MANUEL UTILISATEURS
RMN
Acquisition, traitement et tracé des spectres
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DRX 300 AVANCE 400
Aimant supraconducteur
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I - Introduction du tube dans l’aimant
Avant de faire quoi que ce soit, il faut vérifier qu’il n’y a pas d’acquisition en cours.
Lorsqu’une accumulation est en cours les barres lumineuses clignotent. Si c’est le cas,
prévenez-nous afin que nous arrêtions l’acquisition.
ou, en bas de l’écran, dans la barre d’outils :
Si une acquisition est en cours, le FID clignotent.
Il faut ensuite sortir le tube qui se trouve dans l’aimant (en général, c’est le tube de
référence : tube de D2O avec bouchon violet). Pour cela :
Sur le Keyboard appuyer sur le bouton orange 2nd et sur Lift Off (l’air comprimé
s’échappe alors de la tête de l’aimant).
Rem. : Sur le 400 MHz, il suffit d’appuyer sur Lift On-Off pour que l’air comprimé
s’échappe.
Sur le Keyboard
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Revenir sur le Keyboard pour arrêter l’air comprimé par la fonction Lift Off
Toujours essuyer le tube avant de le mettre dans l’aimant !
Placer le tube dans la turbine. (2)
Placer la turbine en butée sur la jauge afin que la solution soit dans la zone
adéquate (sonde 5 mm). (4 et 5)
Ne pas toucher la vis de réglage de la hauteur.
Insertion de l’échantillon dans la turbine
Le Keyboard
2nd
Lift Off
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Influence d’une mauvaise insertion de l’échantillon et influence du volume
de solvant sur les réglages des shims:
Le volume idéal de solvant est 700 μL.
Rappeler l’air comprimé (on entend alors l’air comprimé s’échapper de la tête de
l’aimant).
Placer la turbine, contenant le tube, à la tête de l’aimant. Ne pas lâcher le tube
d’un seul coup. Bien vérifier qu’il est en suspension grâce à l’air comprimé.
Arrêter l’air comprimé. Le tube descend dans l’aimant et se place à la tête de la
sonde.
Echantillon dans la sonde
Rem. : Le tube doit être en rotation pour le 300 MHz (Spin allumé) et le 400MHz avec la
sonde dual (Spin on-ff allumé).
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Par contre pour le 400 MHz avec la sonde TBI, le tube ne tourne pas. En effet la sonde
TBI est optimisée sans rotation (Spin on-ff éteint).
II – Réglage du champ et de la résolution
Les réglages sont beaucoup plus fins sur le 400 MHz que sur le 300 Mhz.
Dans la ligne de commande de la fenêtre topspin, taper Lock
Cliquer sur le solvant voulu dans la fenêtre qui apparaît.
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Le spectromètre se lock tout seul.
Attendre que le message "lock finished" apparaisse.
Rem. : si la ligne de lock paraît trop "lisse", il est possible de l’intensifier en
plaçant lock gain à 120 puis en diminuant le lock power jusqu’à la valeur qui
permet de récupérer le lock à l’écran.
Régler les shims z et z2 pour optimiser la résolution en compensant les
inhomogénéités du champ magnétique. La touche Fine doit aussi être allumée.
Cliquer sur z. Faire monter le signal dans la fenêtre du lock au maximum grâce à
la molette (cliquer sur lock power ou lock gain pour ramener le signal dans la
fenêtre du lock). Ne pas trop diminuer ou augmenter l’un par rapport à l’autre.
Même procédure pour z2
Ensuite recommencer avec z et ainsi de suite jusqu’à ce que le signal ne monte
plus lorsque l’on tourne la molette dans un sens ou dans l’autre.
Pour le 400 MHz : Afin de pouvoir sélectionner z ou z2, vérifier que la touche On
axis soit allumée.
Si la fenêtre de lock est fermée, cliquer sur pour la faire réapparaître.
Signal locké
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Rem.: influence des réglages de z et z2 sur l’allure des signaux
Un volume insuffisant, un produit mal solubilisé, un tube inadapté, un tube sale ou
rayé, la présence d’impuretés paramagnétiques engendreront de mauvais shims :
Au moindre doute, ne rien toucher et appeler le personnel du service.
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III- Acquisition d’un spectre
Taper edc
La fenêtre suivante s’ouvre :
Name : Rentrer la référence de votre spectre en commençant par une lettre
Expno : 1 (incrémenter si plusieurs analyses)
Ex. : ax091018.3ciel
ax091018.4cosm
Rem. : Pour faire un 13C sur le même échantillon après avoir fait un 1H, sous le même
nom, taper edc et mettre dans expno : 2
Title : si vous le souhaitez, taper un titre pour votre spectre.
L’équipe dont vous faites partie
Le spectromètre sur lequel vous vous trouvez
3 pour le 300 MHz et 4 pour le 400 MHz
vos
initiales
date
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Appeler les programmes d’acquisition en tapant rpar rmn*
Choisir le programme qui vous intéresse : 1H, 13C, 31P dans le format d’impression
A4 ou A3.
