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UNIVERSITÉ PIERRE ET MARIE CURIE (PARIS VI)

FACULTÉ DE MÉDECINE PIERRE ET MARIE CURIE

ANNÉE 2011 THÈSE N° 2011PA06G065

THÈSE POUR LE DIPLÔME D’ÉTAT

DE DOCTEUR EN MÉDECINE

Discipline : médecine générale

Présentée et soutenue publiquement le 2 Décembre 2011 À Bobigny

Par Maud Quéau

Née le 7 avril 1982 à Paris 13ème

La diarrhée à Campylobacter spp. : quelles pratiques à modifier pour améliorer son diagnostic et sa prise en charge ?

Enquête auprès de médecins généralistes et laboratoires de biologie parisiens.

DIRECTEUR DE THÈSE :

Madame le Docteur Véronique MANCERON

JURY :

Monsieur le Professeur Olivier BOUCHAUD, Président

Madame le Professeur Agnès LEFORT

Madame le Professeur Isabelle MAHÉ

Madame le Docteur Guilène BARNAUD

Monsieur le Professeur Jean LAFORTUNE

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REMERCIEMENTS

À Monsieur le Professeur Olivier Bouchaud, pour l’honneur que vous me faites en acceptant

de présider la soutenance de cette thèse. Veuillez trouver dans ce travail l’expression de

mon plus profond respect.

Aux Professeurs Agnès Lefort et Isabelle Mahé, au Docteur Guilène Barnaud, au Professeur

Jean Lafortune, pour l’honneur que vous me faites en participant à ce jury. Veuillez trouver

ici l’expression de mon plus profond respect.

Au Docteur Véronique Manceron, pour avoir accepté de diriger cette thèse, pour m’avoir

épaulée et guidée, pendant ce stage d’internat à Louis Mourier comme pendant ce travail :

merci infiniment.

Au Docteur Radenne, pour son soutien et ses judicieux conseils toutes ces années.

Au Docteur vétérinaire Julien Santolini, sans qui cette thèse n’existerait pas.

Au Professeur Mégraud, responsable du Centre national de référence des Campylobacter et

Helicobacter de Bordeaux, et au Docteur Lisa King, du département des maladies

infectieuses de l’Institut de veille sanitaire, pour votre aide et commentaires précieux.

À mes parents et à mon frère, merci pour votre amour et votre soutien éternels.

À Victor, mon évidence.

À ma famille, proches et amis, merci pour tout.

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SERMENT D’HIPPOCRATE

En présence des Maîtres de cette École, de mes

chers condisciples et devant l’effigie

d’Hippocrate, je promets et je jure d’être fidèle

aux lois de l’honneur et de la probité dans

l’Exercice de la Médecine. Je donnerai mes

soins gratuits à l’indigent et n’exigerai jamais

un salaire au-dessus de mon travail.

Admis dans l’intérieur des maisons, mes yeux

ne verront pas ce qui s’y passe, ma langue taira

les secrets qui me seront confiés, et mon état ne

servira pas à corrompre les mœurs ni à favoriser

le crime. Respectueux et reconnaissant envers

mes Maîtres, je rendrai à leurs enfants

l’instruction que j’ai reçue de leurs pères.

Que les hommes m’accordent leur estime si je

suis fidèle à mes promesses ! Que je sois couvert

d’opprobre et méprisé de mes confrères si j’y

manque.

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PROFESSEURS DES UNIVERSITÉS-PRATICIENS HOSPITALIERS, ET MAÎTRES DE CONFÉRENCES

UNIVERSITAIRES DE LA FACULTE DE MÉDECINE PARIS VI

UFR Médicale Pierre et Marie CURIE ‐ Site PITIÉ LISTE DES MCU-PH : ANKRI Annick HÉMATOLOGIE BIOLOGIQUE AUBRY Alexandra BACTÉRIOLOGIE AXELRAD Herbert PHYSIOLOGIE BACHELOT Anne ENDOCRINOLOGIE (Stagiaire) BELLANNE-CHANTELOT Christine GÉNÉTIQUE BENOLIEL Jean-Jacques BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE BENSIMON Gilbert PHARMACOLOGIE BORSOS Anne-Marie BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE BOUTOLLEAU David VIROLOGIE BROUSSE Geneviève PARASITOLOGIE BUFFET Pierre PARASITOLOGIE CARCELAIN-BEBIN Guislaine IMMUNOLOGIE CARRIE Alain BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE CHARLOTTE Frédéric ANATOMIE et CYTOLOGIE PATHOLOGIQUES CHARRON Philippe GÉNÉTIQUE/CARDIOLOGIE COLLET Jean-Philippe DÉPARTEMENT DE CARDIOLOGIE COMPERAT Eva ANATOMIE PATHOLOGIQUE CORVOL Jean-Christophe PHARMACOLOGIE COULET Florence GÉNÉTIQUE COUSSIEU Christiane BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE DALOZ Madeleine ANESTHÉSIOLOGIE ET RÉANIMATION DANZIGER Nicolas PHYSIOLOGIE DATRY Annick PARASITOLOGIE DELERS Francisco BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE DEPIENNE Christel GÉNÉTIQUE (Stagiaire) DUPONT-DUFRESNE Sophie ANATOMIE/NEUROLOGIE FOLLEZOU Jean-Yves RADIOTHÉRAPIE FOURNIER Emmanuel PHYSIOLOGIE FRIJA Elisabeth PHYSIOLOGIE GALANAUD Damien RADIOLOGIE GAYMARD Bertrand PHYSIOLOGIE GIRAL Philippe NUTRITION/ENDOCRINOLOGIE GOLMARD Jean-Louis BIOSTATISTIQUES ET INFORMATIQUE MÉDICALE HABERT Marie-Odile BIOPHYSIQUE/MÉDECINE NUCLÉAIRE HALLEY DES FONTAINES Virginie ÉPIDÉMIOLOGIE/SANTÉ PUBLIQUE HOANG VAN Catherine ANATOMIE et CYTOLOGIE PATHOLOGIQUES KAHN Jean-François PHYSIOLOGIE LACOMBE Catherine BIOPHYSIQUE/MÉDECINE NUCLÉAIRE LACOMBLEZ Lucette PHARMACOLOGIE LACORTE Jean-Marc BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE LAURENT Claudine PÉDO-PSYCHIATRIE (Stagiaire)

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LE BIHAN Johanne BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE LE GUERN Eric GÉNÉTIQUE LESOURD Sylvie GÉNÉTIQUE MAKSUD Philippe BIOPHYSIQUE/MÉDECINE NUCLÉAIRE MARCELIN-HELIOT Anne Geneviève VIROLOGIE MAZIERES Léonore PHYSIOLOGIE MORICE Vincent BIOSTATISTIQUES ET INFORMATIQUE MÉDICALE NACCACHE Lionel PHYSIOLOGIE N’GUYEN-KHAC Florence HÉMATOLOGIE BIOLOGIQUE PERNES Jean-François BIOPHYSIQUE/MÉDECINE NUCLÉAIRE PIDOUX Bernard PHYSIOLOGIE ROBERT Jérôme BACTÉRIOLOGIE-VIROLOGIE ROSENHEIM Michel ÉPIDÉMIOLOGIE/SANTÉ PUBLIQUE ROSENZWAJG Michelle IMMUNOLOGIE ROUSSEAU Géraldine CHIRURGIE GÉNÉRALE SANSON Marc ANATOMIE/NEUROLOGIE SEBBAN Claude MÉDECINE INTERNE GÉRIATRIE SEILHEAN Danielle NEURO-ANATOMIE PATHOLOGIQUE SIMON Dominique SANTÉ PUBLIQUE/ÉPIDÉMIOLOGIE SOUGAKOFF Wladimir BACTÉRIOLOGIE-VIROLOGIE STRAUS Christian PHYSIOLOGIE/EXPLORATION FONCTIONNELLE TANKERE Frederic O.R.L. TEZENAS DU MONTCEL Sophie BIOSTATISTIQUES et INFORMATIQUE MÉDICALE THELLIER Marc PARASITOLOGIE TRESCA Jean-Pierre BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE URIOS Paul BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE VEZIRIS Nicolas BACTÉRIOLOGIE-HYGIÈNE (stagiaire) VITTE Elisabeth ANATOMIE/O.R.L. WAROT Dominique PHARMACOLOGIE

LISTE DES PU-PH : ACAR Christophe CHIRURGIE THORACIQUE ET CARDIO-VASCULAIRE AGID Yves FÉDÉRATION DE NEUROLOGIE (surnombre) AGUT Henri BACTÉRIOLOGIE-VIROLOGIE-HYGIÈNE ALLILAIRE Jean-François PSYCHIATRIE D’ADULTES AMOURA Zahir MÉDECINE INTERNE ASTAGNEAU Pascal ÉPIDÉMIOLOGIE/SANTÉ PUBLIQUE AURENGO André BIOPHYSIQUE et MÉDECINE NUCLÉAIRE AUTRAN Brigitte IMMUNOLOGIE BARROU Benoît UROLOGIE BASDEVANT Arnaud NUTRITION BAULAC Michel ANATOMIE/NEUROLOGIE BAUMELOU Alain NEPHROLOGIE BELMIN Joël MÉDECINE INTERNE Ivry BENHAMOU Albert CHIRURGIE VASCULAIRE BENVENISTE Olivier MÉDECINE INTERNE BERTRAND Jacques-Charles STOMATOLOGIE ET CHIRURGIE MAXILLO-FACIALE

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BITKER Marc Olivier UROLOGIE BODAGHI Bahram OPHTALMOLOGIE BOISVIEUX Jean-François BIOSTATISTIQUES et INFORMATIQUE MÉDICALE (surnombre) BOURGEOIS Pierre RHUMATOLOGIE BRICAIRE François MALADIES INFECTIEUSES - MALADIES TROPICALES BRICE Alexis GÉNÉTIQUE BRUCKERT Eric ENDOCRINOLOGIE ET MALADIES MÉTABOLIQUES CABANIS Emmanuel RADIOLOGIE et IMAGERIE MÉDICALE - (surnombre) CACOUB Patrice MÉDECINE INTERNE (Chef de service par intérim) CALVEZ Vincent VIROLOGIE ET BACTÉRIOLOGIE CAPRON Frédérique ANATOMIE ET CYTOLOGIE PATHOLOGIQUE CARPENTIER Alexandre NEUROCHIRURGIE CATALA Martin CYTOLOGIE ET HISTOLOGIE (département de génétique) CATONNE Yves CHIRURGIE ORTHOPÉDIQUE ET TRAUMATOLOGIQUE CAUMES Eric MALADIES INFECTIEUSES - MALADIES TROPICALES CESSELIN François BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE CHAMBAZ Jean BIOLOGIE CELLULAIRE CHARTIER-KASTLER Emmanuel UROLOGIE CHASTRE Jean RÉANIMATION MÉDICALE CHERIN Patrick MÉDECINE INTERNE CHIGOT Jean-Paul CHIRURGIE GÉNÉRALE (surnombre) CHIRAS Jacques RADIOLOGIE et IMAGERIE MÉDICALE III CLEMENT-LAUSCH Karine NUTRITION CLUZEL Philippe RADIOLOGIE ET IMAGERIE MÉDICALE II COHEN David PÉDO-PSYCHIATRIE COHEN Laurent NEUROLOGIE COMBES Alain RÉANIMATION MÉDICALE CORIAT Pierre ANESTHÉSIOLOGIE et RÉANIMATION CHIRURGICALE CORNU Philippe NEURO-CHIRURGIE COURAUD François BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE DANIS Martin PARASITOLOGIE (surnombre) DAUTZENBERG Bertrand PNEUMOLOGIE DAVI Frédéric HÉMATOLOGIE BIOLOGIQUE DEBRE Patrice IMMUNOLOGIE DELATTRE Jean-Yves NEUROLOGIE (Fédération Mazarin) DERAY Gilbert NEPHROLOGIE DERENNE Jean-Philippe PNEUMOLOGIE (surnombre) DOMMERGUES Marc GYNECOLOGIE - OBSTETRIQUE DORMONT Didier RADIOLOGIE ET IMAGERIE MÉDICALE DUBOIS Bruno NEUROLOGIE DURON Jean-Jacques CHIRURGIE DIGESTIVE (surnombre) DUGUET Alexandre PNEUMOLOGIE DUYCKAERTS Charles ANATOMIE et CYTOLOGIE PATHOLOGIQUES EYMARD Bruno NEUROLOGIE FAUTREL Bruno RHUMATOLOGIE FERRE Pascal BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE FONTAINE Bertrand FÉDÉRATION DE NEUROLOGIE

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FOSSATI Philippe PSYCHIATRIE D’ADULTES FOURET Pierre ANATOMIE et CYTOLOGIE PATHOLOGIQUES GANDJBAKHCH Iradj CHIRURGIE THORACIQUE et CARDIO-VASCULAIRE (surnombre) GIRERD Xavier THÉRAPEUTIQUE/ENDOCRINOLOGIE GOROCHOV Guy IMMUNOLOGIE GRENIER Philippe RADIOLOGIE et IMAGERIE MÉDICALE II GRIMALDI André ENDOCRINOLOGIE ET MALADIES MÉTABOLIQUES HAERTIG Alain MÉDECINE LEGALE/UROLOGIE HANNOUN Laurent CHIRURGIE GÉNÉRALE HAUW Jean-Jacques ANATOMIE et CYTOLOGIE PATHOLOGIQUES (surnombre) HELFT Gérard DÉPARTEMENT DE CARDIOLOGIE HERSON Serge THÉRAPEUTIQUE/MÉDECINE INTERNE HEURTIER Agnès ENDOCRINOLOGIE ET MALADIES MÉTABOLIQUES HOANG XUAN Khê NEUROLOGIE ISNARD Richard CARDIOLOGIE et MALADIES VASCULAIRES ISNARD-BAGNIS Corinne NEPHROLOGIE JARLIER Vincent BACTÉRIOLOGIE-HYGIÈNE JOUVENT Roland PSYCHIATRIE D'ADULTES KATLAMA née WATY Christine MALADIES INFECTIEUSES ET TROPICALES KHAYAT David ONCOLOGIE MÉDICALE KIEFFER Edouard CHIRURGIE VASCULAIRE KLATZMANN David IMMUNOLOGIE KOMAJDA Michel CARDIOLOGIE et MALADIES VASCULAIRES KOSKAS Fabien CHIRURGIE VASCULAIRE LAMAS Georges OTO-RHINO-LARYNGOLOGIE LANGERON Olivier ANESTHÉSIOLOGIE LAZENNEC Jean-Yves ANATOMIE/CHIRURGIE ORTHOPÉDIQUE LE FEUVRE Claude DÉPARTEMENT DE CARDIOLOGIE LEBLOND née MISSENARD Véronique HÉMATOLOGIE CLINIQUE LEENHARDT Laurence ENDOCRINOLOGIE/MÉDECINE NUCLÉAIRE LEFRANC Jean-Pierre CHIRURGIE GÉNÉRALE LEHERICY Stéphane RADIOLOGIE et IMAGERIE MÉDICALE III LEHOANG Phuc OPHTALMOLOGIE LEMOINE François IMMUNOLOGIE LEPRINCE Pascal CHIRURGIE THORACIQUE LUBETZKI ép. ZALC Catherine FÉDÉRATION DE NEUROLOGIE LYON-CAEN Olivier FÉDÉRATION DE NEUROLOGIE MALLET Alain BIOSTATISTIQUES ET INFORMATIQUE MÉDICALE MARIANI Jean BIOLOGIE CELLULAIRE/MÉDECINE INTERNE MAZERON Jean-Jacques RADIOTHÉRAPIE MAZIER Dominique PARASITOLOGIE MEININGER Vincent NEUROLOGIE (Fédération Mazarin) MENEGAUX Fabrice CHIRURGIE GÉNÉRALE MERLE-BERAL Hélène HÉMATOLOGIE BIOLOGIQUE METZGER Jean-Philippe CARDIOLOGIE et MALADIES VASCULAIRES MONTALESCOT Gilles CARDIOLOGIE ET MALADIES VASCULAIRES OPPERT Jean-Michel NUTRITION

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PASCAL-MOUSSELLARD Hugues CHIRURGIE ORTHOPÉDIQUE ET TRAUMATOLOGIQUE PAVIE Alain CHIR. THORACIQUE et CARDIO-VASCULAIRE. PERRIGOT Michel RÉÉDUCATION FONCTIONNELLE PETITCLERC Thierry BIOPHYSIQUE/NÉPHROLOGIE PIERROT-DESEILLIGNY Charles NEUROLOGIE PIETTE François MÉDECINE INTERNE - Ivry PIETTE Jean-Charles MÉDECINE INTERNE POIROT Catherine CYTOLOGIE ET HISTOLOGIE POYNARD Thierry HÉPATO-GASTRO-ENTÉROLOGIE PUYBASSET Louis ANESTHÉSIOLOGIE RÉANIMATION CHIRURGICALE RATIU Vlad HÉPATO - GASTRO-ENTÉROLOGIE RICHARD François UROLOGIE RIOU Bruno ANESTHÉSIOLOGIE/URGENCES MÉDICO-CHIRURGICALE ROBAIN Gilberte RÉÉDUCATION FONCTIONNELLE - Ivry ROUBY Jean-Jacques ANESTHÉSIOLOGIE ET RÉANIMATION CHIRURGICALE SAMSON Yves NEUROLOGIE/URGENCES CÉRÉBRO-VASCULAIRES SIMILOWSKI Thomas PNEUMOLOGIE SPANO Jean-Philippe ONCOLOGIE MÉDICALE THOMAS Daniel CARDIOLOGIE ET MALADIES VASCULAIRES TOUITOU Yvan NUTRITION/BIOCHIMIE (surnombre) TOURAINE Philippe ENDOCRINOLOGIE ET MALADIES MÉTABOLIQUES VAILLANT Jean-Christophe CHIRURGIE GÉNÉRALE VAN EFFENTERRE Rémy NEURO-CHIRURGIE VERNANT Jean-Paul HÉMATOLOGIE CLINIQUE VERNY Marc MÉDECINE INTERNE (Marguerite BOTTARD) VIDAILHET Marie-José NEUROLOGIE VOIT Thomas PÉDIATRIE NEUROLOGIQUE 7 WILLER Jean-Vincent PHYSIOLOGIE ZELTER Marc PHYSIOLOGIE/EXPLORATIONS FONCTIONNELLES UFR Médicale Pierre et Marie CURIE ‐ Site SAINT ANTOINE LISTE DES MCU-PH : ABUAF Nisen Hématologie Hôpital TENON AMIEL Corinne Virologie Hôpital TENON ANCEL Pierre Yves Département de Santé Publique Hôpital TENON APARTIS Emmanuelle Physiologie Hôpital SAINT-ANTOINE BARBU Véronique Biologie cellulaire Faculté de Médecine P. & M. Curie BELLOCQ Agnès Explorations fonctionnelles Hôpital TENON BENLIAN Pascale Biochimie B Hôpital SAINT-ANTOINE BERTHOLON Jean François E.F. respiratoires Hôpital SAINT-ANTOINE BIOUR Michel Pharmacologie Faculté de Médecine P. & M. Curie BOELLE Pierre Yves Inserm U707 Faculté de Médecine P. & M. Curie BOFFA Jean Jacques Néphrologie et dialyses Hôpital TENON BOULE Michèle Physiologie Hôpital TROUSSEAU CARRAT Fabrice Inserm U707 Faculté de Médecine P. & M. Curie

