CONCOURS EXTERNES IT 2013 EPREUVE TECHNIQUE D’ADMISSION

Durée : 2 heures

Coefficient : 2

CONCOURS N° 84

Corps : Assistant Ingénieur

BAP : A : Sciences du vivant

Emploi-type : Assistant en techniques biologiques.

Délégation organisatrice : Ile de France Ouest et Nord, Meudon

REMARQUES IMPORTANTES

Les questions peuvent être traitées dans un ordre indifférent.

La qualité de la présentation est prise en compte.

Les réponses devront être rédigées sur la copie d’examen en reportant la numérotation des questions.

Joindre le tableau de réponses au QCM se trouvant à la fin du sujet à la copie d’examen.

La calculatrice est autorisée.

MERCI D’ETEINDRE VOS PORTABLES.

Page introductive à lire attentivement par le candidat

1

QCM

Choisissez la bonne réponse et cochez la case correspondante dans la grille jointe à la fin du

sujet de l’épreuve.

1- Combien y-a-t-il de micromoles dans 1 picomole ?

a) 103

b) 10-6

c) 109

d) 10-9

2- Une DO de 0.5 à une longueur d’onde de 260 nm correspond à une concentration

d’ARN de :

a) 5 µg/ml

b) 20 µg/ml

c) 25 µg/ml

d) 40 µg/ml

3- Quel type d’enzyme utilise-t-on pour réaliser une PCR ?

a) Une Reverse-transcriptase

b) Une RNA-polymerase

c) Une DNA-polymerase

d) Une Deoxyribonuclease

4- Parmi ces enzymes, laquelle n’est pas une endonucléase ?

a) La DNase I

b) La RNase A

c) Eco RI

d) DNA ligase

5- Lequel parmi ces codons n’est pas un codon STOP ?

a) UAA

b) UAG

c) AUG

d) UGA

2

6- Quelle est la normalité d’une solution d’acide sulfurique (H2SO4) 0,2 M ?

a) 0,2 N

b) 0,1 N

c) 0,4 N0.

d) 0,8 N

7- Quelle est la molarité d’une solution commerciale d’Acide Chlorhydrique à 37% ?

(d=1.19 ; MM=36.5 g.mol-1

)

a) 8,5 M

b) 12,06 M

c) 88,1 M

d) 10,1 M

8- Que doit-on ajouter à des cellules afin de pouvoir les congeler à -80°C ?

a) Des Antibiotiques

b) Du SVF

c) De l’azote liquide

d) Un cryoprotectant

9- Comment appelle-t-on le repiquage à plus faible densité de cellules dans un nouveau

contenant ?

a) Un grattage

b) Une trypsination

c) Un passage

d) Une inoculation

10- Votre protocole de purification d’une protéine recombinante exprimée en bactérie

comprend 3 chromatographies successives dont les rendements sont respectivement

de 30%, 60% et 75%. Sachant que votre système d’expression vous permet d’obtenir

20 mg de protéine par litre de culture, quel volume minimum de milieu devez-vous

ensemencer pour obtenir 10 mg de protéine purifiée ?

a) 3 litres

b) 4 litres

c) 5 litres

d) 6 litres

3

11- Comment appelle-t-on une mutation ponctuelle dans un codon qui ne se traduit pas

par un changement d’acide aminé ?

a) Une mutation inutile

b) Une mutation aveugle

c) Une mutation silencieuse

d) Une mutation intronique

12- La taille du génome humain est d’environ :

a) 3,4 Mpb

b) 3,4 Gpb

c) 4,6 Mbp

d) 1 Gpb

13- Quelle est la concentration molaire d’une solution de protéine pure à 150 µg.ml-1

