Virus 1

VirusVirus

Rotavirus

Classification

Type Virus

RègneVirus 

Groupes de rang inférieur• Groupe I (dsDNA)

• Groupe II (ssDNA)

• Groupe III (dsRNA)

• Groupe IV ((+)ssRNA)

• Groupe V ((-)ssRNA)

• Groupe VI (ssRNA-RT)

• Groupe VII (dsDNA-RT)

Un virus est une entité biologique nécessitant un hôte, souvent une cellule, dont il utilise les constituants pour semultiplier. On le considère de plus en plus comme faisant partie des acaryotes.Les virus existent sous une forme extracellulaire (unité matérielle indépendante appelée alors virion) ouintracellulaire (virus intégré sous forme dormante ou détournant activement la machinerie cellulaire au profit de saréplication). Sous la forme intracellulaire (à l'intérieur de la cellule hôte), les virus sont des éléments génétiques quipeuvent se répliquer de façon indépendante par rapport au chromosome, mais non indépendamment de la cellulehôte. Sous la forme extracellulaire, les virus sont des objets particulaires, infectieux, constitués au minimum d'unacide nucléique englobé dans une capside de protéines.Le débat sur la nature des virus (vivants ou pas) repose sur des notions complexes et reste aujourd'hui ouvert.Cependant, selon certaines définitions courantes du vivant (entité matérielle réalisant les fonctions de relation,nutrition, reproduction), les virus ne seraient donc pas des êtres vivants.[réf. nécessaire]

La virologie est la science qui étudie les virus. Elle est étudiée par des virologues ou virologistes.

Virus 2

Le mot virus est issu du latin virus, qui signifie « poison ». Se terminant par un s, il ne prend pas de marqueparticulière au pluriel en français[1].

DécouverteLes maladies virales comme la rage, la fièvre jaune, la variole, affectent les humains depuis des siècles. Deshiéroglyphes mettent en évidence la poliomyélite dans l'Égypte antique, les écrits de l’Antiquité gréco-romaine etd’Extrême-Orient décrivent certaines maladies virales.À la fin du XIXe siècle, la conception d’agents infectieux qui n’étaient ni des bactéries, ni des champignons, ni desparasites, invisibles au microscope optique, était encore difficile.À cette époque, les scientifiques isolaient des agents infectieux à travers des filtres de porcelaine utilisés pourrecueillir les bactéries. Entre 1887 et 1892, le botaniste russe Dimitri Ivanovski étudia une maladie végétale, lamosaïque du tabac, et montra que la sève des plantes malades contenait un agent infectieux qui n’était pas retenu parles filtres Chamberland conçus par le biologiste du même nom. Ivanovski pensait qu’il s’agissait d’une toxine ou biend’une très petite bactérie. C’est le chimiste hollandais Martinus Beijerinck qui approfondit ces travaux et, en 1898,écarta non seulement l’hypothèse bactérienne mais aussi l'hypothèse toxinique : diluant la sève de plantes infectées ill'inocula à des plantes qui développèrent la maladie; réitérant la manipulation il put transmettre la maladie demultiples fois et démontrer que la sève de la dernière plante infectée était aussi virulente que la première, effetqu'une toxine, après tant de dilutions n'aurait pu produire[2]. Beijerinck appela l'agent Contagium vivum fluidum('germe vivant soluble'). À la même époque, le virus de la fièvre aphteuse est le premier virus identifié par FriedrichLöffler et Paul Frosch. Le virus de la fièvre jaune est le premier virus pathogène de l’Homme identifié entre 1900 et1902. Pasteur les nomma « infrabactéries », d'autres les qualifiaient de « virus filtrants » ou « virus ultrafiltrants ».C’est pendant la Première Guerre mondiale que l’anglais Frederick Twort et le microbiologiste franco-canadien Félixd'Hérelle mettent en évidence le phénomène de « lyse transmissible » observable par la lyse des bactéries cultivéesen milieu solide. Ce phénomène est dû à un virus de bactéries que Félix d'Hérelle baptisa bactériophage. Les virusdes plantes, des animaux, de l’Homme et des bactéries étaient ainsi découverts et leurs listes ne cessèrent des’allonger au cours du XXe siècle.Vers 1925, la définition de virus[3] devint « un agent responsable d'une maladie infectieuse, parasite, de natureparticulaire et de taille comprise entre 0.01 et 0.3 microns »[4].L’apparition de la microscopie électronique dans les années 1930 permit l’observation des virus, mais on ne savaittoujours pas à cette époque ce qu’ils étaient réellement. Le biochimiste américain Wendell Stanley cristallisa le virusde la mosaïque du tabac sous forme de cristal protéique en 1935. L'année suivante, des études complémentairesmontrèrent que ce cristal contenait également de l’ARN. Les études ultérieures montrèrent que selon les virusétudiés, ceux-ci étaient composés soit de protéines et d’ARN, soit de protéines et d’ADN. C’est en 1957 qu'AndréLwoff proposa une définition[5] claire et moderne des virus.À partir des années 1960, le développement des cultures cellulaires, de la microscopie électronique, puis de labiologie moléculaire, permirent aux scientifiques de progresser dans la compréhension des mécanismes deréplication des virus, dans la réalisation de diagnostics fiables et dans l’élaboration de vaccins.

