HARMONISATION OFFRE DE FORMATION MASTER · pØdagogiques existants pour les TP de la formation envisagØe (1 fiche par laboratoire) IntitulØ du laboratoire : Ecologie microbienne

Etablissement : UFAS SETIF Intitulé du master : Ecologie Microbienne Page 1Année universitaire : 2016/2017

MREPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ETPOPULAIRE

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEURET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

HARMONISATION

OFFRE DE FORMATION MASTER

ACADEMIQUE

Etablissement Faculté / Institut Département

Université FerhatAbbas Sétif 1

Sciences de la Natureet de la Vie Microbiologie

Domaine: SNV

Filière: Biologie

Spécialité: Ecologie Microbienne

Année universitaire: 2016/2017


الـدیمقراطیـة الـشعبیــةالجمھوریة الجزائریة

التعلیــم العالــي والبحــث العلمــيوزارة

مواءمة

تكوین ماسترعرض

أكادیمي

القسمالمعھد/ الكلیةالمؤسسة

بیئة مكروبیةكلیة علوم الطبیعة والحیاة1جامعة فرحات عباس سطیف

یاةعلوم الطبیعة والح:المیدان

علم األحیاء:الشعبة

بیئة مكروبیة:التخصص

2016/2017: السنة الجامعیة


SOMMAIRE

I - Fiche d’identité du Master ------------------------------------------------------------------1 - Localisation de la formation ------------------------------------------------------------------2 - Partenaires de la formation---------------------------------------------------------------3 - Contexte et objectifs de la formation----------------------------------------------------------

A - Conditions d’accès ------------------------------------------------------------------B - Objectifs de la formation ---------------------------------------------------------C - Profils et compétences visées ------------------------------------------------D - Potentialités régionales et nationales d’employabilité ----------------------E - Passerelles vers les autres spécialités ---------------------------------------F - Indicateurs de suivi de la formation ------------------------------------------------G – Capacités d’encadrement-------------------------------------------------------------

4 - Moyens humains disponibles-------------------------------------------------------------------A - Enseignants intervenant dans la spécialité---------------------------------------B - Encadrement Externe -----------------------------------------------------------------

5 - Moyens matériels spécifiques disponibles---------------------------------------------------A - Laboratoires Pédagogiques et Equipements -------------------------------B- Terrains de stage et formations en entreprise -------------------------------C - Laboratoires de recherche de soutien au master--------------------------------D - Projets de recherche de soutien au master----------------------------------------E - Espaces de travaux personnels et TIC ----------------------------------------

II - Fiche d’organisation semestrielle des enseignement---------------------------1- Semestre 1 -----------------------------------------------------------------------------------2- Semestre 2 -----------------------------------------------------------------------------------3- Semestre 3 -----------------------------------------------------------------------------------4- Semestre 4 -----------------------------------------------------------------------------------5- Récapitulatif global de la formation --------------------------------------------------------

III - Programme détaillé par matière --------------------------------------------------------

IV – Accords / conventions ------------------------------------------------------------------


I – Fiche d’identité du Master


1 - Localisation de la formation :Faculté (ou Institut) : Sciences de la Nature et de la VieDépartement : Microbiologie

2- Partenaires de la formation *:- autres établissements universitaires :

- entreprises et autres partenaires socio économiques :

- Partenaires internationaux :

* = Présenter les conventions en annexe de la formation


3 – Contexte et objectifs de la formation

A – Conditions d’accèsConnaissances fondamentales et générales en Biologie acquises en Licence et

parcours adapté en M1. Les étudiants postulants devront avoir des bases degénétique, de biologie moléculaire, de biochimie et de biologie cellulaire. Des notionsde microbiologie générale, de physiologie/physiopathologie et d'immunologie sontsouhaitables.

L'accès à cette formation est de droit à tout titulaire d’une licence mention«Microbiologie».

B - Objectifs de la formationCe master fera une continuité du parcours de la licence Microbiologie.Permet aux étudiants d'acquérir et de maîtriser les aspects conceptuels etméthodologiques spécifiques à cette spécialité située à l'interface entre la microbiologie,L’écologie et les autres disciplines concernant l'homme, l'animal, la plante, le sol et l'eau.Mettre sur le marché du professionnel qualifié ayant des compétences en microbiologie.Connaissances des concepts et des techniques utilisées dans le domaine de labiologie et la microbiologie pour mieux s’adapter à la vie professionnelle.Mise à niveau de l’enseignement supérieur en Algérie avec le niveau atteint dans les

pays développés.Réaliser une véritable osmose avec l’environnement socio-économique en développanttoutes les interactions possibles entre université et le monde qui l’entour (marché detravail).

C – Profils et compétences métiers visésCe master a pour objectif de permettre aux étudiants de comprendre la

biodiversité du monde vivant et de maîtriser les outils nécessaires à leur gestion et àleur conservation raisonnée. En outre, ce master offre une formation des biologistesavec une excellente connaissance professionnelle dans des domaines aussi variésque la la virologie, la microbiologie appliquée et le génie biologique ainsi qu’enmicrobiologie environnementale. La diversité des module soffre à l’étudiant uneformation qui le prépare aux métiers de la Recherche fondamentale publique ou privée.

D- Potentialités régionales et nationales d’employabilité des diplômésDe nombreux biologistes trouvent des emplois dans des universités Algériennes

et même étrangères ainsi que dans l’industrie où ils poursuivent souvent des activitésde recherche. D’autres choisissent l’enseignement dans des écoles publiques ouiprivées, ou utilisent leurs connaissances dans les médias ou les administrationspubliques, dans les secteurs de la protection de l’environnement, de la santé publique,de l’agriculture, etc. D’autres encore travaillent dans des bureaux privés de conseil enenvironnement, dans l’aménagement de terroir ou encore dans des ONG qui seconsacrent à l’environnement.Plusieurs parcours mettent en avant la maîtrise des techniques de l'entreprise(gestion de projets, gestion de la qualité, gestion des ressources humaines, créationd'entreprise, innovation et valorisation). Ils permettront aux étudiants d'acquérir lescompétences techniques et managériales requises dans des postes de cadre(entreprises, collectivités locales).


