L’infectiologie générale : épidémiologie et physiopathogénie · 7 Définitions 3 L’épidémiologie des maladies est l’étude : de l’importance (fréquence, gravité),

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L’infectiologie générale : épidémiologie et physiopathogénie

Stéphane GAYET - Médecin praticien hospitalierARLIN d’Alsace - CHRU de Strasbourg

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Plan du cours

Définitions et méthodes de base Quelques termes fondamentaux L’épidémiologie des maladies Les méthodes de base en épidémiologie

Des données d’épidémiologie descriptive La fréquence de certaines maladies infectieuses La gravité de certaines maladies infectieuses (MI) La répartition selon le sexe et l’âge de certaines MI La répartition géographique de certaines MI La répartition saisonnière de certaines MI

Des données d’épidémiologie explicative La cause des maladies infectieuses : les agents infectieux La chaîne épidémiologique des maladies infectieuses L’évolution après la contamination

Des données d’épidémiologie évaluative

3

Plan du cours





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Définitions fondamentales

5

Définitions 1 Quelques termes fondamentaux

Maladie : état d’un individu qui n’est plus sain, qui est atteint dans

son intégrité ; une maladie peut toucher différents organes, être plus

ou moins sévère, durer plus ou moins longtemps, et avoir différentes

causes.

Maladie transmissible (à l’homme) : maladie que l’on peut inoculer à

l’homme ; en réalité, ce terme est classique est en réalité devenu

aujourd’hui hérétique. Car un état ne se transmet pas.

Microorganisme : élément biologique, invisible à l’œil nu, formant

une entité et pouvant être ou non doué de vie (MO).

Microorganisme infectieux ou pathogène : MO qui peut déterminer

une infection (chez l’homme).

6

Définitions 2

Quelques termes fondamentaux (suite)

Pouvoir pathogène : capacité pour un microorganisme à déterminer

une infection (chez l’homme).

Maladie infectieuse (MI) : maladie due à un microorganisme, encore

appelé dans ce cas un agent infectieux.

Maladie contagieuse : maladie infectieuse dont l’agent est

spontanément transmissible d’un sujet à l’autre dans les conditions

de la vie courante.

Écologie microbienne : étude des conditions d’existence des

microorganismes et de leurs relations avec leur environnement ; les

notions d’habitat, de réservoir, de vecteur, de récepteur et d’hôte

appartiennent à ce domaine.

7

Définitions 3

L’épidémiologie des maladies est l’étude :

de l’importance (fréquence, gravité), de la répartition

(population, temps, espace) et des circonstances (survenue,

propagation) des maladies : cette branche de l’épidémiologie est

appelée épidémiologie descriptive ;

des mécanismes (causes et déterminisme) des maladies : cette

branche de l’épidémiologie est appelée épidémiologie explicative

ou encore analytique ;

de l’efficacité des mesures de prévention et de traitement : cette

branche de l’épidémiologie est appelée épidémiologie évaluative.

8

Les méthodes de base en épidémiologie

9

Les méthodes de base en épidémiologie descriptive

L’enquête de prévalence permet de calculer :

la prévalence, qui est le nombre (total : nouveaux et anciens) de cas (de

maladie) existant à un moment donné dans une population donnée.

le taux de prévalence, qui résulte de la division de la prévalence par le

nombre de sujets (exposés) et de sa multiplication par 100 ; pour certains,

on doit toujours l’exprimer sous la forme d’un taux.

L’enquête d’incidence permet de calculer :

l’incidence, qui est le nombre de nouveaux cas (de maladie) survenant

pendant une période donnée dans une population donnée.

le taux d’incidence, qui résulte de la division de l’incidence par le nombre

de sujets (exposés) et de sa multiplication par 100 ; pour certains, on doit

toujours l’exprimer sous la forme d’un taux.

l’effectif de cas cumulés, qui est le nombre total de cas (de maladie)

survenus depuis le début d’une épidémie.

