MANUEL UTILISATEURS RMN - univ-brest.fr

MANUEL UTILISATEURS

RMN

Acquisition, traitement et tracé des spectres

Plateforme technologique RMN-RPE-SM Brest

DRX 300 AVANCE 400

Aimant supraconducteur

Manuel utilisateurs 300 et 400 MHz

Plateforme technologique RMN-RPE Brest 3

I - Introduction du tube dans l’aimant

Avant de faire quoi que ce soit, il faut vérifier qu’il n’y a pas d’acquisition en cours.

Lorsqu’une accumulation est en cours les barres lumineuses clignotent. Si c’est le cas,

prévenez-nous afin que nous arrêtions l’acquisition.

ou, en bas de l’écran, dans la barre d’outils :

Si une acquisition est en cours, le FID clignotent.

Il faut ensuite sortir le tube qui se trouve dans l’aimant (en général, c’est le tube de

référence : tube de D2O avec bouchon violet). Pour cela :

Sur le Keyboard appuyer sur le bouton orange 2nd et sur Lift Off (l’air comprimé

s’échappe alors de la tête de l’aimant).

Rem. : Sur le 400 MHz, il suffit d’appuyer sur Lift On-Off pour que l’air comprimé

s’échappe.

Sur le Keyboard



Revenir sur le Keyboard pour arrêter l’air comprimé par la fonction Lift Off

Toujours essuyer le tube avant de le mettre dans l’aimant !

Placer le tube dans la turbine. (2)

Placer la turbine en butée sur la jauge afin que la solution soit dans la zone

adéquate (sonde 5 mm). (4 et 5)

Ne pas toucher la vis de réglage de la hauteur.

Insertion de l’échantillon dans la turbine

Le Keyboard

2nd

Lift Off



Influence d’une mauvaise insertion de l’échantillon et influence du volume

de solvant sur les réglages des shims:

Le volume idéal de solvant est 700 μL.

Rappeler l’air comprimé (on entend alors l’air comprimé s’échapper de la tête de

l’aimant).

Placer la turbine, contenant le tube, à la tête de l’aimant. Ne pas lâcher le tube

d’un seul coup. Bien vérifier qu’il est en suspension grâce à l’air comprimé.

Arrêter l’air comprimé. Le tube descend dans l’aimant et se place à la tête de la

sonde.

Echantillon dans la sonde

Rem. : Le tube doit être en rotation pour le 300 MHz (Spin allumé) et le 400MHz avec la

sonde dual (Spin on-ff allumé).



Par contre pour le 400 MHz avec la sonde TBI, le tube ne tourne pas. En effet la sonde

TBI est optimisée sans rotation (Spin on-ff éteint).

II – Réglage du champ et de la résolution

Les réglages sont beaucoup plus fins sur le 400 MHz que sur le 300 Mhz.

Dans la ligne de commande de la fenêtre topspin, taper Lock

Cliquer sur le solvant voulu dans la fenêtre qui apparaît.



Le spectromètre se lock tout seul.

Attendre que le message "lock finished" apparaisse.

Rem. : si la ligne de lock paraît trop "lisse", il est possible de l’intensifier en

plaçant lock gain à 120 puis en diminuant le lock power jusqu’à la valeur qui

permet de récupérer le lock à l’écran.

Régler les shims z et z2 pour optimiser la résolution en compensant les

inhomogénéités du champ magnétique. La touche Fine doit aussi être allumée.

Cliquer sur z. Faire monter le signal dans la fenêtre du lock au maximum grâce à

la molette (cliquer sur lock power ou lock gain pour ramener le signal dans la

fenêtre du lock). Ne pas trop diminuer ou augmenter l’un par rapport à l’autre.

Même procédure pour z2

Ensuite recommencer avec z et ainsi de suite jusqu’à ce que le signal ne monte

plus lorsque l’on tourne la molette dans un sens ou dans l’autre.

Pour le 400 MHz : Afin de pouvoir sélectionner z ou z2, vérifier que la touche On

axis soit allumée.

Si la fenêtre de lock est fermée, cliquer sur pour la faire réapparaître.

Signal locké



Rem.: influence des réglages de z et z2 sur l’allure des signaux

Un volume insuffisant, un produit mal solubilisé, un tube inadapté, un tube sale ou

rayé, la présence d’impuretés paramagnétiques engendreront de mauvais shims :

Au moindre doute, ne rien toucher et appeler le personnel du service.



III- Acquisition d’un spectre

Taper edc

La fenêtre suivante s’ouvre :

Name : Rentrer la référence de votre spectre en commençant par une lettre

Expno : 1 (incrémenter si plusieurs analyses)

Ex. : ax091018.3ciel

ax091018.4cosm

Rem. : Pour faire un 13C sur le même échantillon après avoir fait un 1H, sous le même

nom, taper edc et mettre dans expno : 2

Title : si vous le souhaitez, taper un titre pour votre spectre.

