MVE20 - Biodiversité et Ecologie fonctionnelle des ...enseignementsuperieur.mnhn.fr/sites/depf.mnhn.fr/files/documents/... · Connaissance des approches moléculaires de la microbiologie

Mention : Evolution, Patrimoine naturel et Sociétés

Spécialité : MVE Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé Titre du Module : MVE20 - Biodiversité et Ecologie fonctionnelle des microorganismes (MVE20 / 5V618_BIODIV) Responsable(s) : Isabelle Florent (MNHN) & Julie Leloup (UPMC) Organisation de l’UE :

Semestre ECTS CM (h) TD (h) TP (h) Nb de semaines

Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 6 0 12 0 2 60 18

Objectifs de l’UE : Ce module a pour objectifs de présenter une vision globale des microorganismes sur les plans taxinomique, structural et écologique : archées, bactéries, cyanobactéries et grands phyla eucaryotes (e.g. protistes, champignons). Les cours porteront sur la diversité moléculaire et fonctionnelle de ces microorganismes ainsi que sur leurs rôles dans le fonctionnement des écosystèmes et les cycles bio-géochimiques à différentes échelles. Mots-clés : Diversité microbienne, eucaryotes et procaryotes, taxinomie, milieux aquatique et terrestre. UE d’analyse scientifique. Compétences visées : Vision globale de la diversité des microorganismes – notions de taxonomie. Répartition des microorganismes dans les écosystèmes, interactions biotiques et abiotiques, rôle dans le fonctionnement des écosystèmes. Pré-Requis : Biologie des organismes, grands domaines du vivant, biologie cellulaire, procaryotes, eucaryotes, notions d’écosystèmes. Mode de validation : Examen écrit (40% de la note) et présentation orale (60% de la note) d'une analyse scientifique de 3 articles sur un thème en lien avec l’UE, élaborée avec un tuteur. Contact(s) : [email protected] & [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé Titre du Module : MVE21 - Caractérisation, rôle et valorisation des m olécules microbiennes (MVE21 / 5V611_MOLMIC) Responsable(s) : Soizic Prado & Séverine Zirah (MNHN) Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 6 0 9 3 2 60 18

Objectifs de l’UE : Ce module s’articule autour d’un volet « molécules microbiennes » portant sur la diversité des métabolites secondaires d’origine microbienne (antibiotiques, peptides antimicrobiens, toxines) et sur le criblage et la valorisation de ces composés, et un volet méthodologique dédié aux techniques d’isolement et de caractérisation structurale (méthodes chromatographiques, spectrométrie de masse résonance magnétique nucléaire). Mots-clés : Chimie, métabolites secondaires, écologie chimique, valorisations, méthodes spectroscopiques. Compétences visées : - Molécules microbiennes et applications environnementales - Méthodes d’isolement et de caractérisation structurale des médiateurs chimiques - Substances naturelles, découverte et applications thérapeutiques - Écologie chimique, communication et compétitions microbiennes Pré-Requis : Master 1 de Chimie, Biochimie ou Biologie. Mode de validation : Un examen final sur table sanctionnera la validation des acquis (sans document). Contact(s) : Séverine Zirah : [email protected] & Soizic Prado : [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé Titre du Module : MVE22 - Génomique Environnementale et Applications Biotechnologiques (MVE22 / 5V655_GENOTECH) Responsable(s) : Raphaël LAMI, Maître de Conférences UPMC, Observatoire de Banyuls/Mer Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 6 0 15 15 2 60 18

