Appel à projets recherche collaboratifs Au titre du PO ... · Préambule FEDER programme Cavalbio 27-2-2018.doc 2/87 PREAMBULE Il est important de lire attentivement le document

FEDER programme Cavalbio 27-2-2018.doc 1/87

Appel à projets recherche collaboratifs Au titre du PO-FEDER de Guadeloupe 2014-2020

Pour les années 2018-2020

Formulaire du projet scientifique

Préambule


PREAMBULE Il est important de lire attentivement le document « Appel à projets recherche collaboratifs - règlement » avant de remplir le dossier de candidature. Les visas des responsables ayant pouvoir de contracter et d’engager juridiquement les organismes de recherche et autres partenaires sont indispensables. Recommandations de mise en page :

Format de la page : A4 ;

Utiliser la police suivante : Arial ;

Taille de police : 11 ;

Espacement interligne : simple ;

Marges côtés/haut/bas : 2 cm minimum ;

Numéroter les pages en pied de page ;

Inclure une table des matières.

Table des matières


Table des matières

A. Fiche de synthèse.............................................................................................................. 4 1. Inscription dans les DAS de la S3 .................................................................................. 4 2. Thématique scientifique du projet collaboratif ............................................................ 4 3. Partenariat .......................................................................................................................... 5 4. Résumé du projet ............................................................................................................. 5 5. Budget prévisionnel ......................................................................................................... 6 B. Projet complet................................................................................................................... 7 1. Partenariat .......................................................................................................................... 7 2. Contexte et approche scientifique ............................................................................... 14 3. Résultats et retombées ................................................................................................... 33 4. Exécution du projet ....................................................................................................... 36 5. Pilotage et suivi ............................................................................................................... 54 6. Consortium et moyens mobilisés ................................................................................. 58 C. Budget .............................................................................................................................. 64 1. Tableau synthétique ....................................................................................................... 64 D. Autres éléments .............................................................................................................. 65 1. Evaluation scientifique .................................................................................................. 65 2. Resumé du projet (en anglais) ...................................................................................... 66 3. Signatures des partenaires ............................................................................................. 67 4. Annexe 1 : références bibliographiques……………………………………… 70 5. Annexe 2 : Curriculum Vitae………………………………………………… 74

Fiche de synthèse


A. FICHE DE SYNTHESE

L’ensemble des éléments de la fiche de synthèse sera de nature non confidentielle et didactique. Il importe d’adopter un vocabulaire approprié pour un public prograhe. Ces éléments ont vocation à devenir publics, notamment lors de la délibération de la Commission Permanente du Conseil régional.

Date prévisionnelle de démarrage du projet

1/1/2018 Durée prévisionnelle (≤36 mois)

36 mois

Intitulé du projet Caractérisation et valorisation de la biodiversité végétale tropicale d’intérêt agronomique

Acronyme du projet CAVALBIO

1. INSCRIPTION DANS LES DAS DE LA S3

DAS 1 : valorisation de la diversité des ressources insulaires

DAS 2 : gestion et prévention des risques en milieu caribéen

DAS 3 : promotion des industries créatives

2. THEMATIQUE SCIENTIFIQUE DU PROJET COLLABORATIF

Agro-biodiversité

Maladies vectorielles

Changements climatiques

Risques géo-physiques et climatiques naturels

Santé humaine

Domaine scientifique Génétique, caractérisation de la biodiversité, qualité

Mots-clés (5 maximum) Diversité et reproduction sexuée, Adaptation et qualité, Tolérance aux maladies, Adoption des innovations.

Se référer au règlement concernant les sous-rubriques de chaque thématique scientifique.

Fiche de synthèse


3. PARTENARIAT

Organisme Contact au sein de l’organisme

1 CIRAD Dr. Raphael Morillon

2 INRA Dr. Dalila Petro

3 Université des Antilles Prof. Olivier Gros

4. RESUME DU PROJET

(Contexte, objectifs, méthodologie, programme de travail, partenaires impliqués, modalités de valorisation des résultats du projet collaboratif, 1 page maximum) L’agriculture est un secteur d’activités important pour la Guadeloupe dans un contexte caractérisé par un tissu socio-économique fragile, une dépendance importante aux importations et des enjeux de santé publique liés à une consommation insuffisante de produits frais. Les productions agricoles Guadeloupéennes sont fragilisées par (i) de multiples contraintes biotiques et abiotiques, (ii) le recours encore trop important à la lutte chimique et (iii) une faible diversité variétale aggravant l’impact des maladies émergentes et réduisant pour certaines espèces les périodes d’alimentation du marché des produits frais. La sélection variétale est une composante essentielle du développement d’une agriculture durable et performante. En sus des objectifs d’adaptation et de résistance aux maladies, d’insertion dans des systèmes agro écologiques, elle doit répondre aux attentes des consommateurs en termes de qualité et d’étalement des productions. L’objectif principal du projet Cavalbio est de contribuer au développement de filières igname et agrumes durables en Guadeloupe, et plus largement dans les Antilles Françaises, en s’appuyant sur des recherches cognitives et méthodologiques favorisant l’émergence de solutions variétales adaptées aux enjeux régionaux. Dans la première tranche de Cavabio, différentes stratégies d’amélioration ont été retenues afin de mobiliser la biodiversité des complexes d’espèces à partir desquelles ont été domestiquées les variétés modernes. Pour cela, il a été nécessaire de développer de nouvelles ressources biologiques et moléculaires, ouvrant la voie à une meilleure compréhension de l’hérédité et de la recombinaison sexuée chez les géniteurs d’origines inter(sub)spécifiques et souvent polyploïdes. Dans la seconde tranche de Cavabio, ces analyses génétiques couplées à l’acquisition de connaissances fines sur les déterminants physiologiques, biochimiques, et moléculaires de la variabilité des caractères utiles vont permettre d’identifier des idéotypes potentiellement plus adaptés à l’environnement de la zone Caraïbe. Enfin, ce travail sera complété par l’analyse de l’acceptation des innovations variétales ou techniques par les producteurs et les consommateurs. Cavalbio fédère les compétences scientifiques du CIRAD, de l’INRA et de l’Université des Antilles dans le domaine des Sciences du Végétal et est conduit en lien étroit avec les acteurs du développement. Il se situe en amont direct des plateformes de sélection de nouvelles variétés soutenues par le PDR permettant un transfert rapide des innovations variétales aux agriculteurs via les RITA.

Fiche de synthèse


5. BUDGET PREVISIONNEL

N° Participant

Coûts directs

de personnel

(1)

Autres coûts

directs

(2)

Coûts de

prestations

(3)

Apports en

nature

(4)

Coûts indirects

(=(1+2+4)*20%)

Coût total

éligible

Aide

publique

sollicitée

Taux

d'aide

(%)

Récupère la

TVA

1 CIRAD 1 368 513,00 € 93 897,00 € 115 680,00 € 0,00 € 292 482,00 € 1 870 572,00 € 1 496 457,60 € 80% O

2 INRA 175 957,99 € 41 266,00 € 42 000,00 € 332 281,28 € 109 901,05 € 701 406,32 € 369 125,04 € 53% O

3 UA/C3MAG 0,00 € 3 500,00 € 27 000,00 € 87 726,20 € 18 245,24 € 136 471,44 € 48 745,24 € 36% N

4 0,00 € 0,00 € 0,00 € 0,00 € 0,00 € 0,00 € 0,00 € #DIV/0! O/N

5 0,00 € 0,00 € 0,00 € 0,00 € 0,00 € 0,00 € 0,00 € #DIV/0! O/N

TOTAL 1 544 470,99 € 138 663,00 € 184 680,00 € 420 007,48 € 420 628,29 € 2 708 449,76 € 1 914 327,88 € 71%

Rajouter autant de lignes que nécessaire, ne pas oublier les formules

Projet complet


B. PROJET COMPLET

1. PARTENARIAT

a. PARTENAIRE 1, COORDINATEUR DU PARTENARIAT

(Celui qui imputera à son budget les dépenses relatives au poste du pilote opérationnel du projet)

Partenaire 1

Personne contact (pilote opérationnel du projet, responsable du WP2)

Nom MORILLON Prénom Raphaël

Titre Dr., HDR Genre F M

Téléphone (mobile) +590 (590) 38 61 62 Fax +590 (590) 38 61 62

Courriel [email protected]

Intitulé de l’organisme Centre de coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement

Acronyme de l’organisme

CIRAD

Département/Laboratoire/UMR

BIOS / UMR AGAP / Equipe SEAPAG

Statut Public Privé

Si organisme public EPST EPIC EPSCP

Autre (préciser) :

Ville Capesterre Belle-Eau

Site web http://www.cirad.fr/

Autres personnes impliquées dans l’exécution du projet

Nom/Prénom Grade (DR, IR, Maître de conférences, ….)

Rôle dans le projet

ARNAU, Gemma Dr. (WP1, WP3)

BURGAUD, Marty Ingénieur Gestion projet (WP6)

BOISNE-NOC, Rosiane Ingénieur Recherche agrumes (WP2, WP3)

BRAT, Pierre Dr., HDR Recherche agrumes (WP3)

BRUYERE, Saturnin Technicien Recherche agrumes (WP2, WP3)

CALVADOS, Omer Technicien Dispositifs Expérimentaux (WP3)

CARBEL, Martin Technicien Dispositifs Expérimentaux (WP2)

CARMEL, Sylvere Technicien Dispositifs Expérimentaux (WP2)

CORMIER, Fabien Dr. Responsable WP1 (activité WP2)

CORNET, Denis Dr. Responsable du WP1 ; Physiologie ignames (WP2, WP5)

COUPAN, Jean-Marie Technicien Dispositifs Expérimentaux (WP2)

GRAVILLON, Marie-Claire Technicien Recherche ignames (WP1)

mailto:[email protected]

Projet complet


MALEDON, Erick Technicien Recherche ignames (WP1, WP3)

OLLITRAULT, Patrick Dr., HDR Recherche agrumes (WP1 et WP3)

NAVIS, Patricia Technicien CIV igname (WP1)

NUDOL, Elie Technicien Recherche génétique ignames (WP2)

PRESSAT, Gersende Technicien Recherche agrumes (WP3)

SAPOTILLE, Jocelyne Technicien Recherche agrumes (WP2)

TEYCHENEY Pierre-Yves Dr., HDR Recherche ignames (WP4)

TOUBI, Lyonel Technicien Ressources biologiques et moléculaires (WP1)

Heuguet Benoît Technicien, VSC Recherche agrumes, tolérance HLB (WP3)

A recruter Technicien, VSC Assistant communication (WP6)

a. PARTENAIRE 2

Partenaire 2

Personne contact (responsable du WP3)

Nom Pétro Prénom Dalila

Titre Ing. Genre F M

Téléphone (mobile) +590 (590) 25 59 13 Fax +590 (590) 25 59 61


Intitulé de l’organisme Institut National de la Recherche Agronomique


INRA


BAP / ASTRO



Autre (préciser) :

Ville Petit Bourg

Site web http://antilles.inra.fr/




BAJAZET Thierry Assistant Ingénieur Instrumentation (WP2)

BANDOU Eric Technicien Analyses moléculaires (WP3)

BLAZY Jean-Marc CR Responsable du WP5, modélisation et analyse socio-économique

CAUSERET François Ingénieur Collecte et analyse de données (WP5)


Projet complet


CHEVRY-MARIE-MAGDELEINE Carine

Ingénieur Analyses biochimiques (WP2)

CINNA Jean-Pierre Assistant Ingénieur Expérimentation UE (WP2)

DESFONTAINES Lucienne

Ingénieur Analyses chimiques (WP2)

FEBRISSY Witney Technicienne Expérimentation (WP3)

FILS-LYCAON Bernard DR Pilote d’exécution du projet (WP6)

GELABALE Suzia Technicienne Production vitro-plants (WP3, 4)

GOMEZ Rose-Marie Technicienne Analyses moléculaires (WP4)

GUINDE Loïc Assistant Ingénieur Enquêtes et modélisation (WP5)

HAMMOUYA David Assistant Ingénieur Expérimentation UE (WP2)

IREP Jean-Luc Technicien Expérimentation UE (WP2)

LABIRIN David Technicien Expérimentation UE (WP2)

LANGE David Technicien Expérimentation (WP2)

LATOR José Technicien Expérimentation UE (WP2)

LEINSTER Jocelyne Technicienne Analyses chimiques (WP2)

RENAC Pierre Technicien Expérimentation (WP3)

TOURNEBIZE Régis Ingénieur Conception expérimentations (WP2)

UMBER Marie Ingénieur Responsable WP4, Virologue

a. PARTENAIRE 3

Partenaire 3

Personne contact

Nom GROS Prénom Olivier

Titre Professeur Genre F M

Téléphone (mobile) 0590 48 30 97 Fax 05 90 48 32 81


Intitulé de l’organisme Centre Commun de Caractérisation des Matériaux des Antilles et de la Guyane


C3MAG


Département de Biologie, FED 4132



Autre (préciser) : Université de Guadeloupe

Projet complet


Ville Pointe à Pitre

Site web https://c3mag.wordpress.com/publications/publications/




BERCION Yves Ingénieur d’étude Microscopies analytiques (WP3)

b. PARTENAIRE N

Tableau à dupliquer autant de fois que nécessaire par partenaire Dans le cas de laboratoires de l’université, chaque laboratoire doit être présenté dans un tableau.

c. PUBLICATIONS ET REFERENCES DES PARTENAIRES

Lister les 5 publications scientifiques les plus récentes et pertinentes au regard du présent projet1

Partenaire 1 CIRAD

Morillon Raphaël

1. Oliveira TM, Ben Yahmed J, Dutra J, Maserti BE, Talon M, Navarro L, Ollitraut P, Gesteira A, Morillon R. (2017) Better tolerance to water deficit in doubled diploid ‘Carrizo citrange’ compared to diploid seedlings is associated with more limited water consumption and better H2O2 scavenging. Acta Physiologia Plantarum 39: 204. 2. Oustrica J, Morillon R, Luro F, Herbette S, Lourkistia R, Giannettinia J, Berti L, Santini J. (2017) Tetraploid Carrizo citrange rootstock (Citrus sinensis Osb. × Poncirus trifoliata L. Raf.) enhances natural chilling stress tolerance of common clementine (Citrus clementina Hort. ex Tan). Journal of Plant Physiology 214: 108–115 3. Dutra de Souza J, de Andrade Silva EM, Coelho Filho MA, Morillon R, Bonatto D, Micheli F, da Silva Gesteira A. (2017) Different adaptation strategies of two citrus scion/rootstock combinations in response to drought stress. PLoS One. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0177993. 4. Ruiz M, Quiñones A, Martínez-Alcántara B, Aleza P, Morillon R, Navarro L, Primo-Millo E, Martínez-Cuenca M-R (2016). Tetraploidy enhances boron-excess tolerance in Carrizo Citrange (Citrus sinensis L. Osb. x Poncirus trifoliata L. Raf.) Front. Plant Sci. http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2016.00701 5. Allario T, Brumos J, Colmenero-Flores JM, Iglesias DJ, Pina JA, Navarro L, Talon M, Ollitrault P, Morillon R. (2013) Tetraploid Rangpur lime rootstock increases drought tolerance via enhanced constitutive root abscisic acid production. Plant Cell Environ. 36: 856-68.

Ollitrault Patrick

1. Wu GA, Terol JF., Ibáñez V, López-García A, Pérez-Román E, Borredá C, Domingo C, Tadeo F, Carbonell-Caballero J, Alonso R, Curk F, Du D, Ollitrault P, Roose ML., Dopazo J, Gmitter FG., Rokhsar DS., Talon M. (2018). Genomics of the origin and evolution of Citrus. 2018. Nature, 20 p. https://doi.org/10.1038/nature25447 2. Oueslati A, Salhi-Hannachi A, Luro F, Vignes H, Mournet P, Ollitrault P. (2017). Genotyping by sequencing reveals the interspecific C. maxima / C. reticulata admixture along the genomes of modern citrus varieties of mandarins, tangors, tangelos, orangelos and grapefruits. 2017. PLoS One, 12 (10), e0185618 (22 p.) 3. Rouiss H, Bakry F, Froelicher Y, Navarro L, Aleza P, Ollitrault P. (2017). Origin of C. latifolia and C. aurantiifolia triploid limes: The preferential disomic inheritance of doubled-diploid 'Mexican' lime is consistent with an interploid hybridization hypothesis. Annals of Botany, 15 p. https://doi.org/10.1093/aob/mcx179 4. Aleza P, Cuenca J, Juarez J, Navarro L, Ollitrault P. (2016). Inheritance in doubled-diploid clementine and comparative study with SDR unreduced gametes of diploid clementine. Plant Cell Reports, 35 (8): 1573-1586. http://dx.doi.org/10.1007/s00299-016-1972-4 5. Curk F, Ollitrault F, Garcia-Lor A, Luro F, Navarro L, Ollitrault P. (2016). Phylogenetic origin of limes and lemons revealed by cytoplasmic and nuclear markers. Annals of Botany, 117 (4): 565-583. http://dx.doi.org/10.1093/aob/mcw005

https://c3mag.wordpress.com/publications/publications/

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0177993

http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2016.00701

https://doi.org/10.1038/nature25447

https://doi.org/10.1093/aob/mcx179

http://dx.doi.org/10.1007/s00299-016-1972-4

http://dx.doi.org/10.1007/s00299-016-1972-4

http://dx.doi.org/10.1093/aob/mcw005

Projet complet


Arnau Gemma

1. Arnau G, Bhattacharjee P, MN Sheela, Chaïr H, Malapa R, Lebot V, K. Abraham, Perrier X, Petro D, Penet L, Pavis C. (2017). Understanding the genetic diversity and population structure of yam (Dioscorea alata L.) using microsatellite markers. PLoS ONE, 12(3): e0174150. 2. Sheela M.N., Abhilash P.V., Asha K.I., Arnau G. (2016). Genetic diversity analysis in greater yam (Dioscorea alata L.) native to India using morphological and molecular markers. Acta Horticulturae ISHS, 1118. 3. Arnau G, Maledon E, Nudol E, Gravillon M.C. (2016). Progress and challenges in genetic improvement of yam (Dioscorea alata L.). In: World Congress on Root and Tuber Crops. 18-22 January 2016, Nanning, Chine. 4. Némorin A., David J., Maledon E., Nudol E., Dalon J., Arnau G. (2013). Microsatellite and flow cytometry analysis to help understand the origin of Dioscorea alata polyploids. Annals of Botany, 112 (5): 811-819. 5. Abraham K., Némorin A., Lebot V., Arnau G. (2013). Meiosis and sexual fertility of autotetraploid clones of greater yam Dioscorea alata L. Genetic resources and crop evolution, 60 (3): 819-823.

Cormier Fabien

1. Cormier F, Foulkes J, Hirel B, Gouache D, Moënne-Loccoz Y, Le Gouis J (2015) Breeding for increased Nitrogen Use Efficiency: a review for wheat (T. aestivum L.). Plant Breeding 135:255-278 2. Cormier F, Throude M, Ravel C, Le Gouis J, Leveugle M, Lafarge

S, Exbrayat F, Duranton N, Praud S (2015) Detection of NAM-A1 Natural Variants in Bread Wheat Reveals Differences in Haplotype Distribution between a Worldwide Core Collection and European Elite Germplasm. Agronomy 5:143-151. 3. Cormier F, Le Gouis J, Dubreuil P, Lafarge S, Praud S (2014) A genome-wide identification of chromosomal regions determining nitrogen use efficiency components in wheat (Triticum aestivum L.). Theor Appl Genet 127: 2679-2693 4. Cormier F, Faure S, Dubreuil P, Heumez E, Beauchêne K, et al. (2013) A multi-environmental study of recent breeding progress on nitrogen use efficiency in wheat (Triticum eastivum L.). Theor Appl Genet 126:3035-3048

Cornet Denis

1. Hongbete F., Mestres C., Akissoé N.H., Pons B., Hounhouigan J.D., Cornet D., Mathurin N.C. 2011. Effects of cultivar and harvesting conditions (age, season) on the texture and taste of boiled cassava roots. Food chemistry, 126(1): 127-133. 2. Marcos J., Cornet D., Bussière F., Sierra J. 2011. Water yam (Dioscorea alata L.) growth and yield as affected by the planting date: Experiment and modelling. European Journal of Agronomy, 34: 247-256. 3. Srivastava A.K., Gaiser T., Cornet D., Ewert F. 2012. Estimation of effective fallow availability for the prediction of yam productivity at the regional scale using model-based multiple scenario analysis. Field Crops Research, 131: 32-39. 4. Cornet D., Sierra J., Tournebize R., Ney B. 2014. Yams (Dioscorea spp.) plant size hierarchy and yield variability: Emergence time is critical. European Journal of Agronomy, 55: 100-107. 5. Cornet D., Sierra J., Tournebize R. 2015. Assessing allometric models to predict vegetative growth of yams in different environments. Agronomy Journal, 107(1): 1-8.

Teycheney Pierre-Yves

1. Acina Mambole I., Bonheur L., Svanella Dumas L., Filloux D., Gomez R.M., Faure C., Lange D., Anzala F., Pavis C., Marais A., Roumagnac P., Candresse T., Teycheney P.Y. (2014). Molecular characterization of Yam virus X, a new Potexvirus infecting yams (Dioscorea spp) and evidence for the existence of at least three distinct Potexvirus species infecting yams. Arch. Virol 159: 3421-3426 2. Geering A.D.W., Maumus F., Copetti D., Choisne N., Zwicki D., Zytnicki M., McTaggart A.R, Scalabrin S., Vezzulli S., Wing R.A., Quesneville H., Teycheney P.-Y. (2014). Endogenous florendoviral elements are major components of plant genomes and molecular fossils of reverse-transcribing viruses with unique and variable genome organizations. Nature Communications 5: 5269 3. Umber M., Pichaut J.P., Laboureau N., Janzac B., Farinas B., Plaisir Pineau K., Pressat G., Baurens F.-C., Chabannes M., Duroy P.-O., Guiougiou C., Delos J.-M., Jenny C., Iskra-Caruana M.L., Salmon F., Teycheney P.Y. (2016) Marker-assisted breeding of Musa balbisiana genitors devoid of infectious endogenous Banana streak virus sequences. Mol. breeding 36: 1-11 4. Umber M., Gomez R.M., Gelabale S., Lange D., Bonheur L.,

Projet complet


Pavis C., Teycheney P.Y. (2017) Dioscorea bacilliform TR virus, a member of the genus Badnavirus infecting Dioscorea spp., shed light on endogenous Dioscorea bacilliform viruses. Arch. Virol. 162: 517-521 5. Diop S, Geering ADW, Alfama-Depauw F, Loarec M, Teycheney P.-Y, Maumus F (2018) Tracheophyte genomes keep track of the deep evolution of the Caulimoviridae. Scientific Reports 8: 572.

Pierre Brat

1. Brat P., Lechaudel M., Segret L., Morillon R., Hubert O., Gros O.,

Lambert F., Benoit S., Bugaud C., Salmon F. 2016. Post-harvest banana peel splitting as a function of relative humidity storage conditions. Acta Physiologiae Plantarum, 38 (10) : e234 (16 p.). http://dx.doi.org/10.1007/s11738-016-2253-0 2.Berlinet C., Brat P., Ducruet V. 2008. Quality of orange juice in barrier packaging material. Packaging Technology and Science, 21 (5): p. 279-286. http://dx.doi.org/10.1002/pts.802 3. Berlinet C., Brat P., Brillouet J.M., Ducruet V. 2006. Ascorbic acid, aroma compounds and browning of orange juices related to PET packaging materials and pH. Journal of the Science of Food and Agriculture, 86 (13): p. 2206-2212. http://dx.doi.org/10.1002/jsfa.2597 4. Brat P., Rega B., Alter P., Reynes M., Brillouet J.M. 2003. Distribution of volatile compounds in the pulp, cloud and serum of freshly squeezed orange juice. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 51: p. 3442-3447. http://dx.doi.org/10.1021/jf026226y

Partenaire 2 INRA

Pétro Dalila

1. Pétro D., Onyeka T. J., Etienne S. & Rubens S. (2011). An intraspecific genetic map of water yam (Dioscorea alata L.) based on AFLP markers and QTL analysis for anthracnose resistance. Euphytica, 179, 405-416. 2. Pétro D., Kouassi A., Onyeka T. J., Etienne S., Lafortune D. & Guyader S. (2013). Yam anthracnose resistance in Dioscorea alata L. – Genetic mapping and QTL analysis. Oral presentation. Yams-2013: first global conference on yam, Accra, Ghana. 3. Penet L., Guyader S., Pétro D., Salles M. & Bussière F. (2014). Direct splash dispersal prevails over indirect and subsequent spread during rains in Colletotrichum gloeosporioides infecting yams. PLoS ONE 9(12): e115757. doi: 10.1371/journal.pone.0115757. 4. Njoh Ellong E., Billard C., Pétro D., Adenet S. & Rochefort K. (2015). Physicochemical, nutritional and sensorial qualities of Boutou yam (Dioscorea alata) varieties. Journal of Experimental Biology and Agricultural Sciences, 3, 138-150. 5. Laurent Penet., Denis Cornet, Jean-Marc Blazy, Angela Alleyne, Emilie Barthe, François Bussière, Sébastien Guyader, Claudie Pavis and Dalila Pétro (2016). Varietal dynamics and yam agro-diversity demonstrate complex trajectories intersecting farmers’ strategies, networks, and disease experience. Frontiers in Plant Science, 7. doi : 10.3389 1962

Umber Marie

1. Umber M., Filloux D., Muller E., Laboureau N., Galzi S., Roumagnac P., Iskra-Caruana M.Y., Pavis C., Teycheney P.Y., Seal S. (2014) The genome of African yam (Dioscorea cayenensis-rotundata complex) hosts endogenous sequences from four distinct badnavirus species. Mol. Plant Pathol. 15: 790-801 2. Umber M., Gomez R.M., Gelabale S., Lange D., Bonheur L., Pavis C., Teycheney P.Y. (2016) Dioscorea bacilliform TR virus, a member of the genus Badnavirus infecting Dioscorea spp., shed light on endogenous Dioscorea bacilliform viruses. Arch. Virol. 162: 517-521 3. Umber M., Pichaut J.P., Laboureau N., Janzac B., Farinas B., Plaisir Pineau K., Pressat G., Baurens F.-C., Chabannes M., Duroy P.-O., Guiougiou C., Delos J.-M., Jenny C., Iskra-Caruana M.L., Salmon F., Teycheney P.Y. (2016) Marker-assisted breeding of Musa balbisiana genitors devoid of infectious endogenous Banana streak virus sequences. Mol. Breeding 36: 1-11

Blazy Jean-Marc

1. Paul, J., Sierra, J., Causeret, F., Guindé, L., Blazy, JM., 2017. Factors affecting the adoption of compost use by farmers in small tropical Caribbean islands. Journal of Cleaner Production 142, 2017. 1387-1396 2. Penet L, Cornet D, Blazy, JM., Alleyne A, Barthe E, Bussière F, Guyader S, Pavis C and Pétro D, 2016. Varietal Dynamics and Yam Agro-Diversity Demonstrate Complex Trajectories Intersecting Farmers’ Strategies, Networks, and Disease Experience. Front. Plant Sci. 7:1962. doi: 10.3389/fpls.2016.01962 3. Penet, L., Barthe, E., Alleyne, A., Blazy, JM., 2016. Disease risk perception and diversity of management strategies by farmers: The case of anthracnose caused by Colletotrichum gloeosporioides on water yams (Dioscorea alata) in Guadeloupe. Crop Protection 88, 7-

http://dx.doi.org/10.1007/s11738-016-2253-0

http://dx.doi.org/10.1002/pts.802

http://dx.doi.org/10.1002/jsfa.2597

http://dx.doi.org/10.1021/jf026226y

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17 4. Barlagne, C., Cornet, D., Blazy, JM., Diman, JL., Ozier-Lafontaine, H., 2016. Consumers’ preferences for fresh yam: a focus group study. Food Science & Nutrition, in press. DOI: 10.1002/fsn3.364 5. Barlagne, C., Bazoche, P., Thomas, A., Ozier-Lafontaine, H., Causeret, F., Blazy, JM., 2015. Promoting local foods in small states: the role of information policies. Food Policy 57, 62-72.

Partenaire 3 Univ. des Antilles

Gros Olivier

1. Grimonprez A., Laurent M.C.Z., Molza A., Mansot J-L, and Gros O. (2018). Thioautotrophic ectosymbiosis in Pseudovorticella sp., a Peritrich ciliate species colonizing wood falls in marine mangrove. European Journal of Protistology. 62: 43-5-65. 2. Gros O. (2017). First description of a new uncultured epsilon sulfur bacterium colonizing marine mangrove sediment in the Caribbean: candidatus Thiovulum karukerense. FEMS Microbiol Letters, 364(18): DOI:10.1093/femsle/fnx172 3. Segret L., Hubert O., Morillon R., Lechaudel M., Gros O., Salmon F., Benoit S., and Brat P. (2016). Post-harvest banana peel splitting as a function of relative humidity storage conditions. Acta Physiologiae Plantarum. 38: 234-250. 4. Volland J-M, Lechaire J-P., Frebourg G., Aldana Aranda D., Ramdine G., and Gros O. (2012). Are spherocrystals located in Strombidae digestive gland implied in detoxification of trace-metals: insight of EDX analysis and EFTEM? Microscopy Research and Technique. 75(4): 425-432. 5. Moumène A., Marcelino I., Ventosa M., Gros O., Lefrançois T., Vachiéry N., Meyer D.F., and Coelho A.V. (2015). Proteomic profiling of the outer membrane fraction of the obligate intracellular bacterial pathogen Ehrlichia ruminantium. PLoS ONE 10(2): e0116758. doi: 0.1371/journal.pone.0116758.g001.

Bercion Yves

1. Molza A., Mansot J.-L., Bercion Y., Begarin F. 2014. Investigation of friction wear process in the presence of exfoliated graphite nanoparticles using correlative in situ Raman micro spectrometry and post-mortem raman, analytical scanning and transmission electron microscopies. Microscopy and Microanalysis, 20 (3), pp. 1014-1015

1 Il s’agit de fournir les références de la publication scientifique, ce n’est pas un CV 2 Insérer une ligne pour chaque personne valablement impliquée dans le projet

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2. CONTEXTE ET APPROCHE SCIENTIFIQUE

(Max 5 pages) Dans la mesure où il nous est demandé plus bas de reprendre l’exposé du contexte du projet et l’état de l’art (avec bien sûr des mises à jour) présenté lors du dépôt de la tranche 1, il n’a pas été possible de réduire cette section à 5 pages.

a. OBJECTIFS DU PROJET

- Décrire les objectifs généraux et spécifiques du projet, ils doivent être clairs, mesurables, réalistes et réalisables durant la durée du projet Objectifs généraux : L’objectif du projet Cavalbio est de contribuer au développement d’une agriculture durable en Guadeloupe, et plus largement dans les Antilles Françaises, en s’appuyant sur des recherches cognitives et méthodologiques pouvant favoriser l’émergence de solutions variétales répondant aux principales contraintes des filières ignames et agrumes. Pour les ignames l’adaptation à des systèmes de production « bas intrants », la résistance à l’anthracnose, la qualité et la productivité sont les cibles majeures. Pour les agrumes l’adaptation aux contraintes biotiques et abiotiques et en particulier au HLB sont des objectifs centraux tout en cherchant à améliorer la qualité des produits et l’étalement des productions. Objectifs spécifiques : O1 Ressources moléculaires Chez l’Igname, les données génotypiques acquises dans la première tranche du projet seront consolidées et complétées par des données de re-sequençage complet et des données de séquence capture sur des gènes « candidats ». A partir de ces données, notre capacité à relier génotype et phénotype sera mesurée par des approches de simulation. La diversité des gènes « candidats » sera aussi analysée. Chez les agrumes, les données de reséquençage issues du projet France génomique Dynamo seront exploitées afin d’inférer les haplotypes gène à gène pour les parents des hybrides créés en Guadeloupe et de constituer une base de données. L’analyse de la diversité fonctionnelle in silico de ces séquences haplotypiques sera conduite pour les gènes candidats identifiés dans les régions génomiques révélés par les analyses QTLs. Un pipe-line d’inférence génotypique, à partir de données GBS, sur populations polyploïdes (populations 3x et 4x) prenant en compte les doses alléliques sera développé. O2 Acquisition de connaissances sur la méiose des génomes complexes Ces connaissances basées sur l’analyse des ségrégations de marqueurs moléculaires permettront d’optimiser la gestion de la ploïdie et de l’hétérozygotie dans les schémas de création / sélection de variétés polyploïdes et d’améliorer les modèles d’analyse des associations entre polymorphisme moléculaire et phénotypique.

Sur agrumes, l’impact de l’interspecificité sur les écarts au mendélisme (distorsions de ségrégation, recombinaison) sera étudié sur les populations recombinantes tétraploïdes destinées à la sélection de porte-greffes à partir de données GBS (également utilisées pour des analyses QTLs). Les structures phylogénomiques des hybrides 4x en résultant seront caractérisées.

Sur ignames, les mécanismes à l’origine de la formation des 2n gamètes seront étudiés et seront reliés à la dynamique de la diversité.

O3 Acquisition de connaissances sur les déterminants génétiques, physiologiques et moléculaires de caractères clefs ciblés par l’innovation variétale pour répondre aux grands enjeux des productions dans les Antilles Françaises Ces différentes études ont été initiées au cours de la première tranche de Cavalbio. Elles associent diverses disciplines et approches autour de mêmes cibles et visent à terme à

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établir des critères biologiques et/ou moléculaires permettant d’améliorer l’efficacité de la sélection. Les connaissances acquises feront l’objet de publications. Sur la période 2018 -2020 les études concerneront :

Les déterminismes génétiques du sexe chez l’igname.

Les caractères de qualité : une caractérisation de la couleur et du brunissement de la chair sera réalisée sur une collection de référence d’ignames dans un contexte multi-environnement. Chez les agrumes, les rendements et la qualité des fruits seront évalués au sein de la population de limetiers triploïdes générée dans le cadre de la première tranche de Cavalbio.

