55
Comité de visite – 7 mai 2019 Projet UMS-US Plateformes en Biologie et Santé Mot d’accueil et introduction Pr Didier Gosset Doyen de la Faculté de Médecine Conseiller du Président de l’Université de Lille Pr Clarisse Dhaenens Vice-présidente Recherche de l’Université de Lille, déléguée au domaine sciences et technologies et aux plateformes Coordinatrice du comité institutionnel des plateformes en biologie et santé

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Comité de visite – 7 mai 2019

Projet UMS-US Plateformes en Biologie et Santé

Mot d’accueil et introduction

Pr Didier Gosset Doyen de la Faculté de Médecine

Conseiller du Président de l’Université de Lille

Pr Clarisse Dhaenens Vice-présidente Recherche de l’Université de Lille, déléguée au domaine sciences et technologies et aux plateformes

Coordinatrice du comité institutionnel des plateformes en biologie et santé

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2

Programme

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

13h30 - 14h30 Présentation générale de l’unité de services 14h30 - 15h30 Discussion

Pause café

15h40 - 16h10 Echanges avec le personnel de la future UMS-US 16h10 - 16h40 Echanges avec les représentants des laboratoires utilisateurs 16h40 - 17h00 Echanges entre les tutelles et les partenaires

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Comité de visite – 7 mai 2019

Plateformes en Biologie et Santé

Projet UMS-US

Sophie CRESPIN, PhD Chargée de mission UMS-US

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Contexte

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5

La recherche en Biologie et/ou Santé à Lille

Contexte

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Cité Scientifique

Campus Pasteur Lille

Campus Hospitalo-Universitaire

3 campus

27 unités de recherche et équipes d’accueil

• Biomatériaux

• Cancer

• Génétique

• Inflammation, Immunité

• Maladies métaboliques

• Médicaments

• Neurosciences

• Cancer

• Maladies métaboliques

• Inflammation, Infection, Immunité

• Médicaments

• Neurosciences

• Toxicologie

• Agroalimentaire et

biotechnologies

• Biologie

structurale

• Biologie végétale

• Cancer

• Ecologie,

Evolution

• Environnement

• Maladies

métaboliques

• Chimie

• Microélectronique et nanotechnologies

• Optique

• Santé publique, Epidémiologie

• Taphonomie médico-légale

• Thérapies Laser

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6

Les plateformes en Biologie et Santé à Lille

Historique

Etat des lieux 2014 : 7 plateformes multi-sites constituées de 38 plateaux

2016 - Accord cadre

2017 - Vers une structuration concertée des plateformes

Pôles Infrastructures des EPST

Responsables de plateformes

Directeurs d’Unités de Recherche

Génomique Animaleries

Spectrométrie de masse, glycomique et protéomique Imagerie cellulaire

Bioinformatique Imagerie du vivant RMN et RPE

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

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Gagner en visibilité

• Portail unique : accès aux plateformes lilloises en Biologie et Santé

• Catalogue de l’offre de services et expertises

Simplifier la vie des Unités de recherche

• Harmoniser les systèmes de réservation

• Centraliser la facturation

Renforcer les synergies entre plateformes

• Animation d’une vie de l’Unité

• Séminaires communs

Mutualiser les fonctions-supports

• Interface avec services administratifs, financiers, juridiques

• Démarche Qualité, Communication

• Regroupement des besoins en stockage de données numériques et calcul

7

Pourquoi créer une UMS-US ?

La plus-value d’une structuration en UMS-US

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

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8

L’UMS-US lilloise des plateformes en Biologie et Santé

Le cadre ?

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Périmètre le plus large possible, sur la base des plateformes référencées en tenant compte :

• Des spécificités de chaque plateau

Interconnexions fortes avec une unité de recherche

Capacité d’ouverture

Implication antérieure dans des structures nationales

• De la complétude de l’offre de services

Répondre aux besoins des unités de recherche avec une offre large et adaptée

Synergie Equipements – Expertises des personnels

• De l’adhésion au projet

2014 7 plateformes (38 plateaux)

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9

L’UMS-US lilloise des plateformes en Biologie et Santé

Le cadre ?

