Examen Cytobacteriologique Des Urines IPA

8/4/2019 Examen Cytobacteriologique Des Urines IPA

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Institut Pasteur d Algrie

Tec hniques Mic rob iologiques

Examen Cytobac triolog ique des Urines

(E.C.B.U)

F. Djennane

D. Mohammed i

D. Tiouit

D. Toua ti

K. Rahal

Edition 2009


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IPA Techniques MicrobiologiquesExamen Cytobactriologique des Urines Ed. 2009

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Dja parus dans la collection : Institut Pasteur dAlgrie

Techniques Microbiologiques:

- M.N Ouar-Korichi-H.Senouci-K.RahalDiagnost ic bact riologique et srologique de la brucellose.ANDS 1998, 1ere dition, 33pages

- R.Bellouni-H.tali-Maamar-K.RahalEtude cytobactriologique et biochimique du liquidecphalorachidien.ANDS 2000. 52pages

- A.Benslimani-K.Rahal.Prlvement s gnit aux.ANDS 2001. 128 pages.

- A.S Merad-H.Tali-Maamar-K.RahalDiagnost ic bact riologique et ant ibiot hrapie des inf ect ionsoculai res .ANDS 2003 . 40 pages.

- M.N Ouar-Korichi-H.Senouci-K.RahalDiagnost ic bact riologique et srologique de la brucell osehumaine.ANDS 2005 2eme dition. 58 pages

- N.Ramdani-Bouguessa-K.RahalDiagnost ic bact riologique des infect ions respi rat oir esANDS 2006 . 48 pages.

- M.Azouaou.M.Lazri.S.Mahrane.H.SenouciDiagnost ic de la di phtrieANDS 2007 . 94 Pages


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SOMMAIRECHAPITRE I................................................................................................................4

INTRODUCTION ..........................................................................................................5

GENERALITES.............................................................................................................6

RAPPEL ANATOMOPHYSIOLOGIQUE .................................................................................. 7

Rappel anatomique............................................................................................... 7Portes d'entres..................................................................................................10Facteurs favorisants linfection urinaires....................................................................11Moyens de dfense de lhte ..................................................................................12

RAPPEL CLINIQUE ..................................................................................................... 14Cystite.............................................................................................................14Pylonphrite ....................................................................................................14Prostatite .........................................................................................................14

LE PRELEVEMENT...................................................................................................... 16Indications de lE.C.B.U ........................................................................................16Les conditions du prlvement ................................................................................17

Le matriel....................................................................................................17Moment du prlvement ....................................................................................18Toilette ........................................................................................................18

Recueil des urines ...........................................................................................18Prlvement durine pour des recherches spcifiques.................................................23Transport ......................................................................................................24Conservation..................................................................................................24

CHAPITRE II ............................................................................................................. 25

Examen cytobactriologique des urines...........................................................................26

Examen macroscopique...............................................................................................26

Dtermination du PH urinaire ...................................................................................... 26

Examen microscopique .............................................................................................. 27Examen ltat frais ............................................................................................27Examen direct aprs coloration ...............................................................................33

Culture .................................................................................................................. 35

Techniques densemencement ................................................................................351- Mthode de rfrence : Mthode de KASS Modifie.................................................352- Mthode lanse calibre ...............................................................................363- Lames immerges.........................................................................................374- Tests rapides ..............................................................................................385- Techniques base de milieux chromogniques......................................................40

Choix des milieux de culture...................................................................................441- Milieux pour numration bactrienne .................................................................442- Milieux disolement......................................................................................44

Incubation.........................................................................................................45Aspect des colonies..............................................................................................45Identification biochimique des colonies......................................................................48

1- Caractres biochimiques dorientation rapide .......................................................482- Identification classique ..................................................................................49

3- Identification rapide (API system)......................................................................504- Identification des colonies sur milieux chromognes ...............................................515- Identification antignique...............................................................................526- Antibiogramme ...........................................................................................52

Chapitre III.............................................................................................................. 53

Interprtation de lECBU ............................................................................................ 54

Interprtation selon la bactriurie et la leucocyturie......................................................... 55

Interprtation selon les germes ................................................................................... 60

Interprtation chez le transplant rnal......................................................................... 62

Chapitre VI ............................................................................................................. 63

Epidmiologie .......................................................................................................... 64Annexe .................................................................................................................. 70

Rfrences bibliographiques....................................................................................... 74


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CHAPITRE I


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Chapitre I : Gnralits 5

INTRODUCTION

Linfection urinaire est une pathologie frquente, cest ainsi quelle constituele principal motif dexploration microbiologique (lexamen

cytobactriologique des urines reprsente plus de la moiti des examensbactriologiques), de mme quelle est la 2me pathologie infectieuserencontre en pratique extra hospitalire et ncessite un traitementantibiotique, do des consquences sur le cot des soins et le dveloppementdes rsistances.

Si lECBU permet un diagnostic formel de toute infection, sa qualit estconditionne par un bon prlvement, une technique rigoureuse aulaboratoire et lutilisation de critres dinterprtation reconnus.

La prise en charge correcte dune infection urinaire ncessite la prise en

compte de 4 lments dcisionnels :Clinique : - Sexe du patient

-Linfection : siges, symptmes, tiologie, volution,complexit

Bactriologique : Bactrie :- Espce

- Sensibilit aux antibiotiques

Epidmiologique : Connatre les rsistances bactriennes locales,rgionales ou nationales.Pharmacologique : Antibiotiques

-Diffusion-Demivie

Le diagnostic de la tuberculose sera seulement voqu pour les raisonssuivantes :

- Symptomatologie et circonstances de dcouverte souvent diffrents- Mthodes de diagnostic bactriologique diffrentes- Germe particulier (mycobactries)- Atteinte souvent mixte (appareil gnital et urinaire)- Traitements diffrents.


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GENERALITES

Les infections des voies urinaires sont dfinies par la prsence dun nombresignificatif de bactries qui se dveloppent au niveau des voies excrtrices

urinaires hautes ou basses.Il existe trois types dinfections urinaires selon lorgane de lappareil urinairequelle touchent :

La cystite ou linfection de la paroi vsicale avec pullulationbactrienne dans les urines.

La pylonphrite ou infection du parenchyme rnal La prostatite ou infection de la prostate

Une autre situation infectieuse urinaire est constitue par la bactriurieasymptomatique ou la colonisation, ainsi dnomme en labsence de signescliniques urinaires dorientation, elle correspond lune des 3 infectionsprcdentes.

Linfection est dite simple en labsence danomalies urologiquesdcelables ou jouant lvidence un rle dans sa survenue et / ou saprsentation.

Elle est dite complique ( ne pas confondre avec une infection urinaire

grave ou svre) lorsquune anomalie urologique haute ou basse entrane unestase urinaire ou lorsquun corps tranger tel un calcul mme minimeconstitue un gte bactrien.

Les infections urinaires peuvent tre compliques galement par une maladiegnrale : insuffisance rnale, maladie de systme notamment diabte oumaladie immunosuppressive (cancer, SIDA), ou traitement immunosuppressifau long cours.

Sont aussi considres comme compliques la pylonphrite aigu survenantchez la femme enceinte et dune faon plus gnrale les pylonphrites

aigus de lhomme.


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RAPPEL ANATOMOPHYSIOLOGIQUE

Rappel anatomique

-Lappareil urinaire stend des reins au mat urtral

- Au niveau du rein, des papilles calicielles sopposent au reflux intra rnal- Des mouvements pristaltiques urtraux favorisent lcoulement de

lurine du rein vers la vessie

- Un systme anti reflux au niveau de la jonction urtro-vsicale vite lereflux des urines vers le rein lors de la miction

- La vessie svacue par lurtre.- Un double sphincter existe au niveau de la jonction urtro-vsicale et

assure la continence : sphincter lisse : commande rflexe sphincter stri : commande volontaire

Schema de larbre urinaire

SCHMA DE LAPPAREIL URINAIRE

(coupe fr ont ale)


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Schma de l apparei l uro-gni t al f minin(Coupe sagit t ale)


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Schma de l apparei l uro-gnit al masculi n( coupe sagit t ale )


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Portes dentres

Tout larbre urinaire est physiologiquement strile, lexception des derniersmilimtres de lurtre et ceci, bien que lurine soit pour de nombreux germesun bon milieu de culture, linfection peut se faire par plusieurs voies.

1- Colonisation par voie ascendante :

Elle est la plus frquente, les germes dorigine intestinale ou prinalecheminent le long de lurtre jusqu la vessie.

La contamination est spontane ou provoque. Spontane :

- Normalement, lurine et larbre urinaire sont striles sauf lesderniers millimtres de lurtre

- La bactrie migre au niveau du prine puis le mat urinaire,remonte le long de lurtre et colonise la vessie : signes decystite

- Linfection peut se propager vers luretre, le rein(pylonphrite), la prostate (prostatite).

Provoque (infection iatrogne)- Le germe est apport de lurtre vers la vessie par des

manuvres instrumentales :cystoscopie, cathtrisme vsical et

sonde vsicale.

