Département Océanographie et Dynamique des Écosystèmes Unité LITTORAL Laboratoire Environnement Ressources aquacoles du Languedoc Roussillon Avril 2015

Rapport d’activités 2014 Laboratoire Environnement Ressources du Languedoc Roussillon

Photo : Emmanuelle Roque, Etang de l’Arnel et Cathédrale de Maguelone

Rapport annuel 2014 du LER/LR 2

Rapport annuel 2014 du LER/LR 3

Fiche documentaire

Numéro d'identification du rapport : Diffusion : libre : þ restreinte : o interdite : o Validé par : René ROBERT - Responsable Unité LITTORAL Adresse électronique : littoral.dir@ifremer.fr

Date de publication : Nombre de pages : Bibliographie : Illustration(s) : Langue du rapport : Français

Titre de l’article : Rapport d’activités 2014 Contrat no Rapport intermédiaire o Rapport définitif þ Auteur(s) principal (aux) : Emmanuelle Roque d’Orbcastel Collaborateurs : Personnel du LER/LR

Organisme / Direction / Service, laboratoire IFREMER / Département Océanographie et Dynamique des Ecosystèmes / Unité LITTORAL / Laboratoire LER/LR

Destinataires : ODE/D, UL/D, Centre Méditerranée/Dir Internet

Contact : Ifremer, Avenue Jean Monnet – CS 30171 34203 Sète cedex

04.99.57.32.77 04.99.57.32.96 littoral.lerlr@ifremer.fr

Résumé Ce rapport présente les activités 2014 du Laboratoire, ses missions, les perspectives 2015 Mots-clés LER/LR, observation, recherche, écologie lagunaire, ressources conchylicoles

Rapport annuel 2014 du LER/LR 4

Sommaire du rapport 1. Introduction ................................................................................................. 5 2. LER/LR et UMR MARBEC ............................................................................... 6 3. Moyens et effectifs du LER/LR ...................................................................... 8 3.1 Effectifs ........................................................................................................ 8 3.2 Equipements et moyens matériels ............................................................. 10 3.3 Moyens financiers et humains affectés aux projets .................................... 10 4. Principaux résultats obtenus en 2014 ......................................................... 12 4.1 Observation de la qualité du milieu littoral et des ressources conchylicoles .. ................................................................................................................... 12 4.1.1 Réseau de Contrôle Microbiologique REMI .......................................... 12 4.1.2 Réseau d’observation du phytoplancton REPHY .................................. 13 4.1.3 Réseau d’Observation de la Contamination Chimique ROCCH ............. 16 4.1.4 DCE en lagunes .................................................................................... 16 4.1.5 DCSMM ................................................................................................ 17 4.1.6 RESCO .................................................................................................. 18 4.2 Etudes et projets de recherche ................................................................... 20 4.2.1 DEPART ................................................................................................ 20 4.2.2 MARES ................................................................................................. 20 4.2.3 PEPSEA ................................................................................................. 20 4.2.4 PRONAMED ......................................................................................... 21 4.2.5 RESCORDE ............................................................................................ 21 4.2.6 MORTAFLUX ........................................................................................ 21 5. Perspectives 2015 ....................................................................................... 22 6. ANNEXES .................................................................................................... 24 Annexe 1 : Production scientifique et technologique ........................................ 24 Annexe 2 : Formations données (total 199 h) .................................................... 29 Annexe 3 : Partenariats ..................................................................................... 30 Annexe 4 : Fonctions de représentation assurées dans les instances régionales, nationales, européennes ou internationales ..................................................... 31

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1. Introduction Au-delà du suivi de la qualité environnementale des masses d’eau côtières et lagunaires et des zones de productions conchylicoles (élevées et pêchées) du Languedoc Roussillon, le LER/LR développe des actions de recherche sur (1) l’impact des fluctuations environnementales naturelles ou anthropiques sur le fonctionnement des écosystèmes lagunaires, (2) sur les processus de restauration et de conciliation entre le bon état écologique de ces milieux et le maintien des usages, (3) sur le déterminisme de la reproduction et du cycle larvaire de l’huître creuse et (4) les interactions Aquaculture/Environnement en étudiant notamment les répercussions des phénomènes de mortalités sur le fonctionnement de l’écosystème lagunaire.

L'Unité LITTORAL est constituée de neuf Laboratoires Environnement Ressources (LER) et du Laboratoire thématique Phycotoxines (PHYC) répartis sur treize implantations différentes couvrant la totalité du littoral métropolitain. Les principales missions de ces laboratoires portent sur :

• l'observation du littoral (réseaux de surveillance et diagnostics de la qualité du milieu marin), • les recherches amont sur le phytoplancton toxique et phycotoxines associées, l'étude des

écosystèmes littoraux et conchylicoles, • les études régionales intégrées (interaction littoral – bassin versant) dans une vision nationale

et européenne, • le suivi de la qualité des produits de l’aquaculture dans le milieu naturel, • la réalisation d'expertises, l'émission d'avis à l'attention des services déconcentrés de l'État, • la valorisation et le transfert des connaissances.

Les LER mettent en œuvre et optimisent, pour les zones géographiques de leur responsabilité, les réseaux de surveillance du milieu et de la ressource : REMI, REPHY, ROCCH, REPAMO, RESCO, MYTILOBS, REBENT. Ils collaborent aux nouveaux besoins exprimés par la DCE et la DCSMM. Ils opèrent des réseaux régionaux contractualisés sur des zones jugées localement plus prioritaires. Ils complètent et renforcent les réseaux d’observation pour la compréhension du fonctionnement des écosystèmes littoraux, la validation et la construction de modèles. Ces dix laboratoires sont engagés dans une démarche Assurance Qualité au niveau de l’ensemble des réseaux existants, avec les procédures d’obtention des accréditations COFRAC conformes aux objectifs qualité de l’Ifremer. La surveillance est basée sur un échantillonnage régulier et des analyses réalisées selon des protocoles qualité. Les données obtenues enrichissent la base Quadrige² de l’Ifremer. La valorisation des données et le transfert des connaissances sont assurés par des publications, des rapports et des

bulletins de synthèse. Elles sont ainsi à la disposition de la communauté scientifique, des services de l’Etat, des collectivités, des pêcheurs et conchyliculteurs et du grand public. Les LER sont les interlocuteurs privilégiés des gestionnaires des zones côtières pour les accompagner dans la définition de stratégies de suivi de la qualité des eaux littorales, de soutien aux filières économiques, de protection des habitats et des ressources. La compétence géographique des LER porte sur les départements côtiers métropolitains les plus proches de leur(s) implantation(s). Chaque LER est dirigé par un chef de laboratoire assisté d’un ou deux adjoint(s) qui assure(nt) la continuité de la décision et du service. L'effectif était de 160 personnes CDI début 2015 (Fig. 1).

Directeur de l’unité Littoral : René Robert (2014), Secrétariat : Marie-Pierre Le Bris-Ménard ODE/UL, Ifremer - Centre de Brest, Technopôle de Brest-Iroise, CS 10070, 29280 Plouzané.

02 98 22 44 66 littoral.dir@ifremer.fr

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2. LER/LR et UMR MARBEC Mots clés : écosystèmes lagunaires, conchyliculture, observation, contaminants, impacts, benthos, microbiologie, phycotoxines, phytoplancton, chimie des nutriments, aide à la gestion

Les côtes méditerranéennes et notamment le Languedoc Roussillon abritent des écosystèmes lagunaires, spécifiques, particulièrement productifs, qui représentent 40 000 ha de superficie et près de la moitié du linéaire côtier. Ces écosystèmes lagunaires, d’intérêt économique, sociétal et environnemental, sont particulièrement sensibles du fait de leurs interactions fortes avec le bassin versant et de la pression démographique croissante en périphérie de ces zones. L’anthropisation des milieux est à l’origine de dysfonctionnements majeurs tels que l’eutrophisation, la dystrophie, et des contaminations diverses. La conchyliculture est une des activités économiques clef de ces écosystèmes, directement dépendante de la productivité et de la qualité du milieu environnant ; la conchyliculture régionale représente 10 % de la production nationale, et Thau 90 % de la production régionale. La pêche aux petits métiers y est plus ou moins développée selon les lagunes. L’écosystème lagunaire est au centre des projets menés par le LER/LR ; outre son intérêt pour la compréhension des problématiques régionales, ce modèle est transposable dans d’autres pays présentant des écosystèmes similaires (Portugal, Espagne, Italie, pays du Maghreb...) et au niveau mondial sous d’autres latitudes (Saint Pierre et Miquelon, par exemple).

Le Laboratoire Environnement Ressources aquacoles du Languedoc Roussillon (LER/LR) étudie l’impact des fluctuations environnementales naturelles ou anthropiques sur le fonctionnement des écosystèmes lagunaires et le cas échéant des ressources conchylicoles exploitées. Les travaux développés sur le fonctionnement des lagunes et le développement durable de la conchyliculture s’articulent autour de quatre axes :

§ caractérisation des fluctuations environnementales et transferts de matière entre les compartiments,

§ étude de l’impact de ces fluctuations environnementales sur la productivité des milieux et sur la physiologie des populations conchylicoles exploitées,

§ étude des processus de restauration des écosystèmes dans le but de concilier biodiversité et maintien des usages dans un contexte de changement global,

§ développement d’outils pour l’observation environnementale et l’aide à la gestion.

Le LER/LR mène ainsi des activités de recherche et d’observation de la zone littorale du Languedoc Roussillon, permettant d’apporter des éléments de réponse aux problématiques rencontrées par les acteurs économiques (conchyliculteurs, pêcheurs aux petits métiers, Région…), les administrations et les gestionnaires (gestionnaires des lagunes, Agence de l’eau,…) ainsi qu’une aide à la gestion (expertise et outils) sur les aspects environnementaux.

En termes d’observation, le LER/LR a la responsabilité du suivi des masses d’eau côtières et lagunaires et des zones de productions conchylicoles (moules, huîtres, tellines et palourdes) depuis la frontière espagnole jusque la petite Camargue (départements 30, 34, 11 et 66). Cela se traduit par la mise en œuvre des réseaux ROCCH (réseau d’observation de la contamination chimique du milieu marin), REMI (réseau de contrôle microbiologique des zones de production), REPHY (réseau de surveillance du phytoplancton et des phycotoxines), RESCO (réseau conchylicole), REPAMO (réseau de suivi des pathologies des mollusques), VELYGER (écologie larvaire). L’ensemble de ces réseaux permettent de répondre aux besoins des directives européennes (Directive Cadre sur l’Eau et Paquet Hygiène) ou à ceux de la recherche. Le LER/LR est responsable de la qualité des prélèvements, des analyses ainsi que de la transmission des données de l’Ifremer aux clients, soit internes (coordonnateurs nationaux des réseaux et autres LER) soit externes (services de l’Etat, Agence de l’Eau).

Un site présente les LER méditerranéens : Uhttp://wwz.ifremer.fr/mediterranee/environnementUH.

Dans le cadre de la restructuration des équipes scientifiques de la Région, le LER/LR a intégré en janvier 2015 l’Unité Mixte de Recherche (UMR) MARBEC, MARine Biodiversity, Exploitation and

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Conservation, dont les autorités de tutelle sont l’IRD, l’Ifremer, l’Université de Montpellier et le CNRS (http://www.umr-marbec.fr/fr/). MARBEC est l’un des plus importants laboratoires travaillant sur la biodiversité marine et ses usages en France avec environ 230 agents, dont 80 chercheurs et enseignants-chercheurs. L’unité est implantée à Sète, Montpellier et Palavas-les-Flots, ainsi que dans l’océan Indien, en Asie, en Afrique et en Amérique du Sud. Elle étudie la biodiversité marine des écosystèmes lagunaires, côtiers et hauturiers, principalement méditerranéens et tropicaux. Ses recherches portent sur différents niveaux d’intégration, des aspects moléculaires, individuels, populationnels et communautaires, aux usages de cette biodiversité par l’Homme.

