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LE B. A. BA de la bactériologie :

Qu’est ce que la bactériologie?

Dr O. BELLONDr O. BELLON

Centre hospitalier du pays d’Aix Centre hospitalier du pays d’Aix

septembre 2011septembre 2011

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Les micro-organismes

• Microbiologie : étude des micro-organismesMicrobiologie : étude des micro-organismes

• Bactériologie : étude des bactériesBactériologie : étude des bactéries

• Virologie, mycologie, parasitologie……Virologie, mycologie, parasitologie……

• Centré sur la bactériologie mais aussi sur Centré sur la bactériologie mais aussi sur les autres micro-organismes…les autres micro-organismes…

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Définitions générales• Êtres vivantsÊtres vivants

• Petite taillePetite taille– MicroscopesMicroscopes

• UbiquitairesUbiquitaires– AnimauxAnimaux– environnementenvironnement

• Limitation du coursLimitation du cours– BactériesBactéries– VirusVirus– champignonschampignons

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Les bactéries

• Besoins culturauxBesoins culturaux– EauEau– AlimentsAliments– ChaleurChaleur– AtmosphèreAtmosphère

• ClassificationsClassifications

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Les bactéries

• AtmosphèreAtmosphère– AérobiesAérobies

• Besoin Besoin d’oxygèned’oxygène

– AnaérobiesAnaérobies• Oxygène Oxygène

toxiquetoxique

– MicroaérophilesMicroaérophiles

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Les bactéries

• TempératureTempérature– MésophilesMésophiles– Cryophiles (froid)Cryophiles (froid)– Thermophiles (chaleur)Thermophiles (chaleur)

• Explication Explication – Des pathologies observéesDes pathologies observées– Des modes de dissémination (Des modes de dissémination (Yersinia, Yersinia,

LegionellaLegionella))– Des modes de contamination (Des modes de contamination (ListeriaListeria))

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Les bactéries

• NourritureNourriture– Nécessaires à la croissanceNécessaires à la croissance

• Cystéine et légionelleCystéine et légionelle

– Favorable à la croissanceFavorable à la croissance• Glucose : assez mais pas trop……Glucose : assez mais pas trop……

• EauEau

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Les bactéries• StructureStructure

– UNICELLULAIREUNICELLULAIRE– procaryotesprocaryotes– Microscope optiqueMicroscope optique– CytoplasmeCytoplasme

• Entouré d’une membrane cytoplasmiqueEntouré d’une membrane cytoplasmique• Protégé par la paroi : support de l’affinité tinctoriale (gram)Protégé par la paroi : support de l’affinité tinctoriale (gram)

– Contenant Contenant • Chromosome circulaire : noyau sans membrane nucléaireChromosome circulaire : noyau sans membrane nucléaire• PlasmidesPlasmides• Éléments figurésÉléments figurés

– Éléments inconstantsÉléments inconstants• CapsuleCapsule• SporeSpore• flagellesflagelles

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Coloration de Gram : BGN

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Coloration de ZIELH

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Les bactéries• StructureStructure

– La capsuleLa capsule• Facteur de virulenceFacteur de virulence

• Protection contre la phagocytoseProtection contre la phagocytose

• Support antigéniqueSupport antigénique– PneumocoquePneumocoque

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Eléments facultatifs : capsule

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Les bactéries• StructureStructure

– La sporeLa spore• Forme de résistanceForme de résistance

– ChaleurChaleur– PressionPression– RayonnementsRayonnements– Produits chimiques : Produits chimiques :

• alcool entre autrealcool entre autre• Pas à l’eau de JavelPas à l’eau de Javel

• Sporulation lors de conditions défavorablesSporulation lors de conditions défavorables• Germination lors de conditions favorablesGermination lors de conditions favorables• Clostridium : Clostridium :

– gangrène, gangrène, – C. difficileC. difficile

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Eléments facultatifs : spore

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Les bactéries• StructureStructure

– Les flagellesLes flagelles• Support de la mobilitéSupport de la mobilité

• Support antigèniqueSupport antigènique

– Les pili sexuelsLes pili sexuels• ConjugaisonConjugaison

• Recombinants génétiquesRecombinants génétiques

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Eléments facultatifs : flagelles

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Les bactéries• CultureCulture

– ÉtuvesÉtuves– Milieux de cultureMilieux de culture– AtmosphèreAtmosphère– MultiplicationMultiplication

• E.coli : rapideE.coli : rapide

• B.K. : lentB.K. : lent

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Les virus

• UnicellulairesUnicellulaires

• ACARYOTESACARYOTES

• Parasites strictsParasites stricts

• Un seul acide nucléique en généralUn seul acide nucléique en général

• Structure particulaire spécifiqueStructure particulaire spécifique

• UltrafiltrablesUltrafiltrables

• Microscope électroniqueMicroscope électronique

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Les virus

• Parasites strictsParasites stricts– reproduction à partir de son matériel génétiquereproduction à partir de son matériel génétique– détournement du système de la cellule parasitéedétournement du système de la cellule parasitée– RéplicationRéplication– Ne pousse pas sur les milieux habituels de la Ne pousse pas sur les milieux habituels de la

bactériologiebactériologie

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Les virus

• StuctureStucture– un seul acide nucléiqueun seul acide nucléique

• ou ADN ou ADN • ou ARNou ARN

– protégé dans une capsideprotégé dans une capside• support de la classification morphologiquesupport de la classification morphologique

