Note d’orientation sur le diagnostic du paludisme dans les ... · blir le diagnostic et guider la prise en charge clinique du paludisme (1). Dans les pays d’endémie palustre,

WHO/HTM/GMP/2014.7

Note d’orientation sur le diagnostic du paludisme dans les contextes

de faible transmission

Septembre 2014

Table des matières

Table des matières ........................................................................................................................................ 1

Cadre général ................................................................................................................................................ 1

Recommandations de l’OMS sur le diagnostic du paludisme dans les contextes de faible transmission .... 3

Épidémiologie du paludisme dans les contextes de faible transmission ...................................................... 4

Techniques actuelles pour le diagnostic du paludisme par amplification génique ...................................... 4

Choix des techniques de diagnostic du paludisme à utiliser dans les contextes de faible transmission ...... 6

Assurance qualité pour les techniques de diagnostic du paludisme par amplification génique .................. 9

Références .................................................................................................................................................. 11

Cadre général

La microscopie optique et les tests de diagnostic rapide (TDR) sont actuellement recommandés pour éta-blir le diagnostic et guider la prise en charge clinique du paludisme (1). Dans les pays d’endémie palustre, les TDR sont de plus en plus souvent utilisés pour confirmer les cas suspects et mener des enquêtes en population afin de suivre l’évolution de la transmission.

Les techniques d’amplification génique, dont la sensibilité est plusieurs fois supérieure à la microscopie et aux TDR, sont d’usage de plus en plus courant dans les études épidémiologiques et dans les investigations sur l’origine des infections. Elles sont également plus fréquentes dans certaines études spécifiques, comme les analyses de parasitémie effectuées dans le cadre des essais contrôlés sur l’infection palustre chez l’homme, les essais sur l’efficacité des médicaments et la recherche sur la résistance aux médica-ments. Ces techniques servent également à évaluer les nouvelles stratégies et interventions destinées à réduire la transmission, comme l’administration massive de médicaments, le dépistage et le traitement de masse et le dépistage et le traitement focaux.

L’OMS considère aujourd’hui la microscopie de qualité garantie comme la technique de référence pour la prise en charge des patients, même si la réaction de polymérisation en chaîne (PCR) et les autres tech-niques d’amplification génique présentent une sensibilité supérieure. Compte tenu de la demande crois-sante en informations sur le rôle des tests d’amplification génique pour le diagnostic du paludisme, en particulier dans les zones de faible transmission, le Programme mondial de lutte antipaludique de l’OMS a constitué un Groupe d’examen des données probantes sur le diagnostic du paludisme dans les zones de faible transmission, dont les objectifs sont les suivants :

a) examiner les connaissances sur la mesure dans laquelle la parasitémie inframicroscopique pour Plasmodium falciparum et pour P. vivax contribue à la transmission, en particulier dans les zones de faible transmission ;

Note d'orientation sur le diagnostic du paludisme dans un contexte de faible transmission – Septembre 2014 | 2

b) examiner la performance diagnostique des méthodes d’amplification génique pour la détection d’infections de faible densité, et les besoins techniques et de ressources dans ce domaine, afin de recommander les méthodes les plus adaptées pour les enquêtes en population et les enquêtes actives sur les cas ;

c) étudier les critères à respecter pour garantir la qualité des méthodes d’amplification génique et pour renforcer les capacités à les utiliser dans des contextes de préélimination et d’élimination ;

d) examiner les recommandations actuelles de l’OMS concernant les approches de diagnostic du paludisme dans les contextes de faible transmission ; et

e) discuter des activités de recherche-développement prévues sur le diagnostic du paludisme et obtenir un consensus sur les caractéristiques souhaitées des nouveaux outils de diagnostic en vue de répondre aux besoins de santé publique en matière d’élimination du paludisme.

Les conclusions du Groupe d’examen des données probantes (2) ont été examinées et adoptées par le Comité de pilotage de la politique de lutte antipaludique (3) en mars 2014, avec quelques modifications mineures et servent de base à la présente note d’orientation. Ce document récapitule les nouvelles recommandations de l’OMS sur les techniques d’amplification génique utilisées pour le diagnostic du paludisme dans les contextes de faible transmission (Tableau 1) et répond à des questions fréquentes des administrateurs de programmes antipaludiques. Des informations plus complètes figurent dans le rapport de la réunion du Groupe d’examen (2).

