Embed Size (px)
Citation preview
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Action Nationale de Formation RENATIS ndash MEDICI 2017 (3-6072017)
Participer agrave lorganisation du management des donneacutees de la recherche gestion de
contenu et documentation des donneacutees
Qursquoest ce qursquoun entrepocirct
Quelques exemples
Choisir un entrepocirct
Conclusion
Programme
_Qursquoest ce qursquoun entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Service en ligne permettant la collecte la description la
conservation la recherche et la diffusion des jeux de donneacutees
Deacutefinition Entrepocirct de donneacutees de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Entrepocirct de donneacutees(data repository)
Catalogue de donneacutees inteacutegrateurs
(data registry)
Plateforme de donneacutees
(researchinfrastructure)
Archive de donneacutees (data archive)
UK research data registry
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
laquo Les donneacutees de la recherche sont deacutefinies comme des enregistrements factuels (chiffres textes images et sons) utiliseacutes comme sources principales pour la recherche scientifique et geacuteneacuteralement reconnus par la communauteacute scientifique comme neacutecessaires agrave la validation des reacutesultats de recherche raquo (OCDE 2007)
laquo Les donneacutees de la recherche sont lrsquoensemble des informations et mateacuteriaux produits et reccedilus par des eacutequipes de recherche et des chercheurs Elles sont collecteacutees et documenteacutees agrave des fins de recherche scientifique Agrave ce titre elles constituent une partie des archives de la recherche raquo (Pomart 2014)
Deacutefinition donneacutees de la recherche (research data)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutefinition Donneacutees brutes - donneacutees eacutelaboreacutees
(raw data ndash processed data)
laquo Donneacutees brutes recueillies sur un sujet agrave partir
dobservations ou de mesures et qui nont pas encore
eacuteteacute traiteacutees valideacutees ou trieacutees Senseacutees ecirctre neutres et
objectives et ne deacutependant pas de leur contexte de
creacuteation drsquoune analyse ou de leur producteur raquo
(Thessen amp Patterson 2011)
Donneacutees eacutelaboreacutees ou deacuteriveacutees ayant subi des opeacuterations de nettoyage de seacutelection de traitement drsquoanalyse afin de produire des reacutesultats
(Amitrano Lejeune amp Hobleacutea 2017)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Donneacutee qui renseigne sur la nature drsquoautres donneacutees et qui permet ainsi leur utilisation pertinente
bull Dans la perspective des entrepocircts de donneacutees les meacutetadonneacutees sont un eacuteleacutement primordial et sont destineacutees agrave diverses cateacutegories dutilisateurs Elles permettent notamment de connaicirctre lorigine et la nature des donneacutees stockeacutees dans lentrepocirct de comprendre comment elles sont structureacutees de savoir comment y avoir accegraves et comment les interpreacuteter de connaicirctre les diffeacuterents modegraveles de donneacutees en preacutesence et les regravegles de gestion de ces donneacutees (Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise 2002)
Certaines meacutetadonneacutees sont geacuteneacutereacutees degraves la creacuteation des donneacutees automatiquement ou manuellement Fournir les meacutetadonneacutees le plus rapidement possible apregraves la creacuteation des donneacutees
Deacutefinition Meacutetadonneacutee (metadata)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Agreacutegation sous une forme lisible de donneacutees brutes ou
deacuteriveacutees preacutesentant une certaine uniteacute rassembleacutees pour
former un ensemble coheacuterent (Gaillard R 2014)
Certains entrepocircts utilisent le terme laquo data package raquo plutocirct
que laquo dataset raquo pour deacutesigner un ensemble constitueacute des
fichiers de donneacutees et des meacutetadonneacutees associeacutees
bull Le nombre de fichiers peut ecirctre tregraves important dans un jeu de
donneacutees
Deacutefinition Jeu de donneacutees (dataset)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
citable comme un objet unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutepocirct et conservation
des donneacutees
Teacuteleacutechargement import de
fichiers
bull donneacutees + documents
compleacutementaires
bull Limites taille des fichiers
Formats accepteacutes donneacutees
publieacuteeshellip
bull Via IU ou API
Organisation des donneacutees
en collections
Conservation (stockage
seacutecuriseacute + archivage agrave long
terme)
bull sauvegarde
bull empreinte numeacuteriqueInteacutegriteacute
bull veille sur lrsquoeacutevolution des technologies
bull utilisation de formats durables (ou conversion) standards
Lisibiliteacute
bull meacutetadonneacutees riches standards
bull identification peacuterenne
bull controcircle des versions de jeux de donneacutees
Intelligibiliteacute
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts identification peacuterenne
des donneacutees
Attribution drsquoun identifiant au
moment du deacutepocirct
bull Au jeu dans son ensemble
bull +- agrave chaque version du jeu de
donneacutees
Inteacutegration possible drsquoidentifiant
preacuteexistant chez certains
entrepocircts (ex Zenodo)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts description des
donneacutees
Meacutetadonneacutees
bull Scheacutemas de meacutetadonneacutees
geacuteneacuteriques
speacutecifiques agrave un domaine
bull Qualiteacute des meacutetadonneacutees
vocabulaires controcircleacutes (import ou accegraves
agrave des vocabulaires externes)
bull Saisie import via IU vs API
Documentation
compleacutementaire
Donneacutees extraites de re3data le 19052017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exemple de meacutetadonneacutees
bull Identifier
bull Creator
bull Title
bull Publisher
bull PublicationYear
bull ResourceType
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Datacite v 40 CIF (cristallographie) extrait ex de valeurs
bull Subject
bull Contributor
bull Date
bull Language
bull AlternateIdentifier
bull RelatedIdentifier
bull Size
bull Format
bull Version
bull Rights
bull Description
bull GeoLocation
bull FundingReference
Droit drsquoaccegraves aux donneacutees
bull teacuteleacutechargement libre (open)
bull embargo
bull demande drsquoaccegraves (restricted) guestbook
bull pas de teacuteleacutechargement possible (closed)
Geacuteneacuteration drsquoURL priveacute parfois proposeacute
Attribution drsquoune licence agrave chaque jeu de donneacutees
bull Saisie libre vs liste fermeacutee
attention aux entrepocircts qui imposent une licence unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts controcircle des droits drsquoaccegraves
aux donneacutees conditions drsquoutilisation et licences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
bull simple etou avanceacutee dans les meacutetadonneacutees parfois dans les donneacutees
bull Graphique (zone geacuteographique structure moleacuteculehellip)
bull Navigation et affinage par facettes
Affichage
bull des meacutetadonneacutees Liens avec drsquoautres datasets avec des publications
Geacuteneacuteration de la citation
bull des donneacutees (preacutevisualisation selon format)
Exports
bull meacutetadonneacutees (ne formats)
bull teacuteleacutechargement des donneacutees
Geacuteneacuteration de template de data papers agrave partir des meacutetadonneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts recherche affichage
export des (meacuteta)donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts exploration et
visualisation des donneacutees
Outils drsquoanalyse ou de
visualisation
bull TwoRavens
bull WorldMap
bull Mercury
bull hellip
TwoRavens
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Qursquoest ce qursquoun entrepocirct
Quelques exemples
Choisir un entrepocirct
Conclusion
Programme
_Qursquoest ce qursquoun entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Service en ligne permettant la collecte la description la
conservation la recherche et la diffusion des jeux de donneacutees
Deacutefinition Entrepocirct de donneacutees de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Entrepocirct de donneacutees(data repository)
Catalogue de donneacutees inteacutegrateurs
(data registry)
Plateforme de donneacutees
(researchinfrastructure)
Archive de donneacutees (data archive)
UK research data registry
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
laquo Les donneacutees de la recherche sont deacutefinies comme des enregistrements factuels (chiffres textes images et sons) utiliseacutes comme sources principales pour la recherche scientifique et geacuteneacuteralement reconnus par la communauteacute scientifique comme neacutecessaires agrave la validation des reacutesultats de recherche raquo (OCDE 2007)
laquo Les donneacutees de la recherche sont lrsquoensemble des informations et mateacuteriaux produits et reccedilus par des eacutequipes de recherche et des chercheurs Elles sont collecteacutees et documenteacutees agrave des fins de recherche scientifique Agrave ce titre elles constituent une partie des archives de la recherche raquo (Pomart 2014)
Deacutefinition donneacutees de la recherche (research data)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutefinition Donneacutees brutes - donneacutees eacutelaboreacutees
(raw data ndash processed data)
laquo Donneacutees brutes recueillies sur un sujet agrave partir
dobservations ou de mesures et qui nont pas encore
eacuteteacute traiteacutees valideacutees ou trieacutees Senseacutees ecirctre neutres et
objectives et ne deacutependant pas de leur contexte de
creacuteation drsquoune analyse ou de leur producteur raquo
(Thessen amp Patterson 2011)
Donneacutees eacutelaboreacutees ou deacuteriveacutees ayant subi des opeacuterations de nettoyage de seacutelection de traitement drsquoanalyse afin de produire des reacutesultats
(Amitrano Lejeune amp Hobleacutea 2017)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Donneacutee qui renseigne sur la nature drsquoautres donneacutees et qui permet ainsi leur utilisation pertinente
bull Dans la perspective des entrepocircts de donneacutees les meacutetadonneacutees sont un eacuteleacutement primordial et sont destineacutees agrave diverses cateacutegories dutilisateurs Elles permettent notamment de connaicirctre lorigine et la nature des donneacutees stockeacutees dans lentrepocirct de comprendre comment elles sont structureacutees de savoir comment y avoir accegraves et comment les interpreacuteter de connaicirctre les diffeacuterents modegraveles de donneacutees en preacutesence et les regravegles de gestion de ces donneacutees (Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise 2002)
Certaines meacutetadonneacutees sont geacuteneacutereacutees degraves la creacuteation des donneacutees automatiquement ou manuellement Fournir les meacutetadonneacutees le plus rapidement possible apregraves la creacuteation des donneacutees
Deacutefinition Meacutetadonneacutee (metadata)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Agreacutegation sous une forme lisible de donneacutees brutes ou
deacuteriveacutees preacutesentant une certaine uniteacute rassembleacutees pour
former un ensemble coheacuterent (Gaillard R 2014)
Certains entrepocircts utilisent le terme laquo data package raquo plutocirct
que laquo dataset raquo pour deacutesigner un ensemble constitueacute des
fichiers de donneacutees et des meacutetadonneacutees associeacutees
bull Le nombre de fichiers peut ecirctre tregraves important dans un jeu de
donneacutees
Deacutefinition Jeu de donneacutees (dataset)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
citable comme un objet unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutepocirct et conservation
des donneacutees
Teacuteleacutechargement import de
fichiers
bull donneacutees + documents
