Les mycobactéries

Les mycobactéries

Dr N. Fortineau

Bactériologie-Virologie-Hygiène

CHU de Bicêtre (94)

Les mycobactéries

> 70 espèces identifiées

Pathogènes obligatoires Opportunistes

M. tuberculosis complex

M. leprae

M. avium complexM. kansasii

M. xenopi ...

M. chelonae

M. fortuitumM. marinum ...

La tuberculose

- Mycobacterium tuberculosis - Mycobacterium bovis

- Mycobacterium africanum

- M. tuberculosis complex

(- Mycobacterium microti)

- Réservoir essentiellement humain

- Transmission quasi interhumaine par voie aérienne

- Multiplication très lente (temps de génération 20h)

- Persiste dans l'organisme (macrophage)

La tuberculose dans le Monde

- 2 M de décès / an (dont 25% HIV+, surtout en Afrique)

- Maladie persistante : 9 M de nouveaux cas T / an

• Asie : 55%

• Afrique : 31%• Europe : 5%

- Prévalence mondiale en 2007 : 13,7 M de cas

- 2000 M de personnes ont eu un contact infectant BK

• 15% patients HIV +

- incidence/ 100.000 hbts en baisse de 1% / an

- 500.000 cas de tuberculose multi-Résistante

Facteurs aggravant l'épidémie

- Infection par le VIH (Afrique sub-saharienne)

- Émergence de la résistance aux anti-tuberculeux

- Mouvements de populations

- Populations défavorisées des pays industrialisés

- Absence ou retard de diagnostic

- Absence d'accès au traitement complet

La tuberculose en France (2006)

- Europe occidentale : incidence 17 / 105( Ex URSS : 110 / 105 )

- France : 8,5 / 105 en régression constante depuis 1993 (- 40%)

Région IDF

(17,3 / 105 ) 37%

Age > 75 ans

(23 / 105)

Origine étrangère

(39 / 105)

2006

(5336 cas) SDF

(181 / 105)

Résistance aux AntiTuberculeux : définitions

Résistance primaire :nouveaux cas (= jamais traités par antituberculeux)

Résistance secondaire :cas déjà été traités 1 mois par antituberculeux

Multirésistance :Résistance INH+RMP

UltrarésistanceMultirésistance+ R à Fluoroquinolones+ R à 1 aminoside autre que streptomycine(amikacine/capréomycine)

Résistance aux AntiTuberculeux en France (2005)

Résistance "primaire" - Isoniazide : 4,2 %

- Rifampicine : 0,9%

Multi-résistance primaire (INH + RIF) : 0,7%

Résistance "secondaire"

- Streptomycine : 6,3 %

- Streptomycine : 11,7 %

- Isoniazide : 14 %

- Rifampicine : 8,9 %

Multi-résistance secondaire (INH + RIF) : 6,9 %

8,8 % R à 1 AT

21% R à 1 AT

- Ethambutol : 0,6 %

- Ethambutol : 3,5 %

Résistance aux Anti-Tuberculeux en France

- Naissance dans un pays étranger : R primaire et secondaire + élevées

- Infection par le VIH : R secondaire plus élevée

- Excrétion de BAAR multi-R est prolongée

- 42% de guérison après 2 ans de traitement

- 2/3 des multi-R sont primaires

- Cas de tuberculose multi-R environ 70 / an

- 1,3% de tuberculose multi-R (taux faible)

Diagnostic bactériologique de la tuberculose

- Examen direct

- Culture

- Identification

- Antibiogramme

+ / - Amplification génique (PCR)

Différentes étapes

- Prélèvement

Diagnostic bactériologique de la tuberculose pulmonaire

- Choix des prélèvements :

- Expectoration spontanée (à jeun au réveil) x 3 jours

- Tubage gastrique (à jeun au réveil) x 3 jours

- Fibroscopie bronchique avec aspiration +/- biopsies si lésions

- Lavage bronchoalvéolaire (petit volume 20 ml de H2O)

- Liquide pleural, biopsie de plèvre, biopsie ganglionnaire...

- Hémocultures dans miliaire et formes disséminées (milieux spéciaux)

- Expectoration provoquée (séance de kiné) x 3 jours


Examen microscopique direct : JO

- Colorations de Ziehl et fluorescence (auramine) après concentration/ fluidification

- Sensibilité : 104 - 105 BAAR/ml = + dans 60% des tuberculoses pulmonaires

Mais ne permet pas d'identifier directement l'espèce de mycobactérie

- Positivité souvent synonyme de tuberculose chez l'immunocompétent

- Très souvent négatif dans la miliaire tuberculeuse


Examen microscopique direct : JO

Coloration de Ziehl x 1000 Coloration auramine x 400

Diagnostic par Amplification Génique

Principe : amplification et détection d'une cible (ADN ou ARN spécifique)

Pour Contre

Bonne sensibilité théorique(si direct + 95%)

