Embed Size (px)
Citation preview
Formation continue PO-422 21 mars 2018
httpeducationexpasyorgcoursPO422
Marie-ClaudeBlattersibswiss
FrancoisLombardunigech
Figure httppdb101rcsborgmotmmotm-about
httpeducationexpasyorgcoursPO422
proteacuteine
Voie meacutetabolique
maladie
3D variants
Interaction proteacuteineproteacuteine
Expression (tissus)
Localisation (cellule)
famille
DNAgegravene
mRNAs
PTMs
FONCTION
seacutequence
wwwuniprotorg
httpswwwrcsborg
bull Les proteacuteines sont des macromoleacutecules preacutesentes dans toutes les cellules vivantes (et les virus)
bull Les proteacuteines sont essentielles agrave la construction et au fonctionnement des ecirctres vivants (et des virus)
bull Les proteacuteines assurent une multitude de fonctions au sein de la cellule et dans les tissus Il y a souvent plusieurs proteacuteines impliqueacutees dans un mecircme processus biologique
ndash Enzymes (avec 3D) qui catalysent les reacuteactions chimiques de synthegravese et de deacutegradation neacutecessaires au meacutetabolisme de la cellule
ndash rocircle structurel au sein du cytosquelette (actines avec 3D) ou des tissus (collagegravenes avec 3D)
ndash moteurs moleacuteculaires qui permettent la mobiliteacute (myosines avec 3D)
ndash conditionnement de lADN (histones avec 3D)
ndash reacutegulation de lexpression geacuteneacutetique (facteurs de transcription avec 3D)
ndash transmission de signaux cellulaires (reacutecepteurs membranaires)
ndash Hormones (insuline EPO hormone de croissance hellip)
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biologie)
Liens vers les proteacuteines humaines dans UniProtKB (une banque de donneacutees qui reacutepertorie toutes les seacutequences de proteacuteines et les informations biologiques associeacutees (fonction localisation subcellulairehellip))
Proteacuteines avec un rocircle structurel au sein du cytosquelette (actines avec 3D)
Quelques chiffreshellip
Dans notre corps il y a
In the human body
DNA
Protein sequence
3D structure
Biological function
httpwwwatelier-drug-designch
Les proteacuteines humaines quelques statistiques (UniProtKB) Homo sapiens environ 20rsquo000 gegravenes dont ~ 16rsquo000 ont une fonction biologique connue ~4rsquo000 gegravenes sont associeacutes avec des maladies geacuteneacutetiques Plusieurs mRNAs (eacutepissage alternatif) pour un mecircme gegravene actuellement le proteacuteome humain est constitueacute drsquoenviron 71rsquo000 seacutequences de proteacuteines diffeacuterentes (proteacuteome humain UniProtKB) Chaque proteacuteine peut ecirctre modifieacutee (PTM) ajout drsquoun sucre ou drsquoun groupe phosphate selon la localisation de la proteacuteine (cellule tissus etc) -gt au final environ 1 million de proteacuteines diffeacuterentes ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB) ~43rsquo000 proteacuteines ont une structure 3D connue (liens vers PDB) Une mecircme proteacuteine a souvent plusieurs structures 3D UniProtKB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie toutes les seacutequences de proteacuteines et les informations biologiques associeacutees (fonction localisation subcellulairehellip) Elle contient plus de 100 millions de proteacuteines deacuteriveacutees de plus de 500rsquo000 espegraveces diffeacuterentes
httpswwwpinterestcompin552605816755171802
Membrane plasmique
mitochondrie
cytoplasme
Une cellule donneacutee agrave un temps t donneacute contient des milliers de proteacuteines diffeacuterenteshellip(lsquole proteacuteomersquo de la cellule)
Concentration max drsquoinsuline dans le sang
430 10-12 moleL soit ~ 2600 x 1011 moleacuteculesL
Les proteacuteines sont en mouvement
bull httpwwwatelier-drug-designchvideosphp
Visualisation de la structure I II III et du mouvement des proteacuteines
Videacuteo Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine
httpwwwchromosomewalkchgeneg=5383
La vie dans une cellule
bull The Inner Life of the Cell httpswwwyoutubecomwatchv=yKW4F0Nu-UY
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biochimie)
A limage dun collier de perle une proteacuteine est une succession dacides amineacutes lieacutes les uns aux autres par des liaisons chimiques Il existe 20 acides amineacutes diffeacuterents Les proteacuteines ont des longueurs variables (de 2 agrave 35rsquo213 acides amineacutes) et se replient sur elles-mecircmes pour adopter une forme particuliegravere - leur structure tridimensionnelle - qui deacuteterminera leur fonction Lrsquoordre des acides amineacutes est deacutetermineacute par la seacutequence ADN du gegravene correspondant
pepdraw
gtsp|P01308|INS_HUMAN Insulin OS=Homo sapiens GN=INS PE=1 SV=1
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED
LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Un programme pour lsquodessinerrsquo la structure primaire lsquochimiquersquo des proteacuteines httpwwwtulaneedu~biochemWWPepDrawindexhtml
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
httpeducationexpasyorgcoursPO422
proteacuteine
Voie meacutetabolique
maladie
3D variants
Interaction proteacuteineproteacuteine
Expression (tissus)
Localisation (cellule)
famille
DNAgegravene
mRNAs
PTMs
FONCTION
seacutequence
wwwuniprotorg
httpswwwrcsborg
bull Les proteacuteines sont des macromoleacutecules preacutesentes dans toutes les cellules vivantes (et les virus)
bull Les proteacuteines sont essentielles agrave la construction et au fonctionnement des ecirctres vivants (et des virus)
bull Les proteacuteines assurent une multitude de fonctions au sein de la cellule et dans les tissus Il y a souvent plusieurs proteacuteines impliqueacutees dans un mecircme processus biologique
ndash Enzymes (avec 3D) qui catalysent les reacuteactions chimiques de synthegravese et de deacutegradation neacutecessaires au meacutetabolisme de la cellule
ndash rocircle structurel au sein du cytosquelette (actines avec 3D) ou des tissus (collagegravenes avec 3D)
ndash moteurs moleacuteculaires qui permettent la mobiliteacute (myosines avec 3D)
ndash conditionnement de lADN (histones avec 3D)