Objectifs de l’UE : Les approches récentes et haut débit d'analyse de la diversité spécifique et fonctionnelle des microorganismes de l'environnement est au coeur de nombreux enjeux de recherches fondamentales et appliquées. Dans cette unité d'enseignement, nous proposons de passer en revue ces outils, leurs méthodes d'applications, et leurs intérêts pour comprendre la place des microorganismes dans leur environnement : pyroséquençage, métagénomique, approches bioinformatiques et phylogénétiques pour l'analyse de ces importants jeux de données. Dans une deuxième étape, nous proposons d'examiner les perspectives d'applications biotechnologiques de ces outils dans des laboratoires industriels. Mots-clés : Biodiversité microbienne Génomique environnementale Valorisation des microorganismes UE de projet Compétences visées : Connaissance des approches moléculaires de la microbiologie environnementale et de leurs applications biotechnologiques. Pré-Requis : Pas de pré-requis indispensable. De bonnes bases en microbiologie et biologie moléculaire sont recommandées. Mode de validation : Examen écrit et examen oral, portant sur les cours/TD/TP proposés et par projet Contact(s) : Raphaël LAMI : [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé Titre du Module : MVE23 - Qualité des milieux aquatiques et risques m icrobiologiques (MVE23 / 5V645_AQUAMICRO) Responsable(s) : Fabien Joux (MC, UPMC) & Julia Baudart (MC, UMPC) Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 6 0 15 20 2 60 18

Objectifs de l’UE : Les milieux aquatiques sont soumis à la pression croissante des pollutions (microbiologiques et chimiques) générées par les activités anthropiques. Ces pollutions ont de lourdes conséquences sur la qualité écologique du système (eutrophisation), l’économie touristique (insalubrité, nuisances), les productions aquacoles (mortalités, interdiction de ventes) et sur la santé humaine (présence de microorganismes opportunistes et pathogènes ou prolifération d’algues toxiques). Cette unité d'enseignement aborde sous la forme d'ateliers pratiques les thématiques du dysfonctionnement écologique, de la biodépollution, de l’écotoxicologie microbienne, ainsi que de la qualité microbiologique des milieux aquatiques. Mots-clés : Eutrophisation, biodépollution et écotoxicologie microbiennes. Microorganismes pathogènes, opportunistes ou toxiques, milieux aquatiques. Compétences visées : Former les étudiants sous la forme d'ateliers pratiques, aux techniques d’étude de la dégradation de polluants, pour la détection de microorganismes d’intérêt sanitaire par des méthodes innovantes, ainsi qu'à des tests microbiens écotoxicologiques. Pré-Requis : Connaissances générales en microbiologie. Mode de validation : Examen écrit (60 points) et compte rendu de TP (40 points). Contact(s) : Fabien Joux : [email protected] & Julia Baudart: [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé Titre du Module : MVE24 - Ecotoxicologie (MVE24 / 5V619_ECOTOX) Responsable(s) : Katia Comte,Cécile Bernard, Laurent Coen (MNHN) Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 6 0 10 0 2 60 18

Objectifs de l’UE : Présentation de la diversité des toxines naturelles produites par les organismes procaryotes et eucaryotes ainsi que des contaminants liés aux activités humaines. Les effets à différentes échelles du vivant seront abordés (molécules, cellules, organismes, populations, écosystèmes). Un volet portera sur l’évaluation et l’analyse des risques, les réglementations en cours et les modèles de biosurveillance avec des interventions de partenaires socio-économiques ou d’agences d’évaluation des risques. Mots-clés : Contaminants, toxines, venins, impacts cellulaires, moléculaires, organismes et écosystèmes, évaluation et gestion des risques. Compétences visées : Aperçu de la multidisciplinarité dans le domaine écotoxicologique. Recherche fondamentale (niveaux d'investigation) et appliquée (évaluation et gestion des risques). Pré-Requis : Aucun obligatoire. Mode de validation : Ecrit (analyse d'articles + questions de cours) = 3h. Contact(s) : Katia Comte : [email protected] Cécile Bernard : [email protected] Laurent Coen : [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé Titre du Module : MVE25 - Valorisation des travaux de recherche & Tec hnologies du Vivant (MVE25 / 5V73_VALO) Responsable(s) : Hélène Salin (MNHN) Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 3 0 6 0 1 30 18

