EPIDEMIOLOGIE DE LA TRICHINELLOSE EN EUROPE DE 2008 …vetagro sup campus veterinaire de lyon année 2019 - thèse n° … epidemiologie de la trichinellose en europe de 2008 a 2018

VETAGRO SUP

CAMPUS VETERINAIRE DE LYON

Année 2019 - Thèse n° 117

EPIDEMIOLOGIE DE LA TRICHINELLOSE EN EUROPE DE

2008 A 2018 : UNE REVUE SYSTEMATIQUE

THESE

Présentée à l’UNIVERSITE CLAUDE-BERNARD - LYON I

(Médecine - Pharmacie)

et soutenue publiquement le 13 décembre 2019

pour obtenir le grade de Docteur Vétérinaire

par

CHEYREZY Abélia

Née le 5 avril 1994

à Châtenay-Malabry (92)

VETAGRO SUP CAMPUS VETERINAIRE DE LYON

Année 2019 - Thèse n° …

EPIDEMIOLOGIE DE LA TRICHINELLOSE EN EUROPE DE

2008 A 2018 : UNE REVUE SYSTEMATIQUE

THESE

Présentée à l’UNIVERSITE CLAUDE-BERNARD - LYON I

(Médecine - Pharmacie)

et soutenue publiquement le 13 décembre 2019

pour obtenir le grade de Docteur Vétérinaire

par

CHEYREZY Abélia

Née le 5 avril 1994

à Châtenay-Malabry (92)

2

3

ABITBOL Marie DEPT-BASIC-SCIENCES Professeur

ALVES-DE-OLIVEIRA Laurent DEPT-BASIC-SCIENCES Maître de conférences

ARCANGIOLI Marie-Anne DEPT-ELEVAGE-SPV Professeur

AYRAL Florence DEPT-ELEVAGE-SPV Maître de conférences

BECKER Claire DEPT-ELEVAGE-SPV Maître de conférences

BELLUCO Sara DEPT-AC-LOISIR-SPORT Maître de conférences

BENAMOU-SMITH Agnès DEPT-AC-LOISIR-SPORT Maître de conférences

BENOIT Etienne DEPT-BASIC-SCIENCES Professeur

BERNY Philippe DEPT-BASIC-SCIENCES Professeur

BONNET-GARIN Jeanne-Marie DEPT-BASIC-SCIENCES Professeur

BOULOCHER Caroline DEPT-BASIC-SCIENCES Maître de conférences

BOURDOISEAU Gilles DEPT-ELEVAGE-SPV Professeur

BOURGOIN Gilles DEPT-ELEVAGE-SPV Maître de conférences

BRUYERE Pierre DEPT-BASIC-SCIENCES Maître de conférences

BUFF Samuel DEPT-BASIC-SCIENCES Maître de conférences

BURONFOSSE Thierry DEPT-BASIC-SCIENCES Professeur

CACHON Thibaut DEPT-AC-LOISIR-SPORT Maître de conférences

CADORÉ Jean-Luc DEPT-AC-LOISIR-SPORT Professeur

CALLAIT-CARDINAL Marie-Pierre DEPT-ELEVAGE-SPV Maître de conférences

CAROZZO Claude DEPT-AC-LOISIR-SPORT Maître de conférences

CHABANNE Luc DEPT-AC-LOISIR-SPORT Professeur

CHALVET-MONFRAY Karine DEPT-BASIC-SCIENCES Professeur

DE BOYER DES ROCHES Alice DEPT-ELEVAGE-SPV Maître de conférences

DELIGNETTE-MULLER Marie-Laure DEPT-BASIC-SCIENCES Professeur

DJELOUADJI Zorée DEPT-ELEVAGE-SPV Maître de conférences

ESCRIOU Catherine DEPT-AC-LOISIR-SPORT Maître de conférences

FRIKHA Mohamed-Ridha DEPT-ELEVAGE-SPV Maître de conférences

GALIA Wessam DEPT-ELEVAGE-SPV Maître de conférences

GILOT-FROMONT Emmanuelle DEPT-ELEVAGE-SPV Professeur

GONTHIER Alain DEPT-ELEVAGE-SPV Maître de conférences

GRANCHER Denis DEPT-BASIC-SCIENCES Maître de conférences

GREZEL Delphine DEPT-BASIC-SCIENCES Maître de conférences

HUGONNARD Marine DEPT-AC-LOISIR-SPORT Maître de conférences

JANKOWIAK Bernard DEPT-ELEVAGE-SPV Maître de conférences

JOSSON-SCHRAMME Anne DEPT-BASIC-SCIENCES Maître de conférences

JUNOT Stéphane DEPT-AC-LOISIR-SPORT Professeur

KODJO Angeli DEPT-ELEVAGE-SPV Professeur

KRAFFT Emilie DEPT-AC-LOISIR-SPORT Maître de conférences

LAABERKI Maria-Halima DEPT-ELEVAGE-SPV Maître de conférences

LAMBERT Véronique DEPT-BASIC-SCIENCES Maître de conférences

LE GRAND Dominique DEPT-ELEVAGE-SPV Professeur

LEBLOND Agnès DEPT-AC-LOISIR-SPORT Professeur

LEDOUX Dorothée DEPT-ELEVAGE-SPV Maître de conférences

LEFEBVRE Sébastien DEPT-BASIC-SCIENCES Maître de conférences

LEFRANC-POHL Anne-Cécile DEPT-BASIC-SCIENCES Maître de conférences

LEGROS Vincent DEPT-ELEVAGE-SPV Maître de conférences

LEPAGE Olivier DEPT-AC-LOISIR-SPORT Professeur

LOUZIER Vanessa DEPT-BASIC-SCIENCES Professeur

MARCHAL Thierry DEPT-AC-LOISIR-SPORT Professeur

MOISSONNIER Pierre DEPT-AC-LOISIR-SPORT Professeur

MOUNIER Luc DEPT-ELEVAGE-SPV Professeur

PEPIN Michel DEPT-BASIC-SCIENCES Professeur

PIN Didier DEPT-AC-LOISIR-SPORT Professeur

PONCE Frédérique DEPT-AC-LOISIR-SPORT Professeur

PORTIER Karine DEPT-AC-LOISIR-SPORT Professeur

POUZOT-NEVORET Céline DEPT-AC-LOISIR-SPORT Maître de conférences

PROUILLAC Caroline DEPT-BASIC-SCIENCES Maître de conférences

REMY Denise DEPT-AC-LOISIR-SPORT Professeur

RENE MARTELLET Magalie DEPT-ELEVAGE-SPV Maître de conférences

ROGER Thierry DEPT-BASIC-SCIENCES Professeur

SABATIER Philippe DEPT-ELEVAGE-SPV Professeur

SAWAYA Serge DEPT-BASIC-SCIENCES Maître de conférences

SCHRAMME Michael DEPT-AC-LOISIR-SPORT Professeur

SERGENTET Delphine DEPT-ELEVAGE-SPV Professeur

THIEBAULT Jean-Jacques DEPT-BASIC-SCIENCES Maître de conférences

THOMAS-CANCIAN Aurélie DEPT-AC-LOISIR-SPORT Maître de conférences

TORTEREAU Antonin DEPT-AC-LOISIR-SPORT Maître de conférences

VIGUIER Eric DEPT-AC-LOISIR-SPORT Professeur

VIRIEUX-WATRELOT Dorothée DEPT-AC-LOISIR-SPORT Maître de conférences

ZENNER Lionel DEPT-ELEVAGE-SPV Professeur

Liste des Enseignants du Campus Vétérinaire de Lyon (01-09-2019)

4

5

Remerciements du jury

A Madame la Professeure Martine Wallon,

De l’Université Claude-Bernard Lyon 1, Faculté de médecine de Lyon Sud,

Pour nous faire l'honneur de présider la soutenance de cette thèse.

Hommages respectueux.

A Monsieur le Professeur Lionel Zenner,

De VetAgro Sup, Campus vétérinaire de Lyon,

Pour sa gentillesse, ses conseils, et pour avoir pensé aux 4èmes années quand il a proposé ses

sujets de thèse.

Mes remerciements les plus sincères.

A Madame la Professeure Delphine Thévenot Sergentet,

De VetAgro Sup, Campus vétérinaire de Lyon,

Pour l'intérêt porté à cet ouvrage et pour sa disponibilité.

Sincères remerciements.

6

7

Remerciements famille et amis

A mes parents,

Pour tout ce que vous avez fait pour moi. Merci de m'avoir supporté toutes ces années, dans

tous les sens du terme. En particulier ces derniers mois, avec tout le chocolat

d'encouragement.

A ma sœur Aurélia,

Pour ton soutien inébranlable, pour m'avoir appris tant de choses, pour toutes ces heures

de séries, et pour m'avoir laissé te parler de petites bêtes dégueulasses pendant des heures.

Merci aussi pour l'aide à la mise en forme de cette thèse, ô reine de Word.

A mon frère Ivan,

Pour essayer de me faire penser à des choses pratiques comme des plans d'épargne et

autres, … ça rentrera peut-être un jour. Merci pour tous les livres que tu m'as offert ou

conseillé au cours des années, ils m'ont beaucoup aidé.

A Xun, pour être toujours aussi gentille et souriante, bienvenue dans la famille.

A Chachou et Maëva, pour toutes ces années passées à l'école. Je n'ai pas les mots pour

exprimer à quel point vous comptez pour moi. J'espère un jour être à la hauteur de votre

amitié.

A Eliore, pour toujours être honnête avec moi, pour ta générosité, pour toutes les fois où tu

m'as nourrie de super bons gâteaux, et pour toutes ces années en clinique qu'on a survécu

ensemble.

A Aline, pour ton rire communicatif et pour poser autant de questions, et toujours avoir l'air

d'être intéressée par les réponses. Tu as rendu mes années de clinique plus joyeuses.

A Madou, Cécile, Apo, Isa, Clément, Mathilde, Vanessa, et Camille, je ne pensais jamais

avoir un groupe d'amis comme vous. Merci pour toutes ces soirées passées ensemble, vous

avez égayé ma vie à l'école.

A Marine, ma coloc de prépa adorée, pour tous nos délires liés à la fatigue, et pour ta

motivation pour travailler sans faille, qui m'inspirait à faire pareil. Je n'aurais pas eu a chance

d'être à l'école vétérinaire de Lyon sans toi.

A Salomé, thank you for being you.

8

9

Table des matières

TABLE DES ANNEXES ........................................................................................................................... 11

TABLE DES FIGURES ............................................................................................................................. 13

TABLE DES TABLEAUX ......................................................................................................................... 15

LISTE DES ABREVIATIONS ................................................................................................................... 17

INTRODUCTION .................................................................................................................................... 19

A/ QU'EST-CE QUE LA TRICHINELLOSE ? ........................................................................ 21

1. CONTEXTE DE LA TRICHINELLOSE EN EUROPE ................................................................................. 21

2. CLASSIFICATION DE TRICHINELLA SPP............................................................................................ 21

3. CYCLES BIOLOGIQUES DE TRICHINELLA .......................................................................................... 22

a. Cycle sylvestre .................................................................................................................. 23

b. Cycle domestique ............................................................................................................. 24

4. DISTRIBUTION GEOGRAPHIQUE MONDIALE .................................................................................... 24

5. PATHOLOGIE DE LA TRICHINELLOSE .............................................................................................. 25

6. DIAGNOSTIC DE LA TRICHINELLOSE ............................................................................................... 26

a. Diagnostic chez les animaux ............................................................................................ 26

b. Diagnostic chez l'Homme ................................................................................................. 29

7. MESURES DE PREVENTION .......................................................................................................... 29

a. Mesures collectives .......................................................................................................... 29

b. Mesures individuelles ....................................................................................................... 30

B/ LES REVUES SYSTEMATIQUES DANS LE CONTEXTE DE LA MEDECINE

FACTUELLE ……………………………………………………………………………………………………………………………31

1. DEFINITION ............................................................................................................................. 31

2. METHODOLOGIE DES REVUES SYSTEMATIQUES ............................................................................... 31

3. INTERETS DE LA MEDECINE FACTUELLE .......................................................................................... 32

4. LIMITES DE LA MEDECINE FACTUELLE ............................................................................................ 32

C/ L'EPIDEMIOLOGIE DE LA TRICHINELLOSE EN EUROPE DE 2008 A 2018 : UNE

REVUE SYSTEMATIQUE .......................................................................................................................... 35

1. INTRODUCTION ........................................................................................................................ 35

2. MATERIEL ET METHODES ........................................................................................................... 35

a. Choix des articles à évaluer ............................................................................................. 35

b. Extraction des données des articles ................................................................................. 37

c. Critères de qualité : évaluation des articles ..................................................................... 37

d. Application de l'évaluation qualitative des articles ......................................................... 48

e. Présentation des résultats ............................................................................................... 48

f. Evaluation de la qualité de la revue systématique .............................................................. 48

3. RESULTATS .............................................................................................................................. 49

a. Trichinellose humaine ...................................................................................................... 49

b. Trichinellose chez les animaux ......................................................................................... 52

10

4. DISCUSSION DES RESULTATS ....................................................................................................... 78

a. Trichinellose humaine ...................................................................................................... 78

b. Trichinellose chez les animaux ......................................................................................... 80

5. DISCUSSION GENERALE SUR LA REVUE SYSTEMATIQUE ..................................................................... 85

CONCLUSION

……………………………………………………………………………………………………………………………ER

REUR ! SIGNET NON DEFINI.

BIBLIOGRAPHIE…………………………………………………………………………………………………………………………89

ANNEXES ………………………………………………………………………………………………………………………….99

11

TABLE DES ANNEXES

ANNEXE 1 - GRILLE METAQAT D'EVALUATION DES ARTICLES, MODIFIE ET TRADUIT DEPUIS

ROSELLA ET AL. (49) . ……………………………………………………………………………………………………………………………….99

ANNEXE 2 - CAS HUMAIN DE TRICHINELLOSE EN EUROPE DE 2008 A 2017 ...................................... 101

ANNEXE 3 - PREVALENCE DE TRICHINELLA CHEZ LES PORCS EN EUROPE 2008-2017, D'APRES

L'EFSA (62-69, 4, 46) ................................................................................................................................ 103

ANNEXE 4 - GRILLE PRISMA POUR REVUE SYSTEMATIQUE, TRADUITE DE L'ANGLAIS DEPUIS

MOHER ET AL. (127) ................................................................................................................................. 104

ANNEXE 5 - GRILLE PRISMA POUR ABSTRACT APPLIQUEE POUR LE RESUME DE LA THESE EN

4EME DE COUVERTURE, TRADUIT DE L'ANGLAIS ET MODIFIE DEPUIS BELLER ET AL. (128) ........................ 106

12

13

TABLE DES FIGURES

FIGURE 1 – LARVE ENCAPSULEE DE TRICHINELLA DANS UN MUSCLE AU MICROSCOPE X400 (3) ................... 21

FIGURE 2- CLASSIFICATION ET HOTES PRINCIPAUX DES ESPECES DE TRICHINELLA, D'APRES POZIO ET

ZARLENGA (10)................................................................................................................... 22

FIGURE 3 – CYCLE DE TRICHINELLA SPP. CHEZ L'HOMME ET SOURCES DE CONTAMINATION (11) .................. 23

FIGURE 4 – DISTRIBUTION MONDIALE DE T. SPIRALIS (9) ..................................................................... 24

FIGURE 5 – REPARTITION MONDIALE DES ESPECES ENCAPSULEES DU GENRE TRICHINELLA SPP., AUTRE

QUE T. SPIRALIS (19) ............................................................................................................ 25

FIGURE 6 – SCHEMA DE LA METHODE DE DIGESTION ARTIFICIELLE DE MUSCLE (32) ................................... 28

FIGURE 7 – SCHEMA DE LA METHODOLOGIE D'UNE REVUE SYSTEMATIQUE, D'APRES POLLOCK ET BERGE

(42) ................................................................................................................................. 32

FIGURE 8 – CARTE DES PAYS CONSIDERES COMME EUROPEENS DANS CETTE THESE, AVEC UN MODELE DE

CARTE DE D. DALLET (47) ..................................................................................................... 36

FIGURE 9 – SCHEMA RESUMANT LE PROCESSUS DE TRI DES ARTICLES ...................................................... 37

FIGURE 10 - TRICHINELLOSE HUMAINE EN EUROPE DE 2008 A 2017 .................................................... 50

FIGURE 11 - NOMBRE DE CAS CLINIQUES HUMAINS DE TRICHINELLOSE EN EUROPE 2008 -2017 ................ 51

FIGURE 12 – POURCENTAGE DE TRICHINELLOSE PORCINE EN EUROPE DE 2008 A 2017 ............................ 53

FIGURE 13 - POURCENTAGE DE CAS PORCINS DE TRICHINELLOSE EN EUROPE 2008-2017 (62-69, 4,

46) ................................................................................................................................... 54

FIGURE 14 - TRICHINELLOSE CHEZ LE SANGLIER SAUVAGE EN EUROPE DE 2008 A 2017. ........................... 57

FIGURE 15 – POURCENTAGE DE SANGLIERS SAUVAGES POSITIFS POUR TRICHINELLA EN EUROPE ENTRE

2008 ET 2017 ................................................................................................................... 58

FIGURE 16 – MOYENNE DES PREVALENCES DE TRICHINELLOSE CHEZ LE SANGLIER D'ELEVAGE EN EUROPE

2008-2017, D'APRES LES RAPPORTS DE L'EFSA 2010-2018 (62-69, 4, 46) ............................... 59

FIGURE 17 – MOYENNE DES POURCENTAGES DE TRICHINELLOSE CHEZ LE RENARD EN EUROPE 2008-

2017 ................................................................................................................................ 62

FIGURE 18 – DISTRIBUTION GEOGRAPHIQUE DU CHIEN VIVERRIN EN EUROPE EN 2011 (114) .................... 65

FIGURE 19 - MOYENNE DES POURCENTAGES DE TRICHINELLOSE CHEZ LE CHIEN VIVERRIN EN EUROPE

2008-2017 ...................................................................................................................... 66

FIGURE 20 – REPARTITION DES POPULATIONS D'OURS BRUN EN EUROPE EN 2012 (115) .......................... 68

FIGURE 21 - MOYENNE DES POURCENTAGES DE TRICHINELLOSE CHEZ L'OURS EN EUROPE 2008-2017 ........ 69

FIGURE 22 – CARTE DE REPARTITION DES POPULATIONS DE LOUP EN EUROPE EN 2012 (115).................... 71

FIGURE 23 - MOYENNE DES POURCENTAGES DE TRICHINELLOSE CHEZ LE LOUP EN EUROPE 2008-2017 ....... 72

FIGURE 24 – DISTRIBUTION GEOGRAPHIQUE DU CHACAL DORE EN EUROPE EN 2015 (116) ....................... 74

FIGURE 25 – REPARTITION GEOGRAPHIQUE DES CASTORS EN EUROPE EN 2002, D'APRES (118) ................. 77

FIGURE 26 – CAS DE TRICHINELLOSE CHEZ DES OISEAUX EN EUROPE ENTRE 2008 ET 2017 ........................ 78

14

15

TABLE DES TABLEAUX

TABLEAU I – TABLEAU RESUMANT L'EVALUATION DE TOUS LES ARTICLES AVEC METAQAT, D'APRES

ROSELLA ET AL. (49) ....................................................................................................... 41

TABLEAU II – PREVALENCE DE TRICHINELLA CHEZ LES SANGLIERS D'ELEVAGE OU SAUVAGES TESTES EN

EUROPE DE 2008 A 2017 (62-69, 4, 46) ......................................................................... 55

TABLEAU III – MOYENNE DES POURCENTAGES DE TRICHINELLOSE ET METHODES D'ECHANTILLONNAGE

CHEZ LES RATS EN EUROPE DE 2008 A 2017 ....................................................................... 61

TABLEAU IV - POURCENTAGES DE TRICHINELLOSE CHEZ LE RENARD EN EUROPE DE 2008 A 2017 ........... 63

TABLEAU V – PROPORTIONS DES DIFFERENTES ESPECES DE TRICHINELLA CHEZ LES RENARDS SELON LES

ARTICLES ....................................................................................................................... 64

TABLEAU VI – POURCENTAGE DE TRICHINELLOSE CHEZ LE CHIEN VIVERRIN EN EUROPE DE 2008 A 2017 . 67

TABLEAU VII – PROPORTION DES DIFFERENTES ESPECES DE TRICHINELLA CHEZ LE CHIEN VIVERRIN SELON

LES ARTICLES .................................................................................................................. 67

TABLEAU VIII – PROPORTION DES ESPECES DE TRICHINELLA CHEZ L'OURS BRUN SELON LES ARTICLES........ 70

TABLEAU IX – PROPORTION DES ESPECES DE TRICHINELLA CHEZ LE LOUP SELON LES ARTICLES ET LES PAYS . 73

TABLEAU X – MOYENNES DES PREVALENCES DE TRICHINELLOSE DISPONIBLES CHEZ LES CHACALS DORES ET

METHODE D'ECHANTILLONNAGE SELON LES ARTICLES SOURCES. ................................................ 75

16

17

LISTE DES ABREVIATIONS

CDC : Centers for Disease Control and Prevention, agence fédérale des Etats-Unis pour la

protection de la santé publique.

