Upload
nguyennguyet
View
218
Download
4
Embed Size (px)
Citation preview
Diagnostic génétique des amyloses à transthyrétine
www.reseau- amylose-chu-mondor.fr
IMRB, U955
RESEAU AMYLOSE – CHU HENRI MONDOR
BRUNO COSTES PASCALE FANEN
VALÉRIE ORTONNE VALÉRIE DELATTRE MICHEL GOOSSENS
INSERM 955 – GÉNÉTIQUE, CHU HENRI MONDOR
Journée Amylose Mondor – 07/12/2013
Aspects génétiques
• L’amylose à TTR héréditaire
- autosomique dominante (la plupart des patients sont hétérozygotes pour une mutation TTR)
- à pénétrance incomplète (variable avec l’âge et la nature de la mutation)
- d’apparition tardive : 30-50 ans Portugal/Japon (endémique), > 56 ans Suède
• Plus de 100 variants génétiques du gène codant la TTR sont associés avec des formes héréditaires de l’amylose à Transthyrétine, dont
- Val30Met : « endémique » (foyers Portugal, Japon, Suède) et non endémique (reste du monde)
- Val122Ile : Afrique, basse pénétrance
Pr M Goossens - Journée Amylose Mondor – 07/12/2013
Aspects génétiques
Maladie transmise sur le mode autosomique dominant à pénétrance incomplète
bc ac ef
af ec
ac bd
ac
ab cd
ab cd
cb
Pr M Goossens - Journée Amylose Mondor – 07/12/2013
Aspects génétiques
Maladie transmise sur le mode autosomique dominant à pénétrance incomplète
ac
ab cd
cb héréditaire ?
Pr M Goossens - Journée Amylose Mondor – 07/12/2013
Choix de la méthode
• Objectifs : rapide, précise, fiable, bon marché • Atout : - Petit gène composé de 4 exons : son analyse est facile • Difficultés : - Pas de « hotspot » mutationnel :
- Plus de 100 mutations connues distribuées le long du gène - Essentiellement des mutations « faux-sens »
V30M (p.Val50Met) et V122I (p.Val142Ile) sont les plus fréquentes
Pr M Goossens - Journée Amylose Mondor – 07/12/2013
Aspects génétiques Les mutations TTR décrites
Pr M Goossens - Journée Amylose Mondor – 07/12/2013
Analyse du gène TTR
Amplification par PCR de chaque exon et séquences flanquantes
Amorces spécifiques
5’ 3’ Intron1 Intron2 Intron3
PCR1 PCR2 PCR3 PCR4
1 2 3 4
Pr M Goossens - Journée Amylose Mondor – 07/12/2013
Identification de la mutation V30M
Intron1 Intron2 Intron3
1 2 3 4
5’ 3’
Séquence de référence
Séquence du patient
Substitution de nucléotide hétérozygote AAT GTG GCC GTG CAT GTG TTC Val30
AAT GTG GCC ATG CAT GTG TTC Met30 Pr M Goossens - Journée Amylose Mondor – 07/12/2013
Séquençage du gène TTR : limites
P
Variation nucléotidique au niveau d’un site d’amorce
Exemple de mutation non détectée (1)
M
Pr M Goossens - Journée Amylose Mondor – 07/12/2013
Séquençage du gène TTR : limites
Ceci peut être exploré en étudiant les parents
P M
DÉLÉTION
Exemples de mutation non détectée (2)
Pr M Goossens - Journée Amylose Mondor – 07/12/2013
Diagnostic génétique : Arbre décisionnel
Mutation hétérozygote connue
Variation nucléotidique inconnue
• Etudes complémentaires : - Etudes familiales, - Littérature, - Bases de données, - Tests fonctionnels
STOP
Aucune variation nucléotidique
• Extension du séquençage ? • Délétions étendues ? • Réarrangements ? • Autre gène ?
Confirmation de l’ATTR
Pr M Goossens - Journée Amylose Mondor – 07/12/2013