Périmètre initial

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

2019 7 plateformes (15 +2 plateaux)

• Génomique

• Glycomique & protéomique

• Criblage à haut débit & haut contenu

• Bioinformatique

• Animaleries

• Imagerie cellulaire

• Imagerie du vivant et fonctions

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Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé Services proposés

Personnels

Budget

Locaux

Organisation et gouvernance

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11

Les services proposés

Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé

Domaines technologiques et méthodologiques recouvrant les principales approches mises en œuvre dans les travaux de recherche en Biologie et/ou Santé

Prestations

• Académiques et industrielles

• Des plateformes de compétences : plus-value de savoir-faire

Equipements innovants

Organisation et participation à des actions de formations

• Master, Ecoles doctorales

• Formation continue

• Formations techniques et technologiques

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

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12

Les personnels

Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

75 personnels (70,7 ETP) affectés aux plateformes de l’UMS-US

Personnels affectés à l'UMS-US Titulaires / CDI CDD Enseignants-chercheurs 0,0 0,0 Chercheurs 1,0 0,0 Techniciens, ingénieurs et autres personnels 54,2 14,5 Post-doctorants 0,0 1,0 Total (ETP) 55,2 15,5

CHU Lille 8

CNRS 5

Inserm 7,8

IPL 19,2

U-Lille 30,7

Répartition des ETP par employeur

Génomique 8,8

Glycomique & protéomique

3 Bio-informatique

8

Animaleries 30,9

Imagerie cellulaire

8

Imagerie du vivant & fonctions

12

Répartition des ETP par plateforme

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13

Les personnels

Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Apport de l’expertise de 53 personnes (8,5 ETP) relevant des laboratoires

Génomique 0,5

Glycomique & protéomique

0,4

Bio-informatique

2,1

Animaleries 1,1

Imagerie cellulaire

1,1

HCS & HTS 1,8

Imagerie du vivant & fonctions

1,6

Répartition des ETP par plateforme

CHU Lille 0,6

CNRS 2,8

Inserm 0,8

IPL 0,7

U-Lille 2,7

U-Lille / CHU Lille

1,1

Répartition des ETP par employeur

UMR-EA contributrices Titulaires / CDI Enseignants-chercheurs 2,8 Chercheurs 1,6 Techniciens, ingénieurs et autres personnels 4,2 Post-doctorants 0,0 Total (ETP) 8,5

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14

Les personnels

Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

128 personnes (79,2 ETP) impliquées

• 75 personnels (70,7 ETP) affectés aux plateformes de l’UMS-US

• Apport de l’expertise de 53 personnes (8,5 ETP) relevant des UR-EA

Génomique 9,3

Glycomique & protéomique

3,4 Bio-

informatique 10,1

Animaleries 32,0

Imagerie cellulaire

9,1

HCS & HTS 1,8 Imagerie du

vivant & fonctions

13,6

Répartition des ETP par plateforme

CHU Lille 8,6

CNRS 7,8

Inserm 8,6

IPL 19,9

U-Lille 33,4

U-Lille / CHU Lille

1,1

Répartition des ETP par employeur

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15

Le budget

Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Coût de fonctionnement

• Coûts des consommables et contrats de maintenance

• Hors masse salariale et coûts d’infrastructures

• Année de référence : 2018

Génomique 155

Glycomique Protéomique

66

HCS&HTS 244 Bio-

informatique 11

Animalerie 936

Imagerie cellulaire 270

Imagerie du vivant &

fonctions 247

1928 k€

CHU Lille 9,3%

CNRS 18,7%

Inserm 0,3%

IPL 36,3%

U-Lille 35,3%

Inria 0,1%

Répartition entre Institutions gestionnaires

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16

Le budget

Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Ressources financières récurrentes

Dotation 2018 Type de dépenses éligibles CNRS 12 k€ Fonctionnement Inserm 6 k€ Fonctionnement IPL 681 k€ Fonctionnement, Investissement U-Lille 885 k€ Fonctionnement, Investissement, Personnel contractuel Inria 2 k€ Fonctionnement Total 2018 1586 k€

