N° 3. Octobre 2014

L’agroécologie pour tous

copyright © BEGUEY Alain INRA

Presse, Posters et Publications Réalisé par Sylvie Belotti, Dominique Millot et Eric Lichtfouse Cellule d’ingénierie des connaissances et d’assistance à la publication (CICAP) UMR1347 Agroécologie E-mail : cicap@dijon.inra.fr Publications de l’UMR : http://www6.dijon.inra.fr/umragroecologie/Publications Intranet : https://intranet6.dijon.inra.fr/umragroecologie/Cellules/Ingenierie-des-Connaissances-et-Assistance-a-la-Publication-CICAP

SOMMAIRE

PRESSE Biodiversité. Elles s’adaptent très bien dans leur environnement.

Quelques bonnes nouvelles pour les mauvaises herbes

Pour une meilleure cohabitation des espèces cultivées et des mauvaises herbes

Biodiversité. Mais d'où viennent donc ces étranges Mycorhizes ? Le monde mystérieux des champignons

Un tram toujours plus vert

Tram, racines et champignons

Dijon : tramway, gazon et champignons, patience, ça pousse !

Tram, gazon et champignons. Limiter les tontes et les arrosages avec des symbioses racinaires. Une expérience d’agroécologie appliquée

Entre ferme et laboratoire

Ces plantes sont nos ennemies

Herbicides céréales : "Alterner en sortie d'hiver n'est pas suffisant"

Herbicides : vaincre les résistances

Bioagresseurs : à l'affût de nouvelles résistances

Des truffes qui ont de l'avenir

Questions aux agriculteurs sur la gestion des résistances

Agroécologie, expérimenter à l'échelle du paysage et du territoire

Des résultats de premier plan pour l’INRA de Dijon

Pollens, l’allergie qui gagne du terrain

Peut-on vaincre les allergies?

Des pépites dans vos assiettes : les bienfaits des légumineuses...

La résistance existait avant les herbicides

GenoSol : La mémoire des sols

Processus de diversification des communautés bactériennes du sol à grande échelle

Près de 1000 agriculteurs au rendez-vous à la plateforme TMCE

Une découverte sur un champignon au service des vignes

Chlordécone, poison durable

La bataille des sols. Enquête sur une lutte environnementale

Conception de systèmes agroécologiques à l'échelle d'un territoire : un exemple de co-construction d'un projet d'expérimentation

La membrane plasmique des plantes : une clé dans la détection des agresseurs et le processus de défense

Analyse écophysiologique de la nitrophilie des espèces adventices

POSTERS Le paysage agricole: un levier d’action pour promouvoir la prédation des graines d’adventices par les

carabidés Weed-DATA Base de données ‘Traits’ des plantes adventices des agroécosystèmes

Proxi-détection des adventices par imagerie aérienne

Traitement de l’information géoélectrique pour cartographier l’hétérogénéité intra parcellaire de l’épaisseur du sol

Ecologie des bactéries dénitrifiantes du sol en relation avec les émissions de N2O

Effet de la nutrition et du génotype sur les réponses de défense chez Medicago truncatula

Diversité taxonomique, phylogénétique et fonctionnelle de trois syntaxons des prairies permanentes

Modèle prédictif de la biomasse microbienne moléculaire du sol

Genetic diversity of nodulated root structure and nitrogen nutrition in a core collection of pea

Trait distribution within winter wheat fields can partly be explained by disturbances and competition for resources

How does functional diversity of plant assemblages reduce growth response of the invasive species Ambrosia artemisiifolia L.?

How does reduced herbicide use affect biodiversity and crop production?

Reconciling pesticide reduction with economic and environmental sustainability in arable farming

Assessment of pesticides ecotoxicology on soil microorganism

Microcosm assessment of the dissipation and soil microbial ecotoxicity of chlorpyrifos and tebuconazole using standardized advanced molecular tools

Loss in microbial diversity affects nitrogen cycling in soil

GnS-PIPE: an optimized bionformatic pipeline to efficiently assess microbial taxonomic diversity of complex environments using high throughput sequencing technologies

Social media to promote the journal agronomy for sustainable development

Novel bibliographic maps to guide research units

Publier la Science, a novel newsletter on scientific publication

PUBLICATIONS

28 MAGAZINE / NATURELE BIEN PUBLIC

Dimanche 15décembre 2013

£ Adventices des cultu-res ?

Georges Brassens nousavait prévenus : « je suis d’lamauvaise herbe, braves gens(…),etc’estpasmoiqu’onmeten gerbes ». Mais alors pour-quoi vouloir contrôler les po-pulations de mauvaises her-bes dans nos champs ? Lestravaux de Malherbologie(étude de la flore des champs)réalisés à l’INRA de Dijonfont aujourd’hui appel àl’agronomie et à l’écologiepour nous éclairer sur la né-cessitédelimiterdetropfortesdensitésdeplantesadventicesconcurrentes des espèces cul-tivées et la volonté de les pro-téger car elles font partie denotre patrimoine végétal.

£ D’où viennent les mau-vaises herbes des champs ?

Les mauvaises herbes quel’on peut observer dans leschamps ont des origines va-riées. Une partie d’entre ellessont arrivées en France il y a8 000 ans en provenanced’Asie mineure avec les pre-mières semences de cultures.

Ces messicoles comme lebleuetou lecoquelicot se sontprogressivement adaptées degénération en génération etfontdésormaispartiedenotreflore locale. D’autres espècessont arrivées à partir duXVe siècle, avec ladécouvertedesAmériques,commel’ama-rante, ou plus récemment, auXIXe siècle, comme le daturaou l’ambroisie. La flore ad-ventice est donc constituéed’une mosaïque d’espèces cequi leurconfèreun fortpoten-tiel d’adaptation et de survie.

£ Comment peuvent-ellessurvivremalgrétoutcequ’on

leur fait subir ?Les mauvaises herbes sont

bien adaptées aux milieuxperturbés par les activités hu-maines et peuvent tolérer descontraintes (désherbages chi-mique, thermique, mécani-que) qui feraient disparaîtrebeaucoup d’autres végétaux.Mais comment ? Elles ontune croissance rapide per-mettant, en un temps record,une production d’un trèsgrand nombre de semencespour les espèces annuellescomme la mercuriale ou lebrome stérile. D’autres, les es-pèces vivaces, produisent desorganes de survie souterrainscomme des rhizomes (tigessouterrainesduchiendent)oudes bulbes (ail des vignes). Se-mences,bulbes,rhizomesper-sistentdans le solpourde lon-guespériodes leurpermettantde se développer à nouveauquand les conditions serontfavorables.

£ En quoi sont-elles nuisi-bles ?

La majorité des mauvaisesherbes pose surtout des pro-blèmesdecompétitionaveclaculture pour les ressources(lumière, eau et azote notam-

ment). C’est donc unique-mentquandilyatropdeplan-tes qui se partagent cetteressource limitée que la nuisi-bilitépeut êtreperçueparuneperte de rendement. D’autresproblèmes comme des ris-quesdetoxicité (datura, ivraieenivrante), de favoriser deschampignons pathogènes(chiendent) ou de créer unegêne à la récolte (gaillet) sontquelquefois signalés.

En partenariat avec l’association Bourgogne Nature, association fédératrice regroupant la Sociétéd’histoire naturelle d’Autun, la Société des sciences naturelles de Bourgogne, le Parc naturelrégional du Morvan et le Conservatoire d’espaces naturels de Bourgogne.www.bourgogne-nature.fr

BIODIVERSITÉ. Elles s’adaptent très bien dans leur environnement.

Quelquesbonnesnouvellespour lesmauvaisesherbesOn a beaucoup à apprendredes plantes advent icesconcurrentes des espècescultivées, plus communé­ment appelées les mauvai­ses herbes,

nPOUR ENSAVOIR PLUS

Dans un article de la re-vuescientifiqueBour-

gogne Nature (n° 7-2008),S téphane Cordeau etBruno Chauvel expliquentl’intérêt environnementaldes bandes enherbées lelong des cours d’eau. Cesbandes semées en herbeprotègent les cours d’eaudes produits épandus dansles champs. Elles héber-gent une grande diversitéd’adventices, trois fois plusque dans les champs, maispeuvent empêcher le déve-loppement de messicolesrares. On voit donc toute lacomplexité d’une gestion“écologique” des zonescultivées.

Une gestioncomplexe

L’ACTUBN

RENDEZ-VOUSDécouverte de la Cistuded’Europe le 16 décembreUne soirée-conférence orga-nisée par le Conservatoired’espaces naturels de Bourgo-gne et la commune de Marti-gny-le-Comte (71) amènera àmieux appréhender cette pe-tite tortue d’eau douce qui vitdans le sud de la Bourgogne.Rendez-vous à la salle des fê-tes de Poui l loux (71) , à19 h 30. Entrée gratuite etouverte à tous. Contact : Cé-cile Diaz : 03.80.79.25.99 oucecile.diaz@cen-bourgogne.fr

LESEXPERTSBRUNO CHAUVELET STÉPHANE CORDEAUChargés de recherche à l’Unitémixte de recherche 1347agroécologie à l’Inra de Dijon

« Près de 2000 espèces végétales (soit le tiers de la flore enFrance) peuvent se développer spontanément dans leschamps : cet ensemble d’espèces est connu sous le termede mauvaises herbes. Cette diversité est importante pourle bon fonctionnement des zones agricoles en fournissantde la nourriture sous forme de feuilles, de nectar, de grai-nes aux populations animales (oiseaux, insectes…). Laprésence de fleurs colorées est appréciée dans les paysa-ges agricoles. Certaines d’entre elles sont encore réguliè-rement consommées par l’homme. »

Lesmauvaisesherbesont­ellesquelquesqualités ?

CRÉDITSCoordination : Daniel Sirugue,rédacteur en chef de BougogneNature et conseiller scientifique auParc naturel régional du Morvan.Illustration : Gilles MacagnoRédaction : Bruno Chauvelet Stéphane Cordeau

Petit glossaire

Adventice : qualifie uneplante qui s’ajoute sponta­nément à un milieu donné.Ce terme est aujourd’huiutilisé à la place de mauvai­se herbe.Mauvaise herbe : planteindésirable là où elle setrouve, notamment à fortedensité dans les champs.Mess ico les : p lan tes(bleuet coquelicot, adonis),associées aux céréalesd’hiver (moisson), dont cer­taines sont devenues rares.Rhizomes : tiges souter­raines.

Les mauvaises herbes ne posentproblème que lorsqu’elles entrent enconcurrence avec d’autres plantes

Pour une meilleure

cohabitation des

espèces cultivées et

des mauvaises herbes INRA Département EA, Fiche Presse Actualités

INRA, le 17/04/2014

Au cœur des systèmes agricoles, les scientifiques ont établi des

relations fonctionnelles du cycle de vie des adventices en

réponse aux techniques culturales.

Mots-clés : adventice – biodiversité – flore - agroécologie -

modèle

Préserver la biodiversité dans les systèmes cultivés

Les adventices, dites "mauvaises herbes", sont à la fois

nuisibles pour la production agricole et importantes pour la

biodiversité des paysages agricoles. L'enjeu est donc de

comprendre quelles espèces et quels traits sont sélectionnés par

les pratiques agricoles afin de pouvoir proposer à terme des

systèmes de culture innovants conciliant production agricole et

respect de l'environnement.

Pour prévoir la réponse des espèces adventices aux techniques

culturales, les chercheurs ont établi des relations fonctionnelles

prédisant des traits-clé du cycle de vie des adventices à partir

de traits d'espèces faciles à mesurer. Ces relations ont été

établies expérimentalement sur un petit nombre d'espèces

représentatives de la variabilité du paramètre et des traits à

prédire. Désormais, pour prédire le comportement de nouvelles

espèces, il suffit de mesurer leurs traits : masse et forme des

semences, épaisseur des enveloppes, teneur en lipides... Il est

ainsi possible de prévoir la mortalité des semences adventices

dans le sol à l'épaisseur de leurs enveloppes, ou la croissance

pré-levée à la masse de ces semences.

Comprendre et modéliser la flore des cultures

L'identification de ces traits va permettre de paramétrer des

modèles de dynamique adventice pour un grand nombre

d'espèces. C'est notamment ce qui a été réalisé avec le modèle

de dynamique de flore, FlorSys, paramétré à l'aide de ces

relations, puis utilisé dans des études de simulations pour

identifier les traits d'espèces filtrées par les pratiques agricoles.

Il est constaté par exemple qu'une augmentation de fréquence

de labour sélectionne des espèces dont les semences ont des

enveloppes épaisses, mais des teneurs en lipides faibles.

La méthodologie utilisée dans cette étude va servir à établir des

relations fonctionnelles entre paramètres du cycle de vie et

traits d'espèce pour d'autres processus. Le modèle sera employé

pour simuler une plus large gamme de systèmes de culture

capables de concilier maintien de la production agricole,

réduction des herbicides et préservation de la biodiversité.

Contact(s) scientifique(s) : Nathalie Colbach - UMR

Agroécologie DijonCentre(s) associé(s) : Dijon © Nathalie Colbach

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En savoir plus Gérer les adventices à grande échelle

FlorSys est capable de simuler la dynamique

de la flore adventice en fonction des modes

de culture : l’élément clé de ce modèle est

principalement le stock de graines présent

dans le sol. FlorSys modélise le cycle de vie

des adventices, et calcule leur densité et leur

biomasse. "On peut ainsi simuler les pertes

de rendement qu’elles vont occasionner sur

les cultures, mais aussi les aspects positifs

liés à leur biodiversité, en tant que ressources

alimentaires pour les abeilles (via les fleurs)

et les oiseaux (via les semences au sol en

hiver)", explique Nathalie Colbach.

A propos de Colbach N., Granger S., Guyot S. H. M.

& Mézière D. (2014) A trait-based

approach to explain weed species response

to agricultural practices in a simulation

study with a cropping system model.

Agriculture, Ecosystems & Environment

183, 197-204.

Gardarin A., Dürr C. & Colbach N.

(2012) Modeling the dynamics and

emergence of a multispecies weed seed

bank with species traits. Ecological

Modelling 240, 123-138.

Gardarin A., Dürr C., Mannino M. R.,

Busset H. & Colbach N. (2010) Seed

mortality in the soil is related to the seed

coat thickness. Seed Science Research 20,

243-256.

En chiffres

Une flore de 16 espèces principales

d'adventices annuelles simulée

Les systèmes de culture typiques de 3

régions françaises étudiés

Simulation de chaque scénario sur 24

ans et répété avec 10 séries d'années

climatiques choisies au hasard dans la

météo régionale

http://www.ea.inra.fr/Toutes-les-actualites/Pour-une-meilleure-cohabitation-des-especes-cultivees-et-

des-mauvaises-herbes

6 www.forumeco.com

Environnement. Le Grand Dijon et la Lyonnaise des eaux ont développé le dispositif

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Un tram toujours plus vert

()Pas une seule goutte d'eau potable ne

sera utilisée pour le gazon du tramway. Dans une démarche écologique et de pré­servation de l'environnement, la Lyonnaise des Eaux a mis au point pour le Grand Dijon le dispositif« Eau Verte» depuis automne 2012, afin de satisfaire tous les besoins urbains en eau le long des deux lignes du tram­way. Ainsi, c'est vingt kilomèt­res de plateforme du tramway qui sont entretenues par les eaux de drainage issues du parking de la Trémouille. Ce dispositif spécifique à Dijon utilise deux réservoirs historiques datant de 1835. La réserve du site Darcy d'une capacité totale de 2.300 mètres cube et celle du site de Montmuzard d'une capacité de 3.200 mètres cube distribuent cette eau verte grâce à une cana­lisation spécifique qui leur per -mettent de communiquer.« Ce dispositif, qui est avant tout un engagement écologique avec I.e captageetl'utilisationd'uneres­source "perdue'; s'inscrit égale­ment dans la réhabilitation du

'SÊLECTION -,. '

du s am e d L8 r,nar.s - -' j

a u dlr:na od ié 8 juin

FINALE le s·amed) 2 ·1,Jûin (.tsh)"

_______ .... ~ ~---

patrimoine dijonnais avec l'u­tilisation de structures hiswriques »,déclare Oaude Valentin, chef d'agence de la Lyonnaise des eaux à Dijon.

UN ENTRETIEN EXPÉRIMENTAL Les espaces verts du tram ne

bénéficient pas seulement d'un arrosage écologique : dans la nuit de mardi 22 avril, des spo­res de champignons mycorhi­ziens microscopiques ont été plantées dans la terre des voies du tramway de !'Esplanade

-~~,...

Erasme à l'arrêt CHU. Ce sys­tème, développé dans l'agri­culture et testé pour la première fois dans un environnement urbain, est une initiative de )'U­nité mixte de recherche de l'Ins­titut national de la recherche agronomique (INRA), de l'uni­versité de Bourgogne, d'Agro écologie ainsi que du Jardin des sciences. Les mycorhizes instaurent une relation sym­biotique avec les racines des plantes. «Elles leur donnent un meilleur accès aux éléments

nutritifs du sol, décuplent le volume d'exploration du sol par les racines, facilitent leur accès à l'e.au et /.es aident à mi,eux résis­ter aux stress environnemen­taux. Cette expérimentation d'une durée de un an va per­mettre de baisser les arrosages nécessaires pour les sols très peu profonds du tramway», ajoute Agnès Fourgeron, direc­trice adjointe du Jardin des sciences.

THÉO SAFAR

SÉLECTION 2

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-

-LE JOURNAL DU PALAIS DE BOURGOGNE-

DU 28 AVRIL AU 4 MAI 2014 • N° 4391

E~ux. _________ ____ ___ _ CHALON-SUR-SAÔNE INVESTIT DANS LA ÎÉLÉRELÈVE POUR SIMPLIFIER LES FACTURES D'EAU. Pour améliorer la qualité du service de l'eau de la ville de Chalon sur Saône, le Grand Chalon en lien avec la Lyonnaise des Eaux, a fait le choix d'équiper les compteurs d'eau d'un dispositif de relevé à distance et en temps réel. La télérelève longue portée est un système automatisé de gestion en temps réel des consommations d'eau, proposé uniquement par Lyonnaise des Eaux. Contrairement au système de relevé semestriel, pour lequel un releveur se déplace au domicile du consommateur et nécessite que celui- ci soit présent, la télérelève permet de faire remonter automatiquement et en temps réel les index de consommation des compteurs d'eau vers un système informatique central. Il permet à l'abonné de mieux connaître

DR

ses consommations et donc, de mieux maîtriser sa facture. Ce nouveau service est sans surcout pour l'abonné dans le cadre du contrat de Délégation de Service Public signé avec la collectivité. L' installation porte sur les 9.000 compteurs d'eau. Ce déploiement sera réalisé en 3 ans. En 2013, 3000 compteurs ont été équipés d'émetteurs pour la télérelève. 3000 autres compteurs seront équipés cette année.

une equipe constituée

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Le Journal du Palais 4391 du 28-04 au 04-05-2014

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Ce mois-ci, le Jardin des sciences et l’UMR Agroécologie de l’université lancent uneétude biologique sur le tracé enherbé du tram. Son objet : la « mycorhization » desvégétaux, autrement dit le processus naturel par lequel des microchampignons

colonisent les racines des plantes. Les végétaux mycorhizés s’adaptent mieux et nécessitentmoins d’entretien et d’arrosage, explique Gérard Ferrière, directeur du Jardin des sciences.Le jardin botanique, où sont menées d’autres expérimentations avec l’université et l’Institutnational de la recherche agronomique (Inra), ensemencera quelques-unes de ses plates-bandes afin de prouver le bien-fondé de cette alliance. Son bénéfice peut contribuer à améliorer le goût des fruits et des légumes, fraises ou salades notamment, que le jardinprésentera à son public. La veille scientifique exercée sur la faune et la flore urbaines conduit aussi à des analysesgénétiques sur les mésanges, ou à une étude des lichens, bons indicateurs de la qualitéde l’air. « Vitrine » du vivant, un Observatoire participatif de la biodiversité sera lancé dès ceprintemps, avec un portail Internet à alimenter de ses propres observations sur la florespontanée, la variété des escargots et les pollinisateurs.

TRAM, RACINES ET CHAMPIGNONSVeille scientifique et expériences inédites avec le Jardin des sciences.

AGENDA> CHAQUE SEMAINE, TENTEZDE DÉCRYPTER UN OSNI(objet scientifique non identifié)via le site de la mission culturescientifique de l’universitéde Bourgogne : www.u-bourgogne.fr/-OSNI-.html

> TOUS LES MERCREDIS À 9 H,« LE MICROSCOPE ET LA BLOUSE »,sur Radio Dijon Campus (92.2 FM),avec l’Experimentarium :http://dijon.radio-campus.org

> MERCREDI 5 FÉVRIER,JOURNÉE PORTES OUVERTESÀ L’UNIVERSITÉ DE BOURGOGNE.Découverte du campus, de sesformations et de ses équipements,dont AgroSup à 10 h 30 et à 14 h 30.À l’Esirem, visites guidéesdes salles de travaux pratiqueset des stands. Rens. : www.u-bourgogne.fr

> MERCREDI 5 FÉVRIER À 20 H, CONFÉRENCE : « À LA DÉCOUVERTE DES VINSGRECS D’AUJOURD’HUI »,par Maria Nikolantonaki, chaireUnesco « culture et traditionsdu vin », dans l’amphithéâtre de laMaison des sciences de l’homme :http://iuvv.u-bourgogne.fr/chaire-unesco.html

> VENDREDI 7 FÉVRIER À 11 H 30, SÉMINAIRE « HOW TO USE DROSOPHILATO STUDY VISION ? »,par Anna Ziegler, au Centredes sciences du goût et del’alimentation, 9 E, bd Jeanne-d’Arc : www2.dijon.inra.fr

> MARDI 11 FÉVRIER DE 10 H À18 H, « HISTOIRE DE LA CULTURESCIENTIFIQUE EN FRANCE », journée d’études de la chaireUnesco « culture et traditionsdu vin », dans l’amphithéâtre de laMaison des sciences de l’homme.Entrée libre.

PARTICIPER SOI-MÊME À LA RECHERCHE

Tester un nouveau concept de brosse à dents,participer à une étude biomédicale sur le sevragetabagique sont deux exemples des recherchesréalisées à l’hôpital du Bocage central avecl’implication du public, patients ou non (protégéspar la loi de santé publique du 9 août 2004). Enagroalimentaire, d’autres laboratoires, dont le Centre

des sciences du goût et de l’alimentation, sollicitent aussi les novices pour conduiredes analyses sur les aliments ou les vins, par exemple.Rens. : www.chu-dijon.fr - www2.dijon.inra.fr/csga

Dijon : tramway, gazon et champignons,

patience, ça pousse ! Le Bien Public, par E. Ponchon, le 13/05/2014.

Limiter l’entretien et l’arrosage du gazon du tramway tout en

le rendant plus résistant grâce aux mycorhizes, c’est l’objectif

d’une étude scientifique menée à Dijon.

“Expérience en cours”. Les usagers, cyclistes et piétons de la

ligne T1 ont de quoi être intrigués à la vue des deux

panneaux plantés le long des voies. Car, à première vue, entre

les arrêts “CHU hôpitaux” et “Érasme”, tout semble normal :

pas d’ustensiles de laboratoire ou d’hommes en blouses

blanches. Juste quelques mètres carrés de gazon en moins,

mais qui commencent déjà à repousser par endroits. « C’est

que vous n’imaginez pas tout ce qui peut se passer sous terre

», lance dans un sourire Daniel Wipf.

Professeur à l’Université de Bourgogne et spécialiste des

mycorhizes, l’homme est à la tête de l’unité mixte de

recherche (UMR) agroécologie. En collaboration avec

Agnès Fougeron, conservatrice au jardin des Sciences, la

Ville de Dijon et le Grand Dijon, le chercheur a lancé une

expérimentation grandeur nature sur une portion des voies

engazonnées du tramway dijonnais. « Les études

scientifiques ont démontré le rôle biofertilisant et

bioprotecteur des mycorhizes. En d’autres termes, les plantes

mycorhizées se développent plus rapidement et sont plus

résistantes que les plantes non mycorhizées », explique

Daniel Wipf. Il poursuit : « L’idée, avec cette expérience, est

de tester, sur les voies du tramway, là où la profondeur de

terre est réduite à 15 cm et où les conditions sont difficiles

pour le gazon, l’effet bénéfique de la mycorhization et/ou des

bactéries du sol ».

Dans la nuit du 22 au 23 avril, à l’heure où les tramways ne

circulent plus, une pelleteuse est donc entrée en action pour

décaisser 200 m² de gazon. Là, une vingtaine de personnes,

gilet jaune et bouteilles en plastique à la main, ont entrepris

un ensemencement de la zone. « Nous avons utilisé deux

mélanges de semences pour le gazon. À chacune d’entre elles

ont été associées vingt-deux combinaisons différentes, des

associations de champignons et de bactéries, des

champignons seuls, des bactéries seules que nous avions pour

certains prélevés au préalable sur le sol du campus », raconte

le chercheur.

Une première internationale

Les 200 m² risquent fort de ressembler, à l’avenir, à un

damier de gazon plus ou moins vert et plus ou moins dense. «

Cela nous permettra de faire des comparaisons, de trouver la

meilleure combinaison de semences et de champignons et/ou

bactéries pour une mycorhization efficace du sol. Car

l’objectif poursuivit dans un premier temps à Dijon, est de

limiter les tontes et l’arrosage tout en rendant le gazon plus

résistant », précise Daniel Wipf.

L’étude actuellement menée fait écho à la volonté de la Ville

de Dijon d’être un exemple en matière de développement

durable et d’écologie. « La Ville a lancé un plan “biodiversité

urbaine” et a mis en place différentes actions, telles que

l’installation de ruches pour le développement des

pollinisateurs, la création de prairies fleuries ou le tramway,

un transport doux circulant sur un tapis végétal. L’idée, ici,

est d’aller encore plus loin dans une gestion écologique de la

ville », indique Agnès Fougeron, coresponsable de l’étude.

« Cette expérience, si elle est concluante, est une première

internationale réalisée en conditions réelles. Elle pourrait

faire de Dijon une ville référence », précise le directeur du

jardin des Sciences de Dijon Gérard Ferrière. Il faudra tout de

même être patient. Les premières pousses sont à peine sorties

de terre. Deux années d’études devraient être nécessaires

pour que le suivi de l’expérience soit optimum dans le temps.

http://www.bienpublic.com/edition-dijon-ville/2014/05/13/tram-gazon-et-champignons-patience-

ca-pousse

Limiter les tontes et les arrosages avec des symbioses raci-

naires. Une expérience d'agroécologie appliquée.

Ce printemps, l’équipe « mycorhizes » de l’UMR Agroécolo-

gie a lancé une expérimentation grandeur nature sur une por-

tion du tram, en collaboration avec le jardin des sciences, la

ville de Dijon et le Grand Dijon. L’idée est de tester, sur la

voie de tramway, où la profondeur de terre est très réduite et

où les conditions sont difficiles pour le gazon, l’effet bénéfique

de la mycorhization et/ou de bactéries du sol. En partant tout

simplement de la constatation suivante : « les végétaux mycor-

hizés s’adaptent mieux et nécessitent moins d’entretien et d’ar-

rosage ». Deux mélanges de semences (n partenariat avec les

sociétés DLF France et Naturalis) sont testés avec plusieurs

modalités et combinaisons d’inoculas (en partenariat avec la

société Agronutrition). Des comparaisons par exemple seront

faites entre des inoculas locaux (bactéries extraites du sol du

campus) ou exogènes, avec bactéries seules, champignons

seuls ou associations.

Le but est d’arriver à la fois à limiter les tontes et les arrosages.

L’essai a été lancé fin avril, de nuit (pour des raisons de sécuri-

té liée au passage des trams), avec le décapage de l’ancienne

couche de gazon et un ensemencement modulaire approprié

(voir le reportage photos). Une vingtaine de personnes étaient

mobilisées, avec une logistique impressionnante. Michel Bour-

geois, un stagiaire de l’université de Bourgogne en licence

professionnelle, Annie Colombet et Odile Chatagnier sui-

vent l’opération sous la responsabilité conjointe d’Agnès Fou-

geron (Jardin des sciences) et Daniel Wipf. L’essai au final

devrait perdurer une à deux années pour un suivi optimum

dans le temps. Une signalétique sera installée aux abords de

l’essai.

Le Jardin des sciences (Parc de l’Arquebuse), où sont menées

d’autres expérimentations didactiques, ensemencera par ail-

leurs quelques-unes de ses plates-bandes (notamment pour des

espèces légumières ou de grande culture) pour montrer aux

visiteurs du Jardin l’effet des mycorhizes sur la croissance et la

vigueur de ces plantes.

Tram, gazon et champignons Site Internet INRA Dijon, rubrique Actualités, 29/04/2014

Contact : Daniel Wipf & Gérard Simonin

1er Cru n°7 mai 2014, Journal interne INRA Dijon, 07/05/2014

http://infos-dijon.com/?p=369252

http://www.dijon.inra.fr/Toutes-les-actualites/Tram

https://intranet6.dijon.inra.fr/Newsletter2/Archives/Premier-Cru-Les-News-du-Centre-Inra-de-

Dijon/2014/7/Tram-gazon-et-champignons

De gauche à droite et de haut en bas : Prélèvement de carotte de sol du campus, pour isolement et amplification de bactéries bénéfiques locales Carotte de sol du campus Préparation des inocula bactériens et mycorhiziens et des lots de semences pour les 120 conditions testées Première nuit: décapage de l’ancien gazon Une voie décapée Deuxième nuit: réunion de chantier Inoculation et ensemencement Finalisation de la parcelle

Cesplantes sont nos ennemiesFLORE.L'Europes'apprêteà leurdéclarerlaguerreet uncomitéparlementairefrançaisinvitelesélusà luttercontrelaproliférationdecesespècesexotiqueset toxiques.ELLESTAPISSENTles berges denos ruisseaux, fleurissent au cœurdes champscultivés,ont colonisélestalusde nosrouteset s'épanouissentdans lesfrichesindustrielles.Malgréleur jolinom exotiqueet leur apparence inoffensive,laberce duCaucase, larenouée du Japon, l'orobancheet le Datura stramonium figurentdésormais aux côtés de l'ambroisieparmi les plantes invasivesles plussurveilléesde l'Hexagone.Alorsqueles espècestoxiques et envahissantes font actuellement l'objet d'unprojetde règlementeuropéen,le comité parlementairede suividu risque d'ambroisiea décidéde sensibiliserlesélusaux dangersdecesquatre espècesquicolonisentpetit à petit le territoire.

Sile pollende l'ambroisieest désormais bien connu des médecinspour ses effetsfortementallergènes,on sait moins que lesgrainesde datura, qui se développe dans leschamps cultivés, sont hautementtoxiques,que l'orobanchea parasité150000 ha de surfaceagricole,affaiblissant des cultures de haricots,detomates, de tournesols ou de colza.Président du comité parlementairede suivi de l'ambroisie,le député-maireUMPde Crémieu(Isère),AlainMoyne-Bressand,déposera le moisprochain une propositionde loi visant à juguler le développementde

cesenvahisseursnaturels.

Allergies,brûlures...L'ambroisieest désormaisrecenséedans 87départements, a été repéréedans le boisde Vincenneset près ducanal Saint-Martin à Paris, AlainMoyne-Bressandveut à tout prixalerter les pouvoirspublics,les éluslocauxet la populationdes dangersde cette plante et surtout de la nécessitéde l'éradiquer dès qu'elleapparaît dans un champ ou au bordd'une route. «En aoûtet septembre,le pollen d'ambroisie est emportépar levent et provoquedes allergiesgravesau sein de la population,expliquel'élu :12à 150Ades Françaisysont potentiellement sensibles. »Fléau des agriculteurs,la berce duCaucase favorisel'érosion des berges, où elle prolifère,et peut être àl'originede sévèresbrûlures si l'onentre en contactavecsa sève.

Dotéed'une fortecapacitéd'adaptation, la renouée du Japon s'avèreêtre une redoutable concurrentepour les autres espèces végétalessauvagesou domestiqueset s'estdésormaisrépandue partout en Francele longdes routes,coursd'eau et espaces en friche.« On ne peut luttercontre lesplantes invasivesque lorsde leur phase d'introduction maisune fois qu'elles sont naturaliséessur leterritoire,il est quasimentim

possiblede les éradiquer», expliqueBruno Chauvel,chercheur à l'Institut national de la rechercheagronomique(Inra).

Le destin des 300 à 500 plantesexotiquesintroduitesen Europe aucours des siècles est parfois singulier.Longtempsconsidérésdans leschamps cultivéscomme des «mauvaisesherbes»,le bleuetet le coquelicot ont été en voie de disparitionavant d'être finalement réhabilitéset de fairepartie intégrantede notrepatrimoine. FRÉDÉRICMOUCHON

A Lepollend'ambroisiepeutdéclencherdesallergiesgraves.(Laurentcipriani)

4 Ledaturaest uneplantetrès toxique.(ArtJla.ftZwiufeJ

A LarenouéeduJaponest extrêmementinvasive.iwa» lo'x A LasèvedelaberceduCaucaseprovoquede sévèresbrûlures,ion;

Tous droits de reproduction réservés

Date : 22/03/2014Pays : FRANCEPage(s) : 16Rubrique : SOCIÉTÉDiffusion : 250647Périodicité : QuotidienSurface : 47 %

marchés appros

38 I agrodistribution I 245 - janvier 201438 I agrodistribution I 245 - janvier 2014

marchés appros

résistance émergente au glypho-sate a été confirmée pour le ray-grass et la vergerette en vigne. Bientôt en grandes cultures ? « Aux Etats-Unis, elle existe de-puis 1996-1997, conséquence de l’utilisation intensive de variétés OGM, relate Christophe Délye. La situation n’est pas la même ici : le risque de sélectionner di-rectement la résistance est assez faible. En revanche, elle pourrait passer du vignoble aux grandes cultures. L’uniformisation du

désherbage avec les inhibiteurs de l’ALS [groupe B, ndlr] repré-sente un risque bien plus élevé. » A l’heure actuelle, la résistance au groupe B est installée chez le vulpin et le ray-grass et émer-gente chez le coquelicot (voir carte). Des cas ont aussi émer-gés chez des bromes, agrostis, folle-avoine et matricaire et, plus récemment, chez de la stellaire en 2012, en Normandie dans du blé, et chez du panic pied-de-coq en 2012, en Camargue

Les 21 et 22 octobre der-niers se sont tenues à Avignon les premières JéR, journées d’échanges

sur les résistances aux produits de protection des plantes - herbi-cides, insecticides et fongicides -, organisées par R4P (réseau de réflexion et de recherches sur les résistances aux pesticides). L’objectif, « échanger avec la pro-fession, favoriser les transferts  », précise Myriam Siegwart de l’Inra d’Avignon, l’une des neuf membres du R4P, issus de l’Inra, de l’Anses et de la DGAL.

Pénurie de nouveaux modes d’actions

Pourquoi vouloir prévenir l’apparition de résistances aux herbicides ? « Pour une protec-tion intégrée efficace », répond Christophe Délye, membre du R4P, de l’Inra de Dijon. Et il ne faut pas espérer l’arrivée miracu-leuse d’herbicides inédits : « la découverte du dernier nouveau mode d’action date de 1991 ». En France, des résistances ont été confirmées pour les groupes les plus utilisés : A, B, C et G (lire encadré). « Une cible = un mode d’action = un groupe = une lettre », martèle Christophe Délye. Pour le groupe C, la résis-tance est limitée aux triazines, aujourd’hui interdites. Pour le groupe A (inhibiteurs de l’AC-Case), vulpin, ray-grass, agrostis et avoine sont les plus concer-nés. Quant au groupe G, une

dans du riz. « Il semble y avoir un développement plus rapide des phénomènes de résistance, lié notamment à l’utilisation crois-sante d’inhibiteurs de l’ALS », alerte Christophe Délye.

Efficacité et diversité du désherbage

« Il est illusoire d’imaginer préve-nir les résistances. Par contre, on peut envisager retarder leur évo-lution », prévient le chercheur. Avec deux mots d’ordre : effica-cité et diversité. « Une forte effi-cacité va favoriser une résistance liée à la cible [mutation concer-nant la cible de l’herbicide, ndlr], moindre mal que la résistance non liée à la cible », explique Christophe Délye. En parallèle, il faut alterner les moyens de lutte dans la rotation, combiner pro-phylaxie, méthodes chimiques et non chimiques, et varier les modes d’actions. « Il faut favori-ser en premier lieu les pratiques non chimiques », rappelle Chris-tophe Délye. En attendant les prochaines JéR en 2014, cha-cun est invité à faire remonter d’éventuels cas inédits. Un ques-tionnaire « détection précoce de phénomènes de résistance », est disponible sur demande à delye@dijon.inra.fr. n

marion coisne

hErBIcIDEs > Vaincre les résistancesLes résistances aux herbicides se développent, chez les graminées comme les dicotylédones. Il est essentiel de rester vigilant, et de bien utiliser tous les outils, agronomiques et chimiques, pour désherber.

En France, des VTH (variétés tolérantes aux herbicides)

sont disponibles sur tournesol (Clearfield, résistant à l’imaza-mox et Express sX/tribénuron), colza (Clearfield), et maïs (Duo system/cycloxydime, peu uti-lisé). L’imazamox et le tribénu-ron sont des inhibiteurs de l’aLs.

« C’est le groupe d’herbicides avec le plus fort risque de résis-tance qui soit, rappelle Chris-tophe Délye. Il est essentiel de raisonner l’emploi des VTH dans une diversité de pratiques. » Chez BasF, olivier Grosjean se veut rassurant : « Clearfield n’amplifie pas le risque d’appa-

rition de résistance aux inhibi-teurs de l’aLs. Un plan d’accom-pagnement a été mis en place avec l’ensemble de la filière. C’est une initiative inédite en Europe. » reste que « utiliser des VTH en cas de très forte infes-tation est très risqué », observe Christophe Délye.

Prudence avec les variétés tolérantes aux herbicides

n Groupe a (inhibiteurs de l’aCCase) : fénoxaprop, clodi-nafop, diclofop, pinoxaden, cléthodime, cycloxydime...n Groupe B (inhibiteursde l’aLs) : iodosulfuron, metsulfuron, pyroxsulame, imazamox...n Groupe c (inhibiteur du photosystème II) : atrazine, métamitrone, bentazone, ioxynil, bromoxynil...n Groupe G (inhibiteur de l’Epsps) : glyphosate.

modes d’actions les plus utilisés

Les coquelicots résistants progressentDate de collecte du premier cas confirmé de résistance du coquelicot aux herbicides de groupe B (inhibiteurs de l’ALS) dans chaque département

Source : Inra, Anses

2006

200720092010

2011

20122013

(Un département ne contient pas 100 % de parcelles résistantes.)

La réduction de la diver-sité des modes d’action des produits phytos et la baisse des doses

d’emploi entraînent une recru-descence des cas de résistance. Maladies, adventices et rava-geurs sont concernés. Pour le réseau de réflexion et de recherches sur les résistances aux pesticides, constitué notam-ment de l’Inra, de l’Anses et du ministère de l’Agriculture, « plus la résistance est détec-tée tôt (avec de très faibles fré-quences de résistants), plus on a une chance de se débarrasser des résistants ». Mais « il ne faut pas rêver, préviennent les cher-cheurs, tout produit phytosa-nitaire "perdu" pour cause de résistance l’est généralement pour longtemps, voire pour de bon ». De la même façon, ils esti-ment qu’il est « illusoire d’imagi-ner prévenir les résistances, en revanche, il est envisageable de retarder leur évolution ».Pour limiter le risque, il est conseillé de diversifier la rota-tion, les pratiques de contrôle

(résistance variétale, lutte non chimique...) et les modes d’ac-tion des produits phytos. Enfin, la détection précoce d’une résis-tance permettra de limiter sa propagation.

Détection précoceDevant ce constat, le Réseau français pour la santé végé-tale (1) a créé un questionnaire sur la « détection précoce des résistances », destiné aux agri-culteurs. Le but : identifier des suspicions de nouveaux cas de résistance en France en suivant les modes d’action récemment introduits sur le marché, les nouveaux bioagresseurs et ceux peu suivis, comme sur les cultures mineures. Le Réseau français pour la santé végétale demande « de ne rapporter que des cas d’échec de traitement qui ne soient pas facilement explicables autre-ment que par la présence pos-sible de résistances ». Après l’analyse des questionnaires, il faudra vérifier la réalité des cas de résistance signalés. « La

Bioagresseurs : à l’affût de nouvelles résistancesUn questionnaire destiné aux agriculteurs permet d’identifier des suspicions de nouveaux cas de résistances aux pesticides.

Suivi poStautoriSation DeS firmeS

Document :RABAUD gamme forestièrecombinet.pdf;Format :(113.79 x 284.73 mm);Date :18. Nov 2013 - 12:42:19;Certifié OneVision par RAVERI

Dans le cadre de l’autorisation de mise sur le marché des produits, Jacques Grosman, du ministère de l’Agriculture, rappelle que les firmes doivent donner toute infor-mation sur le risque d’apparition de phénomènes de résistance lié à l’utilisation des produits. Si un risque est identifié, les firmes met-tent en place une surveillance de postautorisation pour décrire la résistance et la baisse

d’efficacité du produit.Le ministère de l’Agriculture pilote aussi un plan de surveillance des phénomènes de résistance. Si des pertes d’efficacité engendrées par le développement de résistances sont notées, des recommanda-tions sont données dans les notes nationales, et les conditions d’ap-plication liées aux autorisations de mise sur le marché peuvent être modifiées.

cultures

Bioagresseurs : à l’affût de nouvelles résistances

PH

. MO

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Suivi poStautoriSation DeS firmeS

démonstration de la présence d’une résistance nécessite une analyse de la population sus-pecte grâce à des tests de sen-sibilité notamment », précise Christophe Délye, de l’Inra de Dijon. L’Inra pourra alors car-tographier les nouveaux cas de résistance en déterminant leur position et leur étendue géo-graphique. Les conseillers agri-coles et les agriculteurs peuvent demander des questionnaires auprès de Christophe Délye à delye@dijon.inra.fr.De prochains articles dans nos colonnes préciseront les pistes à suivre pour réduire les risques de sélection de résistance afin d’améliorer la durabilité des produits phytos . Le premier sera publié dans notre dossier sur les fongicides, à paraître le 29 novembre. florence mélix

(1) Le RFSV a été créé en 2011 pour contri-buer à la maîtrise de la santé des végétaux. En font partie les laboratoires publics et privés, les organismes de recherche et déve-loppement (Cirad, Inra, APCA, Gnis…), l’UIPP, l’UFS, l’administration...

Définitions

résistance d’individusselon l’organisation mondiale de la santé, la résistance est définie comme l’apparition, dans une population, d’individus possédant la faculté de tolérer des doses de pesticides qui exerceraient un effet létal sur la majorité des individus composant une population nor-male de la même espèce.

Cartographie. L’analyse des réponses au questionnaire permettront de différencier l’échec d’un traitement, d’une présence réelle de résistance afin de déterminer la position et l’étendue géographique des nouveaux cas. ici, une photo de coquelicots potentiellement résistants à certains herbicides.

La résistance de la septoriose sur blé pose problème.

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Document :MASSEY ap super 6_gfa_99x270_HD.pdf;Format :(123.82 x 299.17 mm);Date :31. Oct 2013 - 11:38:39;Certifié OneVision par RAVERI

Des résultats de premier plan pour

l’INRA de Dijon

Le Bien Public, La Rédaction, le 13/09/2014.

Article qui cite l'UMR Agroécologie, plus particulièrement l'équipe EMFI de

L. Philippot

Le résultat des recherches a été publié dans la revue Nature Climate Change

de septembre 2014. Photo INRA

Une équipe de l’Unité mixte de recherche (UMR) Agroécologie de Dijon (UMR AgroSup Dijon / INRA / Université de

Bourgogne) vient d’obtenir des résultats de premier plan publiés dans la revue internationale Nature Climate Change de septembre

2014. Ces résultats soulignent « l’importance de la diversité microbienne dans le fonctionnement des sols et pour les services

qu’ils délivrent ». Ces travaux ont été réalisés dans le cadre du projet européen EcoFINDERS (piloté par l’UMR Agroécologie),

avec le soutien de la Région Bourgogne et de l’Ambassade de France en Irlande.

http://www.bienpublic.com/edition-dijon-ville/2014/09/13/des-resultats-de-premier-plan-pour-l-inra-

de-dijon

https://intranet6.dijon.inra.fr/Newsletter2/Archives/Premier-Cru-Les-News-du-Centre-Inra-de-

Dijon/2014/8/Au-coeur-de-la-science/Gaz-a-effet-de-serre

Pollens, l'allergie qui gagne du terrain

Article et film interview (4mn12) d'actualité sur le site Internet INRA National,

le 30/04/2014

Rhinite, conjonctivite, asthme… Chaque année, des millions de Français souffrent d’allergies au pollen plus ou moins

invalidantes. Cette maladie devrait toucher une personne sur deux d’ici 2050. En cause : la pollution, le changement climatique et

l’urbanisation. Qu’en est-il exactement ? Le point avec Bruno Chauvel de l’Inra Dijon, également coordinateur de l’Observatoire

des ambroisies.