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CERVERA Pascale Anatomie pathologique Hôpital SAINT-ANTOINE CHABBERT BUFFET Nathalie Gynécologie Obstétrique Hôpital TENON COLOMBAT Magali Anatomo-pathologie Hôpital TENON DECRE Dominique Bactériologie virologie Hôpital SAINT-ANTOINE DELHOMMEAU François Hématologie Hôpital SAINT-ANTOINE DELISLE Françoise Bactériologie virologie Hôpital TENON DEVAUX Aviva Biologie de la Reproduction GH PITIÉ-SALPÉTRIÈRE DEVELOUX Michel Parasitologie Hôpital SAINT-ANTOINE EL ALAMY Ismaïl Hématologie biologique Hôpital TENON ESCUDIER Estelle Département de Génétique Hôpital TROUSSEAU FAJAC-CALVET Anne Histologie embryologie Hôpital TENON FERRERI Florian Psychiatrie d'Adultes Hôpital SAINT-ANTOINE FLEURY Jocelyne Histologie embryologie Hôpital TENON FRANCOIS Thierry Pneumologie et réanimation Hôpital TENON GARÇON Loïc Hématologie biologique Hôpital SAINT-ANTOINE GARDERET Laurent Hématologie clinique Hôpital SAINT-ANTOINE GEROTZIAFAS Grigoris Hématologie Hôpital TENON GONZALES Marie Génétique et embryologie médicales Hôpital TROUSSEAU GOZLAN Joël Bactériologie virologie Hôpital SAINT-ANTOINE HAYMANN Jean Philippe Explorations fonctionnelles Hôpital TENON HENNEQUIN Christophe Parasitologie Hôpital SAINT-ANTOINE JOHANET Catherine Immunologie et hématologie biologiques Hôpital SAINT-ANTOINE JOSSET Patrice Anatomie pathologique Hôpital TROUSSEAU JOYE Nicole Département de Génétique Hôpital TROUSSEAU KIFFEL Thierry Biophysique et médecine nucléaire Hôpital SAINT-ANTOINE LACOMBE Karine Maladies infectieuses Hôpital SAINT-ANTOINE LAGRANGE Monique Immunologie et hématologie biologiques Hôpital SAINT-ANTOINE LAPILLONNE Hélène Hématologie biologique Hôpital TROUSSEAU LASCOLS Olivier Inserm U.680 Faculté de Médecine P. & M. Curie LEWIN ZEITOUN Maïté Radiologie Hôpital SAINT-ANTOINE MANDELBAUM Jacqueline Histologie embryologie cytogénétique orientation biologie de la reproduction Hôpital TENON MAUREL Gérard Biophysique et médecine nucléaire Faculté de Médecine P. & M. Curie MAURIN Nicole Histologie Hôpital TENON MOHAND-SAID Saddek Ophtalmologie CHNO des Quinze-Vingts MORAND Laurence Bactériologie virologie Hôpital SAINT-ANTOINE NETCHINE Irène Explorations fonctionnelles Hôpital TROUSSEAU PARISET Claude Explorations fonctionnelles et endocriniennes Hôpital TROUSSEAU PICARD Arnaud Chirurgie Maxillo-faciale Hôpital TROUSSEAU PLAISIER Emmanuel Néphrologie Hôpital TENON POIRIER Jean Marie Pharmacologie clinique Faculté de Médecine P. & M. Curie POIROT Jean Louis Parasitologie Faculté de Médecine P. & M. Curie PORTNOI Marie France Département de Génétique Hôpital TROUSSEAU RAINTEAU Dominique Inserm U.538 Faculté de Médecine P. & M. Curie RAVEL DARRAGI Nadège Histologie biologie reproduction Hôpital TENON ROBERT Annie Hématologie biologique Hôpital SAINT-ANTOINE ROSSIGNOL Sylvie Explorations fonctionnelles Hôpital TROUSSEAU

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ROUX Patricia Parasitologie Faculté de Médecine P. & M. Curie SEBE Philippe Urologie Hôpital TENON SEBILLE Alain Physiologie Faculté de Médecine P. & M. Curie SELLAM Jérémie Rhumatologie Hôpital SAINT-ANTOINE SEROUSSI FREDEAU Brigitte Département de Santé Publique Hôpital TENON SIBONY Mathilde Anatomie pathologique Hôpital TENON SIMON Tabassome Pharmacologie clinique Faculté de Médecine P. & M. Curie SOUSSAN Patrick Virologie Hôpital TENON STANKOFF Bruno Neurologie Hôpital TENON SVRCEK Magali Anatomie et cytologie pathologiques Hôpital SAINT-ANTOINE TANKOVIC Jacques Bactériologie virologie Hôpital SAINT-ANTOINE THOMAS Ginette Biochimie Faculté de Médecine P. & M. Curie VAN DEN AKKER Jacqueline Embryologie pathologique et cytogénétique Hôpital TROUSSEAU VAYLET Claire Médecine nucléaire Hôpital TROUSSEAU VIBERT Jean François Inserm U 444 Faculté de Médecine P. & M. Curie VIGOUROUX Corinne Inserm U680 Faculté de Médecine P. & M. Curie WEISSENBURGER Jacques Pharmacologie clinique Faculté de Médecine P. & M. Curie WOLF Claude Laboratoire de spectrométrie de masse Faculté de Médecine P. & M. Curie LISTE DES PU-PH : AMARENCO Gérard Rééducation fonctionnelle et neurologique - Hôpital ROTHSCHILD AMSELEM Serge Génétique - Hôpital TROUSSEAU ANDRE Thierry Cancérologie - Hôpital LA SALPÉTRIÈRE ANTOINE Jean Marie Gynécologie Obstétrique/Médecine de la Reproduction Hôpital TENON ARACTINGI Sélim Unité de Dermatologie - Hôpital TENON ARLET Guillaume Bactériologie- Hôpital TENON ARRIVE Lionel Radiologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE AUCOUTURIER Pierre INSERM U 712 - Hôpital SAINT‐ANTOINE AUDRY Georges Chirurgie viscérale infantile - Hôpital TROUSSEAU BALLADUR Pierre Chirurgie générale et digestive - Hôpital SAINT‐ANTOINE BARDET Jean (surnombre) Cardiologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE BAUD Laurent Explorations fonctionnelles multidisciplinaires - Hôpital TENON BAUDON Jean Jacques (surnombre) Néonatologie - Hôpital TROUSSEAU BEAUGERIE Laurent Gastroentérologie et Nutrition - Hôpital SAINT‐ANTOINE BEAUSSIER Marc Anesthésie – Réanimation - Hôpital SAINT‐ANTOINE BENIFLA Jean Louis Gynécologie Obstétrique - Hôpital ROTHSCHILD BENSMAN Albert Néphrologie, Dialyses, transplantations pédiatriques - Hôpital TROUSSEAU BERENBAUM Francis Rhumatologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE BEREZIAT Gilbert (surnombre) UMR 7079 Physiologie et physiopathologie - Campus Jussieu BERNAUDIN Jean François Histologie biologie tumorale - Hôpital TENON BILLETTE DE VILLEMEUR Thierry Neuro-pédiatrie - Hôpital TROUSSEAU BOCCON GIBOD Liliane (surnombre) Anatomie pathologique - Hôpital TROUSSEAU BONNET Francis Anesthésie réanimation - Hôpital TENON BORDERIE Vincent Ophtalmologie - CNHO des Quinze-Vingts BOUCHARD Philippe Endocrinologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE BOUDGHENE STAMBOULI Franck Radiologie - Hôpital TENON BREART Gérard Gynécologie obstétrique - Hôpital TENON

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CABANE Jean Médecine interne - Hôpital SAINT‐ANTOINE CADRANEL Jacques Pneumologie - Hôpital TENON CALLARD Patrice Anatomie pathologique - Hôpital TENON CAPEAU Jacqueline Inserm U.680 - Faculté de Médecine P. & M. Curie CARBAJAL SANCHEZ Ricardo Urgences pédiatriques - Hôpital TROUSSEAU CARBONNE Bruno Gynécologie obstétrique - Hôpital SAINT‐ANTOINE CARETTE Marie France Radiologie - Hôpital TENON CASADEVALL Nicole Hématologie biologique - Hôpital SAINT‐ANTOINE CAYRE Yvon Hématologie immunologie - Hôpital DEBRE CHAZOUILLERES Olivier Hépatologie gastroentérologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE CHOSIDOW Olivier Dermatologie – Allergologie - Hôpital TENON CHOUAID Christos Pneumologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE CHRISTIN‐MAITRE Sophie Endocrinologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE CLEMENT Annick Pneumologie - Hôpital TROUSSEAU CLERGUE François Détaché au Ministère des Affaires Étrangères : Hôpital Cantonal / Anesthésiologie 24, rue Micheli‐du‐Crest Genève 14 ‐ Suisse COHEN Aron Cardiologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE CONSTANT Isabelle Anesthésiologie réanimation - Hôpital TROUSSEAU COSNES Jacques Gastro‐entérologie et nutrition - Hôpital SAINT‐ANTOINE COULOMB Aurore Anatomie et cytologie pathologiques - Hôpital TROUSSEAU DAMSIN Jean Paul Orthopédie - Hôpital TROUSSEAU DARAI Emile Gynécologie obstétrique - Hôpital TENON DE GRAMONT Aimery Oncologie médicale - Hôpital SAINT‐ANTOINE DENOYELLE Françoise ORL et chirurgie cervico‐faciale - Hôpital TROUSSEAU DEVAUX Jean Yves Biophysique et médecine nucléaire - Hôpital SAINT‐ANTOINE DOUAY Luc Hématologie biologique - Hôpital TROUSSEAU DOURSOUNIAN Levon Chirurgie orthopédique - Hôpital SAINT‐ANTOINE DUCOU LE POINTE Hubert Radiologie - Hôpital TROUSSEAU DURON Françoise Endocrinologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE DUSSAULE Jean Claude Physiologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE FAUROUX Brigitte Gastro‐entérologie et nutrition pédiatriques Hôpital TROUSSEAU FERON Jean Marc Chirurgie orthopédique et traumatologique - Hôpital SAINT‐ANTOINE FLEJOU Jean François Anatomie pathologique - Hôpital SAINT‐ANTOINE FLORENT Christian Hépato gastro‐entérologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE FRANCES Camille Dermatologie – Allergologie - Hôpital TENON FUNCK BRENTANO Christian Pharmacologie clinique - Hôpital SAINT‐ANTOINE GARABEDIAN Eréa Noël ORL et chirurgie cervico‐faciale - Hôpital TROUSSEAU GARBARG CHENON Antoine Bactériologie virologie - Hôpital TROUSSEAU GATTEGNO Bernard (surnombre) Urologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE GENDRE Jean Pierre (surnombre) Gastro‐entérologie et nutrition - Hôpital SAINT‐ANTOINE GIRARD Pierre Marie Maladies infectieuses et tropicales - Hôpital SAINT‐ANTOINE GIRARDET Jean Philippe Gastro‐entérologie et nutrition pédiatriques - Hôpital TROUSSEAU GIROT Robert Hématologie biologique - Hôpital TENON GOLD Francis Néonatologie - Hôpital TROUSSEAU GORIN Norbert Hématologie clinique - Hôpital SAINT‐ANTOINE GRATEAU Gilles Médecine interne - Hôpital TENON GRIMFELD Alain Pédiatrie orientation pneumologie et allergologie - Hôpital TROUSSEAU

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GRIMPREL Emmanuel Pédiatrie générale - Hôpital TROUSSEAU GRUNENWALD Dominique Chirurgie thoracique - Hôpital TENON GUIDET Bertrand Réanimation médicale - Hôpital SAINT‐ANTOINE HAAB François Urologie - Hôpital TENON HELARDOT Pierre Georges Chirurgie viscérale infantile - Hôpital TROUSSEAU HOURY Sidney Chirurgie digestive et viscérale - Hôpital TENON HOUSSET Chantal Biologie cellulaire – Inserm U. 680 - Faculté de Médecine P. & M. Curie JAILLON Patrice Pharmacologie clinique - Faculté de Médecine P. & M. Curie JOUANNIC Jean‐Marie Gynécologie obstétrique - Hôpital TROUSSEAU JUST Jocelyne Pneumologie et allergologie pédiatriques - Hôpital TROUSSEAU LACAINE François Chirurgie digestive et viscérale - Hôpital TENON LACAU SAINT GUILY Jean ORL - Hôpital TENON LACAVE Roger Histologie biologie tumorale - Hôpital TENON LANDMAN‐PARKER Judith Hématologie et oncologie pédiatriques - Hôpital TROUSSEAU LAROCHE Laurent Ophtalmologie - CHNO des Quinze‐Vingts LE BOUC Yves Explorations fonctionnelles - Hôpital TROUSSEAU LEBEAU Bernard Pneumologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE LEGRAND Ollivier Hématologie oncologie médicale - Hôpital HOTEL-DIEU LEVERGER Guy Hématologie et oncologie pédiatriques - Hôpital TROUSSEAU LEVY Richard Neurologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE LIENHART André Anesthésie – Réanimation - Hôpital SAINT‐ANTOINE LOTZ Jean Pierre Cancérologie - Hôpital TENON LOUVET Christophe Oncologie médicale - Hôpital SAINT‐ANTOINE MARIE Jean Pierre Hématologie - Hôpital HOTEL‐DIEU MARSAULT Claude Radiologie - Hôpital TENON MASLIAH Joëlle Inserm U.538 - Faculté de Médecine P. & M. Curie MAURY Eric Réanimation médicale - Hôpital SAINT‐ANTOINE MAYAUD Marie Yves Pneumologie - Hôpital TENON MENU Yves Radiologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE MEYER Bernard ORL et chirurgie cervico‐faciale - Hôpital TENON MEYOHAS Marie Caroline Maladies infectieuses et tropicales - Hôpital SAINT‐ANTOINE MICHEL Pierre Louis Cardiologie - Hôpital TENON MILLIEZ Jacques Gynécologie obstétrique - Hôpital SAINT‐ANTOINE MIMOUN Maurice Chirurgie plastique - Hôpital ROTHSCHILD MITANCHEZ Delphine Néonatologie - Hôpital TROUSSEAU MONTRAVERS Françoise Biophysique et médecine nucléaire - Hôpital TENON MURAT Isabelle Anesthésie réanimation - Hôpital TROUSSEAU NICOLAS Jean Claude Virologie - Hôpital TENON OFFENSTADT Georges Réanimation médicale - Hôpital SAINT‐ANTOINE PAQUES Michel Ophtalmologie - CHNO des Quinze-Vingts PARC Yann Chirurgie générale et digestive - Hôpital SAINT‐ANTOINE PATERON Dominique Service dʹAccueil des Urgences - Hôpital SAINT‐ANTOINE PAYE François Chirurgie générale et digestive - Hôpital SAINT‐ANTOINE PERETTI Charles‐Siegfried Psychiatrie d’adultes - Hôpital SAINT‐ANTOINE PERIE Sophie ORL - Hôpital TENON PETIT Jean Claude Bactériologie virologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE PIALOUX Gilles Maladies infectieuses et tropicales - Hôpital TENON