compleacutementaires
bull Limites taille des fichiers
Formats accepteacutes donneacutees
publieacuteeshellip
bull Via IU ou API
Organisation des donneacutees
en collections
Conservation (stockage
seacutecuriseacute + archivage agrave long
terme)
bull sauvegarde
bull empreinte numeacuteriqueInteacutegriteacute
bull veille sur lrsquoeacutevolution des technologies
bull utilisation de formats durables (ou conversion) standards
Lisibiliteacute
bull meacutetadonneacutees riches standards
bull identification peacuterenne
bull controcircle des versions de jeux de donneacutees
Intelligibiliteacute
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts identification peacuterenne
des donneacutees
Attribution drsquoun identifiant au
moment du deacutepocirct
bull Au jeu dans son ensemble
bull +- agrave chaque version du jeu de
donneacutees
Inteacutegration possible drsquoidentifiant
preacuteexistant chez certains
entrepocircts (ex Zenodo)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts description des
donneacutees
Meacutetadonneacutees
bull Scheacutemas de meacutetadonneacutees
geacuteneacuteriques
speacutecifiques agrave un domaine
bull Qualiteacute des meacutetadonneacutees
vocabulaires controcircleacutes (import ou accegraves
agrave des vocabulaires externes)
bull Saisie import via IU vs API
Documentation
compleacutementaire
Donneacutees extraites de re3data le 19052017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exemple de meacutetadonneacutees
bull Identifier
bull Creator
bull Title
bull Publisher
bull PublicationYear
bull ResourceType
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Datacite v 40 CIF (cristallographie) extrait ex de valeurs
bull Subject
bull Contributor
bull Date
bull Language
bull AlternateIdentifier
bull RelatedIdentifier
bull Size
bull Format
bull Version
bull Rights
bull Description
bull GeoLocation
bull FundingReference
Droit drsquoaccegraves aux donneacutees
bull teacuteleacutechargement libre (open)
bull embargo
bull demande drsquoaccegraves (restricted) guestbook
bull pas de teacuteleacutechargement possible (closed)
Geacuteneacuteration drsquoURL priveacute parfois proposeacute
Attribution drsquoune licence agrave chaque jeu de donneacutees
bull Saisie libre vs liste fermeacutee
attention aux entrepocircts qui imposent une licence unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts controcircle des droits drsquoaccegraves
aux donneacutees conditions drsquoutilisation et licences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
bull simple etou avanceacutee dans les meacutetadonneacutees parfois dans les donneacutees
bull Graphique (zone geacuteographique structure moleacuteculehellip)
bull Navigation et affinage par facettes
Affichage
bull des meacutetadonneacutees Liens avec drsquoautres datasets avec des publications
Geacuteneacuteration de la citation
bull des donneacutees (preacutevisualisation selon format)
Exports
bull meacutetadonneacutees (ne formats)
bull teacuteleacutechargement des donneacutees
Geacuteneacuteration de template de data papers agrave partir des meacutetadonneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts recherche affichage
export des (meacuteta)donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts exploration et
visualisation des donneacutees
Outils drsquoanalyse ou de
visualisation
bull TwoRavens
bull WorldMap
bull Mercury
bull hellip
TwoRavens
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
_Qursquoest ce qursquoun entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Service en ligne permettant la collecte la description la
conservation la recherche et la diffusion des jeux de donneacutees
Deacutefinition Entrepocirct de donneacutees de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Entrepocirct de donneacutees(data repository)
Catalogue de donneacutees inteacutegrateurs
(data registry)
Plateforme de donneacutees
(researchinfrastructure)
Archive de donneacutees (data archive)
UK research data registry
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
laquo Les donneacutees de la recherche sont deacutefinies comme des enregistrements factuels (chiffres textes images et sons) utiliseacutes comme sources principales pour la recherche scientifique et geacuteneacuteralement reconnus par la communauteacute scientifique comme neacutecessaires agrave la validation des reacutesultats de recherche raquo (OCDE 2007)
laquo Les donneacutees de la recherche sont lrsquoensemble des informations et mateacuteriaux produits et reccedilus par des eacutequipes de recherche et des chercheurs Elles sont collecteacutees et documenteacutees agrave des fins de recherche scientifique Agrave ce titre elles constituent une partie des archives de la recherche raquo (Pomart 2014)
Deacutefinition donneacutees de la recherche (research data)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutefinition Donneacutees brutes - donneacutees eacutelaboreacutees
(raw data ndash processed data)
laquo Donneacutees brutes recueillies sur un sujet agrave partir
dobservations ou de mesures et qui nont pas encore
eacuteteacute traiteacutees valideacutees ou trieacutees Senseacutees ecirctre neutres et
objectives et ne deacutependant pas de leur contexte de
creacuteation drsquoune analyse ou de leur producteur raquo
(Thessen amp Patterson 2011)
Donneacutees eacutelaboreacutees ou deacuteriveacutees ayant subi des opeacuterations de nettoyage de seacutelection de traitement drsquoanalyse afin de produire des reacutesultats
(Amitrano Lejeune amp Hobleacutea 2017)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Donneacutee qui renseigne sur la nature drsquoautres donneacutees et qui permet ainsi leur utilisation pertinente
bull Dans la perspective des entrepocircts de donneacutees les meacutetadonneacutees sont un eacuteleacutement primordial et sont destineacutees agrave diverses cateacutegories dutilisateurs Elles permettent notamment de connaicirctre lorigine et la nature des donneacutees stockeacutees dans lentrepocirct de comprendre comment elles sont structureacutees de savoir comment y avoir accegraves et comment les interpreacuteter de connaicirctre les diffeacuterents modegraveles de donneacutees en preacutesence et les regravegles de gestion de ces donneacutees (Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise 2002)
Certaines meacutetadonneacutees sont geacuteneacutereacutees degraves la creacuteation des donneacutees automatiquement ou manuellement Fournir les meacutetadonneacutees le plus rapidement possible apregraves la creacuteation des donneacutees
Deacutefinition Meacutetadonneacutee (metadata)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Agreacutegation sous une forme lisible de donneacutees brutes ou
deacuteriveacutees preacutesentant une certaine uniteacute rassembleacutees pour
former un ensemble coheacuterent (Gaillard R 2014)
Certains entrepocircts utilisent le terme laquo data package raquo plutocirct
que laquo dataset raquo pour deacutesigner un ensemble constitueacute des
fichiers de donneacutees et des meacutetadonneacutees associeacutees
bull Le nombre de fichiers peut ecirctre tregraves important dans un jeu de
donneacutees
Deacutefinition Jeu de donneacutees (dataset)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
citable comme un objet unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutepocirct et conservation
des donneacutees
Teacuteleacutechargement import de
fichiers
bull donneacutees + documents
compleacutementaires
bull Limites taille des fichiers
Formats accepteacutes donneacutees
publieacuteeshellip
bull Via IU ou API
Organisation des donneacutees
en collections
Conservation (stockage
seacutecuriseacute + archivage agrave long
terme)
bull sauvegarde
bull empreinte numeacuteriqueInteacutegriteacute
bull veille sur lrsquoeacutevolution des technologies
bull utilisation de formats durables (ou conversion) standards
Lisibiliteacute
bull meacutetadonneacutees riches standards
bull identification peacuterenne
bull controcircle des versions de jeux de donneacutees
Intelligibiliteacute
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts identification peacuterenne
des donneacutees
Attribution drsquoun identifiant au
moment du deacutepocirct
bull Au jeu dans son ensemble
bull +- agrave chaque version du jeu de
donneacutees
Inteacutegration possible drsquoidentifiant
preacuteexistant chez certains
entrepocircts (ex Zenodo)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts description des
donneacutees
Meacutetadonneacutees
bull Scheacutemas de meacutetadonneacutees
geacuteneacuteriques
speacutecifiques agrave un domaine
bull Qualiteacute des meacutetadonneacutees
vocabulaires controcircleacutes (import ou accegraves
agrave des vocabulaires externes)
bull Saisie import via IU vs API
Documentation
compleacutementaire
Donneacutees extraites de re3data le 19052017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exemple de meacutetadonneacutees
bull Identifier
bull Creator
bull Title
bull Publisher
bull PublicationYear
bull ResourceType
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Datacite v 40 CIF (cristallographie) extrait ex de valeurs
bull Subject
bull Contributor
bull Date
bull Language
bull AlternateIdentifier
bull RelatedIdentifier
bull Size
bull Format
bull Version
bull Rights
bull Description
bull GeoLocation
bull FundingReference
Droit drsquoaccegraves aux donneacutees
bull teacuteleacutechargement libre (open)
bull embargo
bull demande drsquoaccegraves (restricted) guestbook
bull pas de teacuteleacutechargement possible (closed)
Geacuteneacuteration drsquoURL priveacute parfois proposeacute
Attribution drsquoune licence agrave chaque jeu de donneacutees
bull Saisie libre vs liste fermeacutee
attention aux entrepocircts qui imposent une licence unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts controcircle des droits drsquoaccegraves
aux donneacutees conditions drsquoutilisation et licences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
bull simple etou avanceacutee dans les meacutetadonneacutees parfois dans les donneacutees
bull Graphique (zone geacuteographique structure moleacuteculehellip)
bull Navigation et affinage par facettes
Affichage
bull des meacutetadonneacutees Liens avec drsquoautres datasets avec des publications
Geacuteneacuteration de la citation
bull des donneacutees (preacutevisualisation selon format)
Exports
bull meacutetadonneacutees (ne formats)
bull teacuteleacutechargement des donneacutees
Geacuteneacuteration de template de data papers agrave partir des meacutetadonneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts recherche affichage
export des (meacuteta)donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts exploration et
visualisation des donneacutees
Outils drsquoanalyse ou de
visualisation
bull TwoRavens
bull WorldMap
bull Mercury
bull hellip
TwoRavens
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Service en ligne permettant la collecte la description la
conservation la recherche et la diffusion des jeux de donneacutees
Deacutefinition Entrepocirct de donneacutees de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Entrepocirct de donneacutees(data repository)
Catalogue de donneacutees inteacutegrateurs
(data registry)
Plateforme de donneacutees
(researchinfrastructure)
Archive de donneacutees (data archive)
UK research data registry
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
laquo Les donneacutees de la recherche sont deacutefinies comme des enregistrements factuels (chiffres textes images et sons) utiliseacutes comme sources principales pour la recherche scientifique et geacuteneacuteralement reconnus par la communauteacute scientifique comme neacutecessaires agrave la validation des reacutesultats de recherche raquo (OCDE 2007)
laquo Les donneacutees de la recherche sont lrsquoensemble des informations et mateacuteriaux produits et reccedilus par des eacutequipes de recherche et des chercheurs Elles sont collecteacutees et documenteacutees agrave des fins de recherche scientifique Agrave ce titre elles constituent une partie des archives de la recherche raquo (Pomart 2014)