2- Colonisation par voie hmatogne

- Plus rare que la voie ascendante- Contexte de sepsis gnralis- Contamination du rein donnant une pyelonphrite ou plus

rarement un abcs du rein

- Est plus frquente chez le nouveau n3 Autre voie (Exceptionnellement) :

- Urines infectes par effraction de larbre urinaire : traumatisme,tumeurs, fistules .


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Facteurs favorisants linfection urinaire

1- Facteurs lis la bactrie elle mme :

a. facteurs dadhsion (fimbriae) et autres facteurs non spcifiques, nonlis aux fimbriae :Pour chapper aux mcanismes de dfense de lhte, les bactriesuropathognes dveloppent de nombreux mcanismes pour adhrer etenvahir les tissus.

Escherichia coli-Produit des facteurs modulant sa virulence dans le tractus urinaire

(rsistance la phagocytose et laction du complment) :

** Adhsine

- Sont des sites de glycoreconnaissance essentiellementfimbriale mais aussi la surface de la bactrie

- On distingue : - Adhsine type 1 mannose sensible.- Adhsine type 2 mannose rsistante.

** Toxi nes

-Toxine cytotoxique ncrosante-Hmolysine alpha : Cytotoxique pour les cellules rnales pithliales Permet aux bactries de sencapsuler et dchapper laraction inflammatoire Libre le fer hminique et favorise sa biodisponibilit

** Ant igne de surf ace

-AgO : portion externe du Lipopolysacharide de la membraneexterne de paroi.

-Agk : polysaccharide capsulaire. Proteus mirabilis

- Le pouvoir dadhrence par son adhsine la Proteus mirabilisfimbriae (PMF) est mdiocre ce qui exliquerait sa raret dans lesinfections urinaires habituelles. Cependant, il possde une urasequi entrane la production durine alcaline favorisant la productionde calculs.

- Flagelles : progression dans larbre urinaire- Hmolysine et protase- Urase : production dammoniac qui entrane une alcalinisation de

lurine.


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Staphylococcus saprophyticus :- Il adhre fortement lurothlium par des lsions relatives un

rsidu lactosamine. Son pouvoir pathogne est amplifi par laproduction du slime.

Pseudomonas aeruginosa possde une capsule polysaccharidiquepaisse qui le protge de la phagocytose et de la fixation par lesanticorps.

b. linoculum bactrien : quantit des bactries qui arrivent au niveau dutractus urinaire

2- Facteurs lis lenvironnement :

Le principal facteur cest le pHLe pH urinaire est acide, donc inhibe la croissance bactrienne.

Une variation du pH urinaire vers lalcanisation entrane unemultiplication bactrienne.

3- Facteurs lis lhte

a- Anomalies morphologiques de larbre urinaireb- Limmunit humorale : (rle des IgA scrtoires dans la dfense vis--

vis des agressions bactriennes : leur diminution peut entrainer uneaugmentation du taux dinfection du tractus urinaire).

c- Faible rponse immunitaire de lhte : grossesse, diabte, manuvreinstrumentale (sondage), jeune enfantd- Hygine de vie : boissons en quantit insuffisante.

Moyens de dfense de lhte

Diurse importante (1,5l/j) : le flux durine dlivr par les reins dilue laconcentration durine

pH acide des urines (< 5,5) Osmolarit faible (< 200 milliosmoles) Concentration leve dure urinaire et autres acides organiques. Une

modification entrane soit une augmentation du PH et donc augmentationdes risques dinfections, soit linverse une diminution du PH(acidification des urines) et donc diminution du risque dinfection.


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Chez lhomme :- Scrtions prostatiques acides- Longueur de lurtre

Intgrit de la muqueuse vsicale avec une couche demucopolysaccharides acides. La proteine de Tamm-Horsfall (secrte parle rein) inhibe les fimbriae et amliore la clarance bactrienne lors de lamiction.

Rle bactricide du mucus vsical La prsence dIgA scrtoires empche ladhrence des bactries sur les

cellules pithliales.


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RAPPEL CLINIQUE

CystiteCest linfection de la vessie, elle se manifeste par un ou plusieurs des signessuivants :

- Dysurie habituellement associe une pollakiurie- Un besoin imprieux de miction- Des brlures mictionnelles- Une douleur supra-pubienne

La cystite isole ne sassocie ni de la fivre ni des douleurs lombaires

Pylonphrite

Le syndrome infectieux signe latteinte parenchymateuse. La fivre peutsaccompagner de frissons vocateurs dune bactrimie.

Les douleurs lombaires et/ ou abdominales orientent vers une pylonphriteaigu.

Ces lombalgies sont en rgle gnrale unilatrales irradiation descendantevers le pubis et les organes gnitaux externes, elles peuvent saccompagnerde signes digestifs tels que nauses et vomissements. A lexamen les fosseslombaires sont souvent emptes.

Prostatite

Prostatite aigu

Comme pour la pylonphrite aigue latteinte du parenchyme prostatiquesaccompagne de fivre et de frissons.

La prostate est trs douloureuse, tendue associant un ou plusieurs signescliniques :

- Pollakiurie- Rtention aigu durines- Parfois tableau de septicmie


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La prostatite chronique : Elle est souvent pauci symptomatique, on peuttrouver :

- Une douleur prinale- Une dysurie- Des brlures mictionnelles- Des douleurs pelviennes- Des douleurs scrotales- Une jaculation douloureuse- Une hmospermie

Elle est souvent lorigine dinfection urinaire ou bactrienneasymptomatique rcidivante chez lhomme.

Abcs du rein

Cest une maladie rare et de pronostic grave sans traitement. Son diagnosticest souponn sur la clinique, (tat gnral altr, fivre prolonge,frisson, douleur lombaire unilatrale par la palpation) et la biologie(hyperleucocytose, VS acclere, ECBU ngatif). Il est confirm par limagerie(Echographie, UIV, angiographie du rein). Labcs du rein est conscutif unebactrimie ou une pylonphrite non ou mal traite.


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LE PRELEVEMENT

Le Prlvement durine est une tape essentielle dans le diagnostic duneinfection urinaire, sa bonne excution conditionne la qualit de lexamen

cytobactriologique des urines, son but est de rcuprer les urines vsicaleset dviter leur contamination par la flore de la rgion prinale.

Indications de lE.C.B.U

Situations cliniques qui conduisent demander un ECBU.

1- Syndrome douloureuxDouleurs lombaires, douleurs pelviennes, brlures mictionnelles (per, prou post miction) sensibilit au toucher rectal de la prostate (prostatite).

2- Troubles fonctionnels de la mictionPollakiurie, incontinence urinaire, rtention urinaire, nursie secondairechez lenfant.

3- Fivre inexplique :Elle reprsente dans ce cas un signe en faveur de lapylonphrite et de la prostatite. Chez le nourrisson et lenfant latemprature peut atteindre 39 - 40.

4- Aspect anormal des urines : Hmaturie et/ou trouble.

5- Cas particuliers du nouveau n et du nourrissonIl nexiste aucun signe spcifique. Il faut savoir voquer le diagnostic etfaire un ECBU devant des signes parfois trompeurs :

- Fivre variable (parfois trs leve, pouvant entraner une convulsioninaugurale, mais souvent modre ou totalement absente)

- Septicmie surtout avant lge de 02 mois- Mauvaise prise de poids ou cassure de la courbe pondrale- Ictre persistant.

6- Infection urinaire asymptomatique : En cas de dficience immunitaire :

- Diabte- Grossesse- Transplantation rnale.

7- LECB des urines peut galement tre ralis avant tout geste invasifsur lappareil urognitale, quil soit but diagnostic (U.C.R, Cystoscopie,rsection per endoscopique) outhrapeutique (intervention chirurgicale).


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Les conditions du prlvement :

Le prlvement doit tre effectu en respectant certaines conditionsindispensables pour assurer une bonne interprtation de lE.C.B.U

Le matriel

Le matriel pour la ralisation du prlvement doit tre strile : pour ceci onutilise :

-Des pots striles usage unique oudes tubes col large striles.

On peut avoir recours dautresmatriels en fonction de lge, de ltatdu malade ou de la technique utilise :-Sachet collecteur pdiatrique-Sonde, cathter ou tui pnien-Aiguille monte sur une seringue

-Antiseptiques non irritants (dakin ouchlorhexidine) ou savon neutre(savon de Marseille)

-Compresses striles ou une serviettepropre

-Gants striles (sondage, ponction sus pubienne)


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Moment du prlvement

Antiobiothrapie :

Le prlvement doit tre effectu sur les urines du matin. En cas durgenceon peut raliser le prlvement nimporte quel moment de la journe condition que les urines aient sjourn au moins trois heures dans la vessie savoir trois heures entre la dernire miction et le prlvement pour lanalyse.La miction est un moyen de dfense mcanique de la vessie et permetdliminer les bactries. Quand les mictions sont frquentes elles peuventaboutir un rsultat faussement ngatif.

Toilette

Aprs un lavage hyginique des mains, la toilette locale doit tre effectue en

ralisant une toilette de la rgion uro-gnitale avec un antiseptique doux(dakin, chlorhexidine) ou un savon neutre (savon de Marseille) :

Chez la femme : La toilette est ralise au niveau de la rgion vulvairedavant en arrire pour liminer les germes vulvo-vaginaux et digestifs.

