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LISTE (et détails) DES SUJETS DE STAGES DE RECHERCHE proposés par les Laboratoires d’accueil du Master 2 Recherche SASC

(Sciences des Aliments, Sensorialité et Comportement)

ANNEE 2015-2016

Mise à jour du 17/06/2015*

Nombre actuel de propositions de stages de recherche :

Parcours P1-2 : Stage P1-2 Mécanismes et procédés microbiens - Physicochimie et qualité des aliments Stages : 18 Parcours P3 : Stage P3 Mécanismes de la sensorialité et du comportement alimentaire Stages : 8 Deux types de stages (P1 ou P2) pour le parcours P1-2 qui ont les mêmes enseignements théoriques

Important : * Cette liste est provisoire et pourra être complétée (ajout de nouveaux sujets) dans les prochaines semaines. Consulter régulièrement le site Web d’AgroSup Dijon pour obtenir la dernière mise à jour. http://www.agrosupdijon.fr/formations/licence-master-doctorat/masters/master-sciences-des-aliments/master-sasc-m2.htmlwww.agrosup Gratification des stages pendant 5 mois équivalente à environ à 554,40 €/mois, (selon votre nombre d’heures) au 01/09/2015.

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Stages P1-2 Mécanismes et procédés microbiens – Physicochimie et qualité des aliments

Sujet 01P1 -2 LABORATOIRE : Unité Mixte de Recherche Procédés Alimentaires et Microbiologiques (AgroSup – Université de Bourgogne) 1, Esplanade Erasme F-21000 Dijon. Responsable: Pr. Patrick Gervais MAITRES DE STAGE : Dr Sébastien Dupont, tél 03.80.77.40.97, sebastien.dupont@u-bourgogne.fr Pr Laurent Beney, tél 03.80.77.40.65, lbeney@u-bourgogne.fr TITRE DU SUJET : Etude du rôle des stérols dans la protection des lipides contre l’oxydation. DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Les stérols sont des composants majeurs des membranes cellulaires des organismes eucaryotes. Jusqu’à peu, le rôle démontré de ces stérols se limitait à la stabilité mécanique et l’organisation structurale de la membrane plasmique des cellules (Dupont et al., 2011, Lemetais et al., 2012). Cependant, lors d’une étude récente, menée au sein de notre unité de recherche, nous avons observé que l’ergostérol (stérol présent chez les champignons) est à l’origine d’une protection des lipides contre l’oxydation survenant lors de la déshydratation et de la conservation cellulaire (Dupont et al., 2012 et 2014). Le mécanisme sous-jacent relatif à cette protection par les stérols reste cependant à élucider et sa compréhension est d’une importance majeure dans la recherche appliquée et fondamentale. Les applications concernent la conservation prolongée à l’état déshydraté de cellules d’intérêt (pour les secteurs agro-alimentaire et médical). Du point de vue fondamental, les formes oxydés des stérols sont impliquées dans la signalisation cellulaire et sont parfois en lien avec des pathologies humaines. Le but du stage est de caractériser l’effet de la structure de différents stérols sur l’oxydation des phospholipides membranaires. Pour cela, l’impact de différentes conditions pro-oxydantes sera étudié sur des membranes lipidiques modèles (liposomes) et sur des cellules entières. Ces cellules seront des levures S. cerevisiae, organismes séquencés, pour lesquelles il existe un certain nombre de mutants capables d’accumuler différents types de stérols.

METHODOLOGIE ET PROFIL DU CANDIDAT SOUHAITE Les méthodes utilisées lors du stage combineront des approches chimiques, biophysiques et microbiologiques. L’étudiant(e) recruté(e) devra maîtriser les techniques microbiologiques de base. La caractérisation des modifications structurales et chimiques des lipides (de liposomes ou de cellules entières) induites par l’oxydation sera réalisée par l’utilisation de la spectrofluorimétrie et de la cytométrie en flux. L’analyse des modifications structurales des phospholipides pourra également être réalisée par chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse. PRINCIPALES REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES Dupont S., Beney L., Ferreira T., Gervais P. (2011) Nature of sterols affects plasma membrane behavior and yeast survival during dehydration. Biochim Biophys Acta - Biomembranes 1808: 1520-8. Lemetais, G., S. Dupont, L. Beney and P. Gervais. (2012) Air-drying kinetics affect yeast membrane organization and survival. Appl Microbiol Biotechnol, 2012. 96(2): p. 471-80. Dupont S., Lemetais G., Ferreira T., Cayot P., Gervais P., Beney L. (2012) Ergosterol biosynthesis: a fungal pathway for life on land? Evolution 66(9): 2961-8. Dupont, S., A. Rapoport, P. Gervais and L. Beney (2014) Survival kit of Saccharomyces cerevisiae for anhydrobiosis. Appl Microbiol Biotechnol, 98(21):p. 8821-34

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Sujet 02P1 -2 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : PAM (Procédés Alimentaires et Microbiologiques), équipe PMB (Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques) Titre et Nom du responsable : Pr Patrick Gervais Adresse complète du laboratoire : bâtiment Epicure, 1 Esplanade Erasme, 21000 DIJON cedex MAITRE DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Dr Mélanie Ragon et Pr Yves Waché Tél : 03 80 77 40 87 E-mail : melanie.ragon@u-bourgogne.fr TITRE DU SUJET : Etude de l’effet du procédé de conservation de dés de jambon sur la physiologie de bactéries lactiques utilisées comme ferments de bioconservation DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Le défi pour l'industrie des produits transformés à base de viande est de proposer des produits innovants répondant à la demande des consommateurs de produits durables, de haute qualité, à des prix compétitifs avec une longue durée de vie. Grâce à une approche multidisciplinaire, le projet ANR BlacHP vise à proposer une nouvelle stratégie pour stabiliser efficacement les produits transformés à base de viande avec un processus durable impliquant la combinaison de deux technologies innovantes de conservation. D’une part la technologie hautes pressions (HP) permet de pasteuriser des aliments à froid par l’application d’une pression homogène (2000 à 6000 bar) sur des produits emballés. D’autre part l’ensemencement de bactéries lactiques en surface de l’aliment permet d’assurer une bioprotection contre les populations bactériennes pathogènes et d’altération. Cette stratégie pourrait constituer une alternative à l’ajout d’additifs conservateurs tels que les nitrites. Les dés de jambon à teneur réduite en nitrites conditionnés sous vide sont choisis comme modèle de travail. Ce projet implique 10 partenaires dont 4 industriels de l’agroalimentaire, deux centres techniques et 4 laboratoires de recherche. Dans le cadre de ce projet, une des missions du laboratoire PMB est de mettre en évidence les mécanismes à l’origine de la synergie observée entre ces deux technologies. Pour cela, l’objectif de ce stage est l’étude de l’effet du traitement HP sur l’état physiologique des bactéries lactiques de biopréservation préalablement ensemencées sur les dés de jambon.

METHODOLOGIE : L’état physiologique (fonctionnalité et vitalité) des bactéries lactiques sera évalué grâce aux outils disponibles sur le plateau d’imagerie spectroscopique DIMACELL et par cytométrie en flux. PRINCIPALES REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES DU LABORATOIRE DANS LE DOMAINE Simonin et al. Cryobiology 2015 70 115-121 Ragon et al. HPBB 2014 congress, 15 to 18 july, Nantes Loison et al. BBA Biomembranes 1828 (2013) 2436-43 Nguyen et al., AEM, 90 (2011) 1409-1417 Ly-Chatain et al. Food Res Int 2010 43(6), 1594-1602 Nguyen et al. Biotech Bioeng 107 (2010) 876-83

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Sujet 03P1-2 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : PAM (Procédés Alimentaires et Microbiologiques), équipe PMB (Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques) Titre et Nom du responsable : Pr Patrick Gervais Adresse complète du laboratoire : bâtiment Epicure, 1 Esplanade Erasme, 21000 DIJON cedex MAITRE DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Dr Mélanie Ragon et Pr Yves Waché Tél : 03 80 77 40 87 E-mail : melanie.ragon@u-bourgogne.fr TITRE DU SUJET : Etude de l’effet du procédé de conservation de dés de jambon sur la production de composés antimicrobiens par des bactéries lactiques utilisées comme ferments de bioconservation DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Le défi pour l'industrie des produits transformés à base de viande est de proposer des produits innovants répondant à la demande des consommateurs de produits durables, de haute qualité, à des prix compétitifs avec une longue durée de vie. Grâce à une approche multidisciplinaire, le projet ANR BlacHP vise à proposer une nouvelle stratégie pour stabiliser efficacement les produits transformés à base de viande avec un processus durable impliquant la combinaison de deux technologies innovantes de conservation. D’une part la technologie hautes pressions (HP) permet de pasteuriser des aliments à froid par l’application d’une pression homogène (2000 à 6000 bar) sur des produits emballés. D’autre part l’ensemencement de bactéries lactiques en surface de l’aliment permet d’assurer une bioprotection contre les populations bactériennes pathogènes et d’altération. En effet, les bactéries lactiques de biopréservation sont sélectionnées pour leur capacité à produire des molécules antimicrobiennes. Cette stratégie pourrait constituer une alternative à l’ajout d’additifs conservateurs tels que les nitrites. Les dés de jambon à teneur réduite en nitrites conditionnés sous vide sont choisis comme modèle de travail. Ce projet implique 10 partenaires dont 4 industriels de l’agroalimentaire, deux centres techniques et 4 laboratoires de recherche. Dans le cadre de ce projet, une des missions du laboratoire PMB est de mettre en évidence les mécanismes à l’origine de la synergie observée entre ces deux technologies. Pour cela,

l’objectif de ce stage est l’étude de l’effet du traitement HP sur la capacité des bactéries lactiques de biopréservation à produire des composés antimicrobiens (bactériocines, H2O2, acides organiques,…) METHODOLOGIE : Les composés antimicrobiens seront extraits et quantifiés, puis identifiés par chromatographie, électrophorèse et séquençage. PRINCIPALES RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES DU LABORATOIRE DANS LE DOMAINE Simonin et al. Cryobiology 2015 70 115-121 Ragon et al. HPBB 2014 congress, 15 to 18 july, Nantes Loison et al. BBA Biomembranes 1828 (2013) 2436-43 Nguyen et al., AEM, 90 (2011) 1409-1417 Ly-Chatain et al. Food Res Int 2010 43(6), 1594-1602 Nguyen et al. Biotech Bioeng 107 (2010) 876-83

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Sujet 04P1 -2 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : laboratoire de Microbiologie UMR 408 INRA / Université d’Avignon Sécurité et Qualité des Aliments d’Origine Végétale. Titre et Nom du responsable : Catherine Renard : directeur de l’UMR Adresse complète du laboratoire : laboratoire de Microbiologie UMR 408 SQPOV INRA / Université d’Avignon. INRA INRA Domaine St Paul site Agroparc, Montfavet 84 911 MAITRE(S) DE STAGE : - Prénom, Nom et titre : Luc Dedieu (MCF) et Philippe SCHMITT (PR) - Tél : 06 27 36 77 99 E-mail : philippe.schmitt@univ-avignon.fr luc.dedieu@univ-avignon.fr TITRE DU SUJET : Etude de la voie butanediolique chez Bacillus cereus DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Cette étude s’inscrit dans la continuité d’un projet d’ANR Food redox portant sur la physiologie de Bacillus cereus à pH acide et en anaérobiose. B. cereus est une bactérie sporulée, pathogène des aliments dont la production de toxine diarrhéique est amplifiée en anaérobiose et à bas potentiel d’oxydo-réduction (Zigha et al. 2006) Au cours de ces dernières années (Le Lay et al., 2015) nous avons montré que B. Cereus avait un fort pouvoir réducteur et qu’en anaérobiose à pH acide (pH 5.5) (comparé à pH neutre) le métabolisme du glucose s’orientait vers une moindre production d’acides organiques (lactate, acétate, formiate) et ce au bénéfice de la voie butanediolique (voie du 2,3 BD). Il s’agira de répondre à la question : comment est détournée la glycolyse ? Il s’agira de décortiquer la voie du 2,3 BD en suivant d’une part les métabolites produits au cours de la croissance et de doser, d’autre part, les enzymes clefs du métabolisme. Par ailleurs, l’effet de l’oxygène sur le métabolisme sera mis en évidence au cours de la croissance.