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Caractéristiques

Structure de base d'un virus.

Un virus se caractérise par son incapacité à se multiplier par division. Ila besoin pour cela d'infecter une cellule hôte pour utiliser samachinerie : un virus est un parasite intracellulaire obligatoire. Il estcomposé d'une ou plusieurs molécules d'acide nucléique (soit d'ADN,soit d'ARN, simple ou double brin), entourées d'une coque de protéinesappelée capside, parfois d'une enveloppe. Il ne possède en généralaucune enzyme pouvant produire de l'énergie. Les virus étaienthistoriquement considérés comme des particules organiques de petitetaille (inférieure à celle d'une bactérie), en règle générale moins de 250nanomètres. Toutefois de nouveaux virus récemment découverts,comme mimivirus avec sa taille de 400 nm et la possession à la foisd'ADN et d'ARN, remettent en cause cette vision historique.

La forme libre du virus (ou particule virale) s'appelle le virion.

NatureIl y a débat sur la nature des virus.Les virus possèdent des constituants en commun avec les cellules vivantes, comme un acide nucléique (ADN ouARN) et des protéines. Cependant, selon la définition du biochimiste Wendell Stanley, les virus sont de « simples »associations de molécules biologiques. Ils sont le fruit d’une auto-organisation de molécules organiques et ne sontdonc pas vivants. François Jacob insiste aussi sur cette caractéristique des virus : « placés en suspension dans unmilieu de culture, ils ne peuvent ni métaboliser, ni produire ou utiliser de l’énergie, ni croître, ni se multiplier, toutesfonctions communes aux êtres vivants[6] ». Les virus ne peuvent se multiplier qu’en utilisant l’équipementenzymatique d’une cellule vivante. De plus, les virus contiennent bien un acide nucléique, de l’ADN ou de l’ARN,mais pas les deux (sauf le mimivirus, évoqué plus haut), à la différence des cellules vivantes.Au cours des dernières années, des entités intermédiaires sont découvertes : le mimivirus, infectant une amibe,possède dans son génome 1 200 gènes (davantage que certaines bactéries). Certains de ces gènes participeraient à lasynthèse protéique et à des mécanismes de réparation de l’ADN[7]. Il existe chez le mimivirus une trentaine de gènesprésents habituellement chez les organismes cellulaires mais absents chez les virus. Le virus ATV d’archées présentelui aussi des caractéristiques étonnantes : ce virus en forme de citron présente la particularité de se modifier endehors du contexte cellulaire par un mécanisme actif. Il est capable de s’allonger à chaque extrémité à unetempérature de 80 °C, température à laquelle vit son hôte Acidianus à proximité des sources hydrothermales[8].Néanmoins organes et échanges cycliques, donc métabolisme, restent absents.Les virus ont aussi un rôle dans l’évolution. Patrick Forterre avance même l’hypothèse que les virus seraient les «inventeurs » de l’ADN[9]. À l’origine de la vie, l’ARN dominait (hypothèse du monde à ARN) et assurait à la fois lesfonctions de stockage et transmission de l’information génétique et de catalyse des réactions chimiques. L’ADNserait apparu ensuite et sélectionné en raison de sa plus grande stabilité. D’après Patrick Forterre, le premierorganisme à ADN serait un virus. L'ADN conférerait au virus le pouvoir de résister à des enzymes dégradant lesgénomes à ARN, arme de défense probable des protocellules. On retrouve le même principe chez des virus actuels,qui altèrent leur ADN pour résister à des enzymes produites par des bactéries infectées.Le débat sur le caractère vivant ou inerte des virus reste encore aujourd’hui ouvert.[réf. nécessaire] Répondre à cette question exige de répondre au préalable à une autre : qu’est-ce que la vie ? D’après Ali Saïb, « la notion du vivant est une notion dynamique, évoluant en fonction de nos connaissances. En conséquence, la frontière entre la matière inerte et le vivant est tout aussi instable »[10]. L'existence ou non d'un métabolisme, c'est-à-dire d'un ensemble cohérent de processus chimiques l'homéostasie (et non la reproduction) constitue un discriminant possible, en tout

