1

LE B. A. BA de la bactériologie :

On ne trouve que ce que l’on

cherche…..Dr O. BELLONDr O. BELLON

Centre hospitalier du pays d’Aix Centre hospitalier du pays d’Aix

2

Pourquoi prélever?

• Prélèvements diagnostiquesPrélèvements diagnostiques : :– fait ou confirme le diagnosticfait ou confirme le diagnostic– Précise le ou les microorganismesPrécise le ou les microorganismes– Permet de faire l’antibiogramme ou de Permet de faire l’antibiogramme ou de

connaître la sensibilité du germeconnaître la sensibilité du germe

• Prélèvements épidémiologiquesPrélèvements épidémiologiques– PrédictifsPrédictifs– SuiviSuivi

• Relations avec le laboratoire +++Relations avec le laboratoire +++

3

Pourquoi prélever?

• Uniquement les micro-organismes Uniquement les micro-organismes intéressantsintéressants– PatientPatient– EnvironnementEnvironnement

• Donc bon protocole de prélèvementDonc bon protocole de prélèvement– Elimination des MO contaminantsElimination des MO contaminants– Elimination des MO colonisantsElimination des MO colonisants

• Donc bonne prescription bien relayée…..Donc bonne prescription bien relayée…..

4

Pourquoi prélever?

• Relation avec les laboratoires +++Relation avec les laboratoires +++

5

Exemple

• Monsieur DUPONT atteint d’une Monsieur DUPONT atteint d’une spondylodiscitespondylodiscite

• Prélèvement bactériologique par ponction Prélèvement bactériologique par ponction vertébralevertébrale

• Mis sous vancomycine (staphylocoque le Mis sous vancomycine (staphylocoque le plus probable)plus probable)

• Cultures stériles en 15 jours……….Cultures stériles en 15 jours……….

6

• Secondairement nouveaux prélèvement pour Secondairement nouveaux prélèvement pour culture pour recherche de BK……culture pour recherche de BK……

7

Equilibre agression-défense

Inoculum

DéfenseVoies aériennes

stériles

Inoculum Défense Voies aériennes colonisées

Inoculum

Défense

Pneumonie

8

Rôle du bactériologiste

• Isoler les germesIsoler les germes– tester la sensibilité et dépister les résistances tester la sensibilité et dépister les résistances

(interprétation)(interprétation)– aide à la mise en place d ’un traitement aide à la mise en place d ’un traitement

efficaceefficace– suivi épidémiologiquesuivi épidémiologique

• Fonction d ’alerteFonction d ’alerte– Avec ou sans germe isoléAvec ou sans germe isolé

9

Informatisation : intérêt

• Tableaux synthétiques sur les isolements d’un serviceTableaux synthétiques sur les isolements d’un service• Tendance évolutive de l’écologie Tendance évolutive de l’écologie • Résistance aux antibiotiquesRésistance aux antibiotiques• Identification de phénomènes épidémiquesIdentification de phénomènes épidémiques

Collaboration étroite entre équipe opérationnelle Collaboration étroite entre équipe opérationnelle d’hygiène, le laboratoire de microbiologie et les d’hygiène, le laboratoire de microbiologie et les services cliniques et outils informatiques performantsservices cliniques et outils informatiques performants

10

Prélèvements• le biologiste s ’occupe :le biologiste s ’occupe :

– des prélèvements des prélèvements issus de maladesissus de malades• diagnostic de l ’infectiondiagnostic de l ’infection

• identification des BMR en routineidentification des BMR en routine

– des prélèvements des prélèvements à visée épidémiologiqueà visée épidémiologique issus de malades ou de patientsissus de malades ou de patients

• utilisation de milieux standards ou sélectifs utilisation de milieux standards ou sélectifs

– des prélèvements d ’des prélèvements d ’environnementenvironnement• milieux et techniques spécifiquesmilieux et techniques spécifiques

11

Prélèvements : qualité• Patients ET environnementPatients ET environnement

• QualitéQualité– PrescriptionPrescription– PrélèvementPrélèvement– TransportTransport– Milieux ensemencés et atmosphères utiliséesMilieux ensemencés et atmosphères utilisées– Germes étudiésGermes étudiés– Rendu des résultatsRendu des résultats– Utilisation des résultatsUtilisation des résultats

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Stratégie

• Quand prélever ?Quand prélever ?

• comment prélever ?comment prélever ?

• comment analyser ?comment analyser ?

• que faire du résultat ?que faire du résultat ?

• Se référer au REMICSe référer au REMIC : : référentiel de référentiel de microbiologie de la Société Française de microbiologie de la Société Française de Microbiologie.Microbiologie.

13

Le patient

14

Hémocultures

15

Quand prélever• • ContexteContexte

– Le Le sang est normalement stérile.sang est normalement stérile.– La bactériémie correspond à la présence de bactéries dans La bactériémie correspond à la présence de bactéries dans

le sang. le sang. – Elle est confirmée par l’isolement d’un ou plusieurs Elle est confirmée par l’isolement d’un ou plusieurs

germes pathogènes dans les hémocultures.germes pathogènes dans les hémocultures.– L’entité clinique dénommée précédemment « septicémie » L’entité clinique dénommée précédemment « septicémie »

n’est plus utilisée à l’heure actuelle car elle associait deux n’est plus utilisée à l’heure actuelle car elle associait deux entités différentes : d’une part un état bactériémique entités différentes : d’une part un état bactériémique prolongé, d’autre part un état infectieuxprolongé, d’autre part un état infectieux qui, suivant les qui, suivant les cas, pouvait aller du sepsis simple au choc septique.cas, pouvait aller du sepsis simple au choc septique.