(masse molaire : 75 000)

a) 2 µM

b) 20 µM

c) 2 nM

d) 50 µM

14- Une séquence d’ADNc contient une région codante de 675 nucléotides. Cette région

code une protéine de :

a) 224 acides aminés

b) 675 acides aminés

c) 135 acides aminés

d) 168 acides aminés

15- A son pH isoélectrique, une protéine

a) Migre vers l’anode

b) Migre vers la cathode

c) Ne migre pas

d) Migre à l’envers

4

16- Quel est l’initiateur de la polymérisation dans un gel de polyacrylamide ?

a) Le SDS

b) L’association TEMED et persulfate d’ammonium

c) Le bis-acrylamide

d) Le TBE

17- Les nucléotides composant l’ADN sont constitués de :

a) Lipides et bases azotées

b) Phosphates, protéines et bases azotés

c) Phosphates, sucres et bases azotées

d) Phosphates et bases azotée

18- Vous disposez d’une solution X à 20mg/ml et vous devez l’utiliser à une

concentration de 0,5g/l. Quelle dilution devez-vous préparer ?

a) 2 ml de solution X et 100 ml de solvant

b) 2 ml de solution et 48 ml de solvant

c) 1 ml de solution et 48 ml de solvant

d) 0.5 ml de solution et 19.5 ml de solvant

19- De quel Institut du CNRS dépend l’UMR 8122 (laboratoire d’affectation du poste

d’AI)?

a) INSVT

b) INSB

c) ISB

d) INSHS

20- Parmi les domaines de recherches suivant, lequel ne dépend pas de l’Institut des

Sciences Biologiques du CNRS :

a) Biologie Intégrative animale et végétale

b) Neurosciences et Cognition

c) Ecologie, Evolution et Biodiversité

d) Génétique, Génomique et Expression des gènes

Total : 20 questions – 0.25 pts/question – total = 5 pts

5

Exercices :

1- Hygiène et Sécurité.

a) Que signifient les pictogrammes suivants ? (0.25 pt/item – total =2 pts)

b) Que signifie la classification CMR attribuée à certains produits chimiques ? 0.5 pt

c) Parmi les pictogrammes ci-dessus lesquels s’appliquent aux produits « CMR » ?

0.5 pt

d) Par rapport au laboratoire L1 (laboratoire « de base ») que doit-il y avoir de plus

dans un laboratoire L2 (citez au moins 3 obligations pour un laboratoire classé

L2) ? 1 pt

Total = 4 pts

2- Biologie Moléculaire et Cellulaire

a) PCR et RT-PCR

1) Que signifie RT-PCR ? 0.5 pt

2) Quelles sont les différentes étapes de la PCR et que se passe-t-il pendant

ces étapes ? 0.5 pt

3) Donnez la définition du Tm d’un oligonucléotide. 0.5 pt

4) Vous souhaitez amplifier en totalité la séquence suivante dans laquelle la

séquence entre parenthèse a une longueur d’environ 1kb:

5’ ACCGTTCAGA TTGCCGGAAA TTTGCTCCTA TTCAAGGCTA (NNN……NNN)

GCTATAGCGG ATTCGTAGGA AGTTGCTAGC GATATGCGCT 3’

6

Vous disposez d’une Taq-polymérase classique.

a) Donnez la séquence des oligonucéotides (18-mer) à utiliser. 1 pt

b) Donnez les Tm approximatifs de ces oligonucéotides. 1 pt

c) Parmi ces programmes d’amplification lequel vous parait le mieux

adapté ? 0.5 pt

1-[95°C-30sec ; 60°C-20sec ; 72°C-1min]

2-[95°C-30sec ; 50°C-20sec ; 60°C-1min]

3-[95°C-30sec ; 55°C-20sec ; 72°C-1min]

4-[95°C-30sec ; 60°C-20sec ; 72°C-5min]

d) Comment pourriez-vous ensuite purifier le fragment d’ADN amplifié pour

le cloner dans un vecteur plasmidique ? 1 pt

e) Après avoir introduit ce fragment dans un vecteur de clonage, vous

souhaitez sous-cloner la région codante dans un vecteur d’expression pour

produire votre protéine d’intérêt sous la forme d’une protéine de fusion

avec la protéine fluorescente GFP en C-terminal.