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cas commode.

StructureUne particule virale complète, appelée virion, est composée d’un filament d’acide nucléique, généralement stabilisépar des nucléoprotéines basiques, enfermé dans une coque protéique protectrice appelée capside. La forme de lacapside est à la base des différentes morphologies des virus. La taille des virus se situe entre 10 et 400 nm. Lesgénomes des virus ne comportent que de quelques gènes à 1 200 gènes. Le plus petit virus connu est le virus delta,qui parasite lui-même celui de l'hépatite B. Il ne comporte qu'un seul gène. Le plus gros virus connu est le mimivirus,avec un diamètre qui atteint 400 nanomètres et un génome qui comporte 1 200 gènes.Le virus a une forme microscopique variable, si la représentation "usuelle" lui donne l'image du V.I.H., lesdifférentes espèces sont de formes allants de la sphère à l'apparence insectoïde.

Acide nucléique

Le filament d'acide nucléique peut être de l'ADN ou de l'ARN. Il représente le génome viral. Il peut être circulaire oulinéaire, bicaténaire (double brin) ou monocaténaire (simple brin). Le génome sous forme d'ADN est généralementbicaténaire. Le génome sous forme d'ARN est généralement monocaténaire et peut être à polarité positive (dans lemême sens qu'un ARN messager) ou à polarité négative (complémentaire d'un ARN messager). Le peloton centrald'acide nucléique est dénommé nucléoïde.

Capside

La capside est une coque qui entoure et protège l'acide nucléique viral. La capside est constituée par l'assemblage desous-unités protéiques appelées capsomères. L'ensemble de la capside et du génome est nommé nucléocapside. Lastructure de la capside peut présenter plusieurs formes. On distingue en général deux groupes principaux de virus :les virus à symétrie cubique (ou à capside icosaédrique) et les virus à symétrie hélicoïdale.

Enveloppe

De nombreux virus sont entourés d'une enveloppe (ou péplos) qui prend naissance au cours de la traversée desmembranes cellulaires. Sa constitution est complexe et présente un mélange d'éléments cellulaires et d'élémentsd'origine virale. On y trouve des protéines, des glucides et des lipides. Les virus possédant une enveloppe sont lesvirus enveloppés. Les virus ne possédant pas d'enveloppe sont les virus nus.

Virus icosaédriques

virions icosaédriques au microscope électronique.

La capside icosaédrique entraîne une apparence sphérique du virus. Les protomèressont organisés en capsomères, disposés de manières régulières et géométriques.Une capsomère est composée de cinq ou six protomères : appelées pentons auxsommets et hexons au niveau des faces et des arrêtes.Parmi les virus icosaédriques, les parvovirus ont une capside formée de 12capsomères, les poliovirus 32 capsomères, les papillomavirus 72 capsomères tandisque la capside des adénovirus est constituée de 252 capsomères.