  

16

  Prélèvement

– Pour tous les établissements de santé, le Pour tous les établissements de santé, le protocole de prélèvementprotocole de prélèvement des hémocultures des hémocultures doit être doit être validé par le CLINvalidé par le CLIN. . 

– Un prélèvementUn prélèvement d’hémoculture correspond à d’hémoculture correspond à l’ensemencement de l’ensemencement de 1, 2 voire 3 flacons1, 2 voire 3 flacons prélevés au cours d’une même ponction, prélevés au cours d’une même ponction, selon que l’on recherche des bactéries selon que l’on recherche des bactéries aérobies, anaérobies voire des levures ou des aérobies, anaérobies voire des levures ou des champignons.champignons.

17

Mode de prélèvement• Il est impératif de Il est impératif de limiter la contaminationlimiter la contamination

– microbienne du prélèvement de sang microbienne du prélèvement de sang – du préleveur au sang (VHC, VIH).du préleveur au sang (VHC, VIH).

• Les Les principales étapesprincipales étapes sont les suivantes : sont les suivantes :– désinfection de l’désinfection de l’operculeopercule des flacons des flacons – désinfection du désinfection du point de ponctionpoint de ponction – avec un avec un produit adaptéproduit adapté ; ;– lavage ou lavage ou désinfection des mainsdésinfection des mains du préleveur ; du préleveur ;– port de port de gantsgants ; ;– ne plus palper la veine après cette étape ;ne plus palper la veine après cette étape ;– prélever le sang prélever le sang – identifier correctementidentifier correctement l’ensemble des flacons. l’ensemble des flacons.

18

Mode de prélèvement• La ponction veineuse est la seule méthode La ponction veineuse est la seule méthode

valable pour prélever le sang en vue de sa valable pour prélever le sang en vue de sa mise en culture.mise en culture.

• Les autres sites de prélèvement, Les autres sites de prélèvement, notamment les recueils de sang à travers notamment les recueils de sang à travers un cathéter, augmentent de façon un cathéter, augmentent de façon significative la fréquence des significative la fréquence des contaminants.contaminants.

19

Quantité de sang prélevé• La quantité de sang à prélever doit être La quantité de sang à prélever doit être

suffisante.suffisante. – En effet, la En effet, la densité des bactériesdensité des bactéries présentes dans le présentes dans le

sang est généralement très faible chez l'adulte, de sang est généralement très faible chez l'adulte, de l’ordre de l’ordre de 1 UFC/ml1 UFC/ml au cours des épisodes au cours des épisodes bactériémiques.bactériémiques.

– Il existe une relation directe entre le volume de sang Il existe une relation directe entre le volume de sang inoculé dans les flacons d'hémoculture et le inoculé dans les flacons d'hémoculture et le rendement de la technique.rendement de la technique.

– Un volume de 20 ml de sang prélevé augmente le Un volume de 20 ml de sang prélevé augmente le pourcentage de positivité. pourcentage de positivité. 

20

Prélèvement

•

21

prélèvement

22

Cultures• Intérêt du prélèvement en flacon anaérobieIntérêt du prélèvement en flacon anaérobie

– permet la culture des bactéries anaérobies strictes (agents permet la culture des bactéries anaérobies strictes (agents étiologiques importants après chirurgie digestive et gynécologique)étiologiques importants après chirurgie digestive et gynécologique)

– les streptocoques poussent mieux en atmosphères anaérobiesles streptocoques poussent mieux en atmosphères anaérobies– augmente la sensibilité du prélèvement (par l'augmentation du augmente la sensibilité du prélèvement (par l'augmentation du

volume de sang prélevé)volume de sang prélevé)

• Composition du milieu de cultureComposition du milieu de culture– nutrimentsnutriments– AnticoagulantsAnticoagulants– agents neutralisant les antibiotiques (résines)agents neutralisant les antibiotiques (résines)– Existence de milieux spéciaux pour la recherche de mycobactéries, Existence de milieux spéciaux pour la recherche de mycobactéries,

de champignons. de champignons.

•    

23

Cultures

• Durée de la cultureDurée de la culture– 5 jours dans la majorité des cas5 jours dans la majorité des cas– 10 jours pour la culture de levures10 jours pour la culture de levures– 28 jours pour la recherche des bactéries du groupe 28 jours pour la recherche des bactéries du groupe

HACEK responsable d'endocardite (HACEK responsable d'endocardite (Haemophilus Haemophilus aphrophilus, Actinobacillus actinomycetemcomitansaphrophilus, Actinobacillus actinomycetemcomitansCardiobacterium hominis, Eikeinella corodens, Cardiobacterium hominis, Eikeinella corodens, Kingella kingaeKingella kingae))

– 42 jours pour la recherche de 42 jours pour la recherche de BrucellaBrucella, , LegionellaLegionella..   

24

Méthodes de culture• Systèmes manuelsSystèmes manuels

– en flacons liquides ou bi-phasiques. en flacons liquides ou bi-phasiques. - Incubation 7 jours à 35°C. - Incubation 7 jours à 35°C. - Mirage (observation) tous les jours (recherche de - Mirage (observation) tous les jours (recherche de trouble, d'hémolyse, de surpression, de coagulation…). trouble, d'hémolyse, de surpression, de coagulation…).

• Systèmes automatiquesSystèmes automatiques– Détection facilitée,Détection facilitée,– Incubation 5 jours à 35°C.Incubation 5 jours à 35°C.– Détection automatique de la pousse bactérienneDétection automatique de la pousse bactérienne

• variation de fluorescence ou du pH du milieu de culture, qui fait variation de fluorescence ou du pH du milieu de culture, qui fait suite à la production de CO2 par les bactéries.suite à la production de CO2 par les bactéries.

• Détection par infra-rouge possible. Détection par infra-rouge possible.

