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Communiqués de presse, poster, liste des publications. Cellule d'ingénierie des connaissances et d'assistance à la publication scientifique (CICAP). Unité mixte de recherche 1347 Agroécologie, INRA, Dijon, France.
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N° 2. Septembre 2013
L’agroécologie pour tous
Presse, Posters et Publications
Réalisé par Sylvie Belotti, Dominique Millot et Eric Lichtfouse Cellule d’ingénierie des connaissances et d’assistance à la publication (CICAP) UMR1347 Agroécologie E-mail : [email protected] Publications de l’UMR : http://www6.dijon.inra.fr/umragroecologie/Publications Intranet : https://intranet6.dijon.inra.fr/umragroecologie/Cellules/Ingenierie-des-Connaissances-et-Assistance-a-la-Publication-CICAP
l’énergie produite par énergies renouvelables
nsommation nergie
La Région agit pourle climat
économes en énergie construits ou réhabilités avec l’aide de la Région depuis 2005
4 500logementsPrès de
dans les TER depuis 2004
+ 28 %de voyageurs
installées en Bourgogne pour une puissance de 140 MW
70éoliennes
es engne
nece
MW
nness TER04
BOUCHERIEBOUCHERIE
En Bourgogne, la voiture autrement
Se déplacer autrement,c’est possible avecmobigo ! La plateformede covoiturage estopérationnelle depuisnovembre 2011. En2013, mobigo va plusloin avec l’intégrationd’un service d’autopar-tage.
Faire des économies en protégeant la planète, c’est toute l’ambition duservice mobigo-covoiturage. Un outil simple et gratuit, qui met en relationpassagers et conducteurs et incite les Bourguignons à choisir cettealternative à la voiture individuelle. Bientôt, un nouveau service d’auto-partage permettra à ses abonnés d’emprunter occasionnellement unevoiture. Mobigo-covoiturage et mobigo-autopartage : tous les avantagesde la voiture, sans les inconvénients !
Pour en savoir plus : www.mobigo-bourgogne.com
Pour accompagner la transition énergétique, l’assemblée régionalevotera, en janvier prochain, le plan bâtiments de demain.
D’ici 2020, les bâtiments à basse consommation, à énergie nulleou positive se généraliseront. À la clé, des factures énergétiquesréduites et des emplois pour la ré-novation du parc immobilier.Pour relever ce défi économiqueet écologique, la Région se doted’un plan bâtiments de demain.Quatre objectifs : réduire laprécarité énergétique, luttercontre le réchauffementclimatique, économiserl’énergie et accompagnerla mutation des profes-sionnels du bâtiment.
Le plan pour économiser l’énergie
Croissance de la population mondiale, réduction des terres arableset augmentation de la consommation d’intrants : autant de raisonsqui poussent agronomes et écologistes à travailler ensemble.
À Dijon, l’UMR Agroécologie (Unité Mixte de Recherche), soutenuepar la Région, AgroSup, l’INRA et l’Université de Bourgogne,dispose d’expertises et de moyens exceptionnels pour la mise enœuvre de systèmes de culture novateurs, respectueux de l’envi-ronnement. L’objectif est de développer des pratiques agricolesqui respectent la biodiversité et assurent une production suffisante
et de qualité.Un challengemajeur pour larecherche enagroécologie.
Agroécologie : des racines pour demain
Énergies nouvelles, métiers nouveaux !
Avec les nouvellesréglementations en-vironnementales, lesmétiers traditionnelsrequièrent de nou-velles compétences.
Ce constat a incité leconseil régional àexpérimenter et pro-poser des formationsqualifiantes, afin d’ai-der les demandeursd’emploi à rebondiret trouver un travail.Aujourd’hui, la Régionpropose 17 formationsprofessionnelles dans le domaine du développement durable (énergiesrenouvelables, ossatures bois, agriculture biologique, écoconstruction…),destinées à former les Bourguignons aux emplois de demain. Le coût deces actions s’élève à 1,09 million d’euros. 133 demandeurs d’emploi enbénéficient cette année.
Les Pots-Capteurs : une innovation primée
INRA Département SPE Actualités, publié le 19/03/2013
La Plateforme de Phénotypage Haut Débit de l’INRA de Dijon a été conçue pour
développer et utiliser des techniques innovantes afin d’analyser l’expression des gènes
de plantes. Cette plateforme permet l’analyse de la variabilité génétique par grandes
séries de génotypes, en fonction de différents scénarios environnementaux. Pour
réaliser ces analyses les plantes sont continuellement déplacées au sein de la plateforme
via des convoyeurs. Ces déplacements entraînent de nombreuses contraintes qu'Arnaud
Coffin, technicien dans le laboratoire d'Agroécologie de Dijon, a su solutionner grâce à
un dispositif innovant de Pots-Capteurs. La société Campbell Scientific lui remettra à ce
titre le Prix de l'Innovation.
Mots-clés : ENVIRONNEMENT - GENE - GENETIQUE - PHENOTYPAGE - PLANTE
La Plateforme de Phénotypage Haut Débit
La Plateforme de Phénotypage Haut Débit (PPHD) du Centre INRA de Dijon est
constituée d’un complexe qui comprend au total 400 m² de serres, 80 m² de chambres
climatiques et 700 m² de bâtiment. Sur les 400 m² de serres, 250 m² sont dévolues au
phénotypage automatisé avec convoyeurs. La modularité de ces serres permet
d’envisager des expériences selon une variété de scénarios climatiques représentatifs
de l’évolution probable du climat. Cette plateforme permet la production d’unité
biologique (de la graine à la plante) et leur caractérisation automatisée, de manière non
destructive, effectuée par des robots et des caméras. Cela permet d'établir des
corrélations statistiques entre les caractères et les gènes qui les gouvernent. Il est
ainsi primordial de mesurer précisément les conditions de culture « au plus proche » de
la plante. Les grandeurs intervenant dans la croissance des plantes sont entre autres : la
température et l’hygrométrie relative de l’air et le rayonnement utile à la
photosynthèse.
Des convoyeurs pour déplacer les plantes
Les serres et les chambres climatiques dédiées au phénotypage sont équipées de
convoyeurs qui déplacent continuellement les plantes au sein des unités. Ceci permet
d’homogénéiser les conditions de culture des plantes, de contrôler précisément la
nutrition des plantes et de véhiculer les plantes vers leur lieu de phénotypage. Les
plantes étant constamment déplacées au sein des serres, la caractérisation des
conditions environnementales (température, lumière, hygrométrie), forcément
hétérogènes au sein des serres, s’avère difficile. La caractérisation environnementale
spatialisée dans les serres répond difficilement au besoin de caractérisation
microclimatique sur des systèmes mobiles. C’est pourquoi Arnaud Coffin, Technicien de
Recherche en instrumentation scientifique de l’unité d’Agroécologie du Centre INRA de
Dijon, a développé des dispositifs innovants qui permettent d’enregistrer au cours du
temps l’ensemble des conditions environnementales dans lesquelles les plantes se
développent et croissent. Le dispositif de mesure est solidaire des plantes et suit leur
déplacement.
Des contraintes et des solutions
Le fait de réaliser des mesures sur des convoyeurs en mouvement engendre diverses
contraintes sur le dispositif de mesure. La première est qu’il faut raisonner le poids
(environ 4 Kg) et l’encombrement du dispositif de mesure. Pour cela, il faut d’une part
utiliser des matériaux légers (PVC et aluminium) et d’autre part optimiser le
positionnement des appareillages dans le dispositif. Une autre contrainte est l’autonomie
énergétique du dispositif de mesure. Il est en effet nécessaire d’enregistrer de
manière autonome les données environnementales sur un pas de temps suffisamment
long pour ne pas avoir à recharger les batteries et donc immobiliser le dispositif. Pour
cela, Arnaud Coffin privilégie des composants fonctionnant sur batterie et ayant une
faible consommation énergétique. La contrainte la plus importante est de pouvoir se
connecter aux dispositifs d’enregistrement des données sans avoir à les enlever des
convoyeurs. Arnaud Coffin a retenu la solution du modem radio. Il a pris en compte la
taille et le nombre des unités de culture en construisant 4 dispositifs. Ces dispositifs
sont appelés Pots-Capteurs.
Les Pots-Capteurs, un dispositif innovant
Particulièrement motivé par le développement de prototype permettant l’automatisation
de la mesure, Arnaud Coffin a travaillé avec la société Campbell Scientific pour la
fabrication des Pots-Capteurs. Les produits de Campbell Scientific ont permis d’avoir
une réponse technologique appropriée. Chaque dispositif se compose d’une centrale
d’acquisition (CR1000), d’un capteur température et d’humidité relative (CS215) et d’un
capteur de rayonnement (capteur quantique PAR-SKP215). Les hauteurs de plantes
pouvant variées, les capteurs sont placés sur une potence mobile. La collecte et
l’enregistrement des données sur un ordinateur de suivi se fait grâce à un modem radio
(RF-416). Arnaud Coffin a développé le programme de la centrale d’acquisition pour
optimiser le nombre de mesures par jour et la consommation électrique. Il a aussi défini
pour chacun des dispositifs le protocole de connexion par radio.
Le prix de l’innovation Campbell Scientific
Fondée en 1974 et basée à Logan, en Utah (USA), Campbell Scientific est une société
spécialisée dans la fabrication de centrales de mesure pour l'enregistrement des
données destinées à la recherche agricole, aux contrôles des paramètres de
l'environnement, à l'hydrologie et à la météorologie. En 1993, elle fonde Campbell
Scientific France et c’est à l’occasion de son vingtième anniversaire que sera remis le
Prix de l’Innovation à Arnaud Coffin en présence de Paul Campbell, Président du groupe
Campbell Scientific et de Christophe Salon, Directeur Scientifique de la PPHD.
Contact : Arnaud COFFIN
UMR1347 Agroécologie, centre de recherche INRA de Dijon
www.inra.fr/presse • 01 42 75 91 86 • [email protected]
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apport de composts, fumiers ou lisiers : que deviennent les graines des « mauvaises herbes » ?
Les composts, fumiers ou lisiers contiennent des graines d’adventices ou « mauvaises herbes » qui peuvent représenter un frein à la valorisation de ces matières organiques en agriculture. Des chercheurs de l’Inra ont mis en évidence que l’azote apporté par les fumiers favorise la germination précoce de certaines semences adventices produites après l’apport des matières organiques au sol. Cet azote les empêche ainsi de se
développer dans les cultures suivantes, en cas de travail du sol ou de traitements herbicides avant le semis de ces cultures.
L’apport d’engrais minéraux azotés permet d’améliorer la croissance des plantes et d’augmenter le rendement des cultures. Leur substitution partielle ou totale par des matières organiques, d’origine animale ou végétale, pourrait contribuer à diminuer l’impact environnemental des cultures, tout en permettant le recyclage de ces effluents. Dans les matières organiques d’origine agricole ou urbaine (fumier ou lisier, compost), on peut retrouver des graines d’adventices – de celles que l’on appelait jusque-là « mauvaises herbes » -, du fait de leur présence dans les pailles, de leur consommation par le bétail, de leur dispersion par le vent sur les lieux de stockage… Des chercheurs des centres Inra de Dijon et de Versailles-Grignon se sont intéressés au devenir de ces graines d’adventices présentes dans ces matières organiques apportées aux cultures.
Plus de graines dans le fumier ou le lisier
Les scientifiques ont mis en évidence que les matières organiques d’origine animale étaient celles qui renfermaient le plus de graines susceptibles de germer (jusqu’à 85 graines par kg de matière sèche). À l’inverse, les composts de déchets urbains et verts en étaient quasiment exempts. Au total, ce ne sont pas moins de 20 espèces végétales qui ont été identifiées dans ces matières organiques : la majorité appartenait à la famille des Poacées (brome, fétuque, ivraie, pâturin et autre pied-de-coq…). On y trouvait également du trèfle et du blé tendre.
L’azote apporté par le fumier réduit le développement d’adventices dans les parcelles déjà infestées
Dans une seconde étape, les chercheurs ont simulé les effets de l’épandage d’un type de matière organique bien spécifique, le fumier composté, sur la dynamique d’adventices de la famille des Poacées, telles que le vulpin des champs. Ils ont utilisé un modèle développé par l’Inra, AlomySys, pour simuler la dynamique de la flore adventice sous l’effet des pratiques agricoles. La simulation a porté sur plusieurs facteurs susceptibles de modifier la densité des adventices : fréquence d’épandage, contenu en graines du fumier, pratiques de labour, fertilisation azotée minérale, présence initiale d’adventices dans la parcelle. Cette approche a permis de tester un grand nombre de systèmes de cultures sur plusieurs dizaines d’années et avec des scénarios climatiques différents, une analyse difficilement réalisable au champ.
Ces simulations ont montré que dans les parcelles agricoles dépourvues d’adventices, l’apport de fumier composté peut être une source d’adventices. Par contre, dans les parcelles déjà infestées par des adventices, l’apport de fumier peut avoir un effet bénéfique. En effet, l’azote apporté par le fumier composté favorise la
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germination estivale des graines d’adventices produites après l’apport du fumier. Or, les opérations culturales réalisées par l’agriculteur (travail du sol, traitements herbicides) pour préparer le champ au semis des cultures empêchent les jeunes plantes de terminer leur développement et de se reproduire à leur tour, contribuant à la diminution de l’infestation.
Le fait d’enfouir le fumier par un labour réduit - ou même annule- les effets sur les adventices : l’augmentation de l’infestation dans les parcelles initialement propres devient alors négligeable, et il n’y a quasiment plus de diminution de l’infestation dans les parcelles déjà infestées. En effet, le labour enfouit l’essentiel des semences à une profondeur où elles peuvent difficilement lever.
L’ensemble de ces travaux amène à considérer différemment les matières organiques d’origine végétale ou animale en termes de risque de voir de développer des adventices lors de leur utilisation. D’un côté, le stockage en cuve des lisiers dépourvus de litière prévient la dégradation des graines ; de l’autre, la montée en température des composts urbains favorise la dégradation des graines déjà peu présentes à la base. Plus encore, ces travaux révèlent que le point sensible de ces matières organiques n’est pas tant la quantité de graines d’adventices qu’elles contiennent, du moins dans le cas des Poacées comme le vulpin des champs, mais la quantité d’azote qu’elles apportent et qui est susceptible de modifier le cycle de vie des adventices étudiées. Enfin, ils soulignent l’intérêt de revisiter à la lumière de ces résultats les conseils dont pourrait bénéficier à terme la profession agricole.
RéférenceN. Colbach, C. Tschudy, D. Meunier, S. Houot, B. Nicolardot. 2013. Weed seeds in exogenous organic matter and their contribution to weed dynamics in cropping systems. A simulation approach. European Journal of Agronomy 45: 7– 19.
Contacts scientifiquesNathalie ColbachTel 03 80 69 30 33 / [email protected]é mixte de recherche Agroécologie (Inra, AgroSup Dijon, CNRS, Université de Bourgogne)Département scientifique Environnement et agronomieCentre Inra de Dijon
Sabine Houot Tel : 01 30 81 54 01 / [email protected]é mixte de recherche environnement et grandes cultures (Inra - AgroParisTech)Département scientifique Environnement et agronomieCentre Inra de Versailles-Grignon
Des inoculants de légumineuses pour réduire les
émissions des sols en oxyde d’azote nitreux
Hénault C., Revellin C.
En direct des labos (Journal INRA en ligne) 6 septembre
© Inra-C.Avisse
L’oxyde nitreux (N2O) est un puissant gaz à effet de serre, impliqué (contribuant
à) dans l’appauvrissement de la couche d’ozone et qui provient principalement des
sols et des activités agricoles. Son émission est évaluée à 6.7 Tg (1Tg = 10004 g)
d’azote par an. De nouvelles pratiques agricoles sont explorées visant à réduire les
émissions vers l’atmosphère de gaz à caractère émis. En ce sens, les équipes de
recherche Inra des unités Agroécologie de Dijon et Unité Science du Sol d’Orléans
ont inoculé des plants de soja avec des souches naturelles de bactéries du genre
Rhizobia, connues pour leur propriété fixatrice d’azote. Des résultats probants de
consommation du gaz à effet de serre N2O ont été obtenus.
Dans le sol, la production d’azote nitreux constitue une étape intermédiaire des
processus de nitrification et de dénitrification régis par des mécanismes microbiens. La
transformation de N2O en diazote (N2), très variable selon les sols, est conduite par
l’effet enzymatique de l’Oxyde nitreux réductase contrôlée chez les bactéries par la
présence du gène nosZ. Pour réduire l’émission atmosphérique du polluant atmosphérique
N2O, les chercheurs ont développé un système consommateur de ce gaz.
Le principe repose sur une méthodologie d’ingénierie innovante consistant à amplifier
dans le sol la fonction de l’étape de réduction de N2O en N2, tout en ayant pour
objectif le maintien de la production agricole, l’utilisation de souches microbiennes
naturelles et l’absence de transfert de pollution. Les chercheurs ont alors étudié le
potentiel des souches de Bradyrhizobium japonicum, porteuses du gène nosZ codant
pour la synthèse de l’enzyme N2O réductase, impliquée dans la transformation de N2O
en N2.
Le dispositif expérimental est le suivant : 60 plants de soja inoculés et cultivés sous
serre pendant 2 mois, ont été répartis (à raison de 4 plants par pot) dans 15 pots de
0.031 m2 contenant 5 kg de terre sèche (sol gleyic lessivé). Les essais, répliqués 5 fois,
se décomposent en 3 séries de traitement correspondant à l’inoculation de trois souches
différentes de B. japonicum : (1) USDA110, (2) mutant de la souche USDA 110 sans
expression du gène nosZ, et (3) MSDJ G49.
La consommation de N2O par les souches de B. japonicum porteuses du gène nosZ a été
étudiée à la fois sous serre, sur des plants inoculés de soja cultivés en pots et, sur des
nodules détachés soumis, en conditions de laboratoires, à des gradients de
concentration en oxygène et en oxyde nitreux différents. Une augmentation de la
vitesse de disparition de N2O, proportionnelle à la concentration initiale en N2O a été
observée. Ce résultat est intéressant vis‐ à‐ vis de l’utilisation in situ de ces souches car
elles seront d’autant plus efficaces que leur environnement sera riche en N2O. Alors
que la dénitrification est un processus généralement anaérobie, les nodosités
consomment du N2O quelle que soit la concentration en O2 dans la gamme 0‐21 %. Ce
résultat est particulièrement intéressant. En effet, il suggère que le fonctionnement
des nodosités vis‐ à‐ vis de la réduction de N2O ne sera pas cantonné aux conditions
anaérobies dans le sol mais pourra aussi s’observer en conditions aérobies, ce qui
augmente très significativement le temps sur lequel ce processus pourra fonctionner in situ.
Les calculs sur les résultats quantitatifs obtenus ont clairement démontré le bénéfice
environnemental de ce processus à l’échelle du champ. L’étude démontre que l’inoculation
de cultures de légumineuses par des souches de rhizobium est un domaine prometteur
pour atténuer les émissions de N2O par les sols cultivés.
Les résultats de ces travaux pourraient utilement trouver application sur le marché des
crédits-carbone ainsi que sur celui des inoculants.
Contacts : Catherine Hénault
Tél : 03 80 69 30 94
INRA UR0272 USS Unité Science du Sol
2163 avenue de la Pomme de Pin
45075 ORLEANS CEDEX 2
Cécile Revellin
Tél : 03 80 69 32 94
Inra UMR1347 Agroécologie
17 rue Sully
21065 DIJON CEDEX
Sources : Catherine Hénault, Cécile Revellin, « Inoculants of leguminous crops for mitigating soil emissions of
greenhouse gas nitrous oxide », Plant Soil, May 2011, 346 : 289-296
Rédacteur : Délégation au Partenariat avec les Entreprises
Rubrique : Laboratoires - résultats de recherche
http://www.inra.fr/les_partenariats/collaborations_et_partenaires/entreprises/en_dir
ect_des_labos/inoculants_de_legumineuses
Cultiver sans herbicides ? Possible dit l'INRA
Nicolas Munier-Jolain, Interview article par S. Huet
Libération 24 septembre 2012
Peut-on cultiver à grande échelle nos plantes principales sans herbicides ? Ou avec un
recours très réduit à ces puissants outils chimiques qui ont joué un rôle décisif dans
"l'industrialisation" de l'agriculture ?
Il y a plus de dix ans, l'INRA, Institut national de recherche agronomique, a lancé une
expérience de longue durée pour étudier cette question sur son site d'Epoisses, près de
Dijon (photo d'un des champs expérimentaux).
J'invite le lecteur à réfléchir aux relations entre cette approche et le débat soulevé
par l'étude de Gilles-Eric Seralini sur un maïs transgénique résistant au Round Up de
Monsanto, puisqu'il s'agit d'un des herbicides les plus utilisés en agriculture (lire ici un
premier commentaire sur cette affaire).
Ci dessous, un reportage paru vendredi dernier dans Libération.
«Et voilà notre fierté de l’année.» D’un geste large, Nicolas Munier-Jolain, de l’Inra
(Institut national de la recherche agronomique) balaye le champ de blé. Nous sommes
début juillet, le grain sera moissonné d’ici peu. Le champ semble banal aux yeux du
citadin. L’œil exercé de l’agriculteur, lui, aurait tout de suite repéré des détails
révélateurs. Cet étrange mélange de blés sur un seul champ, les uns très «barbus», les
autres non. Ou la densité du semis, deux fois plus élevée que d’ordinaire.
Il sursauterait à la vue de ces quelques chardons, des liserons par-ci par-là, grimpant
sur les blés, des coquelicots mettant une touche de rouge. Surtout, au milieu du champ,
quelques dizaines de mètres carrés où dépassent de nombreuses têtes de vulpins
pourraient bien l’alerter (photo à droite, les petits fanions repèrent les taches de vulpin). Des «mauvaises herbes», admet l’agronome qui précise toutefois : «Pas en quantités suffisantes pour affecter réellement le rendement.»
Or, poursuit Munier-Jolain, «ce champ n’a pas reçu le moindre traitement d’herbicide depuis douze années consécutives». Le citadin se contenterait de soulever un sourcil,
d’opiner que «c’est bien, une agriculture qui pollue moins». Les agriculteurs, dotés de
cette information, se montrent très surpris, admiratifs ou dubitatifs, comme en
témoignent les visites nombreuses. De leur expérience, c’est un champ de mauvaises
herbes qu’ils devraient avoir sous les yeux et non un champ de blé où les mauvaises
herbes semblent contrôlées à un niveau acceptable. D’où le «vif intérêt [qu’ils manifestent]», raconte Munier-Jolain.