Ressources financières issues de l’activité de prestations

0

200

400

600

800

1000

1200

1400

1600

2015 2016 2017 2018

Re

ce

tte

s d

e p

res

tati

on

s e

t c

on

tra

ts

(k€

)

1400 k€ en 2018

Glycomique & protéomique

Imagerie du vivant & fonctions

Génomique

BICeL

Ariadne-criblage

Animalerie

Imagerie cellulaire

HCS & HTS

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17 Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Au cœur de l’activité de recherche en Biologie et/ou Santé

7200 m2

Génomique 187

Glycomique & protéomique

256

HTS & HCS 143

Bioinformatique 118

Animalerie 5 271

Imagerie cellulaire

739 Imagerie du vivant & fonctions

515

CHU Lille 252

CNRS 389

IPL 2 050

U-Lille 4 440

IRCL 98

Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé

Des locaux dédiés aux plateformes

Répartition des surfaces

allouées (m²)

Cité Scientifique

Campus Pasteur Lille

Campus Hospitalo-Universitaire

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18

ESPRIT

IBL

Roux

CBP

C9

SN3

IRCL

P. Recherche

Salengro

Génomique

GFS, TAG

Glycomique & protéomique

PAGés, P3M

Criblage HCS-HTS

Bioinformatique & biostatistique - bilille

Animaleries

PHExMAR, PLEHTA, Ress. Exp.

Imagerie cellulaire - BICeL

Imagerie du vivant & fonctions

IRM - Homme

IRM - TEP - Comportement Rongeur

Guérin

Debeyre

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Des locaux dédiés aux plateformes

Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé

Cité Scientifique

Campus Pasteur Lille

Campus Hospitalo-Universitaire

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19

L’organisation et gouvernance

Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

S’appuyer sur des éléments existants…

• Comités de pilotage

• Bureaux

• Comités des utilisateurs

• Comité institutionnel

• Conseils scientifiques internes ou externes

… pour construire une UMS-US efficace et répondant aux attentes des utilisateurs des plateformes

• Comité opérationnel

constitué le cas échéant :

de bureaux opérationnels de site ou thématiques

d’un comité de pilotage coordonnant les bureaux opérationnels

• Assemblée générale des utilisateurs

• Comité de direction

• Comité institutionnel

• Comité d’orientation stratégique

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20

Direction S. Crespin (UMS)

Glycomique

Protéomique

Y. Guérardel (UGSF)

J.M. Saliou (UMS)

Génomique

M. Figeac (UMS)

D. Hot (UMS)

Animaleries

Th. Hubert (U1190)

Imagerie du

vivant

et fonctions

J.P. Pruvo (U1171)

R. Lopes (U1171)

Bio

Informatique

G. Marot (EA2694)

H. Touzet (CRIStAL)

Imagerie

cellulaire

F. Lafont (CIIL)

Criblage

à haut débit

et haut

Contenu

F. Leroux (U1177)

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

L’organisation

Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé

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21

Direction

Glycomique

Protéomique

Génomique

Animaleries

Imagerie du

vivant

et fonctions

Bio

Informatique

Imagerie

cellulaire

Criblage

à haut débit

et haut

contenu

Fonctions supports

Secrétariat général Administration - Finances Qualité - H&S Communication - Formation