METHODOLOGIE : Les cellules seront cultivées en bioréacteur, en batch régulé en présence ou absence d’oxygène. Selon les expérimentations, un bas niveau d’Eh sera réalisé par bullage d’un mélange d’H2/N2. Le dosage des substrats et métabolites sera réalisé par « kit enzymatique » et/ou HPLC. Eventuellement : afin d’obtenir des cellules dans un état physiologique stable, les cellules seront cultivées en chémostat. PROFIL SOUHAITE (EVENTUELLEMENT) : Bonne connaissances en physiologie microbienne PRINCIPALES RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE DU MAÎTRE DE STAGE DANS LE DOMAINE ZIGHA, A., ROSENFELD, E., SCHMITT, P. & DUPORT, C. (2006) Anaerobic cells of Bacillus cereus F4430/73 respond to low oxidoreduction potential by metabolic readjustments and activation of enterotoxin expression. Archives of Microbiology 185, 222-233 LE LAY, J., BAHLOUL, H., SERINO, S., JOBIN, M. & SCHMITT, P. (2015) Reducing activity, glucose metabolism and acid tolerance response of Bacillus cereus grown at various pH and oxydo-reduction potential levels. Food Microbiology 46: 314-321

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Sujet 05P1 -2 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : Pharmacognosie, EA 4267, FDE / UFC Titre et Nom du responsable : Professeur Marie-Aleth LACAILLE-DUBOIS Adresse complète du laboratoire : Laboratoire de Pharmacognosie, UFR Pharmacie, 7, Boulevard Jeanne d’Arc, BP 87900, 21079 DIJON Cedex MAITRE DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Anne-Claire MITAINE-OFFER, Professeur Tél : 03-80-39-34-74 Fax : 03-80-39-34-74 E-mail : acoffer@u-bourgogne.fr TITRE DU SUJET : Les saponines d’origine végétale à activité cytotoxique in vitro. DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Les saponines sont des composés naturels amphiphiles (glycosides triterpéniques ou stéroïdiques) présents dans de nombreux aliments d’origine végétale (les pois, les lentilles, les graines de soja...) Des plantes à saponines sont communément utilisées comme aromatisants, épices et plantes médicinales (réglisse, marronier d’Inde, petit houx…). Ces molécules possèdent également d’importantes activités biologiques. Par exemple, le genre Allium est riche en saponines stéroïdiques qui ont montré une activité cytotoxique in vitro sur cellules cancéreuses humaines. METHODOLOGIE : - Sélection d’une plante selon des critères chimiotaxonomiques. - Préparation des extraits bruts de saponines à l'aide des procédés classiques : Extraction hydro-alcoolique à reflux, aux ultrasons, micro-ondes. - Fractionnement des extraits par chromatographie liquide préparative (basse, moyenne et haute pression) pour isoler les différentes saponines. - Analyse structurale des molécules pures par des méthodes spectrales principalement la RMN 2D (COSY, TOCSY, NOESY, HMQC, HMBC) et spectrométrie de masse (FAB-MS). - Ces molécules sont ensuite soumises à des tests in vitro dans le domaine de la Cancérologie.

PROFIL SOUHAITE (EVENTUELLEMENT) : PRINCIPALES RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE DU MAÎTRE DE STAGE DANS LE DOMAINE: Montes Galarraga, E., Mitaine-Offer, A.-C., Amaro-Luis, J.M., Paululat, T., Delaude, C., Pouysegu, L., Quideau, S., Rojas, L. B., Delemasure, S., Dutartre, P., Lacaille-Dubois, M.-A., Acylated oleanane-type saponins from Ganophyllum giganteum. Phytochemistry 2014, 98, 236-242. Manase, M.J., Mitaine-Offer, A.-C., Miyamoto, T., Tanaka, C., Delemasure, S., Dutartre, P., Lacaille-Dubois, M.-A., Triterpenoid saponins from Polycarpea corymbosa Lamk. Var. eriantha Hochst. Phytochemistry 2014, 100, 150-155.

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Sujet 06P1-2 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : UMR PAM (Procédés Alimentaires et Microbiologiques) Equipe VALMIS (Vin, Aliment, Microbiologie, Stress) Titre et Nom du responsable : Pr. Patrick Gervais Adresse complète du laboratoire : IUVV – 1 rue Claude Ladrey – 20178 Dijon cedex MAITRE DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Stéphanie Weidmann, MCF Tél : 03 80 39 62 62 Fax : 03 80 39 62 65 E-mail : stephanie.weidmann@u-bourgogne.fr TITRE DU SUJET : Influence de la lysogénie sur la croissance en biofilm et les propriétés technologiques d’une bactérie du vin DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Lors de la conduite des fermentations (spontanées ou dirigées) la présence de bactériophages est une grande menace puisque selon le type de phage un cycle lytique ou lysogénique peut être induit. Les conséquences commerciales de l'infection par les phages sont alors très importantes (perturbation des calendriers de production, réduction de la qualité des produits et de leurs valeurs commerciales voire abandon de la production). Bien que des données récentes aient montré que le prophage peut être bénéfique pour l’hôte bactérien, aucune étude ne s’est réellement intéressée à l’impact positif de la lysogénie et aux mécanismes permettant aux souches lysogènes de persister dans l’environnement. Le travail proposé vise donc à étudier l'impact de la lysogénie (i) sur le mode de vie et les propriétés métaboliques de souches d’une bactéries du vin, Oenococcus oeni (ii) sur l’adaptation de ces souches aux conditions environnementales défavorables que constitue le milieu vin. Les bactéries peuvent vivre sous une forme planctonique ou biofilm ; cette dernière forme rendant les bactériens plus résistantes aux conditions défavorables. Ainsi, les cinétiques de croissance de souches d’O. oeni lysogènes ou non en conditions planctonique ou biofilm sur différents supports cohérents avec les supports utilisés en vinification seront comparées. La capacité de ces souches à réaliser la fermentation malolactique dans le vin sera également quantifiée.

Afin d’obtenir des informations sur l'importance de la lysogénie pour l'adaptation des souches à des conditions environnementales défavorables, l’expression de gènes clés pour la lysogénie sera quantifiée dans un ensemble de souches lysogènes ou non. Ces quantifications seront réalisées sur des souches cultivées en conditions planctonique ou biofilm, soumises à l'application de contraintes cohérentes avec de vin, (application de stress éthanol notamment). METHODOLOGIE :

- Culture bactérienne planctonique et en biofilm - Application de stress - Dosage de l’activité malolactique des cellules bactériennes - Extraction d’ARN et PCR quantitative

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04P1 Sujet 07P1 -2 1 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : BioDyMIA (Bioingénierie et Dynamique Microbienne aux Interfaces Alimentaires, Equipe Mixte d’Accueil n°3733 Université Lyon 1 - ISARA Lyon). Titre et Nom du responsable : Professeur Pascal DEGRAEVE Adresse complète du laboratoire : Rue Henri de Boissieu 01000 Bourg en Bresse MAITRE DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Adem GHARSALLAOUI, Maître de Conférences Tél : 04 74 47 21 44 Fax : 04 74 45 52 53 E-mail : adem.gharsallaoui@univ-lyon1.fr TITRE DU SUJET : Utilisation des complexes protéines / polysaccharides pour la microencapsulation par séchage par atomisation de molécules hydrophobes ayant une activité antimicrobienne. DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Pour mieux protéger les molécules antimicrobiennes hydrophobes, leur encapsulation dans des matrices séchées par atomisation pourrait être une bonne solution qui permet aussi de contrôler leur libération pour une meilleure préservation des produits alimentaires. Individuellement, un biopolymère peut être utilisé seul pour développer de nouveaux systèmes d’encapsulation mais des fonctionnalités nouvelles ou améliorées peuvent être obtenues en associant plusieurs biopolymères (cas des émulsions multicouches, des complexes insolubles, ou des films multicouches). La conception de tels systèmes «hybrides» doit permettre d’étudier les interactions qui peuvent avoir lieu entre les biopolymères mais aussi entre les biopolymères et les molécules actives. L’objectif de ce stage sera donc d’étudier les interactions entre une protéine et un polysaccharide, de sélectionner une ou plusieurs molécules actives, de développer un système d’encapsulation stabilisé par des complexes et séché par atomisation.

METHODOLOGIE : - Formulation des complexes protéine/polysaccharide ; - Evaluation de la stabilité des complexes ; - Stabilisation des émulsions par des complexes ; - Séchage par atomisation ; - Caractérisation physicochimique des microcapsules ; - Mesure de l’activité antimicrobienne des microcapsules. PROFIL SOUHAITE (EVENTUELLEMENT) : PRINCIPALES RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE DU MAÎTRE DE STAGE DANS LE DOMAINE (éventuellement) (sous forme compact) : Ormus, S., Oulahal, N., Noël, C., Degraeve, P., Gharsallaoui, A. (2015). Effect of low methoxyl (LM) pectin complexation on the thermal and proteolytic inactivation of lysozyme: A kinetic study. Food Hydrocolloids, 43(0), 812-818. Bayarri, M., Oulahal, N., Degraeve, P., Gharsallaoui, A. (2014). Properties of lysozyme/low methoxyl (LM) pectin complexes for antimicrobial edible food packaging. Journal of Food Engineering, 131(0), 18-25. Gharsallaoui A., Yamauchi K., Chambin O., Cases E., Saurel R. (2010). Effect of high methoxyl pectin on pea protein in aqueous solution and at oil-in-water emulsion. Carbohydrate Polymers, 80(3), 817-827. Gharsallaoui, A., Cases, E., Chambin, O. & Saurel, R. (2009). Interfacial and emulsifying characteristics of acid-treated pea protein. Food Biophysics. 4, 273-280. Gharsallaoui, A., Saurel, R., Chambin, O., Cases, E., Voilley, A. & Cayot, P. (2009). Utilisation of pectin coating to enhance spray-dry stability of pea protein-stabilised oil-in-water emulsions. Food Chemistry, 122, 447-454.