25

Traitements des hémocultures positives au laboratoire

• Examen directExamen direct – coloration de Gram / dans l'heure qui suit la coloration de Gram / dans l'heure qui suit la

détection par l'automate :détection par l'automate :

• TELEPHONE AU MEDECIN TELEPHONE AU MEDECIN – Orientation diagnostic : bacilles ou coccis, Gram +/-Orientation diagnostic : bacilles ou coccis, Gram +/-

• Identification de l'espèce et antibiogrammeIdentification de l'espèce et antibiogramme– disponibles le lendemain.disponibles le lendemain.

26

Au laboratoire

27

Interprétation• Plusieurs hémocultures positives avec la même bactérie : Plusieurs hémocultures positives avec la même bactérie :

– la bactérie identifiée était dans le sang du patient.la bactérie identifiée était dans le sang du patient.

• Une seule hémoculture positive avec un germe Une seule hémoculture positive avec un germe pathogène strictpathogène strict : : – la bactérie identifiée est très probablement dans le sang du la bactérie identifiée est très probablement dans le sang du

patient (dans plus de 90 % des cas)patient (dans plus de 90 % des cas)

• Une hémoculture positive avec une bactérie de la flore Une hémoculture positive avec une bactérie de la flore cutanéecutanée : :– probablement un contaminant dans plus 80 % des cas).probablement un contaminant dans plus 80 % des cas).

  

28

Interprétation– Hémocultures négative malgré contexte Hémocultures négative malgré contexte

d’infection :d’infection :• Prélèvement insuffisant ?Prélèvement insuffisant ?• Traitement antibiotique ?Traitement antibiotique ?• Bactérie ne poussant pas dans le milieuBactérie ne poussant pas dans le milieu ??

– LegionellaLegionella, , – Mycoplasmes, Mycoplasmes, – LeptospiraLeptospira, , – BartonellaBartonella, , – mycobactéries.mycobactéries.

  

29

Le prélèvement– Comment ? Comment ?

• Stérilité absolueStérilité absolue• Ponction veineuse (éviter les cathéters, si possible)Ponction veineuse (éviter les cathéters, si possible)

– Quelle quantité ?Quelle quantité ?• Adulte : 10 à 20 ml (bactériémie maximale : 1 bactérie/ml)Adulte : 10 à 20 ml (bactériémie maximale : 1 bactérie/ml)• Enfant : 1 à 2 ml (densité plus importante)Enfant : 1 à 2 ml (densité plus importante)

– Quand ?Quand ?• Pendant ascension thermique ou pic fébrile.Pendant ascension thermique ou pic fébrile.• Avant traitement antibiotique si possible (ou pendant vallée).Avant traitement antibiotique si possible (ou pendant vallée).

– Combien ?Combien ?• 2 à 3 par séries/ jour . 2 à 3 par séries/ jour . • 30 à 60 minutes minimum entre chaque.30 à 60 minutes minimum entre chaque.• Flacons aérobie et anaérobie la première foisFlacons aérobie et anaérobie la première fois• Possibilité de prélever les 6 flacons en même temps si le nombre de Possibilité de prélever les 6 flacons en même temps si le nombre de

contamination dans la structure est important.contamination dans la structure est important.

30

Résultats• 1745 flacons étaient positifs1745 flacons étaient positifs

– 1497 : positifs vrais 1497 : positifs vrais – 248 : contaminés248 : contaminés– Un germe pathogène ou susceptible de l’être Un germe pathogène ou susceptible de l’être

à été retrouvé dans seulement 7.6% des à été retrouvé dans seulement 7.6% des flacons prélevésflacons prélevés (6.4% en 2005).(6.4% en 2005).

Dr O. BELLON CLIN CHPA 06/2008

31

Poids des hémocultures• Flacons aérobieFlacons aérobie : :

– Sur 63 flacons pesés :Sur 63 flacons pesés :• 21 corrects (33%)21 corrects (33%)

– 5 au moins 10 ml5 au moins 10 ml– 16 ente 5 et 10 ml16 ente 5 et 10 ml

• 42 incorrects42 incorrects– 22 moins de 2 ml……….dont 68% moins de 1ml22 moins de 2 ml……….dont 68% moins de 1ml

• Flacons anaérobieFlacons anaérobie : :– Sur 64 flacons pesés :Sur 64 flacons pesés :

• 16 corrects (25%)16 corrects (25%)– 3 au moins 10 ml3 au moins 10 ml– 13 ente 5 et 10 ml13 ente 5 et 10 ml

• 48 incorrects48 incorrects– 25 moins de 2 ml……….dont 50% moins de 1ml25 moins de 2 ml……….dont 50% moins de 1ml

32

Cathéters

33

Quand prélever

• CathéterCathéter– seulement en cas de suspicion d ’infectionseulement en cas de suspicion d ’infection– pas de prélèvement systématique ++++pas de prélèvement systématique ++++

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Bonnes pratiques de prélèvement

• CathéterCathéter– désinfection préalabledésinfection préalable– retirer le cathéter de façon aseptiqueretirer le cathéter de façon aseptique– couper les 5 derniers cm STERILEMENTcouper les 5 derniers cm STERILEMENT– mettre dans un pot STERILEmettre dans un pot STERILE

• 1 cathéter par pot ++++1 cathéter par pot ++++• que le bout de cathéterque le bout de cathéter

– pas le buterfly……..pas le buterfly……..– pas le sparadrap…...pas le sparadrap…...

