Les virus des GEALes virus des GEALes virus des GEALes virus des GEA

Lepiller Quentin

Institut de Virologie, CHU Strasbourg

Réunion des équipes opérationnelles d’hygiène

28/02/2013

• Cause importante de morbidité et de mortalité dans le monde

• Impact sanitaire majeur chez le jeune enfant

Les gastroentérites aiguës viralesLes gastroentérites aiguës virales

Tate JE, The Lancet, 2011

2008 : 453 000 morts/ an chez les enfants < 5 ans liés aux rotavirus

• Maladie d’incubation et de durée brèves

– Diarrhées, Vomissements, Nausées, Fièvre

• Risque de déshydratation

Virus impliqués :

Les gastroentérites aiguës viralesLes gastroentérites aiguës virales

• Virus impliqués :

– Rotavirus, Calicivirus (Norovirus, Sapovirus), Adénovirus (40-41), Astrovirus, Virus Aichi

– Autres ? Coronavirus, Bocavirus, Torovirus, Picobirnavirus,…

NorovirusNorovirusNorovirusNorovirus

• Famille des Caliciviridae (Norovirus, Sapovirus)

• Virus Nus

• Icosaédrique

Taxonomie, structureTaxonomie, structure

• ARN sb (+)

Bok K et al., N Engl J Med, 2012HBGA = Antigènes de groupes sanguins tissulaires

NorovirusNorovirus : : génogroupesgénogroupes et génotypeset génotypes

Zheng DP et al., Virology, 2006

(+++)

• Mutations et des recombinaisons

• Infidélité de la polymérase (réplicase) (GII.4)

• Cinétique rapide d’évolution (GII.4) : adaptabilité

⇒ Echappement immunitaire, attachement à de nouveaux

Variabilité génétiqueVariabilité génétique

⇒ Echappement immunitaire, attachement à de nouveaux récepteurs cellulaires

⇒ Emergence de variants à l’origine des épidémies mondiales (GII.4 : glissement antigénique)

• Immunité : courte durée, peu de protection croisée entre les génotypes

Pouvoir pathogène et contaminationPouvoir pathogène et contamination

• Agent étiologique majeur des GEA sporadiques et épidémiques de l’enfant et de l’adulte

• Cas groupés des collectivités

– Hôpitaux, institutions de soins, maisons de retraites, écoles, crèches, hôtels, restaurants, casernes militaires, bateaux de croisière, avions, équipes de sport,…

– Taux d’attaque proche de 50%

• Contamination féco-orale + aérosols lors des vomissements

– Personne à personne (Mains+++), surfaces contaminées

– Alimentaire et hydrique :

• Coquillages, fruits et légumes, salades, sandwichs, pâtisseries,…

• Manipulation des aliments par du personnel infecté (+++)

Epidémies de Epidémies de NoVNoV d’origine alimentaired’origine alimentaire

Hall JA et al., Emerg Infect Dis, 2012

Epidémies de Epidémies de NoVNoV d’origine alimentaired’origine alimentaire

Hall JA et al., Emerg Infect Dis, 2012

NoV outbreaks in Europe (2001-2006) :

Modes of transmission

Person-to-person

Epidémies de Epidémies de NoVNoV en Europeen Europe

Most commonly reported settings fot NoV

outbreaks in Europe (2001-2006)

Person-to-person

Food-borne

Water-borne

D’après : Kroneman A et al., J Clin Microbiol, 2008

=> Importance des épidémies impliquant une transmission de personnes à personnes

NoVNoV dans les collectivitésdans les collectivités

Thouillot F et al., Euro Surveill, 2012

Epidémiologie des Epidémiologie des NoVNoV

Koopmans M, J Hosp Infect, 2009

Pouvoir pathogène et clinique (1)Pouvoir pathogène et clinique (1)

• Contamination : voie orale (dose contagieuse faible < 100 particules virales)

• Incubation : 10-51H

• Symptômes :