Les caractères du développement et de l’adaptation : des méthodes de phénotypage basées sur l’analyse d’images seront décrites et calibrées afin de caractériser l’adaptation aux systèmes de culture à bas intrants chez l’igname. La variabilité de ces traits sera reliée au polymorphisme génétique. Chez les agrumes, la caractérisation des propriétés de tolérance au déficit hydrique des polyploïdes sera poursuivie notamment par la caractérisation génotypique et phénotypique de la population d’hybrides de porte-greffes tétraploïdes générée dans le cadre de la première tranche de Cavalbio.

La résistance / tolérance aux maladies : des analyses metaQTLs sur populations recombinantes associant données GBS et phénotypage en inoculations contrôlées seront conduites pour l’anthracnose de l’igname. Pour les agrumes, nous allons poursuivre l’analyse des perturbations physiologiques liées au HLB.

O4 Acquisition de connaissances sur les séquences virales endogènes eDBV dans les ressources Dioscorea L’analyse de la structure complexe des insertions de badnavirus chez l’igname africaine D. cayenensis-rotundata sera poursuivie et des outils moléculaires de caractérisation de ces eDBV seront mis au point afin d’évaluer le risque qu’elles constituent pour les ressources génétiques ignames conservées par le CRB-PT. O5 Valorisations économiques des innovations Cet objectif est décliné sur les ignames en 3 sous-objectifs complémentaires ci-dessous. Les agrumes sont concernés par les deux derniers sous-objectifs, compte-tenu du fait que le choix des variétés a été fait en amont avec les producteurs.

Evaluer les besoins (demande potentielle) en termes de plants de qualité et les préférences des agriculteurs compte tenu de l’importance de la culture dans leurs systèmes de production, des modes de culture pratiqués et des circuits de commercialisation empruntés.

Evaluer les différentes modalités d’adhésion à un schéma de multiplication-diffusion de plants sains par les agriculteurs : préférences pour différentes formes ainsi que les conditions optimales de cette adhésion pour les producteurs d’ignames et d’agrumes (coût des plants selon leurs modes de diffusion, formes de contractualisation possibles avec les opérateurs de la filière, types d’aide de politiques publiques mobilisables, possibilités de labellisation des plants, suivi technique des variétés diffusées).

Evaluer les retombées économiques potentielles à l’échelle du territoire à partir de scénarios simulés avec le modèle MOSAICA qui permet d’optimiser la satisfaction de la demande par l’offre d’un package d’innovations.

Dans le cas d’une 2nd tranche, reprendre l’exposé présenté lors du dépôt de la tranche 1

b. CONTEXTE

- Préciser l’apport de votre projet au regard du contexte (scientifique, technique, socio-économique) actuel, en rappelant ce dernier : Contexte et contenu scientifique a- Contexte, finalité du projet : Les stratégies d’amélioration variétale des ignames et des agrumes développées par les

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équipes du CIRAD et de l’INRA reposent sur une large mobilisation de la diversité des complexes d’espèce par amélioration conventionnelle et conduisent à travailler à différents niveaux de ploïdie. Pour ces deux espèces, la multiplication végétative permet de fixer et propager de manière conforme tout génotype élite, quelle que soit la complexité de ses structures génomiques. Durant la seconde tranche du Feder (2018-2020), Cavalbio explorera plus largement le potentiel de l’agrobiodiversité dans une perspective de systèmes de production plus diversifiés en termes d’espèces et de gammes variétales. Cette diversification des cultures a été identifiée comme incontournable pour les Antilles françaises pour répondre aux enjeux d’autosuffisance alimentaire et d’alimentation plus équilibrée. Stratégie d’amélioration des Ignames : les cultivars d’ignames actuellement exploités par les producteurs antillais sont essentiellement des variétés diploïdes (2n=2x=40 chromosomes) relativement anciennes (propagation végétative). La stratégie d’innovation variétale développée ces dernières années par le CIRAD est fondée sur la production de variétés polyploïdes, de type triploïde (2n=3x=60 chromosomes) ou tétraploïde (2n=4x=80 chromosomes). En effet, des études récentes ont mis en évidence que chez l’igname l’augmentation du niveau de ploïdie est corrélée à une augmentation de la vigueur (meilleure couverture du billon limitant l’usage des herbicides), à des rendements plus élevés et plus stables et à une augmentation de la tolérance à l’anthracnose causée par le champignon Colletotrichum glosporoïdes (Malapa et al. 2005 ; Lebot 2009 ; Arnau et al. 2010). Cette supériorité agronomique est attribuable à une plus grande diversité allélique intra-locus des génotypes polyploïdes et des phénomènes d’hétérosis. La pertinence de cette approche innovante de création variétale fondée sur une élévation du niveau de ploïdie est déjà confirmée par les résultats prometteurs obtenus dans le cadre de la première tranche de Cavalbio. En 2013, plusieurs nouveaux hybrides tétraploïdes produits par le CIRAD sont testés sur la Plateforme de Sélection (projet RITA Eva-transfert) en collaboration avec les partenaires du développement et la profession et sont en phase finale de validation (variétés CIRAD 4x-242, CIRAD 4x-431, CIRAD 4x-438 et CIRAD 4x-105). Les objectifs principaux sont la résistance à l’anthracnose, le rendement, la qualité du tubercule et l’adaptation à des systèmes de production bas intrants. Stratégies d’amélioration des Agrumes : la majorité des cultivars d’agrumes sont diploïdes, l’exception la plus connue étant la lime triploïde sans pépins de type Tahiti. Toutefois, au niveau international de nombreux projets récents se focalisent sur la création de petits agrumes (type mandarine) au niveau triploïde pour produire des fruits sans pépins de qualité élevée (Ollitrault et al., 2008 ; Aleza et al., 2010, 2012). L’amélioration des porte-greffes s’oriente également de plus en plus vers la création de porte-greffes tétraploïdes que ce soit par hybridation somatique (Grosser and Gmitter, 2011 ; Dambier et al, 2011), par sélection de diploïdes doublés spontanés (Aleza et al, 2011) ou par hybridation sexuée au niveau tétraploïde (Grosser and Gmitter., 2011). En effet, le CIRAD a montré que la tétraploïdie conférait un avantage adaptatif pour certaines contraintes abiotiques comme le déficit hydrique (Allario et al., 2013, Oliveria et al., 2017) ou au froid (Oustric et al., 2017). De moindres sensibilités au phytophthora et aux nématodes ont également été observées. Les équipes Floridiennes ont déjà sélectionné différents porte-greffes tétraploïdes apportant une meilleure tolérance à des arbres infectés par le Huanglongbing (Grosser et al., 2012). Les résultats récents de phylogénomique (Wu et al., 2014 ; Curk et al. 2015) ont révélé l’origine et les structures génomiques interspécifiques des principaux groupes cultivés modernes (orangers, pomelos, citronniers, limettiers) issus de la combinaison de quatre taxons ancestraux (C. reticulata, les mandariniers ; C. maxima, les pamplemoussiers ; C. medica, les cédratiers et C. micrantha). Ces résultats permettent d’envisager de recréer ces grands idéotypes à partir du germoplasme des taxons ancestraux en introgressant les caractères de résistance, d’adaptation ou de phénologie recherchés. C’est en particulier la nouvelle approche mise en place par le CIRAD pour améliorer les limettiers triploïdes (type lime

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Tahiti). Cette espèce présente en effet des teneurs élevées en furanocoumarines. Ces molécules présentent des problèmes de santé tel des phytophotodermatoses après contact avec la peau (Wagner et al., 2012) ou ingestion (Calka et al., 2005). De plus, elles accroissent la biodisponibilité de certains médicaments par l’inhibition du cytochrome P450 conduisant à des surdosages des traitements (Messer et al., 2012). Pour les enjeux des Antilles, les projets d’innovation conduits en Guadeloupe concernent : (i) la recherche de porte-greffes tétraploïdes résistants à la Tristeza, tolérants au déficit hydrique et conférant une meilleure tolérance au Huanglongbing. (ii) la diversification des limettiers triploïdes pour étaler la production et réduire les teneurs en furanocoumarines. L’innovation variétale des espèces faisant l’objet de projets pour les filières des Antilles Françaises rencontre diverses contraintes résultant de leurs caractéristiques biologiques et génétiques et de la création d’idéotypes triploïdes ou tétraploïdes à partir de ressources génétiques essentiellement diploïdes. L’interspécificité et la polyploïdie complexifient fortement l’hérédité des caractères et donc la planification des schémas d’amélioration. La présence de séquences virales intégrées au génome pouvant être activées par l’hybridation sexuée constitue un risque qu’il convient de gérer. Les connaissances des déterminants génétiques, physiologiques et moléculaires de la majorité des caractères cibles des projets d’innovation restent très limitées. Enfin la construction d’idéotypes requiert une sélection multicritère nécessitant la mobilisation d’importantes surfaces d’expérimentations sur plusieurs années. Le développement d’outils moléculaires ou de critères de sélection précoce est ainsi une priorité majeure pour ces plantes. Enfin l’adéquation des innovations à l’attente sociétale et leur transfert efficace requièrent l’acquisition de connaissances relevant de la socio-économie. Tous ces verrous ou freins à l’exploitation efficace de la diversité des complexes d’espèces considérés fondent la programmation scientifique de Cavalbio à l’échéance 2020. L’état de l’art et la finalité des différents axes du projet sont détaillés ci-dessous. b - Etat de l’art Ressources biologiques innovantes : les méthodes de doublements chromosomiques, d’hybridations interspécifiques entre géniteurs de ploïdie différentes sont maitrisées pour les deux espèces concernées. Au cours de la première tranche de Cavalbio différentes populations ont pu être générées à l’échéance 2017 : Agrumes :

Deux populations d’hybrides tétraploïdes d’agrumes, destinées à la sélection de porte-greffes adaptés aux multiples contraintes de la Guadeloupe, ont été créés durant la première tranche de Cavalbio : Volkameriana x Citrumelo 4475 (124 hybrides) et Volkameriana x Citrandarin Cléopatre x Poncirus (75 hybrides).

Une population de 190 hybrides triploïdes de limettier a également été créée dans le cadre de Cavalbio sur la base d’une stratégie de reconstruction d’idéotype originale, basée sur la phylogénomie (Rouiss et al., 2018 ; Ollitrault et al., 2018).

Ces populations ont été à l’échéance 2017 supports d’études sur la méiose des polyploïdes. Sur la période 2018-2020 elles permettront d’étudier le contrôle génétique de caractères utiles. Ignames :

Deux populations biparentales connectées de D. alata diploides supports d’une carte génétique de référence et de futures études du contrôle génétique des traits d’intérêts.

Des géniteurs tétraploïdes de D. alata destinés aux programmes d’amélioration de l’igname.

Une population d’ignames D. alata tetraploïde destinée à l’étude des mécanismes à l’origine de la formation des 2n gamètes et à la sélection de nouveaux cultivars durant la période 2018-2020.

Trois populations biparentales connectées de D. alata destinées à l’étude des déterminants génétiques de la résistance à l’anthracnose et à la sélection de nouvelles variétés.

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Ressources moléculaires : le développement et l’utilisation de ressources moléculaires performantes en appui à la gestion des ressources génétiques et à l’innovation variétale est un enjeu important de Cavalbio. Ces dernières années des progrès considérables ont été enregistrés dans le domaine de l’étude des génomes végétaux, avec l’établissement de séquences de référence des génomes complets et le développement des méthodes de séquençages et génotypages haut débit. Cartes génétiques saturées : Le CIRAD et l’INRA ont été leader sur le plan international pour l’établissement de cartes génétiques saturées à l’aide de marqueurs codominants pour les agrumes (Ollitrault et al., 2012a). Dans le cadre de Cavalbio 1 une carte génétique saturée du citronnier a été établie à partir de données GBS. Des cartes de moyenne densité ont également été établies pour la première fois pour des agrumes tétraploïdes d’origine intergénérique (Citrumello 4475 et Citrandarin Cleopatre x Poncirus). Pour l’igname, les cartes denses publiées avant 2015 étaient issues de marqueurs dominants (AFLP ; Mignouna et al., 2002 ; Petro et al., 2011). La première tranche de Cavalbio a permis le développement d’une carte génétique saturée de l’igname à partir de données de génotypage par séquençage (GBS). Les différentes cartes génétiques, reliées aux séquences génomiques complètes, établies durant la première tranche de Cavalbio vont constituer des ressources importantes pour les travaux conduits durant la seconde tranche sur l’association phénotype / génotype, l’identification de gènes candidats, et l’étude de l’origine des 2n gamètes chez l’igname. Séquence de génomes complets et analyses pangénomiques : ces dernières années des progrès considérables ont été enregistrés dans le domaine de l’étude des génomes végétaux, avec l’établissement de séquences de référence des génomes complets et le développement des méthodes de re-séquençage et de génotypage de nouvelles générations. Ainsi, l’étude de représentation réduite du génome par NGS avec des méthodes comme la GBS (Elshire et al, 2011) ou le RAD-Seq (Davey et al., 2011) constituent un bon compromis densité de marquage / coût. Ces nouvelles méthodes de génotypages sont particulièrement bien adaptées aux études nécessitant un marquage pangénomique (cartes génétiques saturées, études d’associations pangénomiques (GWAS), sélection génomique. Le CIRAD et l’INRA ont activement participé à ces progrès pour les agrumes dans le cadre de consortia nationaux ou internationaux. Ainsi, les actions menées dans le cadre du consortium international de génomique des agrumes ont permis l’établissement de la séquence complète de référence du génome d’un clémentinier et l’analyse phylogénomique de diverses espèces (Wu et al, 2014). Le CIRAD, en partenariat avec un consortium espagnol et des équipes américaines, a participé à l’analyse de données de re-séquençage d’une trentaine d’accessions et en particulier au décryptage de leurs structures phylogénomiques (Wu et al., 2018). Dans le cadre du grand projet de séquençage France Génomique ‘Dynamo’, plus de 130 nouvelles accessions sont en cours de re-séquençage dont l’ensemble des géniteurs des programmes conduits en Guadeloupe. Ces données permettront d’établir une liste exhaustive des polymorphismes diagnostiques des différentes espèces. Elles donneront par ailleurs, par un réseau d’apparentement, accès aux haplotypes vrais de l’ensemble des gènes de ces géniteurs et en particulier à ceux des gènes candidats identifiés par analyse QTLs. Les séquençages complets de génomes restent toutefois coûteux et lourds à analyser. Durant la première tranche de Cavalbio, le Cirad a validé l’utilisation de la GBS pour le décryptage phylogénomique sur de grandes populations diploïdes et polyploïdes (Ollitrault et al., 2018) et la cartographie génétique haute densité. Concernant l’igname, la séquence de référence de D. rotundata a été établie au niveau international et est publiée (Tamiru et al. 2017). Cette séquence sert désormais de référence pour l’igname D. alata et nous permet de mieux valoriser nos données de GBS. Durant la première tranche de Cavalbio, l’analyse GBS de 48 accessions a permis d’initier l’exploration de la diversité pangenomique de cette espèce. Toutefois cette exploration reste parcellaire et peu de données de re-séquençage complet sont disponibles pour analyser finement la

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diversité des gènes potentiellement impliqués dans l’élaboration des caractères d’intérêt, en appui à nos questions de recherche et programmes d’innovation. Pour l’igname, l’objectif est donc (i) de consolider les bases de données GBS sur les accessions disponibles au sein des collections guadeloupéennes afin de mieux prendre en compte leurs fonds génétiques et d’identifier des géniteurs complémentaires, (ii) rechercher du polymorphisme sur des gènes “candidats” impliqués dans nos traits d’intérêts (e.g. sexe, utilisation de l’azote), (iii) obtenir des données de reséquencage complet sur les géniteurs de nos populations et sur des pools d’individus d’intérêt. Marqueurs moléculaires pour des études ciblées : Des marqueurs codominants de types SSRs (Single Sequence Repeats) ont été développés depuis plusieurs années sur agrumes et ignames. Toutefois leur nombre reste limité et leur coût de mise en œuvre est relativement élevé. Avec le développement des méthodes de séquençage de nouvelle génération (NGS), les polymorphismes de type SNPs (single-nucleotide polymorphism) sont aujourd’hui les plus abondamment accessibles et permettent de développer aisément des marqueurs co-dominants destinés à du génotypage ciblé sur des régions précises du génome. En effet, à la suite des études de GBS permettant la découverte de SNPs dans des régions d’intérêt, des marqueurs SNPs basée sur la compétition allèle spécifique (technologie Kaspar ; Cuppen, 2007) peuvent être développés. Cette technologie est simple à mettre en œuvre et à analyser, souple d’utilisation (pas de format prédéfinis) et relativement peu coûteuse. Sur les agrumes, le CIRAD, en partenariat avec l’Ivia, a montré le bon potentiel de transférabilité interspécifique (Garcia-Lor et al., 2013 ; Curk et al., 2016) ainsi que la possibilité d’effectuer des dosages alléliques chez les polyploïdes (Cuenca et al., 2013). Ceci constitue une propriété importante pour nos espèces. Durant la première tranche de Cavalbio les marqueurs SNPs ont été utilisés en routine sur les agrumes pour l’étude de l’apomixie des porte-greffes diploïdes et téraploïdes (Bruyère et al., 2016) et du fonctionnement méiotique des géniteurs tétraploïdes (Ollitrault et al., 2016 ; Rouiss et al., 2018). 192 nouveaux marqueurs diagnostiques du genre Poncirus ont par ailleurs été développés ainsi que 192 marqueurs répartis de façon homogène sur le génome pour D. alata. Biologie de la reproduction et hérédité : la multiplication végétative impacte fortement l’évolution des espèces végétales, en permettant la fixation de structures génomiques complexes résultant d’événements d’hybridation inter (sub) spécifique et/ou de polyploïdisation. Ces structures génomiques affectent en retour fortement le fonctionnement méiotique et l’hérédité des caractères. Les grands idéotypes d’agrumes cultivés reposent ainsi sur des structures génétiques très hétérozygotes (Wu et al., 2014, Curk et al., 2016 ; Oueslati et al., 2017 ; Wu et al., 2018). La polyploïdie est par ailleurs généralement recherchée pour des critères d’aspermie (agrumes) et de comportement agronomique (ignames, porte-greffes d’agrumes). L’amélioration variétale de ces espèces soulève ainsi des questionnements spécifiques sur la biologie de la reproduction, la recombinaison sexuée et la méthodologie de création de néo-diversité s’appuyant sur des compartiments de ploïdies différentes. La connaissance des mécanismes de polyploïdisation, du fonctionnement méiotique des diploïdes et polyploïdes d’origine interspécifique et de leurs implications sur la structure des populations de gamètes diploïdes est ainsi nécessaire (i) à la mise en place des stratégies plus efficaces de création de néo-diversité orientée par les objectifs d’amélioration, (ii) à l’analyse du déterminisme génétique de caractères cibles sur des populations recombinantes polyploïdes et (iii) à la localisation des régions du génome impliquées dans la variabilité de ces caractères cibles. Des avancées ont été obtenues ces dernières années par le CIRAD et l’INRA sur les mécanismes de polyploïdisation naturels, la méiose des polyploïdes et les structures des gamètes diploïdes exploités dans les différents schémas d’amélioration de l’igname et des agrumes. Chez l’igname, l’origine des compartiments polyploïdes naturels et les mécanismes de polyploïdisation ont été précisés. Les travaux de cytogénétique et de marquage moléculaire ont conduit à réviser le nombre de chromosomes de base de Dioscorea alata (20 au lieu de

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10 ; Arnau et al., 2009) et ont montré, qu’au sein de cette espèce, les tétraploïdes étaient issus de gamètes non réduits (Némorin et al, 2012). Chez les mandariniers (Citrus reticulata), la restitution de la seconde division de la méiose (SDR) est à l’origine des ovules non réduits produisant des hybrides triploïdes à partir de parents diploïdes (Cuenca et al., 2011, 2015 ; Aleza et al., 2015b) alors que trois mécanismes semblent responsables de la formation d’ovules non réduits chez le citronnier (Rouiss et al., 2017). La restitution de la première division de la méiose (FDR) apparaît être le principal mécanisme de formation de pollen non réduit (Rouiss et al., 2017). Les modes de ségrégation des géniteurs tétraploïdes et la structure génétique des gamètes diploïdes ont été étudiés pour certains génotypes. Les tétraploïdes de D. alata présentent des ségrégations polysomiques (Némorin et al, 2012). Les ségrégations d’agrumes allotétraploïdes et autotétraploïdes apparaissent plus complexes (disomiques, intermédiaires ou tétrasomiques) et variables suivant les chromosomes en lien avec les structures phylogénomiques (Kamiri et al., 2011 ; Aleza et al., 2015b). L’analyse, durant la première tranche de Cavalbio, du fonctionnement méiotique (et des structures génétiques des gamètes) des géniteurs clefs des programmes d’amélioration conduits en Guadeloupe ont montré (i) que le limettier Giant Key tétraploïde présentait une hérédité préférentiellement disomique compatible avec une origine du limettier Tahiti par croisement interploïde (citronnier diploïde x lime tétraploïde), validant notre stratégie d’amélioration par reconstruction (Rouiss et al., 2018); (2) que le Volkameriana tétraploïde présentait une hérédité intermédiaire (Ollitrault et al., 2016) permettant un brassage génétique significatif entre ses génomes C. reticulata et C. medica tandis que l’hérédité disomique préférentielle du citrumello 4475 4x et du Citrandarin Cleopatre x Poncirus assure une transmission très large des caractères favorables sélectionnés chez ces deux parents. Durant la période 2018-2020 nous analyserons les mécanismes de formation des 2n gamètes de l’igname et les structures de populations de gamètes diploïdes qui en résultent. Séquence virales endogènes : la présence de séquences virales endogènes (EVE) dans le génome des plantes est très fréquente. Les plus étudiées sont issues de virus appartenant à la famille Caulimoviridae (Teycheney & Geering, 2011). Dans la majorité des cas connus, ces séquences ne sont pas infectieuses mais leur présence et leur conservation au cours de l’évolution posent la question de leurs fonctions et de l’éventuel bénéfice que peuvent en retirer les plantes qui les hébergent (Geering et al., 2014 ; Diop et al., 2018). Dans un petit nombre de cas (bananier, pétunia, Nicotiana edwardsonii), certaines EVE sont infectieuses et leur activation sous l’effet de stress abiotiques conduit à des infections virales spontanées. Ces EVE infectieuses constituent un problème majeur pour la conservation et la diffusion des ressources génétiques ainsi que pour la création variétale, puisqu’elles s’expriment majoritairement dans les variétés hybrides interspécifiques créées par les programmes d’amélioration génétique, comme cela a été observé chez le bananier (Gayral et al., 2008). Chez les ignames, des EVE appartenant au genre Badnavirus (famille Caulimoviridae) ont été découvertes grâce à des travaux conduits en Guadeloupe en collaboration avec une équipe montpelliéraine (Umber et al., 2014). Des séquences appartenant à au moins quatre espèces Badnavirus distinctes ont été mises en évidence et partiellement caractérisées dans le complexe d’espèces africaines D. cayenensis-rotundata. Elles sont dénommées « endogenous Dioscorea bacilliform virus » (eDBV). Un faisceau d’éléments suggère que certaines de ces séquences pourraient être infectieuses. Par ailleurs, la présence dans le génome des plantes d’EVE constitue également un problème important pour le diagnostic virologique. Ces séquences interagissent avec les méthodes de diagnostic moléculaire et faussent les résultats d’indexation en conduisant à de nombreux faux positifs. Dans le cas de l’igname, nous avons dû développer une méthode de détection adaptée durant la tranche 1 de Cavalbio (Umber et al., 2017). De plus, grâce à la création de trois banques BAC (bacterial artificial chromosomes) pour les trois espèces d’igname les plus cultivées en Guadeloupe (D. alata, D. cayenensis et D. trifida), nous avons entrepris la caractérisation moléculaire des EVE présentes dans le génome de ces 3 espèces. En ce qui concerne les

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EVE identifiées chez D. alata et D. trifida, elles appartiennent bien à la famille des Caulimoviridae mais ne sont rattachées à aucun des genres viraux connus de cette famille. Sur le plan structural, elles sont dispersées dans le génome de leurs hôtes et leur taille est réduite (entre 1 et 6 kilobases). L’élucidation en cours de leur structuration fine contribuera à établir si elles sont ou non infectieuses. L’analyse de la banque BAC de D. cayenensis nous a permis d’identifier des EVE appartenant à 3 des 4 espèces Badnavirus pour lesquelles des eDBV ont été décrites précédemment dans le génome de l’igname africaine (Umber et al., 2014). L’étude de leur structuration montre que la taille de ces eDBV (> 80 kbp) est plus importante que celle de n’importe quelle EVE de plante connue et qu’elles présentent de nombreux réarrangements (duplications, inversions, délétions) qui en font des structures extrêmement complexes. Cependant, cette banque BAC présente des limites résultant de la taille limitée des inserts génomiques dans les clones qui la constituent. Au cours de la 2e tranche du projet, une nouvelle banque BAC de D. cayenensis sera donc construite pour parachever l’analyse des eDBV et établir leur nature infectieuse ou non. Déterminants de la variabilité phénotypique : les biologies de la reproduction complexe des espèces concernées, et les écarts fréquents au mendélisme en raison de méioses perturbées, sont un frein à l’analyse des déterminismes génétiques de la variabilité phénotypique et entrainent une relative méconnaissance des déterminants génétiques, physiologiques et moléculaires de la majorité des caractères cibles de projets d’innovation. Cette connaissance constitue un enjeu majeur du projet Cavalbio à l’échéance 2020. L’état actuel des connaissances pour les caractères abordés dans Cavalbio est détaillé ci-dessous. Qualités organoleptiques et sensorielles de l’igname : il n’existe aujourd’hui aucune donnée solide sur la diversité et l’impact de l’environnement sur la qualité physico-chimique de l’igname. La faisabilité de l’utilisation de la spectroscopie proche infra-rouge (SPIR) pour quantifier des composés chimiques importants de la qualité des ignames a été testée dans la première tranche de Cavalbio. Cette approche sera poursuivie dans le cadre d’un projet financé par la Fondation Bill et Melinda Gates (RTB-Foods) Dans la deuxième tranche de Cavalbio il est donc prévu, en lien avec le projet RTB-Foods, de se focaliser sur les critères de qualité régional (couleur, brunissement) lors d’une évaluation multi-locale. Qualité des productions chez les agrumes : l’analyse de la qualité (teneurs en sucres, acides, % de jus) et des rendements en fruits produits dans le cadre des essais plantés dans Cavalbio1 va être engagée. La population triploïde de limes générée et plantée au champ sera évaluée pour ces mêmes critères. Les teneurs en métabolites secondaires comme les huiles essentielles et les furanocoumarines, qui peuvent avoir un effet délétère sur la santé humaine, seront également analysées. Des caractéristiques phénologiques seront également décrites afin d’identifier des génotypes à floraison remontante pouvant produire régulièrement des fruits toute l’année comme c’est le cas des parents citronniers sélectionnés. Pour les caractères phénotypiques présentant une ségrégation au sein de la population de limettier, il sera possible d’associer les résultats de GBS acquis durant la première phase de Cavalbio pour identifier des QTLs des traits considérés. Polyploïdie, développement et adaptation : la polyploïdisation est un phénomène naturel chez les plantes à multiplication végétative telles que les agrumes et l’igname. Dans les semis d’agrumes, les embryons nucellaires des génotypes diploïdes sont sujets à des doublements chromosomiques dans des proportions non négligeables, conduisant à l’obtention de porte-greffes diploïdes doublés (tétraploïdes) spontanés (Aleza et al. 2011). De même, le niveau d’apomixie au sein des semis peut varier en fonction du génotype et de l’environnement (Xiang and Roose, 1988 ; Khan and Roose, 1988 ; Aleza et al ; 2011). La conformité génétique est un élément essentiel pour la production de plants au comportement agronomique homogène et apportant, en particulier, les tolérances aux stress biotiques et abiotiques qui ont justifié la sélection de ces porte-greffes pour une région donnée. Les

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résultats que nous avons obtenus au cours de la première tranche de Cavalbio ont montré de grandes différences entre certains génotypes diploïdes et tétraploïdes, ces derniers pouvant présenter jusqu’à 80% d’individus hybrides comme c’est le cas pour le citrus Volkameriana (Bruyère et al., 2016). Cette particularité a été un atout pour créer avec ce géniteur femelle, durant la première phase de Cavalbio, des populations d’hybrides de porte-greffes tétraploïdes qui seront évaluées pour des caractères d’intérêt agronomique dans le cadre de la seconde tranche de Cavalbio. La polyploïdisation conduit à une augmentation de la taille des cellules et des organes (Allario et al. 2011) et à un changement du métabolisme carboné (Hussain et al., 2012). Les différences anatomiques et morphologiques observées chez les agrumes peuvent conduire à une diminution de croissance et de développement des plants tétraploïdes (Allario et al., 2011). Au cours de la première tranche de Cavalbio, des études physiologiques ont permis de mettre en évidence des différences phénotypiques importantes entre diploïdes et polyploïdes d’ignames, la taille des cellules des différents génotypes étant très différente sans pour autant induire un fonctionnement photosynthétique très différent. Pourtant, au champ, cette différenciation se traduit par des rendements bien supérieurs des polyploïdes comparés aux diploïdes. Dans la seconde tranche de Cavalbio, il est proposé de poursuivre les analyses de différenciations phénotypiques par des études par microscopie à balayage au laboratoire C3MAG de l’Université des Antilles afin de vérifier si l’anatomie au niveau de la tige des polyploïdes pourrait favoriser le développement et la croissance des tubercules. Sur agrumes, nos travaux ont montré que la polyploïdisation permet une meilleure adaptation aux contraintes environnementales. Les porte-greffes tétraploïdes d’agrumes franc de pied sont plus tolérants au stress salin (Saleh et al., 2008 ; Mouhaya et al., 2010 ; Ruiz et al, 2016a, b). Nous avons montré dans le cadre d’études réalisées au cours de la première tranche de Cavalbio que les porte-greffes tétraploïdes de citrange Carrizo franc-de-pied présentent des tolérances accrues au déficit hydrique (Oliveira et al., 2017). Ces résultats sont en accord avec ceux précédemment obtenus montrant une meilleure tolérance au déficit hydrique d’orangers greffés sur des porte-greffes tétraploïdes d’agrumes en comparaison à des greffages sur porte-greffes diploïdes (Allario et al. 2013, Dutra de Souza, 2017), l’hormone ABA ayant un rôle pivot dans la meilleure adaptation des polyploïdes. D’autres travaux réalisés en Corse nous ont permis de mettre en évidence des systèmes antioxydants plus efficaces chez les porte-greffes tétraploïdes que chez leur diploïdes respectifs (Oustric, 2017) comme cela a pu être mis en évidence chez d’autres espèces polyploïdes (Zhang et al. 2010 ; Deng et al., 2011). Durant la tranche 2018-2020 de Cavalbio :

Il est proposé de poursuivre les études de tolérance au déficit hydrique initiées sur des porte-greffes diploïdes et tétraploïdes greffés avec des variétés diploïdes et triploïdes. Des analyses des profils hormonaux et des métabolites primaires tels que la proline, les sucres et les acides aminés seront réalisées sur des échantillons de feuilles et de racines, les hormones et les métabolites primaires pouvant jouer un rôle important dans l’osmorégulation et l’adaptation au déficit hydrique (Perlikowski et al., 2016).

Les propriétés de tolérance au déficit hydrique d’une population d’hybrides tétraploïdes de porte-greffes générée au cours de la première tranche de Cavalbio seront également étudiées (Thèse J. Gora). Le génotypage de cette population par GBS en association avec le phénotypage de la population devrait nous permettre in fine de mettre en évidence des QTLs de tolérance au déficit hydrique.