• Interface avec les services administratifs, financiers, juridiques

• Responsable Management Qualité

• Communication interne et externe

• Logistique des actions de formation

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

L’organisation

Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé

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22

Direction

Glycomique

Protéomique

Génomique

Animaleries

Imagerie du

vivant

et fonctions

Bio

Informatique

Imagerie

cellulaire

Criblage

à haut débit

et haut

contenu

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

AGU AGU AGU AGU AGU AGU AGU

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

L’organisation

Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé

AGU : Assemblée Générale des Utilisateurs

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23

Direction

Glycomique

Protéomique

Génomique

Imagerie du

vivant

et fonctions

Bio

Informatique

Imagerie

cellulaire

Criblage

à haut débit

et haut

contenu

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

L’organisation

Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé

Animaleries

Comité Opérationnel

BOP

PLEHTA

CoPil

BOP

Ress. Exp

BOP

PHExMAR

CoPil : Comité de pilotage BOP : Bureau OPérationnel

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24

Direction

Glycomique

Protéomique

Génomique

Animaleries

Imagerie du

vivant

et fonctions

Bio

Informatique

Criblage

à haut débit

et haut

contenu

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

L’organisation

Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé

Imagerie

cellulaire

Comité Opérationnel

BOP

Cyto

CoPil

BOP

MP

BOP

ME

CoPil : Comité de pilotage BOP : Bureau OPérationnel

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AGU AGU AGU AGU AGU AGU AGU

25

Direction

Comité de direction Directrice

Secrétaire général.e

1 binôme technico-scientifique / plateforme

Glycomique

Protéomique

Génomique

Animaleries

Imagerie du

vivant

et fonctions

Bio

Informatique

Imagerie

cellulaire

Criblage

à haut débit

et haut

contenu

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

La gouvernance

Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé

AGU : Assemblée Générale des Utilisateurs

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

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26

Direction

Comité de direction Directrice

Secrétaire général.e

1 binôme technico-scientifique / plateforme

Comité d’orientation

stratégique DU ou représentants

des 27 UR utilisatrices

en SVS

Comité institutionnel Représentants des tutelles :

U-Lille, CNRS, Inserm,

IPL, CHU de Lille

+ partenaires invités :

Inria, IRCL

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

La gouvernance

Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé

AGU : Assemblée Générale des Utilisateurs

AGU AGU AGU AGU AGU AGU AGU

Glycomique

Protéomique

Génomique

Animaleries

Imagerie du

vivant

et fonctions

Bio

Informatique

Imagerie

cellulaire

Criblage

à haut débit

et haut

contenu

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

Comité

Opérationnel

Page 27: Mot d’accueil et introductionci2c.fr/stream/2019-05-07_Projet_UMS-V2.pdf · Chercheurs 1,0 0,0 Techniciens, ingénieurs et autres personnels 54,2 14,5 Post-doctorants 0,0 1,0 Total

Les plateformes constitutives de l’UMS-US Savoir-faire

Activités

Projets et évolutions envisagés

Difficultés rencontrées et points de vigilance

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28

Génomique

Les plateformes participantes

Génomique Fonctionnelle et Structurale – GFS Transcriptomics and Applied Genomics – TAG

9,3 ETP (dont 8,8 affectés à l’UMS-US)

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Savoir-faire et services

• Plateforme de services et collaborative

• Etude de faisabilité, montage et conduite de projets d’analyse génomique pour des projets à moyen/haut débit

• Analyse génomique appliquée à l'humain et la microbiologie

• Transcriptomique, Métagénomique

• Traitement de données issues du séquençage de génomes

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29

Génomique

Les plateformes participantes

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Académique local 75%

Académique national

15%

Secteur privé 10%

Origine des laboratoires utilisateurs

Echantillons

GFS – NGS 247

TAG – NGS 612

GFS – Microarray 187

TAG – Microarray 144

GFS – Nanostring 739

Activité

• 20 laboratoires utilisateurs • 11 projets en cours financés sur AAP en

cours en 2018

• Participation à la formation initiale (Master et Ecole doctorale) et à des actions de formation continue proposée par bilille

• Encadrement de doctorants

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30

Génomique

Les plateformes participantes

Reconnaissance

• Label GIS IBiSA pour LIGAN

• Activité de transfert vers le soin

• Partenaire dans 11 programmes financés par l’ANR, l’INCa, la Région Hauts-de-France ou des associations et fondations et 2 programmes industriels

Evolution

• Orientation de l’offre de services sur la plus-value de l’expertise de la PF depuis la conception du projet de recherche jusqu’à l’analyse des données produites