– Volontiers début brutal

– Vomissements, diarrhées, douleurs abdominales,

+/- fièvre, céphalées, myalgies

– Asymptomatique chez 1/3 des sujets infectés

• Durée : 1 à 3 jours

Pouvoir pathogène et clinique (2)Pouvoir pathogène et clinique (2)

• Sévérité :

– Faible ou modérée le plus souvent

– Morbidité et mortalité accrues chez le jeune enfant et le sujet âgé

• Excrétion virale :

– Grande quantité dans les selles et les vomissements (105-1011 copies/g selles)

– Excrétion prolongée au-delà de la phase symptomatique (jusqu’à 4-8 semaines chez

l’immunocompétent)

Trivedi TK, JAMA, 2012

NoVNoV et immunodépressionet immunodépression

Bok K et al., N Engl J Med, 2012

=> Problèmes diagnostics et thérapeutiques

ContaminationContamination préférentielle par les sujets préférentielle par les sujets symptomatiquessymptomatiques

A B

Sukhrie FHA et al., Clin Infect Dis, 2012

Fig : Taux de reproduction de base estimés chez les sujets symptomatiques (gris) ou

asymptomatiques (blanc)

• Contexte épidémiologique évocateur

• Symptomatologie évocatrice, critères de Kaplan :

• Vomissements chez plus de 50% des sujets

• Période d’incubation moyenne de 24-48H

• Durée moyenne des symptômes de 12-60H

Suspicion cliniqueSuspicion clinique

• Durée moyenne des symptômes de 12-60H

• Absence de bactéries décelées par coprocultures

Tucios RM et al., Clin Infect Dis, 2006 ; Kaplan JE, Ann Intern Med, 1982

Diagnostic au laboratoireDiagnostic au laboratoire

• Diagnostic virologique direct sur selles (! Virémie dans 25% des cas)

• RT-PCR (+++) +/- génotypage

• Tests immuno-enzymatiques

• ELISA, tests immuno-chromatographiques

• Spécificité, Sensibilité

Sensibilité de 4 Test commerciaux Immuno-chromatographiques NoV

Génotypes RIDA® QUICK Norovirus ImmunoCard STAT®!

Norovirus

NOROTOP® SD BIOLINE® Norovirus

Se (%) Testés (No) Se (%) Testés (No) Se (%) Testés (No) Se (%) Testés (No)

GI 17 % 58 26 % 49 52 % 61 23 % 81

GII 64 % 160 39 % 126 50 % 87 54 % 108

GII.4 78 % 77 59 % 54 61 % 28 67 % 33

GI + GII 52 % 218 35 % 175 51 % 148 41 % 189

• Spécificité, Sensibilité

Ambert-Balay K et Pothier P, J Clin Virol, 2013

En pratiqueEn pratique

• Quel prélèvement ?

– Selles entières > frottis rectal

– Durant la phase aiguë

– +4°C (pour un envoi sous 48 h) ou à -20°C (pour un envoi différé)– +4°C (pour un envoi sous 48 h) ou à -20°C (pour un envoi différé)

• Combien de prélèvement par épidémie?

– ≥ 3 à 5 échantillons recommandés (un échantillon par patient)

• Combien d’échantillon positifs sont nécessaires pour conclure à une épidémie à NoV?

– ≥ 1 ? ≥ 2 ? ≥ 50% ?

• Symptomatique : réhydratation

• Ajustement de l’immunosuppression ?

• L’avenir : vaccination

– Problèmes : absence de modèles expérimentaux robustes, hétérogénéité entre les souches avec peu de protection croisée,…

Traitement : présent et futurTraitement : présent et futur

entre les souches avec peu de protection croisée,…

– VLPs (VP1) : immunogènes chez l’animal en parentéral, oral ou intranasal

Atmar RL et al., N Engl J Med, 2011

RotavirusRotavirusRotavirusRotavirus

• Famille Reoviridae, genre Rotavirus

• ARN db segmenté (11)

• Nus, icosaédrique

Taxonomie, structureTaxonomie, structure

– VP6 : 7 groupes (A-G) (A+++)

– VP7 (G) : 23 génotypes

– VP4 (P/[P]) : 31 génotypes

⇒Ex. : type G1P[8]