Pour le 400 MHz : Le programme est spécifique à la sonde en place. Deux sondes
sont utilisées la TBI et la Dual.
Valider en cliquant sur Copy
Taper ii
Sur le 300 MHz, une vanne pneumatique permet de passer du 31P au 19F.
Attention au bruit.
Attendre que "ii finished" apparaisse en bas de l’écran.
Taper rga (rga règle la réception en fonction de l’échantillon / il permet de
calculer le rg pour ne pas saturer l’émetteur)
Attendre que "rga finished" apparaisse en bas de l’écran.
Taper zg
L’acquisition est lancée. Elle dure 16 ou 32 scans.
Rem. :
Pour modifier un paramètre de l’acquisition, l’appeler, modifier la valeur et
valider.
Ex. : pour modifier le nombre de scans, taper ns , rentrer la valeur souhaitée
par ex 48
ou pour modifier la fenêtre spectrale (-17 ppm à 13 ppm), taper sw et
rentrer 30 ppm puis, taper O1 et rentrer la valeur centrale de la fenêtre -
1000 Hz
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SW
Si vous avez lancé une acquisition, fait la transformée de Fourier et que vous
constatez que la réponse est faible, vous pouvez relancer l’acquisition en
tapant go.
Les acquisitions supplémentaires s’additionneront aux précédentes. Vous
pouvez taper go autant de fois que nécessaire afin d’obtenir le rapport
signal/bruit souhaité.
Pour voir l’acquisition se dérouler, cliquer sur dans la barre d’outils.
Pour arrêter une acquisition en cours, taper halt .
Pour voir ce que donne une acquisition en cours, taper tr .
Attendre quelques secondes puis faire la transformée de Fourier :
- ft (si 1H)
- ef (si 13C ou 31P) après avoir vérifié le lb (valeur idéale 1, valeur maximale
5).
A ce moment là, le spectre peut être phasé et le solvant calibré.
Si l’accumulation n’est pas suffisante, laisser l’acquisition se dérouler.
Lorsque l’accumulation est suffisante :
Taper halt
Puis efp (la transformée de Fourier est alors réalisée en gardant les réglages
de phase et la calibration déjà réalisés)
O1
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IV – Traitement du FID
Taper ft (si 1H) ou ef (si 13C ou 31P)
Cliquer sur afin de visualiser tout le spectre.
Vous pouvez augmenter l’intensité des pics grâce à la barre outils
Phaser en cliquant dans la barre d’outils .
La fenêtre suivante s’ouvre :
Le pic le plus intense est marqué par un trait rouge.
Phaser correctement ce grand pic : Cliquer sur 0 et maintenir le clic tout en
bougeant la souris de sorte que le pic se phase. Relâcher le clic lorsque vous
jugez que la phase de ce pic est correcte.
Puis phaser le pic le plus éloigné de la même manière avec 1
Valider en cliquant sur
Augmenter ou
diviser par 2,
l’intensité des pics
Augmenter ou
diviser par 8,
l’intensité des pics
Clic gauche sur cet icône, maintenir le clic et faire
glisser la souris jusqu’à obtenir l’intensité de pics
souhaitée.
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V – Calibration du spectre
En 1H et en 13C :
Repérer le pic du solvant
(sauf dans D2O où on insère alors un SR)
Agrandir le signal du solvant (si nécessaire). Pour cela, se placer à gauche du pic,
cliquer sur le bouton gauche de la souris et, en maintenant ce clic, faire glisser la
souris vers la droite de façon à délimiter la zone d’agrandissement (une flèche
verte matérialise cette zone). Lorsque la zone est délimitée, relâcher le clic. La
zone zoomée apparaît alors à l’écran et vous voyez au-dessus, le spectre global
avec la zone zoomée en vert.
Cliquer sur dans la barre d’outils .
La fenêtre suivante s’ouvre :
A l’aide de la souris, venir placer la ligne rouge sur le pic de solvant et cliquer
gauche. Une fenêtre s’ouvre donnant la valeur actuelle du pic.
Taper la bonne valeur dans cette fenêtre et valider par .
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Si le solvant de référence est D2O :
Taper sr
Une fenêtre s’ouvre donnant la valeur actuelle du sr
Taper la bonne valeur dans cette fenêtre et valider par (les valeurs des SR sont
notées sur une feuille affichée sur chaque poste de travail).
En 31P :
Il faut calibrer le spectre grâce au SR correspondant au solvant utilisé.
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Déplacements chimiques 1H et 13C des solvants deuteurés
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VI – Intégration et peak picking
Correction de la ligne de base.
Si nécessaire (ligne de base au-dessus ou en-dessous du zéro), cliquer sur
dans la barre d’outils .
La fenêtre suivante s’ouvre :
La ligne de base est coupée en 5 segments A, B, C, D et E (A est le segment le
plus à gauche et E celui le plus à droite).
En cliquant sur les icones A, B, C, D et E, il est possible d’ajuster la ligne de base
au spectre obtenu. Pour cela, cliquer avec le bouton gauche de la souris sur l’un
de ces icones (en fonction de la (ou des) zone(s) à modifier). Maintenir le clic et
faire glisser la souris de sorte d’ajuster au mieux la ligne de base. Relâcher le clic
lorsque l’ajustement est correct.