35

cathéters

• Multiplicité des Multiplicité des « cathéters »« cathéters »

• Intra-vasculaires ou Intra-vasculaires ou nonnon

• Hétérogénéité des Hétérogénéité des prélèvements malgré prélèvements malgré un même protocoleun même protocole

36

Bonnes pratiques de prélèvement• CathéterCathéter

– apport rapide dans le laboratoireapport rapide dans le laboratoire• moins de 2 heuresmoins de 2 heures

• dessiccation faciledessiccation facile

• multiplication dans le sangmultiplication dans le sang

• coagulation dans le cathétercoagulation dans le cathéter

– noter tous les éléments nécessaires au noter tous les éléments nécessaires au biologiste +++++biologiste +++++

37

Analyses au laboratoire

• CathéterCathéter– plusieurs techniques possiblesplusieurs techniques possibles

• problème de sensibilité et de spécificitéproblème de sensibilité et de spécificité

• que cherche-t-on ?que cherche-t-on ?– les germes externesles germes externes

– les germes internesles germes internes

– les deuxles deux

– cathéter en place ou enlevécathéter en place ou enlevé

38

Analyses au laboratoire• Cathéter :Cathéter :

– matériel en placematériel en place• hémocultures différentielleshémocultures différentielles

• surtout pour les cathéters profonds et les surtout pour les cathéters profonds et les chambres implantableschambres implantables

• hémocultures simultanées (ou <2 heures)hémocultures simultanées (ou <2 heures)– périphériquespériphériques

– sur matérielsur matériel

– rapidité de la culture ou numérationrapidité de la culture ou numération

– prévenir le biologiste ++++prévenir le biologiste ++++

39

Analyses au laboratoire• Cathéter : Cathéter :

– matériel enlevématériel enlevé• culture avec NUMERATIONculture avec NUMERATION

• techniques detechniques de– MAKIMAKI

– CLERICLERI

– BRUN-BUISSONBRUN-BUISSON

40

Interprétations : cathéters

• 4 situations classiques doivent être 4 situations classiques doivent être distinguéesdistinguées– contamination du cathétercontamination du cathéter– colonisation du cathétercolonisation du cathéter– infection clinique sur cathéterinfection clinique sur cathéter– infection bactériémique sur cathéterinfection bactériémique sur cathéter

41

Interprétations : cathéters• situations classiques définies à partir :situations classiques définies à partir :

– bactériologiebactériologie• prélèvementprélèvement

– cathétercathéter

– hémocultures différentielleshémocultures différentielles

– NUMERATION +++++NUMERATION +++++

– cliniqueclinique• signes locauxsignes locaux• signes générauxsignes généraux• autres sites infectésautres sites infectés

42

Interprétations : cathéters

• contamination du cathétercontamination du cathéter– culture positive culture positive

• mais à un mais à un TAUX NON SIGNIFICATIFTAUX NON SIGNIFICATIF

• intérêt de la numération +++intérêt de la numération +++

– ABSENCE DE SIGNES CLINIQUESABSENCE DE SIGNES CLINIQUES • locaux locaux

• ou générauxou généraux

43

Interprétations : cathéters

• colonisation du cathétercolonisation du cathéter– culture positiveculture positive

• taux significatiftaux significatif

• >15 ou >1000 selon la technique ++++>15 ou >1000 selon la technique ++++

• intérêt de noter la technique sur le compte renduintérêt de noter la technique sur le compte rendu

– cliniqueclinique• Absence de signes cliniques GENERAUXAbsence de signes cliniques GENERAUX

• signes locaux possibles mais limités à un signes locaux possibles mais limités à un érythèmeérythème

44

Interprétations : cathéters

• infection clinique sur cathéterinfection clinique sur cathéter– culture positiveculture positive

• taux significatiftaux significatif

– PRESENCE de SIGNES CLINIQUESPRESENCE de SIGNES CLINIQUES• locaux ou générauxlocaux ou généraux

• diminution ou disparition des signes à l ’ablation diminution ou disparition des signes à l ’ablation du cathéterdu cathéter

45

Interprétations : cathéters

• infection bactériémique sur cathéterinfection bactériémique sur cathéter– cultures positivescultures positives

• à un taux significatif pour le cathéterà un taux significatif pour le cathéter

• d ’une hémocultured ’une hémoculture– même germemême germe

– pas d ’autre foyer infectieux à ce même germepas d ’autre foyer infectieux à ce même germe

46

Interprétations : cathéters

• Les situations ne peuvent jamais être Les situations ne peuvent jamais être définies en l ’absence de l ’examen définies en l ’absence de l ’examen clinique : clinique : – liaison clinico-biologique liaison clinico-biologique – ou biologico-clinique ou biologico-clinique – OBLIGATOIREOBLIGATOIRE

47

Urines

48

 L’infection du tractus urinaire (ITU)

• est une des infections les plus est une des infections les plus fréquentesfréquentes

• Cela explique que l’examen Cela explique que l’examen cytobactériologique des urines (ECBU) cytobactériologique des urines (ECBU) soit une des analyses microbiologiques soit une des analyses microbiologiques les plus demandées. les plus demandées.

• Son apparente simplicité d’exécution ne Son apparente simplicité d’exécution ne doit pas faire oublier qu’il convient de doit pas faire oublier qu’il convient de respecter en toute circonstance une respecter en toute circonstance une méthodologie rigoureuse.méthodologie rigoureuse.

49

Nourrisson

• Chez le petit enfant, on doit utiliser un Chez le petit enfant, on doit utiliser un collecteur stérilecollecteur stérile spécifique. spécifique. – Ce dispositif à usage unique adapté à l'anatomie se Ce dispositif à usage unique adapté à l'anatomie se

pose après désinfection soigneuse du périnée et ne pose après désinfection soigneuse du périnée et ne peut être laissé en place plus de 20 à30 minutes.peut être laissé en place plus de 20 à30 minutes.

– Passé ce délai, si l'enfant n'a pas uriné, le dispositif Passé ce délai, si l'enfant n'a pas uriné, le dispositif est éliminé et remplacé par un collecteurneuf. est éliminé et remplacé par un collecteurneuf.