• Séquençage de 3ème génération

Point(s) de vigilance

• Contexte hautement concurrentiel en matière de séquençage

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

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31

Glycomique & protéomique

Les plateformes participantes

Plateforme d’Analyse des Glycoconjugués – PAGés Plateforme de Protéomique et Peptides Modifiés – P3M

3,4 ETP (dont 3 affectés à l’UMS-US)

Savoir-faire et services

• Plateforme de services et collaborative

• PAGés : unique plateforme française dont l’activité est entièrement dévolue à l’analyse de la structure des glycanes et des sucres complexes

• Co-développement de méthodologies d’analyse glycoprotéomique

• Transferts technologiques vers l’industrie agroalimentaire

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

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32

Glycomique & protéomique

Les plateformes participantes

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Académique local 34%

Académique national

29%

Académique européen ou international

8%

Secteur privé 29%

Origine des laboratoires utilisateurs

Nombre de projets traités 2017 2018

PAGés (2 ingénieurs) 54 54

P3M (1 ingénieur) 26 28

Total 80 82

Activité

• 35 laboratoires utilisateurs

• Accueil de stagiaires • Formations techniques et participation

à la formation initiale (Licence, Master) et continue (MOOC)

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33

Glycomique & protéomique

Les plateformes participantes

Reconnaissance

• Label GIS IBiSA pour PAGés

• P3M issu du LabEx ParaFrap

Evolution

• PAGés ambitionne d’être leader national de l’analyse de structure des glycoconjugués

• Dans le cadre du rapprochement des activités de PAGés et de P3M, percer dans le domaine de l’analyse de produits pharmaceutiques

Point de vigilance

• Capacité de développement freinée par les faibles effectifs

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

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34

ARIADNE-Criblage

Les plateformes participantes

Plateau de criblage à haut contenu (HCS) Plateau de criblage à haut débit (HTS)

1,8 ETP

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Savoir-faire et services

• Plateforme collaborative

• Criblage de perturbateurs biologiques (librairies chimiques ou de SiRNA)

• Développement de tests miniaturisés et automatisés pour criblage in vitro, in cellulo ou in bactério, HTS ou HCS dont imagerie quantitative

• Criblage sur cible ou phénotypique

• Deux plateformes robotiques (LNSB2/3)

• Analyse des résultats de criblage, identification et confirmation des hits

Data acquisition/analysis Screening Hit selection

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35

ARIADNE-Criblage

Les plateformes participantes

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Académique local 29%

Académique national

41%

Académique européen ou international

12%

Secteur privé 18%

Origine des laboratoires utilisateurs

2016 2017 2018

HCS LNSB2 :

Echo 32% 31% 18%

Platform 91% 72% 68%

InCell 87% 74% 63%

PSM1 34% 26% 13%

PSM2 22% 15% 12%

HCS LNSB3 33%

Activité

• 17 laboratoires utilisateurs • 18 projets collaboratifs en 2018

• Participation à des enseignements de

niveau Master • Accueil de Masters et doctorants

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36

ARIADNE-Criblage

Les plateformes participantes

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Reconnaissance

• EquipEx ImagInEx BioMed

• Participation à l’infrastructure de recherche ChemBioFrance (Plateforme de découverte de molécules bioactives pour comprendre et soigner le vivant)

• Plateforme partenaire de la Fondation Maladies Rares

• Projets en cours financés par ANR (6), Fondations (8), Programmes européens (3) et SATT(1)

Evolution

• Adaptation des tarifications pour couvrir les coûts de contrats de maintenance

• Evolution technologique des équipements

Point de vigilance

• Capacité de développement freinée par les faibles effectifs au regard de l’investissement de haute expertise à mettre en œuvre pour la mise en place d’un projet

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37

Bioinformatique & biostatistique – bilille

Les plateformes participantes

Plateforme de bioinformatique, bioanalyse et biostatistique de Lille

10,1 ETP (dont 8 affectés à l’UMS-US)

Savoir-faire et services

• Plateforme de services et collaborative

• Analyse de données biologiques: génomique, transcriptomique, protéomique, phylogénie, cytométrie, criblage à haut débit, bioinformatique structurale, ...