ndash reacutegulation de lexpression geacuteneacutetique (facteurs de transcription avec 3D)
ndash transmission de signaux cellulaires (reacutecepteurs membranaires)
ndash Hormones (insuline EPO hormone de croissance hellip)
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biologie)
Liens vers les proteacuteines humaines dans UniProtKB (une banque de donneacutees qui reacutepertorie toutes les seacutequences de proteacuteines et les informations biologiques associeacutees (fonction localisation subcellulairehellip))
Proteacuteines avec un rocircle structurel au sein du cytosquelette (actines avec 3D)
Quelques chiffreshellip
Dans notre corps il y a
In the human body
DNA
Protein sequence
3D structure
Biological function
httpwwwatelier-drug-designch
Les proteacuteines humaines quelques statistiques (UniProtKB) Homo sapiens environ 20rsquo000 gegravenes dont ~ 16rsquo000 ont une fonction biologique connue ~4rsquo000 gegravenes sont associeacutes avec des maladies geacuteneacutetiques Plusieurs mRNAs (eacutepissage alternatif) pour un mecircme gegravene actuellement le proteacuteome humain est constitueacute drsquoenviron 71rsquo000 seacutequences de proteacuteines diffeacuterentes (proteacuteome humain UniProtKB) Chaque proteacuteine peut ecirctre modifieacutee (PTM) ajout drsquoun sucre ou drsquoun groupe phosphate selon la localisation de la proteacuteine (cellule tissus etc) -gt au final environ 1 million de proteacuteines diffeacuterentes ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB) ~43rsquo000 proteacuteines ont une structure 3D connue (liens vers PDB) Une mecircme proteacuteine a souvent plusieurs structures 3D UniProtKB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie toutes les seacutequences de proteacuteines et les informations biologiques associeacutees (fonction localisation subcellulairehellip) Elle contient plus de 100 millions de proteacuteines deacuteriveacutees de plus de 500rsquo000 espegraveces diffeacuterentes
httpswwwpinterestcompin552605816755171802
Membrane plasmique
mitochondrie
cytoplasme
Une cellule donneacutee agrave un temps t donneacute contient des milliers de proteacuteines diffeacuterenteshellip(lsquole proteacuteomersquo de la cellule)
Concentration max drsquoinsuline dans le sang
430 10-12 moleL soit ~ 2600 x 1011 moleacuteculesL
Les proteacuteines sont en mouvement
bull httpwwwatelier-drug-designchvideosphp
Visualisation de la structure I II III et du mouvement des proteacuteines
Videacuteo Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine
httpwwwchromosomewalkchgeneg=5383
La vie dans une cellule
bull The Inner Life of the Cell httpswwwyoutubecomwatchv=yKW4F0Nu-UY
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biochimie)
A limage dun collier de perle une proteacuteine est une succession dacides amineacutes lieacutes les uns aux autres par des liaisons chimiques Il existe 20 acides amineacutes diffeacuterents Les proteacuteines ont des longueurs variables (de 2 agrave 35rsquo213 acides amineacutes) et se replient sur elles-mecircmes pour adopter une forme particuliegravere - leur structure tridimensionnelle - qui deacuteterminera leur fonction Lrsquoordre des acides amineacutes est deacutetermineacute par la seacutequence ADN du gegravene correspondant
pepdraw
gtsp|P01308|INS_HUMAN Insulin OS=Homo sapiens GN=INS PE=1 SV=1
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED
LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Un programme pour lsquodessinerrsquo la structure primaire lsquochimiquersquo des proteacuteines httpwwwtulaneedu~biochemWWPepDrawindexhtml
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
proteacuteine
Voie meacutetabolique
maladie
3D variants
Interaction proteacuteineproteacuteine
Expression (tissus)
Localisation (cellule)
famille
DNAgegravene
mRNAs
PTMs
FONCTION
seacutequence
wwwuniprotorg
httpswwwrcsborg
bull Les proteacuteines sont des macromoleacutecules preacutesentes dans toutes les cellules vivantes (et les virus)
bull Les proteacuteines sont essentielles agrave la construction et au fonctionnement des ecirctres vivants (et des virus)
bull Les proteacuteines assurent une multitude de fonctions au sein de la cellule et dans les tissus Il y a souvent plusieurs proteacuteines impliqueacutees dans un mecircme processus biologique
ndash Enzymes (avec 3D) qui catalysent les reacuteactions chimiques de synthegravese et de deacutegradation neacutecessaires au meacutetabolisme de la cellule
ndash rocircle structurel au sein du cytosquelette (actines avec 3D) ou des tissus (collagegravenes avec 3D)
ndash moteurs moleacuteculaires qui permettent la mobiliteacute (myosines avec 3D)
ndash conditionnement de lADN (histones avec 3D)
ndash reacutegulation de lexpression geacuteneacutetique (facteurs de transcription avec 3D)
ndash transmission de signaux cellulaires (reacutecepteurs membranaires)
ndash Hormones (insuline EPO hormone de croissance hellip)
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biologie)
Liens vers les proteacuteines humaines dans UniProtKB (une banque de donneacutees qui reacutepertorie toutes les seacutequences de proteacuteines et les informations biologiques associeacutees (fonction localisation subcellulairehellip))
Proteacuteines avec un rocircle structurel au sein du cytosquelette (actines avec 3D)
Quelques chiffreshellip
Dans notre corps il y a
In the human body
DNA
Protein sequence
3D structure
Biological function
httpwwwatelier-drug-designch
Les proteacuteines humaines quelques statistiques (UniProtKB) Homo sapiens environ 20rsquo000 gegravenes dont ~ 16rsquo000 ont une fonction biologique connue ~4rsquo000 gegravenes sont associeacutes avec des maladies geacuteneacutetiques Plusieurs mRNAs (eacutepissage alternatif) pour un mecircme gegravene actuellement le proteacuteome humain est constitueacute drsquoenviron 71rsquo000 seacutequences de proteacuteines diffeacuterentes (proteacuteome humain UniProtKB) Chaque proteacuteine peut ecirctre modifieacutee (PTM) ajout drsquoun sucre ou drsquoun groupe phosphate selon la localisation de la proteacuteine (cellule tissus etc) -gt au final environ 1 million de proteacuteines diffeacuterentes ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB) ~43rsquo000 proteacuteines ont une structure 3D connue (liens vers PDB) Une mecircme proteacuteine a souvent plusieurs structures 3D UniProtKB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie toutes les seacutequences de proteacuteines et les informations biologiques associeacutees (fonction localisation subcellulairehellip) Elle contient plus de 100 millions de proteacuteines deacuteriveacutees de plus de 500rsquo000 espegraveces diffeacuterentes