Chez lhomme : La toilette concerne le mat urinaire (verge, gland) etaprs rtraction du prpuce (dcalotter le prpuce) pourle garon non circoncis.

Aussi bien chez la femme que chez lhomme, on rince abondamment leau

claire, pour liminer lantiseptique qui peut entraver la culture des bactries,et essuyer avec une compresse strile ou une serviette propre.

Le prlvement des urines doit tre effectu avant toute antibiothrapie. Unefentre thrapeutique de 48h 72h est ralise si le malade est soustraitement antibiotique.

Chez un enfant prsentant une malformation de larbre urinaire avec uneantibioprophylaxie, le prlvement est ralis malgr laprsence de lantibiotique.

Pour un contrle, dune infection urinaire traite, le prlvement doit tre

ralise 48 h aprs larrt du traitement antibiotique.

Recueil des urines

Il existe plusieurs techniques de prlvement adaptes lge et ltat dumalade, mais toutes doivent tre soumises aux conditions dasepsierigoureuse.

- La technique du milieu du jet :

Cette technique est simple et ralise chez des malades autonomes etcooprants adultes et enfants de plus de deux ans.

Elle est ralise chez lenfant de plus de 02 ans et chez ladulte (homme etfemme).


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Elle consiste liminer le premier jet urinaire (20 ml) qui peut contenirjusqu 104 UFC/ml de bactries provenant de la flore urtrale, le milieu dujet qui correspond lurine vsicale est rcupr dans un pot strile quinest ouvert qu la fin de la toilette sans toucher le bord suprieur durcipient, et aprs limination du dernier jet, le tube est fermhermtiquement.

Chez la femme il faut carter les grandes lvres, et en cas de leucorrhesimportantes il faut placer une compresse au niveau de la rgion vulvaire,afin dviter toute contamination par la fore vaginale.

- Sachet collecteur :

Le collecteur ou la poche urine est une technique simple et non invasive.

Elle est rserve aux nouveaux ns et nourrissons qui ne font pas de miction la demande.

Le collecteur durine prsenteune partie adhsive quon collesur la rgion prinalepralablement dsinfecte etessuye afin dassurer sonadhrence et viter le contactavec la partie anale. Le

collecteur est laiss en placevingt trente minutes. Si lenourrisson na pas urin au boutde 30 mn, il faut placer unnouveau collecteur aprs une

nouvelle toilette ; la miction peut tre stimule en donnant boire aunourrisson.

la fin de la miction on retire le collecteur et on le ferme en collant lesparties adhsives entre elles.

Chaque laboratoire doit disposer de fiches techniques pour expliquer latoilette, la technique du milieu du jet ainsi que celle du sachetcollecteur, car ces deux techniques sont ralises souvent la maisonpar le malade ou son parent.

- La ponction sus pubienne

La ponction sus pubienne permet de rcuperer les urines intra vsicale, maiscest un acte invasif de pratique peu courante.

La ponction de vessie est un acte mdical invasif, ralise chez lesnourrissons fbriles ncessitant une antibiothrapie en urgence, ainsi quedevant des rsultats douteux sur plusieurs prlvements raliss par voiebasse.


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Elle est ralise au moins 4 heures aprs la dernire miction (vessie pleine)afin de visualiser le globe vsical. Le nourrisson est allong, les rgions sousombilicale et sus pubienne sont nettoyes puis badigeonnes dalcool iode,le mdecin porte des gants striles et ponctionne avec une seringue strile

verticalement sur la ligne mdiane en plein matit un centimtre audessus de la symphyse pubienne. Lurine est aspire, laiguille estcapuchonne et le point de ponction est comprim.

- Sondage vsical ou Cathtrisme vsical : Cest une technique invasiveindique dans des cas particuliers tel que :

Rtention vsicale,

Problme dincontinence chez les personnes ges et chez la femme

Cette technique est viter car elle prsente des risques dinfectionsiatrognes lors de la pose de la sonde et doit tre ralise dans lesconditions dasepsie rigoureuse.


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On distingue diffrents systmes de sondage vsical :

-Le sondage demeure avec un systme ouvert :Le prlvement est ralis par ponction au moment

de la miction des urines avec une seringue strile auniveau de la paroi de la sonde aprs dsinfection etclampage en aval, le point du prlvement estobtur par du sparadrap. Ce prlvement nest pasreprsentatif de lurine vsicale car les bactriesadhrent la paroi de la sonde et un biofilm seforme autour delle. Il est donc prfrable de

raliser le prlvement au moment du changement de la sonde, sipossible.

-Le sondage demeure avec systme clos :Cette technique est plus representative, car ellesoppose la colonisation par les bactries grce auxvalves anti retour. Il existe un site de prlvement etun site de drainage du collecteur .

Lurine doit tre prleve au niveau du site deprlvement sur la tubulure de la poche aprs sadsinfection avec un antiseptique. Lurine est recueillie laide dune seringue strile.

Pour les deux types de sondage, le prlvement auniveau de la poche de collection des urines estproscrit car il y a une pullulation microbienne importante.

- Le sondage urinaire intermittant : Il est ralis uniquement au momentdu prlvement en introduisant une sonde urinaire dans la vessie. Lerecueil de lurine se fait directement dans un tube strile.

- Cathtrisme urtral : Il permet davoir les urines du rein gauche oudroit, aprs dsinfection de lextrmit de la sonde, on recueille les urinesen demandant au malade en dcubitus latral de tousser plusieursreprises.

- Cathtrisme sus pubien : Il constitue le seul moyen pour raliser unprlvement quand lurtre nest pas accessible ou trop abm, cest unmode de drainage assez confortable mais il ncessite un spcialiste pourla technique.

En cas durtrostomie et sans sondage, le prlvement est ralis avec uncollecteur durine aprs un nettoyage de la stomie urinaire


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- Etui pnien :

Le prlvement par lintermdiairedun tui pnien est ralis en casdincontinence sans rtention urinaire,

ce systme est non traumatisant etreste confortable pour le malade,il estprfr au sondage pour le sexe masculin. Si le malade porte dj un tuipnien il faut lenlever, raliser une toilette et placer un nouvel tuipnien avec un sac vidangeable. Ltui pnien, comme le sac collecteur,

ne doit pas tre gard plus de vingt 30minutes. Les urines sont recueilliesdirectement de ltui penien, a traversson orifice, vers le pot strile.

- Cas particulier de la prostatite : dans ce cas le prlvement est ralisselon la technique de MEARS-STAMEY. Aprs une abstinence sexuelle daumoins 03 jours et aprs une toilette soigneuse, on rcupre les premiresurines et 10ml du milieu du jet. Aprs arrt de la miction, le mdecinpratique un massage prostatique et les gouttes du liquide prostatiquetombent directement dans le pot strile, les trois pots sont tiquets

avant dtre envoys au laboratoire


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Prlvement durine pour des recherches spcifiques

Recherche de mycobactries : Aprs une restriction hydrique, on rcupre latotalit des urines du matin, trois jours de suite dans des conditions dasepsierigoureuse

Recherche des leptospires : A partir de la deuxime semaine de linfection,les leptospires sont excrtes dans les urines de faon intermittente maisprolonge. Il faut donc rpter le prlvement et le raliser de prfrenceau laboratoire car il faut des urines frachement mises encore tides afin deraliser un examen direct avec un microscope fond noir ou une culture surmilieux spciaux.

Recherche de gonocoque : Dans le cas durtrite gonococcique sans

coulement purulent, la recherche du gonocoque peut tre effectue sur lepremier jet urinaire.

Recherche de mycoplasmes : Raliser un prlvement urtral sans mictiondepuis trois heures, avec un couvillon ou une anse calibre. Ce prlvementest associ au premier jet urinaire et aux secrtions prostatiques.

Recherche de chlamydia : Raliser un prlvement urtral avec un couvillonextra fin ou une curette ophtalmologique par grattage afin de ramener unmaximum de cellules. Les urines sont proscrire car elles sont souvent

toxiques pour la culture cellulaire.

Recherche danarobies : Ralise sur des urines prleves par ponctionvsicale.


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Transport

Le tube est ferm hermtiquement et tiquet correctement portant nom,prnom et heure du prlvement. Le tube doit contenir 10 20ml durineaccompagn dune fiche de renseignements qui doit comporter :

Lidentit du malade. Lorigine du malade hospitalis ou externe. Pathologie existante. Notion dintervention chirurgicale sur lappareil urinaire. Les signes cliniques. La prise ou non dantibiotiques, avec le nom de (ou des)antibiotique(s)

et la posologie ainsi que la dure de prise.

La technique de prlvement pratique.Ces renseignements jouent un rle trs important et permettent uneinterprtation adquate selon les diffrents cas qui peuvent se prsenter.

Le transport doit tre rapide et ne doit pas dpasser trente minutes aprs lamiction. Si le transport ncessite une deux heures, lurine est place dansde la glace afin dviter les faux positifs car temprature ambiante on aune pullulation bactrienne.

Conservation

Lurine peut tre conserve douze vingt quatre heures +4C sans effet surla bactriurie, nanmoins la leucocyturie en sera altre.

La conservation est donc viter sauf en cas de ncessit.