EFSA : European Food Safety Authority, instance européenne chargée de l'évaluation des

risques dans le domaine des denrées alimentaires.

ELISA : Enzyme-Linked Immunosorbent Assay, pour "dosage d'immuno-absorption par

enzyme liée".

N/A : Not available, pour les données dans les tableaux qui sont non disponibles.

NC : Non concerné

spp. : species plurimae, pour indiquer qu'on parle de plusieurs espèces du même genre

T. : Trichinella

UE : Union Européenne

18

19

INTRODUCTION

La trichinellose est une maladie parasitaire zoonotique potentiellement mortelle pour

l'homme de répartition mondiale. Elle est due à un nématode du genre Trichinella, qui

contamine en général l'être humain par la consommation de viande de porc. Trichinella spp.

possède un large spectre d'hôtes comportant la plupart des Mammifères, certains Oiseaux et

des Reptiles.

L'Europe compte le plus de cas rapportés de trichinellose humaine dans le Monde. Une

recrudescence de ces cas a été décrite dans les années 90, en particulier dans les pays de l'Est

(1). Ce travail vise à évaluer l'évolution de l'incidence de la trichinellose en Europe de 2008 à

2018, chez ses hôtes principaux et chez l'homme.

Les revues systématiques sont des outils de plus en plus utilisés dans la communauté

scientifique. Elles permettent de synthétiser les faits trouvés dans les articles scientifiques sur

un sujet donné de manière rigoureuse. Elles identifient, évaluent et interprètent toutes les

recherches faites sur une question donnée. Cette thèse présente les principes d'une revue

systématique, ainsi que ses intérêts et ses limites.

Au terme d'une première partie présentant la trichinellose, puis d'une deuxième partie sur

la médecine factuelle, une revue systématique sur le sujet est proposée en dernière partie.

20

21

A/ QU'EST-CE QUE LA TRICHINELLOSE ?

La trichinellose est une maladie transmise par les parasites du genre Trichinella. C'est un très

petit nématode dont l'adulte fait 1 à 4 mm et la larve 0.8 à 1 mm de long (2). La Figure 1 est

une photo de larve encapsulée dans un muscle vue au microscope.

Figure 1 – Larve encapsulée de Trichinella dans un muscle au microscope x400 (3)

La trichinellose est une zoonose de distribution mondiale responsable de plus de 100

infections humaines par an en Europe (4). Elle est causée par des nématodes du genre

Trichinella spp après ingestion de muscle contaminé par sa larve. C’est une maladie à

distribution mondiale se retrouvant dans un vaste spectre d’hôtes, y compris des

Mammifères, des Reptiles et des Oiseaux. Cependant, la contamination humaine se fait

principalement par l'ingestion de viande de porc ou de sanglier.

L'Union Européenne (UE) dépense de 25 à 400 millions d'euros par an pour inspecter plus de

167 millions de porcs : une inspection classique de Trichinella par digestion artificielle des

muscles coûte entre 0.12 et 2.5 euros par animal (5). Or une étude récente a montré que la

charge mondiale de la trichinellose est beaucoup plus basse que d'autres maladies parasitaires

d'origine alimentaire. En effet, elle a un nombre de DALY (Disability-Adjusted Life Years) de

523 par an (95 % intervalle de confiance : 263-882), correspondant au nombre d'années en

bonne santé perdues suite à une maladie (6). Par comparaison la toxoplasmose congénital en

a 1.2 million par an (7). Il est donc important d'évaluer la prévalence réelle de la trichinellose

en Europe au vu de son importance économique.

Le genre Trichinella spp. fait partie du phylum des Nématodes. Il contient 9 espèces et trois

génotypes, apparentés à certaines de ces espèces, appelés T6, T8 et T9 (8).

Parmi ces espèces, certaines sont dites « encapsulées » et d’autres « non-encapsulées » ce

qui correspond à la formation ou non d'une capsule de collagène par la cellule musculaire

1. Contexte de la trichinellose en Europe

2. Classification de Trichinella spp.

22

occupée par le parasite. Les espèces non-encapsulées ont la particularité d'infecter des

espèces autres que des Mammifères, comme certains Oiseaux ou Reptiles. Cette capsule

influence la capacité de l'individu à survivre dans les carcasses, ainsi que la facilité de sa

détection à l'abattoir (9).

La Figure 2 présente la phylogénie des différentes espèces de Trichinella et leur statut

encapsulé ou non. Elle figure les 3 génotypes découverts dans les années 90 que sont T6, T8

et T9, apparentés respectivement à T. nativa, T. britovi, et T. murelli. La figure présente

également les familles d'hôtes principaux des différentes espèces. De toutes les espèces de

Trichinella spp., quatre sont présentes en Europe : T. spiralis, T. britovi, T. nativa et T.

pseudospiralis (10).

Figure 2- Classification et hôtes principaux des espèces de Trichinella, d'après Pozio et Zarlenga (10) Les espèces suivies d'une étoile noire sont les seules présentes en Europe.

Le cycle biologique de la trichinellose humaine est présenté dans la Figure 3. L'Homme se

contamine par l'ingestion (A) de viande de divers hôtes parasitée par des larves. Celles-ci

sont libérées de leur capsule par digestion gastrique (B). Les larves rentrent alors dans

l'épithélium intestinal où elles se transforment en adulte (C). Les femelles pondent des larves

nouveau-nées, qui se disséminent par voie lymphatique et sanguine dans le corps entier (D).

Elles peuvent être la cause d'atteinte cérébrale ou cardiaque (E). Les larves nouveau-nées se

logent ensuite dans une fibre musculaire (F) qui devient leur cellule nourricière. Ces larves

musculaires maturent sur plus de 15 jours puis s'encapsulent chez la plupart des espèces de

Trichinella (G). La larve musculaire est le seul stade infectant.

3. Cycles biologiques de Trichinella

23

Figure 3 – Cycle de Trichinella spp. chez l'Homme et sources de contamination (11)

Le cycle de Trichinella est particulier car un seul hôte héberge tous les stades du parasite.

Il se retrouve de la même façon chez les autres hôtes que les humains. Il existe deux cycles

épidémiologiques chez les animaux : un cycle sylvestre chez la faune sauvage et un cycle

domestique, qui se recoupent parfois.

Les hôtes les plus fréquents pour le cycle sylvestre, du moins en Europe, sont le sanglier, le

renard et d'autres carnivores courants. Le mode de transmission est en effet souvent lié à des

comportements cannibales ou charognards.

Les espèces de Trichinella retrouvées chez ces hôtes sont variables. Par exemple, T. spiralis

et T. britovi sont tous deux présents à fréquences égales chez le sanglier, mais T. britovi est

beaucoup plus fréquent que T. spiralis chez les renards (9). La région géographique influe aussi

sur les espèces présentes dans le cycle, surtout par rapport au climat. T. nativa est par exemple

retrouvé uniquement dans les zones froides d'Europe, comme la Scandinavie, l'Islande et les

pays baltes (12).

a. Cycle sylvestre

24

Ce cycle concerne principalement l'espèce porcine, mais également les rongeurs et les

animaux de compagnie. T. spiralis est l'espèce la plus présente dans ce cycle en raison de son

grand taux de reproduction chez le porc, tout en restant asymptomatique (9). La principale

source de contamination pour le porc est la négligence des éleveurs sous forme :

- D'utilisation des restes de table pour nourrir les porcs (13)

- De contact non intentionnel avec des carcasses de porcs (14)

- De contact involontaire avec la faune sauvage à cause d'élevage en plein-air mal

contenus (12)

- De nourrissage des porcs avec des carcasses ou des restes de gibier (15)

Certains de ces moyens de contamination révèle la relation étroite qu'il peut exister entre

cycle sylvestre et domestique (quand des carcasses de faune sauvage se retrouvent dans la

nourriture des cochons domestiques).

La trichinellose est une maladie présente dans le monde entier, même si on retrouve le plus

de cas rapportés en Europe. Les différentes espèces et génotypes de Trichinella se retrouvent

dans des zones géographiques assez distinctes, à l'exception de T. spiralis qui est cosmopolite.

La Figure 4 représente la distribution mondiale de T. spiralis et montre que cette espèce est

présente sur presque tous les continents. Il est à noter que cette carte datant de 2006 n'est

donc pas à jour. En effet, T. spiralis a récemment été retrouvée en Italie chez un renard, alors

que la carte signale que ce pays est épargné par cette espèce (16). Elle permet cependant de

donner une idée de la répartition de T. spiralis dans le monde et de voir que cette espèce est

présente presque partout en Europe.

Figure 4 – Distribution mondiale de T. spiralis (9) Les zones en noir correspondent à la présence du parasite

b. Cycle domestique

4. Distribution géographique mondiale

25

La Figure 5 représente la distribution des autres espèces et génotypes encapsulés de

Trichinella dans le monde. On peut voir que l'Europe héberge 2 autres espèces encapsulées :

T. nativa au Nord-Est et T. britovi sur le reste du territoire. T. nativa a cependant été retrouvée

en Pologne en 2010 chez un renard (17), et en 2016 chez un sanglier (18), donc cette carte

n'est pas complètement valable.

Figure 5 – Répartition mondiale des espèces encapsulées du genre Trichinella spp., autre que T. spiralis (19)

T. nativa (Tna), T. britovi (Tb), T. murelli (Tm), T. nelsoni (Tne), T6, T8, et T9.

Pour ce qui est des espèces non-encapsulées, T. pseudospiralis est cosmopolite et se trouve

aussi bien en Europe, qu'en Amérique du Nord et en Asie. T. papuae a été découverte en

Papouasie-Nouvelle-Guinée et en Thaïlande. T. zimbabwensis n'a pour le moment été

détectée qu'en Afrique (au Zimbabwe, Mozambique, Afrique-du-Sud et Ethiopie).

La trichinellose provoque en général des symptômes frustres voire inexistants chez les

animaux, alors qu'elle peut être mortelle chez l'Homme. Des chiens infectés

expérimentalement ont montré des signes gastro-intestinaux, mais pas d'autres symptômes

(20). Deux porcs infectés expérimentalement sur neuf ont présenté des problèmes

respiratoires, et tous ont présenté des retards de croissance, mais aucun n'est mort (21).

Lors de trichinellose humaine, les premiers symptômes apparaissent après une période

d'incubation de une à trois semaines, avec selon les articles une moyenne de 15 jours avec 7

jours d'écart-type (22) ou une moyenne de 18 jours (23).

La première phase de la maladie est liée à l'entrée des larves infectantes dans la muqueuse

intestinale. Elle dure de 3 à 7 jours et se manifeste par des troubles intestinaux de type

diarrhée et douleur abdominale. Ensuite vient la phase correspondant à la migration des

larves dans l'organisme et leur invasion du muscle. Les principaux symptômes associés sont

de la fièvre, des douleurs musculaires et de l'œdème facial ou péri-orbital. Ces signes durent

5. Pathologie de la trichinellose

26

environ une semaine, à l'exception des douleurs musculaires qui persistent pendant plusieurs

semaines, voire plusieurs mois (24).

Des complications mortelles sous forme de troubles cardio-vasculaires et nerveux

surviennent parfois pendant la phase invasive, surtout chez les personnes âgées. Une

myocardite se développe chez 5 à 20% des personnes infectées, et une encéphalite y est

souvent associée (25). Un article récent a également montré une corrélation positive entre la

sévérité de l'exposition et celle de la présentation clinique, avec une augmentation des

complications cardiaques et digestives chez les personnes ayant consommé plus de viande

parasitée (22).

Le traitement de la trichinellose chez l'Homme devrait être entrepris avant la phase invasive

de la maladie, dans les premières semaines qui suivent l'infection. Cependant il est souvent

donné uniquement après l'apparition de la myalgie. Les antiparasitaires comme l'albendazole

et le mébendazole sont utilisés aux posologies respectives de 400 mg BID (bis in die) et 200-

400 mg TID (ter in die) pendant 8 à 14 jours. Ces deux molécules sont mal absorbées par

l'intestin mais la concentration plasmatique de l'albendazole est augmentée par l'ingestion

concomitante d'un repas riche en lipides. L'utilisation de corticoïdes (prednisone,

prednisolone, dexaméthasone) est controversée, mais recommandée par la plupart des

sources lors d'infection modérée à sévère (26).

Des anomalies sanguines sont souvent retrouvées chez les patients souffrant de

trichinellose, surtout entre la deuxième et cinquième semaine post infection : une

éosinophilie dans presque tous les cas, et une augmentation des enzymes musculaires

(Créatinine-kinase, lactate déshydrogénase…) dans 75 à 90% des cas (25).

La trichinellose humaine est souvent diagnostiquée assez tardivement car elle est

relativement méconnue des médecins. Une étude roumaine a montré que 44.9% des cas de

trichinellose avaient initialement été mal diagnostiqués sur une période de 10 ans. Ces erreurs

de diagnostic attribuaient le plus souvent la maladie à des troubles digestifs (41.7%), à des

troubles du système respiratoire (32.5%), à des réactions allergiques (4.4%), des problèmes

rénaux (4.1%), … (27).

Il est donc important d'avoir de bons outils diagnostiques pour détecter les larves de

Trichinella dans les animaux avant leur consommation par les humains.

Trichinella est détectée chez les animaux selon plusieurs méthodes, certaines requérant la

mort de l'animal. On distingue trois méthodes principales : la trichinoscopie, la digestion

artificielle de muscle (aussi appelée digestion pepsique) et les tests sérologiques comme ELISA

(Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay) et Western-Blot.

6. Diagnostic de la trichinellose

a. Diagnostic chez les animaux

27

La commission européenne recommande l'utilisation de la digestion artificielle en abattoir,

et interdit la trichinoscopie comme unique méthode de détection (28). En France, la recherche

de Trichinella est obligatoire chez tous les chevaux, tous les sangliers dont la viande est

commercialisée, tous les porcs élevés en plein air de plus de 4 semaines, et tous les porcs

venant d'exploitations non considérées indemnes de trichinellose. Pour les porcs charcutiers

d'élevages industriels, le diagnostic se fait sur 1 porc sur 1000, car les risques de contamination

sont plus faibles. La législation européenne conseille le prélèvement d'échantillons sur 1 porc

sur 10, mais la France a une dérogation (29). Pour les sangliers provenant de la chasse et

consommé dans un cadre familial, le contrôle est recommandé mais est laissé à la charge et

responsabilité des chasseurs (30).

i. La trichinoscopie

La trichinoscopie (ou méthode par compression) est la méthode la plus ancienne de

détection de Trichinella. Elle consiste à prélever 1 g de muscle sur la carcasse à tester, de le

réduire à 1 mm d'épaisseur puis de l'écraser entre deux lames de verre. L'échantillon est

alors observé au microscope avec un grossissement x4 et les larves enkystées sont comptées.

Cette méthode est à peu près aussi sensible que la méthode de digestion artificielle (31).

Cependant, elle ne permet pas de détecter les larves non-encapsulées comme celles de T.

pseudospiralis.

ii. La méthode de digestion artificielle

La Figure 6 présente cette méthode sous forme de schéma. Une quantité suffisante de

muscle est prélevée sur une carcasse à des endroits privilégiés par les parasites (langue et

masséter pour les chevaux par exemple). Cet échantillon est alors mis dans un mixeur jusqu'à

obtenir un mélange sans morceau de viande visible. Le fluide de digestion doit être préparé

à l'avance avec de l'eau chaude, de l'acide chlorhydrique et de la pepsine. La viande est

ensuite rajoutée à ce fluide et mélangée à l'aide d'un agitateur magnétique pendant 30

minutes. La viande ainsi digérée est alors filtrée dans un tamis puis laissée pour

sédimentation dans une ampoule à décanter pendant 30 minutes. La sédimentation permet

la descente des larves au fond du liquide. 40 mL de filtrat sont alors récupérés et mis à

sédimenter 10 minutes supplémentaires. Enfin, le surnageant est retiré et 10 mL du liquide

final sont observés au stéréomicroscope dans une cuvette pour comptage de larves (32).

Cette méthode est très spécifique mais n'est pas très sensible. En effet, même avec des

méthodes appropriées et de qualité, seules 84% des larves sont détectées, ce qui peut mener

à des faux négatifs (33).

28

Figure 6 – Schéma de la méthode de digestion artificielle de muscle (32)

iii. Les méthodes sérologiques

Les méthodes sérologiques peuvent se faire sur animal vivant avec une prise de sang, ou bien

sur animal mort en prélevant du jus de viande de leur carcasse. Les antigènes utilisés peuvent

être : un antigène simple préparé à partir de larve musculaire, un antigène

excrétoire/sécrétoire (E/S) produit après 18 heures de culture de larve musculaire, ou un sucre

3,6-didésoxyhexose (tyvelose) qui est un épitope immuno-dominant et spécifique de

Trichinella (25).

29

La méthode la plus utilisée est celle de l'ELISA avec l'antigène E/S. Sa spécificité est faible,

avec un grand nombre de faux positifs, mais sa sensibilité est très élevée (34). Malgré cette

faible spécificité, le test ELISA peut être utile lors de grandes enquêtes épidémiologiques,

étant donné son faible coût et sa praticité. Des tests supplémentaires doivent juste être

entrepris en cas de résultat positif (35).

Le test par Western-Blot permet d'améliorer la spécificité de la détection de Trichinella. En

effet, avec le bon modèle il permet d'éviter les réactions croisées qui menaient à de faux

positifs. Une étude recherchant le meilleur modèle possible de Western-Blot pour confirmer

la trichinellose chez l'Homme et le porc a même atteint 100% de spécificité (36). Cependant,

ce test est assez cher et prend du temps, ce qui fait qu'il est plutôt utilisé pour confirmer un

diagnostic après un test ELISA.

Le diagnostic de la trichinellose humaine se fait grâce aux signes cliniques et à des tests

sérologiques de type ELISA et Western Blot. La biopsie de muscle étant une méthode assez

invasive, elle est peu utilisée en pratique malgré sa forte spécificité.

Les tests ELISA pour la trichinellose humaine reposent sur le même principe que ceux pour

les animaux. Ils ne sont cependant pas aussi standardisés, et ne sont pas très sensibles ni

spécifiques. C'est seulement 30 à 60 jours après infection que 75 à 100% des malades

deviennent positifs, ce qui en fait un test assez tardif. Le Western-Blot est souvent utilisé

comme confirmation, étant donné sa meilleure spécificité (26).

Le CDC (Centers for Disease Control and Prevention) considère qu'une infection est probable

quand une personne a mangé de la viande impliquée dans une épidémie et a présenté des

signes cliniques. Le diagnostic repose donc aussi sur le contexte épidémiologique.

La trichinellose étant une TIAC (Toxi-infection Alimentaire), elle est soumise à déclaration

obligatoire en France par tout médecin ayant constaté son existence ou chef d'établissement

des locaux où se trouvent les malades (37).

Les mesures de prévention de la trichinellose passent par deux niveaux : le niveau collectif

avec les programmes de surveillance et de biosécurité en élevage, et le niveau individuel avec

les techniques de destruction du parasite.

Les mesures collectives contre la trichinellose passent par la surveillance de cette maladie

chez les animaux et l'Homme, et par des actions pour la biosécurité de la part des éleveurs et

des chasseurs.

b. Diagnostic chez l'Homme

7. Mesures de prévention

a. Mesures collectives

30

Les pays de l'Union Européenne sont dans l'obligation d'inspecter les carcasses des animaux

à risque de transmettre Trichinella par leur viande (les animaux concernés sont décrits dans

la partie "A/ 6. a. Diagnostic chez les animaux"). La déclaration des cas de trichinellose

humaine est de plus obligatoire dans la majorité des pays membres (seuls la Belgique et le

Danemark fonctionnent sur la base du volontariat).

L'importation de viande "contenant des muscles striés, issues d'animaux d'espèces pouvant

être porteuses de Trichinella, ne peuvent être importées dans l'Union que si elles ont été

soumises, préalablement à l'exportation, à l'examen visant à détecter la présence

de Trichinella" (28).

Il est recommandé aux pays membres de l'UE de surveiller les hôtes réservoirs naturels tels

que les carnivores et omnivores de la faune sauvage, dans le but d'évaluer les risques de

contamination des élevages plein-air. Cependant les programmes de surveillance de ce genre

ne sont pas harmonisés entre les différents pays, ce qui rend les données récoltées difficiles à

interpréter et à exploiter (4). La Suisse, la Norvège et l'Islande possèdent aussi des

programmes de surveillance pour la trichinellose. Il existe peu d'informations récentes sur

d'éventuels programmes dans les autres pays européens non membre de l'UE (Biélorussie,

Macédoine, Bosnie-Herzégovine, Ukraine, …).

Au niveau des professionnels, les éleveurs sont encouragés à dératiser leurs exploitations,

les rongeurs étant en effet un moyen de passage du cycle sylvestre au cycle domestique. Le

nourrissage des porcs par des abats est également interdit. Enfin, une barrière efficace doit

être érigée entre la faune sauvage et les animaux de la ferme (38).