httpswwwpinterestcompin552605816755171802
Membrane plasmique
mitochondrie
cytoplasme
Une cellule donneacutee agrave un temps t donneacute contient des milliers de proteacuteines diffeacuterenteshellip(lsquole proteacuteomersquo de la cellule)
Concentration max drsquoinsuline dans le sang
430 10-12 moleL soit ~ 2600 x 1011 moleacuteculesL
Les proteacuteines sont en mouvement
bull httpwwwatelier-drug-designchvideosphp
Visualisation de la structure I II III et du mouvement des proteacuteines
Videacuteo Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine
httpwwwchromosomewalkchgeneg=5383
La vie dans une cellule
bull The Inner Life of the Cell httpswwwyoutubecomwatchv=yKW4F0Nu-UY
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biochimie)
A limage dun collier de perle une proteacuteine est une succession dacides amineacutes lieacutes les uns aux autres par des liaisons chimiques Il existe 20 acides amineacutes diffeacuterents Les proteacuteines ont des longueurs variables (de 2 agrave 35rsquo213 acides amineacutes) et se replient sur elles-mecircmes pour adopter une forme particuliegravere - leur structure tridimensionnelle - qui deacuteterminera leur fonction Lrsquoordre des acides amineacutes est deacutetermineacute par la seacutequence ADN du gegravene correspondant
pepdraw
gtsp|P01308|INS_HUMAN Insulin OS=Homo sapiens GN=INS PE=1 SV=1
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED
LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Un programme pour lsquodessinerrsquo la structure primaire lsquochimiquersquo des proteacuteines httpwwwtulaneedu~biochemWWPepDrawindexhtml
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
bull Les proteacuteines sont des macromoleacutecules preacutesentes dans toutes les cellules vivantes (et les virus)
bull Les proteacuteines sont essentielles agrave la construction et au fonctionnement des ecirctres vivants (et des virus)
bull Les proteacuteines assurent une multitude de fonctions au sein de la cellule et dans les tissus Il y a souvent plusieurs proteacuteines impliqueacutees dans un mecircme processus biologique
ndash Enzymes (avec 3D) qui catalysent les reacuteactions chimiques de synthegravese et de deacutegradation neacutecessaires au meacutetabolisme de la cellule
ndash rocircle structurel au sein du cytosquelette (actines avec 3D) ou des tissus (collagegravenes avec 3D)
ndash moteurs moleacuteculaires qui permettent la mobiliteacute (myosines avec 3D)
ndash conditionnement de lADN (histones avec 3D)
ndash reacutegulation de lexpression geacuteneacutetique (facteurs de transcription avec 3D)
ndash transmission de signaux cellulaires (reacutecepteurs membranaires)
ndash Hormones (insuline EPO hormone de croissance hellip)
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biologie)
Liens vers les proteacuteines humaines dans UniProtKB (une banque de donneacutees qui reacutepertorie toutes les seacutequences de proteacuteines et les informations biologiques associeacutees (fonction localisation subcellulairehellip))
Proteacuteines avec un rocircle structurel au sein du cytosquelette (actines avec 3D)
Quelques chiffreshellip
Dans notre corps il y a
In the human body
DNA
Protein sequence
3D structure
Biological function
httpwwwatelier-drug-designch
Les proteacuteines humaines quelques statistiques (UniProtKB) Homo sapiens environ 20rsquo000 gegravenes dont ~ 16rsquo000 ont une fonction biologique connue ~4rsquo000 gegravenes sont associeacutes avec des maladies geacuteneacutetiques Plusieurs mRNAs (eacutepissage alternatif) pour un mecircme gegravene actuellement le proteacuteome humain est constitueacute drsquoenviron 71rsquo000 seacutequences de proteacuteines diffeacuterentes (proteacuteome humain UniProtKB) Chaque proteacuteine peut ecirctre modifieacutee (PTM) ajout drsquoun sucre ou drsquoun groupe phosphate selon la localisation de la proteacuteine (cellule tissus etc) -gt au final environ 1 million de proteacuteines diffeacuterentes ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB) ~43rsquo000 proteacuteines ont une structure 3D connue (liens vers PDB) Une mecircme proteacuteine a souvent plusieurs structures 3D UniProtKB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie toutes les seacutequences de proteacuteines et les informations biologiques associeacutees (fonction localisation subcellulairehellip) Elle contient plus de 100 millions de proteacuteines deacuteriveacutees de plus de 500rsquo000 espegraveces diffeacuterentes
httpswwwpinterestcompin552605816755171802
Membrane plasmique
mitochondrie
cytoplasme
Une cellule donneacutee agrave un temps t donneacute contient des milliers de proteacuteines diffeacuterenteshellip(lsquole proteacuteomersquo de la cellule)
Concentration max drsquoinsuline dans le sang
430 10-12 moleL soit ~ 2600 x 1011 moleacuteculesL
Les proteacuteines sont en mouvement
bull httpwwwatelier-drug-designchvideosphp
Visualisation de la structure I II III et du mouvement des proteacuteines
Videacuteo Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine
httpwwwchromosomewalkchgeneg=5383
La vie dans une cellule
bull The Inner Life of the Cell httpswwwyoutubecomwatchv=yKW4F0Nu-UY
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biochimie)