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POUPON Raoul Hépatologie et gastro‐entérologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE RENOLLEAU Sylvain Réanimation néonatale - Hôpital TROUSSEAU RODRIGUEZ Diana Neuro‐pédiatrie - Hôpital TROUSSEAU RONCO Pierre Marie Néphrologie et dialyses - Hôpital TENON RONDEAU Eric Urgences néphrologiques – Transplantation rénale - Hôpital TENON ROSMORDUC Olivier Hépato gastro‐entérologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE ROUGER Philippe I.N.T.S. - 6, rue Alexandre Cabanel 75739 Paris cedex 15 ROUZIER Roman Gynécologie obstétrique - Hôpital TENON ROZENBAUM Willy Maladies infectieuses et tropicales - Hôpital SAINT‐LOUIS SAHEL José Alain Ophtalmologie - CHNO des Quinze-Vingts SAUTET Alain Chirurgie orthopédique - Hôpital SAINT‐ANTOINE SEZEUR Alain Chirurgie générale - Hôpital des DIACONESSES SIFFROI Jean Pierre Génétique et embryologie médicales - Hôpital TROUSSEAU SOUBRIER Florent Département de génétique - Groupe Hospitalier PITIÉ-SALPÉTRIÈRE TALBOT Jean Noël Biophysique médecine nucléaire - Hôpital TENON THIBAULT Philippe (surnombre) Urologie - Hôpital TENON THOMAS Guy Psychiatrie d’adultes - Hôpital SAINT‐ANTOINE THOUMIE Philippe Rééducation neuro‐orthopédique - Hôpital ROTHSCHILD TIRET Emmanuel Chirurgie générale et digestive - Hôpital SAINT‐ANTOINE TOUBOUL Emmanuel Radiothérapie - Hôpital TENON TOUNIAN Patrick Gastro‐entérologie et nutrition pédiatriques - Hôpital TROUSSEAU TRAXER Olivier Urologie - Hôpital TENON TRUGNAN Germain Inserm U538 - Faculté de Médecine P. & M. Curie TUBIANA Jean Michel (surnombre) Radiologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE UZAN Serge Gynécologie obstétrique et médecine de la reproduction - Hôpital TENON VALLERON Alain Jacques Unité de santé publique - Hôpital SAINT‐ANTOINE VAYSSAIRAT Michel Cardiologie - Hôpital TENON VAZQUEZ Marie Paule Chirurgie maxillo‐faciale et stomatologie - Hôpital TROUSSEAU WENDUM Dominique Anatomie pathologique - Hôpital SAINT‐ANTOINE WISLEZ Marie Pneumologie - Hôpital TENON

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TABLE DES MATIÈRES

REMERCIEMENTS ..................................................................................................................... 3

SERMENT D’HIPPOCRATE ........................................................................................................ 4

LISTE DES PROFESSEURS DE LA FACULTÉ DE MÉDECINE PARIS VI ......................................... 5

TABLE DES MATIÈRES ............................................................................................................. 15

1. INTRODUCTION ................................................................................................................. 18

1.1. LA CAMPYLOBACTÉRIOSE : DÉFINITIONS ET DONNÉES ÉPIDÉMIOLOGIQUES ............ 18

1.1.1. Prévalence dans les pays développés .................................................................... 18

1.1.1.1. En France .......................................................................................................... 18 1.1.1.2. En Europe ......................................................................................................... 19 1.1.1.3. En Amérique du Nord ....................................................................................... 20

1.1.2. Définition et caractéristiques des infections à Campylobacter ............................ 21

1.1.2.1. La nature du Campylobacter ............................................................................ 21 1.1.2.2. Son caractère zoonotique : les différents réservoirs ........................................ 21 1.1.2.3. La maladie humaine ......................................................................................... 22 1.1.2.4. Diagnostic bactériologique .............................................................................. 24

1.1.3. Données de morbi-mortalité et impact économique ............................................ 25

1.1.3.1. Données de morbi-mortalité disponibles ......................................................... 25 1.1.3.2. Impact économique ......................................................................................... 25

1.1.4. Le problème de l’antibiorésistance ........................................................................ 26

1.2. LES DISPOSITIFS ACTUELS DE MAÎTRISE DE LA CAMPYLOBACTÉRIOSE ...................... 29

1.2.1. Dans la filière animale ............................................................................................ 29

1.2.2. Le rôle des laboratoires .......................................................................................... 31

1.2.2.1. Le Réseau de surveillance des infections à Campylobacter .............................. 31 1.2.2.2. Recommandations concernant

la recherche du Campylobacter dans les coprocultures .................................. 32 1.2.2.3. Les modalités de surveillance des bonnes pratiques d’analyse médicale ........ 34

1.2.3. Le rôle des médecins généralistes .......................................................................... 35

1.2.3.1. Les recommandations pour la prescription des coprocultures ........................ 35 1.2.3.2. Les recommandations de traitement des diarrhées à Campylobacter ............ 35

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1.3. LES INCONNUES ............................................................................................................ 37

1.3.1. Quelle est l’incidence réelle de la campylobactériose en France ? ...................... 37

1.3.2. Quelles sont les pratiques des médecins généralistes concernant la prescription des coprocultures ? .................................................... 39

1.3.3. Quelle est la pratique des laboratoires concernant la réalisation des coprocultures ? ....................................................... 39

1.3.4. Quelles sont les connaissances des médecins généralistes en regard de cette zoonose ? ................................................................................. 40

1.4. OBJECTIFS DE L’ENQUÊTE ............................................................................................. 41

2. MÉTHODOLOGIE ............................................................................................................... 43

2.1. SÉLECTION DES POPULATIONS INTERROGÉES ............................................................ 43

2.1.1. Les laboratoires ....................................................................................................... 43

2.1.2. Les médecins généralistes ...................................................................................... 44

2.2. INTERVENTION AUPRÈS DE CES POPULATIONS .......................................................... 45

2.2.1. Les laboratoires ....................................................................................................... 45

2.2.2. Les médecins généralistes ...................................................................................... 46

2.3. ÉVALUATION ................................................................................................................. 47

3. RÉSULTATS ........................................................................................................................ 48

3.1. L’ENQUÊTE AUPRÈS DES LABORATOIRES .................................................................... 48

3.1.1. Critères de recherche du Campylobacter dans les coprocultures ........................ 48

3.1.2. Justifications et motivations des pratiques ........................................................... 49

3.2. L’ENQUÊTE AUPRÈS DES MÉDECINS GÉNÉRALISTES ................................................... 49

3.2.1. Connaissances cliniques et épidémiologiques de la campylobactériose .............. 50

3.2.2. Pratiques de prescription des coprocultures ......................................................... 53

3.2.2.1. Indications de prescription d’une coproculture ............................................... 53 3.2.2.2. Modalités de prescription d’une coproculture ................................................. 54

3.2.3. Connaissances des modalités de traitement et prévention ................................. 54

3.2.3.1. Antibiothérapie prescrite en première intention ............................................. 54 3.2.3.2. Connaissance du profil d’antibiorésistance ..................................................... 55 3.2.3.3. Messages de prévention délivrés ..................................................................... 57

3.2.4. Utilisation des recommandations et sources d’informations disponibles ............ 58

3.2.4.1. Recommandations ANAES concernant les « indications des examens de selles chez l’adulte » ................................... 58

3.2.4.2. Le site internet de l’Institut de Veille Sanitaire ................................................ 59

3.2.5. Leurs éventuelles attentes sur le sujet .................................................................. 59

17

4. DISCUSSION ....................................................................................................................... 61

4.1. ANALYSE DES RÉSULTATS ............................................................................................. 61

4.1.1. Résultats principaux et comparaisons à d’autres études ..................................... 61

4.1.2. Interprétation des résultats ................................................................................... 65

4.2. LIMITES DE L’ÉTUDE ET ASPECTS POSITIFS .................................................................. 67

4.2.1. Limites de l’étude .................................................................................................... 67

4.2.2. Aspects positifs ....................................................................................................... 67

4.3. PERSPECTIVES DE CHANGEMENT ................................................................................ 68

4.3.1. Évolution de l’épidémie .......................................................................................... 68

4.3.2. Le rôle des laboratoires .......................................................................................... 69

4.3.3. Le rôle des médecins généralistes .......................................................................... 70

CONCLUSION .......................................................................................................................... 72

BIBLIOGRAPHIE ...................................................................................................................... 74

ANNEXES ................................................................................................................................ 79

LISTE DES ABRÉVIATIONS ...................................................................................................... 85

RÉSUMÉ .................................................................................................................................. 86

18

1. INTRODUCTION

1.1. LA CAMPYLOBACTÉRIOSE : DÉFINITIONS ET DONNÉES ÉPIDÉMIOLOGIQUES

1.1.1. Prévalence dans les pays développés

1.1.1.1. En France

En France, la campylobactériose serait la deuxième cause de toxi-infection alimentaire

derrière la salmonellose 1 : près de 4 000 cas sont recensés chaque année. En comparaison,

en moyenne 7 000 cas de salmonellose sont recensés chaque année en France, ce qui

correspond à un taux de notification de 9 infections pour 100 000 habitants 2.

Pour l’année 2009, 4 026 cas de campylobactériose ont été recensés 3, ce qui correspond à

un taux de notification de 5,4 infections pour 100 000 habitants. Les seules données

disponibles sur les cas de campylobactériose humaine sont celles issues de l’Institut de veille

sanitaire (InVS) en collaboration avec le Centre national de référence (CNR) des

Campylobacters de Bordeaux, qui collecte et analyse les souches de Campylobacter spp.,

issues de coprocultures (majoritairement) et d’hémocultures, isolées par des laboratoires

privés et hospitaliers (respectivement 260 et 88 en 2009) volontaires, participant au Réseau

de surveillance des infections à Campylobacter. Le nombre de cas déclarés en France par

année correspond aux nombres de souches de Campylobacter spp. reçues par le CNR cette

même année, et le taux d’isolement pour 100 000 personnes-année est calculé à partir des

données de recensement de la population française. Les taux d’isolement calculés chaque

année à partir des cas confirmés par les laboratoires participant à la surveillance ne reflètent

donc pas l’incidence réelle des infections à Campylobacter spp. (confirmées et non

confirmées) survenant en France. L’Institut de veille sanitaire avance des chiffres d’incidence

quatre à cinq fois supérieurs : une étude de morbi-mortalité liée aux infections d’origine

19

alimentaire en France, réalisée dans le cadre d’une collaboration avec l’Agence française de

sécurité sanitaire des aliments (Afssa) en 2003 1, estime par extrapolation après des

enquêtes de prévalence des infections à Campylobacter spp. en Mayenne et en Charente-

Maritime dans les années 1990, un nombre annuel moyen de cas confirmés

microbiologiquement entre 15 995 et 21 652.

Ces dix dernières années, le nombre de souches de Campylobacter spp. reçues au CNR a

fortement augmenté (+ 83 % entre 2003 et 2009) 3, sans que l’on puisse conclure

formellement à l’augmentation seule de l’incidence de la campylobactériose : le

recrutement de nouveaux laboratoires participant au Réseau de surveillance pourrait aussi

constituer un facteur explicatif.

Figure 1. Nombre de souches de Campylobacter reçues au CNR de Bordeaux, France, 2003-

2009.

1.1.1.2. En Europe

En Europe, Campylobacter spp. est depuis plusieurs années le principal agent zoonotique

responsable de diarrhées infectieuses : en 2008, 193 554 cas ont été déclarés, soit un taux

de notification de 44,1 infections pour 100 000 habitants 2. La République Tchèque et le

2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 0

500

1000

1500

2000

2500

3000

3500

4000

4500 Nombre de

souches

20

Royaume Uni ont le plus fort taux de notification rapporté (respectivement 193 et 90,9

infections pour 100 000 habitants en 2008).

Depuis les dix dernières années, on observe en Europe une augmentation du nombre de cas

d’infections à Campylobacter spp., ce qui impose aux autorités européennes compétentes

de considérer cette zoonose émergente comme un réel enjeu de santé publique.

Tableau 1. Nombre et taux de notification (en nombre de cas pour 100 000 habitants) des

cas de campylobactériose dans l’Union Européenne, de 2006 à 2008.

European Centre for Disease Prevention and Control. Annual Epidemiological Report on

Communicable Diseases in Europe 2010. Stockholm ; ECDC, 2010.

Année 2006 Année 2007 Année 2008

Nombre de

cas confirmés

Taux pour

100 000

habitants

Nombre de

cas confirmés

Taux pour

100 000

habitants

Nombre de

cas confirmés

Taux pour

100 000

habitants

178 933 43,03 203 736 46,71 193 554 44,14

1.1.1.3. En Amérique du Nord

Au Canada, Campylobacter spp. est le premier agent zoonotique 4 responsable de diarrhées

infectieuses, avec en 2008 une incidence de 28,4 infections confirmées microbiologiquement

pour 100 000 habitants (la campylobactériose y est une maladie à déclaration obligatoire).

Aux États-Unis, il est le deuxième 5 derrière Salmonella, avec en 2010 une incidence estimée

de 13,6 infections confirmées microbiologiquement pour 100 000 habitants (données issues

de laboratoires « sentinelles »).

21

1.1.2. Définition et caractéristiques des infections à Campylobacter

1.1.2.1. La nature du Campylobacter

Les espèces du genre Campylobacter sont des bactéries à coloration de Gram négative, de

morphologie spiralée ou incurvée, voire coccoïde, avec une mobilité importante et

caractéristique grâce à un ou deux flagelle(s) polaire(s). Plusieurs espèces ou sous-espèces,

appartenant au genre des Campylobacter thermotolérants (C. jejuni, C. coli, C. lari), sont à

l’origine de la grande majorité des cas de campylobactériose. Il existe néanmoins d’autres

espèces ou sous-espèces (C. upsaliensis, C. fetus subsp. fetus et C. jejuni subsp. doylei). Leur

croissance est favorisée dans une atmosphère appauvrie en oxygène (microaérophilie), et à

une température optimale de 42 °C pour les espèces thermotolérantes.

1.1.2.2. Son caractère zoonotique : les différents réservoirs

La plupart des Campylobacter spp. sont assez peu pathogènes pour les animaux, qui les

hébergent généralement de manière asymptomatique, principalement au niveau du tractus

digestif. Campylobacter spp. peut être transmis à l’homme, soit par un contact direct entre

l’animal infecté ou les carcasses contaminées, soit indirectement par l’ingestion d’aliments

contaminés, y compris les eaux de boisson (on parle alors de « toxi-infection alimentaire »).

La contamination interhumaine est rare. Du fait de la possibilité d’une transmission à

l’homme à partir des réservoirs animaux, Campylobacter spp. doit être considéré comme un

agent zoonotique. Les oiseaux, sauvages et domestiques, sont considérés comme les

principaux réservoirs de Campylobacter jejuni (et dans une moindre mesure, de C. coli).

D’autres réservoirs de Campylobacter spp. ont été décrits : les bovins, les porcins, les petits

ruminants, mais aussi les animaux de compagnie (chats et chiens), et les sols et rivières

contaminés par les déjections animales.

22

La relation entre dose infectante et maladie humaine n’est pas très bien appréhendée mais

certaines études laissent à penser qu’une faible dose suffirait à provoquer la maladie

humaine 6, 7 .

Les principaux facteurs de risque de développer une infection à Campylobacter spp. ont été

clairement identifiés 8 comme étant la consommation de poulets ou autres viandes

contaminées peu cuites, les contacts avec animaux de compagnie ou animaux de fermes

contaminés, la consommation d’eau potable contaminée insuffisamment traitée, mais aussi

une manipulation des produits alimentaires dans des conditions d’hygiène insuffisantes en

cuisine avec un risque de contamination croisée à partir du produit incriminé (par exemple,

manipulation d’une volaille contaminée, puis manuportage du germe vers des aliments

destinés à être mangés crus, ou vers des ustensiles de cuisine ou la surface de travail...).

La plupart des cas décrits sont sporadiques (probablement du fait de l’absence de véritables

systèmes d’alerte, la campylobactériose n’étant pas une maladie à déclaration obligatoire),

avec un pic saisonnier lors de la période estivale (barbecues). On recense néanmoins chaque

année quelques cas de toxi-infections alimentaires collectives à Campylobacter spp., en

particulier par consommation d’eau ou de lait cru contaminés 9 .

1.1.2.3. La maladie humaine

La maladie humaine la plus fréquemment observée est une entérite aiguë (due en France à

Campylobacter jejuni et à Campylobacter coli dans respectivement près de 80 % et 15 % des

cas 3), de durée d’incubation comprise entre un et dix jours, qui se manifeste par des

diarrhées (90 % des cas), des selles plus ou moins sanguinolentes, des douleurs abdominales,

de la fièvre et parfois des nausées ou vomissements, et dure en moyenne cinq jours 10. Les

nombreuses études sur le pouvoir pathogène de C. jejuni n’ont pas permis de mettre en

évidence un mécanisme pathogénique spécifique, mais il est désormais admis que le type de

23

diarrhée provoquée par Campylobacter spp., invasive et sécrétoire, est lié à son caractère

entéroinvasif (du fait de sa grande mobilité, il peut pénétrer dans les entérocytes), et à son

caractère enterotoxinogène 11 (des toxines ont étés mises en évidence dans certaines

souches de Campylobacter, dont une distendant le cytosquelette des cellules infectées 12,

mais leurs rôles restent à préciser).

Les personnes infectées sont majoritairement des enfants de moins de 10 ans, des

personnes âgées de plus de 65 ans 13, mais aussi des voyageurs principalement de retour

d’Afrique du Nord ou d’Asie.

Dans la majorité des cas (80 %), la maladie est spontanément résolutive en une semaine,

mais la bactérie persiste dans les selles pendant plusieurs semaines (les personnes

concernées sont alors définies comme « porteurs sains »). À l’inverse, dans 20 % des cas, en

particulier chez les personnes immunodéprimées, l’entérite peut se compliquer 14, soit d’une

bactériémie ou septicémie (dans moins de 1 % des cas) 15, soit de localisations secondaires

(exceptionnellement décrites telles qu’appendicite, péritonite, cholécystite, pseudo

anévrysmes, localisations ostéo articulaires ou cardiaques), soit d’un syndrome post-

infectieux 16 de type rénal (glomérulonéphrite) 17, arthritique 18, ou neurologique comme le

syndrome de Guillain-Barré 19. Ce dernier, très sévère, se manifeste par une paralysie

temporaire du système nerveux périphérique, avec une mortalité pouvant atteindre 2 à 3 %

des cas et parfois des séquelles neurologiques majeures. On estime que 20 à 30 % des cas de

syndrome de Guillain-Barré les plus sévères, seraient dus à une infection par Campylobacter

jejuni avec une prédominance du sérogroupe 019 20. Il est dorénavant admis qu’un cas sur

trois mille infections humaines par Campylobacter spp. provoque le syndrome de Guillain-

Barré 21.