Résistance à l’anthracnose chez l’igname : les collections d’ignames D. alata de l’INRA et du CIRAD contiennent un certain nombre de variétés sources de résistances. Les variétés résistantes fertiles sont valorisées en croisements. Des gènes de résistance quantitatifs (QTL) ont été mis en évidence dans deux accessions de l’INRA (Pétro et al. 2011, Pétro et al. 2013) et une de l’IITA (Mignouna et al. 2002) à travers de travaux de cartographie génétique fondés sur des tests d’inoculation artificielle de populations ségrégeantes. Ces études de

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clones résistants particuliers ont révélé que le déterminisme de leur résistance est de nature quantitative et que certains de leurs gènes sous-jacents montrent des effets de résistance spécifiques d’isolats particuliers du pathogène, tandis que d’autres possèdent une action plus générique. Des études d’interactions hôtes pathogènes sur une large gamme variétale avec divers isolats (Onyeka et al. 2006a, 2013) montrent que les résistances sont en général quantitatives. Celles qui sont spécifiques d’isolats sont généralement des résistances partielles n’empêchant pas l’infection, mais limitant le développement des lésions. Quelques réactions sur certaines variétés non spécifiques d’isolats et n’aboutissant à aucun développement de la maladie suggèrent la possibilité de l’existence de résistances qualitatives compatibles avec des modèles de réaction gène-pour-gène. Colletotrichum gloeosporioides est un champignon montrant une grande diversité génétique, notamment au sein de populations locales (Abang et al. 2006) en raison de possibilités de reproductions sexuées permettant des évolutions génétiques potentiellement rapides. Dans ce contexte, la construction de variétés possédant une résistance durable à l’anthracnose passe par des stratégies raisonnées d’association de gènes de résistances qualitatifs et quantitatifs complémentaires (Hollomon et Brent 2009, Brun et al. 2010). Face aux capacités de mutations du bio-agresseur, seul un cumul de gènes d’actions variées peut permettre un contrôle efficace et durable de la maladie. En conséquence la finalité du projet Cavalbio est d’élargir les premières connaissances récemment acquises sur le déterminisme génétique de deux clones résistants (Pétro et al. 2011, 2013) en marquant de nouvelles sources de résistance dans des fonds génétiques diversifiés et en intégrant dans une méta-analyse l’ensemble de ces études. Réponse des agrumes au HLB : l’agrumiculture dans les Antilles Française est confrontée depuis 2012 (Cellier et al, 2014) à une crise majeure due à l’émergence du Huanglongbing (HLB, encore appelé citrus greening). Cette maladie est provoquée par une bactérie du phloème (Candidatus Liberibacter asiaticus, CLas) transmise par un psylle, Diaphorina citri. Très rapidement le rendement et la qualité des productions sont affectés, la mort des arbres étant inéducable. La présence de la bactérie dans les vaisseaux du phloème conduit à l’obstruction des cribles (ou pores) existants entre les parois des cellules du phloème (Koh et al, 2012) limitant ainsi le transport de la sève élaborée de cellules à cellules. Cette réponse de la plante au pathogène est la conséquence d’une accumulation de callose au niveau des cribles entrainant une modification du métabolisme dans les feuilles et racines (Seâtamou et al. 2017 ; Albrecht and Bowman, 2016) tel que des carences en microéléments (Duan et al., 2009) comme le zinc au niveau des feuilles et en bore au niveau des racines (Auber, 2008). Les sucres et l’amidon s’accumulent dans les feuilles (Achor et al., 2010) car ils ne peuvent plus être transloqués vers les organes puits que sont les racines ou les fruits (Duan et al. 2009). Le métabolisme photosynthétique est très fortement affecté avec pour conséquences les marbrures observées au niveau des feuilles. In fine, l’arbre est soumis à un stress oxydatif important conduisant à l’induction des mécanismes de détoxication qui ont un rôle primordial pour l’adaptation vis-à-vis de la maladie (Martinelli et al., 2016). Il n’existe aucune résistance stricte au sein du genre Citrus bien que des différences de tolérance aient pu être mises en évidence entre différents génotypes (Stover et al, 2015 ; Ramadugu et al, 2016). Les travaux réalisés par les équipes américaines en Floride suggèrent que certains porte-greffes tétraploïdes pourraient limiter le développement de la maladie (Grosser and Gmitter 2013 ; Grosser et al. 2016). Dans le cadre de la première tranche de Cavalbio nous avons initié l’évaluation vis-à-vis du HLB de porte-greffes diploïdes et tétraploïdes greffés avec des variétés diploïdes et triploïdes. Les arbres plantés au champ ont été naturellement infectés (vérification par amplification Lamp) en à peine une année avec présence rapide de symptômes foliaires. S’il a pu être mis en évidence une meilleure tolérance de la variété triploïde (limettier Tahiti) se traduisant par une photosynthèse plus forte par rapport à la variété diploïde (limettier mexicain), peu de différences ont été observées concernant les taux d’amidon dans les feuilles (x10), la présence de dépôts de callose au niveau des cribles des pétioles des feuilles (bouchage dans les deux cas), et l’induction des systèmes de

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détoxication. Toutefois, nous avons pu confirmer que les tailles des vaisseaux et cribles du phloème étaient supérieurs chez la variété triploïde par rapport à la variété diploïde de même que chez les porte-greffes tétraploïdes par rapport aux porte-greffes diploïdes. Du fait de ces tailles plus grandes, il est escompté que les polyploïdes pourraient présenter au cours du temps une obturation plus limitée de leurs cribles et donc être moins impactés par la maladie. Afin de contrôler le stade d’infection des échantillons de feuilles prélevées, des plants ont été infectés par greffage en serre insect proof. Il est escompté de pouvoir prélever des échantillons de feuilles et de racines au même stade d’infection et de pouvoir mettre en évidence des différences biochimiques, moléculaires ou anatomiques (par microscopie) plus importantes entre diploïdes et triploïdes pouvant expliquer la meilleure tolérance des polyploïdes. Ces mêmes variétés greffées sur des porte-greffes diploïdes et tétraploïdes ont également été étudiées afin d’évaluer l’impact de la polyploïdie du système racinaire sur la tolérance. Les premiers résultats obtenus nous ont permis de confirmer que la présence de CLas dans les racines secondaires diploïdes et tétraploïdes serait à l’origine d’un affaissement des tissus du cortex et un bouchage des cribles du phloème comme cela a été précédemment observé (Johnson et al. 2013). Des travaux américains ont montré que la surexpression chez les agrumes du gène NPR1 joue un rôle important dans le contrôle des phénomènes de résistances systémiques acquises (SAR), notamment au travers de la régulation de la chaine de biosynthèse de l’acide salicylique et des voies de détoxication, conférant une tolérance accrue au HLB (Dutt et al., 2016). Des travaux récents viennent de montrer que CLas code pour une acide salicylique hydroxylase qui dégrade l’acide salicylique et supprime la défense des agrumes vis-à-vis du HLB (Li et al., 2017). Les travaux que nous avons initiés nous ont permis de montrer que l’expression de gènes impliqués dans la SAR était constitutivement surexprimée dans les racines non infectées tétraploïdes par rapport aux diploïdes. La moindre sensibilité vis-à-vis de la maladie de certains génotypes pourrait être liée à une moindre appétence des feuilles pour Diaphorina citri (Richardson et Hall, 2013), ou à la synthèse de composés organiques volatiles préservant l’arbre contre CLas (Hijaz et al., 2016). Certaines coumarines interviennent également dans les mécanismes de défense des plantes. Les géniteurs et les ancêtres de la population d’hybrides triploïdes de limettier créée durant la première tranche de Cavalbio présentent des teneurs très contrastées pour ces différents métabolites. Une ségrégation importante pour ces teneurs est donc escomptée au sein de la population de limettier et permettra, dans le cadre de la seconde tranche de Cavalbio, d’analyser les déterminants génétiques de ces caractères et la corrélation entre ces composés et l’appétence du psylle ainsi que la sensibilité au HLB. Durant la tranche 2018-2020 de Cavalbio :

Nous poursuivrons l’étude de l’impact de la ploïdie sur la réponse au HLB (thèse G. Sivager). Le travail consistera à approfondir l’analyse du comportement des différentes associations porte-greffes (diploïdes et tétraploïdes) / greffons (diploïdes et triploïdes) témoins et infectées par le HLB. Pour cela il est proposé d’analyser le transcriptome par RNAseq afin d’identifier les gènes et les voies métaboliques pouvant être à l’origine d’une meilleure adaptation des polyploïdes. De même, l’analyse des processus de détoxication et des contenus en espèces actives de l’oxygène sera poursuivie. Enfin le travail sera complété par des dosages en contenus ioniques, des teneurs des principales hormones et des contenus en métabolites secondaires au niveau racinaire et foliaire.

Nous caractériserons le comportement des populations de limes triploïdes et de porte-greffes tétraploïdes, créées durant la première tranche de Cavalbio, sous contrainte HLB afin de sélectionner le matériel le plus tolérant et d’étudier les déterminants génétiques (analyses QTLs) des caractères présentant des ségrégations marquées. Pour la population de limettier, la comparaison, pour les teneurs en métabolites secondaires (potentiellement impliqués dans les mécanismes de défense) et la sensibilité au HLB, de la valeur moyenne et de la variance de la population à celles des parents diploïdes (citronnier et limettier Mexicain dont est issu le limettier 4x Giant Key par doublement chromosomique) et au limettier Giant Key, permettra d’analyser la part relative de la ploïdie per-se et de la

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variabilité génétique dans la réponse au HLB. Conditions sociales et économiques d’adoption des innovations : la compréhension des comportements d’adoption des innovations par les utilisateurs finaux est une composante essentielle à la mise en place et au succès des stratégies de valorisation des ressources biologiques étudiées et développées dans le projet Cavalbio. Cependant il est établi qu’indépendamment des performances économiques, les agriculteurs peuvent éprouver des contraintes ou des résistances à l’adoption de ces innovations. Dès lors il est fondamental d’anticiper les freins à l’adoption de sorte à mettre au point des innovations qui auront les meilleures chances de succès et seront accompagnées des dispositifs d’incitation les mieux adaptés. Dans le cadre du projet EvaTransfert structurant le RITA Guadeloupe, une plateforme d’évaluation et de sélection participative de nouvelles variétés de racines et tubercules (igname, taro) est mise au point. Dans le même cadre du RITA, les acteurs de la filière agrumes se sont engagés dans la mise en place d’une filière de plants sains. Afin de faciliter les réflexions stratégiques sur les moyens non seulement techniques mais aussi structurels à mettre en œuvre pour multiplier et diffuser les variétés innovantes, il nous apparaît essentiel de mettre en évidence les conditions d’émergence et d’adoption par les agriculteurs de telles filières. L’analyse des conditions d’adoption des innovations peut être réalisée selon une approche ex ante, permettant à partir d’une expérience de choix d’identifier des profils d’innovations techniques et de dispositifs incitatifs les plus à même de conduire à l’adoption et la diffusion massive des ressources biologiques développées. L’analyse micro-économétrique ex ante est prévue selon une approche de choice experiment. Cette technique, qui a été éprouvée, notamment en Guadeloupe sur la filière banane et la filière agrumes (Blazy et al., 2011 ; Chopin et Blazy, 2013 ; Karslake 2014) a pour but, à partir d’une expérience de choix d’innovations, i) de déterminer les poids accordés par les acteurs à un jeu de caractéristiques des innovations (attributs), ii) de déterminer dans quelle mesure ces poids varient en fonction des caractéristiques propres des acteurs et de leur environnement (hétérogénéité économique, sociale et spatiale). La quantification économétrique nous permettra ainsi, dans le cadre du projet Cavalbio, d’estimer ce que les acteurs espèrent de l’utilisation des stratégies de lutte et quels sont les freins à leur adoption.

c. EXPOSE DU PROJET

Décrire et expliquer la problématique scientifique / technique / économique / sociétale qui sous-tend le projet, décrire les hypothèses et modèles de travail, les idées maitresses : Problématiques scientifiques et techniques liés à l’exploitation de la biodiversité des complexes d’espèces pour l’innovation variétale L’innovation variétale des espèces faisant l’objet du projet est confrontée à diverses contraintes résultant de leurs caractéristiques biologiques et génétiques. Ces plantes sont ainsi caractérisées par : 1. une différenciation entre espèces ou sous-espèces à l’origine des formes cultivées qui

constitue une composante majeure de la diversité phénotypique des cultivars ; 2. une fréquente inter(sub)spécificité, des compartiments de ploïdie variable et de fortes

hétérozygoties fixées par la multiplication végétative ; 3. des possibilités de recombinaisons sexuées quelquefois limitées entre caractères

dispersés dans des compartiments de diversité éloignés ; 4. la présence de séquences virales intégrées au génome de certaines accessions

pouvant être infectieuses et rendant complexe leur mobilisation pour l’innovation variétale ;

5. des écarts fréquents au mendélisme en raison de méioses perturbées rendant complexes l’analyse des déterminismes génétiques de la variabilité phénotypique ;

6. une relative méconnaissance des déterminants génétiques, physiologiques et moléculaires de la majorité des caractères cibles de projets d’innovation ;

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7. la création d’idéotypes triploïdes ou tétraploïdes à partir de ressources génétiques essentiellement diploïdes et présentant généralement une fertilité faible (en particulier pour les ignames) en lien avec les structures génomiques complexes ;

8. une sélection multi-critères nécessitant la mobilisation d’importantes surfaces d’expérimentations sur plusieurs années si elle est faite sur l’observation du phénotype.

Problématiques économiques et sociétales des productions végétales Importance du secteur des productions végétales pour l’économie régionale L’agriculture emploie 12 % de la population active en Guadeloupe et couvre le tiers de la superficie de l’île. Elle représente un secteur d’activité essentiel pour l’économie de la Guadeloupe dans un contexte socio-économique fragile, marqué par un taux de chômage élevé, une dépendance importante aux importations (alimentation, énergie) et des enjeux de santé publique liés à une consommation régulière de produits frais considérée comme insuffisante. Elle contribue pour 6 % au produit brut régional et les productions végétales dominent le paysage agricole local en valorisant près de 70% de la surface agricole utile (31000 ha). Ces productions sont sources de multiples richesses et de services pour l’ensemble de l’économie régionale en termes :

d’emplois familiaux et salariés, et revenus directs liés à l’activité des exploitations agricoles produisant des spéculations dédiées à l’exportation (canne, banane) ou à la demande locale en produits frais ou transformés (tubercules, fruits, maraîchage) ;

de création de valeurs ajoutées et d’emplois indirects dans les secteurs de la transformation agroalimentaire (ateliers artisanaux, entreprises, industries) et du commerce (marchés locaux, coopératives …) ;

de développement d’expertises et de services dans les secteurs connexes liés aux fonctions de formation (recherche agronomique, enseignement agricole) et d’approvisionnement (agrofourniture, transport) qui concourent au dynamisme des productions locales et contribuent au rayonnement régional de la Guadeloupe ; d’attractivité touristique de l’île liée aux aménités paysagères et environnementales, et à la typicité des cultures alimentaires régionales (écotourisme, tourisme vert) ;

de production d’énergie renouvelable liée à la filière canne qui en complément d’autres sources renouvelables (éolien, géothermie) permet d’atténuer les besoins d’importation d’énergies fossiles (charbon, fuel).

Contexte des filières cibles de Cavalbio D’une manière générale, les productions agricoles guadeloupéennes sont fragilisées par (i) de multiples contraintes biotiques dues à des bio-agresseurs émergents ou chroniques qui pénalisent les niveaux de production et la qualité des produits, (ii) de fortes contraintes abiotiques liés aux caractéristiques pédoclimatiques des terroirs cultivés mais également à des évènements climatiques plus prononcés avec des évènements cycloniques plus nombreux, comme cela a été le cas avec les ouragans Irma et Maria à l’automne 2017, et pouvant être en relation avec les changements climatiques annoncés (période hivernal 2017 avec des déficits hydriques de près de 30% et printemps très arrosé, l’excès d’eau pouvant à certains endroits être supérieures à 110% comme cela a été le cas durant le carême 2017) qui nécessitent l’utilisation d’innovations variétales plus adaptées, (iii) le recours souvent encore trop important à des intrants phytosanitaires dont l’usage doit diminuer par la promotion de pratiques agricoles plus respectueuses de l’environnement conformes à de fortes attentes sociétales relayées par la législation. La qualité des productions en lien avec l’attente des consommateurs des marchés locaux et d’exportation ainsi que l’étalement des productions sont également des éléments clefs de leur durabilité économique. Eléments de contexte des deux filières cibles de Cavalbio sont les suivants : Agrumes : En Guadeloupe, l’agrumiculture était jusqu’en 2012 une culture de diversification pour les marchés locaux avec des circuits de commercialisation courts. Les oranges, limes et petits agrumes étaient les principales productions issues d’un nombre de variétés très

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limité. Depuis l’émergence du HLB en 2012, l’agrumiculture guadeloupéenne est confrontée à une crise phytosanitaire très grave, les surfaces étant passées de près de 350 ha en 2012 à moins de 100 ha en 2018. L’ensemble des zones de production sont atteintes, le vecteur de la maladie, le psylle asiatique (Diaphorina citri), étant présent sur l’ensemble du territoire guadeloupéen. Avec + 23 % de citrons importés en 2017 par rapport à 2016, la hausse des importations se poursuit mais commence à s’infléchir, le HLB étant la principale cause de l’augmentation des importations d’agrumes sur l’île au cours des dernières années. Outre le HLB, divers bio-agresseurs affectent les agrumes, en particulier la Tristeza, le phytophthora (P. citrophthora et P. parasitica), le Diaprepes sp. (charançon) et diverses cochenilles. Les sols calcaires, les vertisols et les ressources en eau limitées en Grande-Terre sont les principales contraintes abiotiques. D’une manière générale, on constate par ailleurs un déficit de qualité des petits agrumes en zone tropicale et une saisonnalité trop marquée des productions, induisant une fluctuation forte des prix et des importations importantes. Ignames : L’igname reste aujourd’hui une culture identitaire en Guadeloupe consommée au moins une fois par semaine par 45% de la population (Dulcire et Chia, 2004 ; Merlo, 2007). Elle s’insère dans la rotation de la plupart des petites exploitations (qu’elles soient à dominante canne, banane, canne-ananas ou maraîchage). L’augmentation du nombre de marchés locaux dans les communes traduit un besoin accru de consommation de produits locaux. Cependant, les attentes des consommateurs vis-à-vis du produit igname restent mal connues. Les ignames en Guadeloupe sont représentées par une cinquantaine de variétés appartenant à pas moins de cinq espèces différentes. Le choix des variétés traduit plus souvent leur disponibilité que leur adaptation aux contraintes et à l’environnement des exploitations. Pourtant la marge de progression est sans doute la plus importante des cultures de diversification : le marché est loin d’être autosuffisant, comme en témoigne l’augmentation constante de la part des importations et le rendement moyen de l’igname en Guadeloupe qui sur les 30 dernières années n’atteint pas 11 tonnes par hectare alors qu’il est de 15 tonnes en Afrique de l’Ouest et que le rendement potentiel est supérieur à 60 tonnes. La maladie de l’anthracnose est la principale cause de pertes de rendement liées à un pathogène aux Antilles et dans le monde, la seconde étant la grande sensibilité de certaines espèces d’ignames aux maladies virales. La pratique répétée de la lutte chimique menée en Guadeloupe avec un nombre limité de molécules s’est avérée inefficace (Bayart et Pallas, 1994) avec l’apparition de souches résistantes, qui ont provoqué la disparition de variétés populaires comme la couscouche (D. trifida ; Ano et al., 2005). La pression des plantes adventices est une autre contrainte majeure à la production d’ignames en Guadeloupe. Plus généralement, l’orientation forte du programme de développement rural en faveur de la réduction de l’utilisation des intrants nous oriente naturellement vers la recherche de variétés adaptées aux systèmes de culture à bas intrant (compétitivité vis-à-vis des plantes adventices, efficacité d’utilisation des ressources et résistance aux maladies). Apport de la sélection variétale aux enjeux d’une agriculture Guadeloupéenne performante et durable La sélection variétale est une composante essentielle du développement d’une agriculture durable et performante. La sélection est un processus fondamentalement dynamique produisant des panels variétaux destinés à répondre aux évolutions des contraintes et des attentes des marchés. Pour les productions guadeloupéennes ciblées les objectifs d’amélioration sont :

La résistance ou la tolérance aux maladies les plus dommageables permettant d’éviter le recours à l’usage de produits phytosanitaires, et par voie de conséquence un allègement des coûts de production et des impacts environnementaux ;

Une rusticité accrue liée à des qualités d’adaptation physiologiques à certains terroirs agricoles caractérisés par des contraintes pédoclimatiques ;

Les caractères d’architecture et de vigueur permettant de limiter les charges de main-d’œuvre liées aux opérations culturales (entretien, taille, récolte) ;

Une amélioration de la qualité fonctionnelle et gustative de certains produits, et/ou une

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recherche de produits typés gage de meilleures valorisations économiques dans le secteur des produits frais ou transformés ;

Pour certaines cultures saisonnières (telles que les agrumes et l’igname blanche), la recherche de gammes variétales précoces et tardives, permettant d’étaler les périodes de production et de limiter les pics de production synonymes de chute des revenus agricoles.

Importance de la biodiversité comme source de caractères utiles pour l’innovation variétale et la diversification des productions Les changements globaux qui affecteront la Caraïbe et les Antilles dans les années qui viennent sont potentiellement nombreux et rapides : changements liés aux maladies et ravageurs émergents, changements du climat avec des évènements climatiques de plus fortes intensités, des façons de produire, transformer et commercialiser, changements des habitudes et souhaits des consommateurs et des politiques, de la réglementation... Face à ces évolutions, l'ensemble des filières agricoles et leurs acteurs doivent s'adapter, notamment en s'appuyant sur de nouveaux idéotypes variétaux. Certaines ressources génétiques végétales du Centre de Ressources Biologiques INRA-CIRAD des Plantes Tropicales des Antilles (CRB-PT) peuvent contenir des allèles d'adaptation à ces changements (agronomiques, climatiques, fonctionnels) mobilisables en innovation variétale. Aux Antilles, un scénario possible serait une augmentation de température de deux degrés à l’échéance 2030, pouvant être à l’origine de périodes de sécheresse relativement brèves mais intenses, mais surtout une augmentation de la pluviométrie annuelle de l'ordre de 500 mm, ce qui devrait notamment accroître la pression parasitaire des maladies dues à des champignons (cercosporiose du bananier, anthracnose de l’igname, phytophtora des agrumes). En parallèle, la diversification des cultures est identifiée comme étant un atout pour la protection intégrée des cultures, qui repose sur la limitation du développement de phénomènes épidémiques. Une meilleure valorisation des ressources génétiques devrait pouvoir offrir des systèmes de production plus diversifiés en termes d’espèces et de gammes variétales. Cette diversification des cultures a été identifiée comme incontournable aux Antilles françaises pour répondre à l'enjeu de l'autosuffisance alimentaire et d’une alimentation plus équilibrée. Le présent projet d’innovation variétale s’appuie sur la valorisation et l’exploitation des ressources génétiques du CRB-PT. Le CRB-PT est le premier CRB Plantes à avoir été certifié en mars 2013 selon la nouvelle norme en vigueur pour les collections, NF S96-900. Pour les agrumes, les innovations porte-greffes et variétales (population de limettiers triploïdes notamment) qui sont évaluées dans le cadre de Cavalbio s’appuient sur le matériel crée par l’équipe de recherche SEAPAG basée en Corse avec l’appui du CRB Citrus. Par ailleurs, la biodiversité est un élément central de la richesse du vivant, représentant à la fois l’héritage d’une longue succession d’événements évolutifs, la capacité d’occuper des contextes écologiques variés, et une source de subsistance et d’activités majeures pour l’humanité. Les territoires français d’outre-mer dont les Antilles abritent un riche patrimoine végétal et sont situés dans divers « points chauds de biodiversité » recensés dans le monde. Ce patrimoine est valorisable dans le cadre d’un développement agricole durable, fondé sur une meilleure connaissance de la biodiversité des espèces d’intérêt économique, et de leur valorisation dans des systèmes de productions plus respectueux de l’environnement. - Décrire et expliquer la méthodologie de travail, son caractère novateur s’il y a lieu. Quand cela est opportun faire mention des demandes d’autorisations/accréditations requises pour mener à bien le projet : Le projet Cavalbio repose sur la conjonction de compétences pluridisciplinaires dans le domaine de la génétique, de la génomique, de la physiologie et de l’écophysiologie, de la technologie des aliments, de la pathologie, de l’imagerie et de la socio-économie de l’innovation. Les principales approches méthodologiques sont décrites ci-dessous.

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Marquage génétique : l’utilisation de marqueurs SNPs basée sur la compétition allèle spécifique (technologie Kaspar ; Cuppen, 2007) a été privilégiée pour les contrôles génétiques. Sur les agrumes, le CIRAD, en partenariat avec l’Ivia, a montré le bon potentiel de transférabilité interspécifique (Garcia-Lor et al., 2013 ; Curk et al., 2015) ainsi que la possibilité d’effectuer des dosages alléliques chez les polyploïdes (Cuenca et al., 2013). Les marqueurs Kaspar ont été utilisés avec succès au cours de la première tranche de Cavalbio et un set de 192 nouveaux marqueurs diagnostiques du genre Poncirus a été développé. Pour l’igname, 192 SNPs ont été sélectionnés à partir de données de Génotypage par Séquençage (GBS ; Elshire et al., 2011) sur l’ensemble des géniteurs et un panel de ressources génétiques représentatif de l’espèce D. alata. Les études d’association génotypes/phénotypes nécessitant un marquage pangénomique feront l’objet d’analyse GBS. Pour les agrumes, l’approche décrite dans Oueslati et al. (2017), avec l’utilisation de l’enzyme de restriction APEK1 et d’une base de sélection lors de la préparation des banques, sera retenue. Le séquençage sera réalisé avec la technologie Illumina Hiseq 3000 et les lectures seront mappées sur le génome de référence du clémentinier (https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#!info?alias=Org_Cclementina). L’évaluation des dosages alléliques sera réalisée suivant le pipe-line développé au cours de la première tranche de Cavalbio. Pour l’igname les données GBS et SSRs à utiliser pour les études d’associations avec les populations du CIRAD et de l’INRA ont été générées durant la première tranche de Cavalbio. Elles seront complétées par des données de reséquençage complet et de séquence capture sur des gènes ciblés. Matériel végétal innovant destiné à l’amélioration variétale ou à la recherche : Ignames : les diploïdes doublés de D. alata seront étudiés. En effet, la ploïdie et l’existence d’éventuelles chimères de ploïdie seront analysées par cytométrie en flux et par GBS afin de compléter la caractérisation déjà initiée, et d’identifier des couples diploïdes / diploïdes doublés qui seront retenus pour les études phénotypiques liées à l’impact de la ploïdie. Association entre polymorphisme moléculaire et variabilité phénotypique : la localisation de régions du génome impliquées dans une part de la variabilité du caractère cible sera réalisée par des études d’association génétiques chez l’igname pour la résistance à l’anthrachnose et le développement/croissance et chez les agrumes pour la tolérance au stress hydrique et certains caractères de qualité. La validité de telles études dépend de la structuration du déséquilibre de liaison (DL) au sein du matériel végétal analysé. Pour des espèces à multiplication végétative issues d’évolutions réticulées, comme les agrumes et les ignames, les DLs peuvent perdurer sur de très vastes régions du génome au sein des ressources génétiques et empêcher des analyses efficaces à partir des collections. Ainsi, dans Cavalbio nous avons privilégié des études portant sur des populations ségrégeantes issues d’hybridations contrôlées. Sur ignames, les analyses QTL pan-génomiques seront fondées sur la comparaison de diverses approches (analyses QTL séparées par famille, analyses méta-QTL, tests d’association avec co-facteurs d’apparentements familiaux ; études d’associations basées sur les haplotypes ancestraux). Des gènes candidats seront recherchés à partir de l’annotation des génomes dans les régions génomiques identifiées par les QTLs ou par la bibliographie. La validité des QTLs identifiés pourra être testée sur d’autres fonds génétiques par l’analyse de coségrégation entre marqueurs (SNPs Kaspar) flanquant les QTLs, et les caractères cibles sur d’autres populations des programmes d’amélioration. Sur les agrumes, l’analyse de la tolérance au déficit hydrique portera sur une population de porte-greffes tétraploïdes issue d’hybridation entre deux diploïdes doublés d’origine interspécifique et intergénérique (C. reticulata x C. medica) x (Citrus x Poncirus). Celle des facteurs de qualité sur une population d’hybrides de limettiers triploïdes impliquant les quatre taxons ancestraux des formes cultivées (C. x limon x C. x aurantiifolia = [(C. maximax C.

https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#!info?alias=Org_Cclementina

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reticulata) x C. medica] x (C. micrantha x C. medica)]. Les analyses d’association seront basées sur les haplotypes des taxons ancestraux à partir de données GBS (acquises au cours de la première tranche de Cavalbio pour la population triploïde et à générer durant la seconde phase du projet pour les tétraploïdes). Physiologie et écophysiologie du développement et de l’adaptation : différentes analyses anatomiques, morphologiques et physiologiques ont été réalisées dans le cadre de la première tranche de Cavalbio. Ces travaux ont permis d’initier une caractérisation des déterminants à l’origine de la différenciation phénotypique entre génotypes diploïdes, triploïdes et tétraploïdes d’ignames et d’agrumes. Ils ont aussi permis de débuter la mise au point d’outils de phénotypage haut débit permettant la caractérisation d’un plus grand nombre d’accessions. Sur igname, cette caractérisation sera poursuivie ainsi que les développements méthodologiques qui y sont liés. L’utilisation et la calibration d’une méthode basée sur l’analyse d’image multi-spectrales permettra de suivre le développement / l’adaptation et ses interactions avec l’environnement, tout au long du cycle. Enfin, l’utilisation de couples de diploides et diploides doublés et de données de marquage génétique (GBS) permettra de séparer l’effet du fond génétique de celui de la ploïdie. Sur les agrumes, le travail va être complété par des analyses de tolérance au déficit hydriques sur des porte-greffes diploïdes et tétraploïdes greffés avec des variétés diploïdes et triploïdes. Des dosages hormonaux et en métabolites primaires seront réalisés afin d’identifier les déterminants de l’adaptation les plus discriminants et de mieux comprendre l’impact du scion et du porte-greffe sur l’adaptation au déficit hydrique. La génomique fonctionnelle comparée sera utilisée pour valider la relation gène – expression - caractères d’adaptation des agrumes polyploïdes. Cette approche sera mise en œuvre sur la population de porte-greffes tétraploïdes générée durant la première tranche du projet. La validité du rôle des gènes candidats comme déterminant de la variabilité phénotypique pourra être testée par des analyses de coségrégations entre les gènes considérés sur la base des analyses de génotypage par GBS. Caractérisation des structures et fonctionnements tissulaires et cellulaires : chez les agrumes, les études par microscopie à balayage ont permis de mettre en évidence une différenciation phénotypique importante au niveau des vaisseaux du phloème (racine et pétiole de feuilles) entre génotypes diploïdes, triploïdes et tétraploïdes. Ces travaux vont être poursuivis par microscopie à balayage et par microscopie électronique dans le cadre de l’analyse de l’impact du HLB sur les tissus polyploïdes. Dans le cadre du projet FEDER MALIN, un kit de quantification de CLas va être mis au point. Cet outil devra permettre de mettre en relation les phénotypes induits par le HLB au niveau cellulaire entre génotypes diploïdes et polyploïdes et la charge bactérienne mesurée. Phénotypage et déterminants génétiques des résistances / tolérances aux maladies : Pour l’anthracnose des ignames, le phénotypage en conditions contrôlées (Onyeka et al. 2006b) des populations ségrégeantes sera poursuivi. Afin d’aboutir à une analyse large de la résistance à l’anthracnose chez l’igname D. alata des analyses QTLs seront conduites sur de nouvelles sources de résistance par l’analyse de trois populations en ségrégation et la confrontation des données phénotypiques et de génotypage pangénmique (GBS). Sur agrumes, la population de limettiers triploïdes générée dans le cadre de la première tranche de Cavalbio est déjà en champ. De même, la population de porte-greffes tétraploïdes générée sera amplifiée par bouturage, greffée avec de l’oranger et plantée au champ. Après contamination naturelle par le HLB, il devrait être possible de phénotyper les symptômes de la maladie, la charge bactérienne associée pour les deux types de populations. Enfin l’analyse des composés d’arômes au niveau des feuilles sur la population triploïde permettra de vérifier, en relation avec la présence de psylles, si des différences d’appétence existent entre les génotypes. Si une ségrégation des caractères de tolérance /

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appétence peut être mise en évidence, des analyses QTLs pourront être réalisées. Caractérisation des séquences virales endogènes : pour les badnavirus endogènes dans le génome des ignames, les actions seront i) la création d’une nouvelle banque BAC pour l’espèce D. rotundata, ii) caractérisation moléculaire par séquençage de clones BAC porteur d’EVEs chez D. rotundata, par reséquençage d’accessions D. cayenensis et D. rotundata grâce aux analyses des séquences des clones BAC chez ces deux espèces, iii) la mise au point d’outils moléculaires de criblage par PCR permettant de différencier les différents allèles caractérisés chez les deux espèces et iv) le criblage à l’aide de ces outils des ressources ignames conservées par le CRB-PT. Analyses socio-économique des attentes et de l’acceptabilité des innovations : la modélisation ex-ante des attentes et préférences des agriculteurs et des consommateurs en matière d’innovations variétales et de schéma d’organisation de filière sera traitée par la conjonction des actions suivantes (i) Définir des mesures d’accompagnements adaptées pour la production et l’utilisation de plants de qualité, (ii) enquêtes sur un échantillon d’agriculteurs et mise en œuvre d’expériences de choix, (iii) enquêtes auprès de consommateurs par une analyse de leurs préférences et (iv) modélisation économétrique des préférences des producteurs pour les caractéristiques des nouvelles variétés d’ignames ainsi que pour différentes modalités de schémas de multiplication-diffusion de plants sains d’ignames et d’agrumes. Les travaux sur la mise en adéquation de l’offre d’innovations de la recherche avec les préférences des agriculteurs et le marché de l’igname et des agrumes en Guadeloupe s’appuieront sur le modèle d’offre agricole MOSAICA à l’échelle du territoire guadeloupéen (Chopin et al., 2015). Il s’agit d’un modèle de programmation mathématique d’optimisation sous contraintes permettant de simuler l’adoption de différentes activités de production d’ignames et d’agrumes de manière explicite. La prise de décision est modélisée à l’échelle de l’exploitation agricole. Une agrégation est ensuite réalisée au niveau du territoire guadeloupéen pour simuler le marché dans son ensemble. Le modèle sera paramétré pour le volet agricole avec les données biotechniques obtenues dans les autres actions de Cavalbio et les projets de recherche et développement. Pour le volet consommation, nous nous appuierons sur les données acquises dans le cadre de la thèse de Carla Barlagne (thèse soutenue et financée par le FEDER précédent sur l’igname et sur des suivis de prix pour les agrumes).

Dans le cas d’une 2nd tranche, reprendre l’exposé présenté lors du dépôt de la tranche 1. S’il y a d’éventuelles amendements dans les méthodologies, les expliciter

d. ARTICULATIONS AVEC D’AUTRES PROJETS ET APPELS A PROJETS

- Préciser l’articulation avec d’autres projets locaux, nationaux, voire internationaux : Sur le plan local, les actions de recherche proposées dans Cavalbio sont totalement intégrées au processus d’innovation mis en place pour les deux espèces concernées dans le cadre du RITA (plateformes de sélection variétale). Par ailleurs, certaines parcelles du RITA serviront de support expérimental pour des études cognitives réalisées dans Cavalbio. Le projet Cavalbio s’appuiera sur les ressources biologiques du CRB-PT dont la gestion est assurée depuis 2015 par le projet CPER-CRBio. Il pourra compter plus largement sur le réseau « INTER-TROP » des CRB tropicaux français qui a vu le jour en 2010 grâce au soutien du GIS IBiSA. Ce réseau est animé par le CRB de Guadeloupe. Les marqueurs SNPs développés et validés dans le cadre de Cavalbio seront transférés au CRB-PT pour des contrôles génétiques routiniers dans le cadre du renouvellement des collections. De plus, le WP4 est en interaction direct avec le projet FEDER MALIN puisque les résultats de ce WP permettront de sélectionner les variétés destinées à alimenter différentes tâches du projet MALIN (risques liés aux séquences virales endogènes et rôle de ces séquences dans la résistance de la plante hôte). De même, le développement d’un kit de quantification de CLas dans le cadre du projet FEDER MALIN permettra de mettre en relation les phénotypes induits par le HLB au niveau cellulaire chez les agrumes (WP3) et la charge bactérienne mesurée.