A limage dun collier de perle une proteacuteine est une succession dacides amineacutes lieacutes les uns aux autres par des liaisons chimiques Il existe 20 acides amineacutes diffeacuterents Les proteacuteines ont des longueurs variables (de 2 agrave 35rsquo213 acides amineacutes) et se replient sur elles-mecircmes pour adopter une forme particuliegravere - leur structure tridimensionnelle - qui deacuteterminera leur fonction Lrsquoordre des acides amineacutes est deacutetermineacute par la seacutequence ADN du gegravene correspondant
pepdraw
gtsp|P01308|INS_HUMAN Insulin OS=Homo sapiens GN=INS PE=1 SV=1
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED
LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Un programme pour lsquodessinerrsquo la structure primaire lsquochimiquersquo des proteacuteines httpwwwtulaneedu~biochemWWPepDrawindexhtml
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Proteacuteines avec un rocircle structurel au sein du cytosquelette (actines avec 3D)
Quelques chiffreshellip
Dans notre corps il y a
In the human body
DNA
Protein sequence
3D structure
Biological function
httpwwwatelier-drug-designch
Les proteacuteines humaines quelques statistiques (UniProtKB) Homo sapiens environ 20rsquo000 gegravenes dont ~ 16rsquo000 ont une fonction biologique connue ~4rsquo000 gegravenes sont associeacutes avec des maladies geacuteneacutetiques Plusieurs mRNAs (eacutepissage alternatif) pour un mecircme gegravene actuellement le proteacuteome humain est constitueacute drsquoenviron 71rsquo000 seacutequences de proteacuteines diffeacuterentes (proteacuteome humain UniProtKB) Chaque proteacuteine peut ecirctre modifieacutee (PTM) ajout drsquoun sucre ou drsquoun groupe phosphate selon la localisation de la proteacuteine (cellule tissus etc) -gt au final environ 1 million de proteacuteines diffeacuterentes ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB) ~43rsquo000 proteacuteines ont une structure 3D connue (liens vers PDB) Une mecircme proteacuteine a souvent plusieurs structures 3D UniProtKB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie toutes les seacutequences de proteacuteines et les informations biologiques associeacutees (fonction localisation subcellulairehellip) Elle contient plus de 100 millions de proteacuteines deacuteriveacutees de plus de 500rsquo000 espegraveces diffeacuterentes
httpswwwpinterestcompin552605816755171802
Membrane plasmique
mitochondrie
cytoplasme
Une cellule donneacutee agrave un temps t donneacute contient des milliers de proteacuteines diffeacuterenteshellip(lsquole proteacuteomersquo de la cellule)
Concentration max drsquoinsuline dans le sang
430 10-12 moleL soit ~ 2600 x 1011 moleacuteculesL
Les proteacuteines sont en mouvement
bull httpwwwatelier-drug-designchvideosphp
Visualisation de la structure I II III et du mouvement des proteacuteines
Videacuteo Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine
httpwwwchromosomewalkchgeneg=5383
La vie dans une cellule
bull The Inner Life of the Cell httpswwwyoutubecomwatchv=yKW4F0Nu-UY
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biochimie)
A limage dun collier de perle une proteacuteine est une succession dacides amineacutes lieacutes les uns aux autres par des liaisons chimiques Il existe 20 acides amineacutes diffeacuterents Les proteacuteines ont des longueurs variables (de 2 agrave 35rsquo213 acides amineacutes) et se replient sur elles-mecircmes pour adopter une forme particuliegravere - leur structure tridimensionnelle - qui deacuteterminera leur fonction Lrsquoordre des acides amineacutes est deacutetermineacute par la seacutequence ADN du gegravene correspondant
pepdraw
gtsp|P01308|INS_HUMAN Insulin OS=Homo sapiens GN=INS PE=1 SV=1
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED
LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Un programme pour lsquodessinerrsquo la structure primaire lsquochimiquersquo des proteacuteines httpwwwtulaneedu~biochemWWPepDrawindexhtml
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Quelques chiffreshellip
Dans notre corps il y a
In the human body
DNA
Protein sequence
3D structure
Biological function
httpwwwatelier-drug-designch
Les proteacuteines humaines quelques statistiques (UniProtKB) Homo sapiens environ 20rsquo000 gegravenes dont ~ 16rsquo000 ont une fonction biologique connue ~4rsquo000 gegravenes sont associeacutes avec des maladies geacuteneacutetiques Plusieurs mRNAs (eacutepissage alternatif) pour un mecircme gegravene actuellement le proteacuteome humain est constitueacute drsquoenviron 71rsquo000 seacutequences de proteacuteines diffeacuterentes (proteacuteome humain UniProtKB) Chaque proteacuteine peut ecirctre modifieacutee (PTM) ajout drsquoun sucre ou drsquoun groupe phosphate selon la localisation de la proteacuteine (cellule tissus etc) -gt au final environ 1 million de proteacuteines diffeacuterentes ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB) ~43rsquo000 proteacuteines ont une structure 3D connue (liens vers PDB) Une mecircme proteacuteine a souvent plusieurs structures 3D UniProtKB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie toutes les seacutequences de proteacuteines et les informations biologiques associeacutees (fonction localisation subcellulairehellip) Elle contient plus de 100 millions de proteacuteines deacuteriveacutees de plus de 500rsquo000 espegraveces diffeacuterentes
httpswwwpinterestcompin552605816755171802
Membrane plasmique
mitochondrie
cytoplasme
Une cellule donneacutee agrave un temps t donneacute contient des milliers de proteacuteines diffeacuterenteshellip(lsquole proteacuteomersquo de la cellule)
Concentration max drsquoinsuline dans le sang
430 10-12 moleL soit ~ 2600 x 1011 moleacuteculesL
Les proteacuteines sont en mouvement
bull httpwwwatelier-drug-designchvideosphp
Visualisation de la structure I II III et du mouvement des proteacuteines
Videacuteo Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine
httpwwwchromosomewalkchgeneg=5383
La vie dans une cellule
bull The Inner Life of the Cell httpswwwyoutubecomwatchv=yKW4F0Nu-UY
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biochimie)