Ce champ de blé si particulier se trouve sur le site d’Epoisses (Côte-d’Or) de l’Inra, près
de Dijon. Pas moins de 140 hectares où agronomes, biologistes, ingénieurs et techniciens
réalisent des expériences en plein champ, sur «l’agroécologie de la parcelle cultivée».
Le domaine provient d’un monastère fondé par les ducs de Bourgogne au XIIe siècle. Il
en reste la salle du Chapître, où Nicolas Munier-Jolain relate que ce fameux champ de
blé «sans herbicides» n’est pas seul. Avec dix autres champs, il fait partie d’un
programme démarré en 1997. A l’époque, l’Inra le recrute dans une équipe chargée d’une
nouvelle question : peut-on cultiver sans herbicides, ou à défaut, le moins possible ? Bilan
de l’expérience pionnière qui s’y déroule depuis dix ans : «Il est techniquement possible de cultiver à grande échelle nos céréales sans herbicides, ou du moins en réduisant drastiquement leur usage, avec une faible diminution des rendements à l’hectare.»
Formidable retournement de situation. Depuis dix mille ans, l’agriculteur lutte contre
les «mauvaises herbes». Après les avoir presque inventées. «S’il n’y avait pas d’agriculture, il n’y aurait pas tant de mauvaises herbes», souligne un brin sarcastique
l’agronome. Paradoxe ?
L’explication se trouve au cœur d’une vision lucide de l’acte et de la geste agricole depuis
ses origines. Cultiver un champ, c’est certes fabriquer un garde-manger gratuit et
surabondant pour les «ravageurs» (insectes, champignons, herbivores). Mais c’est aussi
préparer le terrain - littéralement parlant - pour les plantes sauvages s’épanouissant
dans les mêmes conditions que la plante domestiquée semée (photo, infestation de chardons dans un des champs expérimentaux). L’agriculteur sélectionne et favorise ainsi
l’expansion de ces mauvaises herbes de manière involontaire. L’archéologue suit d’ailleurs
leur progression, du Moyen-Orient à l’ouest européen, lorsque les agriculteurs y
colonisent de nouvelles terres, de 10.000 à 4.000 ans avant J-C.
L’agriculteur ne peut se contenter d’observer sans réagir la lutte darwinienne entre son
semis et ces adventices (le terme d’agronomie pour les mauvaises herbes) compétitrices.
Le combat pourrait tourner au désastre pour son exploitation tant il est inégal. Car la
plupart des mauvaises herbes disposent d’une arme absolue : produire un stock de
graines dix, cent, cinq cent fois plus nombreux que la plante cultivée.
Lors du premier semis dans un champ nouveau, la plante domestiquée se montre souvent
capable d’écraser ses compétitrices puisqu’elle domine en nombre de graines. Puis, les
adventices vont, année après année, «accumuler dans le sol un énorme stock de graines»
qui lui permettra de prendre le dessus. Adieu blé, colza, maïs et orge - donc pain, huile,
bière et cochons - bonjour vulpin, chardon, moutarde, renouée, gaillet, folle avoine… Que
faire ?
Durant des millénaires, l’agriculteur a lutté à l’aide d’outils manuels, pour arracher les
mauvaises herbes de son champ. Il s’est attaché à diversifier les cultures dans l’espace
et le temps afin de perturber le cycle végétatif de ses ennemies. A intégrer des
cultures sarclées, susceptibles de «nettoyer» le champ des mauvaises herbes, et des
prairies fourragères entre les céréales. Deux milliards d’agriculteurs, souvent pauvres
et aux productions aléatoires, poursuivent ainsi ce combat (ci dessus sarclage au
Cameroun, photo piquée sur ce blog).
Les pays industrialisés ont, dans les années 50, inventé de puissants produits chimiques
herbicides. Couplés aux autres innovations agricoles (mécanisation, engrais, sélection
des semences, insecticides et fongicides), ils ont participé à l’explosion des rendements
des grandes cultures céréalières depuis un demi-siècle. La production française de blé
tendre atteint ainsi près de 80 quintaux à l’hectare en moyenne en 2009, contre 50 à la
fin des années 70 et dix seulement vers 1850. Même si cette moyenne d’il y a un demi-
siècle était tirée vers le bas par des terroirs à très faible rendement ensuite
abandonnés, la progression fut fulgurante.
Le rôle spécifique des herbicides fut de permettre une «simplification et une spécialisation extrême» des systèmes agraires, explique l’agronome. Dès lors qu’il peut
écraser les mauvaises herbes sous la puissance de feu de l’herbicide, l’agriculteur peut
industrialiser son mode d’action. En Bourgogne, cela donne souvent la rotation
simplissime «blé, orge, colza, trois cultures dont le cycle cultural est très similaire», explique Munier-Jolain, aux rendements élevés.
Le prix de cette évolution radicale ? La pollution des eaux, une moindre variété de
cultures et une synergie avec les insecticides qui sape la biodiversité, l’apparition de
résistances qui poussent à l’usage accru des herbicides… le tout se terminant par un
système «non durable», insiste Munier-Jolain.
Cette absence de durabilité n’est pas seulement biologique mais légale, avec la menace
des interdictions de produits chimiques, comme pour l’atrazine sur le maïs dès 2001, puis
dans toute l’Union européenne en 2004. L’objectif officiel est de diminuer de 50% les
pesticides d’ici à 2018 affirme le plan gouvernemental Ecophyto, dont les herbicides (ici
le programme Ecophyto de l'Inra et ses résultats). Mais comment ?
Il faut «revenir à l’agronomie», répond l’agronome. D’où, après quelques années de
modélisation du «complexe champ et adventices», la mise sur pied d’une expérience à
grande échelle à Epoisses, en l’an 2000. Dix parcelles de deux hectares - un petit champ
mais représentatif du réel - y sont consacrées. Mission : tester sur la durée quatre
stratégies possibles de réduction des herbicides, en double exemplaire, comparées à une
culture en agriculture raisonnée. (photo, binage féverole).
L’objectif n’était pas de tester un outil agronomique particulier «toutes choses égale par ailleurs», explique Munier-Jolain. Mais une exploitation la plus proche possible des
contraintes réelles d’un agriculteur. Jusqu’au bout de l’exercice : le bilan économique,
coûts et bénéfices de la vente des produits.
Quatre stratégies de «protection intégrée» ont été testées avec différents niveaux de
diminution des herbicides - -50%, -70% et -100%. S’y ajoute l’objectif concomitant de
diminuer les engrais, les insecticides et les fongicides dans la perspective d’une
agriculture économe en «intrants», durable et moins agressive pour les sols et la
biodiversité.
Puisque la chimie est exclue, place aux tueurs mécaniques. Passant devant un hangar,
l’agronome détaille différents outils de désherbage mis en œuvre par les techniciens de
l’Inra sous la houlette de Pascal Farcy. Des herses-étrilles, des bineuses ou des houes
rotatives dont les dents arrachent et scalpent les mauvaises herbes entre les rangées.
Ou ces bineuses disposant de doigts souples en caoutchouc qui viennent «grattouiller la terre au pied des plantes». (A droite, démonstration pour des membres de CUMA,
coopératives d'utilisation du matériel agricole).
Le trio blé, orge, colza bourguignon a été délaissé au profit de rotations complexes
étalées sur plusieurs années (en agriculture biologique des rotations de huit ans sont
courantes). Objectifs : varier les compétitions entre plantes cultivées et mauvaises
herbes. Retarder les dates de semis afin de détruire les mauvaises herbes dès qu’elles
sortent de terre, et semer ensuite. Ou les étouffer par un semis deux fois plus dense
que d’habitude. Introduire «des cultures de légumineuses», dont la luzerne, capables
d’utiliser directement l’azote de l’air et donc d’éviter l’usage d’engrais en ravitaillant le
sol en matière organique…
Le graphique ci-dessous, tiré d'une présentation de Munier-Jolain montre sur l'un des champs expérimentaux avec une réduction d'au moins 70% de l'usage d'herbicides que la rotation complexe et les autres techniques utilisées permettent de maîtriser les mauvaises herbes.
Le bilan technique dressé par l’agronome, publié dans des revues scientifiques (1), semble
positif. Les analyses des sols par carottages montrent que le stock de semences des
mauvaises herbes n’est pas plus élevé qu’il y a douze ans. La biodiversité des sols en
micro-organismes a augmenté comme la densité des fouisseurs (vers de terre). Le bilan
en terme d’émissions de gaz à effet de serre est neutre. Le travail supplémentaire lié au
désherbage mécanique peut se compenser par un étalement des interventions au long de
l’année. Et la diminution du rendement est grossièrement compensée par celle des coûts.
Pourtant, Nicolas Munier-Jolain refuse de transformer ce résultat en belle histoire
pour écolo urbain. «Il n’y a pas de miracle», préfère t-il avertir. Démonstration par une
parcelle du scénario sans herbicide. Le champ est semé de luzerne, fauchée il y a peu.
C’est la réponse à une véritable «infestation» de chardons, tandis que de la renouée
liseron s’étale partout. Il faudra trois ans de culture de luzerne, fauchée régulièrement,
pour que les chardons épuisent leur réserve souterraine (les rhizomes) en cherchant à la
dépasser et finissent par mourir. Certes… Mais «je fais quoi de cette luzerne ? Sa vente couvre-t-elle la non culture de blé durant trois ans ?» s’interrogera l’agriculteur.
Pour l’agronome, qui se mue en économiste agraire, la question relève moins de la valeur
intrinsèque de la production - la luzerne se vend aux éleveurs - que du système
économique. Il faut organiser des marchés permettant la commercialisation de
productions plus variées, inciter à des productions permettant de s’affranchir des
importations de tourteaux de soja pour animaux, déployer une vision agro-systémique à
l’échelle régionale… C’est plutôt là que «le bât blesse», admet-il.
L’agronomie propose des solutions techniques adaptées et non un illusoire et simpliste
retour en arrière au défi des herbicides. Mais le cadre socio-économique susceptible de
les accueillir reste à inventer. Sa mise en œuvre transformerait l’économie agraire, les
circuits de commercialisation et jusqu’aux paysages en s’attaquant aux monocultures et
en promouvant des cultures plus diversifiées.
(1) Violaine Deytieux et al, European Journal of Agronomy, 36 (2012) 55 65.
Ci-dessous une vidéo de l'INRA où Munier-Jolain explique en quelques phrases cette
expérience :
http://www.youtube.com/watch?v=4k6agZT4BV4&feature=player_embedded
Par Sylvestre Huet, le 24 septembre 2012
Film INRA Web TV 18 min
Paillard G. (2012). Le Centre Inra de Dijon.
Interprètes : Lemanceau P., Burstin J., Dequiedt S., Steinberg C., Mougel C.,
Wipf D., Munier-Jolain N., Petit S., Salon C., Reboud X., and al.
Ce film invite à découvrir les recherches menées à l'Inra de Dijon : agroécologie,
aliment, sensorialité et goût, territoire et développement, écologie des écosystèmes
microbiens et aquatiques.
L'Inra en Bourgogne
La Bourgogne est une région réputée pour offrir de nombreux terroirs, dont
certains font l’objet de signes officiels de qualité prestigieux. De grandes parties de
territoires marquent leur spécificité agricole (vigne, grandes cultures, prairies…) et
l’inscrivent dans le paysage.
L’INRA est présent en Bourgogne depuis 1946, date de sa création sur le plan
national. Le Centre de Dijon est un centre pluridisciplinaire dont les champs de
recherche et d’action correspondent bien aux grandes thématiques nationales de
l’INRA, à savoir l’alimentation, l’agriculture et l’environnement.
http://www.inra.fr/audiovisuel/web_tv/la_vie_de_l_inra/presentat
ion_du_centre_inra_de_dijon
L'agroécologie, un chantier prioritaire pour l'INRA
Le Monde.fr 24.04.2013 par Angela Bolis, journaliste au Monde
Entretien avec Philippe Lemanceau, qui dirige l'unité Agroécologie à l'Institut national de recherche agronomique (INRA).
Pourquoi l'INRA a-t-elle fait de l'agroécologie un de ses deux champs de
recherche prioritaires ?
On s'est rendu compte que l'agriculture avait, certes, pour objectif la production et la
sécurité alimentaire, mais aussi celui de rendre des services environnementaux – éviter
de contribuer au réchauffement climatique, empêcher la détérioration des sols, garantir
une eau pure, éviter les invasions de pathogène – le tout dans un contexte de forte
croissance démographique au niveau mondial. C'est un changement de paradigme : on
n'est plus dans l'affrontement entre agronomie et écologie, agriculture productiviste et
écosystèmes, mais dans leur réconciliation.
Etes-vous déjà arrivés à des résultats que les agriculteurs pourraient mettre
à profit sur le terrain ?
Pour l'instant, les recherches visent encore à développer les connaissances scientifiques
et à tester leur faisabilité : est-ce satisfaisant au niveau agricole, en termes de
rendement ; au niveau environnemental (diminution des intrants chimiques, des gaz à
effet de serre...) ; au niveau économique, par rapport aux coûts de production et aux
marges d'exploitation ; et au niveau social, en termes d'acceptabilité de ces pratiques
par le plus grand nombre d'agriculteurs. Sans oublier la dimension politique : quelle sera
la part des subventions dédiées à ce type d'agriculture plus écologique dans une future
PAC (politique agricole commune de l'UE) ?
Toutefois, certaines recherches ont déjà montré des preuves de succès. C'est le cas
notamment de dispositifs expérimentaux sur les adventices [mauvaises herbes, dans la terminologie agronomique] : on peut réduire le recours aux herbicides – dont la France
est une grande consommatrice – en travaillant le sol de manière particulière, en faisant
des rotations de cultures adaptées, en utilisant des plantes "étouffantes", en retardant
les dates des semis, en désherbant mécaniquement... Il s'agit de proposer des systèmes
de culture innovants permettant de réduire l'utilisation d'intrants, et de répondre ainsi,
en particulier, aux enjeux du plan Ecophyto 2018 visant à réduire l'usage des pesticides.
Lire les résultats de dix ans d'expérimentation de l'INRA Dijon
Vous êtes professeur en microbiologie des sols. Qu'apporte cette discipline à
l'agroécologie ?
On a réalisé que les sols sont des environnements vivants, peuplés de milliards de micro-
organismes dont on connaît peu la diversité, mais qui jouent un rôle déterminant dans
leur fonctionnement biologique, et par conséquent leurs cycles biogéochimiques
(stockage du carbone, azote), la biofiltration de l'eau, mais aussi la croissance et la
santé des plantes. Certains d'entre eux protègent les plantes contre les maladies en
stimulant leurs défenses et en produisant des antibiotiques. Ils peuvent également
développer des symbioses qui contribuent à la nutrition minérale des plantes, en
particulier en azote.
Un des enjeux de nos recherches est donc de mieux connaître la nature des interactions
complexes entre plantes et microbes. L'idée est en particulier d'identifier les gènes
d'une plante qui lui permettent d'attirer ou de nourrir tout ce cortège microbien autour
de ses racines, ces microbes lui offrant en retour de mieux résister à telle ou telle
maladie, et d'améliorer sa nutrition. Ces gènes ont pu être perdus au cours des
processus de sélection qui ont permis la création de variétés performantes, mais
seulement en situation de forte fertilité (grâce aux apports d'engrais). Une fois
identifiés, ces traits végétaux favorables aux micro-organismes pourraient être
intégrés à une variété par des programmes de sélection variétale.
De façon plus générale, il est essentiel de décrire l'immense biodiversité des sols pour
mieux connaître ce patrimoine dont les applications potentielles concernent l'agriculture
et l'environnement, mais également la biotechnologie, la pharmacie et la phytopharmacie.
L'agroécologie est-elle l'avenir de l'agriculture
française ?
Le Monde.fr 24.04.2013 par Angela Bolis, journaliste au Monde
Jacques Morineau dans son exploitation, le GAEC (Groupement agricole
d'exploitation en commun) Ursule, près de Chantonnay en Vendée. Les parcelles
sont entourées de haies, qui favorisent la biodiversité.
Il faut un œil averti pour identifier de quoi sont plantés les champs de Jacques
Morineau, de part et d'autre des chemins de son exploitation vendéenne où bringuebale
son vieux 4x4 tout infiltré de poussière de terre. Vingt-neuf variétés y poussent, sur
une mosaïque de parcelles où il a mêlé ici du pois et de l'orge, là du blé et de la féverole,
ailleurs un carré de maïs entouré de colza, de l'avoine, du sorgho, des prairies et des
bosquets, un champ de peupliers... Sans compter les ruches, les vaches et les poulets.
Ce savant assemblage ne doit rien au hasard. Le pois et l'orge, par exemple : le premier
fixe dans la terre l'azote nécessaire au second, évitant ainsi le recours aux engrais
azotés. L'orge, plus fragile, résiste mieux aux maladies quand elle pousse en mélange,
l'autre variété empêchant que le pathogène ne contamine tout le champ. Au final, le
rendement global de la parcelle s'en trouve accru, assure Jacques Morineau. "On fait l'inverse de la monoculture et de l'agriculture intensive, où on a spécialisé les plantes : on cherche un maximum de diversité génétique", explique le paysan agronome.
Les cultures associées sont l'une des méthodes employées dans sa ferme, qu'il a
convertie dans les années 1990 à l'agroécologie. Union d'agronomie et d'écologie, ce
mot-valise désigne une démarche agricole qui utilise les services rendus par les
écosystèmes, plutôt que de chercher à les substituer par des intrants – engrais,
pesticides... "Au lieu de lutter contre la nature, on compose avec", résume Benoît Drouin,
président du réseau Agriculture durable des Civam. "Mon grand-père était agriculteur à l'époque de la deuxième guerre mondiale, et il mélangeait les cultures. Il faut retrouver la connaissance des plantes et le sens de l'observation."
LA FRANCE, FUTUR LEADER MONDIAL DE L'AGROÉCOLOGIE ?
Ces méthodes, si elles restent marginales en France, sont acquises au gré des
expérimentations de quelques agriculteurs "pionniers", et de plus en plus explorées par
la science agronomique : l'INRA en a fait l'un de ses deux champs de recherche
prioritaires en 2010. La démarche a aussi inspiré le ministre de l'agriculture, qui a
déclaré vouloir faire de la France un leader mondial de l'agroécologie, et présenté un
projet en ce sens fin février. Elle constitue le fil rouge de la future loi d'avenir de
l'agriculture, qui est entrée en phase de concertation lundi 15 avril, avant une
présentation en Conseil des ministres en septembre.
Lire l'entretien : "L'agroécologie, un chantier prioritaire pour l'INRA"
Stéphane Le Foll promet notamment de mobiliser 3 millions d'euros dès 2013 dans ce
domaine, et de créer des "groupements d'intérêt économique et environnemental" pour
permettre aux agriculteurs de s'associer et d'échanger leur savoir. "A ceux qui disent qu'on ne peut pas produire autant avec l'agroécologie, je réponds : "Venez constater avec moi, sur le terrain, que l'on peut faire des rendements de 80 quintaux à l'hectare en blé ou 9 000 litres par an pour une vache laitière avec des systèmes écologiquement performants", assure-t-il dans un entretien à Terra Eco.
Lire la réaction de la Fédération internationale de l'agriculture biologique au projet
de Stéphane Le Foll sur Basta Mag
Dans l'exploitation de Jacques Morineau, les rendements sont légèrement inférieurs à
ceux de l'agriculture conventionnelle, du moins en ce qui concerne les céréales comme le
blé et le maïs. Mais l'homme se targue, pour compenser une production moindre, d'un
gain de qualité : son blé, par exemple, peut être transformé en pain. Et "depuis cinq ans, notre productivité ne fait qu'accroître. Alors qu'avant, en chimique, c'était un échec : les rendements n'augmentaient plus", dit l'agriculteur.
Selon lui, il faudrait d'ailleurs, pour comparer, ramener la production à la surface réelle
et à l'énergie consommées pour un hectare : lui n'achète ni semences cultivées ailleurs,
ni fourrage pour ses animaux, ni engrais ou pesticides. Cette autonomie lui permet,
surtout, de réduire ses coûts de production. Les marges qu'il obtient permettent de
faire travailler sept personnes dans sa ferme.
Le gendre de Jacques morineau est l’un des sept employés de l’exploitation.
Parmi les salariés, le gendre de Jacques Morineau, qui souhaite reprendre l'exploitation
avec sa fille, arpente en tracteur un champ de blé et de féverole avant la tombée de la
nuit. Autres méthodes expérimentées dans ces champs : l'épandage de bois et de fumier
pour favoriser le développement des micro-organismes vivant dans la terre – "base de la productivité des sols" selon M. Morineau –, ou la réduction des labours, pour "ne pas mettre sens dessus-dessous les couches dans lesquelles vit la microfaune du sol".
En surface, des insectes prédateurs "auxiliaires", utilisés pour remplacer les
insecticides, ont investi les haies qui dessinent les parcelles de l'exploitation.
L'agriculteur tente aussi d'agencer les différentes cultures de sorte qu'y circulent les
coccinelles, qui mangent les pucerons. "Une sorte de parcours gastronomique", s'amuse-
t-il. "C'est une question de regard. Quand mon voisin voit des coccinelles, il se dit qu'il y a des pucerons, donc il traite. Quand j'en vois, je m'en réjouis car elles mangent les pucerons."
L’agro-écologie au carrefour des sciences et des
pratiques
Inra Actualités, par Eric Lecluyse, publié le 20/06/2013
Priorité de l’Inra, l’agro-écologie explore de nouvelles voies pour améliorer les performances
environnementale et économique des exploitations. L’apparition de modèles innovants change la vision
scientifique, ce qui tend à modifier la représentation des acteurs du monde agricole.
Mots-clés : Agriculture - économie - ENVIRONNEMENT - RESSOURCE NATURELLE - AGRO-ECOLOGIE
Le clivage historique entre les sciences agronomiques et l’écologie n’a plus lieu d’être. «
Ces disciplines - élevage, génétique, santé végétale et animale… - convergent, et nous
travaillons sur les bases théoriques et les applications de ces carrefours, explique Jean-
François Soussana, directeur scientifique Environnement de l’Inra. L’enjeu est de taille :
il s’agit améliorer les performances des systèmes agricoles, menacés par la montée des
aléas, qu’il s’agisse de la variabilité du climat ou de la volatilité des prix »
En réalité, l'agro-écologie, un néologisme apparu dans les années 1930, est déjà bien
représentée dans la littérature scientifique, notamment à l’Inra, sans forcément être
identifiée sous ce vocable. Les mots clés des articles publiés dans ce domaine sont
plutôt « biodiversité », « paysage », « écosystème » ou « agriculture biologique »...