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Sur le plan national, les équipes guadeloupéennes sont impliquées dans deux projets en cours depuis 2016, complémentaires de Cavalbio dans le domaine de la génomique : (i) Projet Agropolis Fondation « Genome Harvest » visant à développer des outils de bioinformatique en réponse aux questions spécifiques d’analyse pangénomique liées aux structures complexes des génomes des espèces végétales concernées par Cavalbio ; (ii) Projet France génomique « Dynamo » destiné à des reséquençages massifs des ressources génétiques des agrumes afin d’en analyser les structures phylogénomiques fines et leurs liens avec la variabilité phénotypique. La confrontation des données de structures phylogénomiques révélées grâce à Dynamo et Genome Harvest et des données de ségrégations fines (GBS) obtenues dans Cavalbio pour des hybrides d’origines interspécifiques et intergénériques apporteront un éclairage totalement novateur concernant l’impact des structures phylogénomiques complexes sur le fonctionnement méiotique et l’hérédité des caractères. Enfin, le partenariat qui va être signé prochainement entre le CIRAD et le groupe Grand-Marnier (évaluation de porte-greffes de bigaradiers tétraploïdes sous contrainte HLB en Guadeloupe) montre l’intérêt du secteur privé pour nos recherches. Sur le plan international, le projet Cavalbio pourra bénéficier d’échanges de matériel végétal et d’expertises avec diverses partenaires étrangers détenteurs de ressources (USDA, Floride), VARTC (Vanouatou), CPCT (Fidji) et IVIA (Espagne). Le projet Cavalbio bénéficiera des retombées de projets conduits récemment à l’échelle nationale et internationale dans les domaines de la biologie végétale, de l’amélioration génétique des plantes et de la génomique végétale, par des Unités du CIRAD et de l’INRA auxquelles nos équipes guadeloupéennes de Cavalbio sont rattachées ou associées dans des collaborations récentes. De même le projet H2020 « TropicSafe: Insect-borne prokaryote-associated diseases in tropical and subtropical crops; 2017-2019 » sur les agrumes a permis d’initier différents partenariats en lien avec la thématique HLB. Enfin, un partenariat privé vient d’être signé entre le CIRAD et les Domaines Agricoles au Maroc pour l’évaluation de matériels porte-greffes innovants sous contrainte HLB en Guadeloupe. Chez l’igname, l’élaboration de la carte génétique de référence de l’igname et plus largement la génétique de l’igname bénéficiera de l’articulation entre Cavalbio et le projet « Africa Yam » de l’IITA financé par la Fondation Gates. Le projet CRP-RTB « Nextgen » contribue également à l’acquisition de données de génomique fine sur l’Igname. La participation au projet RTB-Foods, focalisé sur la qualité des plantes à racines et tubercules, doit permetre d’approfondir les études sur la qualité et ses déterminismes (GxE). - Exposer la complémentarité avec d’autres appels à projets : Sur le plan régional Caraïbes, le projet Interreg V devrait être l’occasion de structurer des actions sur la Caraïbe afin d’appuyer le rayonnement de la Guadeloupe. De même des partenariats stratégiques sont aussi engagés sur l’igname (IITA-BMGF Afrique de l’Ouest ; CRP-RTB, VARTC) et les agrumes (notamment le projet H2020 « Pre HLB : Preventing HLB epidemics for ensuring citrus survival in Europe » qui vient d’être soumis et qui devrait permettre de renforcer les recherches sur la tolérance au HLB ; Caraïbes : Brésil - Embrapa, UESC ; Bassin Méditerranéen : IVIA, INRAM) dans le but de développer des collaborations bilatérales ou en réseau. INRAM : Institut National de la Recherche Agronomique du Maroc ITC: International Transit Center (Division of Crop Biotechnics – Laboratory of Tropical Crop Improvement) USDA: United States Department of Agriculture VARTC: Vanuatu Agricultural Research and Technical Centre CPCT: Centre for Pacific Crops and Trees IVIA : Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias Embraba Mandioca e Fruticultura CRP-RTB: CGIAR Research Program Roots Tubers and Bananas

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3. RESULTATS ET RETOMBEES

(2 pages maximum)

a. RESULTATS DU PROJET

- Indiquer les résultats attendus du projet, sur le plan scientifique / technique / économique / sociétal : Le projet FEDER Cavalbio se situe en amont des plateformes de sélection de nouvelles variétés permettant un transfert rapide des innovations variétales aux agriculteurs via les RITA. La figure ci-dessous permet de rendre compte des attendus du projet Cavalbio à plus ou moins long terme.

Matériels végétalsinnovants adaptés aux enjeux régionaux

Nouveaux outils pour la recherche et le développement:• Marqueurs SNPs• Données de re-séquençage

RITA2

Rayonnement scientifique:• Publications-Congrès, Formation d’étudiants et de doctorants, communications grand public

Des connaissances sur :• les déterminants de la qualité, du développement, de l’adaptation au déficit hydrique et la tolérance /

résistance aux maladies,• La biologie de la reproduction, • La caractérisation des séquences virales endogènes

Création et plantation de matériels innovants: • Igname :diploïdes doublés et hybrides

tétraploïdes, population diploïde,• Agrumes : populations de limettiers triploïdes et

porte-greffes tétraploïdes, parc semencier, association de porte-greffes et greffons polyploïdes

Caractérisation génétique et phénotypique du matériel généré pour les différents caractères considérés

Imp

act

Acquisition de connaissancesElaboration de concepts

Première tranche de Cavalbio Seconde tranche de Cavalbio

ValidationTransfert

InnovationsPreuves de concepts

Valorisations économiques des innovations variétales:• Identification des leviers économiques de valorisation de l’utilisation des innovations

Innovations techniques

caractérisation génétique des génotypes, analyse des haplotypes

Innovations scientifiques : la première tranche de Cavalbio a permis de développer les outils pour lever certains verrous ou freins à une amélioration efficace des complexes d’espèces agrumes et ignames. Les connaissances acquises sur les déterminants des caractères utiles, la biologie de la reproduction et la caractérisation des séquences virales endogènes ont permis d’optimiser l’exploitation de la biodiversité pour l’amélioration des deux plantes cultivées considérées. Différents matériels ont ainsi été créés (voir figure ci-dessus) et vont faire l’objet d’études dans le cadre de la seconde tranche de Cavalbio. Au-delà des enjeux d’amélioration variétale, la diversité des modèles biologiques et la convergence des questions de recherche forgeront un socle de connaissances sur le fonctionnement méiotique et l’hérédité des génomes complexes (inter(sub)spécificité, polyploïdie) et l’impact de la polyploïdie sur la plasticité phénotypique et l’adaptation. Transfert des innovations variétales : le projet permettra de fournir aux acteurs du RITA et aux plateformes de sélection des matériels biologiques innovants présélectionnés, adaptés aux contraintes des filières et des pratiques culturales locales. Des ressources biologiques innovantes d’ignames et d’agrumes ont été produites en intégrant les objectifs (i) de qualité des produits en adéquation avec les attentes des filières et des consommateurs, (ii) d’adaptation physiologique à certains terroirs agricoles présentant des contraintes de stress abiotiques (agrumes), (iii) de traits d’architecture et de vigueur permettant de limiter les charges de main-d’œuvre liées aux opérations culturales et à la récolte (hauteur des agrumes, forme des tubercules chez l’igname), (iv) de résistance/tolérance à diverses maladies susceptibles d’occasionner des pertes économiques importantes, et des impacts

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environnementaux en cas de recours à des traitements chimiques et (v) de diversification des gammes variétales (agrumes, ignames) dans le but de mieux étaler les périodes de production, d’abaisser les contraintes phytosanitaires et d’augmenter les revenus agricoles. Transfert d’innovations techniques aux plates-formes et aux filières : les études d’association entre polymorphisme moléculaire et variabilité phénotypique déjà initiées doivent permettre d’identifier des marqueurs diagnostics de nombreux gènes d’intérêts agronomiques présents dans le germoplasme le plus utilisé dans les schémas d’amélioration. Ces avancées permettront la mise au point d’outils de sélection assistée par marqueurs qui seront transférés aux Plateformes de Sélection dans la perspective de gains de temps et de coût dans la sélection d’innovations variétales. Par ailleurs les outils innovants de phénotypage de traits d’intérêt (ignames) pourront être transférés pour des applications en sélection et en production agricole. Les études dans le domaine de l’économie de l’innovation permettront par ailleurs de mieux cerner les attentes des acteurs et consommateurs des filières ignames et agrumes et à terme d’optimiser la structuration d’une chaîne de valeur complète des filières intégrant innovation variétale, multiplication-diffusion, production agricole et circuits commerciaux. Formation par la recherche pour le développement durable : Les techniciens et les chercheurs du projet ont déjà accueilli et formé plus d’une vingtaine d’étudiants. Six chercheurs sont titulaires d’une HDR. Le dynamisme des équipes et l’ambition des travaux conduits dans Cavalbio devraient garantir un support attractif pour l’accueil de nouveaux étudiants et de 3 doctorants pour lesquels des financements ont été acquis en 2017/2018 (les sujets de thèse proposés sont présentés dans la section 6 b) Objectifs thématiques (OT) prioritaires de l’Europe : les activités développées dans Cavalbio doivent contribuer aux cinq objectifs thématiques (OT) suivants de l’Europe: OT1 : renforcer la recherche, le développement technologique et l’innovation ; OT5 : Promouvoir l’adaptation aux changements climatiques et la gestion des risques ; OT6 : Protéger l’environnement et promouvoir l’utilisation rationnelle des ressources ; OT8 : Promouvoir l’emploi et soutenir la mobilité du travail ; OT10 : Investir dans l’éducation, les compétences et la formation tout au long de la vie. - Expliquer les risques et/ou obstacles qui pourraient entraver la réalisation des résultats escomptés : Les risques et/ou obstacles qui pourraient entraver l’obtention des résultats escomptés et les actions correctrices envisagées sont détaillés dans la partie 5c.

Dans le cas d’une 2nd tranche, préciser les résultats déjà obtenus et ceux à venir, toute illustration par un schéma afin de décrire l’avancée du projet est la bienvenue

b. DIFFUSION ET VULGARISATION DES RESULTATS

- Expliquer les retombées pour le territoire, en particulier pour les bénéficiaires finaux : Le projet Cavalbio s’inscrit dans le domaine d’activité stratégique (DAS) « Valorisation de la diversité des ressources insulaires » de la stratégie de spécialisation intelligente (S3) de la Guadeloupe. Il fédère des compétences en recherche dans les domaines de l’amélioration génétique, de la protection des plantes, de la physiologie végétale, et de l’économie de l’innovation. Le projet se focalise sur la recherche de solutions variétales adaptées aux contraintes agronomiques majeures affectant les producteurs guadeloupéens. L’impact prévisible du projet ne concerne pas uniquement la production et le transfert d’innovations susceptibles d’apporter une amélioration de la performance, de la durabilité et de la diversité des systèmes de productions sur lesquels est fondée l’économie agricole des Antilles. Le collectif de compétences mobilisées a également prévu de contribuer à des actions d’encadrement pédagogique, notamment par la formation par la recherche de nombreux étudiants. Ces différentes actions contribueront au rayonnement des compétences de la Guadeloupe au niveau national et international.

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- Décrire le plan d’actions de diffusion et de vulgarisation des résultats du projet, pendant et à l’issue de ce dernier. Ce plan doit à minima préciser les modalités, les cibles et les impacts attendus des actions proposées : durant la première tranche de Cavalbio, les premiers résultats ont fait l’objet de 9 communications scientifiques à l’occasion de congrès internationaux et de 4 publications dans des revues internationales à facteur d’impact. Dans le cadre de la seconde tranche, des communications sont prévus à 4 congrès en 2018, 2 en 2019 et 3 en 2020, et au moins 8 autres publications scientifiques sont attendues. La communication du projet sera animée en collaboration avec les chargés de communication des organisations membres du consortium. Un VSC sera recruté en 2019 et 2020 en appui aux actions de communication qui auront pour objectif de faire connaître, auprès des professionnels, des décideurs politiques, des médias, mais aussi du grand public, des enseignants et leurs élèves (lors d’événements dédiés, comme la Fête de la science), le projet, ses résultats marquants et produits (innovations, publications, services), les compétences, les plateformes et infrastructures déployées et les fonds européens mobilisés. Des visites des dispositifs expérimentaux seront également proposées aux professionnels (producteurs, pépiniéristes, …) afin de les informer des différentes innovations variétales pouvant faire l’objet dans l’avenir d’évaluation dans le cadre du RITA. Pour ce faire, les actions du projet seront présentées sur des pages Web dédiées au projet et un flash info semestriel sera publié. Des fiches "innovation" (ou "produit") et des panneaux d’information des différents dispositifs terrains seront préparés et diffusés sous format papier ou web à l’occasion des événements (séminaires, journées techniques, ...) organisés en fonction du public ciblé. Des reportages filmés télévisés vont être réalisés et seront proposés sur le site Web du projet. En relation avec la presse, des reportages TV et radio seront sollicités pour informer un public plus large des actions conduites au sein du projet. En interne, la communication aura pour objectif d’aider au partage d’information, au travail interdisciplinaires et à la co-construction de savoirs, tout en renforçant la cohésion du collectif. Une réunion annuelle réunira tous les participants du projet et leurs partenaires dans le cadre des RITA.

Dans le cas d’une 2nd tranche, reprendre les éléments présentés lors du dépôt de la 1ère tranche. Préciser les éventuels amendements envisagés et pourquoi

c. IMPLICATION DES UTILISATEURS FINAUX

- Modalités d’implication des utilisateurs finaux à l’élaboration / l’exécution du projet : Les actions de recherche proposées sont totalement intégrées au processus d’innovation et de transfert des innovations mis en place pour l’igname et les agrumes dans le cadre du RITA (plateformes de sélection variétale). Les caractères et idéotypes cibles émanent des réflexions conduites avec les acteurs des filières dans les instances de pilotage de ces réseaux. Les avancées méthodologiques et le matériel végétal innovant (identification de germoplasmes élites, géniteurs améliorés, variétés présélectionnées) alimenteront directement les plateformes de sélection et permettront d’améliorer les processus de sélection (indicateurs phénotypiques, marqueurs moléculaires pour la sélection de certains caractères). Les recherches sur les valorisations économiques des innovations variétales seront conduites directement avec les acteurs des filières igname et agrumes et permettront un feedback immédiat sur les idéotypes et les méthodes de phénotypage. Enfin, les informations acquises sur les plateformes de sélection alimenteront la connaissance des déterminants des caractères utiles. Les représentants des organismes et associations partenaires des RITA seront invités aux réunions de restitutions annuelles des recherches conduites dans Cavalbio.

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4. EXECUTION DU PROJET

(Un schéma illustrant les liens entre les WP est souhaitable)

O1 - O2: Acquisition de connaissances sur la

méiose des génomes complexes via l’utilisation

de nouvelles ressources moléculaires

WP1Ressources biologiques et moléculaires et optimisation de la mobilisation de la

biodiversité par voie sexuée

WP4 (O4)Gestion du Risque des

séquences virales

endogènes

Sécurisation de la mobilisation et

de la propagation de la

biodiversité

O5: Acceptabilité et impact socio-

économique de l’innovation

WP5Attentes en termes d’idéotypes

Adhésion schéma de production

de plant sains,

Impact économique de

l’innovation

O3 : Déterminants des caractères clefs

WP2Développement, Adaptation et

Qualité

WP3Tolérance aux

maladies

WP6Coordination &

communication

La première tranche de Cavalbio était organisée en six work-packages thématiques interdépendants afin d’optimiser l’animation scientifique autour des questions de recherches communes aux deux plantes concernées. Le développement de ressources moléculaires et la création de matériel innovant correspondaient à deux WP distinctes. Dans la seconde tranche de Cavalbio ces activités ont été regroupées dans un unique WP (WP1), beaucoup des actions prévues ayant déjà été réalisées. Le développement de ressources moléculaires et biologiques innovantes s’appuyait sur l’acquisition de connaissances sur le fonctionnement méiotique des génomes complexes. Ceci nous a permis d’optimiser la gestion, la mobilisation de la biodiversité par voie sexuée, ces actions couvrant les objectifs O1, O2 du projet. L’étude des déterminants des caractères utiles (O3) fait l’objet de deux work-packages WP2 et WP3 qui traitent respectivement des caractères de (i) développement, adaptation et qualité et (ii) de tolérance aux maladies. Le WP4 contribuera à optimiser et sécuriser la mobilisation et la propagation de la biodiversité (objectif O4). Enfin le WP5 traite de l’objectif O7 sur l’acceptabilité et l’impact socio-économique des innovations. Un WP additionnel (WP6) est destiné à la coordination et à la communication. En fonction des questions de recherches un ou plusieurs partenaires sont impliqués dans la réalisation des actions. L’organisation des actions de recherches et la contribution des partenaires aux cinq premiers WPs sont décrites ci-dessous.

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a. LISTE DES GROUPE DE TACHES (WP)

La première tranche de Cavalbio a démarré très tardivement pour les partenaires 2 et 3. Un report a été accordé par la région Guadeloupe à ces deux partenaires pour finaliser la tranche 1. La seconde tranche de Cavalbio a démarré en janvier 2018 pour le partenaire 1. Pour les partenaires 2 et 3, un démarrage de la seconde tranche de Cavalbio est prévu en octobre 2018.

WP N° Intitulé du WP

N° du partenaire

coordinateur du WP

Nom du partenaire

coordinateur du WP

Temps1 dédié au

WP2

N° du mois de début

N° du mois de

fin

1

Ressources biologiques et moléculaires et optimisation

de la mobilisation de la biodiversité par voie sexuée

1 Cormier F 116.25 1 36

2 Déterminants du

développement, de l’adaptation et de la qualité

1 Morillon R 139.3 1 36

3 Déterminant de la tolérance

aux maladies 2 Pétro D 40.64 1 36

4 Caractérisation de séquences virales

endogènes 2 Umber M 10.68 10 36

5 Valorisations économiques des innovations variétales

2 Blazy JM 49.36 10 36

6 Coordination et communication

1 Morillon R 25.2 1 36

TOTAL de temps dédiés 381.43 1 préciser l’unité de mesure retenue : mois / durée projet 2 par le partenaire coordinateur du WP

b. DESCRIPTION DE CHAQUE GROUPE DE TACHES (WP)

(2 Max pages/WP)

N° du WP 1 Partenaire coordinateur du

WP 1

Intitulé du WP Ressources biologiques et moléculaires et optimisation de la mobilisation de

la biodiversité par voie sexuée

N° des partenaires impliqués dans le WP

1

Temps1 dédiés par partenaire 116.25

N° du mois de début 1 N° du mois de fin 36

La capacité à associer des traits d’intérêts par hybridation sexuée dans des nouvelles variétés est reliée à la maitrise de la combinaison des allèles favorables présents chez différents géniteurs. Pour des espèces dioïques (présence d’inflorescence mâle et femelle sur des individus différents) comme les ignames, pour lesquelles les floraisons sont rares, l’acquisition de connaissances sur le déterminisme du sexe est essentielle pour améliorer l’efficience des programmes d’amélioration par voie sexuée. De même, les fleurs femelles d’ignames sont fréquemment matures bien avant les fleurs mâles, rendant la réalisation de certains croisements impossible. Afin de maximiser le nombre de croisements réalisables, une méthode de conservation du pollen par lyophilisation sera développée chez l’espèce Dioscorea alata. Elle devrait permettre de conserver le pollen d’une année sur l’autre et de faciliter les échanges au niveau international. La compréhension des mécanismes de reproduction et de recombinaison méiotique est également cruciale pour exploiter et combiner efficacement les caractères des différents parents. Lors de la première tranche du projet Cavalbio, diverses populations diploïdes (ignames), triploïdes (agrumes) et tétraploïdes (agrumes,

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ignames) ont été créées. Dans cette seconde tranche du projet, ces ressources innovantes seront, dans le WP1, le support d’étude de génétique visant à comprendre les mécanismes de reproduction chez l’igname (la formation des 2n gamètes en particulier) et certains agrumes tétraploïdes d’origines interspécifiques et intergénériques utilisés pour l’amélioration des porte-greffes. Elles serviront également à l’étude du déterminisme génétique et moléculaire des caractères d’intérêt (WP2 et WP3). Les nouvelles méthodes de séquençage permettent aujourd’hui de réaliser un balisage dense du génome afin de suivre finement la recombinaison, d’identifier des régions affectées par des ségrégations déséquilibrées et de localiser les régions du génome impliqué dans la variabilité des caractères d’intérêts. De premières ressources moléculaires (données GBS, marqueurs SNPs) ont été générées durant la première tranche de Cavalbio. L’effort sera poursuivi et des outils d’analyses seront développés pour prendre en compte la complexité particulière des génomes des espèces concernées (polyploïdie, inter-spécificité).

WP1.1 Déterminants génétiques du sexe chez l’igname (CIRAD) 1.1.1 Consolidation des ressources génomiques et génotypiques nécessaires à l’étude Participants : F. Cormier1, G. Arnau1, E. Maledon1, E. Nudol1, M-C Gravillon1 Acquis durant la première tranche : première analyse GBS de la population d’étude avec une profondeur faible pour certains individus. Activité/méthode : (i) complément d’analyse GBS des deux populations diploïdes analysées durant la 1ere tranche ; (ii) reséquençage complet en mélange de pool de mâle et de femelle afin de détecter la délétion d’une extrémité de chromosome potentiellement impliqué dans la détermination du sexe mâle, (iii) certains gènes, identifiés par recherche bibliographique comme impliqués dans la détermination du sexe chez les espèces dioïques, seront aussi étudiés par « sequence capture ». 1.1.2 Méta-analyse des déterminants génétiques du sexe chez l’igname Participants : F. Cormier1, G. Arnau1 Activité / méthode : trois approches complémentaires seront conduites : la cartographie de QTL (Quantitative Trait Locus) à l’aide des populations biparentales et des données GBS. Cette approche puissante a cependant une résolution limitée par la taille des populations et ne permet d’étudier qu’une diversité restreinte (celle des parents). Une recherche de locus / gènes sur un panel de diversité issu des accessions présentes au sein des collections du CRB-PT et du CIRAD sera également conduite. Cette approche GWAS (Genome Wide Association Mapping), moins puissante mais de meilleures résolutions, donnera accès aux déterminismes génétiques du sexe dans une diversité représentative de la diversité mondiale. Enfin, une approche « gènes sous sélection » sera conduite à partir des séquences génomiques issues de « sequence capture » et du re-séquençage des pools mâle et femelle. Cette analyse nous permettra de comparer les mécanismes de déterminations du sexe chez D. alata avec ceux présents chez d’autres espèces et d’identifier des mutations / gènes potentiellement responsables du sexe. WP1.2 Développement d’une méthode de conservation du pollen par lyophilisation chez l’igname (CIRAD) Participants : E. Maledon1, G. Arnau1 Activité / méthode : Différentes conditions de lyophilisation seront testées sur un nombre limité de variétés (3 ou 4). Les grains de pollen seront lyophilisés avec différents paramètres de pression, température de plateau chauffant et de durée. Un test de germination sera effectué pour chaque traitement afin de vérifier la viabilité du pollen. WP1.3 Origine des 2n gamètes et implication pour la dynamique de la diversité chez l’igname (CIRAD) 1.3.1 Analyse de l’origine des 2n gamètes à partir d’hybrides téraploïdes issus de croisement diploïde x tétraploïde Participants : G. Arnau1, E. Maledon1, F. Cormier1, M-C Gravillon1 Une population tétraploïde a été générée lors de la première tranche du projet, par hybridation interploide (2x x 4x) entre une génitrice diploïde (61F) qui produit des diplogametes à un taux élevé (12%) et un mâle tétraploïde VU472a. Activité / méthode : Identification, à partir des données de GBS générées lors de la 1ere tranche, des polymorphismes SNPs hétérozygotes chez la femelle et homozygotes chez le mâle et bien repartis le long du génome ; développement d’amorces Kaspar et génotypage de la population. Cette étude permettra de déterminer quel est le taux de transmission de l’hétérozygotie tout le long des chromosomes et de conclure sur

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l’origine de formation des 2n gamètes comme décrit sur agrumes par Cuenca et al. (2011). 1.3.2 La parthénogenèse chez l’igname et son implication sur la diversité Participants : G. Arnau1, E. Nudol1, E. Maledon1, F. Cormier1 Acquis durant la première tranche : mise en évidence de la production des nombreux fruits et graines viables, probablement parthénogénétiques en l’absence de pollinisation chez les femelles produisant des 2n gamètes. Activité/méthode : plantation en parcelle isolée de 2 ou 3 femelles ayant présenté cette particularité et génotypage Kaspar des descendances obtenues WP1.4 Impact des structures interspécifiques et intergénériques sur les écarts au mendélisme (distorsions de ségrégation, recombinaison) chez les géniteurs tétraploïdes d’agrumes (CIRAD) Participants : P. Ollitrault1, J. Gora1, R. Morillon1 Acquis durant la première tranche : création des populations tétraploïdes et mise en évidence d’une hérédité intermédiare et préférentiellement disomique pour les hybrides intergénériques Citrus x Poncirus Activité / méthode : analyse GBS d’une population de 96 hybrides Volkameriana tétraploïde x Citrumello tétraploïde (enzyme de restriction APEK1, 1 base de sélection ; banque en multiplexage 96 séquencée sur 3 line Hiseq Illumina 3000). Etablissement d’une carte génétique de chaque parent avec le programme Tetraploid Map (Hackett et al., 2007). WP1.5 Développement de ressources moléculaires et d’outil d’analyse de données pangénomique 1.5.1 Diversité haplotypique de l’ensemble des gènes annotés sur le génome des agrumes pour les géniteurs des programmes d’amélioration conduits en Guadeloupe (CIRAD) Participants : A. Dereeper1, R. Morillon1, J. Gora1, P. Ollitrault1 Activité / méthode : les données de re-séquençage pair ends (150pb) du limettier Giant Key, des citronniers Lisbonne et Eureka, du Volkameriana et du Citrumello 4475 et de certains de leurs hybrides (données issues du projet France génomique Dynamo) seront « mappées » sur la séquence de référence du génome du Clémentinier et l’appel des polymorphismes sera réalisée à l’aide du programme GATK. Les haplotypes vrais seront inférés à partir des données génotypiques de triplettes (deux parents et un hybride) pour lesquelles les données haplotypiques sont disponibles pour l’un des individus. Une base de données sera constituée. L’analyse de la diversité fonctionnelle in silico de ces séquences haplotypique sera conduite pour certains gènes candidats identifiés dans les régions génomiques révélés par les analyses QTLs dans le WP2 et le WP3. 1.5.2 Développement d’un pipe-line d’assignation génotypique à partir de données GBS pour des populations d’hybrides triploïdes et tétraploïdes issus de deux parents hétérozygotes Participants : A. Dereeper1, F. Cormier1, P. Ollitrault1 Activité / Méthode : les étapes suivantes seront développées (i) identification et localisation des polymorphismes SNPs sur le génome de référence de l’espèce à partir des reads GBS, (ii) comptage des reads de chaque allèle, (iii) identification pour chaque parent de la phase des différents locus, (iv) assignation génotypique (doses alléliques) par fenêtre de 10 marqueurs phasés sur la base du maximum de vraisemblance du nombre de reads des différents allèles. Les fenêtres ainsi génotypées pourront être considérées comme loci pour la suite des analyses (cartes génétiques, analyses QTLs etc), (v) mise en place de pipeline GWAS pour les populations polyploïdes (en lien avec WP1.1, WP2). Livrables du WP (fournir une brève description des livrables et les mois de leur achèvement)

Action Intitulé du livrable N° du mois de livraison

1.1.1 Les données GBS et de re-séquencage sont complètes et de qualité mars-19

1.1.1 La présence et le polymorphisme des gènes du sexe chez d’autres espèces sont connus chez D. alata

juin-19

1.1.2 Publication sur les déterminismes génétiques du sexe chez l'igname dec-20

1.2 Un protocole de conservation du pollen par lyophilisation est validé dec-20

1.3.1 La population est génotypée avec les marqueurs SNP retenus (méthode Kaspar) oct-19

1.3.1 Publication sur les mécanismes à l'origine de la formation des 2n gamètes dec-20

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1.3.2 Les individus issus de femelles isolées sont génotypés sept-19

1.3.2 Un rapport sur l'existence de la parthénogénèse est rédigé nov-19

1.4 Publication d'une carte génétique de réference tetraploide dec-20

1.5.1 Base de données d'haplotypes pour l’ensemble des gènes annotés sur la séquence de référence pour les géniteurs des programmes d’innovation

mars-20

1.5.2 Pipeline d’assignation génotypique (dosage allélique) sur populations triploïdes et tétraploïdes

dec-19

1.5.2 Pipeline GWAS pour les populations polyploïdes mars-20

1 préciser l’unité de mesure retenue : mois / durée projet (Faire autant de tableau que de WP)

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WP 1

Intitulé du WP Déterminants du développement, de l’adaptation et de la qualité


1 2 3

Temps1 dédiés par partenaire 139.3 41.12 4


Le WP2 répond à l’objectif O3 pour les déterminants liés aux propriétés de développement, d’adaptation aux contraintes environnementales et de qualité. Les objectifs spécifiques sont (i) mettre au point des outils et des modèles de phénotypage adaptés à la culture de l’igname et proposer un modèle de culture générique pour la sélection de variétés adaptées aux systèmes de culture à bas intrants, (ii) analyser la diversité et l’héritabilité de caractères de qualité physico-chimique des ignames, (iii) caractériser l’impact de la tétraploïdie sur l’adaptation au déficit hydrique chez les agrumes.

WP 2.1 Développement et adaptation des ignames (CIRAD, INRA) 2.1.1 Mise au point d’outils de phénotypage adaptés à la culture d’ignames Participants : D. Cornet1, F. Cormier1, E. Nudol1, R. Tournebize2, F. Bussière2, D. Lange2, T. Bajazet2, L. Desfontaines2, C. Marie-Magdeleine-Chevry2. La première tranche du projet Cavalbio nous a permis de tester, calibrer et automatiser l’utilisation de l’imagerie dans le visible pour le phénotypage des dynamiques de recouvrement en lien avec la compétitivité vis-à-vis des plantes adventices. Au cours de la première tranche de Cavalbio le recours à l’imagerie multispectrale pour le suivi de la culture a ouvert des perspectives prometteuses. L’imagerie multispectrale permet potentiellement de réaliser le suivi des dynamiques de recouvrement en même temps que le suivi d’autres traits d’intérêts comme la nutrition azotée. Dans cette seconde tranche du projet, nous souhaitons tester la faisabilité et calibrer l’utilisation de mesures multispectrales pour l’estimation de la nutrition azotée, de la durée de cycle, de l’initiation de la tubérisation, du suivi des dynamiques d’anthracnose, des dynamiques de recouvrement du sol et la détermination précoce du port (buissonnant, rampant…). Nous allons également mettre au point une méthode de phénotypage standardisée du suivi du brunissement de la chair des tubercules. Enfin nous allons calibrer une méthode d’estimation du contenu en amylose par coloration à l’iode et mesures au NIRS. 2.1.2 Etude de l’interaction GxE pour la sélection de variétés adaptées aux systèmes de culture à bas intrants (N, adventices) Participants : F. Cormier1, D. Cornet1, E. Nudol1, R. Tournebize2, F. Bussière2, D. Lange2, JL Irep2, D. Hammouya2, JP Cinna2, J. Lator2, D. Labirin2, T. Bajazet2, M. Umber2 La première tranche du projet nous a permis de développer plusieurs méthodes de phénotypage et de les tester sur une collection de travail de 15 accessions. Afin de capitaliser ces acquis et de mieux estimer le gain attendu de l’amélioration variétale des traits d’intérêts et leur interaction avec les pratiques ou l’environnement, nous prévoyons une étude d’interaction génotype × environnement (GxE). Ainsi, la vigueur émergence, la dynamique recouvrement, l’état nutritionnel, ainsi que des traits de qualités tel que le brunissement des tubercules d’ignames ou la taille des grains d’amidons seront évalués sur une collection de plus de 50 accessions conduites sur deux sites appartenant à deux zones pédoclimatiques contrastées et représentatives des zones de productions en Guadeloupe. La variation des caractères ainsi obtenues sera aussi mise en perspective du polymorphisme de gènes impliqués dans l’utilisation de l’azote et identifiés chez l’igname par séquence capture. 2.1.3 Implication de la ploïdie sur le phénotype des ignames et leur adaptation au stress Participants : F. Cormier1, D. Cornet1, E. Maledon1, R. Morillon1, E. Nudol1, R. Tournebize2., Y. Bercion3, O. Gros3 La première tranche du projet a permis de confirmer l’intérêt des polyploïdes et d’identifier les traits potentiellement impliqués en conditions optimales. Cependant, l’utilisation d’un panel restreint d’allopolyploïdes naturels ne nous a pas permis de différencier l’effet de l’augmentation du niveau de ploïdie de l’effet du fond génétique. C’est pourquoi, dans la seconde phase du projet, nous prévoyons d’utiliser deux types de matériel génétiques non disponibles lors de la première tranche : (i) des couples diploïdes / diploïdes doublés, et (ii) un panel plus large de variétés présentant un niveau de ploïdie varié mais dont le fond génétique est connu grâce aux données de génotypage (GBS) réalisés dans le cadre d’un autre projet (NextGen). Enfin dans cette seconde tranche, l’étude de comportement des polyploïdes en conditions suboptimales devrait permettre de préciser l’intérêt des polyploïdes en termes d’adaptation aux stress.