A limage dun collier de perle une proteacuteine est une succession dacides amineacutes lieacutes les uns aux autres par des liaisons chimiques Il existe 20 acides amineacutes diffeacuterents Les proteacuteines ont des longueurs variables (de 2 agrave 35rsquo213 acides amineacutes) et se replient sur elles-mecircmes pour adopter une forme particuliegravere - leur structure tridimensionnelle - qui deacuteterminera leur fonction Lrsquoordre des acides amineacutes est deacutetermineacute par la seacutequence ADN du gegravene correspondant
pepdraw
gtsp|P01308|INS_HUMAN Insulin OS=Homo sapiens GN=INS PE=1 SV=1
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED
LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Un programme pour lsquodessinerrsquo la structure primaire lsquochimiquersquo des proteacuteines httpwwwtulaneedu~biochemWWPepDrawindexhtml
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Dans notre corps il y a
In the human body
DNA
Protein sequence
3D structure
Biological function
httpwwwatelier-drug-designch
Les proteacuteines humaines quelques statistiques (UniProtKB) Homo sapiens environ 20rsquo000 gegravenes dont ~ 16rsquo000 ont une fonction biologique connue ~4rsquo000 gegravenes sont associeacutes avec des maladies geacuteneacutetiques Plusieurs mRNAs (eacutepissage alternatif) pour un mecircme gegravene actuellement le proteacuteome humain est constitueacute drsquoenviron 71rsquo000 seacutequences de proteacuteines diffeacuterentes (proteacuteome humain UniProtKB) Chaque proteacuteine peut ecirctre modifieacutee (PTM) ajout drsquoun sucre ou drsquoun groupe phosphate selon la localisation de la proteacuteine (cellule tissus etc) -gt au final environ 1 million de proteacuteines diffeacuterentes ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB) ~43rsquo000 proteacuteines ont une structure 3D connue (liens vers PDB) Une mecircme proteacuteine a souvent plusieurs structures 3D UniProtKB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie toutes les seacutequences de proteacuteines et les informations biologiques associeacutees (fonction localisation subcellulairehellip) Elle contient plus de 100 millions de proteacuteines deacuteriveacutees de plus de 500rsquo000 espegraveces diffeacuterentes
httpswwwpinterestcompin552605816755171802
Membrane plasmique
mitochondrie
cytoplasme
Une cellule donneacutee agrave un temps t donneacute contient des milliers de proteacuteines diffeacuterenteshellip(lsquole proteacuteomersquo de la cellule)
Concentration max drsquoinsuline dans le sang
430 10-12 moleL soit ~ 2600 x 1011 moleacuteculesL
Les proteacuteines sont en mouvement
bull httpwwwatelier-drug-designchvideosphp
Visualisation de la structure I II III et du mouvement des proteacuteines
Videacuteo Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine
httpwwwchromosomewalkchgeneg=5383
La vie dans une cellule
bull The Inner Life of the Cell httpswwwyoutubecomwatchv=yKW4F0Nu-UY
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biochimie)
A limage dun collier de perle une proteacuteine est une succession dacides amineacutes lieacutes les uns aux autres par des liaisons chimiques Il existe 20 acides amineacutes diffeacuterents Les proteacuteines ont des longueurs variables (de 2 agrave 35rsquo213 acides amineacutes) et se replient sur elles-mecircmes pour adopter une forme particuliegravere - leur structure tridimensionnelle - qui deacuteterminera leur fonction Lrsquoordre des acides amineacutes est deacutetermineacute par la seacutequence ADN du gegravene correspondant
pepdraw
gtsp|P01308|INS_HUMAN Insulin OS=Homo sapiens GN=INS PE=1 SV=1
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED
LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Un programme pour lsquodessinerrsquo la structure primaire lsquochimiquersquo des proteacuteines httpwwwtulaneedu~biochemWWPepDrawindexhtml
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Les proteacuteines humaines quelques statistiques (UniProtKB) Homo sapiens environ 20rsquo000 gegravenes dont ~ 16rsquo000 ont une fonction biologique connue ~4rsquo000 gegravenes sont associeacutes avec des maladies geacuteneacutetiques Plusieurs mRNAs (eacutepissage alternatif) pour un mecircme gegravene actuellement le proteacuteome humain est constitueacute drsquoenviron 71rsquo000 seacutequences de proteacuteines diffeacuterentes (proteacuteome humain UniProtKB) Chaque proteacuteine peut ecirctre modifieacutee (PTM) ajout drsquoun sucre ou drsquoun groupe phosphate selon la localisation de la proteacuteine (cellule tissus etc) -gt au final environ 1 million de proteacuteines diffeacuterentes ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB) ~43rsquo000 proteacuteines ont une structure 3D connue (liens vers PDB) Une mecircme proteacuteine a souvent plusieurs structures 3D UniProtKB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie toutes les seacutequences de proteacuteines et les informations biologiques associeacutees (fonction localisation subcellulairehellip) Elle contient plus de 100 millions de proteacuteines deacuteriveacutees de plus de 500rsquo000 espegraveces diffeacuterentes
httpswwwpinterestcompin552605816755171802
Membrane plasmique
mitochondrie
cytoplasme
Une cellule donneacutee agrave un temps t donneacute contient des milliers de proteacuteines diffeacuterenteshellip(lsquole proteacuteomersquo de la cellule)
Concentration max drsquoinsuline dans le sang
430 10-12 moleL soit ~ 2600 x 1011 moleacuteculesL
Les proteacuteines sont en mouvement
bull httpwwwatelier-drug-designchvideosphp
Visualisation de la structure I II III et du mouvement des proteacuteines
Videacuteo Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine
httpwwwchromosomewalkchgeneg=5383
La vie dans une cellule
bull The Inner Life of the Cell httpswwwyoutubecomwatchv=yKW4F0Nu-UY
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biochimie)
A limage dun collier de perle une proteacuteine est une succession dacides amineacutes lieacutes les uns aux autres par des liaisons chimiques Il existe 20 acides amineacutes diffeacuterents Les proteacuteines ont des longueurs variables (de 2 agrave 35rsquo213 acides amineacutes) et se replient sur elles-mecircmes pour adopter une forme particuliegravere - leur structure tridimensionnelle - qui deacuteterminera leur fonction Lrsquoordre des acides amineacutes est deacutetermineacute par la seacutequence ADN du gegravene correspondant