E – Passerelles vers d’autres spécialitésLa spécialité prendra en charge 20 à 30 étudiants titulaires d'une licence de

microbiologie ou d'un diplôme universitaire de niveau équivalent. Les élèvesingénieurs sont également invités à suivre les enseignements de cette spécialité.Leur admission en première ou deuxième année nécessitera une validation des acquis.

F – Indicateurs de suivi de la formationL’équipe d’encadrement de la formation est composée d’enseignants spécialistes

en la matière pour veiller au bon déroulement de la formation ; la disponibilité desmoyens matériels tels que les différents laboratoires pédagogiques ou de rechercheavec un équipement adéquat.

G – Capacité d’encadrementLa spécialité prendra en charge 20 à 30 étudiants



B : Encadrement Externe :

Etablissement de rattachement :

Nom, prénom Diplôme graduation+ Spécialité

Diplôme Post graduation+ Spécialité Grade Type

d’intervention * Emargement









* = Cours, TD, TP, Encadrement de stage, Encadrement de mémoire, autre ( à préciser)


5 – Moyens matériels spécifiques disponibles

A- Laboratoires Pédagogiques et Equipements : Fiche des équipementspédagogiques existants pour les TP de la formation envisagée (1 fiche par laboratoire)

Intitulé du laboratoire : Ecologie microbienneCapacité en étudiants : 25

N° Intitulé de l’équipement Nombre observations01 Plaques chauffantes 10 Bon Etat02 Bain Marie agité 04 Bon Etat03 Rotavapor 01 Bon Etat04 Loupe binoculaire 15 Bon Etat05 Etuve universelle 03 Bon Etat06 pH mètre 02 Bon Etat07 Spectrophotomètre visible 02 Bon Etat08 Spectrophotomètre UV-Vis 01 Bon Etat09 Lecteur de microplaques 01 Bon Etat10 Centrifugeuse réfrigérée 01 Bon Etat11 Réfrigérateur de laboratoire 01 Bon Etat12 Distributeur de milieu 01 Bon Etat13 Chromatographie à basse pression 01 Bon Etat14 Microscope trinoculaire 03 Bon Etat15 Centrifugeuse de paillasse 01 Bon Etat16 Réfrigérateur 01 Bon Etat17 Balance de précision 01 Bon Etat18 Lecteurs de microplaques (ELISA) 01 Bon Etat19 Turbidimètre de laboratoire, 01 Bon Etat20 Autoclave vertical 02 Bon Etat21 Viscosimètre de paillasse 01 Bon Etat22 Hotte anaérobie mono poste, 01 Bon Etat23 Microscope binoculaire 20 Bon Etat24 Osmomètres 01 Bon Etat25 DBO mètre 01 Bon Etat26 DCO mètre 01 Bon Etat


Intitulé du laboratoire : microbiologie appliquéeCapacité en étudiants : 25

N° Intitulé de l’équipement Nombre observations01 Système HPLC (Shimadzu) 01 Bon Etat02 Lyophilisateur 01 Bon Etat03 Rotavapor 01 Bon Etat04 Chromatographie à basse pression 01 Bon Etat05 Système de refroidissement 01 Bon Etat06 pH mètre 05 Bon Etat07 Spectrophotomètre visible 02 Bon Etat08 Spectrophotomètre UV-Vis 02 Bon Etat09 Lecteur de microplaques 01 Bon Etat10 Centrifugeuse réfrigérée 01 Bon Etat11 Réfrigérateur de laboratoire 05 Bon Etat12 Cuve d'électrophorèse verticale 02 Bon Etat13 Chromatographie à basse pression 01 Bon Etat14 Centrifugeuse de paillasse 01 Bon Etat15 Réfrigérateur 01 Bon Etat16 Bain marie 04 Bon Etat17 Balance de précision 01 Bon Etat18 Loupe binoculaire 20 Bon Etat19 Microscopes binoculaires 20 Bon Etat20 Bain-Marie agité 02 Bon Etat21 Compteur de colonies 02 Bon Etat22 Fermenteurs 03 Bon Etat23 Etuves bactériologiques 03 Bon Etat24 HPLC 01 Bon Etat25 Micro centrifugeuse 01 Bon Etat

Intitulé du laboratoire : physiologie cellulaireCapacité en étudiants : 25

N° Intitulé de l’équipement Nombre observations01 Centrifugeuse réfrigérée 01 Bon Etat02 Système de refroidissement 01 Bon Etat03 pH mètre 03 Bon Etat04 Bain marie 03 Bon Etat05 Spectrophotomètre visible 03 Bon Etat06 Spectrophotomètre UV-Vis 01 Bon Etat07 Lecteur de microplaques 01 Bon Etat08 Réfrigérateur de laboratoire 01 Bon Etat09 Cuve d'électrophorèse verticale 02 Bon Etat10 Chromatographie à basse pression 12 Bon Etat11 Centrifugeuse de paillasse 01 Bon Etat12 Réfrigérateur 01 Bon Etat13 Balance de précision 01 Bon Etat14 Microscope optique 20 Bon Etat15 Loupe binoculaire 15 Bon Etat16 Balance analytique 01 Bon Etat17 Bain-marie agité 02 Bon Etat18 Etuve universelle 02 Bon Etat