Mots-clés : allergie - ambroisie - pollen - pollinose - allergène

Bruno Chauvel, coordinateur de l'Observatoire des ambroisies, est

chargé de recherche à l’Unité Agroécologie à l’Inra de Dijon.

Printemps rime avec pollinisation, et la pollinisation est au cœur de la

reproduction des espèces végétales. De nombreuses plantes libèrent dans

l’atmosphère leurs grains de pollen (l'élément fécondant mâle de la fleur)

qui seront transportés jusqu’aux stigmates (organe récepteur femelle) par

le vent. Ces espèces, dites anémophiles car elles utilisent le vent pour

assurer leur dissémination pollinique, produisent un nombre important de

grains de pollen. Il suffit parfois de quelques dizaines de grains de

pollens pour provoquer des manifestations allergiques.¨

En 30 ans, la quantité de pollen aurait doublé en France, le nombre des

allergies également. La France compte 20 à 25 % d'allergiques en France dont 10 % aux pollens. Une personne sur deux serait

touchée en 2050. La pollution atmosphérique, l’urbanisation, le changement climatique, sont les principaux accusés de la

modification de l’agressivité des pollens. D´autres facteurs peuvent intervenir : la présence simultanée de plusieurs pollens

allergisants, l´existence de réactions croisées entre des pollens de la même famille ou avec certains aliments ou un terrain

génétique prédisposant à développer cette allergie.

Exposition aux pollens et risques allergiques (2013). © RNSA

Les allergies au pollen (pollinoses) sont évidemment liées à la pollinisation des plantes. Dans l’année, divers pollens se succèdent

dans l’air et on parle par conséquent de saisons polliniques. La saison des arbres est la première. Vient ensuite la saison des

graminées. La dernière est celle de l’ambroisie.

LA MÉTÉO DES POLLENS

Le Réseau national de surveillance aérobiologique (RNSA).

Ce réseau assure la surveillance des pollens sur 70 sites répartis dans toute la France. Sur son site, on trouve toutes les infos sur les

pollens circulant pour chaque région. Le RNSA met en place des bulletins allergo-polliniques, cartes et graphiques, du risque

allergique par ville ou par pollen. Ces bulletins sont établis à partir des types de pollens présents, leur quantité dans l’air, la

situation géographique, les données cliniques associées ainsi que les conditions météorologiques.

Il est possible de s'inscrire à la liste de diffusion du RNSA pour recevoir des alertes polliniques hebdomadaires dans les

départements avoisinant sa ville ou sa région.

Plus d’infos sur le site du RNSA : http://www.pollens.fr/accueil.php

Contact : Michel Thibaudon

Les pollens ne sont pas tous dangereux

Le pouvoir allergisant des pollens est différent selon la dimension des grains, le taux

de protéines allergisantes, et leurs capacités de transport. Pour provoquer une

réaction allergique, il faut : que le pollen d´arbre ou herbacée soit émis en grande quantité. C'est le cas

des plantes anémophiles : graminées, ambroisies, cyprès, bouleau ;

qu´il soit de petite taille. Les grains de pollen resteront d´autant plus

longtemps dans l´atmosphère, et pourront parcourir de plus grandes distances s´ils

sont petits et légers. C’est pourquoi on trouve des pollens allergisants aussi bien

dans les villes qu´à la campagne ;

qu´il ait un fort pouvoir allergisant. Il faut qu´il puisse libérer ses particules

protéiques responsables de la sensibilisation. Source RNSA.

L’ambroisie, premier allergène de la région Rhône-Alpes

Allergies : gare à l’ambroisie !

Originaire d’Amérique du Nord et du Canada, « l’herbe à poux » est arrivée en France à

la fin du 19e siècle.

L’ambroisie sous surveillance

Fléau pour la santé, la plante coûte 15 à 20 M € à l’assurance maladie (données 2011 pour

la seule caisse primaire d’assurance maladie de la région Rhône-Alpes), elle est aussi une menace pour l’agriculture.

http://www.dijon.inra.fr/Toutes-les-actualites/allergies

Peut-on vaincre les allergies?

Emission "Enquête de santé" sur France 5

Parmi les invités : Bruno CHAUVEL, le 1er/04/2014

Acariens, pollens, aliments... Les allergies touchent aujourd'hui en France près de 22 millions de personnes, deux fois plus qu'il y

a trente ans. Pourquoi sont-elles en constante augmentation et existe-t-il des solutions pour en venir à bout ? Enquête sur un

problème de santé publique majeur. ''Peut-on vaincre les allergies ?'', un documentaire et un débat diffusés le 1er avril à 20h35 sur

France 5.

C'est une menace invisible, présente dans les aliments, dans les maisons, dans l'air que nous respirons... Une maladie parfois

mortelle, qui fait chaque année plus de victimes. L'allergie touchait en 1960 à peine 3% de la population française. Aujourd'hui, ce

chiffre atteint 30%. Un problème de santé publique qui tourne à l'épidémie, car dans 20 ans, selon les spécialistes, un Français sur

deux pourrait être allergique !

Acariens, moisissures, pollens, allergènes cachés dans nos assiettes... Pour les malades, l'allergie est un combat quotidien, avec ses

pièges et ses dangers. Philippe lutte sans relâche contre l'ambroisie, une plante très allergisante qui a envahi son jardin et toute la

vallée du Rhône. Amélie, elle, doit composer avec son allergie aux noix. Lorsqu'elle fait ses courses, elle doit toujours rester sur

ses gardes, et les sorties au restaurant lui sont désormais interdites.

Dans les cas les plus graves, un simple contact avec l'allergène peut conduire au décès. C'est ce qui est arrivé à Bastien, 8 ans,

victime en 2007 d'un choc anaphylactique, une réaction allergique gravissime. Depuis, ses parents ont entamé une procédure

judiciaire. Ils veulent comprendre pourquoi leur fils a mangé du fromage de brebis alors que toute l'équipe de l'école connaissait

son allergie.

Tout le monde peut-il être un jour concerné par cette maladie ? Qu'avons-nous changé dans nos modes de vie pour subir cette

vague d'allergies ? Certains scientifiques accusent la pollution atmosphérique. D'autres mettent en cause l'excès d'hygiène et

d'antibiotiques dès la petite enfance. Nos habitudes alimentaires sont également pointées du doigt.

Alors que les chercheurs tentent de mieux comprendre l'origine et les mécanismes de cette maladie complexe, les patients doivent

apprendre à vivre avec leur allergie, car il n'existe pas de traitement unique. La désensibilisation est une solution mais son

efficacité reste limitée.

L'allergie est la quatrième maladie mondiale selon l'OMS mais elle continue d'être considérée comme une pathologie anodine.

Pourtant chaque année, 2.000 personnes meurent à la suite d'une crise d'asthme. Pour les experts, il est urgent de repenser notre

mode de vie, sous peine, un jour, de devenir tous allergiques.

Les invités :

Dr Florence Trébuchon, allergologue

Dr Martine Drouet, responsable de l'unité allergologie générale au CHU d'Angers

Catherine David, chargée de mission à l'Association française pour la prévention des allergies (AFPRAL)

Bruno Chauvel, chercheur à l'Institut national de la recherche agronomique (INRA)

http://www.allodocteurs.fr/actualite-sante-enquete-de-sante--peut-on-vaincre-les-allergies--

13006.asp?1=1

Des pépites dans vos assiettes :

les bienfaits des légumineuses... G. Simonin, R. Thompson and C. Salon,

Site Internet INRA Dijon, rubrique Actualité, 14/02/2014

Keywords: alimentation;legumineuse;pois;systeme agricole durable;PEA MUST

Dans le contexte actuel de nouvelles attentes sociétales concernant

la préservation de l’environnement, la sécurité alimentaire et la

qualité de l’alimentation, les légumineuses, comme les pois, les

lentilles, les haricots, riches en protéines et en nutriments de valeur,

sont à nouveau au menu et dans les assiettes. L’intérêt de leur

culture et de leur utilisation est renouvelé.

L’Homme utilise les légumineuses dans son alimentation depuis

l’émergence de l’agriculture, il y a environ 10000 ans. Dans les pays

à économie riche, le vingtième siècle a vu le remplacement

progressif d’une grande part des protéines végétales par celles

d’origine animale.

Différentes recommandations nutritionnelles préconisent

d’augmenter notre consommation de légumes secs. Pourtant elle

reste faible en quantité et seulement un tiers de la population

française en est consommatrice.

En agriculture, les coûts énergétiques, la consommation d’eau et

l’occupation de terrain, la production de gaz à effet de serre associés

aux activités agricoles sont beaucoup plus élevés lors de production

de protéines animales que pour celles de protéines végétales. Ces

aspects encore méconnus il y a une dizaine d’années, rentrent petit à

petit dans notre paysage culturel, dans le cadre de l’agroécologie,

avec en toile de fond une demande croissante pour les ressources en

viande mondiales qui ne peuvent pas se démultiplier.

Des bénéfices écologiques indéniables… Grâce à la symbiose entre leurs racines et certaines bactéries du sol

(les Rhizobia), les légumineuses n’ont pas besoin de fertilisation

azotée et elles sont un élément clé pour une agriculture durable, avec

moins d’intrants. Cette particularité est remarquable en soi, mais les

légumineuses représentent aussi une possibilité de diversification et

d’innovation en matière culturale et permettent donc de réduire la

pression de bioagresseurs dans les rotations, elles apportent

différents services écologiques dans les systèmes de culture et elles

améliorent la qualité des sols ... Elles sont ainsi une alternative

écologiquement intéressante aux cultures les plus rentables

aujourd’hui : blé, orge, maïs, colza, dès lors que le contexte

économique et réglementaire est adapté.

Aspects culinaires : soyez créatifs ! Parmi les espèces cultivées, les graines de légumineuses sont les

plus riches en protéines (entre 20 et 30% de la matière sèche). Ces

protéines sont complémentaires en terme de composition en acides

aminés aux protéines de céréales.

Les légumineuses ont une bonne valeur nutritionnelle et présentent

un faible indice glycémique du fait des caractéristiques de leurs

réserves carbonées (glucides complexes, fibres, lipides). Elles sont

aussi connues pour leurs effets anti-cholestérol et pour leur teneur en

composés bioactifs (par ex polyphénols), en minéraux et en

vitamines.

Les effets « santé » les mieux démontrés concernent surtout la santé

cardiovasculaire ou le risque de diabète de type 2. Par ailleurs, les

produits issus de légumineuses peuvent être des sources de protéines

alternatives intéressantes pour certaines catégories de personnes, car

peu riches en graisses saturées.

Manger une à deux fois par semaine une part de légumineuses en

remplacement d’un plat carné est donc tout à fait bénéfique et

équilibré.

De nouvelles variétés en émergence Les collections de ressources génétiques disponibles, utilisées pour

l’amélioration des plantes, permettent d’envisager la création de

nouvelles variétés mieux adaptées aux besoins actuels : d’une part

pour l’alimentation directe et d’autre part pour des utilisations

industrielles avec des procédés innovants (formulations, extractions,

fractionnement, préparations, qualités organoleptiques des farines).

Les procédés de transformation, de fermentation et de texturation

déjà appliqués pour le soja, dominant le marché, peuvent être mis en

œuvre avantageusement pour d’autres légumineuses.

Face au défi de la croissance de la population mondiale et des

besoins alimentaires associés, la consommation de davantage de

graines de légumineuses à faible coût de production et à forte valeur

environnementale, peut contribuer à des systèmes d’alimentation

équilibrés et durables.

En savoir plus : Les compétences de l’INRA de Dijon Le Bureau des ressources génétiques coordonne la politique

nationale pour les espèces gérées et exploitées par l’Homme, via des

réseaux réunissant partenaires publics et privés. L’Inra en est un des

principaux acteurs. Il existe ainsi des collections de pommiers, de

poiriers, de tomates, de fruits à noyaux, de choux, de plantes

fourragères, une cryobanque nationale pour la conservation de

semences et d’embryons d’espèces animales, etc.

Pour ce qui est des légumineuses, ce sont des plantes qui ont encore

été peu travaillées, en comparaison aux céréales, et qui présentent

donc des potentialités. Les collections nationales de pois, de lupins,

de féveroles sont entretenues et conservées à l’Inra de Dijon, qui

héberge des compétences en amélioration des plantes pour ces

plantes. Ce sont près de 5000 lignées pour le pois, 1000 pour le

lupin et 1000 pour la féverole qui sont conservées.

De grands programmes de recherche sur les légumineuses sont en

cours et pilotés par le Centre Inra de Dijon (UMR Agroécologie),

qui est le centre de référence en la matière : séquençage du génome

de légumineuses, Investissement d’Avenir PeaMust, Programme

Européen Legato, avec en vue notamment des améliorations

variétales pour adapter ces cultures aux contraintes

environnementales, agronomiques, économiques et technologiques.

Des détails sur le projet PeaMust : Fiche Projet PeaMust

http://www.dijon.inra.fr/Toutes-les-actualites/Des-pepites-dans-vos-assiettes

La résistance existait

avant les herbicides

INRA Département SPE, Fiche Presse Actualités INRA, le 28/02/2014

L’analyse récente de collections d’herbiers, dont certains plus que bicentenaires, suggère que le risque de résistance aux

herbicides pourrait être plus élevé que ce que l’on pensait : la diversification des techniques de désherbage est plus que jamais à

l’ordre du jour. Ces résultats de recherche obtenus par des chercheurs de l’Unité Agroécologie de Dijon ont été publiés dans la

revue scientifique PlosOne d’octobre 2013.

Fréquence de gènes et résistance

Les herbicides sont des molécules organiques de synthèse qui agissent en perturbant les fonctions vitales

des végétaux ciblés. Depuis la fin de la seconde guerre mondiale, l’emploi d’herbicides est devenu la

stratégie de base pour lutter contre les mauvaises herbes (adventices) dans la plupart des systèmes de

culture. Une substance herbicide, quelle qu’elle soit, a une efficacité au champ d’une durée de vie

limitée. Ceci est dû à la sélection par les herbicides de plantes présentes dans les parcelles et qui

possèdent naturellement un ou plusieurs gènes de résistance. Les herbicides ne tuent que les plantes

sensibles. De ce fait, au fur et à mesure des traitements réalisés chaque année, la fréquence de plantes résistantes augmente dans

les populations d’adventices. Le phénomène de résistance aux herbicides est largement répandu aujourd’hui, avec des cas

répertoriés dans 232 espèces d’adventices dans le monde.

La question de la fréquence d’individus résistants dans les populations d’adventices avant tout emploi d’herbicides (fréquence

initiale) est récurrente en malherbologie. D’une génération à l’autre, des mutations apparaissent et disparaissent sans cesse,

spontanément, dans les populations d’adventices au champ. Par défaut, on estime la fréquence de mutation spontanée dans un

gène donné à un cas sur 1 milliard. Si des mutations conférant une résistance à des herbicides existent à une fréquence supérieure

à celle-ci dans les populations d’adventices avant la commercialisation des herbicides, l’évolution de la résistance sera plus rapide

que ce que l’on pensait.

Le vulpin et les herbicides, un phénomène de sélection Darwinienne

Pour répondre à cette question, les chercheurs ont étudié les mutations dans le gène de l’Acétyle-Coenzyme a Carboxylase

(ACCase) qui confèrent une résistance à des herbicides chez le Vulpin des champs. L’ACCase est la cible d’herbicides anti-

graminées largement utilisés en France. Le Vulpin est une graminée messicole devenue une mauvaise herbe majeure en France

depuis les années 1960. L’idée a été de travailler sur des plantes qui n’avaient jamais connu d’herbicides : des plantes contenues

dans des collections d’herbiers antérieures à l’emploi des herbicides.

L’analyse de l’ADN de 734 plantes collectées entre 1788 et 1975 et conservées dans les herbiers de Dijon, Genève et Montpellier

a permis de trouver une mutation chez une plante prélevée en 1888. Cette mutation, est actuellement la plus répandue dans les

populations de Vulpin où la résistance a évolué. Cette découverte confirme le fait que la résistance est un processus de sélection

Darwinien. Elle suggère également que la fréquence initiale de certaines mutations dans les populations d'adventices pourrait être

plus élevée que la fréquence « de mutation ». Autrement dit, la fréquence initiale des plantes résistantes dans les parcelles pourrait

être supérieure à ce que l’on pensait jusqu’ici. De ce fait, le risque de résistance, ou la facilité avec laquelle les traitements

herbicides peuvent sélectionner des plantes résistantes, pourrait être plus élevés que généralement admis.

Pratiquer un désherbage diversifié et intégré

Il ne faut cependant pas conclure de ce travail qu’un développement rapide des résistances est inéluctable et qu’il

est inutile de raisonner le désherbage chimique pour enrayer ce phénomène. Au contraire, les résultats de cette

étude vont dans le sens d’une utilisation raisonnée des herbicides dans le cadre d’un désherbage intégré mettant

en œuvre une diversité de solutions non chimiques et chimiques la plus large possible afin de ralentir la sélection

de résistances.

Cette diversité, qui doit être le principe de base du désherbage, est d’autant plus facile à réaliser que l’on met en

œuvre une rotation longue avec des cultures diversifiées. Ce type de rotation permet l’emploi de pratiques

agronomiques non chimiques (alternance des dates de semis, faux semis …) et l’utilisation d’une plus grande

diversité d’herbicides qui concourent au maintien d’une densité d’espèces adventices compatible dans la durée

avec une production viable. Plus que jamais, les agriculteurs ont intérêt à diversifier leurs techniques de désherbage pour qu’elles

restent efficaces dans la durée.

Contact(s) scientifique(s) : Bruno Chauvel UMR AGROECOLOGIE Christophe Délye UMR AGROECOLOGIE

En savoir plus

Délye C.*, Deulvot C., Chauvel B.** 2013. DNA Analysis of Herbarium Specimens of the Grass Weed Alopecurus myosuroides Reveals Herbicide Resistance Pre-Dated Herbicides.

PLOS ONE, 8, (10), e75117.

Deulvot C., Boucansaud K., Michel S., Pernin F., Chauvel B.**, Délye C.* 2013. Herbicides : la résistance existait avant eux... la preuve. Phytoma – LdV 669, 30-33.

http://www.spe.inra.fr/Toutes-les-actualites/La-resistance-existait-avant-les-herbicides

http://www.spe.inra.fr/en/All-the-news/Resistance-existed-before-herbicides

GenoSol :

La mémoire des sols à Dijon

Le Bien Public, par A.F. Bailly, le 19/02/2013

Mélanie Lelièvre, animatrice de la plateforme,

montre le fonctionnement d’une des machines. Photo A.-F. B.

Unique en France et en Europe, GenoSol conserve

à Dijon la mémoire génétique des sols.

Savez-vous que dans un gramme de sol, il existe un

milliard de bactéries et un million d’espèces de

bactéries différentes ? Ce monde de l’infiniment

petit est celui qu’explore actuellement la plateforme

GenoSol, composante d’une unité d’agroécologie

de l’Inra Dijon.

Unique en Europe, GenoSol ne se connaît pas

d’équivalent dans le monde. « Nous nous

intéressons aux micro-organismes dans les sols, les

bactéries – dont la plupart ne sont pas nocives – et

les champignons microbiens », explique Samuel

Dequiedt, directeur technique de la plateforme.

Des « bébêtes » infiniment petites, mais aussi

infiniment nombreuses. Ces organismes microbiens

jouent un rôle dans la fertilité des sols, dans la

transmission des pollutions, dans le changement

climatique, dans la structuration des sols.

Le chercheur précise : «On est passé de la biologie

pasteurienne, autrement dit la mise en culture de

micro-organismes, à la biologie moléculaire. On

caractérise la diversité à partir des ADN identifiés ;

on appelle cela l’écologie moléculaire».

Les objectifs de GenoSol sont nombreux :

centraliser les échantillons de sols au sein d’un

conservatoire à la disposition de la recherche

scientifique, développer des outils moléculaires

pour caractériser ces sols, établir une base de

données pour comprendre l’évolution de la

biodiversité dans le temps et dans l’espace, en

fonction des caractéristiques environnementales

(type de sols, climats), mais aussi de l’impact des

activités humaines…

Cinquante grammes de terre

Dans un bâtiment situé au 17, rue de Sully à Dijon,

sept mille échantillons de cinquante grammes de

terre sont stockés dans des congélateurs, à une

température de -40° C. « L’essentiel des

échantillons provient de sols français. GenoSol

dispose d’une accréditation pour gérer les sols

étrangers, d’autres proviennent de Madagascar, du

Laos, de Tunisie… . L’objectif est de figer la vie. »

Depuis 2008, son année de création, GenoSol a

établi 700 000 données et 20 000 analyses y sont

réalisées chaque année. «Quand on fait une analyse

de sang, on sait si on manque de fer, de globules

blancs ou rouges, si on est en bonne santé… Ce que

nous faisons, c’est pareil avec les sols. Nous

construisons un référentiel ; nous élaborons des bio-

indicateurs de l’état des sols à partir de l’ADN, la

preuve du vivant», explique Samuel Dequiedt.

Ainsi, la plateforme GenoSol dispose-t-elle de

machines sophistiquées, issues de la recherche

médicale, capables par exemple de compter les

séquences d’ADN contenues dans un échantillon et

de recenser le nombre d’individus par espèce.

Au final, l’objectif est aussi de donner aux

agriculteurs des outils pour favoriser le potentiel

biologique des sols qu’ils exploitent en répondant à

cette question : « Est-ce que je favorise la vie ou

pas ? ».

(1) Institut national de la recherche agronomique, 17, rue de Sully, à Dijon. Tél. 03.80.69.30.00.

http://www.bienpublic.com/grand-dijon/2013/02/19/genosol-la-memoire-des-sols

Processus de diversification des communautés

bactériennes du sol à grande échelle

1er Cru n°9 "Spécial faits marquants", Journal interne INRA Dijon, 28 avril 2014

La distribution spatiale des communautés microbiennes du

sol et les processus impliqués dans cette distribution sont

encore largement méconnus à grande échelle (paysage,

région, territoire). Nous avons montré pour la première fois

que la relation aire-espèce était significative à grande échelle

dans le cas des communautés bactériennes et qu’elle était

corrélée positivement à la diversité et l’hétérogénéité des

habitats du sol.

Un des objectifs de l’écologie microbienne moderne est de

mieux définir et comprendre les processus qui génèrent et

maintiennent la biodiversité microbienne des sols. Pour

répondre à cet objectif, nous nous sommes appuyés sur le

RMQS (Réseau de Mesure de la Qualité des Sols) pour

caractériser les communautés bactériennes indigènes de sols

échantillonnés à l’échelle de la France (2200 sols

échantillonnés selon une grille systématique). A cette échelle,

nous avons calculé la relation aire-espèce, une loi écologique

robuste qui permet d’estimer la diversification des

communautés d’organismes vivants en fonction de l’aire

d’échantillonnage, et de relier cette diversification avec les

paramètres environnementaux.

Une telle relation n’avait jamais été démontrée pour les

bactéries du sol et son application permet de mieux identifier

et hiérarchiser les processus de diversification des

communautés microbiennes du sol à grande échelle.

Résultats : Dans notre étude nous avons adapté des analyses

mathématiques pour calculer la relation aire-espèce pour les

communautés bactériennes en se basant sur des données de

génotypage de communautés. En parallèle nous avons aussi

développé une technique innovante de calcul de la diversité et

de l’hétérogénéité de l’habitat que nous avons reliées à la

relation aire-espèce bactérienne. Nous avons ainsi démontré

que :

la relation aire-espèce est significative pour les communautés

bactériennes à l’échelle de la France et à l’échelle de régions

géographiques françaises,

que la relation aire-espèce est significativement et

positivement corrélée à la diversité et à l’hétérogénéité des

habitats,

que les processus de sélection (filtres environnementaux) et

de dispersion des espèces sont impliqués dans la

diversification des communautés bactériennes du sol à grande

échelle.

Contact : Lionel Ranjard, lionel.ranjard@dijon.inra.fr UMR Agroécologie,

Rédaction : Gérard Simonin, Lionel Ranjard

https://intranet6.dijon.inra.fr/Newsletter2/Archives/Premier-Cru-Les-News-du-Centre-Inra-de-

Dijon/2014/6/Processus-de-diversification-des-communautes-bacteriennes-du-sol

Près de 1000 agriculteurs

au rendez-vous

à la plateforme TMCE

Journées techniques, Gembloux, Belgique, 18-19 juin 2014

Interviews d’Anne-Laure Blieux et Samuel Dequiedt

Film, Cultivar TV

https://www.youtube.com/watch?v=tMl-8JKnggw

Une découverte sur un champignon

au service des vignes

Le Bien Public, le 19/11/2013.

Article qui cite l'UMR Agroécologie en particulier l'équipe de

D. van Tuinen (interviewé) du pôle IPM

Une équipe internationale à laquelle a collaboré l’UMR Agroécologie de Dijon a percé les mystères du génome d'un champignon

qui rend les plantes plus fortes. Une grande avancée scientifique qui pourrait profiter aux viticulteurs dans les prochaines années.

Ne songez pas à manger le Rhizophagus, ce champignon est microscopique et bien loin des truffes et autres cèpes ou morilles.

Mais si celui qui est présent sur terre depuis des millions d'années (son ancêtre est supposé avoir permis aux plantes de coloniser

le milieu terrestre il y a 400 millions d'années) ne fera pas le bonheur des ramasseurs de champignons, il fascine depuis des années

le monde scientifique. La cause : son collaboration avec les plantes qui l'entoure. En effet, le Rhizophagus renforce les plantes

avec lesquelles il s'associe en leur permettant de mieux collecter eau et nutriments émergé. En échange, les plantes lui

transmettent un peu de leur énergie pour qu'il puisse survivre.

Un mécanisme qui a poussé un consortium international à tenter de découvrir depuis dix ans la totalité des gènes de ce

champignon (son génome donc) pour comprendre comment ces échanges fonctionnent. Des recherches qui ont regroupé l’Inra, le

CNRS, les Universités de Lorraine, Toulouse III - Paul Sabatier et d’Aix-Marseille, le Joint Genome Institute (JGI) et l’Oak Ridge

National Laboratory (ORNL) du Département de l’Energie américain, ainsi que des membres du pôle IPM (Mécanisme et

Gestion des Interactions Plantes Microorganismes) de l’UMR Agroécologie. A Dijon, c'est l'équipe du Docteur Diederik van

Tuinen qui a participé au projet. Leur connaissance de ce champignon et de sa culture ayant permis de franchir plusieurs obstacles

au cours de ces dix ans de recherche.

Mais à quoi va donc pouvoir servir cette découverte ? « Nous n'en sommes qu'au début mais nous étudions déja plusieurs

utilisations possibles de ce champignon dans l'agriculture », explique le Docteur Diederik van Tuinen. Ce vendredi matin, le

chercheur rencontrait justement des viticulteurs du Pays beaunois pour dialoguer autour des débouchés possibles de cette

découverte pour la viticulture. En effet, ces champignons pourraient renforcer les vignes, à l'image des plantes, et permettre de

réduire l'usage de produits chimiques. Mais les recherches dites "appliquées" n'en sont qu'à leurs débuts.

«Le Rhizophagus pourrait également permettre de réduire les besoins en engrais phosphatés car avec ce champignons les plantes

auraient besoin de moins de phosphate pour un même résultat », ajoute le Docteur Diederik van Tuinen. Un débouché très

important alors que les ressources en phosphates devraient être épuisées d'ici à 100 ans si la consommation mondiale ne diminue

pas.

http://www.bienpublic.com/actualite/2013/11/29/une-decouverte-sur-un-champignon-au-service-des-

vignes

Chlordécone, poison durable

Emission "Archipels" sur France Ô sur le chlordécone suivi d’une

interview de Fabrice Martin-Laurent sur la question de la contamination des sols des

Antilles avec le chlordécone, 13/05/2014

Mots clés : chlordécone;sol;contamination;Antilles françaises;banane

Il y a 5 ans, le professeur Belpomme dénonçait l'extrême contamination des sols aux Antilles françaises.

Les médias nationaux découvraient alors le chlordécone, cette molécule que les Etats-Unis avaient décidé

d'interdire dès 1976 et que les producteurs de bananes de Guadeloupe et de Martinique ont continué à

répandre sur leurs plantations jusqu'en 1993.

http://www.franceo.fr/emission/archipels/diffusion-du-13-05-2014-22h30

Film désormais à voir ou à revoir sur :

https://www.youtube.com/watch?v=z2l6vzHQLUM

La bataille des sols.

Enquête sur une lutte environnementale

Lionel Ranjard

Participation au projet "Cartographie des Controverses - La Bataille des Sols"

des étudiants de l’école de la communication de Sciences Po Paris

présenté le 7 octobre 2013, à Toulouse,

dans le cadre du festival "La Novela - Fête Connaissance!"

(article, 2 interviews vidéos, film)

La science comme autorité d'évaluation

Si la relation entre science et agriculteurs ne semble pas fructueuse, elle est pourtant indispensable, ne serait-ce que dans

l'évaluation environnementale des pratiques des agriculteurs.

A ce point du récit, vous avez compris que la relation entre les scientifiques, les autorités et les agriculteurs n'était pas de tout

repos. Vous avez vu qu'une véritable défiance s'était installée vis à vis de la science chez les agriculteurs et que les contacts étaient

rares et difficiles. Vous avez aussi constaté que face à cette relation difficile, les stratégies des agriculteurs avaient été nombreuses

et que les savoir faire, les identités avaient évolué "hors-cadre", c'est à dire loin de la science à l'aide de l'innovation par les

usagers ["16 / L'innovation par les usagers"] et de la diffusion de ces innovations par des réseaux actifs ["17 / La diffusion des

savoirs par réseau"].

En voyant à quel point ces stratégies ont pu se montrer efficaces, on pourrait penser qu'un statu quo a été trouvé, que les

agricultures alternatives peuvent se développer sans l'appui d'une science qui ne les comprend pas et que des pratiques et des

identités solides ont été créées de cette manière.

Malheureusement la situation n'est pas aussi simple et vous allez découvrir ici que la difficile équation de la relation recherche

scientifique/agriculture n'est pas encore résolue.

Malgré la défiance et le manque de confiance, un besoin de validation

Vous êtes déjà de fins observateurs de la lutte environnementale qui nous intéresse et vous avez compris quels étaient ses enjeux.

A travers la construction et la revendication d'un sol nouveau c'est la meilleure légitimité environnementale qui est recherchée, les

pratiques les plus bénéfiques pour l'environnement.

Or la simple revendication des pratiques les meilleures ne peut aboutir à une reconnaissance satisfaisante ! Dans une

lutte où chacun considère ses pratiques comme les meilleures, et s'oppose aux autres dans le sol qui devrait être

valorisé, pris en compte, la nécessité d'un arbitre est essentielle.

Et c'est là que revient la science, puisque pour les agriculteurs cet arbitre ne peut être autre que la science. Qui

d'autre qu'elle bénéficie de possibilités d'objectivisation suffisantes pour venir valider les différentes pratiques des

agriculteurs ?

Malgré les incompréhensions, les conflits et les critiques, les agriculteurs ne peuvent pas vraiment se passer de la science, en tous

cas dans cette optique de validation du bienfondé environnemental de leurs pratiques.

Ce besoin de la science comme arbitre vient hautement compliquer les relations et peut même rajouter de la tension. C'est en

particulier ce que nous explique Frédéric Goulet dans un texte dédié à ce thème : "Des tensions épistémiques et professionnelles

en agriculture. Dynamiques autour des techniques sans labour et de leur évaluation environnementale."

On y apprend que l'évaluation de la science est aussi nécessaire que problématique. La question sur laquelle se penche Frédéric

Goulet dans ce texte est celle de la différence entre la quantité de carbone fixée dans le sol entre agriculture conventionnelle et

agriculture de conservation. Il s'agit d'un enjeu majeur car la fixation d'une plus grande quantité de carbone dans le sol peut se

transformer en argument écologique extrêmement efficace et vient tout à fait s'intégrer dans le discours environnemental de

l'agriculture de conservation.

On découvre dans ce texte que les agriculteurs ont du mal à faire confiance aux méthodes mises en place par les chercheurs et

qu'ils contestent leurs résultats. Il n'existe aucune concordance entre les résultats obtenus par les chercheurs et ceux revendiqués

par les agriculteurs sur la base du travail d'acteurs engagés. On voit aussi que les tentatives de dispositifs hybrides pour de telles

évaluations (les tentatives de coopération entre chercheurs et agriculteurs) sont compliquées, les chercheurs soupçonnant les

agriculteurs d'impartialité et ne voulant pas vraiment les mêler aux dispositifs, de peur qu'ils ne viennent "brouiller" les résultats.

Cette difficile coopération mais ce besoin de science ont aussi abouti au succès de figures comme Claude Bourguignon et son

laboratoire indépendant qui sont en dehors de la science officielle (Claude Bourguignon et sa femme ont délibérément quitté

l'INRA) mais qui se revendiquent d'un savoir scientifique qui vient combler ce besoin d'objectivité qu'ont les agriculteurs pour

valider leurs pratiques.

Des figures de scientifiques engagés et pragmatiques comme Claude Bourguignon répondent en fait bien aux

attentes de beaucoup d'agriculteurs car il se revendique en rupture avec la science fréquemment accusée tout en

disposant d'un discours scientifique apparemment solide et objectif qui vient conforter des agriculteurs pour qui

l'autorité scientifique est essentielle dans la validation de pratiques différentes et souvent risquées.

Le besoin d'évaluation par la science, vecteur de solutions innovantes

Les tensions décrites par Frédéric Goulet sont réelles et significatives de l'enjeu que représente pour les agriculteurs la validation

de leurs pratiques par la science. Mais l'échec qu'il décrit en nous racontant l'histoire du dispositif hybride qu'il a suivi et qui n'a

pas su aboutir à une coopération efficace ne doit pas nous amener à penser qu'il n'existe pas de solution.

Le besoin de validation par la science est si impérieux qu'il est en fait l'une des voies par lesquelles des relations innovantes entre

scientifiques et agriculteurs sont mises en place.

Notre enquête nous a appris que de nombreux dispositifs étaient testés qui permettaient aux agriculteurs d'évaluer

par eux mêmes mais au sein de dispositifs mis en place par des chercheurs les résultats de leurs pratiques. Ces

dispositifs sont satisfaisants et en développement en ce qu'ils donnent un rôle important à l'agriculteur dans

l'évaluation tout en le plaçant dans un cadre "scientifique" rassurant pour la pertinence de l'évaluation de ses

pratiques.

On compte différentes initiatives de ce type qui pour le moment se concentrent sur des points de détail mais restent

encourageantes. L'objet qui est souvent au centre de ces dispositifs est l'aspect biologique du sol, et notamment la star du sol : le

ver de terre ["7 / Des discours et des identités"]. Cet animal, visible à l'œil nu et assez symbolique représente un indicateur

satisfaisant de l'état de vie d'un sol, des plateformes comme l'Observatoire Participatif des Vers de terre qui dépend de l'Université

de Rennes (Unité mixte de recherche EcoBio) propose aux agriculteurs de participer à un dispositif qui permettra d'objectiver et

d'évaluer la vie dans les sols selon les différents modèles agricoles et leur situation géographique. A terme, une analyse

comparative entre leurs propres données et des références nationales établies pourront valider ou orienter les pratiques des

agriculteurs.

Des initiatives plus larges sont aussi prises, notamment au sein de projets CASDAR, des structures innovantes en partie financées

par l'Etat. L'un de ces projets, intitulé "Indicateurs de l'état biologique des sols agricoles" propose de "mesurer l'impact des

pratiques agronomiques sur la vie biologique des sols". Ce dispositif, qui implique de nombreuses universités et unités de

recherche a pour but de développer des indicateurs sur la santé des sols et de "développer les cadres et les outils d'information et

de formation sur ces indicateurs, à destination des agriculteurs, afin que ces derniers se les approprient techniquement au point de

savoir les interpréter, et piloter leurs itinéraires techniques en fonction des résultats."

Ce projet CASDAR est coordonné par Lionel Ranjard de l'INRA de Dijon.

Le développement de tels dispositifs montre bien à quel point une évalutation environnementale solide est

importante pour les agriculteurs et à quel point ils comptent sur les chercheurs à ce sujet là. Nous allons voir

maintenant que la science joue à ce titre un rôle important et que ce rôle de validation des pratiques ne doit pas être

pris à la légère tant il "produit du social".

http://www.i-m.co/sols/bataille_des_sols/la-science-comme-autorite-devaluation-18-couche3.html

Conception de systèmes agroécologiques

à l'échelle d'un territoire :

un exemple de co-construction

d'un projet d'expérimentation

1er Cru n°9 "Spécial faits marquants", Journal interne INRA Dijon, 28/04/2014

Un workshop a réuni une centaine de personnes à Dijon, chercheurs, acteurs de la profession agricole et pouvoirs publics, autour

du thème de la conception de systèmes agricoles agroécologiques à l’échelle d’un territoire. Les journées ont permis de faire le

point sur les méthodes expérimentales à cette échelle, et sur les connaissances disponibles en agroécologie pour construire des

protocoles expérimentaux.

L’agroécologie a pris au cours des années récentes une place importante tant dans le projet d’orientation de l’agriculture française

que dans le schéma stratégique scientifique de l’INRA. Mais les connaissances sur les systèmes agricoles relevant de

l’agroécologie sont encore lacunaires, sur le plan des processus majeurs de régulations biologiques valorisées par l’agroécologie et

sur le plan du fonctionnement global des systèmes. Le manque de connaissance est en particulier lié au fait que les systèmes

agricoles relevant de l’agroécologie, supports potentiels de travaux de recherche, sont rares ou inexistants.

Un projet ambitieux d’expérimentation en agroécologie à l’échelle du paysage est en cours de réflexion avec l’Unité

Expérimentale de Dijon-Epoisses. Le workshop a contribué à l’élaboration d’un projet d’expérimentation en agroécologie sur le

Domaine Expérimental. Un groupe de travail a été mandaté par plusieurs Départements INRA pour évaluer la faisabilité d’un tel

projet et faire des propositions.

En parallèle aux réflexions de ce groupe, un workshop a été organisé par l’UMR Agroécologie en collaboration avec l’Unité

Expérimentale de Dijon-Epoisses. Il s’est déroulé les 9 et 10 avril 2013 et a réuni une centaine de chercheurs et d’acteurs de

l’agriculture. Les objectifs étaient :

De faire émerger des propositions et/ou des problématiques de recherches relatives à la conception de systèmes agricoles

agroécologiques à l’échelle d’un territoire et aux processus valorisés par de tels systèmes ;

De créer une opportunité pour les chercheurs, les doctorants et acteurs du monde agricoles d’échanger et de traduire leurs

connaissances en propositions concrètes pour l’adaptation des pratiques agricoles ;

De faire avancer le projet ‘Agroécologie à Epoisses’ en établissant des propositions, raisonnées à ce stade hors de toute

considération de contraintes pratiques et expérimentales, base d’une réflexion ultérieure sur l’éventuelle évolution du Domaine

d’Epoisses vers l’agroécologie.

Les apports du colloque :

Quatre exposés introductifs ont permis de faire le point sur la diversité des approches scientifiques de conception de systèmes

agricoles et de faire le point sur les connaissances en agroécologie mobilisables pour la conception de systèmes agricoles relevant

de l’agroécologie.

Des ateliers ont été organisés pour proposer aux participants d’échanger sur les méthodes d’investigation, sur les concepts et

théories de l’écologie, et sur les connaissances mobilisables pour concevoir des systèmes agricoles qui permettraient d’allier

production agricole et différents services écosystémiques. Quatre services écosystémiques ont été discutés individuellement, les

ateliers étant animés par des experts des disciplines concernées :

Bouclage des cycles biogéochimiques

Régulation de pathogènes, flux de micro-organismes

Régulation des ravageurs et adventices

Maintien de la biodiversité

Les restitutions des ateliers et la synthèse du workshop ont permis de faire émerger quatre familles de questionnements autour de

la conception de systèmes relevant de l’agroécologie et de l’expérimentation à l’échelle du paysage ou du territoire :

Quelle stratégie mettre en place pour expérimenter à l’échelle du territoire ? Comment articuler dans un même projet

expérimental une approche systémique permettant d’évaluer des systèmes cohérents relevant de l’agroécologie et une approche

analytique permettant de caractériser les processus ? Dans le cadre d’une approche systémique, quel compromis entre la mise en

place de réplicas, permettant de prévoir des analyses statistiques sur les systèmes observés, et la surface des systèmes

agroécologiques considérés, qui doivent être suffisantes pour que les processus spatialisés aient un sens. L’intégration des sites

expérimentaux en agroécologie à l’échelle du paysage dans un réseau national ou international est-il une réponse au faible nombre

de réplicas par système et par site (voire à l’absence de réplica) ?

Dans une approche expérimentale, comment gérer la transition vers l’agroécologie ? Faut-il envisager une transition progressive

permettant de limiter l’impact de la transition sur la productivité agricole pendant la période pendant laquelle les processus de

régulation biologique se mettent en place, au risque de perturber la mise en place de ces processus, et de ne jamais atteindre les

équilibres agroécologiques recherchés ? Ou au contraire faut-il envisager une rupture forte dans les pratiques, afin d’augmenter les

chances d’atteindre ces équilibres recherchés, mais au risque d’affecter sévèrement la production pendant la phase transitoire, la

quantification des pertes étant alors une question de recherche traitée ? Comment étudier la résistance et la résilience du système ?

Peut-on aborder l’ensemble des services écosystémiques discutés ou au contraire doit-on en privilégier certains ? Dans ce cas,

comment choisir ? Comment tenir compte des interactions entre les services ?

L’augmentation de la diversité notamment végétale semble une piste privilégié pour concevoir des systèmes agricoles

multiservices. Quelles associations végétales faut-il privilégier ? Comment agencer les habitats semi-naturels ? Comment

mobiliser les ressources génétiques et les variétés ?

Ces questions ont été débattues lors d’une table ronde animée par le journaliste Vincent Tardieu.

Le projet d’expérimentation en agroécologie sur le Domaine Expérimental d’Epoisses doit se concrétiser en 2014, notamment par

la décision concernant les surfaces consacrées à l’agroécologie, par la caractérisation de l’état initial du dispositif, et par la

définition des essais analytiques emboités dans le dispositif systémique global.

Un DVD a été produit par Educagri Editions à l’occasion du workshop, avec le concours du GIS Agrale.

Contacts :

Sabrina Gaba

sabrina.gaba@dijon.inra.fr ;

Nicolas Munier-Jolain

nicolas.munier-jolain@dijon.inra.fr

UMR Agroécologie

Rédaction : Gérard Simonin, Sabrina Gaba, Nicolas Munier-Jolain

https://intranet6.dijon.inra.fr/Newsletter2/Archives/Premier-Cru-Les-News-du-Centre-Inra-de-

Dijon/2014/6/Conception-de-systemes-agroecologiques-a-l-echelle-d-un-territoire

La membrane plasmique des plantes :

une clé

dans la détection des agresseurs

et le processus de défense

1er Cru n°9 "Spécial faits marquants", Journal interne INRA Dijon, 28/04/2014

Le développement d’une méthode d’imagerie innovante a permis de montrer que la membrane plasmique des cellules végétales

est une mosaïque de territoires présentant des propriétés biophysiques variées. Cette organisation est modifiée de façon très rapide

en réponse à certaines molécules provenant de microorganismes, établissant un lien fonctionnel entre cette organisation et la mise

en place des mécanismes de défense

En permanence les plantes sont confrontées à des modifications de leur environnement biotique et développent des réponses

adaptatives qui conditionnent leur survie. Certaines molécules, appelées éliciteurs, produites par des microorganismes, sont

reconnues par la plante et déclenchent des réactions qui lui permettent de mobiliser ses systèmes de défense inductibles. La

membrane plasmique qui entoure les cellules végétales est le lieu privilégié de la perception des modifications environnementales

et de l’initiation de la réponse adaptative. Nous avons recherché un lien entre l’organisation de cette membrane et la signalisation

induisant les mécanismes de défense (ou « signalisation de défense »).

Le développement d’une méthode d’imagerie innovante a permis de montrer pour la première fois que la membrane plasmique

des cellules végétales est une mosaïque de territoires présentant des propriétés biophysiques variées, et notamment des degrés

d’organisation différents.

Dans les minutes qui suivent le traitement par un éliciteur de réaction de défense secrété par un oomycète, la cryptogéine, la

membrane des cellules subit deux modifications : une qui concerne son organisation globale, une augmentation de sa fluidité,

l’autre qui concerne son organisation locale : une augmentation de la proportion des zones plus structurées (les « domaines

ordonnés »).