Concrètement, il s’agit de passer d’une approche individuelle à une approche globale du
système agricole. Au lieu d’essayer d’obtenir « l’individu le plus performant dans un
environnement optimal » en apportant pesticides et engrais et en spécialisant les
territoires, les équipes étudient les « arrangements les plus performants dans des
environnements hétérogènes », moins fragiles du point de vue économique et
environnemental.
Comment favoriser la présence d’espèces auxiliaires qui peuvent aider à contrôler les
adventices ou les parasites ? Quelles cultures associer pour valoriser les ressources
naturelles ? Comment intégrer au mieux élevage et production végétale sur une
exploitation ? Quel est l’impact sur les pollinisateurs de la présence de prairies ?
Ces questions sont au cœur de la démarche de certains paysans pionniers de l’agro-
écologie, tel Pierre Rabhi. « Des gens ont été innovants et ont apporté de la réflexion,
note Jean-François Soussana. Nous devons maintenant disposer d'innovations
accessibles à tous, afin d’avoir un effet d'entraînement sur les multiples systèmes de
production.»
Le chantier de l’Inra sur l’agro-écologie s’inscrit dans le prolongement d’un mouvement
scientifique de fond qui associe dix des treize départements de recherche de l’Inra et
qui s’accompagne d’un fort potentiel d’innovation. « Il est caricatural de dire que l’Inra
est au service de telle ou telle forme d'agriculture, relève Jean-François Soussana. Il
n’y a pas de rupture, mais une prise de conscience de la nécessité de travailler ensemble,
pour explorer de nouvelles pistes ». Au domaine expérimental d’Epoisses, par exemple,
des essais menés depuis plus de dix ans par l’Inra montrent qu’il est possible d’avoir très
peu recours aux herbicides à condition d’optimiser les rotations des cultures.
La démarche « Produisons autrement » du ministère de l’Agriculture, de
l'Agroalimentaire et de la Forêt encourage cette évolution. Lors de la remise de son
rapport sur l’agro-écologie le 11 juin dernier au ministre Stéphane Le Foll, Marion
Guillou, ancienne présidente directrice générale de l’Inra, a notamment relevé que «
l’agro-écologie ne fait pas baisser les rendements mais prend plus de temps ».
Du temps, il en faudra, admet Jean-François Soussana, « mais en développant des
théories, des modèles, nous changeons la vision scientifique, ce qui changera la
représentation des acteurs à terme. » À ce jour, à l’Inra, neuf centres de recherche
possèdent un identifiant en rapport avec l’agro-écologie (trois autres ont des activités
qui relèvent de l’agro-écologie) et le nouveau méta-programme (Ecoserv) est
entièrement tourné vers les « services de l’agriculture, de la forêt et des
hydrosystèmes en fonction des pratiques de gestion ».
Signe des temps, un important colloque organisé par l’Inra sur l’agro-écologie, le premier
du genre, est programmé en octobre 2013. « Jusqu'à récemment, nous n’avions pas
conscience d’avoir autant de travaux en cours dans le domaine. Grâce à cette nouvelle
animation scientifique transversale, nous changeons d'échelle », se réjouit Jean-
François Soussana.
« SOS santé des plantes » : une innovation agro-écologique sur smartphone
Lancée en 2011 par une équipe de l’UMR Santé et agro-écologie du vignoble (Inra - Bordeaux
Sciences Agro), la plateforme Web ePhytia est rapidement devenue une référence nationale
(voire internationale) pour les professionnels et les jardiniers avertis. En quelques clics, guidé par
des photos, l’utilisateur peut diagnostiquer la maladie qui affecte ses tomates, salades ou melons.
Des versions pour Androïd ou iPhone, baptisées Di@gnoplant, disponibles également pour le tabac
et la vigne, sont également téléchargées en nombre. Prévue dans le courant de l’année 2013,
l'application Vigipl@nt fera la part belle à la science participative : « Un réseau d’observateurs
géolocalisera les maladies, ce qui nous permettra d’anticiper leur développement sur un territoire
», précise Dominique Blancard, l’ingénieur de recherche à l’origine du projet. C’est logiquement
dans le monde viticole, mieux équipé en smartphones, que ces applications mobiles connaissent la
plus forte progression.
Remerciements aux agriculteurs enquêtés, M. Liaigre**, P. Boucheny (CA79), M. Potier
(Corab), J.P. Gouraud (Agrobio Poitou-Charentes), J.Lallemand (Syndicat des Eaux du Vivier)
et Olivier Caillé (SMEPDEP de la Vallée de la Courance).
Financement ANR SYSTERRA ADVHERB (ANR-08-STRA-02)
L’intégration d’une luzerne de 3 ans dans la rotation :
un atout agronomique, économique et environnemental !
Zone atelier « Plaine et Val de Sèvre »� 500 km² au sud de Niort (79)
� Agriculture céréalière (céréales, maïs, tournesol, pois et colza)
� 15% de la SAU en prairies (contre 60% en 1970)
� ZPS au titre du réseau Natura 2000, depuis 2003
� Sols argilo-limoneux (groies) peu profonds (20 à 40 cm)
� RU = 50 à 80 mm
En 2010, l’INRA de Dijon (UMR Biologie et Gestion des Adventices), en collaboration avec le CNRS
(Centre d’Etudes Biologiques de Chizé), a réalisé une étude des pratiques agricoles sur le territoire sud
Deux-Sèvres (zone atelier « Plaine et Val de Sèvre »).
François BOISSINOT*, Delphine MEZIERE*, Vincent BRETAGNOLLE** et Nicolas MUNIER-JOLAIN*
OBJECTIFS
1. Identifier les stratégies agronomiques permettant aux agriculteurs de réduire leur utilisation
d’herbicides, voire de s’en passer totalement (AB).
2. Comparer les performances de durabilité d’une diversité de SdC contrastés en termes de niveau
d’usage d’herbicides.
IFTH < 1.15 si la rotation comprend au moins 50% de cultures de
printemps et/ou pluriannuelles
� Alternance des périodes de semis
(hiver vs. printemps ou été)
� Insertion de prairies temporaires (3 ans)
� Diversification des cultures de la rotation
� Evite une spécialisation de la flore adventice
� Gestion plus simple et efficace des espèces adventices
MATERIEL ET METHODES
� 28 agriculteurs enquêtés
� 7 SdC en AB + 21 SdC avec un IFT Herbicides variant de 0.43 à 3.09
� 5 types de rotations
OUTILS D’EVALUATION
� OdERA-Systemes® - Agro-Transfert Ressources et Territoires
� Simeq® - Arvalis-Institut du Végétal
� Indigo® - INRA Nancy et Colmar
RESULTATS
Succession avec luzerne
MSN = [Produit Brut + Aides PAC] – [Charges Opérationnelles et de Mécanisation]
Rentabilité Robustesse
SdC à IFTH faible + +Diversité des cultures (compensation économique)
+ recours réduit aux intrants
SdC avec Luzerne +++ ++ Faibles coûts de mécanisation + pas ou peu d’intrants
SdC en AB ++ +++ Pas d’intrants de synthèse + soutiens publics plus élevés
* UMR Agroécologie
17, rue Sully
21065 Dijon cedex
** Centre d’études
biologiques de Chizé,
CNRS, 79360 Beauvoir
sur Niort
Consommation totale (directe et
indirecte) d’énergie / ha / rotation
Echelle de 0 (faible) à 100 (élevée)
Labour : très énergivore
Intégration de légumineuses :
économies sur la fertilisation et la
mécanisation
CONCLUSION
L’intégration d’une luzerne de 3 ans dans la rotation joue un rôle
important dans la gestion de la flore adventice. Ses atouts
environnementaux (flux d’azote, consommation d’énergie, baisse des
intrants), alimentaires (protéines, fourrage) et économiques renforcent
son intérêt.
En Deux-Sèvres, la luzerne constitue également un milieu très favorable
à la préservation de l’outarde canepetière (espèce menacée)
Retrouvez l’intégralité de cette
étude dans l’article « Réduire
l’usage des herbicides en grandes
cultures », Phytoma n°649
Role of the AM interaction on S-uptake and
S-starvation resistance in Medicago truncatula
UMR1347 Agroécologie INRA/Agrosup/Université de Bourgogne ERL 6300 CNRS BP 86510, F-21065 Dijon, France. 1 Pôle IPM. 2 UMR1347 Pôle GEAPSI
L. Casieri1, K. Gallardo2, D. Wipf1
Background:
- Sulphur is an essential macronutrient for photosynthetic organisms, used to synthesize various molecules essential to sustain cell growth and viability such as amino acids
(cysteine and methionine), glutathionine (GSH), thiols of proteins and peptides, membrane sulpholipids, cell walls and secondary products like vitamins, cofactors, hormones
and jasmonate. Thus a reduced availability of S can affect growth, development, and response to numerous abiotic and biotic stresses, with dramatic economical impact.
- Plants acquire S from soils mainly as sulphate (SO42-) through an H+-dependent co-transport process. As consequence of SO4
2- is highly soluble in water and commonly
leached from soils by precipitations, leaving the 95% of the S pull in the soil as C-bonded moieties hardly available to plants. During the last three decades anthropogenic S
emissions have been strongly reduced in response to increasing environmental and health awareness; consequently, the lack of indirect fertilization by means of S-containing
precipitations led to an important rise of S deficiency cases in crop species.
- Sulfate absorption through the plasma membrane of root cells and its transport within the plant are under the control of different sulfate transporters. Although our
knowledge of SO42- transporters has been growing significantly, little is still known about the effect of the AM interaction on sulfur uptake.
Lj SULTR-p chr6.CM0314.360
Medtr2g008470 (Mt SULTR1.1)
MedtrCU651589 3.1 (Mt SULTR1.2)
Medtr5g061880 (Mt SULTR1.3)
100
100
58
53
8 MtSULTRs identifiedAims:
- To understand Medicago responses to S-
starvation at physiological and transcriptional levelMedicago truncatula WT (Jemalong, A17)
cultivated on sterilized quartz sand
Experimental design:
In-silico search for Medicago truncatula
sulphate transporters (MtSULTRs) in the
Mt3.5 v2 genome annotation
Effect of AM interaction and SO4-2
concentration on growth parameters
0
5
10
15
20
25
30
0 µM 1 µM 10 µM 100 µM 1mM 10mM
Leaf
su
rface (
cm
2)
NM
Myc
0
1
2
3
4
5
6
7
0 µM 1 µM 10 µM 100 µM 1 mM 10 mM
Bra
nch
len
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NM
Myc
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c*b
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****
a a
b b
ba ab ab ab
c bca
C, N, S content of above-ground tissues
from NM and Myc plants
0
200
400
600
800
1000
1200
1400
S0 S1µ S10µ S100µ S1m S10m
mg C
NM
Myc
a
*
aa
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b
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a aab
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S0 S1µ S10µ S100µ S1m S10m
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NM
Myc
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*
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16
18
20
S0 S1µ S10µ S100µ S1m S10m
mg
S
NM
Myc
a
*
a a
b
d
c
a ab
c b
e*
****
The evolutionary history was inferred using the Maximum Parsimony (MP). Numbers next to branches
represent the percentage of replicate trees in which the associated taxa clustered together in the
bootstrap test (2000 replicates). Sequence names consist of accession number and transporter IDs. Species
code: At Arabidopsis thaliana; Lj Lotus Japonicus; Mt Medicago truncatula; Os Oryza sativa; Zm Zeamays.
0.00
0.20
0.40
0.60
0.80
1.00
1.20
1.40
1.60
S 1 µM S 1 mM S 10 mM
NM
Myc
Medtr5g061880 (MtSULTR1.3)
a
*
ab
b
b
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*
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0.05
0.10
0.15
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0.25
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S 1 µM S 1 mM S 10 mM
NM
Myc
Medtr2g008470 (MtSULTR1.1)
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a
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*
1.00
1.50
2.00
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NM
Myc
Medtr2g008470 (Mt SULTR 1.1)
a
*
bc
a
**
0.18
0.20
CU651589-3.1 (Mt SULTR 1.2)
*a
0.00
0.10
0.20
0.30
0.40
0.50
0.60
S 1 µM S 1 mM S 10 mM
NM
Myc
Medtr3g087740 (MtSULTR2.2)
a
*
b b
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*
0.00
0.05
0.10
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0.20
0.25
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0.35
0.40
S 1 µM S 1 mM S 10 mM
NM
Myc
Medtr5g061860 (MtSULTR2.1)
a
*
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c
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Ph
ylo
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ne
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of p
lan
t SU
LTR
s
Roots
Leaves
Myc/NM MtSULTRs transcripts abundance ratios
Medtr5g061880 (Mt SULTR1.3)
tr B6UC24 Zm SULTR 1.2
tr Q6Z9Y1 Os High aff SULTR
sp Q9FEP7 At SUT1.3
sp Q9MAX3 At SUT1.2
sp Q9SAY1 At SUT1.1
tr Q9AT12 Zm SULTR ST1
tr Q8H7X4 Os Os03g0196000
Medtr5g061860 (Mt SULTR2.1)
Lj SULTR-p chr6.LjT23A02.80
Medtr3g087740 (Mt SULTR2.2)
sp O04722 At SUT2.1
sp P92946 At SUT2.2
tr Q8H7X1 Os Putative SULTR1
Lj SULTR-p chr2.LjT17O14.70
gi 112362444 Lj sst1
Medtr6g086170 (Mt SULTR3.2)
sp Q94LW6 At SUT3.5
tr Q8LR58 Os Os01g0593700
Lj SULTR-p chr1.CM0322.220
Medtr1g071530 (Mt SULTR3.1)
Lj SULTR-p chr5.CM0024.290
sp Q9SV13 At SUT3.1
tr Q10RF5 Os Os03g0161200
sp O04289 At SUT3.2
tr B6SYY9 Zm SULTR 3.4
tr Q5VQ79 Os Os06g0143700
sp Q9LW86 At SUT3.4
sp Q9SXS2 At SUT3.3
tr B6SXI4 Zm SULTR 4.1
Medtr7g022870 (Mt SULTR4.1)
sp Q8GYH8 At SUT4.2
sp Q9FY46 At SUT4.1
sp Q12325 Sc SUL2 S permease
sp P38359 Sc SUL1 S permease
100
58
100
73
28
97
84
100
43
16
14
100
91
100
100 92
100
71
94
30
59
99
100
100
84
100
92
100
60
78
100
100
100
0.2
Group 1
Group 4
Group 3
Group 2
- To assess the role of AM interaction on S-uptake
and S-starvation resistance
Nutrient solutions containing different SO4-2 concentrations on
Rhizophagus irregularis mycorrhized (Myc) and non-mycorrhized (NM) plants
Growth parameters and
Element content assessment
MtSULTRs transcript accumulation in
different tissues and SO4-2 concentrations
AM affect significantly the C, N, S content in leaves
suggesting direct and/or indirect implication of AM
in plant S-starvation resistance
- Group 1 MtSULTRs generally induced in roots
and repressed in leaves upon AM
SO4-2
concentration
MtSULTR
1.1
MtSULTR
1.2
MtSULTR
1.3
MtSULTR
2.1
MtSULTR
2.2
MtSULTR
3.1
MtSULTR
3.2
MtSULTR
4.1
Leaves
S1 μM 0.16 0.11 0.11 0.48 0.75 2.76 14.83 0.74
S1 mM 1.72 3.6 0.36 2.72 9.7 6.55 0.97 2.25
S10 mM 0.34 0.51 0.15 5.89 10.8 0.09 0.69 0.61
Roots
S1 μM 4.34 15.25 0.95 0.65 1.09 0.41 0.12 2.39
S1 mM 4.12 3.68 0.34 0.71 0.49 0.46 0.1 0.46
S10 mM 11.71 8.11 0.62 0.94 1.32 3.3 1.11 2.14
Leaf surface (a), vegetative organs branch length (b), shoot DW (c) an roots DW (d)
average values among biological replicates and St.Err. bars are shown. Significant
differences among sulphate concentrations and between Myc and NM plants are
indicated by lowercase letters and asterisks, respectively.
0 µM 1 µM 10 µM 100 µM 1mM 10mM 0 µM 1 µM 10 µM 100 µM 1 mM 10 mM
0.0
0.5
1.0
1.5
2.0
2.5
3.0
0 µM 1 µM 10 µM 100 µM 1mM 10mM
Le
aves D
W (
g)
NM
Myc
a
*
***
aa
bc b
c
a aa
bc bc**
c
0.0
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0
1.2
1.4
1.6
1.8
2.0
0 µM 1 µM 10 µM 100 µM 1mM 10mM
Ro
ots
DW
(g
)
NM
Myc
d
ab
**
a
b b
c c
a aa
bb b* 0.00
0.50
S 1 µM S 1 mM S 10 mM
b bb*
0.00
0.02
0.04
0.06
0.08
0.10
0.12
0.14
0.16
0.18
S 1 µM S 1 mM S 10 mM
NM
Myc
a
*
a ab b
a
* *
0.00
0.01
0.02
0.03
0.04
0.05
0.06
0.07
0.08
S 1 µM S 1 mM S 10 mM
NM
Myc
Medtr1g071530 (Mt SULTR 3.1)
a
*a
ba
b
ab *
0.00
0.01
0.02
0.03
0.04
0.05
0.06
0.07
0.08
0.09
S 1 µM S 1 mM S 10 mM
NM
Myc
Medtr6g086170 (Mt SULTR 3.2)
a
*
a
bab
a *b
S-deficiency effects (reduced biomass, shorter branches, fewer
and smaller leaves which become soon chlorotic) in NM plants
were more evident at concentrations equal or below 100 µM
and repressed in leaves upon AM
- Group 2 MtSULTRs induced in leaves
- Group 3 and Group 4 MtSULTRs differentially
affected according to SO4-2 concentration
SO4-2 concentrations affect significantly the growth of NM and Myc plants, suggesting SULTRs regulation
being dependent on S-sensing and availability
In-silico search allowed identifying 8 putative MtSULTRs with phylogenetic relations to already characterized
Arabidopsis and Rice transporters belonging to all 4 SULTRs groups
Transcript analyses revealed a complex picture of S-uptake and mobilization in M. truncatula. SULTRs also belonging to the same
group are differentially regulated in leaves and roots according to SO4-2 concentrations and AM interaction, suggesting a differential
contribution to direct- (DS ) or mycorrhizal- (MS) sulphate uptake pathways
Main Outcomes:
Technosols to reclaim industrial wastelands: depth distribution of
abundance and activity of N-cycling microbial communities
Farhan Hafeez1, Fabrice Martin-Laurent1, Aymé Spor1, Marie-Christine Breuil1, Christophe Schwartz2 and Laurent Philippot1
Introduction
Technosol construction through assemblage of treated soil and recycled wastes is an innovative technology for the restoration of degraded lands and re-use of industrial wastes1. Recent studies have evidenced that Technosols could support primary production1 but knowledge about other ecosystemic services, such as nutrient cycling, is limited.
Nitrification
Denitrification
NH4+ NO2
- NO3
- amoA
The study was carried out on a 1 ha experimental site built in 2007 on industrial wasteland in Homécourt, France.
References
Acknowledgements: The PhD work was funded by HEC (Pakistan) and Doctoral School of the University of Burgundy (France). This work was part of the ‘Biotechnosol program’ carried out as part of the Gessol program, funded by the French Ministry of Ecology, Sustainable development and Land management in cooperation with the ADEME. We should also like to thank the Valterra Company as well as the GISFI for soil construction and technical assistance.
1INRA, UMR 1347 AgroEcologie , F-21065 Dijon cedex; France, 2Nancy-Université,Laboratoire Sols et Environnement, UMR INRA/INPL 1120, BP 172, F-54505 Vandœuvre-lès-Nancy cedex; France
1. G. Sere et al. 2008. Soil construction: A step for ecological reclamation of derelict lands. J. Soils Sediments 8 130-136. 2. L. Philippot et al. 2009. Mapping field-scale spatial patterns of size and activity of the denitrifier community. Environ. Microbiol. 11:1518-1526. 3. C.J. Phillips et al. 2000. Effects of agronomic treatments on structure and function of ammonia-oxidizing communities. Appl. Environ. Microbiol. 66:5410-5418.
Conclusions Both soil properties and abundance of the AOB influenced PNA whereas PDA was mainly controlled by soil properties and, to a minor extent, by the abundances of the nirS denitrifiers (Fig. 4). The correlation between the AOB abundance and potential nitrification suggests that bacteria and not archaea are driving nitrification in Technosols.
Despite being artificially constructed, our results showed that the vertical distribution of the microorganisms in Technosols is similar to that observed in other soils with a decrease of both the activity and the abundance of the ammonia-oxidizers and denitrifiers with increasing depth. The type of Technosol also had an impact on the N-cycling communities, especially in the upper horizon. However, Technosol depth was a more important driver of the studied microbial communities than Technosol type.
Technosol depth clearly affected the abundance of the N-cycling microbial guilds with decreasing abundances with increasing depth (Fig. 1). AOB were more abundant than the AOA in both types of Technosols.
N-cycling activities were comparable to those from agricultural soils and exhibited a gradual change along the profile with decreasing rates as depth increases (Fig. 2). Both potential ammonia oxidation (PNA) and potential denitrification activity (PDA) correlated with the physico-chemical properties but this correlation was stronger for the latter (Fig. 4).
The main objective of this work was to study the distribution of key microbial guilds involved in the nitrogen cycle in two types of Technosols and to analyze how they were influenced by changes in Technosol properties along the depth profile. Shifts in the total bacterial community structure were also investigated.
Green waste compost, treated industrial soil and paper by-products were staked to built two different Technosols (T1 and T2) at the contaminated site. For both Technosols, the first and second layers consisted of compost and mixture of paper by-products and treated industrial soil respectively. The bottom layer of T1 and T2 was composed of paper by-products and limed paper by-products, respectively.
Soil sampling were carried out across 3-horizons (with an approximate depth of 0-15; 15-35; 35-85 cm) from three replicate plots from the two types of Technosols.
Materials and Methods Results
The abundances of the bacterial (AOB) and crenarchaeal (AOA) ammonia oxidizers and denitrifiers were assessed by quantitative PCR (qPCR) using the genes encoding the catalytic enzymes responsible for ammonia oxidation (amoA), and denitrification (nirK, nirS, nosZ) as molecular markers.