Tels que précisé dans les huit thèmes scientifiques (Fig. 2), MARBEC a pour objectifs de développer des travaux pour :

§ décrire la biodiversité marine, comprendre sa dynamique et le fonctionnement des écosystèmes marins ;

§ analyser l’impact des pressions anthropiques sur ces écosystèmes et développer des scénarios de réponse au changement global ;

§ concilier exploitation (en particulier pêche et aquaculture) et conservation et répondre aux attentes sociétales (expertise, innovation, remédiation).

Figure 2. Thèmes de recherche (responsables /suppléants

- écologie évolutive et adaptation (JD. Durand / D. McKenzie) - individus, populations et habitats (N. Bez /C. Saraux) - fonctionnement et dynamiques des communautés (D. Mouillot /Y. Shin) - micro-organismes; interactions avec les macro-organismes (D. Bonnet /S. Villeger) - contaminants : devenir et réponses (C. Leboulanger / JH. Lignot) - aquacultures durables (E. Roque d’Orbcastel / E. Fouilland) - systèmes littoraux d’usages multiples (R. De Wit / V. Ouisse) - approche écosystémique des pêches (T. Rouyer/S. Bonhommeau)

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3. Moyens et effectifs du LER/LR

3.1 Effectifs

Tableau 1 : personnel en CDI au LER/LR (10 techniciens et 9 cadres, 18,64 ETP)

10 techniciens (9,82) Responsabilités / Thématiques Age

Tom BERTEAUX (1) RT suppléant phycotoxines DSP et PSP, Responsable du plateau technique de Sète pour Marbec / Phycotoxines 27 ans

Claude CHIANTELLA (1) Correspondant REPHY et RT suppléant phycotoxines PSP / Phytoplancton, PSP, hydrologie 58 ans

Anaïs CROTTIER (1) RT Microbiologie -Correspondante Quadrige / Microbiologiste 31 ans Martine FORTUNE (1) RT Chimie nutriments / Chimie 60 ans

Jean Louis GUILLOU (1) Terrain, hydrologie, archiviste 59 ans Geneviève GUILLOUET (1) Administrative 57 ans

Patrik LE GALL (0,91) Correspondant REPAMO et VELYGER / Conchyliculture 51 ans Danièle MARTIN (1) Secrétaire 49 ans

Gregory MESSIAEN (1) Resp. métrologie, Correspondant hydrologie, Responsable du plateau technique de Sète / Chimie et hydrologie 35 ans

Jocelyne OHEIX (0,91) Ecologie benthique, macrophytes 53 ans

9 cadres (8,82 ETP) Responsabilités / Thématiques Age

Eric ABADIE (1) RT phycotoxines / Phytoplancton 50 ans

Valérie DEROLEZ (0,91) Adjointe, Responsable du pôle observation de l’UMR MARBEC/ Ecologie lagunaire 36 ans

Annie FIANDRINO (1) Ecologie lagunaire et modélisation 49 ans

Franck LAGARDE (1) Adjoint / Conchyliculture et écologie 38 ans

Serge MORTREUX (1) Correspondant RESCO / Conchyliculture 57 ans Dominique MUNARON (0,91) RT suppléant chimie nutriments / Chimie 38 ans

Vincent OUISSE (1) Co-Responsable du Thème SLUM pour MARBEC Ecologie benthique 30 ans

Marion RICHARD (1) Conchyliculture et écologie 37 ans

Emmanuelle ROQUE d’ORBCASTEL (1) Responsable de laboratoire et du thème aquacultures durables de l’UMR MARBEC / Aquaculture 36 ans

Tableau 2: Personnel en CDD en 2014 (hors post-doc)

Nom Nature Qualité Période Durée

Antoine BAEHR Correspondant REMI, ROCCH, Responsable qualité et métrologie Cadre de recherche 20/10/14

17/04/16 3,5 mois en 2014

Margaux DENAMIEL CDD aquacole Technicien 03/11/14 31/12/14 2 mois

Thibault DINET CDD REPHY Technicien 18/11/13 19/01/15

12 mois en 2014

Delphine GRANGER (0,5) CDD REPHY Technicienne 01/06/12

31/05/14 2,5 mois en 2014

Slem MEDDAH CDD PRONAMED Technicien 01/07/14 01/12/14 5 mois

Loïc MOLINA CDD chimiste Technicien 10/11/14 31/12/14 2 mois

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Tableau 3 : évolution des effectifs en 2014

Nom départ arrivée raison du mouvement compétence(s)

Antoni CARRERAS 2012 Congé sans solde Technicien phytoplancton

Marion RICHARD 2014 Chercheur sur les écosystèmes exploités par la conchyliculture

Mathilde ROUSSELET 2014 démission Adjointe, responsable réseaux et responsable qualité

Le tableau 4 synthétise la répartition en Equivalent Temps Plein entre le personnel permanent et non permanent et les différentes catégories.

Tableau 4 : répartition en Equivalent Temps Plein entre le personnel permanent et non permanent et les différentes catégories

Personnel permanent Scientifique et technologique - animation scientifique et technique - chercheurs - ingénieurs recherche et développement Soutien à la recherche - ingénieur - technicien Fonctions support - gestionnaire - direction

0,5 3,9 2,9 1 6,8 1 1,5

Personnel non permanent - CDD - Doctorants (dont étrangers) - Post-doctorants (dont étrangers) - Chercheurs étrangers invités

3,22 0,16 0,91 0,05

* présents à la date du rapport Enfin, le tableau 5 présente les étudiants et étrangers accueillis au LER/LR en 2014 :

Tableau 5 : étudiants et étrangers accueillis au LER/LR en 2014

Nom Nature et sujet Encadrement Période

Lucas BERARD Contrat de professionnalisation - IUT chimie des nutriments M FORTUNE/

D. MUNARON

02/09/14 31/08/15

Inès LE FUR Doctorat sur le « Rôle des MAcrophytes dans la REStauration des milieux lagunaires : successions écologiques » (MARES 2,

cofinancement AERMC, Ifremer)

V.OUISSE 2014-2017

Daniela Lo MONACO

Cadre biologiste - épidémiologiste de l’Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Sicilia

13 au 23/05/2014

Alexia MUGUET

MASTER 2 (UPMC )sur l’« Effet des facteurs physico-chimiques sur la croissance et la production de pinnatoxine G chez le

dinoflagellé Vulcanodinium rugosum se développant dans la lagune méditerranéenne d’Ingril »

E. ABADIE 27/01 – 25/07/14

Carole PERRON MASTER 2 (Université La rochelle) sur la « distribution potentielle des herbiers à zostera noltii en milieu lagunaire »

V. OUISSE 27/01- 25/07/14

Martin UBERTINI

Post doctorat PRONAMED (cofinancement Région, Ifremer, France Agrimer) sur le « Déterminisme du recrutement larvaire de l'huître creuse Crassostrea gigas en Méditerranée : cas de la

lagune de Thau »

E. ROQUE /A. FIANDRINO

10/06/13 09/12/14

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3.2 Equipements et moyens matériels Le LER/LR possède une plateforme analytique composée de plateaux techniques, dont certains sont accrédités COFRAC (n° accréditation 1-1655 – portée disponible sur www.cofrac.fr :

- microbiologie : dénombrement des Escherichia coli (NF V08-106 et ISO/TS 16649-3) - phycotoxines : dosage des toxines paralysantes et lipophiles dans les coquillages - chimie des nutriments dans les eaux marines et saumâtres (Aminot & Kérouel, 2007)

Le LER/LR dispose également d’autres plateaux techniques : - observation microscopique du phytoplancton - observation macroscopiques des macrophytes - autres phycotoxines (palytoxines et pinnatoxines) - histologie et biométrie, - hydrologie et instrumentation océanographique - biochimie

Le montant de l’investissement 2014, de 42 000 €, a été utilisé pour l’acquisition de :

§ Système d’exondation pour la table ostréicole expérimentale de la lagune de Thau § Matériel de laboratoire (hotte, titrateur, loupe binoculaire) § Matériel de terrain (sondes multiparamètres)

3.3 Moyens financiers et humains affectés aux projets La répartition des recettes de 2014 est la suivante :

• MARES 1 et 2 (financement AERMC) : 21 000 € + 89 400 €, Coordination LER/LR (V. Ouisse). • Analyse du lien entre pressions et impacts vis-à-vis de la DCE dans les lagunes (financement

AERMC) : 25 200 €. Coordination LER/LR (V. Derolez). • OLIGO MESO (financement ONEMA ) : 42 000 €.Coordination LER/LR (V. Derolez). • OBSLAG (financement AERMC) : 150 000 €.Coordination LER/LR (V. Derolez). • MORTAFLUX (financement DS) : 15 000 €.Coordination LER/LR (M. Richard) et EC2CO • PRONAMED (Financement France Agrimer, Région LR) : 99 140 € Coordination LER/LR (F.

Lagarde) • DEPART (Financement EC2CO/ AERMC) : 41 074 € Coordination LER/LR (V. Ouisse) • MICROTOXEM (Financement AERMC) : 8 600 € Coordination LER/LR (E. Abadie) • OGAMELAG (Financement AERMC) : 70 000 €. Coordination LER/LR (A. Fiandrino) • AQUASPACE “Ecosystem Approach to making Space for Aquaculture »: H2020. Coordination

SAMS (K. Black), partenariat Ifremer DYNECO (C. Bacher), L3AS Palavas et LER/LR (E. ROQUE)

La distribution des heures par projet du 1/1/2014 au 31/12/2014 est présentée page suivante :

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Projets Code Nombre heures

OBSERVATION, SURVEILLANCE, APPUI AUX POLITIQUES PUBLIQUES REPHY-Surveillance du phytoplancton, des phycotoxines et des paramètres physico-chimiques associés PJ0501 4407

REPHY-Surveillance du phytoplancton, des phycotoxines et des paramètres physico-chimiques associés - RSL PJ0501 1344 Harmonisation de la surveillance hydrologique PJ0501 204

REMI-Surveillance microbiologique PJ0502 2431 ROCCH-Surveillance de la contamination chimique PJ0503 305

MEDPOL PJ0503 44 RINBIO PJ0503 6

REBENT-Surveillance des peuplements benthiques PJ0504 181 Surveillance environnementale en soutien aux autorités publiques (SESAP) et travaux associés

Coordination DCE PJ0506 441

Surveillance environnementale en soutien aux autorités publiques (SESAP) et travaux associés Métrologie laboratoire 17025 PJ0506 509

Surveillance environnementale en soutien aux autorités publiques (SESAP) et travaux associés Qualité laboratoire 17025 PJ0506 1618

Surveillance environnementale en soutien aux autorités publiques (SESAP) et travaux associés Aquaref – échantillonneurs passifs PJ0506 68

Surveillance environnementale en soutien aux autorités publiques (SESAP) et travaux associés Avis, expertises, études locales

PJ0506 85

Systèmes d'information et de valorisation de la surveillance PJ0507 11 Nouvelles technologies pour la surveillance PJ0508 29

Devenir et effets des contaminants chimiques en provenance des bassins versants IMPACT PJ0511 16 Observations, analyse et prévision des performances conchylicoles - Observatoire conchylicole PJ 0701 928

Observations, analyse et prévision des performances conchylicoles VELYGER PJ0701 990 Observations, analyse et prévision des performances conchylicoles REPAMO PJ0701 54

ETUDES ET PROJETS RECHERCHE Observation, PRévision et Analyse de l'Ecosystème Méditerranéen - OPRAEM PEPSEA PJ0512 158

