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Rapport annuel d'activité, année 2018
Laboratoire National de Référence
Virus de la Sharka (PPV), virus de la pomme de terre et virus sur agrumes
Nom du responsable du LNR
Jean-Emmanuel GERBAULT
Nom du laboratoire où l'activité du LNR est mise en œuvre, le cas échéant les noms
des laboratoires associés au LNR
Laboratoire de la santé des végétaux
Nom de l'unité où l'activité du LNR est mise en œuvre, le cas échéant les noms des
unités associées au LNR
LSV - unité de quarantaine
2
Dangers sanitaires de catégories 1 et 2 couverts par le mandat
Dangers sanitaires de catégorie 1 : Plum pox virus (virus de la sharka)
Dangers sanitaires de catégorie 2 : Andean potato latent virus (APLV), Andean potato mottle
virus (APMoV), Arracacha virus B oca strain (AVB), Citrus mosaic virus (CMBV), Citrus tatter
leaf virus (CTLV), Potato black ringspot virus (PBRSV), Potato yellow dwarf virus (PYDV),
Potato yellowing virus (PYV), Tomato chlorosis virus (ToCV), Tomato infectious chlorosis
virus (TICV), Tomato spotted wilt virus (TSWV), Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV).
Nombre de laboratoires agréés et/ou reconnus dans le réseau
7 laboratoires
Les faits marquants de l'année
Dans le cadre du mandat « Plum pox virus », l’unité a finalisé les travaux visant à l’extension
de la méthode d’analyse MA 021 et de la MA 043 aux matrices bourgeons et fleurs. Les
travaux visant à intégrer une technique semi-automatisée d’extraction des acides nucléiques
du virus ont favorablement abouti. Les deux méthodes ont été révisées et publiées.
Dans le cadre du mandat « Virus de la pomme de terre», l’unité a évalué à titre exploratoire
les performances comparées d’une méthode HTS (High-Throughput Sequencing) avec les
méthodes ELISA et PCR utilisées en routine pour la détection de 14 virus dans le cadre du
projet interne « Étude de l'utilisation des techniques Next Generation Sequencing (NGS) dans
la quarantaine végétale post-entrée - cas de la quarantaine pomme de terre »
1. Méthodes développées ou révisées
Nombre de méthodes développées ou révisées proposées à l’autorité compétente
2 méthodes
Intitulé et brève description de chacune de ces méthodes
Méthode d’analyse MA 021 Détection du Plum pox virus (PPV), virus de la Sharka, par la
technique ELISA sur feuilles et bourgeons de Prunus spp. et sur fleurs de pêcher
MA 043 Détection du Plum pox virus (PPV), virus de la Sharka, par la technique RT – PCR
en temps réel sur feuilles et bourgeons de Prunus spp. et sur fleurs de pêcher
3
Nombre total de méthodes transférées par le LNR à son réseau dans l'année
1 méthode
Intitulé de chacune des méthodes transférées
MA 021 Détection du Plum pox virus (PPV), virus de la Sharka, par la technique ELISA sur
feuilles et bourgeons de Prunus spp. et sur fleurs de pêcher
2. Matériels biologiques ou chimiques, échantillons et souches
d'intérêt
Information disponible auprès du LNR.
3. Activités d'analyse
3.1. Analyses officielles de première intention
Nombre d'analyses officielles de première intention réalisées dans l'année (de
biotypage, sérotypage, caractérisation moléculaire...)
1298 analyses
Détail par type d'analyse de première intention
Analyses réalisées dans le cadre des analyses libératoire de la quarantaine végétale post-
entrée et du plan de surveillance des géniteurs de pomme de terre selon la note de service
DGAL/SDQPV/N2009-8051 du 04 février 2009 : 1298
Le nombre d’analyses de première intention en augmentation légère depuis 5 ans, est en
diminution en 2018. Les fluctuations sont principalement dépendantes des variations du
nombre d’introduction de pomme de terre et d’arbres fruitiers en quarantaine végétale post-
entrée.
PPV
RT-PCR 89
Indexage biologique 152
Virus de la Pomme de Terre
ELISA 688
PCR et RT-PCR 265
4
Indexage biologique 18
Virus des agrumes
PCR et RT-PCR 38
Indexage biologique 48
A titre d’information : Analyses officielles hors mandat LNR : 7452
Analyses réalisées dans le cadre des analyses libératoire de la quarantaine végétale post-
entrée et du plan de surveillance des géniteurs de pomme de terre selon la note de service
DGAL/SDQPV/N2009-8051 du 04 février 2009.