Deacutefinition donneacutees de la recherche (research data)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutefinition Donneacutees brutes - donneacutees eacutelaboreacutees
(raw data ndash processed data)
laquo Donneacutees brutes recueillies sur un sujet agrave partir
dobservations ou de mesures et qui nont pas encore
eacuteteacute traiteacutees valideacutees ou trieacutees Senseacutees ecirctre neutres et
objectives et ne deacutependant pas de leur contexte de
creacuteation drsquoune analyse ou de leur producteur raquo
(Thessen amp Patterson 2011)
Donneacutees eacutelaboreacutees ou deacuteriveacutees ayant subi des opeacuterations de nettoyage de seacutelection de traitement drsquoanalyse afin de produire des reacutesultats
(Amitrano Lejeune amp Hobleacutea 2017)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Donneacutee qui renseigne sur la nature drsquoautres donneacutees et qui permet ainsi leur utilisation pertinente
bull Dans la perspective des entrepocircts de donneacutees les meacutetadonneacutees sont un eacuteleacutement primordial et sont destineacutees agrave diverses cateacutegories dutilisateurs Elles permettent notamment de connaicirctre lorigine et la nature des donneacutees stockeacutees dans lentrepocirct de comprendre comment elles sont structureacutees de savoir comment y avoir accegraves et comment les interpreacuteter de connaicirctre les diffeacuterents modegraveles de donneacutees en preacutesence et les regravegles de gestion de ces donneacutees (Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise 2002)
Certaines meacutetadonneacutees sont geacuteneacutereacutees degraves la creacuteation des donneacutees automatiquement ou manuellement Fournir les meacutetadonneacutees le plus rapidement possible apregraves la creacuteation des donneacutees
Deacutefinition Meacutetadonneacutee (metadata)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Agreacutegation sous une forme lisible de donneacutees brutes ou
deacuteriveacutees preacutesentant une certaine uniteacute rassembleacutees pour
former un ensemble coheacuterent (Gaillard R 2014)
Certains entrepocircts utilisent le terme laquo data package raquo plutocirct
que laquo dataset raquo pour deacutesigner un ensemble constitueacute des
fichiers de donneacutees et des meacutetadonneacutees associeacutees
bull Le nombre de fichiers peut ecirctre tregraves important dans un jeu de
donneacutees
Deacutefinition Jeu de donneacutees (dataset)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
citable comme un objet unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutepocirct et conservation
des donneacutees
Teacuteleacutechargement import de
fichiers
bull donneacutees + documents
compleacutementaires
bull Limites taille des fichiers
Formats accepteacutes donneacutees
publieacuteeshellip
bull Via IU ou API
Organisation des donneacutees
en collections
Conservation (stockage
seacutecuriseacute + archivage agrave long
terme)
bull sauvegarde
bull empreinte numeacuteriqueInteacutegriteacute
bull veille sur lrsquoeacutevolution des technologies
bull utilisation de formats durables (ou conversion) standards
Lisibiliteacute
bull meacutetadonneacutees riches standards
bull identification peacuterenne
bull controcircle des versions de jeux de donneacutees
Intelligibiliteacute
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts identification peacuterenne
des donneacutees
Attribution drsquoun identifiant au
moment du deacutepocirct
bull Au jeu dans son ensemble
bull +- agrave chaque version du jeu de
donneacutees
Inteacutegration possible drsquoidentifiant
preacuteexistant chez certains
entrepocircts (ex Zenodo)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts description des
donneacutees
Meacutetadonneacutees
bull Scheacutemas de meacutetadonneacutees
geacuteneacuteriques
speacutecifiques agrave un domaine
bull Qualiteacute des meacutetadonneacutees
vocabulaires controcircleacutes (import ou accegraves
agrave des vocabulaires externes)
bull Saisie import via IU vs API
Documentation
compleacutementaire
Donneacutees extraites de re3data le 19052017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exemple de meacutetadonneacutees
bull Identifier
bull Creator
bull Title
bull Publisher
bull PublicationYear
bull ResourceType
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Datacite v 40 CIF (cristallographie) extrait ex de valeurs
bull Subject
bull Contributor
bull Date
bull Language
bull AlternateIdentifier
bull RelatedIdentifier
bull Size
bull Format
bull Version
bull Rights
bull Description
bull GeoLocation
bull FundingReference
Droit drsquoaccegraves aux donneacutees
bull teacuteleacutechargement libre (open)
bull embargo
bull demande drsquoaccegraves (restricted) guestbook
bull pas de teacuteleacutechargement possible (closed)
Geacuteneacuteration drsquoURL priveacute parfois proposeacute
Attribution drsquoune licence agrave chaque jeu de donneacutees
bull Saisie libre vs liste fermeacutee
attention aux entrepocircts qui imposent une licence unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts controcircle des droits drsquoaccegraves
aux donneacutees conditions drsquoutilisation et licences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
bull simple etou avanceacutee dans les meacutetadonneacutees parfois dans les donneacutees
bull Graphique (zone geacuteographique structure moleacuteculehellip)
bull Navigation et affinage par facettes
Affichage
bull des meacutetadonneacutees Liens avec drsquoautres datasets avec des publications
Geacuteneacuteration de la citation
bull des donneacutees (preacutevisualisation selon format)
Exports
bull meacutetadonneacutees (ne formats)
bull teacuteleacutechargement des donneacutees
Geacuteneacuteration de template de data papers agrave partir des meacutetadonneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts recherche affichage
export des (meacuteta)donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts exploration et
visualisation des donneacutees
Outils drsquoanalyse ou de
visualisation
bull TwoRavens
bull WorldMap
bull Mercury
bull hellip
TwoRavens
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Entrepocirct de donneacutees(data repository)
Catalogue de donneacutees inteacutegrateurs
(data registry)
Plateforme de donneacutees
(researchinfrastructure)
Archive de donneacutees (data archive)
UK research data registry
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
laquo Les donneacutees de la recherche sont deacutefinies comme des enregistrements factuels (chiffres textes images et sons) utiliseacutes comme sources principales pour la recherche scientifique et geacuteneacuteralement reconnus par la communauteacute scientifique comme neacutecessaires agrave la validation des reacutesultats de recherche raquo (OCDE 2007)
laquo Les donneacutees de la recherche sont lrsquoensemble des informations et mateacuteriaux produits et reccedilus par des eacutequipes de recherche et des chercheurs Elles sont collecteacutees et documenteacutees agrave des fins de recherche scientifique Agrave ce titre elles constituent une partie des archives de la recherche raquo (Pomart 2014)
Deacutefinition donneacutees de la recherche (research data)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutefinition Donneacutees brutes - donneacutees eacutelaboreacutees
(raw data ndash processed data)
laquo Donneacutees brutes recueillies sur un sujet agrave partir
dobservations ou de mesures et qui nont pas encore
eacuteteacute traiteacutees valideacutees ou trieacutees Senseacutees ecirctre neutres et
objectives et ne deacutependant pas de leur contexte de
creacuteation drsquoune analyse ou de leur producteur raquo
(Thessen amp Patterson 2011)
Donneacutees eacutelaboreacutees ou deacuteriveacutees ayant subi des opeacuterations de nettoyage de seacutelection de traitement drsquoanalyse afin de produire des reacutesultats
(Amitrano Lejeune amp Hobleacutea 2017)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Donneacutee qui renseigne sur la nature drsquoautres donneacutees et qui permet ainsi leur utilisation pertinente
bull Dans la perspective des entrepocircts de donneacutees les meacutetadonneacutees sont un eacuteleacutement primordial et sont destineacutees agrave diverses cateacutegories dutilisateurs Elles permettent notamment de connaicirctre lorigine et la nature des donneacutees stockeacutees dans lentrepocirct de comprendre comment elles sont structureacutees de savoir comment y avoir accegraves et comment les interpreacuteter de connaicirctre les diffeacuterents modegraveles de donneacutees en preacutesence et les regravegles de gestion de ces donneacutees (Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise 2002)
Certaines meacutetadonneacutees sont geacuteneacutereacutees degraves la creacuteation des donneacutees automatiquement ou manuellement Fournir les meacutetadonneacutees le plus rapidement possible apregraves la creacuteation des donneacutees
Deacutefinition Meacutetadonneacutee (metadata)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Agreacutegation sous une forme lisible de donneacutees brutes ou
deacuteriveacutees preacutesentant une certaine uniteacute rassembleacutees pour
former un ensemble coheacuterent (Gaillard R 2014)
Certains entrepocircts utilisent le terme laquo data package raquo plutocirct
que laquo dataset raquo pour deacutesigner un ensemble constitueacute des
fichiers de donneacutees et des meacutetadonneacutees associeacutees
bull Le nombre de fichiers peut ecirctre tregraves important dans un jeu de
donneacutees
Deacutefinition Jeu de donneacutees (dataset)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
citable comme un objet unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutepocirct et conservation
des donneacutees
Teacuteleacutechargement import de
fichiers
bull donneacutees + documents
compleacutementaires
bull Limites taille des fichiers
Formats accepteacutes donneacutees
publieacuteeshellip
bull Via IU ou API
Organisation des donneacutees
en collections
Conservation (stockage
seacutecuriseacute + archivage agrave long
terme)
bull sauvegarde
bull empreinte numeacuteriqueInteacutegriteacute
bull veille sur lrsquoeacutevolution des technologies
bull utilisation de formats durables (ou conversion) standards
Lisibiliteacute
bull meacutetadonneacutees riches standards
bull identification peacuterenne
bull controcircle des versions de jeux de donneacutees
Intelligibiliteacute
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts identification peacuterenne
des donneacutees
Attribution drsquoun identifiant au
moment du deacutepocirct
bull Au jeu dans son ensemble
bull +- agrave chaque version du jeu de
donneacutees
Inteacutegration possible drsquoidentifiant
preacuteexistant chez certains
entrepocircts (ex Zenodo)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts description des
donneacutees
Meacutetadonneacutees
bull Scheacutemas de meacutetadonneacutees
geacuteneacuteriques
speacutecifiques agrave un domaine
bull Qualiteacute des meacutetadonneacutees
vocabulaires controcircleacutes (import ou accegraves
agrave des vocabulaires externes)
bull Saisie import via IU vs API
Documentation
compleacutementaire
Donneacutees extraites de re3data le 19052017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exemple de meacutetadonneacutees
bull Identifier
bull Creator
bull Title
bull Publisher
bull PublicationYear
bull ResourceType
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Datacite v 40 CIF (cristallographie) extrait ex de valeurs
bull Subject
bull Contributor
bull Date
bull Language
bull AlternateIdentifier
bull RelatedIdentifier
bull Size
bull Format
bull Version
bull Rights
bull Description
bull GeoLocation
bull FundingReference
Droit drsquoaccegraves aux donneacutees