– cubiquecubique– hélicoidalehélicoidale– doubledouble

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Virus : cubique

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Virus : helicoidal

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Virus : mixte (bactériophage)

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Les champignons• Entre le règne végétal et le règne animalEntre le règne végétal et le règne animal• MycètesMycètes• EucaryotesEucaryotes• Uni ou pluricellulairesUni ou pluricellulaires• Présence de bétaglucanes et chitinePrésence de bétaglucanes et chitine• Paroi constituée d’ergostérolParoi constituée d’ergostérol• Deux grands groupesDeux grands groupes

– LevuresLevures– Champignons filamenteuxChampignons filamenteux

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candida

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Champignons filamenteux

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Caractéristiques des MO• Entérobactéries Entérobactéries : BGN du tube digestif: BGN du tube digestif

– Enterobacter Enterobacter : un des genres parmi les : un des genres parmi les entérobactériesentérobactéries

• EntérocoqueEntérocoque : CGP du tube digestif. : CGP du tube digestif.

• StaphylocoqueStaphylocoque : aspect en grappe de raisin, : aspect en grappe de raisin,

• ColibacilleColibacille : le bacille du colon : le bacille du colon

• MéningocoqueMéningocoque : responsable de méningites…. : responsable de méningites….

• VibrionVibrion : BGN en virgule : BGN en virgule

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Modes de vie des MO

• CommensauxCommensaux : vis en commun sans : vis en commun sans produire de maladieproduire de maladie

• Pathogènes Pathogènes – Entraînent une maladieEntraînent une maladie– Nécessite des conditions particulières pour Nécessite des conditions particulières pour

exprimer la pathogénicitéexprimer la pathogénicité

• Notions de floresNotions de flores

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Ce qu’on vient de voir

• Les bactéries: Les bactéries: – Leur morphologieLeur morphologie

• BacillesBacilles

• CoquesCoques

• GramGram

• zielhzielh

– Leur anatomie Leur anatomie

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Mise en évidence des MO• Les voir : diagnostic directLes voir : diagnostic direct

– Examen direct Examen direct – CultureCulture– Antigènes solublesAntigènes solubles– Biologie moléculaireBiologie moléculaire

• Voir les réactions spécifiques de Voir les réactions spécifiques de l’organisme : diagnostic indirectl’organisme : diagnostic indirect– Recherche d’anticorpsRecherche d’anticorps

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Informations données par l’examen direct

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Mise en évidence des MO

• Examen directExamen direct– RapideRapide– Préciser ce que l’on cherche : colorations Préciser ce que l’on cherche : colorations

spécialesspéciales– Germe mort ou vivant……Germe mort ou vivant……– Nécessite un nombre important de germe Nécessite un nombre important de germe

présent……présent……

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Mise en évidence des MO

• CultureCulture– Milieux spécifiquesMilieux spécifiques– Atmosphères spécifiquesAtmosphères spécifiques– Le germe DOIT être VIVANT à Le germe DOIT être VIVANT à

l’ensemmencementl’ensemmencement

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Mise en évidence des MO

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Mise en évidence des MO

Recherche d’antigènes solubles- mise en évidence de fragments de bactéries - par des méthodes immunologiques- pour certaines bactéries

À demander spécifiquement

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Mise en évidence des MO

• Nouvelles techniques de biologie Nouvelles techniques de biologie moléculairemoléculaire– PCR…….PCR…….– PCR spécifiquesPCR spécifiques– Attention aux inhibiteurs +++++Attention aux inhibiteurs +++++– Prix…….Prix…….

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Mise en évidence des MO• TypagesTypages

– Sérotypages Sérotypages • pour certaines bactéries seulementpour certaines bactéries seulement

– PyocyaniquePyocyanique

– SalmonelleSalmonelle

– Carte d’identité complèteCarte d’identité complète

– Biologie moléculaireBiologie moléculaire• Étude de fragmentsÉtude de fragments

• Séquençage Séquençage

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Mise en évidence des MO• SérologieSérologie

– Mise en évidence des anticorpsMise en évidence des anticorps– Préciser lesquels +++++Préciser lesquels +++++– Attention à la cinétique de productionAttention à la cinétique de production

• Latence (légionelles)Latence (légionelles)

• TauxTaux

– Différentes classes d’immunoglobulinesDifférentes classes d’immunoglobulines• IGMIGM

• IGG…IGG…

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Mise en évidence des MO• AttentionAttention

– Demander spécifiquement ce que l’on veutDemander spécifiquement ce que l’on veut– Prescription médicale Prescription médicale

• ObligatoireObligatoire

• PrécisePrécise

• ConciseConcise

• Centrée sur la cliniqueCentrée sur la clinique

• Respectant la chronologie de l’infection et de son Respectant la chronologie de l’infection et de son évolutionévolution

– Bien prélever et bien transporterBien prélever et bien transporter

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Intérêt pour les hygiénistes

• Connaître Connaître – les conditions favorables de développement et les conditions favorables de développement et

de multiplication des germesde multiplication des germes

• Comprendre Comprendre – Les noms, les examens, les diagnostics, les Les noms, les examens, les diagnostics, les

délais nécessaires etc…délais nécessaires etc…

• Pour pouvoir discuter avec les autres Pour pouvoir discuter avec les autres membres de l’équipe de soin.membres de l’équipe de soin.