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WP2.2 Polyploïdie et adaptation des porte-greffes d’agrumes aux contraintes abiotiques (CIRAD) 2.2.1 Caractérisation de l’adaptation au déficit hydrique de populations 4x de porte-greffes Participants : R. Morillon1, J. Gora1 (doctorant), S. Bruyère1, R. Boisne-Noc1. Activité / méthode : Amplification par bouturage herbacé (voir action 3.3.3) des 100 génotypes 4x de porte-greffes (Citrus Volkameriana 4x × Citrumelo 4x) créés au cours de la première tranche de Cavalbio. L’analyse des propriétés de tolérance se fera par groupe de 20 génotypes + les parents. Le déficit hydrique sera appliqué par une réduction de l’apport hydrique de 30% par rapport aux témoins. Des mesures de Fv/Fm, indice SPAD, de conductance stomatique, de transpiration et de photosynthèse seront réalisées. Cette étude permettra de classer les génotypes en fonction de leur degré de sensibilité au déficit hydrique. La population sera également caractérisée génétiquement par GBS. Il devrait donc être possible d’identifier des QTLs de tolérance au déficit hydrique. 2.2.2 Etude de l’impact du niveau de ploïdie du porte-greffe (2x ou 4x) et de la variété (2x ou 3x) greffé sur la tolérance au déficit hydrique Participants : R. Morillon1, J. Gora1 (doctorant) S. Bruyère1, R. Boisne-Noc1, A. Dereeper1 Activité / méthode : des porte-greffes 2x et 4x greffés avec des limettiers 2x et 3x ont été évalués pour leur capacité de tolérance au déficit hydrique au cours de la première tranche de Cavalbio. Des échantillons de feuille et de racine ont été prélevés. Il est proposé de compléter les analyses physiologiques réalisées par des analyses du métabolome primaire (sucres, acides aminés…) et des principales hormones au niveau racinaire et foliaire. 2.2.3 Etude de l’impact de la ploïdie du porte-greffe dans le cadre de la mise en place d’un parc semencier Participants : R. Morillon1, S. Bruyère1. Activité / méthode : Poursuite de l’évaluation de l’impact de la polyploïdie sur le développement et la croissance des arbres du parc semencier de porte-greffes (6 couples 2x et 4x de porte-greffes greffés de façon réciproque : 2x/2x, 2x/4x, 4x/4x, 4x/2x). Le matériel a été planté dans le cadre de la première tranche de Cavalbio. Ce dispositif permettra de produire des semences de porte-greffes nécessaires à nos études. Afin de pouvoir multiplier des porte-greffes de citrumelo et Citrus Volkameriana 4x génétiquement conformes, des protocoles d’amplification par bouturage herbacé seront mis en place. Ces méthodes permettront de répondre aux besoins d’amplification de ce matériel pour nos dispositifs FEDER et RITA (voir action 3.2.1.1). Ces méthodes pourront également être transférées au niveau des pépinières commerciales si elles sont retenues par la profession à la suite de l’évaluation de leur acceptabilité par la filière (cf WP5). WP2.3 Caractérisation de populations de limettiers 3x (CIRAD) Participants : R. Morillon1, S. Bruyère1, R. Boisne-Noc1, P. Ollitrault1. Activité / Méthode : Il est proposé de poursuivre l’analyse du développement et de la croissance de chaque génotype de population de limettiers 3x créée dans le cadre de la première tranche de Cavalbio et plantée en octobre 2017. Un suivi mensuel sera réalisé afin de caractériser la phénologie des différents hybrides (étalement des floraisons en particulier). Une première analyse des rendements et de la pomologie des fruits devrait pouvoir être rendue à la fin du projet. Enfin, le phénotypage des métabolites secondaires (composés volatiles et furanocoumarines) sera réalisé dans un premier temps sur feuille. Ces dernières études permettront d’évaluer l’appétence / attractivité / défense des différents génotypes vis-à-vis des psylles et sélectionner des génotypes avec de faibles teneurs en furanocoumarines (potentiellement sans effet santé si les teneurs sont aussi faibles dans les fruits). In fine l’identification de déterminants associés aux facteurs de qualité devrait permettre d’identifier des QTLs sur la base du génotypage GBS réalisé au cours de la première tranche de Cavalbio.

Livrables du WP (fournir une brève description des livrables et les mois de leur achèvement)


2.1.1 Un manuel d'utilisation est disponible pour chaque outil de phénotypage dec-19

2.1.1 Un support de formation est produit pour chaque méthode de phénotypage dec-19

2.1.1 Une publication sur le phénotypage des ignames est soumise dec-20

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2.1.2 Une publication sur la part de variation génétique et d’interaction GxE est soumise déc-20

2.1.2 Les corrélations entre les traits d’adaptation sont connues et reliées au polymorphisme génétique

déc-20

2.1.3 Une publication sur l’effet du fond génétique et du niveau de ploïdie sur la physiologie chez l’igname est soumise

déc-20

2.2.1 Protocoles d’amplification de génotypes d'agrumes par bouturage herbacé juin-18

2.2.2 Génotypes d’agrumes 4x tolérants au déficit hydrique déc-19

2.2.2 Publication sur la tolérance au déficit hydrique des polyploïdes déc-19

2.2.3 Semences de porte-greffes diploïdes et tétraploïdes disponibles août-19

2.3 Génotypes d’agrumes 3x présentant une meilleure fructification (remontants ?) sept-20

2.3 Publication sur l'analyse de QTLs en lien avec les facteurs de qualité fruit déc-20

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WP 2

Intitulé du WP Déterminant de la tolérance aux maladies


1 2 3

Temps1 dédiés par partenaire 87 40.64 22


Le WP3 répond à l’objectif O3 pour les déterminants de la résistance / tolérance aux maladies. Ses objectifs spécifiques sont (i) le marquage de gènes de résistance à l’anthracnose des ignames par approche métaQTL sur des fonds génétiques diversifiés ainsi que la sélection et l’utilisation des métaQTLs appropriés pour assister la création variétale (ii) l’étude de la réponse des agrumes polyploïdes au greening en lien avec leur plasticité phénotypique. Les QTLs identifiés pour les résistances à l’anthracnose de l’igname permettront durant cette seconde tranche du projet de développer des marqueurs diagnostics utilisables en sélection assistée par marqueurs pour la création de nouveaux hybrides porteurs d’une résistance durable fondée sur le cumul de divers gènes complémentaires (Brun et al., 2010). Durant cette période, l’annotation des régions génomiques concernées permettra d’identifier des gènes candidats potentiellement impliqués. Afin d’exploiter efficacement l’avantage suspecté de la polyploïdie sur la réponse des agrumes au HLB, en lien avec leur anatomie et une plus grande plasticité phénotypique (adaptation, résilience), l’analyses des composantes anatomiques, physiologiques, biochimiques et moléculaires en réponse au HLB sera poursuivie sur différents génotypes diploïdes et polyploïdes. Ces analyses des propriétés de tolérance au HLB seront également poursuivies sur les populations triploïdes et tétraploïdes qui ont été plantées au champ.

WP3.1 Marquage et utilisation de gènes de résistances à l’anthracnose des ignames (INRA, CIRAD). Trois populations biparentales de l’INRA et une population du CIRAD ont été analysées, lors de la première tranche du projet pour diversifier les fonds génétiques et potentiellement les sources de résistance à l’anthracnose. 3.1.1 Génotypage des populations de l’INRA Participants : D. Pétro2, E. Bandou2, S. Gélabale2 Activité-Méthode : Acquises pendant la première tranche, les données de génotypage pangénomique (GBS), complétées par des marqueurs SSRs seront analysées pour établir une cartographie comparée des différentes sources de résistance à l’anthracnose. Le génotypage de la population du Cirad a été réalisé avec la même approche GBS dans le cadre du projet et sera intégré à l’analyse. 3.1.2 Phénotypage de l’ensemble des populations. Participants : D. Pétro2, W. Fébrissy2, S. Gélabale2, P. Renac2, G. Arnau2, E. Malédon2 Activité-Méthode : Le phénotypage réalisé à l’aide du test en conditions contrôlées développé à l‘Inra (Onyeka et al. 2006b) a démarré lors de la première tranche et sera finalisé sur l’ensemble des populations pendant cette deuxième tranche. 3.1.3 Méta-analyse de QTLs de résistance à l'anthracnose Participants : D. Pétro2, G. Arnau1, W. Fébrissy2, E. Bandou2, E. Malédon2 Activité-Méthode : Les populations seront analysées individuellement puis feront l’objet d’analyses metaQTLs. 3.1.4 Sélection des QTLs provenant de sources de résistance diversifiées Participants : D. Pétro, E. Bandou Activité-Méthode : Les QTLs généralistes présents dans les différents fonds génétiques seront sélectionnés ainsi que les QTLs spécifiques apportant un type particulier de résistance à l’anthracnose. 3.1.5 Choix des hybrides contenant les QTLs généralistes et spécifiques Participants : D. Pétro2, W. Fébrissy2, E. Bandou2, S. Gélabale2 Activité-Méthode : Dans les populations ségrégeantes, il existe des hybrides présentant différentes combinaisons de QTls généralistes et spécifiques qui potentiellement sont durablement résistants à l’anthracnose. Il s’agira de sélectionner ces hybrides pour analyser l’effet de ces combinaisons sur la résistance à l’anthracnose. 3.1.6 Pré-sélection des hybrides en plein champ Participants : D. Pétro2, W. Fébrissy2, S. Gélabale2, P. Renac2 Activité-Méthode : Une première année de pré-sélection de ces hybrides en plein champ principalement pour la

Projet complet


résistance à l’anthracnose sera menée. A terme, les hybrides sélectionnés en station de recherche rejoindront la plateforme de sélection des ignames du dispositif RITA. WP3.2 Plasticité phénotypique et adaptation au Huanglongbing (HLB) chez les polyploïdes d’agrumes (CIRAD, Univ. Antilles C3MAG) 3.2.1 Caractérisation de l’impact du HLB au niveau racinaire de porte-greffes 2x et 4x 3.2.1.1 Multiplication du matériel végétal – Inoculation Participants : R. Boisne-Noc1, G. Sivager1 (doctorant), B. Heuget1, S. Bruyère1, R. Morillon Activité / Méthode : les protocoles pour faire pousser des porte-greffes en aéroponie seront mis en place afin de pouvoir étudier aisément le développement et la croissance racinaire. Des tests d’inoculation du HLB par greffage de ce matériel seront mis au point. 3.2.1.2 Phénotype macroscopique du système racinaire en condition contrôle et infectée Participants : R. Boisne-Noc1, G. Sivager1 (doctorant), B. Heuget1, S. Bruyère1, R. Morillon1 Activité / Méthode : des inoculations du HLB par greffage de porte-greffes 2x et 4x permettront d’évaluer par analyse photographique l’impact du HLB sur le développement et la croissance racinaire. 3.2.1.3 Caractérisation microscopique Participants : O. Gros3, Y. Bercion3, R. Boisne-Noc1, G. Sivager1 (doctorant), B. Heuget1, R. Morillon1 Activité / Méthode : 1) par microscopie à balayage il est proposé de caractériser l’ultra-structure des vaisseaux du phloème des racines 2x et 4x infectés ou non par le HLB. L’analyse quantitative des dépôts de calose (observé au MEB) sera étudiée par des colorations au bleu d’aniline en microscopie à fluorescence. 2) par microscopie électronique en transmission (MET) des études de détection/quantification et de compartimentation éventuelle des bactéries CLas seront réalisées sur les mêmes types d’échantillons. 3.2.1.4 Caractérisation du transcriptome de racines de porte-greffes et 2x et 4x (citrumelo et citrus Vokameriana) Participants : R. Morillon1, R. Boisne-Noc1, G. Sivager1 (doctorant), G. Pressat1, B. Heuget1 (VSC), P. Brat, A. Dereeper1 Activité / Méthode : à partir d’échantillons de plants 2x et 4x de citrumelo greffés avec du limettier 2x et 3x infecté ou non par le HLB, une analyse du transcriptome (RNAseq) sera réalisée afin de vérifier si l’expression des génomes polyploïdes peut être à l’origine d’une meilleure adaptation au HLB notamment au travers de l’induction de mécanismes de résistances systémiques acquises. Dans le cadre du projet H2020 TropicSafe en cours, des analyses des principales hormones, métabolites secondaires (phytoalexines, molécules induites par le stress oxydatif) et des dosages ioniques sont prévus. L’ensemble des résultats obtenus devrait permettre d’avoir une vision globale de la réponse des polyploïdes face au HLB. 3.2.2 Poursuite de la caractérisation physiologique des essais orangers et limettiers sous contrainte HLB plantés au cours de la première tranche de Cavalbio Participants : R. Morillon1, G. Sivager1 (doctorant), R. Boisne-Noc1, S. Bruyère1 Activité / Méthode : Les deux dispositifs ont été plantés au champ au cours de la première tranche de Cavalbio. Les analyses réalisées ont montré qu’ils sont infectés par le HLB. Les différentes associations porte-greffes (2x et 4x) / greffons (2x, 3x) seront classées en fonction du phénotype de sensibilité au HLB (croissance des arbres, présence de symptômes, charge bactérienne par qPCR, productions fruitières). 3.2.3 Evaluation et sélection d’hybrides de porte-greffes 4x de Citrumelo 4x × Volka 4x Participants : R. Morillon1, J. Gora1 (doctorant), R. Boisne-Noc1, S. Bruyère1, P. Ollitrault1 Activité / Méthode : l’ensemble des génotypes 4x créés au cours de la première tranche de Cavalbio seront amplifiés par bouturage herbacé (3.3.3). Les plants seront greffés avec de l’oranger et plantés au champ. Ils devraient rapidement être naturellement contaminés par le HLB. Les symptômes de la maladie seront phénotypés et les charges bactériennes associées quantifiées. Si une ségrégation des caractères peut être mise en évidence, des analyses QTLs pourront être réalisées en confrontant les données GBS aux données phénotypiques. 3.2.4 Evaluation et sélection d’hybrides de variétés 3x de limettier vis-à-vis du HLB (CIRAD) Participants : R. Morillon1, J. Gora1 (doctorant), R. Boisne-Noc1, S. Bruyère1, P. Ollitrault1 Activité / Méthode : la population de limettiers 3x créée au cours de la première tranche de Cavalbio a été plantée en zone infectée par le HLB. Elle devrait rapidement être infectée par le HLB. Les symptômes de la maladie seront phénotypés et les charges bactériennes associées quantifiées. Des suivis de la présence des psylles et des œufs seront réalisés afin de vérifier si certains génotypes sont plus ou moins appétants. Ces

Projet complet


travaux seront complétés par des analyses de composés. En association avec les analyses de génotypage par GBS, il est escompté de pouvoir identifier des QTLs de tolérance/appétence, si une ségrégation des caractères peut être mise en évidence.



3.1 Publication sur la méta-analyse de QTLs de résistance à l'anthracnose igname (4 populations)

déc-20

3.1 Hybrides pré-sélectionnés déc-20

3.2.1.1 Protocoles pour étudier la croissance des porte-greffes 2x et 4x en aéroponie mai-18

3.2.1.1 Protocoles pour inoculer le HLB par greffage à des porte-greffes 2x et 4x cultivés en aéroponie

déc-18

3.2.1 Publication sur les déterminants de la tolérance au HLB chez les 4x avr-19

3.2.1 Seconde publication sur la distribution des bactéries dans les tissus de plantes infectées par le HLB en microscopie électronique en transmission (MET)

juin-20

3.2.2 Porte-greffes 4x et greffon 3x conférant une meilleure tolérance au HLB déc-20

3.2.3 Génotypes 4x conférant une meilleure tolérance au HLB déc-20

3.2.4 Génotypes 3x conférant une meilleure tolérance au HLB déc-20

3.2 Publication sur la tolérance de populations 3x et 4x aux HLB déc-20

Projet complet



WP 2

Intitulé du WP Caractérisation de séquences virales endogènes


1 2

Temps1 dédiés par partenaire 1.5 10.68


Le WP4 répond à l’objectif O4. Il vise à caractériser au plan moléculaire et biologique les séquences virales endogènes (EVE) présentes dans les génomes des ignames en utilisant les ressources génétiques du CRB-PT. L’élucidation de la structure des EVE se basera à la fois sur l’analyse de banques BAC D. cayenensis et D. rotundata et sur le reséquençage de génotypes de ce complexe d’espèces. Sur la base des résultats obtenus, des marqueurs moléculaires spécifiques des insertions virales seront créés et utilisés pour caractériser les profils d’insertion des accessions D. cayenensis-rotundata du CRB-PT.

WP 4.1 Caractérisation des insertions chez D. rotundata. (INRA, CIRAD) 4.1.1 Création et hybridation d’une banque BAC de D. rotundata Participants : M. Umber², RM. Gomez², S. Gélabale² La première tranche du projet Cavalbio nous a permis de créer une banque BAC de l’espèce d’igname D. cayenensis. Malheureusement, cette banque, incomplète, ne nous a pas permis d’analyser la totalité des insertions virales présentes dans le génome de cette espèce. Les trois séquences virales identifiées présentent de nombreux réarrangements, ainsi que, pour deux d’entre elles, une taille inédite (>80 kbp) pour de telles séquences. La troisième est de nature chimérique, c’est-à-dire qu’elle contient des séquences appartenant à deux espèces de Badnavirus différentes, ce qui n’a jamais encore été décrit. Nous comptions sur la mise à disposition du génome de l’espèce sœur, D. rotundata, pour compléter l’analyse de ces insertions. Malheureusement, le type de séquençage utilisé (shotgun) ne permet pas l’assemblage correct des insertions virales, fortement réarrangées (duplications, inversions). C’est pourquoi, dans le cadre de la 2e tranche du projet nous créerons une banque BAC de l’espèce D. rotundata et l’utiliserons pour caractériser les eDBV de cette espèce. Pour cela, les clones BAC de cette banque seront criblés à l’aide de sondes virales correspondant aux 4 espèces Badnavirus recherchées. 4.1.2 Analyse structurale des séquences des clones BAC sélectionnés Participants : M. Umber², P.-Y. Teycheney1 Les clones BAC de D. rotundata positifs en hybridation seront analysés de la même manière que ceux de D. cayenensis analysés dans la première tranche du projet. Les insertions virales seront analysées pour les 4 espèces Badnavirus dont les génomes complets ont été reconstitués à partir des eDBV de D. cayenensis, sur la base de comparaisons de séquences (blastn ou blastx). Cette analyse fine nous permettra de déterminer la structure des insertions chez D. rotundata (taille, organisation) et d’identifier les insertions potentiellement infectieuses. Le potentiel d’activation de ces insertions sera évalué dans le cadre du projet Feder MALIN. 4.1.3 Reséquençage de 10 variétés de D. rotundata Participants : M. Umber², RM. Gomez², S. Gélabale², F. Cormier1 Cette tâche a débuté dans la phase 1 du projet par le reséquençage de 10 variétés de D. cayenensis. Dans le cadre de la 2e tranche, nous complèterons cette tâche en séquençant par la méthode PacBio 10 variétés de D. rotundata, en ciblant les sites de jonctions virus-plantes repérés dans la tâche précédente. Nous identifierons ainsi la variabilité allélique des eDBV chez le complexe d’espèces D. cayenensis-rotundata et déterminerons si les intégrations se sont produites avant ou après la spéciation D. cayenensis / D. rotundata. WP 4.2 Criblage du germplasme D. cayenensis-rotundata 4.2.1 Création de marqueurs des insertions virales chez D. cayenensis-rotundata Participants : M. Umber², F. Cormier1

Cette tâche aurait dû être réalisée dans la première tranche du projet, mais elle a dû être reportée en raison du manque de données. Grâce aux résultats de la sous-tâche 4.1.3, des marqueurs moléculaires spécifiques des insertions virales seront créés : si un polymorphisme allélique résultant de différences structurales est observé, des marqueurs PCR dessinés au niveau des variations des réarrangements seront créés ; si ce polymorphisme

Projet complet


résulte de dissimilitudes au niveau des séquences, des marqueurs de type Kaspar seront privilégiés. Le cas échéant, les deux types de marqueurs seront conçus et utilisés pour cribler le germplasme D. cayenensis-rotundata du CRB-PT. 4.2.2 Criblage du germplasme D. cayenensis-rotundata du CRB-PT Participants : M. Umber², RM. Gomez², S. Gélabale², P.-Y. Teycheney1 Cette tâche aurait également dû être effectuée dans la première tranche du projet, elle a dû être reportée pour les mêmes raisons que précédemment. Les marqueurs créés dans la sous-tâche 4.2.1 seront utilisés pour cribler les 146 variétés D. cayenensis-rotundata de la collection d’ignames du CRB-PT. Les données obtenues seront intégrées au passeport de ces variétés, comme cela a été réalisé pour les accessions de bananier du CRB-PT. Par ailleurs, ces données serviront à sélectionner les variétés utilisées dans le cadre du projet Malin pour étudier le potentiel d’activation des eDBV d’igname.



4.1.2 Structuration complète des eDBV chez D. rotundata janv-19

4.1.3 Identification des différents allèles eDBV présents chez D. cayenensis-rotundata oct-19

4.2.2 Signatures du germoplasme de D. cayenensis-rotundata du CRB-PT juil-20

4.2.2 Publication sur la diversité des eDBV présents dans le germoplasme de D. cayenensis-rotundata

déc-20

Projet complet


N° du WP 5 Partenaire

coordinateur du WP

2

Intitulé du WP Valorisations économiques des innovations variétales

N° des partenaires impliqués dans le WP 1 2

Temps1 dédiés par partenaire 0.5 49.36


Sur la base des scenarios les plus prometteurs identifiés dans la tranche 1 (caractéristiques attendues par les agriculteurs vis à vis des plants sains et modalités d’adhésion à un schéma de distribution de ces plants), nous chercherons dans la tranche 2 à proposer des leviers de développement et de valorisation de ces procédés. En amont, nous chercherons à identifier des mesures d’accompagnement d’ordre économiques, adaptées aux préférences et besoins des agriculteurs, en vue d’éclairer les politiques publiques de nouveaux moyens d’action pour promouvoir l’utilisation de plants de qualités. Il s’agira de comprendre à quelles conditions les agriculteurs seront prêts à adopter ces innovations pour réorienter au mieux les politiques de soutien, de sorte que les externalités de l’agriculture convergent avec les attentes de la société et les objectifs de développement durable. Une des questions émanant des résultats de la tranche 1 du projet étant de savoir dans quelle mesure les agriculteurs seront aussi prêts à adapter leurs pratiques au nouveau matériel végétal, nous traiterons aussi cette question à travers des approches participatives. En aval, nous chercherons à trouver des possibilités de valorisation économique des produits issus de ces filières au travers d’un protocole d’économie expérimentale visant à tester si le consentement à payer des consommateurs augmente (et si oui dans quelle mesure) avec la mise en place de labels spécifiques. L’objectif est de répondre aux attentes des consommateurs en matière de diversité et de qualité des produits, de maintenir et renforcer la compétitivité des filières igname et agrumes locales issues de plants de qualité, par rapport à l’importation, en identifiant les moyens de valorisation des externalités positives du développement de ces nouvelles filières et systèmes de production (consommation locale, sécurité alimentaire, économie circulaire)

WP5.1 Modélisation ex-ante des incitations financières à l’achat de plants de qualité Participants : J.M. Blazy2, L. Guindé2, F. Causeret2

Activité / Méthode : Définir des mesures d'accompagnement adaptées d’ordre économique pour la production et l’utilisation de plants de qualité (subventions, bonus, création de label, création de partenariat pour la commercialisation, etc.) pour identifier des leviers dévérouillant les freins à l’adoption. Nous nous interrogerons sur de nouveaux moyens de rémunération des agriculteurs à travers des incitations financières innovantes ainsi que sur la création de nouveaux marchés pour inciter les agriculteurs à produire différemment. In fine, nous chercherons à modéliser les préférences des producteurs en termes d’incitations financières pour l’achat de nouvelles variétés issues de plants de qualité. Une évaluation participative des innovations, à travers un essai système de démonstration au champ (plantation du matériel innovant), permettra de repérer les freins techniques et organisationnels et de mettre en lumière les nouveaux systèmes. Une vidéo impliquant des témoignages d’agriculteurs évaluant des plants de qualités sera réalisée. WP5.2 Analyse des préférences du consommateur dans un contexte d’économie circulaire Participants : J.M. Blazy2, L. Guindé2, F. Causeret2, Activité / Méthode : Dans un contexte où les consommateurs tendent à consommer de façon « plus responsable », nous chercherons à promouvoir l’ancrage territorial de la production locale en initiant un rapprochement entre producteurs et consommateurs. Nous chercherons à tester si le consentement des consommateurs augmente avec l’apport d’information, en valorisant la production locale d’igname et d’agrumes issues de plants de qualité. Nous chercherons à caractériser les interactions entre le type et le niveau d’information donné, la réceptivité des consommateurs et leur consentement à payer. Une analyse des déterminants sociodémographiques et de ses interactions sera réalisée afin de comprendre les sources de l’hétérogénéité des comportements des consommateurs. Une enquête et une expérience de terrain seront ainsi réalisées auprès des consommateurs pour comprendre les déterminants de leur décision d’achat.


Action Intitulé du livrable N° du mois

de livraison

Projet complet


5.1 Identification des leviers économiques (mécanismes incitatifs de politiques et marchés) de valorisation de l’utilisation de plants de qualité - Publication

aou-19

5.1 Vidéos de témoignages d'agriculteurs évaluant les innovations et de témoignages de consommateurs sur leurs attentes en matière de qualité des produits locaux

févr-20

5.2 Analyse du consentement à payer des consommateurs pour des produits issus de plants sains - Publication

juin-20

5.2 Conception et évaluation de scénarios territorialisés de déploiement des innovations variétales

oct-20

(Préciser autant que possible l’articulation avec la 1ère tranche, quand il y a lieu) (Un livrable est un produit tangible et cohérent au regard des objectifs du projet)

Projet complet


c. LISTE DES LIVRABLES

N° de

livrableWP Action Intitulé du livrable

Nom du

partenaire

responsable

Type de

livrable1

Modalité de

diffusion2

N° du

mois de

livraison

1 1 1.1.1Les données GBS et de re-séquencage sont complètes et

de qualitéCIRAD

Base de

données

Milieu

académiquemars-19

2 1 1.1.1La présence et le polymorphisme des gènes du sexe chez

d’autres espèces sont connus chez D. alata CIRAD

Base de

données

Milieu

académiquejuin-19

3 1 1.1.2Publication sur les déterminismes génétiques du sexe chez

l'ignameCIRAD Publication

Milieu

académiquedec-20

4 1 1.2Un protocole de conservation du pollen par lyophilisation est

validéCIRAD Protocole

Milieu

académiquedec-20

5 1 1.3.1La population est génotypée avec les marqueurs SNP

retenus (méthode Kaspar)CIRAD

Base de

données

Milieu

académiqueoct-19

6 1 1.3.1Publication sur les mécanismes à l'origine de la formation

des 2n gamètesCIRAD Publication

Milieu

académiquedec-20

7 1 1.3.2 Les individus issues de femelle isolées sont génotypés CIRADBase de

données

Milieu

académiquesept-19

8 1 1.3.2 Un rapport sur l'existence de la parthénogénèse est rédigé CIRAD RapportMilieu

académiquenov-19

9 1 1.4 Publication d'une carte génétique de réference tetraploide CIRAD PublicationMilieu

académiquedec-20

10 1 1.5.1

Base de données d'haplotypes pour l’ensemble des gènes

annotés sur la séquence de référence pour les géniteurs

des programmes d’innovation

CIRADBase de

données

Milieu

académiquemars-20

11 1 1.5.2Pipeline d’assignation génotypique (dosage allélique) sur

populations triploïdes et tétraploïdesCIRAD Logiciel

Milieu

académiquedec-19

12 1 1.5.2Pipeline GWAS pour les populations polyploïdes

CIRAD LogicielMilieu

académiquemars-20

13 2 2.1.1Un manuel d'utilisation est disponibles pour chaque outil de

phénotypageCIRAD Protocole

Milieu

académiquedec-19

14 2 2.1.1Un support de formation est produit pour chaque méthode

de phénotypageCIRAD

Manuel

technique

Milieu

académiquedec-19

15 2 2.1.1Une publication sur le phénotypage des ignames est

soumiseCIRAD Publication

Milieu

académiquedec-20

16 2 2.1.2Une publication sur la part de variation génétique et

d’interaction GxE est soumise CIRAD Publication

Milieu

académiquedéc-20

17 2 2.1.2Les corrélations entre les traits d’adaptation sont connues et

reliées au polymorphisme génétiqueCIRAD Rapport

Milieu

académiquedéc-20

18 2 2.1.3Une publication sur l’effet du fond génétique et du niveau de

ploïdie sur la physiologie chez l’igname CIRAD Publication

Milieu

académiquedéc-20

19 2 2.2.1Protocoles d’amplification de génotypes d'agrumes par

bouturage herbacé CIRAD Protocole

corps

professionnel

spécifique

juin-18

20 2 2.2.2 Génotypes d’agrumes 4x tolérants au déficit hydrique CIRAD

Matériel

végétal

innovant

corps

professionnel

spécifique

déc-19

21 2 2.2.2Publication sur la tolérance au déficit hydrique des

polyploïdes CIRAD Publication

Milieu

académiquedéc-19

22 2 2.2.3Semences de porte-greffes diploïdes et tétraploïdes

disponiblesCIRAD

Matériel

végétal

innovant

corps

professionnel

spécifique

août-19

23 2 2.3Génotypes d’agrumes 3x présentant une meilleure

fructification (remontants ?)CIRAD

Matériel

végétal

innovant

corps

professionnel

spécifique

sept-20

24 2 2.3Publication sur l'analyse de QTLs en lien avec les facteurs

de qualité fruitCIRAD Publication

Milieu

académiquedéc-20

25 3 3.1Publication sur la méta-analyse de QTLs de résistance à

l'anthracnose igname (4 populations)INRA Publication

Milieu

académiquedéc-20

26 3 3.1 Hybrides pré-sélectionnés INRA

Matériel

végétal

innovant

corps

professionnel

spécifique

déc-20

27 3 3.2.1.1Protocoles pour étudier la croissance des porte-greffes 2x

et 4x en aéroponieCIRAD Protocole

Milieu

académiquemai-18

28 3 3.2.1.1Protocoles pour inoculer le HLB par greffage à des porte-

greffes 2x et 4x cultivés en aéroponieCIRAD Protocole

Milieu

académiquedéc-18

29 3 3.2.1Publication sur les déterminants de la tolérance au HLB

chez les 4x CIRAD Publication

Milieu

académiqueavr-19

30 3 3.2.1

Seconde publication sur la distribution des bactéries dans

les tissus de plantes infectées par le HLB en microscopie

électronique en transmission (MET)

Univ. Antilles PublicationMilieu

académiquejuin-20

31 3 3.2.2Porte-greffes 4x et greffon 3x conférant une meilleure

tolérance au HLBCIRAD

Matériel

végétal

innovant

corps

professionnel

spécifique

déc-20

Projet complet


N° de

livrableWP Action Intitulé des livrables ; suite

Nom du

partenaire

responsable

Type de

livrable1

Modalité de

diffusion2

N° du

mois de

livraison

32 3 3.2.3 Génotypes 4x conférant une meilleure tolérance au HLB CIRAD

Matériel

végétal

innovant

corps

professionnel

spécifique

déc-20

33 3 3.2.4 Génotypes 3x conférant une meilleure tolérance au HLB CIRAD

Matériel

végétal

innovant

corps

professionnel

spécifique

déc-20

34 3 3.2 Publication sur la tolérance de populations 3x et 4x aux HLB CIRAD PublicationMilieu

académiquedéc-20

35 4 4.1.2 Structuration complète des eDBV chez D. rotundata INRABase de

données

Milieu

académiquejanv-19

36 4 4.1.3Identification des différents allèles eDBV présents chez D.

cayenensis-rotundataINRA

Base de

données

Milieu

académiqueoct-19

37 4 4.2.2Signatures du germoplasme de D. cayenensis-rotundata du

CRB-PTINRA

Base de

données

Milieu

académiquejuil-20

38 4 4.2.2Publication sur la diversité des eDBV présents dans le

germoplasme de D. cayenensis-rotundataINRA Publication

Milieu

académiquedéc-20

39 5 5.1

Identification des leviers économiques (mécanismes

incitatifs de politiques et marchés) de valorisation de

l’utilisation de plants de qualité - Publication

INRA PublicationMilieu

académiqueaou-19

40 5 5.1

Vidéos de témoignages d'agriculteurs évaluant les

innovations et de témoignages de consommateurs sur leurs

attentes en matière de qualité des produits locaux

INRA vidéo

Grand public,

décideurs

politiques et

acteurs

févr-20

41 5 5.2Analyse du consentement à payer des consommateurs

pour des produits issus de plants sains - PublicationINRA Publication

Milieu

académiquejuin-20

42 5 5.2Conception et évaluation de scénarios territorialisés de

déploiement des innovations variétales INRA Rapport

Décideurs

politiques et

acteurs

oct-20

43 6 6 Rapport annuel technique CIRAD RapportRegion

Guadeloupefévr-19

44 6 6 Rapport annuel technique CIRAD RapportRegion

Guadeloupefévr-20

45 6 6 Rapport annuel financier CIRAD RapportRegion

Guadeloupefévr-19

46 6 6 Rapport annuel financier CIRAD RapportRegion

Guadeloupefévr-20

47 6 6 Page Web dédié et sur site des partenaires CIRAD Page Web grand public juin-19

48 6 6 Rapport sur communication média CIRAD Rapport grand public déc-18

49 6 6 Rapport sur communication média CIRAD Rapport grand public déc-19

50 6 6 Rapport sur communication média CIRAD Rapport grand public déc-20 1 base de données, protocole opératoire, manuel technique, logiciel, site web, études de marchés, reportages vidéo, etc… 2 grand public, corps professionnel spécifique, milieu académique

Projet complet


d. CALENDRIER D’EXECUTION

(Inclure un diagramme de GANTT, voir fichier excel)

Action Partenaire

WP1- 1

WP1.1 1

1.1.1 1

1.1.2 1

WP1.2 1

WP1.3 1

1.3.1 1

1.3.2 1

1.3.2 1

WP1.4 1

WP1.5 1

1.5.1 1

1.5.2 1

WP2- 1

WP2.1 1

2.1.1 1

2.1.2 1

2.1.3 1

WP2.2 1

2.2.1 1

2.2.2 1

2.2.3 1

WP2.3 1

WP3-

WP3.1 2

3.1.1 1

3.1.2 1

3.1.3 1

3.1.4 3

3.1.5 1

3.1.6 1

WP3.2 1

3.2.1 1

3.2.2 1

3.2.3 1

3.2.4 1

WP4- 2

WP4.1 2

4.1.1 1

4.1.2 2

4.1.3 2

WP4.2 2

4.2.1 2

4.2.2 2

WP5- 2

5.1 2

5.2 2

WP6 1 ; 2 ; 3

2018 2019 2020

Projet complet


5. PILOTAGE ET SUIVI

a. MODALITE DE PILOTAGE

Instances de pilotage et de suivi d’exécution du projet, fréquence des réunions, modalités de circulation de l’information, de communication conjointe, anticipation des retards d’exécution (étapes clés) et risques (renseigner le tableau dédié), préciser l’éventuel caractère innovant du mode de pilotage ... : (S’il y a lieu indiquer comment sont associées les parties prenantes au pilotage du projet) La gestion globale du projet est réalisée dans le cadre du WP6. Il est le lieu de la coordination entre les WPs scientifiques et techniques et de l’organisation des tâches administratives : les rapports annuels (scientifiques et financiers), la préparation et l'organisation d'ateliers et de réunions de coordination et la communication autour du projet. Un comité de pilotage composé par le porteur du projet, les responsables de chaque WP et les représentants de chaque partenaire est déjà constitué. Au cours de la seconde tranche de Cavalbio, trois réunions de ce comité de pilotage seront organisées (janvier 2019, novembre 2019 et 2020). Les partenaires des projets de transfert de l’innovation et des plateformes de sélections (RITA2) ainsi que les représentants de la Région et de la DAF seront conviés aux restitutions scientifiques réalisées lors de ces réunions. Ces réunions scientifiques et techniques permettront de renforcer les échanges entre partenaires et favoriseront l'analyse et l’appropriation des résultats scientifiques. Un rapport scientifique et technique d'avancement des activités sera rendu chaque année sur la base des synthèses produites par les responsables de WPs. Ces réunions permettront également d’organiser la communication autour des résultats du projet (publications scientifiques, communication auprès des acteurs des filières et du grand public). Le comité de pilotage veillera plus particulièrement au respect des calendriers d’exécution et à de possibles points de blocage dans la réalisation d’une activité. Les responsables de WP pourront convoquer des réunions exceptionnelles du comité de pilotage si des difficultés majeures affectent le bon déroulement d’une activité afin de prendre collectivement les mesures correctives si nécessaire. En relation avec le pilote opérationnel du projet, une animation scientifique thématique sera assurée par les coordinateurs de WP et le pilote d’exécution du projet. Le pilote d’exécution de projet aura pour fonction d’appuyer le coordinateur du projet afin d’assurer que les engagements concernant les restitutions du projet soient respectés. Un système de partage de l’information et des documents entre l’ensemble des participants sera mis en place. La gestion financière sera réalisée par chaque organisme et sa communication sera assurée par le représentant de chaque partenaire qui veillera : • au respect du budget de son organisme, • à la préparation chaque année du rapport financier de son organisme avant la réunion annuelle. La gestion scientifique de chaque WP sera assurée par les responsables de WP. Ils seront en particulier chargés de : • veiller au respect des jalons et livrables (des rapports d’avancement synthétiques seront demandés à tous les partenaires de chaque WP tous les six mois et leur synthèse sera transmise au porteur du projet Cavalbio), • synthétiser les rapports scientifiques annuels des partenaires impliqués dans le WP et les transmettre au coordonnateur avant chaque réunion annuelle.