bull teacuteleacutechargement libre (open)
bull embargo
bull demande drsquoaccegraves (restricted) guestbook
bull pas de teacuteleacutechargement possible (closed)
Geacuteneacuteration drsquoURL priveacute parfois proposeacute
Attribution drsquoune licence agrave chaque jeu de donneacutees
bull Saisie libre vs liste fermeacutee
attention aux entrepocircts qui imposent une licence unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts controcircle des droits drsquoaccegraves
aux donneacutees conditions drsquoutilisation et licences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
bull simple etou avanceacutee dans les meacutetadonneacutees parfois dans les donneacutees
bull Graphique (zone geacuteographique structure moleacuteculehellip)
bull Navigation et affinage par facettes
Affichage
bull des meacutetadonneacutees Liens avec drsquoautres datasets avec des publications
Geacuteneacuteration de la citation
bull des donneacutees (preacutevisualisation selon format)
Exports
bull meacutetadonneacutees (ne formats)
bull teacuteleacutechargement des donneacutees
Geacuteneacuteration de template de data papers agrave partir des meacutetadonneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts recherche affichage
export des (meacuteta)donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts exploration et
visualisation des donneacutees
Outils drsquoanalyse ou de
visualisation
bull TwoRavens
bull WorldMap
bull Mercury
bull hellip
TwoRavens
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
laquo Les donneacutees de la recherche sont deacutefinies comme des enregistrements factuels (chiffres textes images et sons) utiliseacutes comme sources principales pour la recherche scientifique et geacuteneacuteralement reconnus par la communauteacute scientifique comme neacutecessaires agrave la validation des reacutesultats de recherche raquo (OCDE 2007)
laquo Les donneacutees de la recherche sont lrsquoensemble des informations et mateacuteriaux produits et reccedilus par des eacutequipes de recherche et des chercheurs Elles sont collecteacutees et documenteacutees agrave des fins de recherche scientifique Agrave ce titre elles constituent une partie des archives de la recherche raquo (Pomart 2014)
Deacutefinition donneacutees de la recherche (research data)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutefinition Donneacutees brutes - donneacutees eacutelaboreacutees
(raw data ndash processed data)
laquo Donneacutees brutes recueillies sur un sujet agrave partir
dobservations ou de mesures et qui nont pas encore
eacuteteacute traiteacutees valideacutees ou trieacutees Senseacutees ecirctre neutres et
objectives et ne deacutependant pas de leur contexte de
creacuteation drsquoune analyse ou de leur producteur raquo
(Thessen amp Patterson 2011)
Donneacutees eacutelaboreacutees ou deacuteriveacutees ayant subi des opeacuterations de nettoyage de seacutelection de traitement drsquoanalyse afin de produire des reacutesultats
(Amitrano Lejeune amp Hobleacutea 2017)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Donneacutee qui renseigne sur la nature drsquoautres donneacutees et qui permet ainsi leur utilisation pertinente
bull Dans la perspective des entrepocircts de donneacutees les meacutetadonneacutees sont un eacuteleacutement primordial et sont destineacutees agrave diverses cateacutegories dutilisateurs Elles permettent notamment de connaicirctre lorigine et la nature des donneacutees stockeacutees dans lentrepocirct de comprendre comment elles sont structureacutees de savoir comment y avoir accegraves et comment les interpreacuteter de connaicirctre les diffeacuterents modegraveles de donneacutees en preacutesence et les regravegles de gestion de ces donneacutees (Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise 2002)
Certaines meacutetadonneacutees sont geacuteneacutereacutees degraves la creacuteation des donneacutees automatiquement ou manuellement Fournir les meacutetadonneacutees le plus rapidement possible apregraves la creacuteation des donneacutees
Deacutefinition Meacutetadonneacutee (metadata)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Agreacutegation sous une forme lisible de donneacutees brutes ou
deacuteriveacutees preacutesentant une certaine uniteacute rassembleacutees pour
former un ensemble coheacuterent (Gaillard R 2014)
Certains entrepocircts utilisent le terme laquo data package raquo plutocirct
que laquo dataset raquo pour deacutesigner un ensemble constitueacute des
fichiers de donneacutees et des meacutetadonneacutees associeacutees
bull Le nombre de fichiers peut ecirctre tregraves important dans un jeu de
donneacutees
Deacutefinition Jeu de donneacutees (dataset)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
citable comme un objet unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutepocirct et conservation
des donneacutees
Teacuteleacutechargement import de
fichiers
bull donneacutees + documents
compleacutementaires
bull Limites taille des fichiers
Formats accepteacutes donneacutees
publieacuteeshellip
bull Via IU ou API
Organisation des donneacutees
en collections
Conservation (stockage
seacutecuriseacute + archivage agrave long
terme)
bull sauvegarde
bull empreinte numeacuteriqueInteacutegriteacute
bull veille sur lrsquoeacutevolution des technologies
bull utilisation de formats durables (ou conversion) standards
Lisibiliteacute
bull meacutetadonneacutees riches standards
bull identification peacuterenne
bull controcircle des versions de jeux de donneacutees
Intelligibiliteacute
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts identification peacuterenne
des donneacutees
Attribution drsquoun identifiant au
moment du deacutepocirct
bull Au jeu dans son ensemble
bull +- agrave chaque version du jeu de
donneacutees
Inteacutegration possible drsquoidentifiant
preacuteexistant chez certains
entrepocircts (ex Zenodo)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts description des
donneacutees
Meacutetadonneacutees
bull Scheacutemas de meacutetadonneacutees
geacuteneacuteriques
speacutecifiques agrave un domaine
bull Qualiteacute des meacutetadonneacutees
vocabulaires controcircleacutes (import ou accegraves
agrave des vocabulaires externes)
bull Saisie import via IU vs API
Documentation
compleacutementaire
Donneacutees extraites de re3data le 19052017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exemple de meacutetadonneacutees
bull Identifier
bull Creator
bull Title
bull Publisher
bull PublicationYear
bull ResourceType
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Datacite v 40 CIF (cristallographie) extrait ex de valeurs
bull Subject
bull Contributor
bull Date
bull Language
bull AlternateIdentifier
bull RelatedIdentifier
bull Size
bull Format
bull Version
bull Rights
bull Description
bull GeoLocation
bull FundingReference
Droit drsquoaccegraves aux donneacutees
bull teacuteleacutechargement libre (open)
bull embargo
bull demande drsquoaccegraves (restricted) guestbook
bull pas de teacuteleacutechargement possible (closed)
Geacuteneacuteration drsquoURL priveacute parfois proposeacute
Attribution drsquoune licence agrave chaque jeu de donneacutees
bull Saisie libre vs liste fermeacutee
attention aux entrepocircts qui imposent une licence unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts controcircle des droits drsquoaccegraves
aux donneacutees conditions drsquoutilisation et licences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
bull simple etou avanceacutee dans les meacutetadonneacutees parfois dans les donneacutees
bull Graphique (zone geacuteographique structure moleacuteculehellip)
bull Navigation et affinage par facettes
Affichage
bull des meacutetadonneacutees Liens avec drsquoautres datasets avec des publications
Geacuteneacuteration de la citation
bull des donneacutees (preacutevisualisation selon format)
Exports
bull meacutetadonneacutees (ne formats)
bull teacuteleacutechargement des donneacutees
Geacuteneacuteration de template de data papers agrave partir des meacutetadonneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts recherche affichage
export des (meacuteta)donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts exploration et
visualisation des donneacutees
Outils drsquoanalyse ou de
visualisation
bull TwoRavens
bull WorldMap
bull Mercury
bull hellip
TwoRavens
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Deacutefinition Donneacutees brutes - donneacutees eacutelaboreacutees
(raw data ndash processed data)
laquo Donneacutees brutes recueillies sur un sujet agrave partir
dobservations ou de mesures et qui nont pas encore
eacuteteacute traiteacutees valideacutees ou trieacutees Senseacutees ecirctre neutres et
objectives et ne deacutependant pas de leur contexte de
creacuteation drsquoune analyse ou de leur producteur raquo
(Thessen amp Patterson 2011)
Donneacutees eacutelaboreacutees ou deacuteriveacutees ayant subi des opeacuterations de nettoyage de seacutelection de traitement drsquoanalyse afin de produire des reacutesultats
(Amitrano Lejeune amp Hobleacutea 2017)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Donneacutee qui renseigne sur la nature drsquoautres donneacutees et qui permet ainsi leur utilisation pertinente
bull Dans la perspective des entrepocircts de donneacutees les meacutetadonneacutees sont un eacuteleacutement primordial et sont destineacutees agrave diverses cateacutegories dutilisateurs Elles permettent notamment de connaicirctre lorigine et la nature des donneacutees stockeacutees dans lentrepocirct de comprendre comment elles sont structureacutees de savoir comment y avoir accegraves et comment les interpreacuteter de connaicirctre les diffeacuterents modegraveles de donneacutees en preacutesence et les regravegles de gestion de ces donneacutees (Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise 2002)
Certaines meacutetadonneacutees sont geacuteneacutereacutees degraves la creacuteation des donneacutees automatiquement ou manuellement Fournir les meacutetadonneacutees le plus rapidement possible apregraves la creacuteation des donneacutees
Deacutefinition Meacutetadonneacutee (metadata)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Agreacutegation sous une forme lisible de donneacutees brutes ou
deacuteriveacutees preacutesentant une certaine uniteacute rassembleacutees pour
former un ensemble coheacuterent (Gaillard R 2014)
Certains entrepocircts utilisent le terme laquo data package raquo plutocirct
que laquo dataset raquo pour deacutesigner un ensemble constitueacute des
fichiers de donneacutees et des meacutetadonneacutees associeacutees
bull Le nombre de fichiers peut ecirctre tregraves important dans un jeu de
donneacutees
Deacutefinition Jeu de donneacutees (dataset)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
citable comme un objet unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutepocirct et conservation
des donneacutees
Teacuteleacutechargement import de
fichiers
bull donneacutees + documents
compleacutementaires
bull Limites taille des fichiers
Formats accepteacutes donneacutees
publieacuteeshellip
bull Via IU ou API
Organisation des donneacutees
en collections
Conservation (stockage
seacutecuriseacute + archivage agrave long
terme)
bull sauvegarde
bull empreinte numeacuteriqueInteacutegriteacute
bull veille sur lrsquoeacutevolution des technologies
bull utilisation de formats durables (ou conversion) standards
Lisibiliteacute
bull meacutetadonneacutees riches standards
bull identification peacuterenne
bull controcircle des versions de jeux de donneacutees
Intelligibiliteacute
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts identification peacuterenne
des donneacutees
Attribution drsquoun identifiant au
moment du deacutepocirct
bull Au jeu dans son ensemble
bull +- agrave chaque version du jeu de
donneacutees
Inteacutegration possible drsquoidentifiant
preacuteexistant chez certains