Tableau 1. Surveillance du paludisme selon le contexte de la transmission et la phase concernée

Aspect de la surveillance

Phase de lutte Phase d’élimination

Transmission Forte ou modérée Faible Très faible

Prévalence des parasites (2-9 ans)

>10 % <10 %

Incidence Cas et décès fréquents, concentrés chez les enfants <5 ans

Cas et décès moins fréquents ; distribution fonction de l’exposition aux piqûres de moustiques

Cas sporadiques

Variation temporelle limitée

Incidence variable au cours d’une même année et entre les années

Risque d’épidémie

Les cas importés peuvent représenter une forte proportion du nombre de cas total

Variation géographique limitée

Hétérogénéité géographique ; concentration dans les populations marginales

Distribution focale

Cas fébriles Pourcentage de cas fébriles dus au paludisme relativement élevé

Faible pourcentage de cas fébriles dus au paludisme

Très faible pourcentage de cas fébriles dus au paludisme (pouvant néanmoins être élevé dans certains foyers)

Consultations dans les établissements de soins

Proportion élevée Faible proportion

Vecteurs Efficaces Efficacité maîtrisée/ inefficacité

Efficacité maîtrisée/ inefficacité

Buts du programme Réduction de la mortalité et de la morbidité

Réduction de la morbidité Élimination de la transmission


Aspect de la surveillance

Phase de lutte Phase d’élimination

Système de surveillance

Ressources Faibles dépenses par personne

Mauvaise qualité des services et difficultés d’accès aux services

Large disponibilité des diagnostics et des traitements

Ressources pour mener des investigations sur chaque cas

Enregistrement des données

Nombres agrégés Nombres agrégés

Listes des malades hospitalisés et des décès ou liste de l’ensemble des cas

Informations détaillées sur les cas

Enquêtes Cas hospitalisés Cas hospitalisés ou ensemble des cas

Cas individuels

D’après Surveillance épidémiologique en vue de l’élimination du paludisme : manuel opérationnel (OMS, 2012), voir la référence 4.

Recommandations de l’OMS sur le diagnostic du paludisme dans les

contextes de faible transmission

1. Les TDR de qualité garantie et la microscopie sont les principaux outils de diagnostic pour la confirmation et la prise en charge des cas cliniques présumés de paludisme, dans toutes les situations épidémiologiques, y compris dans les zones de faible transmission, en raison de leur efficacité pour la détection du paludisme clinique, de leur large disponibilité et de leur coût relativement modique. De même, les TDR et la microscopie sont des moyens appropriés pour effectuer une surveillance systématique du paludisme (cas cliniques) dans la plupart des contextes d’endémie palustre.

2. Plusieurs techniques d’amplification génique sont disponibles et affichent, pour la détec-tion du paludisme, une plus grande sensibilité que les TDR et la microscopie. De manière générale, l’utilisation d’outils de diagnostic très sensibles ne devrait être envisagée que dans les contextes de faible transmission où les tests de diagnostic et les traitements sont déjà largement répandus et où les taux de prévalence des parasites sont faibles (par exemple <10 %). L’utilisation de méthodes d’amplification génique ne doit pas capter des ressources qui devraient être allouées à la lutte contre le paludisme et à sa prévention ou au renforce-ment des services de soins de santé et des systèmes de surveillance.

3. Les infections inframicroscopiques à P. falciparum et à P. vivax sont fréquentes aussi bien lorsque la transmission est faible que lorsqu’elle est élevée. Dans les programmes de lutte antipaludique, l’utilisation de méthodes d’amplification génique doit être envisagée pour la recherche épidémiologique et pour les enquêtes de cartographie des infections inframicroscopiques dans les zones de faible transmission. Ces méthodes devraient égale-ment servir à recenser les foyers qui nécessitent des interventions spéciales dans les contextes d’élimination.

