Laboratoire de Bactériologie du CHUV, Lausanneessante.ch/uploads/diplomes/TD-CY-JV-HEMO.pdf · Laboratoire de Bactériologie du CHUV, Lausanne . Février-Mars 2008. Christel Yersin

Laboratoire de Bactériologie du CHUV, Lausanne Février-Mars 2008

Christel Yersin et Julie Viénet, 47ème volée

Travail réalisé sous la supervision de M. Christian

Durussel et du Dr Guy Prod’hom

Sommaire : Une septicémie est une infection bactérienne généralisée qui met en jeu le pronostic vital du patient. En effet, chaque année en Europe, plus de 150'000 personnes meurent de septicémie sévère. Il s’agit d’une situation d’urgence et on comprend aisément l’intérêt d’un diagnostic efficace et rapide. Durant 3 semaines, nous avons pris en charge les hémocultures positives à staphylocoques, streptocoques et bacilles à Gram négatif en parallèle de leur traitement habituel par le laboratoire de routine. Nous avons évalué une nouvelle approche dans la préparation des échantillons afin :

- D’améliorer la voie rapide du diagnostic microbiologique des septicémies. - D’émettre des résultats fiables et rapides quant à la sensibilité des bactéries aux

antibiotiques.

Résultats obtenus : Pour les cocci à Gram + du genre staphylocoque :

- Une identification automatisée rendue le jour même ou le lendemain matin. - Un antibiogramme automatisé en moins de 24 heures.

Pour les cocci à Gram + du genre streptocoque : - Pas d’amélioration de l’identification. - Pour les entérocoques : un antibiogramme automatisé en moins de 24 heures. - Pour les streptocoques : une identification définitive de Streptococcus

pneumoniae le jour même et un antibiogramme manuel en moins de 24 heures.

Pour les bacilles à Gram négatif : - Une identification automatisée rendue le jour même ou le lendemain matin. - Un antibiogramme automatisé en moins de 24 heures.

Abstract: Septicemia is a generalized bacterial infection that can compromise the vital prognosis of the patient. Indeed, each year in Europe, more than 150’000 people die from severe septicemia. This is an urgent situation and one can easily understand the interest of a rapid and efficient diagnosis. During three weeks, we investigated the positive blood cultures of staphylococci, streptococci and Gram negative bacilli in parallel to their regular laboratory analysis. We evaluated a new approach in the preparation of samples to: - improve the rapidity of the microbiological diagnosis of septicemia. - provide fast and reliable results concerning the sensitivity of microorganisms to

antibiotics. Final results:

For Gram + cocci genus staphylococcus: - An automated identification was realised the same day or the following

morning. - An automated antibiotics susceptibility testing in less than 24 hours.

For Gram + cocci genus streptococcus: - No improvement in the identification. - For enterococci: automated susceptibility testing in less than 24 hours. - For streptococci: a conclusive identification of Streptococcus pneumoniae on

the same day and manual susceptibility testing in less than 24 hours.

For Gram negative bacilli: - An automated identification was realised the same day or the following

morning. - An automated antibiotics susceptibility testing in less than 24 hours.

Travail de diplôme Février/Mars 2008

1

TABLE DES MATIERES

1 INTRODUCTION................................................................................................................3 1.1 A PROPOS DE LA SEPTICÉMIE...........................................................................................3

1.1.1 Généralités .................................................................................................................3 1.1.2 Signes cliniques ..........................................................................................................4 1.1.3 Diagnostic ..................................................................................................................4 1.1.4 Incidence et épidémiologie.........................................................................................5 1.1.5 Traitement ..................................................................................................................6

1.2 MÉTHODE ACTUELLE......................................................................................................7 1.3 CHOIX DU SUJET ..............................................................................................................9

2 BUTS ...................................................................................................................................10

3 DEVELOPPEMENT .........................................................................................................11 3.1 MATÉRIEL ET MÉTHODES .............................................................................................11

3.1.1 Automate...................................................................................................................11 • Vitek®2.....................................................................................................................11

3.1.2 Milieux et réactifs.....................................................................................................12 • Gélose au sang humain ou GS..................................................................................12 • Gélose au sang de mouton ou GSM.........................................................................12 • Gélose Mac-Conkey ou MCK..................................................................................12 • Gélose Mueller-Hinton ou MH ................................................................................12 • Gélose Mueller-Hinton au sang ou MHS.................................................................13 • Gélose USB..............................................................................................................13 • Chlorure d’ammonium .............................................................................................13

3.1.3 Tests d’identification et de sensibilité des staphylocoques ......................................14 • Staphaurex Plus ........................................................................................................14 • RAPIDEC ® staph ....................................................................................................14 • Dnase........................................................................................................................14 • Antibiogramme Kirby-Bauer ...................................................................................15

3.1.4 Tests d’identification et de sensibilité des streptocoques.........................................16 • Agglutinations ..........................................................................................................16 • Bouillons hyper-salé.................................................................................................16 • Bile-esculine.............................................................................................................16 • PYR ..........................................................................................................................16 • Rapid ID 32 strep .....................................................................................................17 • Détermination du niveau de résistance aux aminosides...........................................18 • Antibiogramme Kirby-Bauer ...................................................................................18 • Détermination de la CMI par E-tests........................................................................19

3.1.5 Tests d’identification et de sensibilité des bacilles à Gram négatif .........................20 • Oxydase....................................................................................................................20 • Spot indole................................................................................................................20 • Rapid ID 32 E...........................................................................................................20 • Antibiogramme Kirby-Bauer ...................................................................................21

3.1.6 Nouvelle méthode .....................................................................................................22 3.1.7 Préparation des échantillons ...................................................................................23 3.1.8 Méthodologie appliquée aux staphylocoques ..........................................................26 3.1.9 Méthodologie appliquée aux streptocoques.............................................................28 3.1.10 Méthodologie appliquée aux bacilles à Gram négatif .........................................30

3.2 RÉSULTATS ...................................................................................................................32


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3.2.1 Cocci à Gram positif genre staphylocoque ..............................................................32 • Préparation des échantillons.....................................................................................32 • Staphaurex Plus ........................................................................................................32 • RAPIDEC ® staph ....................................................................................................33 • Identification au Vitek®2..........................................................................................34 • Détermination de la sensibilité.................................................................................34

3.2.2 Cocci à Gram positif genre streptocoque ................................................................40 • Préparation des échantillons.....................................................................................40 • Agglutinations ..........................................................................................................40 • Bile- esculine et bouillon hyper-salé........................................................................41 • PYR ..........................................................................................................................41 • Rapid ID 32 strep .....................................................................................................42 • Optochine / Oxacilline .............................................................................................42 • Détermination de la sensibilité.................................................................................43

3.2.3 Bacilles à Gram négatif............................................................................................47 • Préparation des échantillons.....................................................................................47 • Oxydase....................................................................................................................47 • Spot indole................................................................................................................48 • Rapid ID 32 E...........................................................................................................48 • Identification au Vitek®2..........................................................................................49 • Détermination de la sensibilité.................................................................................50

3.3 DISCUSSION...................................................................................................................54 3.3.1 Préparation des échantillons ...................................................................................54 3.3.2 Cocci à Gram positif genre staphylocoque ..............................................................54 3.3.3 Cocci à Gram positif genre streptocoque ................................................................57 3.3.4 Bacilles à Gram négatif............................................................................................60

4 CONCLUSION...................................................................................................................62

5 COUTS ................................................................................................................................63

6 REMERCIEMENTS..........................................................................................................63

7 REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES.........................................................................64

8 LEXIQUE ...........................................................................................................................67

9 ANNEXES...........................................................................................................................71


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1 INTRODUCTION

1.1 A PROPOS DE LA SEPTICÉMIE

1.1.1 Généralités

La bactériémie est définie par la présence d’organismes pathogènes (bactéries) dans la circulation sanguine. La présence de ces bactéries peut être passagère ou prolongée et être accompagnée ou non de signes cliniques. Une bactériémie peut-être d’origine iatrogène1, survenant par exemple suite à une extraction dentaire ou une intervention chirurgicale. Les germes passent alors la barrière des vaisseaux sanguins et rejoignent la circulation. (IMU-BAC, 2007a, p.26-27) Une bactériémie peut être à l’origine d’une réaction inflammatoire systémique, d’une septicémie sévère ou non et dans les cas les plus sérieux, d’un choc septique. Littéralement, le terme septicémie signifie « infection du sang ». Les notions de réaction inflammatoire systémique, septicémie, septicémie sévère et choc septique ont fait l’objet d’un consensus en 1992 et sont dès lors définies de manière claire : (Trampuz & Zimmerli, 2003, p.811)

La réaction inflammatoire systémique est définie par la présence d’au minimum deux des signes d’inflammation suivants :

Une température corporelle > 38°C ou < 36°C Une fréquence cardiaque > 90 battements/minute

Une fréquence respiratoire > 20 c · min -1 ou hyperventilation se traduisant par une PaCO2 < 32 mmHg

Des leucocytes > 12G/l ou < 4G/l ou > 10% de bâtonnets

On parle de septicémie ou sepsis lorsque la réaction inflammatoire systémique est d’origine infectieuse.

La septicémie sévère est caractérisée par l’apparition de défaillance d’organe(s) chez un patient atteint de septicémie.

Le choc septique correspond à la septicémie sévère accompagnée d'une hypotension artérielle persistante et réfractaire au remplissage vasculaire. (Pression artérielle systolique < 90 mmHg ou une réduction d'au moins 40 mmHg des valeurs de tension habituelles).

Une septicémie peut se développer à partir de n’importe quelle infection sévère et un grand nombre de bactéries peuvent en être responsables. Néanmoins, dans la majeure partie des cas, les bactéries du tube digestif en sont à l’origine. (IMU-BAC, 2007a, p.26-27). 1 Les termes soulignés figurent dans le lexique.


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Voici un graphique illustrant la fréquence des différents germes impliqués. (Pittet & Harbarth, 2004)

Figure1 : Principaux micro-organismes responsables de bactériémies.

La septicémie met en jeu le pronostic vital du patient et pour cette raison est une urgence clinique. Sans traitement, le patient atteint de septicémie peut mourir en moins de 24 heures et lors de choc septique, la mort peut survenir en quelques heures. Selon Delaloye, Baumgartner & Calandra (2006), la mortalité hospitalière globale est de 30% pour la sepsis sévère et de plus de 50 % pour le choc septique.

1.1.2 Signes cliniques

En règle générale, les patients septiques présentent les symptômes suivants :

De la fièvre souvent accompagnée de frissons ou dans d’autres cas, une température anormalement basse, principalement chez les sujets très jeunes ou très âgés.

Des difficultés respiratoires Une fréquence cardiaque accélérée ou tachycardie Des manifestations cutanées Une faiblesse généralisée

D’autres signes cliniques associés à la source de l’infection seront observés. Par exemple, une pollakiurie et une dysurie lors d’infection urinaire ou des maux de tête en cas d’infection du système nerveux central. (International Sepsis Forum, 2004).

1.1.3 Diagnostic

Les hémocultures sont le moyen d’affirmer la bactériémie. Le prélèvement sanguin doit être effectué dans des conditions d’asepsie rigoureuses, afin d’éviter les contaminations.


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Chez les patients adultes, on prélève 8 à 10 ml de sang pour chaque flacon et chez le nourrisson la quantité peut-être diminuée jusqu’à 1 ml. Le sang prélevé est introduit dans les flacons d’hémoculture. Les flacons sont systématiquement ensemencés par paire, un flacon aérobie et un anaérobie. Cela permet la mise en évidence des germes tant aérobies qu’anaérobies. Une fois acheminés au laboratoire, les flacons d’hémocultures sont incubés dans un automate. Le laboratoire de microbiologie du CHUV utilise le système Bactec® 9240. Cet automate fait partie des appareils Bactec® de la série « fluorescence ». L’appareil mesure de manière continue la fluorescence consécutive à la réduction du milieu sous l’influence de la croissance microbienne, cela est rendu possible grâce à la présence d’un sel de ruthénium. Le système de lecture est couplé à un équipement informatique sophistiqué qui compare les mesures obtenues à un système algorithmique de référence et déclenche un signal de positivité quand la variation des différents paramètres est suffisante. (IMU-BAC, 2007a, p.26-27) Les techniciens en analyses biomédicales se chargent de la mise en culture et des tests d’identification, nous y reviendrons de manière détaillée dans un prochain chapitre.

1.1.4 Incidence et épidémiologie

Comme le font ressortir Andrej Trampuz et Werner Zimmerli (2003), les septicémies sont une cause importante de décès et leur incidence ne cesse d’augmenter :

La septicémie sévère et le choc septique constituent des infections à pronostic vital réservé et représentent les causes de décès les plus importantes chez les patients des services de soins intensifs. En Europe, plus de 150 000 personnes meurent chaque année de septicémie sévère et, aux Etats-Unis, plus de 200 000, ce qui correspond presque à 10% de tous les cas de décès. L’incidence de la septicémie a augmenté de manière continue au cours des dernières années. Cette augmentation est notamment due au fait qu’on pratique plus fréquemment des interventions invasives chez des patients âgés avec des maladies de base sévères et que le nombre de patients immunosupprimés augmente. En dépit de l’amélioration des mesures de soutien vital, la mortalité du choc septique n’a pas diminué de manière importante au cours des 25 dernières années. (p.811).

Au CHUV, 32'721 bouteilles d’hémocultures ont été prélevées en 2007. Sur ces bouteilles, 2070 étaient positives, cela représentant 669 épisodes de bactériémies. 51% des épisodes étaient d’origine communautaire et 49% d’origine nosocomiale.


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Le graphique suivant illustre les types d’épisodes de bactériémies survenues au CHUV de 2002 à 2007 (Senn, 2008) :

0

50

100

150

200

250

300

350

400

Epi

sode

s

2002 2003 2004 2005 2006 2007Années

Episodes communautairesEpisodes nosocomiaux

Figure 2 : Episodes de bactériémies

Lors de sepsis sévère le taux de mortalité atteint 33% pour les patients qui reçoivent un traitement antibiotique adéquat et 43% pour les patients dont le traitement antibiotique est inadéquat. (MacArthur et al., 2004)

1.1.5 Traitement

Traitement anti-microbien ou traitement étiologique Dans un premier temps, un traitement antibiotique est administré de manière empirique, c'est-à-dire sans attendre l’identification du germe. Le choix de l’antibiotique administré est fait en fonction du site le plus probable de l’infection et des germes les plus fréquemment impliqués. Les analyses microbiologiques permettront l’identification du germe en cause et la détermination de sa sensibilité, et conduiront ainsi à l’adaptation du traitement pour une plus grande efficacité. Le but étant d’assainir tout foyer infectieux et de réduire la dissémination du germe dans l’organisme. Parallèlement à l’antibiothérapie et en cas de foyer infectieux connu, un traitement chirurgical de la source infectieuse peut être entrepris. (Trampuz & Zimmerli, 2003, p.811).


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Autres traitements

Une panoplie de traitements symptomatiques et de soutien sont également mis en œuvre pour améliorer le pronostic vital du patient.

1.2 MÉTHODE ACTUELLE

Le Schéma ci-dessous résume la prise en charge des flacons positifs telle qu’elle se déroule actuellement au laboratoire de bactériologie du CHUV :

Tests d’identification

Le flacon positif est sorti de l’automate et pris en charge par un TAB

Quelques gouttes du contenu de la bouteille sont mises en culture

Examen direct

5 ml sont transférés dans un tube et centrifugés afin d’obtenir un culot

bactérien

Des tests d’identification et une cua

lture gitée sont effectués à partir du culot

Si le germe se développe bien Antibiogramme en

Kirby-Bauer

ALARME

Figure 3

Figure 4

Figure 5

Figure 6

Figure 8 Figure 7


8

Préparation du culot bactérien: Prélever 5 ml de bouillon et les mettre dans un tube Falcon de 15 ml. Centrifuger 5 minutes à 1000 tours/minute. Prélever 2,5 ml de surnageant et les mettre dans un tube Falcon 15 ml qui contient

déjà du NaCl. Centrifuger 5 minutes à 3000 tours/minute. Jeter le surnageant. Resuspendre le culot dans 200 μl de NaCl. Mettre une goutte du culot de centrifugation dans un flacon stérile de type

Erlenmeyer contenant du bouillon MHB. Avec le reste du culot effectuer les tests biochimiques.

Les tests d’identification dépendent du type de bactéries vues à l’examen direct :

Cocci Gram positif en amas Rapidec® Staph permet de déterminer s’il s’agit d’un staphylocoque doré ou non.

Figure 9 : Cocci à Gram positif en amas

Cocci Gram positif en chaînette ou diplocoque Les réactifs d’agglutination A/B/C/D/F/G et pneumocoque permettent de situer la bactérie dans les différents groupes des streptocoques

Figure 10 : Cocci à Gram positif en chaînettes


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Bacille à Gram négatif Le test d’oxydase permet de différencier les bacilles à Gram négatif de type Pseudomonas (généralement oxydase +) des entérobactéries (toujours oxydase -). Un système commercial ATB rapid ID32E, permet d’identifier la bactérie dans un délai de 4 heures.

Figure 11 : Bacille à Gram négatif

1.3 CHOIX DU SUJET

Pour notre travail de diplôme, le laboratoire de microbiologie du CHUV nous a proposé de tester une nouvelle approche dans la préparation des hémocultures positives. Les raisons de ce choix sont :

L’amélioration de la voie rapide du diagnostic microbiologique des septicémies L’importance d’émettre des résultats fiables et rapides afin de pouvoir administrer

au patient une antibiothérapie adaptée La suppression de plusieurs étapes méthodologiques (gain potentiel de temps)

Il serait alors possible d’obtenir des identifications de meilleure qualité et de rendre des résultats définitifs dont les antibiogrammes le jour même. Si cette nouvelle approche est performante, il serait envisageable de l’introduire dans le laboratoire de routine.


