1

Rapport annuel d'activité, année 2015

Laboratoire National de Référence

Listeria monocytogenes

Nom du responsable du LNR

Barre Léna

Nom de l'unité où l'activité du LNR est mise en œuvre, le cas échéant précisez les

noms des unités associées au LNR

USEL

Nom du laboratoire où l'activité du LNR est mise en œuvre, le cas échéant précisez les

noms des laboratoires associés au LNR

LSAl

Nombre de laboratoires agréés et/ou reconnus dans le réseau

85

Précisez la catégorisation du danger (en SA) sinon la justification de l'existence du

LNR (SA, SV et SSA)

Existence d'un LRUE pour Listeria monocytogenes

2

Les faits marquants de l'année

- Marché public pour la sélection d'un prestataire de service en vue de la préparation des

EILA du LNR Lm

- Sollicitation du LNR sur l’évolution de la validation des méthodes certifiées AFNOR suite à

des remontées terrain sur tests de détection/confirmation.

- Actions menée au sein de l’action 3 de l’UMT ARMADA

- Projet France Agrimer filière viande blanche pour le projet « Typage et persistance de

Listeria monocytogenes dans la filière porc.

1. Méthodes développées ou révisées

Nombre de méthodes développées ou révisées proposées à l’autorité compétente

0

Nombre de méthodes développées ou révisées qui sont susceptibles d’être prêtes

pour être proposées à l’autorité compétente au cours de l’année 2016

0

2. Matériels biologiques ou chimiques, échantillons et souches

d'intérêt

Information disponible auprès du LNR

3. Activités d'analyse

3.1. Analyses officielles de première intention

Nombre d'analyses officielles de première intention réalisées dans l'année (de

biotypie, sérotypie, caractérisation moléculaire...)

575

Détaillez ici par type d'analyse de première intention

En 2015, le LNR a réalisé :

- Le sérotypage conventionnel par agglutination de 171 souches

- Le sérotypage moléculaire de 201 souches

- Le typage moléculaire par PFGE avec deux enzymes de restriction de 203 souches

Ces analyses comprennent celles effectuées pour les 69 souches isolées des plans de

contrôle de la DGCCRF (sérotypage moléculaire et typage par PFGE).

3

3.2. Analyses officielles de confirmation

Nombre d'analyses officielles de seconde intention réalisées dans l'année (de

biotypie, sérotypie, caractérisation moléculaire...)

2

Détaillez ici par type d'analyse de confirmation

Sollicitation du LNR Listeria suite à l’alerte DGAl 2015/486. Analyses ayant abouti à la

transmission de 2 rapports émis par l’unité début août 2015 et présentant les résultats

d’analyses moléculaires

Taux de confirmations par type d'analyse (= nombre de résultats confirmés / nombre

d'analyses officielles de seconde intention réalisées)

sans objet

3.3. Autres analyses

Nombre estimé d'autres analyses (non officielles) réalisées dans l'année en lien avec

le mandat de LNR

192

Détaillez ici par type d'autres analyses

En 2015, le LNR a effectué dans le cadre de ses activités de recherche :

Le sérotypage moléculaire de 50 souches

Le typage moléculaire par PFGE avec deux enzymes de restriction de 40 souches

Le typage moléculaire par MLST de 100 souches

2 analyses en microbiologie conventionnelle ont été effectuées

4. Activités de production et de contrôle de matériaux de référence

et de réactifs biologiques

Le LNR produit-il et fournit-il des réactifs ?

Non

4

Le LNR fournit-il des matériaux de référence ?

Non

Le LNR réalise-t-il des contrôles de réactifs commerciaux ?

Non

5. Activités d'expertise scientifique et technique

5.1. Demandes d’expertise scientifique et technique du ministère

(chargé de l’agriculture, santé, etc…) ou d’instances

communautaires et internationales qui concernent votre domaine

de compétence

Nombre de rapports d'EST rendus dans l'année

22

Détaillez ici les demandes d'EST et les noms des mandataires

- Le LNR a répondu à 17 sollicitations du CNR des Listeria et de l’INVS pour l’interrogation

de sa base de données moléculaires dans le cadre d’un dépassement de seuil des cas de

listériose en France.

- Le LNR a également été sollicité une fois par le LRUE Lm dans le cadre d’une demande

officielle du LNR Allemand au réseau de LNRs.

- Le LNR a été sollicité deux fois par la DGAL pour des avis sur critère réglementaire (Reg.

2073/2005) "Listeria monocytogenes" dans les produits de la mer la (Rapport transmis en

juin 2015 à la DGAl-).