Les chasseurs devraient enlever les carcasses des carnivores sauvages qu'ils ont abattus, car

ils sont une source de propagation de Trichinella dans la faune sauvage (39).

Pour éviter la contamination au niveau individuel, il est conseillé de bien cuire la viande à

risque, comme la viande de sanglier non contrôlée par exemple. La congélation de la viande à

-15°C pendant 1 mois est recommandée pour la viande chassée. On doit faire attention à

l'épaisseur du muscle, et rajouter 10 jours de congélation pour 10 cm de viande si celle-ci

dépasse 15 cm d'épaisseur (40).

Certaines espèces de Trichinella sont cependant résistante au froid, comme T. nativa et T. britovi, ce qui nécessite de bien effectuer une cuisson à cœur avant de consommer la viande. Les larves infestantes de Trichinella sont tuées en 3 minutes à 58 °C et quasi instantanément à 63 °C (41).

b. Mesures individuelles

31

B/ LES REVUES SYSTEMATIQUES DANS LE CONTEXTE DE LA MEDECINE FACTUELLE

Les revues systématiques sont des revues de la littérature scientifique qui posent une

question précise et des protocoles préétablis pour identifier, critiquer et résumer des études

primaires. Elles analysent les résultats de multiples articles dans le but de faire le point sur les

connaissances actuelles sur un sujet donné et précis (42). Ces revues entrent dans le cadre de

la médecine factuelle, dont l'objectif est d'aboutir à des décisions médicales plus éclairées ne

se fondant pas juste sur des impressions ou des suppositions.

Les revues systématiques essayent de diminuer les biais possibles, en utilisant des méthodes

explicites, transparentes et systématiques qui doivent être reproductibles. Pour aider dans

cette démarche, il existe plusieurs organismes qui développent des protocoles de recherche

et d'évaluation d'articles scientifiques. On peut citer par exemple : Campbell Collaboration,

Cochrane Collaboration, et Joanna Briggs Institute. Certains de ces organismes se spécialisent

dans un domaine, comme Campbell Collaboration et l'éducation ou Joanna Briggs Institute et

la santé. Ces spécialisations permettent l'élaboration de protocoles plus adaptés à des

domaines plus précis (43).

La grille d'évaluation des articles choisie pour notre revue systématique est la grille MetaQAT

de l'organisme Santé Publique Ontario, spécialisé dans les questions de santé publique.

La méthodologie d'une revue systématique est standardisée et se doit d'être bien décrite

pour être reproductible par d'autres scientifiques.

Elle se fait en 6 étapes, qui sont présentées dans la Figure 7. Il faut d'abord préciser les

objectifs de la revue, en définissant la question posée, ainsi que les critères d'éligibilité pour

les articles. Puis trouver toute la littérature pertinente pour répondre à cette question, en

faisant attention de bien donner ses sources et le raisonnement pour le tri des articles retenus.

La troisième étape consiste à extraire les données des divers articles. Il faut ensuite évaluer la

littérature à disposition, à l'aide d'outils reconnus. La cinquième étape fait la synthèse de

toutes les données extraites, et enfin la dernière en fait l'interprétation.

1. Définition

2. Méthodologie des revues systématiques

32

Figure 7 – Schéma de la méthodologie d'une revue systématique, d'après Pollock et Berge (42)

La médecine factuelle humaine s'est développée dans les années 1990, et il a fallu attendre

les années 2000 pour la voir émerger dans le milieu vétérinaire.

Elle permet de démontrer la validité des décisions médicales prises. Le praticien peut en effet

se justifier envers les clients vis-à-vis d'une décision grâce à des preuves venant de revues

systématiques. La profession a une obligation éthique de dispenser des actes efficaces et sûrs,

alors que les réglementations se font plus sévères. La médecine factuelle permet de diminuer

les risques liés à la responsabilité juridique des vétérinaires (44). Le nombre d'articles

scientifiques qui parait chaque jour est trop important pour que tout soit lu par les praticiens.

Les revues systématiques permettent d'obtenir les résultats importants sans avoir à lire toute

la littérature disponible sur un sujet.

L'outil que sont les revues systématiques permet donc d'avoir des informations fiables et

bien synthétisées sur un problème donné.

Malgré tous ses intérêts, la médecine factuelle ne s'est pas développée autant dans la

médecine vétérinaire que dans la médecine humaine. En effet, elle a rencontré plusieurs

obstacles : le manque d'études de qualité de type "essai randomisé contrôlé", l'absence de

bases de données adaptées pour accéder à la littérature, le manque de compréhension de

l'épidémiologie clinique par les vétérinaires, et enfin le manque d'instruction des étudiants

vétérinaires dans ce domaine (45).

Des critiques de la médecine factuelle sont aussi avancées par les professionnels de santé

humaine. Quand cette méthode est mal pratiquée elle peut nuire. Certains de ses utilisateurs

citent des études issues de la médecine factuelle sans vérifier leur qualité, d'autres oublient

l'existence de biais dans la quantité de littérature existante pour un domaine donné (certains

3. Intérêts de la médecine factuelle

4. Limites de la médecine factuelle

33

domaines sont plus attrayants que d'autres et ont donc plus d'articles mais ne sont pas

forcément plus importants pour autant). Même en considérant une bonne pratique de la

médecine factuelle, la trop forte standardisation des protocoles peut mener à l'oubli des

particularités de chaque patient. Les médecins peuvent en perdre leur capacité d'adaptation

face aux consultations. Un autre problème est la quantité trop importante d'études de ce type

publiée chaque jour, qu'il est donc impossible de lire en entier, mais ce problème est moins

présent pour la médecine vétérinaire car les revues systématiques y sont plus rares.

Malgré les limites de la médecine factuelle, elle est bien adaptée au sujet de cette thèse. La

littérature disponible sur la trichinellose en Europe est très hétérogène au niveau de la qualité.

Une évaluation de la recherche sur le sujet est donc appropriée.

34

35

C/ L'EPIDEMIOLOGIE DE LA TRICHINELLOSE EN EUROPE DE 2008 A 2018 : UNE REVUE

SYSTEMATIQUE

La trichinellose est une zoonose parasitaire d'origine alimentaire mondialement répandue.

Elle est causée par le nématode Trichinella, qui possède un très large spectre d'hôtes. Elle a

une forte importance socio-économique, surtout en Europe où l'on recense le plus de cas par

an dans le Monde. Le nombre de malades a d'ailleurs connu une recrudescence dans les

années 90 dans l'Europe de l'Est, et ces pays rapportent encore le plus de cas humains chaque

année (46). Le mode de contamination principal de l'Homme est par l'ingestion de viande

insuffisamment cuite, en particulier de porc.

L'objectif de cette revue systématique est de s'intéresser à l'épidémiologie de cette maladie

en Europe de 2008 à 2018, c'est-à-dire à sa prévalence chez ses principaux hôtes, ses moyens

de contamination et les espèces responsables. L'évolution de la trichinellose sur ces 10 années

est aussi à évaluer pour les hôtes où assez de données sont disponibles.

La première étape d'une revue systématique est de trouver toute la littérature accessible et

pertinente sur le sujet étudié. Dans ce cas-ci, la recherche a été effectuée sur le site

"https://bib.cnrs.fr" qui concentre les résultats d'un grand nombre de bases de données, y

compris PubMed, Science Direct, Web of Science, Nature, Scopus, etc. (la liste complète est à

trouver sur le site). Les mots-clés : "trichinella" OR "trichinosis" OR "trichinellosis" AND

"epidemiology" ont été mis dans la barre de recherche. La période du 1er janvier 2008 au 31

décembre 2018 a été sélectionnée, ce qui a donné 392 résultats. La dernière recherche a été

faite le 13/09/2019.

Certains articles ont été rajoutés à la liste des articles à évaluer alors qu'ils n'apparaissaient

pas sur les résultats de BibCnrs : ce sont 6 des rapports annuels de l'EFSA (European Food

Safety Authority) sur les zoonoses de l'UE entre 2008 et 2018, et un article mentionné dans

un des autres articles de la liste.

La deuxième étape consiste à faire un premier tri en utilisant le titre et le résumé comme

indicateur pour savoir si l'article entre bien dans le domaine d'étude. Les critères de tri pour

cette revue sont :

- Le retrait des doublons : les articles en double sont éliminés de l'étude.

- La localisation : les articles ne concernant pas l'Europe sont retirés de la liste.

L'Europe est définie dans cette revue comme les pays de l'UE en 2018, la Suisse, la

Norvège, l'Islande, la Biélorussie, l'Ukraine, la Moldavie, et les pays de l'ex-

1. Introduction

2. Matériel et méthodes

a. Choix des articles à évaluer

36

Yougoslavie ne faisant pas partie de l'UE. Les territoires hors métropole n'ont pas été

comptés dans l'étude. Trente-neuf pays sont donc considérés comme faisant partie

de l'Europe. La Figure 8 est une carte des pays concernés.

- La pertinence : les articles jugés non pertinents après avoir lu le titre et le résumé

sont écartés. Ils pouvaient s'agir d'articles ne portant pas sur l'épidémiologie, ou pas

sur Trichinella.

Figure 8 – Carte des pays considérés comme européens dans cette thèse, avec un modèle de carte de D. Dallet (47)

Les pays en gris clair sont les pays considérés européens.

Ce premier tri a permis de ne garder que 159 articles à évaluer.

Le deuxième tri consiste à lire le corps des articles pour déterminer s'ils sont éligibles pour

l'étude. Pour cela, deux critères sont retenus :

- Le respect de la période d'étude : tous les articles dont les données étaient

antérieures à 2008 sont retirés. Il est arrivé que certaines données des articles soient

en partie en dehors de la période voulue. Dans ces cas-ci, seules les données de 2008

ou plus récentes ont été récoltées.

- La pertinence : en général, ces articles concernaient bien l'épidémiologie de la

trichinellose, mais ils ne faisaient que reprendre les données d'articles

expérimentaux. Ils ont donc été éliminés de la liste finale.

37

Ce tri a permis de constituer une liste définitive d'articles à évaluer de 73. La Figure 9 permet

de résumer le processus d'élimination et de préciser le nombre d'articles conservés après

chaque étape.

Figure 9 – Schéma résumant le processus de tri des articles

Aucun article avec des données pertinentes n'a été trouvé pour les pays suivants : Ukraine,

Biélorussie, Moldavie, Monténégro et Albanie.

Une fois les articles choisis, les données pertinentes sont extraites dans un tableur Excel. Il

comprend les colonnes suivantes : année de publication, auteur, titre de l'article, période

d'étude, pays concerné(s), prévalence de la trichinellose, espèce de Trichinella détectée,

méthode de détection, méthode statistique, méthode de contamination pour les humains,

méthode de contamination pour les animaux, facteurs de risques, commentaires.

Des chercheurs ont été contacté par courrier électronique lorsque des informations

pertinentes n'étaient pas présentes dans des articles. Une auteure de Miterpakova et al. (48)

a par exemple fourni les années de prélèvement qui n'étaient pas indiquées dans l'article, mais

nécessaires pour cette revue.

La prochaine étape de la revue systématique est d'évaluer de la manière la plus objective

possible les articles selon une méthode reconnue. Celle choisie dans cette revue est la grille

MetaQAT développée par l'organisme Public Health Ontario, dont la grille complète traduite

b. Extraction des données des articles

c. Critères de qualité : évaluation des articles

38

de l'anglais se trouve dans l'annexe 1 (49). Elle a l'avantage d'être une grille d'évaluation

adaptée aux problèmes de santé publique, comme l'est la trichinellose.

Elle permet d'évaluer les articles selon 4 critères :

- La pertinence : on évalue si l'article répond bien à la question posée par la revue

systématique.

- La fiabilité : on évalue la capacité de l'article à bien décrire ses méthodes, ses

protocoles, ses résultats, ses conclusions, etc.

- La validité : on évalue la capacité d'analyse de l'article et l'existence de biais ou d'erreurs

de méthode.

- L'applicabilité : on évalue l'utilité de l'article dans le cadre étudié.

Tous ces critères sont évalués grâce à des questions précises, dont la réponse par "oui",

"non", "incertain", ou "non-concerné" permet de déterminer la qualité de l'article suivant ce

critère. Un commentaire général résumant la qualité selon ce critère est ensuite donné pour

chaque catégorie.

On peut prendre comme exemple d'utilisation de cette grille un des articles de la liste

définitive : Sofronic-Milosavljevic et al. Les réponses pour cet article seront données en gras.

1. La pertinence : Est-ce que l'article s'intéresse à un sujet pertinent pour le problème

envisagé dans l'étude ?

- L'utilité de l'article est-elle bien justifiée ? Oui

- Est-ce que les résultats de l'article peuvent s'appliquer au problème envisagé ? Oui

- La population ou le cadre de l'article sont-ils semblables à celui de l'étude sur la trichinellose ?

Incertain pour le cadre (la période est majoritairement en dehors de celle étudiée)

- La conception de l'article est-elle appropriée pour la méthode envisagée ? Oui

Commentaires généraux : Assez bon (même si la période est assez décalée par rapport à

notre étude)

2. La fiabilité :

a. L'étude est-elle présentée clairement ?

- L'étude peut-elle être reproduite avec les informations données ? Non (peu de description des

méthodes utilisées)

- Les raisons de faire l'étude sont-elles clairement indiquées ? L'étude se focalise-t-elle sur un

problème clairement défini ? Oui

- La conduite de l'étude est-elle clairement décrite ? Oui

- Tous les résultats pertinents sont-ils inclus ? Oui

- Le contexte des résultats est-il présenté et traité convenablement ? Oui

- Une déclaration de conflit d'intérêt est-elle présente ? Oui

b. La méthode d'étude et les résultats sont-ils bien décrits ?

- La méthodologie décrit-elle la population étudiée, et les résultats ? Oui

- Toutes les sources d'information sont-elles bien identifiées ? Oui

- Les critères d'exclusion et d'inclusion sont-ils définis ? L'échantillonnage utilisé ? Oui

39

- Les méthodes statistiques sont-elles décrites ? Non concerné (non présentes)

- S'il y a lieu, les résultats sont-ils rapportés dans des tableaux cohérents avec ceux qui étaient

dans la section "résultats" ? Oui

- Les méthodes (détection, identification) pourraient-elles être reproduites avec les

informations fournies ? Non pour la méthode de détection (la trichinoscopie et la digestion

artificielle ne sont pas décrites)

c. Les procédures d'éthique sont-elles décrites ? Non concerné

Commentaires généraux : Moyen (reproductibilité difficile par manque de description des

méthodes).

3. La validité :

a. La méthodologie de l'article est-elle appropriée pour la portée/étendue de l'étude

?

- La question de l'étude est-elle en accord avec la conception et le dessein de l'article ? Oui

- La méthodologie de l'article correspond-elle à la théorie et à la conception de l'étude ? Oui

- Les méthodes statistiques sont-elles appropriées pour l'objectif ? Non (elles ne sont pas

présentes alors qu'elles pourraient être utiles).

b. La méthodologie de recherche est-elle exempte de biais ?

- Y avait-il des sources majeures de biais concernant le design de l'article, l'inclusion ou

l'exclusion de participants, la mesure de prévalence, les sources de données, l'analyse ? Oui,

au niveau de l'analyse. Il n'y a pas de méthodes statistiques alors que l'article affirme qu'il

y a une diminution de la prévalence.

- Tous les facteurs importants pour l'interprétation ont-ils été pris en compte ? Oui

- Les résultats de l'article sont-ils cohérents ? Oui

- Les résultats fortuits peuvent-ils être écartés ? Non concerné

- Les analyses sont-elles bien menées ? Non (voir ci-dessus)

c. Les conclusions de l'auteur sont-elles claires et explicites ?

- Les résultats sont-ils concluants ? Oui, même si le manque de statistique diminue la validité

des conclusions.

- Les conclusions sont-elles clairement déduites des résultats ? Oui

- Les éventuelles incohérences sont-elles discutées ? Non concerné

d. Peut-on être sûr des résultats ?

- Y a-t-il des erreurs majeures de méthodologie qui pourraient limiter la validité des résultats ?

(Elles ont pu être identifiées dans a. et b.) Erreurs possibles dues au manque de méthodes

statistiques.

- Les résultats de l'article sont-ils similaires au reste de la littérature ? Sinon, les raisons pour

ces différences sont-elles expliquées ? Oui.

Commentaires généraux : Moyen (il existe un manque de méthodes statistiques pour

l'analyse)

40

4. L'applicabilité : Les résultats peuvent-ils être utilisés dans le cadre de la santé

publique ?

- Les résultats de l'article peuvent-ils être interprétés dans le contexte de la santé publique ?

Oui

- Y a-t-il d'autres conséquences pour la santé publique qui n'ont pas été inclus ? Non

- Les résultats peuvent-ils être appliqués à des mesures de santé publique, vu leur validité et

pertinence ? Oui (si on considère les conclusions comme vraies, les mesures prises en Serbie

semblent efficaces pour diminuer la prévalence de la trichinellose).

Commentaires généraux : Bon

Le Tableau I est un tableau résumé de l'évaluation de tous les articles, car le tableau originel

qui développait les réponses des questions était trop grand. Seules les sous-catégories de

questions jugées importantes ont été gardées. Il est à noter que la colonne "clarté" dans le

critère "Fiabilité" résume toutes les questions posées dans "2. a. L'étude est-elle présentée

clairement ?". La question sur la présence des procédures d'éthique (2. c) n'a pas été incluse

car elle ne concernait que très rarement les articles de cette revue. "Déduction claire"

correspond à "3.c. Les conclusions de l'auteur sont-elles claires et explicites ?" et "Sûreté"

correspond à "3. d. Peut-on être sûr des résultats ?".

Les mots "incertain" et "non-concerné" sont abrégés en "Inc." et "NC" dans le tableau. Le

degré de qualité d'un critère est donné par les termes : "médiocre", "moyen", "assez bon", et

"bon". Des couleurs ont été attribuées aux cellules du tableau pour faciliter sa lecture : les

cellules vertes indiquent les critères de bonne qualité, les cellules orange sont les critères de

qualité moyenne, et enfin les cellules rouges aident à repérer les critères de qualité médiocres.

41

Tableau I – Tableau résumant l'évaluation de tous les articles avec MetaQAT, d'après Rosella et al. (49) Pour chaque article, une ligne répond aux questions posées par la grille ("Inc." veut dire "Incertain", "NC" veut dire "Non concerné") et une deuxième ligne résume

la qualité de l'article pour le critère de la colonne donnée. Les couleurs rouge, orange et verte ont été attribuées aux cellules de qualité respective : médiocre, moyen et bon.

Référence article

Pertinence Fiabilité Validité Applicabilité

Utilité Cadre Conception Clarté Méthodes

décrites Sources

Echantillonnage décrit

Méthode adaptée

Absence biais

Déduction claire

Sûreté Santé

publique

Degré de qualité Degré de qualité Degré de qualité Qualité

Aoun et al. (50) Oui Inc. Inc. Non Oui Inc. Non Oui Non Inc. Inc. Inc.

Moyen Médiocre Moyen Moyen

Badagliacca et al. (51)

Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Inc. Oui Inc. Oui Oui Oui

Assez bon Bon Bon Bon

Balic et al. (52) Oui Oui Non Inc. Oui Oui Inc. Inc. Inc. Non Non Inc.

Moyen Moyen Médiocre Moyen

Bandino et al. (53)

Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui


Bien et al. (54) Oui Inc. Inc. Non Oui Oui Oui Inc. Non Oui Inc. Inc.

Moyen Moyen Moyen Moyen

Billinis (55) Inc. Inc. Non Non Inc. Non Non Inc. Non Non Non Inc.

Médiocre Médiocre Médiocre Moyen

Bilska-Zajac et al. (18)

Oui Inc. Non Oui Inc. Oui Non Non Inc. Oui Oui Inc.

Médiocre Moyen Moyen Moyen

Boadella et al. (56)

Oui Inc. Inc. Oui Inc. Oui Oui Inc. Oui Oui Oui Oui

Moyen Assez bon Bon Bon

Boutsini et al. (57)

Oui Oui Oui Inc. Inc. Oui Oui Oui Inc. Inc. Oui Oui

Bon Moyen Assez bon Bon

Chmurzyńska et al. (17)

Oui Oui Inc. Inc. Oui Oui Oui-Non Oui-Non Non Oui Oui Oui

Assez bon Moyen Moyen (bon Pologne, moyen Allemagne) Bon

42

Référence article



décrites Sources


Méthode adaptée

Absence biais

Déduction claire

Sûreté Santé

publique


Cirovic et al. (58) Oui Oui Oui Oui Inc. Oui Oui Oui Inc. Oui Oui Oui

Bon Bon Bon Bon

Deksne et al. (59) Oui Oui Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Inc. Inc. Oui Oui

Bon Assez bon Assez bon Bon

Dmitric et al. (60) Inc. Oui Oui Oui Inc. Oui Inc. Inc. Non Oui Inc. Inc.

Assez bon Assez bon Moyen Moyen

Duscher et al. (61)

Oui Inc. Non Oui Oui Oui Oui Non Non Inc. Inc. Inc.