Virus hélicoïdaux

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Schéma d’une capside hélicoïdale.

Ces virus sont de longs cylindres (300 à 400 nm), creux, composés d’un type deprotomère enroulé en spirale hélicoïdale formant des anneaux appelés capsomères.Ils peuvent être rigide ou flexible. Le matériel génétique est logé à l’intérieur dutube. Le virus de la mosaïque du tabac est un exemple de virus hélicoïdal trèsétudié.

Virus enveloppés

Schéma d’un virus enveloppé : le VIH.

En plus de la capside, certains virus sont capables de s’entourer d’une structuremembranaire empruntée à la cellule hôte. Cette enveloppe membranaire estcomposée d’une bicouche lipidique qui peut posséder des protéines codées par legénome viral ou le génome de l’hôte. Cette enveloppe donne quelques avantagesaux virions par rapport à ceux composés d’une capside seule, comme la protectionvis-à-vis d’enzymes ou de composés chimiques. Les virus enveloppés sont parcontre plus fragiles dans l'environnement extérieur, sensibles aux détergents et à ladessiccation. Les glycoprotéines, formant des spicules, fonctionnent comme desrécepteurs permettant de se fixer sur des cellules hôtes spécifiques.Le virus de la grippe (famille des Orthomyxoviridae), le VIH, virus du SIDA(famille des Retroviridae), sont des exemples de virus enveloppés.

Virus complexes

Schéma d’un bactériophage.

Ces virus possèdent une capside symétrique qui n’est ni hélicoïdale, ni vraimenticosaédrique. Les bactériophages comme le phage T4 d’Escherichia coli sont desvirus complexes possédant une tête icosaédrique liée à une queue hélicoïdale àlaquelle sont attachés des poils et des fibres caudales.Le poxvirus (variole, vaccine) est aussi un exemple de virus complexe. C'est levirus animal parmi les plus grands (250 à 350 nm de long sur 200 à 250 nm delarge). Certains virus se présentent sous formes bacillaires. C'est le cas du virus dela rage (famille des Rhabdoviridae) et du virus Ebola.

Réplication

Multiplication virale

Les virus ne peuvent se répliquer qu’au sein de cellules vivantes. C’est l’interaction du génome viral et de la cellulehôte qui aboutit à la production de nouvelles particules virales. L’infection d’une cellule par un virus, puis lamultiplication du virus peuvent se résumer en différentes étapes. Toutefois, après pénétration du virus dans la cellule,ces étapes peuvent différer selon la nature du virus en question et notamment selon qu’il s’agit d’un virus à ADN oud’un virus à ARN.1. Adsorption du virus au contact de la membrane de la cellule infectée, grâce à des récepteurs spécifiques2.2. Pénétration dans la cellule3. Décapsidation (libération de l'acide nucléique)

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4. Réplication du génome viral5. Synthèse de protéines virales6.6. Assemblage et encapsidation des particules virales produites7. Libération des virions hors de la cellule-hôte

Culture des virus

Culture de virus : technique des plages de lyse.

Afin de mieux connaître leur biologie, leur multiplication, leur cycle dereproduction et éventuellement afin de préparer des vaccins, il estnécessaire de cultiver les virus. Ceux-ci peuvent se multiplieruniquement au sein de cellules vivantes. Les virus infectant les celluleseucaryotes sont cultivées sur des cultures de cellules obtenues à partirde tissus animaux ou végétaux. Les cellules sont cultivées dans unrécipient en verre ou en plastique, puis sont infectées par le virusétudié. Les virus animaux peuvent aussi être cultivés sur œufsembryonnés et parfois chez l’animal, lorsque la culture in vitro estimpossible. Les virus bactériens peuvent également être cultivés parinoculation d’une culture bactérienne sensible. Les virus de végétaux

peuvent aussi être cultivés sur des monocouches de tissus végétaux, des suspensions cellulaires ou sur des plantesentières.