24

D’autre part, des études récentes suggèrent un lien entre infection digestive à

Campylobacter spp. et maladies inflammatoires chroniques intestinales (maladie de Crohn et

rectocolite hémorragique) 22, 23, vraisemblablement par le biais d’une incitation ou d’une

exacerbation d’une inflammation du tube digestif liée à la présence de la bactérie 24.

1.1.2.4. Diagnostic bactériologique

La culture de Campylobacter spp. s’effectue essentiellement à partir de prélèvements de

selles (coproculture), plus rarement de sang (hémoculture), puisqu’il est principalement

responsable d’entérite aigue. L’examen microscopique direct, réalisé sur un prélèvement à

l’état frais, permet parfois d’identifier Campylobacter spp. grâce à l’observation de sa

mobilité caractéristique. La présence de leucocytes n’est pas toujours associée 25. La culture

s’effectue selon la méthode « officielle » internationale ISO 10272/1995, sur un milieu

spécifique d’enrichissement (bouillon Preston, ou de Park et Sanders), puis sur deux milieux

d’isolement sélectif (gélose Karmali et, au choix : milieu Butzler, Skirrow, Preston, CCDA)

pendant 1 à 5 jours, en micro-aérophilie, et à 37° ou 42° selon les milieux choisis. La

confirmation du genre se fait sur une colonie caractéristique par différents tests (tests

d’orientation de croissance sous différentes conditions, études de morphologie, mobilité,

oxydase), et la détermination de l’espèce est réalisée à l’aide de tests biochimiques simples

(recherche de la catalase, hydrolyse de l’hippurate, sensibilité ou résistance à la céphalotine

et à l’acide nalidixique, hydrolyse de l’acétate d’indoxyle).

Actuellement, des techniques immunologiques (immunochromatographique comme

Immunocard Stat!Campy®, ou immunoenzymatique comme Premier Campy® ou RidaScreen

Campylobacter®), et des techniques de biologie moléculaire (PCR multiplex, PCR en temps

réel…) de détection du Campylobacter spp. sont en train de se développer mais ne sont pas

utilisées en routine, car encore au stade d’évaluation. La culture reste la méthode de

25

référence. Des méthodes de diagnostic sérologique (réaction de fixation du complément,

ELISA) sont également disponibles mais ne présentent qu’un intérêt rétrospectif.

1.1.3. Données de morbi-mortalité et impact économique

1.1.3.1. Données de morbi-mortalité disponibles

Peu de données sont disponibles concernant la morbi-mortalité liée aux infections à

Campylobacter spp. dans le monde.

Aux États-Unis, le rapport 5 publié en 2011 par le CDC (Centers for Disease Control and

Prevention) confirme pour l’année 2010 une incidence estimée de cas d’infections à

Campylobacter spp. confirmées microbiologiquement de 13,6 pour 100 000 habitants, avec

un taux d’hospitalisation lié à l’infection de 14,6 % et un taux de décès de 0,1 %.

En France, l’étude de morbi-mortalité réalisée conjointement par l’InVS et l’Afssa en 2003 1

estime, avec un nombre de cas annuel d’infections à Campylobacter spp. confirmées

microbiologiquement compris entre 15 995 et 21 652, le nombre de patients hospitalisés

annuellement entre 3 247 et 4 395, et le nombre de décès annuels entre 16 et 22.

1.1.3.2. Impact économique

Le coût annuel des infections à Campylobacter spp. dans les pays développés est difficile à

évaluer. Les comparaisons entre les pays sont difficiles, en raison des différences existant

entre les systèmes de santé de chaque pays, et de la variabilité des paramètres économiques

pris en compte dans les analyses effectuées.

Aux États-Unis, le coût annuel de la campylobactériose a été évalué en 1997 à 1,2 milliard de

dollars par année (en tenant compte de la variable économique « handicap et perte de

productivité future en fonction de l’âge », liés en particulier aux séquelles du syndrome de

Guillain-Barré), avec un coût moyen d’une infection à Campylobacter spp. évalué entre 468

26

et 550 dollars us 26. Cette étude se base sur l’analyse de données épidémiologiques

recueillies en 1993 (selon lesquelles sur 2,5 millions de personnes infectées à Campylobacter

spp. au cours de l’année, 12 500 ont été hospitalisées et 200 à 730 sont décédées).

Les coûts engendrés par la campylobactériose pour les systèmes de santé publique et en

termes de perte de productivité sont évalués à quelque 2,4 milliards d’euros chaque année

pour l’ensemble de l’Union Européenne 27.

En France, aucune donnée économique n’est disponible, faute d’études.

1.1.4. Le problème de l’antibiorésistance

Le profil d’antibiorésistance des Campylobacter spp. ne cesse d’évoluer et de soulever des

interrogations chez les partenaires travaillant sur ce sujet, tant chez l’homme que chez

l’animal.

Campylobacter spp. est naturellement sensible à la plupart des familles d’antibiotiques,

toutefois une résistance peut être acquise vis-à-vis de certaines : macrolides, aminosides,

bêta-lactamines, tétracyclines et quinolones 28,29. La résistance aux fluoroquinolones

s’acquiert rapidement : une seule mutation au niveau de la gyrase du Campylobacter spp.

(Thr86-Ile ou Asp90-Asn le plus souvent) suffit à augmenter de façon importante la CMI

(concentration minimale inhibitrice) d’une souche et à la rendre résistante à toute cette

famille d’antibiotiques 30. En France, en 2009, selon le rapport de l’InVS 3 (après analyse des

souches recueillies chez l’homme en France par le CNR de Bordeaux dans le cadre du Réseau

de surveillance des infections à Campylobacter spp.), en moyenne 48,9 % de Campylobacter

spp. sont résistants à l’acide nalidixique, 45,5 % aux autres quinolones, 35,5 % à la

doxycycline et 22,7 % à l’amoxicilline. La résistance à l’érythromycine, à l’amoxicilline/acide

clavulanique, et à la gentamicine reste néanmoins faible (respectivement 2,3 %, 0,1 % et

27

0,2 %) 3. À noter que les taux de résistances sont tout à fait comparables pour les

laboratoires hospitaliers et non hospitaliers.

Tableau 2. Résistance aux antibiotiques des Campylobacters isolés chez l’homme, France,

2009.

Bilan de la surveillance des infections à Campylobacter chez l’homme en France en 2009, InVS.

Antibiotiques

Total (% de résistance)

LABM LH

Erythromycine 2,3 2,4

Doxycycline 35,5 37,7

Ampicilline 22,7 26,0

Acide nalidixique 48,1 52,1

Ciprofloxacine 45,7 45,1

Gentamicine 0,2 0,0

Amoxicilline/acide clavulanique 0,1 0,2

LABM : Laboratoires d’analyses de biologie médicale ; LH : Laboratoires hospitaliers

En France, la résistance aux quinolones des souches de C. jejuni et C. coli isolées chez

l’homme a continué à augmenter pour atteindre le niveau de résistance le plus élevé depuis

le début de la surveillance (après une stabilisation en 2003-2004). Si les premiers résultats,

observés jusqu’en 2003, suggéraient un impact positif des mesures 31 limitant l’utilisation

des quinolones en thérapeutique animale mises en place par l’Union européenne en 1999,

les nouvelles observations depuis 2005 chez l’homme soulèvent des interrogations sur les

causes de l’augmentation constatée de cette résistance. Elle ne semble pas liée à des biais

de surveillance : en effet, ni les méthodes d’analyses utilisées en routine au CNR ni le

recrutement des souches par les laboratoires de ville et les laboratoires hospitaliers n’ont

28

été modifiés. Deux hypothèses non exhaustives sont avancées : l’augmentation de

prescription des fluoroquinolones en médecine humaine (notamment en médecine

ambulatoire) et l’utilisation à visée thérapeutique dans les élevages d’animaux (notamment

aviaires) de fluoroquinolones proches de celles utilisées chez l’homme pourraient constituer

une pression antibiotique forte et expliquer une telle augmentation. Dans ce contexte, des

travaux de recherche complémentaires sur le lien possible entre l’usage des antibiotiques

chez l’homme et chez l’animal et l’apparition de résistance bactérienne chez l’homme sont

en cours.

Figure 2. Résistance à l’acide nalidixique et à la ciprofloxacine des C.jejuni et C .Coli isolés

chez l’homme, France, 1986-2009 (données issues des laboratoires hospitaliers).

Bilan de la surveillance des infections à Campylobacter chez l’homme en France en 2009, InVS.

Dans les autres pays européens, les taux observés de résistance des Campylobacter spp. aux

quinolones sont comparables à ceux observés en France, avec toutefois des disparités selon

29

les pays 32 (de 6 % en Norvège, à plus de 80 % en Espagne et au Portugal 33 entre 2005 et

2010). Les taux de résistance observés suivent également la même tendance évolutive à

l’augmentation 34.

1.2. LES DISPOSITIFS ACTUELS DE MAÎTRISE DE LA CAMPYLOBACTÉRIOSE

1.2.1. Dans la filière animale

La réglementation européenne ne définit pas actuellement de dispositif de maîtrise du

Campylobacter spp. ni dans les filières animales ni dans la filière volailles. On estime

pourtant qu’environ 30 % des infections à Campylobacter spp. sont liées à la consommation

de volailles contaminées 35,36 au sortir d’abattoir.

Afin d’avoir une base de discussion commune sur les critères microbiologiques à fixer, une

étude 37 communautaire de prévalence pilotée par l’EFSA (European Food Safety Authority),

a été réalisée en 2008 dans les pays de l’Union Européenne. Elle a montré que près de 75 %

des carcasses de poulets étaient contaminées à Campylobacter spp., avec la présence de

Campylobacter spp. à des niveaux plus ou moins élevés selon les États Membres (par

exemple en France, plus de 50 % des carcasses ont des niveaux de contamination supérieurs

à 100 CFU/G, critère fixé par les Danois, au-delà duquel la carcasse est potentiellement à

risque pour le consommateur). Suite à cette étude, qui offrait des données comparables

entre États Membres, une modification de la réglementation communautaire est en cours de

réflexion, guidée par la publication d’un avis scientifique 27 du groupe d’experts européens

indépendants sur les risques biologiques (groupe BIOHAZ, de l’EFSA), ayant pour objet

d’évaluer l’impact sur la santé publique des mesures de contrôle qui pourraient être utilisées

pour réduire la présence de Campylobacter spp. chez les poulets, et d’évaluer de quelle

30

manière ces objectifs de réduction pourraient entraîner une diminution du nombre de cas

humains de campylobactériose associés à la consommation de cette viande.

Le règlement du Journal Officiel de l’Union Européenne (CE) n° 2073/2005, modifié par le

règlement (CE) n° 1141/2007, qui donne les critères microbiologiques de sécurité et

d’hygiène des procédés d’abattage, n’inclut actuellement pas la recherche de Campylobacter

spp. dans les carcasses de volailles. L’adoption d’un critère d’hygiène des procédés début

2013 obligera les opérateurs du secteur et les États Membres à mettre en place des mesures

de maîtrise du Campylobacter dans la filière volailles : ce critère prévoit une limite maximale

à 10 000 UFC/g au-delà duquel le lot de carcasses n’est plus consommable en l’état

(orientation vers la cuisson).

Certains pays de l’Union Européenne (Allemagne, Danemark, Suède, ...) ont déjà mis en

place au niveau national des mesures de maîtrise du Campylobacter spp. dans les volailles de

chair destinées à la consommation. Des procédés visant à assainir des lots de carcasses

contaminées sont connus et utilisés dans différents pays qui ont déjà choisi de dépister leurs

carcasses pour Campylobacter spp. : la décontamination non chimique par congélation (- 18°

pendant 10 jours) en Norvège ou au Danemark, la décontamination non chimique par

traitement thermique flash (75° pendant 15 secondes) en Suède ; la décontamination

chimique, à base de chlore ou de phosphate trisodique, réalisée aux États-Unis, est plus ou

moins efficace selon les études, et strictement interdite dans l’union Européenne. Ces

interventions ont permis de diminuer l’incidence des campylobactérioses humaines. Le

Danemark a ainsi observé une diminution de 12 % de ses cas de campylobactérioses

humaines 38 entre 2002 et 2007, suite à la mise en place d’un dispositif de maîtrise du

Campylobacter spp. incluant mesures de biosécurité strictes en élevage, amélioration du

31

processus d’abattage, traitement assainissant des carcasses contaminées, information des

consommateurs.

En dehors de toute réglementation, l’ANSES (Agence nationale de sécurité sanitaire)

préconise dans un rapport publié en 2004 (« Guide des bonnes pratiques d’hygiène en

cuisine ») une cuisson suffisante des viandes, et leur manipulation dans de bonnes

conditions hygiéniques (y compris le nettoyage des surfaces et ustensiles de cuisine afin

d’éviter les contaminations croisées).

1.2.2. Le rôle des laboratoires

1.2.2.1. Le Réseau de surveillance des infections à Campylobacter

La directive (CE) n° 2003/99 du Journal Officiel de l’Union Européenne du 17 Novembre 2003

a défini la lutte contre une zoonose comme la campylobactériose comme une « priorité de

santé publique ». L’objectif de cette directive est de « garantir que les zoonoses, les agents

zoonotiques et la résistance antimicrobienne associée soient adéquatement surveillés et que

les foyers de toxi-infection alimentaire fassent l'objet d'une étude épidémiologique

adéquate, afin que les informations nécessaires puissent être recueillies dans la

Communauté en vue d'en évaluer les tendances et les sources ». Dans son avis sur les

zoonoses adopté le 12 avril 2000, le comité scientifique des mesures vétérinaires en rapport

avec la santé publique a considéré que les mesures destinées à combattre les infections

zoonotiques d'origine alimentaire alors en vigueur étaient insuffisantes et que les données

épidémiologiques recueillies alors par les États Membres n'étaient ni complètes ni

pleinement comparables (les systèmes de collecte de données ne sont pas harmonisés à

l’échelle européenne). En conséquence, le comité a recommandé d'améliorer les modalités

32

de surveillance, en demandant notamment aux États Membres de désigner des laboratoires

nationaux et communautaires de référence dédiés aux zoonoses et agents zoonotiques.

En France, depuis avril 2002, un dispositif de surveillance des infections à Campylobacter spp.

a été mis en place conjointement par l’InVS et le CNR des Campylobacter et Helicobacter de

Bordeaux. Il repose sur l’existence d’un réseau de laboratoires d’analyses de biologie

médicale et de laboratoires hospitaliers, volontaires (respectivement 260 et 88 en 2009), qui

recherchent systématiquement les Campylobacter spp. dans toute coproculture et

hémoculture, et envoient les souches isolées au CNR avec une fiche d’informations

collectant des données épidémiologiques (département du laboratoire, date de naissance du

patient, sexe, voyage à l’étranger dans les quinze jours précédant les symptômes, cas

groupés) et biologiques (nature de l’échantillon, date d’isolement, site de prélèvement). Le

CNR réalise alors une caractérisation de l’espèce, teste sa sensibilité aux antibiotiques, et

signale, s’il y en a, les cas groupés à l’InVS pour investigations supplémentaires.

1.2.2.2. Recommandations concernant la recherche du Campylobacter dans les coprocultures

Concernant les laboratoires d’analyses de biologie médicale qui ne font pas partie du réseau,

les coprocultures sont réalisées selon les recommandations du Journal Officiel du 12 août

1997 relatif à la nomenclature des actes de biologie médicale. Celui-ci prévoit une cotation

forfaitaire (B180) pour l’analyse bactériologique des matières fécales ou des prélèvements

rectaux : la coproculture standard comprend « un examen microscopique direct et

l’identification de différentes espèces bactériennes après culture sur milieux sélectifs :

Salmonelles, Shigelles et, le cas échéant, Campylobacter et Yersinia », et un antibiogramme

pour toute espèce susceptible d’engendrer un processus infectieux (Annexe n° 1).

33

Il existe également d’autres recommandations concernant la réalisation des coprocultures :

- les recommandations ANAES 39 (Agence Nationale d’Accréditation et d’Évaluation en Santé,

devenue HAS, Haute Autorité de Santé) datant de 2003 (Annexe n° 2) précisent que

Campylobacter spp. devrait être systématiquement recherché, sans aucune majoration de la

cotation forfaitaire, étant donné son implication fréquente dans les diarrhées aiguës

survenant dans les pays développés ;

- les laboratoires de biologie médicale utilisent aussi pour leur exercice quotidien le REMIC,

Référentiel en Microbiologie Médicale (document consensuel rédigé par des biologistes de la

Société Française de Microbiologie, qui expose l'état des connaissances actuelles nécessaires

pour prescrire, prélever, réaliser et interpréter les examens de microbiologie médicales,

mais qui ne sont pas nécessairement en adéquation avec celles de la Nomenclature des

Actes de Biologie Médicale). Concernant la réalisation des coprocultures, le REMIC 2010

recommande pour les adultes ou enfants, lorsque le contexte n’est pas renseigné, de

rechercher Salmonella spp., Shigella spp. et Campylobacter spp. (voire Yersinia enterolitica si

la selle est diarrhéique).

Le CA-SFM (Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie) édite pour

sa part chaque année des recommandations de réalisation et lecture des antibiogrammes

spécifiques de chaque agent bactérien pathogène.

Pour autant, il existe comme nous l’avons décrit précédemment différentes méthodes de

détection du Campylobacter spp. : les techniques immuno-enzymatiques et de biologie

moléculaire (par PCR) 40 actuellement en cours d’évaluation, et la culture (méthode de

référence), qui nécessite l’utilisation de différents milieux d’enrichissement ou sélectifs,

entraîne un surcoût difficile à évaluer, et est plus contraignante à réaliser que les cultures

sur milieux usuels. Une étude réalisée en 2000 auprès des laboratoires de microbiologie 41 a

34

d’ailleurs révélé que 45 % des laboratoires de ville conservaient les milieux de culture du

Campylobacter spp. au-delà de la limite des dates de péremption indiquées sur les boîtes

(> 8 jours et jusqu’à 72 jours), or « leur qualité décroît avec le temps, et l’utilisation de

milieux qui ne sont pas à l’optimum de leur efficacité peut contribuer à l’absence

d’isolement de ces bactéries ».

