Étude de la diversité génétique intraspecifique Typer 25-30 individus non apparentés Marqueurs...

Étude de la diversité génétique intraspecifique

Typer 25-30 individus non apparentés

Marqueurs moléculaires

Représentation des génotypes dans un tableau (Exel)

Équilibre de Hardy-Weinberg

Mis en évidence en 1908 par G.h. Hardy et W. Weinberg

Les fréquences alléliques et genotypiques restent stable de génération en génération dans une population diploïde idéale

Condition de l’équilibre de Hardy-Weinberg

1. La population est panmictique : le choix du conjoint se fait de manière aléatoire

2. Tous les individus participant au processus de reproduction appartiennent à la

même génération

3. La population est isolée : aucun gène n'est introduit par des migrants extérieurs

4. La taille de la population est infinie

5. Il n'y a pas de mutation au locus considéré

6 Il n'y a pas de sélection agissant sur le locus considéré

Fréquence allélique F

pf A qfa

1 qp

Loi de Hardy-Weinberg:

Equilibre de la fréquence des allèles et des génotypes au cours des générations.

2ppp

Gamète 1

Gam

ète

2

2qqq pqqp

pqqp

A (p)

A (p)

a (q)

a (q)

AA Aa

Aa aa

Cas d’un locus bi-allélique

Fréquence génotypique2pf AA

pqpqpqf Aa 22qfaa p2+2pq+q2=1

l'axe horizontal indique les deux fréquences d'allèle p et q,

l'axe vertical indique la fréquence des génotypes les trois génotypes possibles sont représentés par des courbes différents

Prédiction des fréquences génotypiques de la génération t+1 à partir des fréquences alléliques de la génération t

Pour un système multiallèlique à n allèles la formule devient (p1 + p2 +… pn )2 = 1.

fAiAi = Pi2 fAiAj = PiPj

GENPOP (version 1.2) ( Raymond et Rousset 1995)

deux estimation de Fis(mesure l’écart à la panmixie à l’intérieur des populations):une basée sur le modèle de Weir et Cockerham’s (1984) et la deuxième sur le modèle de Robertson et Hill (1984)

Fis=1-Ho/HsFis=1-Ho/Hs

Test d’excès d’hétérozygotes

Ho: absence d’excès en hétérozygotes

H1: présence d’excès en hétérozygotes

Test de déficit en hétérozygotes

Ho: absence de déficit en hétérozygotes

H1: présence de déficit en hétérozygotes

Ho rejetéeValeur de Fis > P calculée H1

acceptée

Valeur de Fis < P calculée Ho acceptée

P est estimée utilisant la méthode des chaines de Markov (Guo et Thompson)

Dérive génétique

Pression sélective

Migration

Mutation

Fluctuation des fréquences géniques d’une génération à l’autre à l’intérieur d’une population fermée (à faible effectif)

diminution du taux d’hétérozygotes

Les individus n’ont pas la même probabilité de devenir reproducteurs et/ou n’ont pas, une fois reproducteur la même espérance de taille de descendance.

Evolution orientée des fréquences géniques

À sens unique

Echange entre deux populations

évolution rapide des fréquences géniques

Homogénéisation génétique

Le rythme d’évolution des fréquences est très lent

Sélection et la dérive génétique

Croisement consanguin Homogamie Biais d’échantillonnage, Biais d’enregistrement des généalogies Insémination artificiel Allèle nul Effet père