Sensibilité controverservée (inhibiteurs)

Rapidité du résultat (< 24h)

Ne permet pas de s'affranchir de la culture

Coût élevé (B250) / culture (B60)

Mauvaise valeur prédictive négativeBonne spécificité (98%)(si direct négatif : sensibilité < 60% / culture)

PCR (Test Amplicor, Roche Diagnostic System) TMA (Test Gene Probe BioMérieux)

PCR "maison" IS6110 SDA (Test Probetec, BD)

Tests disponibles :

Diagnostic de tuberculose par culture

- Seul diagnostic de certitude

- Permet l'identification ultérieure et la réalisation de l'antibiogramme

- Durée +++ : 15 jours à 3 mois (milieu solide) à 8-20 jours (milieu liquide)


Objectifs de l'American Thoracic Society et du C.D.C.

(1995)

- Résultats de l'examen direct ≤ 24 h (J0)

- Obtenir une culture positive ≤ J10

- Identification de M. tuberculosis à J15-J21

- Antibiogramme de M. tuberculosis à J21-J28

Diagnostic biologique de la tuberculose

- Examen direct

- Culture +

- Identification

- Antibiogramme

Timing des différentes étapes

- Prélèvement J0

J0-J1

J6-J60

+ 4-10 J

+ 10-21 J

20-80 J


Techniques "classiques" de référence : LONG

- Culture en milieu solide à base d'oeuf : Löwenstein-Jensen

- Identification :

Aspect et pigmentation des colonies

Délai de croissance

Tests biochimiques

20-30 jours

20-30 jours +


Techniques "récentes" : + RAPIDES

- Culture en milieu liquide avec système de détection :Production de CO2 ou

Consommation d' O2

- Avantages :

• Sensibilité 94 % (LJ : 65-75 %) Liquide + LJ : 100 %

• Délai de culture

• Antibiogramme directement réalisable en 7-10 jours

< 15 jours pour M. tuberculosis

Identification rapide des mycobactériesà partir des cultures en milieu liquide

• Hybridation de l ’ADN ou ARN avec sondes spécifiques (AccuProbe)

• Amplification génique (P.C.R.)

• Restriction de l ’ADN par des endonucléases spécifiques (R.F.L.P)

• Séquençage de fragments d ’ADN

• H.P.L.C des acides mycoliques, mise en évidence d’antigènes spécifiques

- Techniques phénotypiques

- Techniques génotypiques

PCR-RFLP / Technique PRA (gène rpoB)

d'après Lee H. et coll.,J. Clin. Microbiol., 2000

1. M. gordonae

9. M. moriokaese

3. M. kansasii I

4. M. gallinarum

5. M. avium

6. M. scrofulaceum

7. M. asiaticum

8. M. chelonae

2. M. szulgai

10. M. phlei

11. M. pulveris

12. M. fortuitum I

13. M. austroafricanum

14. M. smegmatis

15. M. marinum

PCR-Hybridation inversée / Test LiPA Mycobactéries

M. chelonae

M. scrofulaceumM. intracellulareM. aviumM.A.I.SM. gordonaeM. xenopi

M. kansasii

M. tuberculosis compl.Mycobacterium sp.

MTBMAMKMCMGMAISM NM

substrat

Cible ADN : région intercistronique codant pour ARN16s

Traitement de la Tuberculose pulmonaire

- En l'absence de traitement : Mortalité 50%

- Avec antituberculeux : Mortalité 5%

- Les Antituberculeux :

Streptomycine (1944)

PAS (1946)

Isoniazide (1952)

Kanamycine (1957)

Ethambutol (1968)

Rifampicine (1965)

Pyrazinamide (1980)

Ofloxacine (1987)

Guérison spontanée : 30%Chronicité : 20%

4 Majeurs

Traitement de la Tuberculose pulmonaire

M1 M2 M3 M4 M5 M6 Mois

Isoniazide4-5 mg/kg/j

Rifampicine10 mg/kg/j

Pyrazinamide20-30 mg/kg/j

+/- Ethambutol 15-20 mg/kg/j

J0

Traitement de la Tuberculose pulmonaire *

M1-M2 M3-M6

Traitement standard

Grossesse

Rifater 1cp/12 kg

+/- éthambutol 15 mg/kgRifinah 1cp/30 kg

Rifampicine 10 mg/kg

Isoniazide 4-5 mg/kg

Ethambutol 10 mg/kg

Rifampicine 10 mg/kg

Isoniazide 4-5 mg/kg

M7-M9

-

* à bacilles sensiblesen une prise quotienne, à distance d'un repas

Traitement de la Tuberculose pulmonaire multi-R

Associer au moins 3 antituberculeux actifs pendant 18 mois

- Ofloxacine

- Amikacine

- Streptomycine

- Ethionamide

Surveillance du traitement de la tuberculose

Documents

Les mycobactéries