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CHAPITRE II

Examen cytobactriologique

des urines


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Chapite II : Examen Cytobactriologique des Urines 26

Examen cytobactriologique des urines

Examen macroscopique

Aspect des urines : lurine normale est claire. Un aspect trouble peut tre d une infection urinaire mais aussi la prsence de cristaux ou de selsamorphes.

Technique : Homogniser lurine par retournement ou par agitationmcanique et noter laspect limpide ou trouble et la prsence duneventuelle hmaturie

Dtermination du PH urinaire

Le but tant dvaluer ltat dacidit ou dalcalinit des urines.

Principe :Mesure de la concentration en ions H+.

Technique :

Recueil des urines fraches labri de lair et mesure du pH grce llectrode dun pH-mtre. Celui i doit etre calibr avec des solutionstampon pH = 4 ou 10 et pH = 7. Les valeurs doivent tre peu prs lesmmes.

Une seconde mthode, plus simple, fait appel des bandelettes revtues de

deux indicateurs colors et dont le changement des couleurs allant delorange au bleu couvre une gamme de pH de 5,0 8,5. La ralisation de cetest seffectue galement sur urines fraches.

Rsultats :

Le pH normal des urines varie de 4,5 7,8 en fonction de lalimentation etdes modifications du pH sanguin.

En cas dinfection urinaire, en particulier germes urasiques, il existe unealcalinisation intempestive.

Physiologiquement, on observe une acidose de jene (la nuit) et une alcalose

post-prandiale.

Interprtation et intrts

Cest un examen fiable permettant linterprtation des dsordres acido-basiques et laide au diagnostic ou la surveillance dun certain nombredaffections dans :

-Le diagnostic des acidoses tubulaires ;-Lexploration des lithiases uriques ou cystiniques (on sait que la solubilit de

ces cristaux est beaucoup plus grande en milieu alcalin) ;

-La surveillance des infections urinaires rcidivantes ou germesurolytiques (il est alors important dassurer un pH urinaire acide).


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Examen microscopique

Cet examen doit tre effectu dans les deux heures qui suivent leprlvement afin de limiter laltration des lments cellulaires.

Examen ltat frais

Cest un examen qui se fait entre lame et lamelle sur cellule hmatimtriqueou sur cellule normale ; il prsente de ce fait un double intrt :

Quantitatif : Numration des lments cellulaires

Qualitatif : Description des diffrents lments cellulaires.

a- Numration de lurine entire sur cellule numration :-Cellule de Malassez

Elle permet la numration des leucocytes par mm3

La cellule de Malassez (de profondeur 0.2 mm) est constitue de

10 bandes verticales de 0.25 mm de large et de 10 bandes horizontales

de 0.20 mm de large formant 100 rectangles. Le volume de la cellule est

de 1 mm3. Chaque rectangle quadrill reprsente 1/100 mm3.

Selon que la leucocyturie est plus ou moins importante, les leucocytes

sont compts dans un volume diffrent : de un rectangle pour les fortes

leucocyturie la cellule entire pour les leucocyturies voisines des

valeurs normales.

- Cellule de NageotteLa cellule de Nageotte est de 10mm de largeur sur 10mm de longueuravec une profondeur de 0.5mm et un volume total correspondant a50mm3 ; le dnombrement des lements se fait sur 04 bandes ; le chiffretotal obtenu est divis par 5 pour ramener le dnombrement aumillimtre cube.

Valeurs normales : le nombre de leucocyte est habituellement infrieur 5000 par ml durine. Une leucocyturie suprieure 10 000 par ml (> 10/ mm3) est en faveur dune infection urinaire.

b- Entre lame et lamelle (Culot de centrifugation):Le culot peut tre obtenu par centrifugation de lurine une vitessemoyenne de 1000 tours min ou en laissant lurine dcanter.

Lexpression quantitative de la leucocyturie sopre par examen du culoturinaire entre lame et lamelle, lobjectif 40 x (nombre de champs parcourir dizaine / cinquantaine).


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Nombre de leucocytes par champsmicroscopiques

Expression du rsultat

0-5 Rares leucocytes (= valeur normale)

5-10 Quelques leucocytes

10-20Leucocytes en quantit un peu suprieure la normale

Plus de 20 leucocytes isols et intacts Nombreux leucocytes intacts

Paquets de plus de 20 leucocytesagglutins et altrs

Nombreux leucocytes altrs et prsencede pus

Paquets de plus de 50 leucocytesagglutins et altrs

Pus abondant

Chez lenfant : Garon : 0-10

Fille : 0-50 Rares leucocytes (=valeurs normales)

Lexpression quantitative des hmaties se fait par le mme procd :

Nombre dhmaties observes parchamp microscopique

Expression du rsultat sur la fichedexamen

0-5 Rares hmaties (= valeur normale)

5-10Hmaties en quantit un peu suprieur lanormale

10-20 Hmaties assez nombreuses

Suprieur 20 Nombreuses hmaties

c- Description des lments de lurine sur une prparation ltat fraisLexamen de lurine totale entre lame et lamelle ( x 40) permet dedistinguer les lments suivants :

1- Les leucocytes

Lorsquils sont intacts, ils se prsentent comme des disquesgranuleux lintrieur desquels le noyau apparat plusrfringent ; lorsquils sont altrs, les leucocytes ont descontours irrguliers, frips.

La prsence de leucocytes dans les urines signe lexistencedune raction inflammatoire. Cependant de vritablesractions inflammatoires peuvent ne pas saccompagner

dune leucocyturie leve (foyer inflammatoire bien circonscrit,dilution des urines, lyses des leucocytes dans lchantillon)

La prsence de leucocytes en amas tmoigne de louverture dun foyerinflammatoire (micro-abcs).

Laltration des leucocytes peut tre lie de mauvaises conditions deconservation du prlvement avant son examen.


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2- Les hmaties :

Intactes , elles se prsentent comme de petitsdisques de sept mm de diamtre aux bords plusrfringents ; altres, elles ont un aspect enoursin : petits disques de cinq six mm de

diamtre, hrisses de spicules priphriques.La prsence dhmaties tmoigne dune lsiondes muqueuses de lappareil urinaire.

Au-del de 5 hmaties par champs, le passage des globules rouges dansles urines peut tre considr comme pathologique ; les hmatiesintactes ont une forte probabilit de provenir de la vessie ou delurtre. Les hmaties altres viennent du rein.Lhmaturie sobserve :

- dans les formes hmorragiques des nphrites : on pourra alorsdcouvrir des cylindres hmatiques lexamen du sdiment.

- dans le cas dune atteinte glomrulaire.- dans les cystites hmorragiques tuberculeuses, gonococciques,

germes banaux.

- dans la tuberculose rnale.- lhmaturie peut tre associe dautre affections dtiologie

non infectieuse : cancer, lithiase rnale, tumeurs de la vessie.

3- Les cellules pithliales :

Peuvent tre observes dans les urines : descellules rnales, urtrales vsicales et urtrales.

4- Les cylindres

Cylindres granuleux

Cylindres hyalins


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Les cylindres sont des lments de grande taille pousant la formedune partie du tubule rnal. Ils sont reprs partir dun examenentre lame et lamelle de lurine totale lobjectif x 10.

Ils peuvent tre exclusivement protiques : Les cylindres hyalins.

Ou alors plus rarement, ils peuvent provenir de la dgnrescence decellules pithliale : les cylindres granuleux.

Une cylindrurie na pas une grande signification. On peut lobserverchez des individus normaux lorsque lurine est trs concentre ou trsacide, ou encore aprs un effort musculaire trs intense. Lexcrtionde cylindres hyalins peut accompagner dautre part nimporte quelleprotinurie quelle quen soit lorigine.

En rgle gnrale la prsence de cylindres signe une atteinte tubulaire.

Lobservation de cylindres hyalins en nombre important indique, par

contre, une affection svre du parenchyme rnal.

La prsence de cylindres granuleux est presque toujours pathologiqueet signe alors une nphrite grave.

5- Les cristaux urinaires

Lurine contient des substances peu solubles qui sy trouventpratiquement ltat de solution sature. Dans le cas dune excrtionaccrue de ces substances, celles-ci peuvent prcipiter sous formecristalline et on les retrouve dans lurine. Les cristaux observs peuvent

correspondre un constituant normal de lurine ou bien unmtabolite anormal dont elle est physiologiquement dpourvue.

Certains cristaux sont retrouvs exclusivement dans une urine acide etdautres dans une urine alcaline. Les cristaux amorphes sont souventidentifis par le pH.

Ainsi, si lurine est alcaline, on identifie des phosphates amorphes,

tandis que si elle est acide, on identifie des urates amorphes. Cette

pratique est un peu risque, car les phosphates amorphes et les triples

phosphates sont possibles un pH lgrement acide (6,5). Certaines

situations cliniques, qui peuvent expliquer la formation de calculs, sontaussi susceptibles de favoriser la formation de cristaux.

PH alcalin pH acide

Phosphates amorphes Urates amorphes

Triple phosphates Acide urique

Biurate dammonium Oxalates de calcium

Phosphate de calcium Cystine

Carbonate de calcium


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- Cristaux de substances prsents dans lurine normale :

Des cristaux assez frquents :

- Oxalate de calcium : en forme denveloppe delettre ou en cacahute.

