Upload
ansel-foucault
View
106
Download
1
Embed Size (px)
Citation preview
Excès d ’absorption du fer au niveau duodénal et accumulation dans les organes parenchymateux
Fatigue chronique, douleurs articulaires
Retentissement sur trois organes principaux :
le foie : hépatomégalie, cirrhose, hépatocarcinome le pancréas : diabète le cœur : tachycardie, cardiomégalie
Traitement efficace (soustractions sanguines) si débuté avant l’installation de complications irréversibles
importance du diagnostic précoce
Hémochromatose
Hétérogénéité génétique
Forme transmission gène impliqué localisation protéine
Type 2 AR HJV 1q21 hémojuvéline
(juvénile) AR HAMP 19q13.1 hepcidine
Type 3 AR TFR2 7q22 récepteur 2 de la transferrine
Type 4 AD SLC40A1 2q32 ferroportine
Type 1 AR HFE 6p21.3 HFE
Hémochromatose génétique de type 1 (HFE) :
maladie fréquente ou rare ?
≈ 3/1000 homozygotes C282Y
mais
pénétrance < 10%
Facteurs liés à l’hôte
Gènes modificateurs
0
1000
2000
3000
WT
Hfe -/-
B6 (C57BL/6) D2 (DBA/2)
Fer
intr
ah
ép
ati
qu
e (g
/g p
oid
s se
c)
Des gènes modificateurs modulent l’accumulation du fer
intrahépatique chez les souris Hfe -/-
X
F1 Hfe -/-
F2 Hfe -/-
D2 Hfe -/-B6 Hfe -/-
Distance moyenne entre lesrecombinaisons d’environ 30 cM
Intercross F2
X
1000 F2 Hfe -/-F1 Hfe -/-B6 Hfe -/-D2 Hfe -/-
Fer
intr
ah
ép
ati
qu
e (g
/g p
oid
s se
c)
Criblage du génome sur des animaux F2 obtenusà partir du croisement entre souris
B6 et D2 Hfe -/-
> 40 000 génotypes
sur la plate-forme Génomique
(Génopole de Toulouse)
Marqueurs microsatellites
Régions flanquantes uniques
Séquence répétée(ex : CA)
Le nombre de répétitions est très variable entre individus (ici entre souches)
B6
D2
Marqueurs microsatellites
Marqueurs microsatellites
Liaison significative avec 5 régions sur les chromosomes 3, 7, 8, 11 and 12
Liaison suggestive avec 5 autres régions
FOIE
RATE
Liaison significative avec une région sur le chromosome 11Liaison suggestive avec 4 autres régions
X
X
X X X
F1
F2
D2B6
89 lignées BXD génotypées pour 13 370
SNPs
Utilisation de lignées recombinantes consanguines BXD pour réduire les régions candidates
BXD 9
BXD 21
BXD 33
44 cM on chr 3
15 cM on chr 7
28 cM on chr 8
64 cM on chr 11
40 cM on chr 12
Ces trois lignées consanguines BXD présentent toutes une recombinaison dans au moins une
des régions d’intérêtB6
D2
Utilisation de lignées recombinantes consanguines BXD pour réduire les régions candidates
BXD Hfe+/+D2 Hfe-/- B6 Hfe-/-
F1 Hfe+/-
X X
X X
F2 Hfe-/-
F1 Hfe+/-
F2 Hfe-/-
Tests de ségrégation
Corrélation génotype / fer intrahépatique
Pas de corrélation
Corrélation génotype / fer intrahépatique
Pas de corrélation
Système BeadXpress (Illumina)
Génotypage des descendants des 3 lignées (BXD9, 21 et 33)pour un jeu de 96 SNPs
BXD33 D2 F2 Hfe-/-
Tests de ségrégation pour la lignée BXD33 et la région candidate sur le chromosome 7
BXD33 B6 (F2 Hfe-/-)
BXD33 B6 BXD33 D2
Hfe+/+
BB BD DD
Corrélation génotype / ferintrahépatique (ANOVA; p<0.0001)
1000
1500
2000
2500
BB BD DD
Pas de corrélation génotype / fer intrahépatique (ANOVA; p=0.93)
1000
1500
2000
2500
3000
3500
4000
T N P IF C I F C KCNN
SQCK
D C C
CC I GT
T N P IF C I F C KCKN
SQCK
D C C
CC I GT
I N P IF C R F C QCNK
PSCE
D C C
CC I GE
I N P IF C R F C QCNK
PFCE
D C C
CC I GE
Hep1
Hep2
B6
B6
D2
D2
2 gènes candidats : Hamp1 et Hamp2
variants influençant la structure vs. variants influençant le
niveau d’expression d’un transcrit?
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
B6
D2
Hamp1 Hamp2
log2
(expre
ssio
n
géniq
ue)
2 gènes candidats : Hamp1 et Hamp2
L’expression de Hamp2 a été mesurée chez 78 souris (B6 x D2) F2 Hfe -/-
LightCycler 480 (Roche)7900 HT Real-Time PCR
System (Applied Biosystems)
L’expression de Hamp2 dans le foie est régulée en cis
Position du gène Hamp2
Hamp2 cis-eQTL
L’expression de Hamp2 a été mesurée chez 78 souris (B6 x D2) F2 Hfe -/-
L’allèle B6 au locus Hamp2 est associé à une faible expression du messager Hamp2 et à une forte concentration en fer intrahépatique
GTGACACAACCCTGT
GTGACACAACCCTGT
GTGGCACAACCCTGT
GTGACACAACCCTGT
-208 -194
Hamp1
Hamp2
B6
B6
D2
D2
TGF- inducible early gene (TIEG) responsive element
120 souris (B6 x D2) F2 Hfe -/-
120 ARNs extraits du foie120 ARNs extraits de la rate
120 ADNs
192 SNP génotypés par souris à l’aide du système BeadXpress
(Illumina)
88 000 tours de génome pour identifier les gènes régulés en cis dans le foie et/ou la rate
88 K mesures d’expression par souris, obtenues à l’aide de puces à ADN
Agilent 4x44K
F2 intercross (120 souris F2 Hfe -/-)
Niveaux d’expression génique (44,000 transcrits dans le foie et la
rate)
Traits quantitatifs cliniques (fer dans le sérum, le foie, la rate…)
cQTL eQTL
Gènes modificateurs potentiels, à valider
Recherche de QTLs
Recherche de corrélations
Co-localisation génomique
Recherche de QTLs
0
500
1000
1500
2000
2500
3000
3500
4000
4500
B6
D2
Fer
dan
s le
foie
(
g/g
de p
oid
s se
c)
0
5
10
15
20
25
Log2
(gen
e e
xpre
ssio
n)
C N R C N R
C N R
Hamp1 Hamp2
Alimentation Puces Agilent 4x44 K
Régulation du métabolisme du fer
6
7
8
9
10
11
12
13
14
6
7
8
9
10
11
12
13
C N R C N R
Id1 Atoh8
C N R C N R
Bmp6 Smad7
Log2
(gen
e e
xpre
ssio
n)
Log2
(gen
e e
xpre
ssio
n)
B6
D2
P
P
TFR2 HFE
HJV
Smad1/5/8
Smad4
HAMP
Hepcidine
BMPR-IIBMPR-I
?
?
P
P
BMP6
HEPATOCYTE
Noyau
Membrane
plasmique
Id1
ID1
Smad7
Léon Kautz
Delphine MeynardValérie DarnaudFlavie Desneulin
Hélène CoppinMaria Martinez
MPR
Aude Saint Pierre
Patricia Martinez
Olivier Rouquet