Technosol Samples DNA extraction
Real time-PCR Amplification
Fingerprinting (ARISA)
Denitrification Rate
Nitrification Rate
Spectrophoto- metry
Gas- Chromatography
A large spatial variability in the genetic structure of the bacterial community was observed between replicates, which prevents drawing robust conclusions on the effect of the Technosol type (Fig. 3). However, significant changes in bacterial community structure with depth were observed suggesting a vertical stratification of bacterial communities (Fig. 3).
Potential ammonia-oxidation and denitrification were measured by colorimetry and by the acetylene inhibition technique, respectively.
We focused on the ammonia-oxidizers performing the first step of the nitrification process and on the denitrifiers, which are often used as model communities in microbial ecology since they are responsible for N-losses through leaching and gaseous N emissions2,3.
Fig. 4. Correlation matrix between the abundance and activity of the ammonia oxidizer and denitrifier communities and the physico-chemical properties of the two types of Technosols. The colour scale above the figure indicates the intensity and the direction of the correlation (red positive, blue negative).
Fig. 3. A-RISA profiles from T1 (a) and T2 (b) Technosols, sampled at different horizons. Soil depth (in cm) is indicated above the gel pictures (three replicates per horizon).
856 bp
307 bp
1091 bp
520 bp
0-15 15-35 35-85 cm 0-15 15-35 35-85 cm 0-15 15-35 35-85 cm
0-15 15-35 35-85 cm 0-15 15-35 35-85 cm 0-15 15-35 35-85 cm
856 bp
307 bp
1091 bp
520 bp
a)
b)
16S rRNA (Crenarchaea)
Gravels (0.2-0.5 cm)
Olsen PTotal CaCO3pHOrganic matter
Fine soil
Organic carbonC:NTotal N
Clay
Fine sandCoarse sand
Fine siltCoarse silt
Gravels (>0.5 cm)
Soil MoisturePDAPNAAOB
16S rRNA (Bacteria)
nosZnirS
nirK
narG
napA
16S
rRN
A (
Cre
nar
chae
a)
Gra
vels
(0.2
-0.5
cm
)
Ols
en P
To
tal C
aCO
3
pH
Org
anic
mat
ter
Fin
e so
il
Org
anic
carb
on
C:N
To
tal N
Cla
y
Fin
e sa
nd
Co
arse
san
d
Fin
e si
lt
Co
arse
silt
Gra
vels
(>0.
5 cm
)
So
il M
ois
ture
PD
A
PN
AA
OB
16S
rRN
A (B
acte
ria)
nosZ
nirS
nirK
narG
napA
Fig. 1. Abundance of the AOB and the denitrifier community in the two types of Technosols (T1 and T2 ) at different horizons estimated by qPCR of amoA, nirK, nirS and nosZ genes. Bars indicate mean ( standard deviation) gene copy numbers per horizon depth and per Technosol (n = 9) expressed per ng extracted DNA. Letters adjacent to the bars indicate the significance of the differences between means.
NO2-
NO N2O
N2 NO3-
nosZ nirK
nirS
Fig. 2. Potential nitrification (A) and denitrification (B) rates measured at different horizons of two types of Technosols (T1 and T2 ). Means ( standard deviation) per horizon depths and per Technosol are shown (n = 9). Letters adjacent to the bars indicate the significance of the differences between means.
Automated Ribosomal Intergenic Spacer Analysis (A-RISA) was used to study the genetic structure of baterial community.
De
pth
(cm
)
0-15
15-35
35-85
0-15
15-35
35-85
nirK gene copy number perng DNA
nirS gene copy number perng DNA
103 106104 105
a
c
a
ab
c
103 106104 105
b
c
d
a
b
amoA gene copy number perng DNA (Bacteria)
103 106104 105
c
b
a
nosZ gene copy number perng DNA
103 106104 105
bc
a
c
c
b
(B)
Potential denitrification rateng N2O-N g-1 dw soil min-1
10 200 30 40
b
b
b
b
b
a
4Potential nitrification rateng NO2-N g-1 dw soil min-1
Dep
th(c
m)
0-15
15-35
35-85
0-15
15-35
35-85
1 20 3
(A)
a
ab
b
New hypothesis on the ploidy of the hybrid species Phytophthora alni subsp. alni
Genome size comparison using flow cytometry
1Husson C. , 1Aguayo J. , 2Révellin C. , 1Marçais B. and 1Frey P.
1INRA, UMR1136 INRA Université de Lorraine "Interactions Arbres/Micro-organismes", IFR110 EFABA, Centre INRA de Nancy, 54280 Champenoux, France 2INRA, UMR1147 INRA Université de Bourgogne "Agroécologie " , Centre INRA de Dijon, 21000 Dijon, France [email protected]
INTRODUCTION
Alnus glutinosa (common alder) is an important species of riparian ecosystems. At the beginning of the 1990s, a new lethal disease was described in the United Kingdom in riparian populations and is now a serious concern for the management of the riverbanks throughout Europe.
The causal pathogen, named Phytophthora alni subsp. alni (Paa), is a hybrid species between Phytophthora alni subsp. multiformis (Pam) and Phytophthora alni subsp. uniformis (Pau). One of the parental species, Pau, which is present in Europe and North America but probably exotic to Europe, is supposed to be a diploid species. Pam possesses a polyploid genome and is thought to be tetraploid (Brasier et al. 2004, Ioos et al. 2006, Aguayo et al. in press).
In this study, our aim was to determine the relative genome size and the ploidy level of the hybrid species Paa using flow cytometry (D’Hondt et al. 2011) and Real-Time PCR.
Foliage symptoms on alder
Flame-shaped bark lesion
CONCLUSION
RESULTS
Results of both methods are consistent and indicate that Paa contains half of the genome of each parental species.
Thus, hybridization led to a reduction in chromosome number, as in the case of homoploid hybridization. As a result, the hybrid Paa is most probably a triploid species.
This ploidy level may explain that oospores viability of Paa is low and that no germination was observed (Delcan and Brasier 2001).
Such a ploidy level in hybrid species has already been described in plants species (Palop-Esteban et al. 2007).
Determination of the ploidy level is of fundamental importance to characterize the population genetic structure which is mostly based on allele frequencies.
Pam
: P
aa r
atio
s
Pam : Paa ratios for the allele PAM1 of GPA1 gene
MATERIALS and METHODS
Determination of ploidy level using real-time PCR
Aguayo, J., Adams, G. C, Halkett, F., Catal, M., Husson, C., Nagy, Z. A., Marçais, B and Frey, P. Strong genetic differentiation between North American and European populations of Phytophthora alni subsp. uniformis. Phytopathology (in press) Brasier C.M., Kirk S.A., Delcan J., Cooke D.E.L., Jung T. and Man in´t Veld W.A. Phytophthora alni sp. nov. and its variants: designation of emerging heteroploid hybrid pathogen spreading on Alnus trees. Mycological Research, 108: 1172–1184 (2004) D’Hondt L., Höfte M., Van Bockstaele E. and Leus L. Applications of flow cytometry in plant pathology for genome size determination, detection and physiological status. Molecular Plant Pathology, 12: 815–828 (2011) Delcan J. and Brasier C. M. Oospore viability and variation in zoospore and hyphal tip derivatives of the hybrid alder Phytophthoras. Forest Pathology, 31: 65-83 (2001) Ioos, R., Andrieux, A., Marçais, B. and Frey, P. Genetic characterization of the natural hybrid species Phytophthora alni as inferred from nuclear and mitochondrial DNA analyses. Fungal Genetics and Biology, 43, 511-529 (2006).
Fluo
resc
ence
pea
k po
sitio
ns
Total nuclear DNA content: Paa = (Pam + Pau) x 0.5
Pau or Pam : Paa ratios
genes Allele PAU Allele PAM1 Allele PAM2
ASF-like 1.9 2.0 1.9
GPA1 2.6 2.0 2.2
RAS-Ypt 2.5 2.1 1.9
Mean (95%CI) 2.3 (1.9-2.7) 1.9 (1.7-2.2)
The number of copies of each allele is approximately 2 fold higher in the
parental species than in the hybrid species
Zoospore concentrations
Paa Pam Pau
Fluorescence intensity
Comparison of genome size using flow cytometry
fluor
esce
nce
number of cycle
sporangia
Release of
zoospores
Fluorescent
staining of nuclear
DNA in zoospores
1- Preparation of zoospore suspensions in Tris-EDTA buffer • Production of sporangia in river water from 3 days old colony of P. alni. Addition of cold ultra-pure water in place
of river water to release zoospores. Vortexing of zoospore suspensions, storage for 1 h at 4°C (encystment) • Filtration of suspensions using 10 µm pore membrane filters to trap zoospores. Incorporation of filters in a new
tube containing Tris-EDTA buffer and vortexing to release zoospores • Zoospore concentrations measured by using a haemocytometer
2- Flow cytometry analysis
• Addition of Rnase into zoospore suspensions and staining nuclear DNA content with Propidium Iodide • Measurement of fluorescence emission using a flow cytometer (Cyflow blue, Partec) • Relative genome sizes calculated from the ratios between the peak position of each Phytophthora species
3- Allele-specific real-time PCR
• Design of 9 allele-specific primer pairs and probes for three single copy nuclear genes: ASF-like, GPA1, RAS-Ypt
• DNA extraction of calibrated zoospore suspensions for 6 isolates per species • Quantitation of the number of copies of alleles for each gene using real-time PCR (Taqman®)
PAU PAM1 PAM2
P. alni alni
P. alni
uniformis
PAU
P. alni
multiformis
PAM1 PAM2
Hybridization event: based on 4 nuclear genes, Paa possesses at least 1 copy of alleles PAU, PAM1 and PAM2 from its
parental species (Ioos et al. 2006)
PAU PAM1 PAM2
P. alni alni
P. alni
uniformis
PAU
P. alni
multiformis
PAM1
PAM2
2n 4n
3n
2n 4n ?
? n
PAU
PAM2 PAM1
Zoospore concentration (log)
Cyc
le t
hres
hold
(C
t)
32
33
34
35
36
37
38
39 • Quantitative PCR on the three alleles (PAU, PAM1, PAM2) per gene
• Comparison between Pau or Pam and Paa of the amount of amplified DNA
Calculation of Pam : Paa and Pau : Paa ratios
• A difference of 1 Ct represents a 2 fold higher DNA quantity
Fluorescence peak of the isolate Pau300
Gate R1 represents the zoospore population
Cycle threshold
Paa isolates
Pam isolates
Genome size estimation is based on the comparison of the amount of fluorescence emitted by DNA stained with an intercalating fluorochrome (PI)
Mean (95% CI) = 0.49 (0.45–0.53)
Winter
disease
development
Development
stage 2
nodes
Development
on spike
Seed-borne
Inoculum
Soil-borne
inoculum
Soil surface
inoculum
Saprophytic survival of Fusarium graminearum in crop residues
Conclusion : There is no early indicators enabling to predict and control FHB. Part of the life cycle of F. graminearum relies on a saprotrophic phase during which the fungus seems to exhibit weakness. Therefore, the management of crop residues appears as the key point to control the development of FHB. A strong emphasis should be placed on the biological decomposition of crop residues at the soil surface or/and on the use of suppressive intermediate crops such as mustard to limit the soil inoculum potential of saprotrophic F. graminearum.
Saprophytic survival of Fusarium graminearum in soil in presence of various crop residues Population dynamics of F. graminearum were assessed in controlled conditions (small microcosms) by Q PCR measurements
J. Leplat1, L. Falchetto2, P. Mangin2, C. Heraud1, E. Gautheron1, N. Gautheron1, V. Edel-Hermann1, C. Steinberg1 1 INRA, UMR1347 Agroécologie 17 rue Sully, BP 86510, F-21000 Dijon, France. http://www6.dijon.inra.fr/umragroecologie 2 INRA, UE Domaine d’Epoisses, F-21110 Bretenières, France Email : [email protected]
This poster reports part of a PhD work (J. Leplat) funded by the Vitagora–FUI programme Farine+ 2007–11
10
100
1000
10000
100000
1000000
10000000
0 10 20 30 40 50 60 70 80
Days
10
100
1000
10000
100000
1000000
10000000
0 10 20 30 40 50 60 70 80
Days
Number of DNA copies.g-1 of matrix Number of DNA copies.g-1 of matrix
Relative contribution of different sources of inoculum in the development of Fusarium diseases
Soil
No crop
residues
Seed-borne
inoculum
Buried crop
residues
Soil-borne
inoculum
Air-borne inoculum
Crop residues
on the surface
Weeds,
Adjacent plots
Winter development of the disease Development stage 2 nodes Development of the disease on spike
C/N
14
116
Fusarium Head Blight (FHB) is one of the most important disease altering wheat crops. A field experiment was conducted i) to better understand the saprotrophic development of Fusarium graminearum and its consequences on FHB, ii) to characterize the relative importance of the different sources of FHB inoculum and the accumulation of mycotoxins in grains and subsequently, iii) to determine early indicators of future disease development on ears and accumulation of mycotoxins in grains.
No correlation
Relationship between early symptoms and the severity of Fusarium Head Blight
- No correlation between early symptoms and FHB => No early
indicators
- Climate plays a decisive role - Image analyses (not shown here) of spikes and spikelets revealed
a positive correlation between symptoms and mycotoxin contents - Air borne inoculum was not taken into account in this study. - Crop residues left on the surface are the main source of FHB
symptoms => they need a specific focus !
- Three wheat varieties (susceptible to resistant to FHB) - Various sources of inoculum of F. graminearum (seed, soil, buried and non buried crop residues) - 3 replicates/treatment, bioassay was performed two consecutive years - Measurements (field and lab) were carried out throughout the duration of the culture
Symptoms No symptoms
Disinfected soil + wheat residues
Disinfected soil without residues
Natural soil + wheat residues
Natural soil without residues
Soil + Maize residues
Soil + Wheat residues
Soil + Rape residues
Soil without residues
Soil + Mustard residues
Soil + Alfalfa residues
The soil-borne biota limits F. graminearum development The wheat residues provide exploitable resources for F.
graminearum and consequently promote its saprotrophic survival.
The exploitation of trophic and spatial resources provided by the crop residues depends on their nature (previous crop and C/N) : maize stubbles provide a greater carrying capacity than wheat straw and rapeseed residues while mustard has a suppressive effect for the fungus. The growth promoting effect of Alfalfa for F. graminearum is likely due to the rich N content of the residues but this effect is short-lived because its decomposition is probably also facilitated by the presence of N
Leplat, J., H. Friberg, M. Abid, and C. Steinberg. 2013. Survival of Fusarium graminearum, the causal agent of Fusarium head blight. A review. Agronomy for Sustainable Development 33:97-111.
Assessment of functionality and integrity of the model
FIGURE 4. Assessment of functionality and integrity of the FAE model.
Development of an improved in vitro model of human intestinal follicle associated epithelia to study cellular and molecular interactions of Candida albicans with M cells.
LÓPEZ ALAYÓN Carolina, ALBAC Sandrine, SAUTOUR Marc, DALLE Frédéric
Agroécologie UMR 1347 Agrosup, INRA, Université de Bourgogne. Pôle Microbiologie Environnementale et Risques Sanitaires (MERS), 7, Boulevard Jeanne d'Arc BP 87900 - 21079 DIJON CEDEX, France
TEER (Ωcm2) 203±68 445±62
Our results reported that adherence of Candida albicans SC5314 is greater in cultures containing M cells-like (co-cultures) than layers containing Caco-2 cells only (mono-cultures). Candida albicans seems to adhere preferentially to cells expressing the Glycoprotein 2 (M cell label) on its apical side. Candida albicans can cross more easily through the cellular layers containing M cells-like as compared to Caco-2 cells alone.
CONCLUSIONS
MO
NO
-CU
LTU
RE
CO
-CU
LTU
RE
MO
NO
-CU
LTU
RE
CO
-CU
LTU
RE
GLY
CO
PR
OTE
IN 2
G
LAEC
TIN
9
i j k l
m n o p
1. M CELL MARKER 2. UEA-1 3. DAPI 4. MERGE
a b c d
e f g h
Method: 1. M cells (green) on the cell layers were stained (I and m) with a polyclonal IgG goat anti-galectin 9 antibody (Santa cruz) or (a and e) with a polyclonal IgG rabbit anti-GP2 (Imgenex) and were revealed with an Alexa fluor 488 rabbit anti-IgG goat (Invitrogen) or an Alexa fluor 488 goat anti-IgG rabbit antibody respectively (Invitrogen). 2. Enterocytes (red) were labelled with the UEA-1 (ulex europaeus agglutinin 1) lectin ((Sigma). 3. Nuclei (blue) were revealed with a DAPI staining (Invitrogen). 4. Merge: Overlap of the three different staining.
Method: Cell layers were fixed and processed for SEM analysis. M cells were identified by their lack or fewer microvilli at their apical surface (c and d). Mono-cultures were used as control (a and b) (M = M cell ; E = enterocyte).
Candida albicans is a commensal inhabitant of the human mucosa causing harmful invasive infections in immuno-compromised patients, taking origin mainly from the gastro-intestinal tract. A better understanding of the mechanisms by which C. albicans interacts with the intestinal mucosa will improve our knowledge of the physiopathology of disseminated candidiasis. C. albicans can grow upon mucosal surfaces in both the yeast and the hyphal forms, the transition from the yeast to the hyphal form playing a key role in its virulence. Mucosal immunity contributes to both commensalism and pathogenicity of the fungus, possibly through presentation of C. albicans antigens to the underlying organized lymphoid structures via transcytosis that could probably be mediated by the specialized epithelial M cells. With this aim, we developed an in vitro model of the human intestinal Follicle Associated Epithelium (FAE) where enterocytes of the Caco-2 cell line in close contact with mucosal lymphocytes differentiate in M cells. Studying adherence, invasion and translocation of C. albicans across co-cultures suggest that C. albicans interacts differentially with M cells / enterocytes co-cultures as compared to mono-layers of Caco-2 cells alone. The uptake mechanism allowing C. albicans to translocate across the co-culture model is under investigation. Moreover, the respective contribution of the yeast and hyphal forms to this process will be studied using KO mutants of C. albicans unable to produce hyphae. Finally the cytokine production resulting from C. albicans and M cells / Caco-2 co-cultures interaction will be studied.
ABSTRACT
INVERSED FAE MODEL
Membrane PE
Seeding of
Caco-2 cells
D 0
Reverse
inserts
D 3-5
Co-culture
D 14-16
In-vitro FAE model
D 19-21
Culture of
Caco-2 cells
PE Membrane
Basolatéralside
Apical side
B RajiLymphocytesi
Microparticles
silicone rubber
M cells
Upper insert side
Lowerinsert side
Membrane PE
Seeding of
Caco-2 cells
D 0
Reverse
inserts
D 3-5
Co-culture
D 14-16
In-vitro FAE model
D 19-21
Culture of
Caco-2 cells
PE Membrane
Basolatéralside
Apical side
B RajiLymphocytesi
Microparticles
silicone rubber
M cells
Upper insert side
Lowerinsert side
FIGURE 1. Time scale of the protocol to obtain an optimized inverted in vitro FAE model as described by Des Rieux et al. (1)
VALIDATION AND CHARACTERISATION OF THE FAE MODEL
Localisation of M cells in the co-cultures
FIGURE 2. Identification of M cells by immunofluorescence analysis.
GP2 and Galectin-9 expression was increased on the apical surface of the co-cultures, suggesting the presence of M cells in the layer of cells (2) The UEA staining decreases in the co-cultures layers as compared to mono-cultures conditions, suggesting changes in the apical membrane components induced by the contact of lymphocyte B with enterocytes (2). Mono-cultures were used as a control.
CO-CULTURE MONO-CULTURE
a b c d
M
M
E
Mono-cultures: <1% of M cells Co-Cultures: 5% of M cells
FIGURE 3. Visualization of M cells by Scanning Electron Microscopy (SEM) analysis.
References • des Rieux et al., 2007, European journal of pharmaceutical sciences, 3 0 ( 2 0 0 7 ), 380–391 • Pielage et al., 2007, The International Journal of Biochemistry & Cell Biology, 39 (2007), 1886–1901
ACKNOWLEDGEMENTS This work was supported by the Agence Nationale de la Recherche (grant ANR-08-MIEN-033–01), the University of Burgundy and the Hôpital du Bocage, Dijon.
INTERACTION OF C. albicans WITH FAE MODEL
0,E+00
5,E-09
1,E-08
2,E-08
2,E-08
3,E-08
0,E+00
2,E-06
4,E-06
6,E-06
8,E-06
1,E-05
CO-CULTURES MONO-CULTURES
Pap
p 1
0KD
a D
extr
an-F
ITC
(cm
/s)
% o
f tr
ansp
ort
ed n
ano
par
ticl
es
0,2 µm nanoparticles
10KDa FITC-Dextran
Transepithelial electrical resistance (TEER) decrease is considered to be a result of Caco-2 cell conversion into M cells. The observed TEER values were in the range reported in the literature for both co-cultures and mono-cultures with good tightness (1). 10KDa FITC-Dextran apparent permeability (Papp) were 10 fold higher in co-cultures as compared to mono-cultures, suggesting that this molecule may cross the epithelial barrier at the paracellular level and/or by transcytosis (1). The number of transported nanoparticles was 20 fold higher in co-cultures than in mono-cultures suggesting that this molecule may cross the epithelial barrier by transcytosis (1).
Method: To quantify transcytosis function and permeability of the tissue: 4.5×108 nanoparticles/ml (0.2 µm FITC-labelled carboxylated nanoparticles)(Invitrogen) and 1mg/ml of 10KDa FITC-dextran suspended in HBSS, were added to the apical pole of the cellular layers. After 4h at 37 ◦C of incubation, the number of transported nanoparticles was evaluated by flow cytometry and the amount of transported 10KDa FITC-dextran was measured by fluorimetry. Integrity of the tissue was also measured by analysis of TEER (trans epithelial electrical resistance). TEER was measured using a Millicell®-RES (Millipore, Billerica, MA.) ohmmeter. Values appear down each group results. Each condition was tested in triplicate.
FIGURE 8. Co-localisation of C. albicans SC 5314 with M cells of the FAE model
1. GP2 2. UEA-1 3. CALCOFLUOR WHITE 4. MERGE
MO
NO
-CU
LTU
RE
CO
-CU
LTU
RE
a b c d
e f g h
Method: Cultures were infected with 107 C. albicans log phase for 2 hours. After rinsing, cultures were fixed and stained as described above. 1. M cells (green) and 2. Enterocytes (red) were labelled as describe above. 3. Adherent yeasts (blue) were revealed with a calcofluor white staining. 4. Merge: overlap of the three different staining.