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Dénombrer les infections associées aux soins

Le dénombrement des infections

associées aux soins, par la réalisa-

tion d'enquêtes de prévalence et

d'incidence, est l'une des premières

missions du CLIN.

11

La prévalence et l’incidence

J3

J7

J1

J5

J2

J6

J0

J4

12


0

1

2

3

4

5

6

J0 J1 J2 J3 J4 J5 J6 J7

Prévalence Incidence

13


Une enquête de prévalence sur les infec-

tions associées aux soins permet de sensi-

biliser et d'informer le personnel des ser-

vices d'hospitalisation et de préciser la

"situation infectieuse" de l'établissement,

cela afin d'adapter les mesures et le pro-

gramme de prévention.

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Les méthodes de base en épidémiologie explicative

L’enquête « cas - témoins » :

est le plus souvent une enquête rétrospective ;

compare un groupe de « cas », c’est-à-dire de malades, à un groupe de

« témoins », c’est-à-dire de sujets comparables mais indemnes de la

maladie étudiée ;

vise à mettre en évidence des facteurs qui ont favorisé la survenue de la

maladie dans le groupe des cas.

L’enquête « exposés – non exposés » :

est le plus souvent une enquête prospective ;

compare un groupe de sujets « exposés », c’est-à-dire soumis à un facteur

supposé favoriser la survenue de la maladie étudiée, à un groupe de sujets

« non exposés », c’est-à-dire de sujets non soumis au facteur de risque

supposé favoriser la survenue de la maladie étudiée ; la période pendant

laquelle est réalisée l’enquête est appelée « période d’observation ».

15

Des enquêtes méthodiques

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Plan du cours





17

Des données d’épidémiologie descriptive

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Des données d’épidémiologie descriptive 1

La fréquence de certaines maladies infectieuses (MI)

Paludisme : il y a plus d’un milliard de personnes infestées dans le

Monde (prévalence bien entendu extrapolée).

SIDA : le nombre total de malades sidéens (vivants) en France était

d’environ 31.000 le 31 décembre 2007 ;

le nombre total de sujets porteurs du virus VIH en France est environ

cinq fois plus élevé que celui de sujets malades du SIDA.

Tuberculose : l’incidence des cas déclarés en France est de l’ordre de 15

cas par an pour 100.000 habitants.

Maladies fréquentes : rhume, cystite, bronchite, gastro-entérite.

Maladies peu fréquentes en France : brucellose, tétanos, fièvre typhoïde,

encéphalite herpétique, maladie de Creutzfeldt-Jakob.

Infections nosocomiales : le taux de prévalence est d’environ 7 %.

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0

1 000

2 000

3 000

4 000

5 000

6 000

80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 00*01*02*0

5 000

10 000

15 000

20 000

25 000incidencedécèsprévalence

Prévalence

*Redressé pour les délais de déclaration

Nombre de cas et de décès

Source : InVS (novembre 2002)

SIDA

20


21


La gravité de certaines maladies infectieuses (MI)

Paludisme : plus d’un million de décès chaque année dans le

Monde, dont 500.000 enfants en Afrique.

SIDA : le nombre total de personnes décédées en France depuis

1981 est de l’ordre de 35.000 morts.

Maladies toujours ou très souvent mortelles : (SIDA), rage,

maladie de Creutzfeldt-Jakob, fièvres hémorragiques africaines.

Maladies habituellement graves : fièvre typhoïde, diphtérie,

fièvre jaune, peste, septicémie à méningocoque, choléra.

Maladies le plus souvent bénignes : varicelle, rubéole, hépatite A,

rhume, pédiculose, bronchite, cystite.

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La répartition selon le sexe et l’âge de certaines MI Les infections urinaires basses (cystite) atteignent en majorité des

femmes.

La listériose du sujet jeune frappe en majorité des femmes et plus particulièrement des femmes enceintes.

L’infection à VIH survient en majorité chez des hommes (70 %) et surtout des sujets jeunes.

Les méningites virales bénignes atteignent le plus souvent des garçons.

La pneumonie à pneumocoque frappe le plus souvent des hommes.

