Curriculum vitae

Olivier PANAUDProfesseur à l'Université de Perpignan Via Domitia,Member sénior de L'Institut Universitaire de France.Chef d'équipe, www.panaudlab.org Laboratoire Génome et Développement des Plantes UMR 5096 CNRS/UPVD

Né le 3 février 1964 Divorcé, 3 enfantsTel : +33 468661773Fax : +33 468668499Email : panaud@univ-perp.fr

FORMATION :

2001 : « Habilitation à diriger les recherches », Université Pierre et Marie Curie, Paris VI.1992 : Doctorat en Génétique, Université Paris XI, Orsay. 1987 : Maîtrise de Génétique, Université Paris XI, Orsay. 1984 : DEUG de Biologie, Université Paris XI, Orsay.

EXPERIENCE PROFESSIONNELLE :

2015- Membre sénior de l'Institut Universitaire de France.2008-2012 Vice-Président pour la recherche de l'Université de Perpignan Via Domitia. 2003- Professeur, Université de Perpignan Via Domitia. Chef d'équipe, Laboratoire Génome et

Développement des Plantes. 1997-2003 : Maître de Conférences, Université Pierre et Marie Curie, Paris VI. Laboratoire

Evolution et Systématique, Université Paris XI, Orsay. 1996-1997 : ATER. Laboratoire Evolution et Systématique, Université Paris XI, Orsay.1995-1997 : Post-doctorat. Laboratoire Evolution et Systématique, Université Paris XI, Orsay.1992-1995 : Post-doctorat. S.R. McCOUCH lab, Plant breeding and Biometry Department,

Université de Cornell, Ithaca, NY, USA. 1988-1992 : Doctorat. Plant Breeding and Biochemistry Department. International Rice Research

Institute. Los Banos, Philippines. Soutenu à l'Université Paris XI Orsay.

AUTRE EXPERIENCE PROFESSIONNELLE :

2005, 2003, 2001 : Visiting Scientist (périodes de 3 mois). Plant Breeding and Biochemistry Department. International Rice Research Institute. Los Banos, Philippines.

DIRECTION DE RECHERCHE :

2013-2016 co-PI projet CAPES-COFECUB (Université de Porto Allegre, Brésil). « New strategies fot the exploration and the exploitation of agrobiodiversity ».

2009-2011 PI projet Genoscope. « A high throughput re-sequencing strategy for the characterization of rice mutants. »

2008-2011 co-PI projet ANR AZORIZ : « Specificity of the phytostimulatory cooperation between Azospirillum lipoferum and rice » .

2006-2009 co-PI projet ANR ITEGE : « Impact of transposable elements on gene regulation» .2006-2009 co-PI projet ANR EXEGESE : « Wheat chromosome 3B : a model to study the structure,

the evolution and the expression of the wheat genome » .2006-2009 co-PI projet CAPES-COFECUB (Université de Pelotas, Brésil). « Study of iron tolerance

in rice. »2007-2009 co-PI projet Genoscope. « Evolution of a genomic duplication in rice. »2005-2008 PI projet Genoscope. « Physical map and sequencing of the african rice species O.

glaberrima. »

EXPERTISE ET ORGANISATION DE CONGRES :

Referee NSF, ANR, Swiss Science fundation et austrian Science fundation.

Editeur des journaux “Rice” et “Frontiers in plant genetics and genomics”

Reviewer pour plusieurs journaux, dont Nature, Science, PNAS, Plant Cell, Genome research, MBE, Plant J. etc.

Membre du comité scientifique du projet NSF « Oryza Map alignment Project (OMAP) ».

Evaluateur AERES (Laboratoires et formations universitaires).

Co-organisateur du workshop "Transposable elements" au congrès annuel "Plant and Animal Genomes" (San Diego, USA) depuis 2008.

Co-organisateur "14th International Rice Functional Genomics" symposium, Montpellier 26-28 September 2016.