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Sujet 08P1 -2 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : Derttech « Packtox », UMR 866 INSERM/UB Titre et Nom du responsable : Pr M.C. Chagnon, Tel : 03-80-77-40-19, e-mail : marie-christine.chagnon@u-bourgogne.fr Adresse complète du laboratoire : 3

ème étage, aile sud, bâtiment EPICURE, 1 esplanade

Erasme, 21 000 Dijon MAITRE(s) DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Dr Isabelle Séverin Tél : 03 80 77 40 38 E-mail : isabelle.severin@agrouspdijon.fr TITRE DU SUJET : Recherche d’effets cyto-génotoxiques de migrats d’emballages à contact alimentaire de type papiers-cartons à l’aide de biotests précoces sur une lignée humaine. DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Plus que jamais la filière emballage est confrontée aux aspects de sécurité alimentaire avec comme premier client l’industrie agro-alimentaire. En effet, un emballage est rarement inerte, des phénomènes de migration (composants de départ, néoformés) peuvent avoir lieu dans la matrice alimentaire et exposer le consommateur à un danger potentiel. C’est pourquoi la réglementation impose aux industriels (règlement n°1935/2004) le principe d’inertie des emballages au contact alimentaire, qui est vérifié par des tests de migration et de toxicité pour les constituants entrant dans la composition des emballages. Au laboratoire, nous avons développé des biomarqueurs pertinents détectant des effets liés à une interaction contenu-contenant qui permettent d’identifier un danger de substances susceptibles de migrer seules ou en mélange. L’objectif de ce travail est d’identifier de potentiels effets toxiques d’un ensemble de substances migrant d’emballages à contact alimentaire de type papiers-cartons en utilisant plusieurs approches permettant de comprendre les mécanismes biochimiques sous-jacents. Des tests de viabilité cellulaire (cytotoxicité), de génotoxicité (effets sur l’ADN) seront réalisés sur les extraits aqueux d’emballage. De plus, il faudra finaliser la mise au point d’un test d’activation transcriptionnelle sur une lignée de cellules humaines pour détecter les dommages précoces à l’ADN. Une transfection sera réalisée de façon à coupler l’activation

du gène cible, GADD45, avec celle du gène qui gouverne la synthèse de luciférine, de façon à pouvoir quantifier facilement l’effet de molécules génotoxiques. Ce stage de recherche se déroulera dans la cadre d’un travail de thèse, actuellement en cours dans le Derttech. METHODOLOGIE : Culture de cellules, Test de cytotoxicité, Test de génotoxicité, Transfection cellulaire, Biologie moléculaire, Luminescence PROFIL SOUHAITE : Candidat avec une expérience en culture de cellules et/ou des connaissances en biologie moléculaire PRINCIPALES RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE DU MAÎTRE DE STAGE DANS LE DOMAINE Séverin, I. et al., 2005. Food Addit. Contam. 22:1032-1041. Séverin, I. et al., 2010. Toxicol. Lett. 192:18-194. Séverin, I. et al., 2011. C. Nut. Diet. 46:59-66 K. Lyonti, I. Séverin, et al., 2014. Food Chem. Tox. 65:76-81.

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Sujet 09P1 -2 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : BioDyMIA (Bioingénierie et Dynamique Microbienne aux Interfaces Alimentaires), Equipe Mixte d’Accueil n°3733 Université Lyon 1 - ISARA Lyon Titre et Nom du responsable : Professeur Pascal DEGRAEVE Adresse complète du laboratoire : Plateforme Alimentec Rue Henri de Boissieu 01000 Bourg en Bresse MAITRE DE STAGE : Dr Nadia OULAHAL, tél 04.74.47.21.41, nadia.oulahal@univ-lyon1.fr Pr Pascal DEGRAEVE, tél 04.74.47.21.40, pascal.degraeve@univ-lyon1.fr TITRE DU SUJET : Activité antibactérienne d’extraits végétaux riches en composés phénoliques in situ (en matrice alimentaire) et in vitro DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : L’activité antibactérienne d’extraits de plantes comestibles riches en composés phénoliques en fait une source potentiellement prometteuse de solutions alternatives à l’emploi de certains conservateurs. Cependant, l’efficacité antibactérienne de ces composés s’avère généralement nettement plus faible après application in situ dans une matrice alimentaire réelle qu’in vitro. L’objectif sera précisément d’évaluer quels paramètres de composition et de structure des matrices alimentaires conditionnent cette activité antimicrobienne de ces extraits et de quelques-uns de leurs constituants phénoliques notamment par une démarche de formulation-déformulation de matrices alimentaires modèles. Cette étude sera complétée par la mise en œuvre d’approches permettant d’évaluer l’effet de l’exposition à ces extraits ou à des composés phénoliques purs sur la membrane de bactéries de façon à disposer d’une meilleure compréhension de leurs mécanismes d’action antibactérienne. Ces travaux s’inscriront dans le cadre du projet ANR Actiphen sur l’exploitation des propriétés antimicrobiennes d’extraits végétaux pour la conservation des aliments. Ce projet rassemble 3 laboratoires de recherche, 2 industriels et 1 plateforme technologique. METHODOLOGIE : - Préparation de matrices alimentaires modèles (émulsions, gels…)

- Comparaison des activités antibactériennes de composés phénoliques/extraits végétaux dans les différentes matrices - Effet des composés phénoliques sur l’intégrité, la fluidité et la force protomotrice de la membrane de bactéries cibles

PROFIL SOUHAITE (EVENTUELLEMENT) : L’étudiant(e) recruté(e) devra maîtriser les techniques microbiologiques de base et avoir un goût marqué pour l’expérimentation. De bonnes connaissances en physico-chimie seront un plus apprécié.

PRINCIPALES RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE DU MAÎTRE DE STAGE DANS LE DOMAINE

- Trinh N. T. T., Dumas E., Tranh M. L., Degraeve P., Ben Amara C., Gharsallaoui A., Oulahal N. (2015). Effect of a Vietnamese Cinnamomum cassia essential oil and of its major component trans-cinnamaldehyde on the cell viability, membrane integrity, membrane fluidity and proton motive force of Listeria innocua. Canadian Journal of Microbiology, 61, 263–271. - Chadeau E., Dumas E., Adt I., Degraeve P., Noël C., Girodet C., Oulahal N. (2012) Assessment of the mode of action of polyhexamethylene biguanide against Listeria innocua by Fourier transformed infrared spectroscopy and fluorescence anisotropy analysis. Canadian Journal of Microbiology, 58, 1353-1361. -Chollet E., Sebti I., Martial-Gros A., Degraeve P. (2008). Nisin preliminary study as a potential preservative for ripened cheese: NaCl, fat and enzymes influence on nisin concentration and its antimicrobial activity. Food Control, 19, 982-989.

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Sujet 10P1 -2

LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : BioDyMIA (Bioingénierie et Dynamique Microbienne aux Interfaces Alimentaires), Equipe Mixte d’Accueil n°3733 Université Lyon 1 - ISARA Lyon Titre et Nom du responsable : Professeur Pascal DEGRAEVE Adresse complète du laboratoire : Plateforme Alimentec Rue Henri de Boissieu 01000 Bourg en Bresse MAITRE DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Dr Nadia OULAHAL, Maitre de Conférences, HDR Tél : 04 74 47 21 41 Fax : 04 74 45 52 53 E-mail : nadia.oulahal@univ-lyon1.fr

TITRE DU SUJET : Evaluation des propriétés antimicrobiennes de matériaux d'emballage à base de protéine laitière.

DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Le laboratoire BioDyMIA a développé une expertise sur la qualification de matériaux antimicrobiens et collabore avec le site de Saint Etienne de l’UMR IMP (Ingénierie des Matériaux Polymères) pour l’élaboration par voie fondue de tels matériaux. Comestibles ou biodégradables, les matériaux à base de caséines connaissent déjà des applications alimentaires. Dans le cadre de nos travaux, il s’agira de leur associer des agents antimicrobiens naturels tout en préservant leur biodégradabilité ou leur comestibilité. L’adjonction de divers agents antimicrobiens naturels à différents stades des voies d’élaboration de ces matériaux sera testée dans le but d’obtenir des matériaux adaptés à différents cahiers des charges d’application. Le sujet de stage concerne l’évaluation de l’efficacité des antimicrobiens incorporés dans ces matériaux en tenant compte des voies d’élaboration de ces matériaux pour une application industrielle. METHODOLOGIE :

• Synthèse bibliographique sur le sujet ; • Vérifier l’activité antimicrobienne résiduelle à la sortie du process et dans la

durée par des tests in vitro des matériaux développés. • Tests en conditions réelles d’utilisation de ces matériaux développés

PROFIL SOUHAITE (EVENTUELLEMENT) :

PRINCIPALES RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE DU MAÎTRE DE STAGE DANS LE DOMAINE

Colak B. Y., Peynichou P., Galland S., Oulahal N., Assezat G., Prochazka F., Degraeve P. (in press). Active biodegradable sodium caseinate films manufactured by blown-film extrusion: Effect of thermo-mechanical processing parameters and formulation on lysozyme stability. Industrial Crops and Products (accepted on December 22nd, 2014) Jbilou F., Galland S., Telliez C., Akkari Z., Roux R., Oulahal N., Dole P., Joly C., Degraeve P. (2014). Influence of some formulation and process parameters on the stability of lysozyme incorporated in corn flour or corn starch-based extruded materials prepared by melt blending processing. Enzyme and Microbial Technology, 67, 40-46 Léonard L, Degraeve P, Gharsallaoui A, Saurel R, Oulahal N (2014). Design of biopolymeric matrices entrapping bioprotective lactic acid bacteria to control Listeria monocytogenes growth: comparison of alginate and alginatecaseinate matrices entrapping Lactococcus lactis subsp. lactis cells. Food Control, 37, 200-209. Léonard L, Gharsallaoui A, Ouaali F, Degraeve P, Waché Y, Saurel R, Oulahal N (2013). Preferential localization of Lactococcus lactis cells entrapped in a caseinate/alginate phase separated system. Coll Surf B : Biointerf, 109, 266-272. Telliez C, Jbilou F, Galland S, Degraeve P, Oulahal N, Saillard P, Dole P (2011) Activité résiduelle du lysozyme dans des matériaux rigides à visée antimicrobienne préparés à base de farine de maïs et par le procédé d’extrusion : influence de la formulation et du procédé. Communication par affiche au XXIIIème Congrès de la Société Française de Génie des Procédés, Lille, 29 novembre-1er décembre.