– Dès la miction terminée, le collecteur est ôté et les Dès la miction terminée, le collecteur est ôté et les urines sont transvasées soigneusement dans un urines sont transvasées soigneusement dans un flacon stérile puis acheminées rapidement vers le flacon stérile puis acheminées rapidement vers le laboratoire.laboratoire.

50

Urétérostomie (sans sonde)

• Après nettoyage soigneux de la stomie, Après nettoyage soigneux de la stomie, on met en place un collecteur stérile et on met en place un collecteur stérile et l'on procède comme pour le nourrisson.l'on procède comme pour le nourrisson.

51

Recherche de mycobactéries

• Cet examen de seconde intention Cet examen de seconde intention • exécuté sur prescription spécifique exécuté sur prescription spécifique

ultérieure au vu des premiers résultats ultérieure au vu des premiers résultats de la recherche de bactéries banales,de la recherche de bactéries banales,

• doit être effectuée doit être effectuée – sur la totalité de la première miction du matin, sur la totalité de la première miction du matin, – trois jours de suitetrois jours de suite– Après restriction hydrique.Après restriction hydrique.

52

Recueil des urines chez le patient incontinent

• Le recueil d’urines Le recueil d’urines par sondage urinairepar sondage urinaire – à l’aide d’une sonde de petit calibre à l’aide d’une sonde de petit calibre – n’est acceptable que chez la femme si le recueil des n’est acceptable que chez la femme si le recueil des

urines lors de la miction st impossible.urines lors de la miction st impossible.– Même chez la femme incontinente, le cathétérisme Même chez la femme incontinente, le cathétérisme

n’est pas indispensable et un prélèvement après n’est pas indispensable et un prélèvement après toilette génitale soigneuse peut être considéré toilette génitale soigneuse peut être considéré comme acceptable.comme acceptable.

– Chez l’homme, afin d’éviter les prostatites, on Chez l’homme, afin d’éviter les prostatites, on préférera e recueil par collecteur pénien propre, préférera e recueil par collecteur pénien propre, voire par cathétérisme sus-pubien en cas de voire par cathétérisme sus-pubien en cas de rétention d’urine.rétention d’urine.

53

 Circonstances particulière

Urines du premier jet Urines du premier jet (après éventuel massage (après éventuel massage prostatique)prostatique)Ce mode de prélèvement est intéressant en cas Ce mode de prélèvement est intéressant en cas de uspicion d'infection uréthrale ou prostatique. de uspicion d'infection uréthrale ou prostatique. Il eut être aussi utilisé pour la recherche de Il eut être aussi utilisé pour la recherche de mycoplasmes u de mycoplasmes u de Chlamydia trachomatis Chlamydia trachomatis par par diagnostic énotypique.diagnostic énotypique.  ..

54

  Examen cytobactériologique

• Examen cytologiqueExamen cytologique– Aspect quantitatifAspect quantitatif

• on dénombre les différents éléments figurés on dénombre les différents éléments figurés contenus dans un volume donné de l'urine à contenus dans un volume donné de l'urine à étudier.étudier.

• Leur nombre est rapporté au millilitre.Leur nombre est rapporté au millilitre.

– Aspect qualitatifAspect qualitatif– En cas d'infection urinaire, le processus En cas d'infection urinaire, le processus

inflammatoire e traduit par la présence de :inflammatoire e traduit par la présence de :– ≥ ≥ 104 leucocytes / ml, parfois en amas ;104 leucocytes / ml, parfois en amas ;– ≥ ≥ 104 hématies / ml, témoins de microhémorragies;104 hématies / ml, témoins de microhémorragies;– cellules du revêtement urothélial.cellules du revêtement urothélial.

55

criblage rapide par bandelettes• "au lit du malade »."au lit du malade ».

• une valeur prédictiveune valeur prédictivenégative de 95% chez le négative de 95% chez le patient non sondé.patient non sondé.

• Cette méthode de Cette méthode de dépistage n’est pas dépistage n’est pas utilisable utilisable – chez es patients sondés chez es patients sondés

du fait de la présence du fait de la présence habituelle de leucocyteshabituelle de leucocytes

– chez les patients avec chez les patients avec une vessie neurologique une vessie neurologique qui présentent une qui présentent une leucocyturie chronique.leucocyturie chronique.

56

Mise en culture

• Dénombrement des microorganismesDénombrement des microorganismes– L'évaluation quantitative de la bactériurie peutL'évaluation quantitative de la bactériurie peut

s'opérer par s'opérer par • dilution des urines dilution des urines • ou par techniqueou par technique

de l'anse calibrée de l'anse calibrée • ou parou par méthode de la lame immergée.méthode de la lame immergée.

– Après 24 h d’incubation, voire 48 h Après 24 h d’incubation, voire 48 h • si nécessaire,si nécessaire,•   Identification et antibiogrammeIdentification et antibiogramme

57

Interprétation• renseignements concernantrenseignements concernant

– la clinique, la clinique, – prélèvement prélèvement – et le transportet le transport

• BactériurieBactériurie- < 103 CFU / ml : absence d'infection ;- < 103 CFU / ml : absence d'infection ;- > 105 CFU / ml : infection probable ;- > 105 CFU / ml : infection probable ;- Entre 103 et 105 CFU/ml : zone d'incertitude, variable avec - Entre 103 et 105 CFU/ml : zone d'incertitude, variable avec le caractère communautaire ou nosocomial de l’infection…le caractère communautaire ou nosocomial de l’infection…

• En théorie, En théorie, l’interprétationl’interprétation – s’effectue en prenant ens’effectue en prenant en compte la combinaison des quatre compte la combinaison des quatre

paramètres : paramètres : • BactériurieBactériurie quantitative, quantitative, • leucocyturie quantitative, leucocyturie quantitative, • SymptômesSymptômes urinairesurinaires• et pathogénicité reconnue de laet pathogénicité reconnue de la souche isolée.souche isolée.

