2012/2013

RÉPUBLIQUE ALGÉRIENNE DÉMOCRATIQUE ET POPULAIREMINISTÈRE DE L’ENSEIGNEMENT SUPÉRIEURE ET DE LA

RECHERCHE SCIENTIFIQUEUNIVERSITÉ MOHAMED KHIDER BISKRA

DÉPARTEMENT DE BIOLOGIEFACULTÉ DES SCIENCES EXACTES ET DES SCIENCES DE NATURE ET DE

LA VIE

2ANNEÉ MASTER BIOCHIMIE ET BIOLOGIE MOLÉCULAIREMODULE DE TYPAGE BACTETIENNE

GROUPE : 01

ELECTROPHORESE EN CHAMP PULSE

« PFGE »

INTRODUCTIONEn 1984 Schwartz et Cantor

ont proposé un nouveau

concept pour la séparation

des molécules d’ADN d’une

taille supérieur à 50 Kpb:

l’utilisation du champs

électriques activés

alternativement( champ

pulsée).

DÉFINITION L’électrophorèse en champ pulsé est

le résultat de la combinaison d’une

digestion par des enzymes de

restriction à faible nombre de sites de

coupure et d’une électrophorèse

adaptée à la grande taille des

produits de digestion. Le résultat est

un profil de restriction intéressant

tout le génome du microorganisme .

Migration des fragments de haut poids moléculaires

ELECTROPHORÈSE TRADITIONNELLE

ELECTROPHORÈSE EN CHAMP PULSÉ

Blocage des gros fragments d’ADN en

début de gel

Déroulement des gros fragments d’ADN par

réorientation du champ électrique

PRINCIPE

LES TYPES DE L’ECP

pouvoir discriminant important

grande résolution, bonne reproductibilité intra-laboratoire

applicable à un grand

nombre d ’espèces

AVANTAGES

technique longue :4 à 5 jours

délicate, manuelle, nécessitant du personnel

qualifié

technique coûteuse

INCONVINIENTS

résultats obtenus non standardisés

MATÉRIEL ET

MÉTHODES

Appareillage

LES ETAPES

La lyse bactérienne

Choix des endonucléases de restrictions 

Réalisation de l’électrophorèse

1

2

3

choix de l’enzyme en fonction de l’espèce (GC% du génome de la

bactérie)

CRITERES D ’INTERPRETATION

analyse des différents profils : logiciel (ex : Taxotron® sur MAC

Gelcompar® sur PC) utilisation du coefficient de DICE

= % de similitude entre les souches testées

Nombre total de fragments dans les

2 profils

Coeffi cient de Dice =

Nombre de fragments communs x 2

obtention du dendrogramme

LES FACTEURS DE SÉPARATION

]1%[ en gel

T°C

Cinétique de

pulsation

Exemple d’application de l’électrophorèse en champ pulsé au typage épidémiologique de

Pseudomonas aeruginosa:

(Grx1000)

Bacille, Gram (-) , Mobile, Aérobie ou anaérobie facultatif,

pyocyanique

adapté à l’environnement hospitalier ,commensal du tube

digestif de l’homme ,(2,6 à

24 %) des prélèvements de

selles), Sol, végétaux Pathogène,

mortel , infection

Nosocomiale

OBJECTIF

Le typage épidémiologique de P.

aeruginosa par PFGE permet de

comparer plusieurs isolats

bactériens entre eux, que ces

isolats proviennent d’un même

patient, de patients différents ou

de l’environnement.

RESULTAS ET

INTERPRETATION

Caractéristiques épidémiologiques, phénotypiques et

génotypiques de six souches de P. aeruginosa isolées

Gel d’électrophorèse en champ pulsé de l’ADN de 6 souches de P. aeruginosa.

Pistes 1 à 6 : souches 1 à 6 présentées dans le tableau .Piste M : marqueur de poids moléculaire. Les valeurs de poids

moléculaire sont indiquées sur la gauche en kilobases (kb)

Gel d’électrophorèse en champ pulsé de l’ADN de 9 souches de P. aeruginosa.

Pistes 1 à 5 : souches isolées de divers patients. Pistes 6 à 9 : souches isolées de l’environnement. Piste M : marqueur de poids moléculaire. Les valeurs de poids

moléculaire sont indiquées sur la gauche en kilobases (kb)

Exemple d’interprétation de résultats d’électrophorèse en champ pulsé sous

forme de dendrogramme

DISCUSSION

L’Intérêt de la technique PFGE

pour le typage épidémiologique

de P. aeruginosa: à propos de

deux études :

Études étude n°1 :

Comparaison de 6 souches

isolées chez une même patiente,

ou pourquoi les marqueurs

phénotypiques ne suffisent-ils

pas ?

6 souches isolée sont comparer par 3 méthodes

Phénotypie

Antibiothépie

ECP

Clone A: retrouvé au

niveau abdominal et urinaire

La patiente a été infecter par deux clones différentes de bacille

pyocyanique :

Clone B retrouvé au niveau respiratoire

A partir la combinaison entre

les résultats phénotypique et

génotypique on conclure que :

Une surinfection par une

souches résistante à

l’imipenème se produit au

niveau respiratoire (clone B)

chez une patiente déjà infectée

par une souche sensible aux

antibiotique (clone A).

Études étude n° 2 :

Comparaison de souches isolées

chez plusieurs patients et dans

l’environnement d’un même

service –Importance de maîtriser

les infections nosocomiales à P.

Aeruginosa .

9 souches ont été étudiées par ECP

5 souches proviennent de différents patients infectés

par P. aeruginosa et hospitalisés dans un même

service de réanimation

4 souches proviennent de l’environnement (siphons

de lavabo, claie de chambre)

On trouve les mêmes profils électrophorétique

chez les neuf souches étudies .ces résultats

montre que la diffusion clonale et épidémique

d’une souche de

P. aeruginosa dans le service.

L’ECP à permis de mettre en évidence une

relation génétique entre les souches de

sensibilité différentes et aussi de de différencier

des souches présentant des antibiotique

identique.

CONCLUSION L’ECP est une technique discriminante qui

permet de distinguer des souches

génétiquement très proche et offre une

bonne reproductibilité, malgré un délai

relativement très longue

Cette méthode à prouver son efficacité dans

des nombreuses enquêtes épidémiologique

et a permis de nombreux génotypique dans

l’identification aurais été difficile par autre

méthodes.

La pulsotypie est donc un système de typage

comparatif qui s’il est très bien standardisé

peut être utilisé comme système définitif.

MERCI POUR VOTRE

ATTETION