4. Dans la plupart des infections par des parasites asexués, l’amplification moléculaire per-met de détecter les gamétocytes à des densités qui seraient indécelables par microscopie ou TDR. La plupart des infestations palustres (microscopiques et inframicroscopiques) devraient être considérées comme potentiellement infectieuses et donc susceptibles de contribuer à la transmission en cours. Les méthodes sensibles d’amplification génique ne sont pas néces-saires pour la détection de routine des gamétocytes dans les enquêtes sur le paludisme ou les contextes cliniques.


5. Des normes communes devraient être fixées pour les essais utilisant les acides nucléiques. Il faut suivre la norme internationale OMS lors amplifications d’ADN pour P. falciparum, et des normes devraient être fixées pour les autres espèces de Plasmodium, en particulier P. vivax. Un mode opératoire normalisé devrait être mis au point pour la collecte des échantillons et l’extraction et pour l’ajout d’une quantité de sang équivalente à l’épreuve. L’élaboration d’un système international d’assurance qualité externe est vivement recommandée pour garantir que les données issues de l’amplification génique soient fiables et comparables.

6. Pour définir le rôle des épreuves sérologiques dans les évaluations épidémiologiques, les réactifs (antigènes et témoins), les méthodes d’épreuve et les approches d’analyse devraient être standardisés et validés.

Épidémiologie du paludisme dans les contextes de faible transmission

Des cas d’infection inframicroscopique surviennent dans la population à tous les niveaux de transmission de Plasmodium. La proportion dépend de facteurs tels que la structure par âges, l’intensité de la transmis-sion et l’immunité. Dans les contextes de faible transmission, les infections inframicroscopiques peuvent représenter une part importante du total, et leur prévalence est observée aussi bien dans des zones « stables » à faible endémicité que dans les zones où la transmission a récemment reculé (5).

L’utilisation de la microscopie et/ou des TDR dans les enquêtes épidémiologiques conduit à une sous-estimation de la prévalence des infestations parasitaires à faible densité (<100 parasites/μl). Un exa-men systématique de 42 études publiées sur la prévalence du paludisme à P. falciparum a montré qu’en moyenne la prévalence de l’infestation détectée par microscopie (examen des lames de sang) était deux fois inférieure environ à celle mesurée par la PCR (5). Un autre examen mené par les mêmes auteurs a montré que les infestations palustres inframicroscopiques sont plus courantes chez l’adulte que chez l’enfant et dans les zones de faible endémicité que dans celles de forte endémicité. Il en ressort également que, lorsque la transmission tombe à un très faible niveau, les porteurs inframicroscopiques peuvent être à l’origine de 20 à 50 % de l’ensemble de la transmission homme-moustique (6). Peu d’études existent néanmoins sur la contribution des infestations inframicroscopiques de faible densité à la transmission de la maladie.

La durée de l’infestation inframicroscopique varie, mais elle est souvent de plusieurs mois. Dans les zones de transmission saisonnière, les infestations inframicroscopiques peuvent persister durant toute la saison de faible transmission (7). Dans les zones où le paludisme est hautement saisonnier, et en l’absence de traitement, un sujet présentant une infestation inframicroscopique au début de la saison de faible transmission peut transmettre le parasite au moustique durant la saison des pluies suivante. Le nombre de porteurs de gamétocytes est largement sous-estimé par la microscopie dans les contextes de faible et de forte transmission (8) : en moyenne, le taux de gamétocytes mesuré par microscopie est inférieur de 10 % à celui mesuré par PCR. En Afrique, les gamétocytes peuvent généralement être détectés par amplification génique lors de la présentation initiale pour la plupart des patients atteints de paludisme à P. falciparum et dans tous les contextes de transmission (9-12).

Techniques actuelles pour le diagnostic du paludisme par amplification

génique

Le Tableau 2 énumère les principales spécifications des tests de diagnostic par amplification génique. Les techniques de PCR utilisées pour le diagnostic du paludisme sont la PCR par amorces incluses en une étape, la PCR multiplexe et la PCR quantitative. On dispose d’autres techniques d’amplification génique qui ne nécessitent pas de thermocycleurs, les plus courantes étant l’amplification isotherme induite par boucle (LAMP) et l’amplification de séquences d’acides nucléiques.