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Sujet 11P1 -2 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : UMR PAM –Equipe PAPC Titre et Nom du responsable : PR P. Gervais Adresse complète du laboratoire : Agrosup – Esplanade Erasme – 21000 DIJON MAITRE(s) DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Pr Odile CHAMBIN Tél : 03-80-39-32-15 Fax : 03-80-39-33-00 E-mail : odile.chambin@u-bourgogne.fr TITRE DU SUJET : Influence d’une substance active encapsulée sur les propriétés physico-chimiques et de libération d’une formulation filmogène DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Les formulations filmogènes sont des formulations qui ont les propriétés de former très rapidement un film lorsqu’elles sont déposées à la surface de la peau ou des phanères. Elles sont constituées majoritairement d’un polymère, soit solubilisé dans un solvant volatile qui s’évapore à l’air laissant un film résistant sur la peau, soit solubilisé dans l’eau ou dispersé/émulsionné qui s’évapore plus lentement en laissant un film hydrosoluble ou non. Ces formulations peuvent être utilisées dans différents domaines, notamment en cosmétologie, en dermatologie et en pharmacie où elles ont une activité mécanique qui peut être combinée par d’autres composants comme des molécules d’intérêt. Cependant, l’influence de ces molécules sur les propriétés d’une formulation filmogène est très peu décrite et nous proposons donc une étude afin d’approfondir l’influence d’une substance active, incorporée seule ou sous forme encapsulée, sur la structure du film et ses propriétés physiques et structurales au cours du temps ainsi que leur impact sur sa libération. METHODOLOGIE : Après une étude bibliographique, l’étudiant devra mettre au point les conditions expérimentales qui permettent de caractériser le film au cours de sa formation en fonction du vieillissement de la formulation. Puis une substance d’intérêt sera incorporée, libre ou sous forme de polymersomes, afin de déterminer les modifications entraînées. Enfin, les

propriétés de libération de cette molécule seront également évaluées en fonction de l’objectif de la formulation. PROFIL SOUHAITE (EVENTUELLEMENT) : Physico-chimie, méthodes de caractérisation des polymères. PRINCIPALES REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUE DU MAITRE DE STAGE DANS LE DOMAINE (éventuellement) (sous forme compact, et caractère 10) : Ines Zurdo Schroeder, Patrick Franke, Ulrich F. Schaefer, Claus-Michael Lehr, Development and characterization of film forming polymeric solutions for skin drug delivery, European Journal of Pharmaceutics and Biopharmaceutics 65 (2007) 111–121

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Sujet 12P1 -2 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : UMR PAM Laboratoire VAlMiS Titre et Nom du responsable : Pr Hervé Alexandre Adresse complète du laboratoire : Université de Bourgogne IUVV rue Claude Ladrey 21000 Dijon MAITRE(s) DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Pr Hervé Alexandre et Dr Sandrine Rousseaux Tél : Pr Hervé Alexandre : 03.80.39.63.93 Dr Sandrine Rousseaux : 03.80.39.62.61 Fax : 03.80.39.62.65 E-mail : rvalex@u-bourgogne.fr sandrine.rousseaux@u-bourgogne.fr

TITRE DU SUJET : Etat viable mais non cultivable dans le vin (VNC) de la levure d’altération Brettanomyces bruxellensis et impact du SO2. DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : La contamination des vins par la levure Brettanomyces reste une problématique importante pour la filière vinicole française. Cette levure provoque sur les vins contaminés une altération organoleptique importante, apportant au produit des odeurs définies comme « sueur de cheval » ou « écurie » (caractère “Brett”). Ce constat met en avant le besoin d’approfondir les connaissances sur les conditions de contamination d’un vin par Brettanomyces. Souvent ce microorganisme est indétectable alors que le produit correspondant présente un caractère “Brett”. Ce phénomène peut s’expliquer si l’on considère que Brettanomyces est capable de rentrer dans un état VNC. En effet une concentration de SO2 moléculaire de 0,8 mg/L peut induire un état VNC chez Brettanomyces après deux jours. Cependant, l’existence de cellules en état VNC et leur capacité à sortir de cet état a été validé en vin synthétique mais pas en vin réel. Il convient donc de déterminer précisément en vin, les teneurs minimales en SO2 létales pour une population donnée et de mieux définir la relation SO2/VNC. Ainsi l’objectif de ce travail sera d’étudier l’effet de différentes doses de SO2 sur différentes populations initiales en vin. A l’heure actuelle, le paramètre charge microbienne est rarement pris en compte dans les études sur l’effet du SO2. Dans le cadre de ce travail, l’efficacité ratio charge microbienne/sulfite sera testé avec un suivi de la population de Brettanomyces (par cytomètrie de flux et culture sur boite) ainsi que les teneurs en sulfite au cours du temps. De plus, différentes doses de SO2 moléculaire seront testées sur deux

souches de Brettanomyces différentes de façon à déterminer les doses permettant d’avoir des cellules en état viable non cultivable en vin rouge. METHODOLOGIE : Microbiologie classique Cytométrie de flux Analyses physico-chimiques des vins PROFIL SOUHAITE (EVENTUELLEMENT) : Cursus en microbiologie nécessaire. Une expérience en cytométrie de flux serait un plus. Motivation et rigueur seront des qualités appréciées.

PRINCIPALES RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE DU MAÎTRE DE STAGE DANS LE DOMAINE :

Salma M, Rousseaux S, Sequeira-Le Grand A, Divol B, Alexandre H (2013) Characterization of the viable but non culturable (VBNC) state of Saccharomyces cerevisiae. PLOSOne 8(10) e77600 Serpaggi V, Remize F, Recorbet G, Gaudot-Dumas E, Sequeira-Le Grand A, Alexandre H (2012) Characterization of the “viable but nonculturable” (VBNC) state in the wine spoilage yeast Brettanomyces Food Microbiol 30 438- 447

Sujet 13P1 -2 – sujet transféré en parcours 3

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Sujet 14P1 -2

LABORATOIRE : UMR PAM, AgroSup Dijon Epicure , 1 esplanade Erasme 21000 Dijon MAITRE(s) DE STAGE : Hélène LICANDRO (MCF) Tel : 03 80 77 40 72 helene.licandro@u-bourgogne.fr Jean-François CAVIN (PR) Tél : 03 80 77 40 72, Fax : 03 80 77 23 84 cavinjf@u-bourgogne.fr TITRE DU SUJET : Analyse de mutants de bactéries lactiques pour identifier des gènes impliqués dans des fonctions d’intérêt technologique ou pour la santé DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Les travaux qui porteront sur des bactéries lactiques ont pour objectif global d’identifier les gènes de fonction (enzyme) et/ou de régulation pouvant être impliqués dans des mécanismes de réponse à des stress physicochimiques spécifiques et/ou dans des fonctions technologiques d’intérêt alimentaire. Le travail portera sur la sélection et la caractérisation génétique et physiologique de mutants de bactéries lactiques invalidés, ou au contraire plus performants dans leurs propriétés technologiques. METHODOLOGIE : Microbiologie, biochimie, génétique microbienne, biologie moléculaire et cellulaire, enzymologie, bioinformatique, construction de plasmides, clonage, délétion, surexpression, expression hétérologue, qRT-PCR, mutagenèse aléatoire par transposition et dirigée, etc. PROFIL SOUHAITE : M1 de Biochimie/Biologie moléculaire/cellulaire, ou Ingénieurs Ecoles IAA ou de Biotechnologie ayant ce profil et motivés pour la génétique microbienne et ses applications concrètes en agroalimentaire et biotechnologie. PRINCIPALES REFERENCES RECENTES DES MAITRES DE STAGE DANS CE DOMAINE

Licandro-Seraut H, Scornec H, Pédron T, Cavin JF, Sansonetti PJ. 2014. Functional genomics of Lactobacillus casei establishment in the gut. Proc Natl Acad Sci USA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 111(30) 3101-3109.

Scornec H, Tichit M, Bouchier C, Pédron T, Cavin JF, Sansonetti PJ, Licandro-Seraut H. 2014. Rapid 96-well plates DNA extraction and sequencing procedures to identify genome-wide transposon insertion sites in a difficult to lyse bacterium: Lactobacillus casei. J. Microbiol Meth. 106 :78-82.

Licandro-Seraut H, Roussel C, Perpetuini G, Gervais P, Cavin JF. 2013. 2013. Sensitivity to vinyl phenol derivatives produced by Phenolic Acid Decarboxylase activity in Escherichia coli and several food-borne Gram-negative species. Appl. Microbiol. Biotechnol. 97:7853-7864.

Perpetuini G., Scornec H, Tofalo R, Serror P, Schirone M, Suzzi G, Corsetti A, Cavin JF, Licandro-Seraut H. 2013. Identification of critical genes for growth in olive brine by transposon mutagenesis of Lactobacillus pentosus C11 Appl. Environ. Microbiol. 79.4568-4575.

Licandro-Seraut H., Brinster S., van de Guthe M., Maguin E., Sansonetti P, Cavin JF, Serror P. 2012. Development of an efficient in vivo Pjunc-TpaseIS1223 –based system for random transposon mutagenesis of Lactobacillus casei Appl. Environ. Microbiol. 79:4568-4575

Nguyen TKC., Tran NP, Cavin JF. 2011. Genetic and biochemical analysis of PadR–padC promoter interactions during the Phenolic Acid Stress Response (PASR) in Bacillus subtilis 168J. Bacteriol. 193:4180-4191.

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Sujet 15P1 -2

LABORATOIRE : Equipe Vin ALiment MIcrobiologie et Stress (VALMIS) & Equipe Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB) Unité Mixte de Recherche Procédés Alimentaires et Microbiologique (UMR PAM), Responsable : Pr Patrick GERVAIS Université de Bourgogne – AgroSup Dijon MAITRE(s) DE STAGE : Cosette GRANDVALET (grandval@u-bourgogne.fr, tél : 03 80 39 62 66) Co-encadrement : Hélène LICANDRO (helene.licandro@u-bourgogne.fr, tél : 03 80 77 40 72) TITRE DU SUJET : Identification et caractérisation de gènes impliqués dans l’adaptation au froid de bactéries lactique d’intérêt technologique DÉMARCHE ET PROBLÉMATIQUE Les bactéries lactiques (BL) appartiennent à un groupe de bactéries bénéfiques qui ont en commun la capacité de produire de l’acide lactique. Utilisées depuis plus de 4 000 ans pour fabriquer bon nombre de produits fermentés (fromages, yaourts, choucroute, saucisson, vin…), les BL modifient le milieu dans lequel elles se trouvent, conférant aux aliments une saveur et une texture particulière tout en améliorant leur conservation. Depuis les années 1980, les bactéries et les ferments lactiques sont utilisés sous forme concentrée - congelée ou lyophilisée - pour fabriquer des produits fermentés par ensemencement direct. Ces techniques permettent de simplifier, standardiser et sécuriser les procédés de fabrication, facilitant aussi les innovations. Si cette pratique était à l’origine intuitive, ses bases scientifiques sont aujourd’hui mieux comprises. L’évolution des connaissances conduit à la sélection et au développement de nouvelles souches de bactéries lactiques aux propriétés spécifiques. Cette sélection implique une adaptation ou une acclimatation des bactéries pour survivre aux perturbations physico-chimiques de leur environnement inhérent aux procédés technologiques (variations de température, de pH, d’hydratation,….). La compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans ces phénomènes de survie permet une meilleure sélection des souches et une optimisation des procédés. Des travaux menés sur différentes espèces de bactéries lactiques, montre une résistance exceptionnelle de Lactobacillus casei et Oenococcus oeni à une diminution rapide de la

température environnementale (28°C +0°C hors congélation) ainsi qu’au maintien de ces bactéries à basses températures (en milieu binaire eau-glycérol). L’objectif de ce stage est d’identifier et de caractériser les gènes impliqués dans l’adaptation de ces bactéries aux basses températures. Nous disposons à ce jour de souches mutantes affectées dans l’expression de gènes csp (Cold Shock Protein). La croissance de ces souches sera suivi à basses températures ainsi que leur capacité à survivre à un choc hypothermique avec ou sans pré-adaptation. Cette approche physiologique sera complétée par une approche moléculaire visant à évaluer le niveau d’expression des gènes impliqués dans l’adaptation et/ou l’acclimatation des bactéries aux perturbations thermiques. MÉTHODOLOGIE