- Par ailleurs, une sollicitation a émané de la DGAl pour mener des investigations sur un

milieu de culture chromogène utilisé dans le cadre de méthodes alternatives. Aussi, le LNR

a conduit des essais pour vérifier le milieu de culture en question. En parallèle, il a été

convenu que le LNR Listeria monocytogenes élabore un questionnaire à destination des

laboratoires de contrôle officiel afin de faire un état des lieux des difficultés qu’ils peuvent

rencontrer dans le cadre de l’utilisation de méthodes de détection et dénombrement des Lm

dans les aliments . L’exploitation de ce questionnaire a été transmis à la Dgal.

Pour finir : Avis de l’Anses concernant l’étude de l’évolution de Listeria monocytogenes dans

les fromages de type Cantal - Saisine n° 2014-SA-0149 (avis rendu le 22/05/2015)

5

5.2. Autres expertises

Les membres de l'équipe du LNR peuvent avoir des activités d'expertise (internes:

CES, GT ou externe: EFSA...) ou des activités auprès de commissions de

normalisation (Afnor...). Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est

consacré.

Annie BEAUFORT, Hélène BERGIS, membres de la Commission Afnor V01C « Hygiène »

et de son GT sur les tests de croissance et tests de vieillissement (10 j),

-Annie BEAUFORT, membre du WG 19 de l’ISO/TC 34/SC 9 « Guidelines for conducting

challenge tests » (10 j),

-Annie BEAUFORT, Hélène BERGIS, Laurent GUILLIER, Véronique NOEL, membres du

RMT «Maîtrise de la qualité microbiologique des aliments », (10j)

-Hélène BERGIS membre du WG 17 de l’ISO/TC 34 « Water activity » (6 j)

-Nathalie GNANOU-BESSE chef de projet pour la validation par essais interlaboratoires des

méthodes normalisées EN ISO 11290-1&2 en révision, dans le cadre du Mandat de la CE

au CEN, et animateur du groupe de travail CEN/ISO correspondant (TAG 17 du CEN/TC

275/WG 6). Participation au groupe miroir français de la Commission AFNOR V08B (20

jours)

-Participation de Bertrand LOMBARD aux structures chargées de la normalisation dans le

domaine de la microbiologie des aliments : Commission AFNOR V08B, ISO/TC 34/SC 9

(président), WG 2 « Statistiques » de l’ISO/TC 34/SC 9 (animateur), CEN/TC 275/WG 6 (20

jours)

- Lena BARRE: Nomination comme rapporteur du WG 17 de l’ ISO/TC 34/SC 9 "Sampling

techniques from surfaces of food/feed environment" (révision de la norme ISO 18593). (20

jours)

5.3. Dossiers de demande d'agrément

Nombre de dossiers de demande d'agrément étudiés dans l'année

5

Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est consacré.

En 2015, le LNR a poursuivi la conduite des audits auprès des laboratoires reconnus par la

DGAl pour la réalisation des tests de croissance de Listeria monocytogenes dans les

denrées alimentaires. Quatre audits initiaux ont été menés et un audit complémentaire a été

réalisé. En fin d’année 2015, les 12 laboratoires constituant le réseau étaient audités.

Lors de ces audits, le LNR a évalué l’aptitude de chaque laboratoire à prendre en compte

les données des producteurs et la compétence technique du laboratoire au regard de

l’application de 2 référentiels relatifs à la réalisation des tests de croissance

microbiologiques dans les aliments : la Norme Afnor NF V01-009 (2014) et le Guide

Technique du LRUE Lm (2014).

6

5.4. Activités de conseil aux professionnels

Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est consacré

5 réponses e-mails à des sollicitations (demandes d’informations) du réseau de laboratoires

agréés (e mails)

Le laboratoire de l’ISAE (Institut Agro-environnement) dans le cadre de ses analyses de

typage a souhaité collaborer avec le LNR dans le cadre du projet Typelipo pour la

caractérisation par sérotypage moléculaire de ses souches de manière à définir la méthode

de typage de première intention à mettre en place dans leur centre. Ce travail est en cours

au LNR.

6. Animation du réseau de laboratoires agréés ou reconnus

6.1. Organisation d'EILA

Précisez ici le nombre d'EILA organisés par le LNR au cours de l’année

0

Nom (s) et nombre(s) d'EILA que vous prévoyez d'organiser au cours de l’année 2016

- 2015 : rédaction d’un cahier des charges afin de sélectionner un sous-traitant pour appui

au LNR dans certaines étapes de l’organisation d’un 1er l’EILA dédié à la détection ou au

dénombrement de Listeria dans les aliments.

-2016 : 2 EILA

–1 EILA dans le domaine de la détection de Listeria monocytogenes dans les aliments.

