Charles CAZANAVE

MCU-PH Service des Maladies Infectieuses et Tropicales – CHU Bordeaux

La mobilité :

seulement pour être « professeur » ?

Mobilité - Généralités

- Vaste inconnue !... Surtout en début d’internat

- Pourquoi réaliser une mobilité ?

. Recommandation du CNU (surtout pour PU)

. Pour être PU certes, mais pas que…

. Ouverture (personnelle, scientifique, amicale…)

. Recherche (fondamentale, appliquée…)

- Plusieurs temps et étapes dans sa mise en place

1ère question : à quel moment ?

- Pendant ou à la fin de l’internat ?

- Pendant le clinicat ? De plus en plus difficile

- Après le clinicat ?

- Après Master 2 Recherche +++

- Avant la thèse de Sciences (début des manips) ?

- Après la thèse de Sciences (équivalent de post-Doc) ?

Temps 2 : recherche labo d’accueil

1- Rôle du « mentor » local → parler avec lui +++

- Dépend du domaine d’intérêt

- Continuité Master 2, Thèse de Sciences, autre thématique ?...

- Thématique de recherche proche de l’activité clinique du service de

rattachement

2- Rechercher dans les publications

. Auteurs référents dans le domaine (en particulier dernier

auteur)

. Auteurs ayant un labo de recherche (souvent non cliniciens

ou postes mixtes, particulièrement aux US)

. Etablir une liste d’emails

Temps 2 : recherche labo d’accueil

3- Prendre contact avec le chef de laboratoire

. Email (1er temps)

. Puis téléphone ou déplacement (profiter d’un congrès)

. Définir un projet de recherche réalisable et réaliste dans le

temps imparti → toujours partir avec projet établi

4- Fixer la période de mobilité

. 1 an ?

avantages, inconvénients

. 2 ans ?

avantages, inconvénients

Temps 3 : aspect financier

1- Demande et « quête » de fonds

2- Les pistes

. CHU

Allocations de bourse, montant variable

. CMIT

Bourse pour projet de recherche dans le cadre

mobilité

Comment ?

CV et épreuve de titres et travaux

Envoyer un projet de recherche

Définir un budget prévisionnel

2 lettres de parrainage

Temps 3 : aspect financier

1- Demande et « quête » de fonds

2- Les pistes

. Autres

Industrie pharmaceutique (bof)

Fonds universitaires (responsable de service)

Temps 4 : aspect administratif

- Informer son CHU

- Passeport à jour

- Demande de VISA +++

. Pour USA, accord du laboratoire d’accueil et de l’Université

ou Hôpital dont il dépend

. Préparer dossier, budget justifiant d’une somme minimale

pour « survivre » 1 an sans avoir à travailler sur place

. Aller à l’ambassade (Paris)

Temps 5 : aspect pratique avant départ

- Louer son appartement

- Trouver un logement sur place

-Vaccins à jour

- Assurances

- Impôts

- Conseil de l’Ordre

- Si enfants, trouver école…

L’expérience locale : 7 commandements

1/ Profiter pleinement de l’expérience

2/ Immersion totale et rapide conseillée

3/ Montrer esprit travailleur et intéressé

4/ Etre AUTONOME (ne pas gonfler son CV (ou « resumé »)

inutilement car sur place peu d’aide…

5/ Valoriser rapidement les résultats

. Présentations orales dans le labo (« lab meeting »), congrès

. Publications

6/ Pratiquer le plus possible l’Anglais (oral, écrit)

7/ Profiter aussi de la vie en dehors du labo

Ma propre expérience

1/ Contact laboratoires par emails

2/ Rédiger projet

3/ Demande et obtention bourse CMIT

Charles CAZANAVE Demande de Bourse de Recherche CMIT,

mai 2010

Projet de recherche

Mise au point et validation d’une méthode de biologie moléculaire pour le diagnostic des

infections de prothèse articulaire (hanche et genou)

Mayo clinic, Rochester, Minnesota, Etats-Unis

Encadrant : Pr. Robin PATEL, Responsable du Laboratoire de Recherche sur les Maladies infectieuses

et du Laboratoire de Bactériologie clinique

1. Résumé du projet de recherche

Réaliser un diagnostic microbiologique d’infection de prothèse articulaire (IPA) n’est pas…

Ma propre expérience

1/ Contact laboratoires par emails

2/ Rédiger projet

3/ Demande et obtention bourse CMIT

4/ Boucler budget

5/ Démarches administratives (France, sur place)

6/ L’arrivée au labo : grand moment de stress et de

solitude !