Observation, PRévision et Analyse de l'Ecosystème Méditerranéen - OPRAEM STELLAMARE PJ0512 1050 RisAlTox - ACCUTOX PJ0517 20

RisAlTox - pinnatoxines PJ0517 155 Lagune - PRONAMED PJ0519 4515

Lagune- DEPART PJ0519 1015 Lagune - MICROPALOURDE PJ0519 127

Lagune – OLIGOMESO PJ0519 294 Lagune - OBSLAG PJ0519 3292

Lagune - SYNTHESE LAGUNES PJ0519 252 Lagune - MORTAFLUX PJ0519 115

Lagune – MARES 2 PJ0519 204 Lagune- DISTRIBUTION DES MACROPHYTES PJ0519 1359

Processus individuels et adaptation des organismes marins à l'environnement (progres) RECONSOLE PJ0605 42 Sécurisation et obtention de juvéniles de qualité ANR GIGASSAT PJ0704 59

Approche écoystémique - ORAQUA PJ0706 179 Contaminations microbiologiques et usages littoraux OMEGATHAU PJ0901 95

Diversité algale, algues toxiques et eutrophisation LAGUNALTOX PJ0902 1506 Intégration et médiation des connaissances pour la gouvernance des socio-écosystèmes côtiers VALMER PJ1104 20

MANAGEMENT ET FONCTIONNEMENT DE BASE Préparation des réponses aux appels PJ0005 578

Fonctionnement de base de l'unité LER PJ0514 2361 Hygiène, sécurité et conditions de travail PJ4104 141

Moyens nautiques côtiers PJ4106 66 Moyens scientifiques et techniques PJ4202 78

Archives ouvertes PJ4404 167 Management : Coordination, gestion administrative et financière, réunions de service, animation rése

PJ4406 136 Prospective et stratégie scientifique PJ5001 16

Politique scientifique PJ5002 279 Formation PJ5102 3321

Coordination-animation DAEI PJ5003 5 Politique de valorisation PJ5009 155

Gestion des carrières PJ5102 101 Relations sociales PJ5103 194

Administration générale PJ5107 47 Animation/coordination département RBE PJ9901 20

TOTAL 35794

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4. Principaux résultats obtenus en 2014

4.1 Observation de la qualité du milieu littoral et des ressources conchylicoles

Chaque année, un rapport intitulé « Qualité du Milieu Marin Littoral, Bulletin de la surveillance 2014, Laboratoire Environnement Ressources du Languedoc Roussillon, Départements du Gard, de l’Hérault, de l’Aude et des Pyrénées Orientales » présente la synthèse et l’analyse des données collectées par les réseaux pour les différentes régions côtières. Des représentations graphiques homogènes pour tout le littoral français, assorties de commentaires, donnent des indications sur les niveaux et les tendances des paramètres mesurés dans le cadre des réseaux REMI, REPHY, ROCCH, DCE, DCSMM, RESCO. Ces documents sont téléchargeables sur Internet: http://envlit.ifremer.fr/documents/bulletins/regionaux_de_la_surveillance

4.1.1 Réseau de Contrôle Microbiologique REMI Le REMI a pour objectif de surveiller les zones de production de coquillages exploitées par les professionnels, et classées A, B ou C par l'administration. Sur la base du dénombrement des Escherichia coli dans les coquillages vivants, le REMI permet d'évaluer les niveaux de contamination microbiologique dans les coquillages et de suivre leurs évolutions, de détecter et suivre les épisodes de contamination. Il est organisé en deux volets :

1/ la surveillance régulière, pour laquelle un échantillonnage mensuel, bimestriel ou adapté (exploitation saisonnière) est mis en œuvre sur les points de suivi. Les analyses sont réalisées suivant les méthodes NF/V08-106F1F ou ISO/TS 16649-3F2F. Les données de surveillance régulière permettent d'estimer la qualité microbiologique de la zone. Le traitement des données acquises sur les dix dernières années permet de suivre l'évolution des niveaux de contamination.

2/ la surveillance en alerte, avec trois niveaux d'alerte définis correspondant à un état de contamination : Niveau 0 : risque de contamination (pluviométrie, dysfonctionnement du réseau…), Niveau 1 : contamination détectée et Niveau 2 : contamination persistante. Le seuil microbiologique déclenchant une surveillance renforcée est défini pour chaque classe de qualité (classe A : 230 Escherichia coli /100 g de CLI ; classe B : 4 600 E. coli /100 g de CLI ; classe C : 46 000 E. coli /100 g de CLI).

En 2014, dans le cadre du REMI, 47 points ont été échantillonnés en région Languedoc Roussillon. Les prélèvements sont réalisés par l’équipe du LER/LR dans les zones d’élevage de Leucate et Thau, par des professionnels sur les lotissements localisés en mer ainsi que dans la lagune du Prévost et par la société « P2A Développement » sur les gisements naturels de coquillages du littoral. Le volume analytique correspondant à ce suivi a été de 735 analyses réalisées par le LER/LR et 66 analyses ont été sous-traitées3. L’évaluation de la qualité des zones de production réalisée en 2014 (à partir des résultats de 2013) a révélé que 15 % des points présentaient une tendance significative à l’amélioration de la qualité microbiologique et 4 % une tendance significative à la dégradation sur la période 2004-2013. Pour les autres points cette tendance n’a pu être évaluée ou n’était pas significative.

1 Norme NF V 08-106 - octobre 2010. Microbiologie des aliments - Dénombrement des Escherichia colidans les coquillages vivants - Technique indirecte par impédancemétrie directe. 2 Norme XP ISO/TS 16 649-3 - décembre 2005. Microbiologie des aliments - Méthode horizontale pour le dénombrement des Escherichia colibeta-glucuronidase-positive - Partie 3 : technique du nombre le plus probable utilisant bromo-5-chloro-4-indolyl-3 beta-D-glucuronate 3 Rousselet Mathilde (2014). Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole - Départements de l'Hérault et du Gard - Edition 2014. http://archimer.ifremer.fr/doc/00218/32901/ Rousselet Mathilde (2014). Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole - Départements de l'Aude et des Pyrénées-Orientales - Edition 2014. http://archimer.ifremer.fr/doc/00218/32902/

Rapport annuel 2014 du LER/LR 13

Un seul point possède une qualité4 estimée « bonne » sur les trois dernières années (moules de l’« Etang de l’Angle »). Ce chiffre montre la présence ponctuelle de contaminations microbiologiques sur l’ensemble des lagunes et du littoral du Languedoc Roussillon. Trois des quatre filières en mer sont soumises elles aussi ponctuellement à des épisodes de contamination et possèdent une qualité « moyenne ». Sur les 42 autres points de suivi, la moitié environ a une qualité microbiologique estimée « moyenne » et une dizaine possède une qualité « mauvaise » voir « très mauvaise ». Au niveau de la lagune de Leucate, les profils de contamination des zones d’élevage sont comparables aux années précédentes et de qualité moyenne. Sur la lagune de Thau, la tendance est à l’amélioration pour la plupart des points de suivi situés dans les zones d’élevage. L’analyse montre que les coquillages filtreurs (moules, huitres) présentent des profils de contamination moins dégradés que les coquillages fouisseurs comme les palourdes.

Une étude de zone finalisée en novembre 2014 a permis d’étudier la qualité microbiologique au niveau des zones n°34.03 et 34.04 - zone d'étude "Ile du Brescou et bande littorale du Cap d'Agde"par deux points « moules » (gisements naturels). Le rapport de cette étude sanitaire est disponible sur le site web Archimer, au lien suivant : http://archimer.ifremer.fr/doc/00251/36256/. Les données du REMI sont disponibles en ligne sur http://envlit.ifremer.fr/ Un inventaire cartographique est disponible sur http://envlit.ifremer.fr/resultats/surval

4.1.2 Réseau d’observation du phytoplancton REPHY

Le REPHY a pour objectifs (1) d'observer l'ensemble des espèces phytoplanctoniques des eaux côtières, de recenser les événements tels que les eaux colorées, les efflorescences exceptionnelles et les proliférations d'espèces toxiques ou nuisibles pour la faune marine, (2) de surveiller plus particulièrement les espèces produisant des toxines dangereuses pour les consommateurs de coquillages. Ces objectifs sont complémentaires, puisque la surveillance régulière de l'ensemble des espèces phytoplanctoniques permet la détection des espèces toxiques et nuisibles connues, mais également d'espèces potentiellement toxiques. C'est la présence de ces espèces toxiques dans l'eau qui déclenche la surveillance des toxines dans les coquillages.

Concernant les espèces phytoplanctoniques toxiques, les suivis effectués en Région Languedoc Roussillon en 2014 sur les 21 points REPHY, à fréquence hebdomadaire à bimensuelle, ont permis de mettre en évidence la présence de Dinophysis dans les échantillons d’eau et de toxines lipophiles dans les coquillages de manière récurrente dans la lagune de Salses-Leucate, avec des dépassements des seuils de toxicité au niveau des points Parc Leucate 2 et Salses Leucate de janvier à juin ainsi qu’en décembre. Le risque lié aux toxines lipophiles a également été confirmé sur Thau avec un dépassement du seuil de toxicité en juin/juillet. Les toxines lipophiles ont également été détectées dans les échantillons de coquillages de plusieurs points: Espiguette et Grand Travers Ouest (juin/juillet, un dépassement du seuil sur Espiguette) ; Marseillan Plage est (en fin d’année). Enfin, sur Ingril sud un dépassement du seuil de toxines lipophiles a été mesuré dans les coquillages en novembre/décembre.

Le LER/LR échantillonne cinq points sur lesquels des listes floristiques complètes sont réalisées tous les quinze jours. Ces points sont positionnés dans les lagunes de Thau (Bouzigues a, Marseillan a), de Leucate (Parc Leucate 2) et en mer sur la côte languedocienne (Sète mer) et audoise (Barcarès).

Sur Thau, le point Bouzigues a montré en 2014 des biomasses et abondances phytoplanctoniques toujours proches de la moyenne 2010-2013. Les abondances sont plus élevées entre juin et septembre. Cette saisonnalité n’est pas aussi nette pour les biomasses. La classe prépondérante est celle des Bacillariophyceae, dominée par Chaetoceros au printemps et en été

4 Qualité bonne : 100 % des résultats sont inférieurs ou égaux à 230 E.coli/100 g CLI ; Qualité moyenne : au moins 90 % des résultats sont inférieurs ou égaux à 4 600 E.coli/100 g CLI et 100 % des résultats sont inférieurs ou égaux à 46 000 E.coli/100 g CLI; Qualité mauvaise : 100 % des résultats sont inférieurs ou égaux à 46 000 E.coli/100 g CLI ; Qualité très mauvaise : dès qu’un résultat dépasse 46 000 E.coli/100 g CLI. L’estimation de la qualité nécessite de disposer de données en quantité suffisante sur la période (24 pour les lieux suivis à fréquence mensuelle ou adaptée, 12 pour les lieux suivis à fréquence bimestrielle).

Rapport annuel 2014 du LER/LR 14

(>1 000 000 cell/l en juin et juillet). On note également un bloom de Skeletonema en janvier (600 000 cell/l) et de Cylindrotheca en été.

Sur Marseillan, les biomasses et abondances phytoplanctoniques sont proches des valeurs moyennes de 2010-2013. Les biomasses et abondances les plus fortes correspondent aux mois de janvier, fin juin/début juillet ainsi qu’au début du mois d’octobre. Ces résultats sont concordants avec la répartition temporelle des Bacillariophyceae (classe dominante) : on observe un bloom de Skeletonema en janvier(700 000 cell/l), une forte présence de Rhizosolenia fin juin (100 000 cell/l), et de Chaetoceros en juillet (120 000 à 387 000 cell/l).

