Apport de la génétique dans le cancer colo-rectal familial

A. CHIKOUCHE, M. AIT-ABDALLAH, L. GRIENE et Y. OUKACI

CPMC

Introduction

• Le Cancer Colorectal ou CCR est un problème de santé publique

• Représente ~13 % des cancers. • 3ème cause de cancer chez l’homme et 2ème cause chez la

femme dans certain pays, 2ème cause en Algérie. • Son incidence augmente avec l’âge. • Les facteurs à l’origine mal connus [alimentation (régimes

riches en graisses animales) et le tabac].• Complique certaines pathologies: adénome colique, maladie

de Crohn et rectocolite hémorragique. • Formes héréditaires: cause génétique (prédisposition)• Devant tout cas de CCR, une consultation d’oncogénétique

est mise en route et des analyses moléculaires sont indiquées (l’analyse des microsatellites etc.…).

2

Cancer Colorectal

Sporadique (~60%) Familial (~30%)

HNPCC (3-5%)

PAF (<1%)

Syndromes rares (~4%)

3

Carcinogénèse

4

Formes familiales

Polypose adénomateuse CCR familiaux sans adénomes

Polypose adénomateuse familiale

Gène: APC

Sd adénomes multiples (récessives)

Gène: MYH

Sd de Lynch-HNPCC

Gènes: MSH2, MLH1 et MSH6

CCR familiaux

Sans mutation connues Prédispositions familiales 5

Polypose adénomateuse familiale

• ~ 1 % des cancers colorectaux.• Due à des mutations du gène APC (adenomatous polyposis coli)• Incidence 1 pour 10.000• 100 à 1000 polypes (comptage par Chromoscopie ) • Risque de 7% d’avoir un CCR à 21 ans et de 93% à 50 ans• Peut se présenter sous une forme classique avec des:

• Manifestations malignes telles que les médulloblastomes, le cancer de la thyroïde, le cancer colique, des Hépatoblastomes.

• Manifestations bénignes telles que l’hypertrophie de l’épithélium pigmentaire de la rétine, des anomalies dentaires, des ostéomes de la mâchoire, des kystes épidermoïdes, des polypes glandulokystiques

• Tumeurs desmoides• Ou sous une forme atténuée (très rare) 6

Gène et protéine APC

• Gène APC: localisé en 5q21, • Suppresseur de tumeur• Longueur de 120 Kb, • Séquence de 8535 pb codée par 15 exons (15ème très important). • Protéine: 310 Kd, 2843 AA

7

Rôles de la protéine APC

• Régulateur négatif de la voie Wnt / b-caténine ,• Dans l’organisation du cytosquelette par son association

aux microtubules. • Dans divers processus physiologiques de la croissance

cellulaire à l'apoptose

8

Génétique de la PAF• Transmission autosomique dominante: avec pénétrance complète (50% de risque d’être atteint si un parent est atteint)

• Due à des mutations du gène APC, retrouvées dans 90% des cas

• Inactivation du gène APC: Activation permanente de cette voie de signalisation Wnt avec augmentation de la prolifération cellulaire incontrôlée (cancer).

• Plus de 30% des patients ont des mutations germinales de novo• Plusieurs familles ont des mutations uniques

• Dans la tumeur, selon l’hypothèse de Knudson , 1 mutation germinale + 1 mutation ou perte d’hétérozygotie (LOH). 9

Les mutations dans le gène APC

• Prés de 1400 mutations. • Petites délétions (majorité): protéine tronquée, • Mutations faux-sens ou non-sens, petites insertions, grandes délétions,

des mutations dans des sites d'épissage, de petites délétions /insertions, de grande insertions et des réarrangements et des mutations dans les séquences régulatrices.

• MCR (mutation cluster region) est entre les codons 1000 à 1600. • Mutations: Délétion de 5 pb au codon 1061 (c.3183_3187delACAAA) et

au codon1309 (c.3927_3931delAAAGA) = les plus fréquentes.