- Acide urique : en losange, en carr, en fleur,en fins filaments rassembls de couleur jauneou brun rougetre.

- Urates ammoniacaux magnsiens : englomrules hrisss de pointe ou en paquetsdaiguille, jaune.

- Phosphate triple : en couvercle de cercueil, enfeuille de fougre, incolore rfringents.

Des cristaux moins frquents :

- Carbonate de calcium : trs petits cristauxgroups par deux, ovodes, solubles danslacide actique, incolores.

- Sulfate de calcium : lames plates et longuesisoles ou en paquets (urine acide).

- Phosphate bi calcique : amas de lames entoiles, incolores (urine alcaline ou neutre).


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Lobservation en quantit importante de cristaux correspondant unede ces substances doit tre signale. Elle peut tre lie une lithiase.Leur limination en petite quantit na pas grande signification.

Cristaux de substances anormalement prsentes dans lurine.

- Leucine : cristaux jauntres, de forme rondeavec nombreuses situations radiales (affectionhpatique grave).

- Tyrosine : cristaux longs et fins, aiguilles enbottes de foin (affection hpatique grave).

- Cystine : lames hexagonales incolores et trsrfringentes (maladie hrditaire cystinurie).

- Sulfamides : retrouvs chez des malades traits aux sulfamides,leurs prsences peuvent endommager le rein.

- Cholestrol : plaque carre avec cot en escalier, solubledans lther.

- Elment minraux amorphesSont de deux types :

Phosphates amorphes : petites granulationsblanchtres (Culot blanchtre, urine alcalineou neutre)

Urates amorphes : petits grains jauntresrassembls en amas plus denses et plus largesque les phosphates (Culot ros, urine acide)


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6- Les bactries :

A ltat frais on peut apprcier la prsence

ventuelle de bactries, leurs formes (cocci oubacilles) et leurs mobilits.

7- Les parasites :

- Trichomonas vaginalis : parasite protozoaire globuleux, dundiamtre de 15 m en moyenne, mobile dans les urines fraches ouil se dplace en tourbillonnant grce une membrane ondulante et

4 flagelles.- ufs de Schistosoma haematobium.

8- Autres lments :

- Levures : Elles prsentent ltat frais une formesphrique ou ovalaire, de taille variable (5 12 mm).Certaines montrent un bourgeonnement lun de leurple.

- Spermatozodes : Peuvent tre observs dans les urinesfraches. Mobiles, ils sont constitus dune trs petite tte (5 mm)prolonge dun long flagelle souple de 50 mm.

Examen direct aprs coloration

Le Bleu de mthyln(BM)

Permet la diffrenciation des leucocytes (aspectmorphologique), permet de visualiser la disposition desbactries dans les cellules (intra ou extra cellulaire) etaussi dapprcier le mode de groupement des bactries.

Cest une technique semi quantitative des lments cellulaires.

Les levures sont bien apprcies au BM.

Un frottis confectionn a partir de lurine totale bien mlange, est sch etfix puis color au BM ; ce frottis permet lexamen des lments cellulairesdans des conditions moins traumatisantes que le Gram.


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Le GRAM

Permet dapprcier limportance de la populationbactrienne, son caractre monomorphe ou polymorphe et lamorphologie des bactries : cocci ou bacille Gram positif ou Gram ngatif (aspect morpho-tinctorial) et le mode de

groupement des cocci. (Orientation pour la culture).Une goutte (10 ou 50 ul) durine non centrifuge est dposesur une lame et sche lair sans talement, fixe puiscolore au Gram. (Une grande concentration de bactries vamigrer vers le sommet de la goutte).

Une bactriurie significative : N 2 bactries / champ

Une pyurie significative : N > 10 leucocytes / champ

correspondant 104/ml


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CULTURE

Techniques densemencement

1- Mthode de rfrence : Mthode de KASS Modifie

- Dscription de la technique0.1 ml durine bien mlange est dilue dans 9.9 ml deau distillestrile laide dune pipette calibre 0.1 ml ; puis 0.1 ml de cettedilution est ensuite aussitot tale sur une glose nutritive avec unrteau pralablement strilis.

Une double dilution de lurine est effectue dans certaines situations :sonds et paraplgiques. (Voir annexe pour schma des dilutions).

On ensemence paralllement lurine non dilue sur un milieu slectif(hektoene ou BCP ou Mac Conkey qui permet dinhiber lenvahissementdu proteus) ou enrichie (Glose au sang) dans le cas ou on suspecte lexamen direct ou au Gram des germes exigeants ou dficients.

- Lecture :La numration se fait selon la formule de Kass :

N=n.102 .10 bactrie / ml

Ou : n : Nombre de colonie sur la bote.

102

: Inverse de la dilution.10 : Inverse de linoculum.

Nombre de colonie : 1-9 : 103 Bact/ml Numration ngative

10-99 : 104 Bact/ml Numration douteuse

+ 100 : 105 Bact/ml Numration positive

- Interprtation :UFC=Units formant colonie

Chaque colonie qui pousse partir de lurine dilue correspond 1000UFC dans 01 ml dchantillon.

Une bactriurie significative est considre devant une numration> 100 colonies sur glose nutritive ce qui correspond > 10 5 UFC / ml.


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2- Mthode lanse calibre

- Dscription de la techniqueUne anse calibre 10 l est utilise pour ensemencer les gloses

nutritives et slectives.

On prlve verticalement avec lanse calibre et par capillarit unegoutte durine que lon ensemence par stries sur la bote de glose :une strie centrale est ensemence puis perpendiculairement raliser unisolement de haut en bas de la boite en desserant lgrement lesdernires stires. (Voir annexe pour schma).

- AvantagesSimplifie la technique de Kass en vitant les dilutions de lurine.

Cette technique permet de bien sparer les colonies pour ensuite bienles compter.

Diminution du cot.

- InconvnientsDans le cas de lutilisation dune anse calibre en fil de platine, levolume dlivr par celle ci doit tre rgulirement contrl (courbedtalonnage au Bleu dEvans). En effet aprs un grand nombredutilisation la calibration de lanse peut tre modifie (corrosion,

strilisation du matriel).

- InterprtationChaque colonie isole correspond une concentration de 103 Unitsviables / ml urine. La numration bactrienne est compare labaquede lcture correspondant aux diffrentes concentrations debactries/ml durines.


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3- Lames immerges

- Description de la techniqueUne lame porte objet munie dun quadrillage en relief est recouvertede glose CLED(Cystine Lactose Electrolyte Dficient) sur une faceet de glose Mac Conkey sur lautre. Lintrt de la glose de MacConkey est dinhiber les bactries Gram+ et le dveloppement ennappe des Proteus. La lame est conserve dans un flacon cylindriquestrile en matire plastique. Elle est fixe au couvercle du mmeflacon.

- UtilisationSaisir la lame par lintermdiaire du couvercle auquelle elle est fixe,immerger compltement les deux faces, retirer immdiatement, laissergoutter lexcs. Incubation 18 24 heures 35C.

- Lecture et InterprtationLa lecture est faite sur la glose CLED (face verte) en comparant ladensit des colonies prsentes sur chaque face avec une srie dereproductions talons correspondant : 103, 104, 105, 106, 107bactries/ml durine.

- Avantages et inconvnientsLa glose CLED (Cystine Lactose Electrolyte Dficient) :

- Milieu peu slectif.- Indicateur color (Bleu de bromothymol) variation de pH aprs

consommation du milieu (Lactose) par les bactries.

- Aspect des colonies oriente lidentification des germes mais lediagnostic est prsomptif et devra toujours tre confirm par une

identification complte biochimique.

- Inhibition de lenvahissement de Proteus par la faible teneur enlectrolytes.


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4- Tests rapides

Ces techniques de dtection rapide de la bactriurie consistent soit

mettre en vidence la prsence denzymes bactriennes, soit

dtecter prcocement la croissance bactrienne :

- Dtection prcoce de la croissance bactrienne :Se fait grce des automates qui enregistrent en continue

laugmentation de la masse bactrienne dans un milieu standard incub

35C avec parfois une agitation pour acclrer la croissance. La

dtection des bactries se fait le plus souvent par turbidimtrie mais

peut galement faire appel la bioluminescence (mesure de lATP

bactrien) ou la radiomtrie (dtection du C14 du CO2).

Le rapport qualit / cot de ces mthodes est mdiocre et elles sontpeu utilises.

- Mthode de criblage rapide :Consiste rechercher simultanment une bactriurie et une

leucocyturie par dtection dans les urines denzymes bactriennes

(nitrate rductase) et leucocytaire (leucocytes estrases).

Ces mthodes qui donnent un rsultat en quelques minutes par

immersion dans lurine de bandelette ractives, sont simples et peu

coteuses. Cependant, elles ne doivent tre utilises qu deux

conditions :

- Elles doivent dtecter simultanment une bactriurie et uneleucocyturie

- Elles ne doivent tre utilises que pour dpister les urines ngatives(bactriurie et leucocyturie ngatives). Ces chantillons pourront ne

pas tre examins sauf exception et dans ce cas, un ECBU classique

devra tre effectu.

Exemple :MULTISTIX, URITEST 2, NEPHUR TEST.