Les virus peuvent ensuite être quantifiés de différentes manières. Ils peuvent être comptés directement grâce à lamicroscopie électronique. Dans le cas des virus bactériens, la technique des plaques (ou plages) est très utilisée pourévaluer le nombre de virus dans une suspension. Une dilution de suspension virale est ajouté à une suspensionbactérienne, puis l’ensemble est réparti dans des boîtes de Petri. Après culture, des zones claires (plages) à la surfacede la gélose sont la conséquence de la destruction d’une bactérie et des bactéries adjacentes par un virion.Les virus peuvent être purifiés grâce à diverses méthodes de biochimie (centrifugation différentielle, précipitation,dénaturation, digestion enzymatique).

OrigineTout être vivant peut être infecté par un virus. Il existe des virus de bactéries (les bactériophages), des virusd'Archaea, des virus d'algues (Phycodnaviridae), des virus de plantes, des virus fongiques, des virus d'animaux,parmi lesquels on trouve de nombreux agents pathogènes, et même des virus de virus[11].Il existe plusieurs hypothèses concernant l'origine et l'évolution des virus. Il est probable que tous les virus nedérivent pas d'un ancêtre commun et les différents virus peuvent avoir des origines différentes.• Les virus et les cellules ont pu apparaître dans la soupe primordiale en même temps et évoluer parallèlement.

Dans ce scénario, au début de l’apparition de la vie, les plus anciens systèmes génétiques d'auto-réplication(probablement de l'ARN) sont devenus plus complexes et se sont enveloppés dans un sac lipidique pour aboutirau progénote à l'origine des cellules. Une autre forme réplicative aurait pu garder sa simplicité pour former desparticules virales.

• Les virus pourraient dériver de cellules ayant subi une régression. D'après cette hypothèse, les ancêtres des virusauraient été des êtres vivants libres ou des micro-organismes devenus des prédateurs ou des parasites dépendantsde leur hôte. Les relations de parasitisme entraînent la perte de nombreux gènes (notamment les gènes pour lemétabolisme apportés par l'hôte). Cet organisme aurait co-évolué avec la cellule hôte et n'aurait conservé que sacapacité à répliquer son acide nucléique et le mécanisme de transfert de cellule à cellule. Cette hypothèse s'appuienotamment sur l'existence des rickettsies, petites bactéries ayant régressé à un tel point qu'elles ne peuventsurvivre que dans une cellule hôte, et rappelant les virus.

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• Les virus peuvent avoir pour origine des morceaux d'acides nucléiques qui se sont « échappés » du génomecellulaire pour devenir indépendants. Ce phénomène pourrait avoir eu lieu lors d’erreurs au cours de la réplicationdu matériel génétique. Les virus pourraient aussi avoir pour origine des plasmides (molécules d’ADN circulaires)ou des transposons (séquences d'ADN capables de se déplacer et de se multiplier dans un génome).

Rôle dans l'évolutionLes virus ont un rôle naturel important de véhicule pour le transfert de gènes entre des espèces différentes, ce quiaccroit la diversité génétique, et permet de disséminer des innovations génétiques au-delà de la descendance del'individu porteur de cette mutation génétique[12]. On pense que les virus ont joué un rôle central dans les premierstemps de l'évolution, avant la diversification entre bactéries, archaea et eucaryotes et à l'époque du Dernier ancêtrecommun universel de la vie sur terre. Les virus sont encore l'un des plus grands réservoirs sur la Terre de diversitégénétique inexplorée[13].