Au point Sète mer, l’abondance et la biomasse phytoplanctoniques ont été relativement basses par rapport aux autres années (2010-2013) en janvier, fin juillet ainsi qu’au mois de décembre. A l’inverse, des valeurs particulièrement hautes ont été relevées fin mai / début juin (fortes abondances de Chaetoceros + Pseudo-nitzschia) ainsi qu’au mois d’octobre (Chaetoceros). Les taxons dominants en 2014 appartiennent à la classe des Bacillariophyceae, avec une prédominance de Chaetoceros toute l’année (4 600 000 cell/l en juin) et de Pseudo-nitzschia au printemps (jusqu’à 1 500 000 cell/l).

Biom asse et abondanceAnnées 2010-2013Chlorophylle a 2014

Taxons dom inants par classe (cellules/L)

Résultats REPHY104-P-001 Etang de Thau / Bouzigues (a)

0123456789

µg/L

Mill

ier d

e ce

llule

s/L

Abondance2014

1

10

100

1 000

10 000

J F M A M J J A S O N D

<1 0001 000-10 00010 000-100 000

100 000-1 000 000 >1 000 000

LeptocylindrusSkeletonema

Pseudo-nitzschiaCylindrothecaChaetoceros

Bacillariophyceae

AlexandriumDinophysis

Gymnodinium + Gyro.Scrippsiella +

ProrocentraceaeDinophyceae

Jan-Mar Av r-Jun Jul-Sep Oct-Dec

Dictyocha

Hermesinum

Ebriaceae

Euglenales

Autres

Source REPHY-Ifremer, banque Quadrige²

Biomasse et abondanceAnnées 2010-2013Chlorophylle a 2014

Taxons dominants par classe (cellules/L)

Résultats REPHY104-P-002 Etang de Thau / Marseillan (a)

0

1

2

3

4

5

µg/L

Mill

ier d

e ce

llule

s/L

Abondance2014

1

10

100

1 000

10 000

J F M A M J J A S O N D

<1 0001 000-10 00010 000-100 000

100 000-1 000 000 >1 000 000

Rhizosolenia +Pseudo-nitzschia

CylindrothecaSkeletonemaChaetoceros

Bacillariophyceae

DinophysisProtoperidinium +

Scrippsiella +Gymnodinium + Gyro.

ProrocentraceaeDinophyceae

Jan-Mar Av r-Jun Jul-Sep Oct-Dec

Ebriaceae

Eutreptiales

Hermesinum

Euglenales

Autres

Source REPHY-Ifremer, banque Quadrige²

Rapport annuel 2014 du LER/LR 15

Le point « Parc Leucate 2 » s’est caractérisé en 2014 par des biomasses phytoplanctoniques proches de la moyenne 2010-2013. Les abondances sont également restées dans la moyenne des autres années, exceptées en mars et juillet (faibles) ainsi qu’en septembre (fortes). Le principal taxon a été Chaetoceros, en forte quantité début septembre (214 000 et 338 000 cell/l).

Barcares s’est caractérisé en 2014 par des abondances et biomasses similaires à celles des années précédentes sauf lors des mois d’octobre et de novembre (valeurs plus importantes). Les Bacillariophyceae sont prépondérantes, avec une domination de Chaetoceros toute l’année, plus marquée en février (201 à 315 000 cell/l) et mai (494 000 cell/l), mais également une présence marquée de Leptocylindrus fin mai (206000 cell/l), et de Skeletonema en été (216 000 cell/l).

Les données sont sur http://envlit.ifremer.fr/surveillance/phytoplancton_phycotoxines/publications Et en particulier * les données REPHY sur surval http://envlit.ifremer.fr/resultats/surval * les bulletins sanitaires sur http://envlit.ifremer.fr/infos/rephy_info_toxines * des guides d'information sur les trois familles de phycotoxines

Biomasse et abondanceAnnées 2010-2013Chlorophylle a 2014

Taxons dominants par classe (cellules/L)

Résultats REPHY102-P-007 Côte languedocienne / Sète mer

0

1

2

3

4

µg/L

Mill

ier d

e ce

llule

s/L

Abondance2014

1

10

100

1 000

10 000

J F M A M J J A S O N D

<1 0001 000-10 00010 000-100 000

100 000-1 000 000 >1 000 000

Thalassionema +Skeletonema

Pseudo-nitzschiaLeptocylindrus

ChaetocerosBacillariophyceae

GymnodinialesProtoperidinium +Prorocentraceae

Gymnodinium + Gyro.Scrippsiella +

Dinophyceae

Jan-Mar Av r-Jun Jul-Sep Oct-Dec

Dictyocha

Autres

Source REPHY-Ifremer, banque Quadrige²

Biom asse et abondanceAnnées 2010-2013Chlorophylle a 2014

Taxons dominants par classe (cellules/L)

Résultats REPHY097-P-002 Etang de Salses-Leucate / Parc Leucate 2

0

5

10

15

20

25

30

35

µg/L

Mill

ier d

e ce

llule

s/L

Abondance2014

1

10

100

1 000

10 000

J F M A M J J A S O N D

<1 0001 000-10 00010 000-100 000

100 000-1 000 000 >1 000 000

Pseudo-nitzschiaSkeletonema

Nitzschia + Hantz.Cocconeis

ChaetocerosBacillariophyceae

Protoperidinium +Dinophysis

Scrippsiella +Gymnodinium + Gyro.

ProrocentraceaeDinophyceae

Jan-Mar Av r-Jun Jul-Sep Oct-Dec

Ebriaceae

Autres

Source REPHY-Ifremer, banque Quadrige²

Rapport annuel 2014 du LER/LR 16

4.1.3 Réseau d’Observation de la Contamination Chimique ROCCH Le principal outil de connaissance des niveaux de contamination chimique du littoral était le suivi RNO mené depuis 1979 par Ifremer, devenu ROCCH en 2008. Les mollusques bivalves (moules, tellines, palourdes), par leur propriété de bioaccumulation, sont utilisées comme indicateurs quantitatifs de la contamination du milieu où ils vivent (métaux, contaminants organiques hydrophobes). Jusqu'en 2007 inclus, le RNO a mesuré les métaux (Ag, Cd, Cr, Cu, Hg, Ni, Pb, V, Zn), les hydrocarbures polyaromatiques (HAP), les PCB, le lindane et les résidus de DDT. Depuis sa restructuration en 2008, intégrant la mise en œuvre de la DCE, la surveillance des contaminants chimiques dans le cadre du ROCCH est décentralisée auprès des agences de l'eau, et les analyses font l'objet d'appels d'offres. Les résultats de cette nouvelle stratégie ne sont pas disponibles pour le moment. Les modifications des stratégies d'échantillonnage au cours du temps ont eu pour conséquence des changements de fréquence (1979-2003 : quatre échantillons par an ; 2003-2008 : deux échantillons par an ; à partir de 2008, un échantillon par an). La surveillance chimique coordonnée et réalisée par Ifremer concerne dorénavant les trois métaux réglementés au titre de la surveillance sanitaire (Cd, Hg et Pb). Le tableau suivant présente les seuils figurant dans les règlements européens n°466/2001 et n°221/2002 fixant les teneurs maximales en contaminants dans les denrées alimentaires.

Teneur en mg/kg de poids humide (p.h.)

Equivalent en mg/kg de poids sec (p.s.)

Cadmium 1,0 mg/kg, p.h. 5,0 mg/kg, p.s. Mercure 0,5 mg/kg, p.h. 2,5 mg/kg, p.s. Plomb 1,5 mg/kg, p.h. 7,5 mg/kg, p.s.

Les résultats du ROCCH sanitaire 2014 (prélèvements effectués en février 2014) montrent des concentrations dans les coquillages pour les trois métaux réglementés (cadmium, mercure et plomb) inférieures aux seuils réglementaires dans tous les points échantillonnés en Région.

Néanmoins, les valeurs médianes dans les moules de l’Etang de Bages pour le cadmium (Cd), et dans les moules de l’embouchure de l’Hérault pour le plomb (Pb) sont nettement supérieures aux valeurs nationales.

Trois points ROCCH permettent le suivi des contaminants chimiques sur Thau:

- « Thau 1 » (104-P-034) et « Thau 4 » (104-P-037), points moules suivis depuis 1980 : la tendance montre jusqu’en 2006 une diminution lente mais progressive des niveaux de Cd, Pb, Hg et Zn. Depuis 2006, les résultats sont globalement stables et comparables à ceux des années précédentes. La comparaison des médianes de ces deux points montre que les niveaux pour le plomb, le mercure, le cadmium sont en dessous des médianes nationales sur les cinq dernières années. Ces niveaux sont légèrement supérieurs à la médiane nationale pour le zinc.

- « Creusot» (104-P-033) palourdes suivi depuis 2009, pour lequel aucune tendance n’est mise en évidence. Les concentrations 2014 sont proches de celles mesurées les autres années (Cd : 0.22, Pb : 0.5, Hg : 0.09 et Zn : 72 en mg/kg ps).

Plus d’informations sur http://envlit.ifremer.fr/surveillance/contaminants_chimiques/presentation

4.1.4 DCE en lagunes Malgré l’arrêt du Réseau de suivi lagunaire, l’Agence de l’eau et le LER/LR ont poursuivi leur collaboration au travers de la campagne OBSLAG 2014 ayant permis l’acquisition de données d’observation environnementale pour la DCE et la compréhension du fonctionnement des écosystèmes lagunaires. Des diagnostics des peuplements de macrophytes ont été réalisés pour les lagunes de Thau, du Ponant et pour les étangs palavasiens ouest (Ingril, Vic, Pierre-Blanche). Les résultats de ces diagnostics seront présentés dans le rapport Ifremer, 2015 Suivi estival des lagunes méditerranéennes françaises : Bilan des résultats 2014 (à paraître).

Rapport annuel 2014 du LER/LR 17

Les résultats de la 3è campagne DCE 2012 ont montré que 2/3 des masses d’eau lagunaires (13 suivies) sont déclassées par le compartiment macrophytes (état moyen à mauvais), le phytoplancton est l’élément biologique le plus déclassant pour un tiers des lagunes. Les niveaux de contamination chimique ont été renseignés grâce à la mise en œuvre de stations artificielles de moules et l'utilisation d’échantillonneurs passifs.

Près de la moitié des lagunes présentent un état chimique mauvais, en raison de dépassement des NQE pour le mercure, des pesticides (en particuliers insecticides organochlorés) ou des HAP. La masse d’eau « Etang de Thau » était classée en mauvais état chimique : la concentration en diuron (produit phytosanitaire herbicide) dans la colonne d’eau au point Thau sud était de 631 ng/l avec une NQE à 200 ng/l. Un travail sera conduit dès 2015 afin de réaliser un état de l’art de la contamination chimique sédimentaire des écosystèmes lagunaires et de préciser les liens entre contamination du compartiment sédimentaire et contamination de la colonne d’eau.

Résultats en ligne sur le site : http://wwz.ifremer.fr/mediterranee/environnement-et-ressources/Languedoc-Roussillon/Surveillance/Directive-Cadre-sur-l-Eau

Le travail sur la validation de certains indicateurs, notamment concernant les macrophytes et le phytoplancton en lagunes dessalées, a été poursuivi, en collaboration avec la Tour du Valat, l’Agence de l’Eau, et l’ONEMA (Derolez et al, 2014a) ; le rapport est en ligne sur archimer (http://archimer.ifremer.fr/search.jsp?record=0).

Une étude a été menée en 2014 dans le cadre de l’accord-cadre Ifremer/AERMC, visant à mettre en évidence et hiérarchiser les pressions anthropiques ayant le plus d’impact sur les éléments de qualité DCE sur les lagunes méditerranéennes et de consolider ainsi les liens état/pressions. Parmi les principaux résultats mis en évidence, les indicateurs écologiques les plus fortement corrélés aux variables de pression sont la turbidité, l’azote dissous, la composition des macrophytes et l’état du phytoplancton. Les pressions urbaines et les stocks sédimentaires de phosphore apparaissent fortement liés aux indicateurs d’état écologique (Derolez et al, 2014b).