Objectifs de l’UE : Les objectifs sont : - sensibiliser les étudiants à l'importance de valoriser les travaux de recherche ; - leur présenter les différentes possibilités de valorisation et les moyens disponibles pour mettre en œuvre de tels projets (propriété intellectuelle, dépôt de brevets, transfert de technologie, création de start-up etc) ; - leur faire découvrir le monde de l'entreprise lié aux technologies du Vivant et les débouchés professionnels associés. Mots-clés : Valorisation de la recherche, propriété intellectuelle, technologies du vivant, création d'entreprises. Compétences visées : Mettre en application lors de leur activité de recherche les notions abordées. Pré-Requis : Aucun. Mode de validation : Travail personnel à rendre. Contact(s) : Hélène Salin : [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé Titre du Module : MVE26 - Transfert de gènes in vivo (MVE26 / 5V83_TRANSGEN) Responsable(s) : Laurent Coen & Marie-Stéphanie Clerget-Froidevaux (MNHN) Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 3 0 6 21 1 30 18

Objectifs de l’UE : L'objectif est de permettre aux étudiants d’aborder différents aspects de l'étude de la régulation transcriptionnelle d'un gène par transfert de gènes in vivo. Cette étude porte sur les régulations induites par les hormones thyroïdiennes en parallèle chez deux modèles animaux, la souris (mammifère) et le xénope (amphibien). Nous analyserons, d’une part, l’implication des hormones thyroïdiennes au cours de la métamorphose chez le têtard et, d’autre part, leur implication dans la mise en place des régulations chez le nouveau-né de souris. Ces deux modèles nous permettront d’aborder les notions de régulation positive et négative de la transcription par une hormone. Mots-clés : Transfert de gènes somatique in vivo, régulations transcriptionnelles, récepteurs nucléaires, ARN interférence, hormones thyroidiennes, système intégré. Compétences visées : Connaissance d'outils d'analyse des régulations transcriptionnelles induites par des hormones; notion de mécanismes d'action des récepteurs nucléaires (notion de facteurs de transcription) et des autres facteurs impliqués dans la machinerie transcriptionnelle. Pré-Requis : Aucun, une mise à niveau sur les notions nécessaires est faite le 1er jour. Mode de validation : Note de participation (note d'oral). Examen écrit : analyse de résultats semblables à ceux obtenus durant la semaine. Contact(s) : Laurent Coen : [email protected] & Marie-Stéphanie Clerget-Froidevaux : [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé Titre du Module : MVE27 - MVE14 - Vidéo microscopie, microscopie conf ocale et imagerie numérique (MVE27 / 5V84_IMAGIN) Responsable(s) : Marc Gèze Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

2,3 3 8 6 16 1 30 18

Objectifs de l’UE : Le contenu de ce module est essentiellement une approche pratique des outils et méthodes permettant la visualisation des structures et compartiments cellulaires par microscopie de fluorescence. Une série de cours permettra d’acquérir les notions de bases du domaine. Au centre de microscopie, différents marquages d’échantillons biologiques (cellules en culture) seront réalisés, puis les différentes préparations seront observées sur deux microscopes à fluorescence (champ large avec acquisition multi-dimentionnelle et confocal). Les étudiants participeront à l'acquisition des images en 2D et 3D. En salle informatique ils réaliseront le traitement (y compris la déconvolution) et l’analyse des images avec des logiciels libres sous Linux. Mots-clés : Microscopie photonique Confocal Fluorescence Déconvolution Traitement et analyse d'images Imagerie cellulaire Compétences visées : Cet atelier a pour objectif de donner des bases de microscopie de fluorescence et des notions d'imagerie numérique. Il sera montré, à partir d'exemples, l'ensemble de la chaîne d'acquisition, de traitement et d'analyse d'images. Pré-Requis : Aucun pré-requis n'est exigé pour suivre cette unité d'enseignement. Mode de validation : Ce module sera évalué par un examen écrit (2 heures) et un rapport écrit à rendre ultérieurement. Contact(s) : Marc Gèze : [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé Titre du Module : MVE28 - Physiologie intégrative des microorganismes (MVE28/5V691_PHYMICRO) Responsable(s) : Raphaël Lami & Fabien Joux (UPMC) Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 6 0 10 30 2 60 18