Les infections à candida surviennent le plus souvent chez des femmes.

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0

20

40

60

80

100

120

140

160

180

98 99 00 01 02

Femmes

Nationalité française

Nationalitéétrangère

0

100

200

300

400

500

600

98 99 00 01 02Semestre de diagnostic

Hommes

Nouveaux cas de SIDA par semestre de diagnosticselon la nationalité (française versus étrangère) et le sexe

Source : InVS (novembre 2002)Semestre de diagnostic

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La répartition géographique de certaines MI

Certaines maladies sont cosmopolites : grippe, tétanos, rougeole,

hépatites virales A et B, rage.

Certaines maladies sont tropicales : paludisme, fièvre jaune,

dengue.

La répartition saisonnière de certaines MI

Certaines maladies sont plutôt hivernales : grippe,

rhinopharyngites, méningite à méningocoque, pneumonie à

pneumocoque.

Certaines maladies sont plutôt estivales : diarrhées bactériennes

et diarrhées virales, leptospirose, méningites virales.

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Plan du cours





26

Des données d’épidémiologie explicative

27

La cause des MI : les agents infectieux 1

Les microorganismes et leurs conditions d’existence 1

Les cinq principaux types de microorganisme (MO) Bactéries : staphylocoque doré, streptocoques A et B, colibacille,

klebsielle, bacille pyocyanique, légionelle, bacille de Koch (BK).

Virus : virus des hépatite A, B et C, virus du SIDA, virus respiratoire syncytial (VRS), rotavirus, virus grippal, virus de la varicelle et du zona.

Champignons : levures (candida), moisissures (aspergillus), les agents des teignes (microspories, trichophyton).

Parasites microscopiques : protozoaires (amibe, plasmodium, toxoplasme), acariens (sarcopte de la gale) ; les parasites macroscopiques comme les insectes (pou, puce) et les vers ou helminthes (ascaris, taenia) ne sont pas des microorganismes, et on préfère parler alors d’infestation plutôt que d’infection.

Agents transmissibles non conventionnels (ATNC) ou prions : agents de la maladie de Creutzfeldt-Jakob (MCJ) et des autres encéphalopathies subaiguës spongiformes transmissibles humaines.

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Complexité

Taille

Les agents infectieux

ATNCPrions

Virus

Bactéries

Champignonsunicellulaires

Protozoaires

Versintestinaux

Arthropodes

Mammifères

Agents infra cellulaires

Agents cellulaires

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Les cinq principaux types de MO

bacille à Gram -

virus nu et enveloppé

?ATNC ou prion

cellule humaine

coque à Gram +

30

Les cinq principaux types de microorganismes

Les virusEx : rotavirus, Orthomyxovirus influenzae

Les bactériesEx : Escherichia coli, Staphylococcus aureus

Les agents transmissibles non conventionnels(ATNC ou prions)

Ex : les agents de la MJC et des autres ESSTH

??

??

Les champignonsEx : Candida albicans, Aspergillus fumigatus

Les parasites non fongiquesEx : les sarcoptes (gale), les toxoplasmes, les amibes

Vie (définition classique)

31

2 à 4 µ

Schéma d’une bactérie bacillaire

32

Schéma tridimensionnel d’un bacille

33

Les deux grandes formes de bactérie

Deux (plus une) formes principales de bactérie

coque bacille

coccobacille

ex : staphylocoque,méningocoque

ex : colibacille, bacille perfringens

ex : acinetobacter, entérocoque

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Les deux principaux types de paroi bactérienne

coque à Gram +

bacille à Gram -

Deux types principaux de paroi bactérienne

Bactéries à Gram + bactéries à Gram -

coque à Gram -

bacille à Gram +

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Source : ÉcoSocioSystèmesPierre Davoust

Comparaisondes parois

des bactériesà Gram positive

et à Gram négative

Paroi des Gram + :

- plus épaisse- plus cohérente- plus résistante

36

Les spores bactériennes

Certains bacilles Gram + :

Bacillus spp., Clostridium spp.