- Principes : Permettent de rechercher simultanment : Nitrate-rductase (Test de Griess), enzyme produite par

les entrobactries.

Leucocyte-estrase (Test de la LE) produite par lespolynuclaires endommags prsents dans les urines

infectes. Lorsque la bandelette se positive, elle dmontre une

hmaturie et une leucocyturie.


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- Avantages des Bandelettes urinairesLes mthodes de criblages rapides ont un bon pouvoir prdictif ngatif

et permettent de rduire de 30% environ le nombre dECBU raliss au

laboratoire.

- Inconvnients : Les bactries Gram positif et les Pseudomonas ne possdent pas

de nitrate-rductase,

On ne peut pas rvler les infections faible inoculum(


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5- Techniques base de milieux chromogniques

Ces techniques permettent lensemencement par

technique lanse calibre de lurine sur des milieux

gloss contenant des chromognes mettant en vidence

certains genres et espces bactriennes grce laspect

des colonies, ce qui permet une identification et une

orientation diagnostic avec un gain de temps non

ngligeable

- Principe du substrat chromogne* Analogue structural dune molcule naturellement clive par une

enzyme bactrienne ou fongique.

* Initialement le substrat ne possde aucune proprit. Aprs clivage

laglycone libr acquiert des proprits chromogniques, il

prcipite sans diffuser dans la glose afin de permettre une bonne

diffrenciation des colonies dans une culture plurimicrobienne.

Sur les premiers milieux chromognes fabriqus, le substrat diffusait

dans la glose ce qui ne permettait pas une bonne distinction des

colonies

- Activits enzymatiques utilises dans les milieux de culturechromogniques

- D-glucuronidase ou -D-galactosidase : spcifiques dEscherichia coli.- D-glucosidases : spcifiques dEnterococcus spp. , et groupe KES-C

(Klebsiell spp. - Enterobacter spp. - Serratia spp. - Citrobacter

spp.).

- Tryptophane daminase : spcifique du groupe Proteus / MorganellaProvidencia.

- D-galactosaminidase : spcifique de Candida albicans.- Parmis ces produits nous avons :


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Chromagar Orientation (Becton Dickinson)

-Milieu non slectif.-Enzymes utilises : D-glucosidase, D-galactosidase Tryptophane

desaminase (test complmentaire)

-Substances nutritives fournies par des peptones slectionnes,sources dlectrolytes limits (rduction du nombre despces deProteus).

-Conservation : + 2 8 C labri de la lumire.-Ensemencement par se calibre pour permettre la numration

bactrienne (comparaison avec brochure).

- Incubation 35 +/- 2C en arobie 20 24 heures.- Identification :

Directe sur bote de : E.coli, entrocoques et la plupart dessouches de S. saprophyticus.

Par dcoloration du milieu de : KES (Klebsiella-Enterobacter-Serratia) et PMP (Proteus-Morganella-Providencia).

Les autres pathognes urinaires ne pourront tre identifisquavec des tests biochimiques.

-Tests de confirmationIndispensable pour diffrencier Enterococcus sp et Streptococcusagalactiae (test pyroglutamate) et le groupe PMP (test indolepar DMCA : dimthylaminocinnamaldhyde) ; conseill pour E.coli

-Limites :-Ne permet pas la croissance dorganismes exigeants (Neisseria,

Haemophilus, Mycoplasma).

-Pas didentification directe des autres bactries Gram ngatif.-Aeromonas hydrophila peut produire des colonies roses similaires

E.coli (ncessit du test indole).

Uriselect 4 (BIO RAD)

-Principe identique avec utilisation des enzymes D-glucosidase,D-galactosidase et tryptophane dsaminase (test complmentaire).

-Milieu gris opaque (lecture plus difficile pour certains techniciens).-Limites :

-Quelques souches de staphylocoques peuvent tre inhibes.-Quelques souches de levures ne se dveloppent pas.-Queleques souches de Citrobacter spp indolognes dpourvues de

D-galactosidase peuvent pousser comme une E.coli (coloniesroses).


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-UTI 4 (OXOID)- Principe identique avec utilisation des enzymes D-glucosidase,

D-galactosidase et tryptophane dsaminase (test

complmentaire).

-CPS ID 2 (bioMrieux)- Principe identique avec utilisation des enzymes D-glucuronidase,

D-glucuronosidase et tryptophane dsaminase.

Comparaison des milieux chromognes aux milieux non chromognes

(Etude comparative au laboratoire de microbiologie du Centre Pierre et Marie Curie

dAlger CPMC 2004)

Une tude ralise au laboratoire de microbiologie du CPMC sur une priode

de 2 mois (Nombre dchantillons = 100) comparant le milieu chromogne :

Uriselect 4 aux milieux classiques : glose nutritive(numration bactrienne)

et hektoene(isolement) a dmontr des sensibilits quivalentes concernant

le taux de dtection et le compte bactrien. Ces milieux peuvent donc tre

utiliss pour lensemencement primaire des urines. Ils ont surtout dmontr

leur supriorit pour la dtection des urines pluri microbiennes par rapport

aux milieux classiques.

- Limites :- Vu la couleur du milieu : gris ce qui rend lapprciation des couleurs

produites par les colonies diffrente selon les techniciens

- Les IU levure ne sont pas dtectes- Prparation du milieu ncessite une rigueur quand lutilisation de la

verrerie strile, autoclavage et du stockage.

En rsum, les milieux chromognes prsentent les caractres suivants :

Mme capacit dtecter les germes urinaires communs du tractus urinaire

que lassociation de deux milieux non chromognes. Les milieux chromognes

peuvent donc tre utiliss comme milieu primaire disolement pour les

cultures durines.

Ces milieux permettent une meilleure discrimination des colonies donc une

meilleure sensibilit de dtection des urines poly-microbiennes, ceci les rend

plus faciles utiliser pour les personnes ayant peu dexprience.


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Ils permettent une identification directe de E. coli, Enterrococcus spp et

Proteus mirabilis.

Lensemble de ces germes est retrouv environ 60 % en milieu hospitalier.

Cette identification rapide de E. coli, Enterrococcus spp et Proteus mirabilis,prsente des avantages cliniques puisque le rsultat est rendu plus

rapidement au clinicien.

Tous ces milieux inhibent lenvahissement par Proteus.


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Choix des milieux de culture

1- Milieux pour numration bactrienne

Les milieux utiliss doivent permettre une numration des bactries les

plus frquemment rencontres, cest dire les entrobactries, les

Pseudomonas , les Staphylocoques et les entrocoques qui sont toutes des

bactries peu exigeantes et cultures rapides

En routine on utilise une glose nutritive (GN), Un milieu Cysteine Lactose

Electrolytes Dficient (CLED).

2- Milieux disolement

On utilise pour lisolement des bactries peu exigeantes, des milieux

slectifs tels que : glose lactose au bromocrsol pourpre (BCP), milieude Mac Conkey qui permet dinhiber les bactries Gram+ et le

dveloppement en nappe du Proteus et le milieu Hektone (milieu

lactos).

Si on suspecte des bactries croissance difficile, dautres milieux de

culture devront tre utiliss. Une glose au sang frais ou cuit peut

permettre disoler des Streptocoques ou des Haemophilus. Un milieu

Loweinstein Jensen pour les Mycobactries, Une glose Columbia au sang

pour une recherche exceptionnelle danarobies strictes.

BCP :

Glose lactose au bromocrsol pourpre.

Milieux non inhibiteur.

Les germes fermentant le lactose sont reconnus par une coloration

jaune tmoin de lacidification du milieu.

Glose Mac Conkey :

Milieu slectif.

Glose lactose au rouge neutre (indicateur de pH color mettant

en vidence la fermentation du lactose par les bactries).

Prsence de sels biliaires vitant lenvahissement par Proteus et de

cristal violet inhibant la croissance des germes Gram positif en

Europe ; attention aux Etats Unis, les gloses Mac Conkey ne

contiennent pas de cristal violet.


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Glose au sang :

-Milieu non slectif, sans indicateur color.-Convient pour la culture des germes exigeants et hmolytiques.-Si on veut inhiber lenvahissement des Proteus, on peut, lors de

lensemencement, mettre un peu dalcool dans le couvercle de la

bote.

-Lassociation acide nalidixique + colistine (ANC) inhibe les bactries Gram ngatif et les Bacillus.

-Milieu adapt la culture des bactries Gram positif notammentles streptocoques.

Incubation

Lincubation des milieux se fait 35C pendant 18-24 h ltuve.

Latmosphre dincubation pour les milieux enrichis se fait sous CO2 et enanarobiose pour la recherche de germes anarobies strictes.

La dure dincubation peut tre prolonge pour la recherche de germes croissance difficile : anarobies jusqu 72 h voir une semaine etMycobactries une semaine jusqu 1 mois.

Aspect des colonies

1- Milieux usuels

- Entrobactries : Colonies de 1 3 mm de diamtre gnralementbombes , lisses et brillantes , opaques et blanchtres.


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Les aspect s par t icul iers

- Proteus vulgaris et mirabilis : envahissement de la glose en voilemontrant des vagues successives

- Salmonella donne des colonies petites et transparentes, centrenoir sur milieu hektoene

- Serratia donne des colonies pigmentes en rouge sur glosenutritive

- P.aeruginosa donne de petites colonies plates et pigmentes en vertsur glose nutritive.