Quel vecteur, pAcGFP1-C1 ou pAcGFP1-N1 (voir cartes en annexes),

choisissez-vous ? 1 pt

Les séquences encadrant la partie codante de votre fragment d’ADN étant

la suivante :

Quels sites de restriction allez-vous utilisez ? Justifiez votre choix. 1 pt

f) Quelles sont les fonctions des éléments suivants, présents dans les

vecteurs :

- pCMV IE

- SV40polyA

- f1ori et pUCori

- Kanr/Neo

r

0.5 pt/item (total = 2 pts)

7

g) Pour insérer ce fragment d’ADN amplifié (taille = 1kb) dans un vecteur de

3kb, vous réalisez une ligation dans laquelle le rapport molaire

insert/vecteur est 3:1. La réaction se fait dans un volume de 10µl avec une

concentration totale d’ADN de 50 µg/ml. Quelle quantité (en ng) de

vecteur et d’insert utilisez-vous dans cette réaction ? 1 pt

Total = 10 pts

3- Biologie cellulaire /Culture cellulaire

1) Quelles sont les différentes phases du cycle cellulaire ? Au cours de quelle

phase à lieu la réplication de l’ADN ? Au cours de quelle phase l’ADN se

trouve sous forme de chromosome ? 0.5 pt/question (total = 1.5 pts)

2) Pour vos manipulations, vous aurez besoin d’environ 20*106 cellules le

mercredi matin à 8h. Sachant que le temps de division de vos cellules est

de 4h, combien de cellules devrez-vous ensemencer dans un flasque le

lundi matin (8h) pour obtenir cette quantité ? 1 pt

3) Vous souhaitez introduire le vecteur préparé ci-dessus dans des cellules

eucaryotes telles que les cellules CHO pour produire votre protéine

d’intérêt.

a) Citez 2 méthodes permettant la pénétration du plasmide dans les

cellules. 1 pt

b) Que pouvez-vous ajouter à votre protéine pour en permettre la

purification ? 1 pt

c) Citez la méthode de purification correspondant à la modification que

vous avez apportée. 0.5 pt

d) Vous avez produit une protéine portant un Tag 6His. Quel type de

chromatographie devez-vous utiliser pour la purifier ? 1 pt

4) Décrivez en 10 lignes maximum le principe de fonctionnement d’un FACS. 2 pts

Total = 8 pts

8

4-Biochimie

1) Qu’est-ce que le pI d’une protéine ? Comment est la charge globale d’une protéine quand le pH est inférieur au pI de la protéine ? 0.5 pt/question (total = 1 pt)

2) En quoi est-il utile pour développer une méthode de purification par chromatographie ? 2 pts

Total = 3 pts

5- Texte en anglais sur l'étude des cellules cytotrophoblastiques des villosités placentaires.

In the placenta, the cytotrophoblastic cells (CT cells) differentiate along two major pathways, the

extravillous trophoblast invasive pathway where the extravillous cytotrophoblast (ECT) invade the

maternal uterine tissues, and the villous trophoblast pathway where the CT cells differentiate and fuse

to form a syncytiotrophoblast (ST) that covers the entire surface of the villi.

Cytotrophoblast fusion and differentiation involves different molecular actors, among them, the

syncytins which are the envelope glycoproteins encoded by endogenous retroviruses.

In these experiments, syncytin expression was investigated during the formation of syncytia, using

cultured CT cells isolated from first trimester placentas.

Cell culture

For in vitro culture, villous tissue was dissected free of membranes, rinsed, and minced in Ca2+

- and

Mg2+

-free Hanks’ Balanced Salt Solution. Cytotrophoblasts were isolated after trypsin-

deoxyribonuclease digestion. Cells were plated in triplicate, either on glass slides for

immunocytochemistry or onto 60-mm culture dishes (106 cells/cm

2) and cultured for 3 days.