Objectifs de l’UE : Après avoir exposé les différents intérêts d’étudier des modèles microbiens, nous présenterons les techniques de transformation, inactivation de gènes, suivi de l’expression de gènes en continu ainsi que les approches de transcriptomiques et de protéomiques. Ces techniques seront illustrées par différentes études à visée biotechnologiques, écophysiologique, ou de bioremédiation. En deuxième partie de cette UE, nous aborderons les mécanismes de la communication cellulaire et les voies de signalisation chez les microorganismes qui sont au cœur de nombreuses problématiques de recherche en biologie cellulaire et dans les sciences de l'environnement et possèdent de nombreux prolongements biotechnologiques. Mots-clés : Modèles microbiens, physiologie, communication cellulaire, voies de signalisation. Compétences visées : Génétique microbienne, écophysiologie, applications biotechnologiques, bioremédiation. Pré-Requis : Connaissances en microbiologie et génétique. Mode de validation : Examen écrit (50 pts) / Examen oral (25 pts) / compte-rendu de TP (25 pts). Contact(s) : [email protected] & [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé Titre du Module : MVE29 - Ecologie microbienne du Sol et biorémédiati on (MVE29 / 5V690_ECOBIOME) Responsable(s) : Julie Leloup (UPMC) Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 3 30 0 0 1 30 18

Objectifs de l’UE : Cette UE est une introduction à l’écologie microbienne des écosystèmes terrestres. Les microorganismes jouent un rôle essentiel dans le fonctionnement des écosystèmes en assurant une part importante de la production de matière organique et du recyclage des éléments. Cette UE permet d’acquérir de solides connaissances sur la biodiversité bactérienne dans les sols, le rôle fonctionnel de ces communautés dans le recyclage des nutriments et dans le fonctionnement de l’écosystème, et les interactions fortes entre les différents compartiments des écosystèmes terrestres (plantes, champignons, structure du sol et impacts des changements globaux). Mots-clés : Biodiversité microbienne terrestre Impacts changements globaux Biorémédiation Interactions Procaryotes-Eucaryotes Compétences visées : Connaissances sur la biodiversité bactérienne dans les sols, le rôle fonctionnel de ces communautés dans le recyclage des nutriments et dans le fonctionnement de l’écosystème, et les interactions fortes entre les différents compartiments des écosystèmes terrestres. Pré-Requis : Aucun pré-requis n'est exigé pour suivre cette unité d'enseignement. Mode de validation : Examen écrit. Contact(s) : Julie Leloup : [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MES Microbiologie, Environnement, Santé & M2-MCT Molécules et Cibles Thérapeutiques Titre du Module : MVE30 – Metabolites secondaires microbiens : de l’e xploration des génomes à la caractérisation structurale (MVE30 / 5 V97_METASTRUCT (ex-ISABIO)) Responsable(s) : Soizic Prado & Séverine Zirah (MNHN) Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 3 3 18 9 1 30 18

Objectifs de l’UE : Ce module est consacré aux méthodes séparatives et spectroscopiques permettant l’isolement et la caractérisation structurale de métabolites secondaires (petites molécules, peptides, protéines). Mots-clés : Méthodes séparatives, Méthodes spectrométriques, RMN, MS, Modélisation moléculaire, Caractérisation structurale. Compétences visées : - Apprentissage des différentes méthodes séparatives pour la purification de métabolites secondaires (petites molécules, peptides). -Analyses de traitement de données obtenues par spectrométries RMN et MS pour la caractérisation structurale de métabolites secondaires. Pré-Requis : Master 1 de Chimie, Biochimie ou Biologie. Mode de validation : Les participants présenteront à l’oral par binôme, en fin de formation, la description structurale d’un métabolite secondaire ou d’un peptide à partir de données expérimentales. Contact(s) : Soizic Prado : [email protected] & Séverine Zirah : [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé Titre du Module : MVE31 - Principes de Bioinformatique Appliqués a l’ Écologie Microbienne (MVE31 / 5V692_PBEM) Responsable(s) : Marcelino Suzuki (UPMC) Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 3 12 18 0 1 30 20

