Enrichissement d’une ontologie multilingue à partir de textes pour le cancer du sein

Séminaire Web Sémantique Médical Rouen – 9 mars 2004

Michel SIMONET Christoffel DHAEN Frank BALDESAREDelphine BERNHARD Hans COOLSGayo DIALLO Mariana CASELLA dos SantosPatrick PALMERSylvain FERRIOL

TIMC-IMAG Language & Computing Guy’s and St Thomas’ Hosp. Grenoble St.-Denijs-Westrem London FRANCE BELGIQUE UK

Projet INFACE – 5ème PCRD

WSM 2004 2

Contexte et Objectifs

Projet européen INFACE (5ème PCRD)

Objectif : aide à la recherche d’information pour lesmédecins travaillant dans le domaine du cancer du sein

Recherche guidée par une ontologiePartenaires : anglais, français, belges, grecs

et chypriotes

WSM 2004 3

Existant

LinkBase : Ontologie 2,1 M concepts Language & Computing

Sous-ensemble de 3560 concepts (cancer du sein)- 8600 termes anglais- 4500 termes français

WSM 2004 4

Enrichissement

Méthodologie TIA (français et anglais)Corpus Termes Concepts+ traduction des termes en grec

Corpus français et anglais- articles scientifiques- comptes-rendus médicaux (radiologie, anatomo-pathologie,

…) - protocoles cliniques - terminologies médicales - pages web

Extraction terminologique + Concordancier Termes absents de Linkbase

WSM 2004 5

Extraction des termes pertinents

TeSSI Indexing

hhsfvsdhfhgdhsjbcxvbfjgAccess to the the DX relatedinformation via “translation”of contextual SNOMED-CT intoa DX Id.hfgfhidjighijsdkjqoldkjhhsfvsdhfhgdhsjbcxvbfjgAccess to the the DX relatedinformation via “translation”of contextual SNOMED-CT intoa DX Id.hkuhgsufhifjijdfeifhfhhsfvsdhfhgdhsjbcxvbfjgAccess to the the DX relatedinformation via “translation”Hdugfjvgdufgrugdfvcxbvcbfbs to the the DX relatedinformation via “translation”hdugfjvgdufgrugdfvcxbvcbfb

hhsfvsdhfhgdhsjbcxvbfjgAccess to the the jhgfhffgfgffgrelatedinformation via “translation”of contextual kkjhggvvvv intoa DX Id.hfgfhidjighijsdkjqoldkjhhsfvsdhfhgdhsjbcxvbfjgAccess to the the DX relatedinformation via “translation”of contextual sgfjkqjsljdfhg intoa gfjhgsdjqId.hkuhgsufhifjijdfeifhfhhsfvsdhfhgdhsjbcxvbfjgAccess to the the DX relatedinformation via “translation”Hdugfjvgdufgrugdfvcxbvcbfbs to the the ghgffghgfef relatedinformation via “translation”hdugfjvgdufgrugdfvcxbvcbfb

Concordancier

TERMES POTENTIELS

Déjà présents

dansLinkBase

Absentsde

LinkBase

Validation par ExpertsListe des

termespertinentspour le cancer du sein

Extraction Terminologique

CORPUS AnnotatedCORPUS

WSM 2004 6

Comparaison LinKBase

Evaluation et Modélisation par expert LandC

Liste destermes

pertinentspour le cancer du sein

Liste destermes

pertinentsabsents

deLinkBase

NouveauxConcepts

Nouveaux Termes

CORPUS

+ 1800 termes français + 700 termes anglais

1038

Extraction des termes pertinents

5000 termes traduits grec

WSM 2004 7

Concordancier

LinKBase Structure Overview

WSM

2004

Mariana Casella dos Santos Ontology Manageremail: mariana@landc.be http://www.landcglobal.com

WSM 2004 9

LinKBase Structure

META-ENTITY FIELD(Storage for external vocabularies)

ICD-9-CM

CPT-4

SNOMED

MEDCIN

DOMAIN-ENTITY FIELD(Realist Ontology)

Linguistic Elements

Medical Domain Concepts

Elements of BFOUpper Level Ontology

CCC Link

WSM 2004 10

LinKBase Domain StructureDOMAIN-ENTITY

PROCESS

SUBSTANCE

PROPERTY

Participation Link

Inherence Link

IS-A IS-A IS-A

HAPPENING

DOING

BREAST SWELLINGBREAST SURGERY

BREAST

Has-ActeeHas-Systemic-MeiumIS-A

IS-A

WSM 2004 11

INTEGRATION PROCESS

WSM 2004 12

Create non-existing concepts

Find related ones for modeling

WSM 2004 13

Term entered for the

pre-existing concept

CARCINOMA IN SITU

WSM 2004 14

Extracting Relevant TermsAnalysis by

LandCOntologist Advanced Query Beans

MEDCIN CORE

Selection of MEDCINBreast Pathology related

Top level concepts:MEDCIN : 39997 : BREAST DISORDERSMEDCIN : 41587 : BREAST SURGERY

MEDCIN : 1884 : BREAST SYMPTOMS...

MODELEDDOMAIN CONCEPT

All MEDCINBrest Pathology related concepts

Adv. Query Beans

All MEDCINBrest Pathology related conceptsnot yet modeled

Modeling by LandC

Ontologist

MEDCIN CONCEPT

ENGLISH TERM

French translation by

French speakingLandC

Ontologist

MODELEDDOMAIN CONCEPT

MEDCIN CONCEPT

ENGLISH TERM

FRENCH TERM

WSM 2004 15

Conclusion et Perspectives

Extraction terminologique - - • Méthode des segments répétés

• Multilingue

Concordancier + +Travail d’expert importantRésultat non exhaustif

Ontologie pour les patients