Médiocre Bon Médiocre Moyen

EFSA, 2010 (62) Oui Oui Inc. Oui Inc. Oui Inc. Oui Inc. Inc. Inc. Oui

Assez bon Moyen Moyen Bon

EFSA et ECDC, 2011 (63)

Oui Oui Inc. Oui Inc. Oui Inc. Oui Inc. Oui Inc. Oui

Assez bon Moyen Assez bon Bon

EFSA, 2012(64) Oui Oui Inc. Oui Inc. Oui Inc. Oui Inc. Inc. Inc. Oui






EFSA et ECDC, 2015 (67)

Oui Oui Inc. Oui Inc. Oui Oui Oui Inc. Inc. Inc. Oui

Assez bon Assez bon Moyen Bon

EFSA, 2015 (68) Oui Oui Inc. Oui Inc. Oui Oui Oui Inc. Inc. Inc. Oui


EFSA, 2016 (69) Oui Oui Inc. Oui Inc. Oui Oui Inc. Inc. Oui Inc. Oui


43

Référence article



décrites Sources


Méthode adaptée

Absence biais

Déduction claire

Sûreté Santé

publique


EFSA, 2017 (4) Oui Oui Inc. Oui Inc. Oui Oui Inc. Inc. Oui Inc. Oui


EFSA, 2018 (46) Oui Oui Inc. Oui Inc. Oui Oui Inc. Inc. Inc. Inc. Oui


Felin et al. (70) Oui Oui Inc. Oui Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Oui Oui


Fichi et al. (23) Oui Inc. Oui Inc. Oui Inc. Oui Oui Inc. Oui

Oui-Non

Oui


Flis et al. (71) Oui Oui Oui Inc. Inc. Oui Non Oui Inc. Oui Oui Oui


Franssen et al., 2014 (72)



Franssen et al., 2016 (73)

Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Oui Oui Inc. Oui Oui Oui

Assez bon Bon Assez bon Bon

Garbarino et al. (16)

Oui Inc. Inc. Inc. Inc. Oui Oui Oui Inc. Oui Inc. Oui

Moyen Moyen Assez bon Bon

Garcia-Sanchez et al. (74)

Oui Inc. Inc. Oui Inc. Oui Non Inc. Inc. Inc. Oui Oui

Moyen Moyen Moyen Bon

Gomez-Morales et al. (75)

Oui Inc. Non Oui Oui Oui Oui Inc. Inc. Oui Oui Oui

Médiocre Bon Assez bon Assez bon

Hernandez et al. (77)



Hurnikova et al. (78)

Oui Oui Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Non Inc. Inc. Inc.

Bon Assez bon Moyen Moyen

44

Référence article



décrites Sources


Méthode adaptée

Absence biais

Déduction claire

Sûreté Santé

publique


Imre et al.(79) Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Inc. Oui Inc. Oui Oui Oui

Assez bon Assez bon Assez bon Bon

Isomursu et Kunnasranta (80)

Oui Inc. Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Inc. Oui Oui Oui


Jokelainen et al. (38)

Oui Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui


Kirjusina et al., 2015 (81)

Oui Inc. Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Inc. Oui Oui Oui

Assez bon Assez bon Bon Bon

Kirjusina et al., 2016 (82)

Inc. Oui Non Oui Oui Oui Inc. Non Non Oui Oui Inc.

Médiocre Assez bon Moyen Moyen

Lassen et al. (83) Inc. Inc. Inc. Oui Oui Oui Oui Inc. Inc. Inc. Oui Inc.

Moyen Bon Moyen Moyen

Learnmount et al. (84)

Oui Oui Inc. Inc. Oui Oui Oui Inc. Non Oui Oui Oui


Liciardi et al. (76) Oui Non Inc. Oui Oui Oui NC Non Inc. Oui Oui Inc.

Médiocre Bon Moyen Moyen

Lopes et al. (85) Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Oui Oui Non Oui Inc. Oui

Assez bon Bon Moyen Bon

Lozano Bereca et al. (86)

Inc. Inc. Non Inc. Oui Oui NC Inc. Inc. Oui Inc. Oui

Médiocre Assez bon Moyen Bon

Maas et al. (87) Oui Inc. Inc. Oui Oui Oui Oui Inc. Inc. Oui Inc. Oui

Moyen Bon Moyen Assez bon

Magi et al. (88) Oui Inc. Inc. Oui Oui Oui Inc. Oui Inc. Oui Inc. Inc.

Moyen Assez bon Moyen Assez bon

45

Référence article



décrites Sources


Méthode adaptée

Absence biais

Déduction claire

Sûreté Santé

publique


Marincu et al. (89)

Oui Inc. Oui Oui Inc. Oui NC Inc. Inc. Oui Inc. Oui

Assez bon Assez bon Moyen Assez bon

Mayer-Scholl et al. (39)

Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Oui Oui Inc. Oui Oui Oui


Meemken et al. (90)

Oui Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Inc. Oui Inc. Oui Inc.

Assez bon Bon Assez bon Moyen

Merialdi et al. (91)

Oui Inc. Inc. Inc. Inc. Non Inc. Inc. Inc. Oui Inc. Oui

Moyen Médiocre Moyen Assez bon

Messiaen et al. (22)

Oui Inc. Inc. Oui Oui Oui NC Inc. Oui Oui Oui Oui

Moyen Bon Assez bon Bon

Miterpakova et al. (48)

Oui Oui Oui Inc. Oui Oui Inc. Inc. Oui Oui Oui Oui


Montanez Ruiz(92)

Oui Inc. Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Inc. Inc. Oui Oui


Neghina et al. (93)

Oui Inc. Inc. Inc. Inc. Oui Oui Inc. Oui Oui Oui Oui

Moyen Moyen Assez bon Bon

Nicorescu et al. (94)

Oui Oui Oui Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui

Bon Assez bon Bon Bon

Oltean et al. (95) Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Oui Inc. Non Oui Inc. Inc.

Assez bon Bon Moyen Assez bon

Panwitz et al. (96)

Oui Inc. Inc. Oui Oui Oui Inc. Inc. Inc. Inc. Inc. Oui

Moyen Assez bon Moyen Bon

Romano et al.(97)

Oui Inc. Non Oui Oui Oui NC Non Oui Oui Oui Oui

Moyen Bon Moyen Bon

46

Référence article



décrites Sources


Méthode adaptée

Absence biais

Déduction claire

Sûreté Santé

publique


Ruetsch et al. (98)

Oui Inc. Non Inc. Inc. Oui NC Non Oui Oui Oui Oui

Moyen Moyen Moyen Bon

Seglina et al. (99) Oui Oui Oui Oui Oui Oui Inc. Inc. Oui Oui Oui Oui

Bon Assez bon Assez bon Bon

Skirnisson et al. (100)

Oui Inc. Inc. Oui Oui Oui Inc. Inc. Inc. Inc. Inc. Inc.

Moyen Assez bon Moyen Assez bon

Sofronic-Milosavljevic et

al. (101)

Oui Inc. Oui Inc. Non Oui Oui Inc. Non Oui Oui Oui


Széll et al., 2008 (102)

Oui Inc. Inc. Inc. Oui Oui Oui Oui Inc. Oui Inc. Oui

Moyen Assez bon Assez bon Bon

Széll et al., 2012 (103)

Oui Inc. Inc. Inc. Oui Oui Oui Inc. Inc. Inc. Oui Oui

Moyen Assez bon Moyen Bon

Széll et al., 2013 (104)

Oui Inc. Non Inc. Oui Oui Inc. Non Oui Inc. Oui Inc.

Médiocre Moyen Moyen Moyen

Teodorovic et al. (105)

Oui Oui Oui Inc. Oui Oui Oui Oui Inc.- Oui Oui Inc. Oui

Bon Bon Moyen (Bosnie) -Bon (Serbie) Bon

Tesic et al. (106) Oui Inc. Inc. Inc. Inc. Oui Oui Inc. Inc. Oui Oui Inc.

Moyen Moyen Moyen Assez bon

Tolnai et al. (107) Oui Oui Inc. Inc. Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui

Assez bon Assez bon Bon Bon

Turiac et al. (108) Oui Inc. Inc. Oui Oui Oui Oui Inc. Oui Inc. Oui Oui

Moyen Bon Assez bon Bon

47

Référence article



décrites Sources


Méthode adaptée

Absence biais

Déduction claire

Sûreté Santé

publique


Watier-Grillot et al. (109)

Oui Inc. Oui Inc. Non Oui Oui Oui Inc. Inc. Inc. Oui


Zamora et al. (110)

Oui Oui Oui Oui Oui Inc. Oui Oui Inc. Inc. Oui Oui

Bon Assez bon Moyen Bon

Zivojinovic et al., 2010 (111)

Oui Inc. Non Inc. Inc. Inc. Non Non Inc. Inc. Inc. Inc.

Moyen Moyen Médiocre Moyen

Zivojinovic et al., 2013 (112)

Oui Oui Oui Oui Inc. Inc. Inc. Oui Non Inc. Inc. Oui

Bon Moyen Moyen Bon

48

La plupart des données qui seront présentées dans la partie "résultats" sont extraites des

rapports de l'EFSA concernant les années 2008 à 2017, car ils répondent bien à la question de

l'étude systématique (62-69, 4, 46). Les données des autres articles y sont alors comparées. Si

les articles sont considérés de meilleure qualité, les données sont remplacées dans les tableaux

ou les cartes et la référence de l'article est donnée en légende. Quand plusieurs articles donnent

des résultats différents, ceux ayant la meilleure pertinence et fiabilité sont choisis comme

référence. Si les autres articles corroborent les informations présentes dans ceux de l'EFSA, ils

ne sont pas mentionnés.

Quand les données sont suffisantes pour une espèce, une carte de répartition de la

trichinellose en Europe est réalisée pour celle-ci. Une carte vierge de l'Europe disponible sur

internet en libre-service est utilisée comme base de toutes les cartes de résultats (47). Les pays

sont alors colorés en gris lorsqu'ils ont déclaré n'avoir aucun cas sur la période donnée. Ils sont

colorés en couleur de teinte de plus en plus foncée selon le taux croissant de trichinellose dans

l'espèce. Les pays dont les résultats ne sont pas disponibles sont laissés en blanc. Quand cela

est possible, le pourcentage de trichinellose est inscrit dans le pays concerné.

Il existe des lignes directrices à suivre lors de l'écriture d'une revue systématique. Pour aider

les auteurs de ce type d'article, les outils PRISMA (Preferred Reporting Items for Systematic

Reviews and Meta-Analyses) ont été développé. Des grilles de points à respecter pour une

revue systématique de qualité sont disponibles sur le site de l'organisation. La grille PRISMA a

été appliquée à cette thèse sur le plus de points possibles pour s'assurer d'avoir une revue

systématique de bonne qualité. Deux grilles sont disponibles en annexe : une liste de contrôle

de la revue systématique dans son entièreté en annexe 4, et une liste de contrôle de l'abstract

en annexe 5 qui a été appliqué au résumé de la thèse en 4ème de couverture.

d. Application de l'évaluation qualitative des articles

e. Présentation des résultats

f. Evaluation de la qualité de la revue systématique

49

i. Répartition des cas humains

Trichinella est responsable de plusieurs centaines de cas cliniques humains par an en Europe,

ce qui correspond à un taux de 0.02 à 0.16 cas pour 100 000 habitants.

Certains pays n'ont pas de données sur la trichinellose humaine dans les articles retenus : le

Danemark, la Biélorussie, l'Ukraine, la Moldavie, la Macédoine, le Monténégro, le Kosovo et la

Bosnie-Herzégovine.

La Figure 10 correspond à des cartes présentant les taux de cas de trichinellose humaine

confirmés par sérologie sur 100 000 habitants dans chaque pays européen de 2008 à 2017.

Chaque teinte de jaune et orange d'un pays correspond à un taux de trichinellose, qui est

précisé en légende. Pour plus de détails, l'annexe 2 présente le nombre exact de cas rapportés

par les pays en Europe de 2008 à 2017 sous forme de tableau. Sept pays ont rapporté n'avoir

aucun cas sur la période de l'étude qui est de 2008 à 2018 : Chypre, Malte, le Royaume-Uni,

l'Irlande, le Luxembourg, la Norvège et l'Islande. Les pays européens qui sont le plus touchés

par la trichinellose humaine sont la Roumanie et la Serbie, qui ont plus souvent que les autres

pays des taux de trichinellose supérieurs à 1 cas pour 100 000 habitants. La Bulgarie a eu un

taux de trichinellose supérieur à 5 cas pour 100 000 habitants en 2009, ce qui est le plus haut

taux de la période étudiée. La Lettonie et la Lituanie ont aussi des épidémies importantes, avec

des taux supérieurs à 1 à deux reprises. On peut voir sur les cartes de la Figure 10 que les taux

de trichinellose ont tendance à baisser après 2010, et n'atteigne plus 1 cas pour 100 000

habitants après 2013.

3. Résultats

a. Trichinellose humaine

50

Figure 10 - Trichinellose humaine en Europe de 2008 à 2017 D'après les rapports EFSA sur 2008 à 2017 (62-69, 4, 46) et Sofronic-Milosavljevic et al. (101)

Les pays en gris ont déclaré n'avoir eu aucun cas pour l'année donnée. Les données pour les pays en blanc n'étaient pas disponibles.

51

La tendance en Europe semble être à une diminution du nombre de cas depuis 2010,

notamment grâce à la diminution du nombre de cas de trichinellose en Roumanie et en

Bulgarie, qui sont les pays les plus peuplés de ceux ayant de forts taux de trichinellose humaine.

La Figure 11 qui présente le nombre de cas cliniques humains confirmés en Europe sur la

période d'étude permet de voir cette diminution.

Figure 11 - Nombre de cas cliniques humains de trichinellose en Europe 2008 -2017 D'après les rapports EFSA sur les années 2008-2017 (62-69, 4, 46)

ii. Modes de contamination

Le mode principal de contamination de l'Homme est la consommation de viande

insuffisamment cuite. La plus fréquemment impliquée est la viande de porc, suivie de la viande

de sanglier (63-69, 4, 46). Plus anecdotiquement, de la viande d'ours est parfois responsable

(68). Une épidémie en Serbie en 2010 était soupçonnée être liée à la consommation de cheval

(Equus caballus) mais rien n'a été prouvé (101).

Les porcs concernés sont, dans la très grande majorité des cas, élevés en plein air et destinés

à la consommation personnelle des personnes infectées. La viande de sanglier provient en

général de la chasse (108), et elle est parfois importée d'autres pays (22).

iii. Espèces de Trichinella concernées

Les espèces de Trichinella impliquées dans la contamination humaine sont souvent inconnues,

car les tests permettant de les déterminer (biopsie musculaire et digestion artificielle des

aliments consommés) ne sont pas régulièrement faits. Quand ces tests sont effectués, l'espèce

la plus souvent retrouvée est T. spiralis avec une moyenne de 28.2 % (valeur basse-haute :

4.1%-63.2%), suivi de T. britovi avec une moyenne de 9.2 % (valeur basse-haute : 0.7%-19.6%)

(62-69, 4, 46).

0

100

200

300

400

500

600

700

800

900

2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017

No

mb

re d

e ca

s co

nfi

rmés

52

i. Chez les Mammifères omnivores

Les omnivores sont susceptibles de se faire contaminer par Trichinella en mangeant de la

viande. La plupart des omnivores sauvages présentent des comportements de charognard, or

les larves de Trichinella peuvent survivre dans les carcasses pour des durées variables selon les

espèces. Les larves de T. spiralis peuvent survivre dans des carcasses de souris pendant 1

semaine en été et plus de 6 semaines en hiver (113).

1. Chez le porc

➢ Prévalence

Les larves de Trichinella sont retrouvées chez les porcs envoyés à l'abattoir, cette détection

étant obligatoire dans l'Union Européenne et de nombreux autres pays européens. La Figure 12

présente sous forme de cartes l'évolution de la répartition de la trichinellose chez le porc en

Europe de 2008 à 2017, avec des données issues des rapports de l'EFSA de 2010 à 2018. En

annexe 3, un tableau précise les pourcentages de cas de trichinellose porcine pour chaque pays

de l'UE. Certaines données utilisées sont en contradiction avec les rapports de l'EFSA et

proviennent des résultats de : Zamora et al. pour l'Espagne en 2010 (110), Boutsini et al. pour

la Grèce de 2009 à 2012 (57), Bandino et al. pour l'Italie de 2010 à 2013 (53), Nicorescu et al.

pour la Roumanie en 2014 (94). D'autres données ne sont pas en contradiction, mais en

complément de l'EFSA : les résultats de Sofronic-Milosavljevic et al. pour la Serbie de 2008 à

2010 (101).

Dix-sept pays ont rapporté n'avoir eu aucun cas de trichinellose porcine de 2008 à 2017. La

Roumanie et la Bulgarie sont les pays avec le plus de cas de trichinellose, car ils ont des taux

assez élevés de trichinellose et un grand nombre de porc. La Serbie possède le plus grand taux

de trichinellose porcine en Europe dans la période où il existe des données. D'autres pays

comme la Lituanie, la Pologne, la France et l'Espagne ont rapporté des cas sur plus de 7 des 10

ans étudiés. La Croatie ne rapporte ses cas à l'EFSA que depuis son adhésion à l'UE en 2013. Elle

fait partie des pays les plus touchés dès 2014.

Les résultats pour tous les porcs examinés ont été présentés sans considération pour le type

d'élevage : qu'ils soient issus d'élevage plein-air ou bien industriel, les cas porcins étaient

comptabilisés. D'après les rapports de l'EFSA, la grande majorité des cas de trichinellose sont

découvert chez les porcs élevés en plein-air, et rarement chez les porcs d'élevages industriels.

b. Trichinellose chez les animaux

53

Figure 12 – Pourcentage de trichinellose porcine en Europe de 2008 à 2017 Données des rapports de l'EFSA, les autres articles utilisés pour les sont précisés dans le texte.

Les pays en gris ont rapporté n'avoir eu aucun cas pour l'année donnée, les pays en blanc n'ont pas transmis de données pour l'année donnée.

54

Si on s'intéresse à la prévalence de Trichinella dans l'Europe entière, la Figure 13 est un

graphique représentant le pourcentage de cas porcins de trichinellose en fonction des années

de 2008 à 2017. Elle permet de voir une diminution de ce pourcentage à partir de 2009, puis

une stabilité autour de 2.0x10-4 % jusqu'en 2017.

Figure 13 - Pourcentage de cas porcins de trichinellose en Europe 2008-2017 (62-69, 4, 46)

➢ Modes de contamination

Certains modes de contamination des porcs sont déjà présentés dans la partie "A/ 3. b. Cycle

domestique" de cette thèse. D'autres mode d'infection sont retrouvés dans nos articles :

- La consommation de rongeurs par les porcs domestiques (52)

- Le contact avec des oiseaux dans le cas de T. pseudospiralis (110)

Ces modes d'infection sont surtout des suppositions, puisqu'il n'est pas facile de déterminer

la source exacte de contamination chez les animaux.

➢ Espèces de Trichinella concernées

La plupart des larves de Trichinella retrouvées chez les porcs n'ont pas été identifiée par PCR.

Sur une période de 10 ans, une moyenne de 56.4% (valeur basse-haute : 6.7%-79.3%) sont

d'espèces inconnues, 36.8% (valeur basse-haute : 16.9%-74.5%) sont identifiées comme T.

spiralis, 6.7% (valeur basse-haute : 0.5%-18.3%) comme T. britovi et 0.04% (valeur basse-haute

: 0-0.4%) comme T. pseudospiralis (62-69, 4, 46).

Ces résultats ne sont pas toujours la norme, car il existe des variations géographiques de

répartition des espèces. T. britovi a été la seule espèce retrouvée chez des porcs élevés en plein-

air en Grèce sur une période de 2009 à 2012 par exemple (57).

0,E+00

1,E-04

2,E-04

3,E-04

4,E-04

5,E-04

6,E-04

7,E-04

8,E-04

2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017

% C

AS

PO

RC

INS

DE

TRIC

HIN

ELLO

SE

55

2. Chez le sanglier

➢ Prévalence

La détection de Trichinella chez les sangliers (Sus scrofa) se fait à l'abattoir pour ceux destinés

à la consommation de type commerciale, donc surtout pour les sangliers domestiques. En effet

les sangliers sauvages sont souvent destinés à la consommation personnelle ou familiale des

chasseurs, donc les contrôles des zoonoses alimentaires ne sont pas toujours faits. Il existe

cependant des contrôles épidémiologiques réalisés régulièrement chez les sangliers sauvages

dans certains pays, en vue de surveiller le cycle sylvestre de la trichinellose.

Le Tableau II présente les résultats transmis par les pays européens à l'EFSA de 2008 à 2017

sur Trichinella chez les sangliers (62-69, 4, 46). Les pourcentages de cas sont donnés pour les

sangliers d'élevage et sauvages. Certaines données complémentaires notées en gras dans le

tableau sont données par les articles suivants : Panwitz et al. pour l'Allemagne (96), Széll et al.

pour la Hongrie (103), Flis et al. pour la Pologne (71), Nicorescu et al. pour la Roumanie (94).