Analyses par observation : 5702
(analyses à réception, suivi sanitaire, observations phytosanitaires)
Lectures d’indexages : 656
(indexage ligneux et indexage herbacé)
Analyses de laboratoire : 1094
3.2. Analyses officielles de confirmation
Nombre d'analyses officielles de seconde intention réalisées dans l'année (de
biotypage, sérotypage, caractérisation moléculaire...)
35 analyses
Détail par type d'analyse de confirmation
Le nombre de confirmations réalisées (uniquement PPV), en nette baisse depuis les 4
dernières années a brusquement augmenté en 2018 mais reste globalement faible. Cette
augmentation est due à une demande importante d’un Service Régional de l'Alimentation
(SRAL) (Occitanie).
Taux de confirmation par type d'analyse (nombre de résultats confirmés y compris avec
une autre méthode / nombre d'analyses officielles de seconde intention réalisées)
3/35
5
3.3. Autres analyses
Nombre estimé d'autres analyses (non officielles) réalisées dans l'année en lien avec le
mandat de LNR
480 analyses
Détail par type d'autres analyses
Analyses non officielles dans le mandat LNR : 480
Le nombre total est en diminution par rapport à la moyenne des dernières années en raison
de la diminution des nombres d’analyses associées aux projets menés.
37 : Analyses PPV pour travaux méthodologiques concernant la technique semi-automatisée
d’extraction des acides nucléiques de virus des arbres fruitiers
14 : Analyses PPV pour travaux méthodologiques concernant le projet Virvalid « Evaluation
comparative de la technique de séquençage haut débit pour la détection des maladies virales
en sélection variétale fruitière »
216 : Analyses pour travaux méthodologiques concernant la méthode de détection du Plum
pox virus sur Prunus spp. par ELISA sur matrices bourgeons et fleurs
167 : Analyses (14 virus) pour travaux méthodologiques du projet « Étude de l'utilisation des
techniques NGS dans la quarantaine végétale post-entrée - cas de la quarantaine pomme de
terre »
46 : Projet Euphresco «Ring test for improved Potato virus Y strain detection» : Essai Inter
Laboratoire de Validation de méthode pour la détection et l’identification du Potato virus Y
(PVY)
Pour info : Analyses non officielles hors mandat LNR : 1126
315 : Analyses virus des arbres fruitiers (hors PPV) pour travaux méthodologiques concernant
la technique semi-automatisée d’extraction des acides nucléiques de virus des arbres fruitiers
(Tomato ringspot virus (ToRSV), Tobacco ringspot virus (TRSV), American plum line pattern
virus (APLPV) et Peach mosaic virus (PcMV)
20 : Analyses (hors PPV) pour travaux méthodologiques concernant le projet Virvalid «
Evaluation comparative de la technique de séquençage haut débit pour la détection des
maladies virales en sélection variétale fruitière »
9 : Analyses (1 viroïde) pour travaux méthodologiques du projet « Étude de l'utilisation des
techniques NGS dans la quarantaine végétale post-entrée - cas de la quarantaine pomme de
terre »
100 : Projet Euphresco EURAVELCH : Essai Inter Laboratoire de Validation de méthode pour
la détection du Little cherry virus 1 (LChV1) et Little cherry virus 2 (LChV2)
302 : Analyses pour travaux méthodologiques concernant la méthode de détection du Little
cherry virus 2 (LChV2)
6
380 : Analyses pour travaux méthodologiques concernant la méthode de détection du Little
cherry virus 1 (LChV1)
3.4. EILA auxquels le LNR a participé dans l'année
Détail des EILA auxquels le LNR a participé dans l'année, dans le cadre : National; UE
(en particulier les EILA organisés par le LRUE); International
National : 4
18Pospi : Essai d’aptitude à la détection des pospiviroïdes par RT-PCR en point final sur
feuilles de plantes hôtes selon la MA034 version 2
18XFAST : Essai d’aptitude à la détection de Xylella fastidiosa sur plantes hôtes par PCR en
temps réel selon la méthode d’analyse MA 039 version 2.