Ma propre expérience

Ma propre expérience

1/ Contact laboratoires par emails

2/ Rédiger projet

3/ Demande et obtention bourse CMIT

4/ Boucler budget

5/ Démarches administratives (France, sur place)

6/ L’arrivée au labo

7/ Les manips +++

Ma propre expérience

Ma propre expérience

1/ Contact laboratoires par emails

2/ Rédiger projet

3/ Demande et obtention bourse CMIT

4/ Boucler budget

5/ Démarches administratives (France, sur place)

6/ L’arrivée au labo

7/ Les manips

8/ Les résultats

Mise au point d’une méthode de biologie

moléculaire pour le diagnostic des infections de

prothèse articulaire

Charles CAZANAVE Service des Maladies Infectieuses et Tropicales A - CHU Bordeaux

Infectious Diseases Research Laboratory - Pr. Robin PATEL

BOURSE CMIT 2010

Déjeuner recherche – JNI 2012 TOURS

Introduction

- Diagnostic des infections de prothèse artic. (IPA) → pas facile !

. Présentation clinique

. Marqueurs inflammatoires (VS, CRP)

. Liquide synovial : cytologie, culture

. Purulence, fistule

. Histopathologie: inflammation aiguë

. Cultures : tissus péri prothétiques, liquide sonication

Del Pozo and Patel N Engl J Med 2009

- Diagnostic microbiologique des IPA basé sur la culture, mais délai

long parfois (~ 14 jours pour les espèces fastidieuses)

- Culture après sonication plus sensible

Trampuz and Patel N Engl J Med 2007

Introduction

- Méthodes moléculaires ?

- Avantages :

Plus sensibles que culture, mais avec quelle spécificité?

Moins affectées par l’utilisation préalable d’antibiotique

Diagnostic rapide (< 14 jours)

Study Target, specimen

Sensitivity Patients

PCR Culture

Vandercam et al. 2008 16S rRNA, tissue 91% 65% 69

De Mann et al. 2009 16S rRNA, tissue 50% 58% 26

Acherman et al. 2010 Multiplex (SeptiFast),

sonicate fluid

78% 62% 37 PJI

Objectifs

1/ Développement d’un panel de 10 PCR en

temps réel pour détecter les bactéries

fréquemment associées aux IPA

2/ Evaluation de ce panel sur des liquides de

sonication de prothèses déposées pour le

diagnostic microbiologique d’IPA

Objectif 1 - développement panel 10 PCR

Assay Target No. of probes Comments

Staphylococcus tuf 2 PanStaph probes

2 S. aureus-specific probes

S. aureus differentiated

from SCN

Streptococcus rpoB 2 S. agalactiae differentiated

(higher Tm)

Enterococcus rpoB 2 Granulicatella sp. positive

with ≠ Tm

Enterobacteriaceae rpoB 2

Proteus rpoB 2

Gram-positive

anaerobic cocci

16S rRNA 2

Propionibacterium 16S rRNA 2 Actinomyces sp. positive

with ≠ Tm

Pseudomonas

aeruginosa

gyrB 2

Corynebacterium kinase 1 “common” probe (FITC)

1 C. jeikeium-specific (705)

1 other Coryne. sp. (640)

C. jeikeium differentiated

from other

Corynebacterium sp.

Bacteroides fragilis-

group

leuB

2

Streptococcus assay

S. agalactiae

Objectif 2 - méthodes

. Population

434 liquides de sonication (= 434 patients) de remplacement de

prothèses de genou et de hanche, collectés entre 2006 et 2011

. Diagnostic d’IPA si présence d’au moins 1 des critères suivants

- Pus articulaire

- Fistule communiquant avec la prothèse

- Histopathologie : inflammation aiguë

Berbari and Osmom CID 2007

Méthodes (suite)

. Méthodes microbiologiques conventionnelles

→ liquide synovial (si disponible) et tissus péri prothétiques

. Sonication des prothèses explantées

→ obtention liquide de sonication

→ culture du liquide de sonication

→ extraction du liquide de sonication avec un kit « DNA-free »