37

La multiplication bactérienne : scissiparité

Division d’une bactérie : scissiparité

Croissance d’une population bactérienne : exponentielle

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Une boîte gélosée de contact pour la recherche de bactéries

Bacillus spp.

Acinetobacter spp.

Staphylococcus spp.

Enterobacter spp., K lebsiella spp.,Escherichia coli, Serratia spp.

Enterococcus spp.

Streptococcus spp.

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Staphylococcus aureus

Staphylocoquedoré

40

Les pilis bactériens : ils contribuent au biofilmBacilles à Gram négative dans un biofilm : les fimbriae sont des filaments qui

constituent un feutrage, lequel contribue largement au biofilm

41

La formation du biofilm

Source : Institut Pasteur, Paris

42“Biofilms” : Alfred B. Cunningham, John E. Lennox, and Rockford J. Ross, Eds. 2001-2008

43

Les deux types principaux de génome viral

Deux types principaux de génome viral

Génomeà ADN

Génomeà ARN

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Les deux types principaux de capside virale

Deux types principaux de capside virale

Capside nue

Génomeà ADN

Capsideenveloppée

Génomeà ADN

Capside nue

Génomeà ARN

Capsideenveloppée

Génomeà ARN

45

Schéma du virus de la

grippe

46

La réplication du virus par la cellulecellule humaine Virusenveloppé

47

Schéma de la réplication virale

48

La libération virale

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Les deux formes de la protéine PrP (prion)

PrP normale(forme en « X », expansée)

PrP anormale(forme en « W », repliée)

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Les règles d’écriture des noms de MO

Le nom scientifique international

Langue : latin (pas d’accent)

Style : caractères italiques

Nom de genre (avec l’initiale en majuscule) et nom d’espèce

Ex : Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas æruginosa, Legionella pneumophila, Myxovirus influenzæ.

Le nom vernaculaire, national

Langue : courante, nationale (français, anglais…)

Style : caractères droits, normaux

Pas de majuscule (en principe)

Ex : staphylocoque doré, colibacille, bacille pyocyanique, légionelle, virus grippal.

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Des exemples de noms de microorganismes

Nom latin international Nom vernaculaire nationalStaphylococcus aureus staphylocoque doré

Staphylococcus epidermidis staphylocoque blanc

Streptococcus pyogenes streptocoque A

Clostridium perfringens bacille perfringens

Escherichia coli colibacille

Klebsiella pneumoniæ klebsielle

Pseudomonas æruginosa bacille pyocyanique

Legionella pneumophila légionelle

Mycobacterium tuberculosis bacille tuberculeux

Candida albicans candida

Myxovirus influenzae virus grippal

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Tailles de certains microorganismesL’ordre de grandeur des tailles des MO

Tailles moyennes en microns (µ ou µm)1 µm ou µ = 1/1000 mm = 1000 nanomètres (nm) = 10.000 Angström

0,03 µ = 30 nm = 300 A

0,085 µ = 85 nm = 850 A

0,35

0,45

0,9

2

7

13

30

0 5 10 15 20 25 30

VHA

virus grippal

mycoplasme

BK

staphylocoque

colibacille

hématie

polynucléaire

cellule épithéliale

1,3 x 4

0,25 x 3,5

µ

°

°

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Les principales bactéries à connaître

Coques ou cocci Bacilles Coques ou cocci Bacilles

staphylocoques clostridium méningocoques colibacille bacille de Koch

entérocoques bacillus gonocoque proteus m. atypiques

streptocoques listeria klebsielle

enterobacter

serratia

salmonelles

b. pyocyanique

acinetobacter

légionelles

Légende bactéries sporulées entérobactéries

Gram + Gram -Mycobactéries

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Les agents infectieux : fragilité et résistance Les microorganismes et leurs conditions d’existence 2

La fragilité ou au contraire la résistance physico-chimique des MO

Certains microorganismes sont fragiles (et exigeants) :

– pneumocoque, méningocoque, streptocoque A, hæmophilus et d’une façon générale les bactéries strictement anaérobies.