• Développement d’outils logiciels, pipelines ou bases de données

• Mise à disposition de moyen de calculs (cloud)

• Acculturation en bioinformatique : formation, réseau métier, animation scientifique, séminaires technologiques

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

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38

Bioinformatique & biostatistique – bilille

Les plateformes participantes

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Académique local 100%

Origine des laboratoires utilisateurs

(Hors activité IFB)

2016 2017 2018

Appel à projets

interne

35 projets reçus

14 auditionnés

9 soutenus

15 mois ingénieurs

14 projets reçus

14 auditionnés

11 soutenus

15 mois ingénieurs

14 projets reçus

14 auditionnés

14 soutenus

27 mois ingénieurs

Projets financés via

financements

extérieurs (hors PIA)

5 projets

23,5 mois ingénieurs

9 projets

33,5 mois ingénieurs

Total 9 projets

15 mois ingénieurs

16 projets

38,5 mois ingénieurs

23 projets

60,5 mois ingénieurs

Activité

• 21 laboratoires utilisateurs

• Organisation de 5 journées scientifiques et

workshops en 2017-2018 • Organisation de formations propres à la

plateformes ou dans le cadre de la formation continue proposée par U-Lille ou les EPST

• Coordination d’un cycle de formation « bioinformatique » pour le collège doctoral

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39

Bioinformatique & biostatistique – bilille

Les plateformes participantes

Reconnaissance

• Participation à 2 infrastructures nationales : IFB et France Génomique

• Très forte sollicitation par les UR locales

Evolution

• Renforcer les liens avec les plateformes d’imagerie cellulaire et d’imagerie du vivant

Point de vigilance

• Absence de personnel titulaire affecté à temps plein à la plateforme

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

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40

Animaleries

Les plateformes participantes

PLEHTA – Campus Pasteur Ressources expérimentales – Campus HU PHExMAR – Cité scientifique

32 ETP (dont 30,9 affectés à l’UMS-US)

Savoir-faire et services

• Plateforme de services

• Spécialisation de site

• Hébergement : Rongeur / Lagomorphe/ grand Mammifère / modèles aquatiques

• Statut sanitaire : conventionnel / SPF / SOPF

• Niveaux de confinement : A2/A3

• Explorations dans le domaine infectieux, immunologique, métabolique, cancérologique et comportemental en lien étroit avec l’imagerie

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

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41

Animaleries

Les plateformes participantes

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Académique local 96%

Secteur privé 4%

Origine des laboratoires utilisateurs

Taux d’occupation 2017 Hébergement Elevage Isotechnie

Campus HU SPF – Souris 62% 70% 17%

PLEHTA Campus Pasteur – Souris 90% 90% 100%

PLEHTA Campus Pasteur – Rat 90% 90% _

PLEHTA Campus Pasteur – Hamster 23% _ _

PHExMAR (SN6) – Souris (2015) 80% _ _

PHExMAR (SN6) – Rat (2015) 80% _ _

PHExMAR (SN6) – Xénope (2015) 70% _ _

PHExMAR (SN3) – Zebra fish (2015) 70% _ _

Campus HU Conventionnel – Porc / Mouton (2016) 80% _ _

Campus HU Conventionnel – Rongeur (2016) 80% _ _

Activité

• 28 laboratoires utilisateurs • > 200 protocoles en cours • Participation aux actions de formation

initiale règlementaires dans le domaine de l’expérimentation animale et de formation continue proposées par la Faculté de Médecine et/ou le service formation de l’IP

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42

Animaleries

Les plateformes participantes

Reconnaissance

• Plateforme utilisée par la quasi-totalité des Unités de recherche SVS du site

• Participation aux réseaux nationaux spécialisés

Evolution

• Exploitation raisonnée du potentiel immobilier et de la capacité d’accueil associée

Points de vigilance

• Défaut de construction des locaux EOPS2 -> retard et activité limitée

• Ressources financières à dégager pour équiper PHExMAR

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Campus Hospitalo-Universitaire Campus Pasteur Cité scientifique

Statut sanitaire Conv. SPF SPF / SOPF SPF Conv.