L’EILA sera en partie sous-traité. Principe: sous-traitance partielle

• Sous-traitance : Préparation, caractérisation et envoi des échantillons, collecte et analyse

des résultats

• LNR: garde maîtrise du processus (programmation, suivi des labos non satisfaisants

(actions correctives))

- 1 EILA test de croissance de Lm pour le réseau de laboratoires reconnus pour la

réalisation des tests de croissance dans les denrées alimentaires. Ce 1er EILA sur la mise

en œuvre de ces tests de croissance portera sur la détermination du potentiel de croissance

de Lm dans une denrée alimentaire. Les 12 laboratoires constituant ce réseau seront tenus

de participer à cet EILA conformément à la note de service de la DGAL (N2013-8079).

7

Précisez le nombre d'EIL (hors EILA - dont EILV en lien avec méthodes en cours de

validation telles que précisées dans le paragraphe 1) organisés par le LNR au cours

de l’année

0

Précisez le nombre d'EIL (hors EILA) que vous prévoyez d'organiser au cours de

l’année 2016

0

6.2. Formation, organisation d'ateliers, accueil de stagiaires

Nombre de journées d'échange et de restitution rassemblant les laboratoires agréés

du réseau, organisées dans l'année

1

Détaillez ici ces activités et indiquez le nombre de participants par journée

Première réunion du réseau de laboratoires reconnus pour la réalisation des tests de

croissance dans les denrées alimentaires, le 23 janvier: échanges et présentations entre les

différents partenaires de ce réseau, montrant l’intérêt d’un tel dispositif. (16 participants)

Nombre de sessions de formation des personnels des laboratoires agréés aux

méthodes utilisées pour les contrôles officiels, organisées dans l'année

13

Détaillez ici ces activités et indiquez la durée moyenne des sessions et le nombre de

participants par session

Le LNR a organisé en novembre 2015 (16-17 Novembre) une session de formation sur « La

durée de vie des aliments au regard de Lm ». Huit personnes provenant de 6 laboratoires

reconnus ont participé à ces 2 journées de formation. Le programme de cette formation

conciliait théorie et pratique :

# Cadre réglementaire et référentiels

# Prise en compte des données des producteurs

# Microbiologie prévisionnelle

# Tests de croissance relatifs au potentiel de croissance et au taux maximum de croissance

# Test de vieillissement

# Etude de cas

8

L’appréciation des participants concernant cette formation était positive, jugeant tous « bon

» le fond et la forme du contenu du stage et apportant un jugement « satisfaisant » à « très

satisfaisant » sur la prestation des formateurs.

Le LNR dans le cadre de l’UMT ARMADA a assuré 4 sessions de formation téléphonique

sur l’utilisation des bases de données moléculaires auprès des trois centres techniques

impliqués dans l’UMT. Une session de formation de 3 jours sur la PFGE a été organisé

également pour deux techniciens du laboratoire d’ACTALIA La Roche-sur-Foron.

Le LNR dans le cadre de l’UMT ARMADA a assuré des sessions de formations à la base de

données auprès des centres techniques impliqués. Cinq sessions téléphoniques de

formation ont été organisées en 2014 et une journée et demi de formation à l’Ifip.

Encadrement d’un étudiant de Master II, Maillet A. (Décembre 2014 à Juillet 2015) Analyse

de la diversité génétique de souches «persistantes » de Listeria monocytogenes. Master 2

Diagnostic Microbiologique : Approches innovantes. Université Paul Sabatier, Toulouse III.

Encadrement d’un étudiant de Master II, Djouher Boussaid, Applicabilité de la norme NF EN

ISO 11290-1 pour la détection de nouvelles espèces de Listeria, et impact sur la détection

de Listeria monocytogenes, Master 2, Université de Rouen, 42p. (janv. – juil. 2015).

Encadrement d’un étudiant de Master II, Joséphine Jacques-André-Coquin, Impact de la

fréquence de désinfection sur la survie de Listeria monocytogenes dans les conditions

rencontrées dans les ateliers agro-alimentaires, Master 2, UPMC Sorbonne Universités,

30p. (janv. – juil. 2015).

Le LNR a participé dans le cadre du RMT « Durée de vie microbiologique des aliments» au

développement d’une mallette pédagogique dont le but est de former les inspecteurs et les

opérateurs du secteur agroalimentaire aux outils de détermination, de validation et de

vérification de la durée de vie microbiologique des aliments.

Il a contribué en 2015 aux activités du RMT «Maitrise de la qualité microbiologique des

aliments ».

6.3. EILA auxquels le LNR a participé dans l'année

Détaillez les EILA auxquels le LNR a participé dans l'année, dans le cadre : National;

UE ( EILA organisé par le LRUE); International

L’unité SEL a participé aux 2 EILA de détection et dénombrement de Lm organisés par le

RAEMA, ainsi qu’à l’EILA de dénombrement de Lm organisé par le LRUE : résultats

satisfaisants

Le LNR dans le cadre de l’UMT ARMADA a participé à un EILA organisé par l’IFIP 2015, sur

les trois méthodes de typage : sérotypage, sérotypage moléculaire et PFGE.

