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biologie moléculaire | pratique
19OptionBio | lundi 9 février 2009 | n° 412
Les tests d’amplification génique qui consis-tent à amplifier et détecter une séquence nucléique spécifique de Mycobacterium
tuberculosis directement dans les prélèvements sont bien validés lorsque l’examen microscopique est positif. Ils offrent la possibilité de raccourcir à quelques heures le délai du diagnostic de la tuberculose dans les prélèvements d’origine respiratoire et sont efficaces pour affirmer la maladie tuberculeuse avec une très bonne valeur prédictive positive. Ils ne sont en revanche pas recommandés lorsque l’examen microscopique est négatif. Dans ce cas, la sensibilité de 70 % ne permet pas d’éliminer la tuberculose en cas de résultat négatif et la valeur prédictive de 50 % ne permet pas non plus de l’affirmer.Une des approches pour améliorer les perfor-mances des tests d’amplification génique a été de faire appel aux techniques de PCR en temps réel, qui sont plus sensibles que les techniques PCR classiques.
La PCR en temps réel non recommandée devant une faible suspicion de tuberculoseEn 2007, la société Bio-Rad a développé un kit de PCR en temps réel appelé NAT RT TB®.Ce kit a été évalué par une équipe du CHU Pitié-Salpêtrière, sur une cohorte de 222 malades hau-tement suspects de tuberculose.Globalement, le test a été positif pour le gène IS6110 et/ou la région RD9 pour 25 des 39 échan-tillons à culture positive avec M. tuberculosis, soit 64 % de positivité.Plus précisément, le test a été positif pour 100 % des six échantillons à examen microscopique positif (M+) et positif pour 20 des 34 échantillons à examen microscopique négatif (M–) mais à culture positive.Enfin, le test a été négatif pour 171 des 182 échan-tillons à culture négative.
Comparée à la culture, la sensibilité “brute” du test lors de l’évaluation a été de 59 % pour les échantillons M– et la spécificité “brute” de 94 %, avec une valeur prédictive positive de 64 % et une valeur prédictive négative de 92 % compte tenu de la prévalence élevée de la tuberculose dans la cohorte étudiée.Cette évaluation a montré que, malgré les pro-grès techniques (PCR temps réel, 2 séquences d’ADN cible), le test NAT RT TB® ne peut pas être recommandé lorsque l’examen microscopique des prélèvements est négatif et que la suspicion de tuberculose n’est pas forte.
Une bonne valeur prédictive de l’antibiorésistance en cas de prévalence inférieure à 20 %La détection de la résistance de M. tuberculosis à la rifampicine et à l’isoniazide est une autre appli-cation des techniques d’amplification génique.Une nouvelle trousse GenoType® MTBDR plus (www.biocentric.com) a été évaluée pour la codé-tection rapide de mutations impliquées dans la résistance de M. tuberculosis à la rifampicine et à l’isoniazide.Cette trousse est basée sur une hybridation sur bandelette d’amplicons PCR des zones d’intérêt des gènes rpoB (ARN polymérase), katG (catalase péroxydase) et du promoteur du gène inhA (enoyl-ACP réductase).L’évaluation de la trousse GenoType® MTBDR plus a montré que cette trousse permet de détecter toutes les souches résistantes à la rifampicine et significativement plus de sou-ches résistantes à l’isoniazide que la version précédente (88 % versus 70 %) et en particulier plus de souches résistantes à bas niveau (69 % versus 17 %).Trois situations épidémiologiques réelles de résistance à l’isoniazide ont été prises en compte afin de simuler les conséquences pratiques des
performances du test en matière de résistance à l’isoniazide.Les trois situations étudiées ont concerné les nouveaux malades nés en France (incidence de la résistance 1,8 %), les nouveaux cas en Lettonie (incidence de la résistance 29 %) et les cas déjà traités d’une région de Russie (incidence de la résistance 70 %).Les résultats ont montré que la valeur prédictive négative du test est très bonne (> 95 %) tant que la prévalence de la résistance à l’isoniazide est inférieure à 20 %, mais elle chute au-delà.Ce nouveau kit GenoType® MTBDR plus peut être utilisé en routine dans le cadre de l’aide à une institution rapide du traitement antituber-culeux, notamment chez les malades les plus contagieux.
Un nouveau système de microplaquesEnfin, concernant la détermination de la résis-tance aux anti-infectieux des mycobactéries à croissance rapide recommandée compte tenu de la variabilité intra-espèce de ces bactéries, un nouveau système de microplaque (Sensiti-tre®, Trek Diagnostic Systems) est actuellement disponible. Cette méthode de détermination de la concentration minimale inhibitrice en milieu liquide apparaît plus fiable et moins fastidieuse que la méthode E-Test déjà disponible. |
CHANTAL BERTHOLOM
professeur de microbiologie
École nationale de physique-chimie-biologie, Paris (75)
Les nouvelles techniques de diagnostic des infections à mycobactéries
Si les tests d’amplification génique pour la détection de Mycobacterium tuberculosis ne sont recommandés qu’en cas de résultat positif à l’examen microscopique, les techniques de PCR en temps réel montrent une meilleure valeur prédictive sans toutefois modifier la première performance. Quant à la détection de l’antibiorésistance, elle trouve une nette amélioration dans la mise sur le marché du dernier test.
SourceCommunication de N. Veziris (CHU Pitié-Salpêtrière, Paris), IIIe Jour-née de Microbiologie clinique du Collège de bactériologie, virologie et hygiène des hôpitaux, 20 juin 2008, Paris (75).