PUBLICATIONS DES 5 DERNIÈRES ANNÉES (TOTAL DE 66 ; H-INDEX 30) :

- Wicker T, Yu Y, Haberer G, Mayer KF, Marri PR, Rounsley S, Chen M, Zuccolo A, Panaud O, Wing RA, Roffler S (2016). DNA transposon activity is associated with increased mutation rates in genes of rice and other grasses. Nat Commun. 7:12790. doi: 10.1038/ncomms12790.

- Panaud O (2016). Horizontal transfers of transposable elements in eukaryotes: The flying genes. C R Biol. 339(7-8):296-9. doi: 10.1016/j.crvi.2016.04.013.

- Casacuberta JM, Jackson S, Panaud O, Purugganan M, Wendel J (2016). Evolution of Plant Phenotypes, from Genomes to Traits. G3 (Bethesda). g3.115.025502. doi: 10.1534/g3.115.025502.

- El Baidouri M, Kim KD, Abernathy B, Arikit S, Maumus F, Panaud O, Meyers BC, Jackson SA (2015). A new approach for annotation of transposable elements using small RNA mapping. Nucleic Acids Res. 43(13):e84.

- Copetti D, Zhang J,..., Panaud O, Wing RA (2015). RiTE database: a resource database for genus-wide rice genomics and evolutionary biology. BMC Genomics. 16:538.

- Finatto T, de Oliveira AC, …, Panaud O, Picault N (2015). Abiotic stress and genome dynamics: specific genes and transposable elements response to iron excess in rice. Rice (N Y).Feb 25;8:13.

- Wang M, Yu Y,…, Panaud O,..., Wing RA (2014). The genome sequence of African rice (Oryza glaberrima) and evidence for independent domestication. Nature Genet. 46(9):982-8.

- Drogue B, Sanguin H, …, Panaud O, ..., Wisniewski-Dyé F (2014). Plant root transcriptome profiling reveals a strain-dependent response during Azospirillum-rice cooperation.Front Plant Sci. 5:607

- El Baidouri M, Carpentier MC, Cooke R, Gao D, Lasserre E, Llauro C, Mirouze M, Picault N, Jackson SA, Panaud O (2014). Widespread and frequent horizontal transfers of transposable elements in plants. Genome Res. 24(5):831-8.

- Panaud O, Jackson SA, Wendel JF (2014). Drivers and dynamics of diversity in plant genomes. New Phytol. 202(1):15-8.

- Elbaidouri M, Chaparro C, Panaud O (2013). Use of Next Generation Sequencing (NGS) technologies for the genome-wide detection of transposition. Methods Mol Biol. 1057:265-74.

- Collen J, Porcel B,..., Panaud O,..., Boyen C (2013). Genome structure and metabolic features in the red seaweed Chondrus crispus shed light on evolution of the Archaeplastida. PNAS 26;110(13):5247-52.

- ElBaidouri M and Panaud O (2013). Comparative Genomic Paleontology Across Plant Kingdom Reveals The Dynamics Of TE-driven Genome Evolution. Genome Biology and Evolution. 5(5):954-65.

- Victoria Fde C, Bervald CM, da Maia LC, de Sousa RO, Panaud O, de Oliveira AC (2012). Phylogenetic relationships and selective pressure on gene families related to iron homeostasis in land plants . Genome. 55(12):883-900.

- Ainouche A, Bétermier M, Chandler M, Cordaux R, Cristofari G, Deragon JM, Lesage P, Panaud O, Quesneville H, Vaury C, Vieira C, Vitte C (2012). International Congress on Transposable Elements (ICTE) 2012 in Saint Malo and the sea of TE stories. Mob DNA. 3(1):17.

- D'Hont A, Denoeud F,..., Panaud O,..., Wincker P (2012). The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants. Nature. 488(7410):213-7.

- Bennetzen JL, Schmutz J,..., Panaud O,..., Devos KM (2012). Reference genome sequence of the model plant Setaria. Nature Biotechnology. 30(6):555-61.