Virus et maladiesLes virus possèdent différents mécanismes leur octroyant diverses possibilités stratégiques d'infection, dontl'incidence provoque éventuellement des maladies. Le virion pénètre une cellule hôte plus ou moins spécifique où ilse désagrège, libérant son contenu qui en s'activant prend le pas sur les fonctions cellulaires normales. À ce niveau,les effets cytopathogènes des virus peuvent entraîner divers effets néfastes. Les capacités de synthèse protéique de lacellule infectée peuvent être détournées ou inhibées, tandis que la chromatine est fragmentée par des enzymesvirales. Des particules virales s’accumulent dans le cytoplasme avant de s'assembler en virions. La surcharge viraleendo-cellulaire provoque enfin la mort de la cellule hôte par lyse, libérant les virions qui vont ensuite disséminer.Lorsque le virus pénètre dans une cellule non permissive, il ne peut pas se multiplier. Son génome peut cependantsubsister sous la forme d’un épisome libre ou intégré au génome cellulaire. Il y a transformation cellulaire viralelorsque le génome du virus entre en interaction avec l’ADN du génome cellulaire. On appelle ces virus des virusoncogènes. Parmi ceux-ci, les rétrovirus, en s’intégrant dans le génome cellulaire, peuvent devenir tumorigène etéventuellement entraîner des cancers.La capacité d’un virus d’entraîner une maladie est décrite en termes de pouvoir pathogène tandis que son intensité estexprimée en termes de virulence. La classification des principaux groupes de virus, et leurs correspondances enpathologie, se trouvent dans l'encyclopédie médicale Vulgaris. Cette classification est notamment basée sur le typede molécule d'acides nucléiques (ARN ou ADN) dont est constituée le virion.[14]

Maladies humaines

Virus Ebola.

Le rhume, la grippe, la varicelle, la rougeole, la mononucléoseinfectieuse sont des exemples de pathologies humaines relativementcourantes d'origine virale. On connaît d'autres exemples plus nocifscomme le SIDA, le SRAS, la grippe aviaire, la variole, ou le virusEbola qui entraîne des fièvres hémorragiques.

Quelques exemples de virus pathogènes pour Homo sapiens :• VIH, virus du SIDA•• Rétrovirus•• Coxackie A virus•• Ebola• Virus de la variole• Virus de la grippe• Virus de la fièvre jaune

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•• Virus du Nil occidental•• Cytomégalovirus•• Rotavirus• Virus de l'Hépatite C• Virus simien 40 ou SV40

Prévention et traitements

Le virus de la polio.

Étant donné que les virus utilisent la machinerie cellulaire de l’hôtepour se reproduire à l’intérieur même de la cellule, il est difficile de leséliminer sans tuer la cellule hôte. Des médicaments antivirauxpermettent cependant de perturber la réplication du virus.

Une autre approche est la vaccination qui permet de résister àl’infection.

Divers médicaments permettent de traiter les symptômes liés àl’infection. Les patients demandent souvent[réf. nécessaire] à leursmédecins qu’ils leurs prescrivent des antibiotiques, mais ils sont sanseffet sur les virus. Les antibiotiques interfèrent en effet avec desconstituants ou le métabolisme des bactéries et permettent donc detraiter seulement les maladies d’origine bactérienne et non les maladiesd'origine virale.

Diverses méthodes de désinfection in vitro permettent d’inactiver lesvirus (hypochlorite de sodium à 1 %, éthanol à 70 %, glutaraldéhyde à2 %, formaldéhyde).

BiotechnologieLes virus présentant en général un matériel génétique simpliste, ce sont d'excellents outils dans l’étude de la biologiemoléculaire et la biologie cellulaire. Ils permettent la manipulation de fonctions cellulaires, ce qui permet d'enapprofondir notre compréhension et d'éluder certains mécanismes moléculaires de la génétique comme la réplicationde l'ADN, la transcription, les modifications post-transcriptionnelles de l’ARN, la traduction, le transport desprotéines et l’immunologie.Les virus peuvent être utilisés comme vecteur de gène au sein de cellules cibles. Outil utilisé par exemple pour faireacquérir à une cellule la capacité de produire une protéine d'intérêt ou pour étudier l’effet de l’introduction dunouveau gène dans le génome.Certains virus sont utilisés en thérapie génique pour soigner diverses maladies d'origine génétique. Il s'agit parexemple de remplacer un gène défectueux provoquant des troubles fonctionnels ou mécaniques.Les virus sont également utilisés dans la lutte contre le cancer. Certains virus sont capables de détruirespécifiquement des cellules cancéreuses.[réf. nécessaire]