4.1.5 DCSMM La directive 2008/56/CE du Parlement européen et du Conseil du 17 juin 2008 appelée « directive-cadre stratégie pour le milieu marin » (DCSMM) conduit les États membres de l'Union européenne à prendre les mesures nécessaires pour réduire les impacts des activités sur ce milieu afin de réaliser ou de maintenir un bon état écologique du milieu marin au plus tard en 2020. Elle s'applique à l'ensemble des pays de l'Union européenne de la côte, hors estuaires, à la limite de la Zone Économique Exclusive (ZEE) située au maximum à 200 milles de la côte (i.e. environ 370 km). En France, la DCSMM a été transposée dans le code de l'environnement et concerne les zones métropolitaines sous souveraineté ou juridiction française, divisées en quatre sous-régions marines : la Manche-mer du Nord, les mers celtiques, le golfe de Gascogne, la Méditerranée occidentale. Pour chaque sous-région marine, un plan d'action pour le milieu marin (PAMM) est élaboré et mis en œuvre. Ce plan d'action comporte cinq éléments :

• une évaluation initiale de l'état écologique des eaux marines et de l'impact environnemental des activités humaines (réalisée en 2012) ;

• la définition du bon état écologique pour ces mêmes eaux reposant sur des descripteurs qualitatifs (travail réalisé en 2012) ;

• la définition d'objectifs environnementaux et d'indicateurs associés en vue de parvenir à un bon état écologique du milieu marin (travail réalisé en 2012) ;

• un programme de surveillance en vue de l'évaluation permanente de l'état des eaux marines, de l'évaluation de la réalisation des objectifs environnementaux et de l'évaluation de l'efficacité des mesures (adoption en janvier 2015) ;

• un programme de mesures qui doit permettre d'atteindre le bon état écologique des eaux marines ou de conserver celui-ci (pour 2015/2016).

Rapport annuel 2014 du LER/LR 18

Dans le périmètre du Plan d’Action pour la Mer Méditerranée qui décline la DCSMM dans la sous région marine Méditerranée Occidentale, l’Ifremer a été associé par la Direction Inter-régionale de la Mer Méditerranée à la déclinaison du programme de mesure en lien avec les objectifs environnementaux définis en 2013. Le programme de surveillance (PdS) doit définir la surveillance nécessaire à l’évaluation permanente du milieu marin et permettre de répondre aux exigences fixées par la Directive lors des futures révisions des autres éléments des PAMM (notamment maintien ou atteinte du bon état écologique, atteinte des objectifs environnementaux et efficacité des mesures mises en place). La structuration du PdS a été définie au niveau communautaire et est commune à tous les États membres pour faciliter le rapportage. Les treize programmes thématiques du programme de surveillance sont les suivants :

• Oiseaux • Mammifères marins et tortues • Poissons et céphalopodes • Habitats benthiques et intégrité des fonds

marins • Habitats pélagiques • Espèces non indigènes

• Espèces commerciales • Eutrophisation • Changements hydrographiques • Contaminants • Questions sanitaires • Déchets marins • Bruit

Au cours de l’année 2014 un travail spécifique a associé le niveau national (MEDDE – coordination Ifremer et Agence des Aires Marines Protégées) et le secrétariat technique du PAMM (DIRM, Agence de l’Eau, AAMP, Ifremer, DDTMs, Préfecture Maritime, DREAL) pour élaborer un programme de surveillance DCSMM qui puisse être opérationnel en 2016. Pour anticiper les besoins de la DCSMM sur le volet contaminant et état des réseaux trophiques, le LER/LR a poursuivi son implication dans le projet RECONSOLE sur le « Devenir de Polluants Organiques Persistants (polychlorobiphényles -PCB et polybromodiphényléthers -PBDE) chez la sole commune (Solea solea L.) au cours du cycle de reproduction ». Le projet a étudié l’impact des contaminants persistants à effet perturbateur endocrinien sur la reproduction des poissons, suite à une exposition expérimentale chronique de longue durée à des doses environnementales. Les travaux sont menés en partenariat avec les unités Ifremer BE de Nantes/ Brest et la plateforme de Palavas et les résultats seront prochainement disponibles sous Archimer.

4.1.6 RESCO

Les performances d'élevage de deux classes d'âge (18 mois ou adultes, et naissain ou juvéniles <1 an) de l'huître creuse Crassostrea gigas ont été suivies par le réseau REMORA depuis 1993 sur les principales régions ostréicoles françaises. En 2009, suite à la crise de mortalité des naissains sur l'ensemble du littoral français, l'Ifremer a mis en place un réseau d’Observations Conchylicoles, qui remplace le suivi REMORA. Le RESCO permet d'appréhender de manière intégrative les performances de l'huître creuse, en travaillant avec des lots sentinelles de C. gigas, sur douze sites en France, suivis de mars à décembre.

Le protocole utilisé pour le suivi des performances d’élevage fait l'objet d'un document national permettant un suivi homogène quel que soit le laboratoire intervenant.

Les données validées sont bancarisées dans la base de données Quadrige² et mises ainsi à disposition des acteurs et professionnels du littoral, des administrations décentralisées et de la communauté scientifique.

Rapport annuel 2014 du LER/LR 19

Suivi de la croissance

La croissance pondérale des juvéniles est similaire à celle de 2013 et très faible par rapport à celles de 2011 et 2012 qui étaient plus de deux fois supérieures.

En 2014, pour la troisième année consécutive, le lot 18 mois présente une croissance très faible.

Face à ces mauvais résultats, un projet dérivé de RESCO (RESCORDE) a permis de comparer dans la lagune de Thau les performances des huîtres RESCO de ‟ 18 mois ” , élevées en poches avec des individus collés sur cordes selon les pratiques culturales locales.

Compte tenu des meilleurs résultats enregistrés (cf. § 4.2.5) le suivi des huîtres 18 mois pour la lagune de Thau se fera avec des individus collés sur cordes en 2015.

Suivi des mortalités

Dès le 29 avril, avec une température de 17°C, le taux de mortalité cumulée des lots de naissains a augmenté jusqu’à 30 % pour atteindre 60 % fin mai. La mortalité cumulée s’est ensuite stabilisée (64 % en décembre).

Les mortalités des huîtres adultes sont comparables à 2013 ; elles ont progressé de façon lente et régulière au cours de l’année, avec un taux de mortalité cumulée de 10 % en décembre.

Que ce soit pour les naissains ou les 18 mois, aucun de ces lots n’a subi de mortalité automnale.

Suivi de la reproduction - VELYGER

L’Ifremer a mis en place en 2008, à la demande du CNC, un réseau national de suivi de la reproduction de C. gigas : VELYGERF

5F. Depuis 2011, le maintien et la gestion de ce réseau sont assurés dans le cadre

d'une convention entre Ifremer et la DPMA. VELYGER fait partie intégrante, sur cinq de ses treize sites-ateliers, de l’Observatoire Conchylicole RESCO, et vient compléter au niveau de la reproduction et du recrutement dans les principaux bassins de captage, les descripteurs de l'Observatoire. Le suivi est assuré par les LER ainsi que par le PFOM/LPI (Brest) qui pilote ce réseau. VELYGER assure la diffusion d’informations en temps quasi-réel via un site internet dédié sur les aspects suivants :

- maturation et ponte d'une population d'huîtres adultes de référence ("sentinelles") ;

- concentration et développement des larves ;

- suivi des conditions hydroclimatiques de la lagune de Thau.

Pour l'année 2014, on peut retenir que :

- le phytoplancton est plutôt déficitaire dans la lagune de Thau, au printemps et pendant l'été ;

- les excédents thermiques enregistrés en hiver et au printemps ont initié un déclenchement de ponte dès le début du mois de juillet. Néanmoins, Le captage dans les zones ostréicoles est en deçà des valeurs auxquelles nous aurions pu les attendre compte tenu de l'intensité des cohortes larvaires pélagiques.

Le succès du recrutement en milieu lagunaire semble donc plutôt lié à une localisation judicieuse des capteurs et aux pratiques d’exondation permettant d'optimiser le captage (cf. §4.2.4 PRONAMED).

L'information relative à ces suivis est disponible en temps quasi-réel sur les sites internet dédiés:

http://wwz.ifremer.fr/observatoire_conchylicole pour les données de croissance et survie http://wwz.ifremer.fr/velyger pour les données de reproduction

5 Pouvreau S., Bernard I., Le Souchu P., Huvet A., Talarmain E., Auby I., Maurer D., Barbier C., Tournaire M.-P., D'Amico F., Rumebe M., Neaud-Masson N., Bédier E., Martin A.-G., Claude S., Langlade A., Bouget J.-F., Hitier B., Stanisiere J.-Y., Breerette S., Robert S., Guilpain P., Seugnet J.-L., Guesdon S., Soletchnik P., Le Moine O., Dumas F., Quemener L., Barbot S., Repecaud M., Mille D., Geay A., Bouquet A.-L. (2011). Projet Velyger (2008-2010) : Observer, Analyser et Gérer la variabilité du recrutement de l’huître creuse en France. Rapport de synthèse. R.INT.BREST/PFOM/PI 2010-2, 80p.

Hhttp://archimer.ifremer.fr/doc/00054/16489/

Rapport annuel 2014 du LER/LR 20

4.2 Etudes et projets de recherche

4.2.1 DEPART

Des travaux de recherche sur la restauration ont été menés au travers du projet DEPART (DEvenir du Phosphore et de l’Azote dans un contexte de RestauraTion lagunaire). Ce projet a permis de caractériser et quantifier les échanges de nutriments sous forme dissoute aux interfaces compartiment benthique – colonne d’eau, et mer – lagune en couplant les mesures in situ et la modélisation numérique.

Cette étude souligne le rôle central des stocks sédimentaires et de l’export de matière dans les processus de restauration des milieux confinés avec des temps de restauration du sédiment pouvant dépasser plusieurs siècles pour de nombreuses masses d’eau. Les stocks sédimentaires ainsi que la température variable au cours de la saison apparaissent comme les sources principales de variabilité des flux benthiques d’azote et de phosphore dissous.

La présence de phanérogames marines (Zostera marina ou Z. noltei) a un rôle structurant au niveau du compartiment benthique mais le bilan net des flux de matière d’une zone avec herbier (enrichie en nutriments) est peu différent d’une zone proche sans herbier.

Concernant les échanges entre la mer et la lagune, il apparaît que l’utilisation du taux de renouvellement comme taux d’exportation appliqué à toutes les formes de l’azote et du phosphore fournit une approximation sous-estimée mais acceptable des bilans annuels d’exportation de matière qui peut toutefois être ajusté en considérant le taux d’exportation moyen sur les différents événements météorologiques (10 % pour la lagune de Bages-Sigean).

Le rapport final de ce projet est disponible sous Archimer.

4.2.2 MARES

Le projet MARES (Rôle des MAcrophyes dans la REStauration des milieux lagunaires : distribution spatiale de Z. noltei) a été mené en 2014 et portait sur l’identification et la hiérarchisation des facteurs qui gouvernent la distribution spatiale de Z. noltei afin de caractériser la distribution potentielle de cette espèce en milieu lagunaire méditerranéen via l’étude de scénario de restauration.

D’un point de vue méthodologique, ce projet a permis de mettre en place une nouvelle approche (modèle corrélatif) basée sur les connaissances et données acquises (RSL en particulier). Le modèle utilisé met en évidence que la présence de Z. noltei est une résultante complexe des effets combinés de facteurs naturels (tension de cisaillement, profondeur et lumière au fond) et anthropiques (concentrations en azote total et phosphates dans la colonne d’eau) qu’il est difficile de considérer de manière indépendante compte tenu des interactions multiples.

