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Génétique Animale. Vision et attentes vis-à-vis de Bios4Biol. La révolution des technologies de Séquençage. La génomique révolutionne la manière de faire de la biologie. 1990. 2000. 2009. 2010. Nb séquences en parallèle. 10. 100. 1 million. 1 milliard. - PowerPoint PPT Presentation
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Génétique Animale
Vision et attentes vis-à-vis de Bios4Biol
La révolution des technologies de Séquençage
La génomique révolutionne la manière de faire de la biologie
2000
100
2009
1 million
2010
1 milliard
1990
10Nb séquencesen parallèle
La bioinfo : Une priorité pour GA Priorité N°2 du Schéma stratégique du Département
GA :
« Etudier la plasticité de la structure du génome nécessitant l’acquisition massive de données, la recherche en bioinformatique, l’ingénierie. »
Priorité N°3 du Schéma stratégique du Département GA :
« Etudier et gérer la composante génétique de la robustesse des animaux : Des caractères aux gènes (l’identification des leviers) »
Les éléments du puzzle Mise en place de SIGENAE
Mise en place de plateforme de production de données : GeT PlaGe
Partenariat avec la Plateforme Bioinformatique de Genotoul
Montage de France Génomique
Un CATI commun : Bios4Biol
Une nécessaire complémentarité entre recherche et ingénierie
IngénierieGénomique(plateformes
)
RechercheGénomique
IngénierieBioinformati
que(plateformes
)
RechercheBioinformati
que
Bios4Biol
Une nécessaire complémentarité entre recherche et ingénierie
IngénierieGénomique(plateformes
)
RechercheGénomique
IngénierieBioinformati
que(plateformes
)
RechercheBioinformati
que
Bios4Biol
Un nécessaire dialogue entre Biologistes et Bioinformaticiens
Biologistes Bioinformaticiens
Suite à ce que j’ai entendu ce matin Statut des données :
Données à usage générique : séquence de référence d’un organisme
Données à usage spécifique : séquences d’individus de référence (publics ou non)
Données à usage unique : clonage positionnel d’un gène d’intérêt.
Les choix peuvent être différents.
Choix stratégiques : Ce que l’on fait nous (et que l’on se donne les moyens de
maintenir) L’adossement à une solution soutenue par d’autres
(Ensembl) L’utilisation de solutions toutes faites (cloud commercial)
Une nécessaire complémentarité entre recherche et ingénierie
La culture de la qualité : La satisfaction de l’utilisateur
La satisfaction de l’ingénieur : Etre utile (répondre au mieux à un besoin) Rester au top dans son domaine (gérer la tension entre
production et développements). Aider la recherche en bioinformatique à identifier les
goulets d’étranglements nécessitant des développements nouveaux en recherche
RechercheGénomique
IngénierieBioinformati
que(plateformes
)
RechercheBioinformati
que
Points d’attention C’est un gros CATI :
Risque de fonctionnement à plusieurs cercles, Moins évident coté animation & gouvernance, mais
potentiellement plus riche
Gouvernance : Mise en commun de forces de départements partageant
des mêmes objectifs Auberge espagnole CATI versus PEPI
Nécessaire Structuration & Pyramidage
Points d’attention CATI Plateforme(s) CATI ≈ Plateforme
CATI ≈ Objet big data génomique pluri Dpts,
mais pas CATI unique sur cet objet
Gros CATI mais non autosuffisant : nécessaires interactions avec d’autres CATI, d’autres EPST (France Génomique, IFB, Metabohub …).
Big Data : Génomique/Bioinfo & Phénotypage & Biostatistiques