Objectifs de l’UE : Pour répondre au besoin d’analyse de l’immense quantité de donnés de séquences d'ADN produit par des techniques de séquençage de nouvelle génération, et aussi pour appliquer ces données pour comprendre l’écologie des microorganismes dans l’environnement, ce cours a comme objectifs d'initier les étudiants aux principes fondamentaux de l'informatique (système basés sur UNIX, ‘shell’, scripts informatiques ...) et de l'analyse bioinformatique (récupération de données, ‘parsing’, alignement et comparaison de séquences, analyse de communautés … ) en se concentrant sur des outils les plus pertinents pour la microbiologie environnementale. Mots-clés : Bioinformatique Phylogenie Ecologie des communautées Sequençage de Nouvelle Generation Scripting, UNIX, blast Qiime, mothur, arb, phylip, Mr Bayes Compétences visées : Principes d’informatique, scripts Alignement récupération et création de bases de données de séquences (arb) Analyse de données rRNA par séquençage de nouvelle génération Phylogénie (arb, Phylip Mr Bayes) Analyse de communautés microbiennes (Qiime) Pré-Requis : Aucun Mode de validation : Examen écrit Contact(s) : Marcelino Suzuki : [email protected] & Sophie Sanchez Ferandin : [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé Titre du Module : MVE32 - Risques microbiologiques naturels ou provoq ués (MVE32/5V668_RIMINAP) Responsable(s) : Vincent Maréchal (UPMC) Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 6 60 0 0 2 60 45

Objectifs de l’UE : Présenter certains faits marquants concernant l'exposition des populations aux risques microbiens (maladies émergentes, maladies infectieuses vectorielles, résistance aux antibiotiques, bioterrorisme etc.), les méthodes d'analyse et de protection (politiques vaccinales, confinement des laboratoires, épidémiologie etc.). Mots-clés : Maladies émergentes, virus à transmission vectorielle, bactéries pathogènes, épidémiologie, biosécurité. Compétences visées : Appréhender les risques microbiens dans leurs multiples dimensions, notamment sociétales, comprendre leur dynamique et les approches d'évaluation du risque. Pré-Requis : Connaissances générales sur les micro-organismes pathogènes (virus, bactéries, parasites et champignons) Mode de validation : Examen rédactionnel sur question de cours + résumé d'une conférence. Contact(s) : Vincent Maréchal : [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé, M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques Titre du Module : MVE33 - Production de protéines recombinantes (MVE3 3 / 4V263) Responsable(s) : Sylvie Collin (UPMC) Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

1,2 3 4 6,5 25,5 1 36 24

Objectifs de l’UE : Les objectifs de cette unité d’enseignement sont de familiariser les étudiants avec les différents systèmes d’expression procaryotes et eucaryotes utilisés à l’heure actuelle, de les familiariser avec les problèmes rencontrés dans certains cas, en particulier avec les protéines membranaires ou toxiques. Il s’intéresse aux méthodes qui peuvent être mises en place pour optimiser la production en fonction de l’objectif de la sur-expression. Cet enseignement est construit comme une formation « clé-en-main » permettant aux stagiaires de mettre en place dès la fin de la semaine une stratégie d’expression recombinante adaptée, qui va du choix du système d’expression à la purification de la protéine. Mots-clés : Protéine recombinante, Escherichia coli, levure, cellule d'insecte, baculovirus, gateway, étiquette, IMAC, virus, solubilité, traductibilité, codon. Compétences visées : Savoir définir un objectif scientifique, évaluer la pertinence des systèmes possibles, choisir une (des) stratégies d'expression, mettre en place la stratégie de clonage/recodage si nécessaire, réaliser les premiers tests d'expression, identifier les problèmes, proposer des solutions. Pré-Requis : Connaître la structure d’un gène, la transcription et ses signaux, l’épissage et la maturation des ARN, la traduction, la structure des protéines. Mode de validation : Examen écrit (/60) et compte-rendu de TP en binôme ou seul (/40). Contact(s) : Sylvie Collin : [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé Titre du Module : MVE34 - Valorisation de la recherche – Application à l’industrie et la recherche (UPMC) (MVE34 / 5V067) Responsable(s) : Alain SÉZEUR (UPMC) Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 30 20 10 0 1 30 20