L’amplification moléculaire de la petite sous-unité 18S de l’ARN ribosomique (ARNr 18S), d’abord exploi-tée par Snounou et al. (13) avec une technique de PCR par amorces incluses, est la technique


d’amplification génique la plus utilisée dans la recherche sur le diagnostic du paludisme et de nombreux scientifiques l’ont adoptée ou adaptée. La PCR quantitative en temps réel et l’amplification de séquences d’acides nucléiques peuvent elles aussi servir à déterminer la densité parasitaire. De plus, on dispose aujourd’hui d’un nouveau test moléculaire commercial basé sur la technique LAMP qui nécessite un maté-riel plus simple et demande moins de temps que la PCR conventionnelle (14). La technique LAMP peut être utilisée pour la détection qualitative des parasites de Plasmodium (par lecture visuelle ou automati-sée) et elle ne nécessite pas de thermocycleurs coûteux. Le kit LAMP actuellement commercialisé permet seulement de différencier les infections à P. falciparum des autres types d’infections, mais pas de distin-guer les infections à P. falciparum des infections mixtes à P. falciparum. Sa sensibilité serait proche de celle de la PCR par amorces incluses (15) et elle peut être utilisée avec un dispositif fonctionnant en temps réel (16).

Les techniques de diagnostic par amplification génique sont généralement beaucoup plus sensibles que les meilleures techniques de microscopie. En moyenne, un bon microscopiste peut identifier 50 parasites asexués/μl de sang, et il sera difficile pour un microscopiste expert de détecter régulièrement des infections à <20 parasites/µl (P.L. Chiodini, article non publié). La limite de détection des TDR et de la microscopie fine est généralement de l’ordre de 100 parasites/µl, tandis que celle déclarée pour les méthodes de PCR en labora-toire est habituellement de <5 parasites/µl (17,18).

Les facteurs qui influent sur la performance diagnostique sont notamment la qualité de la préparation des échantillons, l’efficacité de l’extraction de l’acide nucléique, la quantité de sang, la quantité de matrice utilisée dans la réaction, le nombre de copies de la séquence cible, et les tampons, enzymes et autres matériels utilisés. La quantité de sang utilisée pour l’amplification et les méthodes d’extraction sont les facteurs déterminants pour définir la limite de détection des méthodes dans les contextes de très faible transmission où des infections de faible densité sont probables. Il est recommandé de prélever au moins 50 μl de sang sur les sujets et d’utiliser au moins 5 μl de sang lors de l’épreuve. Comme les méthodes d’amplification génique demandent beaucoup plus de ressources et de compétences, il faut pouvoir prouver qu’elles constituent un « progrès significatif » par rapport à la microscopie fine – c’est-à-dire, elles doivent permettre de détecter 2 parasites/μl (soit 10 parasites pour 5 μl de sang analysé) ou moins, ce qui revient à améliorer d’un facteur 10 la limite de détection. Toutes les méthodes recensées au Tableau 2 peuvent afficher une limite de détection de 2 parasites/μl lorsqu’elles sont exécutées en conditions optimales.

Tableau 2. Caractéristiques opérationnelles et performance des techniques de diagnostic par amplification génique

Technique de diagnostic

Caractéristiques opérationnelles Exemples de performancea Référence

PCR par amorces incluses

Deux ensembles d’amorces sont utilisés dans des réactions successives, ce qui suppose une opération plus coûteuse et plus longue que la PCR en une étape, et majore également le risque de contamination.

Limite de détection : au moins 6 parasites/µl pour les gouttes de sang

Plus sensible que la PCR en une étape pour les quatre principales espèces de Plasmodium

Temps de manipulation nécessaire pour obtenir un résultat : 3 h ; temps total : 10 h

19

PCR multiplexe

PCR multiplexe simultanée pour détecter la présence de plusieurs espèces de Plasmodium

Limite de détection : 0,2-5 parasites/µl

Temps de manipulation nécessaire pour obtenir un résultat : 2 h ; temps total : 4,5 h

20-23


Technique de diagnostic

Caractéristiques opérationnelles Exemples de performancea Référence

PCR quantitative

Amplification rapide, avec détection et quantification simultanées de l’ADN cible au moyen de sondes fluorophores

Limite de détection : 0,02 parasites/µl pour l’identification du genre, 1,22 parasites/µl pour la détection de P. falciparum

Temps de manipulation nécessaire pour obtenir un résultat : 1 h ; temps total : 2,5 h

24-27

LAMP On peut procéder à une extraction par ébullition et centrifugation, avec amplification par méthode isotherme. Le résultat est déterminé par turbidité ou fluorescence. Il est possible d’accroître la sensibilité en intégrant des cibles mitochondriales. Cibles de genre déterminé (P. falciparum et P. vivax). Convient à une utilisation sur le terrain.