58

Quand prélever

• Sonde urinaireSonde urinaire– ne pas prélever la sondene pas prélever la sonde– prélever les urines CORRECTEMENTprélever les urines CORRECTEMENT– prélèvement le plus fréquentprélèvement le plus fréquent– banalisébanalisé– souvent mal faitsouvent mal fait

59

Quand prélever

• Sonde urinaireSonde urinaire– colonisation rapidecolonisation rapide– variable avec la matériauvariable avec la matériau

• latexlatex• siliconesilicone

– contamination rétrogradecontamination rétrograde• posepose• après la poseaprès la pose• système non clos, sans valve anti-retoursystème non clos, sans valve anti-retour

60

Bonnes pratiques de prélèvement• UrineUrine

– jamais dans le sac collecteurjamais dans le sac collecteur

– ne pas rompre le système closne pas rompre le système clos

– ponction au niveau de la sondeponction au niveau de la sonde• site de prélèvementsite de prélèvement

• ponction de la sondeponction de la sonde

• désinfection du point de prélèvement +++désinfection du point de prélèvement +++

– recueillir l ’urine au changement de sonde +++recueillir l ’urine au changement de sonde +++

– ponction sus-pubienneponction sus-pubienne

– problème des sondes d ’urétérostomiesproblème des sondes d ’urétérostomies

61

Bonnes pratiques de prélèvement• UrineUrine

– apport rapide dans le laboratoireapport rapide dans le laboratoire• multiplication +++ à température ambiantemultiplication +++ à température ambiante• X 10 en 1HX 10 en 1H• X 100 en 2H ……….. À 37°CX 100 en 2H ……….. À 37°C• conserver à 4°C mais problème du pyocyanique conserver à 4°C mais problème du pyocyanique

– noter tous les éléments nécessaires au noter tous les éléments nécessaires au biologiste +++++biologiste +++++

– CBU sur sonde : seuil d’étude différentCBU sur sonde : seuil d’étude différent– CBU sur néphrostomie : seuil plus bas ++++CBU sur néphrostomie : seuil plus bas ++++

62

Analyses au laboratoire• Urines :Urines :

– numération des cellulesnumération des cellules• leucocytesleucocytes

• hématieshématies

• cristauxcristaux

• cylindrescylindres

– culture avec numération (compte de KASSculture avec numération (compte de KASS• lame immergéelame immergée

• 10 microlitres ou 1 microlitre10 microlitres ou 1 microlitre

• germes banauxgermes banaux

63

Interprétations :urines• Classiquement en fonction :Classiquement en fonction :

– nombre de leucocytesnombre de leucocytes

– numération des germesnumération des germes• < 1000/ mL< 1000/ mL

• > 100 000/ mL> 100 000/ mL

• <10 si ponction suspubienne…..<10 si ponction suspubienne…..

– nombre d ’espèces isoléesnombre d ’espèces isolées• mono, bi, tri ou plusmono, bi, tri ou plus

– Clinique +++++Clinique +++++

64

Interprétations :urines• Nombre de leucocytesNombre de leucocytes

– non utilisable en cas de sonde : leucocyturie non utilisable en cas de sonde : leucocyturie réactionnelle réactionnelle

• Nombre de bactéries et d ’espècesNombre de bactéries et d ’espèces– Se référer aux différents consensus ++++Se référer aux différents consensus ++++

65

Interprétations :urines• Signes cliniquesSignes cliniques

– symptomatologie urinairesymptomatologie urinaire• patentepatente

– dysuriedysurie

– pollakiuriepollakiurie

– pesanteur vésicalepesanteur vésicale

– hématurie macroscopiquehématurie macroscopique

• évocatriceévocatrice– incontinenceincontinence

– douleur lombairedouleur lombaire

– hyperthermiehyperthermie

66

Interprétations :urines• Signes cliniquesSignes cliniques

– symptomatologie trompeusesymptomatologie trompeuse• protéinurieprotéinurie• personne âgéepersonne âgée• nourrissonnourrisson• diabétiquediabétique

• cas des CBU systématiquescas des CBU systématiques– femme enceintefemme enceinte– bilan pré-opératoirebilan pré-opératoire– contrôle post-thérapeutiquecontrôle post-thérapeutique

67

Interprétations :urines• ATTENTION +++++ numérations ATTENTION +++++ numérations

valables uniquement si : valables uniquement si : – conditions de prélèvement aseptiques ++++conditions de prélèvement aseptiques ++++– transport rapide au laboratoiretransport rapide au laboratoire– ensemencement rapide au niveau du ensemencement rapide au niveau du

laboratoirelaboratoire– notion de sondage explicitement donnée au notion de sondage explicitement donnée au

laboratoirelaboratoire

68

Pus

69

Prélèvement et transport• La recherche de bactéries particulières doit La recherche de bactéries particulières doit

faire l’objet de procédures spécifiquesfaire l’objet de procédures spécifiques– mycobactéries,mycobactéries,Brucella Brucella spp.spp., Neisseria gonorrhoeae, , Neisseria gonorrhoeae,

BorreliaBorrelia burgdorferi, Campylobacter, burgdorferi, Campylobacter, LegionellaLegionella,,Mycoplasma Mycoplasma spp., spp.,

• Les prélèvements doivent être acheminés le Les prélèvements doivent être acheminés le plus rapidement possible au laboratoire (moins plus rapidement possible au laboratoire (moins de 2 h à 20°C) pour éviter la dénaturation des de 2 h à 20°C) pour éviter la dénaturation des cellules ou la mort des bactériescellules ou la mort des bactéries..