Adherence of C. albicans was increased in co-culture conditions Adherent yeasts mostly co-localised with GP2 stained cells, suggesting that yeasts preferentially adhered to M cells.
FIGURE 5. Adherence of C. albicans SC 5314
FIGURE 6. Percentage of invasion of C. albicans SC 5314
FIGURE 7. Determination of the C. albicans SC 5314 transport through the mono- and co- cultures.
0,E+00
2,E-04
4,E-04
6,E-04
8,E-04
1,E-03
1,E-03
1,E-03
2,E-03
2,E-03
2,E-03
CO-CULTURES MONO-CULTURES
% o
f tr
ansp
ort
ed y
east
s
Adherence of C. albicans SC 5314 was 2 fold higher in co-cultures as compared to mono-cultures, suggesting that C. albicans interacts preferentially with M cells of the co-culture layers.
Method: The reference strain C. albicans SC 5314 was grown in liquid YPD (1% yeast extract, 2% bacto-peptone, 2% D-glucose) medium at 37°C overnight, with shaking. Prior to use C. albicans cells were diluted to a OD of 0,3 (600nm) into fresh liquid YPD medium and grown to log phase for 2 h at 37°C. Cultures of epithelial cells were infected with 4 x 104/ml of C. albicans log phase, for 30 minutes. After rinsing, cultures were fixed and stained with a rabbit polyclonal anti-C. albicans antibody (Acris) and with an Alexa fluor 488 goat anti-rabbit secondary antibody (Invitrogen). The percentage of adherence was determined as the ratio of the number of adherent yeasts to the number of C. albicans cells inoculated. Each condition was tested in triplicate.
Invasion of C. albicans was significantly increased in co-cultures after 2 hours of incubation as compared to mono-cultures, suggesting that C. albicans can penetrate more easily into layers containing M cells.
Method: C. albicans was grown as described above. Cultures were infected with 4 x 104/ml of C. albicans long phase, for 1, 2 or 3 hours. After rinsing, cultures were fixed and stained as described above. After permeabilisation both invasive and adherent yeasts were stained with calcofluor white. The percentage of invasive C. albicans cells was determined as the ratio of the number of [partially] internalized cells to the total number of interacting cells. Each condition was tested in quadruplicate
Method: Cultures were infected with 107/ml of C. albicans log phase for 24 hours. Then, the totality of the basolateral medium was taken and sowed in YPD plates, at 30°C for 2 days. The number of colonies grown on plates was then counted. Finally, the percentage of translocation was estimated by the ratio of the number of colonies to the total number of yeasts inoculated. Each condition was tested in triplicate.
After 24h of infection, translocation in co-cultures was 19 fold higher than in the mono-cultures, suggesting that translocation of C. albicans is facilitated by M cells.
0
1
1
2
2
3
3
4
4
5
CO-CULTURES MONO-CULTURES
% o
f ad
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ence
0
10
20
30
40
50
60
1h 2h 3h
% o
f in
vasi
on
CO-CULTURES
MONO-CULTURES
REFERENCES• Jeandroz, S., Murat, C., Wang, Y. J., Bonfante, P. & Le Tacon, F. (2008). Molecular phylogeny and historical biogeography of thegenus Tuber, the 'true truffles'. Journal of Biogeography 35(5): 815-829.• Murat, C., Riccioni, C., Belfiori, B., Cichocki, N., Labbe, J., Morin, E., Tisserant, E., Paolocci, F., Rubini, A. & Martin, F. (2011).Distribution and localization of microsatellites in the Perigord black truffle genome and identification of new molecular markers.Fungal Genetics and Biology 48(6): 592-601.• Riccioni, C., Belfiori, B., Rubini, A., Passeri, V., Arcioni, S. &Paolocci, F. (2008). Tuber melanosporum outcrosses: analysis of thegenetic diversity within and among its natural populations under this new scenario. New Phytologist 180(2): 466-478• Song, M. S., Cao, J. Z. &Yao, Y. J. (2005). Occurrence of Tuber aestivum in China. Mycotaxon 91: 75-80.
GENETIC DIVERSITY OF TUBER AESTIVUM / UNCINATUM
RESULTS
Tuber aestivum-uncinatum ( the Burgundy truffle ) forms ectomycorrhizas with different host trees (oaks, hazels..).
This species has a European wide distribution and is also found also in North-Africa and China (Song et al., 2005 ; Jeandroz et al., 2008).
Its taxonomical status is unclear : Morphological and ecological polymorphisms exist but no genetic differentiation indicating theexistence of two different species is found. Tuber aestivum-uncinatum is one species with different ecotypes. (Molinier et al, in prep)
No population genetic study using specific genetic markers has been performed at the European scale previously.
Here, we are reporting the first development of specific microsatellite markers (SSRs) in this species.
Our Goal : To infer the evolutionary history of the species and perform a population genetic study using samples from different European populations
GENERAL BACKGROUND & GOAL
In this study, we report the first identification of polymorphic microsatellite markers (SSRs) of Tuber aestivum - uncinatum by using direct shotgunpyrosequencing (DSP). Fifteen polymorphic SSRs were identified. Preliminary analyses show a relative high polymorphism. A future population geneticstudy performed with more samples from different populations in Europe should confirm the strong polymorphism found in Tuber aestivum. The future studyshould address several questions : (1) species genetic distribution within Europe? (2) Is there any population containing non shared alleles? Are there somedifferentiated populations in which no gene flow has taken place?
METHODS & STRATEGY• 1st Step : Development of specific SSR markers by Direct Shotgun Pyrosequencing (454) on genomic DNA extract.• 2nd Step : Population genetic study : Genotyping of a total of 320 samples coming from 30 different European populations.
1. DEVELOPMENT OF SSR MARKERS BY DIRECT SHOTGUN PYROSEQUENCING
4% agarose gel showing the different
alleles for 1 SSR marker and 7 truffle
isolates.
454-pyrosequencing run (Génoscope) => 534620 reads (average length mean = 561 bp)
Reads < 300 pbor Reads with atleast one « N »were removed.
411374 reads kept
SSRs identification (tri-, tetra-, penta- &hexa-nucleotide repeats) with MISA.Conditions:•More than 5 repeats•SSRs separated by more than 1bp wereconsidered as different SSRs•SSRs must begin between 100 and 300bp from the 5’ end of the reads.
5265 reads kept (excluding Di-):
Tri = 3568, Tetra = 1248, Penta = 324, Hexa = 125
Blastx search
against nr database
was performed
SSRs withmore than10 repeatswere kept
2126 reads kept
Tri = 114 reads Tetra = 42 reads Penta = 23 reads Hexa = 2 reads
Total= 181 reads
Different softwares used todevelop primers and testthem in silico : « Websat »,« Oligo Analyzer 3.1 »and« AmplifX ».
40 SSRs kept and their relative primers designed
PCR tests with DNAextracts from severaltruffle ascocarps
25 SSRs easily
amplified
Polymorphism teston 14 samples fromdifferent populationsby selection aftervisualization on a4% agarose gel
15
polymorphic
SSRs kept
for the study
2. PRELIMINARY GENOTYPING ON 84 TRUFFLE ISOLATES
Locus
nameSSR Motif
Tm
(°C)
SSR Size
range (bp)
Number
of
alleles
Number of
expected
alleles
Expected
Heterozygoty
aest1 (CCACTC)10 60 236-296 7 4.065 0.754aest6 (AGTAAT)6 60 212-236 5 2.697 0.629aest7 (ACAGC)6 60 256-286 6 3.929 0.745aest10 (AGTAC)6 60 280-310 6 4.618 0.783aest15 (GGATG)6 60 297-322 4 1.849 0.459aest18 (ACTG)11 60 136-156 5 2.285 0.562aest24 (TCA)18 60 292-319 8 4.558 0.781aest25 (ATT)10 60 122-140 5 3.402 0.706aest26 (TAT)11 60 124-178 9 4.948 0.798aest27 (TCA)18 60 314-341 8 4.121 0.757aest28 (TCA)18 60 344-452 15 7.171 0.861aest29 (AGTAC)6 60 186-226 7 4.748 0.789aest31 (CCTAC)6 60 285-325 9 4.388 0.772aest35 (TTTC)10 60 124-160 4 1.891 0.471aest36 (GACT)13 60 310-350 8 3.216 0.689
Molinier V.1, Murat C.2, Morin E.2, Wincker P3, Gollotte A.4, Martin F.2, Wipf D.11UMR Agroécologie INRA 1347/AgroSup/uB, Pôle IPM ERL CNRS 6300- Dijon - France, UMR 1136, IAM INRA-Nancy Université - Champenoux – France, 3Centre National de Séquençage-Génoscope, 4Inoplant, Aiserey, France.
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1
0
10
20
30
40
50
60
70
80
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
Mea
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(Squ
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)
Mea
n N
umbe
r of G
enot
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(Tria
ngle
s)
Number of loci
Figure 1 : Plots of the mean number of genotypes and genotypic diversity
versus the number of loci.
84 isolates from 9 European populations were used. Genotyping was performed with the 15 specific SSRmarkers. 69 different multilocus genotypes were identified outthe 84 T. aestivum isolates (Figure 1) Genotypic diversity was 0.993. Number of different alleles (Na) per locus varied from4 to 15 (mean = 7.067; SE = 0.714) (Table 1) Number of expected alleles (Ne) per locus variedfrom 1.849 to 7.171 (mean = 3.859; SE = 0.357) As expected, no heterozygosity was found asascocarp (haploid) were used (Riccioni et al., 2008 ;Murat et al., 2011) Expected heterozygosity (He) values range from0.449 to 0.861 ( mean = 0.704; SE = 0.031)
Table 1 : Characteristics of the 15 SSRs selected
CONCLUSION
Mise en évidence d’une activité caféoyltransférase chlorogénate-dépendante dans les racines de tomate mycorhizées.
Jonathan Negrel*, Francine Javelle et Dominique Morandi * email: [email protected]
UMR 1347 Agroécologie INRA, AgroSup, Université de Bourgogne Pôle Interactions Plantes-Microorganismes ERL CNRS 6300 INRA 17 rue Sully BP 86510 21065 Dijon Cedex France
INTRODUCTION et RESUME
: Il a été rapporté récemment que la colonisation des racines de tomate par des champignons mycorhizogènes à arbuscules provoquait une diminution significative des teneurs en acide chlorogénique (acide 5-O-caféoylquinique) de ces racines (Lo-pez-Raez et al. 2010). En essayant de vérifier ce résultat nous avons observé que lorsque des racines de tomate colonisées par Rhizophagus irregularis (précédem-ment connu sous le nom de Glomus intraradices) sont extraites par le méthanol pen-dant 48 h à 6°C, l’acide chlorogénique naturellement présent dans l’extrait est lente-ment transestérifié en methyl caféate, la réaction pouvant être suivie par HPLC. La réaction n’a lieu que lorsque les racines broyées sont laissées au contact de l’extrait hydro-alcoolique et lorsque la teneur en eau du mélange est de 15 à 35 %. Lorsque les racines sont extraites dans l’éthanol, l’acide chlorogénique est transformé en ethyl caféate dans les mêmes conditions. La réaction est aussi détectée dans les extraits de racines colonisées par Glomus mosseae. Elle peut aussi être détectée dans les extraits de racines des plantes « témoins », non colonisées, mais est de 10 à 25 fois plus faible. Par contre elle est indétectable dans les extraits des partiesaériennes, qui sont aussi riches en acide chlorogénique, et ceci que la plante soit inoculée ou pas avec le champignon.
Nos résultats montrent que la réaction de transestérification détectée dans les extraits racinaires est catalysée par une enzyme de la plante, dotée d’une activité caféoyltransférase chlorogénate-dépendante et qui conserve son activité dans les mélanges hydro-alcooliques. Cette activité caféoyltransférase est inhibée par le PMSF. Les isomères 3- et 4-O-caféoylquinique sont également utilisés comme subs-trats mais sont moins actifs que le 5-O-caféoylquinique. L’activité est très fortement induite dans les racines de tomates mycorhizées cultivées en condition de forte défi-cience minérale. Etonnamment cette activité caféoyltransférase a aussi été détectée dans les racines mycorhizées de poireau, de sorgho et de Medicago truncatula.
La signification physiologique et biochimique de la présence de cette enzyme dans les racines est actuellement inconnue. Notre hypothèse est que l’activation du métabolisme de l’acide chlorogénique dans les racines de tomate mycorhizées pour-rait être liée à son utilisation comme précurseur d’autres composés phénoliques.
O
O
OH
OH
OHHO
O
HO
O
OH
O
OH
OH
Acide Chlorogénique
HNO
SERINE
COMPLEXE ACYL-ENZYME
nucléophile
HO
O
OH
OH
Acide caféique
O
O
OH
OH
Methyl caféate
MeOHH2O
PMSFX
CONCLUSION
Bien que nous n’ayons pas détecté de diminution significative des teneurs en acide chlorogénique dans les racines de tomate mycorhizées, nos résultats confir-ment que la mycorhization provoque une activation de son métabolisme. Assez étonnamment, la transestérificaton de l’acide chlorogénique détectée au cours de l’extraction des composés phénoliques de racines de tomate mycorhizées est une réaction enzymatique catalysée par une enzyme de la plante qui reste active dans les mélanges hydro-alcooliques et qui présente une activité caféoyltransférase chlo-rogénate-dépendante lorqu’elle est placée en présence de forte concentrations d’alcools. La signification biologique et biochimique de la présence de cette enzyme dans les racines est pour l’instant inconnue, mais on peut penser que l’activation du métabolisme de l’acide chlorogénique dans les racines de tomate mycorhizées est liée à son utilisation comme précurseur d’autres composés phénoliques. Il est pos-sible que cette enzyme corresponde à un gène de fonction inconnue dont l’activation a déjà été observée au cours des études consacrées à la symbiose mycorhizienne à arbuscules par des approches de transcriptomique ou de protéomique, ce qui devrait faciliter sa caractérisation et l’identification du ou des produits formés in vivo à partir de l’acide chlorogénique.
Matériel et méthodes.
Matériel végétal et fongique: La variété de tomate Marmande a été utilisée au cours de ce travail. Les plantes ont été cultivées sur sol d’Epoisses stérile additionné de 25% de zéolite et inoculées par G. intraradices (Agrauxine, Biorize SA) ou Glomus mosseae (BEG 12). Les plantes cultivées en chambre climatisée on été arrosées soit avec de l’eau osmosée, soit avec une solution nutritive de Long Ashton à teneur normale (P) ou réduite (P/10) en phosphate. La colonisation par le champignon a été estimée selon le protocole décrit par Morandi et al. 2005 Mycorrhiza,15, 283.
Identification du methyl et de l’ethyl caféate: Le methyl caféate formé au cours de la réaction de transetérification a été identifié par co-chromatographie (HPLC, TLC) et comparaison des spectres UV-visible et de masse (HR-ESIMS) du produit de syn-thèse. L’ethyl caféate a été identifié dans les même conditions.
Détection et quantification de la formation de methyl caféate lors de l’extraction de l’acide chlorogénique: La vitesse de transestérification de l’acide chlorogénique (Fig. 4 et 5) a été mesurée par HPLC après broyage des racines dans l’azote liquide et extraction des composés phénoliques endogènes en incubant les culots racinaires à 6°C pendant 48h en présence de d’acide chlorogénique (1 mM) dans le MeOH 70%.
Détection de l’activité caféoyltransférase dans les extraits enzymatiques: Après broyage à 4°C des racines dans un tampon 0.2 M Tris-HCl pH 7.5 contenant 1% SDS, 10 mM ME, 1 mM EDTA et 20 g/L d’acide ascorbique l’extrait enzymatique cen-trifugé est précipité à l’acétone à – 20°C et remis en suspension dans un tampon KPi à pH 6. Cet extrait est ensuite utilisé pour mesurer l’activité en présence de MeOH 70% et d’acide chlorogénique 1 mM. La transestérification est alors suivie par HPLC à 6°C pendant 48h.
Remerciements Ce travail a bénéficié d’un financement du Conseil Régional de Bourgogne (PARI Agrale 8). Nous remercions également le Laboratoire Central d’Analyse du CNRS à Lyon pour les données de spectrométrie de masse.
Réferences
López-Ráez, J. A., Flors, V., García, J.M., Pozo, M.J., 2010. AM symbiosis alters phe-nolic acid content in tomato roots. Plant Signaling and Behavior 5, 1-3.
Fig. 1. Réaction de transestérification de l’acide chlorogénique détectée au
cours de l’extraction dans le méthanol à 6°C des composés phénoliques
des racines de tomate colonisées par Glomus intraradices. Une réaction
analogue a lieu en présence d’éthanol.
O
O
OH
OH
OHHO
O
HO
O
OH
O
OH
OH
MeOH
OHHO
O
HO
OH
OH
Acide quinique Methyl caféate
Acide chlorogénique
Fig. 2. Analyse par HPLC des composés phénoliques des racines de tomate de plantes témoins (A et B) ou inoculées par G. intraradices depuis 1 mois (C à F).
1: Acide chlorogénique, 2: Methyl caféate, 3: Ethyl caféate
A et C: analyse immédiate après extraction dans le méthanol B et D: analyse après 48 h d’extraction dans le méthanol à 6°C E: analyse immédiate après extraction dans l’éthanol F: analyse après 48 h d’extraction dans l’éthanol à 6°C
1) L’acide chlorogénique est transestérifié au cours de l’extraction des composés phénoliques des racines de tomate mycorhizées (Fig. 1 et 2)
2) La vitesse de transestérification dépend à la fois de la mycorhization et de la nutrition minérale de la plante: (Tableau 1 et Fig. 3 et 4)
3) La réaction de transestérification est aussi liée à la mycorhization chez d’autres espèces végétales: (Fig. 5)
4) La réaction est catalysée par une enzyme de la tomate remarquablement stable, inhibée par le PMSF et dont l’activité est fortement stimulée par la mycorhization (Tableau 2 et Fig.6)
Tableau 1. Paramètres de croissance et de colonisation des plants
de tomate témoins (NM) et mycorhizés (Gi). Solution nutritive
Eau LA P/10 LAParties aériennes NM 2.49 ± 0.47 11.3 ± 0.44 13.2 ± 0.87
(g de matériel frais) Gi 3.08 ± 0.27 13.2 ± 0.87 13.6 ± 0.64
Racines NM 1.93 ± 0.36 3.79 ± 0.36 4.47 ± 0.24(g de matériel frais) Gi 1.68 ± 0.18 4.11 ± 0.15 3.44 ± 0.45
Colonisation par le champignonL (%) Gi 30 ± 3.6 8.4 ± 2.8 2.2 ± 0.6GI (%) Gi 10 ± 1.6 2.6 ± 1.1 0.49 ± 0.16AI (%) Gi 85 ± 4.9 83 ± 11 59 ± 18
L = pourcentage de longueur racinaire colonisée par G. intraradices
GI = intensité globale de la colonisation par G. intraradices
AI = pourcentage des cellules corticales contenant des arbuscules dans la partie colonisée de la racine.
Fig.3 Effets combinés de la nutrition minérale et de la mycorhization sur les teneurs en acide chlorogénique dans les parties aériennes et les racines de tomate. Les teneurs dans les plantes non mycorhizes (NM) et mycorhizées (Gi) ont été détermi-nées en HPLC 4 semaines après inoculation par G. intraradices. A : parties aériennes B : racines
Fig.4 Effets combinés de la nutrition minérale et de la mycorhization sur la vitesse de transestérification de l’acide chlorogénique détectée dans les extraits méthanoliques de racines de tomate.
Fig. 5 Effet de la mycorhization sur la transestérification de l’acide chlorogénique dans les extraits méthanoliques de racines de différentes espèces végétales (poi-reau, sorgho, Medicago truncatula)
Tableau 2 Spécificité et inhibition de l’activité caféoyltransférase
détectée dans les extraits enzymatiques de racines de tomate.
Substrat (1 mM) Activité relative
Gi NMAcide 5-O-caffeoylquinique 100 4Acide 5-O-caffeoylquinique (enzyme dénaturée par la chaleur)
0 0
Acide 5-O-caffeoylquinique (1 mM PMSF) 3 0Acide 4-O-caffeoylquinique 30 1Acide 3-O-caffeoylquinique 55 2Ethyl caféate 1 0Acide caféique 0 0
Fig.6
K. Siegel1, S. Aimé1, E. Chapelle2, V. Edel-Herman1, J. Raaijmakers2, P. Lemanceau1*, C. Steinberg1
1 INRA, UMR 1347 Agroécologie, 17 rue Sully, BP 86510, 21065 Dijon, France ; (Phone: +33 380 693 051, E-mail: [email protected]), 2 Wageningen University; Bld 107, Droevendaalsesteeg 1, 6708 PB Wageningen, The Netherlands * Coordinator of the EU project Ecofinders FP7-ENV-2010-264465
Identifying indicators of soil suppressiveness to fungal diseases
Background
Objectives
Experimental setup
Progress
Fusarium wilt of melon
Root necrosis of sugar beet caused by Rhizoctonia solani
Soils suppressive to soil-borne diseases are defined by a low disease incidence in spite of the presence of a virulent pathogen and a susceptible plant. A better survival of host plant (figure 1) is generally observed in suppressive soils (red curve) compared to conducive soil (blue curve). Moreover, the suppressive effect of a suppressive soil can be transmitted to the conducive soil by mixing 10% of the former into the latter (green curve). Therefore, we assume a biotic origin of the soil suppressiveness based on the activity of the resident soil microbiome. Such activity may include competition, antibiosis, and mycoparasitism towards the pathogenic fungi, as well as an induction of the plant defense reactions. These interactions among fungi and bacteria in the rhizosphere of the host plant are probably regulated by the abiotic environment but the microorganisms involved in these interactions are
still not identified.
Metagenomic approaches could be a way to evaluate and compare the microbial diversities of suppressive and conducive soils in order to depict fungal and/or bacterial taxa associated to the character.
Subtitle : Ecofinders: Ecological Function and Biodiversity Indicators
Identification of taxonomic microbial indicators of suppressive phenotype of soils by estimation and comparison of microbial biodiversity in two different soils suppressive to either Rhizoctonia solani
damping-off disease of sugar beet and Fusarium wilt disease and check if this indicators are common to both soils. In the present situation, only soil suppressiveness to Fusarium wilt is reported.
