Ce langage appartient à un thesaurus qui rassemble des termes (descripteurs) qui ont entre eux des relations hiérarchiques.
Conséquence : le thésaurus se présente sous la forme d’une arborescence de termes (v. page suivante une des branches de « l’arbre »).
Impératifs
Impératifs
Oubliez les gadgets !
Inutiles !
Oubliez les automates et les algorithmes.
Ils ne vous servent à rien.
Vous êtes plus aptes qu’eux à faire évoluer votre équation, car c’est vous :- qui analysez la page de résultat de votre première équation- et qui savez ce que vous
attendez de votre requête.
L’interface de PubMed ne manque ni de fonctions automatiques ni d’algorithmes.
La liste est longue.Par ordre décroissant de nuisance :• Automatic Term Mapping • Best Match• Clinical Queries• Similar Articles• Advanced Search Builder
Impératifs
Fuyez comme la peste l’ATM
L’ATM
L’ATM compare chaque membre de votre équation à des tables de correspondance (termes du thesaurus, auteurs, titres de périodique).
L’ATM est sollicité principalement quand vous formulez une équation « à la Google » (mots clés du langage courant séparés par des espaces).
L’automatic term mapping mouline votre équation et la transforme en bouillie.
Résultat de la moulinette : les champs « all fields » et les opérateurs « OR » constituent l’essentiel de la bouillie.
Conséquence : sensibilité+++ et tri+++
Impératifs
Formulez dans la fenêtre
Les automates sont partout…
… et plus particulièrement dans les fenêtres des fonctions automatiques de l’interface :- PubMed search Builder- Advanced search Builder- Clinical Queries
Inconvénient+++ : lorsque la fonction a été activée, il est difficile de corriger le contenu de la fenêtre.
Dans la fenêtre d’interrogation de PubMed, le formulation de l’équation est linéaire.
Tous les composants (membres de l’équation et agents de liaison) sont en ligne.
Avantage+++ : la nécessaire re-formulation de l’équation est simple à mettre en œuvre.
Principes
Principes
Une équation de recherche sans affiliation n’a aucun sens
Tout est dans l’index
L’index de chaque article référencé s’affiche en activant le lien MeSH Terms (sous le résumé de la notice au format abstract).
L’index fournit la liste :- des types de publication ;- des descripteurs en rapport avec le contenu de l’article;- des substances (en cas d’article « thérapeutique »).
Dans PubMed, 90% du contenu de l’index d’un article référencé est constitué de combinaisons entre un descripteur et un qualificatif (ou affiliation).
C’est la raison pour laquelle l’absence d’affiliation au cœur d’une équation de recherche n’a aucun sens.
Principes
Un mot-clé sans champ, c’est n’importe quoi ou n’importe où
Les champs indiquent
• La nature d’un mot clé: descripteur, auteur, langue de publication, titre de périodique, type de publication…
• ou sa localisation : mot du titre, mot du titre ou du résumé, mot de la notice.
Le champ suit le mot-clé sous sa forme abrégée placée entre crochets ([mh] ; [ti]…)
L’entrée d’un mot clé sans champ active l’automatic term mapping (ATM) et une recherche dans tous les champs (all fields).
Conséquences : sensibilité+++et tri +++
Seule l’affiliation entre un descripteur et un qualificatif n’a nul besoin d’un champ.
Principes
Deux opérateurs différents justifient la mise en place de parenthèses
Les opérateurs
Les opérateurs booléens (George Boole, mathématicien anglais du XIXe siècle) obéissent à certaines règles.
Peu utilisés dans les équations de recherche, les opéreteurs sont, en revanche, constamment présents dans les équations
de veille.
Quand un seul opérateur (AND, OR ou NOT) figure dans l’équation de recherche, aucune parenthèse n’est justifiée.
En revanche, quand 2 opérateurs différents figurent dans la même équation, vous devez placer des parenthèses aux bons endroits et seulement quand elles sont nécessaires.
Toutes les notions évoquées dans ce slidedoc sont largement développées (avec 50 exemples d’équations) dans le livre broché disponible sur Amazon (9,50 euros) à l’adresse
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