Lactobacillus casei et Oenococcus oeni (souches parentales et mutantes)

sement (28°C +0°C), croissance à basse température

cytométrie en flux

-PCR, qRT-PCR)

on de mutants PROFIL SOUHAITÉ (ÉVENTUELLEMENT) : Le (ou la) candidat(e) devra présenter dans son cursus une formation approfondie en biologie cellulaire et en microbiologie. Il (ou elle) devra maitriser la manipulation de micro-organismes en conditions stériles. L’accomplissement d’un stage en laboratoire au cours du cursus du (ou de la) candidat(e) n’est pas obligatoire mais sera considéré comme favorable à son recrutement. BIBLIOGRAPHIE - Licandro-Seraut H#, Brinster S#, van de Guchte M, Scornec H, Maguin E, Sansonetti P, Cavin JF, Serror P. 2012. Development of an efficient in vivo Pjunc-TpaseIS1223 system for random transposon mutagenesis of Lactobacillus casei. Appl. Environ. Microbiol., 78(15):5417-23. (IF 3,8) - Licandro-Seraut H, Scornec H, Pédron T, Cavin JF, Sansonetti PJ. 2014. Functional genomics of Lactobacillus casei establishment in the gut. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 111(30):e3101-3109. (IF 9,8)

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Sujet 16P1 -2 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : UMR PAM –Equipe PAPC Titre et Nom du responsable : PR P. Gervais Adresse complète du laboratoire : AgroSup – Esplanade Erasme – 21000 DIJON

MAITRE(s) DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Pr Odile CHAMBIN Dr Sébastien DUPONT Tél : 03-80-39-32-15 Tel : 03-80-77-40-97 Fax : 03-80-39-33-00 Fax : 03-80-77-23-85 E-mail : odile.chambin@u-bourgogne.fr E-mail : sebastien.dupont@u-bourgogne.fr

TITRE DU SUJET : Influence de l’encapsulation sur la protection de probiotiques sensibles à l’oxygène

DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Les probiotiques sont très utilisés pour leurs effets bénéfiques sur la santé de l’hôte. Récemment, de nombreuses recherches se sont intéressées aux microorganismes de la flore commensale de l’homme qui pourraient potentiellement présenter une activité probiotique. Ces souches sont cependant fragiles et sensibles à l’oxygène et leur viabilité/fonctionnalité est souvent affectée lors de leur production, leur conservation et lors du passage dans le tractus gastro-digestif. Sur la base de connaissances tirées de microorganismes résistants à ces différentes étapes, il est donc nécessaire de développer des procédés raisonnés pour maintenir la viabilité de ces souches sensibles afin de conserver leurs effets bénéfiques. L’encapsulation est souvent utilisée pour protéger les molécules fragiles et les probiotiques. Elle a montré son intérêt pour plusieurs souches sensibles mais peu d’études concernent les souches sensibles à l’oxygène. Aussi, ce projet de Master visera à encapsuler une souche sensible à l’oxygène par différents moyens (matériaux et procédés) et à évaluer l’impact des conditions d’encapsulation sur le maintien de la viabilité de cette souche en essayant de comprendre les mécanismes de protection impliqués.

METHODOLOGIE : Après une étude bibliographique, l’étudiant choisira la souche d’intérêt, proposera des conditions expérimentales permettant d’encapsuler cette souche, de caractériser les microparticules obtenues et testera la viabilité de la souche et sa sensibilité lors de sa conservation et de son passage dans le tractus gastro-digestif. Il faudra ensuite comprendre

les mécanismes de protection mis en place au cours de cette encapsulation et également tester la libération de cette souche lors de son utilisation.

PROFIL SOUHAITE : Microbiologie, méthodes de culture, numération sur plaques, notions de physico-chimie.

PRINCIPALES REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES DU MAITRE DE STAGE DANS LE DOMAINE MARTIN-DEJARDIN F., EBEL B., LEMETAIS G., NGUYEN THI MINH H., GERVAIS P., CACHON R., CHAMBIN O., a way to follow the viability of encapsulated bifidobacterium bifidum subjected to a freeze-drying process in order to target the colon: interest of flow cytometry, Eur. J. Pharm. Sci., vol 49, 2, 166-174, 2013. DUPONT S., BENEY L., GERVAIS P. Conservation à long terme de systèmes biologiques viables et fonctionnels. Techniques de l’Ingénieur. Référence F3480, 2013. DUPONT S., RAPOPORT A., GERVAIS P., BENEY L. Survival kit of Saccharomyces cerevisiae for anhydrobiosis. Appl. Microbiol. Biotechnol., 98(21):p. 8821-34, 2014.

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Sujet 17P1 -2 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : PAM (Procédés alimentaires et microbiologiques), équipe PMB (Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques) et PAPC (Procédés alimentaires & physico-chimie) Titre et Nom du responsable : PR Patrick Gervais (D.U. PAM) Adresse complète du laboratoire : AgroSup Dijon, bâtiment Nord, esplanade Erasme, 2ème étage aile Sud, bureau 220 , 26 boulevard Petitjean, BP 87999, 21079 - DIJON cedex MAITRE(s) DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Pr Jean-Marie Perrier Cornet Tél :03.80.77.40.04

E-mail : jperrier@u-bourgogne.fr

Sujet en collaboration avec Adrien Lerbret, IR, unité PAM, équipe PAPC /Shaliha Bechoua, MCU-PH, biologie de la reproduction (CHU de Dijon) TITRE DU SUJET : Mise au point d’un procédé innovant de vitrification

DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : La cryopréservation est une des principales méthodes utilisées pour préserver des cellules vivantes sur le long terme. Elle est aujourd’hui couramment utilisée dans les industries alimentaires et pharmaceutiques (ex : starter de fermentation) ainsi que pour préserver la fertilité chez l’animal et chez l’Homme (ovocytes, spermatozoïdes). La cryopréservation de cellules vivantes peut être réalisée selon deux procédés :

- par congélation lente et stockage dans l’azote liquide, processus qui présente deux inconvénients majeurs : la formation de cristaux dans les cellules qui risquent de les endommager et la déshydratation.

- par vitrification (solidification d’une solution à très basse température) qui évite la formation de cristaux mais qui fait appel à l’utilisation de concentrations élevées de cryoprotectants.

Cette dernière est la méthode qui préserve le mieux les fonctionnalités des échantillons biologiques. Cependant, sa mise en œuvre nécessite l’utilisation de fortes concentrations de

cryoprotectants potentiellement toxiques, et des vitesses de refroidissement très élevées nécessitant des dispositifs appropriés.

Aussi, la recherche de stratégies alternatives de vitrification s’avère nécessaire afin de préserver de façon optimale les propriétés d’échantillons biologiques particulièrement sensibles. Ce travail pluridisciplinaire sera réalisé dans le cadre d’une collaboration transversale entre deux équipes : l’équipe PMB de l’UMR PAM travaille depuis une quinzaine d’année sur l’effet des stress osmotiques, thermiques, de pression et de leurs combinaisons sur divers modèles cellulaires allant de la bactérie à la cellule humaine. Ces recherches ont pour but d’optimiser des procédés de préservation ou de destruction de cellules vivantes. Le laboratoire a ainsi développé une expertise dans la manipulation du froid et de la pression.

L’équipe PAPC de l’UMR PAM dispose d’un parc analytique ainsi que l’expertise pour l’analyse calorimétrique, couvrant des sensibilités variables afin de déterminer les températures des transitions thermiques de premier ordre mais aussi les énergies associées aux dénaturations des systèmes biologiques.

L’objectif de ce stage consistera à la mise au point de stratégies de vitrification cellulaire par un procédé innovant impliquant l’utilisation de hautes pressions.

METHODOLOGIE : - Observations microscopiques à basse température et/ sous pression - Marquages fluorescents pour l’imagerie - Calorimétrie

Principales références bibliographique du maître de stage dans le domaine

Simonin H., et al., Cryobiology, 2015, 70 (2), 115-121. Champion D, et al., Journal of Thermal Analysis and Calorimetry 104 (2011):365-374 F Dumont, et al., Applied and environmental microbiology, 70 (2004): 268-272. F Dumont, et al., Applied and environmental microbiology, 72 (2006): 1330-1335. M Moussa, et al., Applied and environmental microbiology, 73 (2007): 6508-6518. M Moussa, et al., Biotechnology and bioengineering 6 (2008): 1245-1255.

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Sujet 18P1 -2 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : Procédés Alimentaires et physico-chimie & Vin Aliment Microbiologie & Stress Titre et Nom du responsable : Rémi Saurel & Hervé Alexandre Adresse complète du laboratoire : Institut Universitaire de la Vigne et du Vin Jules Guyot - rue Claude Ladrey - 21 078 Dijon CEDEX MAITRE(s) DE STAGE : Prénom, Nom et titre : COELHO Christian, MCF & NIKOLANTONAKI Maria, MCF & GUILLOUX BENATIER Michèle, MCF Tél : 03 80 39 61 95 - Fax : 03 80 39 62 65 E-mail : christian.coelho@u-bourgogne.fr ; maria.nikolantonaki@u-bourgogne.fr ; michele.guilloux-benatier@u-bourgogne.fr

TITRE DU SUJET : Etude mécanistique des composés soufrés participant à la stabilité oxydative d’un vin blanc de cépage Chardonnay au cours de son élaboration

DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Dans le but de comprendre les mécanismes d’oxydo-réduction complexes que peut connaître un vin pendant sa phase d’élaboration et pendant son vieillissement en bouteille, nous proposons ici de caractériser les composés réducteurs soufrés connus et inconnus d’un vin (SO2, glutathion, composés volatils soufrés, protéines réduites) participant à la stabilité oxydative d’un vin. Certaines pratiques œnologiques (pressurage, débourbage, sulfitage, oxygénation, élevage sur lies) peuvent s’avérer modulatrices des phénomènes d’oxydation et marquant à tout jamais le destin chimique du vin jusqu’à sa dégustation. Récemment il a été montré que les vins sulfités au pressurage conservaient leur mémoire soufrée jurqu’à leur consommation (Coelho et al., 2015). Une des voies de préservation de l’état d’oxydo-réduction des vins consiste à la réactivité des thiols avec les formes quinoniques des composés phénoliques des vins (Nikolantonaki et al., 2012 & 2014). D’autres composés réducteurs comme le glutathion semblent être une piste intéressante pour l’équilibre redox d’un vin, alternativement au dioxyde de soufre qui est utilisé pour stabiliser le vin (Kritzinger et al., 2012). Des recherches sur d’autres matrices alimentaires

comme sur la bière ont également mis en avant le rôle de certaines protéines réduites dans la régulation des phénomènes d’oxydation (Almeida et al., 2013).

Afin d’apporter des pistes de réflexion autour de la thématique de l’oxydation des vins blancs pour la profession vitivinicole bourguignonne, une sélection de vins blanc élaborés à partir de différentes doses de sulfitage seront suivis au cours de leur élaboration. Les différents paramètres chimiques décrits précédemment seront suivis par une méthodologie adéquate.

METHODOLOGIE : Les composés réducteurs connus seront analysés par des dosages redox pour le dioxyde de soufre, par HPLC-UV pour le glutathion et par GPG-PFPD pour les composés soufrés volatils.

Les composés macromoléculaires réducteurs inconnus, pourront également être suivis par SEC. La caractérisation moléculaire et structurale des vins issus des différents traitements sera effectuée par RMN et HPLC-MS.