entrepocircts (ex Zenodo)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts description des
donneacutees
Meacutetadonneacutees
bull Scheacutemas de meacutetadonneacutees
geacuteneacuteriques
speacutecifiques agrave un domaine
bull Qualiteacute des meacutetadonneacutees
vocabulaires controcircleacutes (import ou accegraves
agrave des vocabulaires externes)
bull Saisie import via IU vs API
Documentation
compleacutementaire
Donneacutees extraites de re3data le 19052017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exemple de meacutetadonneacutees
bull Identifier
bull Creator
bull Title
bull Publisher
bull PublicationYear
bull ResourceType
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Datacite v 40 CIF (cristallographie) extrait ex de valeurs
bull Subject
bull Contributor
bull Date
bull Language
bull AlternateIdentifier
bull RelatedIdentifier
bull Size
bull Format
bull Version
bull Rights
bull Description
bull GeoLocation
bull FundingReference
Droit drsquoaccegraves aux donneacutees
bull teacuteleacutechargement libre (open)
bull embargo
bull demande drsquoaccegraves (restricted) guestbook
bull pas de teacuteleacutechargement possible (closed)
Geacuteneacuteration drsquoURL priveacute parfois proposeacute
Attribution drsquoune licence agrave chaque jeu de donneacutees
bull Saisie libre vs liste fermeacutee
attention aux entrepocircts qui imposent une licence unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts controcircle des droits drsquoaccegraves
aux donneacutees conditions drsquoutilisation et licences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
bull simple etou avanceacutee dans les meacutetadonneacutees parfois dans les donneacutees
bull Graphique (zone geacuteographique structure moleacuteculehellip)
bull Navigation et affinage par facettes
Affichage
bull des meacutetadonneacutees Liens avec drsquoautres datasets avec des publications
Geacuteneacuteration de la citation
bull des donneacutees (preacutevisualisation selon format)
Exports
bull meacutetadonneacutees (ne formats)
bull teacuteleacutechargement des donneacutees
Geacuteneacuteration de template de data papers agrave partir des meacutetadonneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts recherche affichage
export des (meacuteta)donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts exploration et
visualisation des donneacutees
Outils drsquoanalyse ou de
visualisation
bull TwoRavens
bull WorldMap
bull Mercury
bull hellip
TwoRavens
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Donneacutee qui renseigne sur la nature drsquoautres donneacutees et qui permet ainsi leur utilisation pertinente
bull Dans la perspective des entrepocircts de donneacutees les meacutetadonneacutees sont un eacuteleacutement primordial et sont destineacutees agrave diverses cateacutegories dutilisateurs Elles permettent notamment de connaicirctre lorigine et la nature des donneacutees stockeacutees dans lentrepocirct de comprendre comment elles sont structureacutees de savoir comment y avoir accegraves et comment les interpreacuteter de connaicirctre les diffeacuterents modegraveles de donneacutees en preacutesence et les regravegles de gestion de ces donneacutees (Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise 2002)
Certaines meacutetadonneacutees sont geacuteneacutereacutees degraves la creacuteation des donneacutees automatiquement ou manuellement Fournir les meacutetadonneacutees le plus rapidement possible apregraves la creacuteation des donneacutees
Deacutefinition Meacutetadonneacutee (metadata)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Agreacutegation sous une forme lisible de donneacutees brutes ou
deacuteriveacutees preacutesentant une certaine uniteacute rassembleacutees pour
former un ensemble coheacuterent (Gaillard R 2014)
Certains entrepocircts utilisent le terme laquo data package raquo plutocirct
que laquo dataset raquo pour deacutesigner un ensemble constitueacute des
fichiers de donneacutees et des meacutetadonneacutees associeacutees
bull Le nombre de fichiers peut ecirctre tregraves important dans un jeu de
donneacutees
Deacutefinition Jeu de donneacutees (dataset)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
citable comme un objet unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutepocirct et conservation
des donneacutees
Teacuteleacutechargement import de
fichiers
bull donneacutees + documents
compleacutementaires
bull Limites taille des fichiers
Formats accepteacutes donneacutees
publieacuteeshellip
bull Via IU ou API
Organisation des donneacutees
en collections
Conservation (stockage
seacutecuriseacute + archivage agrave long
terme)
bull sauvegarde
bull empreinte numeacuteriqueInteacutegriteacute
bull veille sur lrsquoeacutevolution des technologies
bull utilisation de formats durables (ou conversion) standards
Lisibiliteacute
bull meacutetadonneacutees riches standards
bull identification peacuterenne
bull controcircle des versions de jeux de donneacutees
Intelligibiliteacute
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts identification peacuterenne
des donneacutees
Attribution drsquoun identifiant au
moment du deacutepocirct
bull Au jeu dans son ensemble
bull +- agrave chaque version du jeu de
donneacutees
Inteacutegration possible drsquoidentifiant
preacuteexistant chez certains
entrepocircts (ex Zenodo)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts description des
donneacutees
Meacutetadonneacutees
bull Scheacutemas de meacutetadonneacutees
geacuteneacuteriques
speacutecifiques agrave un domaine
bull Qualiteacute des meacutetadonneacutees
vocabulaires controcircleacutes (import ou accegraves
agrave des vocabulaires externes)
bull Saisie import via IU vs API
Documentation
compleacutementaire
Donneacutees extraites de re3data le 19052017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exemple de meacutetadonneacutees
bull Identifier
bull Creator
bull Title
bull Publisher
bull PublicationYear
bull ResourceType
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Datacite v 40 CIF (cristallographie) extrait ex de valeurs
bull Subject
bull Contributor
bull Date
bull Language
bull AlternateIdentifier
bull RelatedIdentifier
bull Size
bull Format
bull Version
bull Rights
bull Description
bull GeoLocation
bull FundingReference
Droit drsquoaccegraves aux donneacutees
bull teacuteleacutechargement libre (open)
bull embargo
bull demande drsquoaccegraves (restricted) guestbook
bull pas de teacuteleacutechargement possible (closed)
Geacuteneacuteration drsquoURL priveacute parfois proposeacute
Attribution drsquoune licence agrave chaque jeu de donneacutees
bull Saisie libre vs liste fermeacutee
attention aux entrepocircts qui imposent une licence unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts controcircle des droits drsquoaccegraves
aux donneacutees conditions drsquoutilisation et licences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
bull simple etou avanceacutee dans les meacutetadonneacutees parfois dans les donneacutees
bull Graphique (zone geacuteographique structure moleacuteculehellip)
bull Navigation et affinage par facettes
Affichage
bull des meacutetadonneacutees Liens avec drsquoautres datasets avec des publications
Geacuteneacuteration de la citation
bull des donneacutees (preacutevisualisation selon format)
Exports
bull meacutetadonneacutees (ne formats)
bull teacuteleacutechargement des donneacutees
Geacuteneacuteration de template de data papers agrave partir des meacutetadonneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts recherche affichage
export des (meacuteta)donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts exploration et
visualisation des donneacutees
Outils drsquoanalyse ou de
visualisation
bull TwoRavens
bull WorldMap
bull Mercury
bull hellip
TwoRavens
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Agreacutegation sous une forme lisible de donneacutees brutes ou
deacuteriveacutees preacutesentant une certaine uniteacute rassembleacutees pour
former un ensemble coheacuterent (Gaillard R 2014)
Certains entrepocircts utilisent le terme laquo data package raquo plutocirct
que laquo dataset raquo pour deacutesigner un ensemble constitueacute des
fichiers de donneacutees et des meacutetadonneacutees associeacutees
bull Le nombre de fichiers peut ecirctre tregraves important dans un jeu de
donneacutees
Deacutefinition Jeu de donneacutees (dataset)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
citable comme un objet unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutepocirct et conservation
des donneacutees
Teacuteleacutechargement import de
fichiers
bull donneacutees + documents
compleacutementaires
bull Limites taille des fichiers
Formats accepteacutes donneacutees
publieacuteeshellip
bull Via IU ou API
Organisation des donneacutees
en collections
Conservation (stockage
seacutecuriseacute + archivage agrave long
terme)
bull sauvegarde
bull empreinte numeacuteriqueInteacutegriteacute
bull veille sur lrsquoeacutevolution des technologies
bull utilisation de formats durables (ou conversion) standards
Lisibiliteacute
bull meacutetadonneacutees riches standards
bull identification peacuterenne
bull controcircle des versions de jeux de donneacutees
Intelligibiliteacute
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts identification peacuterenne
des donneacutees
Attribution drsquoun identifiant au
moment du deacutepocirct
bull Au jeu dans son ensemble
bull +- agrave chaque version du jeu de
donneacutees
Inteacutegration possible drsquoidentifiant
preacuteexistant chez certains
entrepocircts (ex Zenodo)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts description des
donneacutees
Meacutetadonneacutees
bull Scheacutemas de meacutetadonneacutees
geacuteneacuteriques
speacutecifiques agrave un domaine
bull Qualiteacute des meacutetadonneacutees
vocabulaires controcircleacutes (import ou accegraves
agrave des vocabulaires externes)
bull Saisie import via IU vs API
Documentation
compleacutementaire
Donneacutees extraites de re3data le 19052017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exemple de meacutetadonneacutees
bull Identifier
bull Creator
bull Title
bull Publisher
bull PublicationYear
bull ResourceType
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Datacite v 40 CIF (cristallographie) extrait ex de valeurs
bull Subject
bull Contributor
bull Date
bull Language
bull AlternateIdentifier
bull RelatedIdentifier
bull Size
bull Format
bull Version
bull Rights
bull Description
bull GeoLocation
bull FundingReference
Droit drsquoaccegraves aux donneacutees
bull teacuteleacutechargement libre (open)
bull embargo
bull demande drsquoaccegraves (restricted) guestbook
bull pas de teacuteleacutechargement possible (closed)
Geacuteneacuteration drsquoURL priveacute parfois proposeacute
Attribution drsquoune licence agrave chaque jeu de donneacutees
bull Saisie libre vs liste fermeacutee
attention aux entrepocircts qui imposent une licence unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts controcircle des droits drsquoaccegraves
aux donneacutees conditions drsquoutilisation et licences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
bull simple etou avanceacutee dans les meacutetadonneacutees parfois dans les donneacutees
bull Graphique (zone geacuteographique structure moleacuteculehellip)
bull Navigation et affinage par facettes
Affichage
bull des meacutetadonneacutees Liens avec drsquoautres datasets avec des publications
Geacuteneacuteration de la citation
bull des donneacutees (preacutevisualisation selon format)
Exports
bull meacutetadonneacutees (ne formats)
bull teacuteleacutechargement des donneacutees
Geacuteneacuteration de template de data papers agrave partir des meacutetadonneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts recherche affichage
export des (meacuteta)donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts exploration et
visualisation des donneacutees
Outils drsquoanalyse ou de
visualisation
bull TwoRavens