Tableau II – Prévalence de Trichinella chez les sangliers d'élevage ou sauvages testés en Europe de 2008 à 2017 (62-69, 4, 46)

(Le gradient de couleur croissant selon le pourcentage a été obtenu par la fonction "mise en forme conditionnelle" de Excel, pour remarquer plus facilement les pourcentages supérieurs à 0.1 %) Les données en gras sont des compléments venant des autres articles : Panwitz et al. pour

l'Allemagne (96), Széll et al. pour la Hongrie (103), Flis et al. pour la Pologne (71), Nicorescu et al. pour la Roumanie (94)

Pays Sanglier : 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017

Autriche D'élevage 0 0,0097 0,0078 0 0 0 0,0076 0 0 0

Sauvage 0 N/A N/A 0,031 0 0,0047 N/A 0 0 0

Belgique D'élevage N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Sauvage 0 0 0 0 0,017 0 0 0,015 0,017 0

Bulgarie D'élevage 0,0044 0 0 0 0 N/A 0,73 N/A N/A N/A

Sauvage 0,79 0 0,24 1,3 10,6 0,82 N/A 1,3 0,20 0,97

République Tchèque

D'élevage N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Sauvage 0 0 0,0008 0,0020 0 0,0032 0 0,0010 0,0018 0,00043

Croatie D'élevage N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Sauvage N/A N/A N/A N/A N/A 0,14 0,24 0,079 0,051 0,050

Danemark D'élevage 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Sauvage N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Estonie D'élevage N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Sauvage 0,28 0,91 0,86 1,3 0,70 1,5 1,2 0,97 0,50 0,59

Finlande D'élevage 0 1,9 1,2 0,21 1,3 0 0 0 0 1,1

Sauvage N/A 0 11,1 0 0 N/A 50 0 0 0,56

France D'élevage 0 0 0 0 0 0 N/A N/A 0,044 0

Sauvage 0 0 0 0,0060 0,0049 0 0 0 0,0024 0,0064

Allemagne D'élevage N/A N/A N/A N/A N/A 0 0 0 N/A N/A

Sauvage 0,045 0,0085 0,0050 0,014 0,0034 0,0072 0,0019 0,0043 0,00084 0,0072

Grèce D'élevage 0 0,069 0,45 N/A N/A 0,048 0 0 0 0

Sauvage N/A 0 0 0 0 0 0 0 0 N/A

56

Pays Sanglier : 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017

Hongrie D'élevage N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Sauvage 0,0037 0,0027 0,018 0,015 0,023 0,019 0,012 0,0078 0,0045 0,010

Italie D'élevage 0 0 0 0 0,10 0,047 0 0 0 0

Sauvage 0,36 0,0071 0,0065 0 0,0060 0,0067 0,0039 0,0052 0,0061 0,0045

Lettonie D'élevage N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Sauvage 0,83 1,4 0,78 1,4 1,8 1,1 1,3 0,48 0,64 0,40

Lituanie D'élevage N/A N/A N/A 0,63 N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Sauvage 0,34 0,35 0,41 N/A 0,31 0,33 N/A N/A N/A N/A

Luxembourg D'élevage N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Sauvage 0 0 0 0 0 0 N/A 0 0 0

Pays-Bas D'élevage 0 N/A N/A N/A N/A N/A 0 0 0 N/A

Sauvage 0 0 N/A 0 0 0 0,059 0 N/A 0

Pologne D'élevage N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Sauvage 0,51 1,2 0,65 0,51 0,41 0,34 0,43 0,51 N/A 0,24

Portugal D'élevage N/A N/A N/A 0 N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Sauvage 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1,1

Roumanie D'élevage N/A 0 N/A N/A 0 0 1,5 0 0,92 1,2

Sauvage 0,37 0,68 0,84 1,3 1,78 2,2 1,66 0,47 N/A N/A

Slovaquie D'élevage N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Sauvage 0,015 0,032 0,041 0,026 0,070 0,073 0,039 0,043 0,065 0,018

Slovénie D'élevage N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Sauvage 0,067 0,12 0,12 0 N/A 0 0,19 0,40 0,087 0

Espagne D'élevage N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Sauvage 0,22 0,16 0,20 0,17 0,20 0,22 0,16 0,22 0,21 0,28

Suède D'élevage N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Sauvage 0,0037 0,0042 0,0080 0,0051 0,0075 0,0045 0,0085 0,0011 0,0033 0,0063

Royaume-Uni D'élevage 0 0 0 0 0 0 0 0 N/A 0

Sauvage 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Suisse D'élevage 0 N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Sauvage 0,21 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Norvège D'élevage N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Sauvage N/A N/A N/A 0 0 N/A N/A 100 0 N/A

Europe D'élevage 0,0031 0,029 0,071 0,44 0,087 0,025 0,23 0 0,29 0,74

Sauvage 0,21 0,16 0,14 0,13 0,13 0,13 0,12 0,076 0,022 0,087

- Chez les sangliers sauvages :

Pour plus de clarté dans la lecture des résultats, la Figure 14 reprend les données du tableau

sous forme de cartes de l'Europe de 2008 à 2017. Les prévalences de trichinellose chez les

sangliers sauvages sont données grâce à un gradient de couleur verte.

Les pays qui semblent avoir le plus grand pourcentage de sangliers sauvages positifs avec des

prévalences allant de 0,5 % à plus de 10 % sont : la Bulgarie, les pays baltes, la Pologne, la

Roumanie et l'Espagne. La Norvège et la Finlande ont des prévalences de 100% et 50% pour

certaines années, mais en ne testant que 1 et 2 animaux respectivement, ces données n'ont

donc pas été prise en compte pour la figure. Les seuls pays n'ayant déclaré aucun cas sur les 10

années malgré un programme de surveillance sont le Royaume-Uni, le Luxembourg et la Grèce.

Certains pays, comme l'Irlande, l'Islande, Malte et Chypre n'ont pas de données sur les sangliers

sauvages car ils ne sont pas présents sur leur territoire.

57

Figure 14 - Trichinellose chez le sanglier sauvage en Europe de 2008 à 2017. Les sources sont les mêmes que pour le Tableau II.

58

La Figure 15 présente la variation des pourcentages de sangliers sauvages positifs pour

Trichinella en Europe de 2008 à 2017. Il semble y avoir une diminution de la prévalence de

Trichinella chez cet animal à partir de 2014 si on considère l'Europe entière. Cette diminution

peut cependant être due au fait que la Roumanie n'a pas transmis ses données à l'EFSA pour

les années 2016 et 2017, or c'est un des pays les plus atteints par la trichinellose en Europe.

Figure 15 – Pourcentage de sangliers sauvages positifs pour Trichinella en Europe entre 2008 et 2017

- Chez les sangliers d'élevage :

Les données disponibles pour les sangliers d'élevage étant moins nombreuses que pour les

sangliers sauvages, les résultats sont résumés dans une figure unique. La Figure 16 donne la

moyenne des prévalences de Trichinella chez les sangliers d'élevage entre 2008 et 2017, dans

les pays européens où des données étaient disponibles. Les pays les plus touchés sont : la

Roumanie, la Bulgarie, la Lituanie et la Finlande, avec des prévalences comprises entre 0,12 %

et 0,63 %. On remarque que ces pourcentages sont dans l'ensemble moins importants que ceux

des sangliers sauvages, qui pouvaient atteindre les 10 % de prévalence dans certains pays. Il est

cependant difficile d'en tirer des conclusions, étant donné le manque de données sur une bonne

partie des pays européens.

0

0,05

0,1

0,15

0,2

0,25

2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017

Po

urc

enta

ge d

e sa

ngl

ier

sau

vage

po

siti

f

59

Figure 16 – Moyenne des prévalences de trichinellose chez le sanglier d'élevage en Europe 2008-2017, d'après les rapports de l'EFSA 2010-2018 (62-69, 4, 46)

Les pays en gris ont déclaré n'avoir aucun cas sur la période donnée, ceux en teinte de vert olive ont des prévalences croissantes selon la couleur. Aucun résultat n'était disponible pour les pays en blanc.

L'échantillonnage était insuffisant dans les pays marqués d'un point noir : 28 prélèvements sur une seule année pour le Portugal.

➢ Modes de contamination

Les sangliers sauvages se contaminent en ingérant les larves présentes dans des carcasses,

principalement celles de carnivores (voir "A/ 3. a. cycle sylvestre").

Les sanglier d'élevage peuvent être infectés en mangeant les carcasses de Mammifères

carnivores ou d'Oiseaux se retrouvant dans leur enclos (91).

60


La plupart des larves de Trichinella retrouvées chez les sangliers sauvages n'ont pas été

identifiées par PCR. Sur une période de 6 ans, une moyenne de 69.7% (valeur basse-haute :

47.8%-92.4%) sont d'espèces inconnues, 14.7% (valeur basse-haute : 3.2%-30.7%) sont

identifiées comme T. spiralis, 14.7% (valeur basse-haute : 3.6%-22.8%) comme T. britovi, 0.51%

(valeur basse-haute : 0%-2%) comme T. nativa et 0.37% (valeur basse-haute : 0%-0.6%) comme

T. pseudospiralis (67-69, 4, 46). On retrouve le même constat que dans la partie "A/ 3. a. Cycle

sylvestre" : il y a un pourcentage équivalent de T. spiralis et T. britovi chez les sangliers sauvages,

contrairement au porc.

Ces conclusions ne sont pas valables pour tous les territoires en Europe. Il y a par exemple une

majorité de T. spiralis chez les sangliers de Pologne avec 78.4% des larves identifiées comme

telles (18), alors que c'est T. britovi qui est majoritaire en Lettonie à 90% (81) et en Hongrie à

72.7% (107).

Le seul article avec des informations sur les espèces de Trichinella retrouvées chez les sangliers

d'élevage est le rapport de l'EFSA sur l'année 2014. Sur 96 sangliers positifs, on retrouve : 20.8%

de larves non identifiées, 42.7% de T. britovi, 35.4% de T. spiralis, et 1% de T. pseudospiralis. Il

est important de noter que la plupart de ces résultats viennent de Roumanie, et il existe donc

un biais de localisation.

3. Chez les rongeurs omnivores

Les rongeurs peuvent être impliqués dans la transmission de la trichinellose, notamment en

faisant le lien entre le cycle sylvestre et domestique. Peu de données sont présentes sur le sujet

dans les articles retenus pour cette revue. Les résultats sont donc concentrés dans le Tableau

III, qui présente tous les résultats disponibles sur la trichinellose chez les rats en Europe entre

2008 et 2017. Les méthodes d'échantillonnage étant très hétérogènes, elles sont précisées pour

chaque pays dans le tableau.

On peut seulement déduire de ce tableau que des rongeurs sont susceptibles d'être porteur

de Trichinella en Finlande et en Pologne. Il semble ne pas y avoir de trichinellose chez le rat au

Royaume-Uni et dans les Pays-Bas, ce qui est compatible avec les résultats trouvés chez le porc

et le sanglier dans ces pays.

61

Tableau III – Moyenne des pourcentages de trichinellose et méthodes d'échantillonnage chez les rats en Europe de 2008 à 2017

D'après Franssen et al. (73) et les rapports de l'EFSA pour les années 2013 à 2017

Pays

Moyenne des pourcentages disponibles

Echantillonnage Années de prélèvement

Finlande 100 1 rat testé 2016

Hongrie 0 6 rats testés 2013-2015

Pays-Bas 0 161 rats testés, aléatoire 2009-2014

Pologne 15,7 177 rats testés, méthode non précisée 2013-2014 et 2017

Royaume-Uni 0 232 rats testés, méthode non précisée 2015

ii. Chez les Mammifères carnivores

Les carnivores sont les animaux les plus à risque de se faire infecter par Trichinella. Ils ont les

plus hautes prévalences parmi les hôtes possibles, ce qui en fait de bonnes espèces sentinelles

pour l'épidémiologie de ce parasite.

1. Chez le renard

➢ Prévalence

Deux espèces de renard sont présentes en Europe : le renard polaire (Vulpes lagopus) et le

renard roux (Vulpes vulpes). Le renard roux est l'espèce carnivore sauvage la plus répandue en

Europe, et est présent dans tous ses pays excepté l'Islande où habite le renard polaire. Le renard

est donc une espèce de la faune sauvage très utilisée lors de la surveillance de la trichinellose.

Les seuls pays de l'UE qui n'ont pas transmis de résultats pour le renard entre 2008 et 2018 sont

l'Estonie et Malte.

La Figure 17 présente la moyenne du pourcentage de cas de trichinellose chez le renard pour

chaque pays de l'Europe entre 2008 et 2017. Certaines prévalences n'ont pas été prises en

compte dans le calcul de ces moyennes car elles ont été jugées peu fiables en raison du faible

échantillonnage réalisé. Aucun cas n'a été détecté en Autriche, en Suisse, au Luxembourg, à

Chypre et au Danemark. Les plus hautes moyennes de prévalences se retrouvent en Roumanie,

en Serbie, en Finlande, en Lettonie et Lituanie, avec des pourcentages de trichinellose de 23.7%

à 53.5%. Comme on pouvait s'y attendre étant donné le régime alimentaire des renards, ces

taux de prévalence sont beaucoup plus élevés que chez le sanglier ou le porc.

62

Figure 17 – Moyenne des pourcentages de trichinellose chez le renard en Europe 2008-2017 Moyenne sur 10 ans des pourcentages, à partir des données de l'EFSA et d'autres articles :

Zivojinovnic et al. et Dmitric et al. pour la Serbie (112, 60), Montanez Ruiz pour l'Espagne (92), Imre et al. pour la Roumanie (79), Lopes et al. pour le Portugal (85), Franssen et al. pour les Pays-Bas (72)

et Tolnai et al. pour la Hongrie (107). Les pays en gris ont déclaré n'avoir aucun cas, ceux en teinte d'orange ont des prévalences croissantes

selon la couleur. Aucun résultat n'était disponible pour les pays en blanc.

Le Tableau IV donne le détail des pourcentages disponibles sur la trichinellose chez le renard

pour chaque année. Il permet d'observer l'absence de programme de surveillance harmonisé

pour toute l'Europe, puisqu'une grande partie des données sont manquantes. Il permet aussi

de conclure que la prévalence de Trichinella chez le renard semble stable autour de 1.7 %, si on

considère l'Europe en entier.

63

Tableau IV - Pourcentages de trichinellose chez le renard en Europe de 2008 à 2017 D'après les rapports de l'EFSA (62-69, 4, 46). Les données en gras sont issues des articles cités dans la

Figure 17. Les nombres présentés sont des pourcentages de cas positifs sur les renards testés. Les données en

police blanche ont été exclues du calcul des moyennes car jugées peu fiables (l'échantillonnage étant de 2 et 4 pour la Bulgarie, et de 1 pour la France). Le degré de couleur croissant selon le pourcentage a été

obtenu grâce à la fonction "mise en forme conditionnelle" de Excel, pour repérer les pourcentages supérieurs à 0.1 %.

PAYS 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 Moyenne sur 10 ans

Autriche - - - - - 0 0 - - 0 0

Belgique 0 0 0 0,20 0,4 - - - - - 0,12

Bulgarie 3,2 3,2 - 100 75 - - - - - 3,2

Chypre - 0 0 - - - 0 0 0 0 0


- - - - - - 0,17 0,22 0,070 0,102 0,14

Croatie - - - - - 1,5 1,1 3,3 2,00 5,92 2,8

Danemark 0 0 0 0 0 0 0 - 0 0 0

Finlande 22,5 19,0 30,1 20,6 17,8 36,1 35,3 33,7 33,3 44,5 29,3

France 7,5 2,1 0,11 - - 100 - - - - 3,2

Allemagne 0,05 0,02 0,32 0,34 2,2 1,7 0 0,05 - - 0,59

Grèce - - - - - - - - 8,7 - 8,7

Hongrie 2,4 1,8 3,75 2,1 2,0 2,96 2,6 1,4 0 - 2,1

Irlande 0,44 0,56 0,47 0,80 0,48 0,2 - - - - 0,49

Italie 0,36 0,16 1,51 0,52 0,29 0,33 0,14 0,9 0,3 0,5 0,50

Lettonie 77,8 71,2 17,1 50,6 56,5 50,6 50,6 - - - 53,5

Lituanie - 12,5 66,7 64 33,3 14,3 - - - - 38,2

Luxembourg - 0 0 0 0 0 - 0 0 0 0

Pays-Bas - 0 1,1 0 0 0 - - - - 0,22

Pologne - 0 5 3,3 4,2 3,46 - - - - 3,2

Portugal 0 15,4 0 - - - - - - - 5,1

Roumanie - - - - 16,3 20 36,4 - - - 24,2

Serbie - 12,3 12,3 - - - 35 35 - - 23,7

Slovaquie - 17,1 - 20,4 9,9 10,6 8,4 7,7 10,5 2,8 10,9

Slovénie - 0,54 - 0,33 - - 0 - - - 0,3

Espagne - 4,5 0 - - - - - 0,84 0,84 1,6

Suède 0,29 0,36 0 1,5 0 2,61 0 0 1,8 0 0,7

Royaume-Uni

0 0,11 0 0 0 0,1 0 0 0 0 0,02

Suisse - - - - - - - - 0 0 0

Norvège - - 0 1,0 - - - - - - 0,5

Europe 2,2 1,9 1,1 1,5 2,8 2,1 1,16 1,6 1,1 1,21 1,7

64

➢ Espèces de Trichinella concernées :

Les renards appartenant au cycle sylvestre de Trichinella, on peut s'attendre à une majorité

de T. britovi dans les larves retrouvées chez cette espèce. Le Tableau V combine les informations

sur les espèces de Trichinella retrouvées chez le renard selon les articles. On y trouve que la

proportion des espèces de Trichinella chez le renard, quand les larves sont identifiées sont : T.

britovi (89.6%), T. spiralis (7.4%), T. nativa (0.34%), et des infections mixtes T. britovi et T.

spiralis (2.6%).

Tableau V – Proportions des différentes espèces de Trichinella chez les renards selon les articles Les données chiffrées correspondent à la proportion en pourcentage d'une espèce donnée de Trichinella

parmi les larves identifiées.

Articles sources T. britovi T. spiralis T. nativa Mixte T. britovi et T. spiralis

Aoun et al, 2012 (50) 100 0 0 0

Tolnai et al, 2014 (107) 88,3 11,7 0 0

Merialdi et al, 2011 (91) 100 0 0 0

Deksne et al, 2016 (59) 94 0 1,1 4,4

Lopes et al, 2015 (85) 100 0 0 0

Imre et al, 2015 (79) 96 4 0 0

Montanez, 2017 (92) 67 16 0 17

Dmitric et al, 2017 (60) 85 15 0 0

Chmurzynska et al, 2013 (17)

76 20 2 2

Moyenne 89,6 7,4 0,34 2,6

2. Chez le chien viverrin

Le chien viverrin (Nyctereutes procyonoides) est un canidé originaire d'Asie qui a été introduit

en Europe de l'Est au XXème siècle. L'espèce est peu à peu en train d'envahir l'Europe. La Figure

18 est une carte de distribution géographique du chien viverrin en Europe en 2011, avec les

différentes dates d'introduction de l'espèce dans chaque pays. La carte permet de voir qu'il est

présent dans toute l'Europe de l'Est et du Nord, et une partie d'Europe centrale, s'arrêtant au

Nord-Est de la France, et le long du Nord des Balkans (114).

Cette espèce animale est porteuse d'une plus grande charge larvaire de Trichinella que

d'autres Mammifères, ce qui en fait un bon moyen de propagation pour le parasite (96).

65

Figure 18 – Distribution géographique du chien viverrin en Europe en 2011 (114) L'aire de distribution des chiens viverrins en 2011 est indiquée par les plages de couleur grises. Les dates correspondant aux premiers signes d'introduction de l'espèce dans un pays sont notées pour

les pays concernés.

➢ Prévalence

Les programmes de surveillance pour le chien viverrin ne sont pas présents dans tous les pays

européens concernés par sa présence, c'est pourquoi les résultats présentés dans cette partie

sont plus lacunaires que pour le renard.

La Figure 19 est une carte de l'Europe présentant les moyennes des prévalences de

trichinellose dans la population de chien viverrin de 2008 à 2017 (62-69, 4, 46, 59, 87, 39). Dans

les pays marqués d'un point noir l'échantillonnage a été jugé insuffisant (nombre de

prélèvements donné en légende de la figure). Dans d'autres comme en Finlande ou en Lettonie

plusieurs centaines de chiens viverrins ont été testés sur la période étudiée. Les données sur

l'Autriche qui se trouvent dans l'article de Duscher et al. (61) n'ont pas été prise en compte

étant donnée sa mauvaise qualité.

On peut voir que le chien viverrin semble plus atteint par Trichinella dans les pays du Nord-Est

de l'Europe, avec des moyennes de prévalences de 35.4 % (valeur basse-haute : 28.6% - 43.8%)

66

en Finlande et 48.1 % (valeur basse-haute : 29.8% - 73.8%) en Lettonie. Les Pays-Bas,

L'Allemagne et la Suède sont également concernés par la trichinellose chez cette espèce, mais

avec des prévalences moins importantes.