Intitulé du laboratoire : Techniques d’analysesCapacité en étudiants : 25

N° Intitulé de l’équipement Nombre observations01 Photomètre de flamme 01 Bon Etat02 Rotavapor 01 Bon Etat03 Chromatographie à basse pression 01 Bon Etat04 Système de refroidissement 01 Bon Etat05 pH mètre 02 Bon Etat06 Spectrophotomètre visible 02 Bon Etat07 Spectrophotomètre UV-Vis 01 Bon Etat08 Lecteur de microplaques 01 Bon Etat09 Centrifugeuse réfrigérée 01 Bon Etat10 Réfrigérateur de laboratoire 01 Bon Etat11 Cuve d'électrophorèse verticale 01 Bon Etat12 Chromatographie à basse pression 01 Bon Etat13 Centrifugeuse de paillasse 01 Bon Etat14 Réfrigérateur 01 Bon Etat15 Générateur de courant pour SDS/PAGE et Immunoblotting 01 Bon Etat16 Balance de précision 01 Bon Etat17 Bain marie 02 Bon Etat18 Balance analytique 01 Bon Etat19 Étuve de laboratoire universelle 02 Bon Etat20 Bidistillateur d’eau 01 Bon Etat21 Bain-marie agité 01 Bon Etat22 Etuve universelle 02 Bon Etat23 Photomètre de flamme 01 Bon Etat24 Rotavapor 01 Bon Etat25 Chromatographie à basse pression 01 Bon Etat26 Système de refroidissement 01 Bon Etat27 pH mètre 02 Bon Etat28 Spectrophotomètre visible 02 Bon Etat

Intitulé du laboratoire : BiochimieCapacité en étudiants : 25N° Intitulé de l’équipement Nombre observation

s01 Micro centrifugeuse réfrigérée 01 Bon Etat02 Microscope trinoculaire 01 Bon Etat03 Rotavapor 01 Bon Etat04 Chromatographie à basse pression 01 Bon Etat05 Système de refroidissement 01 Bon Etat06 pH mètre 02 Bon Etat07 Spectrophotomètre visible 02 Bon Etat08 Spectrophotomètre UV-Vis 01 Bon Etat09 Lecteur de microplaques 01 Bon Etat10 Centrifugeuse réfrigérée 01 Bon Etat11 Réfrigérateur de laboratoire 01 Bon Etat12 Cuve d'électrophorèse verticale 01 Bon Etat



D- Projet(s) de recherche de soutien au master :

Intitulé du projet derecherche Code du projet

Date dudébut du

projet

Date defin duprojet

La résistance deschampignonsphytopathogènes auxfongicides: impacts sur ledéveloppement del'agriculture

D01N01UN190120140041 2014 2017

Evaluationmicrobiologique, qualitébiochimique, méthodesde conservation etdéveloppement d'unprotocole HACCP pour lepollen

D01N01UN190120120036 2012 2015

E- Espaces de travaux personnels et TIC :

- Bibliothèque de la faculté des sciences de la nature et de la vie

- Bibliothèque centrale universitaire

- Département connecté au réseau Internet

- Connexion au réseau Internet université


II – Fiche d’organisation semestrielle des enseignements(Prière de présenter les fiches des 4 semestres)


1- Semestre 1 :VHS V.H hebdomadaire Mode d'évaluationUnité d’Enseignement 14-16 sem C TD TP Autres Coeff Crédits Continu Examen

UE fondamentales 195 18UEF1(O/P) Microorganismes etFonctionnement desEcosystèmes

67h30 3h 1h30 82h30 3 6 40% 60%Virologie Fondamentale etappliquée 67h30 3h 1h30 82h30 3 6 40% 60%Physiologie bactérienne 67h30 3h 1h30 82h30 3 6 40% 60%

UE méthodologie 9UEM1(O/P)Biostatistique 60h 3h 1h 65h 3 5 40% 60%

Hygiène et Sécurité dans lesLaboratoires 45h h30 h30 -- 55h 3 4 40% 60%

UE découverteUED1(O/P)Anglais 45h 1h30 1h30 -- 5 2 2 40% 60%

UE transversalesUET1(O/P)Techniques de communication 22h30 1h30 2h30 1 1 40% 60%

Total Semestre 1 375 16,5 5,5 3 375 17 30


2- Semestre 2 :

VHS V.H hebdomadaire Mode d'évaluationUnité d’Enseignement 14-16 sem C TD TP Autres Coeff Crédits Continu ExamenUE fondamentales

UEF1(O/P)Interactions Microbiennes 90h 3h 1h30 1h30 110h 4 8 40% 60%Microorganismes et santé desPlantes 112h30 3h 3 1h30 137h30 5 10 40% 60%

UE méthodologieUEM1(O/P) Techniques d'analysesbiochimiques 2 60h 1h30 1h 1h30 65h 3 5 40% 60%Bioinformatique 45h 1h30 1h30 -- 55h 2 4 40% 60%

UE découverteUED1(O/P)Toxicité et toxi-infectionsmicrobiennes 45h 3h -- 5 2 2 40% 60%

UE transversalesUET1(O/P)Législation 22h30 1h30 2h30 1 1 40% 60%

Total Semestre 2 375 13,5 7 4,5 375 17 30


3- Semestre 3 :

VHS V.H hebdomadaire Mode d'évaluationUnité d’Enseignement 14-16 sem C TD TP Autres Coeff Crédits Continu ExamenUE fondamentales

UEF1(O/P)Biotechnologie et protectionde l'environnement 67h30 3h 1h30 82h30 3 6 40% 60%Microbiologie moléculaire 67h30 3h 1h30 -- 82h30 3 6 40% 60%Structures et activité dessubstances naturelles 67h30 3h 1h30 82h30 3 6

UE méthodologieUEM1(O/P)Recherche bibliographique 60h 3h 1h 65h 3 5 40% 60%Microorganismes et

écosystèmes 45h 1h30 1h30 -- 55h 2 4 40% 60%UE découverte

UED1(O/P)Parasitologie 45h 1h30 1h30 -- 5 2 2 40% 60%

UE transversalesUET1(O/P)Entreprenariat 22h30 1h30 2h30 1 1 40% 60%

Total Semestre 3 375 16,5 5,5 3 375 17 30


4- Semestre 4 :

Domaine: SNVFilière: BiologieSpécialité: Ecologie Microbienne

Stage en entreprise sanctionné par un mémoire et une soutenance.