– virus de l’herpès, virus grippal, virus de la rubéole, virus des oreillons.

Certains microorganismes sont physico-chimiquement résistants :

– bacille tuberculeux, staphylocoque doré, entérocoque, acinetobacter.

– bactéries sporogènes ou encore sporulées (la spore est une forme résistante, d’attente) ; la spore bactérienne est la forme de micro-organisme la plus résistante ; pour une bactérie sporogène, les deux états possibles sont la spore et la forme végétative ; cela concerne :

bacille perfringens, bacille tétanique, bacille botulinique (genre Clostridium).

bacille du charbon, bacille cereus (genre Bacillus).

– virus de l’hépatite A, rotavirus, adénovirus, virus de l’hépatite B.

– les champignons sont en général assez résistants sur le plan physique.

55

Les agents infectieux : le type respiratoire

Les microorganismes et leurs conditions d’existence 3

Le type respiratoire (le cas échéant : microorganismes vivants)

Les virus ne respirent pas

Les bactéries (et les champignons) respirent :

– certaines bactéries sont strictement dépendantes de l’oxygène : elles sont dites strictement aérobies ou aérobies strictes ;ex : bacille tuberculeux, légionelle, bacille pyocyanique, acinetobacter.

– certaines bactéries sont au contraires tuées par l’oxygène, plus ou moins vite : elles sont dites strictement anaérobies ou anaérobies strictes ;ex : bacille tétanique, bacille perfringens (genre Clostridium), et tous les bacilles et coques appartenant à la flore intestinale commensale, qui est constituée de bactéries anaérobies strictes et non sporogènes.

– les plus nombreuses s’accommodent de l’oxygène et de son absence : elles sont soit aéro-anaérobies, soit anaérobies aéro-tolérantes ;ex : staphylocoque, streptocoque, colibacille, klebsielle, salmonelle.

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Les agents infectieux : les réservoirs ou habitats 1

Les MO et leurs conditions d’existence 4

Les réservoirs ou habitats de MO (écologie) 1

Les définitions assorties d’exemples 1

– le réservoir (ou habitat, mais uniquement pour les MO vivants) principal ou naturel d’un microorganisme est le site dans lequel ce dernier trouve toutes les conditions nécessaires à sa multiplication et au maintien de son espèce ; c’est donc le site écologique pour lequel il est le mieux adapté ;lorsque le réservoir ou habitat principal ou naturel d’un micro-organisme est un être vivant, et tout particulièrement s’il s’agit de homme ou d’un animal, on parle très habituellement d’hôte ;ex : le tube digestif de l’homme (colibacille, bacille typhoïdique, vibrion du choléra, bactéries anaérobies strictes intestinales, virus de la polio, rotavirus) ;ex : l’eau et les boues (légionelle, bacille pyocyanique).

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Les définitions assorties d’exemples 2

– le réservoir (ou habitat, mais uniquement pour les MO vivants) accessoire ou secondaire d’un microorganisme est un site dans lequel ce dernier peut se maintenir, persister plus ou moins longtemps, et soit sans multiplication, soit avec une multiplication réduite ; ce n’est qu’un site de relais, d’attente ; le réservoir accessoire est souvent lié à l’activité de l’homme ;lorsque le réservoir ou habitat accessoire ou secondaire d’un micro-organisme est un être vivant, et tout particulièrement s’il s’agit de homme ou d’un animal, on parle très habituellement d’hôte ;ex : l’eau (zoo-plancton de l’eau des estuaires pour le vibrion cholérique ; l’eau douce pour les virus de l’hépatite A et la polio, l’amibe, les salmonelles, la listeria) ; l’environnement non hydriquepour certaines bactéries résistantes ; un réservoir accessoire peut parfois jouer le rôle de vecteur (il assure la transmission de ce MO).

