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Volume 6, Numéro 4
DEPARTEMENT DE BIOCHIMIE, DE MICROBIOLOGIE ET DE BIO-INFORMATIQUE - NOVEMBRE 2020 -
TABLE DES MATIERES
Mot de la directrice 2
Nouvelle du mois 3
Le rayonnement des membres du département au cours des dernières semaines 3
Chronique de la Bibliothécaire – Acquisitions récentes! 5
Articles publiés par les différentes équipes de recherche du département 9
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Volume 6, Numéro 4
MOT DE LA DIRECTRICE
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Volume 6, Numéro 4
NOUVELLE DU MOIS
Bravo aux présentateurs des séminaires d’études graduées! Le 26 octobre dernier étaient présentés les séminaires des étudiants gradués du département. Félicitations à tous les présentateurs qui ont su vulgariser, synthétiser et présenter avec passion leurs activités de recherche. Nous avons eu le plaisir d’entendre William Harvey, Paul Louis Jaouen, Pierre-Étienne Marcoux et Marie-Lee Castonguay, tous étudiants à la maîtrise.
Gros succès de participation à l’activité de recrutement!
L’ACEBMUL a organisé l’activité de recrutement pour les stages et projets de recherche de l’été 2020 le 10 novembre dernier. Un gros merci à Moïra Dion et toute l’équipe de l’ACEBMUL pour leur implication à la vie départementale. Merci également à tous les présentateurs et les équipes qui avaient un espace virtuel de présentation par affiches et discussion. Enfin, merci à tous les membres du département qui ont participé en grand nombre à cette activité. Il n’y a pas de doute, la recherche au département est bien vivante et stimulante!
Portes ouvertes UL
Les 11 et 12 novembre dernier avaient lieu les Portes Ouvertes de l’U Laval pour lesquelles le département tenait un kiosque. Merci aux professeurs qui y ont participé et qui ont rendu possible cette importante activité de recrutement: Stéphane Gagné, Steve Charette, Michel Frenette, Michel Guertin et Patrick Lagüe. Un immense merci aux étudiantes Émilie Alexander, qui a présenté IGEM pendant le webinaire, et Moïra Dion qui a participé au tournage de la vidéo de promotion de nos programmes et qui s’est jointe aux professeurs pour répondre aux questions issues du clavardage.
LE RAYONNEMENT DES MEMBRES DU DEPARTEMENT AU COURS DES DERNIERES
SEMAINES
Nouvelles de l’équipe IGEM ULaval 2020 L’équipe IGEM ULaval 2020 participe ces jours-ci au Giant Jamboree virtuel. Exceptionnellement, cette édition de la compétition IGEM se déroule sur 2 ans. Le Jamboree est virtuel cette année et se tiendra à Paris l’an prochain. Consultez le site Wiki de l’équipe IGEM ULaval pour en apprendre sur leur projet intitulé aSAP qui vise à valoriser le sirop filant, qui est un sirop de mauvaise qualité et qui cause un problème important dans l’industrie acéricole.
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Volume 6, Numéro 4
Voici le lien vers leur vidéo promotionnelle en français.
Voici le lien vers leur vidéo promotionnelle en anglais. Voici le lien vers la vidéo décrivant leur projet.
Voici le lien vers leur affiche. Soulignons l’implication et l’excellent travail des membres de l’équipe : Émilie Alexander, Angel Cisneros, Marianne Côté, Catherine Gravel, Joanna Mbuya Malaika Mutombo, Benjamin Ouellet et Louis Jaques-Ruel. Soulignons également l’encadrement et le soutien indéfectible de leurs mentors (Steve Charette, Hélène Deveau et Michel Guertin) et de leurs conseillers (Florian Échelard, Carla Bautista Rodriguez et François Rouleau).
Un prix Nobel pour Sylvain?
On pourrait le penser… et surtout le souhaiter! Voir l’article publié sur ULaval Nouvelles.