1.2.2.3. Les modalités de surveillance des bonnes pratiques d’analyse médicale

Il est important de souligner que les pratiques des laboratoires d’analyses de biologie

médicale seront bientôt contrôlées par les Agences Régionales de Santé (ARS) de deux

manières distinctes :

- l’article R. 6211-13 du code de la santé publique indique que les règles auxquelles se

conforment les laboratoires autorisés sont énoncées dans le Guide de Bonne Exécution des

Analyses (GBEA, arrêté du 26 novembre 1999 modifié par l’arrêté du 26 avril 2002) ;

- l’ordonnance récente n° 2010-49 du 13 janvier 2010 relative à la biologie médicale (article

L 6221-1 du Code de la Santé Publique) rend bientôt obligatoire l'accréditation de l’ensemble

des laboratoires de biologie médicale publics et privés en France. Au 1er novembre 2013,

ceux-ci devront être entrés dans une démarche d'accréditation conforme aux règles

internationales, et évalués par le Cofrac (Comité Français d’Accréditation), organisme

indépendant reconnu par l’État.

Dans les années à venir, les laboratoires auront donc une obligation d’améliorer la qualité et

la traçabilité des résultats rendus, de leur matériel, des conditions de réalisation, transports

et conservation des prélèvements, de l’exécution des analyses selon des normes

internationales connues.

35

1.2.3. Le rôle des médecins généralistes

1.2.3.1. Les recommandations pour la prescription des coprocultures

Les médecins sont eux aussi un chaînon essentiel dans la maîtrise de la campylobactériose

humaine, en tant qu’acteurs du diagnostic, prescripteurs d’examens complémentaires et de

traitements adaptés ; ils sont également tenus de signaler à la Direction Départementale des

Affaires Sanitaires et Sociales tous cas de toxi-infections alimentaires collectives.

En France, c’est effectivement le médecin généraliste qui est le premier consulté en cas de

diarrhée : environ trois millions de patients consultent chaque année un médecin généraliste

en cas de diarrhée aiguë 42.

Concernant les indications et modalités de prescription des coprocultures, des

recommandations ANAES ont été élaborées en 2003 39, principalement destinées aux

médecins généralistes : « une coproculture standard en spécifiant sur la demande « avec

recherche de Campylobacter » et éventuellement de Yersinia doit être prescrite en cas de

diarrhée aiguë dans les situations suivantes (grade C) : diarrhée hémorragique ou syndrome

dysentérique, signes cliniques de gravité, terrain fragile (grand âge, insuffisance rénale, valve

cardiaque, immunodépression), diarrhée aiguë persistant plus de trois jours, forte

probabilité d’avoir une diarrhée aiguë d’origine bactérienne, toxi-infection alimentaire

collective. Il n’y a pas lieu de prescrire une coproculture en cas de diarrhée chronique, sauf

chez les malades immunodéprimés (grade C). En cas de diarrhée aiguë, la prescription d’une

coproculture ne sera envisagée qu’après avoir éliminé par l’interrogatoire une cause non

infectieuse de diarrhées aiguës (grade C) ».

1.2.3.2. Les recommandations de traitement des diarrhées à Campylobacter

Concernant le traitement d’une diarrhée à Campylobacter spp. (manifestation clinique à

laquelle sont majoritairement confrontés les médecins généralistes), en dehors du

36

traitement habituel de la diarrhée et de ses conséquences 43, seules quelques

recommandations moyennement accessibles, européennes ou américaines, existent quant à

l’utilisation d’une éventuelle antibiothérapie ; ces recommandations sont pour l’une trop

ancienne (dix ans) compte tenu de l’évolution récente des données d’antibiorésistance, pour

les autres imparfaitement adaptées au contexte français qui a comme on l’a vu ses propres

spécificités :

- celle de l’IDSA (Infectious Diseases Society of America) 44 de 2001 qui recommande pour

une diarrhée du voyageur modérée à sévère ou un syndrome dysentérique une

antibiothérapie empirique en cure courte par quinolones chez l’adulte (par exemple

norfloxacine 400 mg 2 fois par jour pendant 3 à 5 jours), et par trimethoprime-

sulfamethoxazole chez l’enfant. La réalisation d’une coproculture (comprenant la recherche

de Campylobacter et Yersinia et un antibiogramme) doit être systématique en cas de

syndrome dysentérique, afin de pouvoir adapter l’antibiothérapie à l’agent microbien

retrouvé (en cas de Campylobacter résistant aux quinolones, l’erythromycine doit être

prescrite pour une durée de 5 jours à la posologie de 500 mg 2 fois par jour) ;

- celle de l’ESPID (European Society for Paediatric Infectious Diseases) et l’ESPGHAN

(European Society for Paediatric Gastroenterology, Hepatology and Nutrition) 45 de 2008, qui

précise que les antibiotiques n’ont leur place chez les enfants que s’ils sont

immunodéprimés, ou que la diarrhée est sanguinolente, avec une fièvre élevée, des

douleurs abdominales ou une implication du système nerveux central (symptômes suggérant

un agent pathogène bactérien). Le traitement antibiotique est aussi recommandé afin de

réduire la transmission dans les crèches et établissements pédiatriques, et est considéré

comme plus efficace si délivré au stade précoce (dans les 3 jours suivant l’apparition de

l’infection à Campylobacter spp.). Le choix empirique de l’antibiotique utilisé est laissé à la

37

libre appréciation du praticien, en fonction des profils de résistance connus des agents

bactériens potentiellement incriminés ;

- celle de la WGO 46 (World Gastroenterology Organisation) qui en 2008 conseille d’envisager

un traitement antimicrobien pour des Campylobacter spp. persistants, ou chez les personnes

âgées, les patients immunodéprimés, dans les états sévères, ou lors d’une diarrhée du

voyageur modérée à sévère avec syndrome dysentérique. Les quinolones sont indiquées en

premier choix ;

- le manuel E. Pilly, ouvrage de référence de Pathologie infectieuse et Tropicale, suggère

dans son édition de 2010 l’utilisation de macrolides (azithromycine : 500 mg le premier jour

puis 250 mg par jour les 4 jours suivants) ou de quinolones en alternative, pour une durée de

cinq jours, en cas de syndrome dysentérique ou terrain fragile.

1.3. LES INCONNUES

1.3.1. Quelle est l’incidence réelle de la campylobactériose en France ?

On ne connaît pas à ce jour réellement la prévalence ou l’incidence annuelle de la

campylobactériose en France.

Le rapport de « surveillance des infections à Campylobacter spp. chez l’homme en France en

2009 » 3 établi par l’InVS, a recensé 4 026 cas d’infections à Campylobacter spp. en 2009

(soit un taux de notification de 5,4 infections pour 100 000 habitants). Comme nous l’avons

vu précédemment, le nombre de cas déclarés de campylobactériose en France est établi à

partir du nombre de souches de Campylobacter spp. envoyées par des laboratoires

volontaires appartenant au Réseau de surveillance au CNR de Bordeaux, et serait donc

grandement sous-estimé. Le nombre de cas réels d’infections à Campylobacter spp. a été

38

estimé en France par l’InVS et l’Afssa en 2003 1 entre 16 000 et 21 000 chaque année, par le

biais d’enquêtes de prévalence des infections à Campylobacter en Mayenne et Charente-

Maritime. Une autre étude 47 réalisée en 2010-2011 par l’InVS et l’Afssa, visant à déterminer

l’exhaustivité et la représentativité en 2009 du Réseau de surveillance, a estimé le nombre

de souches de Campylobacter spp. isolées en France cette même année à 18 929 (avec un

taux d’exhaustivité global de la surveillance de 24 %). Ce chiffre serait déjà plus proche de

ceux rapportés par certains voisins européens, le taux de notification moyen des infections à

Campylobacter spp. se situant en Europe ces dernières années autour de 44 pour 100 000

habitants 2, ce qui est largement supérieur à celui actuellement déclaré en France : de tels

écarts de chiffres s’expliquent-ils par une différence réelle d’incidence de la

campylobactériose entre les pays, ou seulement par une meilleure détection des cas par les

voisins européens ? Il faut souligner que la détection des cas dans les pays européens n’est

en effet pas harmonisée : le système de surveillance varie entre les pays membres 48 (réseau

de laboratoires volontaires, déclaration obligatoire ou système sentinelle), tous n’ont pas de

laboratoire national de référence (et celui-ci ne reçoit pas systématiquement les souches de

Campylobacter provenant des laboratoires du réseau) ; de plus, tous les laboratoires ne

recherchent pas systématiquement Campylobacter dans les coprocultures, et les méthodes

diagnostiques varient d’un pays à l’autre 49.

Parallèlement, on constate, toujours d’après le rapport de surveillance de l’InVS 3, une

augmentation importante du nombre de souches de Campylobacter spp. réceptionnées au

CNR entre 2003 et 2009. Des analyses plus approfondies de cette augmentation sont en

cours par le CNR et l’InVS : correspond-elle à une meilleure détection des cas (augmentation

du nombre de souches reçues par les laboratoires participant déjà à la surveillance,

recrutement de nouveaux laboratoires participants 3 : 10 % des laboratoires privés y

39

participaient en 2009 versus 9 % en 2006, peut-être sous l’influence du regroupement des

laboratoires) ou à une augmentation de l’incidence de la maladie ?

1.3.2. Quelles sont les pratiques des médecins généralistes concernant la prescription

des coprocultures ?

Peu de données sont disponibles concernant les pratiques médicales actuelles en regard de

la prescription (indications et modalités) des coprocultures.

Une étude 50, réalisée par le Réseau Sentinelles à partir de données recueillies entre 1994 et

2000 estimait à en moyenne 4 % le pourcentage de coprocultures prescrites par les

médecins généralistes en cas de diarrhée aiguë (définie par « au moins 3 selles liquides ou

molles par jour, et récente : datant de moins de 14 jours »). Parmi celles-ci, 4 % en moyenne

revenaient positives à Campylobacter spp., ce qui correspondait à « une estimation

minimale » car il était « probable que cette bactérie n’ait été recherchée que sur une partie

des coprocultures prescrites par les médecins Sentinelles ». D’autre part, cette étude ne

donnait pas d’informations supplémentaires sur les raisons ayant motivé la prescription de la

coproculture par les médecins (caractéristiques de la diarrhée, terrain...).

Il n’existe actuellement pas en France d’étude récente d’évaluations des pratiques des

médecins généralistes concernant les indications et les modalités de prescription des

coprocultures, malgré l’édition des recommandations ANAES 39 en 2003.

1.3.3. Quelle est la pratique des laboratoires concernant la réalisation des

coprocultures ?

Les données concernant les modalités de réalisation des coprocultures par les laboratoires

d’analyses de biologie médicale de ville sont aussi anciennes et peu nombreuses, de telle

40

sorte qu’il est difficile d’évaluer actuellement le nombre de laboratoires qui réalisent les

coprocultures avec une recherche systématique de Campylobacter spp., même en dehors de

toute prescription spécifiée.

On ne retrouve qu’une seule étude concernant les pratiques diagnostiques des

Campylobacter spp. 41 qui a été conduite en 2000 auprès de laboratoires de microbiologie de

ville et hospitaliers (tirés au sort, ils devaient répondre à un auto-questionnaire envoyé par

voie postale). Parmi les laboratoires de ville ayant répondu, la recherche de Campylobacter

spp. était systématique pour 38,0 % d’entre eux, ou motivée par les principaux critères

suivants : présence de sang ou de mucus dans les selles (58,0 %), demande du clinicien

(55,0 %), aspect liquide des selles ou selles provenant d’enfants (45,0 %). Un examen

microscopique direct des selles a été réalisé systématiquement par 76 % des laboratoires de

ville. 32 % testaient systématiquement la sensibilité aux antibiotiques des souches de

Campylobacter spp. Par ailleurs, lorsque la recherche était orientée (par des indications

spécifiques du praticien), le pourcentage moyen de recherches positives n’était que

légèrement supérieur à celui d’une recherche systématique (sans test de significativité

mentionné).

1.3.4. Quelles sont les connaissances des médecins généralistes en regard de cette

zoonose ?

Si la lutte contre une zoonose comme la campylobactériose nécessite une collaboration

étroite entre les autorités vétérinaires compétentes (en matière d'hygiène des denrées

alimentaires), et entre les laboratoires communautaires de référence (collecte de données

sur les cas de zoonoses constatées chez l'homme), elle requiert néanmoins la participation

41

d’un maillon essentiel du diagnostic et de la prise en charge d’une telle infection : le médecin

généraliste.

Or, que sait-on de l’état actuel des connaissances des médecins généralistes concernant

cette zoonose, définie comme un réel problème de santé publique ? Sont-ils suffisamment

informés de l’émergence de cette zoonose, de ses modalités de diagnostic et de prise en

charge, ont-ils connaissance du profil d’antibiorésistance de Campylobacter spp. ?

Actuellement, aucune donnée n’est disponible en France concernant l’évaluation de leurs

connaissances et leurs pratiques à ce sujet.

1.4. OBJECTIFS DE L’ENQUÊTE

L’objectif principal de cette enquête était d’étudier les pratiques des laboratoires de ville et

des médecins généralistes concernant les connaissances, le diagnostic et la prise en charge

des infections digestives à Campylobacter spp., afin de définir des axes d’amélioration

possibles. Nous avons voulu vérifier plusieurs hypothèses :

- les laboratoires de ville n’effectueraient pas systématiquement la recherche de

Campylobacter spp. dans les coprocultures, parce qu’elle entraîne un surcoût et

techniquement une charge de travail plus importante, et/ou que la réglementation est

imprécise ;

- les médecins généralistes ne prescriraient pas tous de coprocultures selon les

recommandations de l’ANAES 2003 ; connaissent-ils les indications de prescription d’une

coproculture, savent-ils que cette recherche n’est pas systématique dans tous les

laboratoires de ville ?

42

- les médecins généralistes ne seraient pas assez informés sur la campylobactériose et sa

prise en charge en général (en particulier sur les dernières données épidémiologiques, le

profil d’antibiorésistance, …) : par manque d’informations via les autorités compétentes

(Haute Autorité de Santé, DDASS, …) ou via les médias disponibles (internet, revues

médicales, …) ?

43

2. MÉTHODOLOGIE

Il s’agit d’une enquête réalisée auprès de deux populations, installées dans la ville de Paris :

les laboratoires de biologie médicale, et les médecins généralistes.

2.1. SÉLECTION DES POPULATIONS INTERROGÉES

2.1.1. Les laboratoires

143 laboratoires d’analyses de biologie médicale ont été inclus, suivant des critères simples.

Tous les laboratoires répondant aux critères d’inclusion ont été sélectionnés : aucune

randomisation n’a été effectuée sur cette population.

Les critères d’inclusion étaient les suivants :

laboratoires de ville établis à Paris (75)

réalisant les coprocultures standards sur place (avec la possibilité de

transférer l’échantillon de selles à un autre laboratoire pour des demandes de

coprocultures avec recherche de germes spécifiques).

Les critères d’exclusion étaient :

les laboratoires hospitaliers ou rattachés à un hôpital

les laboratoires appartenant au Réseau de Surveillance des infections à

Campylobacter

les laboratoires d’analyses ayant une pratique spécifique exclusive :

laboratoires de recherche, de mycologie, de parasitologie, de toxicologie,

d’anatomo-pathologie, ou des entreprises

les laboratoires ne pratiquant pas la coproculture standard sur place.

44

La liste des laboratoires appartenant au Réseau de Surveillance des infections à

Campylobacter m’a été fournie par le Pr Mégraud, responsable du CNR des Campylobacter

et Helicobacter de Bordeaux.

La liste des laboratoires parisiens inclus dans l’étude a été établie à l’aide de l’annuaire des

professionnels de santé, mis à disposition par l’Assurance Maladie, sur le site : http://ameli-

direct.ameli.fr/ et de l’annuaire des Pages Jaunes®.

2.1.2. Les médecins généralistes

100 médecins généralistes ont été inclus afin de disposer d’un échantillon d’une taille

suffisante pour être représentatif.

L’inclusion a été réalisée après avoir établi la liste exhaustive de tous les médecins

généralistes recensés sur Paris (2 471 au total). Ces derniers ont alors été randomisés à l’aide

la fonction « aléa Excel », et les 100 premiers médecins répondant aux critères d’inclusion

choisis pour cette étude ont été interrogés.

Ont été inclus dans l’étude :

les médecins généralistes installés à Paris (75)

les médecins ayant comme pratique principale la médecine générale.

Les médecins généralistes exclus de l’étude étaient :

les médecins ayant comme activité principale une activité « autre que la

médecine générale » : S.O.S médecins, nutritionniste, endocrinologue,

médecine esthétique, allergologie, phlébologie, angiologie, homéopathie,

acupuncture, ostéopathie, psychiatrie, médecine du sport

45

les médecins n’exerçant plus à Paris (75) au cours de l’étude, pour cause de

déménagement.

La liste de la totalité des médecins généralistes parisiens a été établie à l’aide de l’annuaire

des professionnels de santé mis à disposition par l’Assurance Maladie, sur le site :

http://ameli-direct.ameli.fr/ et de l’annuaire des Pages Jaunes®.

2.2. INTERVENTION AUPRÈS DE CES POPULATIONS

2.2.1. Les laboratoires

Les 143 laboratoires inclus dans l’étude ont été contactés de Juin 2010 à Octobre 2010, par

téléphone.