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Les types ou variétés de réservoir ou d’habitat et les flores 3

– Les réservoirs ou habitats humains 1

la muqueuse digestive : flore extrêmement abondante et richement diversifiée ; les bactéries anaérobies non sporogènes sont très largement dominantes ; les autres bactéries sont soit sous-dominantes (colibacilles), soit dominées (bactéries minoritaires, non résidentes).

la muqueuse narinaire : flore assez abondante (présence fréquente de staphylocoque doré : c’est un réservoir fondamental).

La muqueuse nasale : flore peu abondante.

la muqueuse buccale : flore assez abondante ; prédominance de bactéries dites salivaires, dont les streptocoques salivaires.

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Les flores du corps humain

Flore trachéo-bronchique

Flore cutanée

Flore ORL

Flore digestive

Flore génitale

Les flores sont constituées de bactéries et de champignons

60

La flore nasopharyngée

61

La flore buccopharyngée

62





– Les réservoirs ou habitats humains 2

la muqueuse pharyngée : flore peu abondante ; présence fréquente de bactéries pathogènes (pneumocoque, streptocoque, staphylocoque…).

l’œil (paupières, conjonctives et cils) : flore peu abondante.

la muqueuse bronchique : flore très peu abondante.

la muqueuse génitale de la femme : flore peu abondante (les bactéries sont physiologiquement inhibées par les sécrétions).

la peau : flore très abondante et variée ; il faut distinguer la flore de la peau glabre de celle des régions pileuses ou humides.

63



Les réservoirs ou habitats de MO (écologie)5


– Les réservoirs ou habitats animaux : les mammifères (chien, chat, vache, mouton, chèvre, cochon,

sanglier, rongeurs) : ils peuvent héberger des bactéries pathogènes pour l’homme (chat : pasteurelle ; rat : bacille de la peste).

les oiseaux : même possibilité (campylobacter).

les reptiles et autres animaux poïkilothermes : même possibilité.

– Les réservoirs ou habitats végétaux ou telluriques : les plantes : listeria, serratia.

le sol : bacille tétanique, bacillus.

– Les réservoirs ou habitats hydriques : les eaux douces, les boues et autres milieux humides : légionelles,

bacille pyocyanique.

l’eau salée et l’eau des estuaires : vibrions.

64

Les agents infectieux : relations avec l’environnement1

Les MO et leurs relations avec leur environnement ou leur hôte 1

Les microorganismes saprophytes se nourrissent de composés organiques

en décomposition, essentiellement d’origine végétale ; ces MO vivent dans

le milieu extérieur (sol, eau et végétaux) ; cependant, on peut parfois les

trouver sur la peau ou une muqueuse, de façon transitaire ; certains MO

saprophytes peuvent se révéler des pathogènes opportunistes ;

ex : légionelle, acinetobacter, bacille pyocyanique, serratia.

Les microorganismes commensaux se nourrissent de produits biologiques

se trouvant à la surface de la peau ou d’une muqueuse ; ce sont des hôtes

normaux : ils ne sont pas par nature pathogènes pour l’homme ; de plus,

certains microorganismes commensaux sont même en symbiose avec leur

hôte : on parle de microorganismes symbiotiques ; mais certains MO

commensaux peuvent se révéler des pathogènes opportunistes ;

ex : Staphylococcus epidermidis, Fusobacterium necrophorum (flore

digestive commensale anaérobie stricte non sporogène : flore de Veillon).

65

Les agents infectieux : relations avec l’environnement2

Les MO et leurs relations avec leur environnement ou leur hôte 2

Les microorganismes parasites se nourrissent de tissus vivants qu’ils agressent, envahissent et détruisent ; ils sont par nature pathogènes pour l’homme et on les appelle classiquement des « pathogènes spécifiques » ; ce sont donc des hôtes facultatifs et agressifs, plus ou moins accidentels ; cependant, d’assez nombreux microorganismes parasites peuvent persister sur la peau ou une muqueuse sans exercer leur pouvoir pathogène, et être donc tolérés par leur hôte : on parle de portage, qui peut durer de quelques jours à plusieurs années ;ex : bacille tuberculeux, staphylocoque doré, vibrion cholérique.Certains MO parasites exercent ce parasitisme à l’intérieur de cellulesparasitées (cytoparasitisme) ; il peut alors s’agir :

d’un cytoparasitisme facultatif :ex : légionelle, brucelle, salmonelle ;

d’un cytoparasitisme obligatoire :ex : chlamydiæ, rickettsies ; cas particulier des virus, dépourvus de vie.