Assessing of bacterial & fungal soil diversity
Greenhouse bio-assay Rhizospheric soil
collection
16S (bacteria) and ITS1 (fungi) rDNA amplifications
454 Amplicon pyrosequencing Bioinformatic analysis SS: Suppressive soil CS: Conducive soil SS IN: Suppressive soil inoculated with pathogen CS+SS: Conducive soil amended with 10% of suppressive soil
Assessement of fungal diversity of Fusarium wilt suppressive soil
125 602 reads generated by pyrosequencing, 114 641 reads kept after filtering by bioinformatic pipeline (J. Langellé, INRA Nancy):
Raw sff files
BLAST against UNITE database
Trimming & denoising
Extract ITS region (Fungal ITS Extractor)
Select ITS region>100pb
Clustering at 97% identity (Uclust)
OTU clustering according to taxonomic
assignments
OTUs richness
0
200
400
600
800
1000
1200
1400
0 5000 10000 15000 20000 25000 30000 35000 40000
SS IN
CS
SS
CS+SS
Nb of reads
Nb
of fu
ngal
OTU
s
Fig2. Rarefaction curves : effect of internal transcribed spacer (ITS) sequence number on the number of operational taxonomic units (OTUs) identified from the four soil modalities. OTUs were generated at 3% sequence dissimilarity. Single-singletons (OTUs supported by only one read) were excluded from analysis. X, number of sequences; Y, number of observed OTUs. The number of OTUs increased with the number of reads but the plot of OTUs vs ITS1 sequences resulted in rarefaction curves that did not reached a plateau in spite of the large number of reads, what is expected in the case of soil metagenomics analysis.
Ascomycota: 75,0%
Basidiomycota: 5,4%
Unclassified Dikarya: 6,6%
Zygomycota: 3,5%
Other phyla: 0,8%
Unclassified fungi: 8,8%
Fig4. Taxonomical distribution of different phyla and fungal
groups in the rhizosphere microbiome of flax plants grown in soils with different levels of disease suppressiveness (sum of the fungal abundance of the four modalities). Ascomycota: 75,0%, Basidiomycota: 5,4%, Unclassified Dikarya: 6,6%, Zygomycota: 3,5%, other phyla (Chytridiomycota, Glomeromycota, Blastocladiomycota): 0,8%, Unclassified fungi: 8,8%.
Taxonomic analysis
Fig3. Venn diagram indicating shared and unique observed operational taxonomic units (OTUs) between disease conducive soil (CS), disease suppressive soil (SS), suppressive soil inoculated with F. oxysporum f.sp. lini (SS IN) and conducive soil with 10% of suppressive soil (CS+SS). SS and CS include respectively 1264 and 849 OTUs among which 325 are shared by both soils.
Conclusions & Perspectives
Although, bioinformatic and statistical analyses are not finished yet, we can already notice a significant difference in the taxonomic diversity composition between
suppressive and conducive soils which could be associated with the suppressive/conducive character of given soil. The next step after achieving the bacterial communities in Fusarium wilt suppressive/conducive soils is to assess the microbial diversity of Rhizoctonia solani suppressive soil.
Once the analyses of sequencing data are finished and the taxonomic assignments done, the comparison of microbial diversity of all studied soils will be
performed in order to find out the similarities or/and differences in these soils which should provide the suppressiveness indicators.
Fig1. Percentage of healthy plants remaining in the suppressive soil (SS), conducive soil (CS) and mix of both (CS+SS). Soils were inoculated with pathogen (103 conidia/ml of soil). Control: soil not inoculated.
0
20
40
60
80
100
0 5 10 15 20 25 30 35
Série2
Série1
Série3
Control Hea
lthy
plan
ts (%
)
Time (days)
1
1
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meeting of IOBC-WPRS
working group - Induced resistance in plants against insects and diseases: leaping from success in
the lab to success in the field." Avignon, France, 10-13 juin 2013 (communication orale, short paper,
résumé). In "Proceedings". vol. 89. p.171-175. ACTI2 Trdá L., Boutrot F., Perrin M., Schmitt C., Masson J., Kelloniemi J.-P., Héloir M.C., Daire X.,
Zipfel C., Poinssot B. (2013). Identification of the VvFLS2 grapevine flagellin receptor by a
functional genomics strategy. "6th
meeting of IOBC-WPRS working group - Induced resistance in
plants against insects and diseases: leaping from success in the lab to success in the field." Avignon,
France, 10-13 juin 2013 (communication orale, short paper, résumé). In “Proceedings”. vol. 89.
p.259-262.
2012 ACTI3 Milani G.A., Bohan D., Dunbar S., Muggleton S., Raybould A., Tamaddoni-Nezhad A. (2012).
Machine learning and text mining of trophic links. "11th International Conference on Machine
Learning and Applications (ICMLA)." Boca Raton, USA, 12-15 décembre 2012 (communication
orale, short paper). In vol. 2 of ICMLA. p.410-415. ACTI4 Tamaddoni- Nezhad A., Bohan D., Raybould A., Muggleton S. (2012). Machine Learning a
Probabilistic Network of Ecological Interactions. "2st International Conference ILP 2011." Windsor
Great Park, UK, 31 juillet-3 août 2011 (communication orale, full paper). In. Lecture Notes in
Computer Science, volume spécial: Inductive Logic Programming (Revised Selected Papers from
the conference) 7207. p.332-346.
6. Communications avec actes dans un congrès national
2013 ACTN1 Colbach N., Moreau D., Gibot-Leclerc S. (2013). PheraSys - un projet de modélisation de la
dynamique de l'orobanche dans les systèmes de culture. "Colloque L'orobanche rameuse en France."
Paris, France, 21 juin 2013. (communication orale, texte intégral). 9p.
2012 ACTN2 Duru M., Jouany C., Theau J.P., Granger S., Cruz P. (2012). L'écologie fonctionnelle pour évaluer et
prédire l'aptitude des prairies permanentes à rendre des services. "Les Journées de Printemps de
l’AFPF (Association Française pour la Production Fourragère) Prairies permanentes: de nouveaux
atouts pour demain». Paris, France, 3-4 avril 2012 (communication orale intégrale, résumé; sera
publiée dans Fourrages). In "Actes des journées de l"AFPF". p.103-120. ACTN3 Guillemin J.-P. (2012). (FOCUS) Historique des herbicides en France depuis la seconde guerre
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congrès du GFP (Groupe Français des Pesticides)." Poitiers, France, 29-31 mai
15
15
2012. p.3 (communication orale, résumé publié dans la Lettre d’information hors série n° 1 -
Observox).
7. Communications orales sans actes dans un congrès international ou national
2013 COM1 Albac S., Lopez C., Sautour M., D'Enfert C., Dalle F. (2013). Candida albicans interaction with M
cells in an in vitro model of the human intestinal Follicle Associated Epithelium (FAE). "Fifth FEBS
Advanced Lecture Course on Human Fungal Pathogens: Molecular Mechanisms of Host-Pathogen
Interactions and Virulence." La Colle sur Loup, France, 25-31 mai 2013. p.147 (communication
orale, résumé).
COM2 Barnard R., Osborne C., Firestone M. (2013). Responses of soil bacterial and fungal communities to
extreme soil drought and rewetting. "12th
Symposium on Bacterial Genetics and Ecology (BAGECO
12)." Ljubljana, Slovénie, 9-13 juin 2013. p.46-47 (communication orale, résumé).
COM3 Caillot D., Dalle F., Sautour M., Lafon I., Ferrant E., Bastie J.N., Cuisenier B., Astruc K., Aho S.
(2013). Impact de la décontamination de l’air par l’utilisation du système Plasmair® sur la survenue
d’aspergilloses pulmonaires invasives chez des patients atteints de leucémies aiguës recevant des
chimiothérapies intensives. Expérience du service d’hématologie clinique, CHU Dijon. "Congress of
the French Society of Medical Mycology (SFMM)." Dijon, France, 16-17 mai 2013 (communication
orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale, Proceeding of congress." vol. 23. p.201. COM4 Caillot D., Legouge C., Lafon I., Ferrant E., Newinger M., Guido O., Favennec C., Bernard A.,
Krause D., Martin L., Bonniaud B., Favrot N., Dalle F. (2013). Performance du scanner thoracique
pour le diagnostic des mucormycoses pulmonaires chez des patients atteints de leucémies aiguës.
"Congress of the French Society of Medical Mycology (SFMM)." Dijon, France, 16-17 mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale, Proceeding of congress." vol.
23. p.198. COM5 Charles P.E., Bruyère R., Pauchard L.A., Thierry-Antier N., Dalle F. (2013). De la colonisation
digestive à l’infection systémique par Candida albicans chez le lapin sous ventilation mécanique :
rôle du Toll-like receptor. "Congress of the French Society of Medical Mycology (SFMM)." Dijon,
France, 16-17 mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale,
Proceeding of congress." vol. 23. p.190. COM6 Duhoux A., Délye C. (2013). Three cytochrome P450 genes are over-expressed in ryegrass (Lolium
sp.) plants resistant to the ALS inhibitors iodosulfuron+mesosulfuron or pyroxsulam. "Global
herbicide resistance challenge conference." Perth, Australie, 18-22 février 2013. p.68 (communication orale, résumé).
COM7 Gardin J., Beffa R., Gouzy J., Carrère S., Délye C. (2013). A transcriptomics-based approach
enables the first identification of candidate genes involved in non-target-site-based resistance to
herbicides in a grass weed (Alopecurus myosuroides). "Global herbicide resistance challenge
conference." Perth, Australie, 18-22 février 2013. p.68 (communication orale, résumé).
COM8 Gardin J., Gouzy J., Carrère S., Beffa R., Délye C. (2013). Alopecurus myosuroides transcriptome
database (ALOMYBase): unravelling the genetic bases of non-target-site-based resistance to
herbicides. "16th
European Weed Research Symposium (EWRS)." Samsun, Turquie, 24-27 juin
2013 (communication orale, résumé). In "Proceedings". p.259. COM9 Goyer M., Albac S., Thenet S., Bon F., Dalle F. (2013). Enterocytes'tight junctions play a protective
role in limiting invasion of Candida albicans into intestinal cells. "Fifth FEBS Advanced Lecture
Course on Human Fungal Pathogens: Molecular Mechanisms of Host-Pathogen Interactions and
Virulence." La Colle sur Loup, France, 25-31 mai 2013. p.151 (communication orale, résumé).
COM10 Goyer M., Albac S., Thenet S., Bon F., Bonnin A., Dalle F. (2013). Les Tight Junctions des
entérocytes jouent un rôle protecteur en limitant l’invasion des cellules intestinales par Candida
albicans. "Congress of the French Society of Medical Mycology (SFMM)." Dijon, France, 16-17
mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale, Proceeding of
congress." vol. 23. p.190-191. COM11 Martin-Laurent F., Pesce S. (2013). Retour sur les journées d’écotoxicologie microbienne.
"Colloque de la société d'Ecotoxicologie fondamentale et appliquée (SEFA)." Thionville, 3-4 juillet
2013. p.20 (communication orale, résumé).
COM12 Moreau D., Milard G., Colbach N., Munier-Jolain N.M. (2013). Ecophysiological analysis of the
nitrophily of weed species. "16th
European Weed Research Symposium (EWRS)." Samsun, Turquie,
24-27 juin 2013 (communication orale, résumé). In "Proceedings". p.63.
16
16
COM13 Pérès G., Bispo A., Grand C., Cluzeau D., Gattin I., Hedde M., Cheviron N., Harris-Hellal J.,
LeGuedard M., Bessoule J.J., Ruiz N., Pauget B., Beguiristain T., Dequiedt S., Chaussod R., Faure
O., Hitmi A., Criquet S., Legras M., Laurent N., Vandenbulcke F., Coeurdassier M., Ponton S.,
Corted J., Villenave C., Bodilis J., Lepelletier P., Taibi S., Dur J.C., Bodin J. (2013). Application of
soil bioindicators for risk assessment, monitoring and soil characterization in contamined soils.
Results from the French national "Bioindicators Programme". "AquaConSoil, 2th
International UFZ-
Deltares Conference on Groundwater-Soil-Systems and Water Resource Management." Barcelone,
Espagne, 16-19 avril 2013 (communication orale, slides et résumé).
COM14 Pesce S., Margoum C., Rouard N., Foulquier A., Martin-Laurent F. (2013). Utilisation du potentiel
de biodégradation de sédiments de rivière comme indicateur d’une diminution du niveau
d’exposition a l’herbicide diuron suite a son interdiction d’utilisation. "Colloque de la société
d'Ecotoxicologie fondamentale et appliquée (SEFA)." Thionville, 3-4 juillet 2013. p.23 (communication orale, résumé).
COM15 Poinssot B., Kelloniemi J.-P., Trouvelot S., Héloir M.-C., Trda L., Frettinger P., Ferrarini A., Flors
V., Choquer M., Fermaud M., Simon A., Pradier J.M., Dalmais B., Viaud M. (2013). Evolution de la
résistance basale à Botrytis cinerea au cours de la maturation de la baie. "Première Rencontre du
Nouveau Réseau Vigne et Vins Septentrional Colloque RVVS 2013." Colmar, France, 1-2 juillet
2013. p.4 (communication orale, résumé).
COM16 Roques M., Caillot D., Noel R., Chretien M.-L., Guido O., Lafon I., Ferrant E., Duvillard L., Dalle
F. (2013). Intérêt de la procalcitonine sérique (PCT) comme aide au diagnostic des infections
fongiques invasives (IFI) au cours des hémopathies malignes. "Congress of the French Society of
Medical Mycology (SFMM)." Dijon, France, 16-17 mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale, Proceeding of congress." vol. 23. p.200.
COM17 Sautour M., Steinberg C., Laurent J., Edel-Hermann V., Barbezant M., Sixt N., Aho S., Hartemann
P., Bonnin A., Dalle F. (2013). Contamination de réseaux hydriques hospitaliers par une population
clonale de Fusarium oxysporum. "Congress of the French Society of Medical Mycology (SFMM)."
Dijon, France, 16-17 mai 2013 (communication orale, résumé). In "Journal de Mycologie Médicale,
Proceeding of congress." vol. 23. p.201-202. COM18 Scarabel L., Délye C. (2013). Occurrence of non-target-site-based resistance to ALS inhibitors in the
broadleaf weed Papaver rhoeas (corn poppy). "Global herbicide resistance challenge conference."
Perth, Australie, 18-22 février 2013. p.71 (communication orale, résumé).
2012 COM19 Abdallah C., Renaut J., Valot B., Zivy M., Recorbet G., Wipf D., Dumas-Gaudot E. (2012). Label-
free 1-DE-LC-MS/MS to identify arbuscular mycorrhiza related membrane proteins. "3rd
annual
joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.3 (communication orale, résumé).
COM20 Abdallah C., Renaut J., Valot B., Zivy M., Recorbet G., Wipf D., Dumas-Gaudot E. (2012).
Protéome membranaire en réponse à la symbiose mycorhizienne à arbuscules par GeLC-MS/MS.
"Journées francophones mycorhizes, 3ième
édition." Nancy, France, 5-7 septembre 2012. p.47 (communication orale, résumé).
COM21 Abid M., Fayolle L., Gautheron E., Heraud C., Gautheron N., Edel-Hermann V., Steinberg C.
(2012). Impact of deoxynivalenol on soil microflora and fauna. "3rd
annual joint meeting on Plant
Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.12-13 (communication orale, résumé).
COM22 Ait Lahmidi N., Todeschini V., Casieri L., Bonneau L., Lingua G., Arnould C., Berta G., Wipf D.
(2012). Identification of sugar transporters in arbuscular mycorrhiza. "3rd
annual joint meeting on
Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.6 (communication orale, résumé).
COM23 Bellanger S., Darmency H. Guillemin J.P. (2012). Biological causes of cornflower regression. VI
International Weed Science Congress. Hangzhou, Chine, 17-22 juin 2012 (communication orale,
résumé).
COM24 Bellanger S., Guillemin J.P., Darmency H. (2012). Les causes biologiques de la régression du bleuet
(Centaurea cyanus L.). Colloque Réveil du Dodo IV, Dijon, France, 2-4 mai 2012. p.44
(communication orale, résumé).
COM25 Bouffaud M.-L., Stockinger H., Peyret-Guzzon M., van Tuinen D., Wipf D., Redecker D. (2012).
Diversity of arbuscular mycorrhizal fungi (Glomeromycota) in european soils analysed by
pyrosequencing. "3rd
annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26
septembre 2012. p.11 (communication orale, résumé).
COM26 Cacas J.-L., Thomas D., Robert F., Fromentin J., Jeannette E., Mongrand S., Simon-Plas F.,
Ruelland E., Gerbeau-Pissot P. (2012). Phosphatidic acid signalling in cryptogein-elicited tobacco
17
17
cells. "3rd
annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012.
p.10 (communication orale, résumé).
COM27 Casieri L., Gallardo K., Wipf D. (2012). Transcriptional response of Medicago truncatula sulphate
transporters to arbuscular mycorrhizal symbiosis with and without sulphur stress. "3rd
annual joint
meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.7 (communication
orale, résumé).
COM28 Chauvel B., Martinez Q. (2012). How to explain the introduction of common ragweed into Europe
during the XIXth century? IInd International Ragweed Conference. Lyon, France, 28-29 mars 2012
(communication orale).
COM29 Chemidlin Prévost-Bouré N. (2012). Distribution spatiale de la diversité microbienne des sols à
l'échelle du territoire nationale. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs
environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.17 (communication orale,
résumé).
COM30 Chemidlin Prévost-Bouré N., Dequiedt S., Saby N., Thioulouse J., Jolivet C., Lelièvre M., Arrouays
D., Ranjard L. (2012). Spatial processes driving soil microbial community assembly on a wide scale.
"4th
International Congress Eurosoil 2012-Soil science for the benefit of mankind and environment."
Bari, Italie, 2-6 juillet 2012. p.613. (communication orale, résumé).
COM31 Colbach N., Granger S., Guyot S., Mézière D. (2012). Changing agricultural practices modify the
species and trait composition of the weed flora. A simulation study using a cropping system model.
"12th Congress of the European Society for Agronomy." Helsinki, Finlande, 20-24 août 2012.
p.152-153 (communication orale, résumé). COM32 Constancias F., Nowak V., Dequiedt S., Biju-Duval L., Guillemin J.-P., Joffre R., Martins J.,
Chemidlin Prévost-Bouré N., Ranjard L. (2012). Spatial patterns of microbial communities at a soil
micro-scale. "14th
International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14)." Copenhague,
Danemark, 19-24 aout 2012. (communication orale, résumé).
COM33 Darmency H., Wang T.Y. (2012). Development of herbicide-resistant varieties of foxtail millet. "VI
International Weed Science Congress". Hangzhou, Chine, 17-22 juin 2012 (communication orale,
résumé). COM34 Darmency H., Bellanger S., Tricault Y., Gardarin A., Colbach N. (2012). Dormancy and longevity
of soil-buried weed seeds: from examples to generalization. "VI International Weed Science
Congress". Hangzhou, Chine, 17-22 juin 2012 (communication orale, résumé). COM35 Doisy D., Colbach N., Roger-Estrade J., Médiène S. (2012). Does grassland cover limit the
replenishment of weed seed banks during seed rain? "12th Congress of the European Society for
Agronomy." Helsinki, Finlande, 20-24 août 2012. p.152-153 (communication orale, résumé).
COM36 Essiane-Ondo O., Wipf D., Gianinazzi S. (2012). Caractérisation d’une collection de variétés
anciennes de blé pour leur réponse à la mycorhization et impact sur la qualité du grain. "18ème
forum
des jeunes chercheurs." Besançon, France, 6-7 septembre 2012. (communication orale, résumé).
COM37 Fried G., Bretagnolle V., Gaba S. (2012). Impact des techniques agricoles sur l’assemblage des
communautés adventices. "EcoVeg 8 Ecologie des Communautés Végétales." Nancy, France, 28-30
mars 2012 (communication orale, résumé).
COM38 Gard B., Bretagnolle F., Laitung B. (2012). Growth and reproduction responses of French invasive
and North American native populations of common ragweed, Ambrosia artemisiifolia L. to
defoliation. IInd
International Ragweed Conference, Lyon, France, 28-29 mars 2012 (communication
orale, résumé).
COM39 Gerbeau-Pissot P., Kiêu K., Der C., Anca I., Thomas D., Roche Y., Perrier-Cornet J.-M., Mongrand
S., Kervrann C., Simon-Plas F. (2012). Liquid ordered domains of tobacco cell plasma membrane
:in vivo visualization, spatial distribution and modulation upon elicitation. "International Conference
on Membrane Domains." 27-30 novembre 2012 Dijon, France. (communication orale, résumé).
COM40 Guigue J., Mathieu O., Lévêque J., Kaisermann A., Sarr A., Milloux M.J., Ranjard L., Maron P.-A.
(2012). Influence of microbial diversity on soil organic carbon dynamics highlighted by a 13
C-
labelling technique. "Joint European Stable Isotope Users Group Meeting JESIUM 2012." Leipzig,
Allemagne, 2-7 septembre 2012. p.115 (communication orale, résumé).
COM41 Guillemin J.P., Gasquez J., Gauvrit C., Chauvel B. (2012). Historique des herbicides en France
depuis la seconde guerre mondiale. 42e
Congès du Groupe Français des Pesticides, Poitiers, France,
30 mai-1 juin 2012. p.54 (communication orale).
COM42 Hartmann A. (2012). Prévalence et circulation de pathogènes humains et de bactéries résistantes aux
antibiotiques dans l'environnement. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs
environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.4 (communication orale,
résumé).
18
18
COM43 Hayek S., Alaux P.-L., Grosch R., Gianinazzi-Pearson V., Franken P. (2012). Establishment of
Petunia hybrida as model for studying mycorrhiza-induced resistance. "12th
World Petunia Days."
Erfurt, Allemagne, 18-21 mars. p.21 (communication orale, résumé).
COM44 Kelloniemi J.-P., Trdá L., Héloir M.C., Trouvelot S., Poinssot B. (2012). Transcriptomes of
compatible and non-compatible gray mold/grapevine interactions compared in search of resistance
factors. "3rd annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. (communication orale, résumé).
COM45 Koegel S., Ait Lahmidi N., Arnould C., Boller T., Wipf D., Wiemken A., Courty P.E. (2012).