Pour chacun des laboratoires, l’appelant s’entretenait avec le médecin biologiste du

laboratoire, se présentant comme un « médecin généraliste désirant avoir des informations

sur la réalisation des coprocultures, afin d’adapter la prescription de celle-ci pour un de ses

patients ». Le questionnaire téléphonique standard, comportait seulement 2 questions

ouvertes :

la première visant à déterminer les critères de recherche du Campylobacter

dans une coproculture en l’absence de prescription médicale explicite

la deuxième concernant les raisons de ce choix (quelle que soit la réponse à la

première question).

46

2.2.2. Les médecins généralistes

Les 100 médecins généralistes inclus dans l’étude ont été interrogés de Novembre 2010 à

Janvier 2011.

Un entretien téléphonique initial permettait une présentation de l’évaluateur, du sujet de la

thèse et des modalités de l’étude, et de proposer plusieurs modes de réponse au

questionnaire (mail ou courrier), ainsi qu’une vérification des coordonnées du médecin.

Les questionnaires envoyés par courrier étaient accompagnés d’une lettre d’introduction

(parcours et coordonnées personnels, indications concernant le sujet de la thèse et les

modalités de réalisation de celle-ci), avec une enveloppe retour pré-timbrée.

Les questionnaires envoyés par mail étaient également accompagnés d’un mail

d’introduction. Ils ont été mis en forme via une application disponible gratuitement sur

Internet : Google Docs®. Les réponses à chaque questionnaire parvenaient directement sur

cette page web, interface sécurisée par un code personnel.

Le contenu des questionnaires et la lettre d’introduction envoyés par mail ou courrier

étaient rigoureusement identiques (Annexe n° 3). Le questionnaire avait comme objectif, à

travers des questions ouvertes ou à choix multiples, d’évaluer les connaissances et les

pratiques des médecins sur différents thèmes de la campylobactériose :

les connaissances cliniques et épidémiologiques : principaux germes

responsables de toxi-infection alimentaire, complications possibles d’une

infection à Campylobacter, types de populations touchées, différents modes

de transmission

les modalités pratiques de diagnostic, en particulier indications et modalités

de prescription des coprocultures

47

les traitements délivrés : prescription d’une éventuelle antibiothérapie,

connaissance des profils d’antibiorésistance

les messages de prévention délivrés au patient et à sa famille

l’utilisation des recommandations et sources d’informations disponibles ; et

leurs attentes éventuelles sur le sujet.

2.3. ÉVALUATION

Les données recueillies auprès des laboratoires et des médecins généralistes inclus dans

l’étude ont été reportées dans des tableaux Excel, puis analysées avec une statistique de

fréquence (statistique descriptive).

48

3. RÉSULTATS

3.1. L’ENQUÊTE AUPRÈS DES LABORATOIRES

Sur les 143 médecins biologistes travaillant dans les laboratoires inclus dans l’étude et

contactés par téléphone, 143 ont répondu aux deux questions posées. Il n’y a eu aucun refus.

3.1.1. Critères de recherche du Campylobacter dans les coprocultures

Selon les déclarations recueillies, en l’absence de prescription médicale, la recherche de

Campylobacter spp dans les coprocultures s’effectuait de façon systématique pour 52 % des

laboratoires, selon différents critères pour 29 % des laboratoires (20 % selon l’aspect des

selles du patient, 7 % selon l’aspect des selles et l’âge du patient [selles provenant d’enfants],

et 2 % pour les selles provenant d’enfants), et 19 % des laboratoires ne recherchaient pas

Campylobacter spp.

Figure 3. Pratiques de recherche du Campylobacter spp. dans les coprocultures par les

laboratoires en l’absence de prescription médicale.

RECHERCHE SYSTEMATIQUE

52% (N=74)

ABSENCE DE RECHERCHE 19% (N=27)

SELON l'aspect des selles (molles,

glaireuses, sanglantes) 20% (N=29)

SELON l' âge (enfants) 2% (N=3)

SELON l'aspect des selles et

l'âge 7% (N=10)

49

3.1.2. Justifications et motivations des pratiques

Pour les 74 laboratoires effectuant systématiquement la recherche de Campylobacter spp.

dans une coproculture, tous le faisaient parce que sa recherche était « incluse dans le forfait

prévu par la Nomenclature des Actes de Biologie Médicale ».

Parmi les 27 laboratoires qui ne réalisaient pas la recherche de Campylobacter spp. sur une

coproculture, si elle n’était pas prescrite explicitement, 17 évoquaient « une difficulté liée

aux conditions de culture », et les 10 autres déclaraient ne « pas posséder le milieu de

culture adéquat ».

Pour les 42 laboratoires qui choisissaient d’effectuer la recherche de Campylobacter spp.

selon leurs propres critères cliniques et épidémiologiques (âge et/ou aspect des selles), 27

d’entre eux l’expliquaient par « une difficulté liée aux conditions de culture », et les 15

autres par un argument de « fréquence des infections à Campylobacter spp. dans les

populations choisies et/ou dans les selles d’aspect inhabituel ».

3.2. L’ENQUÊTE AUPRÈS DES MÉDECINS GÉNÉRALISTES

Le taux de réponse a été de 49 % chez les médecins généralistes (49 réponses pour 100

médecins inclus). L’absence de réponse était considérée comme définitive :

- après deux mails de rappel envoyés pour ceux qui avaient choisi de répondre par courriel ;

- après un délai de trois mois à compter de la date d’envoi du questionnaire par courrier

pour les autres.

Sur les 49 réponses enregistrées, 22 ont été envoyées via internet, et 27 ont été reçues par

courrier.

50

3.2.1. Connaissances cliniques et épidémiologiques de la campylobactériose

Sur les 49 médecins généralistes ayant répondu au questionnaire, 7 (14 %) avaient

diagnostiqué une infection à Campylobacter spp. au cours de l’année précédente, 39 (80 %)

n’en avaient pas diagnostiqué, 3 (6 %) ne se sont pas prononcés.

Connaissances des principaux germes responsables de toxi-infection alimentaire :

Les médecins interrogés devaient choisir les 2 germes les plus couramment impliqués dans

les toxi-infections alimentaires parmi un échantillon de 6 proposés.

15 médecins généralistes (30 %) ont cité Salmonelle et Campylobacter spp. comme étant les

2 germes les plus fréquemment responsables de toxi-infections alimentaires.

Salmonelle a été citée par 69 % (N = 34) des médecins sondés, Campylobacter spp. par 47 %

(N = 23) d’entre eux, et E.Coli entéroinvasif, Staphylococcus aureus, et Shigelle par

respectivement 41 % (N = 20), 24 % (N = 12) et 12 % (N = 6) d’entre eux. Yersinia n’a été cité

par aucun.

Figure 4. « Pourriez-vous cocher les 2 germes qui, selon vous, sont les plus fréquemment

responsables de toxi-infection alimentaire en France ? » :

69%

47% 41%

24%

12% 6% 0

51

Connaissances des complications possibles d’une infection à Campylobacter spp. :

27 des médecins interrogés (55 %) se sont dits capables de citer au moins 2 complications

possibles d’une infection à Campylobacter spp., 16 n’ont pas pu en citer, 6 ne se sont pas

prononcés. Parmi les complications fréquemment citées, on retrouve : « Syndrome de

Guillain-Barré et/ou troubles neurologiques » (10), « déshydratation » (7), « septicémie » (5),

« arthrite » (4).

Connaissances des types de population les plus touchées :

Les médecins interrogés pouvaient choisir un ou plusieurs type(s) de population le(s) plus

touchée(s) par l’infection à Campylobacter spp., parmi un panel de 5 proposés.

Pour 28 des médecins généralistes interrogés (57 %), l’infection à Campylobacter spp.

concernait tous les âges de la vie. Les enfants et les patients immunodéprimés sont parmi les

plus touchés pour respectivement 33 % (N = 16) et 31 % (N = 15) des médecins interrogés.

Les voyageurs et les personnes âgées sont cités respectivement par 22 % (N = 11) et 20 %

(N = 10) des médecins interrogés.

Figure 5. « Selon vous, quelle(s) population(s) est/sont le(s) plus touchée(s) ? ». Plusieurs

choix étaient possibles :

57%

33% 31% 22% 20%

0

52

Connaissances des différents modes de transmission :

Les médecins interrogés pouvaient choisir un ou plusieurs mode(s) de transmission

possible(s) de l’infection à Campylobacter spp., parmi 5 propositions.

Le mode de transmission de l’infection à Campylobacter spp. le plus cité a été « la

consommation de viandes mal cuites contaminées », cité par 32 des médecins interrogés

(65 %) ; le mode de transmission par « consommation d’aliments crus ayant été en contact

avec des viandes contaminées » n’a été cité que par 22 médecins (45 %). 9 médecins (18 %)

ont cité les 5 modes de contamination proposés.

Figure 6. « À votre avis, quel(s) est/sont le(s) mode(s) de transmission ? ». Plusieurs choix

étaient possibles :

65%

47% 45%

39%

29%

18%

consommation de viandes mal cuites contaminées

consommation d'eau contaminée (dont baignades)

consommation d'aliments crus au contact de viandes contaminées consommation de lait cru contaminé

contact direct avec un animal contaminé

NSP

53

3.2.2. Pratiques de prescription des coprocultures

3.2.2.1. Indications de prescription d’une coproculture

Les médecins interrogés pouvaient choisir un ou plusieurs symptôme(s) amenant à la

prescription d’une coproculture, parmi 6 propositions.

Le symptôme qui faisait majoritairement prescrire une coproculture aux 49 médecins

interrogés était « la présence de glaires ou de sang dans les selles », cité par 43 d’entre eux

(environ 88 %).

Une « diarrhée fébrile », une « diarrhée prolongée au-delà de 3 jours », une « diarrhée au

retour de voyage (pays tropical) » et une « diarrhée sur terrain fragile » amenaient à la

prescription d’une coproculture pour respectivement 59 % (N = 29), 55 % (N = 27), 49 %

(N = 24) et 47 % (N = 23) des médecins interrogés.

Les « douleurs abdominales » faisaient prescrire une coproculture à 8 % (N = 4) des

médecins interrogés.

Figure 7. « Quel(s) symptôme(s) vous fait/font prescrire une coproculture ? ». Plusieurs

choix étaient possibles :

88%

59% 55%

49% 47%

8%

0

selles glaireuses et/ou sanglantes

diarrhée fébrile>38°5

diarrhée prolongée>3 jours

diarrhée au retour de voyage

diarrhée sur terrain fragile

douleurs abdominales

NSP

54

3.2.2.2. Modalités de prescription d’une coproculture

21 médecins (43 %) supposaient que les laboratoires faisaient systématiquement la

recherche de Campylobacter spp. sur une coproculture, 16 (33 %) supposaient qu’ils ne la

faisaient pas, 12 (24 %) ne se sont pas prononcés.

Parmi les 16 médecins qui supposaient que cette recherche systématique n’était pas faite,

12 jugeraient utile qu’elle le soit (2 jugeraient cela inutile, 2 ne se sont pas prononcés).

34 des médecins interrogés (environ 69 %) demandaient systématiquement un

antibiogramme lors de la prescription d’une coproculture, les 15 autres n’en demandaient

pas nécessairement.

3.2.3. Connaissances des modalités de traitement et prévention

3.2.3.1. Antibiothérapie prescrite en première intention

Les médecins interrogés étaient invités à répondre librement sur le choix de l’antibiotique

prescrit en première intention en cas de diagnostic d’infection digestive à Campylobacter

spp.

La classe d’antibiotique la plus prescrite au cours d’une infection digestive avérée à

Campylobacter spp. est celle des fluoroquinolones : 39 % d’entre eux l’ont citée (N = 19). Les

macrolides sont prescrits par 19 % des médecins interrogés (N = 9). 18 % d’entre eux

attendent les données de l’antibiogramme avant d’initier une prescription.

55

Figure 8. « Quel antibiotique prescrivez-vous en première intention lorsque vous

diagnostiquez une infection digestive à Campylobacter spp. ? ». La réponse était libre :

3.2.3.2. Connaissance du profil d’antibiorésistance

Concernant le taux de résistance du Campylobacter spp. à l’amoxicilline, les médecins

interrogés devaient choisir parmi une des trois fourchettes d’estimation proposées, selon

celle qui leur semblait être juste.

Le taux de résistance du Campylobacter spp. à l’amoxicilline était compris pour 7 médecins

(14 %) entre 10 et 50 %. 63 % des médecins interrogés (N = 31) ne se sont pas prononcés.

Parmi les 7 médecins qui prescrivaient l’amoxicilline en première intention en cas d’infection

digestive avérée à Campylobacter spp. (cf. Figure 8), 2 estimaient la résistance de ce germe à

l’amoxicilline < 10 %, et 5 ne se prononçaient pas.

Penicilline A 14% (N=7)

Fluoroquinolone 39% (N=19)

Macrolide 19% (N=9)

Attente de l'antibiogramme

18% (N=9)

Céphalosporine 2è Génération

2% (N=1)

Tetracycline 4% (N=2)

Ne Sait Pas 4% (N=2)

56

Figure 9a. Estimation du taux de résistance du Campylobacter spp. à l’amoxicilline par les

médecins interrogés :

Concernant le taux de résistance du Campylobacter spp. aux fluoroquinolones, les médecins

interrogés devaient choisir parmi une des trois fourchettes d’estimation proposées, selon

celle qui leur semblait être juste.

Le taux de résistance du Campylobacter spp. aux fluoroquinolones était pour 11 médecins

(22 %) compris entre 10 et 50 %. 53 % des médecins interrogés ne se sont pas prononcés.

Parmi les 19 médecins qui prescrivaient une fluoroquinolone en première intention en cas

d’infection digestive avérée à Campylobacter spp.( cf figure 8), 10 estimaient la résistance de

ce germe aux fluoroquinolones < 10 %, 2 l’estimaient comprise entre 10 et 50 %, et 7 ne se

prononçaient pas.

2

7 9

31

0

5

10

15

20

25

30

35

40

45

50

Taux<10% Taux de 10% à 50%

Taux>50% NSP

Nombre de citations

57

Figure 9b. Estimation du taux de résistance du Campylobacter spp. aux fluoroquinolones

par les médecins interrogés :

3.2.3.3. Messages de prévention délivrés

Les médecins interrogés pouvaient citer un ou plusieurs message(s) de prévention délivré(s)

au patient et à sa famille, parmi 7 proposés.

Les messages de prévention délivrés à l’égard de la famille du patient infecté les plus cités

par les médecins interrogés ont été : « le lavage des mains systématique après être allé aux

toilettes » (cité par 48 d’entre eux soit 98 %), et « le lavage des mains systématique

avant/après la préparation du repas » (cité par 43 d’entre eux soit 88 %).

24 médecins (49 %) ont déclaré délivrer à l’égard du patient et de sa famille tous les

messages de prévention proposés.

12 11

0

26

0

5

10

15

20

25

30

35

40

45

50

Taux<10% Taux de 10 à 50%

Taux>50% NSP

Nombre de citations

58

Figure 10. « Parmi le(s) message(s) de prévention que vous délivrez à l’égard de la famille

et du patient infecté, afin d’éviter une contamination proche ou à l’avenir, le(s)quel(s)

citez-vous fréquemment ? ». Plusieurs choix étaient possibles :

3.2.4. Utilisation des recommandations et sources d’informations disponibles

3.2.4.1. Recommandations ANAES concernant les « indications des examens de selles

chez l’adulte »

35 des 49 médecins interrogés (71 %) déclaraient ne pas avoir connaissance des

recommandations de la Haute Autorité de Santé (anciennement ANAES) concernant

« l’indication des examens de selles chez l’adulte », 7 en avaient connaissance (14 %), 7 ne se

sont pas prononcés.

Les 7 médecins qui en avaient connaissance déclaraient que celles-ci les avaient aidés dans

leur exercice quotidien.

98% 88%

73% 69% 67% 63% 61%

lavage des mains apres être allé aux WC

lavage des mains avant/après la cuisine

lavage des mains après change d'un enfant

lavage des mains après préparation de viande crue

lavage des toilettes/lavabos avec produit javellisant

lavage d'instruments de cuisine en contact avec la viande crue avant réutilistaion

éviction du partage des couverts et ustensiles de toilette

59

3.2.4.2. Le site internet de l’Institut de Veille Sanitaire

41 des 49 médecins interrogés (84 %) déclaraient ne pas avoir visité le site internet de

l’Institut de veille sanitaire concernant les toxi-infections alimentaires, et 7 l’avaient visité

(14 %) ; 1 ne s’est pas prononcé.

Pour les 7 médecins qui l’avaient visité, 5 l’ont jugé utile dans leur exercice quotidien, 2 l’ont

jugé inutile, sans en préciser les raisons.

3.2.5. Leurs éventuelles attentes sur le sujet

23 médecins généralistes interrogés (47 %) ont déclaré avoir des attentes particulières sur le

sujet de la campylobactériose (et plus largement sur celui des toxi-infections alimentaires).

Ces attentes étaient dominées par le souhait d’être mieux informés sur :

- la fréquence de cette infection (pour 7 d’entre eux)

- l’antibiothérapie probabiliste à prescrire en cas de suspicion de toxi-infection alimentaire

(pour 6 d’entre eux)

- les signes cliniques et les complications attendues (pour 3 d’entre eux)

- le profil de résistance antibiotique du Campylobacter spp.(pour 2 d’entre eux)

- les précautions à mettre en place afin d’éviter la contamination (pour 2 d’entre eux)

- les différents modes de transmission (pour 2 d’entre eux)

- le(s) type(s) de population le(s) plus touché(s) (pour 1 d’entre eux).