VHS Coeff CréditsTravail Personnel 300 5 10

Stage en entreprise 450 10 20SortiesAutre (préciser)Total Semestre 4 750 15 30

5- Récapitulatif global de la formation :

UE VH

UEF UEM UED UET Total

Cours 405 180 90 67,5 742,5TD 67,5 90 45 0 202,5TP 157,5 22,5 0 0 180Travail personnel 742,5 360 15 7,5 1125Stage et travailpersonnel S4 750Total 1372,5 652,5 150 75 3000Crédits 54 27 6 3 120% en crédits pourchaque UE

Volume horaire:2250 (VH S1+ VH S2+ VH S3)750(VH S4)VH Total (S1+S2+S3+S4)=2250+750=3000Crédit:90(S1+S2+S3)+ 30 (S4)=120


III - Programme détaillé par matière


Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 1Intitulé de l’UE : FondamentaleIntitulé de la matière : MICRO-ORGANISMES ET FONCTIONNEMENT DES ECOSYSTEMES

Nombre de crédits : 6Coefficient de la Matière : 3

Objectifs de l’enseignement

Connaître les différents aspects de l’impact des éléments de l’environnementcomplexes sur les fonctions microbiennes

Connaissances préalables recommandées

Microbiologie générale, Ecologie générale, Biochimie générale.

Contenu de la matière :

Introduction ;I. Cycles biogéochimiques

Cycles biogéochimiques du carbone et de l’azote. Mécanismes biochimiquesdes transformations.Régulation des transformations microbiennes en environnement

complexe. II. Groupes fonctionnelsNotion de groupe fonctionnel. Relations entre diversité microbienne,groupes fonctionnels et fonctions microbiennes de transformation.

III. Impact des perturbations sur les fonctions microbiennesLien entre perturbation et stress. Impact des perturbations naturelles (feu,crues, etc.) et anthropiques (pollution, déforestation, pratiques agricoles, etc.)sur la diversité et les fonctions microbiennes

Programmes TP1- La diversité du monde microbien: observations microscopiques de différentsmicroorganismes.2- Isolement des microorganismes du sol et des plantes (racines, tiges et feuilles).3- Détection des bactériophages (antagonisme).4- Microorganismes en action (synergie) : fabrication du yaourt.

Travail personnel : Exposé

Mode d’évaluation : Continu et ExamenRéférences : Documentation disponible au niveau de la bibliothèque centrale,bibliothèque de la Faculté, Salle des périodiques, Salle d’ Internet, etc..


Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 1Intitulé de l’UE : Fondamentale

Intitulé de la matière : Virologie fondamentale et appliquée

Nombre de crédits : 06

Coefficient de la Matière : 03

Objectifs de l’enseignement.L’étudiant suivant cette unité est censé connaître les différents aspects la microbiologiegénérale. Cette unité d’enseignement vise à approfondir les connaissances théoriques desvirus d’intérêt médical chez l’homme

Connaissances préalables recommandées Microbiologie générale et Biochimie

générale

Connaissances préalables recommandéesMicrobiologie, Biochimie. STRUCTURE DES VIRUS1.1. Définition d’un virus1.2. Structure des virus1.2.1. Particularités des ADN et ARN viraux1.2.2. Les protéines virales (capside et autres protéines)1.2.3. Rôle du péplos (Enveloppe virale)2. METHODES D’ETUDE DES VIRUS2.1. Cultures cellulaires, concentration et purification des virions2.2. Titrage des virus animaux et végétaux.2.3. Microscopie électronique et diffraction aux rayons X2.4. PCR et hybridations des acides nucléiques viraux2.5. Détection des antigènes viraux3 CLASSIFICATION DES VIRUS3.1. Bases de classification des virus3.2. Règles de "ICTV" pour nommer les virus3.3. Prions4 MULTIPLICATION DES VIRUS4.1. Conditions nécessaires à la multiplication d’un virus4.2. Étapes de la multiplication d’un virus4.3. Génomes et modes de réplication (classification de Baltimore)4.3. Devenir de la cellule infectée par un virus4.3.1. Mort de la cellule4.3.2. Tolérance de l’infection4.3.3. Lysogénie et transformation tumorale5. IMMUNITE ANTIVIRALE5.1. La peau et les muqueuses5.2. Immunité naturelle, innée5.3. Immunité acquise, spécifique5.4.1. Schéma général5.4.2. Les anticorps


5.4.3. Lymphocytes T CD8+ Cytotoxiques ou CTL5.4.4. Interactions et < ambivalence > des moyens de défense5.4.5. Immunodépression et infections virales5.4.6. Échappement des virus aux défenses immunitaires6. SYMPTOMES DES INFECTIONS VIRALES6.1. Porte d’entrée des virus6.2. ORGANES CIBLE DES INFECTIONS VIRALES6.3. Modes d’infections virales6.3.1. Infection symptomatique6.4 Infections aiguës6.4.1 Infection localisée et infection généralisée6.4.2 Infection symptomatique ou cliniquement manifeste6.4.3 Éradication ou latence6.5 Infections chroniques6.6. Cas des virus des végétaux7 LUTTE CONTRE LES INFECTIONS VIRALES7.1 Immunothérapie passive7.2 Immunothérapie active (les vaccinations)7.3 Chimiothérapie antivirale7.4. Prophylaxie des infections virales

Programme TD:Les techniques d'études des virus

Travail personnel : Exposé sur les virus végétaux et les bactériophages, certainestechniques de biologique moléculaire et les maladies virales émergentes.

Mode d’évaluation : Epreuve écrite et présentation d’exposés sur des thèmes choisis


Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 1Intitulé de l’UE: MéthodologieIntitulé de la matière: Biostatistique (Applications)

Nombre de crédits : 04Coefficient de la Matière : 1Objectifs de l’enseignement

L’étudiant s'initialise à exploiter les données expérimentales obtenues dans leslaboratoires

Connaissances préalables recommandées: Notions élémentaires en statistiques


Principes de statistique Statistique descriptive Méthodes et tests de biostatistiques La statistique, une aide à la réalisation des protocoles expérimentaux Apport de l’informatique dans l’analyse des données biologiques (excel et autres

logiciels de statistique)

Programme TD: TD 1: Application de la Statistique descriptive TD2: Application des Méthodes et tests de biostatistiques TD3: Application Excel et autres logiciels

Travail personnel: maitrise des logiciels de statistique (Graphpad, sigma stat, SPSS,l'origine, Excel....)