SbAMT3;1 et SbAMT4: deux transporteurs d'ammonium du Sorgho induits localement lors de la
mycorhization. "Journées francophones mycorhizes, 3ième
édition." Nancy, France, 5-7 septembre
2012. p.17 (communication orale, résumé).
COM46 Koegel S., Ait Lahmidi N., Arnould C., Walder F., Ineichen K., Boller T., Wipf D., Wiemken A.,
Courty P.E. (2012). Expression of Sorghum bicolor ammonium transporters upon colonization with
arbuscular mycorrhizal fungi. "3rd
annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon,
France, 26 septembre 2012. p.7 (communication orale, résumé).
COM47 Koen E., Brulé D., Boni G., Wendehenne D., Besson-Bard A. (2012). The plant resistance inducer
β-aminobutyric acid (BABA) induces an iron deficiency response in A. thaliana. "3rd
annual joint
meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.5 (communication
orale, résumé).
COM48 Lemanceau P. (2012). Continuum microbiologique: homme - environnement - alimentation
(présentation de l’axe et de son périmètre). "Interactions des microorganismes avec leurs
environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012 (communication orale,
slides).
COM49 Lichtfouse E., Hamelin M. (2012). L’INRA au colloque de l’Association Européenne des Editeurs
Scientifiques. "Présentation de retour sur le colloque européen de l'édition scientifique 'Editing in
the Digital World' à Tallin en Estonie en juin 2012 à la réunion de la Direction de la Valorisation -
Revues INRA/Springer." Paris, France, 10 juillet 2012 (communication orale, slides).
COM50 Lichtfouse E., Hamelin M., Lelièvre V., Aventurier P. (2012). Cows do not eat publications. Congrès EASE, 11th General Assembly and Conference ‘Editing in the Digital World’. Tallinn,
Estonie, 8-10 juin 2012 (communication orale, résumé).
COM51 Liu Y.B., Wei W., Tang Z.X., Stewart C.N.Jr, Ma K.P., Darmency H. (2012). Impact of transgenic
insect resistance in introgressed wild Brassica populations. "VI International Weed Science
Congress". Hangzhou, Chine, 17-22 juin 2012 (communication orale, résumé).
COM52 Martinez Q., Paul C., Chauvel B. (2012). Création et rôle de l'Observatoire de l'ambroisie. IIème
Colloque Européen des acteurs et décideurs de la lutte contre l’ambroisie. Lyon, France, 29-30 mars
2012. p.54 (communication orale, résumé).
COM53 Masquelier S., Wipf D., Gianinazzi S. (2012). Advances in in vitro culture of AM fungi. "3rd
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joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.15 (communication orale, résumé).
COM54 Merlin C., Heraud C., Devers-Lamrani M., Steinberg C., Martin-Laurent F. (2012). Isolation of
fungal isolates from french west indies soil contaminated with chlordecone: evidence for
chlordecone tolerance and potential biodegrading ability. "The international conference 2012
Contaminated Site Management in Europe CSME Sustainable Approaches to Remediation of
Contaminated Land in Europe SARCLE." Nancy, France, 22-24 octobre 2012. p.20-21 (communication orale, résumé).
COM55 Merlin C., Heraud C., Devers-Lamrani M., Steinberg C., Martin-Laurent F. (2012). Isolement de
champignons d’un andosol de Guadeloupe contaminé à la chlordécone: caractérisation de leurs
tolérances. "42e Congrès du Groupe Français des Pesticides." Poitiers, France, 30 mai-1er juin 2012
(communication orale, résumé).
COM56 Molinier V. (2012). Identification et développement de marqueurs microsatellites polymorphes chez
Tuber aestivum (syn. uncinatum) par une approche de pyroséquençage. "1ère
journée des doctorants
de l’UMR Agroécologie." Dijon, France, 12 mars 2012 (communication orale).
COM57 Molinier V., Murat C., Morin E., Gollotte A., Wipf D., Martin F. (2012). First identification of
polymorphic microsatellite markers in the Burgundy truffle, Tuber aestivum (Tuberaceae). "3rd
annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.12 (communication orale, résumé).
COM58 Peyret-Guzzon M., Mansuy C., Stockinger H., Redecker D. (2012). Studies of the population
structure of the arbuscular mycorrhiza fungus Rhizophagus irregularis. "3rd
annual joint meeting on
Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.11-12 (communication orale,
résumé).
19
19
COM59 Poignavent G., Wipf D., Gallardo K. (2012). Une fonction distincte du transporteur de sulfate
SULTR3;5 selon la source d’azote chez Medicago truncatula. "18ème
forum des jeunes chercheurs."
Besançon, France, 6-7 septembre 2012. (communication orale, résumé).
COM60 Poinssot B., Kelloniemi J.-P., Antal Z., Bruel C., Cimerman A., Daire X., Dalmais B., Fermaud M.,
Frettinger P., Gagey M.-J., Héloir M.C., Poussereau N., Pradier J.M., Rascle C., Roudet J., Simon
A., Trouvelot S., Vallet J., Baillieul F., Choquer M., Viaud M. (2012). SafeGrape - Genomic of the
grapevine - pathogen interactions: Botrytis cinerea virulence factors & molecular mechanisms of
induced resistance. "Plant Genomics seminar." Pont-Royal-en-Provence, France, 3-5 avril 2012. (communication orale, slides).
COM61 Pugin A., Poinssot B., Trouvelot S., Adrian M., Daire X. (2012). Oligosaccharide-triggered plant
immunity and plant protection. "The First World Congress on Biostimulants in Agriculture."
Strasbourg, France 26-29 novembre 2012. (communication orale).
COM62 Redecker D. (2012). Applications biotechnologiques des mycorhizes. "Workshop Interactions des
microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012.
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COM63 Redecker D., Börstler B., Thiéry O., Peyret-Guzzon M., Mansuy C., Stockinger H. (2012).
Elucidating the population structure of the ubiquitous arbuscular mycorrhizal fungal species
Rhizophagus irregularis: implications for fungal community assembly. "First Joint Congress on
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COM64 Siegel K., Aimé S., Raaijmaakers J., Deboer W., Lemanceau P., Steinberg C. (2012). Search for
indicators of soil suppressiveness to soil-borne diseases: functional genomics approach. "3rd
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joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.13 (communication orale, résumé).
COM65 Sozzi T., Gianinazzi N., Molan P., Gollotte A., Tiradani L., Dieffenbach R., Gianinazzi S.,
Gianinazzi-Pearson V., Walters D., Carlen C., Camps Z., Susek A., Batchvarova R., Kondakova V.,
Massardier P., Brosse C., Loisy J.L. (2012). QualiRedFruits: A European effort to develop new
agricultural practices for quality production for red fruits enriched in healthy compounds. "3rd
annual joint meeting on Plant Microbe Interactions." Dijon, France, 26 septembre 2012. p.14 (communication orale, résumé).
COM66 Stockinger H., Bouffaud M.-L., Peyret-Guzzon M., van Tuinen D., Redecker D. (2012). Diversité
des champignons mycorhizogènes à arbuscules (Glomeromycota) dans des systèmes agricoles
analysée par pyroséquençage. "Journées francophones mycorhizes, 3ième
édition." Nancy, France, 5-
7 septembre 2012. p.28 (communication orale, résumé).
COM67 Tardy V., Maron P.-A., Ranjard L., Lévêque J., Mathieu O., Lemanceau P. (2012). Erosion of
biodiversity affects the stability of soil microbial communities. "4th
International Congress Eurosoil
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gènes ribosomiques. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements:
circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.34 (affiche, résumé).
AFF68 Plassart P., Terrat S., Thomson B., Griffiths R., Dequiedt S., Lelièvre M., Regnier T., Nowak V.,
Bailey M., Lemanceau P., Bispo A., Chabbi A., Maron P.-A., Mougel C., Ranjard L. (2012).
Evaluation of the ISO standard 11063 “Soil DNA Extraction Procedure” for Assessing Microbial
Abundance and Community Structure. "14th
International Symposium on Microbial Ecology (ISME
14)." Copenhague, Danemark, 19-24 août 2012 (affiche, résumé).
AFF69 Ragon M., Guyot S., Perrier-Cornet J.M., Hartmann A., Gervais P. (2012). Survie et/ou réactivation
de microorganismes du sol sous hautes pressions gazeuses. "Workshop Interactions des
microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012.
p.11 (affiche, résumé).
AFF70 Sadet-Bourgeteau S., Philippeau C., Lelièvre M., Julliand V. (2012). Comparaison de la structure
bactérienne du caecum, du colon et des fèces équin par ARISA (Automated Ribosomal Intergenic
Spacer Analysis). "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements:
circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.27 (affiche, résumé).
AFF71 Simon A., Kelloniemi J.-P., Cimerman A., Dalmais-Lenaers B., Morgant G., Schumacher J., Pradier
J.M., Le Pecheur P., Roudet J., Fermaud M., Tudzynski B., Tudzynski P., Poinssot B., Viaud M.
(2012). Transcriptomes of Botrytis cinerea. "XV International Congress on Molecular Plant-
Microbe Interactions." Kyoto, Japon, 29 juillet-2 août 2012. (affiche).
AFF72 Steimetz E., Echairi A., Trouvelot S., Poinssot B., Héloir M.C., Adrian M., Daire X. (2012). Induced
resistance as a strategy for vineyard protection. "IXth
International Congress of Vitivinicultural
Terroirs." Dijon, France, 25-29 juin 2012. (affiche).
AFF73 Steimetz E., Echairi A., Trouvelot S., Poinssot B., Chiltz A., Guillier C., Bernaud E., Klinguer A.,
Héloir M.C., Adrian M., Daire X. (2012). Induced resistance as a strategy for vineyard protection.
"The Natural Products and Biocontrol Congress." Perpignan, France, 19-21 septembre 2012. (affiche).
AFF74 Tardy V., Mathieu O., Lévêque J., Lemanceau P., Ranjard L., Maron P.-A. (2012). L'assurance
écologique est-elle applicable aux communautés microbiennes telluriques ? "Workshop Interactions
des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin
2012. p.21 (affiche avec présentation orale, résumé).
AFF75 Terrat S., Plassart P., Christen R., Dequiedt S., Regnier T., Lelièvre M., Nowak V., Lemanceau P.,
Maron P.-A., Mougel C., Ranjard L. (2012). Optimisation du pyroséquençage haut-débit pour
caractériser la diversité taxonomique des communautés bactériennes des sols. "Workshop
Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon,
France, 6-7 juin 2012. p.24 (affiche avec présentation orale, résumé).
AFF76 Terrat S., Plassart P., Christen R., Dequiedt S., Lelièvre M., Nowak V., Regnier T., Wincker P.,
Lemanceau P., Maron P.A., Mougel C., Ranjard L. (2012). Optimisation du pyroséquençage haut-
débit pour caractériser la diversité taxonomique des communautés bactériennes des sols. "Ecole
Thématique Expert Génomique Environnementale ETEGE." Aussois, France, 23-27 avril 2012
(affiche, résumé).
AFF77 Terrat S., Dequiedt S., Bachar D., Christen R., Mougel C., Lelièvre M., Maron P.A., Plassart P.,
Wincker P., Cruaud C., Jolivet C., Arrouays D., Bispo A., Lemanceau P., Ranjard L. (2012). Deep
25
25
sequencing of 16S rRNA gene to efficiently assess bacterial richness and the rare biosphere in soils.
"14th
International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14)." Copenhague, Danemark, 19-24
août 2012 (affiche, résumé).
AFF78 Trichard A., Auguste C., Martinez Q., Petit S., Chauvel B. (2012). Ragweed seed predation by
invertebrates in cultivated area. IInd International Ragweed Conference. Lyon, France, 28-29 mars
2012 (affiche, résumé).
AFF79 Vincent F., Sautour M., L'Ollivier C., Truntzer C., Bonnin A., Dalle F. (2012). Genetic and
phenotypic characterization of commensal and clinical Candida albicans isolates reveals
heterogeneous distribution of adherence and invasiveness properties. "Workshop Interactions des
microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012.
p.6 (affiche avec présentation orale, résumé).
AFF80 Vincent F., Sautour M., L'Ollivier C., Truntzer C., Bonnin A., Dalle F. (2012). Genetic and
phenotypic characterization of commensal and clinical Candida albicans isolates reveals
heterogeneous distribution of adherence and invasiveness properties "11th
ASM Conference on
Candida and Candidiasis, American Society for Microbiology, ASM." San Francisco, États-Unis, 29
mars-2 avril 2012. p. 206-207. (affiche, résumé).
AFF81 Vincent F., Znaidi S., Sautour M., Truntzer C., d'Enfert C., Dalle F. (2012). Development of a high
throughput cytotoxicity assay of Caco-2 cells using a Candida albicans homozygous deletion
library. "18th
Congress of the International Society for Human and Animal Mycology, ISHAM
(International Society for Human and Animal Mycology)”. Berlin, Allemagne, 11-15 juin 2012
(affiche, résumé). In «Mycoses». vol. 55, supplément 4. p.160.
AFF82 Vincent F., Znaidi S., Sautour M., Truntzer C., D'Enfert C., Dalle F. (2012). Development of a high
throughput cytotoxicity assay of Caco-2 cells using a Candida albicans homozygous deletion
library. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation,
adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.15 (affiche, résumé).
AFF83 Viollet A., Corberand T., Mougel C., Avoscan L., Vansuyt G., Lemanceau P., Mazurier S. (2012).
Influence du système de sécrétion de type III bactérien dans les intéractions plantes-Pseudomonas
spp. fluorescents non pathogènes. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs
environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.23 (affiche avec
présentation orale, résumé).
AFF84 Vivant A.-L., Garmyn D., Gal L., Piveteau P. (2012). Le système Agr de Listeria monocytogenes et
la croissance en biofilm: approche transcriptomique de l’effet de la température. "Workshop
Interactions des microorganismes avec leurs environnements: circulation, adaptation." Dijon,
France, 6-7 juin 2012. p.33 (affiche, résumé).
AFF85 Vivant A.-L., Garmyn D., Gal L., Briandet R., Guilbaud M., Lemaître J.-P., Hartmann A., Piveteau
P. (2012). Single cell analysis evidence Heterogeneous expression of the Agr communication system
of Listeria monocytogenes. "Workshop Interactions des microorganismes avec leurs
environnements: circulation, adaptation." Dijon, France, 6-7 juin 2012. p.10 (affiche, résumé).
9. Ouvrages scientifiques (ou chapitres de ces ouvrages)
2013 OS1 Adrian M., De Rosso M., Bavaresco L., Poinssot B., Héloir M.-C. (2013). Resveratrol from vine to
wine. In Delmas D. eds. "Resveratrol: Sources, Production and Health Benefits." Nova Science
Publishers Inc. Chap. 1, 3-18.
OS2 Colbach N. (2013). Ex Ante evaluation of gene flow in oilseed rape with cropping system models. In
Bertheau Y. eds. "Genetically Modified and Non-Genetically Modified Food Supply Chains: Co-
Existence and Traceability." Wiley-Blackwell. Chap. 4, 49-60.
OS3 Darmency H. (2013). Co-existence issues of GM sugar beet. In Bertheau Y. eds. "Genetically
Modified and Non-Genetically Modified Food Supply Chains: Co-Existence and Traceability."
Wiley-Blackwell. Chap. 3, 35-48.
OS4 Darmency H. (2013). Diffusion génétique par transfert vertical chez les plantes. In Panoff, J.-M. eds.
«Le risque biologique: une approche transdisciplinaire», L'Harmattan. Chap. 1Ba, 103-114.
OS5 Lemanceau P., Mazurier S., Avoscan L., Robin A., Briat J.-F. (2013). Reciprocal interactions
between plants and fluorescent pseudomonads in relation to iron in the rhizosphere. In de Bruijn F.J.
eds. "Molecular Microbial Ecology of the Rhizosphere" vol. 2 Wiley-Blackwell. Chap. 113, 1181-
1189.
OS6 Lichtfouse E. (2013). Scientific writing for impact factor journals. "Media and Communications -
Technologies, Policies and Challenges". Nova Science Publishers, Inc. 87p.
OS7 Zancarini A., Lepinay C., Burstin J., Duc G., Lemanceau P., Moreau D., Munier-Jolain N., Pivato
B., Rigaud T., Salon C., Mougel C. (2013). Combining molecular microbial ecology with
26
26
ecophysiology and plant genetics for a better understanding of plant-microbial communities
interactions in the rhizosphere. In de Bruijn F.J. eds. "Molecular Microbial Ecology of the
Rhizosphere" vol. 1 Wiley-Blackwell. Chap. 7, 69-86.
2012 OS8 Adrian M., Trouvelot S., Gamm M., Poinssot B., Héloir M.C., Daire X. (2012). Activation of
Grapevine Defense Mechanisms: 2 Theoretical and Applied Approaches. In Mérillon J.M.,
Ramawat Kishan G. eds. “Plant defence: biological control.” vol. 12, part. 4. Springer,
Science&Business Media. Chap.13, 313-331.
OS9 Atif R.M., Patat-Ochatt E.M., Svabova L., Ondrej V., Klenoticova H., Jacas L., Griga M., Ochatt
S.J. (2012). Gene transfer in legumes. In Lüttge U., Beyschlag W., Francis D., Cushman J. eds. "Progress in Botany." vol. 74. Springer-Verlag. Chap. 2, 37-100.
OS10 Gianinazzi S., Masquelier S. (2012). Mycorrhizal industry in modern agriculture. In Hafidi M.,
Duponnois R. eds. "The Mycorrhizal symbiosis in Mediterranean Environment." Nova Science
Publishers Inc. 171-184.
OS11 Gianinazzi-Pearson V., van Tuinen D., Wipf D., Dumas-Gaudot E., Recorbet G., Liu Y., Doidy J.,
Redecker D., Ferrol N. (2012). Exploring the Genome of glomeromycotan fungi. In Hock B. eds. "The mycota IX - Fungal Associations"(2
nd ed.). Springer. Chap. 1, 1-21.
OS12 Lichtfouse E. (2012). Rédiger pour être publié! Conseils pratiques pour les scientifiques. Springer. 2
ème ed. 116p.
OS13 Mikic A., Mihailovic V., Cupina B., Lejeune-Henaut I., Hanocq E., Duc G., McPhee K.E., Stoddard
F.L., Kosev V., Krstic D., Antanasovic S., Jovanovic Ž. (2012). Developing fall-sown pea cultivars
as an answer to the challenges of climatic changes. In Comstock A.M., and Lothrop B.E. eds."Peas:
Cultivation, Varieties and Nutritional Uses”. Nova Science Publishers. Chap.4, 107-124.
OS14 Poinssot B., Trda L., Kelloniemi J.P., Steimetz E., Héloir M.C., Trouvelot S., Daire X., Adrian M.
(2012). Induced resistance in grapevine: from concept to vineyard application. In De Ávila, R.,
Fortunato, A.A., Resende, R.S. eds. "Indução de Resistência em Plantas a Patógenos". Departamento de Fitopatologia. Chap. 11, 277-310.
OS15 Redecker D. (2012). Divisio/Phylum Glomeromycota. In Frey W. eds. "Syllabus of Plant Families -
A. Engler's Syllabus der Pflanzenfamilien Part 1/1: Blue-green Algae, Myxomycetes and
Myxomycete-like organisms, Phytoparasitic protists, Heterotrophic Heterokontobionta and Fungi
p.p."(13ième
ed.). Bornträger Science Publishers. Chap. 11, 163-170.
OS16 Sangwan R.S., Ochatt S., Nava-Saucedo J.E., Sangwan-Norreel B. (2012). T-DNA insertion
mutagenesis. In Shu, Q.Y., Forster, B.P., and Nakagawa, H. eds. “Plant mutation breeding and
biotechnology”. CABI, FAO. Chap.38, 489-506.
OS17 Suprasanna P., Jain S.M., Ochatt S.J., Kulkarni V.M., Predieri S. (2012). Applications of in vitro
techniques in mutation breeding of vegetatively propagated crops. In Shu, Q.Y., Forster, B.P., and
Nakagawa, H. eds. “Plant mutation breeding and biotechnology”. CABI, FAO. Chap.28, 371-385.
10. Ouvrages de vulgarisation (ou chapitres de ces ouvrages)
2012 OV1 Granger S. (2012). Productions. In Lamy L., Leseigneur A. eds. «L'exploitation agricole à l'aube du
XXIe siècle ». Educagri. Chap. 3, 64-91.
OV2 Granger S. (2012). Productions. In Lamy L., Leseigneur A. eds. "L'exploitation agricole à l'aube du
XXIe siècle". Educagri. Chap. 3, 108-109.
OV3 Granger S. (2012). Productions. In Lamy L., Leseigneur A. eds. "L'exploitation agricole à l'aube du
XXIe siècle". Educagri. Chap. 3, 112-113.
11. Direction d’ouvrages ou de revues
Directions d’ouvrages
2013
Directions d’ouvrages en collections
2013 Lichtfouse E. (depuis 2006). Sustainable Agriculture Reviews. Springer, Netherlands.
Volumes 2013 de la collection :
27
27
DO1 Lichtfouse E. (2013). Sustainable Agriculture Reviews Volume 12. "Sustainable Agriculture
Reviews". Springer. 372p.
Directions de revues
2013
Directions d’ouvrages
2012
Directions d’ouvrages en collections
2012 Lichtfouse E. (depuis 2006). Sustainable Agriculture Reviews. Springer, Netherlands.
Volumes 2012 de la collection :
DO2 Lichtfouse E. (2012). Agroecology and Strategies for Climate Change. "Sustainable Agriculture
Reviews". vol.8. Springer. 335p.
DO3 Lichtfouse E. (2012). Organic Fertilisation, Soil Quality and Human Health. "Sustainable
Agriculture Reviews". vol.9. Springer. 352p.
DO4 Lichtfouse E. (2012). Farming for Food and Water Security. "Sustainable Agriculture Reviews".
vol.10. Springer. 284p.
DO5 Lichtfouse E. (2012). Sustainable Agriculture Reviews Volume 11. "Sustainable Agriculture
Reviews". Springer. 270p.
DO6 Lichtfouse E., Schwarzbauer J., Robert D. (2012). Environmental Chemistry for a Sustainable
World. Volume 1: Nanotechnology and Health Risk. Springer. 410p.
DO7 Lichtfouse E., Schwarzbauer J., Robert D. (2012). Environmental Chemistry for a Sustainable
World. Volume 2: Remediation of Air and Water Pollution. Springer. 541p.