3'5'

1 2 3 4 5 6 7 8 9 1011121314 15

Codon 1309Codon 1061

10

Fortes corrélation phénotype/génotype dans la PAF

11

Polypose récessive

• Nombre moyen des polypes = 55 • Age moyen de diagnostic = 30-50 ans• Due à des mutations du gène MYH ou MUTYH• Gène MYH; 1p34.3-p32.1, 16 exons, 11147 pb• Protéine: 1854 pb; 535 acides aminés, PM: 52 kDa • Adénine glycosylase: Protéine impliquée dans le système «

Base excision repair » (BER) ou réparation par l'excision de base

• Mutations = diminution de l’activité adénine glycosylase• 30% des cas = mutations homozygotes (biallélique) : Y165C dans l’exon 7 et G382D dans l’exon 13• Mutations type faux-sens, non-sens, décalage du cadre et

mutations d'épissage 12

Autres polyposes

• Syndrome de Peutz-Jeghers• <1% de tous les cas de CCR• Transmission autosomique dominante• Présence de polypes Hamartomateux vers la 1ere décade• Hyperpigmentation mucocutanées glt vues chez les enfants < 5 ans• Risques de Cancer (colon, intestin grêle, estomac, pancréas, seins, ovaires,

utérus, testicules, poumons, reins• Mutations dans le gène STK11 (19p13.3),

– Code une protéine de la famille des sérine-thréonine kinases– Retrouvées dans 70% des cas familiaux et 30-70% des cas sporadiques

• Polypose Familiale Juvénile• <1% de tous les cas de CCR• Transmission autosomique dominante• 5 polypes juveniles ou plus dans le colon ou tractus gastrointestinal

– Apparaît au cours de la 1ére ou 2éme décade

– Risque de cancer gastrique, pancréatique

• Les gènes SMAD4/MADH4, (18q21.1 ) et BMPR1A/ALK3, (10q22-23) qui ont un rôle important dans la voie enzymatique du TGF, sont impliqués

13

CCR familiaux sans adénomesLe syndrome de Lynch ou syndrome HNPCC

• Maladie héréditaire à transmission autosomique dominante.• Critères cliniques• Critères d’Amsterdam-I

– Au moins trois sujets atteints de cancer du côlon confirmés histologiquement et dont au moins un est parent au premier degré des deux autres

– Les cas sont répartis sur au moins deux générations successives– Au moins un des cas est diagnostiqué avant l'âge de 50 ans– La polypose familiale est exclue

• Critères d’Amsterdam-II (Critères d’Amsterdam-I avec)– cancer du spectre HNPCC restreint (côlon, endomètre, intestin

grêle, voies urinaires)• Critères de Bethesda-II

– Un second cancer colorectal synchrone ou métachrone ou autre tumeur du spectre HNPCC élargi (endomètre, intestin grêle, voies urinaires, estomac, ovaires, pancréas, voies biliaires, cerveau)14

CCR familiaux sans adénomesLe syndrome de Lynch ou syndrome HNPCC

• Du à l’altération d’un des gènes qui participent au système de réparation des mésappariements de l ’ADN (MMR pour MisMatch Repair)

• Plusieurs gènes identifiés. – MLH1; 3p21.3 (MutL homolog 1, 19 exons) – MSH2; 2p22-p21 (MutS homolog 2, 16 exons) – MSH6; 2p16 (10 exons),

• Autres gènes: PMS1 (2q31-33), PMS2 (7q22) et MLH3 ( 14q24.3).

15

Réparation des mésappariements

16

Les mutations dans le syndrome de Lynch

• Prés de 300 mutations dans MLH1 et dans MSH2• Type de mutation:

– Substitutions nucléotidiques (faux-sens, non-sens et des erreurs d'épissage) et les insertions / délétions (grandes ou petites). • la protéine obtenue est tronquée.

– Hyperméthylation du promoteur de MLH1 • Ces mutations sont hérités dans un allèle et plus tard l'autre allèle est

perdue par LOH dans la tumeur.• Ces gènes sont responsables d’une caractéristique tumorale appelée MSI

(MicroSatellite Instability) ou phénotype RER (replication error).

MSH2 ~30%

MLH1 ~30%

MSH6 (5 à 10 % )Autres gènes (rare)

Inconnue ~30%

17

Principe de l’instabilité des microsatellites.

• Microsatellites ou STRs (short tandem repeats) = séquences répétées, à localisation variable dans le génome

• Instabilité des microsatellites (MSI, microsatellite instability) se caractérise par la modification d’un grand nombre de séquences répétées dans le génome des cellules tumorales par rapport aux cellules normales d’un même individu.