Mode d’évaluation : Epreuve écrite,

Références Documentation disponible au niveau de la bibliothèque centrale,bibliothèque de la Faculté, Salle des périodiques, Salle d’Internet, etc


Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 1Intitulé de l’UE : MéthodologieIntitulé de la matière : Hygiène et Sécurité dans les LaboratoiresNombre de crédits : 5Coefficient de la Matière : 2


L’étudiant apprendra les différents dangers, dans les laboratoires, auxquels sontexposées les personnes y manipulant, les règles de sécurité et le comportement dumanipulateur dans un laboratoire pédagogique, d’analyse et : ou recherche.


Contenu de la matière :IntroductionLes règles à suivre au laboratoire de biologieRègles de manipulation des produits chimiques (Etiquetage et phrases de risques etphrases de sécurité)Loi sur la santé et la sécurité au laboratoireSanté et sécurité des personnels et responsabilité de l’employeurPrincipes généraux de la gestion des risques infectieux au laboratoireRisques liés au travail avec du matériel biologique (milieu biologique, ADN, organismesgénétiquement manipulés…)Risques liés au travail avec des substances chimiquesRisques liés aux appareils, aux installations électriques et à l’outillageRisques d’incendieRisques biologiquesRisques microbiologiquesRisques liés au travail avec du matériel radioactif, Rayonnements non ionisants, laser,…Déchets des laboratoires (Collecte et élimination des déchets biologiques et chimiques )Classification des laboratoires (L2, L3 et L4) caractéristiques et niveau de risques etmoyens de préventionPlans d’urgence et conduite à tenir en cas d’urgencePictogrammes de dangerPrincipes et régla pour agréer les laboratoires

Travail personnel : sortie et stage au niveau du laboratoire.

Mode d’évaluation : Epreuve écrite

Références : Documentation disponible au niveau de la bibliothèque centrale,bibliothèque de la Faculté, Salle des périodiques, Salle d’Internet, etc


Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 1Intitulé de l’UE : TransversaleIntitulé de la matière : Anglais scientifique



L’étudiant suivant cette unité apprendra à comprendre et à rédiger un textescientifique


Anglais de base

Contenu de la matière :I- IntroductionII- Parts of speechIII- ClausesIV- How to write scientific textsV- Ways to improve scientific writingVI- Training students in writing and presentation in Microbiology field

- Written papers or chapters in books in the field of microbiology- Students written work- Listening and comprehension.- Translation to english from scientific frensh or arabic.

VII- Communicating science.- How to write a scientific paper.- How to write a Poster.- How to write an oral communication.- How to present an oral communication.

Travail personnel : Analyse d'article, communication orale et poster.




Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 1Intitulé de l’UE : TransversaleIntitulé de la matière : communicationCrédits : 2

Objectifs de l’enseignement :Analyser les objectifs de la communication interne et externe et présenter les méthodologiesnécessaires pour conduire les principales actions de communicationConnaissances préalables recommandéesLes bases linguistiquesCompétences visées : Capacité de bien communiquer oralement et par écrit- Capacité de bien présenter et de bien s’exprimer en public- Capacité d’écoute et d’échange- Capacité d’utiliser les documents professionnels de communication interne et externe- Capacité de rédiger des documents professionnels de communication interne et externeContenu de la matière :

o Renforcement des compétences linguistiqueso Les méthodes de la Communicationo Communication interne et externeo Techniques de réuniono Communication orale et écrite



Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 2Intitulé de l’UE : FondamentaleIntitulé de la matière : Interactions Microbiennes



L’objectif de ce cours est de présenter des notions de base sur :-Les interactions entre microorganismes et milieu physique.-Les interactions entre microorganismes.-Les interactions avec les organismes supérieurs.Connaissances préalables recommandées

Microbiologie générale, Biochimie générale, métabolites secondaires


1. Interactions entre microorganismes et milieu physiqueEcologie des microorganismes dans les écosystèmes simples ou complexes.Exemple du sol, un milieu complexe et un bioréacteur microbien. Organisationspatiale de la communauté microbienne et biofilms.

2. Interactions entre microorganismesSignaux et communication. Quorum sensing. Interactions et dynamique despopulations microbiennes. Successions microbiennes: conséquences pour labiodégradation de composés organiques et en agronomie.

3. Interactions avec les organismes supérieursLes différents types d'interactions. Symbiose et parasitisme.Interactions micro-organismes/végétaux, processus de colonisation, impactécologique des OGM.Interactions micro-organismes/animal et homme: flores digestives, bases dupouvoir pathogène et notion de réservoirs naturels (eau, sol, plantes).

Programme TP:Techniques : Techniques d'étude des interactions microbiennes:Application à un modèle utilisé en lutte biologique par confrontation,

Antagonisme bactéries-bactéries, bactéries-champignonsActivité de filtrat fongique ou surnageant bactérien vis-à-vis différent microorganisme.


Mode d’évaluation : Continu et Examen

Références : Documentation disponible au niveau de la bibliothèque centrale,bibliothèque de la Faculté, Salle des périodiques, Salle d’Internet, e


Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 2Intitulé de l’UE : FondamentaleIntitulé de la matière : Microorganismes et santé des plantes


Objectifs de l’enseignementAcquisition de connaissances sur les différentes aspects de mycologie, bactériologie,phytopathologie.


Microbiologie générale, Botanique et physiologie végétale

Contenu de la matière :1- Les populations microbiennes associées à la plante (phytosphère): localisation,diversité, activité2-Pathogènes et parasites

Phytopathologie (virulence, épidémiologie, etc.). Mécanismes de résistance de laplante aux pathogènes.La bactérie pathogène Agrobacterium et le transfert de gènes aux plantessupérieures.

