Ecologie des communautés et Génétique des populations de

Ecologie des communautés et Génétique des populations de 

rongeurs de DakarRésultats d’échantillonnage

Claire StragierVIA, Dakar

Journées rongeurs, 26 septembre 2016

Mieux connaitre les communautés et les populations de rongeurs en contexte urbain:

milieu urbain = milieu particulier qui est en plein expansionmais peu d’étude de génétique des pop. sur esp. commensales:

PratiqueConnaitre la répartition des espèces dans la ville + structure des pop.

Choix des Stratégie de contrôle des populations Implication sanitaire 

Différents réservoirs = différents pathogènesDiffusion des pathogènes zoonotiques  

Echelle ville

Echelle quartiers

Introduction

Théorique

1/13

La ville de Dakar, Sénégal

2/13

La ville de Dakar

XV ème siècle arrivéeDes navires Portugais 

1857, fondation de la ville de Dakar Par les Français

Villages de pêcheurs 

3/13

La ville de Dakar1,056 million hab. (2011 ONU)3 429 370 hab. (prévisions 2016)

Superficie  82, 38 km² 

19 communes d’arrondissements 

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La ville de Dakar1,056 million hab. (2011 ONU)3 429 370 hab. (prévisions 2016)

Superficie  82, 38 km² 

19 communes d’arrondissements 

Objectifs• Description des communautés de rongeurs 

• Décrire la dynamique des populations de rongeurs (génétique des populations)

• Screening parasitaire

Cricetomys gambianus Mus m. domesticus Rattus rattus Rattus norvegicus Crocidura sp.

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Etapes du projet 

ECHANTILLON‐NAGE

• Piégeage• Autopsies• Piégeage• Autopsies

Biologiemoléculaire 

• Extraction ADN à partir des pattes• Génotypage de 16 marqueurs microsatellites• Extraction ADN à partir des pattes• Génotypage de 16 marqueurs microsatellites

Génétique des 

populations

• Analyse du dynamisme des populations • Analyse du dynamisme des populations 

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Etapes du projet 

ECHANTILLON‐NAGE

• Piégeage• Autopsies• Piégeage• Autopsies

Biologiemoléculaire 

• Extraction ADN à partir des pattes• Génotypage de 16 marqueurs microsatellites• Extraction ADN à partir des pattes• Génotypage de 16 marqueurs microsatellites

Génétique des 

populations

• Analyse du dynamisme des populations • Analyse du dynamisme des populations 

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Quartiers échantillonnés

6 quartiers échantillonnésSacré cœur 2 (2014)Parc de HannPort 

Sacré cœur 2

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Quartiers échantillonnés

Sacré cœur 2

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Quartiers échantillonnés

Sacré cœur 2

8/13

Protocole d’échantillonnageRencontre avec le chef de quartier 

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Protocole d’échantillonnage1‐Rencontre avec le chef de quartier 

Pose des pièges (Nuit 1)50 paires / Nuit~30 lieux~300‐400 mètres

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Protocole d’échantillonnageRencontre avec le chef de quartier 

Pose des pièges (Nuit 1)50 paires / Nuit~30 lieux~300‐400 mètres

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Protocole d’échantillonnageRencontre avec le chef de quartier 

Pose des pièges (Nuit 1)50 paires / Nuit~30 lieux~300‐400 mètres

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Protocole d’échantillonnageRencontre avec le chef de quartier 

Pose des pièges (Nuit 1)50 paires / Nuit~30 lieux~300‐400 mètres

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Protocole d’échantillonnageRencontre avec le chef de quartier 

Pose des pièges (Nuit 1)50 paires / Nuit~30 lieux~300‐400 mètres

Captures + Ré‐appâtage

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Protocole d’échantillonnageRencontre avec le chef de quartier 

Pose des pièges (Nuit 1)50 paires / Nuit~30 lieux~300‐400 mètres

Captures + Ré‐appâtage

Autopsie et prélèvements

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Protocole d’échantillonnageRencontre avec le chef de quartier 

Pose des pièges (Nuit 1)50 paires / Nuit~30 lieux~300‐400 mètres

Captures + Ré‐appâtage

Autopsie et prélèvements

2 à 3 nuits de piégeage selon les effectifs  et espèces présentes9/13

Résultats d’échantillonnage

4 espèces de rongeurs identifiées + 1 musaraigne‐> Majorité d’espèces invasives 

Cricetomys gambianus M. m. domesticus Rattus rattus Rattus norvegicus Crocidura sp.

442 capturesRendement de captures 14% 

10/13

Ventes

1er trim.2e trim.

442 captures338 M. m. domesticu53 Rattus rattus27 Crocidura sp. 23 Cricetomys g.1 Rattus norvegicus

Sacré cœur 2

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Génétique des populations 

Espèce dominante M. m. domesticus

277 individus Mus mus. génotypés16  Marqueurs microsatellites 

Grand Dakar / Port / Ile de Gorée12/13

Prochaines étapes du projet 

• Terminer l’échantillonnage

• Analyses classiques de génétique des populations 

estimation diversité + différenciation génétique, isolement par la distance…

13/13

Remerciements 

Philippe GauthierAnne Loiseau

Carine BROUAT Laurent GRANJONJean‐Marc DUPLANTIERChristophe DIAGNEMbacké SEMBENE Khalilou BA 

Mamoudou DIALLOMamadou KANE Aliou SOW Nathalie SARR Youssoupha NIANG Arame Ndiaye

L’ensemble des chefs de quartierLes  autorités de Dakar:Responsable service d’hygièneMr NGOMMinistre de la santéAwa Marie COLL SECKDirecteur des eaux et forêtAbba SONKO 

Les habitants de Dakar

Yasmin BOUAITA

Nb maisons piégées

Nb pièges posés Nb nuits Rendement 

de capturesNb 

Captures Mus CRO Cricéto Rattusrattus

Rattusnorvegicus

Grand Dakar 25 291 3 0,18 51 34 2 2 12 0

Hann Pêcheur 22 242 2 0,26 64 59 1 4 0 0

Ngor 31 204 2 0,19 39 31 4 3 1 0

Ouakam 33 200 2 0,26 52 46 4 2 0 0Parc Hann 7 601 5 0,05 33 21 5 8 0 0

Plateau Faidherbe 30 296 3 0,16 47 41 0 2 4 0

Plateau Rebeuss 59 386 5 0,24 92 57 6 2 27 0

Yoff 31 212 2 0,17 36 31 5 0 0 0Port Pêche 9 346 3 0,03 11 5 0 0 5 1Port Sud  6 328 3 0,05 17 13 0 0 4 0

total 253 3106 3106 0,14 442 338 27 23 53 1sacré cœur 2 (2014)

X X X X 29 28 1 0 0 0