Les attentes des médecins sur ce sujet étaient également motivées par la demande de

supports, complémentaires à l’exercice en cabinet, véhiculant des informations s’y

rapportant tels que :

60

- l’édition d’un guide de la Haute Autorité de Santé sur les toxi-infections alimentaires, avec

la conduite à tenir sur le plan thérapeutique en cas de diagnostic avéré (demande formulée

par 4 d’entre eux)

- l’existence d’une alerte rapide véhiculée par voie électronique ou papier en cas de toxi-

infection alimentaire collective ou de lots alimentaires contaminés par un germe pouvant en

être responsable (pour 2 d’entre eux)

- la mise à disposition au cabinet de dépliants « pédagogiques » (pour 2 d’entre eux) ou la

diffusion de spots télévisuels (pour 1 d’entre eux) à destination du grand public pour

sensibiliser aux précautions d’hygiène élémentaire afin d’éviter de nouvelles contaminations.

61

4. DISCUSSION

4.1. ANALYSE DES RÉSULTATS

4.1.1. Résultats principaux et comparaisons à d’autres études

Cette enquête menée auprès des laboratoires parisiens et des médecins généralistes

concernant la campylobactériose révèle des hétérogénéités de pratiques de la part des deux

partenaires ainsi qu’une certaine méconnaissance théorique des cliniciens, ce qui a

certainement un impact sur le diagnostic des diarrhées à Campylobacter spp. Cette zoonose

semble largement sous-estimée dans notre pays et nous discuterons des causes potentielles

à cette sous-estimation, ainsi que des axes d’amélioration pouvant être proposés.

On note très clairement des disparités de réalisation des coprocultures par les laboratoires

ne faisant pas partie du réseau national de surveillance. En l’absence de prescription

explicite par les médecins, seuls 52 % des laboratoires d’analyses médicales parisiens

recherchaient systématiquement Campylobacter spp. dans une coproculture, 29 %

effectuaient cette recherche selon leurs propres critères, et près d’un cinquième (19 %) ne le

recherchaient pas.

Les résultats de cette enquête auprès des laboratoires d’analyses médicales sont à comparer

à ceux de l’étude 41 réalisée auprès des laboratoires de microbiologie menée en 2000 par

l’InVS et le CNR des Campylobacter et Helicobacter de Bordeaux : pour les laboratoires de

ville ayant répondu, la recherche de Campylobacter spp. était systématique pour 38 %

d’entre eux, ou motivée par les principaux critères suivants : présence de sang ou de mucus

dans les selles (58 %), demande du clinicien (55 %), aspect liquide des selles ou selles

provenant d’enfants (45 %). Bien que la méthodologie utilisée ait été différente, puisqu’il

s’agissait pour les laboratoires interrogés de répondre à un auto-questionnaire envoyé par

62

voie postale, et que l’enquête était réalisée dans une zone géographique différente (la

France entière), l’échantillon de laboratoires étudié est comparable par sa taille (203

réponses obtenues) au nôtre (143 réponses). Il apparaît alors qu’en l’espace de dix ans, la

proportion de laboratoires réalisant la recherche systématique de Campylobacter spp. dans

une coproculture n’a que légèrement augmenté (38 % en 2000, 52 % en 2010). En revanche

les critères évoqués faisant rechercher Campylobacter spp. dans les selles pour les autres

laboratoires étaient similaires à ceux utilisés actuellement : aspect des selles (liquides,

glaireuses, sanglantes) et âge du patient (enfants).

On observe également dans cette enquête des inégalités de pratiques concernant les

indications et modalités de prescription des coprocultures par les médecins interrogés. S’il

apparaît que tous les laboratoires d’analyses médicales ne recherchaient pas

systématiquement Campylobacter spp. dans les selles, il apparaît aussi que 43 % des

médecins généralistes interrogés pensaient que cette recherche était systématique (et n’en

spécifiaient donc probablement pas la demande sur leur prescription), et qu’un

antibiogramme n’était demandé que par 69 % d’entre eux. Par ailleurs, les symptômes leur

faisant prescrire une coproculture étaient majoritairement « la présence de glaires et/ou de

sang dans les selles » pour 88 % d’entre eux, mais seuls 59 % d’entre eux demandaient un

examen bactériologique des selles pour une « diarrhée avec fièvre > 38,5° », 55 % pour une

« diarrhée prolongée au-delà de 3 jours », 49 % pour une « diarrhée au retour de voyage

(pays tropical) », 47 % pour une « diarrhée sur terrain fragile », et aucun n’a cité

intégralement ces cinq propositions. Ces résultats sont à rapprocher du fait que seulement

14 % des médecins participant à l’enquête avaient connaissance des recommandations

ANAES concernant « les indications des examens de selles chez l’adulte ».

63

Il n’existe pas d’enquêtes directement comparables menées en France précédemment sur ce

sujet : une étude du Réseau Sentinelles 50 menée entre 1994 et 1997 a estimé sur cette

période à 3,8 % [ IC 95 % : 3,6 % - 3,9 %] la proportion de diarrhées aiguës pour lesquelles

une coproculture avait été demandée, mais elle ne précisait pas sur quelles indications les

médecins interrogés l’avaient prescrite.

Cette enquête permet aussi de souligner que la campylobactériose est surtout assez peu

connue des médecins sondés. Aucune étude n’avait à présent évalué les connaissances que

les médecins généralistes ont de cette zoonose. D’après cette enquête, seuls 14 % des

médecins interrogés avaient diagnostiqué une infection à Campylobacter spp. au cours de

l’année précédente, et 55 % étaient capables d’en citer les complications possibles (10

d’entre eux citaient spontanément « le syndrome de Guillain-Barré », et 4 « l’arthrite post

infectieuse »). Campylobacter spp. a été clairement identifié comme étant un des deux

germes principaux responsable de toxi-infection alimentaire par moins de la moitié (47 %)

des médecins interrogés (Salmonelle a été citée par 69 % d’entre eux), et moins d’un tiers

des médecins ont cité « les enfants » et « les personnes âgées » comme étant des

populations particulièrement touchées (respectivement cités par 33 % et 20 % des

médecins). Les modes de transmission sont également peu connus, puisque même si « la

consommation de viande mal cuite contaminée » était identifiée comme facteur de

transmission possible du Campylobacter spp. par 65 % des médecins interrogés, le total des

cinq sources proposées comme étant potentiellement contaminantes n’a été cité que par

18 % (9) des médecins, alors qu’elles sont en réalité toutes des vecteurs de transmission

possibles.

L’autre volet important de cette enquête concernait le traitement des infections à

Campylobacter spp. par les médecins interrogés. Les résultats obtenus ont mis en évidence

64

une grande disparité des pratiques en matière d’antibiothérapie délivrée en première

intention : les fluoroquinolones étaient prescrites majoritairement, par 39 % d’entre eux, les

macrolides et la pénicilline A respectivement par 19 % et 14 % d’entre eux ; ces chiffres étant

cependant à pondérer puisque 18 % attendaient les résultats de l’antibiogramme avant

d’initier une antibiothérapie. Ces résultats sont certainement liés à la méconnaissance du

profil d’antibiorésistance du Campylobacter spp. par les médecins sondés : seuls 14 % ont

estimé la résistance du Campylobacter spp. à l’amoxicilline comprise entre 10 et 50 % (elle

était d’environ 24 % en 2009) et seuls 22 % ont estimé sa résistance aux fluoroquinolones

comprise entre 10 et 50 % (elle était d’environ 45 % en 2009). Des données récentes et

actualisées d’antibiorésistance sont disponibles sur le site internet de l’InVS, mais seuls 14 %

des médecins interrogés avaient déjà visité ce site. En revanche, on peut considérer que les

messages de prévention à l’égard du patient infecté et de sa famille étaient correctement et

fréquemment délivrés par la majorité des médecins interrogés, chaque message ayant été

systématiquement cité par plus de 60 % d’entre eux.

Moins de la moitié des médecins interrogés (47 %) ont déclaré avoir des attentes

particulières au sujet de la campylobactériose : pour la plupart d’entre eux, ils souhaitaient

sur le fond être mieux informés de la fréquence de cette infection, et connaître les

indications et modalités de prescription d’une antibiothérapie de première intention. Sur la

forme, 4 souhaitaient la réédition d’une guide HAS sur les toxi-infections alimentaires, 3

souhaitaient la diffusion à destination du grand public de supports pédagogiques

(« version papier » ou « spots télévisuels ») sur les précautions d’hygiène élémentaire à

suivre en cas de diarrhée et 2 évoquaient la nécessité d’un système d’alerte rapide en cas de

toxi-infection alimentaire collective.

65

4.1.2. Interprétation des résultats

Concernant les pratiques des laboratoires d’analyses médicales, il apparaît donc clairement

que la recherche du Campylobacter spp. dans les coprocultures n’est pas réalisée de manière

systématique ou selon les mêmes critères. Ces pratiques ont été peu modifiées en l’espace

de dix ans, malgré l’évolution de l’épidémie et la mise en place du Réseau de surveillance

des infections à Campylobacter. Une première explication tient probablement au manque

d’uniformisation des recommandations disponibles : la Nomenclature des Actes de Biologie

Médicale ne suggère pas de recherche systématique du Campylobacter spp. dans les

coprocultures (sa recherche est recommandée « le cas échéant », ce qui est un terme pour

le moins ambigu, d’autant qu’elle n’entraîne pas de majoration de la cotation forfaitaire de

la coproculture), mais le REMIC 2010 et les Recommandations ANAES 2003 y incitent

fortement. Une deuxième explication tient à la difficulté de recherche du Campylobacter spp.

dans les selles, car sa culture est techniquement plus contraignante (en termes de charge de

travail) et plus coûteuse (utilisation de milieux de culture et d’enrichissement spéciaux) à

réaliser que celles des germes usuels : ce sont d’ailleurs les principales raisons avancées par

les laboratoires ayant participé à l’enquête pour expliquer le caractère non systématique de

sa recherche. Enfin, la surveillance aléatoire des pratiques des laboratoires d’analyses

médicales (ayant motivé récemment la création par la HAS d’un système d’accréditation

spécifique), et le manque de méthode de référence unique pour la culture de Campylobacter

spp. (différents milieux de culture possibles) sont des raisons supplémentaires pouvant

expliquer le caractère non systématique de sa recherche. Malgré ces raisons, le choix des

critères avancés par certains des laboratoires interrogés pour la recherche de Campylobacter

spp. est critiquable car subjectif : le caractère « non moulé » des selles (dont on sait qu’il

peut être modifié par l’utilisation d’anti-diarrhéiques), ou « glairo-sanglant », est laissé à la

66

libre appréciation du seul technicien de laboratoire, alors qu’aucune étude ne semble

montrer de différence de sensibilité nette dans la détection du Campylobacter spp. en cas de

sélection des selles sur ses critères. De même, le critère de l’« âge » (selles provenant

d’enfants) n’est pas à retenir, car si l’incidence est maximale chez les nourrissons et les

jeunes enfants, les infections ne sont pas rares chez les adultes.

L’enquête fait également ressortir que les médecins généralistes interrogés prescrivent

probablement moins de coprocultures qu’ils le devraient : cela peut s’expliquer par la

méconnaissance des indications de prescription des examens de selles de l’ANAES par plus

de trois quarts d’entre eux. En outre, ces recommandations assez anciennes n’ont pas été

réactualisées et ne sont pas disponibles sur le site internet officiel de l’HAS. Si les médecins

interrogés ne précisent pas tous la demande de recherche du Campylobacter spp. dans une

coproculture, c’est par confiance envers les laboratoires de ville avec lesquels ils travaillent,

mais probablement aussi par une réelle méconnaissance de cette zoonose. Elle est en effet

peu médiatisée en France, car étant rarement à l’origine de toxi-infections alimentaires

collectives, elle n’est pas une maladie à déclaration obligatoire pour la DDASS (Direction

départementale des affaires sanitaires et sociales) et entraîne de ce fait peu d’alertes

sanitaires, ce qui est paradoxal en regard de sa fréquence réelle ou supposée (1ère cause de

diarrhée bactérienne d’origine alimentaire en Europe) et des problèmes d’organisation

sanitaire qu’elle implique. De plus, l’importance clinique de la campylobactériose est difficile

à appréhender, et sa morbi-mortalité peu étudiée, ce qui peut expliquer l’absence de

recommandations claires, récentes et consensuelles quant à son traitement, en particulier

quant à l’intérêt d’instituer une antibiothérapie précoce.

67

4.2. LIMITES DE L’ÉTUDE ET ASPECTS POSITIFS

4.2.1. Limites de l’étude

Dans l’enquête menée auprès des laboratoires d’analyses médicales parisiens, il existe un

biais de sélection puisque ceux qui font partie du Réseau de Surveillance des Campylobacter,

et donc qui recherchent systématiquement ce germe dans la coproculture, ont été exclus.

On peut raisonnablement supposer que le pourcentage de laboratoires qui recherchent

systématiquement Campylobacter spp. est donc en réalité un peu plus élevé, bien que les

laboratoires appartenant au Réseau sur Paris ne soient qu’une quinzaine.

Dans l’enquête menée auprès des médecins généralistes parisiens, on peut d’emblée

constater que malgré un taux de réponse satisfaisant (49 %), ce sont 51 médecins sur 100

interrogés qui n’ont pas souhaité répondre sur le sujet des infections à Campylobacter spp.

Le questionnaire n’a permis de colliger que des informations déclaratives : ces déclarations

peuvent être sensiblement différentes de leurs pratiques réelles. De surcroît, les médecins

interrogés ont répondu au questionnaire par mail ou par courrier de façon différée, et ont

pu accéder à des données à ce sujet depuis leur cabinet d’exercice ou leur domicile : il est

dès lors possible que l’on ait surévalué l’état de leurs connaissances au sujet de la

campylobactériose. Par ailleurs, il est difficile de généraliser les résultats obtenus à toute la

population de médecins généralistes exerçant en France (près de 80 000 en 2010), en raison

des faibles dimensions de l’échantillon interrogé : il faudrait soumettre les questionnaires à

des médecins généralistes sur une plus grande échelle géographique.

4.2.2. Aspects positifs

Le taux de réponses des laboratoires a été de 100 %, et aucun d’entre eux n’a su qu’il

s’agissait d’un travail de thèse, car cela aurait pu modifier la spontanéité de leurs réponses.

68

Contrairement à l’enquête menée auprès des médecins généralistes, les résultats obtenus

peuvent probablement être généralisables à la France entière, car l’échantillon de

laboratoires enquêtés est suffisamment représentatif par sa taille, et il n’y a pas de

caractéristique régionale connue des infections à Campylobacter spp.

Les médecins interrogés ont été randomisés via un logiciel générateur de nombre aléatoire,

afin d’éviter tout biais de sélection et d’analyser les résultats de façon objective. Par ailleurs,

les questionnaires soumis étaient parfaitement identiques, que les médecins aient choisi de

répondre par voie postale ou électronique, et ont donc été analysés de façon égale. Le taux

de réponse des médecins généralistes interrogés a été satisfaisant (49 %) pour ce type

d’étude, grâce au système de relance effectué par mail et par courrier.

Il est important de souligner que l’un des points forts de cette étude réside dans le fait que

l’enquête des pratiques auprès des médecins généralistes et des laboratoires d’analyses

médicales s’est effectuée dans une même zone géographique (Paris).

4.3. PERSPECTIVES DE CHANGEMENT

4.3.1. Évolution de l’épidémie

Si depuis les dix dernières années, on observe en France comme en Europe une

augmentation du nombre de cas d’infections à Campylobacter spp., faisant de lui le premier

agent zoonotique responsable de diarrhées infectieuses, les autorités européennes

compétentes considèrent cette zoonose émergente comme un réel enjeu de santé publique

et planifient différents moyens d’action pour la maîtriser.

Sur le plan vétérinaire, une modification de la réglementation communautaire est, comme

nous l’avons dit précédemment, en cours de réflexion afin d’évaluer l’impact sur la santé

69

publique des mesures de contrôle et procédés à utiliser pour réduire la présence de

Campylobacter spp. chez les poulets au sortir d’abattoir. Mais suffit-il de proposer des

procédés visant à assainir des lots de carcasses de poulet contaminées pour enrayer une

zoonose de cette importance ? De nombreux pays adoptant déjà ces procédés enregistrent

malgré tout un taux de notification élevé de cas d’infections à Campylobacter spp., la

contamination par consommation de poulet contaminé mal cuit n’étant qu’un des modes de

transmission possibles de ce germe.

D’autre part, la perspective de développer un vaccin contre Campylobacter spp. chez

l’homme fait pour l’instant partie du domaine de la recherche 51 et aucun essai concluant n’a

récemment vu le jour 16.

4.3.2. Le rôle des laboratoires

Il faut donc se tourner en partie du côté des laboratoires d’analyses médicales pour espérer

une meilleure maîtrise des infections à Campylobacter spp., car mieux les diagnostiquer,

c’est aussi mieux appréhender les sources potentielles de contamination, améliorer les

connaissances épidémiologiques et cliniques chez l’homme, et espérer prévenir de nouvelles

infections. De plus, l’évolution actuelle de la sensibilité de cette bactérie aux antibiotiques

pourrait compromettre l’utilisation de règles d’antibiothérapie empiriques antérieurement

établies, la détermination de l’antibiogramme sur la bactérie isolée s’avérant alors

nécessaire pour garantir l’efficacité du traitement.

Une des solutions actuellement adoptée en France est de recruter de nouveaux laboratoires

pour participer au Réseau de surveillance des infections à Campylobacter, ce à quoi

s’emploient l’InVS et le CNR, et d’accréditer progressivement tous les laboratoires de

70

microbiologie afin de s’assurer de leurs bonnes pratiques d’analyse (notamment en termes

de disponibilité et modalités de conservation des différents milieux de culture selon les

germes recherchés). Une autre piste d’amélioration consisterait à rendre la recherche du

Campylobacter spp. systématique dans toute coproculture, comme le suggérait déjà l’ANAES

en 2003, ce qui supposerait de modifier ou mieux définir l’intitulé de la Nomenclature des

Actes de Biologie Médicale de 2010, qui ne préconise cette recherche que « le cas échéant ».