Les résultats issus des scénarios de restauration illustrent le rôle actuel de l’eutrophisation dans la régulation du développement de Z. noltei en milieu lagunaire méditerranéen. Ces résultats forment une base de réflexion pour alimenter la discussion autour de la consolidation des indicateurs macrophytes utilisés pour l’évaluation de l’état écologique des masses d’eau et qui sont souvent responsables d’un déclassement de celles-ci.

Le rapport final de ce projet est disponible sous Archimer.

4.2.3 PEPSEA

Le projet ANR PEPSEA réalisé en collaboration avec l’UMR Hydrosciences, les universités Montpellier 1 et Aix-Marseille a apporté des connaissances sur le devenir de molécules émergentes en milieu marin (médicaments, produits de soin, filtres UV), à l’exutoire d’émissaires de stations d’épuration d’agglomérations côtières.

Rapport annuel 2014 du LER/LR 21

Des résidus de médicaments ont été retrouvés dans tous les compartiments investigués, dans l’eau (via échantillonnage passif), les moules et le sédiment. La phototransformation en dérivés halogénés, potentiellement toxiques, et le rôle du sédiment comme réservoir de produits pharmaceutiques ont été mis en évidence.

L'année 2014 a permis de valoriser les données acquises par la publication de deux articles concernant la mise en évidence d'antidépresseurs et de leurs métabolites respectivement dans les moules et les eaux marines autour d'un émissaire. Cette valorisation se poursuivra en 2015.

Le rapport final de ce projet sera bientôt disponible sous archimer. Les publications sont listées en annexe (Bueno et al, 2014 ; Fenet et al, 2014).

4.2.4 PRONAMED Les travaux sur le déterminisme du recrutement larvaire de l’huître creuse en milieu lagunaire ont été réalisés dans le cadre de PRONAMED et du post doctorat associé (co-encadrement LER/LR et PFOM/LPI).

Une hétérogénéité spatiale et temporelle du captage naturel de l’huître Crassostrea gigas dans la lagune de Thau a été démontrée. La découverte de gisements de naissain sur trois stations en dehors des zones ostréicoles s’est confirmée en 2014, mettant en relief des niveaux de captage intéressant la filière conchylicole méditerranéenne allant de la catégorie « captage moyen de 20 à 200 naissains par coupelle» à « captage excellent de 200 à 2000 naissains par coupelle ». La variabilité du recrutement dans la lagune et l’abondance en naissains captés sont significativement corrélées à la disponibilité en phytoplancton, particulièrement en nanophytoplancton. Il n’apparaît pas, pour les années étudiées d’impact négatif des prédateurs et compétiteurs pélagiques sur les larves d’huîtres.

La mise en élevage de lots de naissains issus du captage naturel précoce dans Thau a montré une survie automnale faible allant de 9 à 28 % (hypothèse OsHV1 µvar). Cependant, les individus survivants ont, quant à eux, montré une survie excellente l’année suivante avec des probabilités de survie allant de 86 % à 93 % au printemps 2014. Ces résultats sont prometteurs, pourront être poursuivis dans le cadre d’un projet de doctorat ; ils seront publiés et valorisés par le biais d’un outil ‘pronostic’ pour appuyer le CRCM dans la gestion du captage naturel en milieu lagunaire.

La valorisation de ce projet sous forme de publications est en cours, le rapport final sera bientôt disponible sous Archimer.

4.2.5 RESCORDE Un projet dérivé de RESCO (RESCORDE) a permis de comparer dans l’étang de Thau les performances des adultes RESCO de 18 mois, élevées en poches avec des individus collés sur cordes selon les pratiques culturales locales.

Les résultats ont montré des croissances moyennes significativement supérieures (2,5 fois) pour les lots élevés sur cordes par rapport aux lots en paniers, ainsi que des stades de maturité nettement plus avancés. Ces résultats mettent en évidence l’intérêt d’une prise en compte des pratiques culturales locales dans le suivi des performances des individus.

4.2.6 MORTAFLUX Le projet MORTAFLUX a démarré en fin d’année pour évaluer l’incidence des phénomènes de mortalités massives de naissains d’huîtres sur les flux biogéochimiques et le transfert de pathogènes dans la colonne d’eau, dans le réseau trophique et vers le compartiment benthique.

L’objectif de MORTAFLUX est (1) de regarder quelle est l’incidence de la mortalité de fortes densités d’huitres sur les flux d'oxygène, de carbone, d'azote et de phosphore ainsi que sur le transfert de pathogènes dans la colonne d’eau, (2) d’étudier quel est le devenir des chairs des huitres mortes dans le milieu (décomposées, ingérées par d’autres organismes,..) et le transfert des pathogènes (3) de regarder enfin si la biodéposition des chairs d’huîtres mortes entrainent un enrichissement en matière organique couplé à une concentration de pathogènes à l’interface du sédiment.

Rapport annuel 2014 du LER/LR 22

5. Perspectives 2015 L’année 2015 verra le démarrage de l’UMR MARBEC (http://www.umr-marbec.fr/fr/) sur la « Biodiversité marine et ses usages » et l’intégration du LER/LR dans cette nouvelle structure. Le laboratoire sera particulièrement impliqué dans l’animation des thèmes « aquacultures durables » et « systèmes littoraux à usages multiples » et des pôles « observation » et « plateaux techniques ». L’année sera donc marquée à la fois par un nouveau fonctionnement mais aussi par la poursuite de ses activités scientifiques en lien avec les écosystèmes lagunaires exploités par l’aquaculture.

La quatrième campagne DCE (DCE 2015), coordonnée par le LER-LR Sète pour les lagunes, sera conduite dès le mois de mars (pose des moules pour le suivi des contaminants chimiques hydrophobes) jusqu'à aout 2015 avec le suivi des contaminants chimiques hydrophiles (par échantillonnage passif) de la macrofaune benthique, des macrophytes, et des suivis hydrologiques. Ces suivis permettront d'évaluer l'état chimique, ainsi que l'état biologique des masses d'eau (hydrologie, phytoplancton, macrophytes et macrofaune benthique). Les données de cette campagne DCE 2015 seront disponibles sous forme de rapport à partir de décembre 2016.

Une attention particulière sera portée à la contamination chimique des lagunes. Un suivi annuel de la contamination chimique sera réalisé en parallèle à la campagne DCE 2015, sur deux lagunes (Thau et Or) par des poses et relèves successives d'échantillonneurs passifs. L'objectif est de mettre en évidence la variabilité temporelle de la contamination chimique des eaux en fonction des sources internes et/ou externes. L’évolution des teneurs sédimentaires en contaminants dans les lagunes entre 1996 et 2012 sera analysée, les variabilités temporelles, inter et intra-lagunaires seront regardées afin de comprendre l’influence des variables environnementales (température, pluviométrie, vent, remise en suspension), et des concentrations dans les sédiments sur l’état des masses d’eau lagunaires (eau/biote) relevé lors des campagnes DCE (liens entre contamination du sédiment et contamination de la colonne d’eau). Nous poursuivrons également notre expertise auprès de l’ONEMA sur les lagunes méditerranéennes.

Un nouvel observatoire des lagunes sera en construction et proposé à l’agence de l’eau, avec pour objectif l’acquisition de connaissances sur: (i) la restauration des lagunes vis-à-vis de l’eutrophisation, (ii) les contaminants chimiques en lagunes, (iii) les habitats et la connectivité.

Le dépôt d’un projet sur la "Conciliation entre l’atteinte du bon état écologique et les usages en milieu productif" est programmé pour 2015.

La thèse d’Ines LE FUR, démarrée fin 2014, va permettre, à travers une approche d’écologie fonctionnelle, de décrire et prévoir la succession des communautés benthiques et en particulier des macrophytes au cours de la restauration, d’identifier l’échelle taxonomique permettant de mettre en évidence ces successions et d’étudier dans quelle mesure ces successions participent à la régulation des cycles de la matière. Ces questions seront traitées grâce à l’analyse des données du Réseau de Suivi Lagunaire (RSL, 2000-2013), d’expérimentations in situ et de modélisation.

Dans le cadre du projet O’GAMELag (Outil de Gestion pour l’Aménagement des Milieux Eutrophisés Lagunaires), un post-doctorat démarrera sur (i) la quantification des incertitudes du modèle liées à la qualité des flux hydriques et de nutriments utilisés comme forçages « Bassins Versants », et sur (ii) la sensibilité du modèle à ses paramètres clef (paramétrisation des processus biogéochimiques notamment).

Des éléments de compréhension sur l’écologie de Vulcanodinium rugosum et sa toxicité seront apportés dans le cadre de la thèse d’E. Abadie dont la soutenance est prévue à l'automne 2015.

Concernant les travaux de recherche en conchyliculture, l’année 2015 sera tout d’abord consacrée à la valorisation des résultats du projet PRONAMED et des travaux post doctoraux associés. Un projet de thèse a été proposé pour améliorer la compréhension des processus associés au recrutement naturel de l’huître creuse en lagune, et développer des outils de modélisation à des fins de prédiction du captage naturel selon des scénarios environnementaux. Une proposition d’étude sur la caractérisation hydrologique des meilleurs sites de captage naturel et la définition des zones potentielles de micronurserie-nurserie au sein de la lagune de Thau sera envisagée.

Rapport annuel 2014 du LER/LR 23

Le projet MORTAFLUX a démarré en fin d’année 2014 pour évaluer l’incidence des phénomènes de mortalités massives de naissains d’huîtres sur les flux biogéochimiques et le transfert de pathogènes dans la colonne d’eau, dans le réseau trophique et vers le compartiment benthique. En 2015, ces problématiques seront abordées à l’échelle 1) de l’individu, 2) de la structure d’élevage, et 3) d’une ferme de pré-grossissement. Des expérimentations ex situ seront menées à Palavas à l’échelle individuelle sur du naissain mis en contact avec (i) des huîtres saines, des huîtres infectées (ii) en milieu naturel au moment d’un épisode de mortalité printanière, ou (iii) par injection d’Herpes virus. Des expérimentations seront menées in situ sur la Lagune de Thau à l’échelle de la structure d’élevage, et sur une ferme de pré-grossissement, afin de tester l’influence d’un gradient de densité de naissains sur les flux biogéochimiques et sur le transfert de pathogènes dans la colonne d’eau et chez les organismes au moment d’un phénomène de mortalité.

Au delà d’une abondance de la ressource de palourde européenne (Ruditapes decussatus; Tapes decussatus Linné, 1758) en baisse, des mortalités, dont les taux restent à chiffrer, sont constatées par les pêcheurs depuis 2007, sur l'ensemble des plans coquillers de la lagune de Thau et particulièrement sur le gisement du petit Etang (zone des eaux blanches). Le projet PALTHAU sera soumis à France Filière Pêche en 2015, en partenariat avec la prud’homie, le CRPMEM, et des partenaires scientifiques (Eureka modélisation, Cepralmar, Ifremer LERLR et LGP2M) afin de caractériser les phénomènes de mortalités de palourdes, d’approfondir le diagnostique des causes de ces mortalités (pathologie, habitat ou environnement) et de renouveler les informations sur les densités de palourdes.