Forte présence de Caroline dans les médias au sujet de la covid-19 Je ne sais pas quand Caroline dort! Voici ses interventions dans divers médias dans le dernier mois : À l’émission Découvertes de Radio-Canada : Changement d’air
Au magasine L’Actualité : Un seul mot d’ordre : aérer
À l’émission C’est encore mieux l’après-midi de radio de Radio-
Canada : Écoles mal ventilées et covid-19, le point avec Caroline Duchaine
À CBC News: How businesses and schools are dealing with airborne COVID-19 and preparing for a winter indoors
À RDI matin : Covid-19 – La ventilation dans les écoles
À l’émission Les années lumières : La transmission du SRAS-CoV-2 par gouttelettes et par aérosol
À l’émission Le Québec maintenant : Que sait-on sur la contamination aérienne?
À l’émission Le Québec maintenant (Bis) : Ventilation et transmission de virus : est-ce qu'on
devrait garder les fenêtres ouvertes dans les classes?
À ULaval Nouvelles : Transmission de la COVID-19: pour sortir de la controverse gouttelettes contre aérosols
Alexander Cullet en entrevue Au Soleil Alex met de l’avant les avantages d’une stratégie de dépistage basée sur les tests rapides de détection. Pour consulter, cliquez ici.
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Volume 6, Numéro 4
Page couverture de Microorganisms pour Steve et son équipe
Très bel honneur pour Alicia Durocher, Alix Denoncourt et Valérie Paquet du groupe de Steve Charette dont l’article a été sélectionné pour illustrer la page couverture du numéro d’octobre de Microorganisms. Bravo à toute l’équipe!
Sylvain fait de nouveau partie des scientifiques les plus cités Pour une 7e année consécutive, Sylvain fait partie des scientifiques les plus cités selon la compilation de Web of Science. C’est toute une reconnaissance de l’impact des travaux de recherche de son laboratoire. Bravo Sylvain et toute ton équipe!
CHRONIQUE DE LA BIBLIOTHECAIRE – ACQUISITIONS RECENTES! L’une des tâches bien connues du Bibliothécaire est l’achat de nouveaux titres pour développer ses collections documentaires. Cette responsabilité assez complexe requiert de bien connaître les besoins de sa clientèle estudiantine et professorale, ainsi que les sujets sur lesquels se penchent les chercheurs, les groupes et les chaires de recherche, tout en prenant soin de balancer les différents budgets qui lui sont conférés. Voici donc quelques-unes des acquisitions faites spécifiquement pour le Département de biochimie, microbiologie et bio-informatique. Cliquez sur l’image pour accéder au livre via SOFIA. Veuillez noter que les nouveautés acquises en langue française et achetées majoritairement en format papier ne figurent exceptionnellement pas dans cette liste, car le processus de traitement documentaire a malheureusement été grandement chamboulé, à cause de la situation actuelle.
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Volume 6, Numéro 4
Couverture Description du livre Résumé du livre
Bacterial volatile compounds as mediators of airborne interactions
Choong-Min RYU, Laure Weisskopf, Birgit Piechulla
Springer, 2020
9789811572920
Cet ouvrage couvre les principes fondamentaux de la communication bactérienne à médiation volatile avec d'autres organismes, à commencer par la biosynthèse des composés organiques volatils (COV), les interactions avec les plantes et les animaux, les interactions avec les microbes, les outils d'analyse de données et leurs applications. Le propos se concentre ensuite sur la compréhension de l'effet des volatiles bactériens sur la promotion de la croissance des plantes, discute de l'immunité des plantes et partage enfin des informations sur les orientations futures de la recherche. [Traduction libre]
Biocommunication of phages
Guenther Witzany (éd.)
Springer, 2020
9783030458850
Ils traitent et évaluent les informations disponibles, puis modifient leur comportement en conséquence. Ces diverses compétences sont notamment possibles grâce à des processus de communication au sein d’une même espèce de phages (intra-organisme), entre les espèces de phages (inter-organismiques), et entre les phages et les organismes non phages (trans-organismiques). Ceci est crucial dans la coordination des stratégies d'infection et la recombinaison dans les génomes de phages. Les chapitres de cet ouvrage passent donc en revue les recherches actuelles sur les différentes formes de bio-communication phagique et de phagothérapie. [Traduction libre]
Regulating with RNA in bacteria and archaea
Gisela Storz et Kai Papenfort (éds.)
