Les logiciels d’analyse sé-mantique et cognitive s’inscrivent désormais en

outils de lutte contre le cancer. Lancé en février 2017 dans le cadre du programme d’inves-tissements d’avenir, le projet OncoSnipe cible trois types de cancers (sein, pancréas et pou-mon) et il est, bien sûr, conduit par une société de biotechno-logie. Oncodesign s’est spé-cialisée dans la découverte de nouvelles thérapies anticancé-reuses. Mais ce projetmet le numérique, sous sa déclinaison bio-informatique, au cœur des recherches. « L’enrichissement sé-mantique, l’apprentis-sage statistique et les méthodes d’intelligence arti� cielle facili-teront l’identification et la ca-ractérisation des patients résis-tants aux traitements », résume Claudio Palmolungo, vice-pré-sident exécutif Europe d’Ex-pert System, le partenaire du projet spécialisé dans la séman-tique. Sur le terrain, il s’agira de récupérer toutes les sources de données liées au patient, notamment pour le suivi et les e� ets du traitement. Plus d’une

dizaine de sources seront prises en compte et arriveront dans le système sous des formats non structurés (comptes rendus de visite, bilans opératoires…) comme sous forme d’informa-tions chi� rées (bio-marqueurs liés aux bilans sanguins…). À ce corpus, s’ajoute le suivi géno-mique des tumeurs, en d’autres mots l’évolution de l’ADN de ces dernières en réaction aux traitements suivis. Autre parte-naire du projet, Acobiom pro-

pose des dispositifs facilitant la collecte de données en am-bulatoire, des « dia-gnost ics compa-gnons ». Les outils sémantiques d’Ex-

pert System seront utilisés pour contextualiser et annoter toutes ces informations. L’objectif est, dans un premier temps, de faciliter et d’accélérer l’identi-� cation des patients résistants et des mécanismes en cause. Il s’agit ensuite d’aller jusqu’à les modéliser pour mieux les contourner. Prévu pour durer quatre ans, le projet implique 800 patients pris en charge par les hôpitaux universitaires par-tenaires du projet, dont 600 bé-

né� cieront d’un suivi classique, mais également du suivi géno-mique de leur tumeur.

OncoSnipe est dans le pro-longement d’un autre projet baptisé Consore et mené par Expert System et Sword. Au-jourd’hui en production chez Unicancer, un groupe hos-pitalier qui associe tous les centres de lutte contre le can-cer, Consore facilite et accélère la constitution de cohortes, des groupes de patients volontaires pour suivre des protocoles expé-rimentaux. Cette étape repose d’abord sur une sélection ba-sée sur un ensemble de critères dont certains sont relativement faciles à prendre en compte (âge, certaines données biolo-giques…) et d’autres plus dif-� ciles, entre autres parce qu’ils sont issus d’informations tex-

CE PROJET MET LE

NUMÉRIQUE AU CŒUR DES RECHERCHES

E-SANTÉ

La sémantique en luttecontre le cancer

Les technologies d’analyse de contenus non structurés contribuent à a� ner la connaissance des e� ets secondaires des traitements et des résistances.

tuelles comme les antécédents familiaux. La technologie sé-mantique est utilisée pour, à partir de ces sources, produire des métadonnées qui servent ensuite aux chercheurs pour sélectionner et regrouper les pa-tients. Reprenant une partie de ces avancées, OncoSnipe ajoute de nouvelles dimensions, no-tamment par la prise en compte pendant le suivi du traitement des impacts sur le génome de la tumeur et des bio-marqueurs. L’ensemble des données sera analysé par des algorithmes pour faciliter la tâche des cher-cheurs. « Dans un futur proche, en association avec Sword, nous proposerons des services de ce type intégrables avec les systèmes d’information hospitaliers », pré-voit Claudio Palmolungo. • Patrick Brébion

D’un montant total de 12 M€, le projet, labellisé par le pôle de

compétitivité Cap Digital, est � nancé par le PIA à hauteur de 7,7 M€ via Bpifrance. Il associe quatre partenaires privés — Expert System, Sword, Acobiom

et Oncodesign — et trois hôpitaux universitaires : Strasbourg, le Centre Georges-François Leclerc de Dijon et l’Institut Paoli-Calmettes de Marseille, ces deux derniers étant des centres de lutte contre le cancer.

12 M€ SUR 4 ANS

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R&DRecherche & Développement

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