66

La transmission des microorganismes 1

L’hétéro-transmission ou hétéro-contamination 1

La transmission inter-humaine ou homo-contaminationElle est encore appelée contagion ou contage 1

La transmission directe (d’homme à homme)– la voie de contact : transmission ou contamination « C » ;

la voie manuportée est un cas particulier (le plus fréquent).– la voie respiratoire avec deux sous-types :

la voie des micro-gouttelettes ou voie « G » ; il s’agit de micro-gouttelettes d’une taille comprise entre 5 et 100 µ ; elles sont riches en eau et peu diffusibles (forte densité, courte portée : 1,5 m au plus).

la voie des micro-particules aéro-portées ou « A » ; il s’agit de micro-particules d’une taille inférieure à 5 µ ; elles sont très pauvres en eau et très diffusibles (faible densité, longue portée : plusieurs mètres).

– la voie sexuelle ou vénérienne– la voie verticale ou transplacentaire

67


L’hétéro-transmission ou hétéro-contamination 2 La transmission inter-humaine ou homo-contamination 2

La transmission indirecte (elle passe par un vecteur)– certains vecteurs sont animés ou vivants : la main d’une tierce

personne intervient dans la « contamination croisée ».– certains vecteurs sont inanimés ou inertes : le pavillon d’un

stéthoscope, la manche (longue) d’une blouse sont des vecteurs assez fréquents en milieu hospitalier.

La transmission de l’animal à l’homme ou zoo-contamination La transmission du milieu extérieur à l’homme ou exo-

contamination Le sol et les végétaux ; eau (toilette, baignade) ; air L’alimentation et l’eau de boisson

L’auto-transmission ou auto-contamination La migration interne ou « translocation » La réactivation ou récurrence

68


voie respiratoire(G ou A)

Voieenvironnementale

Voieendogène

Voiepar contact

(C)

Contamination croisée : vecteur

69

La chaîne de transmission des MORéservoiraccessoire

ousecondaire(habitat)

de MORéservoirprincipal

ouprimaire(habitat)

de MO

Vecteurou

transmetteurde MO

Récepteurde MO

70

L’évolution après la transmission 1

Types d’évolution Élimination

Efficacité des défenses immunitaires locales Pas de porte d’entrée facilement accessible ou bien défendue Cas très fréquent, le plus habituel en réalité

Colonisation Multiplication des bactéries en nappe Atteinte d’une masse microbienne critique

Infection Après une prolifération autour et au niveau d’une porte d’entrée Perméabilité de la porte d’entrée colonisée Invasion microbienne au niveau de la porte d’entrée Processus physiopathologique Maladie avec phénomènes inflammatoires le plus souvent

perceptibles

71


La contamination microbienne Transfert et son résultat

Phénomène physique et microscopique, peu détectable

La colonisation Multiplication et adhésion sur un support

Phénomène microbiologique et non visible ; détectable

L’infection Envahissement d ’un tissu vivant avec destruction

Phénomène physiopathologique, souvent perceptible

Deux formes ou étapes possibles : Infection symptomatique, clinique

Infection asymptomatique, infraclinique

72


contamination colonisation infection

neutralisation guérison

aggravationportage

L’infection est donc précédée par deux étapes

neutralisation

73

Staphylocoques dans un pus

74

Schémas d’infection cutanée et digestive

75

Pus franc

Berges inflammatoires

Déhiscence de la suture

Stéphane GAYET, Strasbourg (67)

Suppuration de plaie opératoire

76

Endophtalmie après intervention pour cataracte

Pus franc

Edouard BENOIS, Villedieu (50)

Suppuration oculaire : endophtalmie

77


Facteurs influençant l’évolution 1 Facteurs liés au récepteur

Facteurs favorisants– Facteurs intrinsèques

alcoolisme, tabagisme, diabète sucré, insuffisance rénale, infection préexistante, âge extrême, cirrhose hépatique...