- Les Staphylocoques : Colonies volumineuses ventuellementpigmentes en jaune pour S.aureus sur glose nutritive.

- Les Streptocoques : Fines colonies transparentes sur glosenutritive.


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2- Milieux spcifiques

- Glose au sang frais :(GSF)- Les Staphylocoques et les Streptocoques : peuvent faire

apparatre sur GSF une hmolyse bta = halo clair autour de lacolonie.

-Glose chromogne :Les colonies apparaissent colores (la couleur dpend du type demilieux chromogne utilis).

Exp colonies sur Uriselect 4 (Bio rad)

- Glose Loweinstein JensenDans le cas dune tuberculose urinaire, les colonies deMycobactrium tuberculosis apparaissent sur ce milieu de couleurbeige clair, chamois avec un aspect de chou fleur.

E.coli + E.faecalis K.pneumoniae


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Identification biochimique des colonies

1- Caractres biochimiques dorientation rapide

Oxydase

Principe :

Loxydase cytochrome assure la fixation de loxygne

molculaire sur le cytochrome rduit.On met une colonie en prsence de la NN-dimethyl-paraphnylne-diamine rduite et incolore soit en solution, soiten imprgnant un disque de papier buvard et en le desschant.Cette enzyme possde la capacit doxyder la NN-dimethyl-paraphnylne-diamine rduit et incolore en driv semiquinonique rose violac.

Technique :

- Sur une lame propre et dgraisse (se trouvant lintrieurdune bote de Petri vide), dposer dans un angle une gouttedeau distille laide dune pipette Pasteur.

- A laide dune pince en plastique, saisir un disque pour larecherche doxydase, rhydrater avec de leau distille et ledposer au milieu de la lame, veiller ce que le liquide nedborde pas du disque.

- Avec une pipette Pasteur boutonne, prlever un peu deculture pure de 18h sur milieu disolement et dposer lacolonie sur le disque, attendre quelques secondes.

Lecture :

Oxydase + : le disque devient rose fonc puis violet au niveaudu dpt.

Oxydase - : pas de changement de couleur.


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Catalase

Principe :

Cette enzyme catalyse la dgradation du peroxyde dhydrogneH2O2 produit toxique du mtabolisme arobie de nombreusesbactries, en H2O et O2.

Cest laction directe de cette enzyme qui est mise en videncedans la masse microbienne, cette action est caractrise par undgagement gazeux rsultant de la dcomposition de leau

oxygne.

Technique :

- A laide dune pipette Pasteur dposer au milieu dune lamepropre et dgraisse se trouvant lintrieur dune bote dePetri vide une goutte deau oxygne.

- Avec une pipette boutonne, prlever un peu de culture purede 18h sur milieu disolement et dposer les bactries dansleau oxygne.

Lecture :

Catalase + : Bulles de gaz dans leau oxygne.

Catalase - : Pas de dgagement gazeux.

2- Identification classique

A laide dune suspension bactrienne, on ensemence des milieux deculture de compositions diffrentes en tubes permettant de mettre en

vidence les principaux caractres biochimiques identifiant lesentrobactries.

Lincubation se fait 35C pendant 18-24h ; la lecture des caractres sefait selon le tableau 1 (annexe 1).

Suivant lalgorythme des principaux caractres biochimiques rvls lesbactries seront identifies (voir annexe).

Chaque milieu utilis doit au pralable tre contrl pour viter lesdiagnostics rons.


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3- Identification rapide (API system)

LAPI est un systme standardis pour lidentification des bactries selonles caractres biochimiques.

Principe :

La galerie API comporte 20 micro tubes contenant des substratsdshydrats. Les micro tubes sont inoculs avec une suspensionbactrienne qui reconstitue les milieux dshydrats, les ractionsproduites pendant la priode dincubation se traduisent par desvirages colors spontans lors de laddition des ractifs .

La lecture de ces ractions se fait laide du tableau de lecture etlidentification est obtenue laide du catalogue analytique ou dunlogiciel didentification.

Technique :

A laide dune pipette, prlever 1 4 colonies morphologiquementidentiques et raliser une suspension avec le mdium (2ml) "solution

saline" ou avec leau physiologique.Remplir les tubes (et non les cupules) des tests avec la suspensionprcdente pour viter la formation de bulles dair au fond destubes. Poser la pointe de la pipette sur le cot de la cupule eninclinant lgrement la bote dincubation vers lavant.

Remplir les tubes et cupules des tests qui portent un cadre.

EX : GLU

Remplir dhuile de paraffine les cupules des tests souligns

EX : ADH, ure

Remplir dun peu deau la bote dincubation pour viter ladessication lors de lincubation 35C pendant 24h.

La lecture :

- Apres incubation, la galerie sera lue et les rsultats compars autableau de lecture.

Noter sur la fiche de rsultats toutes les ractions spontanes ourvles par laddition des ractifs.


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La lecture automatise :

Il existe un automate pour la lecture des Api System (Biomrieux)en fonction des caractres rvls par la galerie biochimique, ceciconstitue un gain de temps pour linterprtation des galeries Api .

Cependant la lecture par cet automate peut poser quelquesproblmes lors de la rvlation tardive de quelques caractresbiochimiques.

Interprtation :

Lidentification est obtenue partir du profil numrique. Sur lafiche de rsultats, les tests sont spars par groupes de trois et lesvaleurs 1, 2 ou 4 sont indiques pour chacun.

En additionnant lintrieur de chaque groupe les valeurs

correspondant des ractions positives, on obtient 7 chiffres, laraction de loxydase est affecte de la valeur 4 lorsque elle estpositive.

Lidentification est ralise laide du catalogue analytique(recherche le profil numrique dans la liste des profils).

EX : 4144532 => E.Coli

4- Identification des colonies sur milieux chromognes

Arbre dcisionnel adapt aux milieux chromognes utilisant les enzymes-glucosidase et -D galactosidase (exemple Uriselect 4).


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5- Identification antignique

- Srogroupage des streptocoquesLe groupage concerne les streptocoques bta-hmolytiques du groupe

A,B,C,Fet G et les streptocoques du groupe D. Le groupage rapide sefait facilement par des techniques dagglutination au moyen departicules de latex sensibilises aprs extraction enzymatique (Slidexstrepto kit de Biomrieux).

- Srotypage des Pseudomonas aeruginosaIl sagit dun dun srotypage de lantigene O, qui est ralis grace auxantisrums commercialiss (Diagnostic Pasteur), 16 srogroupes sontindividualiss. La technique est celle de lagglutination sur lame quidemande quelques minutes pour apparatre. Lintret du srotypagedes P.aeruginosa est beaucoup plus pidmiologique.

6- Antibiogramme

Un antibiogramme est ralis par mthode de diffusion en disque selon lesrecommandations du CLSI pour chaque germe isol (cf. Fasicule destandardisation de lantibiogramme en mdecine humaine lechellenationale 5me Edition 2008.


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CHAPITRE IIIInterprtation de lECBU


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Chapitre III : Interprtation de lECBU 54

Interprtation de lECBU

Linterprtation de lexamen cytobactriologique des urines doit se faire avec

un sens critique et une collaboration troite entre le clinicien et le

microbiologiste et dpend de plusieurs facteurs tels que :

La qualit du prlvement : respect des conditions dhygine, du tempsde transport et de la temprature de conservation de lchantillon

La technique de prlvement utilise (milieu du jet, sonde .etc.) le germe ou les germes identifis (espce bactrienne et son pouvoir

pathogne reconnu)

Etat du malade et de ses antcdents Renseignements cliniques (fivres, brlures mictionnelles, prise

dantibiotiques, sonde).

Age du malade (nouveau n, personne ge, enfant.etc.)En plus de ces lments importants linterprtation dpend galement des

rsultats des diffrents examens cytologiques et bactriologiques raliss

partir de lurine savoir :

- Numration des lments cellulaires (leucocytes)- Les rsultats des examens microscopiques (bleu de mthylne et

Gram)

- La numration bactrienne, quelque soit la technique choisie

Linterprtation des cultures est base sur les critres de KASS :

1- Bactriurie 105UFC/ml avec un seul type de bactrie : infectionurinaire

2- Bactriurie 103

UFC/ml : absence dinfection urinaire3- Bactriurie entre 103 UFC /ml et 105 UFC/ml : zone dincertitude,

elle est fonction de lespce bactrienne et du contexte clinique

contrler si ncessaire.

KASS dfinit un seuil 105 UFC/ml comme tant significatif, alors que dansplusieurs situations ce taux est revu la baisse.


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Interprtation selon la bactriurie et la leucocyturie

a) Urines du milieu du jet :

Leucocyturie

104

/ml et la bactriurie

103

UFC/ml : absencedinfection urinaire.

Leucocyturie 104/ml et la bactriurie 105UFC/ml, avec un seul typede bactrie, il sagit dune infection urinaire certaine.

Leucocyturie 104/ml et la bactriurie 105 UFC/ml avec deux types debactries chez la femme et un examen direct qui retrouve de

nombreuses cellules pithliales, il sagit de deux probables possibilits :

- Infection gnitale.- Infection urinaire mais contamine

Un second prlvement durine est demand tout en expliquant les

modalits de prlvement.