pepdraw
gtsp|P01308|INS_HUMAN Insulin OS=Homo sapiens GN=INS PE=1 SV=1
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED
LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Un programme pour lsquodessinerrsquo la structure primaire lsquochimiquersquo des proteacuteines httpwwwtulaneedu~biochemWWPepDrawindexhtml
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
httpswwwpinterestcompin552605816755171802
Membrane plasmique
mitochondrie
cytoplasme
Une cellule donneacutee agrave un temps t donneacute contient des milliers de proteacuteines diffeacuterenteshellip(lsquole proteacuteomersquo de la cellule)
Concentration max drsquoinsuline dans le sang
430 10-12 moleL soit ~ 2600 x 1011 moleacuteculesL
Les proteacuteines sont en mouvement
bull httpwwwatelier-drug-designchvideosphp
Visualisation de la structure I II III et du mouvement des proteacuteines
Videacuteo Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine
httpwwwchromosomewalkchgeneg=5383
La vie dans une cellule
bull The Inner Life of the Cell httpswwwyoutubecomwatchv=yKW4F0Nu-UY
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biochimie)
A limage dun collier de perle une proteacuteine est une succession dacides amineacutes lieacutes les uns aux autres par des liaisons chimiques Il existe 20 acides amineacutes diffeacuterents Les proteacuteines ont des longueurs variables (de 2 agrave 35rsquo213 acides amineacutes) et se replient sur elles-mecircmes pour adopter une forme particuliegravere - leur structure tridimensionnelle - qui deacuteterminera leur fonction Lrsquoordre des acides amineacutes est deacutetermineacute par la seacutequence ADN du gegravene correspondant
pepdraw
gtsp|P01308|INS_HUMAN Insulin OS=Homo sapiens GN=INS PE=1 SV=1
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED
LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Un programme pour lsquodessinerrsquo la structure primaire lsquochimiquersquo des proteacuteines httpwwwtulaneedu~biochemWWPepDrawindexhtml
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Les proteacuteines sont en mouvement
bull httpwwwatelier-drug-designchvideosphp
Visualisation de la structure I II III et du mouvement des proteacuteines
Videacuteo Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine
httpwwwchromosomewalkchgeneg=5383
La vie dans une cellule
bull The Inner Life of the Cell httpswwwyoutubecomwatchv=yKW4F0Nu-UY
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biochimie)
A limage dun collier de perle une proteacuteine est une succession dacides amineacutes lieacutes les uns aux autres par des liaisons chimiques Il existe 20 acides amineacutes diffeacuterents Les proteacuteines ont des longueurs variables (de 2 agrave 35rsquo213 acides amineacutes) et se replient sur elles-mecircmes pour adopter une forme particuliegravere - leur structure tridimensionnelle - qui deacuteterminera leur fonction Lrsquoordre des acides amineacutes est deacutetermineacute par la seacutequence ADN du gegravene correspondant
pepdraw
gtsp|P01308|INS_HUMAN Insulin OS=Homo sapiens GN=INS PE=1 SV=1
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED
LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Un programme pour lsquodessinerrsquo la structure primaire lsquochimiquersquo des proteacuteines httpwwwtulaneedu~biochemWWPepDrawindexhtml
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
httpwwwchromosomewalkchgeneg=5383
La vie dans une cellule
bull The Inner Life of the Cell httpswwwyoutubecomwatchv=yKW4F0Nu-UY
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biochimie)
A limage dun collier de perle une proteacuteine est une succession dacides amineacutes lieacutes les uns aux autres par des liaisons chimiques Il existe 20 acides amineacutes diffeacuterents Les proteacuteines ont des longueurs variables (de 2 agrave 35rsquo213 acides amineacutes) et se replient sur elles-mecircmes pour adopter une forme particuliegravere - leur structure tridimensionnelle - qui deacuteterminera leur fonction Lrsquoordre des acides amineacutes est deacutetermineacute par la seacutequence ADN du gegravene correspondant
pepdraw
gtsp|P01308|INS_HUMAN Insulin OS=Homo sapiens GN=INS PE=1 SV=1
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED
LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Un programme pour lsquodessinerrsquo la structure primaire lsquochimiquersquo des proteacuteines httpwwwtulaneedu~biochemWWPepDrawindexhtml
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
La vie dans une cellule
bull The Inner Life of the Cell httpswwwyoutubecomwatchv=yKW4F0Nu-UY
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biochimie)
A limage dun collier de perle une proteacuteine est une succession dacides amineacutes lieacutes les uns aux autres par des liaisons chimiques Il existe 20 acides amineacutes diffeacuterents Les proteacuteines ont des longueurs variables (de 2 agrave 35rsquo213 acides amineacutes) et se replient sur elles-mecircmes pour adopter une forme particuliegravere - leur structure tridimensionnelle - qui deacuteterminera leur fonction Lrsquoordre des acides amineacutes est deacutetermineacute par la seacutequence ADN du gegravene correspondant
pepdraw
gtsp|P01308|INS_HUMAN Insulin OS=Homo sapiens GN=INS PE=1 SV=1
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED
LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Un programme pour lsquodessinerrsquo la structure primaire lsquochimiquersquo des proteacuteines httpwwwtulaneedu~biochemWWPepDrawindexhtml
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biochimie)
A limage dun collier de perle une proteacuteine est une succession dacides amineacutes lieacutes les uns aux autres par des liaisons chimiques Il existe 20 acides amineacutes diffeacuterents Les proteacuteines ont des longueurs variables (de 2 agrave 35rsquo213 acides amineacutes) et se replient sur elles-mecircmes pour adopter une forme particuliegravere - leur structure tridimensionnelle - qui deacuteterminera leur fonction Lrsquoordre des acides amineacutes est deacutetermineacute par la seacutequence ADN du gegravene correspondant