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2 BUTS

Le but principal de notre travail est d’obtenir un culot bactérien de meilleure qualité tout en améliorant sa quantité. De ce fait, il nous sera possible d’effectuer les tests d’identification déjà réalisés dans le laboratoire mais également d’ajouter un certain nombre de nouveaux paramètres analytiques. Grâce à ces analyses supplémentaires, nous espérons pouvoir raccourcir le temps nécessaire à l’identification du germe et à la détermination de sa sensibilité aux antibiotiques, notamment en supprimant l’étape de la culture agitée. Il s’agira ensuite d’évaluer les performances de ces analyses en les comparant aux résultats obtenus dans des conditions de routine. Au terme de ce travail, nous espérons pourvoir apporter des réponses aux diverses questions que ce projet génère :

Les résultats d’identifications obtenus à partir du culot bactérien, sont-ils identiques à ceux obtenus dans les conditions habituelles ?

Les antibiogrammes faits à partir du culot bactérien et à partir de colonies de

quelques heures (16h30) sont-ils concordants avec ceux obtenus dans les conditions habituelles ?

Les tests obtenus à partir du culot bactérien sont-ils aussi fiables que ceux obtenus

à partir des colonies ?

Est-il envisageable d’introduire cette nouvelle méthode en routine et constitue-t-elle un gain de temps ?


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3 DÉVELOPPEMENT

3.1 MATÉRIEL ET MÉTHODES

3.1.1 Automate

• Vitek®2 L’automate Vitek®2 de bioMérieux est utilisé pour l’identification des bactéries et la détermination de leur sensibilité aux antibiotiques. Dans le cadre de notre travail de diplôme, nous avons utilisé les cartes d’identification GN (Gram négatif) et GP (Gram positif) ainsi que les cartes d’antibiogrammes AST. Cartes GN et GP : Elles servent à l’identification des germes à Gram négatif et à Gram positif fréquemment rencontrés en microbiologie clinique. Comme expliqué dans le manuel Vitek®2, Information produit de bioMérieux (2006) , les cartes GN et GP font appel à des tests biochimiques conventionnels et des substrats mesurant l’utilisation des sources de carbone, l’activité enzymatique et la résistance. Les cartes GN et GP comptent chacune plus de 40 tests biochimiques. Les résultats définitifs sont obtenus en 10 heures maximums environ pour les Gram négatifs et 8 heures maximum pour les Gram positifs. L’identification avec le système Vitek®2 est réalisée selon les données et les connaissances sur le germe et les réactions en cours d’analyse. En effet, une quantité suffisante de données concernant des souches connues ont été recueillies pour estimer les réactions typiques d’espèces pour un ensemble de tests biochimiques discriminant. Cartes AST : Les cartes AST sont utilisées pour déterminer la sensibilité aux antibiotiques des germes fréquemment rencontrés en microbiologie clinique. Différentes cartes existent en fonction du type de germe :

- AST-P549 pour les staphylocoques - AST-P534 pour les entérocoques et les streptocoques du groupe B - AST-N022 pour les bacilles à Gram négatif non-fermentatifs - AST-N020 pour les entérobactéries

Voici les informations qui figurent dans le manuel Vitek®2, Information produit de bioMérieux (2006) :

Le principe de l’antibiogramme de Vitek®2 fait appel à la détermination de la concentration minimale inhibitrice (CMI). […] Chaque carte AST de Vitek®2 contient 64 micropuits. Un puits de contrôle contenant uniquement un milieu de culture est présent sur toutes les cartes ; les autres puits contiennent des concentrations préétablies d’un antibiotique donné et un milieu de culture.


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[...] L’instrument Vitek®2 contrôle la croissance dans chaque puits présent sur la carte pendant un délai défini (jusqu’à 18 heures pour les bactéries). Au terme du cycle d’incubation, les valeurs de CMI sont déterminées pour chaque antibiotique présent sur la carte.

3.1.2 Milieux et réactifs

• Gélose au sang humain ou GS Milieu nutritif pour la culture de germes exigeants, le sang facilitant leur croissance. Ce milieu ne permet pas de décrire l’hémolyse. Nous l’utiliserons pour la culture des staphylocoques.

• Gélose au sang de mouton ou GSM Comme la GS, il s’agit d’un milieu nutritif permettant la croissance des germes exigeants. C’est sur ce milieu que l’hémolyse est décrite :

- Zone verdâtre autour des colonies = hémolyse partielle α hémolyse - Zone transparente autour des colonies = hémolyse totale β hémolyse - Pas d’hémolyse γ hémolyse (Yersin & Delisle, 2004).

Nous utiliserons ces géloses pour la culture des streptocoques et dans certains cas pour celle des staphylocoques.

• Gélose Mac‐Conkey ou MCK C’est un milieu sélectif et différentiel destiné à la culture des bacilles à Gram négatif non exigeants. Des inhibiteurs des germes à Gram positif sont additionnés au milieu et les cocci à Gram négatif sont trop exigeants pour y pousser. De plus il contient du lactose et un indicateur de pH. Il est alors possible de différencier les bactéries qui fermentent le lactose de celles qui n’utilisent pas ce sucre. Les colonies roses sont des bactéries qui ont fermenté le lactose Lactose positif. Les colonies jaunes sont des bactéries qui n’ont pas fermenté le lactose Lactose négatif. (Yersin & Delisle, 2004). Nous utiliserons ces géloses pour la culture des entérobactéries et des non-fermentatifs.

• Gélose Mueller‐Hinton ou MH La gélose Mueller-Hinton est un milieu solide destiné à la réalisation d’antibiogramme par la méthode de diffusion à partir de disques imprégnés d’antibiotiques. Ce milieu permet la croissance des bactéries non exigeantes. Sa composition chimique définie, surtout en ce qui concerne les électrolytes, son épaisseur précise et constante garantissent un minimum d’interférences sur le résultat de l’antibiogramme. (Yersin & Delisle, 2004). Ce milieu sera utilisé pour les antibiogrammes des bacilles à Gram négatif et des staphylocoques.


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• Gélose Mueller‐Hinton au sang ou MHS Ce milieu présente les mêmes caractéristiques que le Mueller-Hinton mais est additionné de 5% de sang de mouton pour permettre la croissance des germes exigeants. Ce milieu sera utilisé pour les antibiogrammes et les E-tests des streptocoques.

• Gélose USB La gélose USB (Urine Screening of Bacteria) est une gélose chromogène qui permet d’identifier : - Escherichia coli - Proteus mirabilis - Les Entérocoques grâce à la mise en évidence des trois activités enzymatiques, respectivement β-galactosidase (βgal), tryptophane désaminase et β-glucosidase (βglu). Cette gélose est ordinairement utilisée pour la primoculture des urines, la subculture des uricults et l'isolement des colonies typiques d’E. coli. (IMU-BAC, 2007b, p.1) Nous l’utiliserons pour la caractérisation des souches d’entérocoques, qui forment des colonies turquoises sur cette gélose.

• Chlorure d’ammonium Ce tampon destiné à la lyse des érythrocytes est notamment utilisé pour la préparation des échantillons sanguins et médullaires en cytométrie de flux. Le laboratoire d’hématologie nous a fourni de quoi préparer 500 ml de tampon, il nous servira lors de la préparation du culot bactérien. Composition : - NH4Cl 4.15 g - KHCO3 0.50 g - H2O distillée ad 500 ml


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3.1.3 Tests d’identification et de sensibilité des staphylocoques

• Staphaurex Plus C’est un test rapide d'agglutination à base de particules de latex sensibilisées pour la détection simultanée de la coagulase liée, de la protéine A et des polysaccharides capsulaires de Staphylococcus aureus. (IMU-BAC, 2006b, p.1)

Marche à suivre : - Déposer une goutte de réactif 1 (test latex) dans un des ronds. - Prélever quelques colonies à l’aide d’un bâtonnet en bois ou déposer une goutte

du culot avec une pipette pasteur. - Mélanger au réactif en utilisant toute la surface du rond. - Mélanger doucement en inclinant le carton. - Le test est positif en cas d’observation d’une agglutination en 40 secondes ou

moins. - En cas de positivité, faire le contrôle négatif avec le réactif 2 (contrôle latex)

selon le même mode opératoire.

Figure 7 : Test « Staphaurex Plus »

• RAPIDEC ® staph Ce test sert à différencier Staphylococcus aureus des autres staphylocoques par la recherche de l’enzyme Auréase qui est spécifique aux staphylocoques dorés. Une réaction fluorescente spontanée est mise en évidence à l’aide d’une lampe UV à 365 nm. (IMU-BAC, 2004c, p.1)

Marche à suivre : - Mettre 50 μl du culot de centrifugation dans le puits 0 (contrôle négatif) et le puits

1 (test) du support - Lire sous la lampe à ultraviolet après 1 heure et 2 heures d’incubation à 37°C. - Le test est positif si nous observons une fluorescence plus importante dans le puits

test que dans le puits contrôle

• Dnase La Dnase est une enzyme qui hydrolyse l’ADN. Elle est principalement recherchée pour l’identification des Staphylococcus aureus. Une gélose contenant de l’ADN est ensemencée avec la souche à tester. Après incubation, la plaque est inondée avec du HCl, celui-ci va précipiter l’ADN et donner un


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aspect opaque au milieu. La présence d’un halo clair autour du trait bactérien signifie que l’ADN a été hydrolysé par la bactérie. (IMU-BAC, 2006a, p.1) Nous utilisons ce test lors de discordance entre le RAPIDEC® staph et le Stauphaurex plus.

• Antibiogramme Kirby‐Bauer La détermination de la sensibilité des micro-organismes aux antibiotiques par la méthode de Kirby-Bauer est une analyse sensible dont la précision et la reproductibilité dépend de nombreux facteurs (charge des disques, milieux, inoculum, conditions d'incubation). Ce test nous permet de dire si un germe est sensible ou résistant à un antibiotique. Il nous sert à contrôler les résultats obtenus au Vitek®2. (IMU-BAC, 2002a, p.1-3) Les disques d’antibiotiques utilisés dépendent du type de germe. Pour les staphylocoques à coagulase négative nous utilisons le panel 6 (set 6) qui contient les antibiotiques :

Clindamycine Clarithromycine Céfoxitine Pénicilline Oxacilline Co-trimoxazole

Pour les staphylocoques dorés, nous remplaçons la Pénicilline par la Tigecycline.

Marche à suivre : - Dans une suspension de NaCl monter un inoculum équivalent à un Mac-Farland

0.5 avec le culot ou avec les colonies - Ensemencer la gélose à l’aide d’un écouvillon : pratiquer des stries serrées dans 3

directions pour obtenir un tapis homogène - Déposer des disques d’antibiotiques - Incuber la plaque en atmosphère normale à 37°C. - Le lendemain, lire les diamètres des zones d’inhibition au millimètre près grâce à

un pied à coulisse.

Figure 12 : Antibiogramme en Kirby-Bauer


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3.1.4 Tests d’identification et de sensibilité des streptocoques

• Agglutinations Après une extraction enzymatique, les antigènes de la paroi des streptocoques des groupes Lancefield A, B, C, D, F, G et le pneumocoque sont mis en évidence par l'agglutination de particules de latex sensibilisées avec des anticorps spécifiques aux différents groupes. (IMU-BAC, 2004d, p.1)

Marche à suivre : - Mettre une goutte du culot dans les enzymes d’extraction - Incuber 20 minutes à 37°C. - Déposer sur une carte une goutte de chaque réactif (Streptex latex) A, B, C, D, F,

G et pneumo dans les emplacements correspondants - Déposer une goutte d’extrait à côté de chaque goutte de réactif - Avec un bâtonnet en bois, mélanger en utilisant toute la surface du rond - Mélanger doucement en inclinant la carte - La réaction est positive si une agglutination est observée en moins de 2 minutes

• Bouillons hyper‐salé Le bouillon hypertonique avec 6.5 % de NaCl sert à la différentiation des entérocoques (croissance) et des streptocoques du groupe D (pas de croissance).

Marche à suivre : - Laisser tomber une goutte du culot dans le bouillon - Le test est positif si nous observons un trouble après 24 heures d’incubation à

37°C en atmosphère normale

• Bile‐esculine Les entérocoques et les streptocoques du groupe D montrent une croissance en présence de 40% de bile et hydrolysent également l’esculine pour former de l’esculétine. L’esculétine réagit avec le citrate ferrique contenu dans le milieu et forme un complexe brun foncé après 24 heures d’incubation. (IMU-BAC, 2002b, p.1)

Marche à suivre : - Prélever un peu du culot à l’aide d’une pipette pasteur et ensemencer la tranche - Le test est positif si le milieu devient noir après 24 heures d’incubation à 37°C en

atmosphère normale

• PYR C’est un test colorimétrique rapide qui permet de mettre en évidence l’enzyme pyrrolidonyl-peptidase aussi appelée PYRase. Il différencie les entérocoques qui sont PYR+, des streptocoques du groupe D qui sont PYR-. (IMU-BAC, 2004b, p.1)


17

Marche à suivre : - Mettre un disque PYR sur une lame - L’imbiber d’eau - Déposer une goutte de culot ou quelques colonies sur le disque - Attendre 2 minutes - Révéler à l’aide d’une goutte de PYR color developer - La réaction est positive si une coloration rose apparaît

Figure 13 : PYR positif.

• Rapid ID 32 strep C’est un système d'identification qui utilise des tests enzymatiques ou d'assimilation standardisés et miniaturisés qui donne un résultat en se référant à une base de données spécialement adaptée. (IMU-BAC, 2004a, p.1)

Marche à suivre : - Dans une suspension Medium 3 ml (H2O) monter un inoculum équivalent à un

Mac-Farland 4 avec le culot - A l’aide d’une pipette automatique, déposer 55 μl dans chaque cupule de la

galerie - Incuber 4 heures à 37°C en atmosphère normale - Après ajout des réactifs dans certaines cupules, lire la galerie à l’aide du lecteur

automatique Mini-API

Figure 14 : Galerie Rapid ID 32 strep.


18

• Détermination du niveau de résistance aux aminosides Les entérocoques sont naturellement résistants à bas niveau aux aminosides (Kanamycine, Gentamicine, Amikacine, Streptomycine) par imperméabilité. Ces antibiotiques peuvent être prescrits en combinaison avec soit une β-lactamine soit un glycopeptide, à condition qu’il y ait une synergie entre les deux molécules. Cette combinaison n’est plus efficace si l'on détecte un haut niveau de résistance aux aminosides. (IMU-BAC, 2007c, p.1-3) Pour déterminer ce niveau de résistance, nous testons la Gentamicine 120 μg selon la méthode Kirby-Bauer. Nous testons la Kanamycine high et la Streptomycine high par la méthode Pasteur.

Marche à suivre : - Diluer 100x le Mac-Farland 0.5 fait à partir du culot ou des colonies (50 μl dans 5

ml de NaCl) - Inonder une gélose MH avec cette suspension. - Aspirer l’excédent de liquide et faire sécher à l’étuve. - Une fois la gélose sèche, déposer un disque de Streptomycine et un disque de

Kanamycine sur la gélose. Le lendemain lire les zones d’inhibition à l’aide d’un pied à coulisse.

• Antibiogramme Kirby‐Bauer Le principe du test et la marche à suivre sont les mêmes que pour les staphylocoques (cf. page 15). Toutefois nous n’effectuons pas l’antibiogramme sur une MH en atmosphère normale mais sur une MHS en CO2 car les streptocoques sont des germes exigeants. Nous utilisons pour les streptocoques les sets d’antibiotiques 6 et 7 :

Clindamycine Ceftriaxone Clarithromycine Levofloxacine Céfoxitine Dalfopristine/Quinupristine Pénicilline Tetracycline Oxacilline Linezolide Co-trimoxazole Vancomycine


19

• Détermination de la CMI par E‐tests Cette méthode permet de déterminer la CMI basée sur la diffusion d'antibiotiques à partir de bandelettes commercialisées imprégnées d'un gradient de substance active. Nous testons la Pénicilline low, la Ceftriaxone low et l’Amoxicilline pour les pneumocoques.

Marche à suivre : - Dans une suspension de NaCl monter un inoculum équivalent à un Mac-Farland

0.5 avec le culot ou des colonies - Ensemencer en tapis serré avec un écouvillon sur une gélose MHS - Déposer les E-tests sur la gélose - Incuber en atmosphère CO2 - Le lendemain, lire la CMI sur la bandelette.

Figures 15 et 16: E-test.

CMI à 0.50


20

3.1.5 Tests d’identification et de sensibilité des bacilles à Gram négatif

• Oxydase La recherche de l’oxydase, plus précisément du cytochrome C2 permet la différenciation d’un certain nombre de bacilles à Gram négatif non fermentatifs (oxydase positive) des entérobactéries (oxydase négative). Le réactif utilisé est une solution aqueuse à 1% de tétraméthyl-p-phénylènediamine, elle est incolore à l’état réduit et bleue-violette à l’état oxydé.

Marche à suivre : - Laisser tomber une goutte du culot sur un buvard imbibé de réactif - La réaction est positive si une coloration bleue-violette apparaît dans les 5-10

secondes

• Spot indole Le spot indole test indique la présence de l’enzyme tryptophane-désaminase qui dégrade le tryptophane du milieu pour produire de l’indole. Il sert d’indication dans l’identification des entérobactéries. Ce test ne prend que quelques secondes.