bull WorldMap
bull Mercury
bull hellip
TwoRavens
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutepocirct et conservation
des donneacutees
Teacuteleacutechargement import de
fichiers
bull donneacutees + documents
compleacutementaires
bull Limites taille des fichiers
Formats accepteacutes donneacutees
publieacuteeshellip
bull Via IU ou API
Organisation des donneacutees
en collections
Conservation (stockage
seacutecuriseacute + archivage agrave long
terme)
bull sauvegarde
bull empreinte numeacuteriqueInteacutegriteacute
bull veille sur lrsquoeacutevolution des technologies
bull utilisation de formats durables (ou conversion) standards
Lisibiliteacute
bull meacutetadonneacutees riches standards
bull identification peacuterenne
bull controcircle des versions de jeux de donneacutees
Intelligibiliteacute
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts identification peacuterenne
des donneacutees
Attribution drsquoun identifiant au
moment du deacutepocirct
bull Au jeu dans son ensemble
bull +- agrave chaque version du jeu de
donneacutees
Inteacutegration possible drsquoidentifiant
preacuteexistant chez certains
entrepocircts (ex Zenodo)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts description des
donneacutees
Meacutetadonneacutees
bull Scheacutemas de meacutetadonneacutees
geacuteneacuteriques
speacutecifiques agrave un domaine
bull Qualiteacute des meacutetadonneacutees
vocabulaires controcircleacutes (import ou accegraves
agrave des vocabulaires externes)
bull Saisie import via IU vs API
Documentation
compleacutementaire
Donneacutees extraites de re3data le 19052017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exemple de meacutetadonneacutees
bull Identifier
bull Creator
bull Title
bull Publisher
bull PublicationYear
bull ResourceType
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Datacite v 40 CIF (cristallographie) extrait ex de valeurs
bull Subject
bull Contributor
bull Date
bull Language
bull AlternateIdentifier
bull RelatedIdentifier
bull Size
bull Format
bull Version
bull Rights
bull Description
bull GeoLocation
bull FundingReference
Droit drsquoaccegraves aux donneacutees
bull teacuteleacutechargement libre (open)
bull embargo
bull demande drsquoaccegraves (restricted) guestbook
bull pas de teacuteleacutechargement possible (closed)
Geacuteneacuteration drsquoURL priveacute parfois proposeacute
Attribution drsquoune licence agrave chaque jeu de donneacutees
bull Saisie libre vs liste fermeacutee
attention aux entrepocircts qui imposent une licence unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts controcircle des droits drsquoaccegraves
aux donneacutees conditions drsquoutilisation et licences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
bull simple etou avanceacutee dans les meacutetadonneacutees parfois dans les donneacutees
bull Graphique (zone geacuteographique structure moleacuteculehellip)
bull Navigation et affinage par facettes
Affichage
bull des meacutetadonneacutees Liens avec drsquoautres datasets avec des publications
Geacuteneacuteration de la citation
bull des donneacutees (preacutevisualisation selon format)
Exports
bull meacutetadonneacutees (ne formats)
bull teacuteleacutechargement des donneacutees
Geacuteneacuteration de template de data papers agrave partir des meacutetadonneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts recherche affichage
export des (meacuteta)donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts exploration et
visualisation des donneacutees
Outils drsquoanalyse ou de
visualisation
bull TwoRavens
bull WorldMap
bull Mercury
bull hellip
TwoRavens
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts identification peacuterenne
des donneacutees
Attribution drsquoun identifiant au
moment du deacutepocirct
bull Au jeu dans son ensemble
bull +- agrave chaque version du jeu de
donneacutees
Inteacutegration possible drsquoidentifiant
preacuteexistant chez certains
entrepocircts (ex Zenodo)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts description des
donneacutees
Meacutetadonneacutees
bull Scheacutemas de meacutetadonneacutees
geacuteneacuteriques
speacutecifiques agrave un domaine
bull Qualiteacute des meacutetadonneacutees
vocabulaires controcircleacutes (import ou accegraves
agrave des vocabulaires externes)
bull Saisie import via IU vs API
Documentation
compleacutementaire
Donneacutees extraites de re3data le 19052017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exemple de meacutetadonneacutees
bull Identifier
bull Creator
bull Title
bull Publisher
bull PublicationYear
bull ResourceType
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Datacite v 40 CIF (cristallographie) extrait ex de valeurs
bull Subject
bull Contributor
bull Date
bull Language
bull AlternateIdentifier
bull RelatedIdentifier
bull Size
bull Format
bull Version
bull Rights
bull Description
bull GeoLocation
bull FundingReference
Droit drsquoaccegraves aux donneacutees
bull teacuteleacutechargement libre (open)
bull embargo
bull demande drsquoaccegraves (restricted) guestbook
bull pas de teacuteleacutechargement possible (closed)
Geacuteneacuteration drsquoURL priveacute parfois proposeacute
Attribution drsquoune licence agrave chaque jeu de donneacutees
bull Saisie libre vs liste fermeacutee
attention aux entrepocircts qui imposent une licence unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts controcircle des droits drsquoaccegraves
aux donneacutees conditions drsquoutilisation et licences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
bull simple etou avanceacutee dans les meacutetadonneacutees parfois dans les donneacutees
bull Graphique (zone geacuteographique structure moleacuteculehellip)
bull Navigation et affinage par facettes
Affichage
bull des meacutetadonneacutees Liens avec drsquoautres datasets avec des publications
Geacuteneacuteration de la citation
bull des donneacutees (preacutevisualisation selon format)
Exports
bull meacutetadonneacutees (ne formats)
bull teacuteleacutechargement des donneacutees
Geacuteneacuteration de template de data papers agrave partir des meacutetadonneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts recherche affichage
export des (meacuteta)donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts exploration et
visualisation des donneacutees
Outils drsquoanalyse ou de
visualisation
bull TwoRavens
bull WorldMap
bull Mercury
bull hellip
TwoRavens
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts description des
donneacutees
Meacutetadonneacutees
bull Scheacutemas de meacutetadonneacutees
geacuteneacuteriques
speacutecifiques agrave un domaine
bull Qualiteacute des meacutetadonneacutees
vocabulaires controcircleacutes (import ou accegraves
agrave des vocabulaires externes)
bull Saisie import via IU vs API
Documentation
compleacutementaire
Donneacutees extraites de re3data le 19052017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exemple de meacutetadonneacutees
bull Identifier
bull Creator
bull Title
bull Publisher
bull PublicationYear
bull ResourceType
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Datacite v 40 CIF (cristallographie) extrait ex de valeurs
bull Subject
bull Contributor
bull Date
bull Language
bull AlternateIdentifier
bull RelatedIdentifier
bull Size
bull Format
bull Version
bull Rights
bull Description
bull GeoLocation
bull FundingReference
Droit drsquoaccegraves aux donneacutees
bull teacuteleacutechargement libre (open)
bull embargo
bull demande drsquoaccegraves (restricted) guestbook
bull pas de teacuteleacutechargement possible (closed)
Geacuteneacuteration drsquoURL priveacute parfois proposeacute
Attribution drsquoune licence agrave chaque jeu de donneacutees
bull Saisie libre vs liste fermeacutee
attention aux entrepocircts qui imposent une licence unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts controcircle des droits drsquoaccegraves
aux donneacutees conditions drsquoutilisation et licences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
bull simple etou avanceacutee dans les meacutetadonneacutees parfois dans les donneacutees
bull Graphique (zone geacuteographique structure moleacuteculehellip)
bull Navigation et affinage par facettes
Affichage
bull des meacutetadonneacutees Liens avec drsquoautres datasets avec des publications
Geacuteneacuteration de la citation
bull des donneacutees (preacutevisualisation selon format)
Exports
bull meacutetadonneacutees (ne formats)
bull teacuteleacutechargement des donneacutees
Geacuteneacuteration de template de data papers agrave partir des meacutetadonneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts recherche affichage
export des (meacuteta)donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts exploration et
visualisation des donneacutees
Outils drsquoanalyse ou de
visualisation
bull TwoRavens
bull WorldMap
bull Mercury
bull hellip
TwoRavens
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Exemple de meacutetadonneacutees
bull Identifier
bull Creator
bull Title
bull Publisher
bull PublicationYear
bull ResourceType
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Datacite v 40 CIF (cristallographie) extrait ex de valeurs
bull Subject
bull Contributor
bull Date
bull Language
bull AlternateIdentifier
bull RelatedIdentifier
bull Size
bull Format
bull Version
bull Rights
bull Description
bull GeoLocation
bull FundingReference
Droit drsquoaccegraves aux donneacutees
bull teacuteleacutechargement libre (open)
bull embargo
bull demande drsquoaccegraves (restricted) guestbook
bull pas de teacuteleacutechargement possible (closed)
Geacuteneacuteration drsquoURL priveacute parfois proposeacute
Attribution drsquoune licence agrave chaque jeu de donneacutees
bull Saisie libre vs liste fermeacutee
attention aux entrepocircts qui imposent une licence unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts controcircle des droits drsquoaccegraves
aux donneacutees conditions drsquoutilisation et licences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
bull simple etou avanceacutee dans les meacutetadonneacutees parfois dans les donneacutees
bull Graphique (zone geacuteographique structure moleacuteculehellip)
bull Navigation et affinage par facettes
Affichage
bull des meacutetadonneacutees Liens avec drsquoautres datasets avec des publications
Geacuteneacuteration de la citation
bull des donneacutees (preacutevisualisation selon format)
Exports
bull meacutetadonneacutees (ne formats)
bull teacuteleacutechargement des donneacutees
Geacuteneacuteration de template de data papers agrave partir des meacutetadonneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts recherche affichage
export des (meacuteta)donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts exploration et
visualisation des donneacutees
Outils drsquoanalyse ou de
visualisation
bull TwoRavens
bull WorldMap
bull Mercury
bull hellip
TwoRavens
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Droit drsquoaccegraves aux donneacutees
bull teacuteleacutechargement libre (open)
bull embargo
bull demande drsquoaccegraves (restricted) guestbook
bull pas de teacuteleacutechargement possible (closed)
Geacuteneacuteration drsquoURL priveacute parfois proposeacute
Attribution drsquoune licence agrave chaque jeu de donneacutees
bull Saisie libre vs liste fermeacutee
attention aux entrepocircts qui imposent une licence unique
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts controcircle des droits drsquoaccegraves
aux donneacutees conditions drsquoutilisation et licences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
bull simple etou avanceacutee dans les meacutetadonneacutees parfois dans les donneacutees
bull Graphique (zone geacuteographique structure moleacuteculehellip)
bull Navigation et affinage par facettes
Affichage
bull des meacutetadonneacutees Liens avec drsquoautres datasets avec des publications
Geacuteneacuteration de la citation
bull des donneacutees (preacutevisualisation selon format)