18HLB : Essai d’aptitude « Détection sur feuilles de Candidatus Liberibacter spp. provoquant
le Huanglongbing sur plantes hôtes de la famille des Rutacées par PCR conventionnelle selon
la méthode officielle MOA 033 »
VIRUS PDT 2018-2019 Essai d’aptitude « Détection de virus de la pomme de terre par
ELISA»
4. Activités de production et de contrôle de matériaux de référence
et de réactifs biologiques
Le LNR produit des réactifs à usage du LNR uniquement
Non
Le LNR produit des réactifs à usage du LNR et du réseau
Non
Le LNR produit des matériaux de référence à usage du LNR uniquement
Oui
Types de matériaux de référence produits (MRI, contrôle positif ou négatif, autre)
Contrôles positifs et contrôles négatifs
7
Format (sérum, souche, produit chimique, autre) de ces matériaux de référence
Contrôles positifs : Vitroplants de Solanum spp., feuilles fraîches et lyophilisées, extraits
d’acides nucléiques
Contrôles négatifs : Vitroplants de Solanum spp., feuilles fraîches, congelées et lyophilisées,
extraits d’acides nucléiques
Nombre de lots produits dans l'année
Contrôles positifs :
PPV : 9
Virus de la pomme de terre : 15
Virus des agrumes : 5
Contrôles négatifs :
Prunus spp. : 4
Solanum tuberosum et autres Solanum spp. : 10
Agrumes : 5
Analyse de l'évolution (augmentation, diminution) des tendances en termes d'activité
sur les 5 dernières années
La production est stable depuis 5 ans
Le LNR produit des matériaux de référence à usage du LNR et du réseau
Non
Le LNR réalise des contrôles de réactifs commerciaux
Non
5. Activités d'appui scientifique et technique
5.1. Demandes d’appui scientifique et technique (AST) des
ministères (de l’agriculture, de la santé, etc…) ou d’instances
européennes ou internationales qui concernent le domaine de
compétence du LNR
Nombre de demandes d'AST reçues dans l'année
0
8
Nombre de rapports d'AST rendus dans l'année, issus de demandes de l'année ou de
l'année précédente
0
5.2. Autres expertises
Les membres de l'équipe du LNR peuvent avoir des activités d'expertise (internes: CES,
GT ou externe: EFSA...) ou des activités auprès de commissions de normalisation
(Afnor...).
Participation au working group on plant health : 2nd working group on specific rules
concerning quarantine stations and confinement facilities and the release of plants, plant
products or other objects for them (3 j)
Participation au CROPSAV (2 réunions de la section végétale) (2 j)
Participation au Conseil scientifique régional du patrimoine naturel (5 j)
Evaluation 2008/61 réalisées en 2018 : 28 j
Participation à la réunion sur l'expertise de la rupture de confinement des installations agréées
2008/61/CE ; Avis sur les mesures correctives proposées par l’Institut de Recherche en
Horticulture et Semences (IRHS) (26/03/2018)
Audit 2008/61/CE de l' European Biological Control Laboratory (EBCL) du Département
américain de l’Agriculture USDA de Montpellier - extension d'agrément
Avis sur les mesures de stérilisation des sols en quarantaine avant sortie (demande du SRAL
Occitanie)
Audit 2008/61/CE de Mercier Novatech – renouvellement
Audit 2008/61/CE du Centre Technique Interprofessionnel des Fruits et Légumes (CTIFL) -
extension
Audit 2008/61/CE INRA Bordeaux UMR Interaction Sol Plantes Atmosphere (ISPA) –
renouvellement
Audit 2008/61/CE de SPYGEN - renouvellement
5.3. Dossiers de demande d'agrément
Nombre de dossiers de demande d'agrément étudiés dans l'année
0
9
5.4. Activités d'appui ou de conseil aux autorités ou aux
professionnels
Détail de ces activités et estimation du temps consacré
Avis sur les propositions de mise en application du règlement UE 2016/2031 (3 j)
Avis sur une proposition de la commission européenne concernant l'acte d'exécution relatif
aux stations de quarantaine et aux structures de confinement (2 j)
Expertise quarantaine post-entrée de la pomme de terre et révision doc OEPP PM3-21
(quarantaine pomme de terre) (3 j)
Avis sur documents OEPP (dont documents pour le Panel pour les Mesures Phytosanitaires
et le Groupe de travail sur la réglementation phytosanitaire) (6 j)
Eléments pour le SALIM La Réunion sur les Organismes nuisibles transmissibles par graines
d’agrumes (1 j)
L’Unité de quarantaine est en contact permanent avec les introducteurs de nouvelles variétés
(chercheurs et créateurs de nouvelles variétés) afin de répondre à leur demande de conseils
ou avis techniques (ex en 2018 : éléments pour l’import et la quarantaine éventuelle de
théiers, réflexions sur l’assainissement des agrumes…).