PROFIL SOUHAITE (EVENTUELLEMENT) : M2 en chimie analytique, compétences en techniques séparatives (chromatographies) Volonté de faire de la recherche, éventuellement de poursuivre à faire une thèse.

PRINCIPALES RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE DU MAÎTRE DE STAGE DANS LE DOMAINE

Coelho C, Aron A, Roullier Gall C, Gonsior M, Schmitt-Kopplin P, Gougeon RD. Fluorescence fingerprinting of bottled white wines can reveal memories of sulfur dioxide treatments of the must. Anal. Chem, under review Nikolantonaki, M.; Waterhouse, A. L., A Method To Quantify Quinone Reaction Rates with Wine Relevant Nucleophiles: A Key to the Understanding of Oxidative Loss of Varietal Thiols. J. Agric. Food Chem. 2012, 60, 8484-8491. Nikolantonaki, M.; Magiatis, P.; Waterhouse, A. L., Measuring protection of aromatic wine thiols from oxidation by competitive reactions vs wine preservatives with ortho-quinones. Food Chemistry 2014, 163, 61-67 Kritzinger, E. C.; Bauer, F. F.; du Toit, W. J., Role of Glutathione in Winemaking: A Review. Journal of Agricultural and Food Chemistry 2012, 61, 269-277. De Almeida N. E. C. ; Marianne N. Lund M. N. ; Andersen M. L. ; Cardoso D. R. Beer Thiol-Containing Compounds and Redox Stability: Kinetic Study of 1-Hydroxyethyl Radical Scavenging Ability. Journal of Agricultural and Food Chemistry 2013 61, 9444-9452.

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Sujet 19P1 -2 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : UMR A 02.102 PAM (Procédés Alimentaires et Microbiologiques), équipes PMB (Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques) et PAPC (Procédés Alimentaires et Physico-Chimie) Titre et Nom du responsable : Pr Patrick Gervais Adresse complète du laboratoire : bâtiment Epicure, 1 Esplanade Erasme 21000 Dijon MAITRE(s) DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Dr Stéphane Guyot et Dr Nicolas Sok Tél : 03.80.77.23.87 / 03.80.77.40.48 E-mail : stephane.guyot@agrosupdijon.fr / nicolas.sok@agrosupdijon.fr

TITRE DU SUJET : Exploration thermodynamique des effets de différentes cinétiques de stress thermiques chez la levure DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Les procédés hyperthermiques sont largement utilisés en industrie agroalimentaire tant pour maîtriser les populations microbiennes que pour texturer les aliments. Le projet de recherche proposé a pour vocation d’apporter des éléments de compréhension des mécanismes mis en jeu dans la survie et la mort de microorganismes exposés à des températures supra-physiologiques. Un tel projet a donc pour vocation d’améliorer la maîtrise des populations microbiennes désirées (probiotiques, ferments) et non désirées (pathogènes, flore d’altération) lors de l’application d’un traitement thermique. Les études menées au sein de l’UMR PAM ont montré que la viabilité microbienne dépend de la vitesse de montée en température. En effet, un montée progressive en température (rampe thermique de 0,5 °C/min) induit un certain degré de thermorésistance alors qu’une montée rapide (choc thermique de 150 °C/min) induit une forte mortalité. Nos travaux ainsi que ceux menés par d’autres équipes de recherche sont généralement articulés autour de l’exploration physiologique de la réponse au stress thermique et non pas autour de l’évolution des propriétés thermodynamiques des constituants cellulaires tels que l’eau, les lipides et les protéines. Le principal objectif de ce stage est d’appréhender l’évolution des propriétés thermodynamiques (mobilité, cinétique …) de certains constituants cellulaires (eau et protéines essentiellement) chez la levure Saccharomyces cerevisiae exposée à une rampe et un choc thermique appliqués entre 25 °Cet 50 °C afin de mieux comprendre la nature des mécanismes de thermorésistance. Ce projet de recherche multidisciplinaire s’inscrit dans l’axe 2 de l’UMR PAM (Eau et Structure) puisqu’il a pour vocation de marier la physiologie microbienne et la physico-chimie. Le principal défi à relever consistera à la mise en œuvre d’approche permettant d’apprécier ces paramètres dans un environnement aussi complexe que la levure néanmoins, l’étude sera aussi menée sur des modèles plus simples synthétisés au laboratoire (liposomes de 2

ème et 3

ème

générations). Les résultats obtenus pourront aussi servir de base de réflexion sur le comportement des matrices alimentaires pendant les procédés de chauffage.

METHODOLOGIE :

Physiologie microbienne : culture de levures, mesure de la cultivabilité,

Procédés thermiques : application de différentes cinétiques de stress hyperthermiques

Procédés physico-chimiques : synthèse de liposomes avec ou sans paroi

Approches analytiques physico-chimiques : RPE, DSC

Approches analytiques biophysiques : Utilisation de rotors moléculaires couplés à de la spectrofluorimétrie et/ou microscopie confocale à fluorescence (en temps de vie)

PROFIL SOUHAITE (EVENTUELLEMENT) : Le/La candidat(e) devra présenter un fort intérêt pour travailler sur un projet multidisciplinaire. Des compétences en physico-chimie seront demandées tout en étant ouvert à la microbiologie. L’étudiant(e) devra avoir le sens du travail en équipe puisqu’il/elle sera régulièrement en interaction avec un chercheur sous contrat post doctoral.

PRINCIPALES RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE DU MAÎTRE DE STAGE DANS LE DOMAINE :

1. Guyot, S., Gervais, P., Young, M., Winckler, P., Dumont, J. and Davey, H. M. 2015. “Surviving the heat: Heterogeneity of response in Saccharomyces cerevisiae provides insight into thermal damage to the membrane”. Environmental Microbiology, in press.

2. Guyot, S., Pottier, L., Hartmann, A., Ragon, M., Hauck Tiburski, J., Molin, P., Ferret, E. and Gervais, P. 2014. “Extremely rapid acclimation of Escherichia coli to high temperature over a few generations of a fed‐batch culture during slow warming”. MicrobiologyOpen. 3(1): 52-63.

3. Hauck Tiburski, J., Rosenthal, A., Guyot, S., Perrier-Cornet, J-M. and Gervais, P. 2014. “Water distribution in bacterial spores: a key factor in heat resistance”. Food Biophysics. 9(1): 10-19.

4. Guyot, S*., Pottier, L*., Ferret, E., Gal, L. and Gervais, P. 2010. “Physiological responses of Escherichia coli exposed to different heat-stress kinetics”. Archives of Microbiology. 192 (8): 651-661. (*co-auteurs)

5. Guyot, S., Ferret, E., Gervais, P. 2006. “Yeast survival during thermal and osmotic shocks is

related to membrane phase change”. Journal of Agricultural and Food Chemistry. 54 (22): 840-

8455.

6. Guyot, S., Ferret, E. and Gervais, P. 2005. “Responses of Saccharomyces cerevisiae to thermal stress”. Biotechnology and Bioengineering. 92 (4) : 403-409.

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Stages P3 Mécanismes de la sensorialité et du comportement alimentaire

Mécanismes de la sensorialité et du comportement alimentaire

Sujet 01P3 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : CSGA Equipe 5 « Détection cérébrale des nutriments et homéostasie énergétique » - Pr Corinne LELOUP Titre et Nom du responsable : DR CNRS Luc Pénicaud Adresse complète du laboratoire : 9

E, bd Jeanne d’Arc, 21000 Dijon

MAITRE DE STAGE ET CO-ENCADRANT EVENTUEL : Prénom, Nom et titre : Agnès JACQUIN-PIQUES, Neurologue, MCU-PH en physiologie Tél : 03 80 68 16 65 Fax : 03 80 68 16 01 E-mail : agnes.jacquin-piques@chu-dijon.fr TITRE DU SUJET : Etude du contrôle cérébral de la prise alimentaire par analyse des potentiels évoqués gustatifs chez les personnes obèses ; corrélation avec les taux plasmatiques de leptine, ghréline, insuline et dopamine. CONTEXTE - DEMARCHE - PROBLEMATIQUE : Une susceptibilité individuelle à la prise de poids après consommation alimentaire hypercalorique semble être un argument fort pour expliquer les disparités inter-individuelles de prise de poids. La perception sensorielle serait modifiée chez les sujets obèses, en faveur d’une prise alimentaire plus calorique. Le traitement cérébral de l’information gustative pourrait donc être modifié chez les sujets obèses. En outre, les rôles de la leptine, l’insuline (anorexigènes) et la ghréline (orexigène) sur la perception gustative et les défauts éventuels chez les personnes obèses, ne sont pas ou peu connus. La mesure de l’activité cérébrale gustative par les potentiels évoqués, couplée aux dosages de ces hormones ainsi qu’à ceux de la dopamine, pourrait permettre d’établir des corrélations entre ces deux paramètres. Les potentiels évoqués gustatifs (PEG) sont une technique d’exploration non invasive et reproductible de la voie gustative. A notre connaissance, aucune étude n’a montré de lien entre désordres hormonaux et modification des PEG. Notre hypothèse de travail est qu’il existe une différence de traitement cortical de l’information sensorielle gustative entre les sujets sains et les sujets obèses, qui pourrait être impliquée dans la dérégulation de la prise alimentaire et donc la prise de poids. L’objectif principal de ce travail est de déterminer et comparer les caractéristiques du traitement cortical de l’information sensorielle

gustative après mesure des potentiels évoqués, à jeun et après ingestion d’un repas standardisé, chez les sujets sains et chez les personnes obèses. L’objectif secondaire est de corréler les résultats obtenus avec les taux sanguins de ghréline, leptine, insuline et dopamine. METHODOLOGIE : Il s’agit d’une étude interventionnelle incluant des sujets volontaires sains et des personnes obèses, âgés de 18 ans ou plus, non fumeurs. Le potentiel évoqué gustatif (PEG) sera obtenu après stimulation des récepteurs gustatifs grâce à une solution de saccharose déposée sur la langue. Plusieurs électrodes de recueil des potentiels évoqués gustatifs seront disposées sur le scalp (après préparation de la peau par pâte abrasive et pâte conductrice), en regard de deux aires fonctionnelles cérébrales (aires gustatives primaires et secondaires). Les volontaires participeront à 2 séances. Chaque séance sera effectuée lors de 2 journées différentes, entre 11H00 et 14h00. Lors de chaque séance, les PEG seront enregistrés à 2 reprises : en fin de matinée et en début d’après-midi. Une séance sera effectuée à jeun. Lors de l’autre séance, le sujet aura un repas standardisé. A la fin de chaque session (session à jeun et session avec repas), une recherche de la concentration seuil de saccharose permettant l’activation des récepteurs sensoriels gustatifs des papilles linguales sera effectuée. Avant chaque enregistrement des PEG, une prise de sang pour dosages plasmatiques de ghréline, leptine, dopamine et insuline sera effectuée. Le nombre de sujets nécessaires a été évalué à 40 personnes (20 obèses et 20 sujets sains).