Directions de revues
2012 DO8 Gianinazzi-Pearson, V., Molina, R. (depuis 1995). Mycorrhiza. Springer.
DO9 Lichtfouse E. (depuis 2003). Agronomy for Sustainable Development. Springer.
DO10 Lichtfouse E., Schwarzbauer, J., and Robert, D. (depuis 2003). Environmental Chemistry Letters.
Springer.
12. Autres productions
12.1. Travaux encadrés : Thèses
2013 AP TH1 Betelli L. (2013). Développement et évaluation d'une méthode fondée sur la PCR temps réel pour la
caractérisation des bioaérosols : application au groupe des actinomycètes. Thèse de Doctorat,
Discipline Sciences Vie. Vandoeuvre-lès-Nancy. Université de Bourgogne. Directeur de thèse:
Hartmann A., Co-directrice: Géhin E. 252p.
AP TH2 Lepinay C. (2013). Etude des interactions plantes-microbes et microbes-microbes, au sein de la
rhizosphère, sous un aspect coûts-bénéfices, dans un contexte de variation environnementale. Thèse
de Doctorat, Discipline Sciences de la vie, Spécialité Ecologie microbienne. Dijon. Université de
Bourgogne. Directeur de thèse: Mougel C., Co-encadrant: Salon C. 262p.
AP TH3 Mézière D. (2013). Compromis biodiversité-nuisibilité des communautés adventices dans les
systèmes de culture : développement d’une méthode de diagnostic combinant simulations et
indicateurs. Thèse de doctorat. Dijon. Université de Bourgogne. Directeurs de thèse: Colbach N.,
Granger S. 181p.
AP TH4 Molinier V. (2013). Diversité génétique et aromatique de la truffe de Bourgogne. Thèse de Doctorat,
Sciences de la Vie, Spécialités Biologie Végétale et Biologie Évolutive. Dijon. Université de
Bourgogne. Directeur de thèse: Wipf D., co-encadrante: Gollotte A. 316p.
2012 AP TH5 Abdallah C. (2012). Technical improvements for analysis of recalcitrant proteins by LC-MS: the
mycorrhiza responsive membrane proteome as a case study. Thèse de Doctorat, Spécialité
Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Co-Directeurs de
thèse: Dumas-Gaudot E., Recorbet G., Renaut J. 330p.
28
28
AP TH6 Adam T. (2012). Etude de l’implication de l'endocytose à clathrine dans les réactions de défense
déclenchées par la cryptogéine chez le tabac. Thèse de Doctorat, Spécialité Biochimie, Biologie
Cellulaire et Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Leborgne-Castel N.
124p.et 38 d’annexes.
AP TH7 Atif R.M. (2012). Dissecting the factors controlling seed development in the model legume
Medicago truncatula. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences Vie. Spécialité Physiologie
moléculaire des plantes et biotechnologie. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse
Ochatt S., Co-directeur Thompson R. 163p. AP TH8 Bonneau M. (2012). Échantillonnage adaptatif optimal dans les champs de Markov, application à
l’échantillonnage d’une espèce adventice. Thèse de Doctorat, Spécialité Mathématiques appliqués.
Castanet-Tolosan, Dijon. Université P. Sabatier de Toulouse. Directeurs de thèse: Sabbadin R.,
Peyrard N., Gaba S. 92p.
AP TH9 Doidy J. (2012). The Medicago truncatula sucrose transporter family: sugar transport from plant
source leaves towards the arbuscular mycorrhizal fungus. Thèse de Doctorat, Spécialité Biochimie,
Biologie Cellulaire et Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Directeurs de thèse: Schüßler
A., Wipf D. 296p.
AP TH10 Gard B. (2012). Processus écologiques et évolutifs influençant la colonisation de l'ambroisie
(Ambrosia artemisiifolia L.) en France. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences Vie, Université de
Bourgogne. Directeur de thèse: Bretagnolle, F. Co-directeur de thèse: Laitung B. 171p. AP TH11 Hafeez F. (2012). Characterization of microbial communities in Technosols constructed for
industrial wastelands restoration. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences Vie, Spécialité Ecologie
Microbienne. Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Philippot L. Co-directeur de
thèse: Martin-Laurent F. 143p.
AP TH12 Hayek S. (2012). Mycorrhiza-induced resistance against Thielaviopsis basicola in the ornamental
crop Petunia hybrida. Thèse de Doctorat, Discipline Biochemistry, Cellular and Molecular Biology.
Dijon. Université de Bourgogne. Directeurs de thèse: Gianinazzi-Pearson V., Eckhard G. Co-
directeur de thèse: Franken P. 135p.
AP TH13 Koen E. (2012). Acteurs de l'homéostasie du fer chez Arabidopsis thaliana: caractérisation
fonctionnelle de la nicotianamine synthase 4 et implications dans la résistance aux micro-orgnismes
pathogènes. Thèse de Doctorat, Spécialité Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire. Dijon.
Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Wendehenne D. 245p.
AP TH14 Leplat J. (2012). Développement saprotrophe de Fusarium graminearum: rôle respectif de différents
habitats naturels du champignon dans le processus d'infection du blé en Bourgogne; recherche
d'indicateurs prédictifs du risque de fusariose. Thèse de Doctorat en Sciences de la Vie, Spécialité
Écologie Microbienne. Dijon. Université de Bourgogne. Directeurs de thèse: Steinberg C., Mangin
P. 303p.
AP TH15 Liu Y. (2012). Calcium-related fungal genes implicated in arbuscular mycorrhiza. Thèse de
Doctorat, Discipline Microbiologie, Spécialité Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire.
Wuhan (République Populaire de Chine). Huazhong Agricultural University et Université de
Bourgogne. Directeurs de thèse: Zhao B., Gianinazzi-Pearson V., Co-directeur de thèse: van Tuinen
D. 126p.
AP TH16 Manzoor H. (2012). Calcium signaling in plant defense: involvement of subcellular compartments
and glutamate receptors. Thèse de Doctorat, Discipline Sciences de la Vie, Spécialité Biochimie,
Biologie Cellulaire et Moléculaire Dijon. Université de Bourgogne. Directeur de thèse: Garcia-
Brugger A. 239p.
AP TH17 Zancarini A. (2012). Etude de l’intéraction plante-communautés microbiennes de la rhizosphère
chez l’espèce modèle Medicago truncatula par une approche multidisciplinaire: contribution à la
réflexion sur le pilotage des interactions par la plante. Thèse de Doctorat, Sciences de la Vie et de la
Terre, Spécialités Ecophysiologie et Ecologie Microbienne. Dijon. Université de Bourgogne.
Directeur de thèse: Munier-Jolain N. Co-directeurs de thèse: Mougel C., Salon C. 202p.
12.2. Travaux encadrés: Masters 2
2013 AP M1 Bardet E. (2013). Prévalence de gènes de résistances aux antibiotiques dans les communautés
bactériennes de l'environnement : impact des systèmes de traitement d'eaux usées. Mémoire de
Master II STS-ETEC, spécialité Biologie des organismes et des populations. Dijon. Université de
Bourgogne. Encadrant: Hartmann A. 25p.
AP M2 Cernay C. (2013). Caractérisation expérimentale de la variabilité phénotypique du système racinaire
nodulé de génotypes contrastés de pois (Pisum sativum L.), en phase végétative et en milieu de
croissance non azoté. Rapport de stage d’École d'ingénieur, Master 2 Sciences et Technologies du
29
29
Vivant et de l’Environnement et d’Ingénieur en Agriculture. Angers. École Supérieure
d’Agriculture. Encadrant: Voisin A.-S. 84p.
AP M3 Fossot C. (2013). Étude de la colonisation racinaire par la bactérie pathogène ubiquiste Listeria
monocytogenes : rôle de l'environnement biotique et du régulateur transcriptionnel agra. Mémoire de
stage de Master II STS-ETE, spécialité Biologie des organismes et des populations. Dijon.
Université de Bourgogne. Encadrant: Piveteau P. 29p.
AP M4 Helbecque C. (2013). Contribution à l'étude des 5-énol-pyruvylshikimate-3 phosphate synthases
(EPSP synthase) de Nicotiana tabacum. Rapport de stage de Master II Biologie Intégrative des
Intéractions Plante Microbe Environnement. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Lamotte
O. 21p.
AP M5 Sadaoui A. (2013). Bases génétiques de la réponse aux contraintes de l’agroécosystème chez les
plantes adventices (« mauvaises herbes »): Niveau d’expression de gènes impliqués dans la réponse
au stress herbicide. Rapport de stage de Master II. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant :
Délye C. 39 p.
2012
AP M6 Baraton A. (2012). Les variétés de melon résistantes à la fusariose favorisent-elles dans leur
rhizosphère la multiplication de souches pathogènes agressives? Rapport de stage de Master II STS-
ETE, spécialité Biologie des organismes et des populations. Dijon. Université de Bourgogne.
Encadrants: Steinberg C., Aimé S., Olivain C. 22p.
AP M7 Belkacem N. (2012). Etude de l’adhérence de Candida albicans sur un support type verre et sur
cellules CACO-2 et TR-146. Rapport de stage de Master II. Dijon. Université de Franche Comté.
Encadrants: Sautour M., Dalle F. 15p.
AP M8 Bourgeois E. (2012). Evaluation de la robustesse technique et scientifique d'un bioindicateur de la
qualité microbiologique du sol, la Biomasse Moléculaire Microbienne. Rapport de stage de Master
II Aliments, Microbiologie, Assurance qualité, spécialité: Microbiologie appliquée à
l'agroalimentaire et à l'agroenvironnement. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Ranjard L.,
Dequiedt S., Maron P.A. 25p.
AP M9 Brulé D. (2012). Etude du mode d’action de l’acide β-aminobutyrique (BABA), un stimulateur des
réactions de défense, sur l’homéostasie du fer chez Arabidopsis thaliana. Rapport de stage de
Master II R BBCM. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrant: Besson-Bard A. 25p.
AP M10 Bruyère R. (2012). Impact de la modulation de la réponse inflammatoire pulmonaire et systémique
de l'hôte mediée par Toll-Like Receptor 2 dans un modèle animal de pneumopathie acquise sous
ventilation mécanique à Staphylococcus aureus. Rapport de stage de Master II. Dijon. Université de
Bourgogne. Encadrant: Charles P.E.
AP M11 Chambolle J. (2012). La diversité des communautés végétales des forêts alluviales de l’Allier est-
elle affectée par l’invasion de l’Érable négundo, du Robinier faux-acacia et de la Renouée de
Bohême ? Rapport de stage de Master II. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Fumanal B.,
Laitung B., Le Henaff PM., Boullet V. 31p.
AP M12 Darsonval M. (2012). Etude du système AGR par caractérisation de mutants de Listeria
monocytogènes. Rapport de stage de Master II. Recherche Biochimie, Biologie Cellulaire et
Moléculaire. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Garmyn D., Piveteau P. 29p.
AP M13 Fanjas-Mercère T. (2012). Rôle de la diversité fonctionnelle des communautés végétales sur leur
résistance à l’invasion par l’Ambroisie à feuilles d’Armoise (Ambrosia artemisiifolia L.). Rapport de
stage de Master II. Dijon. Université de Bourgogne. Encadrants: Laitung B., Gard B. 31p.
AP M14 Grandperret V. (2012). Etude de la régulation d'une histone déacetylase de type 2 dans le contexte
des réactions de défense des plantes. Rapport de stage de Master II R BBCM. Dijon. Université de
Bourgogne. Encadrant: Bourque S. 25p.
AP M15 Maurel A. (2012). Etude du rôle des jonctions serrées dans l’interaction de Candida albicans avec
les cellules entérocytaires Caco-2. Rapport de stage de Master II. Dijon. Université Paris 6.
Encadrants: Dalle F., Goyer M., Bon F. 41p.
AP M16 Pierre C. (2012). Impact de huit plantes invasives sur des communautés végétales de la région
méditerranéenne. Rapport de stage de Master II. Angers. AgroSup Dijon. Encadrants: Fried G.,
Laitung B. 51p.
AP M17 Trapet P. (2012). Les protéines S-nitrosylées lors des réponses de défense des plantes. Cas de la
protéine CDC48 et de l’EPSP Synthase. Rapport de stage de Master II R BBCM. Dijon. Université
de Bourgogne. Encadrant: Lamotte O. 25p.
12.3. Habilitations à diriger les recherches
2013
30
30
AP HDR1
12.4. Bases de données 2013 AP BD1
12.5. Rapports de grands projets internationaux 2013 AP RPI1
12.6. Rapports de programmes et d’expertises nationaux ou régionaux 2012 AP RPN1 Duc G., Blanchard S., Deytieux V., Hénault C., Lecomte C., Petit M.-S., Bernicot M.-H., Bernus
M., Bizouard F., Blanc N., Blondon A., Blosseville N., Bonnin E., Bois B., Castel T., Challan-
Belval C., Coulon C., Cuccia C., Delattre M., Dobrecourt J.F., Druot L., Dumas M., Geloen M.,
Hayer F., Humeau F., Huot E., Jeuffroy M.-H., Killmayer M., Larmure A., Lelay D., Leseigneur A.,
Mabire J.B., Mangin P., Marette A., Marget P., Million G., Nemecek T., Payot B., Raynard L.,
Robin P., Ronget D., Richard Y., Vaccari V., Vermue A., Villard A., Villery J., Vivier C. (2012).
PSDR Profile: Potentiels et leviers pour developper la production et l'utilisation des protéagineux
dans le cadre d'une agriculture durable en Bourgogne. (Plaquette de présentation PSDR - Pour et Sur
le Développement Régional). 4p.
12.7. Normes
2012 AP N1 Martin-Laurent F., et al. (2012). Qualité du Sol - Méthode pour extraire directement l'ADN
d'échantillons de sol (Norme française - internationale). NF ISO 11063:2012 (F). Indice de
classement : X31-263. AFNOR. 30p.
12.8. Brevets et protections industrielles
2012 AP BRE1 Salon C., Jeudy C., Bernard C., Mougel C., Coffin A., Bourion V., Moreau D., Palavioux K.,
Baussard B. (2012). Demande de Brevet «Rhizotron et utilisations de celui-ci». Demande de brevet
déposée en France le 26 juin 2012 sous le n°12 56069 aux noms de: Institut National de la
Recherche Agronomique (INRA) et Inoviaflow.
12.9. Dépôts de variétés au catalogue (français ou étranger)
2013 AP DV1
12.10. Divers (articles dans magazine ou quotidien, rapports de stages, logiciels enregistrés, traductions, catalogues d'exposition, rapports de fouilles, guides techniques, comptes rendus d'ouvrages, disséminations...)
2013 AP DIV1 Audouit Q. (2013). Etude de l'influence de l'hydromorphie des sols sur les communautés
microbiennes à l'échelle d'un versant agricole. Rapport de stage Master 1 Sciences de
l'environnement. Dijon. Encadrants: Ranjard L., Le Guillou C. 28p.
AP DIV2 Bouancheau M. (2013). Evaluation de l'impact des pratiques agricoles sur l'abondance et la diversité
des communautés microbiennes du sol. Rapport de stage de Master 1 Sciences de l'environnement.
Encadrants: Maron P.A., Bourgeois E. 16p.
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a-l-Inra/Campagne/Chercheur-a-l-Inra-n-26.
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AP DIV4 Coffin A. (2013). Les Pots-Capteurs : une innovation primée. INRA Département SPE Actualités.
2p. http://www.spe.inra.fr/Toutes-les-actualites/pots-capteurs.
AP DIV5 Colbach N., Houot S. (2013). Apport de composts, fumiers ou lisiers : que deviennent les graines
des « mauvaises herbes » ? INRA. Fiche Presse Infos. 2p. http://presse.inra.fr/.
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GnS-PIPE et automatisation de sa mise à jour. Rapport de stage de fin d'étude de DUT Génie
Biologique option Bio-Informatique. Encadrant: Terrat S. 18p.+43p. d'annexes. AP DIV7 Etievant P. (2013). Des plantes et des drones. Interview article par Bailly A.F. (journaliste)
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article par A. Bolis. 2 p. http://www.lemonde.fr/planete/article/2013/04/24/l-agroecologie-un-
chantier-prioritaire-pour-l-inra_3165681_3244.html?xtmc=agroecologie&xtcr=6.
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Générale annuelle de Provynetum." Beaune, France. 21 mars 2013. (dissémination vers les
professionnels, invité).
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de différents mix fast du commerce pour optimiser une PCR quantitative en temps réel. Rapport de 2ème
année de BTS Bio-Analyses et contrôles. Dijon. Maitres de stage : Ranjard L., Nowak V. 22 p.
+ 12 p. d'annexes.
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Jardin des sciences, campus de Dijon. 11 avril 2013.
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stable à C. albicans chez la souris immunocompétente. In "Journée des Doctorants." Dijon, France.
12 mars 2012 (participation a manifestation de communication).
AP DIV15 Albac S., López Alayón C., Bon F., Vincent F., Croisier-Bertin D., Da Silva S., Hayez D., d’Enfert
C., Sautour M., Dalle F. (2012). Mise au point d’un modèle de co-culture cellules M/entérocy tes et
d’un modèle de colonisation digestive stable chez la souris immunocompétente per mettant d’étudier
les interactions cellulaires et moléculaires in vitro et in vivo de C. albicans avec la muqueuse
digestive. In "18ème Forum des Jeunes Chercheurs." Besançon, France. 6-7 septembre 2012
(participation a manifestation de communication).
AP DIV16 Arrouays D., Lemanceau P., Soussana J.-F. (2012). Connaître les sols français pour mieux les gérer
"Conseil d’Administration national de l’INRA." Nancy, France. 15 juin 2012 (dissémination vers les
professionnels, producteurs, slides).
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l'article: Astier J. et al. (Biochem. J. 447, 249–260, 2012)-Document en ligne sur le site de l'IFR
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Vie, Terre et Santé. Spécialité Biologie Cellulaire et Physiologie. Dijon: Encadrant: Ochatt S., 20p. AP DIV20 Brivet X. (2012). Impact du travail du sol sur l'abondance et la biodiversité des communautés
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AP DIV35 Lienhard P., Tivet F., Chabanne A., Dequiedt S., Lelièvre M., Sayphoummie S., Leudphanane B.,
Chemidlin Prévost-Bouré N., Séguy L., Maron P.-A., Ranjard L. (2012). Le semis direct sous
couverture végétale favorise les microbes du sol. (communiqué à diffusion interne). Dijon.
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2012 (interview vidéo INRA).
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pneumopathie acquise sous ventilation mécanique à Staphylococcus aureus. "18ème Forum des
Jeunes Chercheurs." Besançon, France. 6-7 septembre 2012 (participation a manifestation de
communication).
AP DIV41 Pauchard L.-A., Charles P.E. (2012). Impact de la modulation de la réponse inflammatoire
pulmonaire et systémique de l'hôte mediée par Toll-Like Receptor 2 dans un modèle animal de
pneumopathie acquise sous ventilation mécanique à Staphylococcus aureus. "Journée des
Doctorants " Dijon, France. 12 mars 2012 (participation a manifestation de communication).
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Mémoire de stage L2 EPX. Directeur de stage: Laitung B. 14p.
AP DIV43 Perino H. (2012). "Secrets des champs ou Le potentiel du végétal". Intervenants : Guyot J.M.,
Frandon J.P., Cavalaglio S., Viannay D., Cortesero A.M., Vian J.F., Essiane-Ondo O., Wipf D.,
Supiot N., Simonneaux C., Lavier B., Chauvel B., Thomas F., Baltassat R., Serpolay J., Liagre V.
Rés’OGM info. Crest, France. Octobre (Film 85m).
AP DIV44 Redecker D. (2012). Un code-barre pour les champignons - La détermination d'un gène type pour
tous les champignons va faciliter les analyses de biodiversité à large échelle. (communiqué à
diffusion interne). Dijon. 1p.
AP DIV45 Simonin G., Salon C. (2012). Dijon : une nouvelle plateforme de phénotypage haut débit. In "INRA
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différents mix fast. Rapport de 1ère année de BTS Bio-Analyses et contrôles. Dijon. Maitres de
stage: Ranjard L., Nowak V. 35p.
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ans d'essais de systèmes de culture en protection intégrée-La Flore adventice est maîtrisable par les
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AP DIV48 van Tuinen D., Wipf D. (2012). Journées francophones de la mycorhize. (animateurs du réseau).
Dijon, France.
AP DIV49 Wipf D. (2012). Les champignons, un monde à découvrir, des champignons par centaines.
(participation à l'organisation d'exposition grand public, co-organisateur avec la Société de
Mycologie de Côte d’Or du Salon du Champignon). Dijon, France. 13-14 octobre 2012.
AP DIV50 Wipf D. (2012). Les mycorhizes, un acteur clé d’une agriculture durable. Quinzaine de
l’environnement du Lycée Jules Renard et Raoul Follereau. Nevers, France. 19 avril (conférence de
vulgarisation).
AP DIV51 Wipf D. (2012). Les mycorhizes. Bac FM. Nevers, France. 19 avril (radio).
12.11. Organisations de colloques de portée nationale/internationale
2013 AP CO1. Lichtfouse E., Schwarzbauer J., Cheronet A. (2013). Symposium - Sustainable energy, food risk and
emerging pollutants: expect the unexpected. "Spring ACS meeting." New Orleans, USA, avril 7-11
2013 (organisateurs du symposium).
AP CO2. Merdinoglu D., Lemoine M.-C., Pelsy F., Martin A., Butterlin G. (2013). Première Rencontre du
Nouveau Réseau Vigne et Vins Septentrional Colloque RVVS 2013. Colmar, France, 1-2 juillet
2013. (organisateurs du colloque, https://colloque.inra.fr/rvvs2013).
2012 AP CO3. Equipe 1 CAPA Pôle EcolDur UMR Agroécologie. (2012). Ive journées francophones des sciences
de la conservation. Le Réveil du Dodo IV. Dijon, France, 2-4 mai 2012 (membre du comité
d'organisation, http://dodo.u-bourgogne.fr/).
AP CO4. Lichtfouse E., Schwarzbauer J., Robert D. (2012) Symposium Environmental Chemistry for a
Sustainable Word. Spring ACS meeting. San Diego, États-Unis, 25-29 mars 2012.
AP CO5. Redecker D., Franken P., Wipf D. (2012). Third french-german meeting on plant-microbe
interactions. Dijon, France, 26 septembre 2012. (organisateurs du colloque).
AP CO6. Simon-Plas F. (2012). International Conference on Membrane Domains. 27-30 novembre 2012
Dijon, France (membre du comité d'organisation, https://colloque.inra.fr/dijon_domains).