Procéder de la même manière avec les autres parties du spectre.
Puis sauvegarder en cliquant sur
Peak picking, cliquer sur dans la barre d’outils .
La fenêtre suivante s’ouvre :
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Pour pouvoir sélectionner des pics, il faut que cet icône soit en vert . Si ça
n’est pas le cas, cliquer dessus afin qu’il soit sélectionné.
En cliquant gauche sur la souris et en maintenant le clic, tracer un rectangle qui
contient tous les sommets des pics dont vous souhaitez obtenir le déplacement
chimique. Relâcher le clic et un rectangle vert apparaît. Il est possible de tracer
autant de rectangle que l’on souhaite.
Il est possible de modifier une zone vert tracée, en cliquant sur . Alors, en se
plaçant sur les côtés du rectangle à modifier, une double flèche apparaît
permettant d’ajuster la surface du rectangle.
Sortir et sauvegarder en cliquant sur
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Intégration, zoomer sur la partie gauche du spectre.
Cliquer sur dans la barre d’outils
La fenêtre suivante s’ouvre :
Pour pouvoir intégrer le spectre, il faut que cet icône soit en vert . Si ça n’est
pas le cas, cliquer dessus afin qu’il soit sélectionné.
Se placer au pied à gauche du premier pic et cliquer gauche sur la souris.
Maintenir le clic et passer à droite du pic puis relâcher le clic. Le premier pic est
intégré.
Passer au pic suivant et renouveler la procédure.
Se déplacer sur le spectre avec les flèches (dans les barres d’outils
principales de la fenêtre topspin) afin de voir à l’écran les pics les plus à droite du
spectre.
Après avoir intégré tous les pics, revenir sur un signal donné et lui attribuer une valeur
particulière.
Pour cela :
Placez la ligne rouge au centre du pic souhaité et cliquer droit sur la souris.
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Cliquer sur calibrate current integral. Une fenêtre s’ouvre. Entrer la valeur
souhaitée puis
Valider l’intégration du spectre en cliquant sur
VII – Tracé
Taper xwp pour ouvrir la fenêtre de tracé xwinplot.
La fenêtre suivante s’ouvre :
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Cliquer sur
puis sur votre spectre pour le sélectionner
Cliquer sur Edit dans le menu principal
The graph editor
1D object editor
Vos choix faits, cliquer sur Apply puis OK.
Rentrer ici l’échelle de ppm souhaitée (ex : 8,0)
Ici, il est possible de faire apparaître ou pas
sur les spectres les déplacements
chimiques, les intégrales et les valeurs de
ces intégrales.
Units for Peak Labels permet d’imposer les
valeurs des pics en Hz.
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Cliquer sur 1D/2D-edit
Il est possible de rajouter sur le même spectre l’agrandissement d’un pic ou d’une
partie du spectre.
Pour cela, cliquer sur . Cliquer avec le bouton gauche de la souris à un
endroit de votre spectre. Maintenir le clic et faire glisser la souris de façon à tracer
une nouvelle fenêtre. Relâcher le clic lorsque vous avez la fenêtre adéquate. Votre
spectre apparaît alors dans cette fenêtre.
Pour agrandir la zone souhaitée, cliquer sur
Cliquer avec le bouton gauche de la souris en haut à gauche de la partie à
agrandir. Maintenir le clic de façon à venir encadrer la zone à agrandir. Relâcher le
clic. L’agrandissement est réalisé.
L’agrandissement peut être traité comme le spectre de base.
Ex :
Dans cette fenêtre, grâce aux différents
icones, il est possible de moduler la taille
des pics.
Pour cela, cliquer sur l’icone de votre choix
avec le bouton gauche de la souris.
Maintenir le clic et faire glisser la souris
jusqu’à obtenir la modification souhaitée.
Relâcher le clic. La modification est prise en
compte.
Pour sortir, Close.
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Pour imprimer, cliquer sur File dans le menu principal, puis sur Print
Cliquer sur Print
VIII – Réservation des créneaux
Le Service est ouvert de 8h15 à 17h30 les lundis, mardis, mercredis et jeudis et
de 8h15 à 17h les vendredis, sauf indications autres.
Chaque utilisateur peut réserver un créneau sur les agendas en ligne (SGPLAT-
300 et SGPLAT-400).
Le créneau minimum est de 15 min. Si un créneau réservé n’est pas pris au bout
de 15 min, il est perdu et le Service pourra donner ce créneau à une autre
personne.
Les créneaux de nuit commencent à 17h15 (ou 16h45 les vendredis).
L’acquisition 13C peut être lancée sur toute la nuit ou, si quelques heures
suffisent, il suffit de noter sur le planning le nombre d’heures utilisées en fonction
du nombre de scans paramétré. Pour connaître la durée d’une acquisition (si vous
changez le nombre de scans (ns)), taper expt.
Les créneaux réservés peuvent être annulés jusqu’à la veille du créneau.
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Déplacements chimiques des solvants dans différents solvants deutérés
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