Dans le cas d’une 2nd tranche, reprendre les éléments figurant dans le dépôt de la 1ère tranche, préciser tout amendement éventuel et pourquoi

Projet complet


b. LISTE DES ETAPES CLES N° de

l'étape

clés

N° WP Action Nom de l'étape cléDate

prévisionnelleModalité de contôle

1 1 1.1.1Des prélèvements d’échantillons de feuille et l’envoi pour génotypage sont

effectuéssept-18

Réunion de

coordination de WP

2 1 1.1.1 Le re-séquençage de pool de mâle et de femelle est réalisé mars-19Réunion de

coordination de WP

3 1 1.1.1La recherche de "gènes candidats" dans les ressources génomiques de D.

alata disponible est effectuéesept-18

Rapport intermédiaire

4 1 1.1.1Des amorces sont produites et la séquence capture est réalisée ; le

polymorphisme des "gènes candidats" chez D. alata est connujuin-19

Réunion de

coordination de WP

5 1 1.1.2La puissance et résolution des approches QTL et GWAS sont connues par

des approches de simulationdec-18


6 1 1.1.2Les études QTL et GWAS sont réalisées et les résultats sont comparés et

discutésdéc-19


7 1 1.1.2Les co-localisations des séquences génomiques avec les zones identifiées

par QTL et GWAS sont connuesjanv-20


8 1 1.1.2A partir des données génomiques disponibles, la séquence du locus le plus

impliqué est reconstruite sept-20

Réunion de

coordination de WP

9 1 1.2Differentes conditions de lyophilisation des pollen sont evaluées ; des tests

de germination sont effectués févr-20Réunion de

coordination de WP

10 11.3.1

Des amorces Kaspar sont developpées sur des SNPs présentant la

configuration recherchée (2n gametes)oct-18

Réunion de

coordination de WP

11 11.3.1

Le génotypage de la population est effectué et les données sont analysées oct-19Rapport intermédiaire

12 11.3.2

Les femelles sont installées dans une parcelle isolée avr-18Réunion de

coordination de WP

13 11.3.2

Des amorces Kaspar sont developpées sur des SNPs présentant la

configuration recherchée (parténogénèse)nov-18

Réunion de

coordination de WP

14 11.3.2

Les graines obtenues sont récoltées, plantées, et génotypées sept-19Réunion de

coordination de WP

15 2 2.1.1 Les scripts d'analyse d'image sont finalisés (R programing language) juin-19Réunion de

coordination de WP

16 2 2.1.1 Les méthodes de phénotypage de la qualité sont calibrées juil-19Réunion de

coordination de WP

17 2 2.1.1Au moins 1 technicien de chaque institut est formé aux méthodes de

phénotypagesept-19

Réunion de

coordination de WP

18 2 2.1.1La relation entre la mesure multispectrale et les traits du couvert est calibrée

sur 2 saisons de culturedéc-19


19 2 2.1.2Un panel de 75 variétés représentatives de la diversités de D. alata est

identifiémai-18


20 2 2.1.2 Au moins 30 variétés sont installées sur 2 sites juin-18Réunion de

coordination de WP

21 2 2.1.2 Au moins 60 variétés sont installées sur 3 sites juin-19Réunion de

coordination de WP

22 2 2.1.2 75 variétés sont installées sur 3 sites juin-20Réunion de

coordination de WP

23 2 2.1.2Le suivi multispectral hebdomadaire du couvert est réalisé durant 3 saisons

de culturedéc-20


24 2 2.1.2L'influence de l'interaction GxE sur le couvert est étudiée sur au moins 60

variétés et 3 sitesdéc-20


25 2 2.1.2 Le suivi des traits de qualité est réalisé durant 3 saisons de culture juin-20 Rapport intermédiaire

26 2 2.1.2L'influence de l'interaction GxE sur les traits de qualités (brunissement…)

est étudiée sur au moins 60 var. et 3 sitesoct-20


27 2 2.1.2 La base de donnée phénotypique est disponible sept-20 Rapport intermédiaire

28 2 2.1.2Le polymorphisme des gènes de l’utilisation de l’azote chez l’igname est

connu et est corrélé au phénotypesept-20


29 2 2.1.3Une parcelle d'étude (couples diploïdes/diploïdes doublés + hybrides) est

installéejuin-18


30 2 2.1.3L'influence du fond génétique et du niveau de ploïdie est étudié durant 2

saison de culturemars-20


31 2 2.2.1 Population Citrus Volkameriana 4x × Citrumelo 4x amplifiée par bouturage mars-19Réunion de

coordination de WP

32 2 2.2.1Population Citrus Volkameriana 4x × Citrumelo 4x phénotypée pour sa

tolérance au déficit hydrique mai-20

Réunion de

coordination de WP

33 2 2.2.1QTLs associés au déficit hydrique chez la population Citrus Volkameriana

4x × Citrumelo 4x identifiés déc-20

Réunion de

coordination de WP

34 2 2.2.2Métabolome racinaire et foliaire analysé (combinaisons de porte-greffes 2x

et 4x greffés avec des limettiers 2x et 3x) déc-18

Réunion de

coordination de WP

35 2 2.2.3Impact de la polyploïdie sur le développement et la croissance analysé

(arbres du parc semencier de porte-greffes). déc-19

Réunion de

coordination de WP

36 2 2.3 Développement et croissance des populations 3x de limettiers phénotypés juil-20 Rapport intermédiaire

37 2 2.3 Qualité et rendement des fruits des populations 3x de limettiers phénotypés sept-20Rapport intermédiaire

Projet complet


38 2 2.3Métabolites secondaires de feuilles des populations 3x de limettiers

phénotypéssept-19


39 2 2.3Identification de QTLs associés aux caractères pomologiques mais

également aux métabolites secondaires déc-20


40 3 3.1.1 Marqueurs GBS validés pour 400 hybrides juin-19Réunion de

coordination de WP

41 3 3.1.1 Marqueurs SSRs validés pour 400 hybrides juin-19Réunion de

coordination de WP

42 3 3.1.2 Test de résistance à l'anthracnose réalisé sur 150 hybrides sept-19Réunion de

coordination de WP

43 3 3.1.3 Méta-QTLs identifiés juin-20Réunion de

coordination de WP

44 3 3.1.6 Pré-sélection hybrides année 1 déc-20Réunion de

coordination de WP

45 3 3.2.1.2Developpement et croisances des racines des porte-greffes 2x et 4x

cultivés en aéroponie analysésmars-19

Réunion de

coordination de WP

46 3 3.2.1.3Ultra-structure des vaisseaux du phloème des racines 2x et 4x infectés ou

non par le HLB analysée.juin-19

Réunion de

coordination de WP

47 3 3.2.1.3 Dépôts de calose au niveau des cribles 2x et 4x quantifiés juil-19Réunion de

coordination de WP

48 3 3.2.1.3

Détection/quantification et analyse de la compartimentation éventuelle de

Cadidatus liberibacter asiaticus des racines de porte-greffes 2x et 4x

infectés ou non par le HLB

mars-20


49 3 3.2.1.4 Transcriptome analysé déc-19Réunion de

coordination de WP

50 3 3.2.1.4 Confirmation des résultats de RNAseq par QPCR sur gènes candidats avr-20Réunion de

coordination de WP

51 3 3.2.1.4 Métabolome racinaire analysé déc-19Réunion de

coordination de WP

52 3 3.2.2Croissance des différentes associations porte-greffes (2x et 4x) / greffons

(2x, 3x) phénotypéeavr-19

Réunion de

coordination de WP

53 3 3.2.2Symptômes de HLB et de la charge bactérienne phénotypés (différentes

associations de porte-greffes (2x et 4x) / greffons (2x, 3x)) juil-19

Réunion de

coordination de WP

54 3 3.2.3 Population de génotypes 4x mutipliée par bouturage herbacé sept-18Réunion de

coordination de WP

55 3 3.2.3 Population de génotypes 4x greffée avec de l'oranger infécté déc-18Réunion de

coordination de WP

56 3 3.2.3 Dispositif planté au champ mars-19Réunion de

coordination de WP

57 3 3.2.3 Symptômes du HLB et charge bactérienne phénotypés juin-20Réunion de

coordination de WP

58 3 3.2.3 Analyse QTLs réalisée si ségregation des caractères phénotypiques mai-20Réunion de

coordination de WP

59 4 4.1.1 Banque BAC D. rotundata construite et hybridée nov-18Réunion de

coordination de WP

60 4 4.1.2 Structuration des eDBV finalisée janv-19 Rapport intermédiaire

61 4 4.1.3 10 génotypes D. rotundata reséquencés sept-19 Rapport intermédiaire

62 4 4.2.1 Marqueurs pour cribler les génotypes D. cayenensis-rotundata créés déc-19 Rapport intermédiaire

63 4 4.2.2 Criblage génotypes D. cayenensis-rotundata réalisé juin-20Réunion de

coordination de WP

64 5 5.1 Mise en place de l'évaluation participative des innovations janv-19Réunion de

coordination de WP

65 5 5.1 Définition des mécanismes financiers incitatifs à tester juin-19Réunion de

coordination de WP

66 5 5.2 Démarrage de l'éxpérience de terrain auprès des consommateurs déc-19Réunion de

coordination de WP

67 5 5.2 Construction et évaluation des scénarios territorialisés d'innovations mai-20Réunion de

coordination de WP

68 6 6 Réunion démarrage projet juin-18 Rapport intermédiaire

69 6 6 Réunion annuelle févr-19 Rapport intermédiaire

70 6 6 Réunion annuelle févr-20 Rapport intermédiaire

71 6 6 Réunion de fin de projet déc-20 Rapport final

72 6 6 Rapport d'avancement par WP janv-19Réunion des

coordinateurs de WP

73 6 6 Rapport d'avancement par WP janv-20Réunion des

coordinateurs de WP

74 6 6 Rapport d'avancement par WP déc-20Réunion des

coordinateurs de WP

75 6 6 Animation scientifique interne au projet ContinueRéunion de

coordination de WP

Etapes clefs ; suite

1 à partir du démarrage du projet (Une étape clé est un point contrôle quant au bon déroulement du projet. Elle permet de prévenir une dérive ou un écart éventuel. Elle peut correspondre à la livraison d’un livrable.)

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c. ANALYSE DES RISQUES LIEES A LA MISE EN OEUVRE

Description des risques1

N° des WP qui seraient impactés

Actions correctrices/palliatives envisagées

Echec du génotypage (faible) 1 Réitérer le génotypage

Taux de parthénogénèse très faible (faible)

1

Augmenter le dispositif

Faible héritabilité du caractère étudié (moyen)

2

Augmenter le nombre de répétitions/étudier les individus les plus contrastés

Echec du génotypage (faible) 3 Répéter le génotypage

Difficulté pour la mise en œuvre de l’inoculation du HLB sur mini-plants (moyen)

3 L’inoculation du HLB par greffage sera réalisée sur des plants plus âgés.

Ségrégation limitée du caractère de tolérance de la population 3x et 4x vis-à-vis du HLB (moyen)

3 Etudier les individus les plus contrastés

Nombre de clones de la banque BAC hybridés par les sondes trop réduit.

4 Changer d’enzyme de restriction pour la construction de la banque BAC D. rotundata.

Difficultés d’assemblage des séquençages endogènes à cause des nombreux réarrangements.

4 Changer de méthode de séquençage pour privilégier les grands fragments.

Difficulté à trouver des producteurs d’agrumes en activité

5 Cibler l’ensemble des producteurs actifs avant la crise HLB

Difficulté de mise en place de la parcelle de démonstration

5 Anticiper au maximum la préparation du matériel végétal

1préciser le niveau de risque : faible, moyen, élevé

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6. CONSORTIUM ET MOYENS MOBILISES

a. CONSORTIUM

- Décrire le consortium, les antécédents en matière de collaboration, la complémentarité des expertises, comment chaque partenaire contribue au projet, sa valeur ajoutée et son rôle effectif : 1. CIRAD UMR AGAP (Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes) La très grande unité de recherche AGAP, est une Unité Mixte de Recherche placée sous la tutelle de trois organismes de recherche et d’enseignement supérieur réunis autour de l'amélioration génétique des plantes tropicales et méditerranéennes : le CIRAD, l'INRA et Montpellier SupAgro. Elle a trois objectifs majeurs : (i) créer du matériel végétal mieux adapté aux systèmes de productions de référence. Ce matériel nouveau et amélioré vise à concilier de meilleures tolérances aux stress abiotiques (déficit hydrique et stress salin notamment), de plus fortes résistances aux stress biotiques et des qualités nutritionnelles, organoleptiques et technologiques de produits frais et transformés ; (ii) faire progresser la connaissance dans plusieurs domaines de recherche relevant de la biologie moléculaire et cellulaire, de la génétique, de la physiologie, de la génétique quantitative et de la génétique des populations ; les approches prennent en compte différentes échelles biologiques, écogéographiques et spatio-temporelles ; (iii) améliorer les méthodes de création variétale grâce à une approche intégrée des connaissances et des méthodes. AGAP a été au cœur des développements récents de la génomique et des interfaces génomique/génétique pour les agrumes (Ollitrault et al., 2012 a,b ; Wu et al, 2014 ; Wu et al, 2018). L’analyse des structures phylogénomiques des variétés modernes d’ignames (Arnau et al., 2009 ; Némorin et al, 2013 ; Arnau et al. 2017), d’agrumes (Ollitrault et al., 2012b ; Wu et al., 2014 ; Curk et al, 2015, 2016) et de leurs impacts sur l’hérédité des caractères utiles via les gamètes haploïdes et diploïdes chez les ignames (Némorin et al., 2012 ; Abraham et al., 2013) et les agrumes (Kamiri et al., 2011 ; Cuenca et al, 2011, 2015 ; Aleza et al. 2015a) constitue deux de ses axes de recherche originaux. Les recherches conduites sur les agrumes (Allario et al., 2013 ; Dutra et al, 2017, Oustric et al. 2017 ; Oliveira et al., 2017) ont par ailleurs montré un plus fort potentiel d’adaptation des polyploïdes aux contraintes abiotiques (plasticité et résilience). La Guadeloupe est, après Montpellier, la principale implantation géographique d’AGAP, où sont développés les programmes de génétique et d’amélioration des ignames (Arnau et al, 2010 ; Cornet et al., 2014, 2015), et plus récemment des agrumes (Ollitrault et Navarro, 2012) pour les régions tropicales, dans le cadre d’un continuum entre recherches cognitives et méthodologiques, création/sélection de matériel innovant et transfert via les RITA, avec des processus de sélection participative. 2. INRA UR Astro (AgroSystèmes Tropicaux)

L'objectif d'ASTRO est de concevoir des systèmes de cultures innovants à faibles niveaux d’intrants. Ces systèmes doivent répondre aux besoins de développement durable du territoire, aux attentes des consommateurs, et présenter les meilleures chances d’adoption par les agriculteurs en respectant les milieux tropicaux fragiles. Pour cela, ASTRO développe des recherches pluridisciplinaires en sciences du végétal, environnement, phytopathologie, agronomie et économie. Les compétences scientifiques mobilisées sont les suivantes : • L’unité développe des connaissances pour l’analyse intégrée des systèmes de

productions et des conditions d’adoption des innovations. Les connaissances biophysiques et économiques sont assemblées dans des modèles pour construire des innovations ou aider la décision publique.

• L’unité a développé depuis de nombreuses années une connaissance approfondie de la fertilité et de la matière organique des sols tropicaux qui impactent simultanément

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le stockage du carbone, la limitation des pollutions et la valorisation des déchets organiques des territoires insulaires.

• L’unité met au point des démarches agroécologiques afin de les combiner dans des systèmes de culture évalués en station expérimentale ou en partenariat avec des producteurs. Ces démarches s’appuient principalement sur l’utilisation de vermicomposts, des associations de plantes et de la mycorhization.

• L’unité combine connaissances expérimentales et modélisation en génétique quantitative des résistances, épidémiologie et génétique des populations des bioagresseurs aériens. Ces recherches contribuent à l’élaboration de stratégies intégrées de protection et à la construction des résistances durables pour le pathosystème Igname-Anthracnose.

• L’UR ASTRO contribue au Centre de Ressources Biologiques Plantes Tropicales, INRA/CIRAD (http://intertrop.antilles.inra.fr/Portail/), et en assure actuellement la direction. Cette plateforme a pour mission de conserver, caractériser et diffuser les ressources biologiques locales (Ignames, Ananas, Bananes, Canne à sucre, Manguiers) et développe les recherches nécessaires à l’assainissement et à la caractérisation des ressources ou à l’évolution des techniques de conservation.

• L’UR ASTRO a mis en place et assure la gestion avec le CIRAD et le BRGM de l’observatoire OPALE (Observatoire de la Pollution Agricole aux Antilles), dispositif de bassins versant instrumentés à Capesterre-Belle-Eau. Ce dispositif et les compétences de l’équipe en mesure et modélisation des transferts dans les sols permet l’étude les mécanismes de transfert de polluants et de remédiation possibles en interaction avec l’usage des sols et les systèmes de culture.

3. UA C3MAG (Centre Commun de Caractérisation des Matériaux des Antilles et de la Guyane) Le C3MAG est une plateforme d’équipements mutualisés qui a pour vocation la mise à disposition de ses équipements, de ses compétences et de son savoir-faire auprès des équipes de recherche de l’Université des Antilles, des organismes de recherche et des entreprises des Amériques et d’Europe. Regroupant des ingénieurs et des docteurs en Biologie, Chimie, Mécanique et Physique, le C3MAG est à même de répondre à des problématiques de recherche fondamentale et appliquée et de réaliser des expertises dans différents domaines scientifiques, technologiques et industriels. Parmi les équipements du C3MAG on compte : 1 microscope photonique droit Zeiss 1 microscope confocal TCS SPE leica 1 microscope Raman HR 800 (laser 532nm et 632 nm) Horiba 1 microscope Raman HRevo (laser 405nm, 488 nm et 514,5 nm) équipé de deux microscopes déportés Horiba. 1 microscope électronique à balayage environnemental Quanta 250 FEI équipé d’un détecteur de rayons X EDS Xmax Oxford et d’un détecteur STEM 1 microscope électronique en transmission 200 kV Tecnaï G2 F20 Xtwin FEI équipé d’un détecteur de rayons X EDS EDAX et d’un filtre en énergie Quantum Gatan. 1 rhéomètre MCR 302 Anton Paar 1 diffractomètre de rayons X 2 nanomanipulateurs Imina (insérable dans le microscope Quanta 250) 1 nanomanipulateur 9D (insérable dans le microscope Quanta 250) Appareils de préparation d’échantillons (ultramicrotome, dessicateur point critique, amincisseur ionique, pulvérisation cathodique, évaporateur carbone…) Le C3MAG possède une solide expérience dans le couplage Physique, Chimie, Biologie pour aborder de façon pluridisciplinaire les questionnements relatifs au vivant. Le consortium de Cavalbio a par ailleurs des liens étroits avec diverses structures qui

http://intertrop.antilles.inra.fr/Portail/

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œuvrent dans le domaine du transfert des innovations, du développement agricole et de la protection des plantes : l’ASSOFWI (Domaine expérimental du Bouchu), l’IT2 (Institut Technique Tropical ; Filières de Diversification Végétale et filière banane), la Chambre d’Agriculture de la Guadeloupe (Productions Végétales) et la FREDON (Fédération Régionale de Lutte contre les Organismes Nuisibles) de Guadeloupe et Martinique. Historique et valeur ajoutée de la coopération : Les travaux conduits durant la 2eme tranche (2018-2020) de Cavalbio s’appuieront sur les résultats de plusieurs projets antérieurs dont deux projets Feder 2008-2013 (CARAMBA et VALEXBIOTROP) et en particulier sur ceux obtenues durant la première tranche de Cavalbio (2015-2017). Les avancées scientifiques, techniques et organisationnelles obtenues ces dernières années en Guadeloupe constituent un socle robuste pour la mise en œuvre du projet Cavalbio et plus largement le développement d’innovations variétales répondant aux enjeux régionaux et aux attentes des acteurs des filières. Parmi les acquis organisationnels, la création de partenariats structurant à travers la création d’un Réseau d’Innovation et de Transfert Agricole (RITA) (associant pouvoirs publics, acteurs de la recherche, organismes de développement et de vulgarisation et centre d’expérimentation) est une composante clef pour un transfert efficace des innovations vers le monde agricole guadeloupéen :

la mise en place de Plateformes de Sélection (igname) permet de sélectionner et de valider des innovations variétales dans une approche participative impliquant les producteurs et le projet RITA ;

le développement d’un projet RITA sur les agrumes (Parade HLB, 2016-2018), dans le contexte de la crise du Huanglongbing (HLB, ou citrus greening), en partenariat entre le CIRAD, l’INRA, l’IT2, la chambre d’agriculture la Fredon et plusieurs associations de producteurs dont l’ASSOFWI, la CICACFEL, la SICAPAG et le SICA les Alizés.

Avancées techniques et scientifiques : Collaboration CIRAD / INRA : CRB Plante tropicale : la création en 2009 d’un CRB Plantes Tropicales (géré par le CIRAD et l’INRA) labellisé « IBiSA » en 2010 et certifié par la norme NF S96-900 en 2013 permet la préservation et la mise à disposition sécurisée (SMQ) des ressources génétiques existant aux Antilles. Les équipes du CIRAD et de l’INRA ont par ailleurs récemment acquis un ensemble de connaissances essentielles concernant les ignames blanches (D. alata) très appréciées par les consommateurs guadeloupéens, mais qui sont fortement affectées par l’anthracnose qui provoque de lourdes pertes de rendement : (i) premiers travaux de cartographie de gènes de résistance dans le génome de géniteurs fertiles valorisables en innovation variétale ; (ii) connaissances de base sur la génétique de la plante et en particulier sur les possibilités et les contraintes de l’amélioration aux niveaux de ploïdie optimum sur le plan agronomique (triploïde et tétraploïde) ; (iii) évaluation de la diversité génétique des ressources du CRB. Toutes ces connaissances permettent de mieux orienter la construction d’innovations performantes répondant aux attentes des producteurs et des consommateurs. De plus, le CRB s’appuie sur les avancées en virologie apportées par le projet SafePGR (Netbiom ; 2011-2013) et le Feder Guadeloupe MALIN (2015-2017) pour renforcer son processus d’assainissement afin de fournir des plants d’igname indemnes de virus. Ces activités sont financées par le projet CPER-CRBio. Collaboration CIRAD / Université : les analyses par microcopie à balayage et par microscopie à fluorescence réalisées au laboratoire C3MAG de l’Université des Antilles dans le cadre de la première tranche de Cavalbio ont permis de visualiser sur des échantillons prélevés au champ des dépôts importants de calose au niveau des cribles du phloème induits par le HLB. Ce travail d’analyses par microcopie à balayage et par microscopie électronique sera poursuivi sur des associations porte-greffes / greffons polyploïdes

Projet complet


inoculées avec le HLB par greffage afin de mieux caractériser l’impact de la maladie et de sélectionner in fine des idéotypes plus tolérants. Innovations variétales Igname : évaluation en phase finale d’une vingtaine de variétés créées par l’INRA et le CIRAD et testées dans la Plateforme de Sélection participative mise en place dans le cadre du réseau RITA (essais en partenariat avec l’IT2 et la Chambre d’Agriculture). Homologation et multiplication d’une demi-douzaine de variétés issues de cette évaluation finale chez les producteurs dans le cadre de parcelles pilotes.

b. MOYENS HUMAINS MOBILISES

WP1 WP2 WP3 WP4 WP5

WP6

Total temps1

dédié par participant

Partenaire 1, CIRAD

MORILLON Raphaël 6 6

4.5 16.5

ARNAU, Gemma 6 5 11 BOISNE-NOC, Rosiane

7.5 6

16.5

BRAT, Pierre 3 3 BRUYERE, Saturnin 6 9 15 BURGAUD, Marty 0.7 0.7

CALVADOS, Omer 12 15 CARBEL, Martin 9 12 CORMIER, Fabien 7 9 15 CORNET, Denis 2 0.5 2.5 COUPAN, Jean-Marie 3 3 3 9 GRAVILLON, Marie-Claire

13.5 13.5

MALEDON, Erick 9 6 15 NAVIS, Patricia 2 2 NUDOL, Elie 12 12 OLLITRAULT Patrick 1 1

PRESSAT, Gersende 1.5 1.5 SAPOTILLE, Jocelyne 3 2 4.5 TEYCHENEY Pierre-Yves

1.5 1.5

TOUBI, Lyonel 1.5 1.5 HEUGET Benoît, VSC 30 30

X VSC Communication

20 20

à recruter MOO 3.75 15.30 8.5 27.55

à recruter Masters 6;6 6;6;6;6;6;6;6;6 6;6 72

à recruter stagiaire 3 3

à recruter CDD ingenieur

6 2

8

Partenaire 2,

INRA

BAJAZET Thierry 0.24 0.24

BANDOU Eric 2.4 2.4

BLAZY Jean-Marc 3.6 0.36 3.96

CAUSERET François 2.88

2.88

CHEVRY-MARIE- 0.48 0.48

Projet complet


MAGDELEINE Carine

CINNA Jean-Pierre 0.24 0.24

DESFONTAINES Lucienne 2.4

2.4

FEBRISSY Witney 6 6

FILS-LYCAON Bernard

1.44 1.44

GELABALE Suzia 2.4 0.6 3

GOMEZ Rose-Marie 1.56

1.56

GUINDE Loïc 2.88 2.88

HAMMOUYA David 0.24 0.24

IREP Jean-Luc 2.4 2.4

LABIRIN David 0.48 0.48

LANGE David 2.4 2.4

LATOR José 0.72 0.72

LEINSTER Jocelyne 1.2

1.2

PETRO Dalila 5.64 0.36 6

RENAC Pierre 4.2 4.2

TOURNEBIZE Régis 0.96

0.96

UMBER Marie 0.6 0.36 2.52 0.36 3.84

à recruter MOO 12 5 17

à recruter Masters 6 6 ; 6 6 ; 6 30

à recruter stagiaires 3 ; 3 ; 5 3 6 20

à recruter CDD ingénieur 24

24

à recruter CDD technicien 4

4

Partenaire 3,

Univ. des Antilles

GROS Olivier 2 8

BERCION Yves 2 8

à recruter stagiaire 6 1 préciser l’unité de mesure retenue (H/J, heures travaillées, H/M, …) : Mois / durée projet Trois doctorants pour lesquels des financements ont été acquis en 2017/2018 seront également associés au projet :

Gary Sivager : « Caractérisation des déterminants physiologiques et anatomiques de la tolérance des polyploïdes d’agrumes au HLB » (Codirection de thèse : Dr. R. Morillon / Prof. O. Gros, Université des Antilles). Ce sujet est cofinancé par la Région Martinique et le CIRAD.

Jagan Gora : « Caractérisation de l’adaptation au déficit hydrique et au HLB d’une population de porte-greffes tétraploïdes d’agrumes » (Codirection de thèse : Dr. R. Morillon / Dr. P. Ollitrault, SupAgro Montpellier). Ce sujet est financé par l’ICAR (Indian Council of Agricutural Research) en Inde.

Emmanuel Ehounou : « Etude génétique de la qualité de l’igname pillé » (Codirection de thèse G. Arnau, CIRAD France / A. Kouakou, CNRA Cote d’Ivoire). Ce sujet est financé par le projet RTB-Foods (Fondation Bill et Melinda Gates) et prendra appui sur le matériel innovant créé lors de la première phase de Cavalbio.

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c. MOYENS TECHNIQUES MOBILISES

(Préciser les équipements mobilisés tant en interne qu’en externe, leur temps d’utilisation) Plateforme de biologie moléculaire du CIRAD de Neufchâteau 30 mois Plateforme de CIV du CIRAD à Roujol 12 mois Plateforme de cytométrie en flux du CIRAD à Roujol : 6 mois Domaine expérimental (terrain, tunnels insect-proofs) du CIRAD à Roujol et Neufchâteau - 36 mois.

Plate-forme de biologie moléculaire de l’INRA de Duclos - 12 mois Plate-forme de culture in vitro de l'INRA de Duclos - 12 mois Salles de culture en conditions contrôlées de l'INRA de Duclos - 6 mois Serres-chapelles de l'INRA de Duclos - 12 mois Domaines expérimentaux de l’INRA Duclos et Godet – 36 mois Plateforme d’imagerie du Centre Commun de Caractérisation des Matériaux des Antilles et de la Guyane (C3MAG) : 12 mois Plateforme bioinformatique South Green de Montpellier en appui pour les activités de bioinformatique : 12 mois

CRB Plantes-Tropicales

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C. BUDGET

Préciser toute aide sollicitée par ailleurs pour l’exécution du projet et fournir la lettre d’intention et/ou d’engagement du partenaire financier. Se rapporter au règlement de l’appel à projets concernant l’éligibilité des dépenses.

1. TABLEAU SYNTHETIQUE

N° Participant

Coûts directs

de personnel

(1)

Autres coûts

directs

(2)

Coûts de

prestations (3)

Apports en

nature

(4)

Coûts indirects

(=(1+2+4)*20%)

Coût total

éligible

Aide publique

sollicitée

Taux

d'aide

(%)

Récupère la

TVA

1 CIRAD 1 368 513,00 € 93 897,00 € 115 680,00 € - € 292 482,00 € 1 870 572,00 € 1 496 457,60 € 80% O

2 INRA 175 957,99 € 41 266,00 € 42 000,00 € 332 281,28 € 109 901,05 € 701 406,32 € 369 125,04 € 53% O

3 UA/C3MAG - € 3 500,00 € 27 000,00 € 87 726,20 € 18 245,24 € 136 471,44 € 48 745,24 € 36% N

4 - € - € - € - € - € - € - € #DIV/0! O/N

- € - € - € - € - € - € - € #DIV/0! O/N

- € - € - € - € - € - € - € #DIV/0!

TOTAL 1 544 470,99 € 138 663,00 € 184 680,00 € 420 007,48 € 420 628,29 € 2 708 449,76 € 1 914 327,88 € 71%

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D. AUTRES ELEMENTS

1. EVALUATION SCIENTIFIQUE

Merci d’indiquer d’éventuels experts scientifiques mobilisables pour l’évaluation du projet

Nom/Prénom Coordonnées (Courriel, organisme)

Argumentaire

Poser Chritophe CIRAD La Reunion [email protected]

A évalué la phase 1 du projet. Connaissance des filières tropicales.

Laurens François INRA Angers [email protected]

Expert de l’amélioration variétale pour les filières horticoles. Connaissance des enjeux des filières Guadeloupéennes.

Thomas Alban INRA Toulouse [email protected]

Expert sur les questions d’innovation et d’adoption.

Merci d’indiquer d’éventuels experts scientifiques que vous ne souhaiteriez pas voir évaluer le projet

Nom/Prénom Coordonnées (Courriel, organisme)

Argumentaire




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2. RESUME DU PROJET (EN ANGLAIS)

(Contexte, objectifs, méthodologie, programme de travail, partenaires impliqués, modalités de valorisation des résultats du projet collaboratif, 1 page maximum) Agriculture is an important sector of activity in Guadeloupe since it is characterized by a fragile socio-economic fabric, an important dependence on imports and public health issues linked to an insufficient consumption of fresh produce. Guadeloupean agricultural production is weakened by (i) multiple biotic and abiotic constraints, (ii) still too much use of pesticides, and (iii) low varietal diversity, exacerbating the impact of emerging diseases and reducing for some species the supply of fresh produces to the market. Variety selection is an essential component of the development of sustainable and efficient agriculture. In addition to the objectives of adaptation and disease resistance and insertion into agro-ecological systems, it must meet the expectations of consumers in terms of quality and staggered production. The main objective of the Cavalbio project is to contribute to the development of sustainable yam and citrus sectors in Guadeloupe, and more broadly in the French West Indies, by relying on cognitive and methodological investigations that promote the emergence of varietal solutions adapted to regional issues. In the first stage of Cavabio, different improvement strategies have been chosen to mobilize the biodiversity of the species complex from which modern varieties have been domesticated. For this, it has been necessary to develop new biological and molecular resources, paving the way for a better understanding of heredity and sexual recombination in genitors of inter(sub)specific origin and often polyploid. In the second stage of Cavalbio, these genetic analyzes coupled with the acquisition of fine knowledge on the physiological, biochemical, and molecular determinants of the variability of the useful traits will make possible to identify ideotypes potentially more adapted to the environment of the Caribbean area. Finally, this work will be completed by the analysis of the acceptance of varietal or technical innovations by producers and consumers. Cavalbio brings together the scientific expertise of CIRAD, INRA and the University of the Antilles in the field of plant sciences and is conducted in close collaboration with stakeholders of the development. It is located directly upstream of new variety selection platforms supported by the Regional Development Plan, allowing fast transfer of crop innovations to farmers via RITA.