ASM Press, [2019]
9781683670230
Pendant des décennies, il a été supposé que le rôle de l'ARN se limitait à transmettre le message génomique, à chaperonner les acides aminés et à œuvrer dans les ribosomes. Puis, avec l'avènement de la génomique et de la bio-informatique, de nombreuses autres formes d'ARN ont été découvertes ainsi que leurs fonctions spécifiques, y compris les petits ARN (ARNs), les thermomètres à ARN et les riboswitches, la pathogenèse bactérienne, l'homéostasie du fer, la détection du quorum, ainsi que la formation de biofilm. Rédigé par des spécialistes du monde entier, cet ouvrage servira de ressource pour les scientifiques qui étudient les systèmes cellulaires régulés. [Traduction libre]
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Volume 6, Numéro 4
Catalytically active nucleic acids
Harald Seitz, Frank Stahl et Johanna-Gabriela Walter
Springer, 2020
9783030296452
Cet ouvrage passe en revue de nombreux mécanismes de réaction et applications des acides nucléiques à activité catalytique. Rédigé par une équipe interdisciplinaire d'auteurs, il fournit un aperçu essentiel des aspects fondamentaux de ces acides, tout en abordant les méthodologies associées telles que l'ingénierie des enzymes d'acide nucléique, les DNAzymes imitant la peroxydase, et les Aptazymes. [Traduction libre]
Biochemistry education: From theory to practice
Thomas J. Bussey, Kimberly Linenberger Cortes, Rodney C. Austin (éds.)
American Chemical Society, 2019
9780841236325
La biochimie, en tant que discipline, représente l'intersection unique de l'exploration des principes physiques et chimiques qui interviennent et contraignent les phénomènes biologiques. Malgré la diversité des organisations dédiées à la recherche scientifique dans ce domaine, il n'existe actuellement aucun cadre directeur unique pour le programme de premier cycle en biochimie. Ce livre vise donc à combler cette lacune en mettant l’accent sur le transfert de la théorie à la pratique. Les principaux thèmes abordés sont la littératie visuelle, la pédagogie et les pratiques d’enseignement, ainsi que les stratégies visant à apporter des changements significatifs dans l’enseignement de la biochimie. [Traduction libre]
Vitamin C: New biochemical and functional insights
Qi CHEN et Margreet CM Vissers (éds)
CRC Press, 2020
9780429442025
La vitamine C occupe une place unique dans l'histoire scientifique et culturelle. Dans ce livre, un groupe de chercheurs scientifiques explorent la myriade de façons dont cette vitamine est employée au cours d'une fonction physiologique normale. Une attention particulière est mise sur les façons dont la vitamine C peut être utilisée dans le traitement des cancers et les maladies infectieuses. [Traduction libre]
Advances in enzyme technology
A. Pandey, RS Singh, RR Singhania, C. Larroche
Elsevier, 2019
9780444641151
Ce livre fournit des informations sur l'utilisation de la technologie enzymatique en tant qu'outil important pour les processus biotechnologiques, notamment les produits alimentaires, les aliments pour animaux, les carburants, les textiles, le papier, l'énergie et les applications environnementales. La recherche d'améliorations dans les processus catalysés enzymatiques existants impose la nécessité de mettre à jour les informations sur diverses technologies enzymatiques. Cet ouvrage donne donc un aperçu de la pratique actuelle et de la
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Volume 6, Numéro 4
recherche dans le domaine de la technologie enzymatique. [Traduction libre]
Structure and function of the bacterial genome
Charles J Dorman
Wiley, 2020
9781119308799
Ce livre présente l’information issue des toutes dernières recherches sur l'architecture des chromosomes et nucléoïdes bactériens, l'analyse du génome entier, la signalisation cellulaire et le contrôle de l'expression génique avec des paradigmes de régulation génique bien connus d'organismes modèles (y compris des agents pathogènes), pour donner aux lecteurs une image de la manière dont l'information s'écoule de l'environnement vers le gène, modulant ainsi son expression et influençant la capacité concurrentielle du microbe. [Traduction libre]
Computational modeling in bioengineering and bioinformatics
Nenad Filipovic
Elsevier, 2020
9780128195840
Ce livre renseigne sur les disciplines complémentaires très prometteuses pour l'avancement de la recherche dans des systèmes médicaux et biologiques complexes nécessitant la bio-ingénierie et la bio-informatique. Les chapitres couvrent notamment la biomécanique et la bio-imagerie, le système d'aide à la décision biomédicale, l'exploration de données, les diagnostics personnalisés, le traitement du bio-signal, la prédiction de la structure des protéines, l'ingénierie tissulaire et cellulaire, le calcul de haute performance ainsi que la bio-ingénierie sportive. [Traduction libre]
Pattern recognition techniques applied to biomedical problems
Martha Refugio Ortiz-Posadas (éd.)