Rapport annuel 2014 du LER/LR 24

6. ANNEXES

Annexe 1 : Production scientifique et technologique Indicateurs Nombre

Publications dans des revues avec comité de lecture (de rang A) 10 + 1 (sous presse) Publication parues dans d’autres revues et dans des ouvrages scientifiques et technologiques

0

IF moyen des publications 2,931 Rapports liés à: - réseaux de surveillance/observation - projets - communauté européenne- Working Group FAO

6 4 0

Articles de vulgarisation, conférences et posters grand public 1 Avis et expertises (et ETP associés) - de commande publique - de commande privée

4 (0,02) 0

Ouvrages / chapitres d'ouvrages 0 Communications dans des colloques et congrès, posters 7 Brevets 0 Licences 0

a. Publications avec comité de lecture, de rang A (11)

Blanchet H., Gouillieux B., Alizier S., Amouroux J.M., Bachelet G., Barillé A.L., Dauvin J.C., De Montaudouin X., Derolez V.,Desroy N., Grall J., Grémare A., Hacquebart P., Jourde J., Labrune C., Lavesque N., Meirland A., Nebout T., Olivier F., Pelaprat C., Ruellet T., Sauriau P.G., Thorin S. (2014). Multiscale patterns in the diversity and organization of benthic intertidal fauna among French Atlantic estuaries. Journal Of Sea Research, 90, 95-110. Publisher's official version :http://dx.doi.org/10.1016/j.seares.2014.02. 014 , Open Access version :http://archimer.ifremer.fr/doc/00179/29016/

Bueno M., Martinez J., Boillot C., Munaron D., Fenet H., Casellas C., Gomez E. (2014). Occurrence of venlafaxine residues and its metabolites in marine mussels at trace levels: development of analytical method and a monitoring program. Analytical AndBioanalytical Chemistry, 406(2), 601-610. Publisher's official version :http://dx.doi.org/10.1007/s00216-013-7477-x , Open Access version : http://archimer.ifremer.fr/doc/00168/27877/

Collos Y., Jauzein C., Ratmaya W., Souchu P., Abadie E., Vaguer A. (2014). Comparing diatom and Alexandrium catenella/tamarense blooms in Thau lagoon: Importance of dissolved organic nitrogen in seasonally N-limited systems. Harmful Algae, 37, 84-91. Publisher's official version :http://dx.doi.org/10.1016/j.hal.2014.05.008 , Open Access version : http://archimer.ifremer.fr/doc/00194/30488/

Fenet H., Arpin-Pont L., Vanhoutte-Brunier A., Munaron D., Fiandrino A., Martinez Bueno M.-J., Boillot C., Casellas C., Mathieu O., Gomez E. 2014. Reducing PEC uncertainty in coastal zones: a case study on carbamazepine, oxcarbazepine and their metabolites.Environment International, Vol. 68, 177-184. http://dx.doi.org/10.1016/j.envint.2014.03.025

Hadjadji I., Frehi H., Ayada L., Abadie E., Collos Y. (2014). A comparative analysis of Alexandrium catenella/tamarense blooms in Annaba Bay (Algeria) and Thau lagoon (France); phosphorus limitation as a trigger.ComptesRendusBiologies, 337(2), 117-122. Publisher's official version :http://dx.doi.org/10.1016/j.crvi.2013.11.006 , Open Access version : http://archimer.ifremer.fr/doc/00174/28574/

Rapport annuel 2014 du LER/LR 25

Laporte M., Shao Z., Berrebi P., Laabir M., Abadie E., Faivre N., Rieuvilleneuve F., Masseret E. (2014). Isolation of 12 microsatellite markers following a pyrosequencing procedure and cross-priming in two invasive cryptic species, Alexandriumcatenella (group IV) and A. tamarense (group III) (Dinophyceae).Marine Pollution Bulletin, 83(1), 302-305. Publisher's official version :http://dx.doi.org/10.1016/j.marpolbul.2014.04.017 , Open Access version : http://archimer.ifremer.fr/doc/00189/30026/

Ouisse V., Migne A., Davoult D. (2014). Comparative study of methodologies to measure in situ the intertidal benthic community metabolism during immersion. Estuarine Coastal And Shelf Science, 136, 19-25. http://dx.doi.org/10.1016/j.ecss.2013.10.032

Pernet F., Lagarde F., Le Gall P., Roque D'Orbcastel E. (2014). Associations between farming practices and disease mortality of Pacific oyster Crassostrea gigas in a Mediterranean lagoon. Aquaculture Environment Interactions, 5(2), 99-106. Publisher's official version : http://dx.doi.org/10.3354/aei00096, Open Access version : http://archimer.ifremer.fr/doc/00201/31248/

Pernet F., Lagarde F., Jeannee N., Daigle G., Barret J., Le Gall P.,Quere C., Roque D'Orbcastel E. (2014). Spatial and Temporal Dynamics of Mass Mortalities in Oysters Is Influenced by Energetic Reserves and Food Quality. Plos One, 9(2), e88469. Publisher's official version :http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0088469, Open Access version : http://archimer.ifremer.fr/doc/00181/29249/

Walker T., Grant J., Weise A., McKindsey C., Callier M., Richard M. (2014).Influence of suspended mussel lines on sediment erosion and resuspension in Lagune de la Grande-Entrée, Îles de la Madeleine, Québec, Canada. Aquaculture, 433, 450-457.

Zendong S.Z, Herrenknecht C, Abadie E., Brissard C., Tixier C., Mondeguer F., Sechet V., Amzil Z., Hess P. (2004). Extended evaluation of polymeric and lipophilic sorbents for passive sampling of marine toxins. Toxicon IN PRESS.Publisher's official version :http://dx.doi.org/10.1016/j.toxicon.2014.03.010, Open Access version :http://archimer.ifremer.fr/doc/00186/29756/

b. Rapports Réseau de surveillance et Observation (6)

Chiffoleau J.F., Claisse D., Rousselet M. (2014). La contamination chimique marine à Banyuls - Résultats du Réseau d'Observation de la Contamination CHimique (ROCCH). RST/RBE/BE/2014.02, 16 p. http://archimer.ifremer.fr/doc/00187/29840/

Ifremer (2014). Réseau de Suivi Lagunaire du Languedoc-Roussillon. Bilan des résultats 2013. RST/LER/LR/14.07, 237 p. http://archimer.ifremer.fr/doc/00210/32154/

Pouvreau S., Petton S., Queau I., Bellec G., Talarmain E., Le Souchu P., Alunno-Bruscia M., Auby I., Maurer D., D'Amico F., Passoni S., Barbier C., Tournaire MP., Rigouin L., Rumebe M., Fleury E., Langlade A., Bouget JF., Collin K., Fortune M., Palvadeau H., Bedier E., Robert S., Pepin JF., Grizon J., Seugnet JL., Chabirand J., Le Moine O., Guesdon S., Lagarde F., Mortreux S., Le Gall P., Messiaen G., Roque D'Orbcastel E.,Quemener L., Repecaud M., Bucas K., Barbot S., Guillemot A., Nonnotte L., Duros W., Bonnat A., Tarot S., Mille D., Geay A., Bouquet AL. (2014). Observer, Analyser et Gérer la variabilité de la reproduction et du recrutement de l’huître creuse en France : Le Réseau Velyger. Rapport annuel 2013. http://dx.doi.org/10.13155/31091

Roque D'Orbcastel E., Rousselet M., Derolez V., Abadie E, Messiaen G., Oheix J., Le Gall P., Mortreux S., Lamoureux A, Ifremer/Océanographie et Dynamique des Ecosystèmes/Unité Littoral Laboratoire Environnement Ressources du Languedoc Roussillon (2014). Qualité du Milieu Marin Littoral. Bulletin de la surveillance 2013. Départements du Gard, de l’Hérault, de l’Aude et des Pyrénées Orientales. ODE/LITTORAL/LER/LR/14-05, 146 p. http://archimer.ifremer.fr/doc/00190/30124/

Rousselet M. (2014). Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole - Départements de l'Aude et des Pyrénées-Orientales - Edition 2014. RST.LER/LR – 1421, 75 p, http://archimer.ifremer.fr/doc/00218/32902/

Rapport annuel 2014 du LER/LR 26

Rousselet Mathilde (2014). Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole - Départements de l'Hérault et du Gard - Edition 2014. RST.LER/LR – 1420, 64 p, http://archimer.ifremer.fr/doc/00218/32901/

c. Rapports de Projets

Derolez V., Cadoret M., Fiandrino A.,Munaron D. (2014a). Bilan sur les principales pressions pesant sur les lagunes méditerranéennes et leurs liens avec l’état DCE. RST-LER/LR 14-20. Convention-cadre AERMC/Ifremer. 46 p.

Derolez V., Bec B., Grillas P., Sanchez A.E, Raimbault P. (2014b). Abondance et composition du phytoplancton sur les lagunes méditerranéennes oligo et mésohalines. Convention-cadre Onema/Ifremer. 27 p.

Ouisse V., Fiandrino A., de Wit R., Giraud A., Malet N. (2014). Devenir du phosphore et de l'azote dans un contexte de restauration des milieux lagunaires. RST/LER/LR/14.xx (en cours de validation par l’agence de l’eau)

Tunin-Ley A., Malet N.,Fiandrino A.,Orsoni V., Baldi Y. (2014). Estimation des échanges entre la mer et la lagune de Biguglia : Utilisation de la méthode d’estimation des volumes d’eau échangés entre la mer et les lagunes par différence de hauteurs d’eau. –RST/ODE/LER-PAC-CO/14-22, 29 p., http://archimer.ifremer.fr/doc/00214/32525/

d. Articles de vulgarisation, conférences et posters grand public

Munaron D., et al. (2014).De la caféine dans les lagunes ! Comment des produits chimiques de notre vie quotidienne se retrouvent dans les eaux littorales et marines ? 2eme rencontres naturalistes de l'Aude, 22 nov 2014.

Roque D'Orbcastel E. et al. (2014). Activités du LER/LR. 30 ans Ifremer, Journée du Centre Bretagne Ifremer 5 juin 2014 (Poster).

e. Avis et expertises - Commande publique (4)

Munaron D., Andral B. (2014). Avis portant sur l’analyse critique des résultats obtenus et des conclusions de l’étude de l’impact des immersions en mer des boues de dragages des ports de Port la Nouvelle et Sète, et piste d’évolutions des programmes de suivi. Avis LER/LR 14.29, 4 p.

Roque d’Orbcastel E. (2014). Avis sur l’enquête administrative du 05/02/2014 au 05/03/2014 pour 4 demandes d’autorisation d’exploitation de cultures marines. Avis LER/LR/14-02, 1 p

Roque d’Orbcastel E. (2014). Avis sur la date d’ouverture de la pêche de l'oursin 2014. Avis LER /LR/14-03, 2 p.

Rousselet M., Roque d’Orbcastel E. (2014). Avis sur l’enquête administrative du 13/12/13 au 13/01/14 pour 17 demandes d’autorisation d’exploitation de cultures marines. Avis LER/LR/14-01, 1 p.

f. Communications dans des colloques et congrès, posters (10 dont 2 posters)

Arpin-Pont, A. Vanhoutte, D. Munaron, A. Fiandrino, D. Hillaire-Buys, O. Mathieu; S. Chiron, C. Boillot, Maria-Jesus Martinez Bueno, A. Piram, E. Gomez, H. Fenet. (2014).Etude du comportement des résidus pharmaceutiques et leurs métabolites dans les eaux côtières méditerranéennes dans le cadre du projet ANR PEPSEA (2009-2012) : exemple de la carbamazépine. Colloque Effervescence: Environnement et résidus de médicaments. Enjeux présents et futurs : quelles réponses ? 20-21 nov 2014. Poster.

Derolez, V., Fiandrino A., Ouisse V., Munaron D., Malet N., Baehr A.,Kloareg M., Cadoret M., Bissery C., Hebert M., Barral M., Moragues L. (2014). « La qualité des lagunes

Rapport annuel 2014 du LER/LR 27

méditerranéennes vis-à-vis de l’eutrophisation de 2001 à 2012 : mise en évidence de trajectoires d’évolution ». COMOR du Réseau de Suivi Lagunaire. Région Languedoc-Roussillon, Montpellier, 10 avril 2014.