9

Au cours du second semestre 2014, le LNR a participé à un EILA organisé par le LRUE sur

les trois méthodes de typage : sérotypage, sérotypage moléculaire et PFGE. L’ensemble

des résultats a été analysé et disponible en avril 2015

7. Participation aux activités de surveillance

7.1 PS/PC

Existe-t-il un ou plusieurs PS/PC élaboré(s) par l'autorité sanitaire dans le champ du

LNR?

Le LNR a reçu et analysé les souches des 4 PC DGCCRF.

7.2 Activités de surveillance hors PS/PC

7.2.1 Dispositif(s) hors PS/PC

Indiquer si le LNR est intégré à un (ou des) dispositif(s) de surveillance (hors PS/PC) ?

Oui

En dehors du dispositif PS/PC de la DGAl préciser si le LNR est intégré à un autre

dispositif (Résapath, Salmonella, Resabeille, ...)

Le LNR reçoit des souches en provenance de laboratoires d’analyses vétérinaires et agro-

alimentaires publics ou privés. L’envoi de ces souches se fait sur la base du volontariat,

excepté pour les souches « alerte-produit DGAl», qui doivent obligatoirement être

adressées au CNR des Listeria (Institut Pasteur) qui les retransmet ensuite au LNR.

Ainsi, compte-tenu du système mis en place, il n’est pas possible de réaliser un bilan de

surveillance des isolats de façon fiable et exhaustive.

Le LNR ainsi que la mission "Alertes et Vigilances" de l’Anses/DER, participent à la Cellule

Listeria, chargée de la coordination de la surveillance nationale des cas humains de

listériose. En particulier, le LNR peut être interrogé par l’InVS et/ou le CNR sur les données

dont il dispose en situation d’investigation de cas groupés de listériose, lorsque le véhicule

alimentaire n’est pas identifié. Le LNR reçoit régulièrement en provenance du CNR toutes

les informations concernant les cas groupés de listériose et leur profil PFGE associé. Le

LNR effectue une comparaison régulière des profils PFGE des souches « alerte produit

DGAl » avec ceux des cas groupés humains investigués sur la même période.

10

La base de données du LNR peut être interrogée en situation d’investigation de cas groupés

de listériose, lorsque les données du CNR sont insuffisantes. Le CNR doit nous

retransmettre régulièrement le profil PFGE des cas groupés si celui-ci est nouveau et

différent de ceux déjà observés. Dans ce cas, le LNR lance une recherche dans sa base

pour identifier d’éventuelles souches présentant le même profil. En 2015, nous avons été

sollicités dans le cadre de 17 signalements différents.

Dans le cadre de l’UMT Armada, la base de données du LNR a été modifiée afin de pouvoir

être ouverte aux centres techniques français impliqués dans la surveillance de souches de

Lm isolées de filières alimentaires spécifiques. Une plateforme informatique a été mise en

place et est opérationnelle depuis fin mai 2013 (http://moleculartyping-db.anses.fr). Pour

anticiper l’ouverture de la future base de données de surveillance moléculaire Européenne

de l’EFSA, la base de données du LNR. En 2015, a été connectée au pilote de la base de

données EFSA. Un premier test de soumission de 45 profils moléculaire a été réalisé, ainsi

que le développement d’un script de conversion des données françaises dans le langage de

la base de données EFSA Foodex 2. Ce travail permettra de potentiellement soumettre sur

les bases de données de surveillance Européenne (Base de données EFSA), toutes les

données moléculaires collectées par le LNR. L’EFSA a envoyé dans le cadre du lancement

de sa base de données une demande officielle aux autorités françaises pour permettre la

soumission des données de surveillance nationales. Une réunion de présentation du

système de base de données EFSA et du système mis en place par le LNR à été faite à la

DGAl, la DGS et la DGCCRF le 17 Septembre 2015.

Trois réunions téléphoniques individuelles ont été effectuées avec l’ADRIA développement

de Quimper, pour former ce centre technique à l’utilisation de la base de données de typage

du LNR ainsi que la réalisation d’une feuille de route pour l’intégration de cet outil dans leur

processus d’analyse PFGE. Tous les centres techniques de l’UMT ont été contactés par un

mail circulaire, pour participer aux sessions de formation. En 2015 trois centres techniques

étaient formés, l’IFIP, ACTALIA la Roche sur Foron et ADRIA développement.

Depuis 2012 et encore en 2015, des données issues de la base de données du LNR ont

alimenté la base de données européenne du LRUE Lm. En 2015 cette base de données a

été utilisée pour la préparation des LNR Européen y compris le LNR Français. La base de

données du LRUE Lm cessera de fonctionner lors de l’entrée en production de la base de

données lancée depuis 2015 par l’EFSA. Le système de base de données développé par le

LRUE Lm est décrit dans l’article : Pulse Field Gel Electrophoresis Methods and Protocols,

K.J.M. Dalmasso, ed. (Springer Protocols, Humana Pres), pp. 9-28).