Limite de détection : 0,2-2 parasites/µl

Résultat en 30 minutes avec un scanner pour tubes

28-32

Amplification de séquences d’acides nucléiques

L’épreuve inclut une transcriptase inverse ; moindre inhibition que la PCR. Méthode isotherme. Peut être utilisée pour quantifier les gamétocytes. Permet de détecter les quatre espèces de Plasmodium en ciblant l’ARNr 18S. Résultat par fluorescence.

Limite de détection : 0,01-0,1 parasites/µl pour un échantillon de 50-μl

Résultat en 90 minutes (ne tient pas compte du temps nécessaire pour l’extraction, qui est de 90 minutes également)

33-35

a. La performance diagnostique est influencée par des facteurs comme la préparation des échantillons, l’efficacité de l’extraction de l’acide nucléique, la quantité de sang, la quantité de matrice utilisée dans la réaction, le nombre de copies de la séquence cible, et les tampons, enzymes et autres matériels utilisés.

Choix des techniques de diagnostic du paludisme à utiliser dans les

contextes de faible transmission

Les données actuelles indiquent que la microscopie et les TDR sont suffisants pour la prise en charge clinique des cas suspects de paludisme, la surveillance de routine et la détection passive des cas dans les zones de faible transmission. Les méthodes de diagnostic par amplification génique ne sont pas nécessaires pour ces applications.

En l’absence de données factuelles sur le rapport coût/efficacité des tests d’amplification génique et sur leur impact sur la santé publique du point de vue de la réduction de la transmission, seules des orienta-tions générales sont disponibles pour choisir les tests en fonction des différentes applications possibles dans les contextes de faible transmission.

Exigences communes à l’ensemble des tests

Dans tous les contextes, les tests d’amplification génique devraient avoir les caractéristiques ci-dessous :

Les tests doivent permettre de détecter le genre responsable du paludisme et d’en différencier les espèces, si cela est pertinent du point de vue régional.

La quantification n’est pas essentielle, mais elle peut être utile dans certains contextes. La détec-tion qualitative est le plus souvent suffisante.


La limite de détection de chaque test doit être établie en se rapportant à la série standardisée internationale d’ADN de l’OMS (pour P. falciparum) et en utilisant des méthodes standard.

La détection des gamétocytes n’est pas essentielle, mais peut être requise aux fins de la recherche.

D’autres caractéristiques devraient être envisagées à des fins opérationnelles :

Des modes opératoires normalisés devraient être utilisés pour ces méthodes, avec des témoins positifs et des témoins négatifs, et tous les tests devraient être menés conformément aux bonnes pratiques de laboratoire.

Une lecture objective des critères peut être bénéfique (c’est-à-dire, pour les résultats positifs et négatifs, des seuils clairs et sans ambiguïté supprimant tout biais de lecture).

Des programmes de formation devraient être proposés, peut-être par l’intermédiaire des centres régionaux chargés de la coordination du système d’assurance qualité externe.

Outre P. falciparum, des normes devraient être élaborées pour les espèces P. vivax, P. ovale, P. malariae et P. knowlesi.

Si des tests ARN sont utilisés, les laboratoires devraient élaborer des modes opératoires normali-sés et adhérer à un système d’assurance qualité externe pour les normes ARN.

La méthode de prélèvement de sang doit être décidée en fonction du contexte local. La technique consistant à recueillir des gouttes de sang sur du papier filtre est facile à mettre en œuvre sur le terrain, mais l’extraction depuis ce support est difficile et les volumes de sang prélevés sont relativement faibles. On voit apparaître sur le marché de nouveaux produits contenant des conservateurs d’ADN et d’ARN, avec lesquels on peut prélever plus de 50 μl de sang et qui permettent de stocker et de transporter les échantillons.