Figure 19 - Moyenne des pourcentages de trichinellose chez le chien viverrin en Europe 2008-2017 Moyenne sur 10 ans des pourcentages, à partir des données de l'EFSA et d'autres articles : Mayer-

Scholl et al. pour l'Allemagne (39), Deksne et el. pour la Lettonie (59), Maas et al. pour les Pays-Bas (87).

Les pays en gris ont déclaré n'avoir aucun cas sur la période donnée, ceux en teinte de bleu ont des prévalences croissantes selon la couleur. Aucun résultat n'était disponible pour les pays en blanc.

L'échantillonnage était insuffisant dans les pays marqués d'un point noir : 1 seul prélèvement pour l'Estonie, la Norvège, l'Italie, la Pologne et la Lituanie, 3 pour la Slovaquie.

Le Tableau VI présente les résultats avec plus de détails en donnant les données sur la

trichinellose pour chaque année et chaque pays concerné. Il est très incomplet par manque de

programmes de surveillance réglementaires pour le chien viverrin dans la plupart des pays

européens. Seuls la Finlande, la Suède, le Danemark et la Lettonie ont des données assez fiables

sur la période étudiée. Le tableau permet cependant de voir que la trichinellose est présente

chez cette espèce dans au moins 7 pays d'Europe : Finlande, Suède, Estonie, Lettonie, Lituanie,

Allemagne, et Pays-Bas.

67

Tableau VI – Pourcentage de trichinellose chez le chien viverrin en Europe de 2008 à 2017 Données provenant des rapports de l'EFSA sur les années 2008 à 2017. Les nombres en gras

proviennent des articles : Mayer-Scholl et al. pour l'Allemagne (39), Deksne et al. pour la Lettonie (59), Maas et al. pour les Pays-Bas (87).

Les pays précédés d'un astérisque ont des résultats obtenus avec des échantillonnages de mauvaise qualité (voir légende Figure 19).

PAYS 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 Moyenne sur 10 ans

Danemark - 0 0 0 0 0 0 - 0 0 0

* Estonie - - - - - - 100 - - - 100,00

Finlande 32,9 28,6 31,1 34,9 32,8 32,64 43,81 38,7 38,76 40,3 35,4

Allemagne 0,8 0,9 0,6 2,9 2,6 3,4 2,1 0 - - 1,7

* Italie - - - - - - - - - 0 0

Lettonie 71,4 73,8 50 37,3 29,8 37,3 37,3 - - - 48,1

* Lituanie - - - 100 - - - - - - 100,00

Pays-Bas - - - - - 11 14,3 - - - 12,6

* Pologne - - - - - - 0 - - - 0

* Slovaquie - 0 - - 0 - - - - - 0

Suède - 0 0 0 0 0 5,9 - - - 0,98

* Norvège - 0 - - - - - - - - 0

Europe 39,3 28,8 27,9 29,2 23,7 24,6 31,8 33,7 36,4 37,6 31,3


Les larves de toutes les espèces de Trichinella présentes en Europe sont retrouvées chez les

chien viverrin. Le Tableau VII donne la proportion de chaque espèce de Trichinella chez le chien

viverrin selon les articles disponibles, puis en fait la moyenne. Les espèces retrouvées lorsque

les larves sont identifiées sont, dans l'ordre décroissant de proportion : T. spiralis (48.7 %), T.

britovi (26.2 %), T. nativa (22.4 %), T. pseudospiralis (1.8 %), et les infections mixtes (1.1 %).

Tableau VII – Proportion des différentes espèces de Trichinella chez le chien viverrin selon les articles Les données chiffrées correspondent au pourcentage de découverte d'une espèce donnée de Trichinella

parmi les larves identifiées

Article source Pays concernés T. spiralis T. britovi T. nativa T. pseudospiralis Mixte

Mayer Scholl et al., 2016 (39)

Allemagne 92,9 3,6 0 3,6 0

Deksne et al., 2016 (59)

Lettonie 0 94 1,1 0 4,4

Maas et al., 2016 (87)

Pays-Bas 100 0 0 0 0

EFSA, 2015 (68) Finlande, Suède, Estonie

2 7,1 88,5 3,4 0

Moyenne de tous les articles 48,7 26,2 22,4 1,8 1,1

68

Il est important de noter cependant, que ces proportions varient beaucoup d'un article à

l'autre. Cette variation peut s'expliquer par la distribution géographique des articles : Mayer

Scholl et al. concerne l'Allemagne (39), où T. spiralis est majoritaire, alors que l'article de l'EFSA

pour 2014 (68) rapporte les données de la Finlande en grande majorité, où T. nativa est très

présente dans la faune sauvage. Le chien viverrin est donc porteur des 4 espèces européennes

de Trichinella, vraisemblablement sans préférence.

3. Chez l'ours

Deux espèces d'ours sont présentes en Europe : l'ours brun (Ursus arctos) et l'ours polaire

(Ursus maritimus). L'ours polaire n'étant présent qu'en Islande, nous considérons ici que toutes

les mentions "d'ours" dans les articles correspondent à l'ours brun, sauf si mention contraire.

La Figure 20 est une carte de répartition des populations d'ours en Europe en 2012. L'ours se

retrouve principalement en Scandinavie, dans les Balkans, la Grèce, dans les pays Baltes, en

Roumanie et en Slovaquie. Des populations d'ours sont également présentes dans les Alpes et

les Pyrénées (115).

Figure 20 – Répartition des populations d'ours brun en Europe en 2012 (115) Les plages de couleur grise sont les zones d'habitation des ours. Les données pour l'Ukraine, la

Biélorussie et la Moldavie n'étaient pas disponibles.

69

➢ Prévalence

La Figure 21 présente les moyennes de pourcentage de trichinellose dans la population d'ours

en Europe entre 2008 et 2017 sur une carte. Les pays marqués d'un point noir ont des données

considérées peu fiables, car l'échantillonnage y était insuffisant (nombre de prélèvements

donnés en légende). Trichinella est retrouvée en plus grande proportion en Estonie et en

Roumanie avec des prévalences autour de 15%, si on exclut les données des pays n'ayant pas

de données fiables (Islande et Lettonie). La carte de répartition de Trichinella correspond à peu

près à celle de la répartition des ours en Europe, même s'il manque des données pour certains

pays avec des populations d'ours comme l'Espagne et le reste des Balkans.

Figure 21 - Moyenne des pourcentages de trichinellose chez l'ours en Europe 2008-2017 Moyenne sur 10 ans des pourcentages, à partir des données de l'EFSA et d'autres articles : Nicorescu

et al. pour la Roumanie (94) et Skirnisson et al. pour l'Islande (100). Les pays en gris ont déclaré n'avoir eu aucun cas sur la période étudiée, ceux en teinte de marron ont des prévalences croissantes selon la couleur. Aucun résultat n'était disponible pour les pays en blanc.

L'échantillonnage était insuffisant dans les pays marqués d'un point noir : 1 seul prélèvement pour l'Allemagne et la Suisse, 2 pour la Norvège et l'Islande, 5 pour la Bulgarie et la Lettonie.

70


Le Tableau VIII donne les proportions en pourcentage des espèces de Trichinella chez l'ours

brun selon les articles. Il permet de voir que les espèces de Trichinella retrouvées dans l'ours

sont en majorité d'espèce inconnue (34.6%), puis vient T. britovi (28.8%), T. nativa (14.3 %) et

enfin T. spiralis (5.7%) (94, 67, 68).

Il est à noter que T. nativa a été la seule espèce retrouvée chez des ours polaires testés en

Islande, ce qui est compatible avec sa résistance au froid supérieure par rapport aux autres

espèces (100).

Tableau VIII – Proportion des espèces de Trichinella chez l'ours brun selon les articles Les données chiffrées correspondent au pourcentage de découverte d'une espèce donnée de Trichinella

parmi toutes les larves, identifiée ou non.

Article source T. britovi T. spiralis T. nativa Mixte Inconnue

Nicorescu et al., 2015 (94) 31,6 47,4 0 0 15,8

EFSA et ECDC, 2015 (67) 23,3 9,3 27,9 0 39,5

EFSA, 2015 (68) 31,4 5,7 14,3 0 48,6

Moyenne 28,8 20,8 14,1 0 34,6

4. Chez le loup

Le loup (Canis lupus) est un Canidé carnivore présent dans de nombreux pays européens, en

train de recoloniser des territoires qu'il habitait précédemment. La Figure 22 est une carte de

répartition géographique des loups en Europe en 2012. Elle montre que les loups sont présents

dans le Sud-Est de l'Europe, dans les pays baltes et en Scandinavie, ainsi qu'au Nord de l'Espagne

et dans les Alpes. Des populations sont également présentes en Pologne, Allemagne et

Slovaquie (115).

71

Figure 22 – Carte de répartition des populations de loup en Europe en 2012 (115) Les plages de couleur grise sont les zones d'habitation des loups. Les données pour l'Ukraine, la

Biélorussie et la Moldavie n'étaient pas disponibles.

➢ Prévalence

La Figure 23 montre les moyennes de pourcentage de trichinellose par pays chez le loup en

Europe entre 2008 et 2017. Les pays dont les données sont considérées de mauvaise qualité

sont marqués d'un point blanc. La prévalence de Trichinella chez le loup en Europe ces dix

dernières années est comprise entre 4.6 % et 100 %. Les plus faibles prévalences sont en Suède

(4.6 %) et Macédoine (12.5%) et les plus fortes en Lettonie (100 %), Pologne (54.5 %) et Serbie

(49.5 %). La carte de répartition de la trichinellose correspond assez bien à la carte de

répartition des loups. Il manque cependant des informations sur les pays où le loup est présent

en grande quantité comme la Slovaquie, la Roumanie, la Bulgarie et l'Espagne.

72

Figure 23 - Moyenne des pourcentages de trichinellose chez le loup en Europe 2008-2017 Moyenne sur 10 ans des pourcentages, à partir des données de l'EFSA et d'autres articles :

Badagliacca et al. pour l'Italie (51), Deksne et al. pour la Lettonie (59), Bien et al. pour la Pologne (54), Teodorovic et al. pour les Balkans (105).

Les pays en gris ont déclaré n'avoir eu aucun cas dans la période donnée, ceux en teinte de violet ont des prévalences croissantes selon la couleur. Aucun résultat n'était disponible pour les pays en blanc. L'échantillonnage était insuffisant dans les pays marqués d'un point blanc : 1 seul prélèvement pour

l'Estonie, la France, et le Portugal, 3 pour la Slovénie et la Bosnie-Herzégovine, 5 pour la Suisse, 8 pour la Grèce.


La proportion des différentes espèces de Trichinella chez le loup selon les articles et les pays

est donnée dans le Tableau IX. Il permet de voir que lorsque les larves sont identifiées, T. britovi

est majoritaire avec 86.5 %, et T. nativa est minoritaire avec 13.5 %. Il est intéressant de noter

que T. nativa est seulement retrouvée en Suède et Finlande, qui sont des pays froids.

73

Tableau IX – Proportion des espèces de Trichinella chez le loup selon les articles et les pays Les données chiffrées correspondent au pourcentage de cas des espèces de Trichinella parmi les larves

identifiées.

Articles sources Pays T. britovi T. spiralis T. nativa

EFSA, 2012 (64) Estonie 100 0 0

EFSA, 2015 (68) Finlande 28,6 0 71,4

Badagliacca et al., 2016 (51) Italie 100 0 0

EFSA, 2015 (68) Italie 100 0 0

Deksne et al., 2016 (59) Lettonie 100 0 0

Bien et al., 2016 (54) Pologne 100 0 0

Teodorović et al., 2014 (105) Serbie, Macédoine, Bosnie-Herzégovine

100 0 0

EFSA et ECDC, 2015 (67) Suède 50 0 50

EFSA, 2015 (68) Suède 100 0 0

Moyenne 86.5 0 13.5

5. Chez le chien

De la viande de chien a été à l'origine d'une épidémie de trichinellose humaine en Slovaquie

en 1998. Malgré la rareté de la pratique de la cynophagie en Europe, certaines études ont été

réalisées sur la prévalence de Trichinella chez le chien. Au Kosovo 16 % des 25 chiens errants

testés étaient positifs à Trichinella avec la méthode de digestion artificielle en 2008 (109). Un

autre article a trouvé en Slovaquie une séroprévalence de 12.8% (intervalle de confiance à 95

% : 9,7 à 15,9 %) chez 439 chiens domestiques testés par ELISA en 2013 (48).

6. Chez le chacal doré

Le chacal doré (Canis aureus) est une espèce de Canidé vivant en Europe du Sud-Est (Grèce,

Balkans, Roumanie, Hongrie et Bulgarie) qui est en expansion vers le Nord et l'Ouest. La Figure

24 représente la distribution des populations de chacals en Europe. Elle permet de voir que des

individus ont été recensés jusqu'en Suisse, Allemagne et Estonie.

74

Figure 24 – Distribution géographique du chacal doré en Europe en 2015 (116) Les zones en jaune correspondent aux territoires de résidence permanentes des chacals. Les points

rouges correspondent aux individus repérés à l'extérieur de ces territoires.

Le Tableau X présente les résultats disponibles sur la trichinellose chez le chacal doré en

Europe, ainsi que les méthodes d'échantillonnage selon les articles. En faisant la moyenne des

données des articles entre 2008 et 2017, on trouve des prévalences de Trichinella chez le chacal

de 12.3 % en Hongrie (104, 67-69), de 23.3 % en Serbie (58, 60). Les données de l'article serbe

Zivojinovic et al. (112), de qualité moyenne, n'ont pas été retenues pour 2009 et 2010, car un

article de meilleure qualité existait sur la même période (58).

Une prévalence de 75 % (intervalle de confiance à 95% : 24.3–98.8 %) a été trouvé chez 4

chacals en Lettonie entre 2010 et 2014 (59). En Bulgarie, un pourcentage de 100 % a été

retrouvé chez 2 chacals en 2013 (67). L'échantillonnage probablement insuffisant de ces études

ne permet pas d'être sûr de ces résultats. Les données sur cette espèce sont lacunaires, étant

donné sa répartition sporadique en Europe.

75

Tableau X – Moyennes des prévalences de trichinellose disponibles chez les chacals dorés et méthode d'échantillonnage selon les articles sources.

La ligne de tableau en rouge correspond à un article non pris en compte pour le calcul de moyenne du pays, car un meilleur article existait pour la même période (voir le Tableau I et l'évaluation des articles

cités). Les pays précédés d'un astérisque ont des méthodes d'échantillonnage jugées insuffisantes.

Pays Moyenne (valeur basse-valeur haute)

Moyenne dans les articles

Années prélèvement

Articles sources

Echantillonnage

*Bulgarie 100 100 2013 EFSA et ECDC (67)

2 chacals, méthode non précisée

*Grèce 0 0 2016 EFSA (4) 2 chacals, méthode non précisée

Hongrie 12,3 (5,6-20%)

9,1 2007-2013 Széll et al. (104)

11 chacals, échantillonnage de convenance, sur tout le pays

5,6 2013 EFSA et ECDC (67)


14,3 2014 EFSA (68) 14 chacals, méthode non précisée

20 2015 EFSA et ECDC (69)


*Lettonie 75 75 2010-2014 Deksne et al. (59)

4 chacals, échantillonnage de convenance, sur tout le pays

Serbie 23,3 (12,5-61%)

53,8 2009-2010 Zivojinovic et al. (112)

13 chacals, méthode non précisée, sur un seul district

17 (12,5-22,7)

2008-2013 Ćirović et al. (58)

558 chacals, échantillonnage de convenance, sur la moitié du pays

61 2014-2015 Dmitric et al. (60)

13 chacals, échantillonnage de convenance, sur un seul district

*Suisse 0 0 2016 EFSA (4) 1 chacal, méthode non précisée

Les espèces de Trichinella retrouvées chez le chacal doré sont T. spiralis, T. britovi et T. nativa.

L'espèce T. spiralis est la plus retrouvée avec 63 à 71.1 % de proportion selon les articles, sauf

en Lettonie, où les seules espèces détectées sont T. britovi et T. nativa (60, 58, 59).

iii. Chez les Mammifères herbivores

Les herbivores ne mangeant pas de viande, ils ne sont pas censés se contaminer avec

Trichinella. Cependant de nombreuses épidémies de trichinellose humaine ont eu pour origine

la consommation de viande de cheval peu ou pas cuite, dans le passé. Il est donc important de

s'intéresser à ces espèces et la prévalence du parasite chez eux ces dix dernières années.

76

1. Chez le cheval

De la viande de cheval a été à l'origine de centaines de cas cliniques humains de trichinellose

dans les années 80 et 90 en France. Le moyen de contamination des chevaux impliqués serait

la présence accidentelle de rongeurs dans leur fourrage, mais cela reste une supposition (117).

Sur les dix dernières années, seuls 4 chevaux ont été positifs pour Trichinella en Europe, sur

plus de 1 million de chevaux testés. La moyenne de prévalence est de 1.8x10-4 %, ce qui est

similaire à la prévalence chez les porcs sur la même période. Le dernier cheval positif date de

2012, en Espagne (62-69, 4, 46).

Comme dit précédemment, une épidémie de trichinellose humaine en Serbie en 2010 était

peut-être liée à la consommation de cheval mais rien n'a été prouvé (101).

2. Chez les cerfs

Un seul des articles de la revue systématique contient des informations sur la trichinellose

chez les ruminants. En Grèce, 60 cerfs sauvages (Cervus elaphus) ont été testés par ELISA pour

T. spiralis entre 2006 et 2011, sans résultat positif (55).

3. Chez les castors

Deux espèces de castor vivent en Europe : le castor d'Europe (Castor fiber) et le castor du

Canada (Castor canadensis). La Figure 25 est une carte de répartition de ces deux espèces en

Europe en 2002. On peut y voir que l'espèce principale est Castor fiber, tandis que Castor

canadensis ne se retrouve qu'en Finlande. De grandes concentrations de Castor fiber sont

retrouvées en Suède, Norvège et les pays baltes, ainsi qu'en Biélorussie et Pologne, alors qu'ils

sont plus rares en France, Suisse et Allemagne.

On considère que le mot "castor" réfère au castor d'Europe dans les résultats qui suivent, sauf

quand la Finlande est mentionnée. Dans ce cas-là, le castor concerné est le castor du Canada.

En Lettonie, une moyenne de prévalence de Trichinella chez les castors de 1.6 % (valeur basse-

haute : 0.5%-6.3%) a été obtenue après le prélèvement de plus de 200 castors (99, 67-69, 4,

46). En Estonie, 2.9 % des 34 castors testés en 2013 était porteurs de Trichinella (67). Aucun

castor positif n'a été découvert en Suède ou Finlande, mais seulement 20 et 7 castors

respectivement ont été prélevés dans ces pays (67-69, 4, 46).

77

Figure 25 – Répartition géographique des castors en Europe en 2002, d'après (118) Les plages de couleur rouge sont les zones de répartition de Castor fiber et celles en violet sont pour

Castor canadensis

iv. Chez les Oiseaux

Certains oiseaux sont susceptibles de se faire infecter par T. pseudospiralis, la seule espèce

non-encapsulée de Trichinella présente en Europe. Des contrôles sur des Oiseaux carnivores et

omnivores sauvages sont réalisés sporadiquement par certains pays (principalement la

Finlande, l'Italie et la Suède). Les Oiseaux testés font partis des familles suivantes : les Corvidés,

Accipitridés (aigles, buses, …), Falconidés (faucons), Strigidés (hiboux, chouettes, …) et Laridés

(goélands, mouettes, …).

La Figure 26 est une carte de l'Europe sur laquelle figure tous les cas de trichinellose chez des

Oiseaux entre 2008 et 2017, avec le nom de la famille d'Oiseau concernée précisée en légende.

Le plus grand nombre de cas de trichinellose ont été répertoriés en Finlande, avec 2 Accipitridés

sur 95 testés, 2 Falconidés sur 35 testés et 1 Strigidé sur 29 testés entre 2013 et 2017 (67-69, 4,

46). En Suède, deux chouettes hulotte (Strix aluco, Strigidés) sur 38 prélevées étaient porteuses

de Trichinella entre 2008 et 2011 (78). En Italie, T. pseudospiralis a été détecté chez un Oiseau

d'une espèce non précisée en 2016, sachant que plus de 2300 individus avaient été prélevés

entre 2008 et 2017.

78

Aucun cas n'a été déclaré en Pologne, en Slovaquie et au Royaume-Uni, qui ont prélevé

respectivement 4, 153 et 3 Oiseaux entre 2008 et 2017 (90, 51).

Figure 26 – Cas de trichinellose chez des oiseaux en Europe entre 2008 et 2017 Les données proviennent des articles de l'EFSA de 2015 à 2018 (67-69, 4, 46), de Hurnikova et al.

(78), de Merialdi et al. (91), et de Badagliacca et al. (51) Les pays en bleu ont rapporté des cas de trichinellose, alors que les pays en gris ont testé des oiseaux

sans résultat positif. Le nombre de cas est indiqué à côté du symbole correspondant à la famille d'oiseau testée (voir légende sur la carte). Les années de prélèvement sont données entre parenthèses.