3- Microorganismes bénéfiquesSymbioses : Fixation symbiotique de l’azote, mycorhizes.Symbioses associatives : PGPR, antagonistes, inducteurs de résistance,etc. Sols résistants aux maladies.Lutte biologique, biofertilisation, phytostimulation, revégétalisation des sitesdégradés.Inoculums microbiens utilisés en agriculture.

Programme TP:1. Préparation de milieux de cultures2. Isolement de microorganismes à partir de débris végétaux3. Purification des microorganismes isolés

4. Identification des microorganismes isolés.


Mode d’évaluation : Continu et ExamenRéférences : Documentation disponible au niveau de la bibliothèque centrale,bibliothèque de la Faculté, Salle des périodiques, Salle d’Internet, etc


Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 2Intitulé de l’UE : MéthodologieIntitulé de la matière: Technique d'analyse biochimique 2Crédits : 5Coefficients : 2

Objectifs de l’enseignementConnaissance des techniques de base en biochimie, utilisables pour différents types de matériel.

Connaissances préalables recommandéesModule de Biochimie, 2ème année SNV

Contenu de la matière

1. Technique immunologique et radiologique• L'agglutination et précipitation• L'immunodiffusion• L'immuno électrophorèse et l'immunotransfert• Test d'ELISA• Immunofluorescence• Immunohistochimie• Test radioimmunologique• Test des liposomes• Test du complément• Test de neutralisation

2. Techniques chromatographiques• Chromatographie à haute performance (HPLC)• Chromatographie phase gaz (CPG)

3. Techniques de chimiluminescence et fluométrie4. Techniques spectrométrique

• L'infrarouge (IR)• La spectrométrie d'absorption et d'émission atomique (SAA et SEA)• la spectrométrie de masse• la résonance magnétique nucléaire

5. Autres techniques• Les cultures cellulaires• La microscopie électronique• Les méthodes de conservation

Programme TP: Les dilutions Préparation des tampons Les gammes d'étalonnage Dosage de l'activité enzymatique Fractionnement des composés du lait


Mode d’évaluation: Contrôle continu, examen


Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 2Intitulé de l’UE : MéthodologieIntitulé de la matière : Bioinformatique


Objectifs de l’enseignement :L’objectif est de permettre à des étudiants n’ayant pas eu d’enseignementd’informatique d’acquérir les bases nécessaires pour développer des outils dans lecadre de l’analyse de données et utiliser plus efficacement les ressources du WEB.Maîtrise de l’outil informatique dans l’acquisition à partir des banques de donnéeset le traitement des données statistiques par les techniques informatiques


Connaissances de bases de l’informatique

Contenu de la matière :1. Introduction à la bioinformatique2. Banques des données biologiques3. Techniques de l’application de l’informatique à la biologie (Computational biology)4. Application sous forme d’accès aux banques de donnée5. Application à l’analyse et au traitement des données biologiques

Programme TD:

Application de technique modélisation : exemples pratiques Génomique : instruction à suivre pour l'alignement des séquences nucléique etprotéiques via internet Travail personnel : étude de cas concrets par binôme ou trinôme.




Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 2Intitulé de l’UE : DécouverteIntitulé de la matière : Toxicité et toxi-infections microbiennes


Objectifs de l’enseignement.Les étudiants seront sensibilisés à la notion de toxines microbiennes d'originesbactériennes et fongiques. Ils seront également sensibilisés à la notion de contrôle qualitédans l'entreprise et au contrôle sanitaire dans l'environnement.A l’issue de l’enseignement, l’étudiant pourra :- aborder les problématiques spécifiques des microorganismes responsables desprincipales toxiinfections alimentaires- analyser la symptomatologie et identifier les bactéries pouvant être impliquées- déterminer les origines possibles- communiquer sur la réglementation, l’évaluation et la gestion des risquesmicrobiologiques-aborder la problématique liée à la présence de toxines dans les produits alimentaires(origine, conséquences chez l'homme, détection, maîtrise, réglementation et limites dessystèmes des surveillance existants).Connaissances préalables recommandéesMicrobiologie – biochimie

Contenu de la matièreGénéralités sur les risques alimentaires,toxi-infections alimentaires : étude des bactériesles plus impliquées dans les toxi-infectionsd’origine alimentaire,généralités sur les biofilms(adhésion, colonisation, détachement, résidence) Epidémiologie et études des bactériesles plus impliquées dans les TIAMoisissures toxinogènes, production des mycotoxines (structure, toxicité, méthodes dedétection, secretion….), moyens de lutte. .Partie appliquée : Bactéries et toxines incriminées dans les toxi-infections,Leschampignons filamenteux producteurs de mycotoxines .

Programme TP:

Préparations des milieux de culture spécifique Isolement des phytopathogène Purification des phytopathogène


Mode d’évaluation : examen .Références (Livres et polycopiés, sites internet, etc).http://www.master.bmc.upmc.fr/ site microbiologie :http://www.edu.upmc.fr/sdv/microbiol/


Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 2Intitulé de l’UE : TransversaleIntitulé de la matière : Législation


Objectifs de l’enseignementInitier l’apprenant notions réglementaires, les définitions et origines des textes de loi et lesconnaissances des conséquences pénales.Connaissances préalables recommandéesEnsembles des contenus de la formationCompétences visées :

o Capacité à lire et comprendre un texte de loio Capacité à appliquer une réglementation


Notions générales sur le droit (introduction au droit, droit pénal). Présentation de législation algérienne (www.joradp.dz, références des textes). Règlementation générale (loi sur la protection du consommateur, hygiène, étiquetage etinformation, additifs alimentaires, emballage, marque, innocuité, conservation). Règlementation spécifique (travail personnel, exposés). Organismes de contrôle (DCP, CACQUE, bureau d’hygienne, ONML). Normalisation et accréditation (IANOR, ALGERAC). Normes internationales (ISO, codex alimentarius, NA, AFNOR) Mode d’évaluation : Examen


Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 3Intitulé de l’UE : FondamentaleIntitulé de la matière : Biotechnologie et protection de l'environnement



Objectifs de l’enseignementConnaissances préalables recommandées

Compétences visées :


La grande diversité des micro-organismes dans l'environnement et leurs rôles fondamentaux

dans les cycles biogéochimiques globaux font objectifs prioritaires de la biotechnologie

environnementale en vue de l'étude de l'écologie microbienne et la gestion des ressources

microbiennes.