– Facteurs extrinsèques Chimiothérapie (immunodépression), intervention chirurgicale,

sonde urinaire, cathéter veineux, ventilation mécanique, coma thérapeutique…

Facteurs protecteurs– Facteurs intrinsèques

Infection antérieure identique (immunité), allaitement maternel (nourrisson), immunité naturelle de certains individus…

– Facteurs extrinsèques Vaccination, immunothérapie (immunoglobulines, adjuvants de

l’immunité), antibioprophylaxie…

78


Facteurs influençant l’évolution 2

Facteurs liés au microorganisme 1

Pouvoir pathogène (qualité)– Virulence et toxinogénèse

Virulence : capacité d’un microorganisme (vivant) à agresser, envahir et détruire (plus ou moins rapidement) des tissus vivants ; la présence d’une capsule chez certaines souches bactériennes est un facteur de virulence.

Toxinogénèse : faculté de certains microorganismes (vivants) de sécréter des toxines ou des enzymes qui provoquent des lésions cellulaires ou tissulaires, parfois très graves ;ex : coagulase, hémolysine, leucocidine, fibrinolysine, entérotoxine…

– Notion de souche microbienne Un microorganisme donné est caractérisé par la souche (clone) dont

il provient ; tous les MO issus d’une même souche sont semblables ; il existe de grandes disparités de la virulence et de la toxinogénèse au sein des différentes souches d’une espèce bactérienne.

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Facteurs influençant l’évolution 3

Facteurs liés au microorganisme 2

Taille de l’inoculum (quantité)– La dose minimale infectante (DMI) est la quantité minimale de

microorganismes qui doivent se trouver au niveau d’une porte d’entrée pour déclencher l’infection.

– Elle est liée à l’espèce microbienne, à la souche microbienne et à la porte d’entrée (elle varie également en fonction du terrain).

– La DMI peut varier de quelques microorganismes (BK : un seul suffirait) à quelques milliers ; elle est classiquement de quelques centaines pour les salmonelles mineures, responsable de gastro-entérites aiguës d’origine souvent alimentaire.

– L’infection peut en principe survenir dès que la DMI est atteinte.– En présence d’un inoculum de très grande taille, il peut se

produire une faillite des défenses : c’est « l’effet inoculum ».

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Le gradient de pathogénicité

BKméningocoqu

e pneumocoquestreptocoque A

bacille perfringensstaphylocoque doré

colibacilleentérocoque

bacille pyocyaniquelisteria

légionelleacinetobacter

serratiastaphylocoque blanc

aspergillusbacillus

Seuil d’immunocompétence

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Les facteurs de dangerosité des bactéries

Résistancephysico-chimique

(agents physiques, désinfectants)

Antibio-résistance

(antifongiques et antiviraux)

Streptocoque A Staphylocoque doré

Clostridium perfringens Acinetobacter baumanii

Pathogénicité(virulence et toxinogénèse)

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La rupture de l’équilibre physiologique

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La faillite des facteurs protecteurs

Barrières localesDéfenses immunitairesTraitement ATB adapté

Lésions tissulairesAgressions microbiennesCorps étrangerInsuffisances organiquesTraitement ATB inappropriéTroubles médicamenteuxRéactions diminuées

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La physiopathogénie de l’infection : le déterminisme

Cause(agent

infectieux)Porte

d’entrée

Infection(maladie)

TRANSMISSION

CONTAMINATION

COLONISATION

AGRESSION

INVASION

InoculumFacteurs de pathogénicité :virulence et toxinogénèse

Défenses locales,régionales et générales

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Conclusion

Diversité des agents infectieux

Complexité des pouvoirs pathogènes

Importance essentielle du terrain

Nombreux moyens de prévention

Documents

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