Le traitement par un éliciteur bactérien, la flagelline, provoque une augmentation similaire de la proportion de domaines

ordonnées, mais pas de modification de la fluidité.

La cryptogéine étant, contrairement à la flagelline, un éliciteur nécrosant, ceci suggère que l’augmentation de la proportion de

domaines ordonnés pourrait être un phénomène générique associé au déclenchement de la signalisation de défense, et

l’augmentation de fluidité spécifiquement liée à la mort cellulaire (induisant la nécrose).

Ces travaux permettent de porter à un niveau encore jamais atteint la description de la compartimentation de la membrane

végétale et démontrent le lien entre la dynamique de cette organisation et la réaction cellulaire associée à la défense (signalisation

de défense). Les résultats suggèrent que l’orientation de la réponse cellulaire pourrait se jouer dès la perception des signaux au

niveau de la membrane plasmique, et ouvrent la voie à l’exploration des mécanismes par lesquels les modifications d’organisation

de cette membrane pourraient participer à la construction d’une réponse adaptative aux modifications environnementales.

Contact :

Patricia Gerbeau-Pissot,

patricia.gerbeau-pissot@dijon.inra.fr

UMR Agroécologie

Rédaction : Gérard Simonin, Patricia Gerbeau Pissot

https://intranet6.dijon.inra.fr/Newsletter2/Archives/Premier-Cru-Les-News-du-Centre-Inra-de-

Dijon/2014/6/Comprendre-le-processus-de-defense-grace-a-la-membrane-plasmique-des-plantes

Analyse écophysiologique de la nitrophilie

des espèces adventices

1er Cru n°9 "Spécial faits marquants", Journal interne INRA Dijon, 28/04/2014

Keywords: growth;eutrophication;competition;nutrition;platform, adventices

Par une approche d’écophysiologie végétale, les déterminants du succès des adventices nitrophiles dans les systèmes de culture

intensifs caractérisés par une forte utilisation des engrais azotés ont été analysés. Cette étude suggère qu’un meilleur pilotage de la

fertilisation azotée pourrait être un levier pour favoriser la croissance de la culture au détriment de celle des adventices dans des

systèmes de culture moins dépendants des herbicides.

Le contexte : en réponse à l’augmentation de l’utilisation des engrais azotés dans les systèmes de culture intensifs, les espèces

dites « nitrophiles » se sont maintenues alors que les espèces dites « oligotrophes » ont régressé, conduisant à une baisse de la

biodiversité. Les espèces nitrophiles semblent bénéficier d’un avantage compétitif dans les habitats milieux riches en azote. Notre

objectif a été de déterminer quels sont les déterminants écophysiologiques du succès des espèces nitrophiles dans les milieux

riches en azote.

Par une expérimentation en serre sur une gamme d’espèces couvrant toute la gamme de l’indice écologique de nitrophilie, nous

avons montré que plus une espèce est nitrophile, plus elle est capable d’accroître sa surface foliaire en réponse à une augmentation

de l’apport d’azote. Cette aptitude semble liée à des stratégies nutritionnelles différentes entre espèces selon leur statut de

nitrophilie. En effet, globalement, plus une espèce est nitrophile, plus elle investit préférentiellement ses ressources dans l’activité

racinaire pour le prélèvement de l’azote (quantité d’azote prélevée par unité de racine) plutôt que dans la structure racinaire

(proportion de biomasse de la plante allouée aux racines). A l’inverse, plus une espèce est oligotrophe, plus la stratégie opposée

est mise en place.

Ainsi, le succès des adventices nitrophiles dans les systèmes intensifs s’explique par une meilleure efficience de prélèvement de

l’azote qui leur confère une forte aptitude à produire de la surface foliaire. Ces espèces peuvent alors intercepter davantage de

rayonnement, ce qui augmente leur photosynthèse et leur capacité à ombrer les plantes voisines. C’est probablement cette forte

compétitivité des adventices nitrophiles pour l’azote et pour la lumière qui a conduit au déclin des adventices oligotrophes et de la

biodiversité dans les systèmes de culture intensifs.

Des travaux sont en cours dans le cadre d’une collaboration entre écophysiologie végétale et écologie microbienne pour analyser

le rôle du caractère nitrophile des espèces végétales sur les interactions entre communautés végétales et communautés

microbiennes rhizosphériques.

Cette étude suggère qu’un meilleur ajustement de la fertilisation azotée (en quantité, dans l’espace ou dans le temps) en fonction

de la nitrophilie des espèces pourrait être un levier pour réduire l’utilisation des herbicides en favorisant la croissance de la culture

au détriment de celle des adventices les plus nitrophiles, qui sont aussi les plus problématiques dans les systèmes de culture.

Contact :

Delphine Moreau,

delphine.moreau@dijon.inra.fr

UMR Agroécologie

Rédaction : Gérard Simonin, Delphine Moreau

https://intranet6.dijon.inra.fr/Newsletter2/Archives/Premier-Cru-Les-News-du-Centre-Inra-de-

Dijon/2014/6/Analyse-ecophysiologique-de-la-nitrophilie-des-especes-adventices

2. Comment fonctionne une population au sein d’une mosaïque agricole ?

• Caractérisation des flux entre différentes interfaces à l’aide de pièges directionnels durant une saison d'activité

• Détermination du statut nutritionnel et reproducteur (femelles) pour connaître le rôle des différents habitats

3. Quel est le contexte agricole permettant une plus grande abondance de carabes ?

• Modélisation : Simulation de différents scénarios d’organisation spatiale des habitats et observation de l’abondance des carabes

Le paysage agricole : un levier d’action pour promouvoir le service de prédation des graines d’adventices par les carabidés.

Sarah DUCHAZAUBENEIX INRA Dijon – UMR 1347 Agroécologie

Pôle Ecologie des communautés et Durabilité des systèmes Agricoles (ECOLDUR) Encadrants : Sandrine PETIT (HDR) et Benoit RICCI (CR)

Financement : Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche

Contexte : • Carabes granivores sont les principaux prédateurs de graines d’adventices = Régulation Biologique [1]

• Relation positive entre l’abondance de carabes et le taux de prédation d’adventices au sein d’une parcelle donnée [2]

• Un paysage complexe (avec de nombreux éléments semi-naturels) abrite des communautés de carabes riches et divers [3]

• Au sein de la mosaïque agricole hétérogène, les milieux exercent différents rôles pour les espèces (abri, nourriture, ponte, hibernation…) [4]

Objectifs de la thèse • Connaître plus précisément les effets du paysage sur l’abondance des carabes • Etudier l’utilisation de la mosaïque agricole hétérogène par les carabes au cours du temps • Identifier le contexte paysager qui maximiserait la provision de ce service écosystémique

1. Etude de l’effet de la présence de certains éléments du paysage (colza/prairies) sur l’abondance des carabes

• Exploration d’une base de données nationale (UK) via des modèles statistiques

Harpalus rubripes et Harpalus rufipes

[1] Bohan et al. 2011. National-scale regulation of the weed seedbank by carabid predators. Journal of Applied Ecology, 48, 888-898. [2] O’Rourke et al. 2006. Post-dispersal weed seed predation by invertebrates in conventional and low-external-input crop rotation systems. Agriculture, Ecosystems and Environment 116, 280-288

[3] Purtauf et al. 2005. The response of carabids to landscape simplification differs between trophic groups. Oecologia 142: 458‐464 [4] Wallin H. 1985. Spatial and temporal distribution of some abundant carabid beetles (Coleoptera: Carabidae) in cereal fields and adjacent habitats. Pedobiologia 28: 19-34.

On cherche à maximiser le service de prédation via une plus grande abondance de carabes Comment peut-on avoir plus de carabes dans une parcelle à un moment donné ?

• Les types de cultures ou éléments semi naturels présents dans le paysage permettant une plus

forte abondance de carabes sont inconnus • L’utilisation des différents habitats par les carabes granivores au cours du temps est peu étudié

blé

colza Orge

prairie

colza

Orge

prairie prairie

prairie

blé

colza

colza

blé

Orge

Scénario 1

Scénario 2

Scénario 3

Amara similata

Abondance ?

Milieu A

Milieu B

?

Quelles espèces ? Quand ?

Pourquoi ?

X

Abondance des carabes dans la parcelle ?

Compétiteur pour les ressources

avec les cultures

Composante de la

biodiversité base de chaines trophiques

Adventices

WEED-DATA

Base de données ‘Traits’ des plantes adventices des agroécosystèmes

Sabrina GABA1, Luc BIJU-DUVAL1, Florence STRBIK1, Etienne GAUJOUR2, François BRETAGNOLLE3, Arnaud COFFIN2, Stéphane CORDEAU1, Fabrice DESSAINT1, Guillaume FRIED4, Benjamin GARD1, Antoine GARDARIN5, Stéphanie GIBOT-LECLERC2, Jean-Philippe GUILLEMIN2, Annick MATEJICEK1, Delphine MOREAU1, Gilles LOUVIOT1, Rémi PERRONNE1 & Xavier REBOUD1

Traits de réponse

Traits d’effet

Communautés adventices dans une parcelle

Compétition avec la culture Ressources trophiques Espèces patrimoniales

Cycle de l’azote …

Approche fonctionnelle

WEED-DATA 475 espèces adventices – 91 traits

10 à 95 % de espèces renseignées selon les traits

Concevoir des stratégies de gestion pour maintenir et

la PRODUCTION AGRICOLE

la BIODIVERSITÉ des plantes

adventices

1 INRA, UMR1347 Agroécologie, BP 86510, 17 rue de Sully, 21000 Dijon, France 2 AgroSup Dijon, UMR1347 Agroécologie, 26 Bd Docteur Petitjean, 21000 Dijon, France 3 Université de Bourgogne, UMR5561 Biogéosciences, 6bd Gabriel, 21000 Dijon, France 4 ANSES-LSV, CBGP, Campus International de Baillarguet CS 30016 , 34988 Montferrier-sur-Lez cedex, France 5 AgroParisTech, UMR 211 Agronomie, BP 01, 78850 Thiverval-Grignon, France

Remerciements: RMT Florad, ANR Advherb, ANR AgrobioSE

Approche pluridisciplinaire : Agronomie x Ecologie

Réponse des adventices aux conditions environnementales, aux interactions biotiques, aux pratiques agricoles

Effets sur le fonctionnement de l’agroécosystème

Pratiques agricoles Conditions pédo-climatiques

Interactions biotiques Paysage agricole

Démarche pour la conception de WEED-DATA

(Lavorel et Garnier 2002, Violle et al. 2007)

1. Sélection des traits des adventices Les traits spécifiques aux adventices des grandes cultures sont indiqués en orange (Colbach et al. 2000, Fried et al. 2008, Gardarin et al. 2010, Gaba et al. 2014, Bretagnolle et al. soumis)

3. Acquisition de valeurs de traits

Bibliographie

Expérimentations

Mesures in situ

Epaisseur de tégument par radiographie

Taux de croissance et Surface foliaire

Mise au point de protocoles spécifiques aux conditions de grandes cultures.

Taux de germination et levée

2. Architecture de WEED-DATA (format ACCESS)

Lien avec l’identité botanique des espèces adventices

Données individuelles Traitements expérimentaux détailles

Accessibilité des données : agroecologie-traitsAdventices@dijon.inra.fr

favoriser la Régulation Biologique pour réduire l’utilisation d’intrants chimiques

PROXI-DÉTECTION DES ADVENTICES PAR IMAGERIE AÉRIENNE Thèse réalisée par Marine LOUARGANT

UMR 1347 Agroécologie, Pôle EcolDur, Equipe Agroéquipements – Contact : marine.louargant@agrosupdijon.fr

Dans un souci de protection de l’environnement, les agriculteurs doivent diminuer la quantité d’intrants chimiques appliqués dans leurs champs. L’arrivée de nouvelles technologies permet aux agriculteurs de gérer avec précision leurs parcelles, réduisant leur impact environnemental. L’entreprise AIRINOV propose un conseil en fertilisation azotée grâce à l’acquisition d’images de l’ensemble d’une parcelle par drone. Après traitement des images, l’hétérogénéité du champ est caractérisée puis un conseil est délivré à l’agriculteur, lui permettent d’appliquer la juste dose d’intrant au bon endroit. AIRINOV et l’équipe Agroéquipements d’AgroSup Dijon, Pôle EcolDur collaborent dans le cadre d’une thèse CIFRE, afin de créer un nouveau service de gestion des adventices,

Mieux gérer les intrants grâce aux nouvelles technologies

• Evaluer le potentiel de l’imagerie multispectrale pour discriminer les cultures et les adventices • Mettre en place une méthode de localisation des mauvaises herbes sur une parcelle cultivée pour réaliser des cartes d’infestation, de préconisation et de suivi • Proposer des stratégies de gestion des adventices et les évaluer

Objectifs

Les espèces étudiées :

Cultures largement répandues en France et nécessitant un traitement des adventices à des stades jeunes de la plante :

Localiser les adventices sur une orthophoto

Cultures

Maïs Tournesol Betterave Blé Colza

Adventices

dicotylédones

Chénopode X X X

Renouée liseron X X X

Gaillet X X X

Adventices

monocotylédones

Panic pied-de-coq X X

Vulpin X X X

Ray Grass X X

Repousses

Blé X

Colza X

Tournesol X

Les caractéristiques à exploiter :

• Le semis des cultures sarclées (maïs, tournesol, betterave) se présente en lignes droites et parallèles distinctes, avec un inter-rang constant.

• Les distribution spatiale des adventices est aléatoire • Les plantes ont une signature spectrale (i.e. réflectance) particulière, pouvant

varier selon l’espèce et l’état physiologique.

Le système d’acquisition :

• Drone (aile volante de 2 m) : altitude de vol à 50 m • Capteurs optiques (Appareil photo de 12Mpix et capteur multispectral) :

acquisition d’images • Capteurs de position (GPS et centrale inertielle) : vol automatique et

géoréférencement des images

L’orthophoto :

• Image plane, de l’ensemble de la parcelle • Couleurs : Rouge Vert Bleu ou

multispectrales (4 filtres) • Résolution spatiale : 1 à 5 cm/pixel • Taille de l’image : 1 à 5 Go

L’imagerie par drone

Combiner différentes méthodes

Analyse spatiale :

1. Découper en sous-image

2. Séparer le sol et la végétation

4. Discriminer la culture et les adventices

3. Détecter les rangs de culture

La méthode spatiale utilise les caractéristiques géométriques du semis, afin de localiser les rangs de culture. La transformée de Hough permet de détecter de façon robuste les rangs (assimilés à des lignes droites). La végétation détectée hors du rang est alors considérée comme adventice.

Installation des filtres sur la caméra embarquée dans le drone.

Etude du spectre de réflectance des cultures et des adventices.

Réf

lect

ance

(%

)

Longueur d’onde (nm)

Sélection des longueurs d’onde permettant de discriminer au mieux culture et adventices.

Discrimination cultures et adventices grâce à un algorithme de classification selon les valeurs des pixels.

Val

eur

du

pix

el p

ou

r la

lon

gueu

r d

’on

de

1

Valeur du pixel pour la longueur d’onde 2

Classe 1

Classe 2

Analyse spectrale :

Valoriser les résultats

La création de cartes de préconisation prendra en compte la localisation des adventices et le matériel agricole utilisé. De plus, les paramètres extérieurs, tels que la météo, le sol, ou le stock semencier précédent, pourront être intégrés, grâce à l’utilisation de modèles simulant les systèmes de culture.

Les méthodologies testées ont permis de mettre en évidence :

1/ La construction d’un indicateur résumant l’information contenue dans les 3 voies de mesures de la prospection géoélectrique dans le cas de la régression linéaire simple

n’améliore pas la précision moyenne de l’estimation mais permet d’estimer plus de points dont la précision est inférieure à 10 cm

2/ La modélisation par krigeage avec dérive externe améliore nettement les indicateurs issus de la validation externe, en particulier avec la prise en compte de la composante

longue portée s2, du variogramme qui a pour effet de lisser le contour des unités.

%<10* cm : 23 %

%>20* cm : 46 %

12ème Journées d’Etude des Sols

30 juin au 4 juillet 2014

Traitement de l’information géoélectrique pour cartographier

l’hétérogénéité intra parcellaire de l’épaisseur du solSEGER Maud1, MITOMBA Ndjiba Daril1, MISTOU Marie-Noël2, UBERTOSI Marjorie3, HUGARD Rodolphe4, GRANDEAU

Gilles2, COUSIN Isabelle1, BOURENNANE Hocine1

1 : UR0272 SOLS, INRA Val-de-Loire, site d’Orléans maud.seger@orleans.inra.fr , 2 : UMR0211 Agronomie, INRA Versailles-Grignon, 3 : UMR 1347 Agroécologie, AgroSup Dijon, 4 : UE0115 Domaine Expérimental d’Epoisses, INRA Dijon

Connaître l’épaisseur du sol de façon exhaustive sur toute la surface d’une parcelle hétérogène, constitue un des enjeux importants pour mieux estimer le

réservoir d’eau utilisable par les plantes. L’objectif de ce travail est de proposer une méthodologie pour cartographier l’épaisseur du sol à partir de la

combinaison de mesures ponctuelles et de variables exhaustives issue d’une prospection géoélectrique. Pour cela nous avons testé 4 méthodologies

répondant aux questions suivantes :

1/ Comment utiliser l’information multiple issue de la prospection géoélectrique (3 cartes de résistivité électrique) ?

2/ Quel type de modélisation réaliser pour combiner les deux informations ?

Site d'étude : l’Unité expérimentale INRA d’Epoisses Prospection géoélectrique

Electrodes d’injection du courant

Electrodes de mesure de

différence de potentiel ∆U

Automatical Resistivity

Profiler (ARP) : Mesure de

la résistivité électrique en

continu sur 3 voies de

mesure (R1, R2, R3)

• Côte-d’Or, commune de Bretenière

• Environ 120 ha découpés en 70 parcelles

• Expérimentations sur les systèmes de culture

• Calcisols déposés sur alluvions de la vallée de l’Ouche :

Epaisseur de sol hétérogène

Mesures de l’épaisseur du sol par observation de sondages

(80 points)

Tirage aléatoire :

45 points : prédiction

35 points : validation externe

R1 (0-50 cm) R2 (0-100 cm) R3 (0-170 cm)

Choix de la voie la mieux corrélée à l’épaisseur du sol Indicateurs synthétisant l’information contenue dans les 3 voies

Composante basse fréquence du

variogramme (S2-PC1)

Composante principale d’une ACP (PC1) Analyse variographique

Résistivité

électrique

(ohm.m)

PC1 (85 %)

Coefficients de corrélation

entre l’épaisseur du sol et le logarithme de la

résistivité :

- Ln R1 : -0.41

- Ln R2 : -0.73

- Ln R3 : -0.85

���� La résistivité de la voie 3 (R3) est la mieux

corrélée à l’épaisseur du sol

R1

R2R3

0 260 520130 Mètres

Epaisseurs mesurées :

23 à 220 cm dont 50% < 51 cm

Comment utiliser l’information géoélectrique ?

Quel type de modélisation ?

Variable explicative = Ln R3 Variable explicative = PC1 Dérive externe = PC1 Dérive externe = S2-PC1

<VALEUR>

< 23

24 - 30

31 - 50

51 - 70

71 - 90

91 - 220

! Echantillonnage de validation

! Echantillonnage de prediction

13 - 21

22 - 26

27 - 29

30 - 34

35 - 42

43 - 56

57 - 80

81 - 121

Régression linéaire simple Krigeage avec dérive externe

Carte

d’épaisseur de

sol estimée

par les

modèles (cm)

n = 35

r = 0.77

RMSE = 30.0

ME = 5.42

n = 35

r = 0.74

RMSE = 33.4

ME = 10.0

n = 35

r = 0.86

RMSE = 26.3

ME = 7.6

n = 35

r = 0.93

RMSE = 19.8

ME = 7.1

* Pourcentage de points dont la précision de l’épaisseur estimée est inférieure à 10 cm (%<10 cm) et supérieure à 20 cm (%>20 cm)

%<10 cm : 40 %

%>20 cm : 34 %

%<10 cm : 48 %

%>20 cm : 26 %

%<10 cm : 54 %

%>20 cm : 26 %

Paramètres du modèles ajusté :

Pépite : C0 = 0.25

Modèle sphérique 1 :

a1 = 35 m C1 = 0.48

Modèle sphérique 2 :

A2 = 300 m C2 = 1.84

Pépite : C0 = 0.25

Ecologie des bactéries dénitrifiantes du sol en relation avec les

émissions de N2O

Luiz Domeignoz-Horta

Encadrants : Laurent Philippot & Aymé Spor (pôle ECOLDUR)

Contexte:

L’azote:

Nutriment essentiel à la croissance des plantes

L’utilisation de fertilisants azotés en excès peux conduire

à:

1) des émissions de N2O, gaz à effet de serre – 298

plus puissant que CO2 et destructeur de la couche

d'ozone

2) l’ acidification des sols et rivières

3) l’eutrophisation des rivières et lacs

4) la pollution des nappes phréatiques

Résultats attendus

Comprendre le rôle de la composition de la communauté

dénitrifiante dans les émissions de N2O

Identifier les systèmes de culture qui favorisent les populations

dénitrifiantes capable d’agir comme un puit de N2O

Méthodes:

• Échantillonnage:

Site d’Estrées-Mons, France

2 Dispositifs Expérimentaux: ORE et BE

Prélèvement de sol sur la profondeur 0 -20cm,

3 réplicats par traitement

© ww.bioenergy-noe.com/?_id=169

Biomasse et environment (B&E): 4 traitements

Observatoire de Recherche en Environnement (ORE): 5 traitements

DN

RA

GHG

Emission

Modified from Giles et al., 2012.

Cycle d’azote

Denitrification:

Processus respiratoire facultative au cours

duquel les microorganismes utilisent des

oxydes d’azotes comme accepteurs d’électrons

Principal source biologique de N2O et seul

processus capable d’agir comme un puit pour le

N2O.

• Activité Potentielle de Dénitrification (PDA) et émission de N2O:

Incubation de sol en conditions idéales pour la dénitrification (anaérobiose, carbone et

nitrate non limitants) pour mesurer l’activité potentielle du pool d’enzyme présent dans

le sol au moment de l’échantillonnage:

Incubation de 10g sol en présence de 75 mM KNO3 , 25 mM Glucose ,

75 mM Na-acetate, 37.5 mM Na-succinate) en remplaçant l’air par du N2

Mesure de la vitesse de production de N2O par chromatographie en phase gazeuse

(CPG)

• PCR Quantitative (qPCR):

85

m T3 T6 T4 T2 T5 T1

85

m T1 T4 T5 T6 T3 T2

85

m T5 T2 T6 T1 T3 T4

48m 42m 42m 42m 42m 48m

Dispositifs expérimentaux:

ORE:

T1 - Conventional tillage T2 - Reduced tillage T3 - Reduced tillage and

straw export

T4 - Low nitrogen input T5 - Ecological intensification

30

m

MT MT SP SP MP MP

30

m

ST ST MT MT SP SP

30

m

SP SP MP MP ST ST

30

m

MP MP ST ST MT MT

12m 12m 12m 12m 12m 12m

B&E:

MT - Miscanthus coupe tardive ST - Swithchgrass coupe tardive

MP - Miscanthus coupe précoce SP - Swithchgrass coupe précoce

Mail: luiz.domeignoz-horta@dijon.inra.fr

Tel: +33 380693586

Projet Website: https://nora.nmbu.no/

• Pyroséquençage:

Quantification

Quantification de l’abondance des dénitrifiants producteurs

et réducteurs de N2O en utilisant les gènes codant les

enzymes clefs du processus de dénitrification comme

marqueurs moléculaires

nirK, nirS, nosZI et nosZII

Utilisation des gènes nosZI et nosZII codant

la N2O-réductase comme marqueur moléculaire

Détermination de la diversité génétique des

communautés dénitrifiantes au sein des clades

nosZI et nosZII par 454 pyroséquençage

Modified from Jones et al., 2013

Objectif

Déterminer l’importance de la composition, diversité

et abondance des communautés microbiennes pour les

émissions de N2O en relation avec les pratiques

agricoles

Elise ThalineauUMR 1347 « Agroécologie » INRA - Université de Bourgogne - Agrosup Dijon

Pôle Interactions Plantes-Microorganismes - ERL CNRS 6300

Effet de la nutrition et du génotype sur les réponses de défense chez Medicago truncatula

Les organismes phytopathogènes sont responsables de la destruction d’environ 30% des récoltes. Malgré leur impact négatif sur l’environnement et la santé humaine, les produits phytosanitaires restent un des principaux moyens de lutte. Dans un cadre général de diminution de l’utilisation de ces produits, mon projet de thèse a pour objectif de mieux comprendre l’effet de la nutrition de la plante et de son génotype sur les mécanismes moléculaires impliqués dans ses réponses de défense vis-à-vis des pathogènes et ceci afin de définir des stratégies de lutte innovantes.

Introduction

● Effet du génotype et de la nutrition sur l’infection :

Etude de l’effet des carences nutritionnelle sur la signalisation cellulaire et moléculaire des réponses de défense par analyse fonctionnelle de gènes candidats.Les gènes impliqués dans la production de FAO et NO ou impliqués dans la nutrition seront étudiés grâce à l’utilisation de racines transformées (collaboration avec l’INRA de Sophia Antipolis).

● Construction promoteur : gène rapporteur

● Construction RNAi pour bloquer l’expression du gène

● Effet de la nutrition sur des évènements moléculaires des réponses de défenses :

Pour certains génotypes, la sensibilité à A. euteiches dépend des conditions nutritives

0

1000000

2000000

3000000

4000000

5000000

6000000

7000000

8000000

9000000

Contrôle + Aphanomyces

Flu

ore

sce

nce

Production d'H2O2 1h après infection

Milieu complet Milieu carencé

0

200000

400000

600000

800000

1000000

1200000

1400000

1600000

Contrôle + Aphanomyces

Flu

ore

sce

nce

Production de NO 1h après infection

Les zoospores d’A. euteiches déclenchent une production d’H2O2 et de NO qui est modulée selon la présence d’azote (nitrates) dans le milieu de culture de la plante

Résu

lta

ts d

e J

ana

Nosko

vá

Promoteur gène candidat GUS GFPExpression de MtRboh dans la racine.

Rboh → NADPH oxydase

Marino et al. New phytol (2011)

Medicago truncatula

Aphanomyces euteiches

Plusieurs génotypes :- A17 = tolérant- F83005.5 = sensible

Modèle d’étude Estimation des symptômes de l’infection

→ Les symptômes peuvent être évalués par le pourcentage de brunissement de la racine primaire (a) et par test ELISA (b)

0

5

10

15

20

25

30

35

40

45

50

Non infecté Infecté

%

% de brunissement de la racine I

*

0

2

4

6

8

10

12

Non infecté Infecté

ELISA

*

A B

Résultats

Perspectives

Gène candidat Intronp35S Gène candidat

0

10

20

30

40

50

60

70

80

90

100

F83 DZA012D ESP105

%

% de brunissement de la racine I chez différents génotypes

Milieu complet Milieu carencé en azote

Diversité taxonomique, phylogénétique et fonctionnelle

de trois syntaxons des prairies permanentes

1INRA, UMR1347 Agroécologie, BP 86510, 17 rue de Sully, 21000 Dijon, France 2Université de Franche-Comté – CNRS, UMR 6249 Chrono-environnement, 16 route de Gray, 25030 Besançon Cedex, France.

3Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne, Laboratory of Ecological Systems, Station 2, 1015 Lausanne, Switzerland

Rémi Perronne1,2, Leslie Mauchamp2, Arnaud Mouly2 & François Gillet2,3

correspondance: remi.perronne@dijon.inra.fr

Contexte relevés phytosociologiques: description taxonomique des communautés utilisation en conservation des habitats

facettes de la biodiversité:

complément d’informations appréciable à

l’identité botanique des espèces

taxonomique

fonctionnelle

phylogénétique

Existe-t-il des différences taxonomiques, fonctionnelles et phylogénétiques entre

les principaux syntaxons des prairies permanentes de Franche-Comté?

Matériel et méthodes contexte: prairies permanentes semi-naturelles de Franche-Comté

sélection des relevés: diagnostic phytosociologique [1] Arrhenatheretalia elatioris (Ae, prairies de fauche eutrophes) Trifolio repentis – Phleetalia pratensis (TP, pâturages eutrophes) Brometalia erecti (Be, pelouses oligotrophes) métriques de diversité: entropie quadratique de Rao comparable entre facettes [2] valeur moyenne pondérée de la communauté (i.e. CWM)

Résultats comparaison inter-facettes: comparaison inter-facettes:

discrimination des syntaxons sur la base de: l’entropie quadratique de Rao fonctionnelle (calculée sur sept traits en combinaison), différenciant les prairies eutrophes des prairies oligotrophes l’entropie quadratique de Rao phylogénétique,

différenciant les trois syntaxons

absence de discrimination sur la base de la diversité de Simpson (N2)

*** *** n.s. a a a

510

1520

25

métrique taxonomique (N2)

Be TP Aeb a a

1.10

1.12

1.14

1.16

1.18

1.20

1.22

métrique fonctionnelle (Rao)

Be TP Aea b c

2.0

2.5

3.0

3.5

métrique phylogénétique (Rao)

Be TP Ae

comparaison intra-facettes:

les syntaxons Ae et TP présentent une valeur moyenne de SLA, ainsi que de hauteur maximale, plus élevée: suggérant une plus forte compétition pour la lumière en réponse à de probables apports azotés

la hauteur maximale est plus variable en Ae, tandis que le SLA présente une variabilité faible entre espèces au sein de la communauté: suggérant l’existence possible de strates successives de feuillages composant la canopée

c b a

2025

30

Be TP Ae

ab a b

1.05

1.10

1.15

1.20

Be TP Ae

surfa

ce fo

liaire

spé

cifiq

ue

(SLA

m² k

g–1 )

ha

uteu

r max

imal

e de

la c

anop

ée

(m)

CWM Rao

*** **

*** ***

comparaison intra-facettes:

c b a

0.4

0.6

0.8

1.0

Be TP Ae

c b a

1.10

1.15

1.20

1.25

1.30

Be TP Ae

permettant de discriminer les syntaxons, les facettes phylogénétiques et fonctionnelles

pourraient, avec profit, compléter l’approche

taxonomique en tant qu’indicateurs des conditions de gestion et de la valeur de

conservation des prairies. Références: Ferrez Y. (2007) Contribution à l’étude phytosociologique des prairies mésophiles de Franche-Comté. Les Nouvelles Archives de la Flore Jurassienne 5: 59-151. de Bello F. et al. (2010) The partitioning of diversity: Showing Theseus a way out of the labyrinth. Journal of Vegetation Science 21: 992-1000.

Remerciements: Yorick Ferrez et le CBNFC (Conservatoire Botanique National de Franche-Comté)

Interprétation

Perspective

Ae TP Be

-200

-150

-100

-50

0

50

100

150

200

po

urc

en

tage

Modèle prédictif de la biomasse microbienne moléculaire du sol

W.HORRIGUE, S.DEQUIEDT, P.A.MARON, F.CONSTANCIAS, N.CHEMIDLIN-PREVOST-BOURE

L. RANJARD

Contacts : walid.horrigue@dijon.inra.fr, samuel.dequiedt@dijon.inra.fr, pamaron@dijon.inra.fr, lionel.ranjard@dijon.inra.fr

Le sol représente avant tout pour l’homme un support de construction et de production agricole. Sa surexploitation depuis le développement de l’agriculture intensive et de l’industrialisation a menée à une érosion significative de sa biodiversité et par la même des fonctions et services remplis par cette biodiversité. Dans ce contexte, il devient donc urgent de fournir aux gestionnaires et utilisateurs des sols les moyens de diagnostiquer l’état biologique de leur support de production et l’impact des pratiques associées (agricoles, industrielles). Ce diagnostic passe par la standardisation d’outils robustes et sensibles mais aussi par l’acquisition de valeurs de références permettant de rendre opérationnel les indicateurs biologiques. La biomasse microbienne est démontrée depuis 20 ans comme un indicateur robuste de la qualité du sol. Dans ce contexte, nous avons développé un modèle statistique prédictif sur l’indicateur biomasse moléculaire microbienne (basé sur rendement d’extraction d’ADN de sol). Ce modèle a été développé à partir des données obtenues sur les 2200 sols du Réseau de Mesures de la Qualité des Sols. Ce modèle permet, en fonction des caractéristiques du sol et du mode d’usage, de définir les gammes des variations de biomasse moléculaire microbienne. La comparaison à ce référentiel permet de diagnostiquer l’état biologique d’un sol.

Contexte scientifique et Objectifs Jeu de données de référence Le Réseau de Mesure de la Quantité des Sols (R.M.Q.S.) a été mis en place par l’Unité Infosol de l’INRA d’Orléans : grille systématique d’échantillonnage selon une maille carrée de 16 km de côté.

On cherche à avoir la meilleur estimation (prédiction) de la réponse (variable a expliquer) c’est à dire la quantité de biomasse microbienne. Le choix des variables s’effectue en 2 étapes: -Identification des variables présentant des fortes corrélations (ex: azote et carbone)

-Sélection des variables par la méthode de recherche exhaustive. Les principaux critères de choix sont les R², le R²aj, le Cp, l'AIC et le BIC.

Compte tenu des interactions existant entre les variables explicatives, le choix du modèle s’est porté sur la régression polynômiale pour sa facilité de mise en œuvre ainsi que sa souplesse. Une première analyse sans prise en compte des relations spatiales entre les sites met en évidence des résidus structurés à l’échelle du territoire. De ce fait il est impératif d'introduire les variables explicatives spatiales dans le modèle.

Choix des variables et du modèle Structure spatiale et procédure de sélection

(a) (b)

Carte des résidus du modèle sans prise en compte des

variables spatiales (a)

Sélection des variables par la méthode exhaustive,

critère du BIC (b).

Le modèle polynômiale final est le suivant :

ou les βi sont les paramètres du modèle, les Xi sont les covariables et ε le résidu.

Modèle choisi

L'intervalle de prévision de niveau (1-α) pour Yn+1 est donné par : Où Yn+1 est la valeur prédite.

Le modèle développé a été appliqué sur des données de biomasse moléculaire obtenues sur la zone atelier de Fenay. Ce site d’étude de

1400 ha situé au sud de Dijon comprend 70% de terres agricoles et 28% de forêts. L’échantillonnage retenu pour l’application comprends

50 points sélectionnés de façon aléatoire parmi les 200 points totaux

Application opérationnelle: zone atelier de Fenay Intervalle de confiance du modèle

Sols

Extraction d’ADN

Quantification d’ADN

S.Desquiet et al: Biogeographical patterns of soil molecular microbial biomass as influenced by soil characteristics and management. Global Ecology and Biogeography, (Global Ecol. Biogeogr.) (2011) 20, 641–652. A.F.Zuur et al T (2009) : Mixed Effects Models and Extensions in Ecology with R, Statistics for Biology and Health . doi: 10.1007/Springer Science+Business Media, LLC 2009.

Référence bibliographique

Détermination physicochimie, données

spatiales, mode d’usage

jeu de données de référence composé de 17 variables explicatives dont 16 quantitatives (données physico-

chimiques, spatiales) et 1 qualitative (mode d’usage du sol) sur 2120 sites (individus).

90 % des valeurs mesurées sont comprises dans l’intervalle de confiance du modèle et nous avons une

bonne classification des écarts par rapport à la valeur de référence (en%) selon la pratique

Qualité d’ajustement Comparaison des box-plots des valeurs ajustées et valeurs

mesurées

Représentation graphique des nuages de points des valeurs

mesurées par rapport aux valeurs ajustées et la droite y=x

Les valeurs ajustées par le modèle sont proches des valeurs mesurées

La qualité d’ajustement est bonne par rapport aux valeurs mesurées

Cette approche a permis d’établir le premier modèle opérationnel pour la prédiction

de la biomasse microbienne du sol . Ce modèle est un outil mathématique pour définir les intervalles de variation de la quantité de biomasse microbienne moléculaire. Cette approche va nous permettra de développer des modèles locaux qui tiennent compte de la variabilité des sols à plus petite échelle et la méthodologie sera appliquée pour modéliser la diversité des bactéries et des champignons.

Conclusion et perspective -200

-150

-100

-50

0

50

100

150

200

po

urc

en

tage

Travail_Profond_Labour Travail_Profond_Decompactage

Travail_Sup Forest Others CIPANeurs NaN

= Biomasse microbienne

moléculaire

INRA, Université Bourgogne, AgroSup Dijon

UMR Agroécologie, Plateforme GenoSol

Centre INRA Dijon

0

5

10

15

20

25

30

0 12 24 36 48 60 72 84 96 108 120

Nu

mb

er

of

ac

ce

ss

ion

s

NodB per plant (mg)

N 24

N 15

Caméor

Introduction

Materials and Method

Results

Conclusions - Perspectives

References

Pea (Pisum sativum) is the third most important grain legume worldwide, and the increasing demand for protein-rich raw material for animal feed or human nutrition has led to a greater interest in this crop as a protein source.

Legumes have the natural ability to use, as main nitrogen (N) resource, the atmospheric N2 from symbiosis in nodules with Rhizobiaceae spp. Legumes thus do not need N fertilizers. However, N nutrition can still be a limiting factor of yield and seed quality in legumes. Nodules are very sensitive to their local environment, in particular to nitrate, and root systems of N2 fixing legumes are poorly developed, which makes them unable to explore a large soil volume and sensitive to unfavourable conditions.

This study assessed the potential of naturally occurring genetic variability of nodulated root structure and functioning traits to improve yield pea performance.

This analysis highlighted the high variability for the nodulated root structure and the nitrogen acquisition among the 104 pea accessions. A highly significant correlation was observed between lateral root number, nodule number and nitrogen acquisition traits. Further analyses will be performed to identify associations between molecular and nodulated root structure or functioning diversity. An analysis of the structure of the French pea collection has been performed with the software DaPC (Jombart et al., 2010) based on 353 SNPs and 32 SSR markers, showing that the material in the core collection could be assigned to 6 distinct genetic groups.

Significant variations between accessions were observed for most traits describing the nodulated root structure and which were obtained from measurements and root image analysis (NLatRoot, TapRootL, RootD, RootB, TRootL, NNod, NodB, ANodB, TNodPA) (Fig.3).

Significant variations between accessions were also observed for carbon and N acquisition traits, estimated respectively from leaf surface area, shoot biomass (LeafA, ShootB) and N content and nitrogen fixation measurement (ShootNC, NDFA) (Fig.3).

è

A

Bourion V, Rizvi SMH, Fournier S, de Larambergue H, Galmiche F, Marget P, Duc G, Burstin J. 2010. Genetic dissection of nitrogen nutrition in pea through a QTL approach of root, nodule, and shoot variability. Theoretical and Applied Genetics 121, 71-86.

Duc G, Mariotti A, Amarger N. 1988.Measurements of genetic variability for symbitic dinitrogen fixation in field-grown faba bean (Vicia faba L.) using a low level 15 N-tracer technique. Plant and Soil 106, 269-276.

Jombart T, Devillard S, Balloux F. 2010. Discriminant analysis of principal components: a new method for the analysis of genetically structured populations. BMC Genetics 11:94

WinRHIZO Pro 2013c Regent Instruments Inc,, Quebec, Canada

Genetic diversity of nodulated root structure and nitrogen nutrition

in a core collection of pea V. Bourion, H. de Larambergue, V. Aubert, C. Martin, M. Martinello, C. Delaitre, G. Aubert, M. Siol, G. Duc, J. Burstin

INRA, UMR1347 Agroécologie, GEAPSI, BP 86510, 21000 Dijon, France

Corresponding author : virginie.bourion@dijon.inra.fr

One hundred and four pea accessions were selected from the French pea collection based on their genetic diversity and agronomic traits. This core-collection includes 44 cultivars, 10 inbred lines, 28 landraces, and 22 wild genotypes. Two among the accessions are Pisum fulvum and all others are Pisum sativum. Most of the P sativum belong to subsp sativum but 2 belong to subsp abyssinicum and 4 to subsp elatius.

A glasshouse experiment was performed in a three-block randomised design, with one pot per genotype and four plants per pot in each block (Fig,1). The 2-L pots were filled with a 1:1 (v/v) mixture of sterilized atapulgite and clay balls, with a cell suspension of a Rhizobium leguminosarum bv. viciae (108 per seed) and supplied with a 0,625 mM 15N labelled nitrate (1% 15N).

The thousand seed weight (TSW) of each accession was determined before sowing. Two plants per pot were harvested for measurements at two different dates: 8-day and 4-week after sowing. The two 8-day old plants were spread onto a transparent sheet and scanned as digital images with an A3 colour scanner (Fig.2A).

The root system of each 4-week old plant was carefully spread onto a transparent sheet to minimise root overlapping and scanned (Fig.2B). All nodules were then peeled and scanned (Fig.2C). Total root length (TRootL), mean root diameter (RootD) and nodule projected area (TNodPA) were further determined by image analysis using WinRhizo® Software. All first order lateral roots and nodules were counted (NLatRoot, NNod). Roots and nodules were oven-dried separately at 80 C for 48 and weighed (RootB, NodB) and the average node biomass calculated (ANodB).

In addition, shoot length (ShootL) was measured in all experiments and leaves of 4-week old plants were scanned (Fig.2D) and further analysed to determine total leaf area (LeafA). Then shoots were oven-dried for dry matter measurement (ShootB). Shoot nitrogen content (ShootNC) was estimated by mass spectrometry and the part of nitrogen accumulation derived from symbiotic fixation (NDFA) was calculated using the isotope dilution technique (Duc et al. 1988).

Figure 1: Experimental setup in the glasshouse

Figure 2: Successive scanned images for two different accessions.

A Whole 8-day old plants. B Whole 4-week root system. C All nodules of 4-week day plant.

D. All stipules and leaflets of 4-week day plant

A B C D

Acc

essi

on

N°1

5:

Pis

um

fu

lvu

m

Acc

essi

on

N°2

4:

Pis

um

sa

tivu

m

NLatRoot=50; TRootL=1184cm NLatRoot=9 ; TRootL=16.8 cm NNod=16; TNodPA=0.4cm² LeafPA=88cm²

NLatRoot=82; TRootL=2159cm NLatRoot=50 ; TRootL=1763cm NNod=265; TNodPA=5.2cm² LeafPA=314cm²

Figure 3: Frequency distribution of the 104 pea accessions for traits describing

the nodulated root structure and the nitrogen nutrition at the 4-week stage

Figure 4: PCA analysis of the 104 accessions using 14 active and 1 supplementary variables

0

5

10

15

20

25

2,6 2,9 3,2 3,5 3,8 4,1 4,4 4,7 5,0 5,3 5,6 5,9

Nu

mb

er

of

ac

ce

ss

ion

s

ShootNC (%)

N 24

Caméor

N 15

0

5

10

15

20

25

30

35

50 54 58 62 66 70 74 78 82 86 90

Nu

mb

er

of

ac

ce

ss

ion

s

NDFA (%)

N 15

Caméor

N 24

A significant positive relationship was found between NNod, NodB, NLatRoot, RootB and NDFA, with significant correlations ranging from 0.45 to 0.66 (Fig.4).