Marche à suivre : - Laisser tomber une goutte du culot ou écraser quelques colonies sur un buvard

imbibé de réactif DMACA Indole - La réaction est positive si une coloration bleue apparaît

Positif

Négatif

Figure 17 : Spot indole

• Rapid ID 32 E C’est un système d'identification qui utilise des tests enzymatiques ou d'assimilation standardisés et miniaturisés qui donne un résultat en se référant à une base de données spécialement adaptée. (IMU-BAC, 2004a, p.1)

Marche à suivre : - Dans une suspension NaCl 0,85% medium 3 ml faire un trouble équivalent à un

Mac-Farland 0.5 avec le culot. - A l’aide d’une pipette automatique, déposer 55 μl dans chaque cupule de la

galerie


21

- Déposer une goutte de paraffine sur les cupules URE / ODC / LDC - Incuber 4 heures à 37°C en atmosphère normale - Lire la galerie à l’aide du lecteur automatique Mini-API

• Antibiogramme Kirby‐Bauer Le principe du test et la marche à suivre sont les mêmes que pour les staphylocoques (cf. page 15). Nous utilisons pour les entérobactéries le set d’antibiotiques 1 :

Ceftriaxone Amoxicilline/clavulanique Ceftriaxone Ertapenem Trimetho./Sulfam. Tetracycline

Et pour les bacilles à Gram négatif de type non fermentatif, le set 5 :

Imipenem Ceftazidime Ticarcilline/clavulanique Piperacilline Piperacilline/ Tazobactam Levofloxacine


22

3.1.6 Nouvelle méthode

Lorsque l’automate détecte un échantillon positif, le personnel du laboratoire prépare un tube à notre intention en y mettant 5 ml du contenu du flacon (mélange sang – bouillon). Le numéro de l’échantillon ainsi que le type de bactérie sont inscrits sur le tube : - Cocci à Gram positif de type staphylocoque - Cocci à Gram positif de type streptocoque - Bacilles à Gram négatif

ALARME

Figure 3

Figure 4

ROUTINE TRAVAIL DE

DIPLÔME

Méthode actuelle ( Cf. Chapitre 1.2)

c+ en amas

c+ diplo/chaînette

Autres

b-

Travail en aveugle par rapport à la

routine.

Figure 18

Nouvelle méthode. (Cf. Chapitres 3.1.8 / 3.1.9 / 3.1.10)

Nous ne prenons pas ces échantillons.


23

3.1.7 Préparation des échantillons

Voici la description les différentes étapes de la préparation de l’échantillon en vue d’obtenir un culot bactérien de bonne qualité.

Ajouter 5 ml d’eau stérile au contenu du tube. Bien mélanger par retournement et au vortex. Centrifuger 10 minutes à 3000 tours/minute.

A ce stade, nous obtenons un culot plus ou moins gros et plus ou moins riche en hématies.

Parfois le culot est déjà très propre:

Figure 19 : Culot obtenu à partir d’une bouteille anaérobie, après la première

centrifugation.

Dans d’autres cas, le culot est très hémorragique :

Figure 20 : Culot obtenu à partir d’une bouteille aérobie, après la première

centrifugation.


24

Eliminer le surnageant et resuspendre le culot dans 1 ml de chlorure d’ammonium.

Centrifuger 10 minutes à 1000 tours/minute. Le chlorure d’ammonium provoque la lyse des globules rouges présents dans le culot.

Dans certains cas, le culot est encore trop hémorragique après cette étape de lyse et nous devons alors la répéter pour éliminer au maximum les globules rouges résiduels. En final, nous parvenons généralement à obtenir un culot propre et riche en bactéries :

Figure 21 : Culot obtenu à partir d’une bouteille anaérobie, après la deuxième

centrifugation.

Figure 22 : Culot obtenu à partir d’une bouteille aérobie, après la deuxième

centrifugation.


25

Le surnageant est éliminé et nous suspendons le culot dans 250 μl de NaCl en vue des tests d’identification. Au cours de notre travail nous avons apporté une modification à cette méthode de préparation. En effet, les culots obtenus à partir des flacons aérobies contenaient souvent trop de globules rouges. Pour remédier à cela, nous avons mélangé les 5 ml de départ avec 10 ml d’eau au lieu de 5 ml dans le but d’obtenir des culots de meilleure qualité.


26

3.1.8 Méthodologie appliquée aux staphylocoques

Schéma suivi pour les hémocultures positives à staphylocoques :

Jour 0, à partir du culot :

16h30, à partir de la GSM pour AST2* :

GSM avec FOX (lecture à 16h30 et J1) pour AST2* et AST3 ** ID GP/ AST1- N549 Antibiogramme (ABG) set 6 sur Mueller-Hinton (MH), PP GS

Rapidec® staph Staphaurex Plus

+ -

AST2-N549 AST2-N549 ABG 6 sur MH, PP GS ABG 6 TGC1 sur MH, PP GS

Jour1, à partir de la GSM pour AST3** : ID GP/ AST3-N549 ID GP/ AST3-N549 ABG 6 TGC1 sur MH, PP GS ABG 6 sur MH, PP GS Staphaurex Plus Staphaurex Plus 1Pour les Staphylococcus aureus, la Tigecycline remplace la Pénicilline du set 6. Comme mentionné dans le schéma, un disque de Céfoxitine est ajouté sur la GSM ensemencée avec le culot. Grâce à cela, nous espérons parvenir à une détection précoce des staphylocoques résistants à la Méthicilline. Certaines analyses, comme l’identification, l’antibiogramme et le Staphaurex Plus, sont répétées plusieurs fois.


27

Ces répétitions nous permettront de comparer les différents résultats entre eux.

Méthode à évaluer : Méthode de référence : A partir du culot :

Identification au Vitek®2 Identification rendue par le laboratoire de routine

AST au Vitek®2 AST 3 / Jour 1

Antibiogramme Kirby-Bauer Antibiogramme Kirby-Bauer / Jour 1

Rapidec® staph Résultat rendu par le laboratoire de routine

Staphaurex Plus Staphaurex Plus à partir des colonies / Jour 1

A partir des colonies de 16h30 :




28

3.1.9 Méthodologie appliquée aux streptocoques

Schéma suivi pour les hémocultures positives à streptocoques:

A partir du culot :

GSM avec OXA/OPTO (lecture à 16h30 et J1

16h30, à partir de la GSM pour AST2 ou Kirby-bauer2* :

Jour 1, à partir de la GSM pour AST3** :

1 Gentamicine 120μg / Kanamycine High / Streptomycine High 2 Pénicilline / Ceftriaxone / Amoxicilline

Comme mentionné dans le schéma, un disque d’Optochine et un disque d’Oxacilline sont ajoutés sur la gélose au sang de mouton ensemencée avec le culot. Le disque d’Optochine nous permettra une détection précoce de Streptococcus pneumoniae, sensible à l’ethylhydrocupréine.

) pour AST 2* et AST3 ** Rapid ID 32 strep Bile-esculine / NaCl 6.5%

PYR Agglutination

+ / D - / pneumo - / autre grp

ABG 6 et 7 sur MHS AST 534 / PP USB GM120 / KNH / STRH1 PP GSM

ABG 6 et 7 sur MHS E-tests : P / CRO / AMX2

sur MHS PP GSM

AST2 534 / PP USB ABG 6 et 7 sur MHS GM120 / KNH / STRH PP GSM

ABG 6 et 7 sur MHS E-tests : P / CRO / AMX

sur MHS PP GSM

AST3 534 / PP USB PYR


29

Le disque d’Oxacilline détermine la sensibilité du germe à la Pénicilline, information importante pour le clinicien. Certaines analyses, comme les antibiogrammes et le test du PYR sont répétées plusieurs fois. Ces répétitions nous permettront de comparer les différents résultats entre eux.


Lecture OXA / OPTO 16h30 Lecture OXA / OPTO / Jour 1

Rapid ID 32 strep Identification rendue par le laboratoire de routine

Bile-esculine / NaCl 6.5% Résultats rendus par le laboratoire de routine

PYR PYR à partir des colonies / Jour 1

Agglutinations Résultats rendus par le laboratoire de routine

AST au Vitek®2 (entérocoques) AST 3 / Jour 1

Aminosides (entérocoques) Résultats rendus par le laboratoire de routine

Antibiogramme Kirby-Bauer Résultats rendus par le laboratoire de routine

E-tests (pneumocoques) Résultats rendus par le laboratoire de routine


AST2 au Vitek®2 (entérocoques) AST 3 au Vitek®2 / Jour 1

Aminosides (entérocoques) Résultats rendus par le laboratoire de routine

Antibiogramme Kirby-Bauer Résultats rendus par le laboratoire de routine

E-tests (pneumocoques) Résultats rendus par le laboratoire de routine


30

3.1.10 Méthodologie appliquée aux bacilles à Gram négatif

Schéma suivi pour les hémocultures positives à bacilles à Gram négatif:

A partir du culot :

16h30, à partir de la MCK pour AST2* :

Jour1, à partir de la MCK pour AST3** :

Spot indole MCK pour AST 2* et AST3/GN** Rapid ID 32E

Oxydase

+ -

AST1-N022 / IDGN AST1-N020 / IDGN ABG 5 sur MH, PP MCK ABG 1 sur MH, PP GS

AST2-N022 AST2-N020 ABG 5 sur MH, PP MCK ABG 1 sur MH, PP GS

AST3-N022 / IDGN AST3-N020 / IDGN ABG 5 sur MH, PP MCK ABG 1 sur MH, PP GS

Spot indole


31

Certaines analyses, comme les antibiogrammes et le spot indole sont répétées plusieurs fois. Ces répétitions nous permettront de comparer les différents résultats entre eux.


Spot Indole Spot Indole à partir des colonies / Jour 1

Oxydase Résultat rendu par le laboratoire de routine

Rapid ID 32E Identification rendue par le laboratoire de routine

Identification au Vitek®2 Identification rendue par le laboratoire de routine




AST2 au Vitek®2 AST 3 / Jour 1



32

3.2 RÉSULTATS

3.2.1 Cocci à Gram positif genre staphylocoque

• Préparation des échantillons

Staphylocoques dorés et staphylocoques à coagulase négative. Bouteille Nombre Culots hémorragiques AEH 14 5 ANH 4 0 Total 18 5 Sur les 5 culots hémorragiques, 3 sont des souches de staphylocoques à coagulase négative et 2 sont des souches de Staphylococcus aureus. Dans ces 5 cas, nous avons effectué 2 lyses au NH4Cl lors de la préparation du culot.

• Staphaurex Plus Par rapport à ce test, notre objectif était de savoir s’il était possible de le réaliser directement à partir du culot de centrifugation. Nous l’avons effectué à partir du culot et également le lendemain à partir de colonies, cette deuxième étape correspondant aux conditions habituelles.

A partir du culot J0

Organisme Nombre Tests positifs Indéterminés (douteux) Tests négatifs

Staphylococcus aureus 10 7 0 3 Staphylcoccus epidermidis 5 1 2 2 Staphylococcus haemolyticus 2 0 0 2 Staphylococcus schleiferi 1 1 0 0

Total 18 9 2 7 30 % des souches de Staphylococcus aureus ne sont pas détectées avec ce test lorsqu’il est effectué à partir du culot. En ce qui concerne les souches de staphylocoques à coagulase négative, nous avons 2 résultats faussement positifs et 2 résultats douteux.


33

A partir des colonies J1



Total 18 11 0 7 A partir des colonies, toutes les souches de Staphylococcus aureus sont détectées. Une souche de Staphylococcus epidermidis donne un résultat faussement positif, il s’agit d’une des souches donnant un résultat douteux la veille à partir du culot.

• RAPIDEC ® staph Ce test se fait directement sur le culot de centrifugation. Il s’agissait alors d’évaluer si notre méthode de préparation de l’échantillon nous permettait d’obtenir des résultats comparables à ceux obtenus par le laboratoire de routine :

Nouvelle méthode


Staphylococcus aureus 10 10 0 0 Staphylcoccus epidermidis 5 1* 2* 2 Staphylococcus haemolyticus 2 0 0 2 Staphylococcus schleiferi 1 0 0 1

Total 18 10 0 5

*Cas douteux ou positif avec le Staphaurex plus effectué à partir du culot également.

Laboratoire de routine



Total 18 10 2 6 La nouvelle méthode de préparation de l’échantillon permet de détecter toutes les souches de Staphylococcus aureus, tout comme c’est le cas en routine.


34

En ce qui concerne les souches de Staphylococcus epidermidis, nous obtenons un résultat faussement positif et 2 résultats douteux.

• Identification au Vitek®2 Nous avons lancé une identification au Vitek®2 directement à partir du culot de centrifugation et une autre le lendemain à partir de colonies. En nous basant sur les résultats rendus par le laboratoire de routine, nous avons ainsi pu évaluer si nos identifications étaient correctes.


Organisme Nombre Identifications correctes

Discriminations basses Non identifiés Identifications

erronées

Staphylococcus aureus 10 9 0 1 0 Staphylcoccus epidermidis 5 4 0 1 0 Staphylococcus haemolyticus 2 2 0 0 0 Staphylococcus schleiferi 1 0 1 0 0

Total 18 15 1 2 0

Dans 83,33 % des cas, l’identification lancée à partir du culot a donné une identification fiable.

• Détermination de la sensibilité Céfoxitine : Interprétation des diamètres : Staphylocoques dorés : R < ou = 21 mm < S Staphylocoques à coagulase négative : R < ou = 24 mm < S

Lecture 16h30 lecture jour 1

Nombre S R S R

Interprétation du laboratoire de

routine

Staphylococcus aureus 10* 0 9 9 1 10 x S

Staphylococcus epidermidis 5 0 5 0 5 5 x R

Staphylococcus haemolyticus 2 0 2 0 2 2 x R

Staphylococcus schleiferi 1* 0 0 1 0 1 x S

*Lecture à 16h30 impossible pour une souche de Staphylococcus aureus et la souche de Staphylococcus schleiferi car la croissance était insuffisante.


35

Staphylococcus aureus : Pour interpréter les discordances, nous nous sommes basées sur les règles suivantes : Nous avons comparé nos résultats avec ceux obtenus par la méthode de référence. Les discordances sont séparées en trois catégories :

Méthode de référence Méthode testée

S I I S R I

Mineures

I R Majeures S R

Très Majeures R S

Vitek®2 à partir du culot :

discordances Antibiotiques Nombre de tests Correspondance

S / I / R Mineures Majeures Très majeures

LZD 10 10 0 0 0 P 10 10 0 0 0 OX 10 10 0 0 0 FOX screen 10 10 0 0 0 GM 10 10 0 0 0 NN 10 10 0 0 0 E 10 10 0 0 0 CC 10 10 0 0 0 SYN 10 10 0 0 0 NOR 10 8 1 0 1 CIP 10 9 1 0 0 LVX 10 10 0 0 0 MXF 10 10 0 0 0 FM 10 9 1 0 0 TEC 10 10 0 0 0 VA 10 10 0 0 0 TE 10 10 0 0 0 SXT 10 10 0 0 0 FOS 10 10 0 0 0 FA 10 10 0 0 0 RA 10 10 0 0 0 MUP 10 10 0 0 0

Nous constatons 3 discordances mineures et une très majeure. Dans 98,2% des cas, nos résultats correspondent à ceux obtenus par la méthode de référence.


36

Kirby-bauer set 6 à partir du culot :



FOX 8 8 0 0 0 CLR 8 8 0 0 0 CC 8 8 0 0 0 SXT 8 8 0 0 0 OX 8 8 0 0 0 CCE 8 8 0 0 0

Il n’y a aucune discordance. Dans 100 % des cas, nos résultats correspondent à ceux obtenus par la méthode de référence.

Vitek®2 à partir des colonies de 16h30 :




Il y a 3 discordances mineures. Dans 98,3 % des cas, nos résultats correspondent à ceux obtenus par la méthode de référence.


37

Kirby-bauer set 6 à partir des colonies de 16h30 :



FOX 8 8 0 0 0 CLR 8 8 0 0 0 CC 8 8 0 0 0 SXT 8 8 0 0 0 OX 8 8 0 0 0 TGC 8 8 0 0 0 CCE 8 8 0 0 0

Il n’y a aucune discordance. Dans 100 % des cas, nos résultats correspondent à ceux obtenus par la méthode de référence. Staphylocoques à coagulase négative :





Il y a 11 discordances mineures et 2 majeures. Dans 93,7 % des cas, nos résultats correspondent à ceux obtenus par la méthode de référence.


38

Kirby-bauer set 6 à partir du culot :


S / I / R Mineures Majeures Très

majeures

FOX 8 8 0 0 0 CLR 8 8 0 0 0 CC 8 8 0 0 0 SXT 8 8 0 0 0 OX 8 8 0 0 0 P 8 8 0 0 0 CCE 8 8 0 0 0

Il n’y a une aucune discordance. Dans 100 % des cas, nos résultats correspondent à ceux obtenus par la méthode de référence





Il y a une discordance mineure et une majeure. Dans 98,7 % des cas, nos résultats correspondent à ceux obtenus par la méthode de référence.


39

Kirby-Bauer set 6 à partir des colonies de 16h30:



majeures

FOX 7 7 0 0 0 CLR 7 7 0 0 0 CC 7 7 0 0 0 SXT 7 7 0 0 0 OX 7 7 0 0 0 P 7 7 0 0 0 CCE 7 7 0 0 0

Il n’y a une aucune discordance. Dans 100 % des cas, nos résultats correspondent à ceux obtenus par la méthode de référence.


40

3.2.2 Cocci à Gram positif genre streptocoque

• Préparation des échantillons Streptocoques

Bouteille Nombre Culots hémorragiques Petits culots*

AEH 6 2 3** ANH 2 0 0 Total 8 2 3 * la petite taille de ces culots nous a posé problème pour la réalisation des tests. **2 culots sont hémorragiques également. Ce sont surtout les entérocoques qui ont posé problème. Pour les 2 culots hémorragiques, nous avons effectué 2 lyses au NH4Cl lors de la préparation du culot.