Derolez, V.,Giraud A., Munaron D., Grillas P. (2014). Application de la DCE sur les lagunes. Bassin Rhône Méditerranée et Corse. Séminaire du Réseau de Suivi Lagunaire. Région Languedoc-Roussillon, Montpellier, 20 mai 2014.

Derolez, V., Fiandrino A., Ouisse V., MunaronD. (2014). Réseau de Suivi Lagunaire. Bilan des résultats 2013. COMOR du Réseau de Suivi Lagunaire. Région Languedoc-Roussillon, Montpellier, 17 juin 2014.

Gomez, E., H. Fenet, D. Munaron, O.Mathieu, S. Chiron, A. Piram, L. Arpin-Pont, C. Boillot, M.J. Martinez Bueno, Z. Li, M. Ledreau, A. Vanhoutte, A.Fiandrino, G. Messiaen, J. Oheix, JL. Coeurdacier, F. Lagarde, V. Ouisse, P. Legal, S.Mortreux, T. Berteaux, C. Ravel, D. Hillaire-Buys, F. Dagorn, C. Coetsier,L. Asia, S.Lebarillier, P. Doumenq. (2014) Les résidus de médicaments dans l’environnement côtier. Principaux résultats du projet PEPSEA (ANR CES). Colloque Effervescence: Environnement et résidus de médicaments. Enjeux présents et futurs : quelles réponses ? 20-21 nov 2014.

Lagarde F., Ubertini M., MortreuxS., Perignon A., Leurion A., Le Gall P., Chiantella C., Bec B., Roques C., Bonnet D., Cochet H., Bernard I., Gervasoni E., Miron G., Fiandrino A., Pouvreau S., Roque D'orbcastelE. (2014). New knowledges about determinism of Pacific oysters (Crassostrea gigas) larval recruitment in mediterranean lagoon; EAS Donostia–San Sebastián, Spain, October 14-17, 2014.

Munaron D., Hubert M., Tapie N., Budzinski H., Guyomarch J., Andral B. & Gonzalez J.L., (2014). Résultats PEPSLAG 2010 :Projet Echantillonneurs Passifs pour la Surveillance de la contamination chimique des LAGunes méditerranéennes françaises. Séminaire du Réseau de Suivi lagunaire. région Languedoc-Roussillon, Montpellier, 10 avril 2014.

Richard M., Deflandre B., Thouzeau G., Bachelet B., Clavier J., Maire O. E., Metzger E. Schmidt S., Bichon S., Coste L., Crosta X., Romero-Ramirez A., Delgard M-L., Bernard G., Avaro J., Grémare A. (2014). Factors controlling the biogeochemical functioning of two different eelgrass meadows in Arcachon Bay (France).ISOBAY14 - XIV International Symposium on Oceanography of the Bay of Biscay, 11-13 juin, Bordeaux. Poster.

Ubertini M., FiandrinoA., Bernard I., Thomas Y., Pouvreau S., Roque d’Orbcastel E. (2014). Searching for the eldorado of Crassostreagigaslarval recruitment in mediteranean lagoons: new approaches for studying larval coonectivity using mars 3d modeling tools, EAS Donostia–San Sebastián, Spain, October 14-17, 2014.

Ubertini M., Lagarde F., Le Gall P., MortreuxS., Pernet F., FiandrinoA., Pouvreau S. Roque d'Orbcastel E. (2014). Effect of environmental drivers on the reproduction of the Pacific oyster Crassostreagigas in the mediterranean: the case of the Thau lagoon. WAS, Adelaide, South Australia, June 7 - 11, 2014.

g. Publications soumises ou publications/rapport en cours de rédaction

Castaings J.,Dezileau L., Fiandrino A.,Verney R., Blanchemanche P. (Soumis) Assessing sedimentation rates from bathymetric charts and geochronology in a complex Mediterranean lagoon system ? Estuarine Coastal and Shelf Science.

Delgard, M. Deflandre, B. Bernard, G. Richard, M. Kochoni, E. Charbonnier, C., Cesbron, F., Metzger, E., Grémare, A. Anschutz, P (submitted). Benthic oxygen exchanges over a

Rapport annuel 2014 du LER/LR 28

heterogeneous Zosteranoltei meadow in a temperate coastal ecosystem. Marine Ecology Progress Series. Octobre 2014

Derolez V., Munaron D.,Fiandrino A., Ouisse V., Malet N., Kloareg M. (en cours). 12 years of eutrophication monitoring on French lagoons (Languedoc-Roussillon, France): relevance of an assessment tool to highlight restoration paths.

Fiandrino A, de Wit R, Ouisse V, Lagarde F, Malet N. (en cours). Mixing model : an hydrodynamicindicator in biological world

Ouisse V., Fiandrino A.,Baleux M., Buscail R., Durozier M., Fortune M., Jouhanneaud C., Oheix J., Raimbault P., de Wit R., Malet N. (en cours). Nitrogen and phosphorus benthic fluxes in Mediterranean lagoons : when the past becomes the determining factor

Ouisse V., Perron C., Fiandrino A., Rochette S. (rapport en cours). Rôle des macrophytes dans la restauration des milieux lagunaires : distribution spatiale.

Richard M., Deflandre B., Thouzeau G., Bachelet G., Maire O., Metzger E., Clavier J., Schmidt S., Bichon S., Costes L., Crosta X. Romero-Ramirez A. Ciutat A., Delgard M-L, Bernard G., Avaro J. Grémare A. Comparison of Zosteranoltei and Zostera marina effects on biogeochemical fluxes in Arcachon Bay (France) and highlighting of controlling factors. Soumis à Estuarine, Coastal and Shelf Science.

Ubertini, M., Franck L., Le Gall P., Mortreux Serge, Pouvreau S., Roqued’Orbcastel E. Effect of environmental variables on the reproduction of thePpacific oyster Crassostreagigas in the Mediterranean: The case of the Thau lagoon.

h. Sites web

Mise à jour : http://wwz.ifremer.fr/mediterranee/environnement-et-ressources/Languedoc-Roussillon

Rapport annuel 2014 du LER/LR 29

Annexe 2 : Formations données (total 199 h) Nom Organisme Niveau Sujet Durée

Valérie DEROLEZ Master 2 Polytech Bac+5

Les réseaux de surveillance du littoral et la Directive Cadre sur l'Eau.

application aux lagunes 4 h

Université de Montpellier II Master 2 BGAE-BAEMT

Ecologie des écosystèmes exploités : la conchyliculture 4 h

Annie FIANDRINO Présentation aux élèves de l'ENSAT Bac+5

Modélisation en milieu lagunaire : un outil d’aide à la compréhension des

phénomènes & à la gestion des milieux 1 h

Franck LAGARDE

Cnam/Intechmer Bac +3, Cadres Techniques

Physico-chimie de l’eau de mer appliquée à l’aquaculture 7 h

ARDAM BPJEPS Initiation à l’océanographie générale 14 h

Université de Montpellier II Licence 2, IUT Chimie Sète

Ecologie des écosystèmes exploités : la conchyliculture 3 h

Université de Montpellier II Master 2 BGAE-BAEMT

Ecologie des écosystèmes exploités : la conchyliculture 4 h

Grégory MESSIAEN IUT chimieSète Bac +2, Bac +3 (licence pro)

Eutrophisation appliquée aux lagunes languedociennes 60 h

Dominique MUNARON

Master Environnement et Santé Publique – Montpellier UMI

Bac+5 Problématique des contaminants chimiques en milieu marin. Cas du

littoral méditerranéen et des lagunes 4 h

ENGREF Montpellier Bac+5 Menaces sur les écosystèmes lagunaires du Languedoc-Roussillon 2 h

Jocelyne OHEIX Formation macrophytes Professionnels, gestionnaires, scientifiques

Observation de macrophytes, outils et méthodes d'observation. 6 h

Vincent OUISSE

Master 2 Université de La Rochelle Bac+5 Biologie et écologie sous-marine 20 h

CNAM Sète Bac+3 Biostatistiques 20 h BTS - Lycée de la mer, Sète Bac+2 Biostatistiques 20 h

Mathilde ROUSSELET

Université de Montpellier II Master 1 BGAE-BAEMT

Surveillance sanitaire et environnementale du milieu marin 4 h

Lycée de la mer/France EUROPEA Lycéens Surveillance sanitaire et

environnementale du milieu marin 4 h

Lycée de la mer Lycéens Les réseaux de surveillance sanitaire- exemple de la lagune de Thau 1 h

ENSAT Bac+5 L’étang de Thau sous haute

surveillance : mise en œuvre et finalités de gestion

1 h

Emmanuelle ROQUE Cnam, Mèze Bac+3, Cadres

Techniques Aquaculture mondiale 4 h

Cnam, Montpellier Bac+4, Managers Conchyliculture en Méditerranée 4 h

Martin UBERTINI Cnam, Mèze Bac+3, Cadres Techniques Conchyliculture 12 h

Rapport annuel 2014 du LER/LR 30

Annexe 3 : Partenariats Depuis 2014, le LER/LR est partenaire

- du consortium français sur la prolifération des algues nocives, motivé par la création du Groupement de Recherche (GDR) PHYCOTOX dont les recherches portent sur l’impact des microalgues sur l’homme et l’environnement ;

- du Groupe de recherche International « GDR‐I‐RECHAGLO » (2014‐2018) « Réponses au changement global des populations et communautés ». Les objectifs concernent la prise en compte du changement global sur les pêches et l’aquaculture, l’étude des effets séparés et combinés des perturbations environnementales, à différents niveaux d’organisation biologique et différentes échelles spatiales. Il est prévu de proposer des scénarios et des projections à différents horizons temporels quant à l’évolution des ressources exploitées et de leurs écosystèmes, et de proposer des outils permettant d’intégrer les effets du changement global dans les mesures de gestion.

Scientifiques

• Université de Montpellier (UMR ECOSYM, faculté de pharmacie et Géosciences) • Université d’Aix • CEFREM de Perpignan • MIO de Marseille

Socio-économiques (dont partenaires financiers*)

• Office National de l’Eau et des Milieux Aquatiques* • Agence de l’Eau RMC* • Collectivités territoriales*, communes littorales et Départements*, Régions*, …) • Comité régional de la conchyliculture en méditerranée CRCM • Comité régional des pêches maritimes et des élevages marins CRPMEM • Les ministères de tutelles*, les Services déconcentrés de l’État • Centre technique régional (CEPRALMAR) • Administrations décentralisées (DDTM, DREAL, DDPP, ARS) • Gestionnaires des milieux (syndicats de gestion des lagunes)

Rapport annuel 2014 du LER/LR 31

Annexe 4 : Fonctions de représentation assurées dans les instances régionales, nationales, européennes ou internationales

Nom de la structure Instance Rôle Salariés concernés

Nb réunions par an

Services de l’État

Direction Départementale des Territoires et de la Mer

(DDTM) Délégation Mer et Littoral

(DML)

Commission des cultures marines 34 Membre E ROQUE

D’ORBCASTEL 2

Direction Départementale des Territoires et de la Mer

(DDTM) Délégation Mer et Littoral

(DML)

Pôle de salubrité des coquillages/

réunions de crises sanitaires

Membre E ROQUE

D’ORBCASTEL A BAEHR

2-4

Collectivités s.o. s.o. s.o. s.o. s.o.

Instances professionnelles

CRCM Réunions de bureau, assemblée générale Invité E ROQUE

D’ORBCASTEL 1- 2

Comité Régional des pêches maritimes et des

élevages marins (CRPMEM)

Commission environnement Membre E ROQUE

D’ORBCASTEL 1-2

Établissements publics Agence de l’Eau RMC Comités de bassins,

SDAGE Représentant de l’Ifremer V DEROLEZ 1-2

Réunion

internationale

s.o. s.o. s.o. s.o. s.o.