Chaque année, l’unité organise 1 réunion bilan plénière avec les introducteurs. Celle-ci
permet de faire le point sur les difficultés rencontrées dans l’année, de programmer la
nouvelle campagne et de répondre à toutes les questions techniques qu’ils se posent.
Participation à une réunion d’échanges avec le Ctifl (en particulier sur les collaborations
possibles entre quarantaine végétale post-entrée et certification et sur l’élevage des plants).
6. Animation du réseau de laboratoires agréés ou reconnus
6.1. Organisation d'EILA
Nombre d'EILA organisés par le LNR au cours de l’année
0 EILA
6.2 Autres actions visant à vérifier l'aptitude des laboratoires
Actions mises en œuvre
Sans objet
10
6.3. Formation, organisation d'ateliers
Nombre de journées d'échange et de restitution rassemblant les laboratoires agréés du
réseau, organisées dans l'année
1 journée d'échange
Détail de ces activités et nombre de participants par journée
journée d’échange LNR/laboratoires agréés (41 participants)
Nombre de sessions de formation des personnels des laboratoires agréés aux
méthodes utilisées pour les contrôles officiels, organisées dans l'année
0 formation
Autres formations dans le cadre des activités du LNR
sans objet
6.4. Organisation d'autres essais inter laboratoires (EIL)
Nombre d'EIL de validation (EILV) organisés par le LNR au cours de l’année
0
Nombre d'EIL de transfert (EILT) organisés par le LNR au cours de l’année
0
7. Surveillance, alertes
7.1 Surveillance programmée par l'autorité sanitaire
L'autorité sanitaire a mis en œuvre dans l'année une surveillance programmée dans le
champ du LNR
Oui
11
7.2 Autres activités de surveillance
Le LNR est impliqué dans des activités de surveillance autres que celle programmée
par l'autorité sanitaire
Non
7.3 Fiches d'alerte ou de signal
Le LNR a émis dans l'année des fiches d'alerte ou de signal dans Salsa
non
8. Activités de recherche en lien avec l’activité de référence
Activités de recherche en lien avec l'activité de référence
Acronyme Titre Statut
EUPHRESCO – TOPIC
2015-F-172
The application of Next-Generation Sequencing
technology for the detection and diagnosis of non-
culturable organisms: Viruses and Viroids
terminé
EUPHRESCO – TOPIC
2015-B-148 Ring test for improved Potato virus Y strain detection terminé
NGS-PdT
Étude de l'utilisation des techniques NGS dans la
quarantaine végétale post-entrée - cas de la quarantaine
pomme de terre
terminé
CASDAR 2016
VIRVALID
VIRVALID Evaluation comparative de la technique de
séquençage haut débit pour la détection des maladies
virales en sélection variétale fruitière
en cours
EUPHRESCO
2016-A-198
EURAVELCH Understanding Little Cherry Viruses
through improved diagnostics and insight in the
occurrence and epidemiology
en cours
EUPHRESCO
2016-A-207
POVIRDET Développement de méthodes détection de
virus de la pomme de terre (PVT, APMoV) et
organisation d’EILV de méthodes de détection des virus
APLV et APMMV.
en cours
EUPHRESCO
2018-E-294
Next Generation Sequencing (NGS) standards and best
practices for regulatory applications en cours
9. Relations avec le CNR
Existence d'un CNR dont le mandat recouvre au moins en partie celui du LNR
Non
12
10. Relations avec le LRUE
Détention d'un mandat LRUE qui recouvre au moins en partie celui du LNR
Non
Existence d'un LRUE dont le mandat recouvre au moins en partie celui du LNR
Non
11. Détention d'autres mandats de référence au niveau international
Autres mandats détenus par le LNR dans le même domaine de compétences
Aucun
13
Annexes
Communications internationales
Candresse, T., A. Marais, Y. Brans, J.-P. Renvoisé, B. Remenant, A. Saison, C. Faure, M. Lefebvre, J. Castaing, F. Chambon, G. Calado, S. Garnier, F. Latour, N. Grasseau, K. Bresson, and P. Gentit. 2018. "Direct comparison of classical techniques performance with High-Throughput-Sequencing (HTS) for the detection of fruit-tree viruses." Oral Final meeting of COST-DIVAS Action HTS technologies for the study and diagnostic of plant viruses, Liège (Belgium) 26th to 30th Novembre 2018.