• Agglutinations Ce test se fait directement sur le culot de centrifugation. Il s’agissait alors d’évaluer si notre méthode de préparation de l’échantillon permettait d’obtenir des résultats comparables à ceux obtenus par le laboratoire de routine :

Nouvelle méthode

Organisme Nombre Groupe D Groupe G Pneumo Aucune

E. gallinarum 1 1 0 0 0 E. faecalis 1 1 0 0 0 E. faecium 2 0 0 1 1 S. pneumoniae 3 0 0 3 0 S. dys.equisimilis 1 0 1 0 0

Total 8 2 1 4 1 Pour 75% des échantillons, nous avons obtenu une agglutination qui correspond au diagnostic final.


Organisme Nombre Groupe D Groupe G Pneu/C Pneumo Aucune

E. gallinarum 1 0 0 0 0 1 E. faecalis 1 1 0 0 0 0 E. faecium 2 0 0 0 1 1 S. pneumoniae 3 0 0 1 2 0 S. dys.equisimilis 1 0 1 0 0 0

Total 8 1 1 1 3 2


41

• Bile‐ esculine et bouillon hyper‐salé Nous avons essayé d’ensemencer directement ces 2 tests avec le culot de centrifugation, alors qu’au laboratoire de routine, ils sont ensemencés avec la culture agitée.

Bile-esculine NaCl 6.5%

Organisme Nombre Positifs Négatifs Positifs Négatifs

E. gallinarum 1 1 0 1 0 E. faecalis 1 1 0 1 0 E. faecium 2 2 0 2 0 S. pneumoniae 3 0 3 0 3 S. dys.equisimilis 1 0 1 0 1

Total 8 4 4 4 4

Tous les résultats obtenus correspondent au diagnostic final, les résultats obtenus en routine à partir de la culture agitée sont les mêmes.

• PYR Pour ce test, notre objectif était d’évaluer s’il était possible de le réaliser directement à partir du culot de centrifugation. Nous l’avons effectué à partir du culot et également le lendemain à partir de colonies, cette deuxième étape correspondant aux conditions habituelles du laboratoire de routine. Voici les résultats obtenus à partir du culot et des colonies :

A partir du culot J0 A partir des colonies J1

Organisme Nombre Positifs Négatifs Positifs Négatifs

E. gallinarum 1 1 0 1 0

E. faecalis 1 1 0 1 0

E. faecium 2 0 2 2 0

S. pneumoniae 3 0 3 0 3

S. dys.equisimilis 1 0 1 0 1

Total 8 2 6 4 4 Le PYR effectué à partir du culot permet de détecter 50% des souches d’entérocoques.


42

• Rapid ID 32 strep Nous avons essayé de lancer une galerie d’identification directement à partir du culot, ce qui ne se fait pas au laboratoire de routine où l’on attend le lendemain. Nous avons relevé les résultats obtenus par le laboratoire de routine et nous avons ainsi pu évaluer si nos résultats étaient corrects.



Faibles discriminations

profils douteux

Identifications non fiables

Identifications erronées

E. gallinarum 1 1 0 0 0 0

E. faecalis 1 0 0 1 0 0

E. faecium 2 0 0 1 0 1

S. pneumoniae 3 0 1 1 1 0

S. dys.equisimilis 1 1 0 0 0 0

Total 8 2 1 3 1 1

Seul 25% des souches de streptocoques sont identifiées de manière fiable avec cette galerie ensemencée avec le culot de centrifugation. Dans des conditions habituelles, c’est-à-dire en ensemençant la galerie avec des colonies, les souches d’entérocoques sont toutes identifiées de manière correcte.

• Optochine / Oxacilline

Lecture de 16h30 Lecture de J1 Optochine Oxacilline Optochine Oxacilline

Organisme Nombre S R S R S R S R

E. faecalis 1 0 1 0 1 0 1 0 1

E. faecium 2 0 2 0 2 0 2 0 2

S. pneumoniae 3 2 0 1 1 3 0 2 1

S. dys.equisimilis 1 0 1 1 0 0 1 1 0

Total 7 2 4 2 4 3 4 3 4 Un test sur une des souches de Streptococcus pneumoniae n'a pas pu être lu à 16h30 car sa croissance était insuffisante, les autres ont pu être interprétés dès 16h30.


43

• Détermination de la sensibilité Entérocoques :




LZD 3 3 0 0 0 P 2 2 0 0 0 AM 2 2 0 0 0 SAM 2 2 0 0 0 CXM 2 2 0 0 0 CXM Axetil 2 2 0 0 0 IPM 2 2 0 0 0 GM High 3 3 0 0 0 KNH 3 3 0 0 0 STRH 3 3 0 0 0 E 2 2 0 0 0 CC 2 2 0 0 0 SYN 2 2 0 0 0 NOR 2 2 0 0 0 CIP 2 2 0 0 0 LVX 2 2 0 0 0 MXF 2 2 0 0 0 FM 3 3 0 0 0 TEC 3 3 0 0 0 VA 3 3 0 0 0 TE 3 2 0 0 1 SXT 2 2 0 0 0

Il y a une discordance très majeure. Dans 98 % des cas, nos résultats correspondent à ceux obtenus par la méthode de référence.

Aminosides à partir du culot :



majeures

GM120 3 3 0 0 0 KNH 3 3 0 0 0 STRH 3 3 0 0 0



44




LZD 4 4 0 0 0 P 4 4 0 0 0 AM 4 4 0 0 0 SAM 4 4 0 0 0 CXM 4 4 0 0 0 CXM Axetil 4 4 0 0 0 IPM 4 4 0 0 0 GM High 4 4 0 0 0 KNH 4 4 0 0 0 STRH 4 4 0 0 0 E 4 4 0 0 0 CC 4 4 0 0 0 SYN 4 4 0 0 0 NOR 4 4 0 0 0 CIP 4 4 0 0 0 LVX 4 4 0 0 0 MXF 4 4 0 0 0 FM 4 4 0 0 0 TEC 4 4 0 0 0 VA 4 4 0 0 0 TE 4 4 0 0 0 SXT 4 4 0 0 0


Aminosides à partir des colonies de 16h30 :



majeures

GM120 4 4 0 0 0 KNH 4 4 0 0 0 STRH 4 4 0 0 0



45

Streptocoques :

Kirby-Bauer set 6 et 7 à partir du culot :



FOX 4 4 0 0 0 CLR 4 4 0 0 0 CC 4 3 1 0 0 SXT 4 4 0 0 0 OX 4 4 0 0 0 P 4 3 0 1 0 CCE 4 4 0 0 0 CRO 4 4 0 0 0 LVX 4 4 0 0 0 SYN 4 3 1 0 0 TE 4 4 0 0 0 LZD 4 4 0 0 0 VA 4 4 0 0 0

Il y a 2 discordances mineures et une majeure. Dans 94,2 % des cas, nos résultats correspondent à ceux obtenus par la méthode de référence.

E-tests à partir du culot :



majeures

P 3 3 0 0 0 CRO 3 3 0 0 0 AMX 3 3 0 0 0



46

Kirby-Bauer set 6 et 7 à partir des colonies de 16h30 :



FOX 3 3 0 0 0 CLR 3 3 0 0 0 CC 3 2 1 0 0 SXT 3 3 0 0 0 OX 3 3 0 0 0 P 3 3 0 0 0 CCE 3 3 0 0 0 CRO 3 3 0 0 0 LVX 3 3 0 0 0 SYN 3 3 0 0 0 TE 3 2 1 0 0 LZD 3 3 0 0 0 VA 3 3 0 0 0


E-tests à partir des colonies de 16h30 :



majeures

P 2 2 0 0 0 CRO 2 2 0 0 0 AMX 2 2 0 0 0



47

3.2.3 Bacilles à Gram négatif

• Préparation des échantillons Bacilles à Gram négatif

Bouteille Nombre Culots hémorragiques AEH 4 2 ANH 5 0 Total 9 2 Pour les 2 culots hémorragiques, nous avons effectué 2 lyses au NH4Cl lors de la préparation du culot.

• Oxydase Au laboratoire de routine comme pour notre travail, ce test est réalisé directement sur le culot de centrifugation. Il s’agissait d’évaluer si notre méthode de préparation de l’échantillon nous permettait d’obtenir des résultats comparables à ceux obtenus en routine A partir du culot

Organisme Nombre Tests positifs Tests négatifs Escherichia coli 4 0 4 Enterobacter cloacae 1 0 1 Klebsiella oxytoca 3 0 3 Pseudomonas aeruginosa 1 1 0 Total 9 1 8

Tous les résultats concordent avec l’identification finale et nous n’avons pas obtenu de résultat indéterminé.


Organisme Nombre Tests positifs Tests négatifs Indéterminés

Escherichia coli 4 0 4 0 Enterobacter cloacae 1 0 1 0 Klebsiella oxytoca 3 0 2 1 Pseudomonas aeruginosa 1 1 0 0

Total 9 1 7 1


48

• Spot indole Pour le spot indole, notre objectif était de voir s’il était possible de le réaliser directement à partir du culot de centrifugation. Nous l’avons effectué à partir du culot et également le lendemain à partir de colonies, cette deuxième étape correspondant aux conditions habituelles du laboratoire de routine. Voici les résultats obtenus à partir du culot :


Organisme Nombre Tests positifs Tests négatifs

Escherichia coli 4 0 4* Enterobacter cloacae 1 0 1 Klebsiella oxytoca 3 0 3* Pseudomonas aeruginosa 1 0 1

Total 9 0 2 *Résultat positif au jour 1 à partir des colonies

• Rapid ID 32 E Comme cela se fait déjà au laboratoire de routine, nous avons ensemencé une galerie d’identification à partir du culot de centrifugation. Nous avons relevé les résultats rendus par le laboratoire de routine et nous avons ainsi pu voir si nos résultats étaient corrects.




erronées

Escherichia coli 4 4 0 0 0 Enterobacter cloacae 1 1 0 0 0 Klebsiella oxytoca 3 2 1 0 0 Pseudomonas aeruginosa 1 1 0 0 0 Total 9 8 1 0 0

89% des bactéries sont identifiées de manière correcte.


49




erronées Escherichia coli 4 4 0 0 0 Enterobacter cloacae 1 1 0 0 0 Klebsiella oxytoca 3 1 2 0 0 Pseudomonas aeruginosa 1 1 0 0 0 Total 9 7 2 0 0

Le laboratoire de routine identifie 78% des bactéries correctement.

• Identification au Vitek®2 Nous avons lancé une identification au Vitek®2 directement à partir du culot de centrifugation et une autre le lendemain à partir de colonies. Nous avons relevé les résultats rendus par le laboratoire de routine et nous avons ainsi pu voir si nos résultats étaient corrects.




erronées

Escherichia coli 4 3 1 0 0 Enterobacter cloacae 1 1 0 0 0 Klebsiella oxytoca 3 2 0 0 1 Pseudomonas aeruginosa 1 1 0 0 0

Total 9 7 1 0 1

78 % des bacilles à Gram négatif sont identifiés de manière correcte. L’identification lancée au Jour 1 à partir des colonies ne donne pas de meilleurs résultats, et la même souche de Klebsiella oxytoca est également mal identifiée.


50

• Détermination de la sensibilité Entérobactéries




AM 8 8 0 0 0 AMC 8 8 0 0 0 PIP 8 8 0 0 0 TZP 8 8 0 0 0 CF 8 8 0 0 0 CXM 8 8 0 0 0 CXM Axetil 8 8 0 0 0 FOX 8 8 0 0 0 CTX+CRO 8 8 0 0 0 CPD 8 8 0 0 0 CAZ 8 8 0 0 0 FEP 8 8 0 0 0 MEM+IPM 8 8 0 0 0 AN 8 8 0 0 0 GM 8 8 0 0 0 NN 8 8 0 0 0 VOR 8 8 0 0 0 CIP 8 8 0 0 0 OFX 8 8 0 0 0 FM 8 8 0 0 0 SXT 8 8 0 0 0


Kirby-Bauer set 1 à partir du culot :



majeures

AMC 8 8 0 0 0 CAZ 8 8 0 0 0 CRO 8 8 0 0 0 SXT 8 8 0 0 0 ETP 8 8 0 0 0 TGC 8 7 1 0 0

Il y a une discordance mineure. Dans 97,9 % des cas, nos résultats correspondent à ceux obtenus par la méthode de référence.


51




AM 7 7 0 0 0 AMC 7 7 0 0 0 PIP 7 6 1 0 0 TZP 7 7 0 0 0 CF 7 7 0 0 0 CXM 7 7 0 0 0 CXM Axetil 7 7 0 0 0 FOX 7 7 0 0 0 CTX+CRO 7 7 0 0 0 CPD 7 7 0 0 0 CAZ 7 7 0 0 0 FEP 7 7 0 0 0 MEM+IPM 7 7 0 0 0 AN 7 7 0 0 0 GM 7 7 0 0 0 NN 7 7 0 0 0 VOR 7 7 0 0 0 CIP 7 7 0 0 0 OFX 7 7 0 0 0 FM 7 7 0 0 0 SXT 7 7 0 0 0

Il y a une discordance mineure. Dans 99,3% des cas, nos résultats correspondent à ceux obtenus par la méthode de référence.

Kirby-Bauer set 1 à partir des colonies de 16h30 :



majeures

AMC 7 6 1 0 0 CAZ 7 7 0 0 0 CRO 7 7 0 0 0 SXT 7 7 0 0 0 ETP 7 7 0 0 0 TGC 7 7 0 0 0



52

Non-fermentatifs




TIC 1 1 0 0 0 TIM 1 1 0 0 0 PIP 1 1 0 0 0 TZP 1 1 0 0 0 ATM 1 0 1 0 0 CPO 1 1 0 0 0 CAZ 1 1 0 0 0 FEP 1 1 0 0 0 IPM 1 1 0 0 0 MEM 1 1 0 0 0 AN 1 1 0 0 0 GM 1 1 0 0 0 ISP 1 1 0 0 0 NET 1 1 0 0 0 NN 1 1 0 0 0 CIP 1 1 0 0 0 Pefloxacin 1 1 0 0 0 CL 1 1 0 0 0 SXT 1 1 0 0 0


Kirby-Bauer set 5 à partir du culot :



majeures

IPM 1 1 0 0 0 CAZ 1 1 0 0 0 TIM 1 1 0 0 0 PIP 1 1 0 0 0 TZP 1 1 0 0 0 LVX 1 1 0 0 0



53




TIC 1 1 0 0 0 TIM 1 1 0 0 0 PIP 1 1 0 0 0 TZP 1 1 0 0 0 ATM 1 0 1 0 0 CPO 1 1 0 0 0 CAZ 1 1 0 0 0 FEP 1 1 0 0 0 IPM 1 1 0 0 0 MEM 1 1 0 0 0 AN 1 1 0 0 0 GM 1 0 1 0 0 ISP 1 0 1 0 0 NET 1 1 0 0 0 NN 1 1 0 0 0 CIP 1 1 0 0 0 Pefloxacin 1 1 0 0 0 CL 1 1 0 0 0 SXT 1 1 0 0 0


Kirby-Bauer set 5 à partir des colonies de 16h30 :



majeures

IPM 1 1 0 0 0 CAZ 1 1 0 0 0 TIM 1 1 0 0 0 PIP 1 1 0 0 0 TZP 1 1 0 0 0 LVX 1 1 0 0 0



54

3.3 DISCUSSION

Dans notre étude, 35 hémocultures positives ont été analysées. Ce nombre est insuffisant pour tirer des données statistiques de ce travail, mais donne déjà un aperçu de ce que pourrait apporter cette nouvelle approche. Il serait judicieux de continuer cette évaluation sur un plus grand nombre de cas.

3.3.1 Préparation des échantillons

Nous avons rencontré des difficultés lors de la préparation des culots à partir des bouteilles aérobies exclusivement: Sur les 24 bouteilles évaluées, à 9 reprises les culots préparés étaient

hémorragiques. Pour y remédier, nous avons modifié notre méthode de préparation des échantillons au cours de la partie pratique de notre travail: Les 5 ml de départ ont été mélangés avec 10 ml d’eau distillée stérile au

lieu de 5 ml.

En analysant nos résultats, nous avons réalisé que cette difficulté persistait malgré un lavage dans un plus grand volume d’eau. Cet aspect n’a pas été remarqué au cours de la réalisation du travail car la majorité des échantillons concernés étaient des staphylocoques et que les culots obtenus pour cette catégorie de germes étaient très importants quantitativement. La présence de globules rouges résiduels dans les culots n’a pas affecté la qualité des résultats obtenus. Nous avons également constaté que les entérocoques donnaient souvent des culots trop petits pour effectuer la batterie des tests requis. Nous y avons remédié en préparant 2 culots. Pour améliorer ces problématiques, nous proposons de prendre un plus grand volume de mélange sang-bouillon dans un plus grand tube (50 ml). Cela permettrait d’améliorer le lavage et d’obtenir un culot plus important quantitativement.

3.3.2 Cocci à Gram positif genre staphylocoque

Staphaurex Plus 30% des souches de Staphylococcus aureus ne sont pas détectées par le Staphaurex Plus à partir du culot. Ce test est d’ordinaire réalisé à partir des colonies, il est envisageable que les antigènes ne soient pas assez exprimés en milieu liquide pour être mis en évidence par ce test. Nous avons détecté un nombre important de faux positifs (2/8) et de résultats douteux (2/8) parmi le collectif des souches de staphylocoques à coagulase négative. Ce test n’est pas fiable et ne peut être utilisé.