Des procédures d’assurance qualité interne et externe devraient être mises en place, et ce pour toutes les étapes des tests, y compris l’échantillonnage, les achats et le matériel, les épreuves elles-mêmes et l’établissement des rapports.

Critères applicables dans certains contextes opérationnels

Le choix de la technique de diagnostic appropriée dépend de la finalité opérationnelle. Le Tableau 3 donne des indications sur cinq applications possibles dans les contextes de faible transmission :

surveillance de routine et détection passive des cas ;

enquêtes épidémiologiques sur le paludisme ;

investigations ciblées (détection réactive de l’infection après identification d’un cas indicateur) ;

dépistage et traitement de masse ; et

dépistage de populations spécifiques (par exemple aux frontières).

Tableau 3. Tests de diagnostic du paludisme : applications possibles dans les contextes de faible transmission

Contexte Technique de diagnostic Observations

Surveillance de routine et détection passive des cas

Microscopie à haute performance et TDR de qualité garantie

Enquêtes épidémiologiques sur le paludisme

En raison de leur faible densité parasitaire, une part importante des infections ne sont décelées ni par la microscopie ni par les TDR. Un test d’amplification génique offrant une sensibilité analytique d’environ 2 parasites/μl constituera une amélioration significative par rapport à la microscopie

Il est recommandé de prélever au moins 50 μl de sang sur chaque sujet et d’utiliser dans l’épreuve un éluat obtenu à partir d’au moins 5 μl de sang. On peut envisager d’utiliser de plus petites quantités de sang dans les essais à cibles ARN


Contexte Technique de diagnostic Observations

Enquêtes épidémiologiques sur le paludisme (suite)

fine. La PCR classique, la PCR quantitative et la méthode LAMP peuvent remplir ce critère lorsqu’elles sont correctement exécutées, mais d’autres tests validés ne reposant pas sur l’amplification génique seraient acceptables s’ils offraient des performances similaires.

si les cibles sont mélangées de manière homogène avec le matériel extrait.

La rapidité des résultats n’est pas une priorité.

Des procédures d’assurance qualité interne et externe devraient être en place.

Investigations ciblées ; détection réactive d’une infection après identification d’un cas indicateur

Le test d’amplification génique doit présenter une sensibilité d’analyse de 2 parasites/μl ou de 10 parasites pour 5 μl de sang analysé.

La PCR classique adaptée pour le terrain, la PCR quantitative et la technique LAMP sont des méthodes appropriées et un laboratoire mobile peut être utile.

Les résultats devraient être disponibles en <48 h afin de permettre un suivi et un traitement rapides des cas positifs.

C’est le contexte qui déterminera le choix entre des services à rendement élevé et à forte sensibilité, situés loin du terrain, et des tests d’amplification génique à plus faible rendement et moindre sensibilité, plus proches du lieu de soins et donnant des résultats rapides.

L’assurance de la qualité, y compris externe, doit être en place pour la technique d’analyse choisie.

Dépistage et traitement de masse

Les TDR et la microscopie ne présentent pas une sensibilité suffisante pour les programmes de dépistage et de traitement de masse dans les zones de faible endémicité.

Un test à rendement modéré avec une sensibilité d’analyse de 2 parasites/μl devrait être utilisé pour l’identification des infections asymptomatiques et des infections à faible densité.

La PCR classique adaptée pour le terrain, la PCR quantitative et la technique LAMP sont des méthodes appropriées et un laboratoire mobile peut être utile.

Les résultats devraient idéalement être disponibles le jour du test, en vue d’optimiser le suivi et le traitement.

L’assurance de la qualité, y compris externe, doit être en place pour la technique d’analyse choisie.

Dépistage de populations spécifiques (par exemple aux frontières)

Le contexte local permettra de déterminer quels sont les outils les plus adaptés et les plus rentables, et s’il est possible et utile de pratiquer des dépistages aux frontières. S’il apparaît approprié de dépister certaines populations, les TDR et la microscopie devraient uniquement être utilisés pour les infections symptomatiques, et les tests d’amplification génique présentant une sensibilité d’analyse de 2 parasites/μl devraient être utilisés pour détecter les infections chez les sujets asymptomatiques.