Les résultats semblent montrer une diminution des cas humains de trichinellose en Europe à

partir de 2009. Elle peut être liée à l'amélioration des mesures sanitaires dans les pays les plus

touchés par la maladie, comme la Roumanie, la Bulgarie et les Balkans. En Croatie, des mesures

de dératisation et de surveillance de Trichinella chez les rongeurs, ainsi que l'élimination des

carcasses de porc positives au parasite, ont permis de diminuer le nombre de cas humains entre

4. Discussion des résultats

a. Trichinellose humaine

79

1999 et 2009 (52). En Serbie, une diminution par 7 du taux d'infection a été notée entre 2001

et 2010 (101).

Dans les espèces animales généralement consommées par l'Homme, le porc et le sanglier sont

les plus souvent responsables de trichinellose.

L'infection de Ruminants, et notamment de moutons, par Trichinella est réalisable

expérimentalement (119). Des infections naturelles de bœufs, moutons et chèvres ont été

signalées en Chine dès les années 1980 (120). Des épidémies de trichinellose humaine liée à la

consommation de viande de moutons et de bœuf ont également éclatées en Chine, mais jamais

en Europe (121). La surveillance de Trichinella à l'abattoir chez les Ruminants n'étant en général

pas réalisée en Europe, cela pourrait être à l'origine d'un danger pour les consommateurs,

notamment pour les viandes tartares, consommées crues.

Chez les poules, seul T. pseudospiralis est capable de réaliser un cycle entier

expérimentalement, mais aucune épidémie n'a été reliée à la consommation de volailles en

Europe (122).

On peut noter une absence d'épidémie de trichinellose lié à la viande de cheval en UE ces dix

dernières années, alors qu'elle était responsable de centaines de cas dans les années 90. Cela

est peut-être dû à des mesures plus strictes vis-à-vis de la consommation de viande de cheval.

Comme vu dans la première partie de cette thèse, tous les chevaux sont examinés à l'abattoir

dans les pays de l'UE. Les muscles prélevés, qui étaient anciennement les mêmes que chez le

porc, ont été modifiés car la langue et le diaphragme sont les muscles privilégiés par les larves

de Trichinella chez le cheval. La quantité de muscle prélevée a aussi été augmentée à 10 g (123).

La seule épidémie potentiellement liée à la viande de cheval mentionnée dans les articles s'est

déroulé en Serbie, qui n'est pas membre de l'UE donc non soumise aux mêmes règlementations

(101).

Les données récoltées concernant les cas humains de trichinellose en UE sont assez fiables

puisque cette maladie est une zoonose à déclaration obligatoire dans la grande majorité des

pays de l'UE. Les articles de cette revue systématique étaient toujours en accord avec les

rapports de l'EFSA, à laquelle sont transmis tous les cas des pays membres. Lors des seuls

exemples de désaccord entre des articles de la revue et l'EFSA, les articles ont mentionné moins

de cas que l'EFSA pour une année donnée. Cela peut s'expliquer par la publication des articles

avant la fin de l'année concernée, contrairement aux rapports de l'EFSA qui sont publiés l'année

suivante.

Seuls quelques pays européens hors de l'UE transmettent leurs données épidémiologiques à

l'EFSA : la Suisse, la Norvège, et parfois l'Islande. Les autres pays n'ont pas publié d'articles sur

leurs cas de trichinellose dans la période d'étude excepté la Serbie, ou alors ces articles n'ont

80

pas été trouvé par la méthode utilisée dans cette thèse. Ces éléments font que les résultats

pour l'Homme sont absents chez ces pays, qui sont : l'Ukraine, la Biélorussie, la Moldavie, le

Monténégro, la Bosnie Herzégovine, le Kosovo et l'Albanie.

i. Chez le porc

Les cas porcins de trichinellose sont les plus nombreux en Roumanie, Bulgarie et Serbie. Cela

est compatible avec le taux assez élevé de cas humains de trichinellose dans ces pays. Une

diminution des cas porcins à partir de 2009 en Europe est à noter, et peut s'expliquer par les

mêmes raisons données pour la diminution des cas humains.

Le principal facteur de risque pour la trichinellose chez le cochon domestique est l'absence de

conditions d'hébergement contrôlées dans les élevages (68). Les élevages de porcs plein-air

semblent donc poser plus de risques vis-à-vis de l'infection par Trichinella, ce qui peut

s'expliquer par la possibilité de retrouver des carcasses d'animaux morts dans les enclos

extérieurs. L'augmentation des élevages de ce type dans les pays européens pourrait faire

augmenter le nombre de cas de trichinellose porcine, mais l'examen systématique des

carcasses de porcs plein-air à l'abattoir rend le risque d'infection humaine négligeable.

Les résultats présentés concernant la prévalence de la trichinellose chez le porc sont

considérés assez fiables. En effet, l'examen quasi-systématique des carcasses rend

l'échantillonnage de bonne qualité, et la transmission des résultats à l'EFSA par les pays est dans

l'ensemble bien respectée. Cependant, certains articles étaient en contradiction, avec

notamment des cas supplémentaires par rapport aux données de l'EFSA. Cela peut laisser

penser que d'autres cas ont pu être manqué par l'agence européenne.

De même que pour les résultats concernant l'Homme, des données sont manquantes pour les

pays suivants : l'Ukraine, la Biélorussie, la Moldavie, le Monténégro, la Bosnie Herzégovine, le

Kosovo et l'Albanie.

ii. Chez le sanglier

Les pays les plus touchés par la trichinellose chez le sanglier sauvage sont : la Bulgarie, la

Roumanie, les pays baltes, la Pologne, et l'Espagne. On retrouve des zones déjà touchées par la

trichinellose porcine et humaine (Bulgarie, Roumanie), mais aussi d'autres moins touchées

(Espagne, Pologne et pays baltes). Comme nous le verrons plus loin, les pays baltes et la Pologne

ont des taux de trichinellose élevés dans le reste de la faune sauvage, ce qui peut expliquer un

taux élevé chez le sanglier sauvage.

b. Trichinellose chez les animaux

81

Une diminution des cas chez le sanglier sauvage sur toutes l'Europe semble apparente, mais

elle peut s'expliquer par le manque de données transmises par la Roumanie dans les dernières

années de la période étudiée. En effet, la Roumanie est un grand pays et est en général très

touché par la trichinellose.

La Finlande, la Lituanie, la Bulgarie, et la Roumanie sont les pays avec les plus de cas de

trichinellose chez les sangliers d'élevage. Il y a un manque de données dans certains pays

concernant les sangliers d'élevage, ce qui peut venir du peu d'élevage de ce type dans ces pays

(Estonie, Lettonie, Belgique, Croatie, Hongrie, Slovénie, Slovaquie, …). Peu de conclusions

peuvent donc être tirées de ces résultats.

L'ordre de grandeur des prévalences de Trichinella est plus élevé pour les sangliers sauvages

que pour les sangliers d'élevage : 10-3 à 10-1 % pour le sanglier d'élevage, comparé à 10-3 à plus

de 10 % pour le sanglier sauvage. Cela peut être expliqué par l'accès plus important à de la

viande infectée des sangliers sauvages.

L'échantillonnage des sangliers varie beaucoup selon les pays, ce qui rend la fiabilité des

données présentées dans le Tableau II très hétérogènes. En effet, certains pays n'ont pas de

programmes réglementés de surveillance de la faune sauvage, d'autres n'ont pas de grandes

populations de sangliers ou de tradition de consommation de sangliers.

iii. Chez le renard

On retrouve parmi les pays touchés par Trichinella chez le renard beaucoup de ceux touchés

chez le sanglier (Finlande, Roumanie et pays baltes). Il est important pour ces pays de bien

protéger leurs porcs élevés en plein-air, car ils ont un plus fort risque de contamination étant

donné la prévalence de Trichinella dans la faune sauvage.

L'ordre de grandeur des prévalences de la trichinellose chez le renard est compris entre 10-2

et plus de 50 % selon les pays, ce qui est très hétérogène.

Certaines données sur la trichinellose chez le renard n'ont pas été transmises à l'EFSA mais

étaient présentes dans d'autres articles de cette revue. De nombreuses données n'étaient pas

disponibles à cause du manque de programme de surveillance dans le pays concerné. La qualité

des résultats est donc assez hétérogène entre les différents pays. Cependant, le renard étant

présent dans toute l'Europe, il est considéré comme une bonne espèce sentinelle pour la

surveillance de Trichinella. La charge de données est donc plus conséquente que pour les autres

espèces de la faune sauvage, excepté le sanglier.

82

Le renard n'est pas consommé par l'Homme, mais il pose un risque de propagation de la

trichinellose aux sangliers et porcs élevés en plein-air, qui sont des denrées alimentaires. En

effet, des carcasses de renard sont parfois consommées par les sangliers ou les porcs mal

protégés. Les programmes de surveillances sont donc importants pour déterminer les zones les

plus à risques.

iv. Chez le chien viverrin

Le chien viverrin est une espèce invasive qui conquiert peu à peu l'Europe vers l'Ouest, et il

possède des taux de trichinellose parfois très importants. De la viande de chien viverrin a été

impliquée dans des cas humains de trichinellose en Corée en 1998 (121). Malgré une

consommation très rare de cette espèce en Europe, le risque d'infection humaine est toujours

présent.

Le chien viverrin a une charge larvaire en Trichinella plus importante que d'autres espèces, ce

qui en fait un bon agent de propagation. De plus, il héberge les 4 espèces de Trichinella

présentes en Europe, et notamment T. pseudospiralis dans une proportion assez élevée. Dans

les résultats de cette thèse, une proportion de 1.8 % de larves identifiées étaient d'espèce T.

pseudospiralis chez le chien viverrin, alors qu'aucune n'a été détectée chez les autres

carnivores. Certains auteurs considèrent que l'augmentation du nombre de cas de trichinellose

dus à T. pseudospiralis en Europe est liée en partie à la propagation du chien viverrin (124). Ces

éléments rendent cette espèce importante à surveiller, or le manque de données sur le sujet

est apparent dans cette revue systématique. En effet, des pays où le chien viverrin est présent,

comme la Roumanie et la Hongrie, n'ont pas mené de surveillance ces 10 dernières années alors

que ces études seraient pertinentes.

v. Chez l'ours

La prévalence de Trichinella chez l'ours en Europe semble assez faible par rapport à d'autres

animaux sauvages, étant donné son statut de carnivore. Cette espèce n'est de plus pas très

répandue en Europe, ce qui en fait un outil de surveillance de la trichinellose dans la faune

sauvage de qualité moyenne. Cependant, c'est un animal qui est parfois consommé par

l'Homme et qui n'est pas inspecté quand c'est le cas. Une épidémie de trichinellose a été reliée

à la consommation de viande d'ours en UE en 2014 (68). Il est donc important pour les pays

concernés par la présence de l'ours d'avoir des programmes de surveillance adaptés, pour

connaitre les zones à risque et prévenir la population.

Les informations sur la trichinellose chez l'ours proviennent en majorité des rapports de

l'EFSA, qui considère l'espèce comme un hôte important pour Trichinella. Les rapports sont

donc assez complets pour cette espèce. Cela n'empêche pas un manque de données dans des

83

pays où vit l'ours comme l'Espagne, et des données peu fiables car issues de mauvais

échantillonnages dans de nombreux pays.

vi. Chez le loup

Des prévalences de Trichinella très élevées (de 4.6% à 100%) chez le loup peuvent s'expliquer

par le fait que le loup est un carnivore plus strict que le renard ou le chien viverrin. Il est au

sommet de la chaine alimentaire. Il n'est cependant pas considéré comme une espèce très

importante dans la surveillance de la trichinellose car il n'est ni consommé par l'Homme, ni très

répandu en Europe. De plus, il semble s'approcher moins de l'Homme que le renard par

exemple, ce qui limite les risques de contaminer des exploitations de porcs. Etant donné le haut

taux de trichinellose chez le loup, il est tout de même important de détruire leur carcasse quand

cela est possible pour limiter la propagation aux autres espèces sauvages tels que les sangliers.

Il manque des informations sur les pays où le loup est présent en grande quantité comme la

Slovaquie, la Roumanie, la Bulgarie et l'Espagne. L'EFSA ne le considère pas comme important

pour la trichinellose donc les rapports ne possèdent pas de données utilisables pour les années

2008 et 2009. Les résultats présentés ne sont souvent pas très fiables étant donné

l'échantillonnage insuffisant souvent pratiqué. Ce manque de données est regrettable puisque

le loup est en expansion en Europe, et pourrait devenir un hôte de Trichinella important à

surveiller.

vii. Chez le chien

Les résultats disponibles montrent que les taux de trichinellose chez le chien peuvent être

élevés (autour de 15 %). Le chien peut donc être une source de contamination pour l'Homme,

bien que la cynophagie soit très anecdotique en Europe. La consommation de viande de chien

est décrite en Slovaquie et en Suisse dans certains cantons, mais les sources l'affirmant ne sont

pas très fiables (48). La surveillance de Trichinella dans cette espèce ne semble donc pas une

priorité.

Très peu de données sont disponibles sur la trichinellose chez le chien : seuls deux articles sur

les 73 de la revue systématique s'y intéressaient. Les résultats sont obtenus par ELISA pour un

des articles, or ce n'est pas la méthode la plus spécifique. L'exploitation des résultats pour la

trichinellose chez le chien n'est donc pas facile.

84

viii. Chez le chacal doré

Une prévalence de Trichinella assez haute (autour de 15 %) est présente chez le chacal doré.

Son comportement alimentaire proche de celui du renard fait qu'il s'approche des zones

habitées et pourrait faire le lien entre cycle sylvestre et cycle domestique du parasite (125).

C'est donc un hôte qui peut faciliter la propagation de la trichinellose. Sa viande a été à l'origine

de cas humain de trichinellose en Algérie, il est donc important d'informer les chasseurs de ces

dangers (126).

Peu de données étaient disponibles et l'échantillonnage était insuffisant en général pour cette

espèce, car elle est peu connue. Les résultats présentés ne sont donc pas très fiables. Les

populations de chacals dorés sont cependant en expansion en Europe, ce qui en fait une espèce

importante à surveiller.

ix. Chez le cheval

Très peu de cas de trichinellose ont été rapportés chez le cheval entre 2008 et 2018. Il faut

cependant continuer la surveillance stricte de cette espèce car une seule carcasse peut infecter

des centaines de personnes.

Tous les chevaux destinés à la consommation humaine en UE sont examinés à l'abattoir pour

vérifier l'absence de larves de Trichinella. La fiabilité des résultats semble donc bonne pour les

pays de l'UE. Pour les pays hors de l'UE, il y a un manque de données regrettable, étant donné

l'existence d'une épidémie possible en Serbie en 2010.

x. Chez les Ruminants

Très peu de données sont disponibles sur la trichinellose chez des Ruminants dans les articles

de cette revue, car leurs carcasses ne sont pas examinées à l'abattoir et les programmes de

surveillance chez les Ruminants sauvages sont rares. Une surveillance plus poussée serait peut-

être nécessaire étant donné l'existence d'épidémies de trichinellose humaines liées à ces

animaux. Il est étrange que des épidémies de ce genre n'aient pas été rapportées en Europe,

vu que de la viande de bœuf crue y est régulièrement consommée sous forme de steak tartare,

et que les carcasses n'y sont pas examinées. Cela peut s'expliquer par une meilleure biosécurité

des élevages de Ruminants en Europe par rapport à la Chine, où les épidémies ont été décrites.

Des études supplémentaires sur la sensibilité à l'infection chez les Ruminants par Trichinella

serait intéressant.

85

xi. Chez le castor

Le castor est un herbivore mais peut se contaminer en mangeant accidentellement de la

viande en même temps que les plantes. Cette espèce est mangée dans certaines parties de

l'Europe où le castor n'est pas protégé par la loi. En Lettonie par exemple, il est chassé et peut

se retrouver dans des assiettes. L'ingestion de castor est donc un moyen possible de

contamination de l'Homme par Trichinella (99).

Les données disponibles sur le castor ne provenaient que de 5 articles, et ne concernent pas

tous les pays qui les hébergent. Etant donné la consommation de cette espèce par certaines

populations en Europe, une surveillance plus étendue de la trichinellose pourrait être utile chez

le castor. L'éducation des consommateurs de castor vis-à-vis de la cuisson de la viande est

importante.

xii. Chez les Oiseaux

T. pseudospiralis se retrouve chez des rapaces diurnes et nocturnes en Europe. Le nombre de

larves de cette espèce de Trichinella découvertes est en augmentation. Cela peut s'expliquer

par le remplacement de la trichinoscopie par la digestion artificielle comme méthode principale

de détection, mais aussi par la colonisation de l'Europe par le chien viverrin. En effet, la

proportion de T. pseudospiralis est plus élevée chez cette espèce que chez les autres présentes

en Europe (124). Les Oiseaux sont porteurs de ce parasite et sont capables d'effectuer de

grandes distances, ce qui en fait de bon agents de propagation. En Grande-Bretagne, la

première larve de T. pseudospiralis a été retrouvée dans un renard en 2013. C'était la première

larve de Trichinella découverte chez la faune sauvage en plus de 50 ans sur cette île. Cette

découverte laisse penser qu'un oiseau a pu y introduire cette espèce de Trichinella, étant donné

le peu d'accès à cette zone pour d'autres animaux infectés (84).

L'introduction de T. pseudospiralis en Italie est peut-être récente, puisqu'aucune larve n'avait

été trouvée sur plus de 2000 Oiseaux testés entre 2006 et 2014 (91, 51).

La question à laquelle s'efforce de répondre cette thèse sous forme de revue systématique

est celle de l'épidémiologie de la trichinellose en Europe de 2008 à 2018. C'est une question

d'étude assez large, puisqu'elle ne se concentre pas sur un seul hôte ou un seul pays et que

l'épidémiologie est un sujet à plusieurs aspects. De ce fait, le tri des articles selon la pertinence

a été difficile et certains ont pu être faussement considérés comme non pertinents. De plus, les

revues systématiques sont à la base un outil pour évaluer une réponse à des questions précises,

et notamment avec des données quantitatives. Certains des résultats présentés dans cette

thèse sont qualitatifs, comme les modes de contamination de l'Homme par Trichinella. Les

5. Discussion générale sur la revue systématique

86

parties synthèse des résultats et analyse statistique des revues systématiques ne sont donc pas

très adaptés à la question de cette thèse.

Le choix de bib.cnrs comme site de recherche des articles a permis d'obtenir facilement des

études issues de nombreuses bases de données et donc d'être assez exhaustif. Cependant, ce

site n'est pas accessible à tous, ce qui fait que la recherche des articles n'est pas très

reproductible par d'autres chercheurs.

De nombreuses grilles d'évaluation existent pour les revues systématiques, et le choix en est

difficile. Une grille s'intéressant à la santé publique a été choisie pour cette thèse, mais une

autre concernant l'épidémiologie ou avec des moyens plus précis de reconnaitre les biais aurait

pu être tout aussi judicieuse.

Un biais possible de cette revue systématique peut venir de l'évaluation des articles, qui n'a

été réalisée que par un seul assesseur au lieu des deux recommandés. Si un article scientifique

devait être réalisé à partir du travail effectué dans cette thèse, le tableau complet d'évaluation

des articles devrait être comparé à celui d'un autre assesseur complètement indépendant.

En pratique, peu de résultats des articles choisis pour la revue ont été écartés vis-à-vis de leur

qualité, alors qu'il en existait un certain nombre de qualité médiocre. Cela est dû au manque de

données pour certaines espèces, comme pour le cerf et les oiseaux pour lesquels (55) et (91)

respectivement ont été utilisés malgré leur qualité médiocre.

Les rapports de l'EFSA sur les zoonoses en Europe sont les sources de données principales

pour la plupart des résultats de cette revue. On peut se demander l'intérêt d'une revue

systématique sur la trichinellose étant donné l'existence de rapports déjà assez complets sur le

sujet. Cependant, l'évaluation des articles montre que ces rapports sont de qualité fluctuante

au cours des années. Les rapports concernant les années 2008 à 2012 ne détaillent pas les cas

de trichinellose présent dans la faune sauvage dans les espèces autres que le renard, l'ours et

le chien viverrin. Certains cas décrits dans les articles n'étaient pas présents dans les rapports

de l'EFSA, alors qu'ils étaient de sources sûres, ce qui laisse penser que certains pays ne

transmettent pas tous leurs résultats. La revue systématique de cette thèse permet donc de

compléter les rapports annuels, notamment vis-à-vis des espèces où il manque des

informations comme le castor, le chacal doré et le loup. Le fait de s'intéresser à une période de

10 ans au lieu d'un an permet également d'évaluer des tendances dans le temps chez certains

des hôtes quand les données sont suffisantes.

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99

ANNEXES

Annexe 1 - Grille MetaQAT d'évaluation des articles, modifié et traduit depuis Rosella et al. (49)

Question de l'étude :

1. Evaluation de la pertinence 2. Evaluation de la fiabilité

Premier auteur

Année de publication

Titre de l'article

Est-ce que l'article s'intéresse à un sujet pertinent pour le problème envisagé dans l'étude ? - L'utilité de l'article est-elle bien justifiée ? (Par exemple, s'il y a une lacune dans la littérature) - Est-ce que les résultats de l'article peuvent s'appliquer au problème envisagé ? - A quel point la population ou le cadre de l'article est-il semblable au votre ? - La conception de l'article est-elle appropriée pour la méthode envisagée ?