55

RAPIDEC ® staph

Ce test a permis de détecter toutes les souches de Staphylococcus aureus. Pour les souches de Staphylcoccus epidermidis, nous avons obtenu un résultat faussement positif (1/5) et des résultats douteux (2/5). Nous pensons que les problèmes rencontrés lors de la réalisation du test RAPIDEC ®

staph avec les souches de staphylocoques à coagulase négative pourraient être dus à une trop grande densité de l’échantillon. Il faudrait donc faire des essais en diluant le culot et en standardisant

l’inoculum. Le fabricant préconise d’ensemencer le test avec un Mac-Farland 4.

Identification au Vitek®2

La carte GP donne de bons résultats. 83% des échantillons sont bien identifiés (identification bonne à excellente) et de manière rapide, avec une moyenne de 5h12. Pour un des échantillons non identifié, il s’agit d’une croissance insuffisante. En principe, l’identification du germe est terminée dans la journée si nous recevons l’échantillon avant midi ; dans le cas contraire, le lendemain matin. Pour les souches de staphylocoques à coagulase négative, cela constitue un gain de temps de 24 heures. L’identification au Vitek®2 peut donc être lancée à partir du culot.

Céfoxitine En lisant le diamètre de la Céfoxitine à 16h30, nous détectons 9 souches de Staphylococcus aureus dont les diamètres d’inhibition sont inférieurs à 21 mm, le lendemain une seule est confirmée à 18 mm. Les diamètres augmentent énormément en 12 heures ; nous avons constaté des différences allant de 5 mm à 8 mm. Le laboratoire de routine quant à lui n’en détecte aucun. Nos résultats sont donc erronés, il n’est pas possible de lire le diamètre

de la Céfoxitine sur la plaque ensemencée à partir du culot. Nous pensons que ces discordances viennent du fait que notre inoculum, c’est-à-dire le culot, est beaucoup trop dense. De ce fait il est impossible de comparer ces valeurs à celles du le laboratoire de routine, obtenues elles, par une méthode standardisée en Kirby-Bauer. Si nous nous référons aux résultats des antibiogrammes en Kirby-Bauer (Cf. pages 79 à 87), nous pouvons constater qu’ils sont tout à fait en adéquation avec ceux obtenus par le laboratoire de routine. Pour les souches de staphylocoques à coagulase négative nous n’obtenons que des résistants à la Méthicilline, comme le laboratoire de routine.


56

Détermination de la sensibilité Staphylocoques dorés Les résultats des antibiogrammes en Kirby-Bauer lancés à partir du culot et des colonies de 16h30 concordent tous avec la méthode de référence. Pour ce qui est du Vitek®2: A partir du culot, nous avons répertorié 4 discordances (3 mineures : NOR / CIP / FM et 1 très majeure : NOR). Sur l’ensemble des résultats, cela ne représente que 1,8 %. A partir des colonies de 16h30, nous avons répertorié 3 discordances mineures (2 x NOR / CIP) identiques à celles obtenues à partir du culot. La seule discordance très majeure est le résultat de la Norfloxacine. Ce résultat n’est pas transmis au médecin demandeur. Au vu des résultats obtenus, les tests de sensibilité peuvent parfaitement

être réalisés à partir du culot. Staphylocoques à coagulase négative Les résultats des antibiogrammes en Kirby-Bauer lancés à partir du culot et des colonies de 16h30 concordent tous avec la méthode de référence. Pour ce qui est du Vitek®2: A partir du culot, nous avons répertorié 13 discordances (11 mineures : GM / NN / 3 x MXF / 2 x TEC / VA / 3 x FA et 2 majeures : NN / CC). Sur l’ensemble des résultats, cela ne représente que 6,3 %. Parmi les discordances mineures, 3 se produisent sur la Norfloxacine qui n’est pas rendue par le laboratoire de routine et les 2 discordances majeures ont également lieu avec des antibiotiques (Tobramycine et Clindamycine) dont le résultat n’est pas transmis au médecin. A partir des colonies de 16h30, nous avons répertorié 2 discordances (une mineure : GM et une majeure : NN), identiques à celles obtenues à partir du culot. Au vu des résultats obtenus, les tests de sensibilité peuvent parfaitement

être réalisés à partir du culot.

Résumé

Staphaurex Plus

RAPIDEC ® staph ID Vitek®2 FOX Antibiogrammes

Cocci à Gram positif genre

staphylocoque


57

3.3.3 Cocci à Gram positif genre streptocoque

Agglutinations Nous obtenons de bons résultats dans 75% des cas (6/8). Les difficultés rencontrées ne sont pas attribuables à notre méthode de préparation. En effet, le laboratoire de routine a été confronté aux mêmes problèmes et il n’a pas obtenu le résultat escompté pour un cas supplémentaire. Nous pouvons conclure que notre méthode de préparation est

équivalente pour ce test.

Bile-esculine et NaCl 6.5% Tous les résultats correspondent à l’identification finale. Nous concluons que ces tests peuvent être effectués à partir du culot de manière fiable. La culture agitée n’est donc pas utile pour la réalisation de ces tests.

PYR

Nous avons été étonnées de la facilité d’interprétation du test étant donné que les réactions positives étaient très fortes. Les 2 souches d’Enterococcus faecium n’ont pas donné les résultats attendus, alors que le test effectué à partir des colonies était positif. Il est intéressant de noter que ces 2 cas ont également posé problème lors du test des agglutinations. Est-ce dû au hasard ou relatif à l’espèce ? Pour répondre à cette question, il faudrait compléter le collectif de

souches.

Rapid ID 32 strep Seul 25% des souches de streptocoques (2/8) ont été identifiées de manière fiable (identification bonne et très bonne) avec cette galerie ensemencée à partir du culot de centrifugation, c’est une performance médiocre. Seul une souche d’entérocoque sur 4 a été identifiée correctement alors qu’elles le sont toutes lorsque ce test est effectué à partir des colonies. Une telle différence nous amène à nous interroger sur la qualité du culot. Il était plus difficile d’obtenir un culot de bonne qualité et en quantité suffisante avec les streptocoques. Dans la majorité des cas, nous avons obtenu des petits culots hémorragiques (5/8). Nous pensons que dans le Mac-Farland destiné à ensemencer la galerie, une part trop importante du trouble était due à des globules rouges résiduels.


58

Une autre alternative est envisageable: la solution de lyse pourrait interférer dans les réactions enzymatiques du Rapid ID 32 strep, éventuellement en agissant sur le pH ? En ce qui concerne les souches de Streptococcus pneumoniae, aucune n’a été identifiée de manière correcte. Il faudrait dans un premier temps s’assurer que les mauvais résultats obtenus ne sont pas dus au NH4Cl et dans un deuxième temps, essayer d’améliorer la qualité et la quantité du culot.

A ce stade et vu la diversité des espèces testées, cette méthode n’est pas

évaluable. Il faudrait compléter le collectif de souches.

Optochine et Oxacilline Nous obtenons des résultats fiables. Les lectures effectuées à 16h30 et le lendemain n’ont pas montré de différences significatives. Grâce au test de sensibilité à l’Optochine, il est donc possible d’affirmer

la présence d’une souche de pneumocoque le jour même. Le seul soucis rencontré est dû à l’heure tardive de réception des échantillons : effectivement, plus un échantillon est reçu tard dans la journée moins il aura le temps de croître. Le test de sensibilité à l’Optochine ne sera donc pas lisible. Nous avons rencontré ce problème pour une de nos 3 souches de Streptococcus pneumoniae.

Détermination de la sensibilité Entérocoques : En ce qui concerne la détermination de la résistance aux aminosides, tous les résultats concordent avec la méthode de référence. Pour ce qui est du Vitek®2 : A partir du culot, il y a une discordance très majeure (TE) dont le résultat n’est pas transmis au médecin demandeur. Néanmoins, dans 98 % des cas, les résultats sont tout à fait fiables. A partir des colonies de 16h30, il n’y a aucune discordance. Ces analyses peuvent donc être effectuées directement à partir du culot

de centrifugation.


59

Streptocoques : Les résultats des E-tests ensemencés à partir du culot et à partir des colonies de 16h30 concordent tous avec ceux rendus par le laboratoire de routine. Concernant les antibiogrammes en Kirby-Bauer : Pour ceux ensemencés à partir du culot, nous avons répertorié 3 discordances (2 mineures : CC / SYN et une majeure : P). En millimètres et par rapport au diamètre rendu par le laboratoire de routine, cela correspond à 2 mm de différence pour les discordances mineures et 3 mm pour la discordance majeure. Les erreurs rencontrées avec la Clindamycine et la Dalfopristine/Quinupristine ne sont pas des erreurs graves, par contre celle concernant la Pénicilline est non négligeable. Dans le cas présent, cette discordance est sans conséquence, car une résistance à la Pénicilline serait obligatoirement vérifiée par une autre méthode (CMI méthode E-test). Ces éléments pris en compte, les antibiogrammes peuvent être lancés à

partir du culot.

Résumé

Agglutinations PYR Opto./Oxa. Rapid ID 32 strep

Bile-esc./NaCl

6.5% Antibiogrammes

Cocci à Gram positif genre streptocoque


60

3.3.4 Bacilles à Gram négatif

Oxydase Pour chaque cas, le résultat obtenu correspond au diagnostic définitif. Cependant nous n’avons eu qu’un seul germe oxydatif, cela est

insuffisant pour affirmer que ce test fonctionne avec cette nouvelle approche.

Spot indole Tous les germes spot indole positif ont donné un résultat négatif. Après réflexion, voici l’explication que nous avons trouvée : le spot indole test indique la présence de l’enzyme tryptophane-désaminase qui dégrade le tryptophane du milieu pour produire de l’indole. Nous suspectons que le bouillon des bouteilles d’hémocultures ne

contient peu ou pas de tryptophane.

Rapid ID 32 E Toutes les souches de bacilles à Gram négatif ont été identifiées. Avec la nouvelle approche nous avons eu 11% (1/9) de discrimination basse contre 22% (2/9) au laboratoire de routine. Nous pouvons donc dire que cette nouvelle approche augmente la

performance de ce test.

Identification au Vitek®2 78% des souches de bacilles à Gram négatif (7/9) sont identifiées de manière correcte (identification bonne à excellente) et rapidement, avec une moyenne de 5h38. Un germe a toutefois donné une discrimination basse et un autre, une identification erronée. Cette mauvaise identification n’est pas attribuable à la méthode de préparation car elle se répète quand l’identification est effectuée à partir des colonies. L’identification au Vitek®2 peut donc être lancée à partir du culot.

Le Rapid ID 32 E et l’ID Vitek®2 donnent de bons résultats. Ces 2 méthodes sont de qualité comparable. Pour un maximum d’efficacité, nous suggérons de faire une galerie Rapid ID 32 E accompagnée d’un AST pour les échantillons se positivant avant midi. Et pour les échantillons se positivant après midi, nous pensons qu’il serait plus judicieux de faire un AST avec une ID Vitek®2. Notons que le pourcentage de bonnes identifications chute vite pour le Rapid ID 32 E et l’identification au Vitek®2 à cause du nombre de cas limité. Il faudrait compléter le collectif de souches.


61

Détermination de la sensibilité Entérobactéries : Pour ce qui est du Kirby-Bauer : Ensemencé à partir du culot, il y a une discordance mineure (TCG). Cette discordance correspond à une différence de seulement 2 mm au niveau du diamètre entre notre lecture et celle du laboratoire de routine. Ensemencé avec les colonies de 16h30, il y a également une discordance mineure (AMC). Cette discordance correspond à une différence de seulement 1 mm entre notre lecture et celle du laboratoire de routine. L’antibiogramme du Kirby-Bauer ensemencé à partir du culot peut être

lancé car ces discordances ne sont pas significatives. Concernant le Vitek®2 : A partir du culot il n’y a aucune discordance et à partir des colonies de 16h30, il y a une discordance mineure (PIP). L’antibiogramme au Vitek®2 peut être lancé à partir du culot.

Non-fermentatifs : Pour les antibiogrammes en Kirby-Bauer, il n’y a aucune discordance. Concernant le Vitek®2 : A partir du culot, il y a une discordance mineure (ATM). Nos résultats concordent dans 97,7 % des cas. A partir des colonies de 16h30, nous avons répertorié 3 discordances mineures (ATM / GM / ISP), cela représente 15,8 % des cas. Cependant, comme nous n’avons eu qu’un germe non-fermentatif, cela n’est pas significatif. L’antibiogramme au Vitek®2 peut être lancé à partir du culot.

Résumé

Oxydase Spot indole Rapid ID 32 E ID Vitek®2 Antibiogrammes

Bacilles à Gram négatif


62

4 CONCLUSION

Arrivant au terme de ce travail, voici les tests que nous proposons d’effectuer à partir du culot :

Cocci à Gram positif genre staphylocoque Bacilles à Gram négatif Cocci à Gram positif

genre streptocoque

RAPIDEC ® staph Oxydase

Identification au Vitek®2 Identification au Vitek®2 ou Rapid ID 32 E

Nécessite une amélioration de la préparation du culot pour l’identification.

Antibiogramme au Vitek®2 Antibiogramme au Vitek®2

Set 6 en Kirby-Bauer Set 1 ou 5 en Kirby-Bauer

Antibiogramme au Vitek®2 ou en Kirby-Bauer selon les espèces.

En conclusion, il est nécessaire d’évaluer un plus grand collectif de souches afin d’obtenir des données statistiquement plus significatives. Cette nouvelle approche est un gain de temps et de travail indéniable pour l’identification définitive des germes et la détermination de la sensibilité aux antibiotiques. Elle permet entre autres de supprimer la culture agitée. D’un point de vue plus personnel, ce travail nous a permis d’améliorer notre organisation dans le travail pratique. Nous avons également appris à collecter un nombre conséquent de données, de manière claire et structurée, afin de faciliter l’analyse des résultats. Nous avons développé notre esprit de collaboration. Il a fallu faire de telle manière que l’une puisse reprendre facilement le travail de l’autre, car nous travaillions la plupart du temps en alternance, tant pour la partie pratique que lors de la rédaction. Finalement, en rédigeant les dernières pages de ce mémoire, nous réalisons que nous avons énormément appris et sommes très satisfaites de notre travail.


63

5 COÛTS

Durant la partie pratique de notre travail, nous avons relevé tout le matériel utilisé afin d’avoir un aperçu du coût de notre évaluation. Le coût approximatif total de notre recherche s’élève à : 2430,65 Frs. (Cf. pages 100 à 101)

6 REMERCIEMENTS

Nous remercions toutes les personnes qui nous ont aidées durant la réalisation de ce travail, et plus particulièrement Monsieur Christian Durussel et le Docteur Guy Prod’hom pour leurs conseils avisés. Nous remercions la Doctoresse Laurence Senn pour ses renseignements précieux et pour le temps qu’elle nous a accordé. Un grand merci au personnel du laboratoire de bactériologie du CHUV pour leur accueil et leur appui durant nos 6 mois de stage.

Figure 23 : Remerciements


64

7 RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES

Liste de références bibliographiques : • Biomérieux. (Janvier 2006). VITEK®2 Informations produit. Etats-Unis : (s.n.) • Delaloye, J. Baumgartner, J.-D. & Calandra, T. (2006). Sepsis sévère et choc

septique. Revue Médicale Suisse, 2, 896-902. • International Sepsis Forum. (Juin 2004). Pour une meilleure compréhension du

sepsis. E.Lilly In Sepsis.com [Page Web]. Accès : http://www.sepsisforum.org/PDF%20Files/Frenchfinal.pdf (page consultée le 11 février 2008)

• IMU-BAC. (2002a). Antibiogramme selon la méthode Kirby-Bauer. BAC_PR_064

[Intranet-CHUV, VDOC].(p.1-3) Lausanne • IMU-BAC. (2004a). Atb-Api systèmes d'identification. BAC_PR_076/ [Intranet-

CHUV, VDOC].(p.1) Lausanne • IMU-BAC. (2002b). Bile-esculine. BAC_PR_078 [Intranet-CHUV, VDOC].(p.1)

Lausanne • IMU-BAC.(2007a).Cahier de stage. (p.26-27). Lausanne • IMU-BAC. (2006a). Dnase. MIL_PR_040 [Intranet-CHUV, VDOC].(p.1) Lausanne • IMU-BAC. (2007b). Gélose chromogène urine USB, BAC_PR_124 [Intranet-CHUV,

VDOC]. (p.1) Lausanne • IMU-BAC. (2007c). Haut niveau de résistance aux aminosides (HNRA) :

Entérocoques. BAC_PR_071[Intranet-CHUV, VDOC].(p.1-3) Lausanne • IMU-BAC. (2004b). PYR. BAC_PR_105 [Intranet-CHUV, VDOC].(p.1) Lausanne • IMU-BAC. (2004c). Rapidec Staph. BAC_PR_106 [Intranet-CHUV, VDOC].(p.1)

Lausanne • IMU-BAC. (2004d). Streptocoques agglutinations. BAC_PR_111 [Intranet-CHUV,

VDOC].(p.1) Lausanne • IMU-BAC. (2006b). Staphaurex Plus. BAC_PR_144 [Intranet-CHUV, VDOC].(p.1)

Lausanne • MacArthur, R. Miller, M. Albertson, T. Panacek, E. Johnson, D. Teoh, L. & Barchuk,

W.(2004). Adequacy of Early Empiric Antibiotic Treatment and Survival in Severe Sepsis :Experience from the MONARCS Trial. Brief Report, 38, 284-288.


65

• Pittet, D. & Harbarth, S. (2004). Bactériémies à MRSA : contexte épidémiologique et stratégie préventive. Swiss-NOSO. [Page Web], volume11, n° 1, Accès : http://www.chuv.ch/swiss-noso/f111a2.htm (page consultée le10 février 2008)

• Senn, L. (2008). Surveillances des bactériémies au CHUV 2002-2007 [polycopié].