70

Prélèvement et transport• Ces prélèvements Ces prélèvements doivent être réalisésdoivent être réalisés

– si possible avant toute antibiothérapie, si possible avant toute antibiothérapie, – dans des conditions très strictes d’asepsie,dans des conditions très strictes d’asepsie,– après après désinfection soigneuse de la peaudésinfection soigneuse de la peau pour éviter toute pour éviter toute

contamination par la flore commensale cutanéomuqueuse contamination par la flore commensale cutanéomuqueuse au point de ponctionau point de ponction

• Les prélèvements effectués au bloc opératoire Les prélèvements effectués au bloc opératoire doivent être privilégiés,doivent être privilégiés,

• savoir les répétérsavoir les répétér• Les accompagner de renseignements cliniques Les accompagner de renseignements cliniques

surtout lors de suspicion d’infection ostéoarticulaire.surtout lors de suspicion d’infection ostéoarticulaire.

71

Prélèvement et transport• la quantité de liquide ponctionné doit être suffisante la quantité de liquide ponctionné doit être suffisante

::– examens cytologique, bactériologique, biochimique et examens cytologique, bactériologique, biochimique et

anatomopathologique.anatomopathologique.

Les prélèvements à l’aide d’écouvillons secs sont à Les prélèvements à l’aide d’écouvillons secs sont à déconseiller formellement.déconseiller formellement.

• Le conditionnement de ces liquides doit garantir la Le conditionnement de ces liquides doit garantir la survie des bactéries anaérobies strictes.survie des bactéries anaérobies strictes.

• En cas de suspicion d’infection, associer aux En cas de suspicion d’infection, associer aux prélèvements deux flacons d’hémocultures (aérobie prélèvements deux flacons d’hémocultures (aérobie et anaérobie)et anaérobie)

72

Examen bactériologique

• Examen macroscopiqueExamen macroscopique

• Examen microscopiqueExamen microscopique

• CultureCulture

• Sensibilité aux antibiotiquesSensibilité aux antibiotiques

• InterprétationInterprétation

  

73

REMIC

• Le nouveau REMIC a été publié fin 2010Le nouveau REMIC a été publié fin 2010

• Augmentation des recommandations pour la Augmentation des recommandations pour la phase pré-analytiquephase pré-analytique

74

L’environnement• Eaux Eaux

• AirAir

• SurfacesSurfaces

• Méthodologies particulièresMéthodologies particulières

• Milieux différents de ceux utilisés pour les Milieux différents de ceux utilisés pour les bactéries provenant des hommesbactéries provenant des hommes

75

Hospital environment  – La contamination de l’environnement est La contamination de l’environnement est

fonction fonction • de la quantité de germe apportée, de la quantité de germe apportée, • de la capacité de Prolifération et de survie de la capacité de Prolifération et de survie

dans l’environnement dans l’environnement • et de la quantité de germes retirée.et de la quantité de germes retirée.

76

Surfaces • Combien de temps survit sur une surface Combien de temps survit sur une surface

séche :séche :

• VirusVirus– HIV?HIV?– Hepatite C?Hepatite C?

• BactérieBactérie– S. aureus?S. aureus?

– Acinetobacter?Acinetobacter?

– Clostridium difficile?Clostridium difficile?

77

Surfaces (A)

78

Hôpital : environment  – Caractéristiques particulières des germes de Caractéristiques particulières des germes de

l’environnement :l’environnement :• Souvent multirésistants aux antibiotiques......Souvent multirésistants aux antibiotiques......

• Mais peu virulents.Mais peu virulents.

• Préfèrent des températures d’incubation basses Préfèrent des températures d’incubation basses pour pousserpour pousser

• Ne poussent pas forcément sur les milieux riches Ne poussent pas forcément sur les milieux riches utilisés en pratique médicaleutilisés en pratique médicale

• Poussent lentementPoussent lentement

• Milieux spécifiques préférables : TS (R2A) à garder Milieux spécifiques préférables : TS (R2A) à garder plus longtemps pour amléliorer la sensibilité....plus longtemps pour amléliorer la sensibilité....

79

Milieux• Aux milieux de culture doivent être Aux milieux de culture doivent être

associées des substances capables de associées des substances capables de neutraliser les détergents/désinfectants neutraliser les détergents/désinfectants utilisés lors des opérations deutilisés lors des opérations de

• nettoyage nettoyage – Tween 80, Tween 80, – lécithine, lécithine, – L-Histidine, etc..L-Histidine, etc..

• Le plus souvent en mélangeLe plus souvent en mélange

80

Milieux

• IncubationIncubation– Flore bactérienne aérobie mésophile : Flore bactérienne aérobie mésophile :

• 30°C30°C

• pendant 3 jours minimum.pendant 3 jours minimum.

– Champignons : Champignons : • 25°C 25°C

• pendant 5 jours minimumpendant 5 jours minimum

81

Au total• La La contamination de l'environnement hospitalier variecontamination de l'environnement hospitalier varie : :

– qualitativement et quantitativementqualitativement et quantitativement

– d'un établissement à un autre,d'un établissement à un autre,

– et au sein d'un même établissement, en fonctionet au sein d'un même établissement, en fonction

• des services,des services,

• des patients, des soins pratiqués, des patients, des soins pratiqués,

• de la capacité de survie des micro-organismes dans l'environnementde la capacité de survie des micro-organismes dans l'environnement

• Et de la qualité de l’entretienEt de la qualité de l’entretien

• chaque établissement de santé doit adapterchaque établissement de santé doit adapter la stratégie de la stratégie de contrôlecontrôle– de son environnement, de son environnement,

– en fonction de zones à risque en fonction de zones à risque

– zones définies par le CLIN et l ‘équipe opérationnelle d’hygiènezones définies par le CLIN et l ‘équipe opérationnelle d’hygiène..