PROFIL SOUHAITE (EVENTUELLEMENT) : Bon niveau général de physiologie (régulation du métabolisme) et de neurosciences Rigueur et dextérité pour la pose des électrodes et la gestion du recueil des potentiels évoqués gustatifs PRINCIPALES RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE DU MAÎTRE DE STAGE DANS LE DOMAINE :

Agnès JACQUIN-PIQUES et al. Individual preference for sweet solutions modulates taste cortical activity recorded by gustatory event-related potentials in human. J Neurol Neurosurg Psychiatry 2015, En cours de soumission

Agnès JACQUIN-PIQUES et al. The role of satiety on the gustatory cortex using gustatory event-related potentials in human. Am J Clin Nutr 2015, En cours de soumission

Brondel L, Jacquin A et al. Le goût : physiologie, rôles et dysfonctionnements. Nutr Clin Met 2013;27:123-33

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Sujet 02P3 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : Centre des Sciences du Goût et de l’Alimentation Titre et Nom du responsable : Luc Pénicaud – Directeur d’Unité Adresse complète du laboratoire : 9

E bd Jeanne d’Arc - 21000 - Dijon

MAITRE DE STAGE : Pascal Schlich (DR, INRA. HDR) - pascal.schlich@dijon.inra.fr – 0380681638 Sylvie Cordelle (IE, CNRS) – sylvie.cordelle.inra.fr - 0380681634 Arnaud Thomas (Doctorant, INRA) - arnaud.thomas@dijon.inra.fr - 0380681688 TITRE DU SUJET : Développement méthodologique en analyse sensorielle temporelle DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : La plateforme ChemoSens du CSGA a développé une méthode descriptive sensorielle qui permet d’établir la séquence selon laquelle les différentes sensations sont perçues au fil de la dégustation d’un aliment ou d’une boisson. Cette méthode, intitulée Dominance Temporelle des Sensations (DTS) (Pineau et al. 2009), a été récemment associée à des mesures temporelles de l’appréciation hédonique, afin d’en définir les déterminants (Thomas et al. 2015). ChemoSens souhaite désormais mieux comprendre la temporalité de l’appréciation hédonique. L’objectif principal de ce projet est d’identifier les périodes importantes de la dégustation pour l’élaboration de l’appréciation finale du produit par le sujet. Le deuxième objectif est de mettre en évidence les sensations spécifiques qui induisent cette appréciation hédonique et qui vont impacter l’image mémorisée du produit. Afin de répondre à ces objectifs, un modèle alimentaire caractérisé par une attaque hédonique agréable et un arrière-goût désagréable (et vice versa) est envisagé. METHODOLOGIE : Le stagiaire utilisera les techniques d’analyse sensorielle temporelle développées par la plateforme ChemoSens afin de mesurer les sensations perçues et l’appréciation hédonique lors de différentes séances. Le stagiaire sera basé au sein de la plateforme sensorielle et son travail consistera à participer à l'élaboration des protocoles et à leur mise en place : recherche bibliographique, développement des protocoles, recrutement des sujets, choix des produits, préparation des séances, organisation des dégustations, analyse des résultats et rédaction d’un rapport.

PROFIL SOUHAITE : Connaissances en évaluation sensorielle et en statistique. Bon niveau en anglais. PRINCIPALES REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUE DU MAITRE DE STAGE DANS LE DOMAINE Pineau, N., Schlich, P., Cordelle, S., Mathonnière, C., Issanchou, S., Imbert, A., Rogeaux, M.,

Etiévant,P., Köster, E. (2009) Temporal Dominance of Sensations: Construction of the TDS curves and comparison with time–intensity. Food Quality and Preference, 20, 450–455

Thomas A., Visalli M., Cordelle S., Schlich P. Temporal drivers of liking. (2015). Food Quality and Preference, 40, 365‐375.

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Sujet 03P3 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : INRA - UMR CSGA Titre et Nom du responsable : Dr Luc Penicaud (DR) Adresse complète du laboratoire : 17 rue Sully, BP 86510, 21065 Dijon cedex MAITRE DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Eric Neyraud / Martine Morzel, Chargés de Recherches Tél : 03.80.69.30.85 Fax : 03 80 69 32 27 E-mail : eric.neyraud@dijon.inra.fr TITRE DU SUJET : Impact de la dégradation du film salivaire tapissant la langue sur la sensibilité gustative DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Le goût est un des sens les plus sollicités lors de la consommation d’un aliment et il peut être responsable de l’acceptabilité ou du rejet de celui-ci. Cette sensation est due à la stimulation, par des molécules sapides, de récepteurs sensoriels principalement localisés dans les papilles gustatives de la langue. Cependant, avant de stimuler ces récepteurs, les molécules sapides doivent traverser un film biologique constitué de bactéries et de salive qui recouvre la surface de la langue. Le rôle de ce film est peu connu mais il pourrait être impliqué dans les mécanismes conduisant à la perception gustative en modulant la concentration en molécules sapides au niveau des récepteurs. Lors de précédentes études, notre équipe a suggéré les rôles de la protéolyse et de l’activité bactérienne de ce film dans la gustation. Nous proposons ici d’étudier l’impact de la dégradation de ce film sur la sensibilité gustative. Pour cela, le candidat choisi devra mesurer le seuil de détection pour différentes saveurs auprès d’un panel de sujets avant et après déstructuration du film salivaire. Les résultats obtenus permettront de déterminer si la déstructuration du film salivaire entraine une modification de la sensibilité pour les différentes saveurs. METHODOLOGIE : Dans un premier temps, le candidat retenu devra mettre au point, sur un nombre restreint de sujets, une méthode de déstructuration du film salivaire par raclage de la surface de la langue à l’aide d’un « gratte langue » et/ou de bains de bouche antiseptiques. En parallèle, il devra recruter un panel de sujets. Les seuils de détections seront déterminés sur

l’ensemble des sujets par une série de tests 3-AFC et des méthodes similaires développées par le personnel de la plateforme Chemosens impliqué dans ce projet. Suite à cette détermination, le candidat informera les sujets sur la méthodologie de déstructuration du film salivaire afin que ceux-ci y procèdent. Les seuils aux différentes saveurs seront à nouveau déterminés suite à ce traitement. Le candidat devra ensuite déterminer l’influence du traitement sur les différents seuils à l’aide d’outils statistiques. PROFIL SOUHAITE (EVENTUELLEMENT) : Formation général en biologie et/ou sciences des aliments. Une expérience en analyse sensorielle sera un plus. PRINCIPALES RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE DU MAÎTRE DE STAGE DANS LE DOMAINE Mounayar R, Morzel M, Brignot H, Tremblay-Franco M, Canlet C, Lucchi G, Ducoroy P, Feron G, Neyraud E. Nutri-metabolomics Applied to Taste Perception Phenotype: Human Subjects with High and Low Sensitivity to Taste of Fat Differ in Salivary Response to Oleic Acid OMICS-a Journal of Integrative Biology 2014; 18: 666-672 Mounayar R, Morzel M, Brignot H, Tremblay-Franco M, Canlet C, Lucchi G, Ducoroy P, Feron G, Neyraud E. Salivary markers of oral sensitivity to oleic acid: a combined proteomics and metabolomics approach Metabolomics 2014; 10:688-696 Neyraud E. Role of saliva in oral food perception. “Saliva” in “Monographs in Oral Science” Karger 2014. 24: 61-70 Mounayar R, Septier C, Chabanet C, Feron G, Neyraud E. Oral fat sensitivity in humans: links to saliva composition before and after stimulation by oleic acid. Chemosensory Perception 2013; 6: 118-126 Neyraud E, Tremblay-Franco M, Gregoire S, Berdeaux O, Canlet C. Relationships between the metabolome and the fatty acid composition of human saliva; effects of stimulation. Metabolomics 2013; 9, 213-222 Neyraud E, Palicki O, Schwartz C, Nicklaus S, Feron G. Variability of human saliva composition: Possible relationships with fat perception and liking. Archives of Oral Biology 2012; 57, 556-566 Neyraud E, Heinzerling C I, Bult J H F, Mesmin C, Dransfield E. Effects of Different Tastants on Parotid Saliva Flow and Composition. Chemosensory Perception 2009; 2, 108-116 Neyraud E, Bult J H F, Dransfield E. Continuous analysis of parotid saliva during resting and short-duration simulated chewing. Archives of Oral Biology 2009; 54, 449-456 Neyraud E, Sayd T, Morzel M, Dransfield E. Proteomic analysis of human whole and parotid salivas following stimulation by different tastes. Journal of Proteome Research 2006; 5, 2474-2480

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Sujet 04P3 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : Centre des Sciences du Goût et de l’Alimentation (CSGA) Titre et Nom du responsable : Luc PENICAUD Adresse complète du laboratoire : 9

E Bd Jeanne d’Arc, 21000 DIJON

MAITRE DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Anne-Marie LE BON, directeur de recherche Tél : 03 80 68 16 13 E-mail : Anne-Marie.Le-Bon@dijon.inra.fr TITRE DU SUJET : Inluence de l’environnement lipidique sur la signalisation olfactive périphérique. DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Des études récentes suggèrent que l’état nutritionnel peut affecter le fonctionnement du système olfactif. Il a été montré qu’un régime déficient en acides gras polyinsaturés (AGPI) de la série oméga-3 altère la discrimination olfactive chez le rat et réduit le taux de ces acides gras dans le bulbe olfactif et dans certaines régions centrales impliquées dans la mémoire et l’apprentissage. Au niveau périphérique, une diminution de l’amplitude des signaux électriques générés par l’épithélium olfactif et du nombre de neurones olfactifs a été mise en évidence chez des souris soumises à un régime hyper-lipidique. Ces observations suggèrent que l’apport alimentaire en lipides peut avoir une influence notable sur la physiologie et le fonctionnement du système olfactif périphérique. Dans ce contexte, le sujet de master proposé a pour objectif d’étudier l’impact des lipides sur la fonctionnalité des récepteurs olfactifs et à explorer les mécanismes impliqués. Deux modèles expérimentaux seront mis en œuvre : un système cellulaire d’expression hétérologue (lignée HEK293) transfecté par des récepteurs olfactifs d’une part, des cils de neurones olfactifs de rongeur d’autre part. Dans chacun de ces modèles, nous évaluerons l’effet de lipides membranaires (cholestérol et AGPI notamment) sur l’activation de récepteurs olfactifs et sur leur capacité à s’incorporer dans les rafts. L’influence de ces lipides sur la genèse du signal olfactif (couplage récepteur - protéine G, activité de l’adénylate cyclase) sera également étudiée.

METHODOLOGIE : - Culture cellulaire : maintenance, transfection - Isolement de cils olfactifs : choc calcique, centrifugation

- Préparation de rafts : ultracentrifugation de gradient de sucrose, western blot - Test fonctionnel : mesure d’AMPc par bioluminescence

PROFIL SOUHAITE : Connaissances théoriques/pratiques en biologie cellulaire et biochimie. PRINCIPALES RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE DU MAÎTRE DE STAGE DANS LE DOMAINE Audouze K. et al. 2014. Identification of odorant-receptor interactions by global mapping of the human odorome. PLoS One, 9(4):e93037. Thiebaud N. et al. 2013. Odorant metabolism catalyzed by olfactory mucosal enzymes influences peripheral olfactory responses in rats. PLoS One, 8(3):e59547.