TSW

ShootL PlantStage

ShootB

TapRootL

NLatRoot

TRootL

RootD

RootB

NNod

ANodB

NodB

ShootNC

NDFA

PSRN_PST

LeafM-WT

LeafM-af

-1

-0,75

-0,5

-0,25

0

0,25

0,5

0,75

1

-1 -0,75 -0,5 -0,25 0 0,25 0,5 0,75 1

F2 (

17

,33

%)

F1 (39,32 %)

Variables (axis F1 and F2: 56,65 %)

Supplementary variables

Trait distribution within winter wheat fields can partly be explained by

disturbances and competition for resources

1 INRA, UMR1347 Agroécologie, BP 86510, F-21000 Dijon, France

Rémi Perronne1, Valérie Le Corre1, Emilie Cadet1, Sabrina Gaba1

Acknowledgments:

The authors thank Audrey Alignier, Rémy Destrebecq, Camille Drouhin, Gilles Louviot andQuentin Martinez for their assistance in the field.

correspondance: Remi.Perronne@dijon.inra.fr

References:

Cordeau et al. (2012), Weed Research 52: 88-97Villéger et al. (2011), Ecology Letters 14: 561-568Fried et al. (2007), XXème Conférence du COLUMA, Dijon December 11-12

Study site: intensive cereal agricultural area (southern part of Côte-d’Or department, France)

Crop type: winter wheat (Triticum æstivum)Experimental design:

Weed species are not homogeneously distributed into field elements (Cordeau et al. 2012)* . In a field, weed species aremainly competing with the crop and constrained by management practices (i.e. disturbances). In the crop edge, lessunfavorable conditions for weed development (i.e. absence of direct crop competition, less frequent disturbances)could explain the greater diversity of weeds. To understand this observation, a functional approach based on traitsknown to respond both to disturbances and to competitive or facilitative interactions can be used. Our assumptionsare that (i) the crop edge is likely to allow a wider range of ecological strategies thus promoting species coexistencewhile (ii) in the field, disturbances should lead to a reduction in the range of ecological strategies.

crop edgetilled but

uncultivated zone

field marginthe first metres

field core

4 fields x 3 field elements* 7 species (up to 10 individuals)

Viola tricolor

VIOTR

Veronica persica

VERPE

Veronica hederifolia

VERHE

Papaver rhoeas

PAPRH

Galium aparine

GALAP

Geranium dissectum

GERDI

Fallopia convolvulus

POLCO

vege

tativ

ehe

ight

+ specific leaf area+ above-ground biomass

3 traitsStatistical analysis: combination of randomization-model and functional metrics using single and multiple-trait analysesto estimate overlap (right: schematic representation of the multi-trait approach)

Standardized principal component analysis (PCA) forspecies trait valuesA: correlations between response traitsB: distribution of individuals according to field elements

In the crop edge: coexistence of two light acquisition strategies

shade avoidance: stem elongation, larger investment into supporting tissues, lower SLA: GALAP, GERDI, PAPRH shade tolerance: higher SLA, lower vegetative height: POLCO, VERHE, VERPE, VIOTR main driver: predominance of weed-weed competition leading limiting trait similarity among species

In the field (margin and core): one single fast-growing shade-

tolerant strategy

main driver: predominance of disturbance effects (herbicide pressure, freezing) leading to a reduction in the range of values

The trait-based approach allows the identification of different

ecological strategies into field elements

field core

specific leaf area (m² g-1)0 0.02 0.04 0.06 0.08 0.10

field margin

crop edge

Distribution of SLA values into field elements

General trend: increase of SLA, decrease of above-ground biomass and canopy height from the crop edge to the field

main factor affecting weeds growth: potential reduction of light availability

under crop canopy cover

Example of distribution of values using single-trait (top and middle) andmultiple-trait (bottom) analysis in crop edge and field margin for twospecies: Geranium dissectum and Viola tricolor

field margincrop edge

multiple-trait approach (percentage of unshared volume between convex hulls:Fβ ,

(Villéger et al. 2011))

VIOTR

GERDI

GERDI

VIOTR

in Cordeau et al. (2012)

crop

edge

field

mar

gin

field

core

no e

colo

gica

lpr

efer

ence

s(F

ried

et a

l. 20

07)

How does reduced herbicide use affect biodiversity and crop production?

D. Mézière, S. Cordeau, S. Granger, N. ColbachINRA, UMR1347 Agroécologie, F-21000 Dijon, France (Nathalie.Colbach@dijon.inra.fr)

AgroSup Dijon, UMR1347 Agroécologie, F-21000 Dijon, France

Herbicide use must be reduced because of environmental and regulatory issues.

This will impact weeds which are both a harmful pest and an important trophic resource.

Aims (1) Survey cropping systems with contrasting herbicide use in farms

(2) Evaluate the impact on crop production and biodiversity with the FLORSYS Model

LiteratureGardarin A, Dürr C, Colbach N (2012) Ecol Modelling 240, 123-138Munier-Jolain NM, Guyot SHM, Colbach N (2013) Ecol Modelling 250, 101-110Colbach N, Collard A, Guyot SHM, Mézière D, Munier-Jolain NM (2014) Eur J Agron 53, 74-89

Perspectives.The advice tree will be improved withadditional and more diverse croppingsystems

Material and methods

AcknowledgmentsANR-08-SYSTERRA-02 ADVHERB and APR 2011- Ecophyto2018 “Change agricultural practices to preserve ecosystemicservices”

Results.

Pathways of management strategies to reach different combinations of

herbicide use, biodiversity and harmfulness goals were identified with PCA,

clustering and regression trees Conclusion 1.Reduced herbicide use does not necessarily increase weed harmfulness or biodiversity

Conclusion 2.There are strategies that reconcile reducedherbicide use with moderate biodiversityand harmfulness

Har

vest

ing

prob

lem

s

Weed impactindicators

Input variables

FLORSYSANNUAL

LIFE-CYCLE

26 cropping systems(farm survey)

2 pedo-climates(weather stations ofBurgundy, Poitou-Charentes)

Initial weed seed bankcommunity(16 species with 2g seeds/m²per species)

FLORSYS Model(Colbach et al., 2014)

Gardarin et al 2012 Munier-Jolain et al., 2013 Colbach et al., 2014

Simulation

(30 years, 20 randomweatherrepetitions)

< 0.83

%summer-sown crops

Hoe/year

Tillage/year

Plough/year

Hoe/year

%catch crop

Mechanical weeding/year

Grass herbicides/year

%summer-harvested crops

Optimal profile

≥ 0.83

≥ 0.5< 0.5

< 50% ≥ 50%

< 42%≥ 42%

≥ 0.38< 0.38< 79%≥ 79%

< 3.8≥ 3.8

< 0.58≥ 0.58

≥ 0.21< 0.21

Herbicide Treatment Frequency Index

Low High

- Treatment Frequency Index (TFI)

- Productivity (Mj/ha)

- Energy efficiency (dimensionless)

- N consumption (kg/ha)

- Fuel consumption (l/ha)

- Semi-net margin (€/ha)

- Sensitivity to price volatility - Pesticide environmental impact (I-Pest)

- Workload (h/ha)

Reconciling pesticide reduction with economic and environmental sustainability

in arable farming Martin Lechenet, Vincent Bretagnolle, Christian Bockstaller, François Boissinot, Marie-Sophie Petit, Sandrine Petit, and Nicolas M. Munier-Jolain*

* Corresponding author: INRA, UMR1347 Agroécologie, BP 86510, F-21000 Dijon, France

Introduction

Reconciling agricultural productivity with other components of sustainability remains one of the most challenging stakes for agriculture.

One key issue is to achieve substantial reductions in the level of pesticide use for environmental and health reasons.

Are these innovative cropping systems a solution to conciliate low pesticide use with environmental and economic performances?

Growing environmental concerns have however contributed to the emergence of innovative farming systems, such as organic and integrated farming, usually presented as alternative paths to reduce pesticide use as compared to current conventional systems.

Methods

48 arable cropping systems from two major agricultural regions of France, including conventional, integrated and organic systems, with a wide range of pesticide use intensities as well as of other technical aspects (crop rotation, soil tillage, cultivars, fertilization...).

Each performance indicator is expressed as a ratio of the local reference value defined for each of the 10 production situations.

A wide range of pesticide use Drivers of performances

Results

Discussion

Multicriteria-assessment

Achieving a low level of pesticide use is possible without triggering negative side effect on any of the components of cropping system sustainability we assessed in this study.

Integrated cropping systems best conciliate low pesticide use and performance

Importance of crop diversification, and notably introduction of legume crops, as a lever to enhance cropping system sustainability.

Lower energy consumption

Productivity not significantly lower Potential increase of energy efficiency

low risk for contamination of air and water with pesticide residues

No decrease of profitabilty No increase of workload

Local reference

Integrated cropping systems

Conventional cropping system

Organic cropping systems

Assessment of pesticides ecotoxicology on soil microorganism

INTRODUCTION

Giorgia Pertile 1,3, Fabrice Martin-Laurent 1, Jérémié Béguet 1, David Bru 1, Dimitrios G. Karpouzas 2 1INRA, UMR 1347 AgroÉcologie, F-21065 Dijon Cedex (France) 2University of Thessaly, Larisa (Greece) 3 AEIFORIA s.r.l, Spinoff Università Cattolica del Sacro Cuore, Fidenza (Italy)

This work is included in an European project (FP7) called “LOVE TO HATE” (http://lovetohate.bio.uth.gr/). In this project, we study the impact of three pesticides: isoproturon, tebuconazole and chlorpyrifos on soil microflora. The isoproturon [IPU, (3-(4-isopropylphenyl)-1,dimethylurea)] is a phenylurea herbicide used for pre- and post-emergence control of blackgrass, silky bentgrass, wild oats, annual meadow grass, ryegrass and many broad-leaved weeds in spring and winter wheat, barley and winter rye. Isoproturon inhibits the transfer of electrons to the PSII. Because of its high water solubility (55 mg/l at 22°C) and its low soil adsorption, isproturon and its metabolite are contaminating water resources. The tebuconazole [TBCZ, ((RS)-1-p-chlorophenyl-4,4-dimethyl-3-(1H-1,2,4-triazol-1-ylmethyl)pentan-3-ol )] is a triazole fungicide used for disease control in fruit, nuts, cereal, grapevines and vegetable crops. Tebuconazole inhibits the sterol C-14 a-demethylation of 24-methylenedihydrolanosterol (precursor of ergosterol). This pesticide is persistent in soil (it’s highly adsorbed by soil) and as a result was found to contaminate water resources at concentration is gone beyond the EU’s 0,1 μg/l limit. The chlorpyrifos [CHL, (O,O-diethyl O-(3,5,6-trichloro-2-pyridyl) phosphorothioate)] is a organophosphorus insectidice and acaricide used for pest control on grain, cotton, fruit, vegetable crops, lawns, paddy fields, pasture and ornamental plants. Chlorpyrifos suppresses the activity of acetylcholine esterase. The chlorpyrifos is strongly adsorbed to soil component where it is moderately persistent. The principal metabolite of chlorpyrifos is 3,5,6-trichloro-2-pyridinol has a higher water solubility. Chlorpyrifos and its main metabolite are very toxic for fresh water fish, aquatic invertebrates and estuarine organisms.

OBJECTIVES

The principal aims for this study are: 1. define appropriate experimental design and protocols for assessing pesticides microbial toxicity; 2. assess the effects of pesticides on soil microbial diversity using appropriate molecular tools (A-RISA

fingerprints and NGS analysis); 3. assess the effects of pesticides on soil microbial functions using appropriate molecular tools (qPCR and

phylochip analysis).

APPROACH

RESULTS

Fig. 1: Results of 16S rRNA qPCR analyses obtained for soil microcosms treated with isoproturon, tebuconazole or chlorpyrifos. For isoproturon treatment all the data are presented. For the two other pesticides 16S rRNA abundances are presented per treatment. Different letters indicate statistical differences (p<0,05).

Fig.2: Results of 16S RNA qPCR analyses specific for α-proteobacteria obtained for soil microcosms treated with isoproturon, tebuconazole or chlorpyrifos. For isoproturon treatment all the data are presented. For the two other pesticides 16S rRNA abundances are presented per treatment. Different letters indicate statistical differences (p<0,05).

CONCLUSIONS ANOVA statistical analysis revealed that the impact of isoproturon on the abundance of bacterial community (16S rRNA abundance) was influenced by time and doses applied as well as by the interaction of these two parameters. Isoproturon was found to transiently (at T21 and T56) reduced the abundance of total bacterial community as compared to the control. At the end of the incubation period the bacterial community recovered its initial size. It is noteworthy that for the other two pesticides the major explaining parameter was the dose of pesticide applied to soil microcosms. Tebuconazole application led to a significant decrease in the abundance of the total bacterial community. Chlorpyrifos application led to similar impact and the biggest impact being observed for the highest dose applied. Similar interpretation can be done for the quantification of α-proteobacteria abundances. We are presenting here only the results obtained for the total abundance of bacterial community and of one microbial group, but the impact of pesticides was estimated on 11 microbial groups. Briefly, we have seen that pesticides treatment affected the abundances of all or part of these microbial groups which are no-target organism for these pesticides. Thereafter is listed the list of groups non affected by pesticide treatment: Isoproturon: Bacteroidetes, Firmicutes. Tebuconazole: Acidobacteria, γ-proteobacteria, Gemmatimonadetes, Planctomycetes. Chlorpyrifos: Acidobacteria, Firmicutes. This study will be followed up with the analyis of the impact of these three pesticides on the structure and diversity of soil bacterial community by applying A-RISA and 16S rRNA pyrosequencing respectively.

PhD day, 24th April 2014, University of Bourgogne, Dijon Cedex (FR)

REFERENCES • L. Alletto, Y. Coquet, P. Benoit and V. Bergheaud “Effects of temperature and water content on degradation of isoproturon in three soil profiles “Chemosphere 64 (2006) 1053-1061; • Doctorial Thesis of S. Hussain “Characterization of the isoproturon degrading community: from field to the genes” (2010); • N. T. Sehnem, P. Souza-Cruz, M. Do Carmo R. Peralba and M. A. Záchia Ayub “Biodegradation of tebuconazole by bacteria isolated from contaminated soil” Journal of Environmental Science and Health 45 (2010) 67-72; • B. Muñoz-Leoz, E. Ruiz-Romera, I. Antigüedad and C. Garbisu “Tebuconazole application decreases soil microbial biomass and activity” Soil Biology & Biochemistry 43 (2011) 2176-2183; • E. Herrero-Hernández, M. S. Andrades, J. M. Marín-Benito, M. J. Sánchez-Martín and M. S. Rodríguez-Cruz “Field-scale dissipation of tebuconazole in a vineyard soil amended with spent mushroom substrate and its potential environmental impact” Ecotoxicology and Environmental Safety 74

(2011) 1480-1488; • J. Artigas, J. Majerholc, A. Fouluier, C. Margoum, B. Volat, M. Neyra and S. Pesce “Effects of the fungicide tebuconazole on microbial capacities for litter breakdown in streams” Acquatic Toxicology 122-123 (2012) 197-205; • B. K. Singh, A. Walker, J. A. W. Morgan and D. J. Wright “Effects of soil pH on the biodegradation of chlorpyrifos and isolation of a chlorpyrifos-degrading bacterium” Applied and Environmental Microbiology 69 (2003) 5198-5206; • B. K. Singh, A. Walker and D. J. Wright “Bioremedial potential of fenamiphos and chlorpyrifos degrading isolates: influence of different environmental conditions” Soil Biology & Biochemistry 38 (2006) 2682-2693; • X. Chu, H. Fang, X. Pan, X. Wang, M. Shan B. Feng and Y. Yu “Degradation of chlorpyrifos alone and in combination with chlorothalonil and their effects on soil microbial populations” Journal of Environmental Sciences 20 (2008) 464-469; • B. Liang, C. Yang, M. Gong, Y. Zhao, J. Zhang, C. Zhu, J. Jiang and S. Li “Adsorption and degradation of triazophos, chlorpyrifos and their main hydrolytic metabolites in paddy soil from Chaohu Lake, China” Journal of Environmental Management 92 (2011) 2229-2234;

Microcosm assessment of the dissipation and

soil microbial ecotoxicity of chlorpyrifos and tebuconazole

using standardized advanced molecular tools

INTRODUCTION & OBJECTIVES

Giorgia Pertile 1,2, Veronika Storck 1,2, Evangelia S. Papadopoulou 2,3, Federico Ferrari 2, Dimitrios G. Karpouzas 3 and Fabrice Martin-Laurent 1

1 INRA, UMR 1347 AgroÉcologie, F-21065 Dijon Cedex (France) 2 AEIFORIA s.r.l, Spinoff Università Cattolica del Sacro Cuore, Fidenza (Italy)3 University of Thessaly, Larisa (Greece)

This work is part of the LOVE TO HATE project (http://lovetohate.bio.uth.gr/) [IAPP Marie Curie action]

aiming at applying a range of standardized and novel methods to assess the microbial toxicity of pesticides.

Here we report the analysis of the impact produced by chlorpyrifos and tebuconazole on the abundance of

soil microorganisms. The chlorpyrifos [CHL, (O,O-diethyl O-(3,5,6-trichloro-2-pyridyl) phosphorothioate)]

is a organophosphorus insecticide suppressing the activity of acetylcholine esterase used for controlling pest

on culture (e.g. cotton, grain, fruit, etc…). Chlorpyrifos having high sorption coefficient (Koc ranging from

652-30,381 L/kg) can adsorb to soil components and consequently persists for a long period of time. CHL

can be degraded by soil microorganisms to 3,5,6-trichloro-2-pyridinol which has a higher water solubility.

Chlorpyrifos and its main metabolite are very toxic for fresh water fish, aquatic invertebrates and estuarine

organisms. The tebuconazole [TBZ, ((RS)-1-p-chlorophenyl-4,4-dimethyl-3-(1H-1,2,4-triazol-1-

ylmethyl)pentan-3-ol )] is a triazole fungicide, inhibiting the sterol C-14 α-demethylation of 24-

methylenedihydrolanosterol (precursor of ergosterol), used for controlling cryptogamic diseases in various

crops (fruit, nuts, cereal, grapevines and vegetable). Tebuconazole having high sorption coefficient (Koc

992 L/kg) strongly adsorbed to soil rich in organic matter where it can persist and contaminate water

resources.

This study aims at estimating:

• the dissipation of these two pesticides in an arable soil collected from a field in Italy

• the impact of these two pesticides on the total abundance of bacteria and on the abundances of 11

microbial groups.

SETAC Europe, 24th Annual Meeting, 11-15 May 2014 Basel (CH)

MATERIAL & METHODS

RESULTS & DISCUSSIONS

TBZ

CHL

Sampling at 5 time points

(T0, T7, T21, T56, T100)

Pesticide dissipation

Chemical analysis (HPLC-PDA)

Radiorespirometric analysis (14C-labelled)

Pesticide impact on soil microorganisms

DNA extraction and purification (ISO 11063)

Total and microbial groups qPCR assay (ISO/DIS

170601)

x0

x1

x2

x10

TBZ CHL

Time Treatment T*T Time Treatment T*T

16S rRNA 0,164 0,007 0,779 0,692 0,263 0,071

Acidobacteria 0,514 0,034 0,719 0,763 0,459 0,323

Actinobacteria 0,127 0,013 0,760 0,122 0,512 0,112

α-proteobacteria 0,382 0,001 0,836 0,973 0,257 0,446

β-proteobacteria 3,86E-10 0,590 0,720 2,24E-05 0,524 0,188

γ-proteobacteria 0,606 0,021 0,814 0,962 0,525 0,364

Bacteroidetes 0,078 0,112 0,918 0,210 0,495 0,125

Firmicutes 0,082 0,128 0,782 0,037 0,511 0,123

Gemmatimonadetes 0,276 0,005 0,551 0,687 0,766 0,160

Verrucomicrobia 0,092 0,056 0,872 0,001 0,934 0,216

Planctomycetes 0,474 0,002 0,850 0,341 0,547 0,042

Crenarchaea 0,956 0,544 0,498 0,003 0,239 0,261

Figure 2. Radiorepsirometric analysis recording the evolution of 14CO2 from 14C-pesticide catalysed by

soil microorganisms. For the tebuconazole two different labelling were used: one on the phenyl ring and

one on the triazole ring. Chlorpyrifos was labelled on the phenyl ring.Figure 3. Result of statistical analyses performed on qPCR results monitoring the evolution of the abundances

of microbial groups in soil microcosms following pesticide treatments. qPCR results were analysed using a two-

way ANOVA by considering two parameters (time and treatment) and their interaction (time*treatment, T*T).

The treatment was considering the three doses applied to soil microcosms (i.e. x1, x2 and x10). Significant

differences as compared to the control (x0) are in red. Values presented in the table are the p values at p<0.05.

CONCLUSIONS

The chemical analyses performed by HPLC-DAD on pesticide residues extracted from the

soil collected at different times from the microcosms revealed that less than 20% of TBZ

was dissipated over 100 days, the dissipation occurring during the first 10 days of

incubation. At the end of the incubation period, almost 50 % of CHL was dissipated (data

not shown).

The radiorespirometric analyses revealed that only phenyl-ring labelled TBZ was

mineralized to a low extent 4.8% of initially added 14C-TBZ being evolved to 14CO2 after

100 days of incubation. On the contrary CHL was mineralized to a greater extent (i.e. 28%

of the initial 14C-CHL).

Altogether these results tend to indicate that TBZ dissipation in mainly resulting from

abiotic processes while CHL dissipation mainly results from microbial biodegradation. One

could also show that the scenarii of exposure of soil microorganisms to these two pesticides

are diverging.

The analysis of the quantification of the abundances of microbial groups by qPCR performed on

DNA extracted directly from soil samples showed that only TBZ treatments have an impact on

soil microorganisms. Indeed, the abundance of total bacteria (16S rRNA) and the abundances of 6

microbial groups (Acidobacteria, Actinobacteria, α- and -proteobacteria, Gemmatimonadetes,

Planctomycetes) over 11 were significantly lower than the control (p<0.05). These groups were

not affected by the time. CHL treatment did not have significant effect on the abundances of soil

microorganisms.

TBZ which was found to be persistent in soil microcosms and to be poorly mineralized is

significantly decreasing the abundance of bacterial groups. On the contrary, CHL which was

found to be dissipated by microbial biodegradation is not affecting the abundance of soil

microorganisms.

• The fates of TBZ and CHL are differing the first being lowly dissipated and being persistent, and the latter being degraded by soil microorganisms and being less persistent.

• TBZ has a significant impact on the abundances of soil microorganisms (total bacteria and Acidobacteria, Actinobacteria, α- and -proteobacteria, Gemmatimonadetes, Planctomycetes

groups).

• CHL has no impact on the abundances of soil microorganisms.

• Further work is required to estimate the impact of these two pesticides on the structure and diversity of soil bacterial communities by applying A-RISA and 16S rRNA pyrosequencing,

respectively.

Soil microcosms preparation

Soil collected from an arable field in Italy (45°04’08” N, 09°45’60” E) sieved to 4 mm was

used to prepare microcosms treated with tebuconazole (TBZ) or chlorpyrifos (CHL) applied at

different doses (x0 (control), x1, x2, x10 the agronomical dose). Four replicates were done per

treatment (ntot=40). Soil microcosms were incubated at 20°C in the dark and soil samples

were regularly collected allover the incubation period.

Pesticide dissipation was monitored by chemical analysis relying on the dosage of extractable

pesticide by HPLC-PDA and by radiorespirometry allowing the quantification of 14CO2

evolved from 14C-pesticide.

The impact of pesticide on soil microorganisms abundance was monitored by performing

qPCR assays targeting the 16S rRNA to quantify the total abundance of bacteria and the

abundances of 11 bacterial groups using as template DNA extracted directly from soil

microcosms.

Figure 1. Schematic representation of the experiment

0

5

10

15

20

25

30

0 1 4 8 15 22 29 37 47 57 71 79 89 100

14C

O2

(% o

f 1

4C

-pest

icid

e)

Time (day)

Radiorespirometric analysis

TBZ phenyl-labelled TBZ triazole-labelled CHL

L. Philippot1, A. Spor1, C. Hénault1,2, D. Bru1, CM. Jones3, and PA Maron1

1INRA, UMR1347 Agroécologie, Dijon, France, 2 INRA, UR Sols, Orléans, France, 3 Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala, Sweden

Microbial communities have a central role in ecosystem processes by driving theEarth’s biogeochemical cycles. However, the importance of microbial diversity forecosystem functioning is still debated. Here, we experimentally manipulated the soilmicrobial community using a dilution approach to analyze the functionalconsequences of diversity loss.

A trait-centered approach was embraced using the denitrifiers as model guild due totheir role in nitrogen cycling, a major ecosystem service. How various diversitymetrics related to richness, eveness and phylogenetic diversity of the soil denitrifiercommunity were affected by the removal experiment was assessed by 454sequencing.

INTRODUCTION

MATERIAL AND METHODSGrassland soil was sieved to <2 mm and divided into 81 microcosms of 40 g forsterilization by γ-radiation. The soil microcosms were then inoculated with suspensions ofthe same soil prepared by mixing 100 g of unsterilized soil and 300 mL sterile water.Three levels of dilution (undiluted, 1/103 and 1/105) were used to inoculate themicrocosms. After 6 weeks pre-incubation, microcosms were incubated with and withoutwheat residues to assess the effect of ressource availability on the relationship betweenmicrobial diversity and activity.The abundance of the denitrifying community was estimated by quantitative PCR usingthe nosZ denitrification genes as molecular markers (Henry et al., 2006). Diversity of thedenitrifier community was assessed by 454 pyrosequencing of the nosZ gene using a 2-step PCR procedure as recommended by Berry et al. 2012.

This reduction in denitrifier diversity resultedin a significantly lower potentialdenitrification activity in soil of up to 4–5folds (Fig 3).

CONCLUSIONSRESULTS

Berry D, Ben Mahfoudh K, Wagner M, Loy A (2012) Barcoded primersused in multiplex amplicon pyrosequencing bias amplification. ApplEnviron Microbiol 77: 7846-7849.Henry S, Bru, D, Stres B, Hallet S, Philippot L (2006) Quantitative detectionof the nosZ gene, encoding nitrous oxide reductase, and comparison of theabundances of 16S rRNA, narG, nirK, and nosZ genes in soils. ApplEnviron Microbiol 72: 5181-5189.

REFERENCES

Soil dilution resulted in decrease indiversity with no differences in abundanceafter 6 weeks preincubation (Fig 1 andTable 1).

The extent of dilution and thecorresponding reduction in diversity werenot commensurate, as a dilution of fiveorders of magnitude resulted in a 75%decrease in estimated richness (Fig 2).

Addition of wheat residues significantlyincreased differences in potentialdenitrification between diversity levels,indicating that the resource level caninfluence the shape of the microbialdiversity–functioning relationship (Notshown).

This study shows that microbial diversity loss can alter terrestrial

ecosystem processes, indicating that the importance of functional

redundancy has been overstated

Loss in microbial diversity affects nitrogen cycling in soil

Treatment OTU richness Chao1 Shannon Gini-Simpson NRI

Undiluted 235.8 ± 8.15 245.3 ± 7.2 6.18 ± 0.00 0.97 ± 0.00 -2.03 ± 0.7

1/103 177.8 ± 11.1 187.3 ± 14.1 5.89 ± 0.12 0.97 ± 0.00 2.85 ± 0.8

1/105 57.3 ± 3.2 63.8 ± 0.6 3.16 ± 0.49 0.78 ± 0.08 2.63 ± 0.6

Despite the high dilution levels of 103 and 105

fold, only 24 and 75 % of the total OTUs wereremoved compared to the undiluted treatment

D1 D2 D3

109

108

107nosZ

cop

y g-

1 so

il

A AA

At T0, the inoculated communities had grown andreached a new equilibrium density without differences inthe denitrifier abundance between dilution treatments

D1 D2 D3

Dilution

T29109

108

107

nosZ

copy

g-1

soi

l

A A A

No difference between dilutions

No effect of residue addition

D1 D2 D3Dilution

T29109

108

107nosZ

copy

g-1

soi

l

AA

A

After 29 days incubation without wheat residues

With wheat residues

Fig 1. Abundance of the denitrifier community

Table 1. Diversity of the denitrifier community

Removal of 75% of the total OTU

in the 1/105 dilution treatment led

to a decrease of denitrification

activity of about 48 to 88%.

Fig 3. Activity of the denitrifier community

Fig 2. Structure of the denitrifier community

0

0.1

0.2

0.3

D1 D2 D3

T3

0

0.1

0.2

0.3

D1 D2 D3

T7

A

A A

A

ABB

0

0.1

0.2

0.3

D1 D2 D3

T29A

B

BA

AB

B

Without wheat residues

DilutionDilution Dilution Dilution

Den

itrifi

catio

n ac

tivity

(µ

g N

.g-1

soil.

h-1 )

Before addition of wheatresidues (T0)

dilution

Soil

Abundance (Real -Time PCR)

Diversity (454 sequencing)

Activity (Gas chromatography)

Denitrifiers:

Sterile soil microcosms

100

D1

Abundance (Real -Time PCR)

Activity (Gas chromatography)

Denitrifiers:

dilution

10-5

D3

Soil suspension

10-3

D2

4 weeks incubation+/- wheat residues

6 weeks pre-incubation

0

0.1

0.2

0.3

D1 D2 D3

T14

S. TERRAT1, S. DEQUIEDT1, M. LELIEVRE1, F. MORIN1, D. BACHAR2, R. CHRISTEN2, PA. MARON1,3 and L. RANJARD1,3.

1 UMR 1347 Agroecology – INRA / AgroSup /uB – GenoSol Plateform – DIJON – France 2 Laboratory of Virtual Biology – UMR CNRS 6543 – Nice University – NICE – France 3 UMR 1347 Agroecology – INRA / AgroSup /uB – BIOCOM Team – DIJON – France

Contacts : sebastien.terrat@dijon.inra.fr - lionel.ranjard@dijon.inra.fr

GnS-PIPE: an optimized bioinformatic pipeline to efficiently assess microbial taxonomic diversity of complex environments using high throughput sequencing

technologies

GnS-PIPE (Fig. 1) was mainly developed to : (i) address the problem of taking the sequence data from raw reads to an efficient analysis and interpretation of data, even for non-expert in bioinformatics, (ii) produce, using optimized steps after biological validation, valuable and accurate results. Indeed, GnS-PIPE includes several optimized steps, as a step to correct homopolymer errors due to the pyrosequencing technology (Error-Correction block), or a biological approach to detect chimera sequences using a database of known sequences from various metagenomic studies (Chimera Hunting block) (Fig. 1).

Background and Aims

GnS-PIPE overview

The recent development of high-throughput sequencing technologies has allowed the scientific community to perform metagenomic studies by getting hundreds of thousands of sequences from a single metagenomic DNA. The amplicon sequencing strategy targeting rRNA genes (16S, 18S) are widely used to characterize microbial communities of complex environments. Several pipelines and/or workflows are already available (e.g. QIIME or Mothur) to efficiently treat such data. However, bioinformatic tools must now be evaluated and validated by various and rigorous biological tests. This is particularly true for key steps (e.g. filtering and clustering steps) to efficiently appraise microbial diversity and richness.

Here, we present a new tool named GnS-PIPE: an homemade pipeline performing bacterial, archaeal and fungal taxonomic-dependent and independent analyses. One of its key design is that we conduct biological validations of several steps of analysis. These biological tests have been performed using the expertise of the GenoSol platform, a biological resource centre unique in France, devoted to the conservation and analysis of soil microbial communities. Two particularly key steps of GnS-PIPE are described here: the Error-Correction, and the Chimera Hunting.

Figure 1. Global overview of the GnS-PIPE pipeline. GnS-PIPE implementation is completely modular, so the user can choose to use one or several steps (or “blocks”) of the pipeline independently or in a batch analysis. For all analyses, the pipeline needs only a text file with chosen steps and parameters and raw data (1). Then, two other parts are available: (2) the pre-processing part to treat raw reads, and (3) the filtering part to eliminate potential chimeras and other error-prone sequences. Finally, with “high-quality reads”, the analysis (4) can be realized. All summary files, figures and other files are automatically generated at the end of the analysis (5).

Phylogenetic Trees Unifrac computation Figures

Pre-processing

User Choices

Raw data .sff, .fna, .qual,

etc…

Filtering Input

Quality Filtering

Demultiplexing

Random subset

Pre-processing

Dereplication

Global Alignment

Clustering

Chimera Hunting

Analysis

Taxo. assignment

Indices computation

Graph computation

Unifrac computation

Phylogenetic Trees

Error-Correction

Summary file(s) for each chosen step:

Specific folders and files generation:

Automatic figures production:

Known reads

1 2 3 4 5

Error-Correction Chimera Hunting

Chimera research is time-consuming and difficult with short sequences. Unique reads in low-abundant clusters (single-singletons) are they all real (Fig. 3) ?

Idea: Defining a database of already found reads in all treated samples, and enhanced with all analyses.

Deeper analysis of low-abundant clusters

Taxonomical quality-check

OK: Kept reads NO: Deletion.

Biological verification

OK: Kept reads NO: Deletion.

Clustering:

Drawback: Reads originated from rare and/or unknown organisms ?

Taxonomical verification:

Known reads

Biological verification:

Figure 3. Details of the Chimera Hunting step of the GnS-PIPE pipeline. After the clustering step, one way to delete errors and chimeras reads are to delete low-abundant clusters. Another approach is to compare these reads against databases of known sequences. With GnS-PIPE, a database of reads found in analyzed samples can be also defined and enriched to biologically check the reality of low abundant reads and clusters.

Key steps of GnS-PIPE

Conclusion

The 454-pyrosequencing technology lead to many homopolymer errors. These errors can artificially increase the richness of studied samples, requiring their correction (Fig. 2).

Figure 2. Example of the Error-Correction step of the GnS-PIPE pipeline. Here, two reads, an abundant and a rare, were compared using a global alignment realized with Infernal. As the abundant comes from several raw reads, we can easily detect errors, and particularly homopolymers from the 454-pyrosequencing technology, not corresponding to the secondary structure of rRNAs.

Global Alignment:

Correction of Errors:

Idea: Using a global alignment based on secondary structure of rRNAs, homopolymers errors can be easily corrected.

Drawback: Denoising steps developed to correct erros can be time-consuming.

1. GnS-PIPE is an efficient way to process sequence data and to obtain easily robust results, even for non-expert in bioinformatics. 2. Due to its modularity, the user can easily define its own pipeline of analysis, choosing needed steps and defining its own parameters. 3. Moreover, GnS-PIPE was optimized and parallelized to fast the analysis of million of reads in only several hours. 4. GnS-PIPE was developed with the expertise of the GenoSol platform, leading to the biological validation of key steps of analysis and its efficient application in several biological studies.

If you want to test GnS-PIPE before its public release, please contact sebastien.terrat@dijon.inra.fr or lionel.ranjard@dijon.inra.fr

Novel bibliographic maps to guide research units Dominique Millot, Sylvie Belotti, Laurent Philippot, Eric Lichtfouse

INRA, UMR1347 Agroécologie, BP 86510, 21000 Dijon, France. Corresponding author: dominique.millot@dijon.inra.fr

Web of Science

Category

Density Map

We create a graphical representation

of WoS ® categories, following a

method of global map of science

developed by Leydesdorff et al,.

Always using the same skeleton map

of science, themes are always located

in the same place. Only the size of

nodes varies depending on the

distribution of the number of different

publications in WoS Categories.

Using software Vosviewer.

Foreign institutes

underlined in red

Publication is a major issue for research evaluation. As a

consequence research units need strategies to improve their

publications. Bibliometry and cartography are new tools to study

the publications of research teams. In particular bibliometry give an

overall picture and good criteria to choose a strategy for publishing

and to guide the priorities of research. Here we studied the

publications of the INRA Agroécologie research unit, Dijon. This

unit has 107 scientists and professors, equivalent 80 full-time

positions for research, and published 125 original articles in 2012.

We present several examples of maps and measurements obtained

using Web of science, Excel, Sphinx, Vosviewer, Cartes et Données,

Gephi and Noria. Futhermore, a world topic map evidenced

engineering as a weak topical point, which will be taken into

account to guide future research.

Journal ranking articles 2012

The results show a frequency of

impact factors and a quartile

positioning of journals. Studied with “Web of Science ®

Thomson Reuters” following the

methodology developed by

Magri and Solarie (1996). Impact

Factors of the last 2 years in

« Journal Citation Report » ©

2012 Thomson Reuters JCR®)

and using the Box Plot method.

Countries collaborative network

To contact us or for more

information:

cicap@dijon.inra.fr http://www6.dijon.inra.fr/um

ragroecologie/Publications

Institutions collaborative network

Using software «Gephi» we build a map of collaboration

for the 35 first institutions on 138 present

35 majors collaborators

68 % Well-rank articles

27 world wide collaborations

Using software « Cartes et Données »

Collaborations near France

Biomedical and environmental topics

25

43

17

5 2 8

Extreme outlier Group

High Group

Upper Central Group

Lower Central Group

Low Group

Data not include in JCR / or without value

Environment and Agronomy Division,

1

I. Liste des productions de l’UMR 1347 Agroécologie

1. Articles dans des revues internationales ou nationales avec comité de lecture

2014 ACL1 Abdallah C., Valot B., Guillier C., Mounier A., Balliau T., Zivy M., van Tuinen D., Renaut J., Wipf

D., Dumas-Gaudot E., Recorbet G. (2014). The membrane proteome of Medicago truncatula roots displays qualitative and quantitative changes in response to arbuscular mycorrhizal symbiosis. J. Proteomics. 108:354-368.

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2. Articles dans des revues avec comité de lecture non répertoriées dans des bases de données internationales

2014 ACLN1 Dessaint F., Biju-Duval L., Buthiot M., Guillemin J.-P. (2014). Évaluer l’intensité de l’utilisation

des pesticides dans les colzas d’hiver : cas de la zone d’étude de Fénay. OCL - Oilseeds and fats, Crops and Lipids. 21:A101 (6p.).

ACLN2 Rossi A., Pottier E., Defrance P., Devun J., Granger S. (2014). Gestion extensive des surfaces fourragères : menaces et risques de disparition des pratiques bénéfiques pour l’environnement. Notes et Etudes Socio Economiques (NESE) n° 38, juin 2014 - Centre d’études et de prospective, service de la statistique et de la prospective. 121-147.

2013 ACLN3 Morin F., Dequiedt S., Koyao-Darinest V.J., Toutain B., Terrat S., Lelièvre M., Nowak V., Faivre-

Primot C., Lemanceau P., Maron P.A., Ranjard L. (2013). MicroSol database©, le premier système d'information environnemental sur la microbiologie des sols. EGS. 20:27-38.

ACLN4 Rebollo Couto M.S., Lovato P.E., Wipf D., Dumas-Gaudot E. (2013). Proteomic studies of arbuscular mycorrhizal associations. Advances in Biological Chemistry. 3:48-58.

2012 ACLN5 Smýkal P., Aubert G., Burstin J., Coyne C.J., Ellis N.T.H., Flavell A.J., Ford R., Hýbl M., Macas J.,

Neumann P., McPhee K.E., Redden R.J., Rubiales D., Weller J.L., Warkentin T.D. (2012). Pea (Pisum sativum L.) in the Genomic Era. Agronomy. 2:74-115.

3. Articles dans des revues sans comité de lecture

2014 ASCL1 Délye C., Bonin L., Gautellier V.L., Vacher C. (2014). Gestion des adventices – Herbicides : la

résistance existait avant eux. Perspectives Agricoles. 409:34-35 . ASCL2 Délye C., Bonin L., Gautellier V.L., Vacher C. (2014). Phénomène de résistance : des rouages

encore méconnus. Perspectives Agricoles. 409:36 . ASCL3 R4P (collectif : Délye C. Corio-Costet M.-F., Debieu D., Fillinger S., Grosman J., Micoud A.,

Siegwart M. & Walker A.-S.) (2014). Une première en Avignon : les JÉR, Journées d’échanges sur les résistances. Phytoma. 670:7-9 .

2013 ASCL4 Corre-Hellou G., Bédoussac L., Bousseau D., Chaigne G., Chataigner C., Celette F., Cohan J.P.,

Coutard J.P., Emile J.C., Floriot M., Foissy D., Guibert S., Hemptinne J.L., Le Breton M., Lecomte C., Marceau C., Mazoué F., Mérot E., Métivier T., Morand P., Naudin C., Omon B., Pambou I.,

16

Pelzer E., Prieur L., Rambaut G.,Tauvel O. (2013). Associations céréale-légumineuse multi-services. Innovations Agronomiques. 30:41-57. (article issu d'une communication orale au CIAG "Programmes Casdar 2008-2010" 6 juin 2013).

ASCL5 Délye C. (2013). Adventices : tour d’horizon des résistances. Phytoma. 669:24-29. ASCL6 Délye C. (2013). Christophe Délye explore la résistance aux herbicides. Phytoma. 669:53-54. ASCL7 Délye C. (2013). Gestion des herbicides : Christophe Délye : "la résistance se développe chez les

dicotylédones". Perspectives Agricoles. 399:42-44. ASCL8 Dessaint F. (2013). Insertion de citations et construction automatique d’une liste de références dans

Word. Le Cahier des Techniques de l'INRA. 79:1-11. ASCL9 Deulvot C., Boucansaud K., Michel S., Pernin F., Chauvel B., Délye C. (2013). Herbicides : la

résistance existait avant eux... la preuve. Phytoma. 669:30-33. . ASCL10 Fried G., Chauvel B., Rodriguez A., Jullien J., Reboud X. (2013). Biovigilance flore adventice le

point dans trois bassins de production de colza. Phytoma. 664:8-14. ASCL11 Gibot-Leclerc S., Dessaint F., Le Corre V., Reibel C., Colbach N. (2013). L’orobanche rameuse.

Une plante parasite dont la variabilité s’avère complexe. Phytoma. 669:44-47. ASCL12 Guillemin J.-P., Biju-Duval L., Buthiot M., Dessaint F. (2013). Pesticides sur blé tendre d'hiver,

diversité dans le détail. Phytoma. 667:43-46. ASCL13 Lecomte C., Batifoy F., Bebin T., Biarnès V., Blanc N., Bouet S., Bourgeot R., Chaillet I., Dagou

B., Debote B., Declerck P., Devaux R., Franchet C., Janson J.P., Lantoine F.X., Leguevaques B., Moussart A., Retailleau J.M.,Rivière J.P. (2013). Caractérisation et optimisation du réseau d'inscription des variétés de pois d'hiver en 2007, 2008 et 2009. Innovations Agronomiques. 27:71-88. (article issu d'une communication orale au CIAG, colloques organisés dans le cadre des séminaires du CTPS en 2012).

ASCL14 Martin-Laurent F., Devers M., Pesce S. (2013). Influence de la biodégradation dans l’atténuation des pesticides sur un bassin versant viticole : potentialité des différents éléments du paysage et rôle des zones tampons Innovations Agronomiques. 28:35-48.

ASCL15 Petit S., Gaba S., Colbach N., Bockstaller C., Bretagnolle V., Mézière D., Ricou C., Trichard A., Munier-Jolain N. (2013). Gestion agro-écologique de la flore adventice dans les systèmes à bas niveau d’usage d’herbicides : le projet ADVHERB. Innovations Agronomiques. 28:75-86.

ASCL16 Reboud X., Gaba S., Borgy B., Bonneau M., Délos M., Fried G., avec la collaboration du réseau Biovigilance Flore (2013). Que nous disent les réseaux d'observatoires sur les réactions de la flore adventice aux évolutions des pratiques agricoles ? Innovations Agronomiques. 28:127-140.

ASCL17 Romer C., Jacquin D., Bonin L., Bertrand A., Huart G. (2013). Le désherbage d’automne contre l’ergot du seigle les traitements herbicides d’automne, un levier chimique efficace de lutte contre l’ergot du seigle. Phytoma. 665:10-16.

ASCL18 Voisin A.S., Guéguen J., Huyghe C., Jeuffroy M.H., Magrini M.B., Meynard J.M., Mougel C., Pellerin S., Pelzer E. (2013). Les légumineuses dans l’Europe du XXIè siècle : Quelle place dans les systèmes agricoles et alimentaires actuels et futurs ? Quels nouveaux défis pour la recherche ? Innovations Agronomiques. 30:283-312.

ASCL19 Wipf D. (2013). "A special symbiosis" précédé de l'interview "Linking plant processes". International Innovation. 4p.

2012 ASCL20 Délye C., Causse R. (2012). Résistance aux inhibiteurs de l'ALS: gare aux dicots! Après le

coquelicot et les matricaires, la stellaire fait de la résistance. Phytoma. 657:40-42. ASCL21 Munier-Jolain N., Médiene S., Meiss H., Boissinot F., Rainer W., Caneill J., Bretagnolle F. (2012).

Rôle des prairies temporaires pour la gestion de la flore adventice dans les systèmes céréaliers. Innovations Agronomiques. 22:71-84.

ASCL22 Petit M.S., Challan-Belval C., Blosseville N., Blancard S., Castel T., Lecomte C., Duc G. (2012). Un exemple de gestion de systèmes de polyculture élevage à l’échelle de territoires : le cas des protéagineux et de l’élevage de monogastriques en Bourgogne. Innovations Agronomiques. 22:135-157.

ASCL23 Ranjard L. (2012). L'apport des techniques de la biologie moléculaire à la connaissance de la biodiversité microbienne dans les sols et de ses fonctions. Innovations Agronomiques. 21:31-43.

ASCL24 Reau R., Monnot L.A., A. S., Munier-Jolain N., Pambou I., Bockstaller C., Cariolle M., Chabert A., Dumans P. (2012). Les ateliers de conception de systèmes de culture pour construire, évaluer et identifier des prototypes prometteurs. Innovations Agronomiques. 20:5-33.

ASCL25 Salon C. (2012). PPHD: une plateforme pour le phénotypage à haut débit. Biofutur. 338:61-64. ASCL26 Viaud M., Adam Blondon A.F., Amselem J., Bally P., Cimerman A., Dalmais B., Lapalu N., Lebrun

M.H., Poinssot B., Pradier J.M., Simon A. (2012). Le génome de Botrytis décrypté. Revue des Œnologues. 142:9-11.

17

4. Conférences données à l’invitation du Comité d’organisation dans un congrès national ou international

2014 INV1 Adrian M. (2014). Etude des mécanismes de défense de la vigne et induction de résistance (IR) aux

maladies. "Entretiens Scientifiques sur la physiologie de la Vigne." Bordeaux, France, 23-24 janvier 2014. (communication orale invitée).