Surface 1 000 m² 2 170 m² 1 600 m² 1 150 m²

Capacité d’hébergement (nb d’animaux) :

Souris 1 500 19 000 -> 54 000 36 000 -> 3 150 -

Rat 500 150 3500 -> 7140 -

Lapin 20 - - - -

Gerbilles 20 - 300 - -

Hamster - 300 - -

Porc 200 -> 400 - - - -

Mouton 30 - - - -

Xénope - - - - -> 360

Zebrafish - - - - -> 10 000

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43

Imagerie cellulaire – BioImaging Center Lille – BICeL

Les plateformes participantes

Microscopie photonique (+ AFM) Microscopie électronique Cytométrie et tri cellulaire

9,1 ETP (dont 8 affectés à l’UMS-US)

Savoir-faire et services

• Plateforme de services et collaborative

• Photonique : confocaux, multi-photons, vidéo-microscopie et à feuille de lumière

• Cytométrie, dont cytométrie spectrale et imagerie en flux

• Microscopie électronique en transmission et à balayage

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Fluo3-AM I. propidium TO-PRO-3ALIPX-102

Iodure de propidium

ALIPX-102

TO-PRO-3

Autofluorescence Fluo3-AM

Fluo3-AM I. propidium TO-PRO-3ALIPX-102Fluo3-AM I. propidium TO-PRO-3ALIPX-102

Iodure de propidium

ALIPX-102

TO-PRO-3

Autofluorescence Fluo3-AM

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44

Imagerie cellulaire – BioImaging Center Lille – BICeL

Les plateformes participantes

Activité

• 53 laboratoires utilisateurs • >400 identifiants individuels

• Enseignements (License, Master) • Organisation d’ateliers thématiques • Participation à des formations continues

proposées par les EPST

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Académique local 51%

Académique national

22%

Académique européen ou international

4%

Secteur privé 23%

Origine des laboratoires utilisateurs

0%

10%

20%

30%

40%

50%

60%

70%

80%

90%

Tau

x d

'acti

vit

é

Postes d’analyse :

723 h en cytométrie

4000 h en microscopie photonique

Cyto MP ME

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45

Imagerie cellulaire – BioImaging Center Lille – BICeL

Les plateformes participantes

Reconnaissance

• GIS IBiSA, Certification ISO 9001 v2008 (jusqu’en 2017)

• EquipEx ImagInEx BioMed

Evolution

• Imagerie de super-résolution

• Imagerie en flux

• Evolution dans un contexte de restructuration du paysage lillois de recherche

Point de vigilance

• Capacité de développement freinée par les faibles effectifs au regard du nombre d’équipements disponibles et de leur spécialisation

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

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46

Imagerie du vivant et fonctions

Les plateformes participantes

IRM 3T – Humain MicroIRM & MicroTEP-TDM – Rongeur Explorations fonctionnelles et comportementales

13,6 ETP (dont 12 affectés à l’UMS-US)

Savoir-faire et services

• Plateforme de services et collaborative

• Micro-IRM, Micro-TEP/TDM et exploration comportementale chez le Rongeur

• IRM 3T dédiée Recherche avec techniques avancées de traitement du signal

• Harmonisation des séquences avancées en IRM entre les plateaux Rongeur et Humain

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

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47

Imagerie du vivant et fonctions

Les plateformes participantes

Activité

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Académique local 70%

Académique national

10%

Secteur privé 20%

Origine des laboratoires utilisateurs

Plateau Equipements Nombre de

projets 2018

Temps (h)

ou nombre d’examens

Rongeur Comportement Souris (6 postes) 18 8185 h d'acquisition

Rongeur Comportement Rat (6 postes) 5 1395 h d'acquisition

Rongeur Micro-IRM 16 274 examens

Rongeur Micro-TEP 3 55 examens

Humain IRM - Projets Académiques 32 541 examens

Humain IRM - Cohortes 15 1500 examens

Humain IRM - Essai thérapeutiques 29 211 examens

Activité

• 10 laboratoires utilisateurs

• Encadrement de Masters et de

doctorants (not. Cifre)