Enfin, il apparaît nécessaire d’uniformiser au niveau national comme européen les

techniques de recherche du Campylobacter spp., : les techniques immuno-enzymatiques et

la PCR Campylobacter pourraient être des techniques prometteuses 52, car plus sensibles,

plus reproductibles, et techniquement plus rapides à réaliser. Une étude récente 53 a

comparé les résultats obtenus pour l’identification du Campylobacter spp. dans les selles en

utilisant la culture (méthode de référence) versus des méthodes de biologie moléculaire

(PCR) et des méthodes immuno-enzymatiques : près d’un tiers des Campylobacter spp.

détectés par ces méthodes ne sont pas identifiés par la culture ; la spécificité et la valeur

prédictive négative de ces méthodes « alternatives » se situent pour toutes entre 95 % et

100 %, la sensibilité est d’environ 85 % pour la PCR multiplex, et de 90 % à 95 % selon les

méthodes immuno-enzymatiques utilisées. Il est important de rappeler que ces méthodes

« alternatives » ne dispenseront pas de réaliser la culture du germe et son antibiogramme,

et représenteront un surcoût encore difficile à évaluer pour les laboratoires.

4.3.3. Le rôle des médecins généralistes

Le rôle des médecins généralistes est également déterminant dans la lutte contre les

infections à Campylobacter spp. : s’il est important de mieux les diagnostiquer, il est

également important de mieux les traiter tout en évitant des traitements mal ciblés ou

71

inutiles qui participent au problème général d’aggravation de l’antibiorésistance. On voit que

le choix de prescription le plus cité sont les fluoroquinolones, ce qui est en inadéquation

avec les données récentes d’antibiorésistance de l’InVS (45 % de résistance aux

fluoroquinolones en 2009) ; de plus cette famille d’antibiotiques est une de celles dont on

essaie actuellement de préserver au maximum l’efficacité, et dont les prescriptions inutiles

sont une source d’émergence de résistance individuelle et collective ultérieure.

Une actualisation et une uniformisation par l’HAS des conduites à tenir en cas de diarrhée ou

de suspicion de toxi-infection alimentaire, tant sur le plan des modalités diagnostiques que

thérapeutiques, au vu de l’épidémiologie et des données de la science actuelles, semblent

tout à fait nécessaires.

Dès lors, une évaluation des pratiques professionnelles des médecins généralistes sur ce

sujet serait possible : celle-ci consiste, par le biais du Développement Professionnel Continu

(encadré par la loi HPST n° 2009-879 du 21 juillet 2009), à analyser son activité clinique par

rapport aux recommandations professionnelles disponibles et actualisées par la Haute

Autorité de Santé, à améliorer la qualité et la sécurité des soins délivrés aux patients après

comparaison.

72

CONCLUSION

La campylobactériose, zoonose émergente et véritable enjeu de santé publique, reste au vu

de notre enquête, largement méconnue et sous-diagnostiquée. Cette étude a permis de

mieux préciser les connaissances, les modalités de diagnostic et de prise en charge des

infections à Campylobacter spp. par les laboratoires et les médecins généralistes, et de

proposer ainsi des axes d’améliorations possibles.

Pour cela, 143 laboratoires de microbiologie (non affiliés au Réseau de surveillance) installés

à Paris ont été interrogés sur leurs pratiques de recherche du Campylobacter spp. dans les

coprocultures, la maladie se manifestant principalement par une entérite. Parallèlement, 49

médecins appartenant à la même zone géographique que ces laboratoires ont accepté de

répondre à un questionnaire concernant leurs pratiques diagnostiques, thérapeutiques et

leurs connaissances des infections à Campylobacter spp.

L’enquête réalisée a montré qu’en l’absence de prescription médicale explicite, seuls 52 %

des laboratoires d’analyses médicales interrogés recherchaient systématiquement

Campylobacter spp. dans les coprocultures, et 29 % selon des critères subjectifs dont la

pertinence n‘a jamais été démontrée. Elle a également montré qu’un nombre insuffisant de

coprocultures était demandé par les médecins interrogés en cas de diarrhée, les indications

des examens de selles chez l’adulte n’étant connus que par 14 % d’entre eux. De plus, 43 %

pensaient que la recherche du Campylobacter spp. dans la coproculture était systématique,

ce qui laisse supposer qu’ils ne demandaient pas tous explicitement aux laboratoires de le

rechercher. Notre enquête a également confirmé que la campylobactériose était méconnue

des médecins généralistes interrogés : moins de la moitié d’entre eux citaient Campylobacter

spp. comme étant un des deux principaux germes responsables de toxi-infection alimentaire,

et moins d’un tiers connaissaient ses caractéristiques épidémiologiques (modes de

73

transmission, populations touchées) et ses complications possibles. 39 % des médecins

interrogés choisissaient en première intention une antibiothérapie par fluoroquinolone,

alors que plus de 45 % des Campylobacter spp. y étaient résistants en 2009.

Si l’on peut expliquer le caractère non systématique de la recherche du Campylobacter spp.

par une culture techniquement plus contraignante et plus coûteuse que celles des germes

usuels, et une réglementation imprécise, on peut néanmoins déplorer qu’en dix ans ces

pratiques n’aient été que peu modifiées, et ce malgré la création du Réseau de Surveillance.

Des techniques plus performantes de recherche du Campylobacter spp., et une

uniformisation des pratiques rendant sa recherche plus systématique sont des pistes

d’actualité qui devraient être mises en œuvre pour améliorer son diagnostic par les

laboratoires. Parallèlement la prescription des coprocultures par les médecins généralistes

n’est pas en adéquation avec les recommandations disponibles, dont l’existence est ignorée

par une majorité d’entre eux. La méconnaissance qu’ont les médecins généralistes vis-à-vis

de cette pathologie apparaît regrettable, bien qu’elle puisse s’expliquer en partie par sa

couverture médiatique faible, n’entraînant que peu d’alertes sanitaires du fait de son

caractère souvent sporadique, mais aussi par un manque d’évaluation claire de ses

conséquences en termes de morbi-mortalité. Les médecins généralistes sont pourtant un

pivot important de son diagnostic. Pour toutes ces raisons, il apparaît nécessaire qu’une

actualisation et une uniformisation des recommandations portant sur les aspects

diagnostiques des infections à Campylobacter spp. soient réalisées, et que des

recommandations thérapeutiques en adéquation avec l’évolution des données de la science

actuelle, notamment en termes d’antibiothérapie, soient publiées. Ceci pourrait permettre

de limiter les conséquences cliniques potentiellement graves de cette maladie, et la

progression de l’antibiorésistance, en particulier à l’égard des quinolones.

74

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79

ANNEXES

Annexe n° 1 EXTRAIT DE LA NOMENCLATURE DES ACTES DE BIOLOGIE MÉDICALE 2010

5207. Matières fécales ou prélèvement rectal (cotation B 180) : L’examen comprend : 1° l’examen microscopique d’orientation, direct et après colorations adaptées ; 2° l’identification des diverses espèces bactériennes après cultures systématiques (si nécessaire après enrichissement) ; 3° l’étude de la sensibilité aux antibiotiques de toutes les espèces susceptibles d’engendrer un processus infectieux.

Nota : a) Cet examen comprend, le cas échéant : - la recherche des Adénovirus et Rotavirus par technique immunologique, - les cultures en vue d’isoler et d’identifier Campylobacter, Yersinia. b) La recherche étendue à d’autres agents d’entérites nécessite une prescription explicite. Seront par exemple ainsi concernés Vibrio, Clostridium, divers pathotypes de Escherichia coli, ou des toxines microbiennes. Dans ce cas les actes 0214, 0215, 0237, 0238, 0239 peuvent être cotés en sus. c) Le dénombrement des diverses espèces bactériennes (sur prescription et pour des cas particuliers).

80

Annexe n° 2

EXTRAIT DES RECOMMANDATIONS SUR « L’INDICATION DES EXAMENS DE SELLES CHEZ L’ADULTE », ANAES 2003

Question 1 : Quand et comment prescrire un examen bactériologique des selles ? • Il n’y a pas lieu de prescrire une coproculture en cas de diarrhée chronique, sauf chez les malades immunodéprimés (grade C). • En cas de diarrhée aiguë, la prescription d’une coproculture ne sera envisagée qu’après avoir éliminé par l’interrogatoire une cause non infectieuse de diarrhées aiguës (grade C). • Une coproculture standard en spécifiant sur la demande « avec recherche de Campylobacter » et éventuellement de Yersinia doit être prescrite en cas de diarrhée aiguë dans les situations suivantes (grade C) : — diarrhée hémorragique ou syndrome dysentérique, — signes cliniques de gravité, — terrain fragile (grand âge, insuffisance rénale, valve cardiaque, immunodépression), — diarrhée aiguë persistant plus de trois jours, — forte probabilité d’avoir une diarrhée aiguë d’origine bactérienne, — toxi-infection alimentaire collective. • Une coproculture orientée ou une recherche de toxines de C. difficile doit être prescrite en cas de diarrhée aiguë dans les situations suivantes (grade C) : — retour d’un pays tropical (diarrhée du voyageur) lorsqu’un traitement probabilistique n’est pas instauré et si la coproculture standard est négative, — syndrome cholériforme au retour d’un pays situé dans une zone tropicale humide, — diarrhée liquide puis hémorragique lorsque la coproculture standard est négative, — diarrhée aiguë survenue au cours ou au décours (deux mois) d’une antibiothérapie : la recherche dans les selles de toxines de C. difficile doit être prescrite en cas de diarrhée aiguë persistant plus de 48 heures après l’arrêt des antibiotiques, lorsque l’arrêt des antibiotiques n’est pas envisageable, la diarrhée sévère ou survenant sur un terrain fragile.

Question 2 : Comment interpréter un examen bactériologique des selles ? • L’examen microscopique réalisé sur selles fraîchement émises peut permettre d’identifier certaines bactéries mobiles (Campylobacter spp. et Vibrio spp.) (grade C). La présence de leucocytes et d’hématies dans les selles oriente vers une infection à germes invasifs (Salmonelles, Shigelles, Campylobacter) ou responsables de lésions muqueuses (C. difficile toxinogène) (grade C). • Chez un malade diarrhéique, la présence de Salmonelles, Shigelles, Campylobacter ou Yersinia à la coproculture standard doit toujours être considérée comme pathologique (grade B) ; la présence d’E. coli même en grande quantité à la coproculture standard ne doit pas être considérée comme pathologique (grade C). Staphylococcus aureus ne saurait être tenu responsable d’une diarrhée aiguë de durée supérieure à une journée (grade C). En médecine générale, la présence de Candida albicans dans les selles ne doit pas être considérée comme pathogène (accord professionnel). • Seules les souches d’E. coli entéro-hémorragiques sécrétrices de vérotoxines (prescriptions spécifiques et orientées) doivent être considérées comme pathogènes (grade B). • Seules les souches de C. difficile sécrétrices de toxines sont pathogènes (grade B).

81

Annexe n° 3

LE QUESTIONNAIRE AUX MÉDECINS GÉNÉRALISTES

1. Pouvez-vous cocher les 2 germes qui, selon vous, sont les plus fréquemment responsables de toxi-infection alimentaire en France :

Salmonelle

Shigelle

Yersinia

Campylobacter

E.Coli entéroinvasif

Staphylococcus aureus

NSP

2. Avez-vous diagnostiqué au cours de l’année précédente une/des infection(s) à Campylobacter?

oui

non

NSP

3. Selon vous, quelle(s) population(s) est/sont le(s) plus touchée(s) ?

Enfants

Personnes âgées

Tous âges

Voyageurs

Patients immunodéprimés

NSP

4. À votre avis, quel(s) sont le(s) mode(s) de transmission ?

contact direct avec les animaux contaminés

consommation de viandes mal cuites contaminées

consommation de lait cru contaminé

consommation d’aliments crus ayant été en contact avec des viandes contaminées

consommation d’eau contaminée (y compris ingestion lors de baignades)

NSP

82

5. Pouvez- vous citer au moins 2 complications possibles d’une infection à Campylobacter ? Si oui, précisez lesquelles dans la case "autres"

oui

non

NSP

Autre :

6. Quel(s) symptôme(s) vous font prescrire une coproculture ?

Diarrhée fébrile > 38°5

Présence de glaires et/ou sang dans les selles

Douleurs abdominales

Diarrhée prolongée > 3 jours malgré traitement symptomatique

Diarrhée au retour de voyage (pays tropical)

Terrain fragile

NSP

7 .VOUS PRESCRIVEZ UNE COPROCULTURE. a / Pensez vous que les laboratoires font systématiquement la recherche de Campylobacter ?

oui

non

NSP

7 b / Si non, jugeriez-vous utile qu’ils effectuent la recherche de Campylobacter, même en l'absence de prescription de votre part ?

oui

non

NSP

7 c / Demandez-vous systématiquement un antibiogramme ?

oui

non

NSP

83

8. Quel antibiotique prescrivez-vous en première intention lorsque vous diagnostiquez une infection

digestive à Campylobacter?

9 a / Avez-vous une idée du taux de résistance du Campylobacter à l'AMOXICILLINE :

< 10 %

10 % à 50 %

> 50 %

NSP

9 b / Avez-vous une idée du taux de résistance du Campylobacter aux FLUOROQUINOLONES :

< 10 %

10 % à 50 %

> 50 %

NSP

10. Parmi le(s) message(s) de prévention que vous délivrez à l’égard de la famille et du patient infecté, afin d’éviter une contamination proche ou à l’avenir, lesquel(s)citez-vous fréquemment :

Le lavage des mains systématique après être allé aux toilettes

Le lavage des mains systématique après avoir changé un nourrisson

Le lavage des mains systématique avant/après la préparation du repas

Le lavage des mains systématique après avoir cuisiné de la viande crue

Le lavage des toilettes, lavabos avec un produit javellisant

Le lavage des instruments de cuisine/ récipients en contact avec de la viande crue avant réutilisation

L’éviction du partage des couverts et des ustensiles de toilette (brosse à dents, serviettes de bain …)

11 a / Avez-vous connaissance de recommandations de l’HAS sur l’indication des examens des selles chez l’adulte ?

oui

non

NSP

84

11 b / Si oui, vous ont-elles aidé dans votre exercice quotidien ? Si non, dites pourquoi dans la case "autre"

oui

non

NSP

Autre :

12 a /Avez-vous déjà visité le site internet de l’InVS sur le sujet des toxi-infections alimentaires ?

oui

non

NSP

b / Si oui, l’avez-vous trouvé utile dans votre exercice quotidien ? Si non, dites pourquoi dans la case "autre"

oui

non

NSP

Autre :

13. Quelles sont vos attentes en termes d’informations sur le sujet des infections alimentaires, notamment à Campylobacter ?

85

LISTE DES ABRÉVIATIONS

Afssa : Agence française de sécurité sanitaire des aliments

ANAES : Agence Nationale d’Accréditation et d’Évaluation en Santé

ANSES : Agence Nationale de Sécurité Sanitaire

ARS : Agence Régionale de Santé

BIOHAZ : Biological Hazards

CA-SFM : Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie

CDC : Centers for Disease Control and Prevention

CNR : Centre National de Référence

Cofrac : Comité Français d’Accréditation

DDASS : Direction Départementale des Affaires Sanitaires et Sociales

ECDC : European Centre for Disease Prevention and Control

EFSA : European Food Safety Authority

ESPID : European Society for Paediatric Infectious Diseases

ESPGHAN : European Society for Paediatric Gastroenterology, Hepatology and Nutrition

GBEA : Guide de Bonne Exécution des Analyses

HAS : Haute Autorité de Santé

IDSA : Infectious Diseases Society of America

InVS : Institut de Veille Sanitaire

ISO : International Organization for Standardization

PCR : Polymerase Chain Reaction

REMIC : Référentiel en Microbiologie Médicale

WGO : World Gastroenterology Organisation

86

RÉSUMÉ

Titre : La diarrhée à Campylobacter spp. Quelles pratiques à modifier pour améliorer son

diagnostic et sa prise en charge ? Enquête auprès de médecins généralistes et laboratoires

de biologie parisiens.

Résumé : La campylobactériose actuellement première zoonose alimentaire dans les pays

industrialisés, pose de multiples problèmes de gestion sanitaire, de diagnostic,

d’antibiorésistance. Elle est probablement sous-estimée en France. Objectif : Évaluer la

connaissance de cette pathologie par les médecins généralistes, ainsi que la proportion et les

motivations de la recherche de Campylobacter spp. par les laboratoires de ville. Enquête

réalisée à Paris auprès des laboratoires de biologie médicale (non affiliés au réseau de

surveillance) et de médecins généralistes. 143 laboratoires ont été interrogés par téléphone

sur leur pratique de recherche du Campylobacter spp. par coproculture, 49 médecins

généralistes ont répondu à un questionnaire portant sur leurs connaissances. Résultats :

Sans prescription spécifique, seuls 52 % des laboratoires recherchaient systématiquement le

Campylobacter lors d’une coproculture, 29 % selon leurs propres critères, 19 % ne le

recherchaient pas. Les aspects cliniques et épidémiologiques de la campylobactériose

étaient mal connus par la majorité des cliniciens. 39 % choisissaient en première intention

une antibiothérapie par fluoroquinolone. Seuls 14 % avaient connaissance de

recommandations sur les indications d’examens de selles. Conclusion : La méconnaissance

des médecins et une recherche diagnostique qui reste aléatoire par les laboratoires sont

probablement à l’origine d’une sous-estimation de cette pathologie en médecine de ville.

Mots-clés : Campylobacter, diarrhée, fèces-examen, diagnostic bactériologique, résistance

aux antibiotiques