INV2 Colbach N. (2014). The role of models for multicriteria evaluation and multiobjective design of cropping systems for managing weeds. In "Workshop : Weed control with less reliance on herbicides. Designing resilient cropping systems". Angers, France, 26-28 mai 2014 (communication orale invitée, pas d'écrit).

INV3 Colbach N., Vacher C. (2014). Travail du sol et gestion du désherbage. "Salons de l'Aveyron - Colloque Faut-il travailler le sol ? Acquis et innovations pour une agriculture durable." Paris, France, 3 avril 2014. (communication orale invitée, slides).

INV4 Délye C., Le Corre V. (2014). To resistance mechanisms and beyond: an evolutionary approach of herbicide resistance. "European Weed Research Society (EWRS) workshop "Herbicide-Resistance in Europe: challenges, opportunities and threats"." Frankfurt, Allemagne, 19-20 mai 2014. p.47. (communication orale invitée, résumé).

INV5 Jeandroz S. (2014). Regulation and role of nitric oxide production in Arabidopsis thaliana defense responses induced by oligogalacturonides. "Second Symposium Plant Cell Signalling " Paris, France, 13 juin 2014. (communication orale invitée).

INV6 Lamotte O., Pfister C., Aimé S., Trapet P., Rosnoblet C., Besson-Bard A., Jeandroz S., Terenzi H., Wendehenne D. (2014). NO signaling in cryptogein-induced immune responses in tobacco. "5th Plant NO Club Meeting." Munich, Allemagne, 24-25 juillet 2014 (communication orale invitée).

INV7 Lemanceau P. (2014). Maîtrise et gestion de la biodiversité dans les sols : quelles perspectives ? Les rencontres de l'INRA au Salon de l'Agriculture 2014, Ecosystèmes microbiens : quels enjeux agronomiques ? Paris, France, 28 février 2014. (communication orale invitée, résumé).

INV8 Lichtfouse E. (2014). Facebook-age scientific writing and communication. "11th International Conference “Climate Changes and Sustainable Development of Natural Resources”." Kafrelsheikh, Egypte, 5-7 mai 2014. p.22 (communication orale invitée, résumé, slides).

INV9 Martin-Laurent F. (2014). Mise en évidence de l'adaptation de Microbacterium sp. C448 à la biodégradation accélérée de la sulfamethazine dans des sols agricoles. "10e Congrès National de la Société Française de Microbiologie (SFM)." Paris, France, 31 mars-1er avril 2014. (communication orale invitée).

INV10 Martin-Laurent F., Devers M., Rouard N., Crouzet O., Cheviron N., Pesce S. (2014). Ecotoxicological impact of pesticides on natural microbial communities responsible for pesticide biodegradation in river sediments. "International Union of Microbiological Societies Congres (IUMS BAM 2014)." Montréal, Canada, 27 juillet 1er août 2014. p.689. (communication orale, résumé).

INV11 Martin Laurent F., Merlin C., Vuilleumier S., Imfeld G., Vogel T., Cecillon S., Achouak W., Benoit P., Mamy L., Mougin C., Patureau D., Chovelon J.M., Pesce S., Ugarte E., Le Paslier D. (2014). Biodechlord search for evidence for microbial degradation of chlordecone in French West Indies contaminated soils. "Intersol' 2014, Sites et Sols Pollués, Polluants organiques persistants (POP) et émergents & Risques associés." Lille, France, 18-20 mars 2014. (communication orale invitée, résumé).

INV12 Petit S., Alignier A., Bretagnolle V., Cadet E., Chauvel B., Dessaint F., Fried G., Gaba S. (2014). Dynamique spatio-temporelle des communautés végétales dans les agro-écosystèmes. "10e congrès francophone d’écologie des communautés végétales ECOVEG 10 : Ecologie des Communautés Végétales". Lyon, France, 9-11 avril 2014. (communication orale invitée, résumé).

INV13 Philippot L. (2014). Bridging microbial community ecology and ecosystem functioning. "The 19th European Nitrogen Cycle meeting." Gand, Belgique, 10-12 septembre 2014. (communication orale invitée, résumé).

INV14 Reboud X. (2014). complémentarité des leviers utilisables pour gérer la santé des plantes: génétique, agronomie, surveillance, actions collectives. Les rencontres de l'INRA au Salon de l'Agriculture 2014, Gérer la santé des cultures : des variétés au paysage. Paris, France, 26 février 2014. (communication orale invitée, slides, introduction de la rencontre).

INV15 Salon C., Jeudy C., Bernard C., Cointault F., Han S., Lamboeuf M., Baussard C. (2014). Nodulated root imaging within the high throughput plant phenotyping platform (PPHD, INRA, Dijon). In "Institute Days of MPI-MP". Potsdam-Golm, Allemagne, 26-27 juin 2014. (communication orale invitée, slides).

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INV16 Terrat S., Dequiedt S., Chemidlin Prévost-Bouré N., Saby N., Lelièvre M., Wincker P., Maron P.-A., Ranjard L. (2014). Le séquençage massif pour caractériser la diversité microbienne des sols, standardisation et applications au sein de la plateforme GenoSol. "Colloque Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV)." Évry, France, 23-25 juin 2014. (communication orale invitée, résumé, slides)

INV17 Wipf D. (2014). Les mycorhizes, une alliance plante-champignon découverte en 1885 et encore mal connue? "Congrès de la Socitété Mycologique de France (SMF)." Châtillon-sur-Seine, France, 6-11 octobre 2014. (communication orale invitée).

INV18 Wipf D. (2014). La mycorrhization de la vigne. "Journées Fertilisation de la Vigne." Gaillac, France, 25-26 juin 2014. (communication orale invitée).

INV19 Wipf D. (2014). La mycorhize à arbuscule et la vigne : une nouvelle vieille histoire. "Journées Pontus de Tyard, 3èmes Rencontres "biodiversité et patrimoine - La vigne un patrimoine à conserver." Bissy sur Pley, France, 14-15 juin 2014. (communication orale invitée).

INV20 Wipf D. (2014). Mycorhizes et vigne. "Entretiens Scientifiques sur la physiologie de la Vigne." Bordeaux, France, 23-24 janvier 2014. (communication orale invitée).

2013 INV21 Chemidlin Prévost-Bouré N., Dequiedt S., Ranjard L. (2013). Turnover of soil microbial diversity is

driven by wide-scale environmental heterogeneity. "2nd Thünen Symposium on Soil Metagenomics." Braunschweig, Allemagne, 11-13 décembre 2013. p.39 (communication orale invitée, slides, résumé).

INV22 Colbach N., Biju-Duval L., Doisy D., Granger S., Guyot S.H.M., Médiène S., Mézière D., Munier-Jolain N.M., Petit S. (2013). The role of models in management and conservation of weeds. "16th European Weed Research Symposium (EWRS)." Samsun, Turquie, 24-27 juin 2013. In "Proceedings (978-90-809789-12)". p.294-295 (communication orale invitée, résumé).

INV23 Darmency H. (2013). Behind the French National Action Plan in favor of Messicoles, the rare arable weeds. "Symposium on the conservation and restoration of rare arable weeds. Technical University of Munich" Munich (Friesing), Allemagne, 20-22 juin 2013 (communication orale invitée, résumé).

INV24 Darmency H. (2013). How ALS-inhibitor herbicide-resistant cultivars impact on weed resistance occurrence and management? "Warsaw Plant Health Initiative, 7FP-REGPOT-2011-1-286093 Minisymposium "Resistance to acetolacte synthase inhibiting herbicides : mechanisms, epidemiology and prevention " Varsovie, Pologne, 28 février-01 mars 2013.p.12 (communication orale invitée, résumé).

INV25 Délye C. (2013). Non-target-site based resistance to herbicides: what do we know, and how can we know more? "Global herbicide resistance challenge conference." Perth, Australie, 18-22 février 2013. p.66 (communication orale invitée, résumé).

INV26 Duc G., Agrama H., Bao S., Berger J., Bourion V., Burstin J., Burton J., De Ron A., Gowda C., Lecomte C., Marget P., Mikić A., Millot D., Singh K., Tullu A., Vandenberg B., Vaz Patto M., Warkentin T., Zong X. (2013). Breeding annual legumes for sustainable agricultures must target for new and more complex variety ideotypes. "First Legume Society Conference 2013: A Legume Odyssey." Novi Sad, Serbie, 9-11 mai 2013. p.71 (communication orale invitée, résumé).

INV27 Gallardo K., Le Signor C., Vernoud V., D’Erfurth I., Noguero M., Poignavent G., Zuber H., Buitink J., Salon C., Burstin J., Thompson R. (2013). Biologie intégrative du développement de la graine chez M. truncatula. "4ème colloque national du Réseau Français de Biologie des Graines." Dijon, France, 30-31 octobre 2013. p.1 (communication orale invitée, résumé).

INV28 Magrini M.B., Voisin A.-S. (2013). Réflexions sur les relations entre système alimentaire, système agrocile et services écosystémiques : le cas des légumineuses. Séminaire « Systèmes alimentaires durables ». "Séminaire « Systèmes alimentaires durables » INRA." Paris, France, 18 décembre 2013. (communication orale invitée, slides, film).

INV29 Martin-Laurent F. (2013). Adaptation des communautés microbiennes aux polluants chimiques. "VIème colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM) "Microbiologie environnementale : du gène à l’écosystème".Parent, France, 22-25 octobre 2013. p.101 (communication orale invitée, résumé).

INV30 Martin-Laurent F., Topp E. (2013). Evidence for the adaptation of bacterial populations to antibiotics degradation in agricultural soils. "Symposium Power of microbes in industry and environment." Primosten, Croatie, 9-12 octobre 2013. p.21 (communication orale invitée, résumé).

INV31 Martin-Laurent F., Devers-Lamrani M., Pesce S. (2013). Influence de la biodégradation dans l’atténuation des pesticides sur un bassin versant viticole: potentialité des différents éléments du paysage et rôle des zones tampons. "ÉCOPHYTO Colloque Recherche." Paris, France, 28-29 janvier 2013. p.13-14 (communication orale invitée, résumé étendu).

INV32 Noguero M., D’Erfurth I., Le Signor C., Vernoud V., Verdier J., Aubert G., Buitink J., Gouzy J., Prosperi J., Huguet T., Burstin J., Gallardo K., Thompson R.D. (2013). Use of translational

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genomics to identify genes important for legume seed filling. "First Legume Society Conference 2013: A Legume Odyssey." Novi Sad, Serbie, 9-11 mai 2013. p.139 (communication orale invitée, résumé).

INV33 Petit S. (2013). Gestion agro-écologique de la flore adventice dans les systèmes à bas niveau d’usage d’herbicides: le projet ADVHERB. "ÉCOPHYTO Colloque Recherche." Paris, France, 28-29 janvier 2013. p.21-22 (communication orale invitée, résumé).

INV34 Philippot L. (2013). N-cycling: Bridging microbial community ecology and terrestrial ecosystem functioning. "Workshop Bacterial Functions for Environmental Challenges." Tsukuba, Japon, 27 septembre 2013. p.1-2 (communication orale invitée, résumé).

INV35 Philippot L. (2013). Bridging microbial community ecology and terrestrial ecosystem functioning. "International meeting of the microbiological society of Korea." Jeonju, Corée du Sud, 1-3 mai 2013 (communication orale invitée, résumé).

INV36 Pivato B., Mazurier S., Mougel C., Offre P., Viollet A., Berta G., Lemanceau P. (2013). Strategies for analyzing interactions between arbuscular mycorrhiza and bacteria. "Conférences Jacques-Monod." Roscoff, France, 7-11 décembre 2013. p.25 (communication orale invitée, résumé).

INV37 Poinssot B., Kelloniemi J.-P., Trouvelot S., Heloir M.-C., Trda L., Frettinger P., Ferrarini A., Flors V., Choquer M., Fermaud M., Simon A., Pradier J.M., Dalmais B., Viaud M. (2013). Evolution de la résistance basale à Botrytis cinerea au cours de la maturation de la baie. "Première Rencontre du Nouveau Réseau Vigne et Vins Septentrional Colloque RVVS 2013." Colmar, France, 1-2 juillet 2013. p.4 (communication orale invitée, résumé).

INV38 Ranjard L., Verame E. (2013). Des indicateurs pour évaluer la vie des sols mobilisés dans le cadre d’un projet Casdar Agrinnov. "4e rencontres régionales de la recherche et du développement : Le sol : ressource pour une agriculture durable et performante." 6 avril 2012. La Couronne, France, 3 décembre 2013 p.18-23. (communication orale invitée, résumé).

INV39 Reboud X. (2013). Exploitation des données d’épidémio-surveillance des adventices. "ÉCOPHYTO Colloque Recherche." Paris, France, 28-29 janvier 2013. p.31-32 (communication orale invitée, résumé étendu).

INV40 Revellin C. (2013). L'inoculation des légumineuses en France : un exemple de coopération entre l'INRA de Dijon et les fabricants d'inoculant. "Atelier de diffusion à grande échelle de la technologie de l'inoculation des plantes en Afrique de l'ouest (CORAF/WECARD)." Dakar, Sénégal, 01-04 juillet 2013. (communication orale invitée, slides).

INV41 Wendehenne D. (2013). Cryptogein signaling in tobacco: in search for nitric oxide targets. "11th International POG (Plant Oxygen Group). Conference - Reactive Oxygen and Nitrogen Species in Plants." Varsovie, Pologne, 17-19 juillet 2013 (communication orale invitée, résumé). In vol. BioTechnologia 94(2). p.230.

INV42 Wendehenne D. (2013). GAPDH, ntosak and cdc48, a conserved chaperone-like aaa-atpase, as nitric oxide targets in response to (a)biotic stresses. "Symposium Plant Cell Signalling." Orsay, France, 9 avril 2013. (communication orale invitée).

INV43 Wipf D. (2013). Mechanisms of beneficial legume-microbe interactions. "First Legume Society Conference 2013: A Legume Odyssey." Novi Sad, Serbie, 9-11 mai 2013. p.277 (communication orale invitée, résumé).

2012 INV44 Abirached-Darmency M. (2012). Assessing chromosome modifications in GM plants. "3rd

European Workshop on BPI, FP7-REGPOT-2008-1, BPI PlantHeal project". Athènes, Grèce, 11-12 décembre 2012 (communication orale invitée, slides).

INV45 Astier J., Wawer I., Besson-Bard A., Lamotte O., Jeandroz S., Terenzi H., Dobrowoslka G., Wendehenne D. (2012). GAPDH, NtOSAK and CDC48, a conserved chaperone-like AAA-ATPase, as nitric oxide targets in response to (a)biotic stresses. "7th International Conference on the Biology, Chemistry and Therapeutic Application of Nitric Oxide." Édimbourg, Ecosse, 22-26 juillet 2012 (communication orale invitée, résumé). In “Nitric Oxide”. vol.27. p.S9.

INV46 Darmency H. (2012). Impact of herbicide-resistant transgenic plants on weed management and environment. "3rd European Workshop on BPI, FP7-REGPOT-2008-1, BPI PlantHeal project". Athènes, Grèce, 11-12 décembre 2012 (communication orale invitée, slides).

INV47 Gianinazzi S. (2012). La biotechnologie des mycorhizes à arbuscules en horticulture. "Alliances au pays des racines - 14e Colloque Scientifique de la Société d'Horticulture de France." Paris, France, 25 mai 2012. p.14-16 (communication orale invitée, résumé).

INV48 Gianinnazi-Pearson V. (2012). Les mycorhizes éricoïdes: état de l'art et application. "Alliances au pays des racines - 14e Colloque Scientifique de la Société d'Horticulture de France." Paris, France, 25 mai 2012. p.20-22 (communication orale invitée, résumé).

INV49 Gianinazzi S., Gianinazzi-Pearson V. (2012). Bioalternatives to chemicals in plant production and in cleaning up the environment: hopes and reality. "7th International Symbiosis Society Congress "The Earth`s Vast Symbiosphere" Krakow, Pologne, 22-28 juillet 2012 (communication orale invitée).

20

INV50 Hayek S., Franken P., Gianinazzi-Pearson V. (2012). Mycorrhiza-induced resistance againsta root-rot pathogen in petunia: molecular mechanisms. "7th International Symbiosis Society Congress "The Earth’s Vast Symbiosphere" Krakow, Pologne, 22-28 juillet 2012 (communication orale invitée).

INV51 Jeandroz S., Rasul S., Borgeot M., Fournier C., Wendehenne D. (2012). Etude du rôle du monoxyde d’azote (NO) dans la réponse du transcriptome d’Arabidopsis thaliana aux oligogalacturonides, un éliciteur des réactions de défense. "9èmes Rencontres de Phytopathologie - Mycologie de la Société Française de Phytopathologie." Aussois, France, 16-20 juillet 2012 (communication orale invitée, résumé).

INV52 Leborgne-Castel N., Adam T., Bouhidel K., Der C., Robert F., Simon-Plas F. (2012). Role of cryptogein-induced endocytosis in tobacco. "United States-Israel Binational Research and Development Fund (BARD) Workshop "Microbial Virulence Determinants and Plant Innate Immunity"." Tel Aviv, Israël, 5-8 février 2012 (communication orale invitée, résumé).

INV53 Lemanceau P., Pivato B., Mougel C., Avoscan L., Mazurier S. (2012). Diversité et activités microbiennes dans la rhizosphère: des atouts majeurs en agroécologie. "Alliances au pays des racines - 14e Colloque Scientifique de la Société d'Horticulture de France." Paris, France, 25 mai 2012. p.42-45 (communication orale invitée, résumé).

INV54 Lemanceau P., Maron P.-A., Mougel C., Philippot L., Pivato B., Ranjard L., Salon C. (2012). Maîtrise et gestion de la biodiversité dans les sols: quelles perspectives ? "Carrefours de l'Innovation Agronomique (CIAG) 2012. Évaluer et gérer la fertilité des sols." Orléans, France, 6 avril 2012. p.85 (communication orale invitée, résumé, slides et film).

INV55 Lemanceau P., Bailey M., Faber J.H., Griffiths B., Maron P.-A., Martin F., Mougel C., Philippot L., Pascual U., Pelé N., Ranjard L., Winding A. (2012). Connecting soil biodiversity to functions and ecosystem services: presentation of case studies and of the EU FP7 project EcoFINDERS. "4th International Congress Eurosoil 2012-Soil science for the benefit of mankind and environment." Bari, Italie, 2-6 juillet 2012. p.558 (communication orale invitée, résumé).

INV56 Lemanceau P., Arrouays D., Bailey M.J., Bispo A., Buee M., Creamer R., Faber J.H., Gardi C., Griffiths B., Griffiths R.I., Martin F., Mougel C., Pascual U., Pele N., Philippot L., Plassart P., Ranjard L., Mulder C., Rutgers M., Thomson B.C., van Veen H., Winding A. (2012). Monitoring microbial diversity in European soils: ongoing projects and challenges. "6th SETAC World Congress, SETAC Europe 22nd annual meeting, Securing a sustainable future: Integrating science, policy and people." Berlin, Allemagne, 20-24 mai 2012. p.29-30 (communication orale, résumé et slides).

INV57 Lichtfouse E. (2012). Comment publier dans les meilleures revues scientifiques. "Doccitanist ". Toulouse, France, 23 novembre 2012. (communication orale invitée, slides associées à une vidéo).

INV58 Lichtfouse E. (2012). Facebook age science publishing. Colloque INRA "Jeunes-chercheurs.comm Doc'J' Colloque Doc'J" Jouy-en-Josas, France, 21 mai 2012 (communication orale invitée, slides).

INV59 Lichtfouse E. (2012). Rédaction scientifique. "Séminaire Master2 IDS-IIDEE." Lyon, France, 6 mars 2012 (communication orale invitée).

INV60 Lichtfouse E. (2012). L'article du futur. "Séminaire Institut Pprime." Poitiers, France, 13 février 2012 (communication orale invitée, film).

INV61 Lichtfouse E. (2012). L'article du futur. Colloque «Maîtriser l'information scientifique, séminaire UPMC Médecine». Paris, France, 24 janvier 2012 (communication orale invitée).

INV62 Martin-Laurent F. (2012). Ecolgy of pesticide-degrading microbes: from agricultural field to microbial gene dynamics. "5th Croatian Congress of Microbiology with International Participation." Primosten, Croatie, 26-30 septembre 2012. p.27. (communication orale invitée, résumé).

INV63 Martin-Laurent F. (2012). Ecology of pesticide-degrading microbes: from agricultural field to microbial gene dynamics. "Symposium of the BioTechnology Institute - Agriculture and AgriFood Canada (AAFC)." London, Canada, 12 juillet 2012 (communication orale invitée).

INV64 Martin-Laurent F. (2012). Ecology of pesticide-degrading microbes: from agricultural field to microbial gene dynamics. "Symposium of the BioTechnology Institute." Minnesotta, États-Unis, 12 juin 2012 (communication orale invitée).

INV65 Petric I., Udikovic-Kolic N., Kandeler E., Karpouzas D., Duric S., Martin-Laurent F. (2012). Ecotoxicological impact of low dose herbicide nicosulfuron on soil microbial biodiversity and functioning. "5th Croatian Congress of Microbiology with International Participation." Primosten, Croatie, 26-30 septembre 2012. p.84. (communication orale invitée, résumé).

INV66 Philippot L. (2012). Bridging microbial community ecology and nitrogen cycling in soil. "4th International Ecosummit, Ecological sustainability, Restoring the planet's ecosystem services." Colombus, États-Unis, 30 septembre-5 octobre 2012. (communication orale invitée).

INV67 Philippot L. (2012). Use of functional traits to study microbial diversity. "14th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14)." Copenhague, Danemark, 19-24 août 2012 (communication orale invitée, résumé).

21

INV68 Poinssot B., Trda L., Steimetz E., Heloir M.C., Trouvelot S., Daire X., Adrian M. (2012). Induced resistance in grapevine: from concept to vineyard application. "6th Meeting on Induced Resistance in Plants against Pathogens." Viçosa, Brésil, 19-21 novembre 2012. (communication orale invitée).

INV69 Poinssot B. (2012). Knowledge-based strategy to trigger grapevine immunity. "Mandulaviràgzàsi meeting: from grapevine to wine." Pecs, Hongrie, 28 février 2012. (communication orale invitée).

INV70 Ranjard L. (2012). L'apport des techniques de la biologie moléculaire à la connaissance de la biodiversité microbienne dans les sols et de ses fonctions. "Carrefours de l'Innovation Agronomique 2012. Évaluer et gérer la fertilité des sols." Orléans, France, 6 avril 2012. p.31-44 (communication orale invitée, résumé).

INV71 Rasul S., Lamotte O., Besson-Bard A., Wendehenne D., Jeandroz S. (2012). Nitric oxide production mediates oligogalacturonides-triggered immunity and resistance to Botrytis cinerea in Arabidopsis thaliana. "4th International Plant NO Club." Édimbourg Ecosse, 26-27 juillet 2012 (communication orale invitée, résumé).

INV72 Redecker D. (2012). Elucidating the genetic structure of populations of arbuscular mycorrhizal fungi (Glomeromycota). "Journées Jean Chevaugeon 2012 - 9èmes Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP)." Aussois, France, 16-20 janvier 2012. p.18 (communication orale invitée, résumé).

INV73 Revellin C. (2012). Les symbioses fixatrices d'azote. "Alliances au pays des racines - 14e Colloque Scientifique de la Société d'Horticulture de France." Paris, France, 25 mai 2012. p.32-36. (communication orale invitée, résumé).

INV74 Salon C., Jeudy C., Bernard C. (2012). Phenotyping: Case study of legumes plants. "European Plant Phenotyping Network EPPN workshop "plant phenotyping". Varsovie, pologne, 11 mai 2012 (communication orale invitée, résumé).

INV75 Salon C., Voisin A.S., Prudent M. (2012). Phenotipage racinaire, cas d'étude des légumineuses. "GIS ALLenvi, Journée Racines". Montpellier, France, 27 février 2012 (communication orale invitée).

INV76 Salon C., Munier-Jolain N., Voisin A.S., Avice J.-C., Ourry A. (2012). Phloem: highway to N. "Le Phloème dans tous ses états. Formation, Nutrition, Transport, Réponse aux ravageurs et applications. Société Française de Biologie Végétale, IIième journée de Poitiers." Poitiers, France, 2-3 avril 2012 (communication orale invitée, résumé).

INV77 Salon C., Bernard C., Bourion V., Duc G., Jeudy C., Voisin A.S. (2012). Phenotyping in Agroecology. Jülich, Allemagne, 19-20 avril 2012 (communication orale invitée).

INV78 Sanchez-Castro I., Gianinazzi-Pearson V., Baudoin E., van Tuinen D. (2012). Arbuscular mycorrhizal fungi, partners of the rhizostabilization process of an orphan mining site. "7th International Symbiosis Society Congress "The Earth`s Vast Symbiosphere" Krakow, Pologne, 22-28 juillet 2012 (communication orale invitée).

INV79 Sozzi T., Gianinazzi N., Molan P., Gollotte A., Tiradani L., Dieffenbach R., Gianinazzi S., Gianinazzi-Pearson V., Walters D., Carlen C., Camps Z., Susek A., Batchvarova R., Kondakova V., Massardier P., Brosse C., Loisy J.L. (2012). QualiRedFruits: A European effort to develop new agricultural practices for quality production for red fruits enriched in healthy compounds. "7th International Symbiosis Society Congress "The Earth`s Vast Symbiosphere" Krakow, Pologne, 22-28 juillet 2012 (communication orale invitee, résumé).

INV80 Terrat S., Dequiedt S., Christen R., Lelièvre M., Regnier T., Nowak V., Plassart P., Wincker P., Lemanceau P., Maron P.-A., Mougel C., Ranjard L. (2012). Apport des nouvelles générations de séquençage pour accéder à la diversité des communautés microbiennes du sol: nécessité d’un ‘pipeline’ bio-informatique pour les biologistes. "Journées d'animation "MEM Days" organisées par l'INRA." Ecully, France, 31 janvier-1er février 2012 (communication orale invitée) 5. Communications avec actes dans un congrès international

2014 ACTI1 Adrian M., Chalal M., Winkler B., Gourrat K., Schnitzler J., Daire X. (2014). Volatile organic

compounds: a role in elicitor-induced resistance of grapevine against pathogens? "XIth International Terroir Congress." Tokay, Hongrie, 7-10 juillet 2014. In "Proceedings." B. Balo and G Varadi Eds. vol. 2. p.152-157. (communication orale, short paper).

ACTI2 Castel T., Lecomte C., Richard Y., Lejeune-Hénaut I., Larmure A. (2014). Le réchauffement climatique diminue-t-il le risque de dégâts par le gel pour les cultures de climat tempéré ? "27ème colloque de l'Association Internationale de Climatologie (AIC)." Dijon, France, 2-5 juillet 2014. p.271-277. (communication orale, short paper).

ACTI3 Rossi A., Castel T., Richard Y., Amiotte-Suchet P., Brûlebois E., Ubertosi M., Brayer J.-M., Doney C., Toussaint H. (2014). Impact du changement climatique sur l’évolution de la ressource en eau en Bourgogne, France (1980-2100) - Analyse des paramètres hydroclimatiques simulés à haute résolution par un modèle climatique régional (WRF). "27ème colloque de l'Association Internationale

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de Climatologie (AIC)." Dijon, France, 2-5 juillet 2014. p.170-176. (communication orale, article court).

ACTI4 Siegel K., Chapelle E., Edel-Hermann V., Jack A., Raaijmaakers J., Lemanceau P., Steinberg C. (2014). Are soils suppressive to fungal diseases the sources of biocontrol agents? "The XIII Meeting of the IOBC Working Group Biological control of fungal and bacterial plant pathogens, Biocontrol of Plant Diseases: “From the field to the laboratory and back again”." Uppsala, Suède, 15-18 juin 2014. In "Proceedings." 6p. (communication orale, short paper, résumé).

2013 ACTI5 Beckert M., Dessaux Y., Charlier C., Darmency H., Richard C., Savini I., Tibi A. (2013). Expertise

scientifique collective française sur les variétés tolérantes à un herbicide. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.626-631. (communication affichée, full paper).

ACTI6 Bediaf H., Journaux L., Sabre R., Cointault F. (2013). Measurement of single droplet characteristics using high speed imaging techniques. "The 10th IASTED International Conference on Signal Processing, Pattern Recognition and Applications~SPPRA 2013~" Innsbruck, Autriche, 12-4 février 2013. In " Computer Graphics and Imaging / 798: Signal Processing, Pattern Recognition and Applications (CGIM 2013)”. Linsen, L., Kampel, M. eds. ACTA Press. (communication orale, full paper). .

ACTI7 Billiot B., Cointault F., Gouton P. (2013). Mesure de netteté basée sur les descripteurs généralisés de Fourier appliquée à la reconstruction 3D. "XIVème Colloque GRETSI" Brest, France, 03-06 Septembre 2013. (communication orale, full paper).

ACTI8 Colbach N., Biju-Duval L., Gardarin A., Granger S., Guyot S.H.M., Mèzière D., Munier-Jolain N., Petit S. (2013). Le rôle des modèles pour l'évaluation multicritère et la conception multi-objectif de systèmes de culture pour la gestion des adventices. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP ed. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p. 738-748. (communication orale, full paper).

ACTI9 Delattre M., Boully C., Boulaie J., Guitard J., Koehl P., Pelce L., Allard L.M., Stoll J.L., Welsh R., Thomas B., Ronget D., Courbet E., Délye C., Gasquez J., Deneuil C. (2013). Groupe de travail COLUMA Bourgogne Franche-Comté : analyse et cartographie de la résistance aux herbicides sur céréales. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p. 523-528. (communication orale, full paper).

ACTI10 Délye C. (2013). Résistances des adventices aux herbicides en France : situation actuelle et perspectives. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes." Association Française de Protection des Plantes, AFPP ed. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.589-597. (communication affichée, full paper).

ACTI11 Délye C., Deulvot C., Boucansaud K., Michel S., Pernin F., Chauvel B. (2013). Les herbicides ne fabriquent pas la résistance : la preuve par les collections d’herbiers. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.547-556. (communication orale, full paper).

ACTI12 Duhoux A., Gouzy J., Carrère S., Bonin L., Délye C. (2013). Diagnostic de la résistance non liée à la cible chez les ray grass (Lolium sp.) : développement de tests rapides et fiables. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.618-627. (communication affichée, full paper).

ACTI13 Fried G., Chauvel B., Reboud X. (2013). Exploitation des données d’epidémiosurveillance à l’échelle de la décade : les pratiques culturales en colza influencent aussi indirectement la composition de la de la flore adventice du blé d’hiver. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.153-162 (communication orale, full paper).

ACTI14 Froment A., Jacquin D., Closset M., Priez S. (2013). Incidence des graminées adventices sur l’ergot des céréales. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.10-18. (communication orale, full paper).

ACTI15 Gardin J., Carrere S., Gouzy J., Couloume B., Engel C., Beffa R., Délye C. (2013). Identification de mécanismes de résistance non liée à la cible grâce à la transcriptomique. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.567-576. (communication orale, full paper).

23

ACTI16 Gasquez J., Guillemin J.-P., Gauvrit C., Chauvel B. (2013). Réduction du nombre de molécules herbicides : conséquences par culture. Problématique particulière de la gestion de la flore adventice. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.577-588. (communication orale, full paper).

ACTI17 Gée C., Gobin B., Busvelle E., Villette S., Jones G., Paoli J.-N. (2013). I-Weed Robot : un robot autoguidé pour un désherbage localisé. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes." Association Française de Protection des Plantes, AFPP ed. Dijon, France, 10-12 décembre 2013 p.887-893. (communication orale, full paper).

ACTI18 Han S., Cointault F. (2013). Early detection of disease on leaves by image processing. "EFITA-WCCA-CIGR Conference “Sustainable Agriculture through ICT Innovation” Turin, Italie, 24-27 Juin 2013.

ACTI19 Houngbedji T., Nicolardot B., Shykoff J., Gibot-Leclerc S. (2013). Étude de l'infection de la plante parasite Rhamphicarpa fistulosa en riziculture au Togo. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.107-112. (Communication affichée, full paper).

ACTI20 Jones G., Gée C., Villette S., Paoli J.-N. (2013). Simafield : Un logiciel de modélisation spatiale de scènes agronomiques. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes." Association Française de Protection des Plantes, AFPP ed. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.182-191. (Communication affichée, full paper).

ACTI21 Lieven J., Waller F., Pontet C., Rodriguez A., Guillemin J.-P., Bonin L., Ravenel C., Fontaine L., Quilliot E. (2013). INFLOWEB : un site pédagogique sur les adventices pour aider à leur gestion intégrée. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.182-191. (communication orale, full paper).

ACTI22 Louargant M., Vigneau N., Mainfroy F., Jones G., Villette S., Gée C. (2013). Capteurs et images aériennes pour l’évaluation du peuplement de mauvaises herbes. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes." Association Française de Protection des Plantes, AFPP ed. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.86-96. (Communication affichée, full paper).

ACTI23 Martinez Q., Chauvel B. (2013). Croissance de l’ambroisie à feuilles d’armoise selon différents niveaux de compétition interspécifique. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.68-76. (Communication affichée, full paper).

ACTI24 Minov S.V., Cointault F., Vangeyte J., Pieters J.G., Nuyttens D. (2013). Measurement of single droplet characteristics using high speed imaging techniques. "The 10th IASTED International Conference on Signal Processing, Pattern Recognition and Applications ~SPPRA 2013~" Innsbruck, Autriche, 12-4 février 2013. In " Computer Graphics and Imaging / 798: Signal Processing, Pattern Recognition and Applications (CGIM 2013)”. Linsen, L., Kampel, M. eds. ACTA Press. (communication orale, full paper).

ACTI25 Minov S.V., Nuyttens D., Vangeyte J., Pieters J.G., Cointault F. (2013). Spray nozzle characterization using high speed imaging techniques. "9th European Conference Precision Agriculture '13". Lleida, Espagne, 7 -11 juillet 2013. Stafford, JohnV. ed. Wageningen Acad Publ. p.569-576. (communication orale, full paper).

ACTI26 Moreau D., Abiven F., Munier-Jolain N., Pagès L. (2013). Comment expliquer l’avantage compétitif des espèces adventices nitrophiles dans les systèmes de cultures conventionnels ? In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.136-144. (Communication affichée, full paper).

ACTI27 Munier-Jolain N., Olivier A., Tresch P., Pierson P. (2013). Complémentarité entre expérimentations et réseau de fermes pour explorer des systèmes de culture à faible usage de pesticides. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.728-737. (communication orale, full paper).

ACTI28 Poyac C., Piva G., Cordeau S. (2013). Intérêt d’une légumineuse associée au quinoa dans la fourniture d’azote et la régulation biologique des adventices. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.873-886. (Communication affichée, full paper).

ACTI29 Rodriguez A., Bardet O., Chondroyannis P., Cambacedès J., Garreta D., James D., Darmency H., Guillemin J.-P., Pointereau P. (2013). « Messicoles » : conservation des plantes messicoles dans les

24

parcelles cultivées : caractérisation des systèmes de cultures favorables, rôles fonctionnels, perception par la profession. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.192-197. (Communication affichée, full paper).

ACTI30 Romer C., Jacquin D., Bertrand A., Huart G. (2013). Les traitements herbicides d’automne, une lutte chimique efficace contre l’ergot des graminées. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.29-39. (communication orale, full paper).

ACTI31 Steimetz E., Trouvelot S., Bordier A., Heloir M.C., Poinssot B., Adrian M., Daire X. (2013). Does leaf position influence induced resistance to grape downy mildew? In "6th meeting of IOBC-WPRS working group - Induced resistance in plants against insects and diseases: leaping from success in the lab to success in the field." Avignon, France, 10-13 juin 2013 (communication orale, short paper, résumé). vol. 89. p.171-175.

ACTI32 Thibaudon M., Sindt C., Martinez Q., Chauvel B. (2013). Mesure de l’efficacité de la lutte contre l’ambroisie : étude de faisabilité. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.62-67. (communication orale, full paper).

ACTI33 Trdá L., Boutrot F., Perrin M., Schmitt C., Masson J., Kelloniemi J.-P., Heloir M.C., Daire X., Zipfel C., Poinssot B. (2013). Identification of the VvFLS2 grapevine flagellin receptor by a functional genomics strategy. In "6th meeting of IOBC-WPRS working group - Induced resistance in plants against insects and diseases: leaping from success in the lab to success in the field." Avignon, France, 10-13 juin 2013 (communication orale, short paper, résumé). vol. 89. p.259-262.

ACTI34 Trichard A., Chauvel B., Petit S. (2013). Un état des connaissances sur la prédation des graines adventices par les invertébrés. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.807-816. (communication orale, full paper).

ACTI35 Trichard A., Alignier A., Chauvel B., Petit S. (2013). Traits de réponse de la flore adventice à la mise en place du semis direct sous couvert. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. p.694-695. (communication orale, short paper).

2012 ACTI36 Decourselle T., Cointault F., Journaux L., Yang F. (2012). Automatic analyzis of droplet impact by

high speed imaging. In "Proceeding of First RHEA International Conference on Robotics and associated High-technologies and Equipment for agriculture" Pisa, Italy, 19-21 Septembre 2012. Peruzzi, A. ed. Pisa University Press srl. p.307-330. (communication orale, full paper).

ACTI37 Decourselle T., Simon J.-C., Journaux L., Cointault F., Miteran J. (2012)). Noise Robustness of a texture classification protocol for natural leaf roughness characterization. "The 9th IASTED International Conference on Signal Processing, Pattern Recognition and Applications ~SPPRA 2012~" Crete, Grece, 18-20 juin 2012. In "778: Signal Processing, Pattern Recognition and Applications / 779: Computer Graphics and Imaging – 2012” M. Petrou, A.D.S., G.A. Triantafyllidis eds. ACTA Press. (communication orale, full paper).

ACTI38 Hijazi B., Vangeyte J., Cointault F., Paindavoine M.,Pieters J.G. (2012). A 3-D simulation with virtual stereo rig for centrifugal fertilizer spreading. In "International conference of agricultural engineering CIGR-AgEng 2012 " Valence, Espagne, 08-12 Juillet 2012. p.136-141. (communication orale, full paper).

ACTI39 Milani G.A., Bohan D., Dunbar S., Muggleton S., Raybould A., Tamaddoni-Nezhad A. (2012). Machine learning and text mining of trophic links. "11th International Conference on Machine Learning and Applications (ICMLA)." Boca Raton, USA, 12-15 décembre 2012 (communication orale, short paper). In vol. 2 of ICMLA. p.410-415

ACTI40 Minov S.V., Nuyttens D., Cointault F., Vangeyte J., Pieters J.G., Hijazi B. (2012). Development of an imaging system for a single droplet characterization using a droplet generator. "64th International Symposium on Crop Protection" Ghent, Belgique, 22 Mai 2012. In "Communications in agricultural and applied biological sciences”. Boeckx, P., Bossier, P., Smagghe, G., Damme, E.V., Verhoest, N., and Vandekerkhove, B. eds. Vol 77 (3) p.469-482. (communication orale, full paper).

ACTI41 Tamaddoni-Nezhad A., Bohan D., Raybould A., Muggleton S. (2012). Machine Learning a Probabilistic Network of Ecological Interactions. "2st International Conference ILP 2011." Windsor Great Park, UK, 31 juillet-3 août 2011 (communication orale, full paper). In. Lecture Notes in Computer Science, volume spécial: Inductive Logic Programming (Revised Selected Papers from the conference) 7207. p.332-346.

6. Communications avec actes dans un congrès national

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2013 ACTN1 Colbach N., Moreau D., Gibot-Leclerc S. (2013). PheraSys - un projet de modélisation de la

dynamique de l'orobanche dans les systèmes de culture. "Colloque L'orobanche rameuse en France." Poitiers, France, 21 juin 2013. (communication orale, texte intégral). 9p.

ACTN2 Gibot-Leclerc S., Dessaint F., Reibel C., Le Corre V. (2013). Variabilité génétique, d’histoire de vie et d’infection des populations de l’orobanche rameuse en France. "Colloque l’orobanche rameuse en France." Poitiers, France, 21 juin 2013. p.8p. (communication orale, texte intégral).

2012 ACTN3 Duru M., Jouany C., Theau J.P., Granger S., Cruz P. (2012). L'écologie fonctionnelle pour évaluer et

prédire l'aptitude des prairies permanentes à rendre des services. "Les Journées de Printemps de l’AFPF (Association Française pour la Production Fourragère) Prairies permanentes: de nouveaux atouts pour demain». Paris, France, 3-4 avril 2012 (communication orale intégrale, résumé; publiée dans Fourrages en 2013). In "Actes des journées de l"AFPF". p.103-120.

ACTN4 Guillemin J.-P. (2012). (FOCUS) Historique des herbicides en France depuis la seconde guerre mondiale. "42ème congrès du GFP (Groupe Français des Pesticides)." Poitiers, France, 29-31 mai 2012. p.3 (communication orale, résumé publié dans la Lettre d’information hors série n° 1 - Observox).

7. Communications orales sans actes dans un congrès international ou national

2014 COM1 Ait Lahmidi N. (2014). Is co-inoculation of strawberry plants with plant growth-promoting bacteria

and arbuscular mycorrhizal fungi leading to an improvement of growth and fruit quality? In "3ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 24 mars 2014. (participation à manifestation de communication, slides).

COM2 Aouadi N. (2014). Evaluation ex ante des conséquences de l’adoption de la production intégrée à l’échelle de la Bourgogne. In "3ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 24 mars 2014. (participation à manifestation de communication, slides).

COM3 Aouadi N., Aubertot J.-N., Caneill J., Munier-Jolain N.M. (2014). Analysis of the relationship between production situation drivers and cropping systems at the regional scale. "XIIIth ESA (European Society for Agronomy) congress". Debrecen, Hongrie, 25-29 août 2014. In "Book of abstracts." p.323-324. (communication orale, résumé étendu).

COM4 Bourgeois E., Lamy I., Van Oort F., Dequiedt S., Lelièvre M., Maron P.-A., Ranjard L. (2014). Réhabilitation du patrimoine microbiologique de sols pollués par l'implantation de Miscanthus x giganteus. "12èmes Journées d’Etude des Sols (JES), Le sol en héritage." Le Bourget du Lac, 30 juin-4 juillet 2014. p.153-154. (communication orale, résumé).

COM5 Bürger J., Granger S., Guyot S.H.M., Messéan A., Colbach N. (2014). Simulation study of the effects of intensified crop management in genetically manipulated maize on arable weed flora and associated fauna. "GfOe 2014, 44th Annual Meeting of the Ecological Society of Germany, Integrating ecological knowledge into nature conservation and ecosystem management." Hildesheim, Allemagne, 8-12 septembre 2014. p.21. (communication orale, résumé).

COM6 Colbach N., Bürger J., Darmency H., Granger S., Guyot S., Mézière D., Messéan A. (2014). Assessing the effect of changes of agricultural practices accompanying herbicide-tolerant crops on agricultural biodiversity. A simulation study with a weed dynamics model. "European Weed Research Society (EWRS) workshop "Herbicide-tolerant varieties"." Frankfurt, Allemagne, 21 mai 2014. (communication orale, slides).

COM7 Darmency H., Colbach N., Chauvel B., Délye C., Le Corre V. (2014). Adapting cropping system to delay herbicide resistance. A simulation study. "European Weed Research Society (EWRS) workshop "Herbicide-Resistance in Europe: challenges, opportunities and threats"." Frankfurt, Allemagne, 19-20 mai 2014. p.59. (communication orale, slides, résumé).

COM8 Délye C., Causse R., Michel S. (2014). Next-Generation Sequencing (NGS) application to the detection of mutations endowing herbicide resistance. "European Weed Research Society (EWRS) workshop "Herbicide-Resistance in Europe: challenges, opportunities and threats"." Frankfurt, Allemagne, 19-20 mai 2014. p.40. (communication orale, résumé).

COM9 Devers M., Pesce S., Rouard N., Crouzet O., Cheviron N., Martin-Laurent F. (2014). Impact écotoxicologique de pesticides sur les communautés microbiennes naturelles responsables de la biodégradation de pesticides dans les sédiments de rivière. "44ème congrès du groupe français des pesticides." Schoelcher, Martinique, 26-29 mai 2014. (communication orale, résumé, slides).

COM10 Deytieux V. (2014). Performances et durabilité de systèmes de grande culture en production intégrée. Identification de systèmes multi-performants au regard de références locales. In "3ème

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journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 24 mars 2014. (participation à manifestation de communication, slides).

COM11 Duhoux A., Gouzy J., Carrère S., Bonin L., Délye C. (2014). Characterisation of rye-grass (Lolium sp.) transcriptome-wide response to ALS-inhibiting herbicides. "European Weed Research Society (EWRS) workshop "Herbicide-Resistance in Europe: challenges, opportunities and threats"." Frankfurt, Allemagne, 19-20 mai 2014. p.38. (communication orale, résumé).