• Diversité génétique : mutations, réassortiments

Kohli E, Virologie, 2011

Diversité des souches circulantesDiversité des souches circulantes

Kohli E, Virologie, 2011 (d’après : Santos N, Rev Med Virol, 2005)

• Histoire naturelle : infection enfants (6-24 mois)

96 %

69 %

Une infection de l’enfant…Une infection de l’enfant…

42 %

22 %

13 %

Velasquez FR et al., N Engl J Med, 1996

⇒ Protection immunitaire efficace augmentant avec le nombre d’infections

⇒ Intérêt de développer un vaccin

…qui touche aussi l’adulte.…qui touche aussi l’adulte.

Anderson EJ, Lancet Infect Dis, 2004

• Adultes en contact de jeunes enfants

• Cas groupés en institutions de soins/ hébergement

• Immunodépression

• Diarrhées du voyageur,…

• Contexte épidémiologique :

– Enfants de 6-24 mois

– Prédominance hivernale

• Incubation : 1-3 jours

Diagnostic cliniqueDiagnostic clinique

• Incubation : 1-3 jours

• Symptômes :

– Vomissements, diarrhées, douleurs abdominales, fièvre

• Durée : 3-6 jours

• Direct sur selles : – Immuno-chromatographie, ELISA, RT-PCR

Diagnostic biologiqueDiagnostic biologique

Bon F, Pathol Biol, 2007

Vaccins Vaccins

• 1998 : Vaccin vivant oral tétravalent réassortantssimiens-humains (Rotashield®)

– Invaginations intestinales => retiré du marché

• 2006 : Vaccin vivant oral pentavalent bovin-humain • 2006 : Vaccin vivant oral pentavalent bovin-humain (Rotateq®)

• 2006-2008 : Vaccin vivant atténué humain monovalent (Rotarix®)

• Recommandation mondiale par l’OMS depuis 2009

Conséquences de l’introduction du Vaccin Conséquences de l’introduction du Vaccin

Tate JE et al., Pediatr Infect Dis J, 2011

Conséquences de l’introduction du Vaccin Conséquences de l’introduction du Vaccin

Patel MM et al., Pediatr Infect Dis J, 2011

• Astrovirus (Astroviridae)

– GEA souvent modérée durant 2-3 jours

• Adénovirus (40-41) (Adenoviridae)

– Incubation de 8-10 jours

Autres virus des GEAAutres virus des GEA

– Tableau de GEA proche du rotavirus, durée 6-8 jours

• Sapovirus (Caliciviridae)

– Impact clinique plus faible que les norovirus

– Diarrhées, souvent sans vomissements

• Virus Aichi (Picornaviridae), entérovirus, picobirnavirus, torovirus, coronavirus

Autres virus des GEAAutres virus des GEA

Tran, J. Clin. Microbiol., 2010 ; Carrillo-Santisteve P, BEH 31-32 / 27 juillet 2010

Distribution des virus de GEA en pédiatrie

(CHU Reims, CHU Brest) en 2007

• Des avancées : épidémiologie, diagnostic, traitement

⇒ Amélioration des techniques de détection des virus de GEA (biologie moléculaire)

⇒ Place des Norovirus comme agents étiologiques majeurs des GEA

⇒ Développement de vaccins contre les Rotavirus

• Des enjeux et des questions :

ConclusionsConclusions

• Des enjeux et des questions :

⇒ Manque de sensibilité de certaines techniques de détection

⇒ Agents étiologiques des GEA parfois non identifiés

⇒ Améliorer la prévention des épidémies de GEA : place de l’hygiène

⇒ Surveillance post-vaccinale du Rotavirus : émergence de nouvelles souches? Effets

secondaires? Efficacité faible dans les PVD?

⇒ Vaccin contre les Norovirus?

Merci de votre attentionMerci de votre attentionMerci de votre attentionMerci de votre attention

RésistanceRésistance dans l’environnementdans l’environnement

• Norwalk : détectable après 3 ans et infectieux après 61 jours

Seitz SR et al., Appl Environ Microbiol, 2011