Les résultats devraient être donnés le jour même afin d’éviter au maximum de perdre de vue les patients.


Grossesse

Les tests d’amplification génique peuvent servir à identifier les infections palustres placentaires inframicroscopiques. Néanmoins, il n’y a pas d’association claire entre les infections inframicroscopiques survenant lors de la grossesse et le faible poids de naissance ou d’autres issues défavorables. Les TDR sont sans doute suffisants pour identifier les femmes présentant les plus fortes densités placentaires de parasites (sujets chez qui le risque de donner naissance à un enfant de faible poids est majoré). À l’avenir, le dépistage par TDR et le traitement pourraient avoir un rôle à jouer.

Voyageurs

Les données actuellement disponibles indiquent que les tests diagnostiques par amplification génique sont d’utilité limitée pour la prise en charge clinique des cas suspects de paludisme venant de pays où la maladie n’est pas endémique.

Assurance qualité pour les techniques de diagnostic du paludisme par

amplification génique

L’absence de consensus clair sur les méthodes standardisées de diagnostic par amplification génique complique l’interprétation et la comparaison des résultats obtenus par différents groupes de recherche utilisant ces méthodes de détection du paludisme. L’OMS a fait paraître des orientations sur la microsco-pie et les TDR, et des systèmes bien établis d’assurance qualité sont en place dans ces domaines (36-40). Néanmoins, il n’y a pas de normes de gestion de la qualité recommandées pour les produits de diagnostic par amplification génique. Pour améliorer la cohérence des études fondées sur la PCR quantitative en temps réel, des lignes directrices ont été élaborées en 2009 en vue de garantir la disponibilité des informations minimales nécessaires pour la publication des résultats (41). Les conclusions des études menées sur l’efficacité de plusieurs tests de PCR quantitatifs fondés sur ces lignes directrices ont été publiées récemment (42). Même si les outils standard d’évaluation externe de la qualité des méthodes reposant sur l’ADN sont uniquement disponibles pour P. falciparum (43), des recherches sont en cours pour produire des marqueurs spécifiques pour le genre.

Il est entendu qu’il est essentiel de disposer d’un système international OMS d’assurance qualité externe avant que les programmes nationaux de lutte antipaludique adoptent largement les méthodes d’amplification génique. En l’absence d’un tel système, il est conseillé aux programmes intéressés par l’utilisation des techniques de diagnostic par amplification génique de collaborer uniquement avec les institutions qui possèdent des compétences et une expérience éprouvées de leur utilisation.

Questions pratiques fréquentes

1. En contexte d’élimination, quels tests sont recommandés pour la détection des infections asymptomatiques lors des enquêtes en population, de la détection active des cas, du dépistage et de la prise en charge des cas ? Les tests recommandés pour le diagnostic des infections dans le cadre de la prise en charge des cas restent la microscopie ou les TDR. Pour la détection des infections asymptomatiques et inframicro-scopiques lors des enquêtes en population, de la détection active des cas et du dépistage, on peut utiliser la microscopie et/ou des tests d’amplification de l’acide nucléique. 2. Quelle est la technique de référence pour le diagnostic du paludisme dans les contextes d’élimination ? Les données scientifiques actuelles montrent que les tests d’amplification de l’acide nucléique ont la sensibilité et la spécificité la plus élevée, mais que ces méthodes ne devraient pas être utilisées à grande échelle tant qu’elles n’ont pas été standardisées et que des systèmes d’assurance de la qualité n’ont pas été mis en place. Dans l’intervalle, la microscopie de qualité garantie reste la méthode recommandée pour la prise en charge des cas et la surveillance systématique du paludisme.