Le LNR a été sollicitée à plusieurs reprises au cours de l’année 2015 pour rechercher des

profils moléculaires similaires à ceux de souches humaines qui ont fait l’objet d’alertes ou

d’investigations, en France (cf ci-dessus), en Europe et au niveau international.

11

7.2.2 Gestionnaire du dispositif

Indiquer qui est le gestionnaire de ce dispositif de surveillance

Décrit précédemment

7.2.3 unités intégrées dans le dispositif

Préciser si d'autres unités/entités de l'agence sont intégrées dans ce dispositif à vos

cotés

Oui

Lesquelles ?

La mission "Alertes et Vigilances" de l’Anses/LRUELm

7.2.4 Les partenaires et acteurs de ce dispositif de surveillance

Sont acteurs ou partenaires de ce dispositif (plusieurs réponses possibles) :

INVS, CNRS, EFSA, DGAl

7.2.5 Modalités de surveillance

Préciser si ce dispositif repose (plusieurs réponses possibles) :

Sur des modalités de surveillance événementielles (notification de cas par des acteurs de

terrain)

Sur des modalités de surveillance programmées (active)

12

8. Activités de recherche en lien avec l’activité de référence

8.1. Recherches méthodologiques pour la référence

Détaillez ici les recherches méthodologiques que vous avez réalisées dans l'année :

objectifs, partenariats, apports du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels à

projets...

Les différents projets de recherche cités ci-dessous ont pour but de développer des

approches moléculaires innovantes afin d’évaluer la diversité génétique des souches

alimentaires de Listeria monocytogenes.

Partenariat nationaux

Partenariat LNR /Ifip

Dans la continuité du travail réalisé en 2014, un projet intitulé « Typage et persistance de

Listeria monocytogenes dans la filière porc » (juillet 2015-Décembre 2016) a été soumis et a

remporté l’appel d’offre de France –Agrimer en Septembre 2015. L’objectif de ce projet est

de mieux connaître les propriétés des souches persistantes dans les ateliers de

transformation de viande de porc. Pour cela, nous proposons de (1) caractériser la diversité

génétique des souches, isolées de la filière porc, ces vingt dernières années par PFGE et

MLST et (2) d’identifier des marqueurs génétiques associés aux souches persistantes dans

les ateliers. La base de données développée dans le cadre de l’UMT Armada sera utilisée

ici. L’ensemble des résultats obtenus permettra aux professionnels de mieux appréhender le

risque sanitaire lié à L. monocytogenes dans la filière porc, en offrant de nouvelles

perspectives pour le suivi et l’élimination des souches persistantes. A terme, ce travail

permettra le développement de tests moléculaires rapides ciblant ces marqueurs d’intérêt.

Ce projet regroupe l’IFIP partenaire principal du projet et neuf laboratoires collaborateurs

dont deux laboratoires français l’ISAE et Aérial. Le projet prévoit l’analyse du génome de

souches issues de 11 lignées de souches persistantes dans un environnement industriel de

transformation de la viande de porc. L’analyse de ces souches persistantes se fera au

regard de la diversité génétique de plus de 500 souches issues d’aliments à base de viande

de porc collectées par le LNR.

Partenariat LNR/ laboratoires Européens

-Projet de recherche Doctorat européen

Un projet de thèse intitulé « Genomics and Phenomics of Listeria monocytogenes strains of

food origin “est porté par le LNR, depuis Décembre 2013. Pour cela, le LNR a developpé un

partenariat avec deux chercheurs de l’Université Technique du Danemark (DTU)°(Dr

F.Aarestrup, Dr R. Hendriksen). Ces chercheurs font partie du « National Food institute » et

en particulier de la «Division of Bacterial Genomics and Epidemiology ». La thèse, conduite

sous label Européen, est financée par l’Anses. Dans ce cadre presque deux cent souches

13

du LNR appartenant à des complexes clonaux d’intérêt ont été entièrement séquencées.

Les analyses sont en cours, menées en étroite collaboration entre notre laboratoire, le DTU.

Les analyses sur la structure des populations de souches alimentaires de Listeria

monocytogenes, ont mené à la rédaction d’un article qui sera soumis très prochainement

dans Applied and Environnemental Microbiology. Ce travail est prolongé par le séquençage

du génome de 204 souches qui permettront d’approfondir au niveau génétiques les

variations observé au sein des populations de souches alimentaires. Les objectifs principaux

de ce travail sont : la détection de marqueurs génétiques expliquant la différence de

répartition des groupes génétiques des souches isolées d’aliments et de cas cliniques.