• Participation aux actions de formations initiale et continue proposées par la Faculté de Médecine et/ou le service formation de l’IPL

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48

Imagerie du vivant et fonctions

Les plateformes participantes

Reconnaissance

• Pré-labélisation GIS-IBISA (2017)

• Fort ancrage local avec un développement de la visibilité nationale

Evolution

• Envisager les acquisitions d’une IRM 7T humaine dédiée à la recherche et d’une micro-IRM 11,7T Rongeur

• Poursuivre la spécialisation sur des développements méthodologiques permettant l’analyse des réseaux cérébraux, grâce à des outils d’intelligence artificielle

Point de vigilance

• Parc d’équipements vieillissant et coûts de jouvence particulièrement onéreux

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

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Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé Synthèse

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50

Synthèse

L’UMS-US lilloise des PF en Biologie et Santé :

Une offre de services diversifiés recouvrant les principales approches technologiques mises en œuvre dans les travaux de recherche en Biologie et/ou Santé

Des prestations ouvertes aux secteurs académique et industriel

Des plateformes de compétences

Des équipements innovants dont certains sont rares ou uniques en France

Des plateformes reconnues

• Localement : toutes les unités de recherche en SVS sont utilisatrices

• Nationalement, voire internationalement : 35 publications de développements technologiques ou méthodologiques, 35 projets collaboratifs, 4 labels GIS IBISA

et 2 participations à des infrastructures de recherche nationales

Des acteurs de formation à l’expertise recherchée

• 450 formations techniques et technologiques en 2018

• 15 cours en Master, 6 journées d’écoles doctorales

• 12 programmes nationaux de formation continue et 1 MOOC

• 12 thèses et 29 stagiaires depuis 2015

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

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51

L’UMS-US lilloise des PF en Biologie et Santé :

Synthèse

Points de vigilance

• Accroissement des dépenses liées

à la maintenance des équipements de plus en plus pointus

• Ressources financières et humaines limitées au regard du potentiel technologique

• Périmètre initial ne recouvrant pas l’intégralité des plateformes du site

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Evolutions et possibles adaptations

• Analyse des coûts complets et

adaptation progressive des tarifications, le cas échéant

• Détection et politique incitative

d’intégration de nouvelles plateformes

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52

L’UMS-US lilloise des PF en Biologie et Santé :

Synthèse

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Evolutions et possibles adaptations

• A court terme, nécessaire

renforcement des ressources pour répondre aux besoins liés à la production massive de données

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53

L’UMS-US lilloise des PF en Biologie et Santé :

Synthèse

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Evolutions et possibles adaptations

• A court terme, nécessaire

renforcement des ressources pour répondre aux besoins liés à la production massive de données

• Mise en place de solutions multi-

plateformes pour répondre aux besoins de la recherche

Métabolisme

et m. cardio-vasculaires Médicament

Biomatériaux

Inflammation,

Infection, Immunité

Neurosciences

Cancer

Chimie

Ecologie

Evolution

Biologie

structurale

Microélectronique

et nanotechnologies

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54

L’UMS-US lilloise des PF en Biologie et Santé :

Synthèse

Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé

7 mai 2019 – Sophie Crespin

Evolutions et possibles adaptations

• A court terme, nécessaire

renforcement des ressources pour répondre aux besoins liés à la production massive de données

• Mise en place de solutions multi-

plateformes pour répondre aux besoins de la recherche

• Veille spécifique pour accompagner le développement de technologies de rupture ou de méthodologies innovantes

Métabolisme

et m. cardio-vasculaires Médicament

Biomatériaux

Inflammation,

Infection, Immunité

Neurosciences

Cancer

Chimie

Microélectronique

et nanotechnologies

Ecologie

Evolution

Biologie

structurale

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Discussion