COM12 Foulquier A., Martin-Laurent F., Rouard N., Margoum C., Pesce S. (2014). Utilisation des mécanismes d'adaptation microbienne pour caractériser les conséquences écologiques de l'interdiction d'utilisation du diuron en zone viticole. "5èmes journées thématiques de l'AFEM." Banyuls sur mer, France, 21-23 mai 2014. p.32. (communication orale, résumé).

COM13 Kati V., Chatzaki E., Le Corre V., Délye C. (2014). Papaver rhoeas plants with multiple resistance to synthetic auxins and ALS inhibitors. "European Weed Research Society (EWRS) workshop "Herbicide-Resistance in Europe: challenges, opportunities and threats"." Frankfurt, Allemagne, 19-20 mai 2014. p.23-24. (communication orale, résumé).

COM14 Li Kim Khiook I. (2014). Image analysis methods for assessment of H2O2 production and Plasmopara viticola development in grapevine leaves: application to the evaluation of resistance to downy mildew. In "3ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 24 mars 2014.

COM15 Mandon-Dalger I., Just A., Martinez Q., Chauvel B. (2014). Common ragweed national maps & public policies in France. "4th International Symposium – Environmental weeds and invasive plants." Montpellier, France, 19-23 mai 2014. p.150. (communication orale, résumé).

COM16 Martinez Q., Rodriguez A., Fried G., Chauvel B. (2014). Présence d’Ambrosia trifidaen France métropolitaine : état des lieux des connaissances et du risque d’invasion. "10e congrès francophone d’écologie des communautés végétales ECOVEG 10 : Ecologie des Communautés Végétales" Lyon, France, 9-11 avril 2014.

COM17 Merlin C., Devers M., Martin-Laurent F. (2014). Caractérisation de populations microbiennes tolérantes au chlordécone à partir de sols contaminés des Antilles. In "3ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 24 mars 2014. (participation à manifestation de communication, slides).

COM18 Merlin C., Devers M., Crouzet O., Heraud C., Béguet J., Mougin C., Steinberg C., Martin-Laurent F. (2014). Caractérisation de populations microbiennes tolérantes au chlordécone à partir de sols contaminés des Antilles. "44ème congrès du groupe français des pesticides." Schoelcher, Martinique, 26-29 mai 2014. (communication orale, résumé, slides).

COM19 Ortmans W., Chauvel B., Mahy G., Monty A. (2014). No performance reduction at the present northern edge of Ambrosia artemisiifolia L. invasion range. "4th International Symposium – Environmental weeds and invasive plants." Montpellier, France, 19-23 mai 2014. p.151. (communication orale, résumé).

COM20 Pérès G., Pauget B., Beguiristain T., Bessoule J.J., Bodilis J., Chaussod R., Cluzeau D., Cheviron N., Coeurdassier M., Cortet J., Criquet S., Dequiedt S., De Vaufleury A., Dur J.C., Faure A., Gangneux C., Gattin I., Guernion M., Hellal J., Hedde M., Hitmi A., Laurent N., Legras M., LeGuedard M., Lepelletier P., Mougin C., Nelieu S., Ponton S., Ranjard L., Rougé L., Ruiz N., Taibi S., Vandenbulcke F., Villenave C., Galsomies L., Grand C., Bispo A. (2014). Quels bioindicateurs et biomarqueurs utiliser pour la surveillance de la qualité des sols et l’évaluation des risques environnementaux? "12èmes Journées d’Etude des Sols (JES), Le sol en héritage." Le Bourget du Lac, 30 juin-4 juillet 2014. p.140-142. (communication orale, résumé).

COM21 Perronne R. (2014). Assemblage des communautés adventices: apports de l'approche fonctionnelle. In "3ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 24 mars 2014. (participation à manifestation de communication, slides).

COM22 Perronne R., Borgy B., Reboud X., Munoz F., Gaba S. (2014). Analyse des processus écologiques d’assemblage des communautés: vers une conceptualisation de l’approche ‘modèle nul’. "10e congrès francophone d’écologie des communautés végétales ECOVEG 10 : Ecologie des Communautés Végétales". Lyon, France, 9-11 avril 2014. p.11.

COM23 Pesce S., Margoum C., Rouard N., Foulquier A., Martin-Laurent F. (2014). Freshwater sediment pesticide biodegradation potential as an ecological indicator of microbial recovery following a decrease in chronic pesticide exposure. "International Union of Microbiological Societies Congres (IUMS BAM 2014)." Montréal, Canada, 27 juillet 1er août 2014. p.1372. (communication orale, résumé).

COM24 Peyret-Guzzon M., Stockinger H., Bouffaud M.-L., Redecker D. (2014). Changements à court terme de la composition des communautés de champignons mycorhiziens à arbuscules et des populations de Rhizophagus irregularis en fonction des pratiques culturales. "Journées Jean Chevauchon 2014 (JJC) - 10èmes Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Société Française de Phytopathologie (SFP)." Aussois, France, 27-31 janvier 2014. (communication orale, résumé).

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COM25 Reibel C., Cordeau S., Guillemin J.-P., Chauvel B. (2014). Drought affects weed emergence in cover crops of no-till systems. "XIIIth ESA (European Society for Agronomy) congress." Debrecen, Hongrie, 25-29 août 2014. In "Book of abstracts." p.395-396. (communication orale, résumé étendu).

COM26 Siegel K. (2014). Recherche d'indicateurs de la résistance des sols aux maladies d'origine tellurique. In "3ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 24 mars 2014. (participation à manifestation de communication, slides).

COM27 Steinberg C., Laurent J., Edel-Hermann V., Barbezant M., Gautheron N., Sixt N., Dalle F., Aho S., Bonnin A., Hartemann P., Sautour M. (2014). Épidémiologie de populations de Fusarium oxysporum et F. dimerum en milieu hospitaliers à Dijon et Nancy. "Journées Jean Chevauchon 2014 (JJC) - 10èmes Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Société Française de Phytopathologie (SFP)." Aussois, France, 27-31 janvier 2014. (communication orale, résumé).

COM28 Ugarte C. (2014). Effets des pratiques agricoles sur la rétention en eau des sols. In "3ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 24 mars 2014. (participation à manifestation de communication, slides).

2013 COM29 Albac S., Lopez C., Sautour M., D'Enfert C., Dalle F. (2013). Candida albicans interaction with M

cells in an in vitro model of the human intestinal Follicle Associated Epithelium (FAE). "Fifth FEBS Advanced Lecture Course on Human Fungal Pathogens: Molecular Mechanisms of Host-Pathogen Interactions and Virulence." La Colle sur Loup, France, 25-31 mai 2013. p.147 (communication orale, résumé).

COM30 Barnard R., Osborne C., Firestone M. (2013). Responses of soil bacterial and fungal communities to extreme soil drought and rewetting. "12th Symposium on Bacterial Genetics and Ecology (BAGECO 12)." Ljubljana, Slovénie, 9-13 juin 2013. p.46-47 (communication orale, résumé).

COM31 Bourion V., Heulin-Gotty K., Tisseyre P., Lepetit M., Siol M., Duc G., Burstin J., Laguerre G. (2013). Genetic diversity for partner choice in a core collection of pea accessions inoculated by a mix of five Rhizobium leguminosarum bv. viciae genotypes. "Molecular Mechanisms in Nitrogen Fixing Root Endosymbioses 3rd Meeting" Montpellier, France, 26-27 Septembre 2013.14p. (communication orale, power-point).

COM32 Caillot D., Dalle F., Sautour M., Lafon I., Ferrant E., Bastie J.N., Cuisenier B., Astruc K., Aho S. (2013). Impact de la décontamination de l’air par l’utilisation du système Plasmair® sur la survenue d’aspergilloses pulmonaires invasives chez des patients atteints de leucémies aiguës recevant des chimiothérapies intensives. Expérience du service d’hématologie clinique, CHU Dijon. "Congress of the French Society of Medical Mycology (SFMM)." Dijon, France, 16-17 mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale." vol. 23. p.201.

COM33 Caillot D., Legouge C., Lafon I., Ferrant E., Newinger M., Guido O., Favennec C., Bernard A., Krause D., Martin L., Bonniaud B., Favrot N., Dalle F. (2013). Performance du scanner thoracique pour le diagnostic des mucormycoses pulmonaires chez des patients atteints de leucémies aiguës. "Congress of the French Society of Medical Mycology (SFMM)." Dijon, France, 16-17 mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale." vol. 23. p.198.

COM34 Cazenave A.B. (2013). Réponses adaptatives du Pois protéagineux à une perturbation de la fixation symbiotique d'azote en relation avec le métabolisme carboné. In "2ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 18 mars 2013. (participation à manifestation de communication, communication orale).

COM35 Charles P.E., Bruyère R., Pauchard L.A., Thierry-Antier N., Dalle F. (2013). De la colonisation digestive à l’infection systémique par Candida albicans chez le lapin sous ventilation mécanique : rôle du Toll-like receptor. "Congress of the French Society of Medical Mycology (SFMM)." Dijon, France, 16-17 mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale." vol. 23. p.190.

COM36 Corre-Hellou G., Bédoussac L., Bousseau D., Chaigne G., Chataigner C., Celette F., Cohan J.P., Coutard J.P., Emile J.C., Floriot M., Foissy D., Guibert S., Hemptinne J.L., Le Breton M., Lecomte C., Marceau C., Mazoué F., Mérot E., Métivier T., Morand P., Naudin C., Omon B., Pambou I., Pelzer E., Prieur L., Rambaut G.,Tauvel O. (2013). Associations céréale-légumineuse multi-services. (communication orale et article). In "Programmes Casdar 2008-2010, CIAG". 6 juin 2013.

COM37 Curmi P., Chevigny E., Quiquerez A. (2013). Caractérisation et fonctionnement physico-hydrique des sols viticoles bourguignons. Rôle de l’homme dans la construction des terroirs. In "Première Rencontre du Nouveau Réseau Vigne et Vins Septentrional Colloque RVVS 2013". Colmar, France, 1-2 juillet 2013. (communication orale, film).

COM38 Délye C. (2013). Classification simplifiée des modes d’action des herbicides utilisés en France. In "Journées d’Échanges sur les Résistances aux produits de protection des plantes 2013". Avignon, France, 21-22 octobre 2013. p.30-31.

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COM39 Délye C. (2013). État des lieux des résistances aux herbicides en France : grandes cultures. In "Journées d’Échanges sur les Résistances aux produits de protection des plantes 2013". Avignon, France, 21-22 octobre 2013. p.32.

COM40 Délye C., Walker A.-S., Grosman J. (2013). Réduire les risques de sélection de résistances : de la théorie à la pratique, des pistes pour améliorer la durabilité des PPP. In "Journées d’Échanges sur les Résistances aux produits de protection des plantes 2013". Avignon, France, 21-22 octobre 2013. p.36.

COM41 Dessaint F. (2013). Automatiser la production de fiches : exemple de création d'un atlas botanique. "Journée Semin R." Paris, France, 24 mai 2013. (communication orale, slides).

COM42 Duhoux A., Délye C. (2013). Three cytochrome P450 genes are over-expressed in ryegrass (Lolium sp.) plants resistant to the ALS inhibitors iodosulfuron+mesosulfuron or pyroxsulam. "Global herbicide resistance challenge conference." Perth, Australie, 18-22 février 2013. p.68 (communication orale, résumé).

COM43 El Azhari N., Farmer M.-J., Gervais J.-P., Hennin L., Martin-Laurent F. (2013). Discrimination génétique de clones de Pinot Noir et de Chardonnay par marquage microsatellite. In "Première Rencontre du Nouveau Réseau Vigne et Vins Septentrional Colloque RVVS 2013". Colmar, France, 1-2 juillet 2013. (communication orale, résumé).

COM44 Gaba S. (2013). Préservation de la biodiversité. "Workshop Conception de systèmes Agricoles Agroécologiques à l'échelle d'un territoire" Dijon, France, 9-10 avril 2013. (communication orale, film).

COM45 Gaba S., Henckel R., Perronne R., Tocze A., Mabire A., Bretagnolle V. (2013). Disentangling the effects of local and regional factors on weed community dynamics in agroecosystems. In "Intecol". Londres, Royaume-Uni, 18-23 août 2013. p.14. (communication orale, résumé).

COM46 Gardin J., Beffa R., Gouzy J., Carrère S., Délye C. (2013). A transcriptomics-based approach enables the first identification of candidate genes involved in non-target-site-based resistance to herbicides in a grass weed (Alopecurus myosuroides). "Global herbicide resistance challenge conference." Perth, Australie, 18-22 février 2013. p.68 (communication orale, résumé).

COM47 Gardin J., Gouzy J., Carrère S., Beffa R., Délye C. (2013). Alopecurus myosuroides transcriptome database (ALOMYBase): unravelling the genetic bases of non-target-site-based resistance to herbicides. "16th European Weed Research Symposium (EWRS)." Samsun, Turquie, 24-27 juin 2013 (communication orale, résumé). In "Proceedings". p.259.

COM48 Goyer M., Albac S., Thenet S., Bon F., Dalle F. (2013). Enterocytes'tight junctions play a protective role in limiting invasion of Candida albicans into intestinal cells. "Fifth FEBS Advanced Lecture Course on Human Fungal Pathogens: Molecular Mechanisms of Host-Pathogen Interactions and Virulence." La Colle sur Loup, France, 25-31 mai 2013. p.151 (communication orale, résumé).

COM49 Goyer M., Albac S., Thenet S., Bon F., Bonnin A., Dalle F. (2013). Les Tight Junctions des entérocytes jouent un rôle protecteur en limitant l’invasion des cellules intestinales par Candida albicans. "Congress of the French Society of Medical Mycology (SFMM)." Dijon, France, 16-17 mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale." vol. 23. p.190-191.

COM50 Guillemin J.-P., Chauvel B. (2013). Prévention et gestion de la résistance aux herbicides en grande culture. In "Journées d’Échanges sur les Résistances aux produits de protection des plantes 2013". Avignon, France, 21-22 octobre 2013. p.42.

COM51 Jack A.L.H., Chapelle E., Siegel K., Edel-Hermann V., Steinberg C., Lemanceau P., Raaijmakers J.M. (2013). Comparative metagenomics of disease suppressive soils. "2nd Thünen Symposium on Soil Metagenomics." Braunschweig, Allemagne, 11-13 décembre 2013. p.48-49 (communication orale, slides, résumé).

COM52 Lichtfouse E., Hamelin M., Goyal A. (2013). Strategies to blog journal articles. "Congrès EASE "Editeurs scientifique européens". Blankenberge, Belgique, 24 septembre 2013. (communication orale, slides).

COM53 Martin-Laurent F., Pesce S. (2013). Retour sur les journées d’écotoxicologie microbienne. "Colloque de la société d'Ecotoxicologie fondamentale et appliquée (SEFA)." Thionville, 3-4 juillet 2013. p.20 (communication orale, résumé).

COM54 Moreau D., Milard G., Colbach N., Munier-Jolain N.M. (2013). Ecophysiological analysis of the nitrophily of weed species. "16th European Weed Research Symposium (EWRS)." Samsun, Turquie, 24-27 juin 2013. In "Proceedings". p.63. (communication orale, résumé)

COM55 Munier-Jolain N. (2013). Introduction et enjeux du Workshop. "Workshop Conception de systèmes Agricoles Agroécologiques à l'échelle d'un territoire" Dijon, France, 9-10 avril 2013. (communication orale, film).

COM56 Nicolardot B. (2013). Services écosystémiques recherchés relatifs aux cycles C,N ,P "Workshop Conception de systèmes Agricoles Agroécologiques à l'échelle d'un territoire" Dijon, France, 9-10 avril 2013. (communication orale, film).

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COM57 Noguero M. (2013). Un facteur de transcription impliqué dans le développement de la graine chez Medicago truncatula. In "2ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 18 mars 2013. (participation à manifestation de communication, communication orale).

COM58 Pérès G., Bispo A., Grand C., Cluzeau D., Gattin I., Hedde M., Cheviron N., Harris-Hellal J., LeGuedard M., Bessoule J.J., Ruiz N., Pauget B., Beguiristain T., Dequiedt S., Chaussod R., Faure O., Hitmi A., Criquet S., Legras M., Laurent N., Vandenbulcke F., Coeurdassier M., Ponton S., Cortet J., Villenave C., Bodilis J., Lepelletier P., Taibi S., Dur J.C., Bodin J. (2013). Application of soil bioindicators for risk assessment, monitoring and soil characterization in contamined soils. Results from the French national "Bioindicators Programme". "AquaConSoil, 2th International UFZ-Deltares Conference on Groundwater-Soil-Systems and Water Resource Management." Barcelone, Espagne, 16-19 avril 2013 (communication orale, slides et résumé).

COM59 Perronne R., Le Corre V., Cadet E., Gaba S. (2013). Variabilité fonctionnelle intraparcellaire des adventices en culture de blé d’hiver: rôle des perturbations et de la compétition associées à chaque compartiment. In "9e congrès francophone d’écologie des communautés végétales ECOVEG 9". Tours, France, 3-5 avril 2013. p.21. (communication orale, résumé).

COM60 Pesce S., Martin-Laurent F. (2013). Structurer l'écotoxicologie microbienne en France : retour sur les journées thématiques (mars 2013). "VIème colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM) "Microbiologie environnementale : du gène à l’écosystème". Parent, France, 22-25 octobre 2013. p.109 (communication orale, résumé).

COM61 Pesce S., Margoum C., Rouard N., Foulquier A., Martin-Laurent F. (2013). Utilisation du potentiel de biodégradation de sédiments de rivière comme indicateur d’une diminution du niveau d’exposition a l’herbicide diuron suite a son interdiction d’utilisation. "Colloque de la société d'Ecotoxicologie fondamentale et appliquée (SEFA)." Thionville, 3-4 juillet 2013. p.23 (communication orale, résumé).

COM62 Petric I., Udikovic-Kolic N., Martin-Laurent F., Kandeler E., Djuric S., Karpouzas D. (2013). ECOFUN-MICROBIODIV: an FP7 European project to estimate the ecotoxicological impact of low dose pesticide application in agriculture on soil functional microbial diversity. "Symposium Power of microbes in industry and environment." Primosten, Croatie, 9-12 octobre 2013. p.34 (communication orale, résumé).

COM63 Peyret-Guzzon M. (2013). Effets de la fertilisation et de la perturbation du sol sur la communauté et les populations de champignons mycorhiziens à arbuscules. In "2ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 18 mars 2013. (communication orale).

COM64 Poinssot B. (2013). Récepteurs de l'immunité chez les plantes. "ED-ES Immunity Workshop." Dijon, France, 29 octobre 2013. (communication orale).

COM65 Radoszycki J., Peyrard N., Sabbadin R. (2013). Evaluation of stochastic policies for factored Markov decision processes. "3ème workshop AIGM : Algorithmic issues for inference in graphical models" Paris, France, 13 Septembre 2013. 2p. (communication orale, extended abstract).

COM66 Roques M., Caillot D., Noel R., Chretien M.-L., Guido O., Lafon I., Ferrant E., Duvillard L., Dalle F. (2013). Intérêt de la procalcitonine sérique (PCT) comme aide au diagnostic des infections fongiques invasives (IFI) au cours des hémopathies malignes. "Congress of the French Society of Medical Mycology (SFMM)." Dijon, France, 16-17 mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale." vol. 23. p.200.

COM67 Sautour M., Steinberg C., Laurent J., Edel-Hermann V., Barbezant M., Sixt N., Aho S., Hartemann P., Bonnin A., Dalle F. (2013). Contamination de réseaux hydriques hospitaliers par une population clonale de Fusarium oxysporum. "Congress of the French Society of Medical Mycology (SFMM)." Dijon, France, 16-17 mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale." vol. 23. p.201-202.

COM68 Scarabel L., Délye C. (2013). Occurrence of non-target-site-based resistance to ALS inhibitors in the broadleaf weed Papaver rhoeas (corn poppy). "Global herbicide resistance challenge conference." Perth, Australie, 18-22 février 2013. p.71 (communication orale, résumé).

COM69 Steinberg C., Laurent J., Edel-Hermann V., Barbezant M., Gautheron N., Sixt N., Dalle F., Aho S., Bonnin A., Hartemann P., Sautour M. (2013). Adaptation inattendue de populations de Fusarium oxysporum et F. Dimerum au milieu aquatique urbain des conduites d'eau de batiments hospitaliers à Dijon et Nancy. "VIème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM) "Microbiologie environnementale : du gène à l’écosystème". Parent, France, 22-25 octobre 2013. p.143 (communication orale, résumé).

COM70 Tardy V., Mathieu O., Lévêque J., Ranjard L., Maron P.A. (2013). La perte de diversité affecte la stabilité structurelle et fonctionnelle des communautés microbiennes du sol. "VIème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM) "Microbiologie environnementale : du gène à l’écosystème". Parent, France, 22-25 octobre 2013. p.108 (communication orale, résumé).

COM71 Terrat S., Dequiedt S., Chemidlin N., Constancias F., Tardy V., Horrigue W., Maron P.A., Ranjard L. (2013). Distribution spatiale et traduction fonctionnelle de la diversité microbienne des sols.

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"Colloque de Génomique Environnementale." Rennes, France, 4-6 novembre 2013. (communication orale, résumé).

COM72 Trda L. (2013). Identification of the VvFLS2 grapevine flagellin receptor by a functional genomics strategy. In "2ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 18 mars 2013. (participation à manifestation de communication, communication orale).

COM73 Trichard A. (2013). Régulations biologiques des adventices: la prédation par les carabidés en semis direct sous couvert. In "2ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 18 mars 2013. (participation à manifestation de communication, cummunication orale).

COM74 Vermue A. (2013). Impact des systèmes de culture en protection intégrée contre les adventices sur l'intensité des émissions de N2O par les sols. In "2ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 18 mars 2013. (participation à manifestation de communication, cummunication orale).

COM75 Vivant A.-L. (2013). Réponses adaptatives du Pois protéagineux à une perturbation de la fixation symbiotique d'azote en relation avec le métabolisme carboné. In "2ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 18 mars 2013. (participation à manifestation de communication, communication orale).

COM76 Walker A.-S., Délye C. (2013). Généralités sur la résistance aux Produits de Protection des Plantes (PPP). In "Journées d’Échanges sur les Résistances aux produits de protection des plantes 2013". Avignon, France, 21-22 octobre 2013. p.10.

2012 COM77 Abdallah C., Renaut J., Valot B., Zivy M., Recorbet G., Wipf D., Dumas-Gaudot E. (2012). Label-

free 1-DE-LC-MS/MS to identify arbuscular mycorrhiza related membrane proteins. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.3 (communication orale, résumé).

COM78 Abdallah C., Renaut J., Valot B., Zivy M., Recorbet G., Wipf D., Dumas-Gaudot E. (2012). Protéome membranaire en réponse à la symbiose mycorhizienne à arbuscules par GeLC-MS/MS. "Journées francophones mycorhizes, 3ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.47 (communication orale, résumé).

COM79 Abid M., Fayolle L., Gautheron E., Heraud C., Gautheron N., Edel-Hermann V., Steinberg C. (2012). Impact of deoxynivalenol on soil microflora and fauna. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.12-13 (communication orale, résumé).

COM80 Ait Lahmidi N., Todeschini V., Casieri L., Bonneau L., Lingua G., Arnould C., Berta G., Wipf D. (2012). Identification of sugar transporters in arbuscular mycorrhiza. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.6 (communication orale, résumé).

COM81 Bellanger S., Darmency H. Guillemin J.P. (2012). Biological causes of cornflower regression. VI International Weed Science Congress. Hangzhou, Chine, 17-22 juin 2012 (communication orale, résumé).

COM82 Bellanger S., Guillemin J.P., Darmency H. (2012). Les causes biologiques de la régression du bleuet (Centaurea cyanus L.). Colloque Réveil du Dodo IV, Dijon, France, 2-4 mai 2012. p.44 (communication orale, résumé).

COM83 Bouffaud M.-L., Stockinger H., Peyret-Guzzon M., van Tuinen D., Wipf D., Redecker D. (2012). Diversity of arbuscular mycorrhizal fungi (Glomeromycota) in european soils analysed by pyrosequencing. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.11 (communication orale, résumé).

COM84 Bourion V., Laguerre G., Duc G., Burstin J. (2012). Variabilité génétique pour la morphologie du système racinaire du pois. Impact sur la nutrition azotée. "Agrophysiologie des protéagineux. Mise à jour des connaissances" Paris, France, 7 décembre 2012.p.65-74. (communication orale, power-point).

COM85 Cacas J.-L., Thomas D., Robert F., Fromentin J., Jeannette E., Mongrand S., Simon-Plas F., Ruelland E., Gerbeau-Pissot P. (2012). Phosphatidic acid signalling in cryptogein-elicited tobacco cells. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.10 (communication orale, résumé).

COM86 Casieri L., Gallardo K., Wipf D. (2012). Transcriptional response of Medicago truncatula sulphate transporters to arbuscular mycorrhizal symbiosis with and without sulphur stress. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.7 (communication orale, résumé).

COM87 Chauvel B., Martinez Q. (2012). How to explain the introduction of common ragweed into Europe during the XIXth century? IInd International Ragweed Conference. Lyon, France, 28-29 mars 2012 (communication orale).

COM88 Chemidlin Prévost-Bouré N., Ranjard L. (2012). Distribution spatiale de la diversité microbienne des sols à l'échelle du territoire nationale. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs

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environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.17 (communication orale, résumé, film).

COM89 Chemidlin Prévost-Bouré N., Dequiedt S., Saby N., Thioulouse J., Jolivet C., Lelièvre M., Arrouays D., Ranjard L. (2012). Spatial processes driving soil microbial community assembly on a wide scale. "4th International Congress Eurosoil 2012-Soil science for the benefit of mankind and environment." Bari, Italie, 2-6 juillet 2012. p.613. (communication orale, résumé).

COM90 Colbach N., Granger S., Guyot S., Mézière D. (2012). Changing agricultural practices modify the species and trait composition of the weed flora. A simulation study using a cropping system model. "12th Congress of the European Society for Agronomy." Helsinki, Finlande, 20-24 août 2012. p.152-153 (communication orale, résumé).

COM91 Constancias F., Nowak V., Dequiedt S., Biju-Duval L., Guillemin J.-P., Joffre R., Martins J., Chemidlin Prévost-Bouré N., Ranjard L. (2012). Spatial patterns of microbial communities at a soil micro-scale. "14th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14)." Copenhague, Danemark, 19-24 aout 2012. (communication orale, résumé).

COM92 Dalle F. (2012). Adaptation de Candida albicans dans les tissus humains : du commensalisme à la pathogénicité. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. (communication orale, slides, film).

COM93 Darmency H., Wang T.Y. (2012). Development of herbicide-resistant varieties of foxtail millet. "VI International Weed Science Congress". Hangzhou, Chine, 17-22 juin 2012 (communication orale, résumé).

COM94 Darmency H., Bellanger S., Tricault Y., Gardarin A., Colbach N. (2012). Dormancy and longevity of soil-buried weed seeds: from examples to generalization. "VI International Weed Science Congress". Hangzhou, Chine, 17-22 juin 2012 (communication orale, résumé).

COM95 Doisy D., Colbach N., Roger-Estrade J., Médiène S. (2012). Does grassland cover limit the replenishment of weed seed banks during seed rain? "12th Congress of the European Society for Agronomy." Helsinki, Finlande, 20-24 août 2012. p.152-153 (communication orale, résumé).

COM96 Duc G., Thompson R. (2012). L’avenir des légumineuses dans l’alimentation humaine : conclusion du Workshop. "Workshop L'avenir des légumineuses dans l'alimentation humaine" Dijon, France, 15-16 novembre 2012. (communication orale, film).

COM97 Duc G., Bourion V., Delaitre C., Gallardo K., Le Signor C., Marget P., Thompson R., Burstin J. (2012). Vers des variétés de légumineuses à graines mieux adaptées à l’alimentation humaine. "Workshop L'avenir des légumineuses dans l'alimentation humaine" Dijon, France, 15-16 novembre 2012. (communication orale, slides, film).

COM98 Essiane-Ondo O., Wipf D., Gianinazzi S. (2012). Caractérisation d’une collection de variétés anciennes de blé pour leur réponse à la mycorhization et impact sur la qualité du grain. "18ème forum des jeunes chercheurs." Besançon, France, 6-7 septembre 2012. (communication orale, résumé).

COM99 Fried G., Bretagnolle V., Gaba S. (2012). Impact des techniques agricoles sur l’assemblage des communautés adventices. "EcoVeg 8 Ecologie des Communautés Végétales." Nancy, France, 28-30 mars 2012 (communication orale, résumé).

COM100 Gard B., Bretagnolle F., Laitung B. (2012). Growth and reproduction responses of French invasive and North American native populations of common ragweed, Ambrosia artemisiifolia L. to defoliation. IInd International Ragweed Conference, Lyon, France, 28-29 mars 2012 (communication orale, résumé).

COM101 Gardin J. (2012). Identification de gènes de résistance non liée à la cible (RNLC) aux herbicides chez le vulpin des champs (Alopecurus myosuroides Huds). In "4ième Journées des Doctorants SPE". Toulouse, France, 20-22 juin 2012. (participation à manifestation de communication, communication orale).

COM102 Gerbeau-Pissot P., Kiêu K., Der C., Anca I., Thomas D., Roche Y., Perrier-Cornet J.-M., Mongrand S., Kervrann C., Simon-Plas F. (2012). Liquid ordered domains of tobacco cell plasma membrane: in vivo visualization, spatial distribution and modulation upon elicitation. "International Conference on Membrane Domains." 27-30 novembre 2012 Dijon, France. (communication orale, résumé).

COM103 Guigue J., Mathieu O., Lévêque J., Kaisermann A., Sarr A., Milloux M.J., Ranjard L., Maron P.-A. (2012). Influence of microbial diversity on soil organic carbon dynamics highlighted by a 13C-labelling technique. "Joint European Stable Isotope Users Group Meeting JESIUM 2012." Leipzig, Allemagne, 2-7 septembre 2012. p.115 (communication orale, résumé).

COM104 Guillemin J.P., Gasquez J., Gauvrit C., Chauvel B. (2012). Historique des herbicides en France depuis la seconde guerre mondiale. 42e Congès du Groupe Français des Pesticides, Poitiers, France, 30 mai-1 juin 2012. p.54 (communication orale).

COM105 Hartmann A. (2012). Prévalence et circulation de pathogènes humains et de bactéries résistantes aux antibiotiques dans l'environnement. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.4 (communication orale, résumé, film).

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COM106 Hayek S., Alaux P.-L., Grosch R., Gianinazzi-Pearson V., Franken P. (2012). Establishment of Petunia hybrida as model for studying mycorrhiza-induced resistance. "12th World Petunia Days." Erfurt, Allemagne, 18-21 mars. p.21 (communication orale, résumé).

COM107 Kelloniemi J.-P., Trdá L., Heloir M.C., Trouvelot S., Poinssot B. (2012). Transcriptomes of compatible and non-compatible gray mold/grapevine interactions compared in search of resistance factors. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. (communication orale, résumé).

COM108 Koegel S., Ait Lahmidi N., Arnould C., Boller T., Wipf D., Wiemken A., Courty P.E. (2012). SbAMT3;1 et SbAMT4: deux transporteurs d'ammonium du Sorgho induits localement lors de la mycorhization. "Journées francophones mycorhizes, 3ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.17 (communication orale, résumé).

COM109 Koegel S., Ait Lahmidi N., Arnould C., Walder F., Ineichen K., Boller T., Wipf D., Wiemken A., Courty P.E. (2012). Expression of Sorghum bicolor ammonium transporters upon colonization with arbuscular mycorrhizal fungi. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.7 (communication orale, résumé).

COM110 Koen E., Brulé D., Boni G., Wendehenne D., Besson-Bard A. (2012). The plant resistance inducer β-aminobutyric acid (BABA) induces an iron deficiency response in A. thaliana. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.5 (communication orale, résumé).

COM111 Lejeune-Hénaut I., Lecomte C. (2012). Résistance au gel. Conditions d'acclimatation au froid. "Agrophysiologie des protéagineux. Mise à jour des connaissances" Paris, France, 7 décembre 2012. 24p. (communication orale, slides).

COM112 Lemanceau P. (2012). Continuum microbiologique: homme - environnement - alimentation (présentation de l’axe et de son périmètre). "Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012 (communication orale, slides, film).

COM113 Lichtfouse E., Hamelin M. (2012). L’INRA au colloque de l’Association Européenne des Editeurs Scientifiques. "Présentation de retour sur le colloque européen de l'édition scientifique 'Editing in the Digital World' à Tallin en Estonie en juin 2012 à la réunion de la Direction de la Valorisation - Revues INRA/Springer." Paris, France, 10 juillet 2012 (communication orale, slides).

COM114 Lichtfouse E., Hamelin M., Lelièvre V., Aventurier P. (2012). Cows do not eat publications. Congrès EASE, 11th General Assembly and Conference ‘Editing in the Digital World’. Tallinn, Estonie, 8-10 juin 2012 (communication orale, résumé).

COM115 Larmure A., Burstin J., Munier-Jolain N., Dürr C., Wagner M.-H., Ducournau S., Biarnès V.,Chaillet I. (2012). Fortes températures : conséquences sur le rendement, la composition et la germination des graines. "Agrophysiologie des protéagineux. Mise à jour des connaissances" Paris, France, 7 décembre 2012.14p. (communication orale, power-point).

COM116 Lecomte C. (2012). Diagnostic des facteurs limitants et évaluation des tolérances variétales. "Agrophysiologie des protéagineux. Mise à jour des connaissances" Paris, France, 7 décembre 2012. 29p. (communication orale, power-point).

COM117 Liu Y.B., Wei W., Tang Z.X., Stewart C.N.Jr, Ma K.P., Darmency H. (2012). Impact of transgenic insect resistance in introgressed wild Brassica populations. "VI International Weed Science Congress". Hangzhou, Chine, 17-22 juin 2012 (communication orale, résumé).

COM118 Marget P. (2012). La bruche de la féverole. "Agrophysiologie des protéagineux. Mise à jour des connaissances" Paris, France, 7 décembre 2012.13p. (communication orale, power-point).

COM119 Martinez Q., Paul C., Chauvel B. (2012). Création et rôle de l'Observatoire de l'ambroisie. IIème Colloque Européen des acteurs et décideurs de la lutte contre l’ambroisie. Lyon, France, 29-30 mars 2012. p.54 (communication orale, résumé).

COM120 Masquelier S., Wipf D., Gianinazzi S. (2012). Advances in in vitro culture of AM fungi. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.15 (communication orale, résumé).

COM121 Merlin C., Heraud C., Devers-Lamrani M., Steinberg C., Martin-Laurent F. (2012). Isolation of fungal isolates from french west indies soil contaminated with chlordecone: evidence for chlordecone tolerance and potential biodegrading ability. "The international conference 2012 Contaminated Site Management in Europe CSME Sustainable Approaches to Remediation of Contaminated Land in Europe SARCLE." Nancy, France, 22-24 octobre 2012. p.20-21 (communication orale, résumé).

COM122 Merlin C., Heraud C., Devers-Lamrani M., Steinberg C., Martin-Laurent F. (2012). Isolement de champignons d’un andosol de Guadeloupe contaminé à la chlordécone: caractérisation de leurs tolérances. "42e Congrès du Groupe Français des Pesticides." Poitiers, France, 30 mai-1er juin 2012 (communication orale, résumé).

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COM123 Molinier V. (2012). Identification et développement de marqueurs microsatellites polymorphes chez Tuber aestivum (syn. uncinatum) par une approche de pyroséquençage. "1ère journée des doctorants de l’UMR Agroécologie." Dijon, France, 12 mars 2012 (communication orale).

COM124 Molinier V., Murat C., Morin E., Gollotte A., Wipf D., Martin F. (2012). First identification of polymorphic microsatellite markers in the Burgundy truffle, Tuber aestivum (Tuberaceae). "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.12 (communication orale, résumé).

COM125 Petit M.S., Challan-Belval C., Blosseville N., Blancard S., Castel T., Lecomte C., Duc G. (2012). Un exemple de gestion de systèmes de polyculture élevage à l’échelle de territoires : le cas des protéagineux et de l’élevage de monogastriques en Bourgogne. In "Associer productions animales et végétales pour des territoires agricoles performants, CIAG". Poitiers, France, 25 octobre 2012. p.135-157 (communication orale, article).

COM126 Peyret-Guzzon M., Mansuy C., Stockinger H., Redecker D. (2012). Studies of the population structure of the arbuscular mycorrhiza fungus Rhizophagus irregularis. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.11-12 (communication orale, résumé).

COM127 Poignavent G., Wipf D., Gallardo K. (2012). Une fonction distincte du transporteur de sulfate SULTR3;5 selon la source d’azote chez Medicago truncatula. "18ème forum des jeunes chercheurs." Besançon, France, 6-7 septembre 2012. (communication orale, résumé).

COM128 Poinssot B., Kelloniemi J.-P., Antal Z., Bruel C., Cimerman A., Daire X., Dalmais B., Fermaud M., Frettinger P., Gagey M.-J., Heloir M.C., Poussereau N., Pradier J.M., Rascle C., Roudet J., Simon A., Trouvelot S., Vallet J., Baillieul F., Choquer M., Viaud M. (2012). SafeGrape - Genomic of the grapevine - pathogen interactions: Botrytis cinerea virulence factors & molecular mechanisms of induced resistance. "Plant Genomics seminar." Pont-Royal-en-Provence, France, 3-5 avril 2012. (communication orale, slides).

COM129 Prudent M. (2012). Réponse du pois de printemps au stress hydrique. "Agrophysiologie des protéagineux. Mise à jour des connaissances" Paris, France, 7 décembre 2012. 21p. (communication orale, power-point).

COM130 Pugin A., Poinssot B., Trouvelot S., Adrian M., Daire X. (2012). Oligosaccharide-triggered plant immunity and plant protection. "The First World Congress on Biostimulants in Agriculture." Strasbourg, France 26-29 novembre 2012. (communication orale).

COM131 Redecker D. (2012). Applications biotechnologiques des mycorhizes. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.39 (communication orale, résumé).

COM132 Redecker D., Börstler B., Thiéry O., Peyret-Guzzon M., Mansuy C., Stockinger H. (2012). Elucidating the population structure of the ubiquitous arbuscular mycorrhizal fungal species Rhizophagus irregularis: implications for fungal community assembly. "First Joint Congress on Evolutionary Biology." Ottawa, Ontario, Canada, 6-10 juillet 2012. (communication orale).

COM133 Siegel K., Aimé S., Raaijmaakers J., Deboer W., Lemanceau P., Steinberg C. (2012). Search for indicators of soil suppressiveness to soil-borne diseases: functional genomics approach. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.13 (communication orale, résumé).

COM134 Sozzi T., Gianinazzi N., Molan P., Gollotte A., Tiradani L., Dieffenbach R., Gianinazzi S., Gianinazzi-Pearson V., Walters D., Carlen C., Camps Z., Susek A., Batchvarova R., Kondakova V., Massardier P., Brosse C., Loisy J.L. (2012). QualiRedFruits: A European effort to develop new agricultural practices for quality production for red fruits enriched in healthy compounds. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.14 (communication orale, résumé).

COM135 Stockinger H., Bouffaud M.-L., Peyret-Guzzon M., van Tuinen D., Redecker D. (2012). Diversité des champignons mycorhizogènes à arbuscules (Glomeromycota) dans des systèmes agricoles analysée par pyroséquençage. "Journées francophones mycorhizes, 3ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.28 (communication orale, résumé).

COM136 Tardy V., Maron P.-A., Ranjard L., Lévêque J., Mathieu O., Lemanceau P. (2012). Erosion of biodiversity affects the stability of soil microbial communities. "4th International Congress Eurosoil 2012-Soil science for the benefit of mankind and environment." Bari, Italie, 2-6 juillet 2012. p.576 (communication orale, résumé).

COM137 Terrat S., Dequiedt S., Christen R., Bachar D., Lelièvre M., Regnier T., Nowak V., Plassart P., Wincker P., Lemanceau P., Maron P.-A., Mougel C., Ranjard L. (2012). Apport des nouvelles générations de séquençage pour accéder à la diversité et la richesse des communautés microbiennes de sols issus d'échantillonnage de grande ampleur. "Ecole Thématique Expert Génomique Environnementale ETEGE." Aussois, France, 23-27 avril 2012 (communication orale, résumé).

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COM138 Terrat S., Christen R., Dequiedt S., Mougel C., Lelièvre M., Maron P.A., Plassart P., Wincker P., Cruaud C., Jolivet C., Arrouays D., Bispo A., Lemanceau P., Ranjard L. (2012). Influence of Soil DNA Extraction Procedure to Assess Bacterial Diversity using Pyrosequencing of 16S rDNA. "NENUN ISME workshop: Extraction of microbial DNA & RNA in environmental samples." Copenhague, Danemark, 22 août 2012 (communication orale, résumé).

COM139 Thompson R. (2012). L’avenir des légumineuses dans l’alimentation humaine : enjeux dans un nouveau contexte. "Workshop L'avenir des légumineuses dans l'alimentation humaine" Dijon, France, 15-16 novembre 2012. (communication orale, slides, film).

COM140 Thomson B., Bailey M., Plassart P., Lemanceau P., Ranjard L., Griffiths R. (2012). Effects of land use intensity on european soil bacterial, fungal and archaeal communities. "4th International Congress Eurosoil 2012-Soil science for the benefit of mankind and environment." Bari, Italie, 2-6 juillet 2012. p.573 (communication orale, résumé).

COM141 Trichard A., Alignier A., Petit S., Chauvel B. (2012). Effet de l’adoption du semis direct sous couvert sur la composition des communautés adventices. "Colloque ECOVEG 8, Ecologie des Communautés Végétales." Nancy, France, 28-30 mars 2012 (communication orale, résumé).

COM142 Vincent F., Bon F., Sautour M., L'Ollivier C., Goyer M., Lopez Alayon C., Albac S., Charles P.-E., Croisier D., Hartmann A., Bonnin A., Dalle F. (2012). Adaptation de Candida albicans dans les tissus humains : du commensalisme à la pathogénicité. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.20 (communication orale, résumé).

COM143 Voisin A.S. (2012). Analyse et modélisation de la nutrition azotée chez le pois. "Agrophysiologie des protéagineux. Mise à jour des connaissances" Paris, France, 7 décembre 2012.45p. (communication orale, power-point).

8. Communications par affiche dans un congrès international ou national

2014 AFF1 Arnould C., Brulé D., Geay L., Koegel S., Courty P.-E., Wipf D. (2014). Photosynthesis mediates

expression of Sorghum bicolor transporters in arbuscular mycorrhizal symbiosis. "The first international Symposium on Microgenomics in France and Europe." Paris, France, 15 au 16 mai 2014. (affiche, résumé).

AFF2 Arnould C., Lucchi G., Simon E., Leclere L., Buteau B., Pecqueur D., Truntzer C., Ducoroy P., Lherminier J., Bretillon L. (2014). Proteomic analysis of sub-retinal deposits in age-related macular degeneration. "The first international Symposium on Microgenomics in France and Europe." Paris, France, 15 au 16 mai 2014. (affiche, résumé).

AFF3 Causse R., Chauvel B., Délye C., Karrer G., Kolseth A.-K., Kropf M., Le Corre V., Meimberg H., Scalone R., Taller J. (2014). Population genetics on Ambrosia genus: past, present and future. "4th International Symposium – Environmental weeds and invasive plants." Montpellier, France, 19-23 mai 2014. p.169. (affiche, résumé).

AFF4 Chauvel B., Martinez Q., Barbaz C. (2014). Growth and development of Ambrosia artemisiifolia L. under different trophic conditions. "4th International Symposium – Environmental weeds and invasive plants." Montpellier, France, 19-23 mai 2014. p.164. (affiche, résumé).

AFF5 Cordeau S., Dessaint F., Meunier D., Munier-Jolain N.M. (2014). Contrasted integrated weed management systems reduce reliance on herbicides and lead to various dynamics of weed communities. "XIIIth ESA (European Society for Agronomy) congress" Debrecen, Hongrie, 25-29 août 2014. In "Book of abstracts." p.307-308. (affiche, résumé étendu).

AFF6 Damour G., Meynard C., Achard R., Tardy F., Dorel M. (2014). A trait-based method to choose cover plants the best adapted to a cropping system. "XIIIth ESA (European Society for Agronomy) congress." Debrecen, Hongrie, 25-29 août 2014. In "Book of abstracts." p.345-346. (affiche, résumé étendu).

AFF7 Deytieux V., Hirschy M., Petit M.-S., Schaub A., Munier-Jolain N.M., Caneill J. (2014). Identification of sustainable cropping systems with high multi-sector performances. "XIIIth ESA (European Society for Agronomy) congress" Debrecen, Hongrie, 25-29 août 2014. In "Book of abstracts." p.151-152. (affiche, résumé étendu).