(QIAamp UCP Pathogen Mini Kit)

. Panel de 10 PCR en temps réel

Résultats – Evaluation du panel 10 PCR

434 patients

144 IPA 290 pertes aseptiques

PCR positive PCR négatives PCR négatives PCR positive

284 6 33 112

Résultats tests microbiologiques Microbiologic tests

Patients with aseptic

failure (N = 290)

Patients with PJI

(N = 144)

Synovial-fluid culture – no./total no. (%) 5/161 (3.1) 59/89 (66.3)

Periprosthetic tissue culture – no. (%)

≥1 pos. culture

≥2 pos. culture w/ same organism

45 (15.5)

6 (2.1)

119 (82.6)

101 (70.1)

Sonicate-fluid culture – no. of positive (%) 5 (1.7) 105 (72.9)

10 assay panel results – no. of positive (%)

Any positive

Staphylococcus sp.

S. aureus

Coagulase negative staphylococci

Streptococcus sp.

Enterococcus sp.

Enterobacteriaceae

Gram-positive anaerobic cocci

Propionibacterium sp.

P. aeruginosa

Corynebacterium sp.

C. jeikeium

Other Corynebacterium sp.

Proteus sp.

B. fragilis-group

6 (2.1)

2 (0.7)

0

2

3 (1.0)

0

1 (0.3)

0

0

0

0

-

-

0

0

111 (77.1)

75 (52.1)

28

47

11 (7.6)

11 (7.6)

8 (5.6)

8 (5.6)

8 (5.6)

5 (3.5)

4 (2.8)

0

4

1 (0.7)

0

Résultats

11 IPA poly microbiennes

10/11 + pour PCR Staphylococcus

5/11 2 PCR+, 2/11 3 PCR+, 4/11 4 PCR+

8/11 (72.7%) avec fistule

Bactéries anaérobies

14 IPA (9.7%) + pour au moins 1 des 3 « PCR anaérobies »

6/144 (4.2%) IPA mono microbiennes à anaérobies

3 Propionibacterium sp.

2 cocci anaérobies Gram positif (Finegoldia magna)

1 Actinomyces sp.

Résultats

Test

(N = 434)

Sensitivity Specificity Positive

predictive

value

Negative

predictive

value

10 assay panel 77.1 97.9 94.9 89.6

Sonicate culture (>20 CFU/plate) 72.9 98.3 95.5 88.0

Tissue culture

≥1 positive culture 82.6 84.5 72.6 90.7

≥ 2 positive culture w/ same

organism

70.1 97.9 94.4 86.9

Synovial fluid culture (N = 250) 66.3 96.9 92.2 83.9

Comparaison des tests microbiologiques pour le diagnostic des IPA

P = 0.049

P = 0.134

Résultats - Conclusions

- Diagnostic moléculaire avec le panel 10 PCR utilisé sur

le liquide de sonication comparé à la culture du liquide de

sonication

. Aussi spécifique → pas de problème de faux positifs

. Au moins aussi sensible

. Plus rapide → max. 2 jours vs. 14 jours

- Intéressant pour les patients avec

. Infections poly microbiennes

. Antibiothérapie préopératoire (culture décapitée)

- Pas intéressant pour les patients avec

. Infections fungiques ou agents inhabituels (mycobactéries)

Résultats - Perspectives

- Pour les liquides de sonication positifs à Staphyloccocus

→ PCR en temps réel mecA

→ résultats préliminaires : bons et encourageants

- « Multiplexer » ces PCR

→ moins cher, utile pour les laboratoires « cliniques »

→↓ temps pour la réponse

- Utiliser ce panel de PCR pour d’autres tissus

(implants cardiaques…)

Ma propre expérience (suite)

1/ Contact laboratoires par emails

2/ Rédiger projet

3/ Demande et obtention bourse CMIT

4/ Boucler budget

5/ Démarches administratives (France, sur place)

6/ L’arrivée au labo

7/ Les manips

8/ Les résultats

9/ La valorisation

Valorisation (1)

- 2011 : « Development of Real-Time PCR Assays to Rapidly Detect

Anaerobic Bacteria Which Cause Prosthetic Joint Infection »

Cazanave C, Greenwood-Quaintance KE, Schmidt SM, Karau MJ,

Steckelberg JM, Patel R. 51st ICAAC, septembre 2011. Poster D-1290

ASM ICAAC ID Fellows Grant Program

- 2012 : « Identification of Non-diphtheriae Corynebacterium by Use

of Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass

Spectrometry »

Alatoom AA*, Cazanave C*, Cunningham SA, Ihde SM, Patel R. J Clin

Microbiol. 2012;50(1):160-3

* 1ers co-auteurs

- 2012 : « Corynebacterium Prosthetic Joint Infection »

Cazanave C, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Patel R. J Clin

Microbiol. 2012;50(5):1518-23.