Ce module vise l’application des processus de biotechnologie aux problèmes divers de

l'environnement. Il concerne les techniques de culture et la maintenance de communautés

microbiennes capables de dégrader les composés polluants en sous-produits non toxiques ou

réutilisables. Il traite le pouvoir de bioremédiation, la gestion durable des déchets (la dépollution

des sols, le traitement des eaux usées et des déchets solides) et la réutilisation des produits épurés

(biogaz ou composts).

Définition des processus de la biotechnologie (Description des réacteurs, cinétique de labiodégradation ou de la biotransformation des molécules chimiques, culture pure, enrichissement).Applications des biotechnologies environnementales (Station d'épuration pour le traitement del'eau, lutte biologique pour le contrôle des phytopathogènes, bioremédiation, dépollution), et laréutilisation des produits épurés.Programme TD:

Microbiologie Industrielle classique (fermentation batch, continu et fedbatch)

analyse de résultats expérimentaux issus d'articles scientifiques en relation avec lesdonnées présentées en cours

Travail personnel : Exposé et sorties (stations d'épuration par exemple)

Mode d’évaluation : Continu et ExamenRéférences : Documentation disponible au niveau de la bibliothèque centrale,bibliothèque de la Faculté, Salle des périodiques, Salle d’Internet


Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 3Intitulé de l’UE : FondamentaleIntitulé de la matière : Microbiologie Moléculaire



Objectifs de l’enseignement :

Acquisition de connaissances sur L’utilisation des Microorganismes dans le domainede la génie génétique.Acquérir les notions théoriques de l'expérimentation en génétique moléculaire parles technologies du génie génétique et de l'ADN recombinant.

Connaissances préalables recommandéesGénétique, Microbiologie générale, Biochimie générale.

Contenu de la matière :- Principes de base en génie génétique- le matériel biologique et la purification d'acides nucléiques et de protéines.- Electrophorèse en gel de polyacrylamide et en gel d'agarose.- Les outils enzymatiques du génie génétique (endonucléases de restriction,

polymérases et nucléases).- Vecteurs de clonage (plasmides, bactériophages, virus et chromosomes artificiels).- Génétique microbienne et utilité dans le clonage de gènes :- Clonage génique chez les procaryotes et les eucaryotes;- Ligations de molécules et transformation bactérienne.- Hybridation d'acides nucléiques et techniques de marquage de sondes

moléculaires : Southern-blot et Northern-blot.- Synthèse d'oligonucléotides et utilisations potentielles.- Séquençage d'ADN (conventionnel et automatisé) et analyses informatiques

de séquences à l'aide des banques de données (bioinformatique).- Principes et utilité de la réaction en chaîne de la polymérase (PCR) pour le clonage

et le diagnostic.

Programme TD:Exercices destinés à illustrer des données présentées en cours, analyse de résultatsexpérimentaux issus d'articles scientifiques en relation avec les données présentées encours



Références : Documentation disponible au niveau de la bibliothèque centrale,bibliothèque de la Faculté, Salle des périodiques, Salle d’Internet, et


Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 3Intitulé de l’UE : MéthodologieIntitulé de la matière: Recherche Bibliographique



Objectifs de l’enseignementAcquisition des connaissances de bases sur la déontologie et l’éthique du domaine. Lesbases fondamentales de la recherche bibliographique, de l’utilisation de la documentation.Et enfin, les bases de la rédaction scientifique et de la présentation orale et par affiche.Faire une recherche bibliographique sur un sujet scientifique de pointe et se préparerà la réalisation de mémoire de fin de cycle.


Néant


Déontologie de la recherche scientifique et le plagiatRessources bibliographiques (types et importance, paramètres de notoriété des revues)Exploration et exploitation des documents bibliographiques.Stratégie et méthodologie de la rédaction scientifique (mémoire).Stratégie et technique de préparation et de présentation des communications orales etaffichées.

Travail personnel : atelier de recherche bibliographique sur différents mot clé.

Mode d’évaluation : Epreuve écrite + exposé sur un sujet précis

Références : (livres et sites internet…)


Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 2Intitulé de l’UE : MéthodologieIntitulé de la matière : Structures et activités des substances naturelles : Principes etapplications



Objectifs de l’enseignement :

Acquisition de connaissances sur les différentes activités biologiques et les méthodesde leurs études.L’étudiant sera capable de maîtriser les conditions d’extraction de purification etde conservation des substances biologiques en vue d’étudier leurs activités.


Techniques d’identification et de quantification, biologie végétale, botanique


1. Les produits naturels d'origine végétale. Comment sont ils élaborés?- Composésterpéniques

- Composés polyphénoliques- Composés alcaloïdiques

2. Intérêt physiologique des molécules dans la vie de la plante3. Moyens de défense vis-à-vis des agressions4. Systèmes de protection par rapport aux stress extérieurs5. Systèmes de communication avec l'environnement de l'organisme6. Valorisation et application des produits naturels dans l'industrie7. Les principaux composés issus du métabolisme secondaire et leurs dérivés

faisant l'objet d'applications industrielles (agroalimentaire, cosmétique,pharmaceutique).

- Activité enzymatique-Activité antioxydant, Anti-inflammatoire-Activité antibactérienne, antivirale-Activité anti-coagulantes et ant-agrégante-Activité des hormones-Activité anti-glycémiante-Activités biologiques des anticorps et complément

Programme TP: Extraction des principes actifs à partir des plantes Essai d epurification par des techniques chromatographies (CCM par exemple) Etudes de l'activité antimicrobiennes des extraits de plantesTravail personnel : Exposé

Mode d’évaluation : Epreuve écrite, présentation d’exposés sur des thèmes choisisRéférences : Documentation disponible au niveau de la bibliothèque centrale,bibliothèque de la Faculté, Salle des périodiques, Salle d’Internet, etc


Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 3Intitulé de l’UE : DécouverteIntitulé de la matière : ParasitologieCrédits : 2Coefficients : 1Objectifs de l’enseignementCe cours vise à initier les étudiants à la biologie des principaux parasites pathogènesConnaissances préalables recommandéesMicrobiologie, MycologieContenu de la matière

Le cycle de vie des parasites complexes,

L'utilisation de modèles de maladies,

Les strategies de vaccination,

La biologie moléculaire et structurale relative aux parasites.