Exports
bull meacutetadonneacutees (ne formats)
bull teacuteleacutechargement des donneacutees
Geacuteneacuteration de template de data papers agrave partir des meacutetadonneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts recherche affichage
export des (meacuteta)donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts exploration et
visualisation des donneacutees
Outils drsquoanalyse ou de
visualisation
bull TwoRavens
bull WorldMap
bull Mercury
bull hellip
TwoRavens
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Recherche
bull simple etou avanceacutee dans les meacutetadonneacutees parfois dans les donneacutees
bull Graphique (zone geacuteographique structure moleacuteculehellip)
bull Navigation et affinage par facettes
Affichage
bull des meacutetadonneacutees Liens avec drsquoautres datasets avec des publications
Geacuteneacuteration de la citation
bull des donneacutees (preacutevisualisation selon format)
Exports
bull meacutetadonneacutees (ne formats)
bull teacuteleacutechargement des donneacutees
Geacuteneacuteration de template de data papers agrave partir des meacutetadonneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts recherche affichage
export des (meacuteta)donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts exploration et
visualisation des donneacutees
Outils drsquoanalyse ou de
visualisation
bull TwoRavens
bull WorldMap
bull Mercury
bull hellip
TwoRavens
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts exploration et
visualisation des donneacutees
Outils drsquoanalyse ou de
visualisation
bull TwoRavens
bull WorldMap
bull Mercury
bull hellip
TwoRavens
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Exposition des meacutetadonneacutees via OAI-PMH ou dans un triple
store RDF (Linked data)
API pour la recherche et lrsquoaccegraves
Liaison avec drsquoautres ressources
bull Ex IsCitedBy Cites hellip qui sont les valeurs possibles de la
proprieacuteteacute relationType de la meacutetadonneacutee relatedIdentifier
Statistiques drsquousage de ses donneacutees
bull nombre drsquoaffichages et de teacuteleacutechargements datasets les +
teacuteleacutechargeacutes altmetrics hellip
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts deacutecouverte visibiliteacute
des donneacutees
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
httpssearchdataciteorgapiampq=prefix1015454 AND resourceTypelaquo Genetic Resource raquo ampfl=doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType
ampwt=csvamprows=100
Tester
Recherche agrave partir des meacutetadonneacutees DataCite
doicreatortitlepublicationYearrightsresourceTypeGeneralresourceType101545414938068803288916E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1182017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803342473E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1192017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource101545414938068803413174E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-122017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource10154541493806880349478E12GnpISINRAPinus pinasterM421T-1202017CC BYPhysicalObjectGenetic Resource
DataCite propose une interface et une API de recherche exploration des
meacutetadonneacutees possibles quand un DOI est attribueacute agrave un jeu de donneacutees
Exemple chercher les ressources geacuteneacutetiques identifieacutees par lrsquoINRA
Texte libre vs vocabulaire
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Authentification
bull Inteacutegration de systegravemes externe (feacutedeacuteration drsquoidentifieacute comptes
ORCID GitHubhellip)
Gestion des utilisateurs et des droits
bull Gestion de rocircles (administrateur de collection curateurhellip)
bull Attribution de droits drsquoaccegraves agrave des utilisateurs agrave des groupes
drsquoutilisateurs (collection communauteacutes hellip)
bull Workflow de publication des donneacutees
Fonctionnaliteacutes des entrepocircts gestion des utilisateurs
et des droits
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
_Quelques exemples
Pascal Aventurier
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Artic data Center
bull Creacuteeacute en en 2007 entrepocirct de la NSF depuis 2016bull Meacutetadonneacutees EML Ecological Metadata Languagebull Description des diffeacuterentes variablesbull Entrepocirct laquo Nœud raquo de DataOne pour la reacuteplication des donneacuteesbull Deacutepocirct possible par une interface web ou par programme RMatlab
httpsarcticdataio
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Recherche
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Un dataset
Fichiers de donneacutees
Meacutetadonneacutees 1
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Meacutetadonneacutees tregraves deacutetailleacuteesAvec les attributs du jeu de donneacutees
Meacutetadonneacutees 2
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
bull Creacuteation Septembre 2014 par TGIR Huma-num
bull Contenu Fichiers texte sons images videacuteo discipline SHS
bull Ouvert en deacutepocircts aux uniteacutes de recherche qui en font la demande
bull Outil pour deacuteposer documenter et Diffuser les donneacutees de la recherche
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull pas drsquointerface de recherche deacutedieacutee bull Possibiliteacute de connecter les meacutetadonneacutees agrave dautres entrepocircts existants
et de les rendre moissonnables par des services speacutecialiseacutes comme ISIDOREbull Diffusion des donneacutees videacuteos images dans les carnets hypothegravesesbull Exposition des donneacutees ou des meacutetadonneacuteesbull Sparql Endpoint pour interroger les meacutetadonneacuteesbull Creacuteation de collection bull Identifiant handle peut ecirctre adresseacute dans le webbull accompagnement aux chercheurs via
les consortiums HumaNum
httpshumanumhypothesesorg774
httpswwwnakalafrnakala
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Deacutepocirct dans Nakala
COLLECTIONS
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Accegraves libre Accegraves proteacutegeacute
Ajout de meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
EUDAT
bull Creacuteation bull Projet EU-H2020 creacuteeacute en 2011 2eme phase EUDAT2020 jusqursquoen 2018
bull Contenu
Plus de 500 jeux de donneacutees moissonne pus de 450 000 meacutetadonneacutees
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Des outils de deacutepocirct deacutedieacutes
bull Moissonne les donneacutees drsquoautres entrepocircts de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Deacutepocirct et recherche dans la suite B2
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
jeux de donneacutees volumineux
Deacutepocirct de donneacutees
Chercher les donneacutees
Archiver les donneacutees
20 Gb systegraveme de gestion de fichierPermet de deacutefinir avec qui eacutechanger les donneacutees et de geacuterer les permissions
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
B2FIND MD CatalogueIngestion status
bull 17 communitiesbull gt 450000 MD records
Humanities
Social Sciences
Natural Sciences
Cross Discipline
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
B2FIND Discovery Portalrecherche par facette et accegraves aux donneacutees
Facettes pour bull Geo spatialbull Couverture temporellebull Anneacutee de publicationbull Facettes ldquotexterdquo
bull Tagsbull Auteurbull Discipline etc
httpswwwdigitalinfrastructureseusitesdefaultfilesEUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0pptx
Texte libre
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Extentionspatiale
Lien vers les sources
meacutetadonneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
bull Creacuteation
Depuis 2006 reprise drsquoun projet plus ancien Harvard Alfred P Sloan Foundation National Science Foundation National Institutes of Health hellip
bull Contenu
+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Outil open source - chaque installation est indeacutependante Le Dataverse laquo Harvard raquo regroupe
tous (ou eacutenormeacutement) de Dataverses de chaque installationbull Lien entre le journal et le jeux de donneacutees
bull Modegravele de donneacuteesbull Srsquoappuie sur DDI (Data Document Initiative)bull Personnalisable pour chaque Dataverse
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Dataverse Outils inteacutegreacutes
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Inteacutegrations futures
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
httpsdataverseharvardedu
Add DataAdd Dataverse
Un dataverse
Un jeu de donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Un jeu de donneacutees
Les donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Zenodo
bull Creacuteation mai 2O13 Creacuteeacute par le projet Openaire (UE) et le CERN
bull Contenu
tous types de documents volumeacutetrie
bull Fonctionnaliteacutes inteacuteressantesbull Lien direct (signalement et creacuteation du rapport)avec le projet Openaire pour le partage des donneacutees
laquo Horizon 2020 raquo Identification du ndeg du projetbull Possibiliteacute de creacuteer des communauteacutes et de deacutefinir des droits dans ses communauteacutesbull Gestion des accegraves par deacutepocirct ouverte restreinte agrave une communauteacute deacuteposantbull Embargo possible bull Creacuteer un DOI pour chaque version du jeu de donneacuteesbull API qui permettent drsquoutiliser Zenodo comme outil de stockage des donneacuteesbull Inteacutegration avec Githubbull Altmetrics
bull Lien avec Datacite
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Deacutepocirct dans Zenodo
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Meacutetadonneacutees 1
Type de De donneacutees
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Meacutetadonneacutees Licences
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Jeu de donneacutees final
Meacutetadonneacutees Recommandeacuteesoptionnelles
Pascal Aventurier ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
_Choisir un entrepocirct
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
de la discipline dont relegraveve la recherche
bull Genbank UniProtKB Protein Data Bank in Europe (PDBe)hellipetc
des tutelles
bull Inra code sources forge logicielle SourceSup donneacutees nrsquoayant pas vocation agrave aller dans un entrepocirct disciplinaire communauteacute Inra Zenodo puis futur portail datainrafr
des financeurs
bull Wellcome Trust Data repositories (13 entrepocircts recommandeacutes)
bull H2020 entrepocirct garantissant la gratuiteacute de lrsquoaccegraves de lrsquoextraction de lrsquoexploitation de la reproduction et de la disseacutemination
des revues pour les donneacutees qui seront publieacutees
bull Recommandent de + en + le deacutepocirct dans un entrepocirct disciplinaire (ou agrave deacutefaut geacuteneacuteraliste) voire integravegrent un entrepocirct dans le processus de publication (Nature + Figshare Open Journal System + Dataversehellip)
Nature +90 entrepocircts recommandeacutes
CellPress liste par type de donneacutees
Choisir un entrepocirct prendre en compte les
recommandationshellip
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Choix drsquoun entrepocirct les critegraveres qui entrent en jeu dans la publication des donneacutees de recherche
Formats accepteacutesbull Formats des fichiersbull Organisation du contenubull Preacutevisualisation selon formatsbull Limites de volumeacutetrie
Documentation des donneacuteesbull Minimum de meacutetadonneacutees standards
(DC Datacite) meacuteta de provenancebull Meacutetadonneacutees de domaine richesbull Description et meacutetadonneacutees au niveau
du jeu + au niveau file
Licencesbull Terms of use pour le deacutepocirctbull Choix des licencesbull Embargo accegraves controcircleacute
Coucircts de la publication et de lrsquoaccegravesbull Garantir accegraves libre
Validation des donneacuteesbull Avant publication (checksum controcircle
meacuteta obligatoires)bull Worflow de curationbull Apregraves publication (stats drsquousage
