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27ème journée ISS France - jeudi 5 février 2004 - 1/13
27ème journée ISS France
Caractérisation de milieux cellulaires
partiellement observé par imagerie microscopique 3D
David Legland - INRA
TPV-URPOITransformation des Produits Végétaux Unité de Recherche sur les Polysaccharides, leur Organisation et leurs interactions
27ème journée ISS France - jeudi 5 février 2004 - 2/13
Plan
Contexte Développements
– Correction des défauts d’acquisition– Amélioration de l’image– Segmentation– Mesures et estimations
Prolongements
27ème journée ISS France - jeudi 5 février 2004 - 3/13
Contexte biologique
Objectif : caractériser un matériau cellulaire végétal
Paramètres physico-
chimiques, mécaniques,
sensoriels ou génétiques
Analyse par
imagerie
27ème journée ISS France - jeudi 5 février 2004 - 4/13
Démarche générale
Échantillonnage
Prélèvements et acquisition images
Segmentation
Développement d’estimateurs
Étude des différences entre variétés
(...)fwk
27ème journée ISS France - jeudi 5 février 2004 - 5/13
Choix et échantillonnage du matériau
Étude du péricarpe de tomate
Traversées le long du péricarpe Échantillonnage uniforme à la surface de la tomate
27ème journée ISS France - jeudi 5 février 2004 - 6/13
Acquisition des images
Pile d’images (512 x 512 x 30)
27ème journée ISS France - jeudi 5 février 2004 - 7/13
Correction baisse de luminosité
Image de référence
Image à corriger
Image corrigée
Utilisation du « Matching » d’histogramme
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Amélioration des lignes
Maximum de plusieurs filtres directionnels
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Segmentation : Ligne de partage des eaux
Détection des marqueurs : minima étendus + filtrage morphologique
Image améliorée Détection desminima
Ligne de partagedes eaux
Traitement morphologique
27ème journée ISS France - jeudi 5 février 2004 - 10/13
Segmentation 2D
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Segmentation 3D
27ème journée ISS France - jeudi 5 février 2004 - 12/13
Prolongements :
Classification des différentes phases Développements d’estimateurs adaptés à la
nature partielle des observations
Cartographie des propriétés géométriques des espaces cellulaires et intercellulaires
27ème journée ISS France - jeudi 5 février 2004 - 13/13
Deux variétés de tomate :
Cameron
Quest