Valorisation (2)

- 2012 : « Prosthetic Joint Infection Diagnosis using Broad-Range

PCR of Biofilms Dislodged from Knee and Hip Arthroplasty

Surfaces using Sonication »

Gomez E, Cazanave C, Cunningham SA, Greenwood-Quaintance KE,

Steckelberg JM, Uhl JR, Hanssen AD, Karau MJ, Schmidt SM, Osmon

DR, Berbari EF, Mandrekar JN, Patel R. J Clin Microbiol.

2012;50(11):3501-8.

- 2012 : « Rapid Molecular Microbiologic Diagnosis of Prosthetic

Joint Infection »

Cazanave C, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Karau MJ,

Schmidt SM, Gomez E, Mandrekar JN, Osmon DR, Lough LE, Pritt BS,

Steckelberg JM, Patel R. J Clin Microbiol. 2013;51(7):2280-7.

Ma propre expérience

1/ Contact laboratoires par emails

2/ Rédiger projet

3/ Demande et obtention bourse CMIT

4/ Boucler budget

5/ Démarches administratives (France, sur place)

6/ L’arrivée au labo

7/ Les manips

8/ Les résultats

9/ La valorisation

10/ La vie en dehors du labo

Paysages des Grands Lacs

Lac Supérieur

« L’après mobilité »

1- A anticiper +++

2- Souvent un tremplin universitaire

-Thèse de Sciences

- Concours de MCU, autre

3- Au niveau hospitalier

- Anticiper aussi son retour

- Reprise cursus internat, début clinicat, poste PHU ?...

4- Mettre à profit les compétences acquises et

rebondir très vite

« L’après mobilité » - Mon expérience

1- A anticiper : oui, mais parfois surprise

2- Souvent un tremplin universitaire

Concours de MCU : pré-CNU en 2012 et CNU en 2013

3- Au niveau hospitalier

- Anticiper aussi son retour : pas toujours simple

- Reprise sur poste d’attente de PHc (presque 2 ans, nov. 2011 –

sept. 213)

4- Mettre à profit les compétences acquises et

communiquer +++

« L’après mobilité » - Mon expérience

4- Mettre à profit les compétences acquises

- Déjeuner Recherche JNI 2012 + com orale JNI 2014

- Trouver un laboratoire d’accueil : EA 3671, Université de

Bordeaux (lieu de thèse de Science), mais thématique différente

négociations (fait en 2013)

- Puis encadrement de Master 2 : importation des

techniques

. 2013-2014 : Utilisation de la sonication et de la

biologie moléculaire pour le diagnostic des infections d’implants

cardiaques (Dr Gaëtane WIRTH) valorisation poster JNI 2014

BORDEAUX + poster ICAAC 2014

. 2014-2015 : Utilisation de la sonication et de la biologie

moléculaire pour le diagnostic des IPV (Mlle Mathilde PUGES)

demande bourse SPILF (non acceptée)

- Soutenance HDR 2015

Synthèse

- La question était « La mobilité : uniquement pour

être professeur ? »

- NON, car bénéfices multiples (scientifiques, langue,

relationnels, sociaux, culturels…)

- NON, car beaucoup de MCU le font sans être PU après

- Plutôt OUI, investissement professionnel et privé non

négligeables, être sûr de soi et motivé, donc non

recommandée si souhait et possibilité de carrière dans le

privé ou en hôpital périphérique, si pas de carrière

universitaire souhaitée, encore que…

- Pas de réponse universelle, à chacun de voir !

Remerciements

- Pr Robin PATEL

- CMIT - Pr Pierre TATTEVIN

- Pr Michel DUPON - Pr Didier NEAU

Tout le staff de l’ID Research Lab�

MERCI POUR VOTRE ATTENTION

Bordeaux, Place de la Bourse, « miroir d’eau »