Objectifs de l’UE : Cette unité d'enseignement a pour but de faire connaître l'environnement social et économique afin de favoriser la valorisation des recherches, de connaître la réalité du fonctionnement des industries de santé et de la création d’entreprise innovante. A l'heure des concentrations de l'industrie pharmaceutique et biomédicale, la valorisation se professionnalise or, souvent, les innovateurs connaissent mal les procédures pour protéger leurs innovations par des brevets et ont des difficultés à trouver un industriel susceptible de développer leurs inventions. Cette unité d'enseignement a pour but de professionnaliser les partenariats recherche-entreprise. Mots-clés : Environnement socio économique, réglementation biomédicale, valorisation de la recherche , industries de la santé. Compétences visées : Volonté d’intégrer sa future démarche professionnelle en prenant en compte le contexte économique et réglementaire qu’impose la recherche biomédicale appliquée, volonté de collaborer efficacement à un partenariat recherche / industrie ou volonté de mieux connaître le monde industriel biomédical. Pré-Requis : Volonté d’intégrer sa future démarche professionnelle en prenant en compte le contexte économique et réglementaire qu’impose la recherche biomédicale. Mode de validation : Obligation de présence à tous les cours de l'enseignement + résumé de 1 conférence dont le thème est donnés à la fin des cours. Contact(s) : Secrétariat : Lydie FERON /Secrétariat DUGBM : [email protected] , [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé Titre du Module : MVE35 – Stage (MVE35 / 5V90) Responsable(s) : Linda Duval (MNHN), Raphaël Lami (UPMC), Cécile Bernard (MNHN) & Fabien Joux (UPMC) Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

4 30 0 0 0 22 0 18

Objectifs de l’UE : Le 2ème semestre de M2-MES sera consacré à un stage pratique (de recherche ou professionnalisant) en cohérence avec la formation suivie, permettant à l’étudiant de bénéficier d’une meilleure connaissance pratique du laboratoire, et éventuellement de nouer des contacts pour une future insertion professionnelle. Le stage devra permettre de démontrer les aptitudes de réflexion et les capacités techniques et méthodologiques des étudiants, confrontés à une question scientifique ou technique inédite. Mots-clés : Stage pratique. Compétences visées : Stage pratique dans un laboratoire de recherche ou de R&D d’établissements publics à caractère scientifique et technologique (ex. CNRS, INRA, IRSTEA, Universités), d’établissements publics à caractère administratif (ex. ANSES, ONEMA) ou d’entreprises (ex. Véolia, EDF). Pré-Requis : Etudiants ayant déjà une formation en microbiologie avec un intérêt pour l'environnement, le monde industriel et le domaine de la santé. Mode de validation : 3 ECTS : rapport et soutenance d’un projet scientifique. 27 ECTS : rapport et soutenance finaux du stage. Contact(s) : [email protected] [email protected] [email protected] [email protected]

Mention : Evolution, Patrimoine naturel et Société s

Spécialité : MVE Parcours : M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques Titre du Module : MVE36 - Molécules et Cibles Thérapeutiques (MVE36 / 5V104_MCT) Responsable(s) : Séverine Zirah, MNHN & Chahrazade El-Amri, UPMC Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 12 78 30 12 11 29 25

Objectifs de l’UE : Cette UE s'adresse aux étudiants qui sont intéressés par l'interface chimie/biologie. C'est une initiation à la recherche, l'identification et l'étude de cibles thérapeutiques et de molécules actives pouvant les cibler. Les substances naturelles, les approches de chimie combinatoire, le criblage de banques seront abordés dans ce contexte. Les différentes méthodes physico-chimiques d'analyse structurale des cibles et des molécules actives seront exposées. La recherche de nouvelles cibles s’appuiera sur les exemples des consortiums internationaux de Mycobacterium tuberculosis ou VIZIER (enzymes de la réplication de virus à ARN) et les projets de génomique structurale associés, utilisant les méthodes à haut débit. Mots-clés : Génomique structurale Substances naturelles Résistance aux agents thérapeutiques Vectorisation et activation cellulaire de prodrogues Thérapie génique Compétences visées : La pluridisciplinarité de l'enseignement devrait permettre aux étudiants d'acquérir une capacité d'adaptation aux divers environnements qu'ils vont rencontrer au cours de leur cursus et de leur vie professionnelle. Pré-Requis : Aucun pré-requis n'est nécessaire pour suivre cette UE, cependant une sensibilité pour la recherche transversale et pluridisciplinaire est souhaitée. Mode de validation : Un examen écrit qui porte sur les trois axes (chimie, cibles, acides nucléiques). Il sera demandé d'analyser un article scientifique récent. Contact(s) : [email protected]; [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques Titre du Module : MVE37 - Analyse Scientifique (MVE37 / 5V051) Responsable(s) : Séverine Zirah MNHN Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 6 0 0 0 10 6 25