Lausanne : CHUV • Trampuz, A. & Zimmerli, W. (23 août 2003).Pathogenèse et traitement de la

septicémie. Forum Med Suisse. [Page Web], n° 35, 811. Accès : http://www.medicalforum.ch/pdf/pdf_f/2003/2003-35/2003-35-321.PDF (page consultée le 10 février 2008)

• Vulgaris-medical. (s.d.). Vulgaris-médical[Page Web]. Accès : http://www.vulgaris-

medical.com/ (Page consultée le 10 février 2008) • Yersin, M-N. & Delisle M-J.(2004). Milieux de cultures [polycopié]. Lausanne:

Ecole supérieure de la santé Liste bibliographique : • Augé, Gillon, Hollier-Larousse, Moreau et Cie (1968). Nouveau petit Larousse. Paris :

Librairie Larousse • Clinical and Laboratory Standards Institute. (2007). Performance standards for

antimicrobial susceptibility testing ; Seventeenth informational supplement – M100-S17. Wayne,USA : (s.n.)

• Freney J., Renaud F., Hansen W. & Bollet C. (1992). Manuel de bactériologie

clinique :volume 1. Paris :Edition Scientifique Elsevier • Hémoculture. (18janvier 2008).In Wikipédia, l’encyclopédie libre. [Page Web].

Accès : http://fr.wikipedia.org/wiki/H%C3%A9moculture (page consultée le10 février 2008)

• Lépine, P. (1952). Dictionnaire français-anglais des termes médicaux et biologiques.

Paris : Editions médicales Flammarion • Nauciel, C.& Vildé, J.-L. (2005). Bactériologie médicale (2è éd.). Paris : Masson • Vallet, B., Leclerc, J., Nieuviarts, R. & Sokoloff. A. (2000). Infections foudroyantes :

stratégie de prise en charge initiale. In SFAR Société Française d’Anesthésie et de Réanimation [Page Web]. Accès : http://www.sfar.org/sfar_actu/mu00/html/mu00_01/ur00_01.htm#46213 (page consultée le 11 février 2008)

http://www.sfar.org/sfar_actu/mu00/html/mu00_01/ur00_01.htm#46213


66

Table des Illustrations :

Numéro Titre Source

Titre Bouteilles d’hémocultures http://www.bd.com/ds/productCenter

Figure 1 Principaux microorganismes responsables de bactériémies http://www.chuv.ch/swiss-noso

Figure 2 Episodes de bactériémies Senn, (2008)

Figure 3 Automate bactec http://www.sinhviet.com

Figure 4 Bouteille d’hémoculture http://www.laboklin.de

Figure 5 Gélose Mac-Conkey http://www.madsci.org

Figure 6 Exemple de Gram http://www.ifremer.fr

Figure 7 Erlen-Meyer http://pages.usherbrooke.ca

Figure 8 Test Staphaurex Plus Photographie

Figure 9 Cocci à gram positif en amas http://www.microbelibrary.org

Figure 10 Cocci à gram positif en chaînettes http://www.microbes-edu.org

Figure 11 Bacilles à gram négatif http://www.suite101.com

Figure 12 Antibiogramme en Kirby-Bauer Photographie

Figure 13 PYR positif Photographie

Figure 14 Galerie Rapid ID 32 strep. Photographie

Figure 15 E-test Photographie

Figure 16 E-test Photographie

Figure 17 Spot indole Photographie

Figure 18 Panneau « Travail en aveugle » http://www.clipart-fr.com

Figure 19 Culot 1 après la première centrifugation Photographie

Figure 20 Culot 2 après la première centrifugation. Photographie

Figure 21 Culot 1 après la deuxième centrifugation. Photographie

Figure 22 Culot 2 après la deuxième centrifugation. Photographie

Figure 23 Remerciements http://www.arenaflowers.com

Figure 23 Annexes http://www.paperplane.net


67

8 LEXIQUE

Iatrogène Occasionné par le traitement médical.

c · min -1 c = Cycle.

PaCO2 Pression partielle artérielle en CO2.

mmHg Cette unité de mesure est utilisée en médecine sous son appellation « millimètre de mercure » pour qualifier la tension artérielle.

Bâtonnet Sorte de globule blanc jeune qui est capable de détruire les bactéries. Leur nombre est augmenté en cas d’infection.

Page 3

Pression artérielle systolique Valeur de la pression artérielle au moment de la systole cardiaque c'est à dire au moment de la contraction ventriculaire.

Pollakiurie Emission à fréquence excessive et en petite quantité d’urine.

Dysurie Emission difficile et douloureuse d’urine.

Page 4

Asepsie Absence de contamination microbiologique.

CHUV Centre Hospitalier Universitaire Vaudois.

Ruthénium Elément chimique faisant partie des métaux du groupe du platine.

Page 5

Episode Chez un même patient, un épisode est défini par des hémocultures positives survenant au moins 72 heures après les dernières hémocultures positives.

Page 6 Etiologique Etiologie = Etude de ce qui provoque les maladies.

Page 7 TAB Technicien(ne) en Analyses Biomédicales.

Tube Falcon Tube en plastique de forme conique.

NaCl Chlorure de sodium.

Erlenmeyer Récipient constitué d’une base conique et d’un col cylindrique utilisé en verrerie de laboratoire.

Page 8

MHB Bouillon de Mueller-Hinton.

Page 11 CMI Concentration minimale inhibitrice.

GS Gélose au sang humain.

Hémolyse Destruction des globules rouges.

GSM Gélose au sang de mouton.

Page 12

MCK Gélose Mac-Conkey.


68

MH Gélose Mueller-Hinton.

MHS Gélose Mueller-Hinton au sang.

USB Urine Screening of Bacteria.

Chromogène Qui produit de la couleur.

Primoculture Première culture bactérienne faite à partir du prélèvement de base.

Subculture Culture secondaire.

Uricult Support gélosé ou à été fait la primoculture urinaire.

Page 13

Cytométrie de flux. Technique permettant de caractérisé les cellules en fonction des molécules qu’elles portent à leur surface.

Particules de latex sensibilisés

Particule dont la surface est recouverte de fibrinogène humain et d’anticorps monoclonaux.

ADN Acide désoxyribonucléique.

Page 14

HCL Acide chlorhydrique.

Page 15 Mac-farland Echelle pour ajuster la turbidité des suspensions bactériennes afin que le nombre de bactéries soit dans une certaine fourchette. Mac-Farland 0.5 = 1.5 X 108 germes par millilitre.

Page 17

ID Identification.

Page 19 E-test Bandelette plastifiée contenant un gardien de concentration d’un antibiotique.

Diplo Diplocoque.

B- Bacille à Gram négatif (rose à la coloration de Gram).

Page 22

C+ Cocci à Gram négatif (violet à la coloration de Gram).

Page 23 Vortex Appareil servant à mélanger des tubes.

ABG Antibiogramme. Page 26

PP Plaque de pureté.

J1 Jour 1.

Grp

Groupe.

Page 28

Pneumo Pneumocoque.

E Entérocoque. Page 40

S Streptocoque.


69

Antibiotiques :

Abréviations : Nom complet :

AM Ampicilline

AMC Augmentin ou Amoxicilline/acide clavulanique

AMX Amoxicilline

AN Amikacine

ATM Aztreonam

CAZ Ceftazidime

CC Clindamycine

CCE Antagonisme entre CC (Clindamycine) et E (Erythromycine)

CF Cefalotine

CIP Ciprofloxacine

CL Colistine

CLR Clarithromycine

CPD Cefpodoxime

CPO Cefpirome

CRO Ceftriaxone

CTX Cefotaxine

CXM Cefuroxime voie orale ou parentérale.

E Erythromycine

ETP Ertapenem

FA Acide Fucidique

FEP Cefepime

FM Nitrofurantoine

FOS Fosfomycine

FOX Céfoxitine

GM Gentamicine

GM120 Gentamicine high ou Gentamicine 120 μg


70

IPM Imipenem

ISP Isepamicine

KNH Kanamycine high ou Kanamycine 1000 μg

LVX Levofloxacine

LZD Linezolide

MEM Meropenem

MUP Mupirocine

MXF Moxifloxacine

NET Netilmicine

NN Tobramycine

NOR Norfloxacine

OFX Ofloxacine

OX Oxacilline

P Pénicilline

PFX Pefloxacine

PIP Piperacilline

RA Rifampicine

SAM Ampicilline/ Sulbactam

STRH Streptomycine high ou Streptomycine 500 μg

SXT Co-trimoxazole

SYN Dalfopristine/Quinupristine

TE Tetracycline

TEC Teicoplanine

TGC Tigecycline

TIC Ticarcilline

TIM Ticarcilline/acide clavulanique

TZP Piperacilline/Tazobactam

VA Vancomycine


71

9 ANNEXES

Lexique des annexes Pages 72 à 73

Annexes I : liste des échantillons Pages 74 à 75

Annexes II : les staphylocoques

Identification Pages 76 à 77 Antibiogramme Pages 78 à 86

Annexes III :tableaux des streptocoques


Annexes IV :tableaux des bacilles à Gram négatif


Annexes V : Matériel et coûts Pages 100 à 101

Figure 23 : Annexes


72

Abréviations utilisées dans les annexes Bactéries

Abréviations : Nom complet :

ENTCLO Enterobacter cloacae

ESCCOL Escherichia coli

ETC Enterococcus

KLEOXY Klebsiella oxytoca

KLEPNE Klebsiella pneumoniae

PSEAER Pseudomonas aeruginosa

RAORN Raoultella ornithinolytica

STAAUR Staphylococcus aureus

STAEPI Staphylococcus epidermidis

STAHAE Staphylococcus haemolyticus

STASCHLEI Staphylococcus schleiferi

STC Streptococcus

STCPNE Streptococcus pneumoniae

Autres abréviations

AEH Aérobie

ANH Anaérobie

MRSA Methicillin resistant Staphylococcus aureus

MRSE Methicillin resistant Staphylococcus epidermidis

MSSA Methicillin sensible Staphylococcus aureus

MSSE Methicillin sensible Staphylococcus epidermidis

R Resistant

S Sensible

I Intermédiaire


73

Pour les tableaux des antibiogrammes Pour l’interprétation des CMI et des diamètres, nous avons utilisé le manuel suivant: Performance standards for antimicrobial susceptibility testing ; Seventeenth informational supplement, Janvier 2007. Nous avons comparé nos résultats avec ceux obtenus par la méthode de référence. Les discordances sont séparées en 3 catégories : • Les discordances mineures • Les discordances majeures • Les discordances très majeures.

Méthode de référence Méthode testée

Mineures S I I S R I I R

Majeures S R

Très Majeures R S

74

Annexe I : Les échantillons :

Staphylocoques

N°Molis Bouteille Particularités/Difficultés Identification

MI05-7018 ANH - Staphylococcus aureus

MI06-1088 AEH - Staphylococcus aureus

MI06-2271 AEH Mauvaise ID3-->refaire Staphylococcus epidermidis

MI06-2282 ANH - Staphylococcus epidermidis

MI06-3068 AEH Mauvaise ID3-->refaire Staphylococcus epidermidis


MI06-7148 AEH Culot hémorragique.--> 2 lyses avec NH4Cl + fait 2 tubes car pas assez de matériel G.morbillorum -->strepto.

MI07-2197 ANH - MIXTE --> STOP

MI07-2229 AEH Culot hémorragique.--> 2 lyses avec NH4Cl Staphylococcus haemolyticus

MI07-2230 AEH Culot hémorragique.--> 2 lyses avec NH4Cl Staphylococcus haemolyticus




MI08-3055 AEH - Staphylococcus scheiferi

MI08-3051 AEH Culot hémorragique.--> 2 lyses avec NH4Cl Staphylococcus epidermidis

MI08-3052 AEH - Staphylococcus epidermidis

MI08-3250 AEH Culot hémorragique.--> 2 lyses avec NH4Cl Staphylococcus aureus

MI08-3251 AEH Culot hémorragique.--> 2 lyses avec NH4Cl Staphylococcus aureus



Streptocoques

N°Molis Bouteille Particularités Identification

MI06-1067 ANH - Enterococcus gallinarum

MI06-2097 AEH - Streptococcus pneumoniae

MI06-3275 AEH Culot hémorragique.--> 2 lyses avec NH4Cl , petit culot Enterococcus faecalis

MI07-4120 AEH Petit culot Enterococcus faecium

MI07-4384 AEH - Streptococcus pneumoniae

MI08-1172 AEH Culot hémorragique.--> 2 lyses avec NH4Cl , petit culot Enterococcus faecium

MI08-2060 ANH - Streptococcus dysequimisilis

l AEH - Streptococcus pneumoniae

Bacilles Gram -

N°Molis Bouteille Particularités Identification

MI06-1092 AEH Culot hémorragique.--> 2 lyses avec NH4Cl Pseudomonas aeruginosa

MI06-3046 AEH Culot hémorragique.--> 2 lyses avec NH4Cl , petit culot Escherichia coli

MI07-1065 ANH - Klebsiella oxytoca

MI07-2151 ANH - Escherichia coli



MI07-7125 AEH - Klebsiella oxytoca

MI08-1159 ANH - MIXTE --> STOP

MI08-1173 ANH - Klebsiella oxytoca

MI08-3068 AEH - Enterobacter cloacae

75

Annexe II : Les staphylocoques :

Annexes II.I : identification par la nouvelle méthode Nouvelle méthode JOUR 0 JOUR 1 JOUR 2

Echantillons Rapidec Staphaurex Plus GP Identification FOX GP Identification Staphaurex

Plus Dnase FOX GP Id.

J1) MI05-7018 + + Staaur Excellente/ 98,78 18 Staaur Excellente/ 99,00 + 18

J2) MI06-1088 + + Staaur Excellente/ 99,00 Pas lisible Staaur Excellente/ 99,00 + 28

J4) MI06-2271 Douteux +/- Staepi Excellente/ 96,5 11(peu lisible) Mauvaise Discrimination basse - - 23 Staepi Exc/ 96,62

J4) MI06-2282 + + Staepi Très bonne/ 93,86 14 (peu lisible) Stasim Excellente/ 98,67 - - 18

J4) MI06-3068 Douteux +/- Staepi Très bonne/ 94,17 14 Mauvaise Discrimination basse + - 16 Staepi Exc/ 98,44

J4) MI06-3138 + + Staaur Excellente/ 98,78 18 Staaur Excellente/ 99,00 + 26

J8) MI07-2229 - - Stahae Excellente/ 99,00 R Stahae Excellente/ 99,00 - R

J8) MI07-2230 - - Stahae Très bonne/ 95,00 R Stahae Excelllente/ 99,00 - R

J9) MI07-4068 + - Staaur Excellente/99,00 16 Staaur Excelllente/ 99,00 + 23

J9) MI07-4069 + - - Profil biochim. Négatif 18 Staaur Excelllente/ 99,00 + 23

J10) MI07-4321 + - Staaur Excellente/98,78 18 Staaur Excelllente/ 99,00 + 26

J13) MI08-3055 - + Staschlei Discri basse/50,55 Pas lisible Staschlei Excellente/97,86 - 27

J14)MI08-3051 - - Staepi Excellente/ 97,05 13 Staepi T.bonne 95,00 - 14

J14)MI08-3052 - - Mauvaise Discrimination basse 14 Staepi Excellente/97,05 - 14

J14)MI08-3250 + + Staaur Excellente/ 97,28 19 Gemsang Acceptable/86,03 + 26 Staaur Exc/ 99,00

J14)MI08-3251 + + Staaur Très bonne/ 93,00 21 Gemsang Acceptable/86,04 + 28

J14)MI08-3306 + + Staaur Excellente/99,00 21 Staaur Excellente/99,00 + 24

J14)MI08-3307 + + Staaur Bonne/ 90,14 20 Staaur Excellente/99,01 + 24

76

Annexe II.II : identification par la méthode actuelle

Méthode actuelle JOUR 0 culot JOUR 1 colonies Diagnostique définitif

Echantillons Rapidec GP Identification Staphaurex Plus Dnase Diagnostic définitif MRSA, MSSA, MRSE, MSSE

J1) MI05-7018 + + + staaur MSSA


J4) MI06-2271 - - - staepi MRSE

J4) MI06-2282 - Staepi Très bonne/ 94,67 - - staepi MRSE

J4) MI06-3068 - Staepi Très bonne/ 95,00 - - staepi MRSE


J8) MI07-2229 -/douteux Stahae Excellente/ 99,00 - - stahae R

J8) MI07-2230 -/douteux Stahae Excellente/ 99,01 - - stahae R




J13) MI08-3055 - Staca/Staschlei Basse/ 50,00 - + Staschlei S

J14)MI08-3051 - Staepi Excellente/ 97,36 - - staepi MRSE

J14)MI08-3052 - Staepi Excellente/ 97,37 - - staepi MRSE

J14)MI08-3250 + Staaur Excellente/ 99,00 + - staaur MSSA

J14)MI08-3251 + Staaur Excellente/ 99,00 + - staaur MSSA

J14)MI08-3306 + + + staaur MSSA

J14)MI08-3307 + + + staaur MSSA

77

Annexe II.III : antibiogrammes

J1) MI05-7018 : Staphylococcus aureus J2) MI06-1088 : Staphylococcus aureus

Culot Colonies: 16h30 Méthode de référence Culot Colonies: 16h30 Méthode de référence

LZD 1 S 2 S 1 S 2 S 1 S 1 S P >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R OX <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S FOX screen NEG - NEG - NEG - NEG - NEG - NEG - GM <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S NN <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S E <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S CC <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S SYN <=0.25 S <=0.5 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S NOR 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.5 S 1 S 1 S CIP <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S LVX <=0.12 S <=0.12 S <=0.12 S <=0.12 S <=0.12 S <=0.12 S MXF <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S FM <=16 S <=32 S 32 S <=16 S <=16 S <=16 S TEC <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S VA <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S TE <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S SXT <=10 S <=10 S <=10 S <=10 S <=10 S <=10 S FOS <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S FA <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S RA <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S