AFF8 Doisy D., Colbach N., Roger-Estrade J., Médiène S. (2014). Modelling crop rotation including temporary grasslands for weed management. "XIIIth ESA (European Society for Agronomy) congress" Debrecen, Hongrie, 25-29 août 2014. In Book of abstracts. p.205-206. (affiche, résumé étendu).

AFF9 Domeignoz-Horta L. (2014). Ecologie des bactéries dénitrifiantes du sol en relation avec les émissions de N2O. In "3ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 24 mars 2014. (affiche).

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AFF10 Duchazaubeneix S. (2014). Le paysage agricole: un levier d’action pour promouvoir la prédation des graines d’adventices par les carabidés. In "3ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 24 mars 2014. (participation à manifestation de communication, poster).

AFF11 Fernandez O., Trdá L., Boutrot F., Heloir M.-C., Kelloniemi J., Daire X., Adrian M., Clément C., Zipfel C., Poinssot B., Dorey S. (2014). Characterization of the role of flagellin in the innate immunity triggered by the endophytic pgpr burkholderia phytofirmans in arabidopsis and grapevine. "XVI International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions (XVI IS-MPMI)." Rhodes, Grèce, 6-10 juillet 2014.

AFF12 Gaba S., Strbik F., Gaujour E., Bretagnolle F., Coffin A., Cordeau S., Dessaint F., Fried G., Gard B., Gardarin A., Gibot-Leclerc S., Guillemin J.-P., Matejicek A., Moreau D., Louviot G., Perronne R., Reboud X. (2014). Weed-DATA Base de données ‘Traits’ des plantes adventices des agroécosystèmes. "10e congrès francophone d’écologie des communautés végétales ECOVEG 10 : Ecologie des Communautés Végétales". Lyon, France, 9-11 avril 2014. p.14. (affiche)

AFF13 Hamelin M., Lichtfouse E. (2014). Social media to promote the journal agronomy for sustainable development. "Cinquièmes Journées Médici 2014" Strasbourg, France, 7-9 avril 2014.

AFF14 Lechenet M., Bretagnolle V., Bockstaller C., Boissinot F., Petit M.-S., Petit S., Munier-Jolain N. (2014). Reconciling pesticide reduction with economic and environmental sustainability in arable farming. In "3ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 24 mars 2014. (participation à manifestation de communication, poster).

AFF15 Lecomte C., Edel-Hermann V., Langlois A., Alabouvette C., Robert F., Steinberg C. (2014). Fusarium oxysporum f. sp. cyclaminis: Identification of specific molecular markers for improved disease prevention. "The XIII Meeting of the IOBC Working Group Biological control of fungal and bacterial plant pathogens, Biocontrol of Plant Diseases: “From the field to the laboratory and back again”." Uppsala, Suède, 15-18 juin 2014. (affiche, extended abstract, résumé).

AFF16 Lecomte C., Edel-Hermann V., Langlois A., Gautheron N., Alabouvette C., Robert F., Steinberg C. (2014). Diversité génétique au sein de la forme spéciale cyclaminis de Fusarium oxysporum et recherche d’un marqueur spécifique. "Journées Jean Chevauchon 2014 (JJC) - 10èmes Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Société Française de Phytopathologie (SFP)." Aussois, France, 27-31 janvier 2014. (affiche, résumé).

AFF17 Legras O., Ubertosi M., Brûlebois E., Amiotte-Suchet P., Rossi A., Castel T., Richard Y., Brayer J.-M., Doney C., Pinson S., Sollsteiner P., Toussaint H. (2014). Évolution du bilan hydrique à l'échelle de bassins versants en contexte de changement climatique – mise place d’une méthodologie. "27ème colloque de l'Association Internationale de Climatologie (AIC)." Dijon, France, 2-5 juillet 2014. (affiche, résumé). p.454.

AFF18 Louargant M. (2014). Proxi-détection des adventices par imagerie aérienne. In "3ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 24 mars 2014. (participation à manifestation de communication, poster).

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AFF29 Mikić A., Smýkal P., Kenicer G.J., Vishnyakova M., Sarukhanyan N., Akopian J., Vanyan A., Gabrielyan I., Smýkalová I., Sherbakova E., Zorić L., Atlagić J., Zeremski-Škorić T., Ćupina B., Krstić ð., Jajić I., Antanasović S., ðorñević V., Mihailović V., Ivanov A., Ochatt S., Ambrose M. (2013). Beauty will save the world, but will the world save beauty? The case of highly endangered Vavilovia formosa (Stev.) Fed. "First Legume Society Conference 2013: A Legume Odyssey." Novi Sad, Serbie, 9-11 mai 2013. p.33 (affiche, résumé).

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AFF35 Rodriguez A., Philippe P., Bardet O., Chondroyannis P., S. H., J. C., Garreta D., James D., Guillemin J.-P., Darmency H., Chardès M. (2013). Segetal plant conservation in arable fields: functional role, farmers’ perception and farming systems. "16th European Weed Research Society Symposium." Samsun, Turquie, 24-27 juin 2013. (affiche, résumé).

AFF36 Sanchez L., Varnier A.-L., Courteaux B., Vatsa P., Garcia-Brugger A., Rabenoelina F., Pugin A., Clément C., Baillieul F., Dorey S. (2013). Caractérisation du mode d’action des rhamnolipides dans la défense des plantes et l’induction d’une résistance contre des agents phytopathogènes biotrophes et nécrotrophes. In "Première Rencontre du Nouveau Réseau Vigne et Vins Septentrional Colloque RVVS 2013". Colmar, France, 1-2 juillet 2013. (affiche, résumé).

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AFF39 Steimetz E., Echairi A., Trouvelot S., Poinssot B., Chiltz A., Guillier C., Bernaud E., Klinguer A., Heloir M.C., Daire X., Adrian M. (2013). Induced resistance as a strategy for vineyard protection. "Première Rencontre du Nouveau Réseau Vigne et Vins Septentrional Colloque RVVS 2013." Colmar, France, 1-2 juillet 2013. p.83 (affiche, résumé).

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AFF42 Terrat S., Plassart P., Bourgeois E., Ferreira S., Lelièvre M., Regnier T., Nowak V., Dequiedt S., Lemanceau P., Maron P.A., Ranjard L. (2013). Optimisation de la procédure d'extraction d'ADN des sols pour caractériser la diversité microbienne tellurique par le pyroséquençage des gènes ribosomiques. "VIème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM) "Microbiologie environnementale : du gène à l’écosystème". Parent, France, 22-25 octobre 2013. p.37 (affiche, résumé).

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AFF44 Trapet P. (2013). Establishment of tools for investigating pyoverdine impact on iron homeostasis and plant defense responses. In "2ème journée des doctorants de l’UMR1347 Agroécologie". Dijon, France, 18 mars 2013. (participation à manifestation de communication, poster).

AFF45 Trda L., Boutrot F., Perrin M., Schmitt C., Masson J., Kelloniemi J.-P., Daire X., Zipfel C., Poinssot B. (2013). Identification of the VvFLS2 grapevine flagellin receptor by a functional genomics strategy. "Première Rencontre du Nouveau Réseau Vigne et Vins Septentrional Colloque RVVS 2013." Colmar, France, 1-2 juillet 2013. p.86 (affiche, résumé).

AFF46 Wipf D., Gallardo K., Casieri L. (2013). Role of the arbuscular mycorrhizal symbiosis on S-uptake and S-starvation resistance in Medicago truncatula. "First Legume Society Conference 2013: A Legume Odyssey." Novi Sad, Serbie, 9-11 mai 2013. p.280 (affiche, résumé).

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2012 AFF48 Abdallah C., Renaut J., Valot B., Zivy M., Recorbet G., Wipf D., Dumas-Gaudot E. (2012). Label-

free 1-DE-LC-MS/MS to identify arbuscular mycorrhiza-related membrane proteins. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. (affiche, résumé).

AFF49 Ait Lahmidi N., Casieri L., Bonneau L., Lingua G., Berta G., Wipf D. (2012). Identification de transporteurs de sucres marqueurs de la mycorhize à arbuscules. "Journées francophones mycorhizes, 3ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.52 (affiche, résumé).

AFF50 Ait Lahmidi N., Todeschini V., Casieri L., Bonneau L., Lingua G., Arnould C., Berta G., Wipf D. (2012). Identification of sugar transporters in arbuscular mycorrhiza, from basic to applied science. "4èmes Journées Doctorants INRA SPE." Toulouse, france, 20-22 juin 2012. (participation à manifestation de communication, affiche, résumé).

AFF51 Albac S., Bonnin A., Dalle F., Vincent F., Bon F., Croisier-Bertin D., Da Silva S., Hayez D. (2012). Mise en place d'un modèle in vivo de colonisation digestive stable à C. Abicans chez la souris immunocompétente. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.12 (affiche, résumé).

AFF52 Alignier A., Ricci B., Petit S. (2012). Prédire l'occurrence des espèces adventices: quelles échelles de temps et d'espace? "ECOVEG 8, Ecologie des Communautés Végétales." Nancy, France, 28-30 mars 2012 (affiche, résumé).

AFF53 Arnould C., Koegel S., Geavy L., Kälin M., Henri C., Wipf D., Dumas-Gaudot E., Courty P.E. (2012). La microdissection laser: une technique d'analyse du profil d'expression génique et protéique des types cellulaires spécifiques de la symbiose mycorhizienne à arbuscules. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. (affiche, résumé).

AFF54 Arnould C., Koegel S., Geay L., Kälin M., Henri C., Wipf D., Dumas-Gaudot E., Courty P.E. (2012). La microdissection laser: une technique d’analyse du profil d’expression génique et protéique des types cellulaires spécifiques de la symbiose mycorhizienne à arbuscules. "Journées francophones mycorhizes, 3ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.53 (affiche, résumé).

AFF55 Bastian F., Mathieu O., Houdusse F., Fuentes M., Garcia-Mina Jose M., Lévêque J., Yvin J.C., Maron P.A., Lemenager D. (2012). Evaluation of the addition of fertilizing component on microbial communities and decomposition of organic matter in soil. "European Geosciences Union General Assembly 2012." Vienne, Autriche, 22-27 avril 2012 (affiche, résumé).

AFF56 Bastian F., Mathieu O., Houdusse F., Fuentes M., Garcia Mina Jose M., Lévêque J., Yvin J.C., Maron P.A., Lemenager D. (2012). Evaluation de l’effet d’un complément de fertilisation sur les communautés microbiennes et la décomposition des matières organiques dans le sol. "Journées d’études des sols : Le sol face aux changements globaux." Versailles, France, 19-23 mars 2012 (affiche, résumé).

AFF57 Boissinot F., Mézière D., Bretagnolle V., Munier-Jolain N. (2012). L’intégration d’une luzerne de 3 ans dans la rotation: un atout agronomique, économique et environnemental! "Journée Technique Grandes Cultures Biologiques ITAB-ARVALIS Institut du végétal." Villarceaux, France, 13 juin 2012. p.51-52. (affiche, résumé).

AFF58 Casieri L., Gallardo K., Wipf D. (2012). Role of the AM interaction on S-uptake and S-starvation resistance in Medicago truncatula. "First Molecular Mycorrhiza Meeting." Munich, Allemagne, 6-7 septembre 2012. p.67. (affiche, résumé).

AFF59 Coffin A., Gaba S., Chauvel B. (2012). Stratégie d’échantillonnage de la flore des bordures herbacées des parcelles cultivées. «Le réveil du Dodo IV - 4ème journées francophones des sciences de la conservation». Dijon, France, 2-4 mai 2012. p.80 (affiche, résumé).

41

AFF60 Colbach N., Granger S., Guyot S., Mézière D., Darmency H. (2012). Changing agricultural practices modifies the species and trait composition of the weed flora. A simulation study using a model of cropping system effects on weed dynamics. "6th International Weed Science Congress." Hangzhou, Chine, 17-22 juin 2012 (affiche, résumé).

AFF61 Constancias F., Chemidlin Prévost-Bouré N., Dequiedt S., Nowak V., Guillemin J.-P., Biju-Duval L., Ranjard L. (2012). Is there a microbial sub alpha-diversity at soil microscale? "4th International Congress Eurosoil 2012-Soil science for the benefit of mankind and environment." Bari, Italie, 2-6 juillet 2012. p. 2241. (affiche, résumé).

AFF62 Cortet J., Abonnel F., Begin J.-C., Béguet J., Bouchard A., Charissou A.-M., Chenot E.-D., Cluzeau D., Colin S., Hafeez F., Hedde M., Martin-Laurent F., Paris T., Piron D., Rakoto A., Schwartz C., Watteau F. (2012). Les épandages de déchets modifient-ils la qualité biologique des sols agricoles à long terme ? Résultats du programme VADEBIO. "11èmes Journées d'Etudes des Sols." Versailles, France, 19-23 mars 2012 (affiche, résumé).

AFF63 Dequiedt S., Lelièvre M., Maron P.-A., Mougel C., Morin F., Terrat S., Faivre C., Lemanceau P., Ranjard L. (2012). Plateforme GenoSol: une structure logistique d'appui à la recherche sur la microbiologie des sols et de l'environnement. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.29 (affiche, résumé).

AFF64 Fried G., Chauvel B. (2012). Predicting the potential global range of common ragweed (Ambrosia artemisiifolia) using biologically informed and correlative species distribution models. IInd International Ragweed Conference. Lyon, France, 28-29 mars 2012 (affiche, résumé).

AFF65 Gard B., Fanjas-Mercère T., Laitung B., Bretagnolle F. (2012). Characterisation of phenotypic plasticity in seedling stage of native and invasive populations in Ambrosia artemisiifolia L. "NEOBIOTA 2012 - 7th European Conference on Invasive Alien Species - Halting Biological Invasions in Europe: from Data to Decisions." Pontevedra, Espagne, 12-14 septembre 2012 (affiche, résumé).

AFF66 Goyer M., Bonnin A., Dalle F. (2012). Role of tight junctions during invasion of the intestinal cell line caco-2 by candida albicans. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.13 (affiche, résumé).

AFF67 Hafeez F., Martin-Laurent F., Spor A., Breuil M.-C., Schwartz C., Philippot L. (2012). Technosols to reclaim industrial wastelands: depth distribution of abundance and activity of N-cycling microbial communities. "4th International Congress Eurosoil 2012-Soil science for the benefit of mankind and environment". Bari, Italie, 2-6 juillet 2012. p.2433 (affiche, résumé).

AFF68 Hafeez F., Martin-Laurent F., Béguet J., Bru D., Cortet J., Schwartz C., Morel J.-L., Philippot L. (2012). Taxonomic and Functional Characterization of Microbial Communities in Technosols Constructed for Reclamation of a Contaminated Industrial Wasteland. "8th International Soil Science Congresse "Land Degradation and Challenges in Soil Management"." Izmir, Turquie, 15-17 mai 2012 (affiche, résumé).

AFF69 Hamelin M., Lichtfouse E. (2012). The success of Agronomy for Sustainable Development: from IF 0.566 rank 29/53 to IF 2.9 rank 4/75. Congrès EASE, 11th General Assembly and Conference ‘Editing in the Digital World’. Tallinn, Estonie, 8-10 Juin 2012 (affiche, résumé).

AFF70 Hartmann A., Depret G., Bardet E., Neuwirth C., Bollache L. (2012). Prevalence of CTX-M producing E. coli strains in a french river: occurrence in biofilm and fauna (invertebrates and pisces). "3rd ASM Conference on Antimicrobial Resistance in Zoonotic Bacteria and Foodborne Pathogens in Animals, Humans, and the Environment." Aix-en-Provence, France, 26-29 juin 2012 (affiche, résumé).

AFF71 Husson C., Aguayo J., Revellin C., Marçais B., Frey P. (2012). New hypothesis on the ploidy of the hybrid species Phytopthora alni subsp. alni. "6th IUFRO Meeting Working Party 7.02.09 “Phytophthora in Forests and Natural Ecosystems”." Cordoue, Espagne, 9-14 september 2012. p.120-121. (affiche, résumé).

AFF72 Jones C., Graf D., Bru D., Philippot L., Hallin S. (2012). Insights into the unexplored diversity of the nitrous oxide reducing microbial community. "14th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14)." Copenhague, Danemark, 19-24 aout 2012 (affiche, résumé).

AFF73 Koegel S., Arnould C., Boller T., Wipf D., Wiemken A., Courty P.E. (2012). Expression of Sorghum bicolor ammonium transporters upon colonization with arbuscular mycorrhizal fungi. "3rd Swiss Arbuscular Mycorrhiza Meeting." Fribourg, Suisse, 15 juin 2012 (affiche, résumé).

AFF74 Legrand C., Louviot G., Coffin A., Bleomelen A., Chauvel B., Gaba S. (2012). Valeur écologique de la flore adventice des bordures de champ pour les pollinisateurs. "Le réveil de Dodo IV. 4èmes journées francophones des sciences de la conservation." Dijon, France, 2-4 mai 2012 (affiche, résumé).

AFF75 Li Kim Khiook I. (2012). Impact of environmental factors on grapevine physiology and responsiveness to elicitor-induced resistance against Plasmopara viticola. In "4ième Journées des

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Doctorants SPE". Toulouse, France, 20-22 juin 2012. (participation à manifestation de communication, affiche, résumé).

AFF76 Locatelli A., Spor A., Piveteau P., Hartmann A. (2012). Influence of abiotic and biotic soil characteristics on Listeria monocytogenes survival in the environment. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.22 (affiche avec présentation orale, résumé, film "Présentation de 6 posters sélectionnés sur le thème 2 : Adaptation - biodiversité").

AFF77 López Alayón C., Bonnin A., Dalle F. (2012). Development of an improved in vitro model of human intestinal follicle associated epithelia to study cellular and molecular interactions of Candida albicans with M cells. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. (affiche, résumé).

AFF78 López Alayón C., Albac S., Sautour M., Dalle F. (2012). Development of an improved in vitro model of human intestinal follicle associated epithelia to study cellular and molecular interactions of Candida albicans with M cells. "8th European Mucosal Immunology Group (EMIG) meeting" Dublin, Irlande, 10-13 octobre 2012. (affiche, résumé).

AFF79 Marhan S., Keil D., Regan K., Niehörster J., Niklaus P.A., Kammann C., Philippot L., Poll C., Kandeler E. (2012). Impacts of climate change on N-cycling microorganisms in soil. "14th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14)." Copenhague, Danemark, 19-24 aout 2012 (affiche, résumé).

AFF80 Meddad-Hamza A., Beddiar A., Gianinazzi S. (2012). Les mycorhizes de l'olivier (Olea europaea L.). Aspects écologiques, effet sur la croissance et exploitation en pépinière. "Journées francophones mycorhizes, 3ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.76 (affiche, résumé).

AFF81 Millot D., Bridet-Guillaume F., l’Hostis D., Baranger A., Buitink J., Jeuffroy M.H., Magrini M.B., Tivoli B., Duc G. (2012). 2000-2009 Publication metrics reveal world trends of grain legume research. Congrès EASE, 11th General Assembly and Conference ‘Editing in the Digital World’. Tallinn, Estonie, 8-10 Juin 2012 (affiche, résumé).

AFF82 Molinier V., Murat C., Morin E., Wincker P., Gollotte A., Martin F., Wipf D. (2012). Genetic diversity of Tuber aestivum / uncinatum "ALPHY Meeting." Banyuls sur Mer, France, 19-21 mars 2012. p.20 (affiche, résumé).

AFF83 Morandi D., Bonneau L., Potin S., Balzergue S., van Tuinen D., Truong H.N. (2012). Caractérisation de la réponse au phosphate du mutant hypermycorhizien B9 de Medicago truncatula. "Journées francophones mycorhizes, 3ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.59 (affiche, résumé).

AFF84 Negrel J., Javelle F., Morandi D. (2012). Mise en évidence d’une activité caféoyltransférase chlorogénate-dépendante dans les racines de tomate mycorhizées. "Journées francophones mycorhizes, 3ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.60 (affiche, résumé).

AFF85 Pauchard L.-A., Charles P.-E., Bruyère R. (2012). Impact de la modulation de la réponse inflammatoire pulmonaire et systémique de l’hôte médiée par TLR2 dans un modèle animal de pneumopathie acquise sous ventilation mécanique à Staphylococcus aureus. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.45 (affiche avec présentation orale, résumé).

AFF86 Peyret-Guzzon M., Mansuy C., Stockinger H., Redecker D. (2012). Structuration et diversité des communautés et populations de champignons mycorhizogènes à arbuscules (Glomeromycota) à différentes échelles. "Journées francophones mycorhizes, 3ième édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.79 (affiche, résumé).

AFF87 Plassart P., Terrat S., Griffiths R.I., Thomson B., Lelièvre M., Regnier T., Bailey M., Dequiedt S., Mougel C., Lemanceau P., Ranjard L. (2012). Vers une optimisation de la procédure d’extraction d’ADN des sols pour caractériser la diversité microbienne tellurique par le pyroséquençage des gènes ribosomiques. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.34 (affiche, résumé).

AFF88 Plassart P., Terrat S., Thomson B., Griffiths R., Dequiedt S., Lelièvre M., Regnier T., Nowak V., Bailey M., Lemanceau P., Bispo A., Chabbi A., Maron P.-A., Mougel C., Ranjard L. (2012). Evaluation of the ISO standard 11063 “Soil DNA Extraction Procedure” for Assessing Microbial Abundance and Community Structure. "14th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14)." Copenhague, Danemark, 19-24 août 2012 (affiche, résumé).

AFF89 Ragon M., Guyot S., Perrier-Cornet J.M., Hartmann A., Gervais P. (2012). Survie et/ou réactivation de microorganismes du sol sous hautes pressions gazeuses. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.11 (affiche, résumé).

AFF90 Sadet-Bourgeteau S., Philippeau C., Lelièvre M., Julliand V. (2012). Comparaison de la structure bactérienne du caecum, du colon et des fèces équin par ARISA (Automated Ribosomal Intergenic

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Spacer Analysis). "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.27 (affiche, résumé).

AFF91 Siegel K. (2012). Impact of environmental factors on grapevine physiology and responsiveness to elicitor-induced resistance against Plasmopara viticola. In "4ième Journées des Doctorants SPE". Toulouse, France, 20-22 juin 2012. (participation à manifestation de communication, affiche, résumé).

AFF92 Simon A., Kelloniemi J.-P., Cimerman A., Dalmais-Lenaers B., Morgant G., Schumacher J., Pradier J.M., Le Pecheur P., Roudet J., Fermaud M., Tudzynski B., Tudzynski P., Poinssot B., Viaud M. (2012). Transcriptomes of Botrytis cinerea. "XV International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions." Kyoto, Japon, 29 juillet-2 août 2012. (affiche).

AFF93 Steimetz E., Echairi A., Trouvelot S., Poinssot B., Heloir M.C., Adrian M., Daire X. (2012). Induced resistance as a strategy for vineyard protection. "IXth International Congress of Vitivinicultural Terroirs." Dijon, France, 25-29 juin 2012. (affiche).

AFF94 Steimetz E., Echairi A., Trouvelot S., Poinssot B., Chiltz A., Guillier C., Bernaud E., Klinguer A., Heloir M.C., Adrian M., Daire X. (2012). Induced resistance as a strategy for vineyard protection. "The Natural Products and Biocontrol Congress." Perpignan, France, 19-21 septembre 2012. (affiche).

AFF95 Tardy V., Mathieu O., Lévêque J., Lemanceau P., Ranjard L., Maron P.-A. (2012). L'assurance écologique est-elle applicable aux communautés microbiennes telluriques ? "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.21 (affiche avec présentation orale, résumé, film "Présentation de 6 posters sélectionnés sur le thème 2 : Adaptation - biodiversité").

AFF96 Terrat S., Plassart P., Christen R., Dequiedt S., Regnier T., Lelièvre M., Nowak V., Lemanceau P., Maron P.-A., Mougel C., Ranjard L. (2012). Optimisation du pyroséquençage haut-débit pour caractériser la diversité taxonomique des communautés bactériennes des sols. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.24 (affiche avec présentation orale, résumé, film "Présentation de 6 posters sélectionnés sur le thème 2 : Adaptation - biodiversité").

AFF97 Terrat S., Plassart P., Christen R., Dequiedt S., Lelièvre M., Nowak V., Regnier T., Wincker P., Lemanceau P., Maron P.A., Mougel C., Ranjard L. (2012). Optimisation du pyroséquençage haut-débit pour caractériser la diversité taxonomique des communautés bactériennes des sols. "Ecole Thématique Expert Génomique Environnementale ETEGE." Aussois, France, 23-27 avril 2012 (affiche, résumé).

AFF98 Terrat S., Dequiedt S., Bachar D., Christen R., Mougel C., Lelièvre M., Maron P.A., Plassart P., Wincker P., Cruaud C., Jolivet C., Arrouays D., Bispo A., Lemanceau P., Ranjard L. (2012). Deep sequencing of 16S rRNA gene to efficiently assess bacterial richness and the rare biosphere in soils. "14th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14)." Copenhague, Danemark, 19-24 août 2012 (affiche, résumé).

AFF99 Trda L. (2012). Identification of the VvFLS2 grapevine flagellin receptor by a functional genomics strategy. In "4ième Journées des Doctorants SPE". Toulouse, France, 20-22 juin 2012. (participation à manifestation de communication, affiche, résumé).

AFF100 Trichard A., Auguste C., Martinez Q., Petit S., Chauvel B. (2012). Ragweed seed predation by invertebrates in cultivated area. IInd International Ragweed Conference. Lyon, France, 28-29 mars 2012 (affiche, résumé).

AFF101 Vincent F., Sautour M., L'Ollivier C., Truntzer C., Bonnin A., Dalle F. (2012). Genetic and phenotypic characterization of commensal and clinical Candida albicans isolates reveals heterogeneous distribution of adherence and invasiveness properties. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.6 (affiche avec présentation orale, résumé).

AFF102 Vincent F., Sautour M., L'Ollivier C., Truntzer C., Bonnin A., Dalle F. (2012). Genetic and phenotypic characterization of commensal and clinical Candida albicans isolates reveals heterogeneous distribution of adherence and invasiveness properties "11th ASM Conference on Candida and Candidiasis, American Society for Microbiology, ASM." San Francisco, États-Unis, 29 mars-2 avril 2012. p. 206-207. (affiche, résumé).

AFF103 Vincent F., Znaidi S., Sautour M., Truntzer C., d'Enfert C., Dalle F. (2012). Development of a high throughput cytotoxicity assay of Caco-2 cells using a Candida albicans homozygous deletion library. "18th Congress of the International Society for Human and Animal Mycology, ISHAM (International Society for Human and Animal Mycology)”. Berlin, Allemagne, 11-15 juin 2012 (affiche, résumé). In «Mycoses». vol. 55, supplément 4. p.160.

AFF104 Vincent F., Znaidi S., Sautour M., Truntzer C., D'Enfert C., Dalle F. (2012). Development of a high throughput cytotoxicity assay of Caco-2 cells using a Candida albicans homozygous deletion

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library. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.15 (affiche, résumé).

AFF105 Viollet A., Corberand T., Mougel C., Avoscan L., Vansuyt G., Lemanceau P., Mazurier S. (2012). Influence du système de sécrétion de type III bactérien dans les intéractions plantes-Pseudomonas spp. fluorescents non pathogènes. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.23 (affiche avec présentation orale, résumé, film "Présentation de 6 posters sélectionnés sur le thème 2 : Adaptation - biodiversité").

AFF106 Vivant A.-L., Garmyn D., Gal L., Piveteau P. (2012). Le système Agr de Listeria monocytogenes et la croissance en biofilm: approche transcriptomique de l’effet de la température. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.33 (affiche, résumé).

AFF107 Vivant A.-L., Garmyn D., Gal L., Briandet R., Guilbaud M., Lemaître J.-P., Hartmann A., Piveteau P. (2012). Single cell analysis evidence Heterogeneous expression of the Agr communication system of Listeria monocytogenes. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.10 (affiche, résumé).

9. Ouvrages scientifiques (ou chapitres de ces ouvrages)

2014 OS1 Colbach N. (2014). Functional role of the soil seed bank in agricultural ecosystems. In Gallagher R.

ed. "The ecology of regeneration in plant communities" (3e ed.). CABI. Chap. 11, 235-262. OS2 Lemanceau P., Maron P.-A., Mazurier S., Mougel C., Philippot L., Pivato B., Plassart P., Ranjard L.,

Revellin C., Tardy V., Wipf D. (2014). Qu’attendre des recherches en microbiologie du sol ? In Pellerin, S., Butler, F., Guiard-Van Laethem, C. eds. "Fertilisation et Environnement. Quelles pistes pour l’aide à la décision ?" Editions Quæ et l'Acta. Chap. 10, 182-201.

OS3 Maron P.-A., Lemanceau P. (2014) Soil as support of biodiversity and functions. In Banwart, S. A., Noellemeyer, E., Milne, E., eds. " Soil Carbon: Science, management and policy for multiple benefits ". SCOPE vol. 71. CABI, Wallingford, UK. Chap. 11, 128-142, sous presse.

OS4 Powlson D., Cai Z., Lemanceau P. (2014) Soil carbon dynamics and nutrient cycling. In Banwart, S. A., Noellemeyer, E., Milne, E., eds. " Soil Carbon: Science, management and policy for multiple benefits ". SCOPE vol. 71. CABI, Wallingford, UK. Chap. 7, sous presse.

OS5 Salon C., Bataille M.-P., Gallardo K., Jeudy C., Santoni A.-L., Trouverie J., Voisin A.-S., Avice J.-C. (2014). 34S and 15N labelling to model S and N flux in plants and determine the different components of N and S use efficiency. In "Plant Metabolic Flux Analysis: Methods and Protocols". M. Dieuaide-Noubhani, A.P.Alonso eds. Série “Methods in molecular biology vol 1090” Springer, Humana Press. Chap 20, 335-346.

OS6 Van Wesemael B., Stocking M., Bampa F., Bernoux M., Feller C., Gicheru P., Lemanceau P., Milne E., Montanarella L. (2014) A strategy for taking soil carbon into the policy arena. In Banwart, S. A., Noellemeyer, E., Milne, E., eds. " Soil Carbon: Science, management and policy for multiple benefits ". SCOPE vol. 71. CABI, Wallingford, UK. Chap. 5, sous presse.

2013 OS7 Adrian M., De Rosso M., Bavaresco L., Poinssot B., Heloir M.-C. (2013). Resveratrol from vine to

wine. In Delmas D. eds. "Resveratrol: Sources, Production and Health Benefits." Nova Science Publishers Inc. Chap. 1, 3-18.

OS8 Colbach N. (2013). Ex Ante evaluation of gene flow in oilseed rape with cropping system models. In Bertheau Y. eds. "Genetically Modified and Non-Genetically Modified Food Supply Chains: Co-Existence and Traceability." Wiley-Blackwell. Chap. 4, 49-60.

OS9 Darmency H. (2013). Co-existence issues of GM sugar beet. In Bertheau Y. eds. "Genetically Modified and Non-Genetically Modified Food Supply Chains: Co-Existence and Traceability." Wiley-Blackwell. Chap. 3, 35-48.

OS10 Darmency H. (2013). Diffusion génétique par transfert vertical chez les plantes. In Panoff, J.-M. eds. «Le risque biologique: une approche transdisciplinaire», L'Harmattan. Chap. 1Ba, 103-114.

OS11 Lemanceau P., Mazurier S., Avoscan L., Robin A., Briat J.-F. (2013). Reciprocal interactions between plants and fluorescent pseudomonads in relation to iron in the rhizosphere. In de Bruijn F.J. eds. "Molecular Microbial Ecology of the Rhizosphere" vol. 2 Wiley-Blackwell. Chap. 113, 1181-1189.

OS12 Lichtfouse E. (2013). Scientific writing for impact factor journals. "Media and Communications - Technologies, Policies and Challenges". Nova Science Publishers, Inc. 87p.

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OS13 Noguero M., Gallardo K., Verdier J., Lesignor C., Burstin J., Thompson R. (2013). Legume Seed Genomics: How to Respond to the Challenges and Potential of a Key Plant Family? In Becraft, P.W. ed.”Seed Genomics”. Wiley & Sons. Chap 10, 179-201.

OS14 Ochatt S.J. (2013). Cell morphometry as predictor of protein legume in vitro growth. In Jain, S.M., and Dutta Gupta, S. eds. "Biotechnology of Neglected and Underutilized Crops",. Springer. Dordrecht. Part 2 Chap 5 71-82.

OS15 Zancarini A., Lepinay C., Burstin J., Duc G., Lemanceau P., Moreau D., Munier-Jolain N., Pivato B., Rigaud T., Salon C., Mougel C. (2013). Combining molecular microbial ecology with ecophysiology and plant genetics for a better understanding of plant-microbial communities interactions in the rhizosphere. In de Bruijn F.J. eds. "Molecular Microbial Ecology of the Rhizosphere" vol. 1 Wiley-Blackwell. Chap. 7, 69-86.

2012 OS16 Adrian M., Trouvelot S., Gamm M., Poinssot B., Heloir M.C., Daire X. (2012). Activation of

Grapevine Defense Mechanisms: 2 Theoretical and Applied Approaches. In Mérillon J.M., Ramawat Kishan G. eds. “Plant defence: biological control.” vol. 12, part. 4. Springer, Science&Business Media. Chap.13, 313-331.

OS17 Atif R.M., Patat-Ochatt E.M., Svabova L., Ondrej V., Klenoticova H., Jacas L., Griga M., Ochatt S.J. (2012). Gene transfer in legumes. In Lüttge U., Beyschlag W., Francis D., Cushman J. eds. "Progress in Botany." vol. 74. Springer-Verlag. Chap. 2, 37-100.

OS18 Cointault F., Journaux L., Rabatel G., Germain C., Ooms D., Destain M.-F., Gorretta N., Grenier G., Lavialle O., Marin A. (2012). Texture, Color and Frequential Proxy-Detection Image Processing for Crop Characterization in a Context of Precision Agriculture. In Aflakpui Goldwin ed. "Agricultural Science". InTech. Rijeka, Croatia. Chap. 4, 49-70.

OS19 Gianinazzi S., Masquelier S. (2012). Mycorrhizal industry in modern agriculture. In Hafidi M., Duponnois R. eds. "The Mycorrhizal symbiosis in Mediterranean Environment." Nova Science Publishers Inc. 171-184.

OS20 Gianinazzi-Pearson V., van Tuinen D., Wipf D., Dumas-Gaudot E., Recorbet G., Liu Y., Doidy J., Redecker D., Ferrol N. (2012). Exploring the Genome of glomeromycotan fungi. In Hock B. eds. "The mycota IX - Fungal Associations"(2nd ed.). Springer. Chap. 1, 1-21.

OS21 Hijazi B., Decourselle T., Minov S.V., Nuyttens D., Cointault F., Pieters J.G.,Vangeyte J. (2012). The Use of High-Speed Imaging Systems for Applications in Precision Agriculture. In Volosencu, C. ed. "New Technologies - Trends, Innovations and Research". InTech. Rijeka, Croatia. Chap. 13, 279-296.

OS22 Lichtfouse E. (2012). Rédiger pour être publié! Conseils pratiques pour les scientifiques. Springer. 2ème ed. 116p.

OS23 Mikic A., Mihailovic V., Cupina B., Lejeune-Hénaut I., Hanocq E., Duc G., McPhee K.E., Stoddard F.L., Kosev V., Krstic D., Antanasovic S., Jovanovic Ž. (2012). Developing fall-sown pea cultivars as an answer to the challenges of climatic changes. In Comstock A.M., and Lothrop B.E. eds."Peas: Cultivation, Varieties and Nutritional Uses”. Nova Science Publishers. Chap.4, 107-124.

OS24 Poinssot B., Trda L., Kelloniemi J.P., Steimetz E., Heloir M.C., Trouvelot S., Daire X., Adrian M. (2012). Induced resistance in grapevine: from concept to vineyard application. In De Ávila, R., Fortunato, A.A., Resende, R.S. eds. "Indução de Resistência em Plantas a Patógenos". Departamento de Fitopatologia. Chap. 11, 277-310.

OS25 Redecker D. (2012). Divisio/Phylum Glomeromycota. In Frey W. eds. "Syllabus of Plant Families - A. Engler's Syllabus der Pflanzenfamilien Part 1/1: Blue-green Algae, Myxomycetes and Myxomycete-like organisms, Phytoparasitic protists, Heterotrophic Heterokontobionta and Fungi p.p."(13ième ed.). Bornträger Science Publishers. Chap. 11, 163-170.

OS26 Repetto O., Gallardo K. (2012). Organelle proteomics of developing seeds: comparison with other plant tissue organelles. In Ganesh Kumar Agrawal & Randeep Rakwal eds. "Seed development. OMICS Technologies toward Improvement of Seed Quality and Crop Yield". Springer Dordrecht. Chap 12, 213-210.

OS27 Sangwan R.S., Ochatt S., Nava-Saucedo J.E., Sangwan-Norreel B. (2012). T-DNA insertion mutagenesis. In Shu, Q.Y., Forster, B.P., and Nakagawa, H. eds. “Plant mutation breeding and biotechnology”. CABI, FAO. Chap.38, 489-506.

OS28 Suprasanna P., Jain S.M., Ochatt S.J., Kulkarni V.M., Predieri S. (2012). Applications of in vitro techniques in mutation breeding of vegetatively propagated crops. In Shu, Q.Y., Forster, B.P., and Nakagawa, H. eds. “Plant mutation breeding and biotechnology”. CABI, FAO. Chap.28, 371-385.

OS29 Verdier J., Thompson R. (2012). Networks of Seed Storage Protein Regulation in Cereals and Legumes at the Dawn of the Omics Era. In Ganesh Kumar Agrawal & Randeep Rakwal eds. "Seed development. OMICS Technologies toward Improvement of Seed Quality and Crop Yield". Springer Dordrecht. Chap 11, 187-209.

46

OS30 Zuber H., Noguero M., Lesignor C., Thompson R., Gallardo K. (2012). Metabolic specialization of maternal and filial tissues. In Ganesh Kumar Agrawal & Randeep Rakwal eds. "Seed development. OMICS Technologies toward Improvement of Seed Quality and Crop Yield". Springer Dordrecht. Chap 20, 407-432.

10. Ouvrages de vulgarisation (ou chapitres de ces ouvrages)

2012 OV1 Granger S. (2012). Productions. In Lamy L., Leseigneur A. eds. «L'exploitation agricole à l'aube du

XXIe siècle ». Educagri. Chap. 3, 64-91. OV2 Granger S. (2012). Productions. In Lamy L., Leseigneur A. eds. "L'exploitation agricole à l'aube du

XXIe siècle". Educagri. Chap. 3, 108-109. OV3 Granger S. (2012). Productions. In Lamy L., Leseigneur A. eds. "L'exploitation agricole à l'aube du

XXIe siècle". Educagri. Chap. 3, 112-113.

11. Direction d’ouvrages ou de revues

Directions d’ouvrages en collections

2014 Lichtfouse E. (depuis 2006). Sustainable Agriculture Reviews. Springer, Netherlands. Volumes 2014 de la collection : DO1 Lichtfouse E. (2014). Sustainable Agriculture Reviews Volume 13. "Sustainable Agriculture

Reviews". Springer. 315p. DO2 Wipf D., Courty P.-E. (2013-2014). Special topic: Transport in plant microbe interactions.

"Frontiers in Plant Sciences". Frontiers. 2013 Lichtfouse E. (depuis 2006). Sustainable Agriculture Reviews. Springer, Netherlands. Volumes 2013 de la collection : DO3 Lichtfouse E. (2013). Sustainable Agriculture Reviews Volume 12. "Sustainable Agriculture

Reviews". Springer. 372p.

2012 Lichtfouse E. (depuis 2006). Sustainable Agriculture Reviews. Springer, Netherlands. Volumes 2012 de la collection : DO4 Lichtfouse E. (2012). Agroecology and Strategies for Climate Change. "Sustainable Agriculture

Reviews". vol.8. Springer. 335p. DO5 Lichtfouse E. (2012). Organic Fertilisation, Soil Quality and Human Health. "Sustainable

Agriculture Reviews". vol.9. Springer. 352p. DO6 Lichtfouse E. (2012). Farming for Food and Water Security. "Sustainable Agriculture Reviews".

vol.10. Springer. 284p. DO7 Lichtfouse E. (2012). Sustainable Agriculture Reviews Volume 11. "Sustainable Agriculture

Reviews". Springer. 270p. DO8 Lichtfouse E., Schwarzbauer J., Robert D. (2012). Environmental Chemistry for a Sustainable

World. Volume 1: Nanotechnology and Health Risk. Springer. 410p. DO9 Lichtfouse E., Schwarzbauer J., Robert D. (2012). Environmental Chemistry for a Sustainable

World. Volume 2: Remediation of Air and Water Pollution. Springer. 541p. Directions de revues

2014 DO10 Darmency H., Délye C. (depuis 2014). Editors. Weed Research. In: Wiley Online Library

2013 DO11 Ochatt S.J. (depuis 2013). Editor in Chief. Plant Cell, Tissue and Organ Culture (PCTOC). Springer.

2012 DO12 Gianinazzi-Pearson, V., Molina, R. (depuis 1995). Managing Editors. Mycorrhiza. Springer. DO13 Lichtfouse E. (depuis 2003). Editor in Chief. Agronomy for Sustainable Development. Springer. DO14 Lichtfouse E., Schwarzbauer, J., and Robert, D. (depuis 2003). Editors in Chief. Environmental

Chemistry Letters. Springer. DO15 Ochatt S.J. (2009-2013). Editor in Chief. The International Journal of Plant Biology. PagePress.

47

12. Autres productions

12.1. Travaux encadrés : Thèses

2014 AP TH1 Cazenave A.B. (2014). Réponse adaptative à court terme de la fixation symbiotique du pois

protéagineux à une ablation d’une partie des racines nodulées, en lien avec la disponibilité en assimilats carbonés. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences de la vie, Spécialité : Ecophysiologie végétale. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Salon, C., Co-directrice: Voisin A.S. 334p.

AP TH2 Noguero M. (2014). Contribution de l'albumen au développement de la graine chez Medicago truncatula : caractérisation d'un facteur de transcription de type DOF exprimé dans l'albumen chalazal. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences de la vie. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Thompson R., Co-directrice: Gallardo K. 170p.

AP TH3 Trda L. (2014). Identification et caractérisation du récepteur à la flagelline (VVFLS2) et recherche du récepteur aux chito-ologosaccharides chez la vigne. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences de la Vie. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Daire X., Co-directeur de thèse: Poinssot B. 129p.

AP TH4 Vivant A.-L. (2014). Persistance et adaptation de Listeria monocytogenes dans le sol : rôle du système de communication Agr. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences de la Vie, Spécialité Écologie Microbienne. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Piveteau P., Co-encadrant:, Garmyn D. 195p.

2013 AP TH5 Betelli L. (2013). Développement et évaluation d'une méthode fondée sur la PCR temps réel pour la

caractérisation des bioaérosols : application au groupe des actinomycètes. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences Vie. Vandoeuvre-lès-Nancy. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Hartmann A., Co-directrice: Géhin E. 252p.

AP TH6 Lepinay C. (2013). Etude des interactions plantes-microbes et microbes-microbes, au sein de la rhizosphère, sous un aspect coûts-bénéfices, dans un contexte de variation environnementale. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences de la vie, Spécialité Ecologie microbienne. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Mougel C., Co-encadrant: Salon C. 262p.

AP TH7 Lienhard P. (2013). Evaluation agroécologique de systèmes de culture en zone tropicale humide. Cas de la mise en valeur agricole d'une savane herbacée acide (Plaine des Jarres, LAOS). Thèse de Doctorat en sciences de la vie, Discipline Agronomie-Ecologie microbienne. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Ranjard L. 184p.

AP TH8 Locatelli A. (2013). Prévalence de pathogènes humains dans les sols français : Effet des facteurs pédoclimatiques, biologiques et du mode d'utilisation des sols. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences de la vie, Spécialité Ecologie microbienne. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Hartmann A., Co-encadrant de Thèse: Piveteau P. 136p.

AP TH9 Mézière D. (2013). Compromis biodiversité-nuisibilité des communautés adventices dans les systèmes de culture : développement d’une méthode de diagnostic combinant simulations et indicateurs. Thèse de doctorat. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Colbach N., co-encadrante: Granger S. 181p.

AP TH10 Molinier V. (2013). Diversité génétique et aromatique de la truffe de Bourgogne. Thèse de Doctorat, Sciences de la Vie, Spécialités Biologie Végétale et Biologie Évolutive. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Wipf D., co-encadrante: Gollotte A. 316p.

2012 AP TH11 Abdallah C. (2012). Technical improvements for analysis of recalcitrant proteins by LC-MS: the

mycorrhiza responsive membrane proteome as a case study. Thèse de Doctorat, Spécialité Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Co-Directeurs de thèse: Dumas-Gaudot E., Recorbet G., Renaut J. 330p.