Springer, 2020
9783030380212
Ce livre multidisciplinaire couvre les techniques de reconnaissance des formes applicables à divers domaines de la biomédecine, y compris le diagnostic et le pronostic des maladies, et plusieurs autres problèmes de classification. L'efficacité de ces méthodes et techniques de traitement des données médicales est analysée et comparée avec les diagnostics corrects et les stratégies de traitement recommandées. Cet ouvrage sera donc utile aux chercheurs en mathématiques appliquées, aux bio-informaticiens, ainsi qu'aux ingénieurs des domaines connexes aux applications médicales. [Traduction libre]
Pour soumettre une suggestion d’achat, n’hésitez pas à compléter ce formulaire en ligne.
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Anne-Marie Duchesneau, M.S.I.
Bibliothécaire-conseil, Sciences et génie [email protected]
https://www.facebook.com/AMDuchesneauBiblio
ARTICLES PUBLIES PAR LES DIFFERENTES EQUIPES DE RECHERCHE DU
DEPARTEMENT Voici la liste des articles publiés par les professeurs réguliers et associés au département pour la période allant du 1er au 31 octobre 2020. Si une de vos publications n’apparaît pas dans la liste ci-dessous, merci de nous le signaler et nous la présenterons dans la prochaine publication de l’Infolettre.
1. Hui CW, Vecchiarelli HA, Gervais É, Luo X, Michaud F, Scheefhals L, Bisht K, Sharma
K, Topolnik L, Tremblay MÈ. Sex Differences of Microglia and Synapses in the Hippocampal Dentate Gyrus of Adult Mouse Offspring Exposed to Maternal Immune Activation, Front Cell Neurosci. 2020 Oct 15;14:558181. doi: 10.3389/fncel.2020.558181. eCollection 2020.PMID: 33192308.
2. Wiesner T, Bilodeau A, Bernatchez R, Deschênes A, Raulier B, De Koninck P, Lavoie-Cardinal F.
Activity-Dependent Remodeling of Synaptic Protein Organization Revealed by High Throughput Analysis of STED Nanoscopy Images, Front Neural Circuits. 2020 Oct 15;14:57. doi: 10.3389/fncir.2020.00057. eCollection 2020.PMID: 3317799.
3. Francavilla R, Guet-McCreight A, Amalyan S, Hui CW, Topolnik D, Michaud F, Marino B,
Tremblay MÈ, Skinner FK, Topolnik L. Alterations in Intrinsic and Synaptic Properties of Hippocampal CA1 VIP Interneurons During Aging, Front Cell Neurosci. 2020 Oct 14;14:554405. doi: 10.3389/fncel.2020.554405. eCollection 2020.PMID: 33173468.
4. Yi L, Dong X, Grenier D, Wang K, Wang Y. Research progress of bacterial quorum sensing
receptors: Classification, structure, function and characteristics, Sci Total Environ. 2020 Oct 20:143031. doi: 10.1016/j.scitotenv.2020.143031. Online ahead of print.PMID: 33129525.
5. Zhang XS, Duchaine C. SARS-CoV-2 and Health Care Worker Protection in Low-Risk Settings: a
Review of Modes of Transmission and a Novel Airborne Model Involving Inhalable Particles, Clin Microbiol Rev. 2020 Oct 28;34(1):e00184-20. doi: 10.1128/CMR.00184-20. Print 2020 Dec 16.PMID: 33115724
6. Ding S, Laumaea A, Benlarbi M, Beaudoin-Bussières G, Gasser R, Medjahed H, Pancera M, Stamatatos L, McGuire AT, Bazin R, Finzi A. Antibody Binding to SARS-CoV-2 S Glycoprotein Correlates with but Does Not Predict Neutralization, Viruses. 2020 Oct 26;12(11):E1214. doi: 10.3390/v12111214.PMID: 33114742.