Les étudiants devront être en mesure de démontrer :

Une compréhension des cycles de vie des parasites.

Une compréhension critique de plusieurs stratégies actuelles utilisées pour prévenir

/traiter les maladies parasitaires.

Compréhension de la biologie du parasite au niveau cellulaire et moléculaire

Programme TP: Examen microscopique des amibes des eaux de surface Isolements des dermatophytes

Travail personnel: Exposé

Mode d’évaluation : Epreuve écrite, présentation d’exposés sur des thèmes choisis


Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre: 2Intitulé de l’UE : MéthodologieIntitulé de la matière : Microorganismes et les écosystèmesNombre de crédits : 10


Objectifs de l’enseignement :Les étudiants seront initiés aux principaux concepts en écologie microbienne et auxtechniques d'études des microorganismes dans l'environnement allant des écosystèmesaquatiques et aux sols.

Connaissances préalables recommandéesMicrobiologie générale, Microbiologie de l'environnement.

Contenu de la matière :I. Ecosystème aquatiques

1. Rivières2. Lacs3. Etangs4. Mers-Océans5. Aquifères

IIÉcosystème terrestres1. Sols2. Plantes Rhizosphère et phyllosphère

III. Ecosystèmes atmosphériques

IV. Ecosystèmes humains-animaux

V.Ecosystèmse extrêmes

Programme TP: Préparation des milieux de culture L'évaluation de la charge bactérienne des sols salés et fertiles L'évaluation de la charge bactérienne de la rhizosphère et de l'endosphère Activité bactériennes Biodiversité des communautés microbiennes aquatiques Travail personnel: Exposé

Mode d’évaluation : Epreuve écrite, présentation d’exposés sur des thèmes choisis



Intitulé du Master: Ecologie MicrobienneSemestre : 3Intitulé de l’UE : DécouverteIntitulé de la matière : EntroprenariatCrédits : 1Coefficients : 1Objectifs de l’enseignementInitier l’apprenant au montage de projet, son lancement, son suivi et sa réalisation.Connaissances préalables recommandéesEnsembles des contenus de la formationCompétences visées :

o Compréhension de l’organisation et de fonctionnement d’une entrepriseo Capacité à monter un projet de création d’entrepriseo lancer et à gérer un projeto Capacité à travailler méthodiquemento Capacité à planifier et de respecter les délaiso Capacité à travailler en équipeo Capacité d’être réactif et proactif

Contenu de la matière :1. L’entreprise et gestion d’entrepriseo Définition de l’entrepriseo L’organisation d’entrepriseo Gestion des approvisionnements :- Gestion des achats,- Gestion des stocks- Organisation des magasinso Gestion de la production :- Mode de production,- Politique de productiono Gestion commerciale et Marketing :- Politique de produits,- Politique de prix,- Publicité,- Techniques et équipe de vente2. Montage de projet de création d’entreprise

o Définition d’un projeto Cahier des charges de projeto Les modes de financement de projeto Les différentes phases de réalisation de projeto Le pilotage de projeto La gestion des délaiso La gestion de la qualitéo La gestion des coûtso La gestion des tâches



V- Accords ou conventions

OUI

NON

(Si oui, transmettre les accords et/ou les conventions dans le dossier papierde la formation)


LETTRE D’INTENTION TYPE

(En cas de master coparrainé par un autre établissement universitaire)

(Papier officiel à l’entête de l’établissement universitaire concerné)

Objet : Approbation du coparrainage du master intitulé :

Par la présente, l’université (ou le centre universitaire) déclarecoparrainer le master ci-dessus mentionné durant toute la période d’habilitation de cemaster.

A cet effet, l’université (ou le centre universitaire) assistera ce projet en :

- Donnant son point de vue dans l’élaboration et à la mise à jour des programmesd’enseignement,- Participant à des séminaires organisés à cet effet,- En participant aux jurys de soutenance,- En œuvrant à la mutualisation des moyens humains et matériels.

SIGNATURE de la personne légalement autorisée :

FONCTION :

Date :


LETTRE D’INTENTION TYPE

(En cas de master en collaboration avec une entreprise du secteurutilisateur)

(Papier officiel à l’entête de l’entreprise)

OBJET : Approbation du projet de lancement d’une formation de master intitulé :

Dispensé à :

Par la présente, l’entreprise déclare sa volonté demanifester son accompagnement à cette formation en qualité d’utilisateur potentiel duproduit.

A cet effet, nous confirmons notre adhésion à ce projet et notre rôle consistera à :

- Donner notre point de vue dans l’élaboration et à la mise à jour des programmesd’enseignement,

- Participer à des séminaires organisés à cet effet,- Participer aux jurys de soutenance,- Faciliter autant que possible l’accueil de stagiaires soit dans le cadre de mémoires

de fin d’études, soit dans le cadre de projets tuteurés.

Les moyens nécessaires à l’exécution des tâches qui nous incombent pour la réalisationde ces objectifs seront mis en œuvre sur le plan matériel et humain.

Monsieur (ou Madame)…………………….est désigné(e) comme coordonateur externe dece projet.

SIGNATURE de la personne légalement autorisée :

FONCTION :

Date :

CACHET OFFICIEL ou SCEAU DE L’ENTREPRISE

Documents

HARMONISATION OFFRE DE FORMATION MASTER · pØdagogiques existants pour les TP de la formation envisagØe (1 fiche par laboratoire) IntitulØ du laboratoire : Ecologie microbienne