Commentaires généraux sur la pertinence :

a) L'étude est-elle présentée clairement ? -Les raisons de faire l'étude sont-elles clairement indiquées ? L'étude se focalise-t-elle sur un problème clairement défini ? -La conduite de l'étude est-elle clairement décrite ? -Tous les résultats pertinents sont-ils inclus ? -Le contexte des résultats est-il présenté et traité convenablement ? -Présence d'une déclaration de conflit d'intérêt ? -L'étude peut-elle être reproduite avec les informations données ?

b) La méthode d'étude et les résultats sont-ils bien décrits ? -La méthodologie décrit-elle la population étudiée, et les résultats ? -Toutes les sources d'information sont-elles bien identifiées ? -Les critères d'exclusion et d'inclusion sont-ils définis ? L'échantillonnage utilisé ? -Les méthodes statistiques sont-elles décrites ? S'il y a lieu, les résultats sont-ils rapportés dans des tableaux cohérents avec ceux qui étaient dans la section "résultats" ? -Les méthodes (détection, identification) pourraient-elles être reproduites avec les informations fournies ?

Commentaires généraux sur la fiabilité ?

100

3. Evaluation de la validité 4. Evaluation de l'applicabilité

a) La méthodologie de l'article est-elle appropriée pour la portée/étendue de l'étude ? - La question de l'étude est-elle en accord avec la conception/ le dessein de l'article ? - La méthodologie de l'article correspond-elle à la théorie et à la conception de l'étude ? - Les méthodes statistiques sont-elles appropriées pour l'objectif ?

b) La méthodologie de recherche est-elle exempte de biais ? - Y avait-il des sources majeures de biais concernant : Le design de l'article L'inclusion/exclusion de participants ? La mesure de prévalence ? Les sources de données ? L'analyse ? - Tous les facteurs importants pour l'interprétation ont-ils été pris en compte ? - Les résultats de l'article sont-ils cohérents ? - Les résultats fortuits peuvent-ils être écartés ? - Les analyses sont-elles bien menées ?

c) Les conclusions de l'auteur sont-elles claires et explicites ? - Les résultats sont-ils concluants ? - Les conclusions sont-elles clairement déduites des résultats ? (Transparence) - Les éventuelles incohérences sont-elles discutées ?

d) Peut-on être sûr des résultats ? - Y a-t-il des erreurs majeures de méthodologie qui pourraient limiter la validité des résultats ? (Elles ont pu être identifiées dans a) et b)) - Les résultats de l'article sont-ils similaires au reste de la littérature ? Sinon, les raisons pour ces différences sont-elles expliquées ?

Commentaires généraux sur la validité ?

Les résultats peuvent-ils être utilisés dans le cadre de la santé publique ? - Les résultats de l'article peuvent-ils être interprétés dans le contexte de la santé publique ? - Y a-t-il d'autres conséquences pour la santé publique qui n'ont pas été inclus ? - Les résultats peuvent-ils être appliqués à des mesures de santé publique, vu leur validité et pertinence ?

Commentaires généraux sur l'applicabilité ?

101

Annexe 2 - Cas humain de trichinellose en Europe de 2008 à 2017 (Taux : correspond au nombre de cas pour 100 000 habitants ; le degré de couleur croissant selon le taux et le nombre de cas a été obtenu grâce à la fonction "mise en forme conditionnelle" de Excel)

Données provenant des rapports EFSA de 2008 à 2017 (62-69, 4, 46), sauf les données en gras qui viennent de : Balic et al. (52) pour la Croatie et de Sofronic-Milosavljevic et al. (101) pour la Serbie.

Pays 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017

Autriche Taux 0 0 0,06 0,01 0 0 0 0 <0,01 0,03

Nombre cas 0 0 5 1 0 0 0 0 2 3

Belgique Taux 0,05 0 0,03 0 0 <0,01 0,14 0 0 0

Nombre cas 5 0 3 0 0 1 16 0 0 0

Bulgarie Taux 0,9 5,35 0,19 0,36 0,41 0,49 0,83 0,31 0,49 0,77

Nombre cas 67 407 14 27 30 36 60 22 35 55

Chypre Taux 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Nombre cas 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


Taux 0 0 0 0 0,01 0 0 0 0 0

Nombre cas 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0

Croatie Taux 0,02 0,95 0,14 N/A N/A 0 0,07 0,07 0,12 0,51

Nombre cas 1 41 6 N/A N/A 0 3 3 5 21

Estonie Taux 0 0 0 0 0 0 0 0,15 0 0

Nombre cas 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0

Finlande Taux 0 0 0 0 0 0 0 0,02 0 0

Nombre cas 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0

France Taux <0,01 <0,01 0 <0,01 0 0 0 <0,01 <0,01 0,01

Nombre cas 3 9 0 2 0 0 0 3 3 8

Allemagne Taux <0,01 <0,01 <0,01 <0,01 <0,01 0,02 <0,01 <0,01 <0,01 0

Nombre cas 1 1 3 3 2 14 1 3 4 0

Grèce Taux 0 N/A 0,04 0 0 0 0 0 0 0,01

Nombre cas 0 N/A 4 0 0 0 0 0 0 1

Hongrie Taux 0,05 0,1 0 0 0 0 0 0 0 0

Nombre cas 5 9 0 0 0 0 0 0 0 0

Irlande Taux 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Nombre cas 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Italie Taux 0 <0,01 N/A 0,01 0,05 N/A 0,01 0,06 0,01 0,01

Nombre cas 0 1 N/A 6 33 N/A 4 36 5 4

Lettonie Taux 0,2 0,4 0,4 2,24 2,01 0,54 0,25 0,2 0,05 0,05

Nombre cas 4 9 9 50 41 11 5 4 1 1

Lituanie Taux 0,9 0,6 2,31 0,89 0,93 0,2 0,17 0,72 0,03 0,32

Nombre cas 31 20 77 29 28 6 5 21 1 9

Luxembourg Taux 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Nombre cas 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Malte Taux 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Nombre cas 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Pays-Bas Taux 0,01 0,01 0 0,01 0 0 0 0 0 0

Nombre cas 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0

Pologne Taux 0,01 0,05 0,04 0,03 <0,01 0,01 0,02 <0,01 0,01 0,02

Nombre cas 4 18 14 10 1 4 6 1 4 9

Portugal Taux 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0,01

Nombre cas 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1

102

Pays 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017

Roumanie Taux 2,3 1,23 0,38 0,5 0,7 0,58 1,11 0,28 0,13 0,24

Nombre cas 503 265 82 107 149 116 221 55 26 48

Serbie Taux 2,3 0,68 1,52 N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Nombre cas 166 50 111 N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Slovaquie Taux 0,3 0 0,04 0,24 0,09 0,09 0 0,02 0,02 0,02

Nombre cas 18 0 2 13 5 5 0 1 1 1

Slovénie Taux 0,05 0,05 0 0,05 0,05 0,05 0 0 0 0

Nombre cas 1 1 0 1 1 1 0 0 0 0

Espagne Taux 0,1 0,02 0,02 0,04 0,02 0,05 <0,01 0,01 0,03 0,01

Nombre cas 27 7 10 18 10 23 1 3 12 5

Suède Taux 0 0 0 0 0 0 0,01 0,01 0,02 0

Nombre cas 0 0 0 0 0 0 1 1 2 0

Royaume-Uni

Taux 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Nombre cas 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Suisse Taux N/A 0,05 0,01 0 0,01 0,01 0 0,02 0 0,01

Nombre cas N/A 4 1 0 1 1 0 2 0 1

Norvège Taux 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Nombre cas 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Islande Taux N/A N/A N/A N/A N/A 0 0 0 0 0

Nombre cas N/A N/A N/A N/A N/A 0 0 0 0 0

Europe Taux 0,16 0,16 0,06 0,05 0,06 0,05 0,07 0,03 0,02 0,03

Nombre cas 837 839 340 268 301 217 319 156 101 169

103

Annexe 3 - Prévalence de Trichinella chez les porcs en Europe 2008-2017, d'après l'EFSA (62-69, 4, 46)

(Le gradient de couleur croissant selon le taux de positifs a été obtenu par la fonction "mise en forme conditionnelle" de Excel)

Tous les porcs ont été pris en compte, qu'ils soient issus d'élevage industriels ou plein-air. Les données en gras et rouge en contradiction avec l'EFSA viennent de :

Zamora et al. pour l'Espagne (110), Boutsini et al. pour la Grèce (57), Bandino et al. pour l'Italie (53),Nicorescu et al. pour la Roumanie (94).

Les données en gras et blanc viennent d'un article qui n'est pas en contradiction, mais en complément de l'EFSA : Sofronic-Milosavjevic et al. pour la Serbie (101).

Pays 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017

Autriche 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Belgique 0 0 0 N/A 0 0 0 0 0 0

Bulgarie 0,0035 0,013 0,0009 0,0050 0,0029 0,00051 0,00042 0 0,0018 0,00020

Chypre N/A 0 0 0 0 0 0 0 0 0


0 0 0 0 0 0 0 N/A 0 0

Croatie N/A N/A N/A N/A N/A 0 0,0079 0,00065 0,00096 0,00036

Danemark 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Estonie 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Finlande 0 0 0,00004 0 0 0 0 0 0 0

France 1,2E-05 0 0,00015 0,00058 0,00067 0,00010 0 0 0,00069 0,00037

Allemagne 3,2E-05 0 1,7E-06 4,0 E-06 1,7E-06 0 0 0 0 0

Grèce 0 0,00024 0,00039 0,0021 0,0026 0 0 0 0 0

Hongrie 0 0,0054 0 0 0 0 0 0 0 0

Irlande 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Italie 0 0 9,4E-05 0 1,0E-05 1,0E-05 1,0E-05 0 0 0

Lettonie 0 0 0 0,001 0 0 0,00024 0 0 0

Lituanie 0,0013 0,0013 0,0022 0,0010 0,00026 0,0011 N/A 0,00012 0 0

Luxembourg 0 0 0 0 0 0 N/A 0 0 0

Malte N/A 0 0 0 N/A 0 0 0 0 0

Pays-Bas 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Pologne 0,00034 7,3E-05 0,00006 4,0E-05 7,0E-05 4,1E-04 8,8E-05 3,6E-05 7,13E-05 1,35E-05

Portugal 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Roumanie 0,033 0,0087 0,0043 0,0076 0,0048 0,0049 0,0070 0,0018 0,0033 0,0026

Serbie 0,05 0,03 0,02 N/A N/A N/A N/A N/A N/A N/A

Slovaquie 0,00018 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Slovénie 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Espagne 2,0E-04 1,6E-04 5,0E-06 2,1E-05 2,8E-04 1,4E-04 3,9E-05 7,5E-06 4,8E-06 4,45E-04

Suède 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Royaume-Uni

0 0 0 0 0 N/A N/A 0 0 0

Suisse 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Norvège 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Islande N/A N/A N/A N/A 0 0 0 0 0 0

Europe 6,70E-04 2,1E-04 9,00E-05 1,73E-04 1,56E-04 2,25E-04 1,04E-04 6,02E-05 1,01E-04 1,12E-04

104

Annexe 4 - Grille PRISMA pour revue systématique, traduite de l'anglais depuis Moher et al. (127)

"NC" signifie "Non concerné" si la revue n'est pas concernée pour ce point

Section -sujet # Critères de contrôle Page #

TITRE

Titre 1 Identifier l'étude en tant que revue systématique, méta-analyse, ou les deux.

p. 1 (titre)

ABSTRACT

Résumé structuré

2

Fournir un résumé structuré comprenant : contexte, objectifs, sources de données, critères d'éligibilité des études, méthode d'évaluation et de synthèse, participants, résultats, limites, conclusions et conséquences des résultats clés, numéro de registre de la revue systématique.

En partie,

(Résumé)

INTRODUCTION

Raisonnement 3 Décrire les raisons pour réaliser la revue et le contexte de ce qui est déjà connu.

(Introduction)

Objectifs 4 Fournir des questions explicites en référence aux : participants, comparaisons, conséquences, et design de l'étude.

(Introduction)

METHODES

Protocole et enregistrement

5 Indiquer si un protocole de revue existe, s'il est accessible (adresse internet par exemple). Si disponible, fournir le numéro d'enregistrement de la revue.

NC

Critère d'éligibilité

6 Spécifier les caractéristiques des articles étudiés (années considérées, langage, statut de publication, …) utilisées comme critères d'éligibilité, en donnant le raisonnement.

C/ 2. a.

Sources d'information

7 Décrire toutes les sources d'information (bases de données, contact avec les auteurs : pour la recherche et date de la dernière recherche.

C/ 2. a.

Recherche 8 Présenter la stratégie de recherche électronique pour au moins une des bases de données utilisées, afin de permettre sa reproduction.

C/ 2. a.

Sélection des études

9 Donner le procédé de sélection des études (filtres, tri, éligibilité, …) inclues dans la revue systématique, et si applicable, la méta-analyse.

C/ 2. a.

Procédé de collecte des données

10 Décrire la méthode d'extraction des données des articles (protocole vierge) et les procédés utilisés pour obtenir et confirmer des données des chercheurs.

C/ 2. b.

Elément de données

11 Lister et définir toutes les variables pour lesquelles des données ont été recherchées et toutes les simplifications ou hypothèses formulées.

Non fait

Risque de biais des articles

12 Décrire les méthodes utilisées pour évaluer le risque de biais des articles, et comment cette information est utilisée pour la synthèse des données.

p.32-35, p.44

C/ 2. c. et b.

Mesures pour le résumé

13 Donner les principales mesures pour le résumé (risque relatif, différence de moyennes, …).

NC

Synthèse des résultats

14 Décrire les méthodes de traitement des données et de combinaison des résultats. Si applicable, inclure mesures de cohérence (I²) pour chaque méta-analyse.

C/ 2. d. et e.

105

Section -sujet # Critères de contrôle Page #

Risque de biais à travers les études

15 Spécifier les évaluations de biais qui peuvent affecter les résultats cumulés (comme un biais de publication, biais de sélection des articles).

NC

Analyses additionnelles

16 Décrire les méthodes d'analyses additionnelles (analyse de sensibilité, méta-régression, …). Si réalisées, indiquer lesquelles étaient pré-spécifiées.

NC

RESULTATS

Sélection des articles

17 Donner le nombre d'études triées, évaluées pour éligibilité, et inclues dans la revue, avec les raisons pour exclusion à chaque étape. Idéalement avec un diagramme. .

C/ 2. a.

Figure 8

Caractéristiques des études

18 Pour chaque étude, donner les caractéristiques pour lesquelles des données ont été extraites (taille de l'étude, période d'étude, …) et fournir les citations.

Non fait

Risque de biais au sein des articles

19 Présenter les données sur les risques de biais pour chaque étude, et si disponible, les évaluations des conséquences.

Tableau 1 et C/ 2. d.

Résultats des articles individuels

20

Pour tous les résultats considérés, présenter pour chaque article : (a) un résumé simple des données pour chaque groupe concerné, (b) estimation des conséquences et intervalles de confiance, avec un graphique en forêt si possible.

Non fait

Synthèse des résultats

21 Présenter les résultats de chaque méta-analyse réalisées, confidence intervalles et tests d’hétérogénéité inclus.

En partie, C/ 3.

Risque de biais transversal aux études

22 Présenter les résultats de l’évaluation du risque de biais transversal aux études (voir item 15).

Non fait

Analyses additionnelles

23 Décrire les méthodes d'analyses additionnelles, si réalisées (analyse de sensibilité, méta-régression, …). Voir item 16.

NC

DISCUSSION

Résumé des atouts ou limites des résultats

24

Résumer les principaux résultats, ainsi que leur niveau de preuve (atout ou limite) pour chacun des principaux critères de résultat ; examiner leur pertinence selon les publics concernés (par exemple : établissements ou professionnels de santé, usagers et décideurs).

En partie,

C/ 4.

Limites 25

Discuter des limites au niveau des études et de leurs résultats (par exemple : risque de biais), ainsi qu’au niveau de la revue (par exemple : récupération incomplète de travaux identifiés, biais de notification).

C/ 4. Et C/ 5.

Conclusions 26 Fournir une interprétation générale des résultats dans le contexte de littérature déjà établie, et les impacts pour de futures revues.

C/ 4. Et C/ 5.

FINANCEMENT

Financement 27 Indiquer les sources de financement de la revue systématique et toute autre forme d’aide (par exemple : fourniture de données) ; rôle des financeurs pour la revue systématique.

NC

106

Annexe 5 - Grille PRISMA pour abstract appliquée pour le résumé de la thèse en 4ème de couverture, traduit de l'anglais et modifié depuis Beller et al. (128)

Dans la colonne "présence" : "En partie" si seule une partie des informations sont présentes, "NC" (Non concerné) si la revue n'est pas concernée pour ce point

TITRE LISTE DE VERIFICATION PRESENCE

1. Titre Identifier l'étude en tant que revue systématique, méta-analyse, ou les deux.

OUI

CONTEXTE

2. Objectifs : La question de l'étude comportant les éléments suivants : participants, interventions, …

OUI

METHODES

3. Critères d'éligibilité :

Les caractéristiques de l'étude étant utilisés comme critères d'inclusion.

OUI

4. Sources d'information :

Les bases de données utilisées et les dates de recherche. En partie

5. Risque de biais : Méthodes d'évaluation des biais. OUI

RESULTATS

6. Etudes inclues : Nombre et type d'études inclues, participants et informations pertinentes sur les études.

En partie

7. Synthèse des résultats :

Résultats pour les principales issues, préférablement en indiquant le nombre d'études pour chacune.

En partie

8. Description des répercussions :

Type de répercussions, et importance de ces répercussions dans des termes explicites pour les cliniciens et les patients.

En partie

DISCUSSION

9. Atouts et limite des résultats :

Bref résumé des atouts et limites des résultats (imprécision, risque de biais, incohérence, autre littérature contradictoire)

OUI

10. Interprétation : Interprétation générale des résultats et implications importantes.

En partie

AUTRE

11. Financement : Source principale de financement pour la revue. NC

12. Registration : Numéro de registration et nom du registre. NC

CHEYREZY Abélia

EPIDEMIOLOGIE DE LA TRICHINELLOSE EN EUROPE DE 2008 A 2018 : UNE

REVUE SYSTEMATIQUE

Thèse d’Etat de Doctorat Vétérinaire : Lyon, le 13 décembre 2019

RESUME : Cette thèse est une revue systématique s'intéressant à l'épidémiologie de la trichinellose

en Europe de 2008 à 2018. Soixante-treize articles concernant l'épidémiologie de la trichinellose dans

les pays d'Europe, quel que soit l'hôte concerné, ont été trouvés sur le site bib.cnrs.fr après plusieurs tris

de pertinence. L'évaluation de la qualité des articles a été réalisée grâce à la grille MetaQAT, spécialisée

sur les études liées à la santé publique.

La prévalence de la trichinellose humaine semble en diminution à partir de 2009, mais elle reste présente

chez une majorité des pays européens, et notamment la Roumanie, la Serbie et la Bulgarie. La prévalence

de Trichinella chez le porc et le sanglier, qui sont les principales sources de contamination de l'Homme,

sont assez faibles. Aucune épidémie liée à la viande de cheval n'a été déclarée, alors qu'il était une source

importante historiquement. Les mesures de prévention mises en place en Europe sont donc assez

efficaces. Les carnivores sauvages (renard, loup, ours, …) sont les hôtes les plus touchés par Trichinella,

surtout en Finlande et dans les pays baltes. Le chacal doré et le chien viverrin, qui sont des espèces

méconnues en train de coloniser l'Europe, sont notamment concernés. Peu de données concernant les

herbivores et les Oiseaux étaient disponibles. Une meilleure surveillance de certaines espèces, ainsi que

l'éducation des chasseurs qui pourraient les consommer ou disséminer leur carcasse sont donc conseillés.

Les résultats présentés sont fiables pour les hôtes principaux, mais incertains pour des espèces comme

le castor et le rat. La plupart des résultats proviennent des rapports de l'EFSA sur les zoonoses, qui sont

de qualité hétérogène selon les espèces concernées. Mais l'intérêt de cette revue est de synthétiser la

réponse à une question large, en s'intéressant aussi à certains de ses aspects méconnus.

MOTS CLES :

- Trichinella - zoonose

- épidémiologie - revue systématique

JURY :

Président : Madame la Professeure Martine Wallon

1er Assesseur : Monsieur le Professeur Lionel Zenner

2ème Assesseur : Madame la Professeure Delphine Thévenot Sergentet

DATE DE SOUTENANCE : 13 décembre 2019

ADRESSE DE L’AUTEUR :

22 rue de la Fontaine

07150 BESSAS

Documents

EPIDEMIOLOGIE DE LA TRICHINELLOSE EN EUROPE DE 2008 …vetagro sup campus veterinaire de lyon année 2019 - thèse n° … epidemiologie de la trichinellose en europe de 2008 a 2018