AS

T-P

549

MUP <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S FOX 30 S 28 S 32 S 30 S 30 S 30 S CLR 26 S 25 S 26 S 30 S 28 S 30 S CC 25 S 25 S 28 S 26 S 28 S 28 S SXT 30 S 30 S 30 S 32 S 30 S 31 S OX 19 S 19 S 18 S 22 S 20 S 21 S P 14 R 15 R 12 R TGC 19 S 21 S 22 S 22 S

KIR

BY S

et 6

CCE - S - S - S - S - S - S

78

J4) MI06-2271 : Staphylococcus epidermidis J4) MI06-2282 : Staphylococcus epidermidis


LZD 1 S 1 S 1 S 1 S 1 S 1 S P >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R OX >=4 R >=4 R >=4 R >=4 R >=4 R >=4 R FOX screen POS + POS + POS + POS + POS + POS + GM <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S 1 S 1 S 1 S NN 2 S 2 S 2 S <=1 S <=1 S <=1 S E <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S >=8 R >=8 R >=8 R CC <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S 4 R <=0.25 S <=0.25 S SYN 0.5 S <=0.25 S 0.5 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S NOR >=16 R >=16 R >=16 R >=16 R >=16 R >=16 R CIP 4 R 4 R 4 R 4 R 4 R 4 R LVX 4 I 4 I 4 I 4 I 4 I 4 I MXF 1 S 1 S 1 S 1 S 1 S 1 S FM <=16 S <=16 S <=16 S <=16

AS

T-P

549

S <=16 S <=16 S TEC 16 I 8 S 8 S 2 S 4 S 2 S VA 2 S 2 S 2 S 2 S 2 S 2 S TE >=16 R >=16 R >=16 R 2 S 2 S 2 S SXT <=10 S <=10 S <=10 S 160 R 80 R 80 R FOS >=128 R >=128 R >=128 R <=8 S <=8 S <=8 S FA >=32 R >=32 R >=32 R 16 I >=32 R >=32 R RA <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S MUP <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S FOX 9 R 11 R 12 R 14 R 18 R 18 R CLR 28 S 28 S 32 S 6 R 6 R 6 R CC 28 S 28 S 32 S 28 R 27 R 30 R SXT 24 S 26 S 24 S 6 R 6 R 6 R OX 6 R 6 R 6 R 6 R 6 R 6 R P 8 R 10 R 12 R 14 R 14 R 16 R TGC 24 S 22 S

KIR

BY S

et 6

CCE - S - S - S + R + R + R

79

J4) MI06-3068: Staphylococcus epidermidis J4) MI06-3138: Staphylococcus aureus


LZD 1 S 1 S 1 S 1 S 2 S 2 S P >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R OX >=4 R >=4 R >=4 R <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S FOX screen POS + POS + POS + NEG - NEG - NEG - GM 1 S 1 S 4 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S NN <=1 S <=1 S >=4 S <=1 S <=1 S <=1 S E >=8 R >=8 R >=8 R <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S CC <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S SYN <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S NOR >=16 R >=16 R >=16 R <=0.25 S 0.5 S 0.5 S CIP 4 R 4 R 4 R <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S LVX 4 I 4 I 4 I <=0.12 S <=0.12 S <=0.12 S MXF 1 S 1 S 1 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S FM <=16 S <=16 S <=16 S 32 S 32 S <=16 S TEC 4 S 4 S 4 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S VA 2 S 2 S 2 S <=1 S <=1 S <=1 S TE 2 S 2 S 2 S <=1 S <=1 S <=1 S SXT 80 R 80 R 80 R >=320 R >=320 R >=320 R FOS <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S FA >=32 R >=32 R 16 I <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S RA <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S

AS

T-P

549

MUP <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S FOX 14 R 15 R 20 R 28 S 30 S 30 S CLR 6 R 6 R 6 R 28 S 28 S 29 S CC 27 R 26 R 32 R 24 S 26 S 26 S SXT 6 R 6 R 6 R 22 S 22 S 22 S OX 6 R 6 R 6 R 20 S 18 S 17 S P 14 R 14 R 20 R 12 R 13 R 16 R TGC 22 S 20 S 20 S

KIR

BY S

et 6

CCE + R + R + R - S - S - S

80

J8)MI07-2229 : Staphylococcus haemolyticus J8) MI07-2230 : Staphylococcus haemolyticus


LZD 4 S 2 S 2 S Correction biologique 4 S 2 S P >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R OX >=4 R >=4 R >=4 R >=4 R >=4 R >=4 R FOX screen POS + POS + POS + POS + POS + POS + GM >=16 R >=16 R >=16 R >=16 R >=16 R 8 I NN >=16 R 8 I 8 I >=16 R >=16 R 4 S E >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R CC <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S SYN 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.5 S NOR >=16 R >=16 R >=16 R >=16 R >=16 R >=16 R CIP >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R LVX >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R MXF 4 I 4 I 4 I >=8 R 4 I 4 I FM 32 S 32 S <=16 S 32 S 32 S 32 S TEC 16 I >=32 R >=32 R >=32 R >=32 R >=32 R VA 2 S 4 S 2 S 8 I 4 S 4 S TE >=16 R >=16 R >=16 R >=16 R >=16 R >=16 R SXT >=320 R >=320 R >=320 R >=320 R >=320 R 160 R FOS >=128 R >=128 R >=128 R >=128 R >=128 R >=128 R FA >=32 R >=32 R >=32 R >=32 R >=32 R >=32 R RA <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S

AS

T-P

549

MUP <=2 S <=2 S 4 S <=2 S 4 S 4 S FOX 6 R 6 R 6 R 6 R 6 R 6 R CLR 8 R 8 R 8 R 6 R 6 R 8 R CC 28 S 28 S 30 S 28 S 28 S 30 S SXT 6 R 6 R 6 R 6 R 6 R 6 R OX 6 R 6 R 6 R 6 R 6 R 6 R P 6 R 6 R 6 R 6 R 6 R 6 R TGC

KIR

BY S

et 6

CCE - S - S - S - S - S - S

81

J9) MI07-4068 : Staphylococcus aureus J9)MI07-4069 : Staphylococcus aureus


LZD 2 S 2 S 2 S 1 S 2 S 2 S P >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R OX <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S FOX screen NEG - NEG - NEG - NEG - NEG - NEG - GM <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S NN <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S E <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S CC <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S 0.5 S SYN <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S NOR 8 I 8 I >=16 R 4 S 8 I >=16 R CIP 1 S 1 S 2 I 1 S 1 S 1 S LVX 0.25 S 0.5 S 1 S 0.25 S 0.25 S 0.5 S MXF <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S FM <=16 S <=16 S <=16 S <=16 S <=16 S <=16 S TEC <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S VA <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S TE <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S SXT <=10 S <=10 S <=10 S <=10 S <=10 S <=10 S FOS <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S FA 16 I 16 I 16 I 16 I 16 I 16 I RA <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S

AS

T-P

549

MUP <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S FOX 30 S 30 S 30 S 30 S 30 S 32 S CLR 30 S 30 S 32 S 30 S 32 S 32 S CC 28 S 30 S 30 S 29 S 30 S 28 S SXT 36 S 36 S 34 S 36 S 34 S 34 S OX 22 S 21 S 20 S 22 S 22 S 20 S P 16 R 17 R 17 R 18 R TGC 24 S 23 S 21 S 21 S

KIR

BY S

et 6

CCE - S - S - S - S - S - S

82

J10) MI07-4321 : Staphylococcus aureus J13) MI08-3055 : Staphylococcus schleiferi


LZD 2 S 2 S 2 S 1 S 1 S P >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R <=0.03 S <=0.03 S OX <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S FOX screen NEG - NEG - NEG - NEG - NEG - GM <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S NN <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S E <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S CC <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S SYN <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S NOR <=0.25 S 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.5 S CIP <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S LVX <=0.12 S <=0.12 S <=0.12 S <=0.12 S <=0.12 S MXF <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S FM 32 S 32 S <=16 S <=16 S <=16 S TEC <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S 2 S <=0.5 S VA <=1 S <=1 S <=1 S 2 S <=1 S TE <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S SXT <=10 S <=10 S <=10 S <=10 S <=10 S FOS <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S FA <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S RA <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S

AS

T-P

549

MUP <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S FOX 32 S 30 S 32 S 34 S 34 S CLR 30 S 30 S 28 S 29 S 28 S CC 30 S 28 S 29 S 28 S 26 S SXT 34 S 32 S 32 S 29 S 28 S OX 18 S 18 S 19 S 24 S 26 S P 12 R 14 R 40 S 40 S TGC 23 S 24 S

KIR

BY S

et 6

CCE - S - S - S - S

Pas

ass

ez p

ouss

é.

- S

83

J14) MI08-3051 : Staphylococcus epidermidis J14) MI08-3052 : Staphylococcus epidermidis


LZD 1 S 2 S 2 S 1 S 1 S 2 S P >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R OX >=4 R >=4 R >=4 R >=4 R >=4 R >=4 R FOX screen POS + POS + POS + POS + POS + POS + GM <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S NN <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S E >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R CC <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S SYN <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S NOR >=16 R >=16 R >=16 R >=16 R >=16 R >=16 R CIP >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R LVX >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R MXF 2 S 4 I 4 I 2 S 4 I 4 I FM <=16 S <=16 S <=16 S <=16 S <=16 S <=16 S TEC 2 S 4 S <=0.5 S 1 S <=0.5 S <=0.5 S VA 2 S 2 S 2 S 2 S 2 S 2 S TE <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S SXT <=10 S <=10 S <=10 S <=10 S <=10 S <=10 S FOS <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S FA <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S RA 1 S 1 S <=0.5 S <=0.5 S 1 S <=0.5 S

AS

T-P

549

MUP <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S FOX 10 R 12 R 6 R 14 R 14 R 12 R CLR 6 R 6 R 6 R 6 R 6 R 6 R CC 32 S 32 S 35 S 32 S 32 S 32 S SXT 32 S 32 S 33 S 34 S 30 S 36 S OX 6 R 6 R 6 R 6 R 8 R 6 R P 8 R 12 R 6 R 14 R 14 R 14 R TGC

KIR

BY S

et 6

CCE - S - S - S - S - S - S

84

85



LZD 4 S 2 S 4 S 2 S P >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R >=0.5 R OX 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.5 S FOX screen NEG - NEG - NEG - NEG - GM <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S NN <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S E 0.5 S <=0.25 S 0.5 S <=0.25 S CC <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S SYN <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S NOR <=0.25 S 2 S 0.5 S 2 S CIP <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S LVX <=0.12 S <=0.12 S <=0.12 S <=0.12 S MXF <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S FM 32 S 32 S 64 I 32 S TEC <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S VA <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S TE <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S SXT <=10 S <=10 S <=10 S <=10 S FOS <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S FA <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S RA <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S

AS

T-P

549

MUP <=2 S

Cro

issa

nce

insu

ffisa

nte

dans

le

puits

con

trôle

pos

itif.

<=2 S <=2 S

Cro

issa

nce

insu

ffisa

nte

dans

le

puits

con

trôle

pos

itif.

<=2 S FOX 31 S 28 S CLR 28 S 26 S CC 30 S 31 S SXT 30 S 32 S OX 17 S 18 S P TGC 27 S 28 S

KIR

BY S

et 6

CCE

Pas poussé. Pas poussé.

- S

Pas poussé. Pas poussé.

- S



LZD 2 S 2 S 2 S 2 S 2 S 2 S P <=0.03 S 0.12 S 0.12 S <=0.03 S 0.12 S 0.12 S OX <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S FOX screen NEG - NEG - NEG - NEG - NEG - NEG - GM <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S NN <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S E <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S CC <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S SYN 0.5 S 0.5 S <=0.25 S <=0.25 S 0.5 S <=0.25 S NOR 0.5 S 1 S 2 S 0.5 S 2 S 2 S CIP <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S LVX <=0.12 S 0.25 S 0.25 S <=0.12 S 0.25 S 0.25 S MXF <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S FM <=16 S 32 S <=16 S 32 S 32 S <=16 S TEC <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S VA <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S TE <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S SXT <=10 S <=10 S <=10 S <=10 S <=10 S <=10 S FOS <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S <=8 S FA <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S RA <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S

AS

T-P

549

MUP <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S FOX 32 S 30 S 28 S 30 S 30 S 28 S CLR 28 S 26 S 28 S 26 S 26 S 28 S CC 28 S 26 S 28 S 26 S 26 S 28 S SXT 30 S 28 S 29 S 28 S 30 S 30 S OX 26 S 24 S 23 S 24 S 24 S 25 S P >40 S >40 S TGC 20 S 21 S 20 S 22 S

KIR

BY S

et 6

CCE - S - S - S - S - S - S

86

Annexe II : Les streptocoques :

Annexes III.I : identification par la nouvelle méthode

JOUR 0 JOUR1 Nouvelle méthode ETC

Echantillons Agglut. Radip ID Identification PYR Opto/oxa Opto/oxa PYR Bile-esc. NaCl 6.5%

Confirmation ID avec PM ana. USB

J1) MI06-1067 Groupe D Etc.gallinarum Très bonne + R/R R/R + + + Turquoise

J2) MI06-2097 Pneumo Abio. defe/ Str. Pneu Faible discrimin. - Pas poussé 16/24 - - -

J4) MI06-3275 Groupe D Etc. faecalis Profil douteux + R/R R/R + + + OK. ID excellente. Truquoise

J10) MI07-4120 Pneumo Etc. avium profil douteux - R/R R/R + + + Etcfae, très bonne ID Turquoise

J10) MI07-4384 Pneumo Str. Salivarus Id. non fiable - 16/R 16/R - - -

J12) MI08-1172 Aucune Etc.faecium Profil douteux - R/R R/R + + + Turquoise

J12) MI08-2060 Groupe G Str.dys.equisimilis Bonne - R/16 R/18 - - -

J13) MI08-2059 Pneumo Stcpne/ Stcbovis Profil douteux - 18/24 15/21 - - -

87

Annexes III.II : identification par la méthode actuelle

JOUR 0 culot JOUR 0 bouillon JOUR 1 colonies Dagnostic définitif Laboratoire de routine ETC

Echantillons Agglut. Opto Bile-esc. NaCl 6.5% GP Rapid ID Identification Pyr USB

J1) MI06-1067 Aucune + + Etc.gallinarum Excellente/ 98,67 + Turquoise Enterococcus gallinarum

J2) MI06-2097 Pneumo 17 - - Streptococcus pneumoniae

J4) MI06-3275 Groupe D R + + Etc. faecalis Excellente/ 99,00 + Turquoise Enterococcus faecalis

J10) MI07-4120 Pneumo R + + Etc.faecium Excellente/ 98,97 + Turquoise Enterococcus faecium

J10) MI07-4384 Pneumo 15 - - Streptococcus pneumoniae

J12) MI08-1172 Aucune R + + Etc.faecium + Turquoise Enterococcus faecium

J12) MI08-2060 Groupe G Strdysequi Bonne Streptococcus dys.equisimilis

J13) MI08-2059 Pne/ Grp C 17 - - Streptococcus pneumoniae

88

Annexes III. III : antibiogrammes entérocoque

MI06-1067 : Enterococcus gallinarum J4) MI06-3275 : Enterococcus faecalis Culot Colonies: 16h30 Méthode de référence Culot Colonies: 16h30 Méthode de référence

LZD 2 S 2 S 2 S <=0.5 S 2 S 2 S P 1 S 1 S 1 S 4 S 4 S AM <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S SAM <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S CXM >=64 R >=64 R >=64 R >=64 R >=64 R CXM Axetil >=64 R >=64 R >=64 R >=64 R >=64 R IPM <=1 S <=1 S <=1 S

Valeur initiale trop basse pour analyse sur

ces AB*

<=1 S <=1 S GM High syn -S S syn -S S syn -S S syn -S S syn -S S syn -S S KNH syn -S S syn -S S syn -S S syn -S S syn -R R syn -R R STRH syn -S S syn -S S syn -S S syn -S S syn -R R syn -R R E <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S >=8 R >=8 R CC >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R SYN 1 I 1 I 2 I >=16 R 8 R NOR 2 S 2 S 2 S 8 I 8 I CIP <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S 1 S 1 S LVX 0.5 S 0.5 S 1 S 2 S 2 S MXF <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S

* Idem

0.5 S 0.5 S FM 32 S 32 S 16 S <=0.25 S <=16 S <=16 S TEC <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=16 S <=0.5 S <=0.5 S VA >=32 R >=32 R 16 R <=0.5 S 2 S 2 S TE >=16 R >=16 R >=16 R <=1 S >=16 R >=16 R

AS

T-P

534

SXT <=10 R <=10 R <=10 R *Idem <=10 R <=10 R

GM120 22 S 24 S 25 S 24 S 22 S 18 S

KNH 23 S 27 S 26 S 6 R 6 R 6 R

Am

inos

ides

STRH 21 S 25 S 23 S 6 R 6 R 6 R

89

J10) MI07-4120 : Enterococcus faecium J12) MI08-1172 : Enterococcus faecium Culot Colonies: 16h30 Méthode de référence Culot Colonies: 16h30 Méthode de référence

LZD 1 S 1 S 2 S 2 S 2 S P >=64 R >=64 R 1 S 4 S 4 S AM >=32 R >=32 R <=2 S <=2 S <=2 S SAM >=32 R >=32 R <=2 S <=2 S <=2 S CXM >=64 R >=64 R >=64 R >=64 R >=64 R CXM Axetil >=64 R >=64 R >=64 R >=64 R >=64 R IPM >=16 R >=16 R <=1 S 2 S 4 S GM High SYN-R R SYN-R R SYN-S S SYN-S S SYN-S S KNH SYN-R R SYN-R R SYN-S S SYN-S S SYN-S S STRH SYN-R R SYN-R R SYN-S S SYN-S S SYN-S S E >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R >=8 R CC >=8 R >=8 R 1 I 2 I 2 I SYN 0.5 S 0.5 S 1 S 1 S 1 S NOR >=16 R >=16 R 1 S 1 S 1 S CIP >=8 R >=8 R <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S LVX >=8 R >=8 R 1 S 1 S 1 S MXF >=8 R >=8 R <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S FM 256 R 256 R 64 I 64 I 64 I TEC <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S VA <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S TE <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S

AS

T-P

534

SXT

Pre

mie

re id

pne

umo

-->

pas

fait.