L’équipe dont vous faites partie

Le spectromètre sur lequel vous vous trouvez

3 pour le 300 MHz et 4 pour le 400 MHz

vos

initiales

date



Appeler les programmes d’acquisition en tapant rpar rmn*

Choisir le programme qui vous intéresse : 1H, 13C, 31P dans le format d’impression

A4 ou A3.

Pour le 400 MHz : Le programme est spécifique à la sonde en place. Deux sondes

sont utilisées la TBI et la Dual.

Valider en cliquant sur Copy

Taper ii

Sur le 300 MHz, une vanne pneumatique permet de passer du 31P au 19F.

Attention au bruit.

Attendre que "ii finished" apparaisse en bas de l’écran.

Taper rga (rga règle la réception en fonction de l’échantillon / il permet de

calculer le rg pour ne pas saturer l’émetteur)

Attendre que "rga finished" apparaisse en bas de l’écran.

Taper zg

L’acquisition est lancée. Elle dure 16 ou 32 scans.

Rem. :

Pour modifier un paramètre de l’acquisition, l’appeler, modifier la valeur et

valider.

Ex. : pour modifier le nombre de scans, taper ns , rentrer la valeur souhaitée

par ex 48

ou pour modifier la fenêtre spectrale (-17 ppm à 13 ppm), taper sw et

rentrer 30 ppm puis, taper O1 et rentrer la valeur centrale de la fenêtre -

1000 Hz



SW

Si vous avez lancé une acquisition, fait la transformée de Fourier et que vous

constatez que la réponse est faible, vous pouvez relancer l’acquisition en

tapant go.

Les acquisitions supplémentaires s’additionneront aux précédentes. Vous

pouvez taper go autant de fois que nécessaire afin d’obtenir le rapport

signal/bruit souhaité.

Pour voir l’acquisition se dérouler, cliquer sur dans la barre d’outils.

Pour arrêter une acquisition en cours, taper halt .

Pour voir ce que donne une acquisition en cours, taper tr .

Attendre quelques secondes puis faire la transformée de Fourier :

- ft (si 1H)

- ef (si 13C ou 31P) après avoir vérifié le lb (valeur idéale 1, valeur maximale

5).

A ce moment là, le spectre peut être phasé et le solvant calibré.

Si l’accumulation n’est pas suffisante, laisser l’acquisition se dérouler.

Lorsque l’accumulation est suffisante :

Taper halt

Puis efp (la transformée de Fourier est alors réalisée en gardant les réglages

de phase et la calibration déjà réalisés)

O1



IV – Traitement du FID

Taper ft (si 1H) ou ef (si 13C ou 31P)

Cliquer sur afin de visualiser tout le spectre.

Vous pouvez augmenter l’intensité des pics grâce à la barre outils

Phaser en cliquant dans la barre d’outils .


Le pic le plus intense est marqué par un trait rouge.

Phaser correctement ce grand pic : Cliquer sur 0 et maintenir le clic tout en

bougeant la souris de sorte que le pic se phase. Relâcher le clic lorsque vous

jugez que la phase de ce pic est correcte.

Puis phaser le pic le plus éloigné de la même manière avec 1

Valider en cliquant sur

Augmenter ou

diviser par 2,

l’intensité des pics

Augmenter ou

diviser par 8,

l’intensité des pics

Clic gauche sur cet icône, maintenir le clic et faire

glisser la souris jusqu’à obtenir l’intensité de pics

souhaitée.



V – Calibration du spectre

En 1H et en 13C :

Repérer le pic du solvant

(sauf dans D2O où on insère alors un SR)

Agrandir le signal du solvant (si nécessaire). Pour cela, se placer à gauche du pic,

cliquer sur le bouton gauche de la souris et, en maintenant ce clic, faire glisser la

souris vers la droite de façon à délimiter la zone d’agrandissement (une flèche

verte matérialise cette zone). Lorsque la zone est délimitée, relâcher le clic. La

zone zoomée apparaît alors à l’écran et vous voyez au-dessus, le spectre global

avec la zone zoomée en vert.

Cliquer sur dans la barre d’outils .


A l’aide de la souris, venir placer la ligne rouge sur le pic de solvant et cliquer

gauche. Une fenêtre s’ouvre donnant la valeur actuelle du pic.

Taper la bonne valeur dans cette fenêtre et valider par .



Si le solvant de référence est D2O :

Taper sr

Une fenêtre s’ouvre donnant la valeur actuelle du sr

Taper la bonne valeur dans cette fenêtre et valider par (les valeurs des SR sont

notées sur une feuille affichée sur chaque poste de travail).

En 31P :

Il faut calibrer le spectre grâce au SR correspondant au solvant utilisé.



Déplacements chimiques 1H et 13C des solvants deuteurés



VI – Intégration et peak picking

Correction de la ligne de base.

Si nécessaire (ligne de base au-dessus ou en-dessous du zéro), cliquer sur

dans la barre d’outils .


La ligne de base est coupée en 5 segments A, B, C, D et E (A est le segment le

plus à gauche et E celui le plus à droite).