- Projets de recherche inscrits dans le programme de travail LRUE

Dans un proche avenir, l'utilisation à large échelle de la technique du séquençage du

génome entier (Whole genome sequencing, WGS) est certainement amenée à supplanter la

PFGE. Cette technique a été utilisée avec succès comme outil d’analyse épidémiologique

de souches de L. monocytogenes (Orsi et al., 2008 ; Gilmour et al., 2010).

Le LRUE a débuté en 2015 un travail de validation des méthodes de séquençage

disponibles à ce jour en comparaison avec la méthode de référence, la PFGE. Ce projet

nécessite de regrouper une diversité importantes de souches reliées épidemiologiquement.

Le LNR a pris part à cette étude ainsi que d’autres laboratoires nationaux et Européens.

-Projet EFSA OC/EFSA/BIOCONTAM/2014/01

De plus, le LNR participe actuellement à un projet Européen de comparaison des données

de séquençage génomique, obtenues par WGS, de souches de L.monocytogenes

prélevées dans différents compartiments de la chaîne alimentaire ou isolées de cas

humains (OC/EFSA/BIOCONTAM/2014/01). Ce projet d’une durée de deux ans a

commencé en octobre 2014. Il s’inscrit dans la continuité d’une enquête européenne

précédemment menée pour estimer la prévalence et les niveaux de contamination dans

trois aliments prêts à consommer: poisson fumé ou mariné, produits de viande et fromages

à pâte molle ou semi-molle. Les données de WGS seront analysées à partir de mars 2015,

au Public Health England (PHE, UK), partenaire de ce projet. Le séquençage de 1156

souches de ce projet a été réalisé. Une base de données regroupant la description

épidémiologique des 818 souches alimentaires et 338 souches cliniques a été constituée.

Le projet est maintenant la phase d’analyse des données obtenues. Il mènera à la rédaction

d’un article dans une revue scientifique internationale à comité de lecture.

-Projet « COMPARE“-Horizon 2020”

De plus, le LNR participe au 8ème programme cadre recherche et développement pour la

période 2014-2020 (Horizon H2020 : « Improving the control of infectious epidemics and

foodborne outbreaks through rapid identification of pathogens ») par le biais du projet

COMPARE. Ce projet, d’une durée de 5 ans est coordonné par le DTU et implique 29

partenaires européens. Ce projet collaboratif COMPARE a pour objectif la mise en place

d’une infrastructure d’échanges d’informations au niveau européen pour la gestion des

épidémies humaines ou animales. Le LNR s’implique dans ce projet, en développant et

validant de nouvelles méthodes de caractérisation utilisables pour l’épidémiologie

moléculaire. Listeria a été retenu parmi les pathogènes transmissibles par les aliments qui

14

doivent faire l’objet d’une étude pilote, avant d’élargir à l’ensemble des bactéries, virus et

parasites, représentant un risque dans la chaine alimentaire.

La première étape de ce projet porte sur l’évaluation de la diversité génétique connues de

chaque pathogènes et le récemment des génomes de référence disponibles.

-Influence des modalités de prise d’essai sur l’incertitude de mesure, et optimisation de la

prise d’essai pour assurer une meilleure représentativité de la contamination de l’échantillon

pour laboratoire

En particulier, l’hétérogénéité de la contamination des matrices alimentaires par Lm a été

étudiée sur différentes catégories d’aliments.

-Etude l’applicabilité de la norme EN ISO 11290 aux nouvelles espèces de listeria.

Récemment, de nouvelles espèces du genre Listeria ont été isolées à partir d'aliments et

d'autres niches environnementales. Les normes en cours de révision incluront à présent

dans leur domaine d’application Listeria spp. car elles peuvent être utilisées comme

indicateurs d’une contamination potentielle par L. monocytogenes.

Dans le cadre de la révision de la norme, il a été nécessaire de vérifier la capacité des

méthodes à récupérer et à détecter les espèces de Listeria nouvellement identifiées. En

particulier, certaines de leur caractéristiques restaient inconnues, telles que: leurs

caractéristiques de croissance et l’aspect des colonies sur géloses d'isolement sélectif, leurs

réactions aux tests biochimiques utilisés pour la confirmation, leur interférence possible

avec la détection de L. monocytogenes.

-Etude de l’impact du poolage sur la détection de Listeria monocytogenes, selon la norme

11290-1

-Evaluation de techniques d’inoculation de matrices solides

-Synthèse bibliographique sur les techniques de confirmation

- Suivi du devenir de Listeria monocytogenes soumise aux stress rencontrés dans les

ateliers agro-alimentaires réfrigérés et étude du transcriptome après application de ces

stress.