Objectifs de l’UE : Développer les compétences de l'analyse scientifique dans le domaine de la recherche et du développement. A l'issue de cette unité d'enseignement, les étudiants auront acquis une capacité d'analyse permettant d'identifier les point importants des données scientifiques publiées et à les exposer clairement. Ils auront également acquis l'aptitude à résumer et à critiquer des documents scientifiques (articles, projets de recherche, projets de développement, ...) Mots-clés : Analyse scientifique. Compétences visées : Les étudiants suivront un cycle de conférences en rapport avec leur parcours puis réaliseront deux analyses scientifiques. Pré-Requis : Aucun pré-requis n'est exigé pour suivre cette unité d'enseignement. Mode de validation : Deux exposés devant l'équipe pédagogique. Contact(s) : [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques Titre du Module : MVE38 - Projet en Biologie Moléculaire et Cellulair e (MVE38 / 5V091) Responsable(s) : Severine Zirah, MNHN &Chahrazade El-Amri, UPMC Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 6 0 0 0 10 6 25

Objectifs de l’UE : Lors de cette unité d'enseignement, les étudiants devront maîtriser l'élaboration d'un document sur lequel eux-mêmes ou d'autres pourront s'appuyer pour décider de la faisabilité du projet décrit. Ce projet sera en lien avec le stage pratique qu'ils vont faire au cours du quatrième semestre. Mots-clés : Projet scientifique. Compétences visées : Faire une étude bibliographique sur un sujet qui est proposé dans le cadre du stage pratique, montrer l'originalité du projet et préciser les approches expérimentales qui vont être mises en œuvre pour le réaliser dans les délais qui sont donnés. Pré-Requis : Aucun pré-requis n'est exigé pour suivre cette unité d'enseignement. Mode de validation : Le manuscrit sera noté par deux rapporteurs ainsi que l'exposé oral et les réponses aux questions lors de la soutenance devant l'équipe pédagogique. Contact(s) : [email protected] ; [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques Titre du Module : MVE39 - Stage (MVE39 / 5V091) Responsable(s) : Severine Zirah MNHN, Chahrazade El-Amri UPMC Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

4 30 0 0 0 22 0 25

Objectifs de l’UE : Le 2ème semestre de M2-MCT sera consacré à un stage pratique de recherche en cohérence avec la formation suivie, permettant à l’étudiant de bénéficier d’une meilleure connaissance pratique du laboratoire. Le stage devra permettre de démontrer les aptitudes de réflexion et les capacités techniques et méthodologiques des étudiants, confrontés à une question scientifique ou technique inédite. Ces stages pourront s’effectuer à l’étranger pour ceux qui désirent découvrir un environnement différent de celui qu’ils ont pratiqué lors des stages antécédents. Mots-clés : Stage pratique. Compétences visées : Stage pratique dans un laboratoire de recherche ou de R&D d’établissements publics à caractère scientifique et technologique (ex. CNRS, INRA, INSERM, Universités), Industrie pharmacetique, ou bien Biotecs. Pré-Requis : Formation en biologie cellulaire ou moléculaire, chimie des substances naturelles. Mode de validation : 30 ECTS: rapport et soutenance du projet scientifique et des résultats acquis pendant le stage pratique. Contact(s) : [email protected] ; [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques Titre du Module : MVE40 - UE ouverture: Ciblage d’un gène par ARNi et conséquences Fonctionnelles (MVE40 / 5V072_CIBAR) Responsable(s) : Linda Kohl, MNHN Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 30 2 0 28 1 30 12