pepdraw
gtsp|P01308|INS_HUMAN Insulin OS=Homo sapiens GN=INS PE=1 SV=1
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED
LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Un programme pour lsquodessinerrsquo la structure primaire lsquochimiquersquo des proteacuteines httpwwwtulaneedu~biochemWWPepDrawindexhtml
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Qursquoest-ce qursquoune proteacuteine (biochimie)
A limage dun collier de perle une proteacuteine est une succession dacides amineacutes lieacutes les uns aux autres par des liaisons chimiques Il existe 20 acides amineacutes diffeacuterents Les proteacuteines ont des longueurs variables (de 2 agrave 35rsquo213 acides amineacutes) et se replient sur elles-mecircmes pour adopter une forme particuliegravere - leur structure tridimensionnelle - qui deacuteterminera leur fonction Lrsquoordre des acides amineacutes est deacutetermineacute par la seacutequence ADN du gegravene correspondant
pepdraw
gtsp|P01308|INS_HUMAN Insulin OS=Homo sapiens GN=INS PE=1 SV=1
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED
LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Un programme pour lsquodessinerrsquo la structure primaire lsquochimiquersquo des proteacuteines httpwwwtulaneedu~biochemWWPepDrawindexhtml
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
pepdraw
gtsp|P01308|INS_HUMAN Insulin OS=Homo sapiens GN=INS PE=1 SV=1
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED
LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Un programme pour lsquodessinerrsquo la structure primaire lsquochimiquersquo des proteacuteines httpwwwtulaneedu~biochemWWPepDrawindexhtml
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
httpeducationexpasyorgbioinformatiqueimages3Djpg
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
ruban
Diffeacuterentes repreacutesentations drsquoune proteacuteine
Heacutelices alpha en rose Feuillets beta en jaune
Autres repreacutesentations cartoon sphegravere traces ruban surface
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Les diffeacuterentes structures drsquoune proteacuteine
bull Structure primaire
bull Structure secondaire
bull Structure tertiaire (3D)
bull Structure quaternaire
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
La banque de donneacutees PDB bull httpwwwrcsborg
Numeacutero drsquoaccession drsquoune entreacutee PDB 2hiu 1aoi 1igt hellip
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
bull PDB est une banque de donneacutees qui reacutepertorie les donneacutees expeacuterimentales (coordonneacutees atomiques) permettant de visualiser en 3D (agrave lrsquoaide drsquooutils bioinformatiques comme 3d-view chimera) une proteacuteine ou drsquoautres moleacutecules (ADNhellip)
bull Plusieurs serveurshellip(homeRCSB PDBePDBsum (EBI) hellip)
bull Numeacutero drsquoaccession 2hiu 1aoi 1igt hellip
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Techniques bull 1 Purifier la proteacuteine ou le domaine drsquointeacuterecirct (clonage chez bacteacuterie levure quantiteacute )
bull 2 Obtenir un cristal
ndash X ray cristallography
bull 3 Autre approche
ndash RMN
ndash electron microscopy
bull Model si il existe une proteacuteine similaire agrave ~30
wikipedia
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Les donneacutees PDB coordonneacutees ltXYZgt de chaque atome de chaque acide amineacute
Des programmes de visualisation (comme 3d-view) lsquoconstruisentrsquo la structure 3D agrave partir de ces coordonneacutees atomiques
bull Insuline (PDB 2HIU)
ltx y zgt
httpsfilesrcsborgview2HIUpdb
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D (PDB-101 = PDB teaching)
bull httppdb101rcsborg
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
bull httpmmrcsborg
bull httpcdnrcsborgpdb101learnresources2014-mol-mach-posterpdf
Deacutecouvrir les proteacuteines en 3D
Tailles relatives des diffeacuterentes proteacuteinescomplexes semblent respecteacuteeshellip
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Diffeacuterentes repreacutesentations de la structure 3D drsquoune proteacuteine (cartoon sphere traces ruban surface)
httpmmrcsborg
La ferritine
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Structure 3D des proteacuteines et PDB autre outil de visualisation
Toutes les entreacutees PDB ont un numeacutero drsquoaccession du type NXXX
A partir du lien suivant
httpwwwrcsborg3d-viewNXXX
Remplacer NXXX par le no AC PDB (1aoi 1igt etchellip)
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Nucleacuteosome
httpwwwrcsborg3d-view1aoi
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
IgG
httpwwwrcsborg3d-view1igt
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
insuline
httpwwwrcsborg3d-view2hiu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Un meacutedicament cible le plus souvent une proteacuteine Visualiser les tailles relativeshellip
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
httpcdnrcsborgpdb101learnresourceshow-do-drugs-work-poster-high-respdf
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
httpeducationexpasyorgcoursPO423Protein_drug20interaction
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
bull Acceacuteder agrave la banque de donneacutees PDB via UniProtKB (section structure)
bull ~6rsquo200 proteacuteines humaines ont une structure 3D connue (liens vers PDB)
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
bull Depuis wwwuniprotorg
ndash Taper le nom du gegravene exemple HBB
eacuteviter drsquoutiliser les noms de proteacuteine il nrsquoy a pas de standardisation problegraveme franccedilaisanglais
vous pouvez trouver les noms de gegravenes dans wikipeacutedia
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
bull Filtrer lsquoreviewedrsquo lsquogene namersquo
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
bull Cliquer sur lsquoColumnrsquo