82

Au total : maîtrise• maîtrise de l'environnement indispensablemaîtrise de l'environnement indispensable : :

– protection des patients (fragiles) et du personnel. protection des patients (fragiles) et du personnel.

• repose sur la mise en œuvre de démarches d'analyse des risques : repose sur la mise en œuvre de démarches d'analyse des risques : – définition de niveaux de qualité requis adaptés à chaque type de situation.définition de niveaux de qualité requis adaptés à chaque type de situation.

• La stratégie de surveillance = démarche raisonnée La stratégie de surveillance = démarche raisonnée ::– prélèvements microbiologiques seulement si réellement utilesprélèvements microbiologiques seulement si réellement utiles

– actions à mener sur la base des résultats des analysesactions à mener sur la base des résultats des analyses

– indicateursindicateurs

– en priorité, contrôles des procédés.en priorité, contrôles des procédés.

83

limites• pour chaque type de contrôle, l’établissement de soins retient pour chaque type de contrôle, l’établissement de soins retient

::– des méthodes de prélèvement et d’analyse si possible normalisées ou à des méthodes de prélèvement et d’analyse si possible normalisées ou à

défaut standardisées ;défaut standardisées ;– des critères d’interprétation à 3 niveaux :des critères d’interprétation à 3 niveaux :

• ciblecible,,• alerte alerte • action.action.

– établis en tenant compteétablis en tenant compte• de la réglementation existante, de la réglementation existante, • de recommandationsde recommandations• ou à défaut définis par l’utilisateurou à défaut définis par l’utilisateur

84

limites• Le niveau Le niveau cible cible

– niveau de qualité qui vise à assurer et à maintenir des niveau de qualité qui vise à assurer et à maintenir des conditions conditions normalesnormales de fonctionnement dans le contexte d’un environnement de fonctionnement dans le contexte d’un environnement maîtrisé.maîtrisé.

• Le niveau Le niveau d’alerted’alerte– niveau permettant une première alerte en cas de dérive par rapport aux niveau permettant une première alerte en cas de dérive par rapport aux

conditions normales . conditions normales .

– Dépassement : vérifier les résultats observés et de s’assurer que le Dépassement : vérifier les résultats observés et de s’assurer que le processus et/ou l’environnement sont toujours maîtrisés. Délais d’analyse processus et/ou l’environnement sont toujours maîtrisés. Délais d’analyse : les premières mesures correctives peuvent être prises.: les premières mesures correctives peuvent être prises.

• Le niveau Le niveau d’action d’action – est le niveau devant impérativement déclencher, lorsqu’il est dépassé, une est le niveau devant impérativement déclencher, lorsqu’il est dépassé, une

réaction immédiate avec analyse des causes du dysfonctionnement et mise réaction immédiate avec analyse des causes du dysfonctionnement et mise en œuvre d’actions correctives. en œuvre d’actions correctives.

85

Types de prélèvements• procédure de qualification d’une installationprocédure de qualification d’une installation, ,

– avant le démarrage, avant le démarrage, – dans un nouvel environnement dans un nouvel environnement

• à visée de surveillanceà visée de surveillance• cadre du plan de maintenance d'une installationcadre du plan de maintenance d'une installation• de points critiques : de points critiques :

– établissement du niveau de base établissement du niveau de base – et suiviet suivi

• cadre de travaux : évaluation du niveau de risque.cadre de travaux : évaluation du niveau de risque.

• à visée d’investigationà visée d’investigation• si orientation vers une contamination environnementale : si orientation vers une contamination environnementale : • recherche de la source de contamination afin de la supprimer.recherche de la source de contamination afin de la supprimer.• Recherche d’un réservoir secondairement environnemental Recherche d’un réservoir secondairement environnemental

• pédagogiquepédagogique – pour visualiser la présence de micro-organismes dans pour visualiser la présence de micro-organismes dans

l'environnement.l'environnement.

86

recommandations• organisationorganisation

– La documentation concernant l’ensemble des éléments concernant la La documentation concernant l’ensemble des éléments concernant la vigilance environnementale Y COMPRIS LES SURFACES estvigilance environnementale Y COMPRIS LES SURFACES est

• réunie dans un dossier réunie dans un dossier

• mis à jour périodiquement et mis à la disposition de l’équipe mis à jour périodiquement et mis à la disposition de l’équipe opérationnelle d’hygiène.opérationnelle d’hygiène.

– Une fiche formalisant la définition des responsabilités et le rôle des Une fiche formalisant la définition des responsabilités et le rôle des différents acteurs concernés est incluse dans ce dossier.différents acteurs concernés est incluse dans ce dossier.

– dans les établissements de santé de grande taille, dans les établissements de santé de grande taille,

• instance interne de coordination instance interne de coordination

• dont les interlocuteurs de référence sontdont les interlocuteurs de référence sont

– CLINCLIN

– EOH EOH

– les services techniques de l’établissement.les services techniques de l’établissement.

87

Conclusions• Ne prélever que si c ’ est nécessaireNe prélever que si c ’ est nécessaire• respecter les conditions de prélèvement et de respecter les conditions de prélèvement et de

transporttransport• analyser et interpréter en fonction de la analyser et interpréter en fonction de la

cliniqueclinique• étudier à mauvais escient peut entraîner des étudier à mauvais escient peut entraîner des

erreurs de diagnosticerreurs de diagnostic• un traitement antibiotique non nécessaire peut un traitement antibiotique non nécessaire peut

être dangereux pour le patient et/ou être dangereux pour le patient et/ou l ’environnement (population)l ’environnement (population)