L’objectif général du projet est d’utiliser la déshumidification de l’air pour empêcher la

persistance de Listeria monocytogenes dans les ateliers agro-alimentaires réfrigérés tout en

réduisant l’impact environnemental des opérations d’hygiène. Pour cela, nous cherchons la

stratégie de déshydratation la plus destructrice et évaluons le retard de croissance des

cellules survivantes. Des efforts sont ensuite portés sur la compréhension des mécanismes

moléculaires impliqués dans la réponse de la bactérie au stress hydrique mais également

aux autres stress (chimique, salin, etc.) rencontrés dans les ateliers. Il est question

d’identifier des marqueurs de viabilité afin de développer un outil permettant de détecter,

dans les environnements industriels, les cellules non détectables par les méthodes

culturales actuelles (les cellules viables non cultivables ou VNC). Les travaux sur la

recherche des conditions de séchage optimale pour la destruction de L. monocytogenes ont

montré que les principaux facteurs qui affectent la survie est l’amplitude de séchage et la

cinétique de réhydratation. Dans le cas de L. monocytogenes, un séchage à 68% d’humidité

relative suivi d’une réhydratation cellulaire rapide est la condition la plus destructrice. De

15

plus, nous avons montré que le séchage permet une optimisation de l’opération d’hygiène

lorsqu’il est couplé à une étape de nettoyage et désinfection, en réduisant plus fortement la

viabilité des cellules sur les surfaces.

8.2. Recherches associées

Détaillez ici les recherches associées auxquelles vous avez participé dans l'année:

participations à des études cliniques, études d'incidences, modèles d'infections

expérimentales, études toxicologiques, essais vaccinaux...

sans objet

9. Relations avec le CNR

Existence d'un CNR

Oui

Intitulé du CNR

CNR des Listeria

Organisme porteur du CNR

Institut Pasteur

Collaboration dans le cadre de la surveillance, détailler:

Cf ci-dessus

Collaboration dans le cadre de projets de recherche, détailler:

sans objet

Autres collaborations, le cas échéant détailler:

sans objet

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10. Autres mandats

Le LNR détient-il d'autres mandats de référence dans le même domaine de

compétences

Oui

Précisez :

LRUE Listeria monocytogenes

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Annexes

PUBLICATIONS SCIENTIFIQUES INTERNATIONALES

Barre L, Brasseur E, Doux C, Lombard B, Gnounou Besse N. Food Microbiology. 48:171-7

2015. Sensitive enumeration of Listeria monocytogenes and other Listeria species in various naturally

contaminated matrices using a membrane filtration method.

- Lardeux AL., Guillier L., Brasseur E., Doux C., Gautier J., Gnanou-Besse N. 2015. Impact of the contamination level and the background microflora on the growth of Listeria monocytogenes in ready-to-eat diced poultry. Letters in Applied Microbiology (article in press) doi:10.1111/lam.12395

- D. Michelon, A. Leclercq, G. Garric, L. Guillier, A. Beaufort and H. Bergis, 2015. Growth potential assessment of Listeria in milk fat products by challenge testing. Journal of food safety (in press), doi: 10.1111/jfs.12239

Felix B, Roussel S and Pot, B. 2015. Harmonization of PFGE profile analysis by using bioinformatics tools: example of the Listeria monocytogenes European Union Reference Laboratory. In Pulse Field Gel Electrophoresis Methods and Protocols, K.J.M. Dalmasso, ed. (Springer Protocols, Humana Press), pp. 9-28.

Michelon, D., Felix, B., Vingadassalon, N., Mariet, J.F., Larsson, J.T., Moller-Nielsen, E., and Roussel, S. (2015). PFGE Standard Operating Procedures for Listeria monocytogenes: Harmonizing the Typing of Food and Clinical Strains in Europe. Foodborne Pathog Dis.

COMMUNICATIONS NATIONALES

Firmesse, O., 2015. Améliorer l'hygiène dans les ateliers agro-alimentaires réfrigérés : déshumidifier l'air pour lutter contre la persistance microbienne. Revue Générale du Froid & du conditionnement d'air 1153, 19-22.

Firmesse, O., 2015. Ecosec optimise les paramètres de séchage. Process Alimentaire.

Firmesse, O., 2015. La déshumidification de l’air pour éliminer les bactéries dans les ateliers. Revue Laitière Française.

Roussel, S., 2015. Mémoire HDR – Diversité Génétique des souches alimentaires de Listeria monocytogenes. Université Paris XII Val de Marne.

COMMUNICATIONS INTERNATIONALES

Felix, B., Roussel, S., Pot, B. 2015. Harmonization of PFGE profile analysis by using bioinformatics tools: example of the Listeria monocytogenes European Union Reference Laboratory network, In: Methods in Molecular Biology. 9-28.

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COMMUNICATIONS AFFICHÉES

Félix B, M.D., Mariet JF, Dao TT, Roussel S, Feurer C 2015. A molecular Listeria monocytogenes database to centralize and share typing data from strains isolated from the pork sector in France. Paper presented at: Safe Pork (Porto, Portugal).