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3. SIGNATURES DES PARTENAIRES

Les signataires doivent être en capacité d’engager financièrement l’organisme Fait à : Le :

Partenaire N° 1 Nom/prénom, Titre, Cachet

CIRAD

La signature d’un directeur de laboratoire n’a pas valeur d’engagement contractuel. Elle entraine la non recevabilité du partenaire et de fait met en défaut la pertinence du consortium. Les signatures des différents partenaires peuvent figurer sur des pages distinctes.

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INRA

La signature d’un directeur de laboratoire n’a pas valeur d’engagement contractuel. Elle entraine la non-recevabilité du partenaire et de fait met en défaut la pertinence du consortium. Les signatures des différents partenaires peuvent figurer sur des pages distinctes.

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Université des Antilles

La signature d’un directeur de laboratoire n’a pas valeur d’engagement contractuel. Elle entraine la non-recevabilité du partenaire et de fait met en défaut la pertinence du consortium. Les signatures des différents partenaires peuvent figurer sur des pages distinctes.

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Annexe 1 : Références bibliographiques citées Abang M.M., Asiedu R., Hoffmann P., Wolf G.A., Mignouna H.D., Winter S. (2006). Pathogenic and genetic variability among

Colletotrichum gloeosporioides isolates from different yam hosts in the agroecological zones in Nigeria. Journal of Phytopathology. 154: 51–61. Abraham K., Nemorin A., Lebot V., Arnau G. (2013). Meiosis and sexual fertility of autotetraploid clones of greater yam Dioscorea alata

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Projet complet


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Projet complet


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Ollitrault P, Terol J, Chen C, Federici CT, Lotfy S, Hippolyte I, Ollitrault F, Bérard A, Chauveau A, Cuenca J, Costantino G, Kacar Y, Mu L, Garcia-Lor A, Froelicher Y, Aleza P, Boland A, Billot C, Navarro L, Luro F, Roose ML, Gmitter FG, Talon M, Brunel D. (2012a). A reference genetic map of C. clementina hort. ex Tan.; citrus evolution inferences from comp!arative mapping. BMC Genomics 13: 593.

Ollitrault P, Terol J, Garcia-Lor A, Berard A, Chauveau A, Froelicher Y, Belzile C, Morillon R, Navarro L, Brunel D, Talon M. (2012b). SNP mining in C. clementina BAC end sequences; transferability in the Citrus genus (Rutaceae), phylogenetic inferences and perspectives for genetic mapping. BMC Genomics, 13:13.

Ollitrault P., Curk F., Ollitrault F., Garcia-Lor A., Navarro L., Morillon R. 2016. Usefulness of phylogentic diagnostic SNP markers of citrus ancestral taxa for genetics and breeding. In: Mattos Dirceu (ed.), Fermino Carlos Eduardo (ed.), Moreira Novelli Valdenice (ed.), Alves de Azevedo Fernando (ed.), Della Coletta Filho Helvécio (ed.), Vicente Contador Zaccheo Paulo (ed.). Abstract book Sustainable citriculture: the role of applied knowledge. Londrina: IAPAR, p. 126-127 International Citrus Congress, 2016-09-18/2016-09-23, Foz do Iguaçu (Brésil).

Ollitrault P, Ahmed D, Curk F, Oueslati A, Luro, F, Costantino G, Vignes H, Mournet P, Froelicher Y, Morillon R. (2018). A pipeline for phylogenomic inference in large diploid and polyploid populations from Genotyping By Sequencing (GBS) data. IV international symposium on citrus biotechnology. April 16th-8th. Montevideo. Uruguay

Reumaux R., Chopin P., J. Weiner, Tournebize R., Cornet D. 2016. Interplant competition and its cons Onyeka J., Petro D., Etienne S. (2013). Differential host-pathogen interactions in yam anthracnose patosystem: a challenge to

deployment of resistant cultivars for disease management. Program and book of abstracts, First Global Conference on Yam, IITA, ISTRC, CSIR, CGIAR CRP-RTB, 3 – 6 October 2013, Accra, Ghana

Onyeka TJ, Petro D, Ano G, Etienne S, Rubens S. (2006a). Resistance in water yam (Dioscorea alata) cultivars in the French West Indies

to anthracnose disease based on tissue culture‐derived whole‐plant assay. Plant Pathology 55(5):671-678. Onyeka TJ, Petro D., Etienne S., Jacqua G., Ano G. (2006b). Optimizing Controlled Environment Assessment of Levels of Resistance to

Yam Anthracnose Disease Using Tissue Culture-derived Whole Plants. J. Phytopathology 154:289-292. Oueslati A, Salhi-Hannachi A, Luro F, Vignes H, Mournet P, Ollitrault P. (2017) Genotyping by sequencing reveals the interspecific C.

maxima / C. reticulata admixture along the genomes of modern citrus varieties of mandarins, tangors, tangelos, orangelos and grapefruits. PLoS ONE. doi: 10.1371/journal.pone.0185618.

Oustric J, Morillon R, Luro F, Herbette S, Lourkistia R, Giannettinia J, Berti L, Santini J. (2017) Tetraploid Carrizo citrange rootstock (Citrus sinensis Osb. × Poncirus trifoliata L. Raf.) enhances natural chilling stress tolerance of common clementine (Citrus clementina Hort. ex Tan). Journal of Plant Physiology 214: 108–115

Perlikowski D, Czyżniejewski M, Marczak Ł, Augustyniak A, Kosmala A. (2016) Water Deficit Affects Primary Metabolism Differently in Two Lolium multiflorum/Festuca arundinacea Introgression Forms with a Distinct Capacity for Photosynthesis and Membrane Regeneration. Frontiers in Plant Science. doi:10.3389/fpls.2016.01063.

Petro D, Onyeka TJ, Etienne S, Rubens S (2011). An intraspecific genetic map of water yam (Dioscorea alata L.) based on AFLP markers and QTL analysis for anthracnose resistance. Euphytica 179(3): 405-416

Petro D., Kouassi A., Onyeka J., Etienne S., Lafortune D., Guyader S. (2013). Yam anthracnose resistance in Dioscorea alata L. – Genetic mapping and QTL analysis. Program and book of abstracts, First Global Conference on Yam, IITA, ISTRC, CSIR, CGIAR CRP-RTB, 3 – 6 October 2013, Accra, Ghana

Ramadugu C, Keremane ML, Halbert SE, Duan YP, Roose ML, Stover E (2016). Long-Term Field Evaluation Reveals Huanglongbing Resistance in Citrus Relatives. Plant Disease. doi.org/10.1094/PDIS-03-16-0271-RE

Richardson, M. L., and D. G. Hall. (2013). Resistance of Poncirus and Citrus x Poncirus germplasm to the Asian citrus psyllid. Crop Science 53: 183-188.

Rouiss H, Cuenca J, Navarro L, Ollitrault P, Aleza P (2017) Unreduced Megagametophyte Production in Lemon Occurs via Three Meiotic Mechanisms, Predominantly Second-Division Restitution. Frontiers in Plant Science, doi: 10.3389/fpls.2017.01211 Rouiss H, Bakry F, Froelicher Y, Navarro L, Aleza P and Ollitrault P (2018). Origin of C. latifolia and C. aurantiifolia triploid limes; the preferential disomic inheritance of doubled-diploid ‘Mexican’ lime is in line with an interploid hybridization hypothesis. Annals of Botany. In Press. Saleh B., Allario T., Dambier D., Ollitrault P. Morillon R. (2008). Tetraploid citrus rootstocks are more tolerant to salt stress than diploid.

Comptes Rendus de Biologie de l’Académie des sciences 331: 703-710. Seâtamou M, Alabi OJ, Simpson CR, Jifon JL (2017). Contrasting amino acid profiles among permissive and non-permissive hosts of

Candidatus Liberibacter asiaticus, putative causal agent of Huanglongbing. PLOS ONE | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0187921

Sheela, MN., Abhilash, PV., Asha, KI., Arnau, G. (2016). Genetic diversity analysis in greater yam (Dioscorea alata L.) native to India using morphological and molecular markers. Acta Horticulturae 1118, 51-58.

Stover E, McCollum GT, Driggers R, Lee R (2015). Resistance and Tolerance to Huanglongbing in Citrus. Proc. XIIth Intl. Citrus Congress Eds.: B. Sabater-Muñoz et al. Acta Hort. 1065, ISHS 2015

Tamiru M, Satoshi Natsume, Hiroki Takagi, Benjamen White, Hiroki Yaegashi, Motoki Shimizu, Kentaro Yoshida, Aiko Uemura, Kaori Oikawa, Akira Abe, Naoya Urasaki, Hideo Matsumura, Pachakkil Babil, Shinsuke Yamanaka, Ryo Matsumoto, Satoru Muranaka, Gezahegn Girma, Antonio Lopez-Montes, Melaku Gedil, Ranjana Bhattacharjee, Michael Abberton, P. Lava Kumar, Ismail Rabbi, Mai Tsujimura, Toru Terachi, Wilfried Haerty, Manuel Corpas, Sophien Kamoun, Günter Kahl, Hiroko TakagiEmail author, Robert AsieduEmail author and Ryohei Terauch (2017). Genome sequencing of the staple food crop white Guinea yam enables the development of a molecular marker for sex determination. BMC Biology 201715:86 https://doi.org/10.1186/s12915-017-0419-x.

Teycheney P.Y., Geering A.D. (2011). Endogenous viral sequences in plant genomes. In: Caranta Carole (ed.), Aranda Miguel A. (ed.), Tepfer Mark (ed.), Lopez-Moya Juan José (ed.). Recent advances in plant virology. Norfolk: Caister Academic Press, p. 343-362.

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Umber, M., Filloux, D., Muller, E., Laboureau, N., Galzi, S., Roumagnac, P., Iskra-Caruana, M.-L., Pavis, C., Teycheney, P.-Y. and Seal, S.E. (2014) The genome of African yam (Dioscorea cayenensis-rotundata complex) hosts endogenous sequences from four distinct badnavirus species. Mol. Plant Pathol. 15(8), 790-801.

Umber M., Gomez R.M., Gelabale S., Lange D., Bonheur L., Pavis C., Teycheney P.Y. (2016) Dioscorea bacilliform TR virus, a member of the genus Badnavirus infecting Dioscorea spp., shed light on endogenous Dioscorea bacilliform viruses. Arch. Virol. 162: 517-521

Umber, R.-M. Gomez, S. Gélabale, L. Bonheur, C. Pavis and P.-Y. Teycheney. (2017) The genome sequence of Dioscorea bacilliform TR virus, a member of the genus Badnavirus infecting Dioscorea spp., sheds light on the possible function of endogenous Dioscorea bacilliform viruses. Archives of virology, 162: 517-521.

Wagner AM1, Wu JJ, Hansen RC, Nigg HN, Beiere RC. (2012). Bullous phytophotodermatitis associated with high natural concentrations of furanocoumarins in limes. Am J Contact Dermat. Mar;13(1):10-4.

Wu GA, S Prochnik, J Jenkins, J Salse, U Hellsten, F Murat, X Perrier, M Ruiz, S Scalabrin, J Terol, MA Takita, K Labadie, J Poulain, A Couloux, K Jabbari, F Cattonaro, C Del Fabbro, S Pinosio, A Zuccolo, J Chapman, J Grimwood, FR Tadeo, L Estornell, JV Muñoz-Sanz, V Ibanez, A Herrero-Ortega, P Aleza, J Pérez-Pérez, D Ramón, D Brunel, F Luro, C Chen, WG Farmerie, B Desany, C Kodira, M Mohiuddin, T Harkins, K Fredrikson, P Burns, A Lomsadze, M Borodovsky, G Reforgiato, J Freitas-Astúa, F Quetier, L Navarro, M Roose, P Wincker, J Schmutz, M Morgante, MA Machado, M Talon, O Jaillon, P Ollitrault, F Gmitter & D Rokhsar. (2014). Sequencing of diverse mandarin, pummelo and orange genomes reveals complex history of admixture during citrus domestication. Nature Biotechnology, 32, 656–662

Wu GA, Terol J, Ibanez V, López-García A, Pérez-Román E, Borredá C, Domingo C, Tadeo FR, Carbonell-Caballero J, Alonso R, Curk F, Du D, Ollitrault P, Roose ML, Dopazo J, Gmitter JFG Jr., Rokhsar DS and Talon M (2018). Genomics and phylogenetic analyses of Citrus origins and evolution. Nature. On line First DOI:10.1038/nature25447

Xiang C., M.L. Roose. (1988). Frequency and characteristics of nucellar and zygotic seedlings in 12 citrus rootstocks. Scientia Horticulturae. 37(1):47-59.

Zhang XY, Hu CG, Yao JL (2010). Tetraploidization of diploid Dioscorea results inactivation of the antioxidant defense system and increased heat tolerance. Journal of Plant Physiology doi:10.1016/j.jplph.2009.07.006.

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Annexe 2 : CURRICULUM VITAE

CIRAD

Raphaël MORILLON Chercheur au CIRAD, UMR AGAP, Equipe SEAPAG - https://umr-agap.cirad.fr/equipes-scientifiques/structure-evolutive-des-agrumes-polyploidie-et-amelioration-genetique/contexte-et-enjeux Adresse professionnelle : CIRAD, Station de Roujol, 97170 Petit Bourg Physiologiste moléculaire au sein du groupe agrume Email : [email protected] Titres et diplômes -1999 : Thèse de Doctorat de l’Université de Rouen - UMR 6037 du CNRS -2005 : Habilitation à Diriger des Recherches Postes occupés 1999-2002 : Stage postdoctoral à l’Université de San Diego (UCSD), - Recruté en tant que chercheur au CIRAD le 14/10/2002 -10/2002 - 11/2007 : Station INRA/CIRAD de San Giuliano, 20230 San Giuliano -11/2007 - 02/2015 : Centro de Genomica, Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA), 46113 - Moncada – Valencia, España -03/2015 - : Station CIRAD de Roujol, Petit Bourg, 97170. Travaux de Recherche/expertise : Thématiques : 1) Adaptation des plantes aux contraintes environnementales (déficit hydrique, salinité, tolérance au HLB) en relation avec la polyploïdie – 2) Elaboration de la qualité des fruits Disciplines : Biochimie, Biologie moléculaire, Physiologie, Génomique Responsabilités scientifiques / Coordination, participation projets : - Participation / Coordination à 15 projets nationaux (Français ou Espagnols) ou internationaux. - Directeur de 4 thèses ; codirecteur de 7 autres thèses. Publications : Plus de 55 publications dans les journaux à facteur d’impact – 3 chapitres d’ouvrages. Liste de 10 publications en lien avec le projet : Morillon R., Chrispeels M.J. (2001). The role of ABA and the transpiration stream in the regulation of the osmotic water

permeability of leaf cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 98: 14138-14143 Martre P., Morillon R., Barrieu F., North G.B., Nobel P.S., Chrispeels M.J. (2002). Plasma membrane aquaporins play a

significant role during recovery from water deficit. Plant Physiology. 130: 2101-10. Allario T., Brumos J., Colmenero-Flores JM, Tadeo F, Froelicher Y., Talon M., Navarro L., Ollitrault P., Morillon R.

(2011). Large changes in anatomy and physiology between diploid Rangpur lime (Citrus limonia) and its autotetraploid are not associated with large changes in leaf gene expression. Journal of Experimental Botany. 62: 2507-2519.

Allario T, Brumos J, Colmenero-Flores JM, Iglesias DJ, Pina JA, Navarro L, Talon M, Ollitrault P, Morillon R. (2013) Tetraploid Rangpur lime rootstock increases drought tolerance via enhanced constitutive root abscisic acid production. Plant Cell Environ. 36: 856-68.

Drielly Souza Santana Vieira D, Emiliani G, Michelozz M, Centritto M, Luro F, Morillon R, Loreto F, Gesteira A, Maserti BE (2016) Polyploidization alters constitutive content of volatile organic compounds (VOC) and improves membrane stability under water deficit in Volkamer lemon (Citrus limonia Osb.) leaves. Environmental and Experimental Botany dx.doi.org/10.1016/j.envexpbot.2016.02.010

Ruiza M, Quinones A, Martínez-Alcántarab B, Aleza P, Morillon R, Navarro L, Primo-Millo E, Martínez-Cuenca . (2016). Effects of salinity on diploid (2x) and doubled diploid (4x) Citrus macrophylla genotypes. Scientia Horticulturae 207: 33–40

https://umr-agap.cirad.fr/equipes-scientifiques/structure-evolutive-des-agrumes-polyploidie-et-amelioration-genetique/contexte-et-enjeux




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Ruiz M, Quiñones A, Martínez-Alcántara B, Aleza P, Morillon R, Navarro L, Primo-Millo E, Martínez-Cuenca M-R (2016). Tetraploidy enhances boron-excess tolerance in Carrizo Citrange (Citrus sinensis L. Osb. x Poncirus trifoliata L. Raf.) Front. Plant Sci. http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2016.00701

Dutra de Souza J, de Andrade Silva EM, Coelho Filho MA, Morillon R, Bonatto D, Micheli F, da Silva Gesteira A. (2017) Different adaptation strategies of two citrus scion/rootstock combinations in response to drought stress PloS ONE. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0177993

Oustrica J, Morillon R, Luro F, Herbette S, Lourkistia R, Giannettinia J, Berti L, Santini J. (2017) Tetraploid Carrizo citrange rootstock (Citrus sinensis Osb. × Poncirus trifoliata L. Raf.) enhances natural chilling stress tolerance of common clementine (Citrus clementina Hort. ex Tan). Journal of Plant Physiology 214: 108–115

Oliveira TM, Ben Yahmed J, Dutra J, Maserti BE, Talon M, Navarro L, Ollitraut P, Gesteira A, Morillon R. (2017) Better tolerance to water deficit in doubled diploid ‘Carrizo citrange’ compared to diploid seedlings is associated with more limited water consumption and better H2O2 scavenging. Acta Physiologia Plantarum 39 : 204.

Patrick OLLITRAULT Chercheur au CIRAD Department : BIOS, TGU AGAP, Equipe : SEAPAG Adresse professionnelle : CIRAD, Station de Roujol, 97170 Petit Bourg Email : [email protected] Titres et diplômes : Docteur en Sciences : 1987, Université Paris-Sud Orsay HDR : 2006, Université de Corse Postes occupés : Chercheur au CIRAD depuis 1987

Aujourd’hui responsable de l’équipe SEAPAG d’AGAP. https://umr-agap.cirad.fr/equipes-scientifiques/structure-evolutive-des-agrumes-polyploidie-et-amelioration-genetique/contexte-et-enjeux Travaux de Recherche / expertise Génétique, Génomique, Amélioration des plantes Responsabilités scientifiques : Coordination, participation projets

Coordination du Projet Européen FP6-2003 INCO-DEV2 CIBEWU (5 pays, 6 partenaires), 2006-2008

Coordination de divers projets de collaboration bilatérale (Espagne, Maroc, Liban, Tunisie, Chili)

Responsable WP génétique et co-PI du projet ANR Génomique « Citrusseq », 2009-2011

Responsable du projet Feder Guadeloupe « Cavalbio » 2015-2017

Responsable du projet France-Génomique « Dynamo » 2016-2018

Animation de collectifs et représentations internationales :

Responsable de l’équipe SEAPAG d’AGAP

Représentant Français de la société international de citriculture

Représentant Français pour le Consortium International de génomique des agrumes

Publications : Période 2006-2018 : 73 publications dans des revues internationales à facteur d’impact ; 4 chapitres d’ouvrages. Liste de 10 publications en lien avec le projet : Wu GA, Terol JF., Ibáñez V, López-García A, Pérez-Román E, Borredá C, Domingo C, Tadeo F, Carbonell-Caballero J,

Alonso R, Curk F, Du D, Ollitrault P, Roose ML., Dopazo J, Gmitter FG., Rokhsar DS., Talon M. (2018). Genomics of the origin and evolution of Citrus. 2018. Nature, 20 p. https://doi.org/10.1038/nature25447

http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2016.00701

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0177993





https://doi.org/10.1038/nature25447

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Oueslati A, Salhi-Hannachi A, Luro F, Vignes H, Mournet P, Ollitrault P. (2017). Genotyping by sequencing reveals the interspecific C. maxima / C. reticulata admixture along the genomes of modern citrus varieties of mandarins, tangors, tangelos, orangelos and grapefruits. 2017. PLoS ONE, 12 (10), e0185618 (22 p.)

Rouiss H, Bakry F, Froelicher Y, Navarro L, Aleza P, Ollitrault P. (2017). Origin of C. latifolia and C. aurantiifolia triploid limes: The preferential disomic inheritance of doubled-diploid 'Mexican' lime is consistent with an interploid hybridization hypothesis. Annals of Botany, 15 p. https://doi.org/10.1093/aob/mcx179

Curk F, Ollitrault F, Garcia-Lor A, Luro F, Navarro L, Ollitrault P. (2016). Phylogenetic origin of limes and lemons revealed by cytoplasmic and nuclear markers. Annals of Botany, 117 (4) : 565-583. http://dx.doi.org/10.1093/aob/mcw005

Curk Franck, Gema Ancillo, Frédérique Ollitrault, Xavier Perrier, Jean-Pierre Jacquemoud-Collet, Andres Garcia-Lor, Luis Navarro, Patrick Ollitrault. 2015. Nuclear Species-Diagnostic SNP Markers Mined from 454 Amplicon Sequencing Reveal Admixture Genomic Structure of Modern Citrus Varieties. PloS ONE, 10(5): e0125628

Aleza P, Cuenca J, Hernández M, Juárez J, Navarro L and Ollitrault P. 2015. Genetic mapping of centromeres in the nine Citrus clementina chromosomes using half-tetrad analysis and recombination patterns in unreduced and haploid gametes. BMC Plant Biology (2015). 15: 80.

Cuenca J, P Aleza, J Juárez, A García-Lor, Y Froelicher, L Navarro and P Ollitrault. 2015. Maximum-likelihood method identifies polyploidisation meiotic restitution mechanism from heterozygosity transmission of centromeric loci: application in citrus. Scientific Reports. 5, 9897.

Wu GA, S Prochnik, J Jenkins, J Salse, U Hellsten, F Murat, X Perrier, M Ruiz, S Scalabrin, J Terol, MA Takita, K Labadie, J Poulain, A Couloux, K Jabbari, F Cattonaro, C Del Fabbro, S Pinosio, A Zuccolo, J Chapman, J Grimwood, FR Tadeo, L Estornell, JV Muñoz-Sanz, V Ibanez, A Herrero-Ortega, P Aleza, J Pérez-Pérez, D Ramón, D Brunel, F Luro, C Chen, WG Farmerie, B Desany, C Kodira, M Mohiuddin, T Harkins, K Fredrikson, P Burns, A Lomsadze, M Borodovsky, G Reforgiato, J Freitas-Astúa, F Quetier, L Navarro, M Roose, P Wincker, J Schmutz, M Morgante, MA Machado, M Talon, O Jaillon, P Ollitrault, F Gmitter & D Rokhsar. 2014. Sequencing of diverse mandarin, pummelo and orange genomes reveals complex history of admixture during citrus domestication. Nature Biotechnology, 32: 656–662. doi:10.1038/nbt.2906.

Cuenca J, Aleza P, Navarro L and Ollitrault P. 2013. Assignment of SNP allelic configuration in polyploids using competitive allele-specific PCR: application to citrus triploid progeny. Annals of Botany (2013) 111(4): 731-742.

Ollitrault P, Terol J, Chen C, Federici CT, Lotfy S, Hippolyte I, Ollitrault F, Bérard A, Chauveau A, Cuenca J, Costantino G, Kacar Y, Mu L, Garcia-Lor A, Froelicher Y, Aleza P, Boland A, Billot C, Navarro L, Luro F, Roose ML, Gmitter FG, Talon M, Brunel D. 2012. A reference genetic map of C. clementina hort. ex Tan.; citrus evolution inferences from comparative mapping. BMC Genomics 13: 593.

Gemma ARNAU Chercheur au CIRAD Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le développement Department: BIOS, Equipe: APMV, TGU AGAP Adresse professionnelle : CIRAD, Station de Roujol, 97170 Petit Bourg Titres et diplômes Docteur en Sciences Agronomiques : 1996, ENSA de Montpellier Postes occupés Chercheur au CIRAD depuis 2001 Chercheur contractuel à la Faculté de Biologie, Université de Barcelone : 2000 Chercheur contractuel au Geves, Groupe d’étude et de contrôle des variétés et des semences : 1997-99 Travaux de recherche/expertise : Génétique, Amélioration des plantes, Biologie Moléculaire, Physiologie Végétale Responsabilités scientifiques : Animation des recherches sur l’igname dans le cadre des projets FEDER 2008-2017 (Valexbiotrop, Caramba et Cavalbio). Co-animatrice des travaux de Création variétale et sélection Participative conduits dans le cadre des projets FEADER 2006-2018, en collaboration avec l'INRA de Guadeloupe, la Chambre d'Agriculture et l'IT2. Coordination des recherches conduites par le CIRAD dans le cadre du Projet AfricaYAM “Enhancing yam breeding for increased productivity and improved quality in

http://dx.doi.org/10.1093/aob/mcw005

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West Africa", 2015-20 (8 pays, 12 partenaires), financé par la fondation Bill et Melinda Gates. Liste de 10 publications en lien avec le projet : Arnau G, Bhattacharjee P, MN Sheela, Chaïr H, Malapa R, Lebot V, K. Abraham, Perrier X, Petro D, Penet L, Pavis C. 2017. Understanding the genetic diversity and population structure of yam (Dioscorea alata L.) using microsatellite markers. Plos ONE, 12(3): e0174150. Sheela M.N., Abhilash P.V., Asha K.I., Arnau G. 2016. Genetic diversity analysis in greater yam (Dioscorea alata L.) native to India using morphological and molecular markers. Acta Horticulturae ISHS, 1118. Arnau G, Maledon E, Nudol E, Gravillon M.C. 2016. Progress and challenges in genetic improvement of yam (Dioscorea alata L.). In: World Congress on Root and Tuber Crops. 18-22 January 2016 Nanning, Chine. Némorin A., David J., Maledon E., Nudol E., Dalon J., Arnau G. 2013. Microsatellite and flow cytometry analysis to help understand the origin of Dioscorea alata polyploids. Annals of botany, 112 (5): 811-819. Abraham K., Némorin A., Lebot V., Arnau G. 2013. Meiosis and sexual fertility of autotetraploid clones of greater yam Dioscorea alata L. Genetic resources and crop evolution, 60 (3): 819-823. Némorin A., Abraham K., David J., Arnau G. 2012. Inheritance pattern of tetraploid Dioscorea alata and evidence of double reduction using microsatellite marker segregation analysis. Molecular breeding, 30 (4): 1657-1667. Bussière F., Cabidoche Y.M., Petro D., Sierra J., Cornet D., Guyader S., Ozier Lafontaine H., Tournebize R., Arnau G., Pavis C. 2011. Innovations Agronomiques, 16 : p. 39-51. Systèmes durables de production et de transformation agricoles aux Antilles et en Guyane, 2011-11-03/2011-11-04, Lamentin (Guadeloupe). Arnau G., Abraham K., Sheela M.N., Chaïr H., Sartie A., Asiedu R. 2010. Yams. In: Bradshaw John E. (ed.). Root and

tuber crops. (Handbook of plant breeding). New York: Springer [Etats-Unis], p. 127-147.

Andris M. Aradottir G, Arnau G et al. 2010. Permanent Genetic Resources added to Molecular Ecology Resources

Database 1 June 2010 - 31 July 2010. Molecular Ecology Resources, 2010, 10 (6), pp.1106-1108.

Arnau G., Némorin A., Maledon E., Abraham K. 2009. Revision of ploidy status of Dioscorea alata L. (Dioscoreaceae)

by cytogenetic and microsatellite segregation analysis. Theoretical and applied genetics, 118 (7) : 1239-1249.

Pierre BRAT Chercheur CIRAD CIRAD UMR 108 AGAP Station de Neufchâteau, 97130 Capesterre Belle-Eau Email : [email protected] Titres et diplômes :

2009 : Habilitation à Diriger des Recherches : « Déterminants de la qualité organoleptique et nutritionnelle des fruits. ». Université Montpellier II. Ecole Doctorale Sciences des Procédés-Sciences des Aliments.

1998-2001 : Thèse de Doctorat (Sciences Alimentaires) : « Application du procédé de Flash-Détente sous vide aux fruits tropicaux et méditerranéens pour la préparation de purées et huiles essentielles ». Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (MONTPELLIER).

Postes occupés :

Depuis 09/2013 : Ingénieur de recherche titulaire au Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD, GUADELOUPE) spécialisé dans l’étude de la qualité de la banane.

04/2003 - 08/2013 : Ingénieur de recherche titulaire au Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD, MONTPELLIER) spécialisé dans la caractérisation et la transformation des fruits et légumes.

04/2002 - 02/2003 : Ingénieur de recherche contractuel au Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD, MONTPELLIER).

Responsabilités scientifiques / Coordination, participation projets


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BIP-PRUNEAU (2011-2012) (Inter-Profession du Pruneau) : Etude des transferts de chaleur et d’eau ainsi que des réactions de Maillard qui se produisent lors du séchage des prunes en pruneaux. En charge des activités biochimie. MEDINA* (2013-2016) (ANR) : Promotion de systèmes alimentaires durables en Méditerranée au service de la nutrition et de la santé. Coordinateur WP 2. INTERREG (U.E.) (2010-2014) : Banane Durable Caraïbes : Développer des modes de production des bananes alternatifs, plus écologiques, tournés résolument vers la réduction de l’utilisation des pesticides et des impacts environnementaux négatifs. Coordinateur Volet biochimie/qualité. (2013-2014)

Liste de publications en lien avec le projet : Brat P., Lechaudel M., Segret L., Morillon R., Hubert O., Gros O., Lambert F., Benoit S., Bugaud C., Salmon F.

2016. Post-harvest banana peel splitting as a function of relative humidity storage conditions. Acta Physiologiae Plantarum, 38 (10) : e234 (16 p.). http://dx.doi.org/10.1007/s11738-016-2253-0

Berlinet C., Brat P., Ducruet V. 2008. Quality of orange juice in barrier packaging material. Packaging Technology and Science, 21 (5) : p. 279-286.http://dx.doi.org/10.1002/pts.802

Berlinet C., Brat P., Brillouet J.M., Ducruet V. 2006. Ascorbic acid, aroma compounds and browning of orange juices related to PET packaging materials and pH. Journal of the Science of Food and Agriculture, 86 (13) : p. 2206-2212. http://dx.doi.org/10.1002/jsfa.2597

Brat P., Rega B., Alter P., Reynes M., Brillouet J.M. 2003. Distribution of volatile compounds in the pulp, cloud and serum of freshly squeezed orange juice. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 51: p. 3442-3447. http://dx.doi.org/10.1021/jf026226y

Pierre-Yves TEYCHENEY Chercheur CIRAD CIRAD UMR 108 AGAP Station de Neufchateau, 97130 Capesterre Belle-Eau Email : [email protected] Titres et diplômes 1992 : Doctorat, Université de Bordeaux II 2008 : Habilitation à diriger les recherches, Université des Antilles et de la Guyane Postes occupés 1992-1995 : Research associate au Queensland Agricultural Biotechnology Centre de

Brisbane (Australie). Financement par l’Australian Centre for International Agricultural Research (ACIAR)

1995 -1997 : Stage post doctoral, laboratoire du Pr J. Bol, Rijksunivisertiteit Leiden (Pays Bas). Bourse de l'Union Européenne, Human Capital and Mobility Program

1998-2001 : Chercheur contractuel au laboratoire de biologie cellulaire du centre INRA de Versailles, équipe du Dr M. Tepfer. Financement de la société Altadis

2001 : Recrutement au CIRAD-FLHOR au poste de virologue du programme Banane-Plantain-Ananas, affecté à la station de Neufchâteau (Guadeloupe)

Responsabilités scientifiques / Coordination, participation projets 2002-2006 : Coordinateur du projet européen Paradigm, financé par la Commission

Européenne (5ePCRDT, programme « Usine Cellulaire ») 2007-2013 : Coordinateur du projet « Risques en santé animale et végétale », financé

par le FEDER 2012-2015 : Coordinateur du workpackage « diversité des populations virales » du

projet SafePGR financé par l’ANR et les régions ultrapériphériques européennes Depuis 2013 : Membre de l’editorial board du journal Frontier in Virology


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Liste de 10 publications en lien avec le projet : Côte F, Galzi S., Folliot M., Lamagnère Y., Teycheney P.-Y., Iskra-Caruana M.-L. (2010). Micropropagation by tissue

culture triggers differential expression of infectious endogenous Banana streak virus sequences (eBSV) present in the B genome of natural and synthetic interspecific banana plantains. Mol. Plant Pathol. 11: 137–144

Teycheney P.Y., Geering A.D. (2011). Endogenous viral sequences in plant genomes. In : Caranta Carole (ed.), Aranda Miguel A. (ed.), Tepfer Mark (ed.), Lopez-Moya Juan José (ed.). Recent advances in plant virology. Norfolk: Caister Academic Press, p. 343-362.

Javer-Higinson E., Acina-Mambole I., Efrain J., Font C., González G., Echemendía A.-L., Muller E., Teycheney P.-Y. (2014) Occurrence, prevalence and molecular diversity of Banana streak viruses in Cuba. Eur J Plant Pathol 138:157–166

Umber M., Filloux D., Muller E., Laboureau N., Galzi S., Roumagnac P., Iskra-Caruana M.-L., Pavis C., Teycheney P.-Y., Seal S. (2014). The genome of African yam (Dioscorea cayenensis-rotundata complex) hosts endogenous sequences from four distinct badnavirus species. Mol Plant Pathol doi: 10.1111/mpp.12137.