Les prlvements gnitaux sont effectus dans un service de

gyncologie.

Leucocyturie 104/ml et la bactriurie 105 UFC/ml, avec un seul typede bactrie, cest une infection urinaire dans les cas suivants :

- Femme enceinte : confirmer par un deuxime ECBU.- Immunodprim- diabtique- Nourrisson- Personne geCe cas est retrouv chez 20% de la population, ainsi quen dbut

dinfection urinaire, dans ces cas un deuxime prlvement simpose

dans lequel on doit identifier la mme bactrie (genre, espce et profil

antibiotique).

Une bactriurie sans leucocyturie peut tre galement observe lorsque

le prlvement est gard trop longtemps +4C ou lorsque les urines

sont hypertonique ou trop alcalines. Ces conditions contribuent

dtruire les leucocytes.

En cas de non respect des conditions dhygine, du temps de transport et

de la temprature de conservation, il peut sagir dune contamination

bactrienne dune urine strile (faux positifs).

Dans certains cas il peut sagir dune bactriurie asymptomatique(colonisation sans infection).


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Leucocyturie 104/ml ou 104/ml (prsence ou absence deleucocytes) et la bactriurie 105UFC/ml, avec deux types debactries, linfection urinaire poly microbienne est admise dans lescas suivants :

-Uropathie :Reflux vsiculo-urtral,Maladie de la jonction pylo-urtrale

-Sond-Paraplgique

En dehors des cas cits il peut sagir dune souillure, un deuximeprlvement est demand au malade en rappelant les modalits derecueil des urines.

Leucocyturie 104/ml ou 104/ml (prsence ou absence deleucocytes) et la bactriurie 105UFC/ml, avec plus de deux types debactries, la souillure est certaine, un deuxime prlvement estdemand au malade en rappelant les modalits de recueil des urines.

Leucocyturie 104/ml et une bactriurie comprise entre 103 et105UFC/ml :

-Diurse abondante lorigine dune dilution des bactries.-Prsence dans les urines de substances antibactriennes utilises pour

la toilette

-Un PH urinaire bas entrave la multiplication des bactries-Micro organisme croissance lente (cocci)-Obstruction urtrale complte- Infection Pseudomonas sp-Traitement antibiotique en cours

Leucocyturie 104/ml et une bactriurie 103 UFC/ml :-Prise dantibiotique dans les cinq jours qui prcdent le prlvement

on parle dinfection dcapite, refaire le prlvement 48 h aprslarrt du traitement si ncessaire, car une seule prise dantibiotiquesuffit dcapiter linfection en 06h 12h avec conservation desleucocytes.

-La coloration de Gram montre une prsence de bactries extra-cellulaire avec une numration bactrienne infrieure 103 UFC/ml : infection anarobies probable, utiliser les milieux deculture et les techniques de diagnostic adquates et rechercher lefoyer de linfection (fistule rnale ou digestive).


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-La coloration au Bleu de mthylne montre une prsence de cocciintra et extra leucocytaire : infection Neisseria gonorrhoeaeprobable, demander un prlvement urtral.

-Clinique en faveur de bactries quon ne peut mettre en vidence parles techniques classiques : Chlamydia, Mycoplasme, et Mycobactries.

Rechercher ces bactries par les techniques spcifiques.

La prsence de Leucocyturie sans bactriurie peut tre observe dansdautres situations :

-Maladie fbrile systmique.-La fivre chez le nourrisson.-Le rein polykystique, ou les kystes ne communiquent pas avec un

systme collecteur.

-Lithiase rnale ou calculs rnaux.-Nphropathie interstitielle.- Inflammation de lurothlium par laction mcanique dun dispositif

(cathter).

- Infection mycosique.- Infection parasitaire : la bilharziose uro-gnitale.-Personnes ges (tumeur vsicale).-Transplant rnal : les leucocytes type lymphocytes orientent vers

une raction de rejet de greffe.

Depuis les critres de Kass le diagnostic bactriologique de linfectionurinaire est rest bas sur lassociation dune leucocyturie 104 /ml

et surtout dune bactriurie 105UFC/ml. Le seuil significatif de la

leucocyturie est rest remarquablement consensuel fix dans tous les

crits un nombre 104/ml (10/mm3), par contre le seuil de la

bactriurie qui est certes trs spcifique manque de sensibilit et

doit tre aujourdhui rvis la baisse dans beaucoup de situations

cliniques :

-Les infections urinaires rcidivantesBactriurie 104 UFC/ml

-Cystite simple chez la femme de 15-65 ansBactriurie > 103 UFC/ml pour les coliformes

Bactriurie > 104 UFC/ml pour les autres espces bactriennes

-Pylonphrite non compliqueBactriurie 104 UFC/ml


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-Prostatites aiguesBactriurie 104 UFC/ml

Pour le diagnostic dune prostatite aigue lECBU est ncessaire maisreste insuffisant, car sil est ngatif il faut raliser lanalysefractionne des urines ainsi que lanalyse des scertions prostatiquesrecueillies au mat urtral, aprs massage de la glande ( viter encas de prostatite fbrile risque de bactriemie).

-Prostatites chroniques infectieuses :Le diagnostic est bas sur au moins un des critres suivants selonlpreuve de Mears et Stamey :

les secrtions prostatiques et les 10 ml durine permettantdobtenir une bactriurie 103 UFC/ml avec un seul type de

bactrie.

les secrtions prostatiques et les 10 ml durine limins,contiennent la mme bactrie que les urines vsicales savoir du

milieu du jet mais une concentration 10 fois plus importante.

Il faut savoir que la technique de Mears et Stamey a ses limites, cette

technique ne peut tre applique lors de pousse infectieuse, car le

massage est douleureux et il y a risque de bactrimie. On ne peut

prouver la prostatite par cette mthode que si lurine vsicale est

strile, de plus elle exige un personnel entran et un patient

cooprant.

b) La ponction sus-pubienne : Linterprtation est base sur la prsence de

culture bactrienne. La prsence dune seule colonie sans dilution de

lurine signe linfection urinaire, les bactries proviennent directement de

lurine vsicale.

c) Le sondage vsical

La leucocyturie ne constitue pas un facteur prdictif dinfection urinairechez le malade sond, elle nest corrle la bactriurie qu des

concentrations microbiennes suprieures 107 UFC/ml.

La symptomatologie est un critre important pour linterprtation de

lECBU chez le porteur de sonde et permet de faire la diffrence entre la

colonisation et linfection urinaire proprement dite. Selon la confrence

de consensus sur les infections urinaires nosocomiales de ladulte entre la

socite francaise des pathologies infectieuses et la socite francaise

durologie qui a eu lieu lInstitut Pasteur de Paris en 2002 : 4 situations

peuvent tre observes :


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Sonde SymptmesLeucocyturie

104 /ml

Bactriurie

UFC/mlInterprtation

+ ou - + + 103 Infection certaine

+ ou - + -

105

1 ou 2 espcesisoles quelque soitlespcebactrienne

Infection dbutanteou sujetneutropnique

+ ou - + -

103

1 ou 2 espcesisoles uro-pathognereconnues (E.coli)

Infection dbutanteou sujetneutropnique

+ - + ou -Seuil de dtection103

colonisation

Cette interprtation nest valable que si les conditions de prlvement sursonde sont respectes. Si la bactriurie est dcouverte au moment delablation de la sonde, il est conseill de raliser un deuximeprlvement durine 48h plus tard.

Rappelons que les urines du sachet collecteur de la sonde ne sontanalyses que si le sachet est chang (un sachet neuf) et ne reste en placeque 20 30 minutes, de mme la culture de la sonde est proscrite(colonisation de la sonde ne veut pas dire que ces bactries sont dans

lurine vsicale).


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Interprtation selon les germes

Lidentification de la bactrie mrite aussi une interprtation lorsque le

germe nappartient pas une espce courante de linfection urinaire, ensachant que toute bactrie peut tre responsable dune infection et

linverse peut tre un contaminant.

Escherichia coli, Proteus mirabilis, Klebsiella pneumoniae, etStaphylococcus saprophyticus (chez la femme) sont des germes dont le

rle est bien tabli dans linfection urinaire

Les autres germes ne peuvent tre incrimins quaprs discussion,

savoir :

Stapylococcus epidermidis nest incrimin en tant que pathognequen prsence de matriel tranger ou aprs instrumentation au

niveau de lappareil urinaire, car cest une bactrie de la flore

cutane.

Les Staphylocoques coagulase ngative sont en nette augmentation dans

les infections urinaires, mais ils ne peuvent tre incrimins que sils sont

retrouvs dans un deuxime prlvement surtout en labsence de

leucocyturie, car ce sont des bactries de la flore cutane.

Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus meticillino-rsistantsont incrimins avec une numration 104 UFC/ml dans les cassuivants :

-Malade hospitalis-Prise dantibiotiques large spectre- Intervention sur larbre urinaire

Staphylococcus aureus peut tre isol lors dune prostatite. Acinetobacter sp, Stenotrophomonas maltophilia, autres

pseudomondaceae, leur implication en pathologie exige un niveau de

bactriurie lev 105 UFC/mL, ainsi quune r

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