A L I M E N T A T I O N

A G R I C U L T U R E

E N V I R O N N E M E N T

UR GEQA INRA San Giuliano

Journée de présentation de la Fédération de Recherche

Corte, 11 novembre 2007

Présentation FRES

11 décembre 2007

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E N V I R O N N E M E N T

Présentation de l’unité GEQA

Les structures

• 2000 m² de serres et tunnels

• Un domaine de 100 ha en propriété

Illustration possible sur le

côté

• Un bâtiment de recherche de 1000 m²

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E N V I R O N N E M E N T

6%

20%

26%

42%

6%

Ch. Ing. TR AJT AGT

Présentation de l’unité

Le potentiel humain

• 35 titulaires : 9 C + I , 24 cat. B + C

• Contribution des départements• GAP : 62.8% • EA : 28.6% • SPE : 5.7%

• 3 doctorants

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E N V I R O N N E M E N T

Présentation de l’unité

Les missions

• Développer des programmes de recherche

• Expérimentation (AREFLEC)• Relation Recherche-développement• Diffusion de matériel végétal

• Former et informer• Enseignement (120 à 150 h/an M1 et M2)• Formation de stagiaires, thésards, chercheurs, techn.• Communication

• Contribuer au développement local

• Inclus dans la stratégie des départements GAP et EA• Collaborations locales, nationales et internationales

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Unité GEQA INRA

Programmes de recherche

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E N V I R O N N E M E N T

Programmes

Collection d’arbres sains conservés en plein champ=> patrimoine unique d’intérêt national et international

Outil et objet de recherche

La collection d’agrumesINRA-CIRAD

~ 1100 accessions de 3 espèces botaniques + qq apparentés

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E N V I R O N N E M E N T

Maintien et gestion de la collection

- Pérennisation des Ressources Génétiques- Gestion du matériel végétal (utilisation, diffusion…)- Gestion de la connaissance sur les RG

- Amélioration des protocoles de détection de µ-organismes pathogènes (certification fruitière)

- Démarche d’accréditation CRB agrumes (réseau INRA GAP)

- Développement d’un outil informatique pour la gestion des bases de données (réseau INRA GAP, projet SIREgal)

Les enjeux

Les actions

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E N V I R O N N E M E N T

- Qualité et certification des clémentines – IGP clémentine de Corse (=> objet de recherche)

Interface recherche-expérimentation- développement

Un appui à la filière agrumicole

- Proposer un matériel végétal adapté - Amélioration de la production (génétique-environnement-qualification)

- Sélection de variétés et porte-greffe (transfert à l’AREFLEC)

- Lutte intégrée (AREFLEC)

Les enjeux

Les actions

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E N V I R O N N E M E N T

Poncirus Poncirus trifoliatatrifoliata

Etude de la diversité génétique et de l’évolution des espèces

- OptimiserOptimiser la gestion de la conservation des R.G. (homonymie, synonymie, core collection…) ;

- RationaliserRationaliser son exploitation (choix des géniteurs, probabilité de succès, stratégies d’amélioration adaptées)

Les enjeux

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E N V I R O N N E M E N T

- Descripteurs phénotypiques (IPGRI, UPOV)

- Développement de marqueurs de l’ADN

• Contrats: CTPS 2000-2002 « Mandariniers »; CPER; PRAD 2005; BRG 2007…

Les moyens

• Collaborations: Laboratoires Université Corse; INRA Maroc; IAV Hassan II; CIRAD…

• Contrats: Génoscope 2000 ; CRB 2001-2002 ; PRAD 2003 Génoscope 2005; …

• Collaborations: CIRAD, PR, IVIA (Espagne), …

Etude de la diversité génétique et de l’évolution des espèces

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E N V I R O N N E M E N T

Transfert du savoir faire

• Développement de coopérations internationales -> accès à des ressources génétiques originales (Coopération décentralisée Vietnam; PRADs Maroc)

• Collaboration avec l’IVIA et le CIRAD pour harmonisation des procédés– co-encadrement d’une thèse sur la génétique d’association (2008-2011)

• Aide au développement d’une structure privée pour l’expertise analytique des fraudes sur les jus de fruits (société ADNid)

Etude de la diversité génétique et de l’évolution des espèces

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E N V I R O N N E M E N T

Thématiques de recherche GEQA

• Elaboration d’une vision globale de la qualité

• Création de modèles mixtes écophysiologiques et génétiques de la qualité (objectif à LT) ;

• Etude de l’élaboration de la qualité en situation de contrainte

Recentrage des compétences sur la qualité organoleptique des fruits

Objectifs

Enjeux

• Contrôle des principaux paramètres de la qualité • Recherche de génotypes adaptés aux conditions

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E N V I R O N N E M E N T

• GénétiqueGénétique: Etude du contrôle génétique des critères de qualité (QTL)

Localisation des gènes sur cartes génétiques

Identifier les gènes impliqués (génomique…)

Recherche de la variabilité des QTL dans la collection

• Eco-physiologiqueEco-physiologique: Identifier les processus et, au sein de processus, les étapes-clés affectées par les facteurs de l’environnement

Thématiques de recherche GEQA

Deux approches complémentaires

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E N V I R O N N E M E N T

Les caroténoïdes• Composants essentiels qualité (coloration, maturité, valeur santé)

• Variation de coloration chez agrumes

Les critères majeurs ciblés

• Les voies de biosynthèse sont connues

• Critère majeur de la qualité (maturité, valeur santé)• Pb du cahier des charges de l’IGP• Connaissances empiriques (températures,..)

L’acidification de la pulpe

Croissance du fruit

• Calibre = qualité ‘marchande’ • Sucre/eau : cœur des modèles « qualité »• Contribution de la peau des fruits à peau épaisse ?

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E N V I R O N N E M E N T

Réseau de collaborations local / national

• Université de Corse: labo de Biochimie -Thèse de M.V. Albertini (2004-2007) « Déterminismes biochimique et génétique de l’acidification de la pulpe » - Nouvelle thèse dans la continuité «  Relation Carbonne-acidité » 2008-2010

• CIRAD UPR « Multiplication végétative » et autres - Thèse de l’université de Corse A.L. Fanciullino (05-07) « Etude du déterminisme génétique de la variation biochimique en caroténoïdes » -

à moyen terme étude des car. sous contraintes saline (thématique CIRAD)

et hydrique (fut une thématique GEQA)

• Université de Corse: labos de Chimie ‘Corte’ et CBM ‘Vignola’ composition autres métabolites secondaires (huiles essentielles, composés volatils, polyphénols) objet d’études inclus dans les thématiques de plusieurs thèses

3 thématiques = supports des APR de la CTC

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E N V I R O N N E M E N T

Etude des paramètres sous contraintes

ObjectifsFacteurs biotiqueset abiotiques

ROSSucres

Synthèse des caroténoïdes

1) Effet direct de l’environnement via les ROS ;2) Effet indirect de l’environnement via les sucres ;3) Effet des viroïdes4) Effet du stress salin et hydrique.

Perspectives• Modélisation (avec réseau INRA )Intégration avec « croissance/sucres  » et « acidité »

• Valorisation/AREFLEC.

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E N V I R O N N E M E N T

Collaborations internationales

- Connaissance du génome /- membre consortium international citrus- développement carte génétique avec IFAS (USA, FL)- protéomique CNR Pisa (INTERREG IIIa)

- Ressources génétiques /- IVIA harmonisation des procédés de caractérisation- transfert du savoir faire (B.Méd.; Vietnam…)

- Thématique ‘qualité’ /- IVIA (acidité) => outils d’analyse d’expression des gènes

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