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Search lsquoPDBrsquo save
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
UniProtKB section Cross-reference (lsquoColumnsrsquo) La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine)
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
UniProtKB section Structure (Entry) httpwwwuniprotorguniprotP68871structure La liste des cross-reacutefeacuterences vers la banque de donneacutees PDB apparaicirct avec bull PDB entry no accession PDB le lien sur le no AC PDB vous envoie sur PDBe par
deacutefaut et non pas PDB RCSB bull Method meacutethode utiliseacutee (X-ray RMN electron microscopy model) bull Resolution low numeric values such as 15 Aring mean good resolution bull Chain au moment de la cristallisation la proteacuteine peut polymeacuteriser
artificiellementhellip Les noms des chaicircnes sont arbitraireshellip bull Positions partie de la seacutequence de la proteacuteine qui a eacuteteacute eacutetudieacutee en 3D (agrave comparer
avec la longueur totale de la proteacuteine) bull PDBsum pictorial database that provides an at-a-glance overview of the contents
of each 3D structure deposited in PDB (chain etc)
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
2 chaicircnes A 2 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1A00
positionshellip
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Il faut quelques dizaines de mg de proteacuteine pour arriver agrave faire un cristal La proteacuteine HBB humaine a eacuteteacute exprimeacutee dans Ecoli via un vecteur Le lsquoMrsquo de la PDB seq appartient probablement au vecteurhellip
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
4 chaicircnes B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1ch4
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Les chaicircneshellip
bull Lrsquoheacutemoglobine est composeacutee de 2 chaicircnes A et 2 chaicircnes B
1 chaicircne A 1 chaicircne B
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1aj9
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Heacutemoglobine (avec O2)
httpwwwrcsborg3d-view6bb5
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=6bb5
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Heacutemoglobine (avec O2)
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
httpswwwebiacukthornton-srvdatabasescgi-binpdbsumGetPageplpdbcode=1faw
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Nrsquoheacutesitez pas agrave nous contacter au cas ougrave
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Exemples de proteacuteines
en preacutesence de petites moleacutecules
Attention les structures PDB proposeacutees ne sont pas forceacutement lsquoentiegraveresrsquohellip
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Cafeacuteine
bull CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C bull la cafeacuteine (theacuteine) a eacuteteacute deacutecouverte en 1819 Elle
agit comme stimulant psychotrope et comme leacuteger diureacutetique La cafeacuteine est la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde Elle est preacutesente dans les graines les feuilles et les fruits de diffeacuterentes plantes ougrave elle agit comme insecticide naturel paralysant ou tuant les insectes qui sen nourrissent
bull La cafeacuteine cible un reacutecepteur membranaire appeleacute ADORA2A
wikipedia
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Cafeacuteine amp ADORA2A httpwwwrcsborg3d-view3RFM
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Nicotine
La nicotine (CN(CCC1)[CH]1C2=CC=CN=C2) est un alcaloiumlde puissant que lrsquoon trouve dans les plantes de la famille des solanaceacutees (tabac)
Elle interagit avec les reacutecepteurs de lrsquoaceacutetylcholine (AchR) qui sont composeacutes de plusieurs sous-uniteacutes (dont CHRNACHRNBCHRND)
La nicotine est agrave la fois un stimulant et un relaxant Apregraves la cafeacuteine crsquoest la substance psychoactive la plus consommeacutee au monde La nicotine a eacuteteacute largement utiliseacutee comme insecticide dans le passeacute
wikipedia
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
httpswwwncbinlmnihgovpmcarticlesPMC4795468
AChR est composeacute drsquoune combinaison (n=5) de diffeacuterentes sous-uniteacutes (n=16) The α4β2 is a subtype with high affinity for nicotine
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Nicotine amp AChR
httpswwwrcsborg3d-view1UW61
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Morphine amp opioid receptor Mu
httpwwwrcsborg3d-view4DKL
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Peacutenicilline
(CC1(C(N2C(S1)C(C2=O)NC(=O)CC3=CC=CC=C3)C(=O)O)C) la peacutenicilline est un antibiotique qui cible des enzymes bacteacuteriens appeleacute Penicillin-binding protein 1 et 2 (mrcA et mrcB) le blocage de ces enzymes empecircche la synthegravese des peptidoglycans de la paroi bacteacuterienne et donc la reproduction des bacteacuteries La peacutenicilline cible eacutegalement une DD peptidase (structure 3D PDB 1PWC)
wikipedia
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Peacutenicilline amp DDpeptidase httpswwwrcsborg3d-view1PWC1
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
bull Le paclitaxel est une moleacutecule produite par des champignons endophytes (Taxomyces andreanae Nodulisporium sylviforme) et eacutegalement extraite agrave lorigine de certaines espegraveces difs Elle contribue agrave confeacuterer agrave ces arbres leur forte toxiciteacute Cest une moleacutecule utiliseacutee en chimiotheacuterapie
bull Le paclitaxel est un poison du fuseau mitotique Il inhibe la deacutepolymeacuterisation des microtubules bloquant le meacutecanisme de la mitose
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
wikipedia
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Tubuline amp Taxol (Paclitaxel)
httpwwwrcsborg3d-view1jff
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Autres ressources
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
Partenaire de PDB pour la structure 3D des acides nucleacuteiques
httpndbserverrutgersedu