3. Quels outils de diagnostic est-il recommandé d’utiliser au niveau communautaire dans les zones ciblées par les activités d’élimination du paludisme, compte tenu des limites de la microscopie et des TDR ? Un test d’amplification de l’acide nucléique de qualité garantie est la meilleure méthode pour identifier toutes les infections dans une communauté, mais elle ne doit pas être utilisée tant que les méthodes n’ont pas été standardisées et que des systèmes d’assurance qualité ne sont pas en place. 4. Dans les contextes d’élimination du paludisme, quel est le rôle de la PCR pour la surveillance et la prise en charge des cas, et quels sont les critères pour l’assurance de la qualité ? Pour la prise en charge des cas, la microscopie et les TDR devraient continuer d’être utilisés. La PCR sera sans doute utilisée de plus en plus souvent pour la surveillance une fois que les méthodes auront été standardisées et que des systèmes d’assurance qualité seront en place. 5. Quels tests sont les plus sensibles et les plus faciles à utiliser pour détecter les gamétocytes et déterminer leur contribution à la transmission, dans le cadre de la recherche ? D’un point de vue programmatique, il n’est pas utile de détecter les gamétocytes. Aux fins de la recherche, la méthode quantitative d’amplification de séquences d’acides nucléiques en temps réel ou la PCR quantitative en temps réel sont les outils recommandés. 6. Quel est le meilleur outil de dépistage pour détecter les porteurs asymptomatiques du paludisme aux aéroports et aux frontières ? La réponse dépend de la manière dont le dépistage est pratiqué et du contexte local. Si un diagnostic immédiat est nécessaire, un TDR doit être utilisé. Si l’outil présentant la meilleure sensibilité est requis, il faut utiliser un test d’acide nucléique et effectuer un suivi des sujets positifs. 7. Est-il possible de se servir des tests sérologiques actuels (fondés sur le titrage immuno-enzyma-tique) pour différencier les infections récentes et les infections plus anciennes ? Les tests sérologiques ne permettent actuellement pas de faire cette distinction, mais cela devrait être possible à l’avenir. 8. Quels sont les meilleurs outils de diagnostic pour confirmer l’interruption de la transmission aux fins de la certification de l’élimination du paludisme ? Davantage d’informations sont nécessaires sur les résultats différents qui peuvent être obtenus dans ce contexte par les tests d’amplification de l’acide nucléique et par la microscopie. La sérologie peut être utile pour les zones (ou les populations) où aucune exposition au paludisme n’est attendue. Les sujets sérologiquement positifs peuvent ensuite faire l’objet d’investigations complémentaires au moyen de techniques d’amplification de l’acide nucléique. 9. Quel rôle jouent les techniques sérologiques actuelles dans le diagnostic du paludisme ? Aucun pour P. falciparum, mais elles peuvent servir à identifier les sujets exposés à P. vivax, à qui un traitement contre les hypnozoïtes pourrait être administré. Des études de cohortes bien conçues sont toutefois nécessaires pour déterminer l’impact de cette stratégie. 10. Quels sont les outils et ressources nécessaires pour maintenir la capacité de diagnostic dans les contextes de faible transmission et/ou les zones où il y a un risque de réintroduction du paludisme ? Les capacités de microscopie doivent être maintenues, avec une assurance qualité et une évaluation des compétences, mais il faut aussi se préparer à donner plus d’importance aux méthodes d’amplification de l’acide nucléique. Le contexte national permettra de déterminer les capacités de microscopie qu’il faut maintenir à grande échelle dans les établissements de soins, et le niveau d’expertise requis aux labora-toires de référence centraux.


Références

1. Organisation mondiale de la Santé. Accès universel aux tests diagnostiques du paludisme : manuel pratique. Genève, 2012.

2. Organisation mondiale de la Santé. Dixième réunion du Comité consultatif pour les politiques rela-tives au paludisme, Groupe d’examen des données probantes sur le diagnostic du paludisme dans les zones de faible transmission 12-14 mars 2014, Genève (http://www.who.int/malaria/mpac/mpac_mar2014_diagnosis_low_transmission_settings_report.pdf, consulté le 1er septembre 2014).

3. Organisation mondiale de la Santé. WHO policy recommendation on malaria diagnostics in low transmission settings (WHO/HTM/GMP/MPAC.2014.4). Genève, 2014 (http://www.who.int/malaria/publications/atoz/who-recommendation-diagnostics-low-transmis-sion-settings-mar2014.pdf, consulté le 1er septembre 2014).

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Note d’orientation sur le diagnostic du paludisme dans les ... · blir le diagnostic et guider la prise en charge clinique du paludisme (1). Dans les pays d’endémie palustre,