Objectifs de l’UE : Utiliser différentes méthodes pour générer l’ARN interférence et éteindre l’expression de gènes chez un organisme modèle, le trypanosome. Analyser les conséquences de l’extinction des gènes étudiés sur le comportement des cellules, notamment par microscopie optique et immunofluorescence. Des connaissances sur les mécanismes des l’ARN interférence sont recommandées. Mots-clés : Préparation ARN double brin, transfection, phénotype, immunofluorescence, microscopie optique. Compétences visées : Analyser le phénotype de mutants inconnus. Effectuer une réflexion scientifique. Présenter les résultats. Pré-Requis : Des connaissances sur les mécanismes de l’ARN interférence sont recommandées. Mode de validation : Contrôle continu : 30% Exposé oral: 40% Rapport écrit : 30% Contact(s) : Réservation uniquement via la responsable des ateliers MVE : Mme Séverine Zirah, [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques Titre du Module : MVE41 - UE ouverture: Protéomique et spectrométrie de masse (MVE41 / 5V71_PROS) Responsable(s) : Anne-Laure Guieysse-Peugeot & Danièle Praseuth Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

3 3 0 10 20 1 30 12

Objectifs de l’UE : Aborder l'utilisation d'approches globales en biologie par une étude expérimentale du protéome humain. Ce module se compose : - d'un stage pratique où les étudiants réalisent une électrophorèse bidimensionnelle, les spots sont ensuite excisés, traités puis analysés en vue de l'identification par spectrométrie de masse. Les résultats obtenus sont interprétés à l'aide de banques de données sur le web ; - de cours sur la protéomique et la spectrométrie de masse ; - d’un TD de spectrométrie de masse ; - d'une analyse en équipe d'un article de recherche en anglais, présentée à l'oral à la fin de l'UE. Mots-clés : Protéomique, Spectrométrie de masse, électrophorèse bidimensionnelle, analyses globales. Compétences visées : Connaissances théorique des techniques de protéomique différentielle et de spectrométrie de masse appliquée aux protéines. Maitrise pratique de électrophorèse 2D et de l'interrogation de banques de données. Analyse critique et présentation orale d'un article scientifique. Pré-Requis : Connaissances de Biologie ou Biochimie de M1. Mode de validation : Présentation d’une analyse d’article oral préparé au cours de l’UE. Contact(s) : [email protected], [email protected]


Spécialité : MVE Parcours : M1-MVE & M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques & M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé Titre du Module : MVE50 - UE d'ouverture : Atelier d'Initiation à la Recherche : Laboratoire Responsable(s) : Philippe Grellier (MNHN) Organisation de l’UE :


Nb heures par

semaine

Effectifs maximum

34 15 0 0 0 12 0 5

Objectifs de l’UE : L'objectif de l’atelier est de proposer une initiation à la recherche de l’étudiant par une immersion directe dans une des équipes d’accueil de la spécialité Mécanismes du Vivant et Environnement. Cette formation a pour but de confronter l’étudiant à la réalité de la recherche autour d’un projet qui lui sera proposé et qu’il devra conduire sous la direction d’un encadrant, s’appuyant sur le/les modèle(s) biologique(s) ou la/les thématique(s) développés par le laboratoire d’accueil. Ce projet peut recouvrir des champs thématiques larges allant de projets de biologie fondamentale en microbiologie par exemple à des projets plus appliqués comme par exemple le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques. Mots-clés : Formation à la recherche en laboratoire. Compétences visées : Conduire des travaux de recherche en laboratoire.Acquisition des bonnes pratiques de laboratoire. Respect des conditions d'hygiène et sécurité. Faire une recherche bibliographique. Pré-Requis : L’étudiant devra avoir un niveau de M1/M2 ou équivalent. Mode de validation : Rapport scientifique (50% de la note) et présentation orale (50% de la note). Contact(s) : Philippe Grellier, UMR 7245 CNRS-MNHN, 61 rue Buffon, 75231 Paris cedex 05, Tél. : 01 40 79 35 10; Fax : 01 40 79 34 99; [email protected]

Documents

MVE20 - Biodiversité et Ecologie fonctionnelle des ...enseignementsuperieur.mnhn.fr/sites/depf.mnhn.fr/files/documents/... · Connaissance des approches moléculaires de la microbiologie