En cliquant sur les icones A, B, C, D et E, il est possible d’ajuster la ligne de base

au spectre obtenu. Pour cela, cliquer avec le bouton gauche de la souris sur l’un

de ces icones (en fonction de la (ou des) zone(s) à modifier). Maintenir le clic et

faire glisser la souris de sorte d’ajuster au mieux la ligne de base. Relâcher le clic

lorsque l’ajustement est correct.

Procéder de la même manière avec les autres parties du spectre.

Puis sauvegarder en cliquant sur

Peak picking, cliquer sur dans la barre d’outils .




Pour pouvoir sélectionner des pics, il faut que cet icône soit en vert . Si ça

n’est pas le cas, cliquer dessus afin qu’il soit sélectionné.

En cliquant gauche sur la souris et en maintenant le clic, tracer un rectangle qui

contient tous les sommets des pics dont vous souhaitez obtenir le déplacement

chimique. Relâcher le clic et un rectangle vert apparaît. Il est possible de tracer

autant de rectangle que l’on souhaite.

Il est possible de modifier une zone vert tracée, en cliquant sur . Alors, en se

plaçant sur les côtés du rectangle à modifier, une double flèche apparaît

permettant d’ajuster la surface du rectangle.

Sortir et sauvegarder en cliquant sur



Intégration, zoomer sur la partie gauche du spectre.

Cliquer sur dans la barre d’outils


Pour pouvoir intégrer le spectre, il faut que cet icône soit en vert . Si ça n’est

pas le cas, cliquer dessus afin qu’il soit sélectionné.

Se placer au pied à gauche du premier pic et cliquer gauche sur la souris.

Maintenir le clic et passer à droite du pic puis relâcher le clic. Le premier pic est

intégré.

Passer au pic suivant et renouveler la procédure.

Se déplacer sur le spectre avec les flèches (dans les barres d’outils

principales de la fenêtre topspin) afin de voir à l’écran les pics les plus à droite du

spectre.

Après avoir intégré tous les pics, revenir sur un signal donné et lui attribuer une valeur

particulière.

Pour cela :

Placez la ligne rouge au centre du pic souhaité et cliquer droit sur la souris.



Cliquer sur calibrate current integral. Une fenêtre s’ouvre. Entrer la valeur

souhaitée puis

Valider l’intégration du spectre en cliquant sur

VII – Tracé

Taper xwp pour ouvrir la fenêtre de tracé xwinplot.




Cliquer sur

puis sur votre spectre pour le sélectionner

Cliquer sur Edit dans le menu principal

The graph editor

1D object editor

Vos choix faits, cliquer sur Apply puis OK.

Rentrer ici l’échelle de ppm souhaitée (ex : 8,0)

Ici, il est possible de faire apparaître ou pas

sur les spectres les déplacements

chimiques, les intégrales et les valeurs de

ces intégrales.

Units for Peak Labels permet d’imposer les

valeurs des pics en Hz.



Cliquer sur 1D/2D-edit

Il est possible de rajouter sur le même spectre l’agrandissement d’un pic ou d’une

partie du spectre.

Pour cela, cliquer sur . Cliquer avec le bouton gauche de la souris à un

endroit de votre spectre. Maintenir le clic et faire glisser la souris de façon à tracer

une nouvelle fenêtre. Relâcher le clic lorsque vous avez la fenêtre adéquate. Votre

spectre apparaît alors dans cette fenêtre.

Pour agrandir la zone souhaitée, cliquer sur

Cliquer avec le bouton gauche de la souris en haut à gauche de la partie à

agrandir. Maintenir le clic de façon à venir encadrer la zone à agrandir. Relâcher le

clic. L’agrandissement est réalisé.

L’agrandissement peut être traité comme le spectre de base.

Ex :

Dans cette fenêtre, grâce aux différents

icones, il est possible de moduler la taille

des pics.

Pour cela, cliquer sur l’icone de votre choix

avec le bouton gauche de la souris.

Maintenir le clic et faire glisser la souris

jusqu’à obtenir la modification souhaitée.

Relâcher le clic. La modification est prise en

compte.

Pour sortir, Close.



Pour imprimer, cliquer sur File dans le menu principal, puis sur Print

Cliquer sur Print

VIII – Réservation des créneaux

Le Service est ouvert de 8h15 à 17h30 les lundis, mardis, mercredis et jeudis et

de 8h15 à 17h les vendredis, sauf indications autres.

Chaque utilisateur peut réserver un créneau sur les agendas en ligne (SGPLAT-

300 et SGPLAT-400).

Le créneau minimum est de 15 min. Si un créneau réservé n’est pas pris au bout

de 15 min, il est perdu et le Service pourra donner ce créneau à une autre

personne.

Les créneaux de nuit commencent à 17h15 (ou 16h45 les vendredis).

L’acquisition 13C peut être lancée sur toute la nuit ou, si quelques heures

suffisent, il suffit de noter sur le planning le nombre d’heures utilisées en fonction

du nombre de scans paramétré. Pour connaître la durée d’une acquisition (si vous

changez le nombre de scans (ns)), taper expt.

Les créneaux réservés peuvent être annulés jusqu’à la veille du créneau.



Déplacements chimiques des solvants dans différents solvants deutérés



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