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Sujet 05P3 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : CSGA Titre et Nom du responsable : Luc Pénicaud, DR, directeur Adresse complète du laboratoire : CSGA – site CSG, 9

E bd Jeanne d’Arc, 21000 Dijon

MAITRE(s) DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Catherine DACREMONT, PR Tél : 03 80 68 16 Fax : 03 80 69 32 27 E-mail : catherine.dacremont@u-bourgogne.fr TITRE DU SUJET : Accords met-boisson DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Le choix d’une association plat - boisson fait partie de nos choix alimentaires quotidiens. Toutes les associations ne sont pas également appréciées, certaines sont plus pertinentes que d’autres (Cornwell & McAlister, 2013). Les principes qui régissent ces associations, encore mal connus, commencent à être étudiés. Au-delà de l’appréciation individuelle des deux éléments, le plat et la boisson, l’appréciation de l’association semble régie par des règles. Parmi les principes avancés par les experts (sommeliers, critiques gastronomiques) pour associer plat et boisson, la similarité aromatique est souvent mise en avant. L’idée est que, si le plat et la boisson partagent des caractéristiques aromatiques communes, leur association doit aboutir à un ensemble harmonieux, équilibré et apprécié. L’objectif de ce projet est d’explorer l’impact de la similarité gustative entre un aliment et une boisson sur l’appréciation de leur association. Pour répondre à cet objectif, un aliment sélectionné pour représenter un élément d’un repas est présenté accompagné d’une boisson (bière). Plusieurs bières sont sélectionnées, présentant une similarité aromatique plus ou moins importante avec l’aliment (similarité forte, moyenne, faible, très faible). L’appréciation de l’association aliment-bière est mesurée avec des consommateurs. La démarche est répétée avec un autre boisson (vin) et un autre aliment pour tester la généralité du principe. METHODOLOGIE : L’étude est menée au sein de l’équipe CEP (Culture-Expertise-Perception) du CSGA. Les méthodes employées sont les méthodes d’évaluation sensorielle. Le stagiaire aura en charge l’étude de sa conception à l’interprétation des résultats. Il sera

particulièrement chargé de : choisir les aliments / boisson testées, recruter les participants des tests sensoriels, réaliser l’étude sensorielle (rédaction des questionnaires, planifier / organiser les tests), collecter archiver les données, analyser et interpréter les résultats. PROFIL SOUHAITE (EVENTUELLEMENT) : connaissances en évaluation sensorielle et/ou psychologie cognitive de la perception, des bases en statistiques seraient un plus PRINCIPALES RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE DU MAÎTRE DE STAGE DANS LE DOMAINE Sester, C., Dacremont, C., Deroy, O., Valentin D. (2013) Investigating consumers’ representations of beers through a free association task: A comparison between packaging and blind conditions. Food Quality and Preference 28, 475-483. Sester, C. Deroy, O., Sutan, A., Gallia F., Desmarchelier, J.F., Valentin D., Dacremont, C. (2013). Having a drink in a bar": an immersive approach to explore the effects of context on food choice. Food Quality and Preference 28 (1), 23-31.

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Sujet 06P3 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : LNC INSERM 866 Titre et Nom du responsable : Dr et Directeur de recherche Adresse complète du laboratoire : Physiologie de Nutrition & Toxicologie, UB/AgroSup, (Responsable : Prof. P. Besnard) MAITRE(s) DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Naim KHAN, Pr CE ; Tél : 0380396312 Fax : 0383396330 E-mail : naim.khan@u-bourgogne.fr TITRE DU SUJET : "Implication des canaux calciques dans la perception gustative des lipides alimentaires"

DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Dans le régime occidental, les lipides alimentaires représentent près de 40% des apports caloriques journaliers alors que les recommandations nutritionnelles sont plus faibles de 5 à 10%. L’origine de cette attirance pour les corps gras est aussi retrouvée également chez la souris. On a longtemps pensé que la perception oro-sensorielle des lipides alimentaires dépendait uniquement de leurs propriétés olfactives et texturales. Des études récentes montrent que la gustation joue un rôle important dans la préférence spontanée pour les corps gras. Notre équipe a démontré que la protéine CD36, connue pour se lier aux acides gras à longue chaîne (AGLC), est abondamment exprimée au niveau de cellules des papilles gustatives chez la souris. En ce qui concerne la signalisation cellulaire, l’augmentation du calcium intracellulaire joue un rôle clés dans la perception oro-sensorielle des lipides alimentaires. Dans cette étude, nous nous proposons d’étudier le rôle des canaux calciques de la famille TRPC3/6/7 (transcient receptor potential canonical 3/6/7) dans la signalisation cellulaire gustative. Les expériences seront réalisées sur les cellules murines en utilisant une sonde fluorescente. Nous allons, en même temps, étudier l’expression de ces canaux dans les cellules fongiformes. Nous allons mettre en évidence de l’activation de ces canaux via les lipido-récepeturs (CD36 et GPR120). Finalement, un test de double choix sera réalisé sur les souris n’exprimant pas les canaux TRPC3/6/7) pour démontrer leur rôles dans la préférence alimentaires lipidiques.

METHODOLOGIE : RT-PCR, test de double choix, western blot

PROFIL SOUHAITE (EVENTUELLEMENT) : Biologie cellulaire et physiologie

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Sujet 07P3 LABORATOIRE : Nom du Laboratoire : CSGA Titre et Nom du responsable : Luc Pénicaud Adresse complète du laboratoire : CSGA – site INRA, 17 rue Sully, 21000 Dijon MAITRE(s) DE STAGE : Prénom, Nom et titre : Dr Canon Francis & Dr Neiers Tél : 03 80 69 35 29 Fax : 03 80 69 32 27 E-mail : francis.canon@dijon.inra.fr; Fabrice.Neiers@u-bourgogne.fr

TITRE DU SUJET : Etude du rôle fonctionnel de lipocaline salivaire humaine

DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : La lipocaline salivaire (LCN1) pourrait jouer un rôle dans la perception du gras en solubilisant et transportant des acides gras jusqu’aux récepteurs gustatifs (Gilbertson, 1998; Feron & Poette, 2013). En effet, cette protéine appartient à la famille des lipocalines, qui sont des protéines de transport de molécules hydrophobes (Bläker et al., 1993). Cette protéine présente une cavité hydrophobe à l’intérieur de laquelle peuvent se loger de petits ligands hydrophobes type acide gras ou molécules d’arôme (Breustedt et al., 2005). Cette protéine pourrait également agir de concert avec la (les) protéine(s) salivaire(s) responsables de l’activité lipolitique de la salive (Gilbertson, 1998;Feron & Poette, 2013). Ainsi, le rôle exact de cette protéine au sein de la salive est à l’heure actuelle encore mal compris. Son implication potentielle dans la perception du gras mais également dans la perception aromatique fait qu’il est important de mieux comprendre les fonctions de cette protéine.

Une stratégie pouvant permettre de réaliser cet objectif est d’étudier à la fois la capacité de cette molécules à interagir avec des molécules de type acides gras et molécules d’arôme, ainsi que d’identifier le réseau de protéines salivaires avec lequel interagit LCN1 au travers d'une approche d'interactomique.

METHODOLOGIE :

Production et purification de LCN1 portant un tag poly histidine

Etude des interactions LCN1 – acides gras et des molécules d’arôme par fluorimétrie

Purification des partenaires de LCN1 à partir d’un mélange salive + LCN1 tagué.

PROFIL SOUHAITE (EVENTUELLEMENT) :

PRINCIPALES RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUE DU MAÎTRE DE STAGE DANS LE DOMAINE

Barou, E., Belloir, C., Neiers, F., & Briand, L. (2015). Odorant-binding protein engineering: impact on binding properties. Chemical Senses, 40(3), 234-235.

Canon, F., et al. (2013). Photodissociation and dissociative photoionization mass spectrometry of proteins and noncovalent protein-ligand complexes. Angewandte Chemie (International ed. in English), 52(32), 8377-8381.

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Sujet 08P3 LABORATOIRE : CSGA – Centre des Sciences du Gout et de l’Alimentation – 21000 DIJON MAITRES DE STAGE : Thierry Thomas-Danguin (CR INRA), Tél: 03 80 69 30 84, Email: thierry.thomas-danguin@dijon.inra.fr Gérard Coureaud (CR CNRS), Tél: 03 80 68 16 75, Email: gerard.coureaud@u-bourgogne.fr TITRE DU SUJET : Odeurs et aliments : influence de la complexité du stimulus sur la perception d’accords aromatiques

DEMARCHE ET PROBLEMATIQUE : Plusieurs résultats récents ont montré que la qualité aromatique perçue pour certains mélanges de composés odorants alimentaires est différente des qualités aromatiques individuelles perçues pour les constituants du mélange. Ceci valide la notion d’«accord aromatique» souvent utilisée dans les milieux professionnels de la parfumerie et de l’aromatique alimentaire (Le Berre et al., 2008 ; Thomas-Danguin et al., 2014). De façon intéressante, cette notion d’accord semble trouver crédit non seulement chez l’Homme, mais également chez l’animal : le lapin nouveau-né répond ainsi différemment, sur le plan comportemental, à un mélange binaire connu pour former un accord aromatique chez l’Homme, et à ses composantes (Coureaud et al., 2008, 2014). Il en est de même dans un mélange plus complexe de six constituants, même si le lapereau parvient toujours à percevoir l’odeur des éléments (Sinding et al., 2013; Romagny et al., 2014). Nous souhaitons ici mieux comprendre le lien entre complexité du stimulus et perception olfactive chez l’Homme.

METHODOLOGIE : Le stage de recherche proposé pour ce M2 vise à étendre à des mélanges de grande complexité les résultats obtenus jusqu’ici avec des mélanges de deux à six odorants. L’objectif est de conduire une étude sensorielle chez l’Homme permettant de tester si les sujets sont capables de percevoir un ou plusieurs odorants au sein de mélanges très complexes. Plus généralement, l’enjeu de ces travaux de recherche est de révéler les

processus perceptifs qui sont à la base de la formation et de l’évolution des représentations que nous avons de nos aliments et qui en conditionnent largement l’acceptabilité. Ce stage de M2-Recherche amènera l’étudiant à participer concrètement à l’élaboration de protocoles expérimentaux, à la réalisation d’expériences chez l’Homme, à l’analyse des résultats, et à leurs valorisations sous forme écrite et orale.

PROFIL SOUHAITE : - Aptitudes à l’animation de panel de dégustateurs, aisance orale.

- Connaissances en évaluation sensorielle notamment olfactive.

- Maîtrise de l’outil informatique (traitement de texte, gestion des données, analyse statistique) ; Compétences de base en analyse de données.

- Compréhension de l’anglais écrit.

RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES

Le Berre, E., Thomas-Danguin, T., Béno, N., Coureaud, G., Etiévant, P., & Prescott, J. (2008). Chemical Senses, 33(2), 193–9. Coureaud, G., Thomas-Danguin, T., Le Berre, E., & Schaal, B. (2008). Physiology & Behavior, 95(1-2), 194–9. Coureaud, G., Thomas-Danguin, T., Wilson, D.A., Ferreira, G. (2014) Proceedings B of the Royal Society, 281, 20133319. Romagny, S., Thomas-Danguin, T., & Coureaud, G. (2014). PloS One, 9(9), e107560. Thomas-Danguin, T., Sinding, C., Romagny, S., El Mountassir, F., Atanasova, B., Le Berre, E., Le Bon, A-M., Coureaud, G. (2014). Frontiers in Psychology, 5, 504. Sinding, C., Thomas-Danguin, T., Chambault, A., Béno, N., Dosne, T., Chabanet, C., … Coureaud, G. (2013). PloS One, 8(1), e53534.