Syncytium formation was followed by fixing and immunostaining cells so that the distribution of the

desmosome junctional complexes and nuclei in cells could be observed. To detect desmosomes,

cultured cells were rinsed with phosphate-buffered saline, fixed, and permeabilized in methanol at −20

°C for 25 min. A monoclonal antidesmoplakin antibody (1:400; Sigma, France) was then applied,

followed by fluorescein isothiocyanate-labeled goat antimouse Ig (Sigma). The staining of

desmoplakin present at the intercellular boundaries in aggregated cells progressively disappears as the

syncytium is formed. To quantitate the extent of fusion, the nuclei contained in 100 syncytia were

counted in a random area of the slides.

Quantification of specific transcripts by real-time RT-PCR

Total RNA was extracted from villous trophoblastic cells at the time of placental treatment and from

cells cultured for 24 h and 72 h using QIAGEN RNeasy mini kit. Reverse transcription was performed

with 1 μg DNase-treated RNA. Real-time qPCR was with 5 μL diluted (1:15) cDNA in a final volume

of 25 μL using SYBR Green PCR Master Mix (Applied Biosystems). Samples were assayed in

duplicate. PCR was carried out using an ABI PRISM 7000 sequence detection system. We used the

following primers: Syncytin (+) 5'-GCCTGCAAATAGTCTTCTTT-3' and Syncytin (-) 5'-

ATAGGGGCTATTCCCATTAG-3'. RNA from the RPLP0 gene encoding the human acidic

ribosomal phosphoprotein- P0 was used as an internal control and each sample was normalized to

RPLP0 transcript content. The RPLP0 primers used for amplification were: (+) 5'-

GGCGACCTGGAAGTCCAAT-3' and (-) 5'-CCATCAGCACCACAGCCTTC-3'.

9

1- Traduire le premier paragraphe. (2 pts)

2- Expliquez (2 lignes) comment l’expérimentateur peut suivre la fusion des

cytotrophoblastes en syncytiotrophoblastes. . (1.5 pts)

3- La séquence du gène Syncytin étudié est présentée ci-après. Indiquez la taille, en nombre

de paires de base, du fragment qui sera amplifié par qPCR . (1 pt)

1 10 20 30 40 50

. . . . . .

ATGGACAAGCATAGAGGCGGAATTACATATTTCCTATCGATGGGACCCTA

ATCTGAAAGGACTGATGAGGCCTGCAAATAGTCTTCTTTCAACAGTAAAG

CAAGATTTCCCTGATATCCGCCAGAAACCTCCCATTTTCGGACCCATCTT

TACTAATATCAACCTAATGGGAATAGCCCCTATTTGTGTTATGGCCAAAA

GGAAAAATGGAACAAATGTAGGCACTCTTCCAAGTACAGTCTGTAATGTT

ACTTTCACTGTAGATTCTAACCAACAGACTTACCAAACATACACCCACAA

CCAATTCCGCCATCAACCAAGATTCCCCAAACCTCCAAATATTACTTTTC

CTCAGGGAACTTTGCTAGATAAATCCAGCCGGTTTTGCCAGGGACGCCCA

AGCTCATGCAGTACTCGAAACTTCTGGTTCCGGCCTGCTGATTATAACCA

4- Comment pouvez-vous vérifier que la qPCR amplifie spécifiquement le gène Syncytin ? (1

pt)

5- Comment pouvez-vous vérifier qu’il n’y a pas d’amplification contaminante d’ADN

génomique de la cellule ? (1 pt)

6- A quoi sert (en 2 lignes) l’amplification du gène RPLP0 ? (1 pt)

7- Quelles sont les enzymes utilisées lors des étapes décrites dans le chapitre de

« Quantification of specific transcripts by real-time RT-PCR » (0.5 pt)

8- Faire une fiche résumée des différentes étapes de ce dernier chapitre. (2 pts)

Total = 10 pts

10

ANNEXES :

11

Tableau de réponses au QCM

Question a b c d

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

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