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ClassificationLes virus sont classifiés selon la nature de l'acide nucléique de leur génome (ADN ou ARN), la structure de l'acidenucléique (monocaténaire ou bicaténaire), la forme de l'acide nucléique (linéaire, circulaire, segmenté ou non). Lesdonnées morphologiques peuvent également être prises en compte (présence ou absence d'enveloppe, symétrie de lacapside). Souvent, le sérogroupage est encore utilisé pour raffiner la définition des différences entre virus trèsproches.

Virus de procaryotesIl existe deux catégories de virus de procaryotes selon le type d’hôte qu’ils parasitent. La première catégorie regroupeceux qui infectent les bactéries et sont appelés bactériophages. La deuxième catégorie regroupe ceux qui infectent lesArchaea. Il existe quatre grands groupes morphologiques de virus de procaryotes.• Les virus à symétrie binaire. Ce groupe représente près de 96 % des virus de procaryotes et correspond aux

familles des Myoviridae, des Siphoviridae et des Podoviridae.• Les virus à symétrie cubique avec une capside icosaédrique mais pas de queue comme les Microviridae.• Les virus à symétrie hélicoïdale qui ont une forme de filaments comme les Inoviridae comme le phage M13.• Les virus pléomorphes, sans capsides véritable mais possédant une enveloppe. Ce groupe rassemble six familles

de virus dont cinq regroupent des virus infectant seulement les archées. Certains virus d’archées sontpléomorphes, alors que d’autres ont des formes de bouteilles, de citron, de fuseau[15].

Les bactériophages possèdent un rôle dans les écosystèmes. Par exemple, dans les écosystèmes aquatiques, ilsparticipent au contrôle de l’abondance et de la diversité bactérienne[16].

Virus d'eucaryotes

Virus d'animaux

En principe spécifique d'une espèce ou d'un groupe de phylums génétiquement proches, les virus ont tendance àinfecter un type cellulaire ou tissulaire principal ou exclusif. Cependant, il existe de nombreux virus, comme la rage,qui sont moins spécifique à un hôte par comparaison avec d'autres virus comme la maladie de Carré, le virus del’immunodéficience féline ou la variole. Les virions se propagent principalement par contact direct entre individus,mais peuvent aussi diffuser sous forme aérosol ou par les excrétions diverses (vomis, urines, selles, larmes...) etd'éventuels parasites (moustiques, tiques, puces...).

Virus des plantes

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Microscopie électronique de particules du virusde la mosaïque du tabac.

La structure des virus des plantes ou phytovirus, est similaire à celledes virus bactériens et animaux. Beaucoup de virus végétaux seprésentent sous la forme de minces et longues hélices. La majorité ontun génome composé d’ARN. Les virus de végétaux peuvent êtredisséminés par le vent ou par des vecteurs comme les insectes et lesnématodes, parfois par les graines et le pollen. Les virus peuvent aussicontaminer la plante par l’intermédiaire d’une blessure ou d’une greffe.Différents types de symptômes peuvent apparaître sur la planteinfectée. Les virus peuvent provoquer des taches ou des flétrissementssur les feuilles et les fleurs. Des tumeurs peuvent survenir sur les tigesou les feuilles.Le virus de la mosaïque du tabac (TMV ou tobamovirus) est unexemple très étudié de virus de végétaux.

Virus des insectes

Les baculovirus sont des virus d’insectes très étudiés. Ils infectent principalement les lépidoptères. La larve del’insecte s’infecte en ingérant de la nourriture. À partir du tube digestif, l’infection peut se transmettre aux autrestissus. L'utilisation de virus pathogènes d'invertébrés dans la lutte contre les insectes ravageurs des cultures et desforêts pourraient être l'un des moyens pour limiter ou remplacer les insecticides chimiques.Les baculovirus sont aussi utilisés en biologie moléculaire pour exprimer un gène étranger (protéine recombinante)dans des cultures de cellules d'insecte.Par ailleurs, certains virus de végétaux sont transmis par des invertébrés mais ne se multiplient pas chez ces vecteurs.