Henri C,, Plouchart D, Mariet JF, Dao TT, Lailler R, Feurer C, Roussel S 2015. Genetic diversity of Listeria monocytogenes strains isolated from pork products. Paper presented at: Safe Pork (Porto, Portugal).

Felix, B., Mariet, J.F., Maillet, A., Firmesse, O., Laurent, G., Radomski, N., Felten, A., Touzain, F., Feurer, C., Roussel, S. 2015. Genomic insight into the persistence of Listeria monocytogenes in processing environments of pork products. In Safe Pork, Vieiro-Pinto, M., ed. (Porto, Portugal).

Félix, B., Feurer, C. 2015. Listeria monocytogenes: une base de données nationale partagée pour la surveillance et l’amélioration des connaissances. In Colloque UMT ARMADA (Maisons-Alfort).

Michelon, D., Felix, B., Mariet, J.F., Lombard, B., Roussel, S. 2015. Update on activities of European Union Reference Laboratory for Listeria monocytogenes: a road-map toward European harmonization of typing food and clinical strains. In InFORM: Integrated Foodborne Outbreak Response and Management Conference, Laboratories, A.P.H., ed. (Phoenix, United States of America).

L. Barre, N. Gnanou Besse, E. Brasseur, A. Chamoin, B. Lombard Measurement uncertainty for Listeria monocytogenes enumeration: trials on influence of sub-sampling test portion., 11e congrès National de la Société Française de Microbiologie, Institut Pasteur Paris, 24-25 mars 2015. Communication affichée A reçu le prix poster SFM 2015

Gnanou Besse, N., Rollier, P., Guillier L, François, D., Romero, K., Pierru, S., Bouhier, L., Lombard, B. 2015. Validation of EN ISO 11290-1&2 Standard methods for detection and enumeration of L. monocytogenes. In IAFP European Symposium on Food Safety (Cardiff (RU)).

Gnanou Besse, N., Rollier, P., Guillier L, François, D., Romero, K., Pierru, S., Bouhier, L., Lombard, B. 2015. Validation of EN ISO 11290-1&2 Standard methods for detection and enumeration of L. monocytogenes. In 11e congrès National de la Société Française de Microbiologie (Paris)

Overney, A., Jacques‐André‐Coquin, J., Ng, P., Guillier, L., Carpentier, B., Firmesse, O. 2015. Etude de paramètres influençant la persistance de Listeria monocytogenes dans les ateliers agro‐alimentaires réfrigérés. In 7ème Colloque du Réseau National Biofilms (Toulouse).

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CONFÉRENCES SUR INVITATION

Felix, B., Michelon, D., Mariet, J.F., Lombard, B., Roussel, S. 2015. Update on activities of European

Union Reference Laboratory for listeria monocytogenes: a road-map toward European

harmonization of typing food and clinical strains. In Days of Veterinary Pendovski, P.L., ed.

(Struga, Macedonia).

Felix, B., Cadel Six, S., Cherchame, E., Michelon, D., Mariet, J.F., Dao, T.T., Lailler, R., Roussel, S.,

Feurer, C. 2015. Molecular Listeria monocytogenes & Salmonella databases to share typing

data from strains isolated from the pork sector in France. In Journée de restitution des

travaux de l’UMT ARMADA, IFIP, A.-. ed. (Maisons - Alfort, France).

Roussel, S., Henri, C., Felix, B., Michelon, D., Mariet, JF., Guillier, L., Felten, A., Touzain F.,

Radomski, N., Lombard, B., Mistou, MY., Lailler, R. 2015. Characterization of Listeria

monocytogenes strains by Whole Genome Sequencing. MEDVETNET Workshop :

Wednesday 7 October 2015.

Michelon, D., Felix, B., Roussel, S. 2015. EURL Lm PFGE Database Experience Collaboration with

EFSA. Working group on Microbiological Criteria Brussels, October 30th, 2015.

Firmesse, O. 2015. Persistance de Listeria monocytogenes dans les conditions de stress rencontrées sur les surfaces des ateliers agro-alimentaires réfrigérés. In: 11e congrès National de la Société Française de Microbiologie, Institut Pasteur Paris, 24-25 mars 2015.

Lailler, R., Feurer, C. 2015. Epidémio-surveillance de Listeria monocytogenes et Salmonella enterica:

intérêt, structuration et évolution. In Colloque UMT ARMADA (Maisons-Alfort, Fr). Roussel, S., Henri, C., Felix, B., Michelon, D., Mariet, JF., Guillier, L., Felten, A., Touzain F.,

Radomski, N., Lombard, B., Mistou, MY., Lailler, R. 2015. Characterization of Listeria

monocytogenes strains by Whole Genome Sequencing. MEDVETNET Workshop:

Wednesday 7 October 2015.