populariteacute)
Disponibiliteacute preacutesente et future des donneacuteesbull Archivage peacuterennebull Certification de lrsquoentrepocirctbull Ressources financement peacuterennes
Deacutecouverte et accegraves bull Recherche (keywords navigation
facettes localisation proximiteacutehellip)bull Recommandationsbull OAI-PMHbull APIbull Linked databull Visibiliteacute de lrsquoentrepocirct Inteacutegration
dispositifs [inter]nationauxbull Optimisation pour les moteurs de
recherche
Citationbull Identification unique peacuterenne
(donneacutees chercheurs) bull Affichage export dans ne formats
inteacutegration dans site Webbull Partage sur les reacuteseaux sociauxbull Citation au niveau versionbull Lien avec publi avec datasetsbull Geacuteneacuteration datapaper Inteacutegration
dans processus de publication
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
(Dunning de Smaele amp Boumlhmer 2017)
A4 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
R3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenanceR4 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
37 entrepocircts
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Faciles agrave trouver
bull F1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont identifieacutees par un identifiant global unique et peacuterenne
bull F2 Les meacutetadonneacutees deacutecrivant les donneacutees sont riches
bull F3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont enregistreacutees et indexeacutees dans un dispositif permettant de les rechercher
bull F4 Les meacutetadonneacutees speacutecifient lrsquoidentifiant de la donneacuteeF1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent
identifier
Accessibles
bull A1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardiseacute
bull A11 Le protocole utiliseacute est ouvert libre et peut ecirctre impleacutementeacute de maniegravere universelle
bull A12 Le protocole utiliseacute permet lrsquoauthentification et lrsquoautorisation si besoin
bull A2 Les meacutetadonneacutees sont accessibles mecircme quand les donneacutees ne le sont plus
Interopeacuterables
bull I1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent un langage formel accessible partageacute et largement applicable pour la
repreacutesentation des connaissances
bull I2 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR
bull I3 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees incluent des liens vers drsquoautres (meacuteta)donneacutees
Reacute-utilisables
bull R1 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees ont des attributs multiples et pertinents
bull R11 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont mises agrave disposition selon une licence explicite et accessible
bull R12 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees sont associeacutees agrave leur provenance
bull R13 Les donneacutees et les meacutetadonneacutees correspondent aux standards des communauteacutes indiqueacutees
Les principes FAIRTraduit de (Hagstrom 2014)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
re3dataorg (1859 entrepocircts reacutepertorieacutes) tous domaines
bioSharing (917 bases de donneacutees reacutepertorieacutees) domaines
des sciences de la vie de lrsquoenvironnement de la
biomeacutedecine
OpenDOAR (178 entrepocircts de donneacutees sur 3344 reacutepertorieacutes)
OpenAIRE Locate data provider
Choisir un entrepocirct les reacutepertoires drsquoentrepocircts
Chiffres drsquoapregraves les consultation des sites entre mai et juin 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Choix drsquoun entrepocirct
le reacutepertoire re3data
It is part of DataCite
Updates are provided
by re3dataorg and
through community
contributions (hellip) it is
not fully complete
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Choix drsquoun entrepocirct re3data
Accegraves aux donneacutees
open restricted closed
Conditions drsquousage et licenses lieacutees
aux donneacutees fournies par lrsquoentrepocirct
Lrsquoentrepocirct deacutecrit sa politique
Identification des jeux de
donneacutees par un identifiant persistant
unique et citable (DOI URN ARK
Handle Purl)
Entrepocirct certifieacute ou utilisant un
standard
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Le reacuteseau europeacuteen European Framework for Audit and
Certification of Digital Repositories creacuteeacute en 2010 constitue un
cadre pour laudit et la certification des entrepocircts numeacuteriques
3 niveaux de certification
1 certification de base accordeacutee aux entrepocircts ayant obtenu le
Data Seal of Approval (proceacutedure dautoeacutevaluation)
2 certification eacutetendue baseacutee sur les normes ISO 16363 ou DIN
31644 en Allemagne (autoeacutevaluation valideacutee par un tiers)
3 certification formelle ISO 16363 ou DIN 31644 reacutealiseacutee par des
experts accreacutediteacutes
Choix drsquoun entrepocirct la certification
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Avant le projet
bull Reacutefleacutechir aux donneacutees produites agrave leur diffusion et aux entrepocircts concerneacutes aux coucircts de preacuteservation des donneacutees
bull Commencer agrave reacutediger un plan de gestion des donneacutees
Pendant le projet
bull Stocker les donneacutees dans diffeacuterents supports et lieux seacutecuriseacutes
bull Deacuteposer dans un entrepocirct les donneacutees agrave partager avec des tiers identifieacutes (si peer review neacutecessaire par ex)
A la fin du projet
bull Deacuteposer en open access dans un entrepocirct toutes les donneacutees qui peuvent lrsquoecirctre
bull Deacuteposer les donneacutees agrave archiver sur une plateforme drsquoarchivage
Place de lrsquoentrepocirct dans le cycle du projet de recherche
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Inteacutegration entrepocirct ndash workflow de publication
Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow(Altman et al 2015)
Data LiteratureInterlinking Service
DatabaseLinking Tool
(Elsevier)
Open Journal Systems+ Dataverse
data2paper
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
_En conclusion
Sylvie Cocaud
Les entrepocircts de donneacutees de recherche
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Partager ses donneacutees
vs publier ses donneacutees
(Kratz amp Strasser 2014)
ne
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Deacuteposer ses donneacutees dans un entrepocirct facilite la
deacutecouverte et la reacuteutilisation des donneacutees
Les entrepocircts sont
scanneacutes par des outils de
recherche speacutecifiques
bull Datacite search
bull Data Citation Index
(Thomson Reuters)
bull Data search
(Elsevier)
bull hellip
et moissonneacutes par des
catalogues inteacutegrateurs
infrastructures
europeacuteennes de donneacuteeshellip
de plus en plus nombreux
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017 Research Data Shared Service(JISC)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Utilisation des entrepocircts par les scientifiques
Les entrepocircts sont
largement et depuis
longtemps utiliseacutes dans les
domaines qui produisent
de grands volumes de
donneacutees
bull astronomie physique des
particules
bull geacuteneacutetique sciences de
lrsquoenvironnement
Lrsquousage des entrepocircts
est moins ancreacute dans la
ldquolongue trainerdquo de la
science
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Humphrey (2014)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
bull Altman M Castro E Crosas M Durbin P Garnett A amp Whitney J (2015) Open Journal Systems and Dataverse Integrationndash Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research The Code4Lib Journal (30) Consulteacute agrave lrsquoadresse httpjournalcode4liborgarticles10989
bull Amitrano D Lejeune S amp Hobleacutea F (2017 mars) Donneacutees drsquoobservation des falaises comment partager des donneacutees heacuteteacuterogegravenes Les cas du St Eynardet du Mont Granier | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Datalabo 2017 Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsdatalabo2017sciencesconforg142248
bull Castro E (2016 2502) Dataverse Helping Researchers Publish Their Data Through Automation Data amp Analytics preacutesenteacute agrave 11th International Digital Curation Conference Visible data invisible infrastructure Amsterdam Consulteacute agrave lrsquoadresse httpswwwslidesharenetEleniCastrodataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation
bull Dojat M (2017 mars) FLI-IAM Une infrastructure nationale pour la gestion des donneacutees et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD Preacutesenteacute agrave Geacuterer les donneacutees de la recherche partage de bonnes pratiques - Sciencesconforg Grenoble Consulteacute agrave lrsquoadresse httpsgricaduniv-grenoble-alpesfrvideofli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo
bull Dunning A de Smaele M amp Boumlhmer J (2017 2302) Are the FAIR Data Principles fair Preacutesenteacute agrave IDCC2017 12th International Digital Curation Conference Upstream Downstream embedding digital curation workflows for data science scholarship and society Edinburgh Consulteacute agrave lrsquoadresse httpwwwdccacukwebfm_send2480
bull Hagstrom S (2014 septembre 3) The FAIR Data Principles Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpswwwforce11orggroupfairgroupfairprinciples
bull Jones S (2017) EUDAT OpenAIRE amp DMPs httpsdoiorg1023728b2share49c690be738743aebec8be39413bd672
bull Kratz J amp Strasser C (2014) Data publication consensus and controversies F1000Research httpsdoiorg1012688f1000research39791
bull OCDE Caruso J Nicol A amp Archambault Eacute (2007) Principes et lignes directrices de lrsquoOCDE pour lrsquoaccegraves aux donneacutees de la recherche financeacutee sur fonds publics (p 29) Consulteacute agrave lrsquoadresse httprecolectafecytessitesdefaultfilescontenidodocumentosThird20report_OA_Data_Policiespdf
bull Office queacutebeacutecois de la langue franccedilaise (2002) meacutetadonneacutee Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httpwwwgranddictionnairecomficheOqlfaspxId_Fiche=8869869
bull Pomart J (2014 juillet 18) AAF Section Aurore Un groupe de travail sur les donneacutees de la recherche [Billet] Consulteacute 30 juin 2017 agrave lrsquoadresse httparchivesfmshhypothesesorg1209
bull Thessen A E amp Patterson D J (2011) Data issues in the life sciences ZooKeys (150) 15-51 httpsdoiorg103897zookeys1501766
Reacutefeacuterences
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
Sitesbull biosharing httpsbiosharingorg
bull Data Seal of Approval httpswwwdatasealofapprovalorg
bull DataCite search httpssearchdataciteorg
bull Data Citation Index httpwokinfocomproducts_toolsmultidisciplinarydci
bull Data Literature Interlinking Service httpsdliserviceresearch-infrastructureseu
bull Data2paper httpswwwdata2paperorg
bull DataSearch httpsdatasearchelseviercom
bull Dataverse httpsdataverseharvardedu
bull Disciplinary Metadata (DCC) httpwwwdccacukresourcesmetadata-standards
bull Eudat httpswwweudateu
bull FACILE - Service de validation de formats (CINES) httpsfacilecinesfr
bull Licence Ouverte etalab version 20 httpswwwetalabgouvfrwp-contentuploads201704ETALAB-Licence-Ouverte-v20pdf
bull Nakala httpswwwnakalafr
bull NSF Arctic Data Center httpsarcticdataio
bull Open Data Commons Open Database License (ODbL) httpsopendatacommonsorglicensesodbl
bull OpenAIRE httpswwwopenaireeu
bull OpenDOAR httpwwwopendoarorg
bull re3data httpwwwre3dataorg
bull European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepositoryeu
bull Sustainability of Digital Formats Planning for Library of Congress Collections httpswwwlocgovpreservationdigitalformatsfdddescriptionsshtml
bull Zenodo httpszenodoorg
Sylvie Cocaud ndash (DIST Inra) ACTION NATIONALE DE FORMATION RENATIS ndash MEDICI 2017
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
_Merci pour votre attention
sylviecocaudinrafr et pascalaventurierinrafr
INRA (DIST)