• Découverte par hasard dans les années 1990.

18

Mécanisme du mésappariement - Principe général

19

DIAGNOSTIC GÉNOTYPIQUE

20

Recherche génétique dans la PAF

• Test proposé après conseil génétique, information et consentement éclairé.

• Une demande, un résumé clinique et un arbre généalogique• Se fait sur un prélèvement de sang• L’étude du gène APC peut confirmé un diagnostic suspect.• Les membres de la famille avec une mutation connue

bénéficie de la recherche spécifique de cette mutation• La recherche de la mutation chez les enfants à risques pour

la PAF peut être envisagée avant de commencer le screening du colon.

21

Clinique

Dominante

Séquençage APC (31 amplicons)

Etude des exons selon la clinique

Sinon commencer par l’exon 15

Récessive

Séquençage MYH (14 amplicons)

+-

Mutation

Enquête familiale, surveillance, prise en charge des porteurs de la mutation

Pas de Mutation

Recherche de réarrangement MLPA

+-

Surveillance familiale digestive

Stratégie d’étude génotypique dans le cas de la PAF

+

Mutation

22

Recherche génétique dans le syndrome HNPCC

• Une demande avec un résumé clinique• Un arbre généalogique• Une fiche de consentement

• Prélèvements– Prélèvements de tumeurs– Prélèvement de sang

23

Critères d’amsterdam ou de Bethesda

Etude génétique (consentement) Etude génétique non faite

(Tumeur) Statut MSI

MSI

+ -

MSS

-

+

(Sang) Séquençage MLH1 (19 a), MSH2 (16 a) et MSH6 (19 a)

IHC (MLH1, MSH2)

+

Recherche de la V600F (BRAF)

Cancer sporadique avec hyperméthylation de MLH1

Arrêt de l’étude+-

Mutation

Enquête familiale, surveillance

Pas de Mutation

Recherche de réarrangement MLPA

+-

Autres gènes ?

Stratégie d’étude génotypique dans le cas du CCR

24

Étude des microsatellites

Entité MSI (microsatellite instability ou instabilité des microsatellites) 25

L’analyse MSI

• Test positif = perte de la fonction du système de réparation des mésappariements (MMR) dans des tumeurs et qui conduit au cancer.

• 95% des tumeurs HNPCC sont MSI+

• 10%–15% des cancers sporadiques sont MSI+

26

L’analyse MSI

• Intérêts:

• Tumeur avec statut MSI positif = forme familiale

• Tumeur avec statut MSI positif = meilleur pronostic.

• Adaptation du traitement adjuvant (5 fluouracile et d’acide folique) – efficace pour les tumeurs dont le phénotype est

stable.– inefficacité chez les malades ayant une tumeur MSI+.

27

L’analyse MSI

• Indication: Recherche de MSI chez tout CCR avant l’âge de 60 ans.

• Etude par amplification de microsatellites sur des prélèvements de tumeurs (tissus frais, congelé ou coupes en paraffine).

• Technique réalisée par analyse de fragments.

28

L’analyse MSI

• La technique est basé sur la migration éléctrophorétique de produits PCR marqué par des fluorochromes dans un capillaire (séquenceur).

• On utilise un standard interne pour mesurer les tailles des fragments obtenus.

Analyse de fragment par séquençage

Protocole pour l’analyse MSI

Extraction de l’ADN à partir de tumeur Amplification

Préparation du mélange PCR

29

Mise en évidence d’une MSI (phénotype RER)

• 5 marqueurs microsatellites (poly A ou T) utilisés • ADN normal: 1 marqueur: 1 bande normale• ADN tumoral: 1 marqueur: La bande normale + autres plus petites• Petite bande: délétion: instabilité des microsatellites• 3 ou plus de marqueurs instables (≥ 3 marqueurs/ 5) = MSI positif • 0, 1 ou 2 marqueurs instables = MSI négatif ou MSS. 30

Exemple de résultats MSI

31

Extraction d’ADN à partir du sang

Préparation du Mix PCR

Amplification PCR

Migration électrophorèseVisualisation des bandes d’ADN

Photo

Purification

PCR de séquence

PurificationSéquençage

Electrophorégramme

Protocole pour Séquençage

32

Amplification d’ADN par la PCR

• Mullis, Prix Nobel 1993

• But:• Obtenir une quantité d’ADN

suffisante pour les analyses futures.