AP TH12 Abid M. (2012). Ecological role of mycotoxins produced by Fusarium graminearum: consequences of the presence of deoxynivalenol (DON) in crop residues on the soil microflora and soil fauna. Thèse de Doctorat en Sciences de la Vie, Spécialité Écologie Microbienne. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Steinberg C. 204p.

AP TH13 Adam T. (2012). Etude de l’implication de l'endocytose à clathrine dans les réactions de défense déclenchées par la cryptogéine chez le tabac. Thèse de Doctorat, Spécialité Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Leborgne-Castel N. 124p.et 38 d’annexes.

AP TH14 Atif R.M. (2012). Dissecting the factors controlling seed development in the model legume Medicago truncatula. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences Vie. Spécialité Physiologie

48

moléculaire des plantes et biotechnologie. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse Ochatt S., Co-directeur Thompson R. 163p.

AP TH15 Bonneau M. (2012). Échantillonnage adaptatif optimal dans les champs de Markov, application à l’échantillonnage d’une espèce adventice. Thèse de Doctorat, Spécialité Mathématiques appliqués. Castanet-Tolosan, Dijon. Université P. Sabatier de Toulouse. Directeurs de thèse: Sabbadin R., Peyrard N., Gaba S. 92p.

AP TH16 Doidy J. (2012). The Medicago truncatula sucrose transporter family: sugar transport from plant source leaves towards the arbuscular mycorrhizal fungus. Thèse de Doctorat, Spécialité Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Directeurs de thèse: Schüßler A., Wipf D. 296p.

AP TH17 Gard B. (2012). Processus écologiques et évolutifs influençant la colonisation de l'ambroisie (Ambrosia artemisiifolia L.) en France. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences Vie, Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Bretagnolle, F. Co-directeur de thèse: Laitung B. 171p.

AP TH18 Hafeez F. (2012). Characterization of microbial communities in Technosols constructed for industrial wastelands restoration. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences Vie, Spécialité Ecologie Microbienne. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Philippot L. Co-directeur de thèse: Martin-Laurent F. 143p.

AP TH19 Hayek S. (2012). Mycorrhiza-induced resistance against Thielaviopsis basicola in the ornamental crop Petunia hybrida. Thèse de Doctorat, Discipline Biochemistry, Cellular and Molecular Biology. Dijon. Université de Bourgogne. Directeurs de thèse: Gianinazzi-Pearson V., Eckhard G. Co-directeur de thèse: Franken P. 135p.

AP TH20 Koen E. (2012). Acteurs de l'homéostasie du fer chez Arabidopsis thaliana: caractérisation fonctionnelle de la nicotianamine synthase 4 et implications dans la résistance aux micro-orgnismes pathogènes. Thèse de Doctorat, Spécialité Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Wendehenne D. 245p.

AP TH21 Leplat J. (2012). Développement saprotrophe de Fusarium graminearum: rôle respectif de différents habitats naturels du champignon dans le processus d'infection du blé en Bourgogne; recherche d'indicateurs prédictifs du risque de fusariose. Thèse de Doctorat en Sciences de la Vie, Spécialité Écologie Microbienne. Dijon. Université de Bourgogne. Directeurs de thèse: Steinberg C., Mangin P. 303p.

AP TH22 Liu Y. (2012). Calcium-related fungal genes implicated in arbuscular mycorrhiza. Thèse de Doctorat, Discipline Microbiologie, Spécialité Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire. Wuhan (République Populaire de Chine). Huazhong Agricultural University et Université de Bourgogne. Directeurs de thèse: Zhao B., Gianinazzi-Pearson V., Co-directeur de thèse: van Tuinen D. 126p.

AP TH23 Manzoor H. (2012). Calcium signaling in plant defense: involvement of subcellular compartments and glutamate receptors. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences de la Vie, Spécialité Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Garcia-Brugger A. 239p.

AP TH24 Zancarini A. (2012). Etude de l’intéraction plante-communautés microbiennes de la rhizosphère chez l’espèce modèle Medicago truncatula par une approche multidisciplinaire: contribution à la réflexion sur le pilotage des interactions par la plante. Thèse de Doctorat, Sciences de la Vie et de la Terre, Spécialités Ecophysiologie et Ecologie Microbienne. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Munier-Jolain N. Co-directeurs de thèse: Mougel C., Salon C. 202p.

12.2. Travaux encadrés: Masters 2

2014 AP M1 Harafa S. (2014). Recherche de critères phénotypiques et moléculaires discriminants des différentes

espèces et sous-espèces du genre Pisum. Master IIR Master sciences de la vie, Biologie integrative des interactions plante microbe environnement Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant : Delaitre C. 38p.

AP M2 Martel J. (2014). Signalisation moléculaire des réponses immunes chez la plante Medicago truncatula - Rôle de la nutrition. Rapport de stage de Master II R - Signalisation Cellulaire et Moléculaire Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Jeandroz S., Truong H.-N. 27p.

AP M3 Pfister C. (2014). Étude de la régulation des calmodulines de Nicotiana tabacum par le monoxyde d’azote. Rapport de stage de Master II R - Signalisation Cellulaire et Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Lamotte O. 25p.

AP M4 Vasselon D. (2014). Rôle des histones désacétylases de type 2 dans le contrôle de l’immunité chez les plantes. Rapport de stage de Master II R - Signalisation Cellulaire et Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Bourque S., Nicolas-Francès V. 25p.

49

AP M5 Verzat V. (2014). Modélisation de la répartition des assimilats au sein du système racinaire chez le pois de printemps (Pisum sativum). AgroParisTech. Enseignant responsable du stage : Jullien, A. ; Maître de stage : Voisin, A-S. 57p.

2013 AP M6 Bardet E. (2013). Prévalence de gènes de résistances aux antibiotiques dans les communautés

bactériennes de l'environnement : impact des systèmes de traitement d'eaux usées. Mémoire de Master II STS-ETEC, spécialité Biologie des organismes et des populations. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Hartmann A. 25p.

AP M7 Cernay C. (2013). Caractérisation expérimentale de la variabilité phénotypique du système racinaire nodulé de génotypes contrastés de pois (Pisum sativum L.), en phase végétative et en milieu de croissance non azoté. Rapport de stage d’École d'ingénieur, Master 2 Sciences et Technologies du Vivant et de l’Environnement et d’Ingénieur en Agriculture. Angers. École Supérieure d’Agriculture. Encadrant: Voisin A.-S. 84p.

AP M8 Fossot C. (2013). Étude de la colonisation racinaire par la bactérie pathogène ubiquiste Listeria monocytogenes : rôle de l'environnement biotique et du régulateur transcriptionnel agra. Mémoire de stage de Master II STS-ETE, spécialité Biologie des organismes et des populations. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Piveteau P. 29p.

AP M9 Helbecque C. (2013). Contribution à l'étude des 5-énol-pyruvylshikimate-3 phosphate synthases (EPSP synthase) de Nicotiana tabacum. Rapport de stage de Master II Biologie Intégrative des Intéractions Plante Microbe Environnement. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Lamotte O. 21p.

AP M10 Issanchou C. (2013). Connectivité d’un paysage agricole et processus de dispersion des adventices. Approche par l’analyse de la similarité des communautés. Rapport de stage de Master II, Master STS - ETE Spécialité Biologie des Organismes et des Populations. Université de Bourgogne. Encadrant : Ricci, B. 25p.

AP M11 Leprêtre L. (2013). Stratégies de déplacement en milieu inconnu : cas d'étude chez trois espèces de coléoptères. Mémoire de Master II STS - ETEC, spécialité Biologie des organismes et des populations. Université de Bourgogne. Encadrants: Bohan D., Petit.S. 27p.

AP M12 Nassiri S. (2014). Etude du système de perception des chito--oligosaccharides chez la vigne et rôle dans l'immunité. Rapport de stage de Master II R Signalisation Cellulaire et Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Poinssot B., Heloir M.C. 25p.

AP M13 Perrin E. (2013). Analyse fonctionnelle de l’évolution des communautés adventices entre 1970 et 2000. Mémoire de Master II STS - ETEC, spécialité Biologie des organismes et des populations. Université de Bourgogne. Encadrants: Petit S., Gaba.S., Fried G. 42p.

AP M14 Roffi R. (2013). Potentiel de résistance biotique des communautés herbacées face à l’envahissement d’Ambrosia trifida L. en France. Rapport de stage de Master II. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Laitung B., Chauvel B. 27 p.

AP M15 Sadaoui A. (2013). Bases génétiques de la réponse aux contraintes de l’agroécosystème chez les plantes adventices (« mauvaises herbes »): Niveau d’expression de gènes impliqués dans la réponse au stress herbicide. Rapport de stage de Master II. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant : Délye C. 39 p.

AP M16 Tognite F.M. (2013). Implémentation et évaluation du modèle de culture de pois (Pisum sativum L.) AFISOL sous la plate-forme logicielle RECORD. Rapport de stage de Master II Master Compétences Complémentaires en Informatique. Université Paris Sud. Encadrant : Larmure A. 25p.

2012 AP M17 Baraton A. (2012). Les variétés de melon résistantes à la fusariose favorisent-elles dans leur

rhizosphère la multiplication de souches pathogènes agressives? Rapport de stage de Master II STS-ETE, spécialité Biologie des organismes et des populations. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Steinberg C., Aimé S., Olivain C. 22p.

AP M18 Belkacem N. (2012). Etude de l’adhérence de Candida albicans sur un support type verre et sur cellules CACO-2 et TR-146. Rapport de stage de Master II. Dijon. Université de Franche Comté. Encadrants: Sautour M., Dalle F. 15p.

AP M19 Bourgeois E. (2012). Evaluation de la robustesse technique et scientifique d'un bioindicateur de la qualité microbiologique du sol, la Biomasse Moléculaire Microbienne. Rapport de stage de Master II Aliments, Microbiologie, Assurance qualité, spécialité: Microbiologie appliquée à l'agroalimentaire et à l'agroenvironnement. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Ranjard L., Dequiedt S., Maron P.A. 25p.

AP M20 Brulé D. (2012). Etude du mode d’action de l’acide β-aminobutyrique (BABA), un stimulateur des réactions de défense, sur l’homéostasie du fer chez Arabidopsis thaliana. Rapport de stage de Master II R BBCM. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Besson-Bard A. 25p.

50

AP M21 Bruyère R. (2012). Impact de la modulation de la réponse inflammatoire pulmonaire et systémique de l'hôte mediée par Toll-Like Receptor 2 dans un modèle animal de pneumopathie acquise sous ventilation mécanique à Staphylococcus aureus. Rapport de stage de Master II. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Charles P.E.

AP M22 Chambolle J. (2012). La diversité des communautés végétales des forêts alluviales de l’Allier est-elle affectée par l’invasion de l’Érable négundo, du Robinier faux-acacia et de la Renouée de Bohême ? Rapport de stage de Master II. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Fumanal B., Laitung B., Le Henaff PM., Boullet V. 31p.

AP M23 Darsonval M. (2012). Etude du système AGR par caractérisation de mutants de Listeria monocytogènes. Rapport de stage de Master II. Recherche Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Garmyn D., Piveteau P. 29p.

AP M24 Drouhin C. (2012). Diversité fonctionnelle au sein des communautés de plantes adventices: effet de la rotation et du type de culture. Université de Bourgogne. Encadrants: Gaba S., Le Corre V., Perronne R. 28p.

AP M25 Erassoff D. (2012). Nutrition azotée des plantes en interactions avec les communautés bactériennes du sol impliquées dans le cycle de l'azote. Mémoire de Master II. Université de Bourgogne. Encadrant: Mougel C., Moreau D. 32p.

AP M26 Fanjas-Mercère T. (2012). Rôle de la diversité fonctionnelle des communautés végétales sur leur résistance à l’invasion par l’Ambroisie à feuilles d’Armoise (Ambrosia artemisiifolia L.). Rapport de stage de Master II. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Laitung B., Gard B. 31p.

AP M27 Fourrey A. (2012). Le mode de nutrition azotée du Pois (Pisum sativum) induit-il une modulation de sa réponse à un déficit hydrique du sol ? Rapport de stage de Master II Master STS – ETE - Spécialité Biologie des Organismes et des Populations. Université de Bourgogne. Encadrant : Prudent M. 25p.

AP M28 Garreau E. (2012). Etude de l'interface fonctionnelle entre plante et champignon mycorhizogène à arbuscules : caractérisation fonctionnelle de transporteurs putatifs de sulfate chez Medicago truncatula. Rapport de stage de Master II Sciences, Technologies, Vie, Terre et Santé ; Mention « Biologie Santé » ; Spécialité « Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire » ; option " Physiologie Moléculaire Végétale". Université de Bourgogne. Encadrants : Bonneau L., Casieri L., van Tuinen D. 29p.

AP M29 Grandperret V. (2012). Etude de la régulation d'une histone déacetylase de type 2 dans le contexte des réactions de défense des plantes. Rapport de stage de Master II R BBCM. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Bourque S. 25p.

AP M30 Maurel A. (2012). Etude du rôle des jonctions serrées dans l’interaction de Candida albicans avec les cellules entérocytaires Caco-2. Rapport de stage de Master II. Dijon. Université Paris 6. Encadrants: Dalle F., Goyer M., Bon F. 41p.

AP M31 Pierre C. (2012). Impact de huit plantes invasives sur des communautés végétales de la région méditerranéenne. Rapport de stage de Master II. Angers. AgroSup Dijon. Encadrants: Fried G., Laitung B. 51p.

AP M32 Trapet P. (2012). Les protéines S-nitrosylées lors des réponses de défense des plantes. Cas de la protéine CDC48 et de l’EPSP Synthase. Rapport de stage de Master II R BBCM. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Lamotte O. 25p.

12.3. Habilitations à diriger les recherches

2014 AP HDR1 Gallardo-Guerrero K. (2014). Biologie des graines : des espèces modèles aux légumineuses

cultivées. Université de Bourgogne. Dijon.

2013 AP HDR2 Gaba S. (2013). Ecologie des communautés dans les agroécosystèmes: comment maintenir la

biodiversité adventices et la production agricole? Université de Bourgogne. Dijon.

12.4. Bases de données 2013 AP BD1

12.5. Rapports de grands projets internationaux 2013

51

AP RPI1 Revellin C. (2013). Technical committee of the project SYMGES. BASF SE, Limburgerhof, Allemagne. Rapport final de contrat de recherche INRA (communication orale invitée, 46 slides).

12.6. Rapports de programmes et d’expertises nationaux ou régionaux 2012 AP RPN1 Duc G., Blanchard S., Deytieux V., Hénault C., Lecomte C., Petit M.-S., Bernicot M.-H., Bernus

M., Bizouard F., Blanc N., Blondon A., Blosseville N., Bonnin E., Bois B., Castel T., Challan-Belval C., Coulon C., Cuccia C., Delattre M., Dobrecourt J.F., Druot L., Dumas M., Geloen M., Hayer F., Humeau F., Huot E., Jeuffroy M.-H., Killmayer M., Larmure A., Lelay D., Leseigneur A., Mabire J.B., Mangin P., Marette A., Marget P., Million G., Nemecek T., Payot B., Raynard L., Robin P., Ronget D., Richard Y., Vaccari V., Vermue A., Villard A., Villery J., Vivier C. (2012). PSDR Profile: Potentiels et leviers pour developper la production et l'utilisation des protéagineux dans le cadre d'une agriculture durable en Bourgogne. (Plaquette de présentation PSDR - Pour et Sur le Développement Régional). 4p.

12.7. Normes

2013 AP N1 GenoSol. (2013). Label CRB IBISA (Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie). Label inter-

instituts. Dijon. AP N2 GenoSol. (2013). Label Plateforme Stratégique Nationale par la Commission Nationale des Outils

Collectifs (CNOC). Commission INRA. Dijon. 2012 AP N3 Martin-Laurent F., et al. (2012). Qualité du Sol - Méthode pour extraire directement l'ADN

d'échantillons de sol (Norme française - internationale). NF ISO 11063:2012 (F). Indice de classement : X31-263. AFNOR. 30p.

12.8. Brevets et protections industrielles

2012 AP BRE1 Salon C., Jeudy C., Bernard C., Mougel C., Coffin A., Bourion V., Moreau D., Palavioux K.,

Baussard B. (2012). Demande de Brevet «Rhizotron et utilisations de celui-ci». Demande de brevet déposée en France le 26 juin 2012 sous le n°12 56069 aux noms de: Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) et Inoviaflow.

12.9. Dépôts de variétés au catalogue (français ou étranger)

2014 AP DV1

12.10. Divers (articles dans magazine ou quotidien, rapports de stages, logiciels enregistrés, traductions, catalogues d'exposition, rapports de fouilles, guides techniques, comptes rendus d'ouvrages, disséminations...)

2014 AP DIV1 Blieux A.-L., Dequiedt S. (2014). Interviews dans le cadre du film "Près de 1000 agriculteurs au

rendez-vous à la plateforme TMCE. Cultivar TV. Journées techniques, Gembloux, Belgique, 18-19 juin 2014. http://www.youtube.com/watch?v=q6-dVdsZAcA&feature=youtu.be (film).

AP DIV2 Camatte P. (2014). Caractérisation moléculaire des populations microbiennes des sols de la réserve de Sancy par extraction d'ADN et PCR quantitative. Rapport de stage de 2ème année de BTS Bio-Analyses et Contrôles. Dijon. Maitre de stage: Lelièvre M. 42p.

AP DIV3 Chauvel B. (2014) Pollens, l’allergie qui gagne du terrain. Site internet INRA national, portail Actus. Grand Public. Article et film interview Chauvel, B. (4mn12). 30 avril 2014.

AP DIV4 Chauvel B., Délye C. (2014). La résistance existait avant les herbicides (Which came first: herbicides or herbicide resistance? Recent findings suggest the latter.). INRA Département SPE. Fiches Presse Actualités INRA. http://www.spe.inra.fr/Toutes-les-actualites/La-resistance-existait-avant-les-herbicides.

52

AP DIV5 Colbach N. (2014). Pour une meilleure cohabitation des espèces cultivées et des mauvaises herbes. Fiche Presse Actualités INRA. http://www.ea.inra.fr/Toutes-les-actualites/Pour-une-meilleure-cohabitation-des-especes-cultivees-et-des-mauvaises-herbes.

AP DIV6 Délye C. (2014). Herbicides : vaincre les résistances. Interview article par Marion Coisne. In "Agrodistribution", 245, janvier 2014. p.38.

AP DIV7 Dequiedt S., Ranjard L., Maron P.-A. (2014). La Biologie des Sols : outils de mesure et intérêt pour les productions agricoles. Journées d'animation sol sur la plateforme Artemis, Virey-Le-Grand, France, 11 juin 2014 (dissémination vers les professionnels).

AP DIV8 Fernier A. (2014). Evaluation du risque d'apparition de résistances aux herbicides dans les systèmes de culture à base de glyphosate. Rapport de stage de 2ième année de Master 1. Maitre de stage: Colbach N. Co-encadrement : Darmency H. 80p.

AP DIV9 France 5. (2014). Emission "Enquête de santé : Peut-on vaincre les allergies?" Participation de Chauvel B. 1er avril 2014.

AP DIV10 France ô. (2014). Chlordécone, poison durable. 13 mai 2014 (Émission Archipels. Interview de Martin-Laurent F. sur la question de la contamination des sols des Antilles avec le chlordécone.).

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AP DIV12 Gerbeau-Pissot P., Simonin G. (2014). La membrane plasmique des plantes : une clé dans la détection des agresseurs et le processus de défense. In « 1er Cru n°9 "Spécial faits marquants" », Journal interne INRA Dijon, avril, 1p.

AP DIV13 Grall Y. (2014). Etude de la dynamique de l’eau et des nitrates dans 5 parcelles agricoles aux pratiques culturales contrastées. Rapport de stage Master 1 BIIPME. Dijon. Encadrant: Ubertosi M. 24p.

AP DIV14 K6FM. (2014). Diffusion, dans les flashs infos, d'un reportage sur l'’expérimentation « gazon du tramway ». 19 mai 2014. (Reportage qui cite l'UMR Agroécologie).

AP DIV15 La Rédaction. (2014). Des résultats de premier plan pour l’INRA de Dijon. Article qui cite l'UMR Agroécologie, plus particulièrement l'équipe EMFI de L. Philippot. In "Le Bien Public", 13 septembre 2014.

AP DIV16 La Rédaction. (2014). GRAND DIJON : Tram, gazon et champignons. Site Internet infos-Dijon La nouvelle référence de l'information. Article qui cite l'UMR Agroécologie en particulier l'équipe « mycorhizes ». http://infos-dijon.com/?p=369252.

AP DIV17 La Rédaction. (2014). Tram, racines et champignons. Article qui cite l'UMR Agroécologie. In "Dijon Mag", 265, février 2014. p.23.

AP DIV18 Legras O. (2014). Evolution du bilan hydrique à l'échelle de bassins-versants en contexte de changement climatique. Mise en place d'une méthodologie. Rapport de stage d’École d'ingénieur. Dijon. Encadrant: Ubertosi M. 41p.

AP DIV19 Lichtfouse E. (2014). Scientific writing and communication. "Séminaire." Le Caire, Egypte, 4 mai 2014. (communication orale invitée, slides).

AP DIV20 Lichtfouse E., Hamelin M. (2014). Situations saugrenues de 10 ans d'édition de la revue ASD. "Animation scientifique UMR1347 Agroécologie" Dijon, France, 14 avril 2014 (communication orale, animation scientifique interne, slides).

AP DIV21 Moreau D., Simonin G. (2014). Analyse écophysiologique de la nitrophilie des espèces adventices. In « 1er Cru n°9 "Spécial faits marquants" », Journal interne INRA Dijon, avril, 1p.

AP DIV22 Mouchon F. (2014). Ces plantes sont nos ennemies. Article citant B. Chauvel. In "Le Parisien", 22 mars 2014. p.16.

AP DIV23 Noël M.-C. (2014). Quels sont les enjeux d'un nouveau règlement intérieur dans le cadre d'un projet de changement et de fusion dans une UMR (Unité Mixte de Recherche) ? Rapport de stage de niveau BTS en RH. Dijon. Maitre de stage: Morel C. 83p.

AP DIV24 Ponchon E. (2014). Dijon : tramway, gazon et champignons, patience, ça pousse ! Article qui cite l'UMR Agroécologie, interview de D. Wipf. In "Le Bien Public", 13 mai 2014.

AP DIV25 Ranjard L., Simonin G. (2014). Processus de diversification des communautés bactériennes du sol à grande échelle. In « 1er Cru n°9 "Spécial faits marquants" », Journal interne INRA Dijon, avril, 1p.

AP DIV26 Ranjard L., Maron P.-A., Dequiedt S. (2014). La Biologie des Sols : outils de mesure et intérêt pour les productions agricoles Rencontres avec les agriculteurs au Centre de Recherche Agronomique de Wallonie, Gembloux, Belgique, 17-20 juin 2014 (dissémination vers les professionnels).

AP DIV27 Ratchinskiy C. (2014). Analyse de la diversité des relations plantes-pollinisateurs au sein d’un agroécosystème de grandes cultures. Mémoire de stage de Master 1 BOP. Dijon. Encadrants: Laitung B., Dessaint F. 14p.

AP DIV28 Safar T. (2014). Un tram toujours plus vert. Article qui cite l'UMR Agroécologie. In "Le Journal du Palais", 4391, du 28 avril au 4 mai 2014. p.6.

53

AP DIV29 Simonin G., Philippot L. (2014). Gaz à effet de serre. Un nouveau groupe de microorganismes du sol lié à l'élimination de l'oxyde nitreux (N2O : un puissant gaz à effet de serre) découvert par une équipe de l'UMR Agroécologie. Article qui cite l'équipe EMFI de UMR Agroécologie. In "1er Cru n°8 septembre 2014, Journal interne INRA Dijon et Site Internet INRA Dijon, rubrique Actualités", septembre 2014. 1p.

AP DIV30 Simonin G., Wipf D. (2014). Tram, gazon et champignons. Limiter les tontes et les arrosages avec des symbioses racinaires. Une expérience d’agroécologie appliquée. Article qui cite l'UMR Agroécologie en particulier l'équipe « mycorhizes ». In "1er Cru n°7 Juin 2014, Journal interne INRA Dijon et Site Internet INRA Dijon, rubrique Actualités", 29 avril et 7 mai 2014. 1p. http://www.dijon.inra.fr/Toutes-les-actualites/Tram. https://intranet6.dijon.inra.fr/Newsletter2/Archives/Premier-Cru-Les-News-du-Centre-Inra-de-Dijon/2014/7/Tram-gazon-et-champignons

AP DIV31 Simonin G., Thompson R., Salon C. (2014). Des pépites dans vos assiettes : les bienfaits des légumineuses... Site Internet INRA Dijon, rubrique Actualité. Article. http://www.dijon.inra.fr/Toutes-les-actualites/Des-pepites-dans-vos-assiettes.

AP DIV32 Van Dongen K. (2014). Etude de la stabilité de l'ADN suivant différentes modalités de conservation. Rapport de stage de BTS Bio-analyse et contrôle. Dijon. Maitre de stage: Nowak V. 44 p.

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AP DIV34 Wendehenne D. (2014). Monoxyde d'azote et immunité chez les plantes. Evry, 29 avril 2014 (séminaire invité).

AP DIV35 Wendehenne D. (2014). Monoxyde d'azote et immunité chez les plantes : identification et caractérisation de protéines cibles. Angers, 10 avril 2014 (séminaire invité).

AP DIV36 Wipf D. (2014). Membre du Comité d’Organisation. "First Global Soil Biodiversity Conference." Dijon, France, 2-5 décembre 2014.

AP DIV37 Wipf D. (2014). Membre des comités d’organisation et scientifique. "Congrès AFRINOM3, MYCOMED 3 et Journées Francophones Mycorhize 4." Marrakech, Maroc, 1er-3 octobre 2014.

AP DIV38 Wipf D. (2014). Présentation de la Truffe de Bourgogne et de la "truffière pilote" de Leuglay. 9 avril 2014 (radio RCF, participation à l'émission "Ballade Bourguignonne").

AP DIV39 Wipf D. (2014). Des truffes qui ont de l'avenir. Interview article par Bidault E. (journaliste). In "Le Bien Public", 26 janvier 2014. p.4.

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2013 AP DIV41 Agrodistribution (2013). Questions aux agriculteurs sur la gestion des résistances. Article

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http://ciam.inra.fr/r4ciam/node/225. AP DIV62 Dessaint F. (2013). Les vignettes. Fiche Technique. http://ciam.inra.fr/r4ciam/Vignettes. AP DIV63 École de la Communication Sciences-Po Paris. (2013). La bataille des sols. Enquête sur une lutte

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AP DIV65 Gibot-Leclerc S. (2013). [Site Web photos orobanche rameuse.] https://www.flickr.com/photos/109410195@N05/

AP DIV66 Girard B. (2013). Effet d'un stress hydrique sur l'architecture du système racinaire d'une plante de pois. Rapport de stage d’École d'ingénieur. Agrosup Dijon. Encadrant : and Prudent M. 13p.

AP DIV67 Greffier B. (2013). Approche fonctionnelle de la diversité des communautés d’insectes pollinisateurs en milieu agricole. Rapport de stage de Master 1 BOP. Dijon. Encadrants: Laitung B., Legrand C. 22 p.

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AP DIV69 Lamotte O. (2013). Nitric oxide (NO) in plants, a cell signalling messenger involved in plant defense. The case study of the N. tabacum / cryptogein model. Université de Fribourg, Suisse. 13 mai 2013 (dissémination vers les professionnels, invité).

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AP DIV71 Munier-Jolain N., Gaba S (coordinateurs). (2013). Agroécologie, expérimenter à l'échelle du paysage et du territoire. Réalisateur : Mayade P. Educagri éditions. 15 octobre 2013. Contributeurs : Munier-Jolain N., Lescourret F., Malezieux E., Sarthou J.P., Caneill J., Beney L. CD film interviews.

AP DIV72 Naselli E. (2013). Frutti di stagione : fave, un simbolo della primavera e arriva anche quella per i malati. Article concernant le travail de Duc G. In "La Republica", 19 mars 2013.

AP DIV73 Poinssot B. (2013). Comment stimuler l’immunité de la vigne avec des éliciteurs. "Assemblée Générale annuelle de Provynetum." Beaune, France. 21 mars 2013. (dissémination vers les professionnels, invité).

AP DIV74 Prince A. (2013). Conception et utilisation d’un module de règles de décision pour la gestion durable d’une flore adventice plurispécifique. Intégration au modèle prédictif FLORSYS. Rapport de stage Master 1. Dijon. Encadrant: Guyot S. Co-encadrant: Colbach N.

AP DIV75 Steinberg C. (2013). Ecologie des champignons phytopathogènes du sol. Salon du Champignon. Dijon, France, 12-13 octobre 2013 (conférence de vulgarisation).

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AP DIV76 Tripied J. (2013). Veille technologique au sein de la Plateforme GenoSol : comparaison de l'impact de différents mix fast du commerce pour optimiser une PCR quantitative en temps réel. Rapport de 2ème année de BTS Bio-Analyses et contrôles. Dijon. Maitres de stage : Ranjard L., Nowak V. 22 p. + 12 p. d'annexes.

AP DIV77 Wendehenne D. (2013). Organisation journée thématique Immunité de l'Ecole Doctorale Environnement Santé Université de Bourgogne/Université de Franche-Comté. Dijon, France, 29 octobre 2013.

AP DIV78 Wipf D. (2013). Les mycorhizes, une alliance plante-champignon découverte en 1885 et encore mal connue? 10ièmes rencontres Bourgogne Nature - Cent ans de remue-ménage dans la Nature, Dijon, France, 15-16 novembre 2013 (conférence de vulgarisation).

AP DIV79 Wipf D. (2013). La morille et la truffe de Bourgogne (Tuber uncinatum : Dr Jekyll et Mr Hyde), deux champignons fascinants, mais complexes. Saveurs d’automne 2013. Joinville, France, 26-27 octobre 2013 (conférence de vulgarisation).

AP DIV80 Wipf D. (2013). Salon du Champignon. Dijon, France, 12-13 octobre 2013 (participation à l'organisation d'exposition grand public, co-organisateur avec la Société de Mycologie de Côte d’Or).

AP DIV81 Wipf D. (2013). La recherche sur les mycorhizes. Radio Campus, Dijon, France. Octobre (émission radio culture scientifique : le microscope et la blouse).

AP DIV82 Wipf D. (2013). Biodiversité. Mais d'ou viennent donc ces étranges Mycorhizes ? Le monde mystérieux des champignons. Interview. In "Le Bien Public", 29 septembre 2013. p.25.

AP DIV83 Wipf D. (2013). Débat sur les mycorhizes et l'agriculture dans le cadre des écrans du planétarium. Jardin des sciences. Campus de Dijon, France. 11 avril 2013 (conférence de vulgarisation).

2012 AP DIV84 Albac S., Dalle F., Bonnin A. (2012). Mise en place d’un modèle in vivo de colonisation digestive

stable à C. albicans chez la souris immunocompétente. In "Journée des Doctorants." Dijon, France. 12 mars 2012 (participation à manifestation de communication).

AP DIV85 Albac S., López Alayón C., Bon F., Vincent F., Croisier-Bertin D., Da Silva S., Hayez D., d’Enfert C., Sautour M., Dalle F. (2012). Mise au point d’un modèle de co-culture cellules M/entérocy tes et d’un modèle de colonisation digestive stable chez la souris immunocompétente per mettant d’étudier les interactions cellulaires et moléculaires in vitro et in vivo de C. albicans avec la muqueuse digestive. In "18ème Forum des Jeunes Chercheurs." Besançon, France. 6-7 septembre 2012 (participation a manifestation de communication).

AP DIV86 Arrouays D., Lemanceau P., Soussana J.-F. (2012). Connaître les sols français pour mieux les gérer "Conseil d’Administration national de l’INRA." Nancy, France. 15 juin 2012 (dissémination vers les professionnels, producteurs, slides).

AP DIV87 Astier J., Besson-Bard A., Bourque S., Lamotte O., Wendehenne D. (2012). Immunité des plantes: premières identifications et analyses structurales de protéines régulées par le monoxyde d'azote. «Agriculture, Biodiversité, Environnement, Comportement, Aliment» Commentaire relatif à l'article: Astier J. et al. (Biochem. J. 447, 249–260, 2012)-Document en ligne sur le site de l'IFR IABECA). 2p. http://iabeca.com/?p=583.

AP DIV88 Bordin I. (2012). Etude de l'interaction de Candida albicans avec les cellules entérocytaires Caco-2. Mise au point d'une technique d'amplification génique pour la recherche des Mollicutes. Mémoire de DUT. Encadrants: Dalle F., Bon F. 20p.

AP DIV89 Boulisset F. (2012). Influence de l'auxine sur le developpement in vitro de la graine de Medicago truncatula, genotype sauvage et transformants. Rapport de stage Master 1 Sciences, Technologies, Vie, Terre et Santé. Spécialité Biologie Cellulaire et Physiologie. Dijon: Encadrant: Ochatt S., 20p.

AP DIV90 Brivet X. (2012). Impact du travail du sol sur l'abondance et la biodiversité des communautés microbiennes. Rapport de stage Master 1 Sciences de l'Environnement. Dijon. Encadrants: Viollet A., Ranjard L. 25p.

AP DIV91 Burstin J. (2012). Le projet PeaMUST. In «1er Cru n°79 – Journal interne INRA Dijon». Avril, p.8. AP DIV92 Chauvel B. (2012). Lutte contre l’ambroisie. La résistance s’organise. Interview. In «Côte d’Or

magazine» n°121, mai, p.16. AP DIV93 Chauvel B. & Martinez Q. (2012). Ambrosia 2012. In «1er Cru n°79–Journal interne INRA Dijon».

avril, p.2. AP DIV94 Colbach N. (2012). Alomysys, un modèle simulant l’évolution de la flore adventice sous l’effet des

pratiques agricoles. Fiche Presse INRA n°13. AP DIV95 Compayre C. (2012). Paramétrage d'un modèle pour évaluer l'impact des changements de pratiques

agricoles sur la flore adventice. Mémoire de DUT. Encadrants: Colbach N.; Strbik F. 17p.+annexes. AP DIV96 Darmency H., Reboud X. (2012). Les OGM ont perdu la guerre contre les mauvaises herbes.

Interview, résumé par Y. Miserey. In «Le Figaro», 25 mai 2012. AP DIV97 Desessard J.-F. (2012). L'étude des sols, un domaine qui explose aujourd'hui. Interview de L.

Ranjard. In "Bulletins Électroniques France, Veille technologique internationale", 19 avril 2012.

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AP DIV98 Didier F. (2012). Effets de la contrainte hydrique sur la production foliaire chez différentes espèces d’Astéracées envahissantes et non envahissantes. Mémoire de stage L2 EPX. Directeur de stage: Laitung B. 15p.

AP DIV99 France 3 Bourgogne. (2012). Dijon: une serre robotisée pour l'INRA. Bernard C., Salon C., Etiévant P. 14 juillet 2012. (article et vidéo 1m45).

AP DIV100 Gaudin G. (2012). Dossier Sol. Participation de L.Ranjard. In "Campagnes et Environnement", n°20. septembre 2012. p.28.

AP DIV101 Hénault C., Revellin C. (2012). Des inoculants de légumineuses pour réduire les émissions des sols en oxyde d'azote nitreux. In "En direct des labos-Journal INRA en ligne", 6 septembre.

AP DIV102 Jeandroz S., Cadet J., Chasseray M. (2012). Amélioration génétique de la moutarde brune (Brassica juncea)-Apports du marquage moléculaire pour la création de génotypes de type hiver. "Journée technique, Mois de l'Innovation en Bourgogne "Génotypage de variétés végétales: un outil pour établir les filières plants sains." Dijon, France. 22 octobre 2012 (dissémination vers les professionnels, producteurs, slides).

AP DIV103 Lamotte O. (2012). Le monoxyde d'azote (NO) chez les plantes. Un messager cellulaire impliqué dans la signalisation des réponses de défense - l'exemple du modèle N. tabacum / cryptogéine. Université Nancy 1, France. 12 novembre 2012 (dissémination vers les professionnels, invité).

AP DIV104 La Rédaction. (2012). Les champs du possible. Dossier sur l'Agroécologie. In "INRA Magazine", n°22. p.I-V.

AP DIV105 La Rédaction. (2012). Agroécologie: des racines pour demain. Article sur l'Agroécologie. In "La Gazette de Côte d'Or", n°323. p.17.

AP DIV106 Lecourtier V. (2012). Etude de l'adaptation de Listeria monocytogenes à son environnement. Rapport de stage IUT Génie Biologique. Dijon. Encadrants: Piveteau P., Vivant A.L. 29p.

AP DIV107 Lemanceau P. (2012). Recherches en Agroécologie. "Chambre Régionale d'Agriculture de Bourgogne." Dijon, France. juin 2012 (dissémination vers les professionnels, producteurs, slides).

AP DIV108 Lienhard P., Tivet F., Chabanne A., Dequiedt S., Lelièvre M., Sayphoummie S., Leudphanane B., Chemidlin Prévost-Bouré N., Séguy L., Maron P.-A., Ranjard L. (2012). Le semis direct sous couverture végétale favorise les microbes du sol. (communiqué à diffusion interne). Dijon.

AP DIV109 Manaargadoo-Catin L. (2012). Evaluation de l'efficacité de deux protocoles d'extraction d'ADN du sol. Rapport de BTS Bio-Analyses et Contrôles. Dijon. Maitres de stage: Nowak V., Ranjard L. 46p.

AP DIV110 Munier-Jolain N. (2012). Cultiver sans herbicides? Possible dit l'INRA. Libération. 24 septembre 2012 (interview vidéo INRA).

AP DIV111 Munier-Jolain N. (2012). Cultiver sans herbicides? Possible dit l'INRA. Interview article par S. Huet. In «Libération», 24 septembre 2012.

AP DIV112 Paillard G. (2012). Le Centre Inra de Dijon. Intervenants : Lemanceau P., Dequiedt S., Steinberg C., Burstin J., Mougel C., Wipf D., Munier-Jolain N., Salon C., Chauvel B., Reboud X., Montuelle B., Détang-Dessendre C., Rénahy N., Hilal M., Compagnone C., Petit S., Pénicaud L., Issanchou S., Sémon E., Grosmaître X., Beuvier E., Duboz G. (Film INRA Web TV 18 min).

AP DIV113 Pauchard L.-A., Charles P.E. (2012). Impact de la modulation de la réponse inflammatoire pulmonaire et systémique de l'hôte mediée par Toll-Like Receptor 2 dans un modèle animal de pneumopathie acquise sous ventilation mécanique à Staphylococcus aureus. "18ème Forum des Jeunes Chercheurs." Besançon, France. 6-7 septembre 2012 (participation a manifestation de communication).

AP DIV114 Pauchard L.-A., Charles P.E. (2012). Impact de la modulation de la réponse inflammatoire pulmonaire et systémique de l'hôte mediée par Toll-Like Receptor 2 dans un modèle animal de pneumopathie acquise sous ventilation mécanique à Staphylococcus aureus. "Journée des Doctorants " Dijon, France. 12 mars 2012 (participation a manifestation de communication).

AP DIV115 Pautrat R. (2012). Effet du stress hydrique sur la biomasse racinaire de 16 espèces d'Astéracées. Mémoire de stage L2 EPX. Directeur de stage: Laitung B. 14p.

AP DIV116 Perino H. (2012). "Secrets des champs ou Le potentiel du végétal". Intervenants : Guyot J.M., Frandon J.P., Cavalaglio S., Viannay D., Cortesero A.M., Vian J.F., Essiane-Ondo O., Wipf D., Supiot N., Simonneaux C., Lavier B., Chauvel B., Thomas F., Baltassat R., Serpolay J., Liagre V. Rés’OGM info. Crest, France. Octobre (Film 85m).

AP DIV117 Redecker D. (2012). Un code-barre pour les champignons - La détermination d'un gène type pour tous les champignons va faciliter les analyses de biodiversité à large échelle. (communiqué à diffusion interne). Dijon. 1p.

AP DIV118 Simonin G., Salon C. (2012). Dijon : une nouvelle plateforme de phénotypage haut débit. In "INRA Magazine", n°23. Décembre 2012. p.3.

AP DIV119 Tripied J. (2012). Optimisation des temps réactionnel de PCR quantitative via l'évaluation de différents mix fast. Rapport de 1ère année de BTS Bio-Analyses et contrôles. Dijon. Maitres de stage: Ranjard L., Nowak V. 35p.

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AP DIV120 UMR Agroécologie (Pôle EcolDur, contact scientifique: Nicolas Munier-Jolain). (2012). INRA - 10 ans d'essais de systèmes de culture en protection intégrée-La Flore adventice est maîtrisable par les techniques alternatives aux herbicides. D'après le communiqué du service de presse de l'INRA "10 ans d'expérimentation à l'INRA de Dijon en protection intégrée. Comment réduire l'utilisation d'herbicides en grande culture." (interview de N. Munier-Jolain, film). In «Terres de Bourgogne» n°1173. 6 juillet. p5.

AP DIV121 Vitagora. (2012). Lionel Ranjard : La passion des sols et de leur diversité microbienne. Portrait. In "Vitanews", n°43. mars 2012. p.11.

AP DIV122 Wipf D. (2012). Les champignons, un monde à découvrir, des champignons par centaines. (participation à l'organisation d'exposition grand public, co-organisateur avec la Société de Mycologie de Côte d’Or du Salon du Champignon). Dijon, France. 13-14 octobre 2012.

AP DIV123 Wipf D. (2012). Les mycorhizes, un acteur clé d’une agriculture durable. Quinzaine de l’environnement du Lycée Jules Renard et Raoul Follereau. Nevers, France. 19 avril (conférence de vulgarisation).

AP DIV124 Wipf D. (2012). Les mycorhizes. Bac FM. Nevers, France. 19 avril (radio).

12.11. Organisations de colloques de portée nationale/internationale

2014 AP CO1. Neve P., Beffa R., Collavo A., Hamouzová K., Délye C., Ulber L. (2014). European Weed Research

Society (EWRS) workshop "Herbicide-Resistance in Europe: challenges, opportunities and threats". (organisateurs du colloque).

2013 AP CO2. Assemat L., Bonin L., Bouchot C., Damoiseau L., Darmency H., Delattre M., Delos M., Delost C.,

Deneufbourg F., Denieul C., Desforges J.-C., Gandon M., Gasquez J., Grosman J., Guillemin J.-P., Lieven J., Locatelli A., Marnotte P., Marquet N., Michi H., Pasquereau J.-L., Plancke M.-P., Poulsen V., Printz P., Real B., Ricateau J.-F., Rodriguez A., Thibault L., Vanthuyne P., Zarb S. (2013). Résistances des adventices aux herbicides en France : situation actuelle et perspectives. In "22e Conférence du Columa, Journées internationales sur la lutte contre les mauvaises herbes". Association Française de Protection des Plantes, AFPP. Dijon, France, 10-12 décembre 2013. (Comité d’organisation).

AP CO3. Corio-Costet M.-F., Debieu D., Délye C., Fillinger S., Grosman J., Micoud A., Reynaud V., Siegwart M., Walker A.-S. (2013). Journées d’Échanges sur les Résistances aux produits de protection des plantes 2013. Avignon, France, 21-22 octobre 2013. (membre du comité d'organisation, https://colloque.inra.fr/resistances_pesticides_2013).

AP CO4. Lichtfouse E., Schwarzbauer J., Cheronet A. (2013). Symposium - Sustainable energy, food risk and emerging pollutants: expect the unexpected. "Spring ACS meeting." New Orleans, USA, avril 7-11 2013 (organisateurs du symposium).

AP CO5. Merdinoglu D., Lemoine M.-C., Pelsy F., Martin A., Butterlin G. (2013). Première Rencontre du Nouveau Réseau Vigne et Vins Septentrional Colloque RVVS 2013. Colmar, France, 1-2 juillet 2013. (organisateurs du colloque, https://colloque.inra.fr/rvvs2013).

2012 AP CO6. Equipe 1 CAPA Pôle EcolDur UMR Agroécologie. (2012). Ive journées francophones des sciences

de la conservation. Le Réveil du Dodo IV. Dijon, France, 2-4 mai 2012 (membre du comité d'organisation, http://dodo.u-bourgogne.fr/).

AP CO7. Lichtfouse E., Schwarzbauer J., Robert D. (2012) Symposium Environmental Chemistry for a Sustainable Word. Spring ACS meeting. San Diego, États-Unis, 25-29 mars 2012.

AP CO8. Redecker D., Franken P., Wipf D. (2012). Third french-german meeting on plant-microbe interactions. Dijon, France, 26 septembre 2012. (organisateurs du colloque).

AP CO9. Simon-Plas F. (2012). International Conference on Membrane Domains. 27-30 novembre 2012 Dijon, France (membre du comité d'organisation, https://colloque.inra.fr/dijon_domains).