7. Girard C, Langlois V, Vigneron A, Vincent WF, Culley AI. Seasonal Regime Shift in the Viral Communities of a Permafrost Thaw Lake, Viruses. 2020 Oct 22;12(11):E1204. doi: 10.3390/v12111204.PMID: 33105728.
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8. Cruaud P, Vigneron A, Dorea CC, Rodriguez MJ, Charette SJ. Rapid Changes in Microbial Community Structures along a Meandering River, Microorganisms. 2020 Oct 22;8(11):E1631. doi: 10.3390/microorganisms8111631.PMID: 33105630.
9. Simon G, Bérubé C, Paquet-Côté PA, Grenier D, Voyer N. Preventing Candida albicans biofilm formation using aromatic-rich piperazines, Bioorg Med Chem. 2020 Oct 9;28(23):115810. doi: 10.1016/j.bmc.2020.115810. Online ahead of print.PMID: 33091849.
10. Volkoff AN, Cusson M. The Unconventional Viruses of Ichneumonid Parasitoid Wasps, Viruses. 2020 Oct 15;12(10):1170. doi: 10.3390/v12101170.PMID: 33076395.
11. Beaudoin-Bussières G, Laumaea A, Anand SP, Prévost J, Gasser R, Goyette G, Medjahed H, Perreault J, Tremblay T, Lewin A, Gokool L, Morrisseau C, Bégin P, Tremblay C, Martel-Laferrière V, Kaufmann DE, Richard J, Bazin R, Finzi A. Decline of Humoral Responses against SARS-CoV-2 Spike in Convalescent Individuals, mBio. 2020 Oct 16;11(5):e02590-20. doi: 10.1128/mBio.02590-20.PMID: 33067385.
12. Van der Heyden H, Bilodeau GJ, Carisse O, Charron JB. Monitoring of Peronospora destructor Primary and Secondary Inoculum by Real-Time qPCR, Plant Dis. 2020 Oct 12:PDIS03200687RE. doi: 10.1094/PDIS-03-20-0687-RE. Online ahead of print.PMID: 33044917.
13. Vincent AT, Hosseini N, Charette SJ. The Aeromonas salmonicida plasmidome: a model of modular evolution and genetic diversity, Ann N Y Acad Sci. 2020 Oct 10. doi: 10.1111/nyas.14503. Online ahead of print.PMID: 33040386.
14. Durocher AF, Denoncourt AM, Paquet VE, Charette SJ. Evidence that Bacteria Packaging by Tetrahymena Is a Widespread Phenomenon, Microorganisms. 2020 Oct 7;8(10):1548. doi: 10.3390/microorganisms8101548.PMID: 33036410.
15. Duquette-Lozeau K, Létourneau V, Lemieux J, Fournel S, Côté C, Godbout S, Duchaine C,
Production of composted recycled manure solids from a Canadian dairy farm: impact on microbial air quality in experimental conditions, J Air Waste Manag Assoc. 2020 Oct 8. doi: 10.1080/10962247.2020.1832620. Online ahead of print.PMID: 33030410.
16. Gastineau R, Hamedi C, Bey Baba Hamed M, El-Amine Abi-Ayad S-M, Bąk M, Lemieux C, Turmel M, Dobosz S, Wróbel RJ, Kierzek A, Lange-Bertalot H, Witkowski A. Morphological and molecular identification reveals that waters from an isolated oasis in Tamanrasset (extreme South of Algerian Sahara) are colonized by opportunistic and pollution-tolerant diatom species, Ecological Indicators, 2020, 107104, ISSN 1470-160X, https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2020.107104.
17. Bégin PN, Rautio M, Tanabe Y, Uchida M, Culley AI, and Vincent WF. The littoral zone of polar lakes: Inshore-offshore contrasts in an ice-covered High Arctic lake, Arctic Science • https://doi.org/10.1139/AS-2020-0026.