Principe: augmentation du nombre de copies d’ADN

Répétition des cycles (30)

Quantité de copie 230 33

La réaction de séquence

• Après purification des produits PCR• Principe (méthode de Sanger:

– Consiste à faire synthétiser un brin d’ADN qu'on désire séquencer en prenant comme matrice le brin complémentaire par une ADN polymérase, avec une incorporation aléatoire de didésoxynucléotides qui bloquent la synthèse.

• Chaque type de ddNTP porte un fluorochrome spécifique (nombre 4).

• les produits de la réaction de séquence purifiés sont déposés sur un séquenceur ABI Prism 3130 où ils sont séparés par électrophorèse capillaire.

• Les différents fragments, une fois séparés, sont détectés par émission de fluorescence après excitation par une source lumineuse.

• L’électrophorégramme (séquence) obtenu est comparé à la séquence de référence.

34

Exemple de résultats de séquençage

Mutation de MLH1: insertion de 2 nucléotides CA 35

La MLPA Multiplex Ligation Probe Amplification

• Amplification simultanée de séquences-sondes hybridées sur des séquences ADN cibles spécifiques en une seule réaction PCR multiplex

• Méthodes de détection des changements du nombre de copie de séquences d’ADN ou de simples exons . 36

Exemple de résultats par MLPA

Délétion des exons 1-6

Sain

Patient

37

Intérêts de l’étude des gènes BRAF et KRAS dans le CCR

• EGFR et son ligand type sauvage• Utilisation d’un anti EGFR• Mutation du KRAS et Mutation du BRAF = activation

constitutive de la voie EGFR (indépendante de la fixation du ligand à son récepteur), en aval du récepteur. 38

Mutations du gène BRAF et CCR

• BRAF (v-raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1)• 7q34 , 18 exons , 190284 bp • Protéine codée par 2478 bp, 766 acides Amines, PM: 84436 d. • Famille des gènes RAF codant pour des kinases régulées par les gènes Ras et

impliquées dans la réponse cellulaire aux signaux de croissance.• Mutations impliquées dans d’autres cancers (thyroïde)

• La présence de mutation du gène BRAF est corrélés à l'absence de réponse au traitement par des thérapies anti-EGFR.

• La mutation V600E (pour certains auteurs, V599E) dans l’exon 15 est associée au statut MSI positif dans environ 40 % de tumeurs coliques sporadiques (mais, non au syndrome HNPCC) mais mécanisme en cause non connu.

• Cette mutation serait étroitement corrélée à l’hyperméthylation du gène MLH1 et donc à l’absence de son expression.

39

Mutations du gène KRAS et CCR

• KRAS localisé 12p11.22 est un oncogène (Kirsten Rat Sarcoma virus). • Six exons, taille 35kb • La protéine KRAS de 21KD, localisée sur la face interne de la membrane

plasmatique et possède une activité de GTPase, est une composante essentielle de la cascade de transduction du signal en aval du récepteur membranaire EGFR

• Mutations somatiques détectées dans des cancers (poumon, colon, pancréas et thyroïde).

• Mutations activatrices, retrouvées dans environ 30% des CCR.• Essentiellement associées à un cancer du côlon sans instabilité de

microsatellites• Les mutations les plus fréquentes sont détectées dans les codons 12

(~82% des mutations KRAS) et 13 (~17%) de l’exon 2 du gène KRAS.• Présence d’une mutation = absence de bénéfice clinique aux

traitements anti-EGFR tels que les anticorps monoclonaux anti-EGFR (cetuximab et panitumumab).

40

Conclusion

• Le diagnostic des prédispositions aux CCR nécessite une collaboration étroite entre les différents intervenants (médecin traitant, gastroentérologue, biologiste, chirurgien et oncologue).

• L’identification des formes héréditaires des cancers colorectaux est nécessaire à la bonne prise en charge adaptée des malades et de leur famille et les moyens de prévention sont possibles et efficaces.

• L’absence de reconnaissance de telles formes met en jeu le devenir non seulement des malades mais aussi de leurs apparentés.

• L’étude génétique apporte une aide précieuse mais doit être orientée par une bonne clinique et un diagnostic anatomopathologique poussé (immunochimie) 41

Merci