Geering A.D.W., Maumus F., Copetti D., Choisne N., Zwicki D., Zytnicki M., McTaggart A.R, Scalabrin S., Vezzulli S., Wing R.A., Quesneville H., Teycheney P.-Y. (2014). Endogenous florendoviral elements are major components of plant genomes and molecular fossils of reverse-transcribing viruses with unique and variable genome organizations. Nature Communications 5, doi:10.1038/ncomms6269

Acina Mambole I., Bonheur L., Svanella Dumas L., Filloux D., Gomez R.M., Faure C., Lange D., Anzala F., Pavis C., Marais A., Roumagnac P., Candresse T., Teycheney P.Y. (2014). Molecular characterization of Yam virus X, a new Potexvirus infecting yams (Dioscorea spp) and evidence for the existence of at least three distinct Potexvirus species infecting yams. Arch. Virol 159: 3421-3426

Geering A.D.W., Maumus F., Copetti D., Choisne N., Zwicki D., Zytnicki M., McTaggart A.R, Scalabrin S., Vezzulli S., Wing R.A., Quesneville H., Teycheney P.-Y. (2014). Endogenous florendoviral elements are major components of plant genomes and molecular fossils of reverse-transcribing viruses with unique and variable genome organizations. Nature Communications 5: 5269

Umber M., Pichaut J.P., Laboureau N., Janzac B., Farinas B., Plaisir Pineau K., Pressat G., Baurens F.-C., Chabannes M., Duroy P.-O., Guiougiou C., Delos J.-M., Jenny C., Iskra-Caruana M.L., Salmon F., Teycheney P.Y. (2016) Marker-assisted breeding of Musa balbisiana genitors devoid of infectious endogenous Banana streak virus sequences. Mol. breeding 36: 1-11

Umber M., Gomez R.M., Gelabale S., Lange D., Bonheur L., Pavis C., Teycheney P.Y. (2017) Dioscorea bacilliform TR virus, a member of the genus Badnavirus infecting Dioscorea spp., shed light on endogenous Dioscorea bacilliform viruses. Arch. Virol. 162: 517-521

Diop S, Geering ADW, Alfama-Depauw F, Loarec M, Teycheney P.-Y, Maumus F (2018) Tracheophyte genomes keep track of the deep evolution of the Caulimoviridae. Scientific Reports 8: 572.

Rosiane BOISNE-NOC Ingénieur au CIRAR ; UMR AGAP Adresse professionnelle : Cirad Bios, Station de Roujol, 97170 Petit-Bourg Guadeloupe Email : [email protected] Diplôme : Ingénieur 2008 ENITA (Clermont Ferrand) Domaine de recherche Phytopathologie, physiologie, culture in vitro Responsabilité institutionnelle : Responsable du laboratoire de Roujol, et

responsable qualité Liste de publications et communications : Daugrois J.H., Boisne-Noc R., Rott P. 2014. Leaf surface colonization of sugarcane by Xanthomonas albilineans and

subsequent disease progress vary according to the host cultivar. Plant disease, 98 (2): 191-196. Daugrois J.H., Dumont V., Champoiseau P., Costet L., Boisne-Noc R., Rott P. 2003. Aerial contamination of sugarcane

in Guadeloupe by two strains of Xanthomonas albilineans. European journal of plant pathology, 109: 445-458. Daugrois J.H., Boisne-Noc R., Champoiseau P., Rott P. 2012. The revisited infection cycle of Xanthomonas albilineans,

the causal agent of leaf scald of sugarcane. Functional Plant Science and Biotechnology, 6 (2) (spec.): 91-97. Rocher S., Daugrois J.H., Nibouche S., Costet L., Boisne-Noc R., Roques D., Toubi L., D'Hont A., Hoarau J.Y. 2011.

Genome-Wide association study for resistance to aerial propagation of leaf scald in sugarcane (Saccharum spp). In: Sabanci University. 9th Plant Genomics European Meetings (Plant GEM), May 04-07, 2011, Istanbul, Turkey. s.l.: s.n., 1 p. Plant Genomics European Meetings. 9, 2011-05-04/2011-05-07, Istanbul, Turquie.

Daugrois J.H., Boisne-Noc R., Champoiseau P., Dumont V., Rott P. 2003. Epiphytic life of Xanthomonas albilineans is involved in the infection process of sugarcane by leaf scald in Guadeloupe. Pathology Workshop of the International Society of Sugar Cane Technologists, Baton Rouge, Etats-Unis, 11-16 May 2003. s.l.: s.n., 1 p. ISSCT Pathology Workshop. 7, 2003-05-11/2003-05-16, Baton Rouge, Etats-Unis.

Daugrois J.H., Boisne-Noc R., Rott P. 2000. Testing sugarcane for resistance to sugarcane yellow leaf virus. In: Department of Agriculture and Thailand Society of Sugar Cane Technologists. The 6th ISSCT Sugarcane Pathology Workshop, Cha-am, Thailand, 17-23 juillet 2000. s.l.: s.n., [1] p. ISSCT Pathology Workshop. 6, 2000-07-17/2000-07-23, Cha-am, Thaïlande.


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Boisne-Noc R. 1995. Des variétés résistantes pour garantir la pérennité de la canne à sucre en Guadeloupe. Le Lamentin : LEGTA, 41 p. Mémoire BTS : A Productions Végétales.

Fabien CORMIER Chercheur au CIRAD, UMR AGAP, Equipe GS Adresse professionnelle : CIRAD, Station de Roujol, 97170 Petit Bourg Généticien quantitatif racines et tubercules Email : [email protected] Titres et diplômes -2015 : Thèse de Doctorat de l’Université de Clermont Ferrand, CIFRE Biogemma/INRA -2011 : Ingénieur agronome, Montpellier SupAgro Postes occupés 2011-2016 : Ingénieur de recherche/sélection, groupe Limagrain Depuis 09/2016 : Chercheur CIRAD Travaux de Recherche/expertise Thématiques : 1) Amélioration génétique – 2) Génétique quantitative Disciplines : Génétique, sélection, statistiques Liste de publications en lien avec le projet : 1. Cormier F, Foulkes J, Hirel B, Gouache D, Moënne-Loccoz Y, Le Gouis J (2015) Breeding for

increased Nitrogen Use Efficiency: a review for wheat (T. aestivum L.). Plant Breeding 135:255-278 2. Cormier F, Throude M, Ravel C, Le Gouis J, Leveugle M, Lafarge S, Exbrayat F, Duranton N, Praud S (2015) Detection of NAM-A1 Natural Variants in Bread Wheat Reveals Differences in Haplotype Distribution between a Worldwide Core Collection and European Elite Germplasm. Agronomy 5:143-151. 3. Cormier F, Le Gouis J, Dubreuil P, Lafarge S, Praud S (2014) A genome-wide identification of chromosomal regions determining nitrogen use efficiency components in wheat (Triticum aestivum L.). Theor Appl Genet 127: 2679-2693 4. Cormier F, Faure S, Dubreuil P, Heumez E, Beauchêne K, et al. (2013) A multi-environmental study of

recent breeding progress on nitrogen use efficiency in wheat (Triticum eastivum L.). Theor Appl Genet 126: 3035-3048

Denis CORNET Chercheur Cirad UMR AGAP Domaine Duclos, Prise-d’Eau, 97170 Petit-Bourg Email : [email protected] Titres et diplômes Docteur en Sciences Agronomiques et Ecologiques (Doctorat / PhD) Postes occupés 2002-2010 : Accueilli à l’IITA (International Institute of Tropical Agriculture, centre CGIAR) comme responsable de l'Unité de coordination des recherches sur l'igname Cirad-IITA. 2010-2015 : Accueilli dans l’UR Astro (INRA) comme chercheur écophysiologiste des plantes à racines et tubercules. Vacataire d’enseignement à l’Université des Antilles Travaux de Recherche/expertise


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Ecophysiologiste spécialisé sur les plantes à racines et tubercules Expertise en biostatistique (machine learning, réseaux Bayésiens) et en modélisation Responsabilités scientifiques Membre de l'ISTRC (International Society for Tropical Root Crops) Membre du conseil de direction de l’UR Astro (Inra) Participation aux projets suivant :

en Afrique de l’Ouest : FIDA (www.ifad.org/gbdocs/eb/67/e/eb-99-67-r-20.pdf), FAO (TCP/BEN/3002), CORAF (http://www.coraf.org/dfid/projet3.html), CORUS (https://www.ird.fr/infos-pratiques/archives/anciens-programmes-de-soutien/corus) , YAMSYS (http://www.r4d.ch/E/food-security/projects/sustainable-yam-cropping)

aux Antilles : RITA1 (EvaTransfert et InnovEcoF&L), GAP-Yam (http://www.smach.inra.fr/Presentation/actions/Projets/%28key%29/0)

“Focal point” des activités “Boosting ware yam profitability for smallholders by overcoming challenges facing seed yam systems in West Africa” du projet CRP-RTB (CGIAR Research Program on Roots, Tubers and Bananas). Liste de publications en lien avec le projet : Chaïr H., Cornet D., Deu M., Baco M.N., Agbangla A., Duval M.F., Noyer J.L. 2010. Impact of farmer selection on yam

genetic diversity. Conservation Genetics, 11(6): 2255-2265. Cornet D., Vernier P., Amadji F., Asiedu R. 2006. Integration of yam in cover crop-based cropping system: constraints

and potential. In: ISTRC. Roots and tubers for sustainable development, issues and strategies: Proceedings of the 14th triennial Symposium, Thiruvananthapuram Kerala, India, 20-26 November 2006.

Cornet D., Akissoé N.H., Vernier P., Mestres C. 2006. Effects of nitrogen fertilization on pounded yam sensory and physico-chemicals properties. In: International Society for Tropical Root Crop. Roots and tubers for sustainable development, issues and strategies: Proceedings of the 14th triennial Symposium, Thiruvananthapuram Kerala, India, 20-26 November 2006.

Cornet D., Sierra J., Bonhomme R. 2007. Characterization of the photosynthetic pathway of some tropical food yams (Dioscorea spp.) using leaf natural 13C abundance. Photosynthetica, 45(2): 303-305.

Cornet D., Sierra J., Tournebize R., Ney B. 2014. Yams (Dioscorea spp.) plant size hierarchy and yield variability: Emergence time is critical. European journal of agronomy, 55: 100-107.

Cornet D., Sierra J., Tournebize R. 2015. Assessing allometric models to predict vegetative growth of yams in different environments. Agronomy journal, 107(1): 1-8.

Hongbete F., Mestres C., Akissoé N.H., Pons B., Hounhouigan J.D., Cornet D., Mathurin N.C. 2011. Effects of cultivar and harvesting conditions (age, season) on the texture and taste of boiled cassava roots. Food chemistry, 126(1): 127-133.

Maliki M., Cornet D., Floquet A., Sinsin B. 2012. Agronomic and economic performance of yam-based systems with shrubby and herbaceous legumes adapted by smallholders. Outlook on agriculture, 41(3):171-178.

Marcos J., Cornet D., Bussière F., Sierra J. 2011. Water yam (Dioscorea alata L.) growth and yield as affected by the planting date: Experiment and modelling. European Journal of Agronomy, 34: 247-256.

Srivastava A.K., Gaiser T., Cornet D., Ewert F. 2012. Estimation of effective fallow availability for the prediction of yam productivity at the regional scale using model-based multiple scenario analysis. Field crops research, 131: 32-39.

INRA Dalila PETRO Ingénieur d’études INRA UR 1321 Agrosystèmes tropicaux Domaine Duclos, Prise-d’Eau, 97170 Petit-Bourg email : [email protected] Titres et diplômes 1998 : Master en Génétique, Adaptations et Productions Végétales, Université de

Rennes 1 1990 : Ingénieur agronome, Agrocampus Ouest, Rennes Postes occupés Depuis 1993 : Ingénieur d’Etudes, INRA UR Astro, Petit-Bourg, Guadeloupe

http://www.ifad.org/gbdocs/eb/67/e/eb-99-67-r-20.pdf

http://www.coraf.org/dfid/projet3.html

https://www.ird.fr/infos-pratiques/archives/anciens-programmes-de-soutien/corus

https://www.ird.fr/infos-pratiques/archives/anciens-programmes-de-soutien/corus

http://www.r4d.ch/E/food-security/projects/sustainable-yam-cropping

http://www.r4d.ch/E/food-security/projects/sustainable-yam-cropping

http://www.smach.inra.fr/Presentation/actions/Projets/%28key%29/0


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1990-1993 : Professeur de Phytotechnie, Lycée Général et Technologique Agricole, Baie-Mahault, Guadeloupe

Responsabilités scientifiques / Coordination, participation projets Co-animatrice du projet INRA « Durayam », 2011-2013 Co-animatrice du projet hors PO Région Guadeloupe « I-Mod », 2009-2011 Participation au projet GAP-YAM 2013-2015 (Métaprogramme SMACH INRA, 70k€) Participation au projet EVATRANSFERT 2012-2014, en collaboration avec le CIRAD

de Guadeloupe, l'IT2 et la Chambre d'Agriculture

Publications Chair H., Bourdel G, Pétro D., Arnau G. & Risterucci A. M. (2010). Development of new genomic microsatellite markers

from yam (Dioscorea sp.). Molecular Ecology Resources, 10, 1106-1108. Pétro D., Onyeka T. J., Etienne S. & Rubens S. (2011). An intraspecific genetic map of water yam (Dioscorea alata L.)

based on AFLP markers and QTL analysis for anthracnose resistance. Euphytica, 179, 405-416. Pétro D., Kouassi A., Onyeka T. J., Etienne S., Lafortune D. & Guyader S. (2013). Yam anthracnose resistance in

Dioscorea alata L. – Genetic mapping and QTL analysis. Oral presentation. Yams-2013: first global conference on yam, Accra, Ghana.

Penet L., Guyader S., Pétro D., Salles M. & Bussière F. (2014). Direct splash dispersal prevails over indirect and subsequent spread during rains in Colletotrichum gloeosporioides infecting yams. PLoS ONE 9(12): e115757. doi: 10.1371/journal.pone.0115757.

Njoh Ellong E., Billard C., Pétro D., Adenet S. & Rochefort K. (2015). Physicochemical, nutritional and sensorial qualities of Boutou yam (Dioscorea alata) varieties. Journal of Experimental Biology and Agricultural Sciences,

3, 138-150. Laurent Penet., Denis Cornet, Jean-Marc Blazy, Angela Alleyne, Emilie Barthe, François Bussière, Sébastien Guyader,

Claudie Pavis and Dalila Pétro (2016). Varietal dynamics and yam agro-diversity demonstrate complex trajectories intersecting farmers’ strategies, networks, and disease experience. Frontiers in Plant Science, 7. doi : 10.3389 1962

Marie UMBER Ingénieur de recherche INRA INRA – UR ASTRO Domaine de Duclos 97170 Petit-Bourg email : [email protected] Titres et diplômes Doctorat en biologie moléculaire et cellulaire (Université de Strasbourg I) DEA en biologie moléculaire et cellulaire (Université de Strasbourg I) Postes occupés Ingénieur de recherche à l’unité Agrosystèmes Tropicaux (UR ASTRO) dans l’équipe du Centre de Ressources Biologiques de l’igname (CRB) depuis 2013. Responsabilités institutionnelles

Responsable des activités de laboratoire de l’équipe du CRB igname

Responsable de l’activité assainissement virale de la collection igname du CRB

Responsable du laboratoire de biologie moléculaire de l’unité ASTRO

Responsable du laboratoire de culture in vitro de l’unité ASTRO Publications : M. Umber, R.-M. Gomez, S. Gélabale, L. Bonheur, C. Pavis and P.-Y. Teycheney. (2017) The genome sequence of

Dioscorea bacilliform TR virus, a member of the genus Badnavirus infecting Dioscorea spp., sheds light on the possible function of endogenous Dioscorea bacilliform viruses. Archives of virology, 162: 517-521.

M. Umber, J.-P. Pichaut, B. Farinas, N. Laboureau, B Janzac, K. Plaisir-Pineau, G. Pressat, F.-C. Baurens, M. Chabannes, P.-O. Duroy, C. Guiougiou, J.-M. Delos, C. Jenny, M.-L. Iskra-Caruana, F. Salmon and P.-Y. Teycheney. (2016) Marker-assisted breeding of Musa balbisiana genitors devoid of infectious endogenous Banana streak virus sequences. Molecular breeding, 36: 74.

M. Umber, J.-P. Pichaut, B. Farinas, N. Laboureau, B Janzac, K. Plaisir-Pineau, G. Pressat, F.-C. Baurens, M. Chabannes, P.-O. Duroy, C. Guiougiou, J.-M. Delos, C. Jenny, M.-L. Iskra-Caruana, F. Salmon and P.-Y.


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Teycheney. (2016) How marker-assisted breeding of Musa balbisiana genitors devoid of infectious endogenous Banana streak virus sequences contributes to pesticide-free agroecological banana farming systems. 52nd symposium of CFCS, Guadeloupe-FWI.

M. Umber, D. Filloux, E. Muller, N. Laboureau, S. Galzi, R.-M. Gomez, P. Roumagnac, M.-L. Iskra-Caruana, C. Pavis and P.-Y. Teycheney. (2015) Improved diagnostic tools for the detection badnaviruses in yams unveil the existence of endogenous sequences of extant badnavirus species in yams. 15ème rencontre de virologie végétale, Aussois (France)

P.-Y. Teycheney, E. Bandou, R.-M. Gomez, D. Lange, C. Pavis, M. Umber, I. Acina-Mambole, L. Bonheur, J.-H. Daugrois, E. Fernandez, D. Filloux, C. Julian, P. Roumagnac, M. Grisoni, A. Pierret, M. Rubington, T. Candresse, S. Contreras, C. Faure, A. Marais, S. Theil, A. da Câmara Machado, D. Mendonça, M. A. A. Pinheiro de Carvalho and E. Silva. (2015) Viral treasure hunt in European outermost territories: how metagenomics boosts the discovery of novel viral species in tropical and sub-tropical crops germplasm. 15ème rencontre de virologie végétale, Aussois (France)

D. Filloux, L. Bonheur, M. Umber, C. Pavis, E. Fernandez, S. Galzi, C. Julian, J.-H. Daugrois, A. Sukal, S. Winter, P.-Y. Teycheney, T. Candresse and P. Roumagnac. (2015) Metagenomic discovery, worldwide distribution and genetic diversity of novel macluraviruses infecting yams (Dioscorea spp.). 15ème rencontre de virologie végétale, Aussois (France)

P.-Y. Teycheney, R.-M. Gomez, D. Lange, C. Pavis, M. Umber, I. Acina-Mambole, L. Bonheur, D. Filloux, P. Roumagnac, T. Candresse, S. Contreras, C. Faure, A. Marais, L. Svanella-Dumas and S. Theil. (2015) Molecular characterization of novel viral species of the families Closteroviridae and Secoviridae infecting yams. 15ème rencontre de virologie végétale, Aussois (France)

M. Umber, D. Filloux, E. Muller, N. Laboureau, S. Galzi, P. Roumagnac, M.-L. Iskra-Caruana, C. Pavis, P.-Y. Teycheney and S. E. Seal. (2014) The genome of African yam (Dioscorea cayenensis-rotundata complex) hosts

endogenous sequences from four distinct badnavirus species. Molecular Plant Pathology, 15: 790-801.

Jean-Marc BLAZY Chargé de Recherche INRA INRA UR ASTRO Domaine de Duclos, Prise d’Eau, 97170 Petit-Bourg Email : [email protected] Titres et diplômes 2017. HDR de l’INP Toulouse en Sciences 2008. Thèse de Doctorat en Ecosystèmes (Montpellier Supagro) 2004. Diplôme d’ingénieur agronome d’AgroParisTech Postes occupés Depuis 2009, Chargé de Recherche INRA à l’Unité de Recherches Agrosystèmes

tropicaux Responsabilités scientifiques / Coordination, participation projets Coordination du projet REBECCA 2013-2015 (Feder Guadeloupe, 253k€) Coordinateur du projet GAP-YAM 2013-2015 (Métaprogramme SMACH INRA, 70k€) Responsable d’un work package tâche dans le projet MEDD SYBAN 2006-2008 Responsable d’un work package dans le projet MEDD ALTERBIO 2010-2013 Liste de publications en lien avec le projet : Chopin, P., Blazy, JM., Guindé, L., Tournebize, R., Doré, T., 2017. A novel approach for assessing the contribution of

agriculturalsystems to the sustainable development of regions with multi-scaleindicators: Application to Guadeloupe. Land Use Policy 62, 132–142.

Paul, J., Sierra, J., Causeret, F., Guindé, L., Blazy, JM., 2017. Factors affecting the adoption of compost use by farmers in small tropical Caribbean islands. Journal of Cleaner Production 142, 2017. 1387-1396

Penet L, Cornet D, Blazy, JM., Alleyne A, Barthe E, Bussière F, Guyader S, Pavis C and Pétro D, 2016. Varietal Dynamics and Yam Agro-Diversity Demonstrate Complex Trajectories Intersecting Farmers’Strategies, Networks, and Disease Experience. Front. Plant Sci. 7:1962. doi: 10.3389/fpls.2016.01962

Penet, L., Barthe, E., Alleyne, A., Blazy, JM., 2016. Disease risk perception and diversity of management strategies by farmers: The case of anthracnose caused by Colletotrichum gloeosporioides on water yams (Dioscorea alata) in Guadeloupe. Crop Protection 88, 7-17

Barlagne, C., Cornet, D., Blazy, JM., Diman, JL., Ozier-Lafontaine, H., 2016. Consumers’ preferences for fresh yam: a focus group study. Food Science & Nutrition, in press. DOI: 10.1002/fsn3.364

Barlagne, C., Bazoche, P., Thomas, A., Ozier-Lafontaine, H., Causeret, F., Blazy, JM., 2015. Promoting local foods in small states: the role of information policies. Food Policy 57, 62-72.

Blazy, JM., Barlagne, C., Sierra, J., 2015. Environmental and economic impacts of Agri-Environmental Schemes designed in French West Indies to enhance soil C sequestration and reduce pollution risks. A modeling


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approach. Agricultural Systems 140, 11-18. Chopin, P., Guindé, L., Doré, T., Blazy, J-M., 2015. MOSAICA: A multi-scale bioeconomic model for the design and ex

ante assessment of cropping system mosaics. Agricultural Systems 140, 26-39. Chopin, P., Blazy, J-M., Doré, T., 2015. A new method to assess farming system evolution at the landscape scale.

Agronomy for Sustainable Development 35, 325-337. Blazy, J-M., Carpentier, A., Thomas, A., 2011. The willingness to adopt agro-ecological innovations: Application of

choice modelling to Caribbean banana planters. Ecological Economics 72, 140-150.

Bernard FILS-LYCAON Directeur de recherche INRA (Gestion de la recherche) Centre Antilles-Guyane Mél : [email protected] Tél. Fixe Professionnel : +590 (0)590 255 953 Tél. Mobile : +590 (0)690 956 119 ACTIVITES DE 2011 A 2017 EN TANT QUE DRRT DE LA GUADELOUPE

Gestion et financière

Gestion des enveloppes financières Feder et CPER, mesure « Soutien à la recherche et à l’innovation » : (19 millions et 5 millions d’euros, respectivement, de 2012 à 2015) ;

Gestion du Crédit d’Impôt Recherche (11 demandes et contrôles fiscaux) ;

Gestion des crédits Etat des fonds destinés à soutenir le développement de la Culture Scientifique, technique et Industrielle pour la Guadeloupe ;

Audit financier d’établissement privé (association) reconnu d’utilité publique par l’Etat.

Expertise scientifique et technique

Evaluation scientifique et technique des projets de Recherche, recherche et développement, soutien à la culture scientifique demandant une subvention Feder (66 projets) ;

Evaluation scientifique des projets présentés au Fonds de Coopération Régionale (19 projets) ;

Préparation des appels à projets Recherche du Ministère des Outre-Mer et des appels à projets « Energie » et « matériaux » du pôle de compétitivité Synergile / évaluation des projets présentés (37 projets et 52 projets) ;

Evaluation scientifique et technique des projets de l’appel à projets « Agro-transformation » de l’Agence Régionale de l’Innovation (26 projets) ;

Evaluation des projets de demande de bourse de doctorat Cifre pour le compte de l’ANRT (6 projets) ;

Evaluation des projets de demande de bourse recherche des étudiants en médecine (54 projets).

Animation-communication

Animation (ou membre) semestrielle des comités de pilotage des projets de recherche collaborative (15 projets) ;

Animation de groupes « chercheurs, entrepreneurs, institutions » (40 personnes minimum) pour les préparations du diagnostic territorial, des assises territoriales de l’ESR, de la Stratégie d’innovation régionale S3, des programmes Feder et CPER 2014-2020, de la politique de site ;

Coordination de différents « groupes métiers » dans le montage et la gestion de projets de recherche ;

Animateur de la coordination régionale pour le Fête de la Science ;

Organisation et animation des jurys des concours régionaux de création d’entreprises de technologie innovante ;

Organisation et animation des jurys des concours régionaux « Pepite » ;

Co-animation des travaux de préparation de la Politique de Site des acteurs de la formation, recherche, transfert et innovation du territoire ;

Co-animation des travaux de préparation de la réponse à l’Appel à Projets « Ecole Universitaire de Recherche » du PIA 3.

Préparation de synthèses pour le compte de l’Etat et des collectivités

Préparation des documents de synthèse pour le diagnostic territorial, la stratégie régionale d’innovation S3, les nouveaux programmes CPER et Feder, parties « soutien à la recherche et à l’innovation », la politique de site ;

Préparation de discours et notes dans le champ de la recherche, de la recherche –développement, et de la médiation scientifique pour le Préfet de région, le SGAR, et le Recteur ; Présentation et défense des projets à financer au Feder devant le comité de programmation régional (56 projets/ 50 personnes).


Projet complet


ACTIVITES A l’INRA DEPUIS 2017 EN TANT QUE CHARGE D’APPUI AU PARTENARIAT, ET A

L’INGENIERIE DE PROJET, POUR LE COLLECTIF DES CHERCHEURS DU CENTRE ANTILLES-

GUYANE

Préparation de documents de référence pour le montage des projets

Production d’un guide de bonnes pratiques pour le montage de projets

Production d’un guide d’accompagnement des démarches « Multi-acteurs » dans les projets en co-conception

Accompagnement de collectifs de recherche au montage de projets

Analyse d’appels à projets + re-lecture et corrections de réponses à des appels à projets H2020 (1), ERANET-BIODIVERSA (1), ANR (2), Feder (5), InterReg (1)

Assistance administrative-financière au montage de projets Feder (5) et AMI-ADEME (1) Appui au partenariat

Mise au point d’un tableur de recensement des collaborations (et produits) des deux UR du centre Antilles-Guyane

Animation participative de réunions

Formation à l’animation participative de réunions

Régis TOURNEBIZE Ingénieur d’Etudes INRA UR Agrosystèmes Tropicaux 97170 Petit Bourg Titres et diplômes Thèse de Docteur de l’Université Paris-Sud, Orsay, effectué à l’INRA Guadeloupe sur la modélisation de l’évapotranspiration d’un couvert associé, soutenue le 20 janvier 1994 Poste occupé Depuis 2010 : études sur les plantes de services, la maîtrise de l’enherbement en vergers d’agrumes, en bananeraies ou avec ignames… Travaux de Recherche/expertise Expertise des MAEC 2015/2020 pour la Région Responsabilités scientifiques Coordination & participation au projet RITA sur l’analyse participative à l’évaluation des nouvelles variétés d’ignames Publications Tournebize R, Cornet D, Sierra J, Bussiere F, Kelemen JL, Osseux J, Barlagne C., Cinna JP, 2013. Sustainable yam

management in Guadeloupe, Alternative mulch solution for weeds control Yam 2013 Accra Ghana. Tournebize R, Kelemen JL, Sierra J, 2013. Contrôle des adventices avec du paillage papier : l’expérience

Guadeloupéenne, exemple de l’igname. 22ième conférence du Columa Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes 10/13 décembre 2013, Dijon

Le Bellec F., …., Tournebize R. (7 auteurs), 2012. Weed control with a cover crop in mandarin orchards in Guadeloupe. Proc XXVIIIth IHC – IS on citrus Bananas and other trop. Fruits under Suptrop Conditions. Eds JN Winsche and LG Albrigo Acta Hort 928, 359-363

Tournebize R., Cornet D., Bonhomme R., 2010. Erreurs induites par l’utilisation d’un capteur de grande taille, un ceptomètre par exemple, pour calculer un coefficient d’extinction à partir de la mesure des rayonnements transmis sous une culture. Cahiers des Techniques INRA, 71, 57-63.

de Barros I., Blazy J.M., Rodrigues G.S., Tournebize R., Cinna J.P., 2009. Emergy evaluation and economic performance of banana cropping systems in Guadeloupe (French West Indies). Agriculture, Ecosystems and Environment, volume 129, issue 4, pp. 437 – 449.

Marcos, J., Lacointe, A., Tournebize, R., Bonhomme, R., Sierra, J., 2009. Water yam (Dioscorea alata L.) development

Projet complet


as affected by photoperiod and temperature: Experiment and modelling. Field Crops Research. 2009, 111 (3) : 262-268.

Tournebize, Bonhomme, Pouzet, 2007. Estimation de l’indice foliaire d’une culture de canne à sucre à l’aide de photographie hémisphérique faites in situ. Cah. Techn INRA, 60, 29-36

Motisi, Tournebize, Sierra, 2007. Evaluacion del metodo de la abundancia natural 15N en la estimation del efecto de la transferencia de nitrogeno de la leguminosa sobre la nutricion nitrogenada de la planta asociada. Cultivos tropicales, 28, 77-83.

Brisson N., Bussière F., Ozier-Lafontaine H., Tournebize R., Sinoquet H., 2004. Adaptation of the crop model STICS to intercropping. Theoretical basis and parametrisation. Agronomie, 24, 409-421.

Université des Antilles et de la Guyane C3MAG

OLIVIER GROS

Fonction actuelle : Professeur des Universités (68ème section)

Laboratoire de rattachement : UMR CNRS-UPMC 7138 Evolution Paris Seine (responsable de l’équipe « Biologie de la mangrove ») Age : 46 ans Mail : [email protected]

CURSUS

2009 Professeur (68ème section) à l’Université des Antilles.

2006-2008 Délégation CNRS temps plein 2002 Habilitation à Diriger des Recherches de l’UAG 1998 Maître de Conférences (68ème section) à l’UAG 1997 Doctorat (mention très honorable avec les félicitations du jury) de l’UCBL I 1994 DEA d’Ecologie Microbienne (Université Claude Bernard Lyon I – UCBL I)

THÉMATIQUES DE RECHERCHE

Interactions bactéries thioautotrophes-invertébrés marins dans le cadre des modèles chimiosynthétiques,

Organisation et fonctionnement de la mangrove en relation avec ses espèces sédentaires.

ENCADREMENT DOCTORAL ET SCIENTIFIQUE

Nombre d’encadrements : - Post-doc : 3 - thèses : 12 (9 soutenues et 3 en cours) - stages (master/DEA/ingénieurs) : 22

Bénéficiaire de la PEDR 2005-2008, 2008-2012, 2012-2016, 2017-2021.

PRODUCTION SCIENTIFIQUE

Nombre de publications dans des : - revues internationales : 78 (72 avec IF>0,5 + 6 sans IF associé) - conférences internationales : 46 communications orales + 101 posters - intervention comme rapporteur pour 70 articles dans 37 journaux internationaux

de rang A

H index : 21 (Scopus); indice i10 : 46 (google scholar), citations: 1539; n° ORCID: 0000-0002-2297-2009.


Projet complet


Liste de publications en lien avec le projet : 1- Grimonprez A., Laurent M.C.Z., Molza A., Mansot J-L, and Gros O. (2018). Thioautotrophic ectosymbiosis in Pseudovorticella sp., a Peritrich ciliate species colonizing wood falls in marine mangrove. European Journal of Protistology. 62: 43-5-65. 2- Gros O. (2017). First description of a new uncultured epsilon sulfur bacterium colonizing marine mangrove sediment in the Caribbean: candidatus Thiovulum karukerense. FEMS Microbiol Letters, 364(18): DOI:10.1093/femsle/fnx172. 3- Segret L., Hubert O., Morillon R., Lechaudel M., Gros O., Salmon F., Benoit S., and Brat P. (2016). Post-harvest banana peel splitting as a function of relative humidity storage conditions. Acta Physiologiae Plantarum. 38: 234-250. 4- Volland J-M, Lechaire J-P., Frebourg G., Aldana Aranda D., Ramdine G., and Gros O. (2012). Are spherocrystals located in Strombidae digestive gland implied in detoxification of trace-metals: insight of EDX analysis and EFTEM? Microscopy Research and Technique. 75(4): 425-432. 5- Moumène A., Marcelino I., Ventosa M., Gros O., Lefrançois T., Vachiéry N., Meyer D.F., and Coelho A.V. (2015). Proteomic profiling of the outer membrane fraction of the obligate intracellular bacterial pathogen Ehrlichia ruminantium. PLoS ONE 10(2): e0116758. DOI: 0.1371/journal.pone.0116758.g001 .

Yves BERCION Ingénieur d'études au Centre Commun de Caractérisation des Matériaux des Antilles et de la Guyane (C3MAG), Université des Antilles et de la Guyane Email : [email protected] Titres et diplômes D.U.T Mesures Physiques option Techniques Instrumentales, 1987, IUT Talence (33) Baccalauréat F5 Physique, 1984, Lycée Technique d'état Talence (33) Expertise Expert en instrumentation scientifique et conception d’instruments de mesures mécanique et pour études in situ Publications et conférences Publications dans des revues indexées avec comité de lecture : 8 (scopus), h=6 Communications dans des congrès internationaux + nationaux : 29 + 2 Participation à la réalisation de contrats et d’expertises industriel : 9


Documents

Appel à projets recherche collaboratifs Au titre du PO ... · Préambule FEDER programme Cavalbio 27-2-2018.doc 2/87 PREAMBULE Il est important de lire attentivement le document