Virus des mycètes

Les virus des champignons sont particuliers car ils se propagent lors de la fusion cellulaire. Il n'y a pas de virionsextracellulaires. Chez les levures comme Saccharomyces, les virus sont transmis au moment du brassagecytoplasmique lors de la fusion cellulaire. Les champignons filamenteux comme Penicillium ou le champignon deParis Agaricus bisporus peuvent également être infectés par des virus.ce qui peut entraîner des problèmes lors deproduction. Il a été imaginé d'utiliser ces virus dans le cadre d'une lutte biologique contre des champignonspathogènes.

Virus de virusRécemment découvert (2008)[17], Sputnik [18] est un cas à part capable d'infecter un autre virus (Mamavirus)appartenant à la classe des virus géants [19] (génome de plus de 300 000 pb et taille supérieure à 0,2 μm).On connait aussi d'autres virophages comme Mavirus[20] associé à CroV [21] (un virus géant infectant Cafeteriaroenbergensis).

Notes et références[1] Le pluriel latin de virus n'est pas connu. Bien que se terminant par "-us", on le considère comme un nom neutre de la 2e déclinaison ; son

pluriel serait alors "vira". La forme "viri" est une faute grammaticale : c'est le pluriel des mots masculins de la 2e déclinaison ; "virii" est unbarbarisme. En anglais, la marque du pluriel pour un mot se terminant par "s" est "-es" ; la forme "viruses" se retrouve d'ailleurs le plussouvent dans la littérature médicale et professionnelle.

[2] Page 111 du livre Une histoire des microbes (http:/ / books. google. fr/ books?id=yMIuk-q4hbcC& lpg=PA111& dq="Martinus Beijerinck"toxine liquide& pg=PA111#v=onepage& q="Martinus Beijerinck" toxine liquide& f=false) de Patrick Berche, 2007, ISBN978-2-7420-0674-8

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[3] La première mention du terme virus apparaît chez Virgile avec le sens de "liquide sanieux et purulent" (http:/ / www. persee. fr/ web/ revues/home/ prescript/ article/ pharm_0035-2349_1998_num_86_318_4639_t1_0218_0000_1)

[4] http:/ / hal. archives-ouvertes. fr/ docs/ 00/ 04/ 59/ 36/ PDF/ tel-00004194. pdf[5][5] LWOFF J Gen Microbiol. 1957 Oct; 17(2):239-53.

1/ les virus ne contiennent qu’un seul type d’acide nucléique (ADN ou ARN) qui constitue le génome viral.2/ les virus se reproduisent à partir de leur matériel génétique et par réplication.3/ les virus sont doués de parasitisme intracellulaire absolu.[6] François Jacob, Qu’est-ce que la vie ? in La Vie, Université de tous les savoirs, Editions Odile Jacob, 2002.[7] Raoult D., Audic S., Robert C., Abergel C., Renesto P., Ogata H., La Scola B., Suzan M., Claverie J.-M., The 1.2-megabase genome

sequence of Mimivirus, Science, 2004 Nov 19;306(5700):1344-50.[8] M. Haring et al., Independant virus development outside a host, Nature, vol. 436, p. 1101-1102, 2005[9] Patrick Forterre, Three RNA cells for ribosomal lineages and three DNA viruses to replicate their genomes : a hypothesis for the origin of

cellular domain, PNAS, vol. 103 (10), pp. 3669-3674, 2006[10] Ali Saïb, Les virus, inertes ou vivants ? in Pour la Science, décembre 2006.[11] découverte d'un virophage (http:/ / www. techno-science. net/ ?onglet=news& news=5672)[12] Canchaya C, Fournous G, Chibani-Chennoufi S, Dillmann ML, Brüssow H ; Phage as agents of lateral gene transfer, Curr. Opin.

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