160 R >=320 R <=10 R <=10 R <=10 R

GM120 6 R 6 R 24 S 23 S 24 S

KNH 6 R 6 R 24 S 24 S 23 S

Am

inos

ides

STRH

8 R 9 R 26 S 26 S 24 S

90

Annexes III. IV : antibiogrammes streptocoques

J2) MI06-2097 : Streptococcus pneumoniae J10) MI07-4384 : Streptococcus pneumoniae

Culot Colonies : 16h30 Méthode de référence Culot Colonies : 16h30 Méthode de référence

FOX 36 S 34 S 22 S 20 S 21 S

CLR 32 S 33 S 30 S 30 S 26 S

CC 30 S 28 S 28 S 26 S 24 S

SXT 28 S 28 S 10 R 10 R 12 R

OX 26 S 27 S 6 R 6 R 6 R

SE

T 6

P 38 S 40 S 30 S 28 R 27 R

CCE - S - S - S - S - S

CRO 38 S 40 S 32 S 28 S 29 S

LVX 22 S 24 S 22 S 24 S 21 S

SYN 22 S 23 S 26 S 24 S 21 S

TE 32 S 31 S 36 S 34 S 28 S

LZD 34 S 33 S 32 S 32 S 29 S

KIR

BY

SE

T 7

VA 26 S 27 S 26 S 24 S 22 S

P 0.032 S 0.023 S 0.25 I 0.25 I 0.25 I

CRO 0.032 S 0.016 S 0.5 S 0.5 S 0.25 S

E-T

ES

T

AMX 0.016 S

Pas

ass

ez p

ouss

é.

0.032 S 0.5 S 0.5 S 0.38 S

91

J12) MI08-2060 : Streptococcus dys.equisimilis J13) MI08-2059 : Streptococcus pneumoniae


FOX 26 S 24 S 25 S 30 S 28 S 30 S

CLR 20 S 22 S 25 S 30 S 27 S 27 S

CC 20 I 20 I 22 S 25 S 23 S 23 S

SXT 6 R 6 R 6 R 26 S 22 S 20 S

OX 18 S 20 S 21 S 23 S 21 S 26 S

SE

T 6

P 28 R 30 S 31 S 36 S 35 S 32 S

CCE - S - S - S - S - S - S

CRO 26 S 28 S 28 S 36 S 34 S 31 S

LVX 20 S 22 S 22 S 24 S 21 S 21 S

SYN 18 I 20 S 20 S 21 S 20 S 19 S

TE 18 I 19 S 17 I 28 S 28 S 26 S

LZD 24 S 24 S 25 S 28 S 27 S 24 S

KIR

BY

SE

T 7

VA 20 S 18 S 20 S 24 S 21 S 20 S

P 0.023 S 0.023 S 0.012 S

CRO 0.023 S 0.023 S 0.016 S

E-T

ES

T

AMX 0.023 S 0.016 S 0.016 S

92

Annexe III : Les bacilles Gram négatif :

Annexes IV. I : identification par la nouvelle méthode Nouvelle méthode JOUR 0 JOUR 1 JOUR 2

Echantillons Oxydase Spot indole Rapid ID Identification GN Identification Spot

indol GN Identification GN ID

J2) MI06-1092 + - Pseudo spp Excellente Pseaer Excellente/ 99,00 Pseaer Excellente/ 99,00

J3) MI06-3046 - - Esccol Excellente Esccol Excellente/ 99,00 + Esccol Excellente/ 99,00

J6) MI07-1065 - - Kleoxy faible discrim. Kleoxy Excellente/ 99,00 + Kleoxy Excellente/ 99,00

J7) MI07-2151 - - Esccol Très bonne Esccol T. bonne/ 94,35 + Esccol Excellente/ 99,00

J9) MI07-3302 - - Esccol Excellente Esccol Excellente/ 97,22 + Esccol Excellente/ 97,72

J9) MI07-3305 - - Esccol Excellente Esccol Discri basse/50,00 + Esccol Excellente/ 99,00

J11) MI07-7125 - - Kleoxy Très bonne Kleoxy Excellente/ 99,00 + Kleoxy/Klepneu Discri basse/50,00 Klepneu Excellente 99,00

J11) MI08-1173 - - Kleoxy Très bonne Raoorn Ecxellente/ 99,00 + Raoorn Excellente/ 99,00

J13)MI08-3068 - - Entclo Bonne Entclo Excellente/99,00 - Entclo Excellente/99,00

93

Annexes IV. II : identification par la méthode actuelle

Méthode actuelle JOUR 0 culot JOUR 1 colonies Diagnostique définitif

Echantillons Oxydase Rapid ID Identification Spot indol Rapid ID répétition Identification

J2) MI06-1092 + Pseudo spp Excellente P.aeruginosa

J3) MI06-3046 - Esccol Excellente E.coli

J6) MI07-1065 - Kleoxy Profil douteux + Kleoxy Faible discrimination Klebsiella oxytoca

J7) MI07-2151 - Esccol Très bonne E.coli

J9) MI07-3302 - Esccol Excellente + E.coli

J9) MI07-3305 - Esccol Excellente + E.coli

J11) MI07-7125 - Kleoxy Faible discrimination + Kleoxy Très bonne Klebsiella oxytoca

J11) MI08-1173 ? Kleoxy Bonne + Klebsiella oxytoca

J13)MI08-3068 - Entcloa Bonne - Ent.cloacae

94

Annexes IV. III : antibiogrammes des entérobactéries

J3) MI06-3046 : Escherichia coli J6) MI07 1065 : Klebsiella oxytoca


AM <=2 S <=2 S >=32 R >=32 R >=32 R AMC <=2 S <=2 S <=2 S 4 S 4 S PIP <=4 S <=4 S 8 R 8 R 8 R TZP <=4 S <=4 S <=4 S <=4 S <=4 S CF 4 S 4 S 4 S 8 S 8 S CXM <=1 S 2 S 4 S 4 S 4 S CXM Axetil <=1 S 2 S 4 S 4 S 4 S FOX <=4 S <=4 S <=4 S <=4 S <=4 S CTX+CRO <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S CPD <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S CAZ <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S FEP <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S MEM+IPM <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S AN <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S GM <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S NN <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S VOR <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S CIP <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S OFX <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S FM <=16 S <=16 S <=16 S 32 S 32 S

AS

T-N

020

SXT <=20 S <=20 S <=20 S <=20 S <=20 S AMC 22 S 20 S 24 S 24 S 23 S CAZ 30 S 28 S 28 S 28 S 29 S CRO 32 S 30 S 30 S 31 S 30 S SXT 26 S 26 S 28 S 28 S 30 S ETP 32 S 34 S 34 S 32 S 32 S KI

RBY

Set

1

TGC 22 S

Pas

ass

ez p

ouss

é.

22 S 21 S 21 S 21 S

95

J7) MI07 2151 : Escherichia coli J9) MI07-3302 : Escherichia coli


AM 8 S 8 S 8 S >=32 R >=32 R >=32 R AMC 4 S 4 S 4 S 8 S 4 S 4 S PIP <=4 S <=4 S <=4 S 16 S 8 S 8 S TZP <=4 S <=4 S <=4 S <=4 S <=4 S <=4 S CF 16 I 16 I 16 I 4 S 4 S 4 S CXM 4 S 4 S 4 S 4 S 4 S 4 S CXM Axetil 4 S 4 S 4 S 4 S 4 S 4 S FOX 8 S 8 S 8 S <=4 S <=4 S <=4 S CTX+CRO <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S CPD 0.5 S 0.5 S 0.5 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S CAZ <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S FEP <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S MEM+IPM <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S AN <=2 S <=2 S <=2 S 4 S <=2 S <=2 S GM <=1 S <=1 S <=1 S 2 S <=1 S <=1 S NN <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S VOR <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S >=16 R >=16 R >=16 R CIP <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S >=4 R >=4 R >=4 R OFX <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S >=8 R >=8 R >=8 R FM <=16 S <=16 S <=16 S <=16 S <=16 S <=16 S

AS

T-N

020

SXT <=20 S <=20 S <=20 S >=320 R >=320 R >=320 R AMC 20 S 21 S 21 S 18 S 17 I 18 S CAZ 27 S 27 S 25 S 28 S 28 S 30 S CRO 28 S 30 S 30 S 30 S 30 S 30 S SXT 28 S 29 S 31 S 6 R 6 R 6 R ETP 30 S 31 S 31 S 34 S 33 S 34 S KI

RBY

Set

1

TGC 22 S 22 S 23 S 20 S 21 S 20 S

96

J9) MI07-3305 : Escherichia coli J11) MI07-7125 : Klebsiella oxytoca


AM >=32 R >=32 R >=32 R 16 R 16 R 16 R AMC 16 I 16 I 16 I <=2 S <=2 S <=2 S PIP 64 I >=128 R 64 I <=4 R <=4 R <=4 R TZP <=4 S <=4 S <=4 S <=4 S <=4 S <=4 S CF 16 I 16 I 16 I <=2 S <=2 S <=2 S CXM 4 S 4 S 4 S <=1 S <=1 S <=1 S CXM Axetil 4 S 4 S 4 S <=1 S <=1 S <=1 S FOX <=4 S <=4 S <=4 S <=4 S <=4 S <=4 S CTX+CRO <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S CPD <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S CAZ <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S FEP <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S MEM+IPM <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S AN <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S GM <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S NN <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S VOR <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S CIP <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S OFX <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S FM <=16 S <=16 S <=16 S 64 I 64 I 64 I

AS

T-N

020

SXT <=20 S <=20 S <=20 S <=20 S <=20 S <=20 S AMC 17 I 16 I 16 I 24 S 24 S 24 S CAZ 28 S 27 S 30 S 29 S 28 S 28 S CRO 30 S 30 S 30 S 28 S 29 S 30 S SXT 28 S 28 S 28 S 27 S 28 S 28 S ETP 34 S 34 S 34 S 34 S 32 S 32 S KI

RBY

Set

1

TGC 20 S 21 S 22 S 19 S 20 S 21 S

97

98

J11) MI08-1173 : Klebsiella oxytoca J13) MI08-3068 : Enterobacter cloacae


AM >=8 R >=8 R >=8 R 16 R 16 R 16 R AMC <=2 S <=2 S <=2 S 16 R >=32 R 8 R PIP <=4 R <=4 R <=4 R <=4 S <=4 S <=4 S TZP <=4 S <=4 S <=4 S <=4 S <=4 S <=4 S CF <=2 S <=2 S <=2 S 32 R >=64 R 32 R CXM <=1 S <=1 S <=1 S 4 S 4 S 4 S CXM Axetil <=1 S <=1 S <=1 S 4 S 4 S 4 S FOX <=4 S <=4 S <=4 S >=64 R >=64 R >=64 R CTX+CRO <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S CPD <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S CAZ <=1 S <=1 S <=1 S <=1 R <=1 R <=1 R FEP <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S MEM+IPM <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S AN <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S <=2 S GM <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S NN <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S <=1 S VOR <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S <=0.5 S CIP <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S OFX <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S FM <=16 S <=16 S <=16 S 32 S 32 S 32 S

AS

T-N

020

SXT <=20 S <=20 S <=20 S 20 S 20 S 20 S AMC 24 S 26 S 26 S 8 R 9 R 8 R CAZ 28 S 28 S 30 S 26 S 29 S 26 S CRO 28 S 30 S 30 S 26 S 27 S 26 S SXT 26 S 28 S 28 S 24 S 25 S 24 S ETP 32 S 32 S 32 S 26 S 28 S 28 S KI

RBY

Set

1

TGC 20 S 20 S 20 S 18 I 19 S 20 S

Annexes IV. IV : antibiogrammes des non-fermentatifs

J2) MI06-1092 : Pseudomonas aeruginosa

Culot Colonies : 16h30 Méthode de référence

TIC 32 S 32 S 32 S TIM 16 S 16 S 16 S PIP <=4 S 8 S 8 S TZP 8 S 8 S 8 S ATM 4 S 4 S 16 I CPO 4 S 4 S 4 S CAZ 4 S 4 S 4 S FEP 2 S <=1 S 2 S IPM <=1 S <=1 S <=1 S MEM <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S AN 4 S 8 S 4 S GM 4 S >=8 I 4 S ISP 8 S 16 I 8 S NET 4 S 8 S 8 S NN <=1 S <=1 S <=1 S CIP <=0.25 S 0.5 S <=0.25 S Pefloxacin <=0.25 S <=0.25 S <=0.25 S CL 2 S 1 S <=0.5 S

AS

T-N

022

SXT 160 R 160 R 160 R IPM 32 S 32 S 30 S CAZ 22 S 22 S 24 S TIM 26 S 26 S 26 S PIP 28 S 28 S 30 S TZP 28 S 28 S 28 S KI

RBY

Set

5

LVX 32 S 30 S 34 S

99

Annexes V : Matériel et coûts

Géloses Divers Vitek®2

GS GSM MCK MH USB Dnase MHS Boîte pipette Falcon 15 Boîte

emboutsCartes

GP Cartes

GN Cartes AST

Diluteur Pipeteur NaCl Solution de

suspension Jour 1 2 3 0 7 2 0 0 0 2 0 1 0 4 5 5 5

Jour 2 5 4 4 7 1 0 5 0 4 0 2 1 6 9 9 9

Jour 3 1 1 4 1 0 0 5 0 1 0 1 2 3 6 6 6

Jour 4 8 4 1 15 2 0 0 1 5 0 4 1 11 16 16 16

Jour 5 4 0 0 5 1 1 0 0 0 0 4 0 5 9 9 9

Jour 6 3 1 2 5 0 0 0 0 3 1 3 1 4 8 8 8

Jour 7 2 4 4 4 0 0 6 0 3 0 0 3 4 7 7 7

Jour 8 6 3 1 7 0 0 0 1 3 0 6 1 4 11 11 11

Jour 9 9 2 4 13 0 0 0 0 4 0 5 2 11 18 18 18

Jour 10 4 6 2 5 1 0 15 0 3 0 3 2 7 12 12 12

Jour 11 4 3 6 9 1 0 0 0 4 0 1 3 8 12 12 12

Jour 12 0 5 2 5 2 0 6 0 2 0 0 2 4 6 6 6

Jour 13 3 3 1 2 1 0 10 1 3 1 1 1 3 5 5 5

Jour 14 13 6 1 14 0 0 0 0 6 0 7 1 12 20 20 20

Jour 15 6 0 0 6 0 0 2 0 0 0 6 0 6 12 12 12

Nombre 70 45 32 105 11 1 49 3 43 2 44 20 92 156 156 156

Prix unitaire Frs 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 6.35 0.30 0.75 8.35 8.35 8.35 0.05 0.90 0.05

Prix total Frs 70.00 45.00 32.00 105.00 11.00 1.00 49.00 19.05 12.90 1.50 367.40 167.00 768.20 7.80 140.40 7.80

100

101

Tests et antibiotiques

Staphaurex Rapidec NaCl 6.5% O/F Mobilité Bile-

esculine PYR Agglut. Oxydase Spot Indole

Antibios set E-tests Disques

AB Opto Rapid ID32strep

Rapid ID 32E

Jour 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 2 1 1 0

Jour 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 9 3 2 1 1 1

Jour 3 2 0 0 0 0 0 1 0 1 1 4 3 0 0 0 1

Jour 4 4 4 1 0 0 1 1 1 0 0 9 0 15 1 1 0

Jour 5 4 0 0 0 0 0 1 0 0 1 5 0 0 0 1 0

Jour 6 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 4 0 2 0 0 1

Jour 7 1 0 1 0 0 1 1 1 2 2 10 0 1 1 1 2

Jour 8 3 3 0 0 0 0 0 0 0 1 7 0 3 0 0 0

Jour 9 2 2 0 0 0 0 0 0 2 2 11 0 5 0 0 2

Jour 10 3 1 2 0 0 2 3 2 0 2 15 6 3 2 2 0

Jour 11 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 7 0 3 0 0 3

Jour 12 0 0 2 0 0 2 2 2 0 0 8 0 8 2 3 0

Jour 13 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 6 6 2 1 1 1

Jour 14 7 6 0 0 0 0 1 0 0 1 14 0 6 0 1 0

Jour 15 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0

Nombre 36 20 9 1 1 9 13 9 11 16 118 18 52 9 12 11

Prix unitaire Frs 1.00 2.35 1.50 1.50 1.50 1.50 2.30 14.65 Pas évaluable 0.85 4.65 0.15 0.40 6.95 6.55

Prix total Frs 36.00 47.00 13.50 1.50 1.50 13.50 29.90 131.85 - 100.30 83.70 7.80 3.60 83.40 72.05

COÛT TOTAL FRS : 2430,65.-

Documents

Laboratoire de Bactériologie du CHUV, Lausanneessante.ch/uploads/diplomes/TD-CY-JV-HEMO.pdf · Laboratoire de Bactériologie du CHUV, Lausanne . Février-Mars 2008. Christel Yersin